تضمين الجوار العشوائي الموزع وفقًا لتوزيع t


تُعدّ تقنية تضمين الجوار العشوائي الموزع وفقًا لتوزيع t ( t-SNE ) أسلوبًا إحصائيًا لتصوير البيانات عالية الأبعاد، وذلك بتحديد موقع لكل نقطة بيانات على خريطة ثنائية أو ثلاثية الأبعاد. وهي تستند إلى تقنية تضمين الجوار العشوائي التي طورها جيفري هينتون وسام رويس [ 1 ] ، حيث اقترح لورينز فان دير ماتن وهينتون النسخة الموزعة وفقًا لتوزيع t [ 2 ] . وهي تقنية غير خطية لتقليل الأبعاد ، تُستخدم لتضمين البيانات عالية الأبعاد في فضاء منخفض الأبعاد ثنائي أو ثلاثي الأبعاد، بهدف تصويرها. وبالتحديد، تُنمذج هذه التقنية كل كائن عالي الأبعاد بنقطة ثنائية أو ثلاثية الأبعاد، بحيث تُنمذج الكائنات المتشابهة بنقاط قريبة، بينما تُنمذج الكائنات غير المتشابهة بنقاط بعيدة باحتمالية عالية.
تتألف خوارزمية t-SNE من مرحلتين رئيسيتين. أولاً، تُنشئ t-SNE توزيعًا احتماليًا لأزواج من الكائنات عالية الأبعاد، بحيث تُعطى الكائنات المتشابهة احتمالًا أعلى، بينما تُعطى النقاط غير المتشابهة احتمالًا أقل. ثانيًا، تُحدد t-SNE توزيعًا احتماليًا مشابهًا على النقاط في الخريطة منخفضة الأبعاد، وتُقلل من تباعد كولباك-لايبير (تباعد KL) بين التوزيعين بالنسبة لمواقع النقاط في الخريطة. في حين أن الخوارزمية الأصلية تستخدم المسافة الإقليدية بين الكائنات كأساس لمقياس التشابه، إلا أنه يمكن تغيير ذلك حسب الحاجة. ومن بين المتغيرات الريمانية خوارزمية UMAP .
استُخدمت تقنية t-SNE في التصوير المرئي في مجموعة واسعة من التطبيقات، بما في ذلك علم الجينوم ، وأبحاث أمن الحاسوب ، [ 3 ] ومعالجة اللغة الطبيعية ، وتحليل الموسيقى ، [ 4 ] وأبحاث السرطان ، [ 5 ] والمعلوماتية الحيوية ، [ 6 ] وتفسير المجال الجيولوجي، [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] ومعالجة الإشارات الطبية الحيوية. [ 10 ]
بالنسبة لمجموعة بيانات تحتوي علىالعناصر، تعمل تقنية t-SNE فيويتطلب ذلك وقتاً[ 11 ]
تفاصيل
بالنظر إلى مجموعة منالأجسام متعددة الأبعاد، تقوم خوارزمية t-SNE أولاً بحساب الاحتمالاتوالتي تتناسب مع تشابه الأشياءو، كما يلي.
ل، يُعرِّف
وضبطلاحظ أن المقام أعلاه يضمنللجميع.
كما أوضح فان دير ماتن وهينتون: "تشابه نقاط البياناتإلى نقطة البياناتهي الاحتمالية الشرطية،، الذي - التيسيختارباعتبارها جارتها إذا تم اختيار الجيران بما يتناسب مع كثافة احتمالهم في ظل توزيع غاوسي مركزه عند." [ 2 ]
والآن حدد
هذا مدفوع بـ و يتم تقدير الاحتمال الشرطي من العينات N على أنه 1/N، لذا يمكن كتابة الاحتمال الشرطي على النحو التالي: و . منذيمكنك الحصول على الصيغة السابقة.
لاحظ أيضًا أن و.
