الترسيب المناعي للكروماتين

📅 آخر تحديث: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 2 صور
الموسوعة الحرة
سير عمل تسلسل ChIP

يُعدّ ترسيب الكروماتين المناعي ( ChIP ) نوعًا من تقنيات الترسيب المناعي التجريبية المستخدمة لدراسة التفاعل بين البروتينات والحمض النووي في الخلية. ويهدف إلى تحديد ما إذا كانت بروتينات معينة مرتبطة بمناطق جينومية محددة، مثل عوامل النسخ على المحفزات أو مواقع ارتباط الحمض النووي الأخرى ، وربما تحديد السيسترومات . كما يهدف ChIP إلى تحديد الموقع المحدد في الجينوم الذي ترتبط به تعديلات الهيستون المختلفة ، مما يشير إلى هدف مُعدِّلات الهيستون. [ 1 ] يُعدّ ChIP بالغ الأهمية للتقدم في مجال علم التخلق الجيني وفهم الظواهر فوق الجينية بشكل أعمق. [ 2 ]

باختصار، الطريقة التقليدية هي كما يلي:

  1. يتم ربط الحمض النووي والبروتينات المرتبطة به على الكروماتين في الخلايا الحية أو الأنسجة (هذه الخطوة محذوفة في تقنية Native ChIP).
  2. ثم يتم تقطيع معقدات الحمض النووي والبروتين (الكروماتين والبروتين) إلى  أجزاء من الحمض النووي يبلغ طولها حوالي 500 زوج قاعدي عن طريق المعالجة بالموجات فوق الصوتية أو الهضم بالنيوكلياز.
  3. يتم ترسيب شظايا الحمض النووي المتشابكة المرتبطة بالبروتين (البروتينات) محل الاهتمام بشكل انتقائي من حطام الخلية باستخدام جسم مضاد مناسب خاص بالبروتين.
  4. تُنقى شظايا الحمض النووي المرتبطة وتُحدد تسلسلاتها. ويمثل إثراء تسلسلات الحمض النووي المحددة مناطق على الجينوم يرتبط بها البروتين محل الاهتمام داخل الكائن الحي .

نموذج نموذجي لتقنية ChIP

يوجد نوعان رئيسيان من تقنية ChIP، ويختلفان بشكل أساسي في تحضير الكروماتين الأولي. يستخدم النوع الأول كروماتينًا متشابكًا قابلًا للعكس، مُجزأً بواسطة الموجات فوق الصوتية، ويُسمى ChIP المتشابك (XChIP). أما النوع الثاني، فيستخدم كروماتينًا طبيعيًا مُجزأً بواسطة هضم النيوكلياز الميكروكوكي .

تقنية ربط الرقائق المتشابكة (XChIP)

يُعدّ ChIP المُتشابك مناسبًا بشكل أساسي لرسم خريطة الحمض النووي المستهدف لعوامل النسخ أو البروتينات الأخرى المرتبطة بالكروماتين، ويستخدم الكروماتين المُتشابك بشكل عكسي كمادة أولية. يمكن أن يكون عامل التشابك العكسي هو الفورمالديهايد [ 3 ] أو الأشعة فوق البنفسجية [ 4 ] . بعد ذلك، يُقسّم الكروماتين المُتشابك عادةً باستخدام الموجات فوق الصوتية، مما يُنتج شظايا يتراوح طولها بين 300 و1000 زوج قاعدي . وقد استُخدم التشابك الخفيف بالفورمالديهايد متبوعًا بالهضم بالنيوكلياز لتقطيع الكروماتين [ 5 ] . وقد أثبتت شظايا الكروماتين التي يتراوح طولها بين 400 و500  زوج قاعدي ملاءمتها لفحوصات ChIP لأنها تُغطي من اثنين إلى ثلاثة نيوكليوسومات .

