التقاط تكوين الكروموسوم

الموسوعة الحرة
تقنيات التقاط تكوين الكروموسومات

تقنيات التقاط تكوين الكروموسوم (غالبًا ما يتم اختصارها إلى تقنيات 3C أو الطرق القائمة على 3C [1] ) هي مجموعة من طرق علم الأحياء الجزيئي المستخدمة لتحليل التنظيم المكاني للكروماتين في الخلية. تقوم هذه الطرق بقياس عدد التفاعلات بين المواضع الجينومية القريبة في الفضاء ثلاثي الأبعاد، ولكن قد تكون منفصلة عن طريق العديد من النيوكليوتيدات في الجينوم الخطي. [2] قد تنشأ مثل هذه التفاعلات من وظائف بيولوجية، مثل تفاعلات المحفز والمعزز ، أو من حلقات البوليمر العشوائية، حيث تتسبب الحركة الفيزيائية غير الموجهة للكروماتين في تصادم المواضع. [3] يمكن تحليل ترددات التفاعل بشكل مباشر، [ 4] أو يمكن تحويلها إلى مسافات واستخدامها لإعادة بناء الهياكل ثلاثية الأبعاد. [5]

الفرق الرئيسي بين الطرق القائمة على 3C هو نطاقها. على سبيل المثال، عند استخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل للكشف عن التفاعل في تجربة 3C، يتم تحديد التفاعلات بين قطعتين محددتين كميًا. على النقيض من ذلك، تقوم Hi-C بقياس التفاعلات بين جميع الأزواج المحتملة من القطع في وقت واحد. كما ينتج التسلسل العميق للمواد المنتجة بواسطة 3C خرائط تفاعلات على مستوى الجينوم.

تاريخ

تاريخيًا، كان المجهر هو الطريقة الأساسية للتحقيق في التنظيم النووي ، [6] والتي يعود تاريخها إلى عام 1590. [7]

  • في عام 1879، صاغ والتر فليمنج مصطلح الكروماتين. [ بحاجة لمصدر ]
  • في عام 1883، ربط أغسطس فايسمان الكروماتين بالوراثة.
  • في عام 1884، اكتشف ألبرشت كوسيل الهستونات.
  • في عام 1888، اقترح ساتون وبوفيري نظرية استمرارية الكروماتين أثناء دورة الخلية [8 ]
  • في عام 1889، ابتكر فيلهلم فون فالديماير مصطلح " الكروموسوم ". [9]
  • في عام 1928، صاغ إميل هيتز مصطلحي الهيتروكروماتين واليوكروماتين . [10]
  • في عام 1942، افترض كونراد وادينجتون المناظر الطبيعية فوق الجينية . [11]
  • في عام 1948، اكتشف رولين هوتشكيس مثيلة الحمض النووي. [12]
  • في عام 1953، أبلغ واتسون وكريك عن بنية الحلزون المزدوج للحمض النووي استنادًا إلى صور حيود الأشعة السينية لروزاليند فرانكلين . [13] [14]
  • في عام 1961، طرحت ماري ليون مبدأ تعطيل إكس .
  • في عامي 1973/1974، تم اكتشاف ألياف الكروماتين. [11]
  • في عام 1975، صاغ بيير شامبون مصطلح النيوكليوسومات . [11]
  • في عام 1982، تم اكتشاف أراضي الكروموسوم . [15]
  • في عام 1984، ابتكر جون تي ليز تقنية ترسيب الكروماتين المناعي .
  • في عام 1993، نُشر اختبار الربط النووي، وهي طريقة يمكنها تحديد ترددات الدوران للحمض النووي في المحلول. استُخدم هذا الاختبار لإظهار أن هرمون الإستروجين يحفز التفاعل بين مُروِّج جين البرولاكتين ومُعزِّز قريب . [16]
  • في عام 2002، قدم جوب ديكر فكرة جديدة مفادها أنه يمكن استخدام مصفوفات كثيفة من ترددات التفاعل بين المواضع لاستنتاج التنظيم المكاني للجينومات. كانت هذه الفكرة هي الأساس لتطويره لتحليل التقاط تكوين الكروموسوم (3C)، الذي نشره جوب ديكر وزملاؤه في مختبر كليكنر بجامعة هارفارد في عام 2002. [17] [18]
  • في عام 2003، تم الانتهاء من مشروع الجينوم البشري .
  • في عام 2006، اخترعت مارييك سيمونيس 4C، [19] واخترع دوستي، في مختبر ديكر، 5C. [20]
  • في عام 2007، ابتكر B. Franklin Pugh تقنية ChIP-seq . [21]
  • في عام 2009، اخترع إيريز ليبرمان أيدن وجوب ديكر تقنية Hi-C، [22] كما اخترعت ميليسا جيه فولود وييجون روان تقنية ChIA-PET. [23]
  • في عام 2012، اكتشفت مجموعة رين والمجموعات التي قادتها إديث هيرد وجوب ديكر المجالات المرتبطة طوبولوجيًا (TADs) في الثدييات. [24] [25]
  • في عام 2013، قدم تاكاشي ناجانو وبيتر فريزر الربط داخل النواة لـ Hi-C وHi-C أحادية الخلية. [26]
  • في عام 2014، طور Suhas Rao وMiriam Huntley وآخرون Hi-C في الموقع واستخدام إنزيمات القيد ذات القواطع الأربعة، وأصدروا أول مجموعات بيانات عالية الدقة بدقة كيلوباس للعديد من سلالات الخلايا البشرية. كما حددوا أول دليل واضح على حلقات CTCF-Cohesin في خرائط Hi-C وحددوا قاعدة نمط CTCF المتقاربة التي تكمن وراء هذه الحلقات. [27]
  • في عام 2018، أنشأ S Schoenfelder وآخرون طريقة شاملة لالتقاط المحفز Hi-C لإنشاء أطلس للتفاعلات طويلة المدى للمحفز في عشرات من أنواع الخلايا البشرية والفئران في تفاعلات غير متحيزة في عشرات من أنواع الخلايا البشرية والفئران في بيئة غير متحيزة.

الأساليب التجريبية

تبدأ جميع طرق 3C بمجموعة مماثلة من الخطوات، والتي يتم تنفيذها على عينة من الخلايا.

مقارنة بين 3C والطرق المشتقة منها.

