علم النسخ المكاني

📅 آخر تحديث: ١٩ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١٩ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 4 صور
الموسوعة الحرة

دمج البيانات من صورة مجهرية بؤرية وبيانات النسخ المكاني على ورم أرومي نخاعي بشري .

علم النسخ المكاني، أو علم النسخ المكاني المُحدد مكانيًا ، هو أسلوبٌ يُحدد السياق المكاني للنشاط النسخي داخل الأنسجة السليمة. [ 1 ] ويُعدّ التهجين الموضعي السلف التاريخي لعلم النسخ المكاني ، [ 2 ] حيث يشير مصطلح علم الجينوم الحديث إلى قياس جميع جزيئات mRNA في الخلية بدلًا من جزيئات RNA مُحددة. ويُمثل هذا العلم جزءًا هامًا من علم الأحياء المكاني .

يشمل علم النسخ المكاني أساليب يمكن تقسيمها إلى نمطين: الأول يعتمد على تقنيات التسلسل الجيني من الجيل التالي للكشف عن الجينات، والثاني يعتمد على التصوير. [ 3 ] ومن بين الأساليب الشائعة لتحديد التوزيع المكاني للنسخ: تقنيات التشريح المجهري، وطرق التهجين الموضعي الفلوري ، والتسلسل الموضعي ، وبروتوكولات الالتقاط الموضعي ، والأساليب الحاسوبية . [ 4 ]

تاريخ

طُوِّرت تقنية التهجين الموضعي في أواخر الستينيات على يد جوزيف ج. غال وماري -لو باردو [ 5 ] [ 6 ] ، وشهدت تطورات كبيرة في الثمانينيات مع تقنية التهجين الموضعي الفلوري لجزيء واحد ( smFISH )، وفي العقد الثاني من القرن الحادي والعشرين مع تقنيات RNAscope وseqFISH وMERFISH وosmFISH وseqFISH+، بالإضافة إلى مجهر الحمض النووي [ 7 ] . أما تقنيات التشريح المجهري، فقد طُوِّرت لأول مرة في أواخر التسعينيات (التشريح المجهري بالتقاط الليزر)، وجُمِعت مع تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) في عام 2013 في مختبر مايكل آيزن باستخدام أجنة ذبابة الفاكهة [ 4 ] [ 8 ] .

بدأ علم الجينوم المكاني كتقنية، أو ما يُشار إليه الآن باسم علم النسخ المكاني، في التسعينيات من القرن الماضي على يد مايكل دويل (من شركة إيولاس )، وموريس بيسيتيللي (من جامعة إلينوي في شيكاغو)، وبيتسي ويليامز (من جامعة هارفارد)، وجورج مايكلز (من جامعة جورج ماسون )، [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] كجزء من مشروع الجنين المرئي . [ 12 ] [ 13 ] وصف دويل وزملاؤه الباحثون طريقة تسمى التحليل المكاني للنشاط الجينومي (SAGA).

تم تطوير مفهوم الفهرسة المكانية هذا في عام 2016 على يد جوناس فريسن، ويواكيم لونديبيرغ، وباتريك ستال، وزملائهم في ستوكهولم، السويد. [ 14 ] وفي عام 2019، أُطلقت أولى المنصات التجارية لعلم النسخ المكاني، وهي GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP) من شركة Nanostring Technologies [ 15 ] وVisium من شركة 10X Genomics . [ 16 ] وفي عام 2019 أيضًا، طوّر مختبرا فاي تشين وإيفان ماكوسكو في معهد برود تقنية Slide-seq، التي تستخدم سلاسل قليلة النوكليوتيدات المشفرة على الخرز. [ 17 ]

التطبيقات

يُتيح تحديد التوزيع المكاني لجزيئات الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) الكشف عن التباين الخلوي في الأنسجة والأورام والخلايا المناعية [ 18 ] ، بالإضافة إلى تحديد التوزيع دون الخلوي للنسخ في ظروف مختلفة. [ 4 ] توفر هذه المعلومات فرصة فريدة لفهم بنية الخلايا ودون الخلوية في كل من الأنسجة والخلايا الفردية. تُقدم هذه المنهجيات رؤى بالغة الأهمية في مجالات علم الأجنة، وعلم الأورام، وعلم المناعة، وعلم الأعصاب، وعلم الأمراض، وعلم الأنسجة. [ 4 ] لا يُمكن تفسير وظائف الخلايا الفردية في الكائنات متعددة الخلايا تفسيرًا كاملًا إلا بتحديد موقعها الدقيق في الجسم. [ 4 ] سعت تقنيات علم النسخ المكاني إلى توضيح خصائص الخلايا بهذه الطريقة. فيما يلي، نستعرض الطرق التي تربط التعبير الجيني بالتنظيم المكاني للخلايا. [ 4 ]

نظرة عامة على طرق علم النسخ المكاني. 1-  طريقة التشريح المجهري. 2- طريقة التهجين الموضعي . 3- طريقة التسلسل الموضعي . 4- طريقة الالتقاط الموضعي . 5- الطريقة الحاسوبية . [ 19 ]    

التشريح المجهري

التشريح المجهري بالتقاط الليزر

تُمكّن تقنية التشريح المجهري بالليزر من التقاط الخلايا المفردة دون إحداث أي تغييرات مورفولوجية. [ 20 ] [ 21 ] وتعتمد هذه التقنية على استخدام غشاء شفاف من أسيتات فينيل الإيثيلين يُوضع على المقطع النسيجي، بالإضافة إلى شعاع ليزر بالأشعة تحت الحمراء منخفض الطاقة. [ 20 ] عند توجيه هذا الشعاع نحو الخلايا المستهدفة، ينصهر الغشاء الموجود فوق المنطقة المستهدفة مؤقتًا، مما يؤدي إلى تغطية الخلايا بالبوليمرات طويلة السلسلة والتقاطها بإحكام. [ 20 ] بعد ذلك، يُزال المقطع النسيجي وتبقى الخلايا المستهدفة مُضمنة في الغشاء. [ 20 ] تتيح هذه الطريقة إجراء المزيد من التحليلات الجينية لنسخ الحمض النووي الريبوزي (RNA) وإنشاء مكتبة الحمض النووي التكميلي (cDNA) للخلايا المُسترجعة.

تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) للقطاعات المجمدة الفردية

يُعدّ تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) للمناطق المختارة في المقاطع المجمدة الفردية طريقة أخرى لإنتاج بيانات التعبير الجيني على مستوى الجينوم بناءً على الموقع. [ 22 ] تُجرى هذه الطريقة دون استخدام تقنية التشريح المجهري بالليزر. وقد استُخدمت لأول مرة لتحديد الأنماط المكانية للتعبير الجيني على مستوى الجينوم في أجنة ذبابة الفاكهة المقطعة بالتجميد. [ 22 ] وتعتمد هذه الطريقة أساسًا على تحضير بسيط للمكتبة من المناطق المختارة من العينة. إلا أن هذه الطريقة واجهت صعوبات في الحصول على مكتبات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) عالية الجودة من كل مقطع بسبب فقدان المادة نتيجةً لقلة كمية الحمض النووي الريبوزي الكلي في كل شريحة. [ 4 ] [ 22 ] وقد تم حل هذه المشكلة بإضافة الحمض النووي الريبوزي (RNA) لنوع من ذبابة الفاكهة ذي صلة بعيدة إلى كل أنبوب بعد استخلاص الحمض النووي الريبوزي الأولي. [ 22 ]

GeoMx

يُعدّ جهاز GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP) (من شركة NanoString Technologies ) أول جهاز تجاري آلي مُصمّم لتحليل التوزيع المكاني للحمض النووي الريبوزي (RNA) والبروتينات في مقاطع الأنسجة المحفوظة في الفورمالين والمُضمّنة في البارافين (FFPE). [ 23 ] تُعتبر عينات FFPE شائعة الاستخدام في مجال علم الأمراض وعلم الأنسجة نظرًا لقدرتها على الحفاظ على بنية الأنسجة لفترات طويلة. تتمحور تقنية GeoMx DSP حول قدرة المستخدم على إجراء "تشريح دقيق" استنادًا إلى البنى النسيجية، والأجزاء الوظيفية، وأنواع الخلايا. مع ذلك، وعلى عكس تقنية فصل الخلايا بالليزر (LCM )، يتم تحليل التعبير الجيني بطريقة غير مُتلفة باستخدام الضوء، وذلك بفضل رمز شريطي قابل للتحلل الضوئي بالأشعة فوق البنفسجية مُدمج في مسبار التهجين الموضعي . ولتحقيق ذلك، تُصبغ مقاطع الأنسجة على شرائح المجهر بأجسام مضادة فلورية وصبغة نووية لتصوير مقطع النسيج بأكمله بدقة خلية واحدة على جهاز DSP. [ 23 ] يتم اختيار مناطق الاهتمام من خلال تجزئة آلية لشدة الإشارة الفلورية أو باستخدام أدوات الرسم، بما في ذلك الأشكال الهندسية أو المرسومة يدويًا. [ 23 ] تُعرَّض كل منطقة اهتمام بدقة للأشعة فوق البنفسجية، ثم تُفصل الرموز الشريطية وتُجمع وتُستخدم لتحديد الحمض النووي الريبوزي (RNA) أو البروتينات الموجودة في النسيج. [ 24 ] يمكن أن تتفاوت أحجام مناطق الاهتمام المحددة، من 10 إلى 600 ميكرومتر، مما يسمح بدراسة مجموعة واسعة من التراكيب والخلايا في العينة النسيجية. [ 4 ] [ 25 ] يمكن لتقنية GeoMx DSP تحليل وقياس النسخ الجينية الكاملة للإنسان أو الفأر مكانيًا، [ 26 ] أو أكثر من 1200 بروتين، أو كل من الحمض النووي الريبوزي والبروتين في بروتوكولات متعددة الأوميات على نفس الشريحة. [ 27 ]