عرض نطاق النوى الغاوسيةيتم ضبطها بحيث تساوي إنتروبيا التوزيع الشرطي إنتروبيا محددة مسبقًا باستخدام طريقة التنصيف . ونتيجة لذلك، يتم تكييف عرض النطاق مع كثافة البيانات: قيم أصغر لـتُستخدم في الأجزاء الأكثر كثافة من فضاء البيانات. تزداد الإنتروبيا مع ازدياد تعقيد هذا التوزيع.تُعتبر هذه العلاقة بمثابة
أينإن إنتروبيا شانون
يُعدّ التعقيد أحد المعايير المختارة يدويًا في خوارزمية t-SNE، وكما ذكر المؤلفون، "يمكن تفسير التعقيد على أنه مقياس سلس لعدد الجيران الفعال. يتميز أداء خوارزمية SNE بمتانته إلى حد كبير تجاه التغيرات في التعقيد، وتتراوح القيم النموذجية بين 5 و50". [ 2 ]
بما أن نواة غاوس تستخدم المسافة الإقليديةيتأثر هذا الأمر بلعنة الأبعاد ، وفي البيانات عالية الأبعاد عندما تفقد المسافات القدرة على التمييز،تصبح متشابهة للغاية (تتقارب تقاربًا مقاربًا إلى قيمة ثابتة). وقد اقتُرح تعديل المسافات باستخدام تحويل أُسّي، بناءً على البُعد الجوهري لكل نقطة، للتخفيف من هذه المشكلة. [ 12 ]
يهدف برنامج t-SNE إلى تعلمخريطة متعددة الأبعاد(معويتم اختيارها عادةً كـ 2 أو 3) مما يعكس أوجه التشابه بأفضل شكل ممكن. ولتحقيق هذه الغاية، يقيس أوجه التشابهبين نقطتين على الخريطةوباستخدام نهج مشابه للغاية. على وجه التحديد، بالنسبة لـ، يُعرِّفمثل
وضبط. هنا يتم استخدام توزيع Student t ذو الذيل الثقيل (مع درجة حرية واحدة، وهو نفس توزيع Cauchy ) لقياس أوجه التشابه بين النقاط منخفضة الأبعاد من أجل السماح بنمذجة الكائنات غير المتشابهة على مسافة بعيدة في الخريطة.
مواقع النقاطيتم تحديد القيم في الخريطة عن طريق تقليل تباعد كولباك-لايبير (غير المتماثل) للتوزيعمن التوزيع، إنه:
تقليل تباعد كولباك-لايبير بالنسبة للنقاطيتم ذلك باستخدام خوارزمية التدرج الهبوطي . وتكون نتيجة هذا التحسين خريطة تعكس أوجه التشابه بين المدخلات عالية الأبعاد.
الناتج
على الرغم من أن مخططات t-SNE غالبًا ما تُظهر تجمعات ، إلا أن هذه التجمعات المرئية تتأثر بشدة بالمعلمات المختارة (وخاصةً معامل التعقيد)، لذا فإن فهمًا جيدًا لمعلمات t-SNE ضروري. وقد تبين أن هذه "التجمعات" تظهر حتى في البيانات المنظمة التي لا تُظهر تجمعات واضحة، [ 13 ] وبالتالي قد تكون نتائج خاطئة. وبالمثل، فإن حجم التجمعات التي ينتجها t-SNE ليس مؤشرًا دقيقًا، وكذلك المسافة بين التجمعات. [ 14 ] لذلك، قد يكون من الضروري إجراء استكشاف تفاعلي لاختيار المعلمات والتحقق من صحة النتائج. [ 15 ] [ 16 ] وقد ثبت أن t-SNE غالبًا ما يستطيع استعادة تجمعات منفصلة جيدًا، ومع اختيار معلمات محددة، يُقارب شكلًا بسيطًا من التجميع الطيفي . [ 17 ]
برمجة
- يتوفر تطبيق C++ لـ Barnes-Hut على حساب github الخاص بأحد المؤلفين الأصليين.
- تقوم حزمة Rtsne بتنفيذ t-SNE في R.
- تحتوي ELKI على tSNE، بالإضافة إلى تقريب بارنز-هات.
