تضمين الجوار العشوائي الموزع وفقًا لتوزيع t

تمثيل مرئي باستخدام تقنية t-SNE لتضمينات الكلمات المُولَّدة باستخدام أدب القرن التاسع عشر
تضمينات t-SNE لمجموعة بيانات MNIST

تُعدّ تقنية تضمين الجوار العشوائي الموزع وفقًا لتوزيع t ( t-SNE ) أسلوبًا إحصائيًا لتصوير البيانات عالية الأبعاد، وذلك بتحديد موقع لكل نقطة بيانات على خريطة ثنائية أو ثلاثية الأبعاد. وهي تستند إلى تقنية تضمين الجوار العشوائي التي طورها جيفري هينتون وسام رويس [ 1 ] ، حيث اقترح لورينز فان دير ماتن وهينتون النسخة الموزعة وفقًا لتوزيع t [ 2 ] . وهي تقنية غير خطية لتقليل الأبعاد ، تُستخدم لتضمين البيانات عالية الأبعاد في فضاء منخفض الأبعاد ثنائي أو ثلاثي الأبعاد، بهدف تصويرها. وبالتحديد، تُنمذج هذه التقنية كل كائن عالي الأبعاد بنقطة ثنائية أو ثلاثية الأبعاد، بحيث تُنمذج الكائنات المتشابهة بنقاط قريبة، بينما تُنمذج الكائنات غير المتشابهة بنقاط بعيدة باحتمالية عالية.

تتألف خوارزمية t-SNE من مرحلتين رئيسيتين. أولاً، تُنشئ t-SNE توزيعًا احتماليًا لأزواج من الكائنات عالية الأبعاد، بحيث تُعطى الكائنات المتشابهة احتمالًا أعلى، بينما تُعطى النقاط غير المتشابهة احتمالًا أقل. ثانيًا، تُحدد t-SNE توزيعًا احتماليًا مشابهًا على النقاط في الخريطة منخفضة الأبعاد، وتُقلل من تباعد كولباك-لايبير (تباعد KL) بين التوزيعين بالنسبة لمواقع النقاط في الخريطة. في حين أن الخوارزمية الأصلية تستخدم المسافة الإقليدية بين الكائنات كأساس لمقياس التشابه، إلا أنه يمكن تغيير ذلك حسب الحاجة. ومن بين المتغيرات الريمانية خوارزمية UMAP .

استُخدمت تقنية t-SNE في التصوير المرئي في مجموعة واسعة من التطبيقات، بما في ذلك علم الجينوم ، وأبحاث أمن الحاسوب ، [ 3 ] ومعالجة اللغة الطبيعية ، وتحليل الموسيقى ، [ 4 ] وأبحاث السرطان ، [ 5 ] والمعلوماتية الحيوية ، [ 6 ] وتفسير المجال الجيولوجي، [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] ومعالجة الإشارات الطبية الحيوية. [ 10 ]

بالنسبة لمجموعة بيانات تحتوي علىن{\displaystyle n}العناصر، تعمل تقنية t-SNE فييا(ن2){\displaystyle O(n^{2})}ويتطلب ذلك وقتاًيا(ن2){\displaystyle O(n^{2})}[ 11 ]

تفاصيل

بالنظر إلى مجموعة منشمال{\displaystyle N}الأجسام متعددة الأبعادx1،...،xشمال{\displaystyle \mathbf {x} _{1},\dots ,\mathbf {x} _{N}}، تقوم خوارزمية t-SNE أولاً بحساب الاحتمالاتصأناج{\displaystyle p_{ij}}والتي تتناسب مع تشابه الأشياءxأنا{\displaystyle \mathbf {x} _{i}}وxج{\displaystyle \mathbf {x} _{j}}، كما يلي.

لأناج{\displaystyle i\neq j}، يُعرِّف

صج|أنا=خبرة(-xأنا-xج2/2σأنا2)كأناخبرة(-xأنا-xك2/2σأنا2){\displaystyle p_{j\mid i}={\frac {\exp(-\lVert \mathbf {x} _{i}-\mathbf {x} _{j}\rVert ^{2}/2\sigma _{i}^{2})}{\sum _{k\neq i}\exp(-\lVert \mathbf {x} _{i}-\mathbf {x} _{k}\rVert ^{2}/2\sigma _{i}^{2})}}}

وضبطصأنا|أنا=0{\displaystyle p_{i\mid i}=0}لاحظ أن المقام أعلاه يضمنجصج|أنا=1{\displaystyle \sum _{j}p_{j\mid i}=1}للجميعأنا{\displaystyle i}.