تيفا

تحليل النسخ في الجسم الحي (TIVA) هو تقنية تُمكّن من التقاط الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) في خلايا مفردة حية ضمن مقاطع نسيجية حية سليمة. [ 28 ] تستخدم هذه التقنية علامة قابلة للتنشيط الضوئي. [ 4 ] [ 28 ] تحتوي علامة TIVA على عدة مجموعات وظيفية وسلسلة قليلة النوكليوتيدات متعددة اليوراسيل (poly(U)) مرتبطة بالبيوتين. [ 28 ] يسمح ببتيد مرتبط برابطة ثنائية الكبريتيد، مجاور للعلامة، باختراق غشاء الخلية. [ 28 ] بمجرد دخولها، يُستخدم التنشيط الضوئي بالليزر لإزالة حجب سلسلة قليلة النوكليوتيدات متعددة اليوراسيل (poly(U)) في الخلايا المستهدفة، بحيث تتهجن علامة TIVA مع جزيئات mRNA داخل الخلية. [ 28 ] بعد ذلك، يُستخدم الستربتافيدين لالتقاط مجموعة البيوتين لاستخلاص جزيئات mRNA ذات ذيل متعدد الأدينين (poly(A)) المرتبطة بالعلامات غير المحجوبة، ثم تُحلل هذه الجزيئات بتقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq). [ 28 ] هذه الطريقة محدودة بسبب انخفاض الإنتاجية، حيث لا يمكن معالجة سوى عدد قليل من الخلايا المفردة في المرة الواحدة. [ 4 ]

تسلسل تومو

يُعدّ التصوير المقطعي للحمض النووي الريبوزي (tomo-seq) بديلاً متطوراً لتسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) للقطاعات النسيجية المجمدة الفردية الموصوفة أعلاه، إذ يتميز بقياس كمي أفضل للحمض النووي الريبوزي ودقة مكانية أعلى. [ 29 ] ويعتمد هذا الأسلوب أيضاً على تقطيع الأنسجة بالتجميد مع إجراء تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) لكل قطاع على حدة، مما يُنتج بيانات التعبير الجيني على مستوى الجينوم مع الحفاظ على المعلومات المكانية. [ 29 ] في هذا البروتوكول، يُستغنى عن استخدام الحمض النووي الريبوزي الحامل نظراً للتضخيم الخطي للحمض النووي التكميلي (cDNA) في القطاعات النسيجية الفردية. [ 29 ] تُقطع العينة نفسها في اتجاهات مختلفة، ثم يُجرى بناء ثلاثي الأبعاد للنسخ باستخدام البيانات المتداخلة. [ 29 ] عموماً، تتطلب هذه الطريقة استخدام عينات متطابقة لكل قطاع، وبالتالي لا يمكن تطبيقها على معالجة المواد السريرية. [ 4 ]

LCM-seq

تعتمد تقنية LCM-seq على تقنية التشريح المجهري بالليزر (LCM) المقترنة بتسلسل الحمض النووي الريبوزي Smart-Seq2، وهي قابلة للتطبيق حتى على مستوى الخلية الواحدة، ويمكن استخدامها حتى على الأنسجة المتحللة جزئيًا. تتضمن آلية العمل تقطيع الأنسجة بالتجميد، يليه التشريح المجهري بالليزر، حيث تُجمع الخلايا مباشرةً في محلول التحلل، ويتم توليد الحمض النووي التكميلي (cDNA) دون الحاجة إلى عزل الحمض النووي الريبوزي (RNA)، مما يُبسط الإجراءات التجريبية ويُقلل من التشويش التقني. [ 30 ] [ 31 ] وبما أن هوية كل خلية تُسجل أثناء إجراء LCM، فإنه يُمكن استنتاج موقع عزلها من خلال تحليل النسخ الجيني لكل خلية بعد تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) لمكتبة الحمض النووي التكميلي (cDNA) المقابلة. [ 30 ] تم تطبيق تقنية LCM-seq على أنواع متعددة من الخلايا لفهم خصائصها الجوهرية، بما في ذلك الخلايا العصبية المحركة للعين، والخلايا العصبية الحركية للوجه، والخلايا العصبية الحركية تحت اللسان، والخلايا العصبية الحركية للنخاع الشوكي، وخلايا النواة الحمراء، [ 32 ] والخلايا العصبية البينية، [ 33 ] وخلايا الدوبامين، [ 34 ] والخلايا الغضروفية. [ 35 ]

التسلسل الجغرافي

Geo-seq هي طريقة تستخدم كلاً من تقنية التشريح المجهري بالليزر وتقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية لتحديد التوزيع المكاني للترانسكريبتوم في مناطق نسيجية بحجم عشر خلايا تقريبًا. [ 7 ] تتضمن آلية العمل إزالة النسيج وتقطيعه بالتجميد، ثم التشريح المجهري بالليزر. [ 7 ] [ 36 ] بعد ذلك، يُحلل النسيج المُستخلص، ويُنقى الحمض النووي الريبوزي، ويُنسخ عكسيًا إلى مكتبة الحمض النووي التكميلي (cDNA). [ 7 ] [ 36 ] تُسلسل المكتبة، ويمكن ربط ملف تعريف الترانسكريبتوم بالموقع الأصلي للنسيج المُستخلص. [ 7 ] [ 36 ] تُمكّن هذه التقنية المستخدم من تحديد مناطق الاهتمام في النسيج، واستخلاص هذا النسيج، ورسم خريطة الترانسكريبتوم بطريقة مُستهدفة.

تسلسل NICHE

تستخدم طريقة NICHE-seq علامات فلورية قابلة للتنشيط الضوئي ومجهر المسح الليزري ثنائي الفوتون لتوفير بيانات مكانية للترانسكريبتوم الناتج. [ 37 ] تُنشط الخلايا المرتبطة بالعلامة الفلورية ضوئيًا، ثم تُفصل وتُفرز عبر فرز الخلايا المنشط بالفلورة. [ 37 ] يوفر هذا خصوصية فرز للخلايا الموسومة والمنشطة ضوئيًا فقط. [ 37 ] بعد الفرز، يُنتج تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية الترانسكريبتوم للخلايا المرئية. [ 37 ] يمكن لهذه الطريقة معالجة آلاف الخلايا ضمن بيئة محددة، ولكن على حساب فقدان البيانات المكانية بين الخلايا في تلك البيئة. [ 37 ]

معرف التقارب

ProximID هي منهجية تعتمد على الهضم الدقيق المتكرر للأنسجة المستخلصة إلى خلايا مفردة. [ 38 ] تحافظ خطوات الهضم الأولية الخفيفة على التراكيب الصغيرة المتفاعلة التي يتم تسجيلها قبل استكمال الهضم. [ 38 ] ثم تُفصل الخلايا المفردة عن كل تركيب وتخضع لتحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية (sc-RNAseq) وتُجمّع باستخدام تضمين الجوار العشوائي الموزع t. [ 38 ] [ 39 ] يمكن ربط الخلايا المُجمّعة بالتفاعلات الفيزيائية بناءً على التراكيب المتفاعلة قبل عمليات الهضم الدقيق. [ 38 ] على الرغم من أن إنتاجية هذه التقنية منخفضة نسبيًا، إلا أنها توفر معلومات حول التفاعل الفيزيائي بين الخلايا لمجموعة البيانات. [ 4 ]

التهجين الموضعي الفلوري

CosMx

يُعدّ جهاز CosMx Spatial Molecular Imager ( من شركة NanoString Technologies ) أول منصة تحليل متعددة السلاسل في الموقع ، توفر بيانات جينومية مكانية متعددة باستخدام عينات الأنسجة المثبتة بالفورمالين والمضمنة في البارافين (FFPE) والمجمدة حديثًا (FF) بدقة خلوية ودون خلوية. ويتيح هذا الجهاز قياسًا كميًا سريعًا وتصويرًا لما يصل إلى كامل النسخ الجيني [ 40 ] و64 بروتينًا مُحللًا مُعتمدًا، كما يُعدّ منصة تصوير مرنة ومكانية للخلايا المفردة ، تُستخدم في رسم خرائط الخلايا، وتحديد النمط الظاهري للأنسجة، ودراسة التفاعلات بين الخلايا، والعمليات الخلوية، واكتشاف المؤشرات الحيوية. [ 41 ]

سمكة صغيرة

كانت تقنية التهجين الموضعي الفلوري أحادي الجزيء (smFISH) من أوائل التقنيات القادرة على تحقيق تحليل مكاني دقيق للحمض النووي الريبوزي (RNA) في الخلايا الفردية . [ 42 ] تعتمد هذه التقنية على مجسات قليلة النوكليوتيدات قصيرة (50 زوجًا قاعديًا) مرتبطة بخمسة فلوروفورات، والتي ترتبط بنسخة محددة من الحمض النووي الريبوزي، مُنتجةً بقعًا ساطعة في العينة. [ 42 ] يوفر الكشف عن هذه البقع معلومات كمية حول التعبير عن جينات معينة في الخلية. [ 42 ] مع ذلك، واجه استخدام المجسات الموسومة بفلوروفورات متعددة تحدياتٍ تتعلق بالتثبيط الذاتي، وتغير خصائص التهجين، وصعوبة تصنيعها وتنقيها. [ 4 ]

لاحقًا، تم تعديل هذه الطريقة [ 43 ] باستبدال المجسات المذكورة أعلاه بمجسات طولها 20 زوجًا قاعديًا، مرتبطة بفلوروفور واحد فقط، ومكملة بشكل متسلسل لتسلسل mRNA المستهدف، ما يعني أنها سترتبط مجتمعةً بـ mRNA المستهدف. لن يُنتج مجس واحد من هذه المجسات إشارة قوية، ولكن التألق التراكمي للمجسات المتجمعة سيُظهر بقعة ساطعة. ونظرًا لأن المجسات الفردية المرتبطة بشكل خاطئ من غير المرجح أن تتواجد في نفس الموقع، فإن الإشارات الإيجابية الكاذبة في هذه الطريقة محدودة. [ 4 ]

وبالتالي، فإن تقنية التهجين الموضعي (ISH) هذه تحدد الموقع المكاني للتعبير عن الحمض النووي الريبي من خلال التصوير المباشر لجزيئات الحمض النووي الريبي الفردية في الخلايا المفردة.

