ديفيد ج. ليبمان

ديفيد ج. ليبمان عالم أحياء أمريكي، شغل منصب مدير المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI) التابع للمعاهد الوطنية للصحة من عام 1989 [ 1 ] إلى عام 2017. [ 4 ] [ 5 ] يُعدّ المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI) موطنًا لـ GenBank ، [ 6 ] وهو الفرع الأمريكي لاتحاد قواعد بيانات التسلسل الدولية ، بالإضافة إلى PubMed ، أحد أكثر المواقع استخدامًا في العالم للبحث عن المعلومات الطبية الحيوية واسترجاعها. ليبمان هو أحد المؤلفين الأصليين لبرنامج BLAST لمحاذاة التسلسلات، وشخصية مرموقة في مجال المعلوماتية الحيوية . [ 7 ] [ 8 ] في عام 2017، غادر المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI) وانضم إلى شركة Impossible Foods كرئيس تنفيذي للعلوم . [ 9 ]

تعليم

حصل ليبمان على شهادته الجامعية من جامعة براون وعلى شهادة الطب في عام 1980 من جامعة بافالو، جامعة ولاية نيويورك [ 10 ].

حياة مهنية

كان ليبمان المدير المؤسس للمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية ، التابع للمكتبة الوطنية للطب في المعاهد الوطنية للصحة بالولايات المتحدة. تحت قيادته، نما المركز من أقل من اثني عشر شخصًا إلى أكثر من 500 باحث علمي، ويستضيف الآن مئات قواعد البيانات العلمية والطبية، بما في ذلك GenBank و PubMed و PubMed Central وdbGaP وdbSNP وأرشيف قراءة التسلسل (SRA) وRefSeq وPubChem وغيرها الكثير. وشمل برنامج البحث الداخلي في المركز مجموعات بقيادة ستيفن ألتشول (مؤلف مشارك آخر في BLAST)، وديفيد لاندسمان، ويوجين كونين [ 11 ] (مؤلف غزير الإنتاج في علم الجينوم المقارن )، وإل. أرافيند.

يشتهر ليبمان بعمله الرائد في سلسلة من خوارزميات تشابه التسلسل، بدءًا من خوارزمية ويلبر-ليبمان [ 12 ] في عام 1983، وبحث FASTA [ 13 ] [ 14 ] في عام 1985، و BLAST [ 15 ] في عام 1990، وGapped BLAST وPSI-BLAST [ 16 ] في عام 1997. أصبح BLAST في النهاية برنامج محاذاة التسلسل الأكثر استخدامًا والأكثر استشهادًا (أكثر من 160,000 استشهاد اعتبارًا من عام 2021) في هذا المجال، ويُعد خادم NCBI BLAST اليوم أحد أكثر موارده استخدامًا.

عمل ليبمان لسنوات عديدة مع دينيس أ. بنسون وآخرين في المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI) على صيانة وتحسين GenBank ، إحدى أكبر قواعد بيانات تسلسل الجينوم والبروتين في العالم. يشكل GenBank، إلى جانب الأرشيف الأوروبي للنيوكليوتيدات وبنك بيانات الحمض النووي الياباني، التعاون الدولي لقواعد بيانات تسلسل النيوكليوتيدات (INSDC)، وهي قاعدة بيانات مفتوحة بالكامل وغير مقيدة لتسلسلات الجينوم، وتُعدّ المستودع العالمي لهذه البيانات منذ عام 1990. [ 17 ] [ 18 ] [ 19 ]

كان أحد مؤسسي مشروع تسلسل جينوم الإنفلونزا ، وهو مشروع لتسلسل وإتاحة جينومات آلاف من عزلات فيروس الإنفلونزا.

كان أحد الموقعين الأصليين على بيان بيثيسدا بشأن النشر بالوصول المفتوح .