- تُنفذ مكتبة scikit-learn ، وهي مكتبة شائعة للتعلم الآلي في بايثون، خوارزمية t-SNE باستخدام كل من الحلول الدقيقة وتقريب بارنز-هات.
- تُنفذ Tensorboard، وهي مجموعة أدوات التصور المرتبطة بـ TensorFlow ، أيضًا خوارزمية t-SNE ( النسخة عبر الإنترنت ).
- تُنفذ حزمة TSne في لغة جوليا خوارزمية t-SNE
مراجع
- ↑ هينتون، جيفري؛ رويس، سام (يناير 2002). تضمين الجوار العشوائي (ملف PDF) . أنظمة معالجة المعلومات العصبية .
- 1 2 3 فان دير ماتن، إل جيه بي؛ هينتون، جي إي (نوفمبر 2008). "تصور البيانات باستخدام t-SNE" (ملف PDF) . مجلة أبحاث تعلم الآلة . 9 : 2579-2605 .
- ↑ غاشي، إي.؛ ستانكوفيتش، في.؛ ليتا، سي.؛ ثونارد، أو. (2009). "دراسة تجريبية للتنوع باستخدام محركات مكافحة الفيروسات الجاهزة". وقائع ندوة IEEE الدولية حول الحوسبة الشبكية وتطبيقاتها : 4-11 .
- ↑ هاميل، ب.؛ إيك، د. (2010). "تعلم الميزات من الصوت الموسيقي باستخدام شبكات الاعتقاد العميق". وقائع مؤتمر الجمعية الدولية لاسترجاع المعلومات الموسيقية : 339-344 .
- ↑ جاميسون، أ. ر.؛ جيجر، م. ل.؛ دروكر، ك.؛ لوي، هـ.؛ يوان، ي.؛ بهوشان، ن. (2010). "استكشاف تقليل أبعاد فضاء الميزات غير الخطي وتمثيل البيانات في التشخيص بمساعدة الحاسوب للثدي باستخدام خرائط لابلاس الذاتية و t-SNE" . الفيزياء الطبية . 37 (1): 339-351 . doi : 10.1118/1.3267037 . PMC 2807447. PMID 20175497 .
- ↑ والاش، آي.؛ ليليان، ر. (2009). "قاعدة بيانات البروتين-الجزيء الصغير: مورد هيكلي غير متكرر لتحليل ارتباط البروتين بالرابط" . المعلوماتية الحيوية . 25 (5): 615-620 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp035 . PMID 19153135 .
- ↑ بالامورالي، مهالا؛ سيلفرسايدز، كاثرين ل.؛ ملكوميان، أرمان (2019-04-01). "مقارنة بين t-SNE وSOM وSPADE لتحديد نطاقات أنواع المواد في البيانات الجيولوجية" . الحوسبة وعلوم الأرض . 125 : 78-89 . Bibcode : 2019CG....125...78B . doi : 10.1016/j.cageo.2019.01.011 . ISSN 0098-3004 . S2CID 67926902 .
- ↑ بالامورالي، مهالا؛ ملكوميان، أرمان (2016). "التصور والتجميع القائم على خوارزمية t-SNE للمجال الجيولوجي" . في: هيروسي، أكيرا؛ أوزاوا، سيئيتشي؛ دويا، كينجي؛ إيكيدا، كازوشي؛ لي، مينهو؛ ليو، ديرونغ (محررون). معالجة المعلومات العصبية . سلسلة محاضرات في علوم الحاسوب. المجلد 9950. تشام: دار نشر سبرينغر الدولية. الصفحات 565-572 . doi : 10.1007/978-3-319-46681-1_67 . ISBN 978-3-319-46681-1.
- ↑ ليونغ، ريموند؛ بالامورالي، مهالا؛ ملكوميان، أرمان (2021-01-01). "استراتيجيات اقتطاع العينة لإزالة القيم الشاذة في البيانات الجيوكيميائية: نهج المسافة القوية MCD مقابل التجميع العنقودي t-SNE" . العلوم الجيولوجية الرياضية . 53 (1): 105-130 . Bibcode : 2021MatGe..53..105L . doi : 10.1007/s11004-019-09839-z . ISSN 1874-8953 . S2CID 208329378 .
