علم الجينوم المتعدد

الموسوعة الحرة

يهدف علم التعددية الجينومية إلى الجمع بين مختلف تخصصات علم الجينوم في مجال التكنولوجيا الحيوية من خلال الحوسبة والتحليل متعدد التخصصات.

علم الجينوم المتعدد ، أو علم الجينوم التكاملي، أو علم الجينوم الشامل ، هو منهج تحليل بيولوجي يعتمد على بيانات تتكون من عدة " جينومات "، مثل الجينوم ، والإبيجينوم ، والترانسكريبتوم ، والبروتيوم ، والميتابولوم ، والإكسبوزوم ، والميكروبيوم (أي الميتاجينوم و/أو الميتا-ترانسكريبتوم ، حسب طريقة التسلسل). [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] بعبارة أخرى، هو استخدام تقنيات الجينوم المتعددة لدراسة الحياة بطريقة متكاملة . من خلال دمج هذه "الجينومات"، يستطيع العلماء تحليل البيانات البيولوجية الضخمة والمعقدة لاكتشاف روابط جديدة بين الكيانات البيولوجية، وتحديد المؤشرات الحيوية ذات الصلة ، وبناء مؤشرات دقيقة للأمراض والوظائف الفسيولوجية. وبذلك، يدمج علم الجينوم المتعدد بيانات الجينوم المتنوعة لإيجاد علاقة أو ارتباط متناسق بين النمط الجيني والنمط الظاهري والنمط البيئي. [ 4 ] تسرد خدمة OmicTools أكثر من 99 برنامجًا متعلقًا بتحليل البيانات متعددة الأوميات، بالإضافة إلى أكثر من 99 قاعدة بيانات حول هذا الموضوع.

تعتمد مناهج بيولوجيا الأنظمة غالبًا على استخدام بيانات التحليل متعدد الأوميات. [ 5 ] [ 6 ] وتُعرّف الجمعية الأمريكية لعلم الأورام السريري (ASCO) علم الجينوم الشامل بأنه يشير إلى "تفاعل جميع الوظائف البيولوجية داخل الخلية ومع وظائف الجسم الأخرى، من خلال دمج البيانات التي يتم جمعها بواسطة الاختبارات المستهدفة ... والتحليلات الشاملة (مثل تسلسل الجينوم) مع معلومات أخرى خاصة بالمريض". [ 7 ]

تاريخ

عدد الاستشهادات بمصطلحي "Multiomics" و "Multi-omics" في PubMed حتى 31 ديسمبر 2021.

شكّل نشر بنية الحمض النووي (DNA) على يد فرانسيس كريك وجيمس واتسون في 25 أبريل 1953 نقطة تحوّل في دراسة علم الجينوم . ويمكن اعتباره نقطة انطلاق تاريخية لتطوير دراسات متعددة التخصصات ومتداخلة في مجال التكنولوجيا الحيوية . وقد أدت هذه التطورات إلى ظهور علم الجينوم المتعدد كتخصص مستقل في نهاية القرن العشرين.

إن قراءة ودراسة النسخ الجيني ، التي بدأت في الثمانينيات، جعلت من الممكن تدريجياً تحديد وقياس منتجات التعبير الجيني في خلية أو نسيج في بيئة معينة؛ وقد مثل هذا بداية نظرة "ميتا" لتأثيرات التعبير الجيني في الكائن البشري (على سبيل المثال، النمط الظاهري ).

وقد ظهرت زيادة واضحة في عدد المنشورات التي تتضمن علم الجينوم المتعدد - في منهجيتها أو موضوعها - في أواخر العقد الأول من القرن الحادي والعشرين (انظر الرسم البياني لـ PubMed )، حيث ارتفع العدد من الصفر في عام 2000 إلى أكثر من 1400 منشور سنويًا في عام 2021، وهو نمو متسارع .

جمع البيانات متعددة الأوميات المدمجة

لقد تطورت أساليب جمع البيانات متعددة الأوميات لمعالجة قيود أبحاث الأوميات المتعددة التقليدية، والتي تتطلب عادةً معالجة منفصلة للعينات لفئات جزيئية مختلفة ثم التكامل الحسابي اللاحق، مما يؤدي إلى إدخال التباين وزيادة التكاليف.

تشمل التطورات المبكرة في هذا المجال الاستخلاص المتسلسل، [ 8 ] وطرق العزل المتسلسل القائمة على TRIzol ، والتي أثبتت أن كاشفًا يُستخدم تقليديًا لعزل الحمض النووي الريبي (RNA) يمكنه استخلاص الحمض النووي (DNA) والحمض النووي الريبي (RNA) والبروتينات والمستقلبات والدهون من عينة واحدة في آنٍ واحد. وقد اعتمدت مناهج مماثلة، مثل استخلاص المستقلبات والبروتينات والدهون (MPLEx) [ 9 ] وطريقة "الثلاثة في واحد" [ 10 ] ، على التجزئة ثنائية الطور لاستخلاص البروتينات والمستقلبات والدهون لتحليلها باستخدام تقنية LC-MS/MS ( مطياف الكتلة الترادفي ). تشمل التطورات التكنولوجية الحديثة تقنية التحليل متعدد الأوميات أحادي اللقطة (MOST) [ 11 ] ، التي تدمج تحليل البروتينات والدهون في عملية واحدة باستخدام كروماتوغرافيا السائل - مطياف الكتلة (LC-MS) باستخدام عمود طور عكسي واحد ونظام طور متحرك ثنائي، وطريقة التحليل متعدد الأوميات أحادي الطور المعجل المدعوم بالخرز (BAMM) [ 12 ] التي تجمع بين الاستخلاص أحادي الطور القائم على البيوتانول العادي مع الخرز المغناطيسي والهضم المعجل للبروتين لتحليل المستقلبات والدهون والبروتينات بشكل منفصل . ومن أكثر التقنيات شمولاً في هذا المجال تقنية Omni-MS من شركة Dalton Bioanalytics Inc.، وهي عبارة عن فحص متعدد الأوميات يستخدم طريقتها الخاصة لتحليل البروتينات والدهون والإلكتروليتات والمستقلبات والجزيئات الصغيرة الأخرى في عملية تحضير واحدة وتحليل واحد باستخدام كروماتوغرافيا السائل - مطياف الكتلة (LC-MS). تم تطبيق هذه المنصة على اكتشاف المؤشرات الحيوية ، وتحديد المؤشرات الحيوية المحتملة عبر فئات جزيئية متعددة وعبر حالات وأمراض مختلفة [ 13 ] [ 14 ] بما في ذلك شدة كوفيد أثناء الحمل، [ 15 ] ومتلازمة حذف 22q11.2 ، [ 16 ] والوذمة الوعائية الوراثية . [ 17 ]

تعمل هذه الأساليب المتكاملة على تقليل متطلبات العينات ووقت المعالجة والتباين التقني بشكل كبير مع تحسين تحليل الارتباط عبر فئات جزيئية مختلفة، مما يجعلها ذات قيمة متزايدة لأبحاث الطب الدقيق وعلم الأحياء النظمي .