RNAscope

تستخدم تقنية التهجين الموضعي الأخرى ، المعروفة باسم RNAscope، مجسات ذات تصميم خاص على شكل حرف Z لتضخيم إشارات التهجين وكبح الضوضاء الخلفية في آنٍ واحد. [ 44 ] وتتيح هذه التقنية تصوير جزيئات الحمض النووي الريبوزي المفردة في أنواع مختلفة من الخلايا. [ 45 ] تتشابه معظم خطوات RNAscope مع بروتوكول التهجين الموضعي الكلاسيكي. [ 44 ] تُثبّت عينة النسيج على شرائح زجاجية، ثم تُعالج بكواشف RNAscope التي تخترق الخلايا. صُممت مجسات Z بحيث تكون فعّالة فقط عند ارتباطها في أزواج بالتسلسل المستهدف. [ 44 ] وهذا يسمح لعنصر آخر من عناصر هذه الطريقة (المضخم الأولي) بالاتصال بالطرف العلوي لمجسات Z. [ 44 ] وبمجرد تثبيته، يعمل المضخم الأولي كموقع ارتباط لعناصر أخرى: المضخمات التي بدورها ترتبط بنوع آخر من المجسات: مجسات الوسم. [ 44 ] ونتيجة لذلك، تتشكل بنية ضخمة على التسلسل المستهدف. والأهم من ذلك، أن المضخم الأولي لا يرتبط بمسبار Z منفرد، وبالتالي، فإن الارتباط غير المحدد لا يستلزم انبعاث إشارة، مما يؤدي إلى إزالة الضوضاء الخلفية المذكورة في البداية. [ 4 ] [ 44 ]

seqFISH

التهجين الموضعي الفلوري المتسلسل ( seqFISH ) هو أسلوب آخر يُتيح تحديد الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) مباشرةً في الخلايا المفردة مع الحفاظ على سياقها المكاني. [ 46 ] [ 47 ] تُجرى هذه الطريقة على عدة مراحل؛ تتضمن كل منها تهجين المجسات الفلورية، والتصوير، وإزالة المجسات تباعًا. [ 46 ] تُخصص ألوان مختلفة للجينات المختلفة في كل مرحلة، مما يُنتج رمزًا زمنيًا فريدًا. [ 46 ] وبالتالي، يميز seqFISH الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) من خلال رمز لوني متسلسل، مثل الأحمر-الأحمر-الأخضر. مع ذلك، لهذه التقنية عيوبها، منها الخلفية الفلورية الذاتية والتكاليف المرتفعة نظرًا لعدد المجسات المستخدمة في كل مرحلة. [ 4 ]

سمكة الميرفيش

تمثيل تخطيطي لمبدأ MERFISH. أ-  رموز ثنائية مُخصصة لأنواع mRNA محل الاهتمام، حيث يُمثل الرقم "1" مسبار DNA فلوري قصير. ب- جولات تهجين  متتالية، مع افتراض حدوث تبييض بينها، ولكن لم يتم توضيحه. في نهاية الجولة السادسة، يُمكن التمييز بين أنواع mRNA المختلفة بفضل تركيبات "1" و"0" المُفككة. [ 19 ]

تُعاني طرق التهجين الفلوري في الموقع (FISH) التقليدية من محدودية عدد الجينات التي يُمكن تحليلها في وقت واحد، وذلك بسبب قلة قنوات الألوان المتاحة. لذا، صُممت تقنية التهجين الفلوري في الموقع متعدد القنوات المقاوم للأخطاء ( MERFISH ) للتغلب على هذه المشكلة. [ 48 ] تُحسّن هذه التقنية بشكل كبير عدد أنواع الحمض النووي الريبوزي (RNA) التي يُمكن تصويرها في وقت واحد في الخلايا المفردة، وذلك باستخدام ترميز ثنائي للجينات في جولات تهجين متعددة. [ 49 ] يُمكن لهذه الطريقة قياس 140 نوعًا من الحمض النووي الريبوزي في المرة الواحدة باستخدام نظام ترميز يكشف الأخطاء ويُصححها. [ 49 ] يكمن المبدأ الأساسي في تحديد الجينات من خلال دمج الإشارات من عدة جولات تهجين متتالية، وتعيين رموز شريطية ثنائية مكونة من N بت للجينات المستهدفة. [ 49 ] يعتمد هذا الرمز على مجسات محددة، ويتألف من قيم "1" أو "0"، ويتم تحديد تركيبها بشكل مختلف لكل جين. [ 49 ] يتم تجنب الأخطاء باستخدام رموز مكونة من ستة بتات أو أكثر، بحيث يختلف أي اثنين منها بثلاثة بتات على الأقل. [ 49 ] يتم إنشاء مسبار خاص لكل نوع من أنواع الحمض النووي الريبوزي (RNA). [ 49 ] كل مسبار عبارة عن أوليغونوكليوتيد خاص بالهدف، يتكون من 20-30 زوجًا من القواعد، ويرتبط بشكل مكمل بتسلسل الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) بعد اختراقه للخلية. [ 49 ] بعد ذلك، تُجرى جولات متعددة من التهجين كما يلي: في كل جولة، يُضاف فقط مسبار يحتوي على الرقم "1" في موضع الرمز الثنائي المقابل. [ 49 ] في نهاية كل جولة، يُستخدم المجهر الفلوري لتحديد موقع كل مسبار. [ 49 ] وكما هو متوقع، يتم التقاط جزيئات mRNA التي تحتوي على الرقم "1" في الموضع المحدد فقط. [ 49 ] ثم تُعالج الصور بالتبييض الضوئي، وتُضاف مجموعة فرعية جديدة. [ 49 ] وهكذا، نحصل على توليفة من القيم الثنائية التي تُمكّن من التمييز بين أنواع عديدة من الحمض النووي الريبوزي (RNA).

smHCR

يُعدّ الكشف عن الحمض النووي الريبوزي أحادي الجزيء في العمق بواسطة تفاعل سلسلة التهجين (smHCR) تقنيةً متقدمةً من تقنيات seqFISH، قادرةً على التغلب على مشكلة التألق الذاتي في عينات الأنسجة السميكة والمعتمة. [ 50 ] في هذه الطريقة، ترتبط مجسات قراءة متعددة بالمنطقة المستهدفة من الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA). [ 50 ] يُكشف عن الهدف بواسطة مجموعة من مجسات الحمض النووي القصيرة التي ترتبط به بتسلسل فرعي محدد. [ 50 ] يحمل كل مجس من مجسات الحمض النووي مُبادرًا لنفس مُضخِّم HCR. [ 50 ] بعد ذلك، تخترق حلقات HCR المُوسومة بالفلوروفور العينة وتتجمع لتكوين بوليمرات تضخيم فلورية ترتبط بمجسات البدء. [ 50 ] في الدراسات متعددة الإرسال، يُستخدم نفس البروتوكول ثنائي المراحل المذكور أعلاه: تُدخل جميع مجموعات المجسات في وقت واحد، تمامًا كما هو الحال مع جميع مُضخِّمات HCR؛ وتُستخدم فلوروفورات ذات أطياف مختلفة لمزيد من التصوير. [ 50 ]

osmFISH

تقنية التهجين الفلوري الموضعي الدوري ( osmFISH) هي نسخة معدلة من تقنية التهجين الفلوري الموضعي (smFISH) تهدف إلى التغلب على مشكلة الازدحام البصري. [ 51 ] في هذه التقنية، تُعرض النسخ الجينية، وتُلتقط صورة قبل إزالة المجس، ثم تُعرض نسخة جينية جديدة باستخدام مجس فلوري مختلف. [ 51 ] بعد جولات متتالية، تُجمع الصور لعرض التوزيع المكاني للحمض النووي الريبوزي (RNA). [ 51 ] وبفضل عرض النسخ الجينية بالتتابع، تُزال مشكلة تداخل الإشارات. [ 4 ] [ 51 ] تتيح هذه الطريقة للمستخدم إنشاء صور عالية الدقة لقطاعات نسيجية أكبر مقارنةً بالتقنيات الأخرى ذات الصلة. [ 4 ]

إكسفيش

تستفيد تقنية التهجين الفلوري الموضعي التوسعي (ExFISH) من المجهر التوسعي لتوفير تصوير فائق الدقة لموقع الحمض النووي الريبوزي (RNA)، حتى في العينات السميكة مثل أنسجة المخ. [ 52 ] وهي تدعم كلاً من قراءة الجزيء المفرد وقراءة الجزيء المتعدد. [ 52 ]

إيزي فيش

تُحسّن تقنية التهجين الموضعي الفلوري التكراري المُساعد بالتوسع (EASI-FISH) تقنية ExFISH وتُطوّرها، مع دقة كشف مُحسّنة ومعالجة قوية متعددة الجولات على عينات أكثر سُمكًا (300 ميكرومتر) مما كان ممكنًا سابقًا. [ 53 ] كما تتضمن أيضًا مسارًا متكاملًا للتحليل الحاسوبي. [ 54 ]

seqFISH+

حلت تقنية SeqFISH+ المشكلات البصرية المتعلقة بالازدحام المكاني من خلال جولات متتالية من التألق. [ 55 ] في البداية، يرتبط مسبار أولي بالحمض النووي الريبوزي الرسول المستهدف، ثم ترتبط مسابير لاحقة بالمناطق المحيطة بالمسبار الأولي، مما ينتج عنه رمز شريطي فريد. [ 55 ] يتم التقاط كل مسبار قراءة كصورة، ثم دمجها في صورة فائقة الدقة. [ 55 ] تتيح هذه الطريقة للمستخدم استهداف ما يصل إلى عشرة آلاف جين في المرة الواحدة. [ 4 ]

