قاعدة بيانات بومبيس

📅 آخر تحديث: ٢٤ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٤ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 1 صور
الموسوعة الحرة

قاعدة بيانات PomBase هي قاعدة بيانات للكائنات النموذجية ، توفر الوصول عبر الإنترنت إلى تسلسل جينوم خميرة الانشطار Schizosaccharomyces pombe وخصائصها المُعَلَّمة، بالإضافة إلى مجموعة واسعة من البيانات الوظيفية الخاصة بالجينات، والتي تم تنسيقها يدويًا. أُعيد تطوير موقع PomBase الإلكتروني في عام 2016 لتزويد المستخدمين بخدمة أكثر تكاملًا وكفاءة (موصوفة في [ 2 ] ).

إدارة البيانات ومراقبة الجودة

نظرة عامة على البيانات التي يوفرها موقع PomBase وطرق الوصول إليها.

يقوم فريق عمل PomBase بمراجعة يدوية لمجموعة واسعة من أنواع البيانات باستخدام كل من الأدبيات الأولية ومصادر المعلوماتية الحيوية، ويتم استخدام آليات عديدة لضمان صحة المحتوى النحوي والبيولوجي. [ 3 ]

تشمل أنواع البيانات التي يتم جمعها ما يلي:

  • تسلسل الجينوم وخصائصه (مثل الموقع الفيزيائي للجينات في الجينوم)
  • وظائف البروتينات والحمض النووي الريبي غير المشفر ، والعمليات الخلوية التي تشارك فيها، ومواقع تواجدها
  • الأنماط الظاهرية المرتبطة بالأليلات والأنماط الجينية المختلفة
  • مواقع تعديل البروتين المحددة وتوقيت حدوثها
  • نظائر جينات S. pombe في الإنسان والخميرة المتبرعمة (مجموعة بيانات منسقة يدويًا)
  • البيانات الوصفية لمجموعات البيانات المحملة في متصفح الجينوم
  • ارتباطات الأمراض عندما يكون من المعروف أن الجين البشري المماثل يسبب المرض
  • بيانات تتعلق بتوقيت التعبير عن جينات محددة
  • بيانات التكامل الوظيفي بين جين من خميرة الانشطار وجين من كائن حي آخر
  • تركيب الوحدات الفرعية للمركبات

تنظيم البيانات

يمكن عرض بيانات الجينات إما على مستوى الجين المحدد (في صفحات الجينات) أو على مستوى المصطلح المحدد (في صفحات مصطلحات علم الوجود). وهذا يتيح إمكانية القيام بما يلي:

  • استعرض جميع التعليقات التوضيحية التي تم إنشاؤها لجين معين، على سبيل المثال pat1
  • عرض جميع الجينات المصنفة بمصطلح معين، على سبيل المثال انقسام الخلايا
  • عرض جميع التعليقات التوضيحية التي تم إنشاؤها من مرجع محدد، على سبيل المثال 26776736 Chica et al. 2016

يمكن الوصول إلى مجموعات البيانات على مستوى الجينوم (بما في ذلك مجموعات بيانات البروتين، وجميع الشروحات، وقوائم الجينات المتماثلة المنسقة يدويًا، وما إلى ذلك) من صفحة مجموعات البيانات . ويمكن الوصول إلى مجموعات البيانات المناسبة للعرض في متصفح الجينوم والتي تم تحميلها عبر مثيل PomBase JBrowse .

تستخدم قاعدة بيانات PomBase العديد من الأنطولوجيات البيولوجية لالتقاط المعلومات الخاصة بالجينات، بما في ذلك:

  • علم الجينات (GO) - يُستخدم لوصف الوظائف الإنزيمية والأدوار البيولوجية والمواقع الخلوية لمنتجات الجينات
  • علم الأنماط الظاهرية لخميرة الانشطار (FYPO)، [ 4 ] يُستخدم لربط الأنماط الظاهرية بأليلات الجينات، مقارنةً بالنمط الظاهري للسلالة المرجعية
  • علم تسلسل الجينات - يستخدم لوصف خصائص الحمض النووي أو البروتين
  • تعديلات البروتين - باستخدام PSI-MOD [ 5 ]

حالة توصيف الجينات

توفر صفحة GO slim نظرة عامة على "الدور البيولوجي" لجميع جينات الخميرة الانشطارية "المعروفة" - وهي بروتينات تم توصيفها تجريبياً في الخميرة الانشطارية، أو في نوع آخر ونقلها عن طريق التماثل.