علم الجينوم المتعدد للخلايا المفردة

رسم تخطيطي لاستراتيجيات التكامل المتعددة للبيانات الجينومية أحادية الخلية المختلفة . مقتبس من أدوسا وآخرون، 2021 [ 18 ]

يُعدّ تحليل بيانات الخلية المفردة متعددة المستويات ، والذي يُطلق عليه اسم "علم الجينوم المتعدد للخلية المفردة"، فرعًا من فروع علم الجينوم المتعدد . [ 19 ] [ 20 ] يمنحنا هذا النهج دقةً غير مسبوقة لدراسة التحولات متعددة المستويات في الصحة والمرض على مستوى الخلية المفردة. ومن مزاياه مقارنةً بالتحليل الشامل، التخفيف من العوامل المُربكة الناتجة عن التباين بين الخلايا، مما يسمح بالكشف عن بنى الأنسجة غير المتجانسة. [ 19 ]

يمكن أن تعتمد طرق التحليل الجينومي والنسخي المتوازي للخلايا المفردة على التضخيم المتزامن [ 21 ] أو الفصل الفيزيائي للحمض النووي الريبوزي (RNA) والحمض النووي الجينومي (DNA) [ 22 ] . وتتيح هذه الطرق الحصول على معلومات لا يمكن استخلاصها من التحليل النسخي وحده، إذ لا تحتوي بيانات الحمض النووي الريبوزي على المناطق الجينومية غير المشفرة، ولا على معلومات تتعلق بتغير عدد النسخ ، على سبيل المثال. ومن امتدادات هذه المنهجية دمج النسخ الخلوية المفردة مع الميثيلوم الخلوي المفرد، وذلك بدمج تسلسل البيسلفيت الخلوي المفرد [ 23 ] [ 24 ] مع تسلسل الحمض النووي الريبوزي للخلايا المفردة [ 25 ] . كما توجد تقنيات أخرى لتحليل الإبيجينوم، مثل تسلسل ATAC الخلوي المفرد [ 26 ] وتقنية Hi-C الخلوية المفردة [ 27 ] .

يمثل دمج بيانات البروتينات والنسخ تحديًا مختلفًا، ولكنه ذو صلة. [ 28 ] [ 29 ] يتمثل أحد أساليب إجراء هذا القياس في الفصل الفيزيائي لمستخلصات الخلايا المفردة إلى قسمين، ومعالجة نصفها لتحليل الحمض النووي الريبوزي (RNA)، والنصف الآخر لتحليل البروتينات. [ 28 ] يمكن قياس محتوى البروتين في المستخلصات باستخدام فحوصات تمديد التقارب (PEA)، على سبيل المثال، والتي تستخدم أجسامًا مضادة مشفرة بالحمض النووي. [ 30 ] يستخدم نهج آخر مزيجًا من مجسات الحمض النووي الريبوزي للمعادن الثقيلة والأجسام المضادة للبروتين لتكييف قياس التدفق الخلوي الكتلي للتحليل متعدد الأوميات. [ 29 ]

يرتبط بمجال علم الجينوم المتعدد للخلايا المفردة مجال علم الجينوم المكاني الذي يحلل الأنسجة باستخدام قراءات جينومية تحافظ على التوجه المكاني النسبي للخلايا في النسيج. لا يزال عدد طرق علم الجينوم المكاني المنشورة أقل من عدد الطرق المنشورة لعلم الجينوم المتعدد للخلايا المفردة، لكن الأعداد تتقارب (طرق الخلايا المفردة والطرق المكانية).

علم الجينوم المتعدد والتعلم الآلي

بالتزامن مع التطور السريع لعلم الأحياء عالي الإنتاجية ، شهدت تطبيقات التعلم الآلي في تحليل البيانات الطبية الحيوية نموًا هائلاً. وكان التآزر بين تكامل بيانات علم الجينوم المتعدد والتعلم الآلي محورياً في اكتشاف المؤشرات الحيوية الجديدة . [ 31 ] [ 32 ] [ 33 ]

لقد أرست الأطر الإحصائية الراسخة الأساس لهذا التحليل. فعلى سبيل المثال، يستخدم مشروع mixOmics انحدار المربعات الصغرى الجزئية المتفرقة لاختيار السمات وتحديد المؤشرات الحيوية المحتملة. [ 34 ] وبالمثل، يوفر تحليل الارتباط الكنسي المعمم المنتظم [ 35 ] [ 36 ] [ 37 ] [ 38 ] إطارًا موحدًا ومرنًا لدمج البيانات غير المتجانسة، وهو متاح عبر حزمة RGCCA في لغة البرمجة R.

انطلاقًا من هذه الأسس، قدمت التطورات الحديثة نماذج متغيرات كامنة أكثر تطورًا. وقد برز تحليل العوامل متعددة الأوميات [ 39 ] كأداة فعالة لفصل مصادر التباين عبر أنماط البيانات المتنوعة. وقد تم توسيع هذا النهج بواسطة MEFISTO [ 40 ] الذي يدمج البنى الوظيفية لمراعاة المتغيرات الزمنية أو المكانية في البيانات. علاوة على ذلك، أدى دمج التعلم العميق إلى ظهور أساليب مثل نمذجة مسار المتغيرات الكامنة العميقة، التي تلتقط التبعيات المعقدة غير الخطية لتحسين تحديد المؤشرات الحيوية، وهي قادرة على دمج البيانات متعددة الأوميات مع البيانات غير المهيكلة مثل الصور المعقدة. [ 41 ]

علم الجينوم المتعدد في الصحة والمرض

نظرة عامة على المرحلتين 1 و 2 من مشروع الميكروبيوم البشري (HMP).

يُبشّر علم الجينوم المتعدد حاليًا بسدّ الثغرات في فهم صحة الإنسان وأمراضه، ويعمل العديد من الباحثين على إيجاد طرق لتوليد وتحليل البيانات المتعلقة بالأمراض. [ 42 ] تتراوح تطبيقاته بين فهم تفاعلات المضيف مع مسببات الأمراض والأمراض المعدية، [ 43 ] [ 44 ] والسرطان، [ 45 ] [ 46 ] وصولًا إلى فهم أفضل للأمراض المزمنة والمعقدة غير المعدية ، [ 47 ] وتحسين الطب الشخصي. [ 48 ]

مشروع الميكروبيوم البشري المتكامل

ركزت المرحلة الثانية من مشروع الميكروبيوم البشري،  الذي بلغت تكلفته 170 مليون دولار، على دمج بيانات المرضى مع مجموعات بيانات أومية مختلفة، مع مراعاة علم الوراثة المضيفة والمعلومات السريرية وتكوين الميكروبيوم. [ 49 ] [ 50 ] ركزت المرحلة الأولى على توصيف المجتمعات الميكروبية في مختلف مناطق الجسم. أما المرحلة الثانية، فركزت على دمج البيانات الأومية المتعددة من المضيف والميكروبيوم لدراسة الأمراض البشرية. وعلى وجه التحديد، استخدم المشروع البيانات الأومية المتعددة لتحسين فهم التفاعل بين ميكروبيوم الأمعاء والأنف ومرض السكري من النوع الثاني ، [ 51 ] وميكروبيوم الأمعاء ومرض التهاب الأمعاء، [ 52 ] وميكروبيوم المهبل والولادة المبكرة. [ 53 ]

علم المناعة الجهازية

أدى تعقيد التفاعلات في الجهاز المناعي البشري إلى توليد كم هائل من البيانات الجينومية متعددة المستويات المتعلقة بعلم المناعة. [ 54 ] وقد استُخدم تحليل البيانات الجينومية المتعددة لجمع رؤى جديدة حول الاستجابة المناعية للأمراض المعدية، مثل حمى الشيكونغونيا لدى الأطفال ، [ 55 ] بالإضافة إلى أمراض المناعة الذاتية غير المعدية . [ 56 ] كما استُخدمت الجينومات التكاملية على نطاق واسع لفهم فعالية اللقاحات وآثارها الجانبية ، وهو مجال يُعرف باسم علم اللقاحات النظمي. [ 57 ] على سبيل المثال، كانت الجينومات المتعددة ضرورية للكشف عن العلاقة بين التغيرات في مستقلبات البلازما والنسخ الجيني للجهاز المناعي والاستجابة للتطعيم ضد الهربس النطاقي . [ 58 ]

قائمة البرامج المستخدمة في التحليل متعدد الأوميات

Bioconductor، برنامج مجاني لعلم المعلوماتية الحيوية.

