أسيدوباكتيريا

الأسيدوباكتيريوتا هي شعبة من البكتيريا سالبة الغرام . تتميز أعضاؤها بتنوعها الفيزيولوجي وانتشارها الواسع، خاصة في التربة، ولكنها ممثلة تمثيلاً ناقصاً في المزارع البكتيرية. ^{[ 4 ] [ 5 ] [ 6 ]}

تتميز أفراد هذه الشعبة بتنوعها الفيزيولوجي، ويمكن العثور عليها في بيئات متنوعة تشمل التربة، والخشب المتحلل، ^{[ 7 ]} والينابيع الساخنة ، والمحيطات، والكهوف، والتربة الملوثة بالمعادن. ^{[ 8 ]} وتتواجد أفراد هذه الشعبة بكثرة في بيئات التربة، حيث تمثل ما يصل إلى 52% من إجمالي المجتمع البكتيري. ^{[ 9 ]} وقد لوحظ أن العوامل البيئية، مثل درجة الحموضة والمغذيات، تؤثر على ديناميكيات بكتيريا الحمضيات. ^{[ 10 ] [ 11 ] [ 12 ]} والعديد من بكتيريا الحمضيات محبة للأحماض ، بما في ذلك أول فرد تم وصفه من هذه الشعبة، وهو بكتيريا الحمضيات الكبسولية . ^{[ 13 ]}

لا يزال الكثير مجهولاً عن البكتيريا الحمضية، سواءً من حيث شكلها أو وظيفتها. ولذا، يُعدّ هذا المجال من علم الأحياء الدقيقة مجالاً متنامياً. يُعزى جزء من هذا الغموض إلى صعوبة زراعة هذه البكتيريا في المختبر. وقد تحقق نجاحٌ حديثٌ في تكاثرها باستخدام تراكيز منخفضة من المغذيات مع كميات كبيرة من ثاني أكسيد الكربون _، [ ^{10 ] إلا} أن التقدم لا يزال بطيئاً. ولم تُتيح هذه الأساليب الجديدة سوى توثيق أنواع ما يقارب 30% من التقسيمات الفرعية. ^{[ 10 ]}

بالإضافة إلى ذلك، فإن العديد من العينات التي تم تسلسلها لا تحمل أسماءً تصنيفية لأنها لم تُوصَف بشكل كامل بعد. يُعد هذا المجال من الدراسة موضوعًا حديثًا للغاية، ومن المتوقع أن ينمو الفهم العلمي ويتطور مع ظهور معلومات جديدة.

من الأنواع البارزة الأخرى: Holophaga foetida ^{[ 14 ]} ، وGeothrix fermentans ^{[ 15 ]} ، و Acanthopleuribacter pedis ^{[ 16 ]} ، و Bryobacter aggregatus ^{[ 17 ]} . ونظرًا لاكتشافها حديثًا، وعدم استزراع معظمها، فإن بيئة هذه البكتيريا وعملياتها الأيضية غير مفهومة تمامًا ^{[ 5 ]} . مع ذلك، قد تُسهم هذه البكتيريا إسهامًا هامًا في النظم البيئية ، نظرًا لوفرتها الكبيرة في التربة ^{[ 18 ]} . وقد وُجد أن أفراد المجموعات الفرعية 1 و4 و6 وفيرة بشكل خاص في التربة ^{[ 19 ] .}

إلى جانب موطنها الطبيعي في التربة، تم تحديد الفصيلة الفرعية غير المصنفة 2 من بكتيريا الحمضيات أيضًا كملوث لكواشف مجموعة استخلاص الحمض النووي، مما قد يؤدي إلى ظهورها بشكل خاطئ في مجموعات بيانات الميكروبات أو الميتاجينوم. ^{[ 20 ]}

وُجد أن أفراد المجموعة الفرعية 1 يهيمنون في ظروف الرقم الهيدروجيني المنخفض. ^{[ 21 ] [ 10 ]} بالإضافة إلى ذلك، وُجد أن بكتيريا الحمضيات الموجودة في مياه الصرف الحمضية للمناجم أكثر تكيفًا مع ظروف الرقم الهيدروجيني الحمضية (2-3) مقارنةً ببكتيريا الحمضيات الموجودة في التربة، ^{[ 22 ]} ربما بسبب تخصص الخلايا واستقرار الإنزيمات. ^{[ 10 ]}