المجهرية الحمض النووي

يُعدّ مجهر الحمض النووي طريقة تصوير مميزة لرسم خرائط مواقع الجزيئات دون استخدام العدسات، مع الحفاظ في الوقت نفسه على بيانات التسلسل، وذلك من خلال عدة تفاعلات متتالية في الموقع . [ 56 ] في البداية، تُثبّت الخلايا ويُصنّع الحمض النووي التكميلي (cDNA). [ 56 ] ثم تُوسم نيوكليوتيدات عشوائية الحمض النووي التكميلي المستهدف في الموقع ، مما يوفر علامات فريدة لكل جزيء. [ 56 ] تُضخّم النسخ الموسومة في التفاعل الثاني في الموقع ، وتُدمج النسخ المسترجعة، وتُضاف نيوكليوتيدات عشوائية جديدة. [ 56 ] تُوسم كل عملية دمج متتالية، مما يُنتج مُعرّفات فريدة لكل عملية. [ 56 ] بعد ذلك، تُنشئ الخوارزمية صورًا للنسخ الأصلية بناءً على التقارب الجزيئي المُفكّك من التسلسلات المدمجة، مع تسجيل معلومات النيوكليوتيدات المفردة للهدف أيضًا. [ 56 ]

التسلسل في الموقع

محطة الفضاء الدولية تستخدم مجسات القفل

تعتمد طريقة القفل في محطة الفضاء الدولية [ 57 ] على فحص القفل [ 58 ] ، وتضخيم الدائرة المتدحرجة (RCA) [ 59 ] ، والتسلسل باستخدام كيمياء الربط [ 60 ] . في مقاطع الأنسجة السليمة، يُنسخ الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) عكسيًا إلى الحمض النووي التكميلي (cDNA)، ثم يتحلل بواسطة إنزيم RNase H [ 4 ]. هناك طريقتان لتنفيذ هذه الطريقة. الطريقة الأولى، وهي التسلسل الموجه للفجوة، تتضمن ارتباط مسبار القفل بالحمض النووي التكميلي (cDNA) مع وجود فجوة بين طرفي المسبار، والتي تُستهدف للتسلسل عن طريق الربط [ 4 ] . بعد ذلك، تملأ بلمرة الحمض النووي هذه الفجوة، ويتم إنشاء حلقة من الحمض النووي عن طريق ربط الحمض النووي [ 4 ] . أما الطريقة الثانية، وهي التسلسل الموجه للباركود، فتعتمد على تدوير الحمض النووي لمسبار القفل ذي تسلسل الباركود عن طريق الربط فقط [ 4 ] . في كلا الطريقتين، يتم ربط الطرفين لتشكيل حلقة من الحمض النووي. [ 4 ] يتم بعد ذلك تضخيم الهدف باستخدام تقنية تضخيم الدائرة المتدحرجة (RCA)، مما ينتج عنه منتجات RCA بحجم الميكرومتر (RCPs). [ 4 ] تتكون منتجات RCA من تكرارات لتسلسل مسبار القفل. [ 4 ] تخضع جزيئات الحمض النووي هذه بعد ذلك للتسلسل عن طريق الربط، حيث يتم فك تشفير إما تسلسل مملوء بالفجوات أو رمز شريطي يصل طوله إلى أربع قواعد داخل المسبار ذي النهايات المتجاورة، وذلك حسب الإصدار. [ 4 ] يتميز الإصدار الخالي من الفجوات بحساسية أعلى، بينما يشير الإصدار المملوء بالفجوات إلى قراءة تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) الفعلي للنسخة. [ 4 ] لاحقًا، تم تحسين هذه الطريقة من خلال الأتمتة على منصة ميكروفلويدية واستبدال التسلسل عن طريق الربط بتقنية التسلسل عن طريق التهجين. [ 4 ]

FISSEQ

يُعدّ التسلسل الموضعي الفلوري (FISSEQ)، [ 61 ] على غرار تقنية ISS padlock، طريقةً تستخدم النسخ العكسي، وتضخيم الدائرة المتدحرجة، والتسلسل بالربط. [ 4 ] وهي تتيح تحليل النسخ المكاني في الخلايا المثبتة. [ 4 ] يُنسخ الحمض النووي الريبوزي (RNA) عكسيًا أولًا إلى حمض نووي تكميلي (cDNA) باستخدام قواعد أمينية عادية ومعدلة، وبادئات RT سداسية عشوائية موسومة. [4 ] تعمل القواعد الأمينية على ربط الحمض النووي التكميلي (cDNA) بمحيطه الخلوي. [ 4 ] ثم يُعاد تدوير الحمض النووي التكميلي (cDNA) بالربط ويُضخّم بواسطة تضخيم الدائرة المتدحرجة (RCA). [ 4 ] ينتج عن ذلك كرات نانوية من الحمض النووي أحادي السلسلة بقطر يتراوح بين 200 و400 نانومتر . [ 4 ] وبالتالي، تحتوي هذه الكرات النانوية على العديد من التكرارات المتتالية لتسلسل الحمض النووي التكميلي (cDNA ) . بعد ذلك، يُجرى التسلسل باستخدام تقنية SOLiD للتسلسل بالربط. [ 4 ] تُحافظ مواقع كلٍّ من ناتج النسخ العكسي وجزيئات الحمض النووي الريبوزي المُضخَّمة استنساخيًا على ثباتها عبر الربط المتقاطع بمكونات المصفوفة الخلوية المذكورة سابقًا، مما يُنشئ مكتبة تسلسل الحمض النووي الريبوزي ثلاثية الأبعاد في الموقع داخل الخلية. [ 4 ] بمجرد ارتباطها بمجسات فلورية ذات ألوان مختلفة، تُصبح المُضخَّمات شديدة الفلورة، مما يسمح بالكشف البصري عن الإشارة؛ ومع ذلك، تعتمد خوارزمية معالجة الصور على محاذاة القراءة مع التسلسلات المرجعية بدلًا من شدة الإشارة. [ 4 ] 

تسلسل الباريستا

يُعدّ تسلسل الحمض النووي الموجه في الموقع باستخدام الباركود ( Barista -seq) تطويرًا لمنهجية مسبار القفل الفجوي، إذ يتميز بزيادة في الكفاءة بمقدار خمسة أضعاف، وزيادة في طول القراءة بمقدار خمسة عشر قاعدة، كما أنه متوافق مع منصات تسلسل Illumina. [ 4 ] [ 39 ] تستخدم هذه الطريقة أيضًا مسابير القفل وتضخيم الدائرة المتدحرجة، إلا أنها تعتمد على التسلسل بالتخليق والربط المتقاطع، على عكس طريقة القفل الفجوي. [ 39 ] ويُشابه الربط المتقاطع مع المصفوفة الخلوية في الإجراء نفسه ما هو عليه في FISSEQ. [ 4 ] [ 39 ]

خريطة النجوم

تستخدم تقنية رسم خرائط قراءة تضخيم النسخ المكاني (STARmap) مسبارًا على شكل قفل مع بادئ إضافي، مما يسمح بالتضخيم المباشر للـ mRNA، متجاوزًا الحاجة إلى النسخ العكسي. [ 4 ] [ 62 ] على غرار الطرق الأخرى القائمة على مسبار القفل، يحدث التضخيم عبر تضخيم الدائرة المتدحرجة. [ 4 ] يتم تعديل مضخمات الحمض النووي كيميائيًا وتُدمج في هيدروجيل مبلمر داخل الخلية. [ 4 ] يمكن بعد ذلك تسلسل الحمض النووي الريبوزي المُلتقط في الموقع، مما يوفر مواقع ثلاثية الأبعاد للـ mRNA داخل كل خلية. [ 4 ]

التقاط في الموقع

التسلسل المجسم (STOmics)

تُعدّ STOmics شركة رائدة في تطوير تحليل النسخ الجيني المكاني من خلال تقنية التسلسل المكاني المحسّن (Stereo-seq) الخاصة بها. [ 63 ] تجمع هذه التقنية بين الالتقاط الموضعي وتسلسل DNB، حيث يعتمد تسلسل DNB على رقائق محفورة طباعيًا (مصفوفات منقوشة) للتسلسل الموضعي . على عكس تقنيات الالتقاط الموضعي الأخرى على مستوى الميكرومتر ، تحتوي رقائق DNB القياسية على بقع بقطر 220  نانومتر تقريبًا ومسافة بين مراكزها تبلغ 500  نانومتر، مما يوفر ما يصل إلى 20000 بقعة لالتقاط الحمض النووي الريبوزي (RNA) من الأنسجة لكل 10 مليمترات من المسافة الخطية، أو 4 × 10⁸ بقعة لكل 1  سم² . لذلك، تتميز STOmics بدقة أعلى ومجال رؤية أوسع من تقنيات الالتقاط الموضعي الأخرى. [ 64 ]