يقوم مشروع Bioconductor بتنظيم مجموعة متنوعة من حزم R التي تهدف إلى دمج بيانات علم الجينوم والبروتيوميات:

  • omicade4 ، لتحليل التداخل المتعدد لمجموعات البيانات متعددة الأوميات [ 59 ]
  • MultiAssayExperiment ، الذي يوفر واجهة موصل حيوي للعينات المتداخلة [ 60 ]
  • IMAS ، وهي حزمة تركز على استخدام بيانات متعددة الأوميات لتقييم التضفير البديل [ 61 ]
  • bioCancer ، حزمة لتصور بيانات السرطان متعددة الأوميات [ 62 ]
  • mixOmics ، وهي مجموعة من الأساليب متعددة المتغيرات لتكامل البيانات [ 34 ]
  • MultiDataSet ، حزمة لتغليف مجموعات البيانات المتعددة [ 63 ]

تُوفّر حزمة RGCCA إطار عمل متعدد الاستخدامات لتكامل البيانات. هذه الحزمة متاحة مجاناً على شبكة أرشيف R الشاملة (CRAN).

تسلط قاعدة بيانات OmicTools [ 64 ] الضوء أيضًا على حزم R وأدوات أخرى لتحليل البيانات متعددة الأوميات:

  • PaintOmics ، مورد ويب لتصور مجموعات بيانات متعددة الأوميكس [ 65 ] [ 66 ]
  • SIGMA، وهو برنامج مكتوب بلغة جافا يركز على التحليل المتكامل لمجموعات بيانات السرطان [ 67 ]
  • iOmicsPASS، أداة مكتوبة بلغة C++ للتنبؤ بالنمط الظاهري القائم على علم الجينوم المتعدد [ 68 ]
  • Grimon ، واجهة رسومية R لتصور البيانات متعددة الأوميات [ 69 ]
  • Omics Pipe ، وهو إطار عمل مكتوب بلغة بايثون لأتمتة تحليل البيانات متعددة الأوميات بشكل قابل للتكرار [ 70 ]

قواعد البيانات متعددة الأوميات

من أبرز عيوب الدراسات الجينومية التقليدية اقتصارها على مستوى واحد من التعقيد البيولوجي. فعلى سبيل المثال، قد توفر دراسات النسخ الجيني معلومات على مستوى النسخ، لكن العديد من العناصر المختلفة تُسهم في الحالة البيولوجية للعينة ( كالمتغيرات الجينية ، والتعديلات ما بعد الترجمة ، والمنتجات الأيضية، والكائنات الحية المتفاعلة، وغيرها). ومع ظهور تقنيات البيولوجيا عالية الإنتاجية ، أصبح إجراء قياسات متعددة أكثر سهولة من حيث التكلفة، مما يسمح بإجراء ارتباطات واستنتاجات بين مختلف المجالات (مثل مستويات الحمض النووي الريبوزي والبروتين). تُسهم هذه الارتباطات في بناء شبكات بيولوجية أكثر شمولاً ، مما يُسهم في سد الثغرات المعرفية.

إلا أن دمج البيانات ليس بالأمر السهل. ولتسهيل هذه العملية، قامت مجموعات بتنظيم قواعد بيانات ومسارات بيانات لاستكشاف البيانات متعددة الأوميات بشكل منهجي.