تُزال بقايا الخلايا من المستخلص المُقسّم بالترسيب، ثم تُستخلص معقدات البروتين-DNA بشكل انتقائي باستخدام أجسام مضادة نوعية للبروتين (أو البروتينات) المستهدفة. عادةً ما تُربط الأجسام المضادة بالأغاروز أو السيفاروز أو الخرز المغناطيسي. بدلاً من ذلك، يمكن الاحتفاظ بمعقدات الكروماتين-الأجسام المضادة بشكل انتقائي وفصلها باستخدام أقراص بوليمر خاملة. [ 6 ] [ 7 ] تُجمع المعقدات المُستخلصة بالترسيب المناعي (أي معقد الخرز-الجسم المضاد-البروتين-تسلسل الحمض النووي المستهدف) وتُغسل لإزالة الكروماتين المرتبط بشكل غير نوعي، ثم يُفك الارتباط التساهمي بين البروتين والحمض النووي ، وتُزال البروتينات بالهضم باستخدام بروتينيز K. يمكن استخدام نسخة مُوسومة بعلامة محددة من البروتين المستهدف، أو باستخدام البيوتين في الجسم الحي [ 8 ] بدلاً من الأجسام المضادة للبروتين الأصلي المستهدف.

ثم يتم تنقية الحمض النووي المرتبط بالمركب وتحديده عن طريق تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، أو المصفوفات الدقيقة ( ChIP-on-chip )، أو الاستنساخ الجزيئي والتسلسل، أو التسلسل عالي الإنتاجية المباشر ( ChIP-Seq ).

تقنية ChIP الأصلية (NChIP)

يُعدّ ChIP الأصلي مناسبًا بشكل أساسي لرسم خريطة الحمض النووي المستهدف لمعدلات الهيستون . عادةً، يُستخدم الكروماتين الأصلي كنقطة بداية. ونظرًا لأن الهيستونات تلتف حول الحمض النووي لتشكيل النيوكليوسومات، فإنها تكون مرتبطة بشكل طبيعي. بعد ذلك، يُقطع الكروماتين بواسطة هضم النيوكلياز الميكروكوكي، الذي يقطع الحمض النووي عند طول الرابط، تاركًا النيوكليوسومات سليمة، وموفرًا شظايا من الحمض النووي يتراوح طولها بين نيوكليوسوم واحد (200  زوج قاعدي) وخمسة نيوكليوسومات (1000  زوج قاعدي). بعد ذلك، تُستخدم طرق مشابهة لـ XChIP لإزالة حطام الخلايا، وترسيب البروتين المطلوب، وإزالة البروتين من المركب المُرسب، وتنقية وتحليل الحمض النووي المرتبط بالمركب.

مقارنة بين XChIP و NChIP

تتمثل الميزة الرئيسية لتقنية NChIP في خصوصية الأجسام المضادة . تُنتَج معظم الأجسام المضادة للهستونات المعدلة ضد مستضدات ببتيدية اصطناعية غير مثبتة. قد تتعطل أو تُدمَّر الحواتم التي تحتاجها هذه الأجسام المضادة للتعرف عليها في تقنية XChIP بفعل الربط المتقاطع بالفورمالديهايد ، لا سيما وأن هذه الروابط المتقاطعة من المرجح أن تشمل مجموعات الأمينو ε لليسين في النهايات الأمينية، مما يؤدي إلى تعطيل الحواتم. وهذا ما يفسر على الأرجح انخفاض كفاءة بروتوكولات XChIP باستمرار مقارنةً بتقنية NChIP.

لكن تقنيتي XChIP وNChIP تختلفان في أهدافهما ومزاياهما مقارنةً ببعضهما البعض. تُستخدم تقنية XChIP لرسم خرائط المواقع المستهدفة لعوامل النسخ والبروتينات الأخرى المرتبطة بالكروماتين؛ بينما تُستخدم تقنية NChIP لرسم خرائط المواقع المستهدفة لمعدلات الهيستون (انظر الجدول 1).