- ↑ بيرجاندتالاب، ج.؛ بويان، م.ب.؛ نوراني، م. (2016-02-01). "تقليل الأبعاد غير الخطي للكشف عن نوبات الصرع باستخدام تخطيط كهربية الدماغ". المؤتمر الدولي لعام 2016 التابع لمعهد مهندسي الكهرباء والإلكترونيات وجمعية الهندسة الطبية والبيولوجية حول المعلوماتية الطبية الحيوية والصحية (BHI) . الصفحات 595-598 . doi : 10.1109/BHI.2016.7455968 . ISBN 978-1-5090-2455-1. S2CID 8074617 .
- ↑ بيزوتي، نيكولا (2015). "تقريب tSNE وقابل للتوجيه من قبل المستخدم للتحليلات المرئية التدريجية". arXiv : 1512.01655 [ cs.CV ].
- ↑ شوبرت، إريك؛ غيرتز، مايكل (4 أكتوبر 2017). تضمين الجوار العشوائي الداخلي من النوع t للتصور والكشف عن القيم الشاذة . SISAP 2017 - المؤتمر الدولي العاشر حول البحث عن التشابه وتطبيقاته. الصفحات 188-203 . doi : 10.1007/978-3-319-68474-1_13 .
- ↑ "تجميع البيانات باستخدام خوارزمية K-means على مخرجات خوارزمية t-SNE" . تم التحقق من صحة النتائج عبر التحقق المتبادل . تم الاطلاع عليه بتاريخ 16 أبريل 2018 .
- ↑ واتنبرغ، مارتن؛ فييغاس، فرناندو؛ جونسون، إيان (13 أكتوبر 2016). "كيفية استخدام t-SNE بفعالية" . ديستيل . 1 (10): e2. doi : 10.23915/distill.00002 . ISSN 2476-0757 .
- ^ بيزوتي، نيكولا. ليليفيلدت، بودوين PF؛ ماتن، لورينس فان دير؛ هولت، توماس. آيزمان، إلمار؛ فيلانوفا ، آنا (2017/07/01). “tSNE التقريبي والقابل للتوجيه من قبل المستخدم للتحليلات المرئية التقدمية”. معاملات IEEE على التصور ورسومات الكمبيوتر . 23 (7): 1739–1752 . أرخايف : 1512.01655 . بيب كود : 2017ITVCG..23.1739P . دوى : 10.1109/tvcg.2016.2570755 . ردمك 1077-2626 . بميد 28113434 . S2CID 353336 .
- ↑ واتنبرغ، مارتن؛ فييغاس، فرناندو؛ جونسون، إيان (13 أكتوبر 2016). "كيفية استخدام t-SNE بفعالية" . ديستيل . 1 (10). doi : 10.23915/distill.00002 . تاريخ الاسترجاع: 4 ديسمبر 2017 .
- ↑ ليندرمان، جورج سي؛ شتاينربرغر، ستيفان (2017-06-08). "التجميع باستخدام t-SNE، بشكل قابل للإثبات". arXiv : 1706.02582 [ cs.LG ].
روابط خارجية
- واتنبرغ، مارتن؛ فييغاس، فرناندو؛ جونسون، إيان (13 أكتوبر 2016). "كيفية استخدام t-SNE بفعالية" . ديستيل . 1 (10): e2. doi : 10.23915/distill.00002 . ISSN 2476-0757 . عرض توضيحي تفاعلي ودرس تعليمي.
- تصور البيانات باستخدام t-SNE ، حديث تقني من جوجل حول t-SNE
- تطبيقات خوارزمية t-SNE بلغات برمجة مختلفة ، مجموعة روابط يديرها لورينز فان دير ماتن
- خوارزميات التعلم الآلي
- تقليل الأبعاد