انظر أيضاً

مراجع

  1. ^ بيرسانيللي، ماتيو. موسكا، إيتوري؛ ريمونديني، دانيال؛ جيامبيري، إنريكو؛ سالا، كلوديا؛ كاستيلاني، جاستون؛ ميلانيسي ، لوتشيانو (1 يناير 2016). "طرق تكامل البيانات المتعددة الأوميكس: الجوانب الرياضية" . بي إم سي للمعلوماتية الحيوية . 17 (2): س15. دوى : 10.1186/s12859-015-0857-9 . ردمك 1471-2105 . بمك 4959355 . بميد 26821531 .   
  2. ↑ بوك، كريستوف؛ فارليك، ماتياس؛ شيفيلد، ناثان سي. (أغسطس 2016). "علم الجينوم المتعدد للخلايا المفردة: الاستراتيجيات والتطبيقات" . اتجاهات في التكنولوجيا الحيوية . 34 (8): 605-608 . doi : 10.1016/j.tibtech.2016.04.004 . PMC 4959511. PMID 27212022 .  
  3. ↑ فيلانوفا، كريستينا؛ بوركار، مانويل (26 يوليو 2016). "هل تكفي تقنيات علم الجينوم المتعدد؟" . مجلة نيتشر لعلم الأحياء الدقيقة . 1 (8): 16101. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.101 . PMID 27573112. S2CID 3835720 .  
  4. ^ تارازونا، س.، بالزانو نوغيرا، إل.، وكونيسا، أ. (2018). تكامل بيانات Multiomics في تجارب السلاسل الزمنية. دوى : 10.1016/bs.coac.2018.06.005
  5. ↑ جلسة علم اقتصاد السرطان في مؤتمر PSB'14، مؤرشفة بتاريخ 23 سبتمبر 2013 على موقع Wayback Machine
  6. ↑ المشهد الجزيئي للسرطان: استخدام علم الجينوم الشامل لإحداث التغيير (مؤرشف بتاريخ 9 نوفمبر 2013 في أرشيف الإنترنت)
  7. ↑ "مسرد المصطلحات". تسريع التقدم في مكافحة السرطان: خطة الجمعية الأمريكية لعلم الأورام السريري لتحويل البحوث السريرية والتطبيقية في مجال السرطان (ملف PDF) . الجمعية الأمريكية لعلم الأورام السريري. 2011. ص 28. تم الاطلاع عليه بتاريخ 13 سبتمبر 2013 . 
  8. ↑ شيبكو، س.؛ كويفيستوينن، ب.؛ تراتنيك، ك.أ.؛ نيوهال، أ.ر.؛ فريدمان، ل. (يونيو 1967). "طريقة للفصل الكمي المتسلسل وتحديد البروتين، والحمض النووي الريبي (RNA)، والحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين (DNA)، والدهون، والجليكوجين من متجانس كبد جرذ واحد أو من جزء دون خلوي". الكيمياء الحيوية التحليلية . 19 (3): 514-528 . Bibcode : 1967AnBio..19..514S . doi : 10.1016/0003-2697(67)90242-4 . ISSN 0003-2697 . PMID 4292701 .  
  9. ↑ ناكاياسو، إرنستو س.؛ نيكورا، كاري د.؛ سيمز، إيمي س.؛ بورنوم-جونسون، كريستين إ.؛ كيم، يونغ-مو؛ كايل، جينيفر إ.؛ ماتزكي، ميليسا م.؛ شوكلا، أنيل ك.؛ تشو، روزالي ك.؛ شيبموس، أثينا أ.؛ جاكوبس، جون م.؛ باريك، رالف س.؛ ويب-روبرتسون، بوبي-جو؛ سميث، ريتشارد د.؛ ميتز، توماس أ. (2016). "MPLEx: بروتوكول قوي وعالمي لتحليلات البروتينات والمستقلبات والدهون التكاملية لعينة واحدة" . mSystems . 1 (3): e00043–16. doi : 10.1128/mSystems.00043-16 . ISSN 2379-5077 . PMC 5069757. PMID 27822525 .​   
  10. ↑ كانغ، جيانينغ؛ ديفيد، ليزا؛ لي، يانغيانغ؛ كانغ، جينغ؛ تشين، سيكسيو (2021). " استخلاص متزامن ثلاثي في ​​واحد للبروتينات والمستقلبات والدهون لتحليل متعدد الأوميات" . مجلة فرونتيرز إن جينيتكس . 12 635971. doi : 10.3389/fgene.2021.635971 . ISSN 1664-8021 . PMC 8082496. PMID 33936167 .   
  11. ↑ هي، يوتشن؛ راشان، إدريس هـ.؛ لينكه، فانيسا؛ شيشكوفا، إيفجينيا؛ هيبرت، ألكسندر س.؛ يوشيم، آدم؛ ويستفال، مايكل س.؛ باجلياريني، ديفيد ج.؛ أوفرماير، كاثرين أ.؛ كون، جوشوا ج. (9 مارس 2021). "تقنية اللقطة الواحدة متعددة الأوميات لتحليل البروتينات والدهون المتكامل" . الكيمياء التحليلية . 93 (9): 4217-4222 . Bibcode : 2021AnaCh..93.4217H . doi : 10.1021/acs.analchem.0c04764 . ISSN 1520-6882 . PMC 8028036. PMID 33617230 .   
  12. ↑ موهلباور، لورا ك.؛ جين، آني؛ تشو، يون يون؛ هي، يوتشن؛ شيشكوفا، إيفجينيا؛ أوفرماير، كاثرين أ.؛ كون، جوشوا ج. (17 يناير 2023). " تحضير سريع لعينات متعددة الأوميات لتحليل الطيف الكتلي" . الكيمياء التحليلية . 95 (2): 659-667 . doi : 10.1021/acs.analchem.2c02042 . ISSN 1520-6882 . PMC 10026941. PMID 36594155 .   
  13. ^ واجل، باسانتا ر.؛ كواتش، أوستن؛ يو، سيونغجون؛ أسومبكاو، آنا LFV؛ أرسي، كومالا؛ دونوغو، آني م.؛ جيسودهاسان، بالمي آر آر (5 فبراير 2023). "كشف تحليل متعدد الأطوار لمصل الدجاج عن تعديل العوامل المضيفة بسبب استعمار العطيفة الصائمية والمكملات المائية لمستحلب الأوجينول النانوي" . الحيوانات . 13 (4): 559. دوى : 10.3390/ani13040559 . ISSN 2076-2615 . بمك 9951679 . بميد 36830346 .   
  14. ↑ تشوي، جانغهان؛ شاكري، ماجد؛ بوكر، برايان؛ تشوانغ، هونغ؛ كونغ، بيونغوي (14 أبريل 2025). "البروتينات والمستقلبات وجزيئات الدهون ذات الوفرة المختلفة في لحم السباغيتي مقارنةً بلحم صدر الدجاج العادي: تحليل متعدد الأوميات1" . مجلة علوم الدواجن . 104 (7) 105165. doi : 10.1016/j.psj.2025.105165 . ISSN 0032-5791 . PMC 12434241. PMID 40286572 .   
  15. ↑ ألتندال، ماري؛ موك، ثاليا؛ جانغ، كريستين؛ يو، سيونغجون؛ كواتش، أوستن؛ أفشار، يالدا (2022). "يتميز مرض كوفيد-19 الحاد أثناء الحمل بملف مصل مميز، بما في ذلك زيادة تنشيط المتممة واضطراب تنظيم دهون المصل" . PLOS ONE . 17 (11) e0276766. Bibcode : 2022PLoSO..1776766A . doi : 10.1371/journal.pone.0276766 . ISSN 1932-6203 . PMC 9668183. PMID 36383608 .   
  16. ↑ ظفر الله، مروة؛ أنجكستسيري، كاثلين؛ كواتش، أوستن؛ يو، سيونغجون؛ دوربين-جونسون، بليث ب.؛ بولينغ، هيذر؛ تاسون، فلورا (28 فبراير 2024). "تحليل الميتابولوميات والبروتيوميات غير الموجه يحدد المؤشرات الحيوية الأيضية وتغيرات المسارات لدى الأفراد المصابين بمتلازمة حذف 22q11.2" . علم الميتابولوميات . 20 (2): 31. doi : 10.1007/s11306-024-02088-0 . ISSN 1573-3890 . PMC 10901937. PMID 38418685 .   
  17. ↑ ماهاجان، سوبريا د.؛ ألينكيل، رافيكومار؛ رينولدز، جيسيكا ل.؛ ماشار، جانفي س.؛ غيبرهيويت، برهان؛ شوارتز، ستانلي أ. (فبراير 2025). "تحليل الأوميكس يكشف أن الجالاكتين-3 منظم رئيسي محتمل للالتهاب التحسسي في الوذمة الوعائية الوراثية" . مجلة الحساسية والمناعة السريرية العالمية . 4 (1) 100353. doi : 10.1016/j.jacig.2024.100353 . ISSN 2772-8293 . PMC 11583700. PMID 39583036 .   
