دودة Caenorhabditis

Caenorhabditis هو جنس من الديدان الخيطية التي تعيش في بيئات غنية بالبكتيريا مثل أكوام السماد ، والحيوانات النافقة المتحللة، والفواكه المتعفنة. يأتي الاسم من اليونانية: caeno- ( καινός ( caenos ) = جديد، حديث)؛ rhabditis = شبيه بالعصا ( ῥάβδος ( rhabdos ) = عصا، صولجان).

يضم جنس Caenorhabditis الكائن النموذجي الشهير Caenorhabditis elegans ، بالإضافة إلى عدة أنواع أخرى تتوفر لها تسلسلات جينومية أو يجري تحديدها حاليًا. النوعان الأكثر دراسة في هذا الجنس ( C. elegans و C. briggsae ) كلاهما ثنائي الجنس (يحتويان على ذكور وخنثى )، بينما معظم الأنواع الأخرى أحادية الجنس (تحتوي على ذكور وإناث). ^{[ 2 ]}

تُعدّ C. elegans النوع النمطي للجنس. ^{[ 3 ]} في عام 1900، أطلق موباس في البداية على هذا النوع اسم Rhabditis elegans ، ثم وضعه أوش في الجنس الفرعي Caenorhabditis في عام 1952، وفي عام 1955، رفع دوغيرتي Caenorhabditis إلى رتبة جنس . ^{[ 4 ]}

تعيش ديدان Caenorhabditis في بيئات غنية بالعناصر الغذائية والبكتيريا. ولا تُشكّل تجمعات مكتفية ذاتيًا في التربة لافتقارها إلى المواد العضوية الكافية. ويمكن نقل الديدان اليافعة واليرقات الدائمة بواسطة اللافقاريات ، بما في ذلك ذوات الألف رجل والحشرات ومتساويات الأرجل والرخويات . ويبدو أن بعض الأنواع مرتبطة أيضًا بالفقاريات، بما في ذلك أبقار الزيبو ، على الرغم من أن طبيعة هذه العلاقة غير واضحة. ويمكن تصنيف هذه الأنواع إلى " متطفلة " أو "متطفلة على الجثث" بناءً على علاقتها بمضيفيها من اللافقاريات. فالدودة المتطفلة تركب على المضيف حتى تجد بيئة مناسبة، ثم تغادره. أما الدودة المتطفلة على الجثث فتنتظر موت المضيف، وتعيش على البكتيريا التي تتكاثر في الحيوان الميت. والعديد من الأنواع قادرة على اتباع نمطي الحياة المتطفل والمتطفل على الجثث. ^{[ 5 ]}

يوجد حوالي 50 نوعًا معروفًا في هذا الجنس، بعضها لم يتم وصفه وتسميته رسميًا بعد، ^{[ 6 ]} على الرغم من تسمية 15 نوعًا منها في مقال واحد عام 2014. ^{[ 7 ]} بناءً على مقارنة تسلسل ITS2 ، يمكن تجميعها على النحو التالي: ^{[ 7 ]}

