ستيفن سالزبرغ

📅 آخر تحديث: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

ستيفن لويد سالزبيرج (مواليد 1960) هو عالم بيولوجيا حسابية وعالم حاسوب أمريكي، وهو أستاذ متميز في الهندسة الطبية الحيوية وعلوم الحاسوب والإحصاء الحيوي في جامعة جونز هوبكنز ، حيث يشغل أيضًا منصب مدير مركز البيولوجيا الحسابية.

الحياة المبكرة والتعليم

وُلد سالزبرغ عام 1960، وهو واحد من أربعة أبناء لهيرمان سالزبرغ، الأستاذ الفخري المتميز في علم النفس، وأديل سالزبرغ، وهي مُعلمة مُتقاعدة. [ 8 ] درس سالزبرغ في جامعة ييل ، حيث حصل على درجة البكالوريوس في اللغة الإنجليزية عام 1980. وفي عام 1981، عاد إلى ييل، وحصل على درجتي الماجستير في علوم الحاسوب عامي 1982 و1984 على التوالي. بعد عدة سنوات قضاها في شركة ناشئة، التحق بجامعة هارفارد ، حيث حصل على درجة الدكتوراه في علوم الحاسوب عام 1989. [ 9 ]

حياة مهنية

بعد حصوله على شهادة البكالوريوس، عمل لدى شركة كهرباء محلية في ولاية كارولاينا الجنوبية ، حيث اكتسب خبرة في البرمجة على حاسوب مركزي من شركة IBM ، [ 10 ] حيث برمج بلغة كوبول ولغة التجميع من IBM. ثم انضم إلى شركة ناشئة في مجال الذكاء الاصطناعي مقرها بوسطن بعد إتمامه درجة الماجستير في علوم الحاسوب. [ 10 ]

بعد حصوله على درجة الدكتوراه، انضم سالزبيرغ إلى جامعة جونز هوبكنز أستاذاً مساعداً في قسم علوم الحاسوب، ورُقّي إلى أستاذ مشارك عام ١٩٩٧. ومن عام ١٩٩٨ إلى عام ٢٠٠٥، ترأس قسم المعلوماتية الحيوية في معهد أبحاث الجينوم ، أحد أكبر مراكز تسلسل الجينوم في العالم. ثم انضم سالزبيرغ إلى قسم علوم الحاسوب في جامعة ميريلاند، كوليدج بارك ، حيث شغل منصب أستاذ هورفيتز لعلوم الحاسوب ومدير مركز المعلوماتية الحيوية وعلم الأحياء الحاسوبي. وفي عام ٢٠١١، عاد سالزبيرغ إلى جامعة جونز هوبكنز أستاذاً في معهد ماكوسيك-ناثانز للطب الوراثي وفي قسم الطب. [ ١١ ] [ ١٢ ] [ ١٣ ]

في عام 2013، فاز سالزبرغ بجائزة بنجامين فرانكلين [ 14 ] في المعلوماتية الحيوية .

في عام ٢٠١٤، عُيّن أستاذاً متميزاً في جامعة جونز هوبكنز، وحصل على لقب أستاذ بلومبيرغ المتميز ، تقديراً لإنجازاته كباحث متعدد التخصصات وتميزه في تدريس الجيل القادم من الباحثين. [ ١٥ ] أُنشئت كراسي بلومبيرغ المتميزة في عام ٢٠١٣ بمنحة من مايكل بلومبيرغ . [ ١٦ ] يشغل سالزبيرغ مناصب مشتركة في كلية ويتينغ للهندسة ، وكلية الطب ، وكلية بلومبيرغ للصحة العامة بجامعة جونز هوبكنز .