أولاً، يتم ربط جينومات الخلايا بالفورمالديهايد ، [28] والذي يُدخل روابط "تجمد" التفاعلات بين المواضع الجينومية. يُعد علاج الخلايا بالفورمالديهايد بنسبة 1-3% لمدة 10-30 دقيقة في درجة حرارة الغرفة هو الأكثر شيوعًا، ومع ذلك، فإن التوحيد القياسي لمنع الارتباط المتبادل بين البروتين والحمض النووي ضروري، حيث قد يؤثر ذلك سلبًا على كفاءة هضم التقييد في الخطوة اللاحقة. [ 29] ثم يتم قطع الجينوم إلى شظايا باستخدام نوكلياز تقييد . يحدد حجم شظايا التقييد دقة رسم الخرائط التفاعلية. تُستخدم إنزيمات التقييد (REs) التي تُجري قطعًا على تسلسلات التعرف التي يبلغ طولها 6 قواعد أساسية، مثل EcoR1 أو HindIII ، لهذا الغرض، حيث تقطع الجينوم مرة واحدة كل 4000 قاعدة أساسية، مما يعطي حوالي مليون شظية في الجينوم البشري. [29] [30] لرسم خرائط تفاعل أكثر دقة، يمكن أيضًا استخدام إنزيمات التقييد التي تتعرف على 4 قواعد أساسية. الخطوة التالية هي الربط القائم على القرب . يحدث هذا عند تركيزات منخفضة من الحمض النووي أو داخل نوى سليمة ونفاذة [26] في وجود رباط الحمض النووي T4 ، [31] بحيث يتم تفضيل الربط بين الأجزاء المتفاعلة المترابطة على الربط بين الأجزاء غير المترابطة. بعد ذلك، يتم تحديد كمية المواضع المتفاعلة عن طريق تضخيم الوصلات المربوطة بطرق تفاعل البوليميراز المتسلسل. [29] [31]

الأساليب الأصلية

3C (واحد مقابل واحد)

تقوم تجربة التقاط تكوين الكروموسوم (3C) بقياس التفاعلات بين زوج واحد من المواضع الجينومية. على سبيل المثال، يمكن استخدام 3C لاختبار تفاعل المحفز والمعزز المرشح. يتم الكشف عن الأجزاء المرتبطة باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل مع بادئات معروفة . [2] [17] ولهذا السبب تتطلب هذه التقنية المعرفة المسبقة بالمناطق المتفاعلة.

4C (واحد ضد الكل)

التقاط تكوين الكروموسوم على الشريحة (4C) (المعروف أيضًا باسم التقاط تكوين الكروموسوم الدائري) يلتقط التفاعلات بين موضع واحد وجميع المواضع الجينومية الأخرى. يتضمن خطوة ربط ثانية، لإنشاء شظايا DNA دائرية ذاتيًا، والتي تُستخدم لإجراء تفاعل البوليميراز المتسلسل العكسي . يسمح تفاعل البوليميراز المتسلسل العكسي باستخدام التسلسل المعروف لتضخيم التسلسل غير المعروف المرتبط به. [32] [2] [19] على النقيض من 3C و5C، لا تتطلب تقنية 4C المعرفة المسبقة بكل من المناطق الكروموسومية المتفاعلة. النتائج التي تم الحصول عليها باستخدام 4C قابلة للتكرار بدرجة كبيرة مع معظم التفاعلات التي تم اكتشافها بين المناطق القريبة من بعضها البعض. على مجموعة صغيرة واحدة، يمكن تحليل ما يقرب من مليون تفاعل. [ بحاجة لمصدر ]

5ج (الكثير مقابل الكثير)

تكتشف نسخة الكربون لالتقاط تكوين الكروموسوم (5C) التفاعلات بين جميع شظايا التقييد داخل منطقة معينة، حيث لا يزيد حجم هذه المنطقة عادةً عن قاعدة ضخمة. [2] [20] يتم ذلك عن طريق ربط بادئات عالمية بجميع الشظايا. ومع ذلك، فإن تغطية 5C منخفضة نسبيًا. تتغلب تقنية 5C على مشاكل الوصلات في خطوة الربط داخل الجزيء وهي مفيدة لبناء تفاعلات معقدة لمواقع محددة ذات أهمية. هذا النهج غير مناسب لإجراء تفاعلات معقدة على مستوى الجينوم لأن ذلك سيتطلب استخدام ملايين من بادئات 5C. [ بحاجة لمصدر ]

هاي سي (الكل ضد الكل)

يستخدم Hi-C تسلسلًا عالي الإنتاجية للعثور على تسلسل النوكليوتيدات للأجزاء [2] [22] ويستخدم تسلسل النهاية المزدوجة ، والذي يسترجع تسلسلًا قصيرًا من كل طرف من كل جزء مرتبط. وعلى هذا النحو، بالنسبة لجزء مرتبط معين، يجب أن يمثل التسلسلان اللذان تم الحصول عليهما قطعتي تقييد مختلفتين تم ربطهما معًا في خطوة الربط القائمة على القرب. يتم محاذاة زوج التسلسلات بشكل فردي مع الجينوم، وبالتالي تحديد الأجزاء المشاركة في حدث الربط هذا. وبالتالي، يتم اختبار جميع التفاعلات الزوجية الممكنة بين الأجزاء.

أساليب تعتمد على التقاط التسلسل

يستخدم عدد من الطرق التقاط الأوليغونوكليوتيد لإثراء مكتبات 3C وHi-C لمواقع معينة ذات أهمية. [33] [34] تتضمن هذه الطرق Capture-C، [35] NG Capture-C، [36] Capture-3C، [35] HiCap، [33] [37] Capture Hi-C. [38] وMicro Capture-C. [39] هذه الطرق قادرة على إنتاج دقة وحساسية أعلى من الطرق القائمة على 4C، [40] توفر Micro Capture-C أعلى دقة من تقنيات 3C المتاحة ومن الممكن إنشاء بيانات دقة زوج القاعدة. [39]

طرق الخلية الواحدة

يمكن استخدام التكيفات الخلوية الفردية لهذه الأساليب، مثل ChIP-seq وHi-C للتحقيق في التفاعلات التي تحدث في الخلايا الفردية. [41] [42]

طرق التفاعل المتعدد

هناك عدد من الطرق التي تقوم بتسلسل وصلات ربط متعددة في وقت واحد للكشف عن هياكل من الدرجة الأعلى حيث قد تتفاعل مناطق متعددة من الكروماتين. تتضمن هذه الطرق Tri-C، [43] و 3way 4C/C-walks، [44] وmulti-contact 4C (MC-4C). [45]

الأساليب المعتمدة على الترسيب المناعي

حلقة رقاقة

يجمع ChIP-loop بين 3C و ChIP-seq للكشف عن التفاعلات بين موضعين موضعيين يتم التوسط فيهما بواسطة بروتين موضع اهتمام. [2] [46] قد تكون حلقة ChIP مفيدة في تحديد التفاعلات طويلة المدى بين السيس والترانس التي يتم التوسط فيها من خلال البروتينات نظرًا لأن تصادمات الحمض النووي المتكررة لن تحدث. [ بحاجة لمصدر ]