وهو أيضًا رئيس تحرير مجلة علمية إلكترونية مفتوحة الوصول وخاضعة لمراجعة الأقران تسمى Biology Direct . [ 20 ]

في مايو 2017، ترك ليبمان منصبه في المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI) لينضم إلى شركة إمبوسيبل فودز المتخصصة في اللحوم النباتية بصفة كبير المسؤولين العلميين. [ 21 ]

الجوائز والتكريمات

حصل ليبمان على جائزة جمعية مرافق الموارد الجزيئية الحيوية لمساهماته المتميزة في التقنيات الجزيئية الحيوية في عام 1996.

في عام 2000، تم انتخابه لعضوية الأكاديمية الوطنية للطب . [ 22 ]

في عام 2004، حصل على جائزة العالم الأول من الجمعية الدولية لعلم الأحياء الحاسوبي ، وانتُخب زميلًا في الجمعية الدولية لعلم الأحياء الحاسوبي في عام 2009. [ 2 ] [ 23 ]

في عام 2005، تم انتخاب الدكتور ليبمان لعضوية الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة .

في عام 2013، حصل على جائزة "بطل التغيير" من البيت الأبيض في مجال "العلوم المفتوحة". [ 24 ] [ 25 ]

في عام 2023، حصل على جائزة مؤسسة وارن ألبرت . [ 26 ]