مقارنة بين ChIP-seq و ChIP-chip

يُعدّ تسلسل الترسيب المناعي للكروماتين، المعروف أيضًا باسم ChIP-seq ، تقنية تجريبية تُستخدم لتحديد مواقع ارتباط عوامل النسخ في جميع أنحاء الجينوم . ويُشكّل فهم كيفية تفاعل البروتينات في جسم الإنسان مع الحمض النووي لتنظيم التعبير الجيني عنصرًا أساسيًا في معرفتنا بالأمراض البشرية والعمليات البيولوجية. وتُعتبر تقنية ChIP-seq التقنية الرئيسية لإنجاز هذه المهمة، إذ أثبتت فعاليتها العالية في تحديد كيفية تأثير البروتينات وعوامل النسخ على الآليات الظاهرية. وبشكل عام، برزت تقنية ChIP-seq كطريقة فعّالة للغاية لتحديد هذه العوامل، ولكن توجد طريقة منافسة تُعرف باسم ChIP-on-chip.

تقنية ChIP-on-chip ، والمعروفة أيضًا باسم ChIP-chip، هي تقنية تجريبية تُستخدم لعزل وتحديد المواقع الجينومية التي تشغلها بروتينات محددة ترتبط بالحمض النووي في الخلايا الحية. تُعدّ هذه التقنية حديثة نسبيًا، إذ طُوّرت عام 2001 على يد بيغي فارنهام ومايكل تشانغ. وقد سُمّيت ChIP-on-chip بهذا الاسم لدمجها بين طريقتي ترسيب الكروماتين المناعي ومصفوفة الحمض النووي الدقيقة .

تسعى الطريقتان إلى تحقيق نتائج مماثلة، إذ تهدفان إلى إيجاد مواقع ارتباط البروتينات التي تُساعد في تحديد العناصر في الجينوم البشري. تُعدّ هذه العناصر في الجينوم البشري مهمةً لتعزيز المعرفة بالأمراض البشرية والعمليات البيولوجية. يكمن الفرق بين تقنيتي ChIP-seq وChIP-chip في الموقع المحدد لتحديد ارتباط البروتين. ويكمن الاختلاف الرئيسي في فعالية التقنيتين، حيث تُنتج ChIP-seq نتائج ذات حساسية ودقة مكانية أعلى نظرًا لتغطيتها الجينومية الواسعة. مع أن ChIP-seq أثبتت كفاءتها العالية مقارنةً بـ ChIP-chip، إلا أنها ليست الخيار الأول دائمًا للعلماء. يُعدّ ارتفاع تكلفة ChIP-seq وصعوبة الوصول إليها من أبرز عيوبها، مما أدى إلى انتشار استخدام ChIP-chip على نطاق أوسع في المختبرات حول العالم. [ 2 ]

تقارن هذه الصورة فعالية التقنيتين التجريبيتين، ChIP-seq و ChIP-chip.

الجدول 1: مزايا وعيوب تقنيتي NChIP و XChIP

XChipبرنامج NChiP
المزايامناسب لعوامل النسخ، أو أي بروتينات أخرى مرتبطة بالكروماتين ذات ارتباط ضعيف. ينطبق على أي كائنات حية يصعب فيها تحضير البروتين الأصلي.خصوصية الأجسام المضادة القابلة للاختبار، خصوصية أفضل للأجسام المضادة نظرًا لأن البروتين المستهدف سليم بشكل طبيعي

كفاءة أفضل في استعادة الكروماتين والبروتين بفضل خصوصية أفضل للأجسام المضادة

العيوبقد يؤدي عدم كفاءة استعادة الكروماتين بسبب تعطيل بروتين الهدف للأجسام المضادة إلى نتيجة إيجابية خاطئة بسبب تثبيت البروتينات العابرة على الكروماتين. كما أن هناك نطاقًا واسعًا لحجم قص الكروماتين بسبب القطع العشوائي بواسطة الموجات فوق الصوتية.لا يُعدّ مناسبًا عادةً للبروتينات غير الهيستونية. قد تُعاد ترتيب النيوكليوسومات أثناء الهضم.