  18. ↑ أدوسا، نيغاتو؛ خان، صوفيا؛ ريتكونن، كالي ت.؛ إيلو، لورا ل. (2021). "استراتيجيات حسابية لتكامل البيانات الجينومية المتعددة للخلايا المفردة" . مجلة التكنولوجيا الحيوية الحاسوبية والبنيوية . 19 : 2588-2596 . doi : 10.1016/j.csbj.2021.04.060 . ISSN 2001-0370 . PMC 8114078. PMID 34025945 .   
  19. 1 2 ماكولي، إيان سي؛ بونتينغ، كريس بي؛ فويت، تييري (2017). "علم الجينوم المتعدد للخلايا المفردة: قياسات متعددة من خلايا مفردة" . اتجاهات في علم الوراثة . 33 (2): 155-168 . doi : 10.1016/j.tig.2016.12.003 . PMC 5303816. PMID 28089370 .  
  20. ↑ هو، يوجين؛ آن، تشين؛ شيو، كاثرين؛ تريجو، براندون؛ فان، شوكسين؛ غو، يينغ (20 أبريل 2018). " تقنية علم الجينوم المتعدد للخلايا المفردة: المنهجية والتطبيق" . مجلة فرونتيرز في بيولوجيا الخلية والتطور . 6 28. doi : 10.3389/fcell.2018.00028 . ISSN 2296-634X . PMC 5919954. PMID 29732369 .   
  21. ↑ دي، سيدهارث إس؛ كيستر، لينارت؛ سبانيارد، باستيان؛ بينكو، ماجدة؛ فان أوديناردن، ألكسندر (مارس 2015) [19 يناير 2015 (متاح على الإنترنت؛ عدد مارس 2015)]. "التسلسل المتكامل للجينوم والترانسكريبتوم لنفس الخلية" . رسائل. مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 33 (3): 285-289 . doi : 10.1038/nbt.3129 . OCLC 931063996. PMC 4374170. PMID 25599178 .   
  22. ↑ ماكولي، إيان سي؛ تينغ، مابيل جيه؛ هيرتي، ويلفريد؛ كومار، بارفين؛ بونتينغ، كريس بي؛ فويت، تييري (29 سبتمبر 2016). "فصل وتسلسل متوازٍ لجينومات ومستنسخات الخلايا المفردة باستخدام تقنية G&T-seq" . بروتوكولات الطبيعة . 11 (11): 2081-2103 . doi : 10.1038/nprot.2016.138 . hdl : 20.500.11820/015ce29d-7e2d - 42c8-82fa-cb1290b761c0 . ISSN 1754-2189 . PMID 27685099. S2CID 24351548 .   
  23. ↑ تانغ، فوتشو؛ وين، لو؛ لي، شيانلونغ؛ وو، شينغلونغ؛ تشو، بينغ؛ غو، هونغشان (1 ديسمبر 2013). "تحليل خرائط الميثيلوم للخلايا الجذعية الجنينية للفئران والأجنة المبكرة باستخدام تسلسل البيسلفيت ذي التمثيل المُخفَّض" . أبحاث الجينوم . 23 (12): 2126-2135 . doi : 10.1101/gr.161679.113 . ISSN 1088-9051 . PMC 3847781. PMID 24179143 .   
  24. ↑ كيلسي، جافين؛ رايك، وولف؛ ستيجل، أوليفر؛ أندروز، سيمون ر.؛ جوليان بيت؛ سعدة، هبة؛ كروجر، فيليكس؛ أنجرمولر، كريستوف؛ لي، هيذر ج. (أغسطس 2014). "تسلسل البيسلفيت على مستوى الجينوم للخلايا المفردة لتقييم عدم التجانس اللاجيني" . Nature Methods . 11 (8): 817–820 . doi : 10.1038/nmeth.3035 . ISSN 1548-7105 . PMC 4117646. PMID 25042786 .   
  25. ↑ أنجرمولر، كريستوف؛ كلارك، ستيفن جيه؛ لي، هيذر جيه؛ ماكولي، إيان سي؛ تينغ، مابل جيه؛ هو، تيم شياومينغ؛ كروجر، فيليكس؛ سمولوود، سيباستيان إيه؛ بونتينغ، كريس بي (11 يناير 2016). "التسلسل المتوازي للخلايا المفردة يربط بين عدم التجانس النسخي والوراثي اللاجيني" . Nature Methods . 13 (3): 229–232 . doi : 10.1038/nmeth.3728 . ISSN 1548-7091 . PMC 4770512. PMID 26752769 .   
  26. ↑ غرينليف، ويليام جيه؛ تشانغ، هوارد واي؛ سنايدر، مايكل بي؛ مايكل إل. غونزاليس؛ راف، ديف؛ ليتزنبرغر، أولريك إم؛ وو، بكين؛ بوينروسترو، جيسون دي. (يوليو 2015). "إمكانية الوصول إلى الكروماتين في الخلية الواحدة تكشف مبادئ التباين التنظيمي" . نيتشر . 523 ( 7561): 486-490 . Bibcode : 2015Natur.523..486B . doi : 10.1038/nature14590 . ISSN 1476-4687 . PMC 4685948. PMID 26083756 .   
  27. ↑ فريزر، بيتر؛ تاناي، آموس؛ لاو، إرنست د.؛ دين، ويندي؛ يافي، إيتان؛ شونفيلدر، ستيفان؛ ستيفنز، تيم ج.؛ لوبلينغ، يانيف؛ ناغانو، تاكاشي (أكتوبر 2013). "تقنية Hi-C أحادية الخلية تكشف عن تباين بين الخلايا في بنية الكروموسوم" . مجلة نيتشر . 502 (7469): 59-64 . Bibcode : 2013Natur.502...59N . doi : 10.1038/nature12593 . ISSN 1476-4687 . PMC 3869051. PMID 24067610 .   
  28. 1 2 دارمانيس، سبيروس؛ جالانت، كارولين جولي؛ مارينيسكو، فويتشيتا دانا؛ نيكلاسون، ميا. سيجرمان، آنا؛ فلاموراكيس، جورجيوس؛ فريدريكسون، سيمون؛ أسارسون، إريكا؛ لوندبيرج ، مارتن (12 يناير 2016). "القياس المتزامن المضاعف للحمض النووي الريبي والبروتينات في الخلايا المفردة" . تقارير الخلية . 14 (2): 380-389 . دوى : 10.1016/j.celrep.2015.12.021 . ISSN 2211-1247 . بمك 4713867 . بميد 26748716 .   
  29. 1 2 غيرارديني، بيير فيديريكو؛ نولان، غاري ب.؛ تشين، شيه-يو؛ هسيه، إيلينا واي؛ زوندر، إيلي ر.؛ بافا، فيليس-أليسيو؛ فراي، أندرياس ب. (مارس 2016). "الكشف المتزامن عالي التعدد عن الحمض النووي الريبي والبروتينات في الخلايا المفردة" . مجلة نيتشر ميثودز . 13 (3): 269-275 . doi : 10.1038/nmeth.3742 . ISSN 1548-7105 . PMC 4767631. PMID 26808670 .   
  30. ^ اسارسون ، إريكا. لوندبيرج، مارتن؛ هولمكويست، جوران؛ بيوركستين، يوهان؛ بوخت ثورسن، ستاين؛ إيكمان، دانيال؛ إريكسون، آنا؛ رينيل ديكنز، إيما؛ ساندرا أولسون (22 أبريل 2014). "المقايسة المناعية المتجانسة 96-Plex PEA تظهر حساسية عالية وخصوصية وقابلية ممتازة للتوسع" . بلوس واحد . 9 (4) هـ95192. بيب كود : 2014PLoSO...995192A . دوى : 10.1371/journal.pone.0095192 . ردمك 1932-6203 . بمك 3995906 . بميد 24755770 .   
  31. ↑ غارمير، لانا إكس؛ تشودري، كومارديب؛ هوانغ، سيجيا (2017). "كلما زاد كان أفضل: التقدم الأخير في أساليب تكامل بيانات علم الجينوم المتعدد" . مجلة فرونتيرز إن جينيتكس . 8 84. doi : 10.3389/fgene.2017.00084 . ISSN 1664-8021 . PMC 5472696. PMID 28670325 .   
  32. ↑ تاغكوبولوس، إلياس؛ كيم، مينسونغ (2018). "أساليب تكامل البيانات والنمذجة التنبؤية لمجموعات بيانات متعددة الأوميات". علم الجينوم الجزيئي . 14 (1): 8-25 . doi : 10.1039/C7MO00051K . PMID 29725673 . 