طرق الجينوم الواسع

يجمع ChIA-PET بين Hi-C وChIP-seq للكشف عن جميع التفاعلات التي يتوسطها بروتين معين. [2] [23] تم تصميم HiChIP للسماح بتحليل مماثل لـ ChIA-PET مع مادة إدخال أقل. [47]

التأثير البيولوجي

أدت طرق 3C إلى عدد من الرؤى البيولوجية، بما في ذلك اكتشاف سمات بنيوية جديدة للكروموسومات، وفهرسة حلقات الكروماتين، وزيادة فهم آليات التنظيم النسخي (التي يمكن أن يؤدي تعطيلها إلى المرض). [6]

لقد أثبتت طرق 3C أهمية القرب المكاني للعناصر التنظيمية من الجينات التي تنظمها. على سبيل المثال، في الأنسجة التي تعبر عن جينات الغلوبين ، تشكل منطقة التحكم في موضع بيتا غلوبين حلقة مع هذه الجينات. لا توجد هذه الحلقة في الأنسجة حيث لا يتم التعبير عن الجين. [48] ساعدت هذه التقنية بشكل أكبر في الدراسة الجينية والجينية للكروموسومات في الكائنات الحية النموذجية وفي البشر. [ لم يتم التحقق منها في الجسم ]

كشفت هذه الأساليب عن تنظيم واسع النطاق للجينوم في مجالات مرتبطة طوبولوجيًا (TADs)، والتي ترتبط بالعلامات فوق الجينية. بعض المجالات المرتبطة طوبولوجيًا نشطة نسخيًا، في حين أن البعض الآخر مكبوت. [49] تم العثور على العديد من المجالات المرتبطة طوبولوجيًا في D. melanogaster، والفئران والبشر. [50] علاوة على ذلك، تلعب CTCF والكوهيسين أدوارًا مهمة في تحديد المجالات المرتبطة طوبولوجيًا وتفاعلات المعزز والمروج. تُظهر النتيجة أن اتجاه أنماط ربط CTCF في حلقة المعزز والمروج يجب أن يكون مواجهًا لبعضها البعض حتى يتمكن المعزز من العثور على هدفه الصحيح. [51]

مرض يصيب الانسان

هناك العديد من الأمراض الناجمة عن عيوب في التفاعلات بين المحفز والمعزز، والتي تمت مراجعتها في هذه الورقة. [52]

ثلاسيميا بيتا هو نوع معين من اضطرابات الدم الناجمة عن حذف عنصر معزز LCR. [53] [54]

خلل تنسج الدماغ الأمامي هو اضطراب في الرأس يحدث بسبب طفرة في عنصر تعزيز SBE2، والذي بدوره يضعف إنتاج جين SHH. [55]

يحدث PPD2 (تعدد الأصابع في الإبهام ثلاثي السلاميات) بسبب طفرة في معزز ZRS، والذي بدوره عزز إنتاج جين SHH. [56] [57]

يمكن أن يحدث سرطان الغدة الرئوية بسبب مضاعفة عنصر المعزز لجين MYC. [58]

يحدث سرطان الدم الليمفاوي الحاد في الخلايا التائية نتيجة إدخال معزز جديد. [59]

تحليل البيانات

خريطة حرارية وتصور مخطط دائري لبيانات Hi-C. أ. تفاعلات Hi-C بين جميع الكروموسومات من خلايا الكلى البشرية G401، كما هو موضح بواسطة برنامج my5C. [60] ب. تصور خريطة حرارية توضح البنية ثنائية الأجزاء لكروموسوم X للفأر، كما هو موضح بواسطة Hi-Browse. [61] ج. تصور خريطة حرارية لمكان 3 Mbp (chr4:18000000-21000000)، تم إنتاجه بواسطة Juicebox، باستخدام بيانات Hi-C في الموقع من سلالة خلايا GM12878. [4] د. رسم دائري لكروموسوم X ثنائي الأجزاء للفأر، تم إنشاؤه بواسطة Epigenome Browser. [62] صورة من [63]

تنتج التجارب المختلفة التي تعتمد على أسلوب 3C بيانات ذات هياكل وخصائص إحصائية مختلفة للغاية. وعلى هذا النحو، توجد حزم تحليل محددة لكل نوع من أنواع التجارب. [34]

غالبًا ما تُستخدم بيانات Hi-C لتحليل تنظيم الكروماتين على مستوى الجينوم، مثل المجالات المرتبطة طوبولوجيًا (TADs)، وهي مناطق متجاورة خطيًا من الجينوم مرتبطة في مساحة ثلاثية الأبعاد. [49] وقد تم تطوير العديد من الخوارزميات لتحديد المجالات المرتبطة طوبولوجيًا من بيانات Hi-C. [4] [64]

إن تحليلات Hi-C والتحليلات اللاحقة لها تتطور باستمرار. إن تحليل Fit-Hi-C [3] هو أسلوب يعتمد على نهج التجميع المنفصل مع تعديلات إضافة مسافة التفاعل (التركيب الأولي للخط المنحني، المعروف أيضًا باسم الخط المنحني 1) وتحسين النموذج الصفري (الخط المنحني 2). إن نتيجة تحليل Fit-Hi-C هي قائمة بالتفاعلات داخل الكروموسومات الزوجية مع قيم p وقيم q الخاصة بها. [63]

يمكن أيضًا تحليل التنظيم ثلاثي الأبعاد للجينوم من خلال التحليل الذاتي لمصفوفة الاتصال. يتوافق كل متجه ذاتي مع مجموعة من المواضع، والتي ليست بالضرورة متجاورة خطيًا، والتي تشترك في السمات البنيوية. [65]

إن أحد العوامل المربكة المهمة في تقنيات 3C هو التفاعلات غير النوعية المتكررة بين المواضع الجينية التي تحدث بسبب سلوك البوليمر العشوائي . يجب تأكيد التفاعل بين موضعين على أنه محدد من خلال اختبار الدلالة الإحصائية. [3]

تطبيع خريطة اتصال Hi-C

توجد طريقتان رئيسيتان لتطبيع خرائط الحرارة الأولية لـ Hi-C. الطريقة الأولى هي افتراض تساوي الرؤية، مما يعني وجود فرصة متساوية لكل موضع كروموسومي للتفاعل. لذلك، يجب أن تكون الإشارة الحقيقية لخريطة اتصال Hi-C عبارة عن مصفوفة متوازنة (تحتوي المصفوفة المتوازنة على مجموع صفوف ثابت ومجموع أعمدة). ومن الأمثلة على الخوارزميات التي تفترض تساوي الرؤية خوارزمية Sinkhorn-Knopp ، والتي تقيس خريطة اتصال Hi-C الأولية إلى مصفوفة متوازنة.