تاريخ وأساليب الرقائق الجديدة

في عام ١٩٨٤، استخدم جون تي. ليس وديفيد جيلمور، الذي كان حينها طالب دراسات عليا في مختبر ليس، الأشعة فوق البنفسجية، وعامل ربط متقاطع عديم الطول بين البروتين والحمض النووي، لربط البروتينات المرتبطة بالحمض النووي في الخلايا البكتيرية الحية بروابط تساهمية. بعد تحلل الخلايا المرتبطة وترسيب بوليميراز الحمض النووي الريبي البكتيري، تم تهجين الحمض النووي المرتبط ببوليميراز الحمض النووي الريبي المُخصب مع مجسات تتوافق مع مناطق مختلفة من جينات معروفة لتحديد التوزيع والكثافة داخل الخلايا الحية لبوليميراز الحمض النووي الريبي في هذه الجينات. بعد عام، استخدموا نفس المنهجية لدراسة توزيع بوليميراز الحمض النووي الريبي II حقيقي النواة على جينات الصدمة الحرارية في ذبابة الفاكهة. تُعتبر هذه التقارير من الدراسات الرائدة في مجال ترسيب الكروماتين المناعي. [ ٩ ] [ ١٠ ] تم تعديل وتطوير تقنية XChIP لاحقًا بواسطة ألكسندر فارشافسكي وزملاؤه، الذين فحصوا توزيع الهيستون H4 على جينات الصدمة الحرارية باستخدام الربط المتقاطع بالفورمالديهايد. [ 11 ] [ 12 ] خضعت هذه التقنية لتطوير وتحسين مكثفين بعد ذلك. [ 13 ] وُصفت تقنية NChIP لأول مرة من قِبل هيبس وآخرون ، عام 1988، [ 14 ] كما شهدت هيبس تطويرًا وتحسينًا سريعًا. [ 15 ] عادةً ما يستغرق اختبار ChIP التقليدي من 4 إلى 5 أيام ويتطلب ما لا يقل عن 10⁶ إلى 10⁷ خلية. أما الآن، فيمكن إجراء تقنيات جديدة لتقنية ChIP باستخدام 100 إلى 1000 خلية فقط، وإتمامها في غضون يوم واحد.