مراجع

  1. 1 2 "معهد أبحاث ينشر بيانات جينية على الإنترنت" . صحيفة نيويورك تايمز . 26 يونيو 1997.
  2. 1 2 مجهول (2017). "زملاء الجمعية الدولية لعلم الأحياء الحاسوبي" . iscb.org . الجمعية الدولية لعلم الأحياء الحاسوبي . مؤرشف من الأصل بتاريخ 20-03-2017.
  3. "الاستنتاج من التسلسلات: ستيفن ف. ألتشول حول تحسين BLAST" . 2000. مؤرشف من الأصل في 2007-10-07.
  4. "ديفيد ج. ليبمان، دكتور في الطب، مدير المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية" . مؤرشف من الأصل بتاريخ 26-09-2013.
  5. "الوصول المفتوح الآن | حوار مع ديفيد ليبمان" . Biomedcentral.com . مؤرشف من الأصل بتاريخ 29 يونيو 2011. تم الاطلاع عليه بتاريخ 2 يوليو 2011 .
  6. بنسون، د.أ.؛ كارش-ميزراتشي، إ.؛ ليبمان، د.ج.؛ أوستيل، ج.؛ ويلر، د.ل. (2007). "جين بنك" . أبحاث الأحماض النووية . 36 (عدد قواعد البيانات): D25– D30 . doi : 10.1093/nar/gkm929 . PMC 2238942. PMID 18073190 .  
  7. "ديفيد ليبمان - جوجل سكولار" . Scholar.google.com . تم الاطلاع عليه بتاريخ 26-03-2017 .
  8. ديفيد ج. ليبمان على خادم ببليوغرافيا DBLP
  9. «المكتبة الوطنية للطب تعلن رحيل مدير المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية، الدكتور ديفيد ليبمان» . www.nlm.nih.gov . تاريخ الاطلاع: 5 مايو 2017 .
  10. "سيرة ديفيد ج. ليبمان، دكتور في الطب" . nih.gov . مؤرشف من الأصل بتاريخ 11 فبراير 2017. تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 فبراير 2017 .
  11. تاتوسوف، آر إل؛ كونين، إي في؛ ليبمان، دي جيه (1997). "منظور جينومي حول عائلات البروتينات" . مجلة ساينس . 278 (5338): 631-637 . Bibcode : 1997Sci...278..631T . doi : 10.1126/science.278.5338.631 . PMID 9381173 . 
  12. ويلبر، دبليو جيه؛ ليبمان، دي جيه (1983). "عمليات بحث سريعة عن التشابه في قواعد بيانات الأحماض النووية والبروتينات" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 80 (3): 726-730 . Bibcode : 1983PNAS...80..726W . doi : 10.1073/pnas.80.3.726 . PMC 393452. PMID 6572363 .  
  13. ليبمان، د.؛ بيرسون، و. (1985). "عمليات بحث سريعة وحساسة عن تشابه البروتينات". مجلة ساينس . 227 (4693): 1435-1441 . Bibcode : 1985Sci...227.1435L . doi : 10.1126/science.2983426 . PMID 2983426 . 
  14. بيرسون، دبليو آر؛ ليبمان، دي جيه (1988). "أدوات محسّنة لمقارنة التسلسلات البيولوجية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 85 (8): 2444-2448 . Bibcode : 1988PNAS...85.2444P . doi : 10.1073 / pnas.85.8.2444 . PMC 280013. PMID 3162770 .  
  15. ألتشول، ستيفن ؛ غيش، وارن ؛ ميلر، ويب ؛ مايرز، يوجين ؛ ليبمان، ديفيد (1990). " أداة بحث أساسية للمحاذاة المحلية" . مجلة البيولوجيا الجزيئية . 215 (3): 403-410 . doi : 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 . PMID 2231712. S2CID 14441902 .  
  16. ألتشول، س .؛ مادن، ت. ل.؛ شافر، أ. أ.؛ تشانغ، ج.؛ تشانغ، ز.؛ ميلر، و.؛ ليبمان ، د. ج. (1997). "برنامجا Gapped BLAST وPSI-BLAST: جيل جديد من برامج البحث في قواعد بيانات البروتينات" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 25 (17): 3389-3402 . doi : 10.1093/nar/25.17.3389 . PMC 146917. PMID 9254694 .  
  17. بنسون، د.أ.؛ كافانو، م.؛ كلارك، ك.؛ كارش-ميزراتشي، إ.؛ ليبمان، د.ج.؛ أوستيل، ج.؛ سايرز، إ.و. (2012). "جين بنك" . أبحاث الأحماض النووية . 41 (عدد قواعد البيانات): D36– D42 . doi : 10.1093/nar/gks1195 . PMC 3531190. PMID 23193287 .  
  18. بنسون، د.أ.؛ كارش-ميزراتشي، إ.؛ كلارك، ك.؛ ليبمان، د.ج.؛ أوستيل، ج.؛ سايرز، إ.و. (2011). "جين بنك" . أبحاث الأحماض النووية . 40 (عدد قواعد البيانات): D48– D53 . doi : 10.1093/nar/gkr1202 . PMC 3245039. PMID 22144687 .  
  19. بنسون، د.أ.؛ كارش-ميزراتشي، إ.؛ ليبمان، د.ج.؛ أوستيل، ج.؛ سايرز، إ.و. (2010). "جين بنك" . أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D32– D37 . doi : 10.1093/nar/gkq1079 . PMC 3013681. PMID 21071399 .  
  20. "Biology Direct | هيئة التحرير" . مؤرشف من الأصل بتاريخ 30-09-2011 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 28-10-2011 .
  21. «المكتبة الوطنية للطب تعلن رحيل مدير المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية، الدكتور ديفيد ليبمان» . www.nlm.nih.gov . تاريخ الاطلاع: 4 مايو 2017 .
  22. "معهد الطب ينتخب أعضاء جدد" .
  23. "الجمعية الدولية لعلم الأحياء الجزيئي (ISCB) تُعلن عن فوز الدكتور ديفيد ليبمان بجائزة الإنجاز العلمي لكبار العلماء لعام 2004. نشرة الجمعية الدولية لعلم الأحياء الجزيئي (ISCB) 7-3" . Iscb.org . تاريخ الاطلاع: 2 يوليو 2011 .
  24. "العلوم المفتوحة | البيت الأبيض" . whitehouse.gov . مؤرشف من الأصل بتاريخ 21 يناير 2017. تم الاطلاع عليه بتاريخ 2 أبريل 2016 عبر الأرشيف الوطني .
  25. «الدكتور ديفيد ليبمان يتسلم جائزة البيت الأبيض «للعلم المفتوح» لأبطال التغيير نيابةً عن المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية» . Ncbi.nlm.nih.gov . مؤرشف من الأصل في 5 يوليو 2013. تم الاطلاع عليه في 2 أبريل 2016 .
  26. جائزة مؤسسة وارن ألبرت 2023