الطريقة الأخرى هي افتراض وجود تحيز مرتبط بكل موضع كروموسومي. ستكون قيمة خريطة الاتصال عند كل إحداثي هي الإشارة الحقيقية في ذلك الموضع مضروبة في التحيز المرتبط بموضعي الاتصال. أحد الأمثلة على الخوارزميات التي تهدف إلى حل نموذج التحيز هذا هو التصحيح التكراري، والذي يتراجع بشكل متكرر عن تحيز الصف والعمود من خريطة اتصال Hi-C الخام. هناك عدد من أدوات البرمجيات المتاحة لتحليل بيانات Hi-C. [66]

تحليل نمط الحمض النووي

إن أنماط الحمض النووي عبارة عن تسلسلات قصيرة محددة من الحمض النووي، غالبًا ما يبلغ طولها من 8 إلى 20 نوكليوتيدًا [67] والتي يتم تمثيلها بشكل مفرط إحصائيًا في مجموعة من التسلسلات ذات الوظيفة البيولوجية المشتركة. حاليًا، لم تتم دراسة الأنماط التنظيمية على تفاعلات الكروماتين طويلة المدى على نطاق واسع. ركزت العديد من الدراسات على توضيح تأثير أنماط الحمض النووي في تفاعلات المحفز والمعزز.

حدد بيلي وآخرون أن نمط ZNF143 في مناطق المحفز يوفر خصوصية التسلسل للتفاعلات بين المحفز والمعزز. [68] أدى تحور نمط ZNF143 إلى تقليل تواتر تفاعلات المحفز والمعزز مما يشير إلى أن ZNF143 هو عامل جديد لتكوين حلقات الكروماتين.

لتحليل الأنماط على مستوى الجينوم، في عام 2016، أبلغ وونغ وآخرون عن قائمة تضم 19491 زوجًا من أنماط الحمض النووي لسلالة الخلية K562 على تفاعلات المحفز والمعزز. [69] ونتيجة لذلك، اقترحوا أن تعدد اقتران الأنماط (عدد الأنماط المقترنة بنمط معين) مرتبط بمسافة التفاعل ونوع المنطقة التنظيمية. في العام التالي، نشر وونغ مقالًا آخر أفاد بوجود 18879 زوجًا من الأنماط في 6 سلالات خلايا بشرية. [70] ومن بين المساهمات الجديدة لهذا العمل MotifHyades، وهي أداة اكتشاف أنماط يمكن تطبيقها مباشرة على التسلسلات المقترنة.

تحليل جينوم السرطان

يمكن أن توفر التقنيات القائمة على 3C رؤى حول إعادة ترتيب الكروموسومات في جينومات السرطان. [71] وعلاوة على ذلك، يمكنها إظهار تغييرات القرب المكاني للعناصر التنظيمية وجيناتها المستهدفة، مما يؤدي إلى فهم أعمق للأساس البنيوي والوظيفي للجينوم. [72]

