منطقة الحكم الذاتي لجنوب السودان (2005-2011)

تأثرت المنطقة بحربين أهليتين منذ استقلال السودان؛ إذ خاضت الحكومة السودانية حرباً ضد جيش أنيانيا المتمرد من عام 1955 إلى عام 1972 في الحرب الأهلية السودانية الأولى ، ثم ضد الحركة الشعبية لتحرير السودان في الحرب الأهلية السودانية الثانية لما يقرب من واحد وعشرين عاماً بعد تأسيس الحركة الشعبية لتحرير السودان عام 1983. وقد أسفر ذلك عن إهمال جسيم، ونقص في تطوير البنية التحتية، ودمار واسع النطاق، ونزوح جماعي. وبلغ عدد القتلى أكثر من 2.5 مليون شخص، ونزح أكثر من 5 ملايين آخرون إلى الخارج، بينما نزح آخرون داخلياً، ليصبحوا لاجئين نتيجة للحرب الأهلية وتداعياتها.

في 9 يناير/كانون الثاني 2005، وُقِّعت معاهدة سلام في نيروبي ، كينيا ، أنهت الحرب الأهلية السودانية الثانية وأعادت الحكم الذاتي للجنوب. ^{[ 3 ]} وقد احتفى جون قرنق ، زعيم جيش/حركة تحرير شعب السودان آنذاك ، بالمعاهدة، متوقعًا أن "اتفاقية السلام هذه ستغير السودان إلى الأبد". ^{[ 4 ]} ونصت المعاهدة على إجراء استفتاء على استقلال جنوب السودان في 9 يناير/كانون الثاني 2011، بعد ست سنوات من التوقيع الأصلي. كما نصت على تقسيم عائدات النفط بالتساوي بين الشمال والجنوب.

استمر تطبيق الشريعة الإسلامية في شمال السودان ذي الأغلبية المسلمة ، بينما في جنوب السودان، نُقلت سلطتها إلى المجلس المنتخب. وفي نهاية المطاف، رفض جنوب السودان تطبيق الشريعة الإسلامية . ^{[ 5 ]} وفي أواخر عام 2010، أعلن الرئيس السوداني عمر البشير أنه إذا صوت جنوب السودان لصالح الاستقلال، فسيتبنى السودان الشريعة الإسلامية بالكامل كأساس للقانون. ^{[ 6 ]}

اعترض الرئيس سلفا كير ميارديت والجيش الشعبي لتحرير السودان على نتائج التعداد السكاني السوداني لعام 2008، الذي أشار إلى أن جنوب السودان يمثل 21% من السكان. وأصر الجيش الشعبي لتحرير السودان على أن جنوب السودان يضم ما يقارب ثلث السكان، وأن عدد سكان جنوب السودان لم يُحصَ بشكل كامل. ^{[ 7 ]}

أُجري استفتاء على استقلال جنوب السودان في الفترة من 9 إلى 15 يناير 2011. وتشير النتائج الأولية التي نشرتها لجنة استفتاء جنوب السودان في 30 يناير 2011 إلى أن 98% من الناخبين اختاروا خيار "الانفصال"، بينما اختار 1% خيار "الوحدة". ^{[ 8 ]} أصبح جنوب السودان دولة مستقلة في 9 يوليو 2011، وهو التاريخ المحدد بموجب اتفاقية السلام الشامل. ^{[ 9 ]} وفي 31 يناير 2011، صرّح نائب الرئيس السوداني علي عثمان محمد طه بقبول الحكومة السودانية لنتائج الاستفتاء. ^{[ 10 ]} وفي 23 يناير 2011، صرّح أعضاء اللجنة التوجيهية المعنية بإدارة شؤون ما بعد الاستقلال للصحفيين بأنه عند الاستقلال، سيُطلق على البلاد اسم جمهورية جنوب السودان "لأسباب تتعلق بالألفة والسهولة". ومن بين الأسماء الأخرى التي تم النظر فيها: أزانيا ، وجمهورية النيل، وجمهورية كوش ، وحتى جوواما، وهو اسم مركب من جوبا ، وواو، وملكال ، وهي ثلاث مدن رئيسية. ^{[ 11 ]}

مفتاح الألوان (للأحزاب السياسية): الحركة الشعبية لتحرير السودان  

رؤساء جنوب السودان

اسم		لَوحَة	مدة الولاية		حزب سياسي
	جون غارانغ دي مابيور		9 يوليو 2005	30 يوليو 2005	حركة الحركة الشعبية لتحرير السودان
	سلفا كير مايارديت		30 يوليو 2005	9 يوليو 2011	حركة الحركة الشعبية لتحرير السودان

نواب رؤساء جنوب السودان

اسم		لَوحَة	مدة الولاية		حزب سياسي	رئيس
	سلفا كير مايارديت		9 يوليو 2005	30 يوليو 2005	حركة الحركة الشعبية لتحرير السودان		جون غارانغ دي مابيور
شاغر			30 يوليو 2005	11 أغسطس 2005			سلفا كير مايارديت
	ريك مشار		11 أغسطس 2005	9 يوليو 2011	حركة الحركة الشعبية لتحرير السودان

أبيي منطقة تقع على الحدود بين جنوب السودان وشماله، وتتنازع عليها الأطراف. كان من المقرر إجراء استفتاء في المنطقة على الانضمام إلى الجنوب أو البقاء جزءًا من الشمال بالتزامن مع استفتاء استقلال الجنوب، إلا أن هذا الاستفتاء أُجِّل. وكجزء من اتفاقية السلام الشاملة، أُنشئت إدارة منطقة أبيي في 31 أغسطس/آب 2008. ^{[ 13 ]}