  • تقنية ChIP الخالية من الخرز : تستخدم هذه الطريقة المبتكرة أقراصًا من بوليمر خامل مسامي، مُعدّلة وظيفيًا إما ببروتين A أو G، في أعمدة طرد مركزي أو صفائح دقيقة. يُحتفظ بمركب الكروماتين-الجسم المضاد بشكل انتقائي بواسطة القرص، ثم يُستخلص للحصول على حمض نووي مُخصّب لتطبيقات لاحقة مثل تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (qPCR) والتسلسل. صُممت البيئة المسامية خصيصًا لزيادة كفاءة الالتقاط إلى أقصى حد وتقليل الارتباط غير النوعي. بفضل قلة التدخل اليدوي والبروتوكولات المُحسّنة، يُمكن إجراء تقنية ChIP في غضون 5 ساعات. [ 7 ]
  • تقنية الترسيب المناعي للكروماتين الحامل (CChIP): يمكن استخدام 100 خلية فقط في هذه التقنية، وذلك بإضافة خلايا ذبابة الفاكهة كحامل للكروماتين لتقليل الفقد وتسهيل ترسيب الكروماتين المستهدف. مع ذلك، تتطلب هذه التقنية بادئات عالية التخصص للكشف عن كروماتين الخلية المستهدفة من خلفية الكروماتين الحامل، وتستغرق من يومين إلى ثلاثة أيام. [ 16 ]
  • تقنية ChIP السريعة (qChIP): قللت هذه التقنية من وقت اختبار ChIP التقليدي بتقصير خطوتين: (أ) استخدام حمام الموجات فوق الصوتية لتسريع ارتباط الأجسام المضادة بالبروتينات المستهدفة، وبالتالي تقليل وقت الترسيب المناعي؛ (ب) استخدام راتنج Chelex-100 لعزل الحمض النووي، مما يقلل وقت فك الارتباط وعزل الحمض النووي. مع ذلك، فإن هذه التقنية السريعة مناسبة فقط لعينات الخلايا الكبيرة (بحجم يتراوح بين 10⁶ و10⁷ خلية ) . [ 17 ] [ 18 ] يمكن معالجة ما يصل إلى 24 عينة من الكروماتين المقطّع للحصول على حمض نووي جاهز لتفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) خلال 5 ساعات، مما يسمح بفحص عوامل كروماتين متعددة في وقت واحد، أو دراسة الأحداث الجينومية على مدى فترات زمنية متعددة. [ 19 ]
  • تقنية ChIP السريعة والكمية (Q 2 ChIP): تستخدم هذه التقنية 100,000 خلية كمادة أولية، وهي مناسبة لما يصل إلى 1,000 عينة ChIP للهيستونات أو 100 عينة ChIP لعوامل النسخ. وبالتالي، يمكن تحضير العديد من عينات الكروماتين وتخزينها بالتوازي، ويمكن إجراء تقنية Q 2 ChIP في يوم واحد. [ 20 ]
  • تقنية الترسيب المناعي الدقيق للكروماتين (μChIP): عادةً ما يُحضّر الكروماتين من 1000 خلية، ويمكن إجراء ما يصل إلى 8 تجارب ترسيب مناعي دقيق للكروماتين بالتوازي دون استخدام حوامل. يمكن أيضًا بدء التحليل بـ 100 خلية، ولكنه مناسب لتجربة ترسيب مناعي دقيق واحدة فقط. كما يمكن استخدام خزعات نسيجية صغيرة (1  مم³ ) ، ويمكن إتمام تجربة الترسيب المناعي الدقيق للكروماتين في غضون يوم واحد. [ 21 ] [ 22 ]
  • تقنية ChIP المصفوفية : هي تقنية ChIP تعتمد على الألواح الدقيقة ، وتتميز بزيادة الإنتاجية وتبسيط الإجراءات. تُجرى جميع الخطوات داخل آبار الألواح الدقيقة دون الحاجة إلى نقل العينات، مما يتيح إمكانية التشغيل الآلي. تُمكّن هذه التقنية من إجراء 96 اختبار ChIP للهيستونات وبروتينات أخرى مرتبطة بالحمض النووي في يوم واحد. [ 23 ]
  • تقنية الترسيب المناعي للكروماتين في علم الأمراض (PAT-ChIP): تسمح هذه التقنية بإجراء الترسيب المناعي للكروماتين من أنسجة علم الأمراض المثبتة بالفورمالين والمضمنة في البارافين، وبالتالي استخدام أرشيفات علم الأمراض (حتى تلك التي مضى عليها عدة سنوات) لإجراء التحليلات فوق الجينية وتحديد المؤشرات الحيوية أو الأهداف فوق الجينية المرشحة. [ 24 ]

تم تطبيق تقنية ChIP أيضًا لتحليل الجينوم بأكمله من خلال دمجها مع تقنية المصفوفات الدقيقة ( ChIP-on-chip ) أو تقنية تسلسل الحمض النووي من الجيل الثاني ( Chip-Sequencing ). كما يمكن دمج ChIP مع تسلسل علامات النهاية المزدوجة في تحليل تفاعل الكروماتين باستخدام تسلسل علامات النهاية المزدوجة (ChIA-PET)، وهي تقنية طُوّرت لتحليل واسع النطاق وجديد لبنى الكروماتين عالية الرتبة. [ 25 ] [ 26 ] [ 27 ]

القيود

  • تُعدّ التجارب واسعة النطاق باستخدام تقنية ChIP تحديًا عند استخدام الكائنات النموذجية السليمة. ويعود ذلك إلى ضرورة إنتاج أجسام مضادة لكل عامل نسخ، أو بدلاً من ذلك، إنتاج كائنات نموذجية معدلة وراثيًا تُعبّر عن عوامل النسخ الموسومة بعلامات محددة.
  • يواجه الباحثون الذين يدرسون أنماط التعبير الجيني التفاضلي في الكائنات الحية الصغيرة أيضًا مشاكل حيث يتم التعبير عن الجينات بمستويات منخفضة، في عدد قليل من الخلايا، وفي نافذة زمنية ضيقة.
  • لا تستطيع تجارب ChIP التمييز بين الأشكال المختلفة لعامل النسخ ( الشكل البروتيني ).