كما أوضح فان دير ماتن وهينتون: "تشابه نقاط البياناتxج{\displaystyle x_{j}}إلى نقطة البياناتxأنا{\displaystyle x_{i}}هي الاحتمالية الشرطية،صج|أنا{\displaystyle p_{j|i}}، الذي - التيxأنا{\displaystyle x_{i}}سيختارxج{\displaystyle x_{j}}باعتبارها جارتها إذا تم اختيار الجيران بما يتناسب مع كثافة احتمالهم في ظل توزيع غاوسي مركزه عندxأنا{\displaystyle x_{i}}." [ 2 ]

والآن حدد

صأناج=صج|أنا+صأنا|ج2شمال{\displaystyle p_{ij}={\frac {p_{j\mid i}+p_{i\mid j}}{2N}}}

هذا مدفوع بـ صأنا{\displaystyle p_{i}}و صج{\displaystyle p_{j}} يتم تقدير الاحتمال الشرطي من العينات N على أنه 1/N، لذا يمكن كتابة الاحتمال الشرطي على النحو التالي: صأنا|ج=شمالصأناج{\displaystyle p_{i\mid j}=Np_{ij}} و صج|أنا=شمالصجأنا{\displaystyle p_{j\mid i}=Np_{جي}}. منذصأناج=صجأنا{\displaystyle p_{ij}=p_{ji}}يمكنك الحصول على الصيغة السابقة.

لاحظ أيضًا أن صأناأنا=0{\displaystyle p_{ii}=0}وأنا،جصأناج=1{\displaystyle \sum _{i,j}p_{ij}=1}.

عرض نطاق النوى الغاوسيةσأنا{\displaystyle \sigma _{i}}يتم ضبطها بحيث تساوي إنتروبيا التوزيع الشرطي إنتروبيا محددة مسبقًا باستخدام طريقة التنصيف . ونتيجة لذلك، يتم تكييف عرض النطاق مع كثافة البيانات: قيم أصغر لـσأنا{\displaystyle \sigma _{i}}تُستخدم في الأجزاء الأكثر كثافة من فضاء البيانات. تزداد الإنتروبيا مع ازدياد تعقيد هذا التوزيع.Pأنا{\displaystyle P_{i}}تُعتبر هذه العلاقة بمثابة

Pهـرص(Pأنا)=2ح(Pأنا){\displaystyle Perp(P_{i})=2^{H(P_{i})}}

أينح(Pأنا){\displaystyle H(P_{i})}إن إنتروبيا شانونح(Pأنا)=-جصج|أناسجل2صج|أنا.{\displaystyle H(P_{i})=-\sum _{j}p_{j|i}\log _{2}p_{j|i}.}

يُعدّ التعقيد أحد المعايير المختارة يدويًا في خوارزمية t-SNE، وكما ذكر المؤلفون، "يمكن تفسير التعقيد على أنه مقياس سلس لعدد الجيران الفعال. يتميز أداء خوارزمية SNE بمتانته إلى حد كبير تجاه التغيرات في التعقيد، وتتراوح القيم النموذجية بين 5 و50". [ 2 ]

بما أن نواة غاوس تستخدم المسافة الإقليديةxأنا-xج{\displaystyle \lVert x_{i}-x_{j}\rVert }يتأثر هذا الأمر بلعنة الأبعاد ، وفي البيانات عالية الأبعاد عندما تفقد المسافات القدرة على التمييز،صأناج{\displaystyle p_{ij}}تصبح متشابهة للغاية (تتقارب تقاربًا مقاربًا إلى قيمة ثابتة). وقد اقتُرح تعديل المسافات باستخدام تحويل أُسّي، بناءً على البُعد الجوهري لكل نقطة، للتخفيف من هذه المشكلة. [ 12 ]

يهدف برنامج t-SNE إلى تعلمد{\displaystyle d}خريطة متعددة الأبعادy1،...،yشمال{\displaystyle \mathbf {y} _{1},\dots ,\mathbf {y} _{N}}(معyأناRد{\displaystyle \mathbf {y} _{i}\in \mathbb {R} ^{d}}ود{\displaystyle d}يتم اختيارها عادةً كـ 2 أو 3) مما يعكس أوجه التشابه صأناج{\displaystyle p_{ij}}بأفضل شكل ممكن. ولتحقيق هذه الغاية، يقيس أوجه التشابهqأناج{\displaystyle q_{ij}}بين نقطتين على الخريطةyأنا{\displaystyle \mathbf {y} _{i}}وyج{\displaystyle \mathbf {y} _{j}}باستخدام نهج مشابه للغاية. على وجه التحديد، بالنسبة لـأناج{\displaystyle i\neq j}، يُعرِّفqأناج{\displaystyle q_{ij}}مثل

qأناج=(1+yأنا-yج2)-1كلك(1+yك-yل2)-1{\displaystyle q_{ij}={\frac {(1+\lVert \mathbf {y} _{i}-\mathbf {y} _{j}\rVert ^{2})^{-1}}{\sum _{k}\sum _{l\neq k}(1+\lVert \mathbf {y} _{k}-\mathbf {y} _{ل}\rفيرت ^{2})^{-1}}}}