مراجع

  1. ^ de Wit E, de Laat W (يناير 2012). "عقد من تقنيات 3C: رؤى حول التنظيم النووي". Genes & Development . 26 (1): 11–24. doi :10.1101/gad.179804.111. PMC  3258961. PMID  22215806 .
  2. ^ abcdefg Hakim O, Misteli T (مارس 2012). "SnapShot: Chromosome confirmation capture". Cell . 148 (5): 1068.e1–2. doi :10.1016/j.cell.2012.02.019. PMC 6374129. PMID  22385969 . 
  3. ^ abc Ay F, Bailey TL, Noble WS (يونيو 2014). "تقدير الثقة الإحصائية لبيانات Hi-C يكشف عن اتصالات الكروماتين التنظيمية". Genome Research . 24 (6): 999–1011. doi :10.1101/gr.160374.113. PMC 4032863. PMID  24501021 . 
  4. ^ abc Rao SS, Huntley MH, Durand NC, Stamenova EK, Bochkov ID, Robinson JT, Sanborn AL, Machol I, Omer AD, Lander ES, Aiden EL (ديسمبر 2014). "خريطة ثلاثية الأبعاد للجينوم البشري بدقة كيلوباس تكشف عن مبادئ حلقات الكروماتين". Cell . 159 (7): 1665–80. doi :10.1016/j.cell.2014.11.021. PMC 5635824. PMID  25497547 . 
  5. ^ Varoquaux N, Ay F, Noble WS, Vert JP (يونيو 2014). "نهج إحصائي لاستنتاج البنية ثلاثية الأبعاد للجينوم". Bioinformatics . 30 (12): i26–33. doi :10.1093/bioinformatics/btu268. PMC 4229903. PMID  24931992 . 
  6. ^ ab Denker A, de Laat W (يونيو 2016). "العقد الثاني لتقنيات 3C: رؤى مفصلة حول التنظيم النووي". Genes & Development . 30 (12): 1357–82. doi :10.1101/gad.281964.116. PMC 4926860. PMID 27340173  . 
  7. ^ "من اخترع المجهر؟ تاريخ المجهر الكامل". Vision Engineering Ltd. مؤرشف من الأصل في 22 أبريل 2018.
  8. ^ Martins LA (1999). "هل اقترح ساتون وبوفري فرضية كروموسوم ساتون-بوفيري؟". Genet. Mol. Biol . 22 (2): 261–272. doi : 10.1590/S1415-47571999000200022 .
  9. ^ "الجينات وعلم الوراثة: لغة الاكتشاف العلمي". قاموس أوكسفورد الإنجليزي . مطبعة جامعة أوكسفورد. 2012-08-16. مؤرشف من الأصل في 2018-01-29 . تم الاسترجاع في 2017-12-07 .
  10. ^ هاريس م (2015-02-05). "الخطوط الرئيسية للكروماتين غير المتجانس والكروماتين الحقيقي".
  11. ^ abc Deichmann U (أغسطس 2016). "علم الوراثة فوق الجينية: أصول وتطور موضوع عصري". علم الأحياء التنموي . 416 (1): 249-254. doi : 10.1016/j.ydbio.2016.06.005 . PMID  27291929.
  12. ^ لو إتش، ليو إكس، دينج واي، تشينج إتش (ديسمبر 2013). "ميثلة الحمض النووي، يد وراء الأمراض العصبية التنكسية". فرونتيرز في علم الأعصاب للشيخوخة . 5 : 85. doi : 10.3389/fnagi.2013.00085 . PMC 3851782. PMID  24367332 . 
  13. ^ "أوراق فرانسيس كريك: اكتشاف الحلزون المزدوج، 1951-1953".
  14. ^ "فرانسيس كريك، روزاليند فرانكلين، جيمس واتسون، وموريس ويلكنز". معهد تاريخ العلوم . 2016-06-01 . تم الاسترجاع في 2023-02-28 .
  15. ^ Cremer T , Cremer M (مارس 2010). "أقاليم الكروموسوم". Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 2 (3): a003889. doi :10.1101/cshperspect.a003889. PMC 2829961. PMID 20300217  . 
  16. ^ Cullen KE, Kladde MP, Seyfred MA (يوليو 1993). "التفاعل بين مناطق تنظيم النسخ في كروماتين البرولاكتين". Science . 261 (5118): 203–6. Bibcode :1993Sci...261..203C. doi :10.1126/science.8327891. PMID  8327891.
  17. ^ ab Dekker J, Rippe K, Dekker M, Kleckner N (فبراير 2002). "التقاط تكوين الكروموسوم". مجلة العلوم . 295 (5558): 1306–11. رمز Bibcode :2002Sci...295.1306D. doi :10.1126/science.1067799. PMID  11847345. S2CID  3561891.
  18. ^ Osborne CS, Ewels PA, Young AN (يناير 2011). "Meet the neighbours: tools to dissect nuclear structure and function". Briefings in Functional Genomics . 10 (1): 11–7. doi :10.1093/bfgp/elq034. PMC 3080762. PMID  21258046 . 
  19. ^ ab Simonis M, Klous P, Splinter E, Moshkin Y, Willemsen R, de Wit E, van Steensel B, de Laat W (نوفمبر 2006). "التنظيم النووي للمجالات النشطة وغير النشطة للكروماتين التي تم الكشف عنها بواسطة التقاط تكوين الكروموسوم على الشريحة (4C)". Nature Genetics . 38 (11): 1348–54. doi :10.1038/ng1896. PMID  17033623. S2CID  22787572.
  20. ^ ab Dostie J, Richmond TA, Arnaout RA, Selzer RR, Lee WL, Honan TA, et al. (أكتوبر 2006). "نسخة كربونية لالتقاط تكوين الكروموسوم (5C): حل موازٍ للغاية لرسم خرائط التفاعلات بين العناصر الجينومية". Genome Research . 16 (10): 1299–309. doi :10.1101/gr.5571506. PMC 1581439. PMID  16954542 . 
  21. ^ ألبرت الأول، مافريتش تي إن، تومشو إل بي، تشي جيه، زانتون إس جيه، شوستر إس سي، بوغ بي إف (مارس 2007). "الإعدادات الترجمية والدورانية لنوكليوزومات H2A.Z عبر جينوم خميرة الخباز". نيتشر . 446 (7135): 572–6. رمز Bibcode :2007Natur.446..572A. doi :10.1038/nature05632. PMID  17392789. S2CID  4416890.
  22. ^ ab Lieberman-Aiden E, van Berkum NL, Williams L, Imakaev M, Ragoczy T, Telling A, et al. (أكتوبر 2009). "الرسم الشامل للتفاعلات طويلة المدى يكشف عن مبادئ طي الجينوم البشري". Science . 326 (5950): 289–93. Bibcode :2009Sci...326..289L. doi :10.1126/science.1181369. PMC 2858594. PMID  19815776 . 
  23. ^ ab Fullwood MJ, Liu MH, Pan YF, Liu J, Xu H, Mohamed YB, et al. (نوفمبر 2009). "تفاعل الكروماتين البشري المرتبط بالإستروجين والمستقبلات ألفا". Nature . 462 (7269): 58–64. Bibcode :2009Natur.462...58F. doi :10.1038/nature08497. PMC 2774924. PMID  19890323 . 
  24. ^ Dixon JR, Selvaraj S, Yue F, Kim A, Li Y, Shen Y, Hu M, Liu JS, Ren B (أبريل 2012). "المجالات الطوبولوجية في الجينومات الثديية التي تم تحديدها من خلال تحليل تفاعلات الكروماتين". Nature . 485 (7398): 376–80. Bibcode :2012Natur.485..376D. doi :10.1038/nature11082. PMC 3356448. PMID  22495300 . 
  25. ^ Nora EP, Lajoie BR, Schulz EG, Giorgetti L, Okamoto I, Servant N, Piolot T, van Berkum NL, Meisig J, Sedat J, Gribnau J, Barillot E, Blüthgen N, Dekker J, Heard E (April 2012). "التقسيم المكاني للمشهد التنظيمي لمركز تعطيل X". Nature . 485 (7398): 381–5. Bibcode :2012Natur.485..381N. doi :10.1038/nature11049. PMC 3555144. PMID  22495304 . 
  26. ^ ab Nagano, Takashi; Lubling, Yaniv; Stevens, Tim J.; Schoenfelder, Stefan; Yaffe, Eitan; Dean, Wendy; Laue, Ernest D.; Tanay, Amos; Fraser, Peter (أكتوبر 2013). "Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure". Nature . 502 (7469): 59–64. Bibcode :2013Natur.502...59N. doi :10.1038/nature12593. PMC 3869051. PMID  24067610 . 
  27. ^ راو، سوهاس؛ هانتلي، ميريام (ديسمبر 2014). "خريطة ثلاثية الأبعاد للجينوم البشري بدقة كيلوباس تكشف عن مبادئ حلقات الكروماتين". Cell . 159 (7): 1665–1680. doi :10.1016/j.cell.2014.11.021. PMC 5635824. PMID  25497547 . 