  33. ↑ لين، يوجين؛ لين، هسين-يوان (20 يناير 2017). "مناهج التعلم الآلي وعلم الجينوم النظمي لبيانات متعددة الأوميات" . أبحاث المؤشرات الحيوية . 5 (1): 2. doi : 10.1186/s40364-017-0082-y . ISSN 2050-7771 . PMC 5251341. PMID 28127429 .   
  34. 1 2 روهارت، فلوريان؛ غوتييه، بينوا؛ سينغ، أمريت؛ لي كاو، كيم-آن (14 فبراير 2017). " mixOmics: حزمة R لاختيار ميزات علم الجينوم وتكامل البيانات المتعددة" . PLOS Computational Biology . 13 (11) e1005752. Bibcode : 2017PLSCB..13E5752R . bioRxiv 10.1101/108597 . doi : 10.1371/journal.pcbi.1005752 . PMC 5687754. PMID 29099853 .   
  35. ↑ تينينهاوس، آرثر؛ تينينهاوس، ميشيل (17 مارس 2011). "تحليل الارتباط الكنسي المعمم المنتظم". مجلة القياس النفسي . 76 (2): 257-284 . doi : 10.1007/s11336-011-9206-8 . ISSN 0033-3123 . 
  36. ↑ تينينهاوس، أ.؛ فيليب، س.؛ غيليموت، ف.؛ لو كاو، ك.-أ.؛ غريل، ج.؛ فروين، ف. (17 فبراير 2014). "اختيار المتغيرات لتحليل الارتباط الكنسي المعمم" . الإحصاء الحيوي . 15 (3): 569-583 . doi : 10.1093/biostatistics/kxu001 . ISSN 1465-4644 . PMID 24550197 .  
  37. ↑ تينينهاوس، آرثر؛ فيليب، كاثي؛ فروين، فنسنت (أكتوبر 2015). "تحليل الارتباط الكنسي المعمم باستخدام النواة". الإحصاءات الحاسوبية وتحليل البيانات . 90 : 114-131 . doi : 10.1016/j.csda.2015.04.004 . ISSN 0167-9473 . 
  38. ↑ تينينهاوس، ميشيل؛ تينينهاوس، آرثر؛ غرونين، باتريك جيه إف (23 مايو 2017). "تحليل الارتباط الكنسي المعمم المنتظم: إطار عمل لأساليب المكونات متعددة الكتل المتسلسلة". مجلة القياس النفسي . 82 (3): 737-777 . doi : 10.1007/s11336-017-9573-x . ISSN 0033-3123 . PMID 28536930 .  
  39. ↑ أرجيلاغيت، ريكارد؛ فيلتن، بريتا؛ أرنول، داميان؛ ديتريش، ساشا؛ زينز، ثورستن؛ ماريوني، جون سي.؛ بوتنر، فلوريان؛ هوبر، وولفغانغ؛ ستيغل، أوليفر (20 يونيو 2018). "تحليل العوامل متعددة الأوميات - إطار عمل للتكامل غير الخاضع للإشراف لمجموعات بيانات متعددة الأوميات" . بيولوجيا الأنظمة الجزيئية . 14 (6): MSB178124. doi : 10.15252/msb.20178124 . ISSN 1744-4292 . PMC 6010767. PMID 29925568 .   
  40. ↑ فيلتن، بريتا؛ براونجر، جانا م.؛ أرجيلاغيت، ريكارد؛ أرنول، داميان؛ ويربل، جاكوب؛ بريديخين، دانيلا؛ زيلر، جورج؛ ستيجل، أوليفر (فبراير 2022). "تحديد الأنماط الزمنية والمكانية للتغير من البيانات متعددة الوسائط باستخدام MEFISTO" . Nature Methods . 19 (2): 179–186 . doi : 10.1038/s41592-021-01343-9 . ISSN 1548-7105 . PMC 8828471. PMID 35027765 .   
  41. ↑ إنج، أليكس؛ أندراديس، ألفارو؛ كوزنزا، ماركو رافاييل؛ كوربل، جان أو. (يوليو 2025). "دمج بيانات السرطان متعددة الوسائط باستخدام نمذجة المسار العميق للمتغيرات الكامنة" . مجلة نيتشر للذكاء الآلي . 7 (7): 1053-1075 . doi : 10.1038/s42256-025-01052-4 . ISSN 2522-5839 . PMC 12283373. PMID 40709098 .   
  42. ↑ هاسين، يهوديت؛ سيلدين، ماركوس؛ لوسيس، ألدونس (5 مايو 2017). "مناهج متعددة الأوميات لدراسة الأمراض" . علم الأحياء الجينومي . 18 (1): 83. Bibcode : 2017GenBi..18...83H . doi : 10.1186/s13059-017-1215-1 . ISSN 1474-760X . PMC 5418815. PMID 28476144 .   
  43. ↑ خان، محمد م.؛ إرنست، أورنا؛ مانس، ناثان ب.؛ أويلر، بنجامين ل.؛ فريزر، إيان دي سي.؛ جودليت، ديفيد ر.؛ نيتا-لازار، ألكسندرا (11 مارس 2019). "استراتيجيات علم الجينوم المتعدد تكشف تفاعلات المضيف والممرض". مجلة الجمعية الكيميائية الأمريكية للأمراض المعدية . 5 (4): 493-505 . doi : 10.1021/acsinfecdis.9b00080 . ISSN 2373-8227 . PMID 30857388. S2CID 75137107 .   
  44. ↑ أديريم، آلان؛ أدكينز، جوشوا ن.؛ أنسونغ، تشارلز؛ غالاغان، جيمس؛ كايزر، شاري؛ كورث، ماركوس ج.؛ لو، جي. لين؛ ماكديرموت، جيسون ج.؛ برول، شون سي. (1 فبراير 2011). "نهج بيولوجيا الأنظمة في أبحاث الأمراض المعدية: ابتكار نموذج بحث العلاقة بين الممرض والمضيف" . mBio . 2 (1): e00325-10. doi : 10.1128/mbio.00325-10 . ISSN 2150-7511 . PMC 3034460. PMID 21285433 .   
  45. ↑ باريسيتش، داركو؛ تشين، كريستوفر ر.؛ ميدان، سيم؛ تياتر، مات؛ تسيالتا، إيوانا؛ ملينارتشيك، كورالين؛ تشادبورن، إيمي؛ وانغ، شوهاي؛ ساركوزي، مارغو؛ شيا، مين؛ كارسون، ساندرا إي.؛ راجيري، سانتو؛ ديبك، سونيا؛ بيلزر، بينيديكت؛ دورماز، سيدا (أبريل 2024). "ينظم ARID1A الارتباط المتسلسل لعوامل النسخ بوساطة SWI/SNF، حيث يؤدي فقدان ARID1A إلى تحديد مصير خلايا B قبل الذاكرة وتكوّن الأورام اللمفاوية" . Cancer Cell . 42 (4): 583–604.e11. doi : 10.1016/j.ccell.2024.02.010 . PMC 11407687 . PMID 38458187 .  
  46. ↑ موشتوريس، ن؛ سميت، ر.د؛ بايبر، ك؛ براشانت، ج؛ إيفانز، ج.ج؛ كارسي، م (4 مارس 2022). "مراجعة لمنصات علم الجينوم المتعدد في نشأة ورم الغدة النخامية" . فرونتيرز إن بيوساينس (الطبعة المميزة) . 27 (3): 77. doi : 10.31083/j.fbl2703077 . PMID 35345309. S2CID 247560386 .  
  47. ↑ يان، جينغوين؛ ريساخر، شانون ل؛ شين، لي؛ سايكين، أندرو ج. (30 يونيو 2017). " مناهج الشبكات لتحليل بيولوجيا الأنظمة للأمراض المعقدة: أساليب تكاملية لبيانات متعددة الأوميات" . موجزات في المعلوماتية الحيوية . 19 (6): 1370-1381 . doi : 10.1093/bib/bbx066 . ISSN 1467-5463 . PMC 6454489. PMID 28679163 .   
  48. ↑ هي، فينغ كيو؛ أوليرت، ماركوس؛ بالينغ، رودي؛ بودي، سيباستيان إف إن؛ ديلال، سيلفي (6 فبراير 2018). "خارطة طريق نحو علم المناعة الشخصي" . مجلة npj لعلم الأحياء النظمي وتطبيقاته . 4 (1): 9. doi : 10.1038/s41540-017-0045-9 . ISSN 2056-7189 . PMC 5802799. PMID 29423275 .   
  49. ↑ بروكتر، ليتا م.؛ كريسي، هيذر هـ.؛ فيتويس، جينيفر م.؛ لويد-برايس، جيسون؛ ماهوركار، أنوب؛ تشو، وينيو؛ باك، غريغوري أ.؛ سنايدر، مايكل ب.؛ شتراوس، جيروم ف. (مايو 2019). "مشروع الميكروبيوم البشري المتكامل" . مجلة نيتشر . 569 (7758): 641-648 . Bibcode : 2019Natur.569..641I . doi : 10.1038/s41586-019-1238-8 . ISSN 1476-4687 . PMC 6784865. PMID 31142853 .   