علم النسخ المكاني

وُصفت أول طريقة مُعتمدة على نطاق واسع من قِبل ستال وآخرون في ورقة بحثية رائدة نُشرت عام 2016 في مجلة ساينس، [ 14 ] حيث صاغوا مصطلح "علم النسخ المكاني". تعتمد هذه المنهجية على انتشار الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) من مقطع نسيجي مُجمد حديثًا لالتقاط الحمض النووي الريبوزي الرسول متعدد الأدينين عبر التهجين مع تسلسل أوليجو (dT) المُثبت على شريحة زجاجية. [ 14 ] تُرتب الشريحة الزجاجية على شكل "بقع" تحتوي على تسلسل أوليجو (dT) لالتقاط نسخ الحمض النووي الريبوزي الرسول، وتسلسل باركود مكاني لتحديد الموضعين س و ص على الشريحة، ومقبض للتضخيم والتسلسل لإنشاء مكتبات تسلسلية، ومُعرّف جزيئي فريد لتحديد كمية النسخ. [ 14 ] تُقطع عينات الأنسجة المُجمدة باستخدام جهاز التقطيع بالتبريد ، ثم تُثبت وتُصبغ وتُوضع بعناية بشكل مُسطح على المصفوفة الدقيقة. [ 14 ] بعد ذلك، تسمح عملية النفاذية الأنزيمية لجزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA) بالانتشار إلى شريحة المصفوفة الدقيقة لتهجين جزيئات الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) متعددة الأدينين مع ذيول تسلسل أوليجو (dT). [ 14 ] ثم تُجرى عملية النسخ العكسي في الموقع لتخليق السلسلة الأولى. [ 14 ] ونتيجة لذلك، يتم تخليق الحمض النووي التكميلي (cDNA) المُحدد مكانيًا، مما يوفر معلومات حول التعبير الجيني في الموقع الدقيق لقطعة النسيج. [ 14 ] ومن الحمض النووي التكميلي، تُنشأ مكتبات لتسلسل القراءة القصيرة. باختصار، يجمع بروتوكول علم النسخ المكاني هذا بين التسلسل المتوازي وتلوين العينة نفسها. [ 14 ] في التحليل اللاحق، تسمح أدوات المعلوماتية الحيوية بتراكب صورة النسيج مع التعبير الجيني. والناتج هو خريطة للنسخ الجيني المُلتقط داخل قطعة النسيج. من المهم الإشارة إلى أن الجيل الأول من الشرائح المصفوفة كان يتألف من حوالي 1000 بقعة بقطر 100 ميكرومتر، مما حد من الدقة إلى حوالي 10-40 خلية لكل بقعة. [ 14 ]

شكلت هذه التقنية أساس شركة تأسست عام 2012 تُدعى Spatial Transcriptomics. وفي عام 2018، استحوذت شركة 10X Genomics على Spatial Transcriptomics [ 65 ] لتكون أساسًا لمنصة 10X Visium.

الآلية الكامنة وراء تقنية النسخ المكاني للأسماء

Slide-seq

تعتمد تقنية Slide-seq على ربط حبيبات دقيقة تحمل ترميزًا جينيًا (DNA) ومرتبطة بالحمض النووي الريبوزي (RNA) بشريحة زجاجية مغطاة بالمطاط. [ 4 ] [ 17 ] يتم تحديد الموقع المكاني للحبيبات الدقيقة باستخدام تقنية SOLiD للتسلسل. [ 17 ] تُنقل مقاطع الأنسجة إلى هذه الشريحة الزجاجية لاستخلاص الحمض النووي الريبوزي (RNA). يُضخّم الحمض النووي الريبوزي المستخلص ويُسلسل. [ 17 ] يُحدد موقع النسخ الجيني بواسطة تسلسل النيوكليوتيدات المرتبط بالترميز الجيني من الحبيبة التي استخلصته. [ 17 ]

APEX-seq

تتيح تقنية APEX-seq تقييم النسخ الجيني المكاني في مناطق مختلفة من الخلية. [ 4 ] [ 66 ] تعتمد هذه الطريقة على جين APEX2، المُعبَّر عنه في خلايا حية تُحضن مع البيوتين-فينول وبيروكسيد الهيدروجين. [ 66 ] في هذه الظروف، تحفز إنزيمات APEX2 نقل مجموعات البيوتين إلى جزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA)، والتي يمكن تنقيتها بعد ذلك باستخدام خرزات الستربتافيدين. [ 66 ] ثم تُسلسل النسخ المُنقاة لتحديد الجزيئات القريبة من إنزيم وسم البيوتين. [ 66 ]

التوقيت العالمي المنسق

تبدأ تقنية تحليل النسخ المكاني عالي الدقة ( HDST ) بتحديد موقع حبيبات التقاط الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) في حُفر شريحة زجاجية. [ 67 ] ويتم ذلك عن طريق التهجين المتسلسل مع تسلسل النيوكليوتيدات الشريطية لكل حبة. [ 67 ] بمجرد تحديد موقع كل حبة، يمكن وضع عينة نسيجية على الشريحة وتسهيل نفاذيتها. [ 67 ] ثم يتم تسلسل النسخ الملتقطة. [ 67 ] تستخدم تقنية HDST حبيبات أصغر من تلك المستخدمة في تقنية Slide-seq، وبالتالي يمكنها تحقيق دقة مكانية تصل إلى ميكرومترين مقارنةً بعشرة ميكرومترات في تقنية Slide-seq. [ 4 ]

10X Genomics Visium

يُعدّ اختبار Visium من 10X Genomics نسخةً أحدث ومحسّنة من اختبار Spatial Transcriptomics. يستخدم هذا الاختبار أيضًا مصفوفات مُرَقَّطة من مجسات التقاط mRNA على سطح شرائح زجاجية، ولكن مع زيادة عدد النقاط، وتقليل حجمها، وزيادة كمية مجسات الالتقاط في كل نقطة. تحتوي كل منطقة من مناطق الالتقاط الأربع في شرائح Visium Spatial Gene Expression على ما يقارب 5000 نقطة مُرمَّزة، والتي بدورها تحتوي على ملايين من قليل النوكليوتيدات المُرمَّزة مكانيًا. يتم إطلاق mRNA النسيجي عند نفاذية الشريحة، ويرتبط بقليل النوكليوتيدات المُرمَّزة، مما يُتيح التقاط معلومات التعبير الجيني. يبلغ  قطر كل نقطة مُرمَّزة 55 ميكرومترًا، والمسافة بين مركز كل نقطة ومركز الأخرى حوالي 100  ميكرومتر. تُرتَّب النقاط بشكل متداخل لتقليل المسافة بينها. في المتوسط، يتم التقاط mRNA من خلية واحدة إلى 10 خلايا لكل نقطة، مما يوفر دقةً تقارب دقة الخلية الواحدة. [ 68 ]

تاكارا بيو سيكر

اليتشابه هذا التحليل في مفهومه مع تحليل 10X Genomics Visium، ولكنه يتميز بكثافة بقع أعلى. وعلى عكس تحليل 10X Genomics Visium HD، الذي يستخدم مجسات RNA محددة مسبقًا لأنواع معينة كالإنسان أو الفأر، يتميز تحليل SEEKER بكثافة ودقة مماثلتين، ولكنه قادر على تحليل أي عينة نسيج طازجة مجمدة، وذلك باستخدام تعديل متعدد الأدينين لجميع جزيئات mRNA في العينة.

البناء باستخدام الحاسوب

إعادة بناء باستخدام التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي

إعادة البناء المكاني الحاسوبي باستخدام التهجين الموضعي في الموقع (ISH) تعني إعادة بناء مواقع الخلايا مكانيًا باستخدام الحاسوب وفقًا لملامح التعبير الجيني الخاصة بها. [ 4 ] توجد عدة طرق مشابهة لهذا المبدأ. [ 69 ] [ 70 ] تقوم هذه الطرق بتحليل بيانات النسخ الجيني للخلايا المفردة بالتزامن مع أطالس التعبير الجيني المتاحة القائمة على التهجين الموضعي في الموقع لنفس نوع الخلية. [ 4 ] بناءً على هذه البيانات، يتم تحديد مواقع الخلايا في النسيج. من الواضح أن هذه الطريقة محدودة بتوفر مراجع التهجين الموضعي في الموقع. [ 4 ] بالإضافة إلى ذلك، تصبح أكثر تعقيدًا عند تحديد مواقع الخلايا في الأنسجة المعقدة. لا يمكن تطبيق هذا النهج على العينات السريرية بسبب نقص المراجع المزدوجة. [ 4 ] بلغت نسبة النجاح المُبلغ عنها لتحديد مواقع الخلايا بدقة في أنسجة المخ 81%. [ 69 ]

خريطة التوزيع

يتطلب رسم خريطة النسخ الجيني باستخدام خوارزمية Distmap تسلسلًا عالي الإنتاجية للخلايا المفردة وأطلسًا مرجعيًا موجودًا للتهجين الموضعي للنسيج محل الدراسة. [ 4 ] [ 71 ] تُنشئ خوارزمية Distmap نموذجًا ثلاثي الأبعاد افتراضيًا للنسيج محل الدراسة باستخدام نسخ الخلايا المتسلسلة والأطلس المرجعي المذكور. [ 4 ] [ 71 ] يمكن تجميع النسخ الجينية في أنواع الخلايا باستخدام تضمين الجوار العشوائي الموزع t، ورسم خرائطها على النموذج ثلاثي الأبعاد باستخدام التهجين الموضعي الافتراضي . [ 71 ] [ 72 ] باختصار، تأخذ هذه الخوارزمية البيانات المُولدة من خلايا مفردة في نسيج مُفكك، وتستطيع رسم خرائط النسخ الفردية إلى مكان وجود نوع الخلية في النسيج باستخدام التهجين الموضعي الافتراضي .