• فرقة "إليجانز" الموسيقية
  • • Caenorhabditis inopinata - قبل عام 2017، كانت تُعرف باسم C. sp. 34. تم عزل نوع أحادي الجنس (ذكر-أنثى) من التين ودبابير التين. ويجري حاليًا تحديد تسلسل جينومها في جامعة ميازاكي ^{[ 8 ].}
    • Caenorhabditis sp. 35
  • مجموعة "إليغانس"
    • تم تسلسل جينوم الدودة الأسطوانية Caenorhabditis elegans عام 1998 بواسطة جامعة واشنطن في سانت لويس ومعهد ويلكوم ترست سانجر بتغطية 6x ^{[ 9 ].} وهي حاليًا أكثر الأنواع دراسةً في جنسها، وربما في شعبتها. تُعدّ C. elegans في الغالب خنثى متحوّلة جنسيًا (XX) تُخصب باستخدام حيواناتها المنوية أو حيوانات منوية لذكور XO نادرة. ^{[ 10 ]}
    • تم الانتهاء من تسلسل جينوم Caenorhabditis briggsae عام 2003 في جامعة واشنطن في سانت لويس. ^{[ 11 ]} يُعدّ C. briggsae ثاني أكثر الأنواع دراسةً في جنسه. ورغم أن C. briggsae في الغالب خنثى متبدلة الجنس (XX)، إلا أنها ليست الأقرب صلةً بـ C. elegans ، وتُعدّ استراتيجية التكاثر الخنثوية لهذه الأنواع، وكذلك C. tropicalis ، مثالًا على التطور التقاربي . وتُشابه المسافة التطورية بين C. briggsae و C. elegans تلك الموجودة بين الإنسان والفأر. ويُعدّ C. nigoni أقرب الأنواع صلةً بـ C. briggsae ، ويمكن للنوعين أحيانًا إنتاج هجائن خصبة إلى حد ما. ^{[ 12 ]}
    • تم تسلسل جينوم Caenorhabditis remanei بواسطة مركز واشنطن لتسلسل الجينوم (WashU GSC). ^{[ 13 ]} يُعدّ C. remanei ، وهو نوع أحادي الجنس (يُلزم بوجود ذكر وأنثى) ضمن مجموعة Elegans، أقرب صلةً بـ C. briggsae منه بـ C. elegans .في السابق، كان هناك بعض اللبس حول تصنيف السلالات بين C. remanei و C. vulgaris (الذي يُعتبر الآن نوعًا فرعيًا من C. remanei ) و C. brenneri . ^{[ 14 ]}
    • Caenorhabditis brenneri - (كان يُشار إليه قبل عام 2007 باسم C. sp 4 و C. sp CB5161 و C. sp PB2801 ) - تم تسلسل جينومه بواسطة مركز واشنطن لتسلسل الجينوم (WashU GSC). ^{[ 15 ]} يُصنف هذا النوع ثنائي الجنس ضمن مجموعة Elegans ، وهو أقرب إلى C. briggsae منه إلى C. elegans . ^{[ 16 ]}
    • Caenorhabditis nigoni - قبل عام 2014 كان يشار إليه باسم C. sp. 9 ^{[ 7 ]}
    • Caenorhabditis doughertyi - قبل عام 2014 كان يشار إليه باسم C. sp. 10 ^{[ 7 ]}
    • Caenorhabditis tropicalis - قبل عام 2014، كان يُشار إليه باسم C. sp. 11 ^{[ 7 ].} على غرار C. elegans و C. briggsae ،تتكون تجمعات C. tropicalis من خناثى XX متغيرة الجنس وذكور X0. هذه الأنواع الثلاثة ليست أقرب الأنواع لبعضها البعض
    • Caenorhabditis wallacei - قبل عام 2014 كان يشار إليه باسم C. sp. 16 ^{[ 7 ]}
    • Caenorhabditis latens - قبل عام 2014 كان يشار إليه باسم C. sp. 23 ^{[ 7 ]}
    • Caenorhabditis sinica - قبل عام 2014 كان يُشار إليه باسم C. sp. 5
  • مجموعة "جابونيكا"
    • Caenorhabditis japonica - يجري تسلسل جينومها بواسطة مركز واشنطن لتسلسل الجينوم (WashU GSC). ^{[ 17 ]} ينتمي هذا النوع أحادي الجنس إلى مجموعة Japonica ، وهي المجموعة الشقيقة لمجموعة Elegans . في البرية، يوجد هذا النوع مرتبطًا بشكل غير طفيلي بحشرات Parastrachia japonensis ، وقد يكون قادرًا على دخول طور السكون (dauer) بغض النظر عن توفر الغذاء وظروف الازدحام. ^{[ 18 ] [ 19 ]}