انظر أيضاً

  • تقنية ChIP-exo ، وهي تقنية تضيف معالجة الإكسونوكلياز إلى عملية ChIP للحصول على دقة تصل إلى زوج قاعدي واحد لمواقع الارتباط
  • تقنية ChIP-on-chip تجمع بين تقنية ChIP وتقنية المصفوفات الدقيقة
  • DamID ، وهي تقنية بديلة لتحديد المواقع لا تتطلب أجسامًا مضادة محددة
  • تقنية RIP-Chip ، وهي تقنية مشابهة لتحليل تفاعلات الحمض النووي الريبي مع البروتين

مراجع

  1. ↑ كولاس، فيليب. (يناير 2010). " الوضع الحالي لترسيب الكروماتين المناعي". التكنولوجيا الحيوية الجزيئية . 45 (1): 87-100 . doi : 10.1007/s12033-009-9239-8 . PMID 20077036. S2CID 24225210 .  
  2. 1 2 روزنفيلد، جون م؛ كوك، تريسي؛ لي، زيرونغ؛ سايتو، كان؛ تاغانوف، كونستانتين؛ ثياغاراجان، بهاسكار؛ سولاش، أليخاندرا (مارس 2013). "التحسين المنهجي للمعايير المستخدمة في تحضير الكروماتين وسير عمل ترسيب الكروماتين المناعي (ChIP)" . علم التخلق والكروماتين . 6 (ملحق 1): ص 122، 1756-8935-6-S1-P122. doi : 10.1186/1756-8935-6-S1-P122 . ISSN 1756-8935 . PMC 3620580 .  
  3. ↑ جاكسون، فون (نوفمبر 1978). "دراسات حول تنظيم الهيستونات في النيوكليوسوم باستخدام الفورمالديهايد كعامل ربط متقاطع قابل للعكس". الخلية . 15 ( 3): 945-954 . doi : 10.1016/0092-8674(78)90278-7 . PMID 569554. S2CID 25169609 .  
  4. ↑ جيلمور دي إس، ليس جيه تي (أغسطس 1985). "التفاعلات الحيوية لبوليميراز الحمض النووي الريبي II مع جينات ذبابة الفاكهة (دروسوفيلا ميلانوجاستر ) " . علم الأحياء الجزيئي والخلوي . 5 (8): 2009-218 . doi : 10.1128/mcb.5.8.2009 . PMC 366919. PMID 3018544 .  
  5. ↑ باور يو إم، دوجات إس، نيلسن إس جيه، نايتنجيل كيه، كوزاريدس تي (يناير 2002). "يرتبط مثيلة الأرجينين 17 في الهيستون H3 بتنشيط الجينات" . تقارير EMBO . 3 (1): 39-44 . doi : 10.1093/embo-reports/kvf013 . PMC 1083932. PMID 11751582 .  
  6. ↑ بينون، آمي ل.؛ باركس، ليندسي ج.؛ تيرنر، ماثيو ل.؛ نايت، ستيف؛ كونلان، ستيف؛ فرانسيس، لويس؛ ستوكس، بن (سبتمبر 2014). "Chromatrap 96: منصة جديدة للحالة الصلبة لتقنية ChIP عالية الإنتاجية" . Nature Methods . 11 (9): i– ii. doi : 10.1038/nmeth.f.372 . ISSN 1548-7091 . 
  7. 1 2 "Chromatrap" .منصة ثورية صلبة لترسيب الكروماتين المناعي.
  8. ↑ فيينز أ وآخرون (2004). "استخدام البيوتينيل البروتيني في الجسم الحي لترسيب الكروماتين المناعي". الكيمياء الحيوية التحليلية . 325 (1): 68-76 . doi : 10.1016/j.ab.2003.10.015 . PMID 14715286 .  
  9. ↑ جيلمور، د. س.، وليس، ج. ت. (1984). "الكشف عن تفاعلات البروتين مع الحمض النووي في الكائنات الحية: توزيع بوليميراز الحمض النووي الريبي على جينات بكتيرية محددة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 81 (14): 4275-4279 . Bibcode : 1984PNAS...81.4275G . doi : 10.1073/pnas.81.14.4275 . PMC 345570. PMID 6379641 .  