وضبطqأناأنا=0{\displaystyle q_{ii}=0}. هنا يتم استخدام توزيع Student t ذو الذيل الثقيل (مع درجة حرية واحدة، وهو نفس توزيع Cauchy ) لقياس أوجه التشابه بين النقاط منخفضة الأبعاد من أجل السماح بنمذجة الكائنات غير المتشابهة على مسافة بعيدة في الخريطة.

مواقع النقاطyأنا{\displaystyle \mathbf {y} _{i}}يتم تحديد القيم في الخريطة عن طريق تقليل تباعد كولباك-لايبير (غير المتماثل) للتوزيعP{\displaystyle P}من التوزيعسؤال{\displaystyle Q}، إنه:

كل(Pسؤال)=أناجصأناجسجلصأناجqأناج{\displaystyle \mathrm {KL} \left(P\parallel Q\right)=\sum _{i\neq j}p_{ij}\log {\frac {p_{ij}}{q_{ij}}}}

تقليل تباعد كولباك-لايبير بالنسبة للنقاطyأنا{\displaystyle \mathbf {y} _{i}}يتم ذلك باستخدام خوارزمية التدرج الهبوطي . وتكون نتيجة هذا التحسين خريطة تعكس أوجه التشابه بين المدخلات عالية الأبعاد.

الناتج

على الرغم من أن مخططات t-SNE غالبًا ما تُظهر تجمعات ، إلا أن هذه التجمعات المرئية تتأثر بشدة بالمعلمات المختارة (وخاصةً معامل التعقيد)، لذا فإن فهمًا جيدًا لمعلمات t-SNE ضروري. وقد تبين أن هذه "التجمعات" تظهر حتى في البيانات المنظمة التي لا تُظهر تجمعات واضحة، [ 13 ] وبالتالي قد تكون نتائج خاطئة. وبالمثل، فإن حجم التجمعات التي ينتجها t-SNE ليس مؤشرًا دقيقًا، وكذلك المسافة بين التجمعات. [ 14 ] لذلك، قد يكون من الضروري إجراء استكشاف تفاعلي لاختيار المعلمات والتحقق من صحة النتائج. [ 15 ] [ 16 ] وقد ثبت أن t-SNE غالبًا ما يستطيع استعادة تجمعات منفصلة جيدًا، ومع اختيار معلمات محددة، يُقارب شكلًا بسيطًا من التجميع الطيفي . [ 17 ]