  28. ^ Gavrilov A, Eivazova E, Priozhkova I, Lipinski M, Razin S, Vassetzky Y (2009). "Chromosome Conformation Capture (From 3C to 5C) and Its ChIP-Based Modification". Chromatin Immunoprecipitation Assays . مراجعة. Methods in Molecular Biology. المجلد 567. ص 171-88. doi :10.1007/978-1-60327-414-2_12. ISBN 978-1-60327-413-5. PMID  19588093.
  29. ^ abc Naumova N, Smith EM, Zhan Y, Dekker J (نوفمبر 2012). "تحليل تفاعلات الكروماتين طويلة المدى باستخدام التقاط تكوين الكروموسوم". طرق . 58 (3): 192–203. doi :10.1016/j.ymeth.2012.07.022. PMC 3874837. PMID  22903059 . 
  30. ^ Belton JM, Dekker J (يونيو 2015). "التقاط تكوين الكروموسوم (3C) في الخميرة المتبرعمة". Cold Spring Harbor Protocols . 2015 (6): 580–6. doi : 10.1101/pdb.prot085175 . PMID  26034304.
  31. ^ ab Gavrilov AA, Golov AK, Razin SV (2013-03-26). "ترددات الربط الفعلية في إجراء التقاط تكوين الكروموسوم". PLOS ONE . 8 (3): e60403. Bibcode :2013PLoSO...860403G. doi : 10.1371/journal.pone.0060403 . PMC 3608588. PMID  23555968 . 
  32. ^ تشاو، تشيهو؛ تافوسيدانا، غلام رضا؛ سجولندر، ميكائيل. جوندور، أنيتا؛ ماريانو، بييرو؛ وانغ شا. كاندوري, شاندراسيخار; ليزكانو، ماجدة؛ ساندو، كولجيت سينغ؛ سينغ، أوماشانكار؛ بانت، فينود؛ تيواري، فيجاي؛ كوروكوتي, سرينيفاسولو; رولف أولسون (2006). “يكشف التقاط التشكل الصبغي الدائري (4C) عن شبكات واسعة من التفاعلات داخل الصبغيات وبين الصبغيات المنظمة جينيًا”. علم الوراثة الطبيعة . 38 (11): 1341–7. دوى :10.1038/ng1891. بميد  17033624. S2CID  2660843.
  33. ^ براءة اختراع أمريكية رقم 10287621 
  34. ^ ab Schmitt AD, Hu M, Ren B (ديسمبر 2016). "رسم خرائط الجينوم وتحليل بنية الكروموسومات على مستوى الجينوم". Nature Reviews Molecular Cell Biology . 17 (12): 743–755. doi :10.1038/nrm.2016.104. PMC 5763923. PMID 27580841  . 
  35. ^ ab Hughes JR, Roberts N, McGowan S, Hay D, Giannoulatou E, Lynch M, et al. (فبراير 2014). "تحليل مئات المناظر الطبيعية التنظيمية للجينوم بدقة عالية في تجربة واحدة عالية الإنتاجية". Nature Genetics . 46 (2): 205–12. doi :10.1038/ng.2871. hdl : 2318/144575 . PMID  24413732. S2CID  205348099.
  36. ^ Davies JO, Telenius JM, McGowan SJ, Roberts NA, Taylor S, Higgs DR, Hughes JR (يناير 2016). "تحليل متعدد لتكوين الكروموسومات بحساسية محسنة بشكل كبير". Nature Methods . 13 (1): 74–80. doi :10.1038/nmeth.3664. PMC 4724891. PMID  26595209 . 
  37. ^ Sahlén, Pelin; Abdullayev, Ilgar; Ramsköld, Daniel; Matskova, Liudmila; Rilakovic, Nemanja; Lötstedt, Britta; Albert, Thomas J.; Lundeberg, Joakim; Sandberg, Rickard (2015-08-03). "رسم خرائط على مستوى الجينوم للتفاعلات المرتبطة بالمروج بدقة قريبة من دقة المعزز الفردي". علم الأحياء الجينومي . 16 (1): 156. doi : 10.1186/s13059-015-0727-9 . ISSN  1474-760X. PMC 4557751. PMID  26313521 . 
  38. ^ Jäger R, Migliorini G, Henrion M, Kandaswamy R, Speedy HE, Heindl A, Whiffin N, Carnicer MJ, Broome L, Dryden N, Nagano T, Schoenfelder S, Enge M, Yuan Y, Taipale J, Fraser P, Fletcher O, Houlston RS (فبراير 2015). "Capture Hi-C يحدد تفاعل الكروماتين لمواقع خطر الإصابة بسرطان القولون والمستقيم". Nature Communications . 6 : 6178. Bibcode :2015NatCo...6.6178J. doi :10.1038/ncomms7178. PMC 4346635. PMID  25695508 . 
  39. ^ ab Hua P, Badat M, Hanssen L, Hentges L, Crump N, Downes D, Jeziorska DM, Oudelaar AM, Schwessinger R, Taylor S, Milne TA, Hughes JR, Higgs DR, Davies, JO (يونيو 2021). "تحديد بنية الجينوم بدقة زوج القواعد". Nature . 595 (7865): 125–129. Bibcode :2021Natur.595..125H. doi :10.1038/s41586-021-03639-4. PMID  34108683. S2CID  235394147.
  40. ^ Davies JO, Oudelaar AM, Higgs DR, Hughes JR (يناير 2017). "أفضل طريقة لتحديد التفاعلات الكروموسومية: مقارنة بين الأساليب". Nature Methods . 14 (2): 125–134. doi :10.1038/nmeth.4146. PMID  28139673. S2CID  4136037.
  41. ^ Nagano T, Lubling Y, Stevens TJ, Schoenfelder S, Yaffe E, Dean W, et al. (أكتوبر 2013). "Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure". Nature . 502 (7469): 59–64. Bibcode :2013Natur.502...59N. doi :10.1038/nature12593. PMC 3869051. PMID  24067610 . 
  42. ^ Schwartzman O, Tanay A (ديسمبر 2015). "علم الوراثة الجينية للخلايا المفردة: التقنيات والتطبيقات الناشئة". Nature Reviews Genetics . 16 (12): 716–26. doi :10.1038/nrg3980. PMID  26460349. S2CID  10326803.
  43. ^ Oudelaar, A. Marieke; Davies, James OJ; Hanssen, Lars LP; Telenius, Jelena M.; Schwessinger, Ron; Liu, Yu; Brown, Jill M.; Downes, Damien J.; Chiariello, Andrea M.; Bianco, Simona; Nicodemi, Mario (2018). "تفاعلات الكروماتين أحادية الأليل تحدد المحاور التنظيمية في المجالات المقسمة الديناميكية". Nature Genetics . 50 (12): 1744–1751. doi :10.1038/s41588-018-0253-2. ISSN  1546-1718. PMC 6265079. PMID 30374068  . 
  44. ^ أوليفاريس-شوفيه، بيدرو؛ موكاميل، زوهار؛ ليفشيتز، أفيزر؛ شوارتزمان، عمر؛ إلكايام، نوا أوديد؛ لوبلينج، يانيف؛ دييكوس، جينتاراس؛ سيبرا، روبرت ب؛ تاناي، آموس (2016). "التقاط التوافقات الكروموسومية الزوجية والمتعددة باستخدام المشي الكروموسومي". نيتشر . 540 (7632): 296-300. رمز Bibcode :2016Natur.540..296O. doi :10.1038/nature20158. ISSN  1476-4687. PMID  27919068. S2CID  786054.
  45. ^ اللهيار، أمين؛ فيرميولين، كارلو؛ بومان، بريتا صباحا؛ كريجر ، بيتر إتش إل ؛ فيرستيجن، مارجون جام؛ جيفين، جيرت. فان كرانينبرج، ميليسا؛ بيترس، مارك؛ سترافير، روي؛ هارهويس، جوديث هاي؛ جالينك ، كيس (2018). “محاور التعزيز وتصادمات الحلقات التي تم تحديدها من طوبولوجيات أحادية الأليل”. علم الوراثة الطبيعة . 50 (8): 1151-1160. دوى :10.1038/s41588-018-0161-5. ISSN  1546-1718. بميد  29988121. S2CID  49667747.
  46. ^ Horike S, Cai S, Miyano M, Cheng JF, Kohwi-Shigematsu T (يناير 2005). "فقدان حلقة الكروماتين الصامتة وضعف بصمة DLX5 في متلازمة ريت". Nature Genetics . 37 (1): 31–40. doi :10.1038/ng1491. PMID  15608638. S2CID  2884412.
  47. ^ Mumbach MR، Rubin AJ، Flynn RA، Dai C، Khavari PA، Greenleaf WJ، Chang HY (نوفمبر 2016). "HiChIP: تحليل فعال وحساس للبنية الجينومية الموجهة بالبروتين". Nature Methods . 13 (11): 919–922. doi :10.1038/nmeth.3999. PMC 5501173. PMID 27643841  . 
  48. ^ Tolhuis B, Palstra RJ, Splinter E, Grosveld F, de Laat W (ديسمبر 2002). "Looping and interaction between hypersensitive sites in the active beta-globin locus". Molecular Cell . 10 (6): 1453–65. doi : 10.1016/S1097-2765(02)00781-5 . PMID  12504019.