من اللافت للنظر أن ما يقرب من 20% من البروتينات في حقيقيات النوى، من الخميرة إلى الإنسان، لا تزال غير معروفة من حيث المسارات والعمليات التي تشارك فيها هذه البروتينات، [ 6 ] مما يجعلها إحدى أكبر المشكلات التي لم تُحل بعد في علم الأحياء . ولم يُكتشف بعد الدور الذي تؤديه هذه البروتينات في أي نوع من الكائنات الحية. وللمساعدة في البحث عن هذه البروتينات المجهولة، يحتفظ موقع PomBase بقائمة ببروتينات الخميرة الانشطارية غير المعروفة . وتمثل قائمة الجينات غير المدروسة ذات الأولوية مجموعة فرعية من جينات الخميرة الانشطارية غير المعروفة والمحفوظة لدى الإنسان، مما يجعلها هدفًا بحثيًا ذا أولوية عالية بشكل خاص.

التنسيق المشترك من قبل المجتمع

استكمالاً لجهود فريق صغير من أمناء قاعدة بيانات PomBase المحترفين، يُساهم باحثو الخميرة الانشطارية بتعليقات مباشرة إلى PomBase عبر نظام تنسيق مجتمعي مبتكر، طُوِّرت له أداة تنسيق إلكترونية تُدعى Canto [ 7 ] . ويخضع هذا التنسيق المجتمعي لمراجعة فريق عمل PomBase، مما يُسفر عن تعليقات دقيقة للغاية ومُنسقة بشكل فعّال [ 8 ] .

يحتفظ موقع PomBase بصفحة إحصائيات التعليقات التوضيحية .

تحديثات قاعدة المعرفة

الوثائق

يوفر موقع Pombase كلاً من الوثائق وقسم الأسئلة الشائعة .

تم استكشاف استخدام قاعدة بيانات PomBase كأداة بحثية في فصل "قواعد بيانات الجينوم حقيقية النواة" (الأساليب والبروتوكولات) من الكتاب. [ 9 ] وتم وصف التطورات والتحديثات في أوراق بحثية صادرة عن مجلة NAR Database Issue. [ 10 ] [ 11 ] [ 2 ] للحصول على نظرة عامة مفصلة حول استخدام فطر S. pombe ككائن نموذجي، يُرجى مراجعة دليل علم الوراثة التمهيدي. [ 12 ]