  50. ↑ "بعد مشروع الميكروبيوم البشري المتكامل، ما هي الخطوة التالية لمجتمع الميكروبيوم؟" . مجلة نيتشر . 569 (7758): 599. 29 مايو 2019. Bibcode : 2019Natur.569Q.599 . doi : 10.1038 /d41586-019-01674-w . PMID 31142868. S2CID 169035865 .  
  51. ↑ سنايدر، مايكل؛ وينستوك، جورج م.؛ سودرغرين، إريكا؛ ماكلولين، ترايسي؛ تسيه، ديفيد؛ روست، هانز؛ بينينغ، برايان؛ كوكوربا، كيم؛ روز، صوفيا ميريام شوسلر-فيورينزا (مايو 2019). "التحليل الجينومي المتعدد الطولي لديناميكيات المضيف والميكروب في مرحلة ما قبل السكري" . مجلة نيتشر . 569 (7758): 663-671 . Bibcode : 2019Natur.569..663Z . doi : 10.1038/s41586-019-1236-x . ISSN 1476-4687 . PMC 6666404. PMID 31142858 .   
  52. ↑ هوتينهاور، كورتيس؛ خافيير، رامنيك جيه؛ فلاماكيس، هيرا؛ فرانزوزا، إريك أ؛ كليش، كلاري ب؛ وينتر، هارلاند س؛ ستابنبيك، ثاديوس س؛ بيتروسينو، جوزيف ف؛ ماكغفرن، ديرموت ب.ب. (مايو 2019). "التحليل الجينومي المتعدد للنظام البيئي الميكروبي المعوي في أمراض الأمعاء الالتهابية" . مجلة نيتشر . 569 (7758): 655-662 . Bibcode : 2019Natur.569..655L . doi : 10.1038 / s41586-019-1237-9 . ISSN 1476-4687 . PMC 6650278. PMID 31142855 .   
  53. ↑ باك، غريغوري أ.؛ شتراوس، جيروم ف.؛ جيفرسون، كيمبرلي ك.؛ هندريكس-مونيوز، كارين د.؛ ويجيسوريا، ن. روميش؛ روبنز، كريغ إ.؛ غرافيت، مايكل ج.؛ سيكستون، آمبر ل.؛ شافين، دونالد أ. (يونيو 2019). "الميكروبيوم المهبلي والولادة المبكرة" . مجلة نيتشر ميديسن . 25 (6): 1012-1021 . doi : 10.1038 / s41591-019-0450-2 . ISSN 1546-170X . PMC 6750801. PMID 31142849 .   
  54. ↑ كيد، برايان أ؛ بيترز، لورين أ؛ شادت، إريك إي؛ دادلي، جويل ت (21 يناير 2014). " توحيد علم المناعة مع المعلوماتية الحيوية وعلم الأحياء متعدد المقاييس" . مجلة نيتشر إيمونولوجي . 15 (2): 118-127 . doi : 10.1038/ni.2787 . ISSN 1529-2908 . PMC 4345400. PMID 24448569 .   
  55. ^ هاريس، إيفا؛ كاسارسكيس، أندرو؛ ولينسكي، ستيفن م.؛ سواريز فاريناس، مايتي؛ تشو، يونيو؛ وانغ لي. بالماسيدا، ملاك؛ توماس، غواخيرا ب. ستيوارت، مايكل ج. (1 أغسطس 2018). "التنميط المناعي الفطري الشامل لعدوى فيروس الشيكونغونيا في حالات الأطفال" . بيولوجيا النظم الجزيئية . 14 (8)هـ7862. دوى : 10.15252/msb.20177862 . ردمك 1744-4292 . بمك 6110311 . بميد 30150281 .   
  56. ↑ فايرستين، غاري س.؛ وانغ، وي؛ غاي، ستيفن؛ بول، سكوت ت.؛ بارتوك، بياتريكس؛ بويل، ديفيد ل.؛ ويتاكر، جون و. (22 أبريل 2015). "تحليل تكاملي لعلم الجينوم والبروتيوميات لالتهاب المفاصل الروماتويدي يُحدد أهدافًا علاجية غير بديهية" . PLOS ONE . 10 (4) e0124254. Bibcode : 2015PLoSO..1024254W . doi : 10.1371/journal.pone.0124254 . ISSN 1932-6203 . PMC 4406750. PMID 25901943 .   
  57. ^ بوليندران, بالي ; لي، شوزاو؛ ناكايا، هيلدر آي. (29 أكتوبر 2010). "أنظمة اللقاحات" . الحصانة . 33 (4): 516-529 . دوى : 10.1016/j.immuni.2010.10.006 . ردمك 1074-7613 . بمك 3001343 . بميد 21029962 .   
  58. ↑ لي، شوزاو؛ سوليفان، نيكول ل.؛ روفائيل، نادين؛ يو، تيانوي؛ بانتون، صوفيا؛ مادور، موهان س.؛ مكوسلاند، ميغان؛ تشيو، كريستوفر؛ كانيف، جينيفر (18 مايو 2017). "الأنماط الظاهرية الأيضية للاستجابة للتطعيم لدى البشر" . مجلة Cell . 169 (5): 862–877.e17. doi : 10.1016/j.cell.2017.04.026 . ISSN 0092-8674 . PMC 5711477. PMID 28502771 .   
  59. ↑ مينغ، تشين؛ كوستر، برنارد؛ كولين، إيدين سي؛ غلامي، أمين (2014). "نهج متعدد المتغيرات لدمج مجموعات بيانات متعددة الأوميات" . مجلة BMC Bioinformatics . 15 (1): 162. doi : 10.1186/1471-2105-15-162 . ISSN 1471-2105 . PMC 4053266. PMID 24884486 .   
  60. ↑ راموس، مارسيل؛ شيفر، لوكاس؛ ري، أنجيلا؛ أزهر، ريمشا؛ باسونيا، أزفار؛ رودريغيز، كارمن؛ تشان، تيفاني؛ تشابمان، فيل؛ ديفيس، شون ر.؛ غوميز-كابريرو، ديفيد؛ كولين، إيدين س.؛ هايب-كينز، بنجامين؛ هانسن، كاسبر د.؛ كودالي، هانيش؛ لويس، ماري س.؛ مير، أرفيند س.؛ ريستر، ماركوس؛ مورغان، مارتن؛ كاري، فينس؛ والدرون، ليفي (1 نوفمبر 2017). "برنامج لدمج تجارب علم الجينوم المتعدد في Bioconductor" . أبحاث السرطان . 77 (21): e39– e42. doi : 10.1158/0008-5472.CAN-17-0344 . PMC 5679241 . PMID 29092936 .  
  61. ^ Seonggyun Han، Younghee Lee (2017)، IMAS ، موصل حيوي، دوى : 10.18129/b9.bioc.imas ، استرجاعها 28 يونيو 2019
  62. ↑ كريم مزهود [مؤلف، كاتب] (2017)، بيوكانسر ، بيوكونداكتور، doi : 10.18129/b9.bioc.biocancer ، تم الاطلاع عليه بتاريخ 28 يونيو 2019
  63. ↑ هيرنانديز-فيرير، كارليس؛ رويز-أريناس، كارلوس؛ بلتران-غوميلا، ألبا؛ غونزاليس، خوان ر. (17 يناير 2017). "MultiDataSet: حزمة R لتغليف مجموعات بيانات متعددة مع تطبيق على تكامل بيانات الأوميكس" . BMC Bioinformatics . 18 (1): 36. doi : 10.1186/s12859-016-1455-1 . ISSN 1471-2105 . PMC 5240259. PMID 28095799 .   
  64. ↑ "جني ثمار محرك الرؤى البيولوجية" . omicX . تم الاطلاع عليه بتاريخ 26 يونيو 2019 .
  65. ^ كونيسا، آنا؛ دوبازو، خواكين؛ غارسيا لوبيز، فيديريكو؛ غارسيا ألكالدي، فرناندو (1 يناير 2011). "Paintomics: أداة قائمة على الويب للتصور المشترك لبيانات النسخ والأيض" . المعلوماتية الحيوية . 27 (1): 137-139 . دوى : 10.1093/المعلوماتية الحيوية/btq594 . ردمك 1367-4803 . بمك 3008637 . بميد 21098431 .   
  66. ^ كونيسا، آنا؛ باباس، جورجيوس J.؛ فوريو تاري، بيدرو؛ بلزانو نوغيرا، لياندرو؛ مارتينيز ميرا، كارلوس؛ تارازونا، سونيا؛ هيرنانديز دي دييغو، رافائيل (2 يوليو 2018). "PaintOmics 3: مورد ويب لتحليل المسار وتصور بيانات multi-omics" . أبحاث الأحماض النووية . 46 (W1): W503- W509. دوى : 10.1093/نار/gky466 . ISSN 0305-1048 . بمك 6030972 . بميد 29800320 .   
  67. ↑ تشاري، راج؛ كو، برادلي ب.؛ ويدسلتوفت، كريج؛ بينيتي، ماري؛ ويلسون، إيان م.؛ فوسيتش، إميلي أ.؛ ماكولي، كالوم؛ نج، ريموند ت.؛ لام، وان ل. (7 أكتوبر 2008). " SIGMA2: نظام للتحليل الجينومي المتكامل متعدد الأبعاد لجينومات السرطان، والإبيجينومات، والترانسكريبتومات" . BMC Bioinformatics . 9 (1): 422. doi : 10.1186/1471-2105-9-422 . ISSN 1471-2105 . PMC 2571113. PMID 18840289 .   