يتسم محتوى G+C في جينومات البكتيريا الحمضية بالاتساق ضمن أقسامها الفرعية - أعلى من 60% لقطع المجموعة الخامسة وأقل بنحو 10% لقطع المجموعة الثالثة. ^{[ 5 ]}

تُعتبر غالبية بكتيريا الحمضيات هوائية . ^{[ 23 ] [ 24 ]} وهناك بعض بكتيريا الحمضيات التي تُعتبر لاهوائية ضمن التقسيم الفرعي 8 ^{[ 15 ]} والتقسيم الفرعي 23. ^{[ 25 ]} وقد وُجد أن بعض سلالات بكتيريا الحمضيات المُستخلصة من التربة لديها القدرة الجينية على تنفس الأكسجين بتراكيز جوية ودون جوية. ^{[ 24 ]}

تُعتبر بكتيريا شعبة أسيدوباكتيريوتا من البكتيريا قليلة التغذية نظرًا لتواجدها بكثرة في البيئات منخفضة الكربون العضوي. ^{[ 10 ]} ومع ذلك، قد يشير التباين في هذه الشعبة إلى أنها قد لا تتبع نفس الاستراتيجية البيئية. ^{[ 10 ]}

تم اكتشاف أول نوع من هذه الشعبة، وهو Acidobacterium capsulatum ، في عام 1991. ^{[ 26 ]} ومع ذلك، لم يتم التعرف على Acidobacteriota كفرع حيوي متميز حتى عام 1997، ^{[ 13 ]} ولم يتم التعرف عليها كشعبة حتى عام 2012. ^{[ 2 ]} تم تسلسل أول جينوم في عام 2006. ^{[ 27 ]}

في محاولة لتصنيف البكتيريا الحمضية بشكل أدق، تم تحديد تسلسل مناطق جين 16S rRNA من سلالات عديدة مختلفة. أدت هذه التسلسلات إلى تكوين تقسيمات فرعية داخل الشعبة. يوجد اليوم 26 تقسيمًا فرعيًا معتمدًا معترفًا به في مشروع قاعدة بيانات الريبوسومات. ^{[ 10 ]}

ينشأ جزء كبير من هذا التنوع من تجمعات البكتيريا الحمضية الموجودة في التربة الملوثة باليورانيوم. ولذلك، تتركز معظم الأنواع المعروفة في هذه الشعبة في عدد قليل من التقسيمات الفرعية، وأكبرها التقسيم الفرعي رقم 1. معظم هذه الكائنات الدقيقة هوائية، وجميعها غيرية التغذية. يحتوي التقسيم الفرعي 1 على 11 جنسًا من الأجناس المعروفة، بالإضافة إلى غالبية الأنواع التي أمكن زراعتها حتى الآن. ^{[ 10 ]}

يضمّ الجنس الواحد، البالغ عدده 22 جنسًا، 40 نوعًا مؤكدًا. وتنقسم هذه الأجناس إلى الأقسام الفرعية 3 و4 و8 و10 و23 و1. ونظرًا لأنّ بكتيريا الحمضيات (Acidobateria) تُعدّ مجالًا ناميًا في علم الأحياء الدقيقة، فمن المفترض أن تتغير هذه الأرقام بشكل كبير مع إجراء المزيد من الدراسات. ^{[ 10 ]}

يعتمد التصنيف المقبول حاليًا على قائمة أسماء بدائيات النوى ذات المكانة في التسمية ^{[ 2 ]} والمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI). ^{[ 32 ]}

• قائمة رتب البكتيريا
• قائمة أجناس البكتيريا

• صفحة جينوم بكتيريا أسيدوباكتيريا Ellin345
• مشاريع جينوم بكتيريا الحمضيات (من قاعدة بيانات الجينومات على الإنترنت )
• مقال ساينس ديلي
• مقالة في مجلة ساينتفك أمريكان
• acidoseq، حزمة بايثون لدراسة البكتيريا الحمضية