مراجع

  1. ↑ كارمي، باسكال؛ روثرفورد، كيم م.؛ باهلر، يورغ؛ ماتا، خوان؛ وود، فاليري (2026). " قاعدة بيانات PomBase في عام 2026: توسيع المعرفة، ونمذجة الروابط" . علم الوراثة . doi : 10.1093/genetics/iyag001 . PMC 13050190. PMID 41518600 .  
  2. لوك ، أ.؛ رذرفورد، ك.؛ هاريس، م.أ.؛ هايلز، ج.؛ أوليفر، س.ج.؛ باهلر، ج.؛ وود، ف. (13 أكتوبر 2018). " PomBase 2018: إعادة تصميم قاعدة بيانات الخميرة الانشطارية بطريقة سهلة الاستخدام توفر وصولاً سريعًا وبديهيًا إلى معلومات متنوعة ومترابطة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 47 (D1): D821– D827 . doi : 10.1093/nar/gky961 . PMC 6324063. PMID 30321395 .  
  3. ↑ وود، ف؛ كاربون، س؛ هاريس، م.أ؛ لوك، أ؛ إنجل، س.ر؛ هيل، د.ب؛ فان أوكن، ك؛ أتريل، هـ؛ فويرمان، م؛ غوديت، ب؛ لوفيرينغ، ر.س؛ بو، س؛ رذرفورد، ك.م؛ مونغال، س.ج (سبتمبر 2020). "مصفوفة المصطلحات: نظام جديد لمراقبة جودة ترميز علم الجينات قائم على أنماط الترميز المشترك لمصطلحات علم الجينات" . علم الأحياء المفتوح . 10 (9) 200149. doi : 10.1098/rsob.200149 . PMC 7536087. PMID 32875947 .  
  4. ↑ هاريس إم إيه، لوك إيه، باهلر جيه، أوليفر إس جي، وود في (يوليو 2013). "FYPO: علم وجود النمط الظاهري لخميرة الانشطار" . المعلوماتية الحيوية . 29 (13): 1671-1678 . doi : 10.1093/bioinformatics/btt266 . PMC 3694669. PMID 23658422 .  
  5. ↑ مونتيكي-بالاتزي، ل؛ بيفيس، ر؛ بينز، ب.أ؛ تشالكلي، ر.ج؛ كوتريل، ج؛ كريسي، د؛ شوفستال، ج؛ سيمور، س.ل؛ غارافيلي، ج.س (أغسطس 2008). "معيار مجتمع PSI-MOD لتمثيل بيانات تعديل البروتين". مجلة Nature Biotechnology . 26 (8): 864-866 . doi : 10.1038/nbt0808-864 . PMID 18688235. S2CID 205270043 .  
  6. ↑ وود، ف؛ لوك، أ؛ هاريس، م.أ؛ رذرفورد، ك؛ باهلر، ج؛ أوليفر، س.ج (28 فبراير 2019). " مخفي في وضح النهار: ما الذي لا يزال يتعين اكتشافه في بروتيوم حقيقيات النوى؟" . علم الأحياء المفتوح . 9 (2) 180241. doi : 10.1098/rsob.180241 . PMC 6395881. PMID 30938578 .  
  7. ↑ روثرفورد ك.م، هاريس م.أ، لوك أ، أوليفر س.ج، وود ف (يونيو 2014). "كانتو: أداة إلكترونية لتنظيم الأدبيات المجتمعية" . المعلوماتية الحيوية . 30 (12): 1791-1792 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu103 . PMC 4058955. PMID 24574118 .  
  8. ↑ لوك، أ؛ هاريس، م.أ؛ رذرفورد، ك؛ هايلز، ج؛ وود، ف (1 يناير 2020). "التنسيق المجتمعي في قاعدة بيانات بومبيس: تمكين خبراء الخميرة الانشطارية من تقديم شروح تفصيلية وموحدة وقابلة للمشاركة من المنشورات البحثية" . قاعدة البيانات : مجلة قواعد البيانات البيولوجية والتنسيق . 2020. doi : 10.1093/database/baaa028 . PMC 7192550. PMID 32353878 .  
  9. ↑ لوك، أ؛ رذرفورد، ك؛ هاريس، م.أ؛ وود، ف (2018). "بومبيس: المورد العلمي لخميرة الانشطار". قواعد بيانات الجينوم حقيقية النواة . طرق في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 1757. الصفحات 49-68 . doi : 10.1007/978-1-4939-7737-6_4 . ISBN   978-1-4939-7736-9. PMC 6440643 . PMID 29761456 .  
  10. ↑ وود، ف.، هاريس، م.أ.، ماكدويل، م.د.، روثرفورد، ك.، فوغان، ب.و.، ستينز، د.م.، أسليت، م.، لوك، أ.، باهلر، ج.، كيرسي، ب.ج.، أوليفر، س.ج. (يناير 2012). "بوم بيس: مورد شامل على الإنترنت لخميرة الانشطار" . مجلة أبحاث الأحماض النووية 40 (عدد قواعد البيانات): D695–9. doi : 10.1093/nar/ gkr853 . PMC 3245111. PMID 22039153 .  
  11. ↑ ماكدويل، إم دي، هاريس، إم إيه، لوك، إيه، روثرفورد، كيه، ستينز، دي إم، باهلر، جيه، كيرسي، بي جيه، أوليفر، إس جي، وود، في (يناير 2015). "PomBase 2015: تحديثات لقاعدة بيانات الخميرة الانشطارية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية 43 (عدد قواعد البيانات): D656–61. doi : 10.1093 / nar/gku1040 . PMC 4383888. PMID 25361970 .  
  12. ↑ هوفمان سي إس، وود في، فانتس بي إيه (أكتوبر 2015). "خميرة قديمة لعلماء الوراثة الشباب: مدخل إلى نظام نموذج Schizosaccharomyces pombe " . علم الوراثة . 201 (2): 403-423 . doi : 10.1534/genetics.115.181503 . PMC 4596657. PMID 26447128 .