  68. ↑ تشوي، هيونغوون؛ إيوينغ، روب؛ تشوي، كوك بوي؛ فيرمين، داميان؛ كوه، هيرومي دبليو إل (23 يوليو 2018). "iOmicsPASS: طريقة جديدة لدمج بيانات متعددة الأوميات عبر الشبكات البيولوجية واكتشاف الشبكات الفرعية التنبؤية". bioRxiv 10.1101/374520 . 
  69. ↑ كاناي، ماساهيرو؛ مايدا، يويتشي؛ أوكادا، يوكينوري (19 يونيو 2018). "غريمون: واجهة رسومية لتصور شبكات علم الجينوم المتعدد" . المعلوماتية الحيوية . 34 (22): 3934-3936 . doi : 10.1093/bioinformatics/bty488 . ISSN 1367-4803 . PMC 6223372. PMID 29931190 .   
  70. ↑ سو، أندرو آي؛ لوغيرسيو، سالفاتوري؛ كارلاند، تريستان إم؛ دوكوم، جان كريستوف؛ جويا، لويس؛ مايسنر، توبياس؛ فيش، كاثلين إم. (1 يونيو 2015). "Omics Pipe: إطار عمل مجتمعي لتحليل بيانات متعددة الأوميات قابلة للتكرار" . المعلوماتية الحيوية . 31 (11): 1724-1728 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv061 . ISSN 1367-4803 . PMC 4443682. PMID 25637560 .   
  71. ↑ مونتاغيو، إليزابيث؛ ستانبيري، لاريسا؛ هيغدون، روجر؛ جانكو، إيمري؛ لي، إيلين؛ أندرسون، ناثانيال؛ شوينيير، جون؛ ستيوارت، إليزابيث؛ ياندل، غريغوري (يونيو 2014). "MOPED 2.5 - مورد متكامل متعدد الأوميات: قاعدة بيانات التعبير الجيني متعددة الأوميات تتضمن الآن بيانات النسخ الجيني" . OMICS : مجلة علم الأحياء التكاملي . 18 (6): 335-343 . doi : 10.1089/omi.2014.0061 . ISSN 1536-2310 . PMC 4048574. PMID 24910945 .   
  72. ↑ تشانغ، بينغ؛ وانغ، جينغ؛ شتراوب، بيتر؛ فاسايكار، سوهاس ف. (4 يناير 2018). "LinkedOmics: تحليل بيانات متعددة الأوميات داخل 32 نوعًا من السرطان وعبرها" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 46 (D1): D956– D963 . doi : 10.1093/nar/gkx1090 . ISSN 0305-1048 . PMC 5753188. PMID 29136207 .   
  73. ↑ "LinkedOmics :: تسجيل الدخول" . www.linkedomics.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 26 يونيو 2019 . 
  74. ↑ كان، تشنغيان؛ ريجتو، بول أ.؛ روبرتس، بيتر؛ دينغ، يينغ؛ أتشينغ، كيث؛ وانغ، كاي؛ دينغ، شيبينغ؛ شيفزيك، سابين؛ إستريلا، هيذر (يناير 2016). "OASIS: منصة إلكترونية لاستكشاف بيانات علم الجينوم المتعدد للسرطان". Nature Methods . 13 (1): 9–10 . doi : 10.1038/nmeth.3692 . ISSN 1548-7105 . PMID 26716558. S2CID 38621277 .   
  75. ^ وو، جياكي؛ هو، شوفينج؛ تشن ياوين. لي، زونجتشنغ؛ تشانغ، جيان. يوان، هانيو؛ شي، تشيانغ. شاو، نينغ شنغ؛ ينغ ، شياومين (مايو 2017). "BCIP: منصة تتمحور حول الجينات لتحديد الجينات التنظيمية المحتملة في سرطان الثدي" . التقارير العلمية . 7 (1) 45235. بيب كود : 2017NatSR...745235W . دوى : 10.1038/srep45235 . ISSN 2045-2322 . بمك 5361122 . بميد 28327601 .   
  76. ↑ هوسي، هولجر؛ باتيل، أليشا؛ فرنانديز، ماركو (12 نوفمبر 2018). "C/VDdb: قاعدة بيانات متعددة الأوميات لتحليل التعبير الجيني، من أجل منهج قائم على المعرفة في أمراض القلب والأوعية الدموية" . PLOS ONE . 13 (11) e0207371. Bibcode : 2018PLoSO..1307371F . doi : 10.1371/journal.pone.0207371 . ISSN 1932-6203 . PMC 6231654. PMID 30419069 .   
  77. ↑ غوبتا، أميت كومار؛ كور، كارامبير؛ راجبوت، أكانكشا؛ دهاندا، سانديب كومار؛ سيغال، مانيكا؛ خان، محمد شعيب؛ مونغا، إيشا؛ دار، شوكت أحمد؛ سينغ، سانديب (16 سبتمبر 2016). "ZikaVR: مورد متكامل لفيروس زيكا لتحليل الجينوم، والبروتيوم، والتطور السلالي، والعلاج" . التقارير العلمية . 6 (1) 32713. Bibcode : 2016NatSR...632713G . doi : 10.1038/srep32713 . ISSN 2045-2322 . PMC 5025660. PMID 27633273 .   
  78. ↑ تاغكوبولوس، إلياس؛ فيوليتا زوراكينو؛ راي، نافنيت؛ كيم، مينسونغ (7 أكتوبر 2016). "تكامل متعدد الأوميات يتنبأ بدقة بالحالة الخلوية في ظروف غير مستكشفة لبكتيريا الإشريكية القولونية" . نيتشر كوميونيكيشنز . 7 13090. Bibcode : 2016NatCo...713090K . doi : 10.1038/ncomms13090 . ISSN 2041-1723 . PMC 5059772. PMID 27713404 .   
  79. ↑ لي، غوجينغ؛ لو، تشونغفو؛ لين، جياندونغ؛ هو، ياوين؛ يونبينغ هوانغ؛ وانغ، باوجين؛ وو، شين يي؛ وو، شياوهوا؛ شو، باي (26 فبراير 2018). "قاعدة بيانات القرع: قاعدة بيانات متعددة الأوميات تركز على الجينوم لقرع الزجاجة (Lagenaria siceraria)، وهو محصول قرعي ذو أهمية اقتصادية" . التقارير العلمية . 8 (1): 3604. رمز Bibcode : 2018NatSR...8.3604W . doi : 10.1038/ s41598-018-22007-3 . ISSN 2045-2322 . PMC 5827520. PMID 29483591 .   
  80. ^ ليو، هايجون؛ وانغ، فان؛ شياو، ينغجي. تيان، زونغلين؛ ون، ويوي؛ تشانغ، شيويهاي؛ تشن، شي؛ ليو، نانان؛ لي وينكيانغ (2016). "MODEM: تغليف بيانات multi-omics والتعدين في الذرة" . قاعدة البيانات . 2016 باو117. دوى : 10.1093/قاعدة البيانات/baw117 . ردمك 1758-0463 . بمك 4976297 . بميد 27504011 .   
  81. ↑ شو، دونغ؛ نغوين، هنري ت.؛ ستايسي، غاري؛ غاوديلو، إريك س.؛ إنداكوت، رايان ز.؛ تشانغ، هونغشين؛ ليو، يانغ؛ تشين، شييوان؛ فيتزباتريك، مايكل ر. (1 يناير 2014). "قاعدة معارف فول الصويا (SoyKB): مورد ويب لدمج علم الجينوم الانتقالي لفول الصويا والتربية الجزيئية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 42 (D1): D1245– D1252 . doi : 10.1093/nar/gkt905 . ISSN 0305-1048 . PMC 3965117. PMID 24136998 .   
  82. ↑ ساماراس، باتروكلوس؛ شميدت، توبياس؛ فرينو، مارتن؛ جيسولات، سيغفريد؛ راينكه، ماريا؛ جارزاب، آنا؛ زيكا، جانا؛ ميرجنر، جوليا؛ جيانسانتي، بييرو؛ إيرليخ، هانز-كريستيان؛ آيش، ستيفان (8 يناير 2020). "ProteomicsDB: مورد متعدد الأوميات ومتعدد الكائنات الحية لأبحاث علوم الحياة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 48 (D1): D1153– D1163 . doi : 10.1093/nar/gkz974 . ISSN 0305-1048 . PMC 7145565. PMID 31665479 .