  49. ^ ab Cavalli G, Misteli T (مارس 2013). "التداعيات الوظيفية لطوبولوجيا الجينوم". Nature Structural & Molecular Biology . 20 (3): 290–9. doi :10.1038/nsmb.2474. PMC 6320674. PMID 23463314  . 
  50. ^ Dekker J, Marti-Renom MA, Mirny LA (يونيو 2013). "استكشاف التنظيم ثلاثي الأبعاد للجينومات: تفسير بيانات تفاعل الكروماتين". Nature Reviews Genetics . 14 (6): 390–403. doi :10.1038/nrg3454. PMC 3874835. PMID 23657480  . 
  51. ^ Guo Y, Xu Q, Canzio D, Shou J, Li J, Gorkin DU, et al. (أغسطس 2015). "انعكاس CRISPR لمواقع CTCF يغير طوبولوجيا الجينوم ووظيفة المعزز/المحفز". Cell . 162 (4): 900–10. doi :10.1016/j.cell.2015.07.038. PMC 4642453. PMID  26276636 . 
  52. ^ Krijger PH, de Laat W (ديسمبر 2016). "تنظيم التعبير الجيني المرتبط بالأمراض في الجينوم ثلاثي الأبعاد". Nature Reviews Molecular Cell Biology . 17 (12): 771–782. doi :10.1038/nrm.2016.138. PMID  27826147. S2CID  11484886.
  53. ^ Fritsch EF, Lawn RM, Maniatis T (يونيو 1979). "Characterisation of deletions which affect the expression of fetal globin genes in man". Nature . 279 (5714): 598–603. Bibcode :1979Natur.279..598F. doi :10.1038/279598a0. PMID  450109. S2CID  4243029.
  54. ^ Van der Ploeg LH, Konings A, Oort M, Roos D, Bernini L, Flavell RA (فبراير 1980). "دراسات ثلاسيميا جاما بيتا تُظهر أن حذف جينات جاما ودلتا يؤثر على تعبير جين بيتا غلوبين في الإنسان". Nature . 283 (5748): 637–42. Bibcode :1980Natur.283..637V. doi :10.1038/283637a0. PMID  6153459. S2CID  4371542.
  55. ^ Jeong Y, El-Jaick K, Roessler E, Muenke M, Epstein DJ (فبراير 2006). "فحص وظيفي لعناصر تنظيم القنفذ الصوتي عبر فترة زمنية تبلغ 1 ميجا بايت يحدد معززات الدماغ الأمامي البطني طويلة المدى". تطوير . 133 (4): 761–72. doi : 10.1242/dev.02239 . PMID  16407397.
  56. ^ Lettice LA, Heaney SJ, Purdie LA, Li L, de Beer P, Oostra BA, et al. (يوليو 2003). "معزز Shh طويل المدى ينظم التعبير في الأطراف والزعانف النامية ويرتبط بتعدد الأصابع قبل المحور". علم الوراثة الجزيئي البشري . 12 (14): 1725–35. doi : 10.1093/hmg/ddg180 . PMID  12837695.
  57. ^ Wieczorek D, Pawlik B, Li Y, Akarsu NA, Caliebe A, May KJ, et al. (January 2010). "طفرة محددة في منظم السيس (ZRS) للقنفذ الصوتي البعيد (SHH) تسبب متلازمة فيرنر المتوسطة (WMS) بينما تكمن مضاعفات ZRS الكاملة وراء تعدد الأصابع من نوع هاس وتعدد الأصابع قبل المحور (PPD) مع أو بدون إبهام ثلاثي السلاميات". الطفرة البشرية . 31 (1): 81-9. doi :10.1002/humu.21142. PMID  19847792. S2CID  1715146.
  58. ^ Zhang X, Choi PS, Francis JM, Imielinski M, Watanabe H, Cherniack AD, Meyerson M (فبراير 2016). "تحديد المعززات الفائقة المضخمة بؤريًا والمحددة للسلالة في سرطانات الظهارة البشرية". Nature Genetics . 48 (2): 176–82. doi :10.1038/ng.3470. PMC 4857881. PMID 26656844  . 
  59. ^ منصور إم آر، أبراهام بي جيه، أندرس إل، بيريزوفسكايا إيه، جوتيريز إيه، دوربين إيه دي، وآخرون (ديسمبر 2014). "تنظيم الأورام. معزز فائق مسبب للأورام يتكون من خلال طفرة جسدية لعنصر بيني غير مشفر". ساينس . 346 (6215): 1373–7. doi :10.1126/science.1259037. PMC 4720521. PMID  25394790 . 
  60. ^ Lajoie BR, van Berkum NL, Sanyal A, Dekker J (أكتوبر 2009). "My5C: أدوات الويب لدراسات التقاط تكوين الكروموسومات". Nature Methods . 6 (10): 690–1. doi :10.1038/nmeth1009-690. PMC 2859197. PMID  19789528 . 
  61. ^ Deng X, Ma W, Ramani V, Hill A, Yang F, Ay F, et al. (أغسطس 2015). "البنية ثنائية الأجزاء لكروموسوم X غير النشط للفأر". علم الأحياء الجيني . 16 (1): 152. doi : 10.1186/s13059-015-0728-8 . PMC 4539712. PMID  26248554 . 
  62. ^ Zhou X, Lowdon RF, Li D, Lawson HA, Madden PA, Costello JF, Wang T (مايو 2013). "استكشاف التفاعلات الجينومية طويلة المدى باستخدام متصفح WashU Epigenome". Nature Methods . 10 (5): 375–6. doi :10.1038/nmeth.2440. PMC 3820286. PMID  23629413 . 
  63. ^ ab Yardımcı GG, Noble WS (فبراير 2017). "أدوات برمجية لتصور بيانات Hi-C". علم الأحياء الجيني . 18 (1): 26. doi : 10.1186/s13059-017-1161-y . PMC 5290626. PMID  28159004 . 
  64. ^ Dixon JR, Selvaraj S, Yue F, Kim A, Li Y, Shen Y, et al. (أبريل 2012). "المجالات الطوبولوجية في الجينومات الثديية التي تم تحديدها من خلال تحليل تفاعلات الكروماتين". Nature . 485 ( 7398): 376–80. Bibcode :2012Natur.485..376D. doi :10.1038/nature11082. PMC 3356448. PMID  22495300. 
  65. ^ Imakaev M، Fudenberg G، McCord RP، Naumova N، Goloborodko A، Lajoie BR، وآخرون. (أكتوبر 2012). "التصحيح التكراري لبيانات Hi-C يكشف عن السمات المميزة لتنظيم الكروموسوم". Nature Methods . 9 (10): 999–1003. doi :10.1038/nmeth.2148. PMC 3816492. PMID 22941365  . 
  66. ^ Imakaev M، Fudenberg G، McCord RP، Naumova N، Goloborodko A، Lajoie BR، Dekker J، Mirny LA (أكتوبر 2012). "التصحيح التكراري لبيانات Hi-C يكشف عن السمات المميزة لتنظيم الكروموسوم". Nature Methods . 9 (10): 999–1003. doi :10.1038/nmeth.2148. PMC 3816492. PMID 22941365  . 
  67. ^ Zambelli F, Pesole G, Pavesi G (مارس 2013). "اكتشاف النمط ومواقع ربط عوامل النسخ قبل وبعد عصر تسلسل الجيل التالي". Briefings in Bioinformatics . 14 (2): 225–37. doi :10.1093/bib/bbs016. PMC 3603212. PMID 22517426  . 
  68. ^ Bailey, SD, Zhang, X., Desai, K., Aid, M., Corradin, O., Cowper-Sal·lari, R., … Lupien, M. (2015). يوفر ZNF143 خصوصية التسلسل لتأمين تفاعلات الكروماتين في مُحفِّزات الجينات. Nature Communications، 2، 6186. تم الاسترجاع من https://doi.org/10.1038/ncomms7186
  69. ^ K. Wong وY. Li وC. Peng، "تحديد أزواج أنماط الحمض النووي المقترنة في تفاعلات الكروماتين طويلة المدى في الإنسان"، المجلد 32، العدد سبتمبر 2015، ص 321-324، 2016.
  70. ^ كا تشون وونغ؛ MotifHyades: تعظيم التوقعات لاكتشاف أزواج أنماط الحمض النووي الجديدة على التسلسلات المزدوجة، علم الأحياء الحاسوبي، المجلد 33، العدد 19، 1 أكتوبر 2017، الصفحات 3028-3035، https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx381
  71. ^ Harewood L, Kishore K, Eldridge MD, Wingett S, Pearson D, Schoenfelder S, Collins VP, Fraser P (يونيو 2017). "Hi-C كأداة للكشف الدقيق وتوصيف إعادة ترتيب الكروموسومات وتباين عدد النسخ في الأورام البشرية". علم الأحياء الجينومي . 18 (1): 125. doi : 10.1186/s13059-017-1253-8 . PMC 5488307. PMID  28655341. 
  72. ^ Taberlay PC, Achinger-Kawecka J, Lun AT, Buske FA, Sabir K, Gould CM, et al. (يونيو 2016). "الخلل ثلاثي الأبعاد في جينوم السرطان يحدث بالتزامن مع التغيرات الجينية والوراثية طويلة المدى". Genome Research . 26 (6): 719–31. doi :10.1101/gr.201517.115. PMC 4889976. PMID  27053337 . 

