باحث جيني

Genevestigator هو تطبيق يتألف من قاعدة بيانات للتعبير الجيني وأدوات لتحليل البيانات. يتوفر بنسختين، إحداهما طبية حيوية والأخرى نباتية، وذلك بحسب نوع الكائن الحي المستخدم في تحليل المصفوفات الدقيقة وتسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNAseq) وبيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية . بدأ تطويره في يناير 2004 على يد علماء من المعهد الفدرالي السويسري للتكنولوجيا في زيورخ (ETH Zurich) ، وتتولى شركة Nebion AG حاليًا تطويره وتسويقه.

يستخدمه الباحثون والعلماء من الأوساط الأكاديمية والصناعية لتحديد وتوصيف والتحقق من صحة أهداف الأدوية الجديدة والمؤشرات الحيوية، وتحديد نماذج البحث المناسبة، وبشكل عام لفهم كيفية تغير التعبير الجيني مع العلاجات المختلفة.

تضم قاعدة بيانات Genevestigator بيانات النسخ الجيني من العديد من المستودعات العامة، بما في ذلك GEO وArray Express ومشاريع أبحاث السرطان المرموقة مثل TCGA . وبحسب اتفاقية الترخيص، قد تحتوي أيضًا على بيانات من دراسات خاصة للتعبير الجيني. تخضع جميع البيانات لعملية تدقيق يدوي ومراقبة جودة صارمة، وتُثرى بأوصاف العينات والتجارب المستمدة من المنشورات العلمية ذات الصلة.

يتزايد باستمرار عدد الأنواع التي تُستخلص منها العينات. حاليًا، تحتوي النسخة الطبية الحيوية على بيانات من الإنسان والفأر والجرذ المستخدمة في البحوث الطبية الحيوية. وتُجرى دراسات التعبير الجيني في مجالات بحثية متنوعة تشمل علم الأورام ، وعلم المناعة، وعلم الأعصاب، والأمراض الجلدية، وأمراض القلب والأوعية الدموية. وتشمل العينات خزعات الأنسجة وخطوط الخلايا.

كانت النسخة النباتية (غير المتوفرة حاليًا) تحتوي على أنواع نباتية نموذجية شائعة الاستخدام، مثل نبات الرشاد (Arabidopsis ) والبرسيم ( Medicago) ، بالإضافة إلى محاصيل رئيسية كالذرة والأرز والقمح وفول الصويا . بعد استحواذ شركة Immunai Inc. على شركة Nebion AG في يوليو 2021، بدأ التخلص التدريجي من بيانات النباتات، حيث ركزت شركة التكنولوجيا الحيوية جهودها على بيانات المستحضرات الصيدلانية الحيوية. اعتبارًا من عام 2023، تُحفظ بيانات النباتات على خادم منفصل للمستخدمين المتبقين الحاصلين على ترخيص النسخة النباتية من برنامج Genevestigator.

يستخدم أكثر من 60,000 عالم من الأوساط الأكاديمية والصناعية برنامج Genevestigator في أبحاثهم في مجالات البيولوجيا الجزيئية ، وعلم السموم الجيني ، واكتشاف المؤشرات الحيوية ، والتحقق من صحة الأهداف العلاجية. وقد تم الاستشهاد بالمنشور العلمي الأصلي أكثر من 3,500 مرة.

تنقسم أدوات التحليل إلى ثلاث مجموعات رئيسية:

• أدوات البحث عن الحالات: ابحث عن حالات مثل الأنسجة أو الأمراض أو العلاجات أو الخلفية الجينية التي تنظم الجينات محل الاهتمام
• أدوات البحث عن الجينات: العثور على الجينات التي يتم التعبير عنها بشكل خاص في الحالة (الحالات) محل الاهتمام
• أدوات البحث عن التشابه: ابحث عن الجينات أو الحالات التي تُظهر نمطًا مشابهًا للتعبير الجيني

• التعبير الجيني المكاني والزماني

• براساد أ، سوريش كومار س، ديسيموز س، بلولر س، لاول أ، هروز ت، غرويسيم و، و ب زيمرمان (2013) البنية التنظيمية العالمية لنسخ الأنسجة البشرية والفأرية والجرذية. بي إم سي جينوميكس 2013، 14:716.
• هروز تي، ويس إم، لوكاس سي، لاول أو، فون روهر بي، زيمرمان بي، وإس بلولر (2013). خوارزمية تخطيط التجميع غاما متعددة المستويات لتصوير الشبكات البيولوجية. التقدم في المعلوماتية الحيوية، المجلد 2013، رقم المقالة 920325، 10 صفحات، 2013. doi:10.1155/2013/920325.
• Hruz T، Wyss M، Docquier M، Pfaffl MW، Masanetz S، Borghi L، Verbrugge P، Kalaydjieva L، Bleuler S، Laule O، Descombes P، Gruissem W and P Zimmermann (2011) RefGenes: تحديد الجينات المرجعية الموثوقة والشرطية لتطبيع بيانات RT-qPCR. بي إم سي جينوميكس 2011، 12:156.
• هروز تي، لاول أو، سزابو جي، ويسندورب إف، بلولر إس، أورتل إل، ويدماير بي، غرويسيم دبليو، وزيمرمان بي (2008). Genevestigator V3: قاعدة بيانات مرجعية للتعبير الجيني لتحليل النسخ الجيني. Advances in Bioinformatics 2008، 420747
• غرينان، أ. ك. (2006). جين إنفستيغيتور: تسهيل تحليل التعبير الجيني عبر الإنترنت . علم وظائف النبات 141(4): 1164-1166
• لاول أو، هيرش-هوفمان إم، هروز تي، غرويسيم دبليو، وزيمرمان بي (2006) تحليل النسخ الجيني للفأر عبر الإنترنت باستخدام برنامج Genevestigator. مجلة BMC Bioinformatics 7:311
• زيمرمان، ب.، وهينيغ، ل.، وغرويسيم، و. (2005). تحليل التعبير الجيني واكتشاف الشبكات باستخدام برنامج Genevestigator. اتجاهات في علوم النبات 9 10، 407-409
• زيمرمان ب، هيرش-هوفمان م، هينيغ ل، وغرويسيم و. (2004) GENEVESTIGATOR: قاعدة بيانات المصفوفات الدقيقة لنبات الأرابيدوبسيس وأدوات التحليل. علم وظائف النبات 136 (1)، 2621-2632
• زيمرمان ب، شيلدكنيشت ب، غارسيا-هيرنانديز م، غرويسيم و، كريغون د، موخيرجي ج، ماي س، باركنسون ه، ري س، فاغنر يو، وهينيغ ل (2006) MIAME/Plant - إضافة قيمة لتجارب المصفوفات الدقيقة النباتية. طرق النبات 2، 1