    • Caenorhabditis afra - (يُشار إليها أيضًا باسم C. sp. 7 و C. sp. JU1199 و C. sp. JU1286 ). عُزلت هذه الدودة أحادية الجنس (ذكر-أنثى) بواسطة ماتياس هيرمان في بيغورو، غانا، أفريقيا عام 2007. ^{[ 20 ] [ 7 ]} ويجري حاليًا تسلسل جينومها في جامعة واشنطن. ^{[ 21 ]}
    • Caenorhabditis imperialis - قبل عام 2014 كان يشار إليه باسم C. sp. 14 ^{[ 7 ]}
    • Caenorhabditis kamaaina - قبل عام 2014 يشار إليه باسم C. sp. 15 ^{[ 7 ]}
    • Caenorhabditis nouraguensis - قبل عام 2014 كان يشار إليه باسم C. sp. 17 ^{[ 7 ]}
    • Caenorhabditis macrosperma - قبل عام 2014 كان يشار إليه باسم C. sp. 18 ^{[ 7 ]}
    • Caenorhabditis yunquensis - قبل عام 2014 يشار إليه باسم C. sp. 19 ^{[ 7 ]}
• مجموعة "دروسوفيلا" الفائقة  : مجموعة من الأنواع التي توجد عادة على الفواكه المتعفنة وتنقلها ذباب الدروسوفيلا
  • • Caenorhabditis angaria - (كان يُشار إليها قبل عام 2011 باسم C. sp. 2 و C. sp. 3 و C. sp. PS1010 ) ^{[ 22 ]} - تم تسلسل جينومها في معهد كاليفورنيا للتكنولوجيا عام 2010. ^{[ 23 ]} يتميز هذا النوع أحادي الجنس، الموجود في مجموعة Angaria من مجموعة Drosophilae الفائقة، بمورفولوجيا وسلوك مختلفين عن C. elegans . والجدير بالذكر أن ذكور C. angaria تُظهر سلوك تزاوج حلزوني. ويُشابه تباعدها عن C. elegans المسافة بين الإنسان والأسماك. C. castelli هي أقرب أقربائها، ويمكن للنوعين إنتاج هجائن من الجيل الأول (F1). ^{[ 24 ]}
    • Caenorhabditis castelli - قبل عام 2014 كان يشار إليه باسم C. sp. 12 ^{[ 7 ]}
    • Caenorhabditis drosophilae
    • Caenorhabditis guadeloupensis - قبل عام 2014 كان يشار إليه باسم C. sp. 20 ^{[ 7 ]}
    • Caenorhabditis portoensis - قبل عام 2014 كان يشار إليه باسم C. sp. 6 ^{[ 7 ]}
    • Caenorhabditis virilis - قبل عام 2014 كان يُشار إليه باسم C. sp. 13 ^{[ 7 ]}
    • Caenorhabditis sp. 8
• أساسي
  • • Caenorhabditis monodelphis - قبل عام 2017 كان يُشار إليه باسم Caenorhabditis sp. 1
    • Caenorhabditis plicata - يتم تسلسل جينومها بواسطة جامعة إدنبرة .

تتحد أنواع Caenorhabditis مع مجموعة "Protorhabditis"، التي تضم أنواعًا من أجناس Protorhabditis و Diploscapter و Prodontorhabditis ، من جهة، ومع أنواع Oscheius ، من جهة أخرى، لتشكيل مجموعة "Eurhabditis" من أجناس Rhabditidae . ^{[ 25 ]}

تتشارك أفراد جنس Caenorhabditis حصريًا في 39 علامة حذف/إضافة محفوظة، توجد في المناطق المحفوظة لبروتينات مختلفة، مثل بروتين Rab44 وبروتين غليكوهيدرولاز عديد الأدينوزين ثنائي الفوسفات الريبوزي (PARG-1)، وتقع تحديدًا على حلقات سطحية مكشوفة. ^{[ 26 ]} تساعد هذه العلامات الجزيئية في تمييز هذا الجنس عن جميع الأنواع الأخرى، ويشير وجودها على حلقات سطحية مكشوفة إلى دلالات في تفاعلات البروتين-بروتين أو البروتين-الرابط. ^{[ 26 ]}