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ "طريقة العام 2020: علم النسخ المكاني" . مجلة Nature Methods . 18 (1): 1. يناير 2021. doi : 10.1038/s41592-020-01042-x . ISSN 1548-7105 . PMID 33408396 .  
  2. ↑ غال، ج. ج . (أبريل 2016). "أصل التهجين الموضعي - تاريخ شخصي" . طرق . 98 : 4-9 . doi : 10.1016/j.ymeth.2015.11.026 . ISSN 1046-2023 . PMC 4808352. PMID 26655524 .   
  3. ↑ تيان إل، تشين إف، ماكوسكو إي زد (يونيو 2023). "الآفاق المتوسعة لعلم النسخ المكاني" . مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 41 (6): 773-782 . doi : 10.1038/s41587-022-01448-2 . PMC 10091579. PMID 36192637 .  
  4. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 Asp M, Bergenstråhle J, Lundeberg J (أكتوبر 2020). "النسخ الجينية المُحَلَّلة مكانيًا - أدوات الجيل التالي لاستكشاف الأنسجة" . BioEssays . 42 (10) e1900221. doi : 10.1002 / bies.201900221 . PMID 32363691. S2CID 218492475 .  
  5. ↑ غال، ج. ج . (أبريل 2016). "أصل التهجين الموضعي - تاريخ شخصي" . طرق . 98 : 4-9 . doi : 10.1016/j.ymeth.2015.11.026 . PMC 4808352. PMID 26655524 .  
  6. ↑ غال، ج. ج.، وباردو، م. ل. (يونيو 1969). "تكوين وكشف جزيئات الحمض النووي الريبوزي-الحمض النووي الهجينة في التحضيرات الخلوية*" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 63 (2): 378-383 . Bibcode : 1969PNAS...63..378G . doi : 10.1073/pnas.63.2.378 . PMC 223575. PMID 4895535 .  
  7. 1 2 3 4 5 تشين جيه، سو إس، تام بي بي، هان جيه جيه، بينغ جي، جينغ إن (مارس 2017). "التحليل الجينومي المكاني لعينات الأنسجة المقطعة بالتجميد باستخدام Geo-seq". Nature Protocols . 12 (3): 566–580 . doi : 10.1038/nprot.2017.003 . PMID 28207000. S2CID 3879096 .  
  8. ↑ كومبس، ب. أ.، وإيزن، م. ب. (12 أغسطس/آب 2013). "تسلسل الحمض النووي الريبوزي الرسول من أجنة ذبابة الفاكهة المقطعة بالتجميد لتحديد الأنماط المكانية للتعبير الجيني على مستوى الجينوم" . PLOS ONE . 8 (8) e71820. arXiv : 1302.4693 . Bibcode : 2013PLoSO...871820C . doi : 10.1371/journal.pone.0071820 . ISSN 1932-6203 . PMC 3741199. PMID 23951250 .   
  9. ↑ US 7613571 ، دويل إم دي، بيسيتيللي جونيور إم جيه، ويليامز بي إس، مايكلز جي إس، "طريقة ونظام لإعادة البناء المورفولوجي متعدد الأبعاد لنشاط التعبير الجيني"، نُشر في 2009-11-03 
  10. ↑ US 7894997 ، دويل، دكتور في الطب، بيسيتيللي الابن، إم جيه، ويليامز، بي إس، مايكلز، جي إس، "إعادة بناء مورفولوجية متعددة الأبعاد لنشاط التعبير الجيني"، نُشر في 22 فبراير 2011 
  11. ↑ US 10011864 ، Doyle MD ، Pescitelli Jr MJ ، Williams BS ، Michaels GS ، "التشريح المجهري متعدد الأبعاد وإعادة البناء المورفولوجي لنشاط التعبير الجينومي أو البروتيني"، نُشر في 2018-07-03 ، مُسند إلى Eolas Technologies Inc. 
  12. ↑ دويل، إم دي، نو، إيه، مايكلز، جي إس (2000). "مشروع الجنين المرئي: منصة لعلم الجينوم المكاني". في أوليفر، دبليو آر (محرر). ورشة عمل AIPR الثامنة والعشرون: التصور ثلاثي الأبعاد لاستكشاف البيانات واتخاذ القرارات . وقائع SPIE. المجلد 3905. ص 248. Bibcode : 2000SPIE.3905..248D . doi : 10.1117/12.384880 . S2CID 85027703 .   
  13. ↑ الجنابي أ (نوفمبر 2023). "فك شفرة آليات نمو الجنين باستخدام البيولوجيا المكانية" . تقنيات حيوية . 75 (5): 179-182 . doi : 10.2144/btn-2023-0093 . PMID 37855245 . 
  14. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ستال، ب. ل.، سالمن، ف.، فيكوفيتش، س.، لوند مارك، أ.، نافارو، ج. ف.، ماغنوسون، ج.، وآخرون . (يوليو 2016). "تصوير وتحليل التعبير الجيني في مقاطع الأنسجة باستخدام علم النسخ المكاني". مجلة ساينس . 353 (6294): 78-82 . Bibcode : 2016Sci...353...78S . doi : 10.1126/science.aaf2403 . PMID: 27365449. S2CID : 30942685 .   
  15. ↑ "شركة نانوسترينغ على وشك إطلاق جهاز تحليل البيانات المكانية الرقمية في مؤتمر الجمعية الأمريكية لأبحاث السرطان، حسبما صرح الرئيس التنفيذي في مؤتمر جي بي مورغان" . موقع جينوم ويب . 10 يناير 2019. تاريخ الاطلاع: 4 يناير 2025 .
  16. ↑ "حل التعبير الجيني المكاني Visium من 10x Genomics" . GenomeWeb . 2019-11-26 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2025-01-04 .
  17. 1 2 3 4 5 رودريغز إس جي، ستيكلز آر آر، غويفا إيه، مارتن سي إيه، موراي إي، فاندربورغ سي آر، وآخرون . (مارس 2019). "Slide-seq: تقنية قابلة للتطوير لقياس التعبير الجيني على مستوى الجينوم بدقة مكانية عالية" . مجلة ساينس . 363 (6434): 1463-1467 . Bibcode : 2019Sci...363.1463R . doi : 10.1126/science.aaw1219 . PMC 6927209. PMID 30923225 .   
  18. ↑ سييرا-روديرو ب، جيل-غونزاليس أ، مولينا-أليخاندري م، نادال إ، كالف ف، لازارو م، وآخرون . (10 مارس 2026). "فك شفرة بصمات الخلايا البائية للاستجابة المرضية الكاملة للعلاج الكيميائي المناعي قبل الجراحة في سرطان الرئة غير صغير الخلايا" . أبحاث السرطان السريرية : OF1– OF14. doi : 10.1158/1078-0432.CCR-25-3315 . hdl : 2445/229703 . PMID 41805895 .  
  19. 1 2 "BioRender" . BioRender . تم الاسترجاع في 26-02-2021 .
  20. 1 2 3 4 إيمرت-باك إم آر، بونر آر إف، سميث بي دي، تشواكي آر إف، تشوانغ زد، غولدشتاين إس آر، وآخرون . (نوفمبر 1996). "التشريح المجهري بالتقاط الليزر". مجلة ساينس . 274 (5289): 998-1001 . رمز Bibcode : 1996Sci...274..998E . doi : 10.1126/science.274.5289.998 . PMID 8875945. S2CID 220105962 .   
  21. ↑ سيمون، ن. ل.، بونر، ر. ف.، غيليسبي، ج. و.، إيمرت-باك، م. ر.، ليوتا، ل. أ. (يوليو 1998). "التشريح المجهري بالتقاط الليزر: فتح آفاق جديدة للتحليل الجزيئي". اتجاهات في علم الوراثة . 14 (7): 272-276 . doi : 10.1016/S0168-9525(98)01489-9 . PMID 9676529 . 
  22. 1 2 3 4 Combs PA, Eisen MB (2013-08-12). "تسلسل الحمض النووي الريبوزي الرسول من أجنة ذبابة الفاكهة المقطعة بالتجميد لتحديد الأنماط المكانية للتعبير الجيني على مستوى الجينوم" . PLOS ONE . 8 (8) e71820. arXiv : 1302.4693 . Bibcode : 2013PLoSO...871820C . doi : 10.1371/journal.pone.0071820 . PMC 3741199. PMID 23951250 .  
  23. 1 2 3 ميريت سي آر، أونغ جي تي، تشيرش إس إي، باركر كيه، داناهر بي، جيس جي، وآخرون . (مايو 2020). "التحليل المكاني الرقمي المتعدد للبروتينات والحمض النووي الريبي في الأنسجة المثبتة". مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 38 (5): 586-599 . doi : 10.1038/s41587-020-0472-9 . ISSN 1087-0156 . PMID 32393914 .   
  24. ↑ بيرغولتز هـ، كارتر ج، سيزانو أ، تشيانغ م، تشيرش س، ديفاكار ب، وآخرون . (2021-09-04). " أفضل الممارسات للتحليل المكاني لأبحاث سرطان الثدي باستخدام جهاز GeoMx® الرقمي للتحليل المكاني" . مجلة السرطانات . 13 (17): 4456. doi : 10.3390/cancers13174456 . ISSN 2072-6694 . PMC 8431590. PMID 34503266 .    
  25. ↑ استكشف أطلس الأعضاء المكاني
  26. ↑ زيمرمان إس إم، فروبف آر، كولاسيكارا بي آر، غريسولد إم، أبيلبي أو، بهرامي إيه، وآخرون . (13 سبتمبر 2022). "تحليل كامل للنسخ الجيني في أنسجة الإنسان والفأر باستخدام التحليل المكاني الرقمي" . أبحاث الجينوم . 32 (10): 1892-1905 . doi : 10.1101/gr.276206.121 . ISSN 1088-9051 . PMC 9712633. PMID 36100434 .    