قراءة إضافية

  • Barutcu AR، Fritz AJ، Zaidi SK، van Wijnen AJ، Lian JB، Stein JL، Nickerson JA، Imbalzano AN، Stein GS (يناير 2016). "C-ing the Genome: A Compendium of Chromosome Conformation Capture Methods to Study Higher-Order Chromatin Organization". مجلة علم وظائف الأعضاء الخلوية . 231 (1): 31-5. doi :10.1002/jcp.25062. PMC 4586368.  PMID 26059817  .
  • Marbouty M, Koszul R (ديسمبر 2015). "تحليل الميتاجينوم باستخدام بيانات التقاط تكوين الكروموسوم عالية الإنتاجية (3C)". مراجعة. Trends in Genetics . 31 (12): 673–682. doi :10.1016/j.tig.2015.10.003. PMC  6831814. PMID  26608779 .
  • ديكر جيه (25 نوفمبر 2014). "طريقتان لطي الجينوم أثناء دورة الخلية: رؤى تم الحصول عليها من خلال التقاط تكوين الكروموسوم". علم الوراثة والكروماتين . 7 (1): 25. doi : 10.1186/1756-8935-7-25 . PMC  4247682. PMID  25435919.
  • O'Sullivan JM، Hendy MD، Pichugina T، Wake GC، Langowski J (سبتمبر-أكتوبر 2013). "الميكانيكا الإحصائية لالتقاط تكوين الكروموسوم". Nucleus . 4 (5): 390–8. doi :10.4161/nucl.26513. PMC  3899129. PMID  24051548 .
  • Umbarger MA (نوفمبر 2012). "اختبارات التقاط تكوين الكروموسوم في البكتيريا". مراجعة. الطرق . 58 (3): 212-20. doi :10.1016/j.ymeth.2012.06.017. PMID  22776362. S2CID  24234275.
  • باريلو ف، ميركينشلاجر م (سبتمبر 2005). "التعبير الجيني: قد يساعد النمو معًا الجينات على السير في طرق منفصلة". الأخبار والتعليقات. المجلة الأوروبية لعلم الوراثة البشرية . 13 (9): 993-4. doi : 10.1038/sj.ejhg.5201464 . PMID  15999115. S2CID  29714576.
  • Marvin M, Tan-Wong SM (2016-04-23). ​​"التقاط تكوين الكروموسوم" (طريقة تجارية) . Abcam PLC . تم الاسترجاع في 23 أبريل 2016 .

انظر أيضا

Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Chromosome_conformation_capture&oldid=1234586529"
Original text
Rate this translation
Your feedback will be used to help improve Google Translate