  10. ↑ جيلمور دي إس، ليس جيه تي (أغسطس 1985). "التفاعلات الحيوية لبوليميراز الحمض النووي الريبي II مع جينات ذبابة الفاكهة (دروسوفيلا ميلانوجاستر)" . بيولوجيا الخلية الجزيئية 5 ( 8): 2009-218 . doi : 10.1128/mcb.5.8.2009 . PMC 366919. PMID 3018544 .  
  11. ↑ فارشافسكي أ (ديسمبر 2008). " اكتشاف التنظيم الخلوي عن طريق تحلل البروتين" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 283 (50): 34469-89 . doi : 10.1074/jbc.X800009200 . PMC 3259866. PMID 18708349 .  
  12. ↑ سولومون، مارك جيه؛ لارسن، باميلا إل؛ فارشافسكي، ألكسندر. (يونيو 1988). "رسم خرائط تفاعلات البروتين مع الحمض النووي في الجسم الحي باستخدام الفورمالديهايد: دليل على احتفاظ الهيستون H4 بجين عالي النسخ". الخلية . 53 ( 6): 937-47 . doi : 10.1016/S0092-8674(88)90469-2 . PMID 2454748. S2CID 11169130 .  
  13. ↑ أورلاندو، ف. (مارس 2000). "تحديد مواقع البروتينات الكروموسومية في الجسم الحي باستخدام ترسيب الكروماتين المتشابك بالفورمالديهايد". اتجاهات في العلوم البيوكيميائية . 25 (3): 99-104 . doi : 10.1016/S0968-0004(99)01535-2 . PMID 10694875 . 
  14. ↑ هيبس، تيم ر؛ ثورن، آلان و؛ كرين-روبنسون س (مايو 1988). "رابط مباشر بين أستلة الهيستون الأساسي والكروماتين النشط نسخياً" . مجلة EMBO . 7 (5): 1395-1402 . doi : 10.1002/j.1460-2075.1988.tb02956.x . PMC 458389. PMID 3409869 .  
  15. ↑ أونيل، لورا ب؛ تيرنر، برايان م (سبتمبر 2003). "الترسيب المناعي للكروماتين الأصلي: NChIP". طرق . 31 (1): 76-82 . doi : 10.1016/S1046-2023(03)00090-2 . PMID 12893176 . 
  16. ↑ أونيل، لورا ب؛ فيرميليا، ماثيو د؛ تيرنر، برايان م (يوليو 2006). "التوصيف فوق الجيني للجنين المبكر باستخدام بروتوكول ترسيب الكروماتين المناعي القابل للتطبيق على مجموعات الخلايا الصغيرة". علم الوراثة الطبيعية . 38 (7): 835-41 . doi : 10.1038/ng1820 . PMID 16767102. S2CID 28311996 .  
  17. ↑ نيلسون، جويل د؛ دينيسينكو، أوليغ؛ سوفا، بافيل؛ بومشتيك، كارول (2006). "فحص الترسيب المناعي السريع للكروماتين" . أبحاث الأحماض النووية . 34 (1): e2. doi : 10.1093/nar/gnj004 . PMC 1325209. PMID 16397291 .  
  18. ↑ نيلسون، جويل د؛ دينيسينكو، أوليغ؛ بومستيك، كارول (2006). "بروتوكول طريقة الترسيب المناعي السريع للكروماتين (ChIP)". Nature Protocols . 1 (1): 179–85 . doi : 10.1038/nprot.2006.27 . PMID 17406230. S2CID 20577722 .  
  19. ↑ نيلسون ج، دينيسينكو أ، بومزتيك ك (2009). "طريقة الترسيب المناعي السريع للكروماتين". فحوصات الترسيب المناعي للكروماتين . طرق في البيولوجيا الجزيئية . المجلد 567. الصفحات 45-57 . doi : 10.1007/978-1-60327-414-2_3 . ISBN   978-1-60327-413-5PMID 19588084​​ 