بحث

يُعدّ سالزبرغ عالمًا بارزًا في مجال المعلوماتية الحيوية وعلم الأحياء الحاسوبي منذ تسعينيات القرن الماضي. وقدّم إسهاماتٍ جليلة في خوارزميات اكتشاف الجينات ، ولا سيما برنامج GLIMMER [ 17 ] لاكتشاف الجينات البكتيرية، بالإضافة إلى العديد من البرامج ذات الصلة لاكتشاف الجينات في الحيوانات والنباتات والكائنات الحية الأخرى. كما كان رائدًا في أبحاث تجميع الجينوم، وقاد عملية تجميع عشرات الجينومات، الكبيرة منها والصغيرة. وشارك في مشروع الجينوم البشري [ 18 ] ، فضلًا عن العديد من مشاريع الجينوم الأخرى، بما في ذلك جينوم الملاريا ( بلازموديوم فالسيباروم ) وجينوم نبات الأرابيدوبسيس ثاليانا النموذجي . وفي الفترة 2001-2002، قام هو وزملاؤه بتسلسل جينوم الجمرة الخبيثة التي استُخدمت في هجمات الجمرة الخبيثة عام 2001 . وقد نشروا نتائجهم في مجلة ساينس في عام 2002. [ 19 ] ساعدت هذه النتائج مكتب التحقيقات الفيدرالي في تتبع مصدر الهجمات إلى قارورة واحدة في فورت ديتريك في فريدريك، ميريلاند.

بدأ سالزبرغ بالتعاون مع ديفيد ليبمان ولون سيمونسن مشروع تسلسل جينوم الإنفلونزا في عام 2003، وهو مشروع يهدف إلى تسلسل جينومات آلاف من عزلات فيروس الإنفلونزا وإتاحتها للجمهور. [ 20 ] [ 21 ]

بعد فترة وجيزة من ظهور تقنية التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS) في منتصف العقد الأول من الألفية الثانية، قام مختبر سالزبرغ البحثي وزملاؤه بتطوير مجموعة من البرامج عالية الكفاءة والدقة لمحاذاة تسلسلات NGS مع الجينومات الكبيرة، ولتجميع التسلسلات من تجارب تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) . عُرفت هذه البرامج باسم "مجموعة توكسيدو"، وتضمنت برنامجي Bowtie و TopHat ، اللذين تم الاستشهاد بهما عشرات الآلاف من المرات منذ نشرهما.

كان سالزبرغ من أشد المدافعين عن مناهضة العلوم الزائفة ، وقد كتب مقالات افتتاحية وظهر في وسائل الإعلام المطبوعة حول هذا الموضوع. بين عامي 2010 و2024، كتب عمودًا في مجلة فوربس [ 22 ] حول العلوم والطب والعلوم الزائفة، حيث نشر أكثر من 300 مقال حصدت مجتمعةً عشرات الملايين من المشاهدات. وقد فاز عمله في فوربس بجائزة روبرت ب. باليس للتفكير النقدي لعام 2012. [ 23 ] ومنذ عام 2025، تُنشر مقالاته على منصة Substack على الرابط https://stevensalzberg.substack.com/ ، والتي تضم جميع مقالاته في فوربس وغيرها، أي ما يقارب 500 مقال.

كان سالزبرغ عضواً مؤسساً في مجموعة عمل كامبريدج في عام 2014، والتي تم إنشاؤها للتعبير عن القلق في المجتمع العلمي بشأن إنشاء فيروسات شديدة العدوى والانتشار (تسمى أيضاً أبحاث اكتساب الوظيفة ) واحتمالية حدوث تسرب عرضي في المختبر. [ 24 ]

المنشورات

ألف سالزبرغ أو شارك في تأليف أكثر من 350 منشورًا علميًا. [ 25 ] لديه أكثر من 400,000 استشهاد في جوجل سكولار، ومؤشر هيرش (h-index) يبلغ 170. [ 26 ] في عام 2014، تم اختيار سالزبرغ لإدراجه في موقع HighlyCited.com، وهو تصنيف يُصدره معهد المعلومات العلمية للعلماء الذين يُصنفون ضمن أفضل 1% من حيث عدد الاستشهادات في مجال تخصصهم خلال السنوات العشر الماضية. كما تم اختياره لهذه القائمة عند إنشائها لأول مرة عام 2001. وتستمر هذه القائمة للباحثين الأكثر استشهادًا تحت مظلة كلاريفيت ، وقد أُدرج سالزبرغ فيها سنويًا منذ عام 2014، وحتى عام 2025 على الأقل. [ 27 ]

مقالات ذات استشهادات عالية (أكثر من 10000 استشهاد)