برمجة

مراجع

  1. هينتون، جيفري؛ رويس، سام (يناير 2002). تضمين الجوار العشوائي (ملف PDF) . أنظمة معالجة المعلومات العصبية .
  2. 1 2 3 فان دير ماتن، إل جيه بي؛ هينتون، جي إي (نوفمبر 2008). "تصور البيانات باستخدام t-SNE" (ملف PDF) . مجلة أبحاث تعلم الآلة . 9 : 2579-2605 .
  3. غاشي، إي.؛ ستانكوفيتش، في.؛ ليتا، سي.؛ ثونارد، أو. (2009). "دراسة تجريبية للتنوع باستخدام محركات مكافحة الفيروسات الجاهزة". وقائع ندوة IEEE الدولية حول الحوسبة الشبكية وتطبيقاتها : 4-11 .
  4. هاميل، ب.؛ إيك، د. (2010). "تعلم الميزات من الصوت الموسيقي باستخدام شبكات الاعتقاد العميق". وقائع مؤتمر الجمعية الدولية لاسترجاع المعلومات الموسيقية : 339-344 .
  5. جاميسون، أ. ر.؛ جيجر، م. ل.؛ دروكر، ك.؛ لوي، هـ.؛ يوان، ي.؛ بهوشان، ن. (2010). "استكشاف تقليل أبعاد فضاء الميزات غير الخطي وتمثيل البيانات في التشخيص بمساعدة الحاسوب للثدي باستخدام خرائط لابلاس الذاتية و t-SNE" . الفيزياء الطبية . 37 (1): 339-351 . doi : 10.1118/1.3267037 . PMC 2807447. PMID 20175497 .  
  6. والاش، آي.؛ ليليان، ر. (2009). "قاعدة بيانات البروتين-الجزيء الصغير: مورد هيكلي غير متكرر لتحليل ارتباط البروتين بالرابط" . المعلوماتية الحيوية . 25 (5): 615-620 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp035 . PMID 19153135 . 
  7. بالامورالي، مهالا؛ سيلفرسايدز، كاثرين ل.؛ ملكوميان، أرمان (2019-04-01). "مقارنة بين t-SNE وSOM وSPADE لتحديد نطاقات أنواع المواد في البيانات الجيولوجية" . الحوسبة وعلوم الأرض . 125 : 78-89 . Bibcode : 2019CG....125...78B . doi : 10.1016/j.cageo.2019.01.011 . ISSN 0098-3004 . S2CID 67926902 .  
  8. بالامورالي، مهالا؛ ملكوميان، أرمان (2016). "التصور والتجميع القائم على خوارزمية t-SNE للمجال الجيولوجي" . في: هيروسي، أكيرا؛ أوزاوا، سيئيتشي؛ دويا، كينجي؛ إيكيدا، كازوشي؛ لي، مينهو؛ ليو، ديرونغ (محررون). معالجة المعلومات العصبية . سلسلة محاضرات في علوم الحاسوب. المجلد 9950. تشام: دار نشر سبرينغر الدولية. الصفحات 565-572 . doi : 10.1007/978-3-319-46681-1_67 . ISBN   978-3-319-46681-1.
  9. ليونغ، ريموند؛ بالامورالي، مهالا؛ ملكوميان، أرمان (2021-01-01). "استراتيجيات اقتطاع العينة لإزالة القيم الشاذة في البيانات الجيوكيميائية: نهج المسافة القوية MCD مقابل التجميع العنقودي t-SNE" . العلوم الجيولوجية الرياضية . 53 (1): 105-130 . Bibcode : 2021MatGe..53..105L . doi : 10.1007/s11004-019-09839-z . ISSN 1874-8953 . S2CID 208329378 .  
  10. بيرجاندتالاب، ج.؛ بويان، م.ب.؛ نوراني، م. (2016-02-01). "تقليل الأبعاد غير الخطي للكشف عن نوبات الصرع باستخدام تخطيط كهربية الدماغ". المؤتمر الدولي لعام 2016 التابع لمعهد مهندسي الكهرباء والإلكترونيات وجمعية الهندسة الطبية والبيولوجية حول المعلوماتية الطبية الحيوية والصحية (BHI) . الصفحات 595-598 . doi : 10.1109/BHI.2016.7455968 . ISBN  978-1-5090-2455-1. S2CID 8074617 . 
  11. بيزوتي، نيكولا (2015). "تقريب tSNE وقابل للتوجيه من قبل المستخدم للتحليلات المرئية التدريجية". arXiv : 1512.01655 [ cs.CV ].
  12. شوبرت، إريك؛ غيرتز، مايكل (4 أكتوبر 2017). تضمين الجوار العشوائي الداخلي من النوع t للتصور والكشف عن القيم الشاذة . SISAP 2017 - المؤتمر الدولي العاشر حول البحث عن التشابه وتطبيقاته. الصفحات 188-203 . doi : 10.1007/978-3-319-68474-1_13 . 
  13. "تجميع البيانات باستخدام خوارزمية K-means على مخرجات خوارزمية t-SNE" . تم التحقق من صحة النتائج عبر التحقق المتبادل . تم الاطلاع عليه بتاريخ 16 أبريل 2018 .
  14. واتنبرغ، مارتن؛ فييغاس، فرناندو؛ جونسون، إيان (13 أكتوبر 2016). "كيفية استخدام t-SNE بفعالية" . ديستيل . 1 (10): e2. doi : 10.23915/distill.00002 . ISSN 2476-0757 . 
  15. ^ بيزوتي، نيكولا. ليليفيلدت، بودوين PF؛ ماتن، لورينس فان دير؛ هولت، توماس. آيزمان، إلمار؛ فيلانوفا ، آنا (2017/07/01). “tSNE التقريبي والقابل للتوجيه من قبل المستخدم للتحليلات المرئية التقدمية”. معاملات IEEE على التصور ورسومات الكمبيوتر . 23 (7): 1739–1752 . أرخايف : 1512.01655 . بيب كود : 2017ITVCG..23.1739P . دوى : 10.1109/tvcg.2016.2570755 . ردمك 1077-2626 . بميد 28113434 . S2CID 353336 .   
  16. واتنبرغ، مارتن؛ فييغاس، فرناندو؛ جونسون، إيان (13 أكتوبر 2016). "كيفية استخدام t-SNE بفعالية" . ديستيل . 1 (10). doi : 10.23915/distill.00002 . تاريخ الاسترجاع: 4 ديسمبر 2017 .
  17. ليندرمان، جورج سي؛ شتاينربرغر، ستيفان (2017-06-08). "التجميع باستخدام t-SNE، بشكل قابل للإثبات". arXiv : 1706.02582 [ cs.LG ].