  27. ↑ بونيت إس إيه، روزنبلوم إيه بي، أونغ جي تي، كونر إم، رينينجر إيه بي، نيوهوس دي، وآخرون . (2023-05-03). "دراسة بروتيوجينومية مكانية فائقة التعقيد للخلايا المناعية المتسللة في ورم أرومي دبقي متعدد الأشكال ذي خلايا عملاقة تكشف عن أنماط تعبير بروتيني وRNA متميزة" . مجلة اتصالات أبحاث السرطان . 3 (5): 763-779 . doi : 10.1158/2767-9764.CRC-22-0396 . ISSN 2767-9764 . PMC 10155752. PMID 37377888 .    
  28. 1 2 3 4 5 6 لوفات د، روبل ب ك، لي ج، ديوك هـ، كيم ت ك، فيشر س، وآخرون . (فبراير 2014). "تحليل النسخ الجيني في الجسم الحي (TIVA) للخلايا المفردة المحددة مكانيًا في الأنسجة الحية" . نيتشر ميثودز . 11 (2): 190-196 . doi : 10.1038 / nmeth.2804 . PMC 3964595. PMID 24412976 .   
  29. 1 2 3 4 جونكر جيه بي، نويل إي إس، غورييف في، بيترسون كيه إيه، شاه جي، هويسكين جيه، وآخرون . (أكتوبر 2014). "التصوير المقطعي للحمض النووي الريبوزي على مستوى الجينوم في جنين سمكة الزيبرا" . الخلية . 159 (3): 662-75 . doi : 10.1016/j.cell.2014.09.038 . hdl : 11370/95a58376-7959-4958-a94d-aa150fad74a5 . PMID 25417113. S2CID 2713635 .   
  30. 1 2 نيخترويتز إس، تشين جي، أغويلا بينيتيز جيه، يلماز إم، ستورفال إتش، كاو إم، وآخرون . (يوليو 2016). "مجهر التقاط الليزر المقترن بتقنية Smart-seq2 لتحليل دقيق للنسخ الجيني المكاني" . Nature Communications . 7 12139. Bibcode : 2016NatCo...712139N . doi : 10.1038/ ncomms12139 . PMC 4941116. PMID 27387371 .   
  31. ↑ نيخترويتز إس، أغويلا بينيتيز جيه، هوغستراتن آر، دينغ كيو، هيدلوند إي (2018). "LCM-Seq: طريقة لتحليل التعبير الجيني المكاني باستخدام تقنية التشريح المجهري بالليزر المقترنة بتسلسل الحمض النووي الريبوزي القائم على ذيل عديد الأدينين". الكشف عن الحمض النووي الريبوزي . طرق في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 1649. الصفحات 95-110 . doi : 10.1007/978-1-4939-7213-5_6 . ISBN   978-1-4939-7212-8PMID 29130192​​ 
  32. ↑ نيخترويتز إس، نيسن جيه، ستورفال إتش، شفينغروبر سي، كوملي إل إتش، ألودي آي، وآخرون . (أغسطس 2020). " يكشف تسلسل LCM-seq عن آليات تكيف نسخية فريدة ومسارات وقائية للخلايا العصبية المقاومة في ضمور العضلات الشوكي" . أبحاث الجينوم . 30 (8): 1083-1096 . doi : 10.1101/gr.265017.120 . PMC 7462070. PMID 32820007 .   
  33. ↑ بيريرا م، بيرتيل م، شريغلي س، بينيتيز جيه إيه، هيدلوند إي، بارمار م، وآخرون . (سبتمبر 2017). "إعادة برمجة مباشرة للخلايا الدبقية NG2 المقيمة إلى خلايا عصبية ذات خصائص الخلايا العصبية البينية سريعة الاستجابة المحتوية على البارفالبومين" . تقارير الخلايا الجذعية . 9 (3): 742-751 . doi : 10.1016/j.stemcr.2017.07.023 . PMC 5599255. PMID 28844658 .   
  34. ↑ أغيلا ج، تشينغ س، كي ن، كاو م، وانغ م، دينغ كيو، وآخرون (2021). "تحديد التسلسل المكاني للحمض النووي الريبوزي (RNA) يكشف عن مؤشرات قوية للخلايا العصبية الدوبامينية في الدماغ المتوسط ​​البشري المعرضة للخطر والمقاومة، وتعبيرها في مرض باركنسون" . مجلة فرونتيرز في علم الأعصاب الجزيئي . 14 699562. doi : 10.3389/fnmol.2021.699562 . PMC 8297217. PMID 34305528 .   
  35. ↑ نيوتن، بي. تي.، لي، إل.، تشو، بي.، شوينغروبر، سي.، هوفوراكوفا، إم.، شي، إم.، وآخرون . (مارس 2019). "تحول جذري في الاستنساخ يكشف عن بيئة للخلايا الجذعية في صفيحة النمو المشاشية". مجلة نيتشر . 567 (7747): 234-238 . Bibcode : 2019Natur.567..234N . doi : 10.1038/s41586-019-0989-6 . PMID 30814736. S2CID 71143703 .   
  36. 1 2 3 بينغ جي، سو إس، تشين جي، تشين دبليو، ليو سي، يو إف، وآخرون (مارس 2016). "النسخ الجيني المكاني للتعليق الجزيئي على مصائر السلالات وهوية الخلايا في جنين الفأر في منتصف مرحلة التكوين الجنيني" . خلية النمو . 36 (6): 681-97 . doi : 10.1016/j.devcel.2016.02.020 . PMID 27003939 .  
  37. 1 2 3 4 5 ميداليا سي، جيلادي أ، ستولر-باراك ل، دي جيوفاني م، سلامة تي إم، بيرام أ، وآخرون . (ديسمبر 2017). "إعادة بناء مكاني للمناعة من خلال الجمع بين المؤشرات الضوئية القابلة للتنشيط وتسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية" . مجلة ساينس . 358 (6370): 1622-1626 . Bibcode : 2017Sci...358.1622M . doi : 10.1126/science.aao4277 . PMC 7234837. PMID 29217582 .   
  38. 1 2 3 4 Boisset JC، Vivié J، Grün D، Muraro MJ، Lyubimova A، van Oudenaarden A (يوليو 2018). “رسم خرائط للشبكة المادية للتفاعلات الخلوية”. طرق الطبيعة . 15 (7): 547-553 . دوى : 10.1038 / s41592-018-0009-z . بميد 29786092 . S2CID 29166537 .  
  39. 1 2 3 4 تشين إكس، صن واي سي، تشيرش جي إم، لي جي إتش، زادور إيه إم (فبراير 2018). " تسلسل الباركود الفعال في الموقع باستخدام تقنية BaristaSeq القائمة على مسبار القفل" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 46 (4): e22. doi : 10.1093/nar/gkx1206 . PMC 5829746. PMID 29190363 .  
  40. ↑ خافيزوف ر، بيازا إي، كوي ي، باتريك م، ميتزجر إي، ماكغواير د، وآخرون . (2024-12-03). "التصوير دون الخلوي للنسخة الجينية البشرية الكاملة المشفرة للبروتين (18933-plex) على أنسجة مثبتة بالفورمالين ومضمنة في البارافين باستخدام التصوير الجزيئي المكاني". bioRxiv 10.1101/2024.11.27.625536 .  
  41. ↑ هي إس، بهات آر، براون سي، براون إي إيه، بوهر دي إل، شانترانوفاتانا كيه، وآخرون . (ديسمبر 2022). "التصوير عالي الدقة للحمض النووي الريبي والبروتينات بدقة دون خلوية في الأنسجة المثبتة باستخدام التصوير الجزيئي المكاني". مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 40 (12): 1794-1806 . doi : 10.1038/s41587-022-01483-z . ISSN 1087-0156 . PMID 36203011 .   
  42. 1 2 3 فيمينو إيه إم، فاي إف إس، فوغارتي كيه، سينغر آر إتش (أبريل 1998). "تصوير نسخ الحمض النووي الريبوزي المفردة في الموقع". مجلة ساينس . 280 (5363): 585-90 . رمز Bibcode : 1998Sci...280..585F . doi : 10.1126/science.280.5363.585 . PMID 9554849 . 
  43. ^ راج أ، فان دن بوجارد ب، ريفكين إس إيه، فان أوديناردن أ، تياجي إس (أكتوبر 2008). "تصوير جزيئات الرنا المرسال الفردية باستخدام مجسات متعددة تحمل علامات فردية" . طرق الطبيعة . 5 (10): 877– 9. دوى : 10.1038/nmeth.1253 . بمك 3126653 . بميد 18806792 .  
  44. 1 2 3 4 5 6 وانغ إف، فلاناغان جي، سو إن، وانغ إل سي، بوي إس، نيلسون إيه، وآخرون . (يناير 2012). "RNAscope: منصة جديدة لتحليل الحمض النووي الريبي (RNA) في الموقع للأنسجة المضمنة بالفورمالين والثابتة" . مجلة التشخيص الجزيئي . 14 (1): 22-29 . دوى : 10.1016/j.jmoldx.2011.08.002 . بمك 3338343 . بميد 22166544 .   
  45. ↑ دي بياسي د، بريسكو ف، بيغاري ج، إلسامي أ، داكوينو إ، بالداساري ف، وآخرون . (16 فبراير 2021). " تقنية التهجين الموضعي RNAScope كتقنية جديدة لتقييم التعبير عن mRNA لـ c-KIT في ورم الخلايا البدينة لدى الكلاب" . مجلة فرونتيرز في العلوم البيطرية . 8 591961. doi : 10.3389/fvets.2021.591961 . PMC 7921150. PMID 33665215 .   
  46. 1 2 3 لوبيك إي، كوسكون إيه إف، زيينتاييف تي، أحمد إم، كاي إل (أبريل 2014). "تحليل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية في الموقع عن طريق التهجين المتسلسل" . نيتشر ميثودز . 11 (4): 360-361 . doi : 10.1038/nmeth.2892 . PMC 4085791. PMID 24681720 .  
  47. ↑ شاه إس، لوبيك إي، تشو دبليو، كاي إل (أكتوبر 2016). "التحليل الموضعي لتعبير الجينات في الخلايا المفردة يكشف عن التنظيم المكاني للخلايا في قرن آمون الفأر" . نيرون . 92 ( 2): 342-357 . doi : 10.1016/j.neuron.2016.10.001 . PMC 5087994. PMID 27764670 .  