  20. ↑ دال، جون آرني؛ كولاس، فيليب (أبريل 2007). "Q2 ChIP ، وهو اختبار سريع وكمي لترسيب الكروماتين المناعي، يكشف عن الديناميكيات فوق الجينية للجينات المنظمة نمائيًا في خلايا سرطان الإنسان" . الخلايا الجذعية . 25 (4): 1037-1046 . doi : 10.1634/stemcells.2006-0430 . PMID 17272500 . 
  21. ↑ دال، جون آرني؛ كولاس، فيليب (2008). " فحص سريع للترسيب المناعي للكروماتين الدقيق (microChIP)". بروتوكولات الطبيعة . 3 (6): 1032-1045 . doi : 10.1038/nprot.2008.68 . PMID 18536650. S2CID 29529307 .  
  22. ↑ دال، جون آرني؛ كولاس، فيليب (2009). "μChIP: الترسيب المناعي للكروماتين لأعداد صغيرة من الخلايا". فحوصات الترسيب المناعي للكروماتين . طرق في البيولوجيا الجزيئية . المجلد 567. الصفحات 59-74 . doi : 10.1007/978-1-60327-414-2_4 . ISBN   978-1-60327-413-5PMID 19588085​​ 
  23. ↑ فلانجين، ستيف؛ نيلسون، جويل د؛ كاستنر، ديفيد ج؛ دينيسينكو، أوليغ؛ بومشتيك، كارول (فبراير 2008). " طريقة ترسيب الكروماتين المناعي القائمة على الألواح الدقيقة، Matrix ChIP: منصة لدراسة إشارات الأحداث الجينومية المعقدة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 36 (3): e17. doi : 10.1093/nar/gkn001 . PMC 2241906. PMID 18203739 .  
  24. ↑ فانيلي، ميركو؛ أماتوري، ستيفانو؛ باروزي، إيروس؛ سونشيني، ماتياس؛ زوفو، روبرتو دال؛ بوتشي، غابرييل؛ كابرا، ماريا؛ كوارتو، ميكايلا؛ ديلينو، غايتانو إيفان (14 ديسمبر 2010). "ترسيب الكروماتين المناعي في أنسجة علم الأمراض، مقترنًا بالتسلسل عالي الإنتاجية، يسمح بالتنميط اللاجيني لعينات المرضى" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 107 (50): 21535-21540 . Bibcode : 2010PNAS..10721535F . doi : 10.1073/pnas.1007647107 . ISSN 0027-8424 . PMC 3003125 . PMID 21106756 .   
  25. ↑ فولود، ميليسا جيه؛ هان، يويوان؛ وي، تشيا-لين؛ روان، شياوآن؛ روان، ييجون (يناير 2010). تحليل تفاعل الكروماتين باستخدام تسلسل العلامات المزدوجة . المجلد. الفصل 21. الصفحات. الوحدة 21.15.1–25. doi : 10.1002/0471142727.mb2115s89 . ISBN   978-0471142720. PMC 6924956 . PMID 20069536 .  {{cite book}}تم |journal=تجاهله ( مساعدة )
  26. ↑ لي، غوليانغ؛ فولود، ميليسا جيه؛ شو، هان؛ مولاوادي، فابيانوس هندريان؛ فيلكوف، ستويان؛ فيغا، فينسينسيوس؛ أرياراتني، براميلا نوانثا؛ محمد، يوسف بن؛ أوي، هونغ-ساين؛ تيناككون، تشاندانا؛ وي، تشيا-لين؛ روان، ييجون؛ سونغ، وينغ-كين (فبراير 2010). "أداة ChIA-PET لتحليل تفاعل الكروماتين الشامل باستخدام تسلسل العلامات المزدوجة الطرفية" . علم الأحياء الجينومي . 11 (2): R22. doi : 10.1186/gb-2010-11-2-r22 . PMC 2872882. PMID 20181287 .  
  27. ↑ "ChIA-PET: طريقة جديدة لأبحاث رسم خرائط الجينوم الكامل ثلاثية الأبعاد" . ساينس ديلي . وكالة العلوم والتكنولوجيا والبحوث (A*STAR)، سنغافورة. 8 نوفمبر 2009. تاريخ الاطلاع: 14 مارس 2010 .