  48. ↑ تشين كيه إتش، بوتيجر إيه إن، موفيت جيه آر، وانغ إس، تشوانغ إكس (أبريل 2015). "تصوير الحمض النووي الريبوزي: تحليل مكاني عالي الدقة ومتعدد القنوات للحمض النووي الريبوزي في الخلايا المفردة" . مجلة ساينس . 348 (6233) aaa6090. doi : 10.1126/science.aaa6090 . PMC 4662681. PMID 25858977 .  
  49. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 تشوانغ إكس (يناير 2021). "علم الجينوم وعلم النسخ أحادي الخلية ذو الدقة المكانية باستخدام التصوير" . مجلة نيتشر ميثودز . 18 (1): 18-22 . doi : 10.1038/s41592-020-01037-8 . PMC 9805800. PMID 33408406. S2CID 230796841 .   
  50. 1 2 3 4 5 6 شاه إس، لوبيك إي، شوارزكوف إم، هي تي إف، غرينباوم إيه، سون سي إتش، وآخرون . (أغسطس 2016). "الكشف عن الحمض النووي الريبي أحادي الجزيء على عمق باستخدام تفاعل سلسلة التهجين والتضمين والتصفية في هيدروجيل الأنسجة" . التطور . 143 (15): 2862-2867 . doi : 10.1242/dev.138560 . PMC 5004914. PMID 27342713 .   
  51. 1 2 3 4 كودلوبي إس، بورم إل إي، زيزل إيه، لا مانو جي، فان لونتيرين جيه إيه، سفينسون سي آي، وآخرون . (نوفمبر 2018). "التنظيم المكاني للقشرة الحسية الجسدية التي كشفت عنها osmFISH" . طرق الطبيعة . 15 (11): 932-935 . دوى : 10.1038 / s41592-018-0175-z . بميد 30377364 . S2CID 53114385 .   
  52. 1 2 تشين ف، واسي أ ت، كوت أ ج، سينها أ، ألون س، أسانو س، وآخرون . (أغسطس 2016). " التصوير النانوي للحمض النووي الريبي باستخدام مجهر التوسيع" . نيتشر ميثودز . 13 (8): 679-684 . doi : 10.1038/nmeth.3899 . PMC 4965288. PMID 27376770 .   
  53. ↑ وانغ واي، إديسون إم، فليشمان جي، ويغيرت إم، شو إس، وانغ تي، وآخرون . (ديسمبر 2021). " تقنية EASI-FISH للأنسجة السميكة تحدد التنظيم المكاني الجزيئي للوطاء الجانبي" . مجلة Cell . 184 (26): 6361–6377.e24. doi : 10.1016/j.cell.2021.11.024 . PMID 34875226. S2CID 244906189 .   
  54. ↑ وانغ واي، إديسون إم، فليشمان جي، ويغيرت إم، شو إس، وانغ تي، وآخرون . (ديسمبر 2021). " تقنية EASI-FISH للأنسجة السميكة تحدد التنظيم المكاني الجزيئي للوطاء الجانبي" . مجلة Cell . 184 (26): 6361–6377.e24. doi : 10.1016/j.cell.2021.11.024 . PMID 34875226. S2CID 244906189 .   
  55. 1 2 3 إنج سي إل، لوسون إم، تشو كيو، درايز آر، كولينا إن، تاكي واي، وآخرون . (أبريل 2019). "التصوير فائق الدقة على مستوى النسخ في الأنسجة باستخدام تقنية RNA seqFISH" . مجلة نيتشر . 568 (7751): 235-239 . Bibcode : 2019Natur.568..235E . doi : 10.1038/s41586-019-1049- y . PMC 6544023. PMID 30911168 .   
  56. 1 2 3 4 5 6 وينشتاين، جيه إيه، ريجيف، إيه، تشانغ، إف (يونيو 2019). "مجهر الحمض النووي: تصوير مكاني جيني بدون بصريات بواسطة تفاعل كيميائي مستقل" . الخلية . 178 ( 1): 229-241.e16. doi : 10.1016/j.cell.2019.05.019 . PMC 6697087. PMID 31230717 .  
  57. ↑ كي آر، ميناردي إم، باكورينو إيه، سفيدلوند جيه، بوتلينغ جيه، والبي سي، وآخرون . (سبتمبر 2013). " التسلسل الموضعي لتحليل الحمض النووي الريبوزي في الأنسجة والخلايا المحفوظة". نيتشر ميثودز . 10 (9): 857-860 . doi : 10.1038/nmeth.2563 . PMID 23852452. S2CID 205421785 .   
  58. ↑ Szemes M, Bonants P, de Weerdt M, Baner J, Landegren U, Schoen CD (أبريل 2005). "التطبيق التشخيصي لمجسات القفل - الكشف المتعدد عن مسببات الأمراض النباتية باستخدام المصفوفات الدقيقة الشاملة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 33 (8): e70. doi : 10.1093/nar/gni069 . PMC 1087788. PMID 15860767 .  
  59. ↑ علي م.م، لي ف، تشانغ ز، تشانغ ك، كانغ د.ك، أنكروم ج.أ، وآخرون (مايو 2014). "تضخيم الدائرة المتدحرجة: أداة متعددة الاستخدامات في البيولوجيا الكيميائية، وعلوم المواد، والطب" . مجلة الجمعية الكيميائية . 43 (10): 3324-3341 . Bibcode : 2014CSRev..43.3324A . doi : 10.1039/c3cs60439j . PMID 24643375. S2CID 24839827 .   
  60. ↑ تشوركو جيه إم، مانتالاس جي إل، سنايدر إم بي، وو جيه سي (يونيو 2013). "نظرة عامة على تقنيات التسلسل عالي الإنتاجية لتوضيح المسارات الجزيئية في أمراض القلب والأوعية الدموية" . مجلة أبحاث الدورة الدموية . 112 (12): 1613-23 . doi : 10.1161/CIRCRESAHA.113.300939 . PMC 3831009. PMID 23743227 .  
  61. ↑ لي جيه إتش، دوغارثي إي آر، شيمان جيه، كالهور آر، يانغ جيه إل، فيرانتي تي سي، وآخرون . (مارس 2014). "تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA ) عالي التعددية داخل الخلايا في الموقع" . مجلة ساينس . 343 (6177): 1360-1363 . Bibcode : 2014Sci...343.1360L . doi : 10.1126/science.1250212 . PMC 4140943. PMID 24578530 .   
  62. ↑ وانغ إكس، ألين دبليو إي، رايت إم إيه، سيلويستراك إي إل، ساموسيك إن، فيسونا إس، وآخرون . (يوليو 2018). " التسلسل ثلاثي الأبعاد لحالات النسخ في الخلايا المفردة في الأنسجة السليمة" . مجلة ساينس . 361 (6400) eaat5691. doi : 10.1126/science.aat5691 . PMC 6339868. PMID 29930089 .   
  63. ↑ "تقنية STOmics Stereo-seq Spatial Transcriptomics" .
  64. ↑ تشين أ، لياو س، تشنغ م، ما ك، وو ل، لاي ي، وآخرون . (مايو 2022). "أطلس النسخ الجيني المكاني الزمني لتكوين أعضاء الفأر باستخدام مصفوفات من أنماط كرات نانوية من الحمض النووي". مجلة Cell . 185 (10): 1777–1792.e21. Bibcode : 2022Cell..185.1777C . doi : 10.1016/j.cell.2022.04.003 . hdl : 10230/53512 . PMID 35512705 .  
  65. ↑ «شركة 10x Genomics تستحوذ على شركة Spatial Transcriptomics» (بيان صحفي). 10x Genomics . تم الاطلاع عليه بتاريخ 4 يناير 2025 – عبر www.prnewswire.com.
  66. 1 2 3 4 فضل إف إم، هان إس، باركر كي آر، كايوسابساك بي، شو جي، بوتيجر آن، وآخرون . (يوليو 2019). "أطلس توطين الحمض النووي الريبي تحت الخلوي الذي تم الكشف عنه بواسطة APEX-Seq" . خلية . 178 (2): 473-490.e26. دوى : 10.1016/j.cell.2019.05.027 . بمك 6786773 . بميد 31230715 .   
  67. 1 2 3 4 فيكوفيتش إس، إيراسلان جي، سالمين إف، كلوغهمر جيه، ستينبيك إل، شابيرو دي، وآخرون . (أكتوبر 2019). "علم النسخ المكاني عالي الدقة لتوصيف الأنسجة في الموقع" . نيتشر ميثودز . 16 (10): 987-990 . doi : 10.1038/s41592-019-0548-y . hdl : 1721.1/126032 . PMC 6765407. PMID 31501547 .   
  68. ↑ "التعبير الجيني المكاني" . 10x Genomics .
  69. 1 2 آخيم ك، بيتيت جيه بي، ساراييفا إل آر، غافريوشكينا دي، لارسون تي، أريندت دي، وآخرون . (مايو 2015). "الرسم المكاني عالي الإنتاجية لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية إلى نسيج المنشأ" . مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 33 (5): 503-509 . doi : 10.1038/nbt.3209 . PMID 25867922. S2CID 19535470 .   
  70. ↑ ساتيجا ر، فاريل جيه إيه، جينيرت د، شير إيه إف، ريجيف إيه (مايو 2015). "إعادة بناء البيانات المكانية للتعبير الجيني للخلايا المفردة" . مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 33 (5): 495-502 . doi : 10.1038/nbt.3192 . PMC 4430369. PMID 25867923 .  
  71. 1 2 3 كارايسكوس ن، واهل ب، أليس ج، بولتينغاجن أ، أيوب س، كيبار س، وآخرون . (أكتوبر 2017). " جنين ذبابة الفاكهة بدقة النسخ الخلوي المفرد" . مجلة ساينس . 358 (6360): 194-199 . Bibcode : 2017Sci...358..194K . doi : 10.1126/science.aan3235 . PMID 28860209. S2CID 206659563 .   
  72. ↑ كوباك د، بيرنز ب (نوفمبر 2019). "فن استخدام t-SNE لتحليل النسخ الجيني للخلايا المفردة" . نيتشر كوميونيكيشنز . 10 (1) 5416. Bibcode : 2019NatCo..10.5416K . doi : 10.1038/s41467-019-13056- x . PMC 6882829. PMID 31780648 .