  • 2012 مع ب. لانغميد، محاذاة سريعة للقراءات المتقطعة باستخدام Bowtie 2 ، في: Nature Methods . المجلد 9، العدد 4؛ 357.
  • 2009 مع ب. لانغميد، سي. ترابنيل، إم. بوب، محاذاة فائقة السرعة وفعالة من حيث الذاكرة لتسلسلات الحمض النووي القصيرة مع الجينوم البشري ، في: علم الأحياء الجينومي . المجلد 10، العدد 3؛ 1-10.
  • 2001 مع JC Venter و MD Adams و EW Myers و PW Li و RJ Mural وآخرون، تسلسل الجينوم البشري ، في: Science . المجلد 291، العدد 5507؛ 1304-1351.
  • 2015 مع د. كيم، ب. لانغميد، HISAT: أداة محاذاة سريعة للوصلات ذات متطلبات ذاكرة منخفضة ، في: Nature Methods المجلد 12، 357-360. (2015)
  • 2010 مع سي ترابنيل، بي إيه ويليامز، جي بيرتيا، إيه مرتضوي، جي كوان، إم جيه فان بارين، بي جيه وولد، إل باتشر، تجميع النسخ وتحديد كميتها بواسطة تسلسل الحمض النووي الريبوزي يكشف عن نسخ غير موثقة وتبديل الأشكال المتغايرة أثناء تمايز الخلايا ، في: مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . المجلد 28، العدد 5؛ 511-515.
  • 2009 مع سي ترابنيل، إل باتشر، توب هات: اكتشاف وصلات الربط باستخدام تسلسل الحمض النووي الريبي ، في: المعلوماتية الحيوية . المجلد 25، العدد 9؛ 1105-1111.
  • 2013 مع D Kim و G Pertea و C Trapnell و H Pimentel و R Kelley، TopHat2: محاذاة دقيقة للمستنسخات في وجود عمليات الإدخال والحذف والاندماج الجيني ، في: علم الأحياء الجينومي . المجلد 14، العدد 4؛ 1-13.
  • 2012 مع سي ترابنيل، إيه روبرتس، إل جوف، جي بيرتيا، دي كيم، دي آر كيلي، إتش بيمينتل، جيه إل رين، إل باتشر. تحليل التعبير الجيني والنسخي التفاضلي لتجارب تسلسل الحمض النووي الريبوزي باستخدام TopHat وCufflinks ، في: Nature Protocols . المجلد 7، العدد 3؛ 562-578.
  • 2011 مع تي ماغوتش. فلاش: تعديل سريع لطول القراءات القصيرة لتحسين تجميعات الجينوم ، في: المعلوماتية الحيوية . المجلد 27، العدد 21؛ 2957-2963.
  • 2000 مع مبادرة جينوم نبات الرشاد. تحليل تسلسل جينوم نبات الرشاد المزهر Arabidopsis thaliana ، في: Nature . المجلد 408، العدد 6814؛ 796-815.

الجوائز

مراجع

  1. ↑ سالزبرغ، إس إل؛ ديلشر، إيه إل؛ كاسيف، إس؛ وايت، أو. (1998). "تحديد الجينات الميكروبية باستخدام نماذج ماركوف المُستنبطة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 26 (2): 544-548 . doi : 10.1093/nar/26.2.544 . PMC 147303. PMID 9421513 .  
  2. ↑ ديلشر، أ. ل.؛ كاسيف، س.؛ فليشمان، ر. د.؛ بيترسون، ج.؛ وايت، أ.؛ سالزبرغ، س. ل. (1999). "محاذاة الجينومات الكاملة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 27 (11): 2369-2376 . doi : 10.1093 / nar/27.11.2369 . PMC 148804. PMID 10325427 .  
  3. ↑ سومر، د.د.؛ ديلشر، أ.ل.؛ سالزبيرغ ، س.ل.؛ بوب، م. (2007). "Minimus: مُجمِّع جينومي سريع وخفيف الوزن" . BMC Bioinformatics . 8 64. doi : 10.1186/1471-2105-8-64 . PMC 1821043. PMID 17324286 .  
  4. ↑ لانغميد، ب.؛ ترابنيل، س.؛ بوب، م.؛ سالزبيرغ، س. ل. (2009). "محاذاة فائقة السرعة وفعالة من حيث الذاكرة لتسلسلات الحمض النووي القصيرة مع الجينوم البشري" . علم الأحياء الجينومي . 10 (3): R25. doi : 10.1186/gb-2009-10-3-r25 . PMC 2690996. PMID 19261174 .  
  5. ↑ ترابنيل، سي.؛ باتشر، إل .؛ سالزبيرغ، إس إل (2009). "توب هات: اكتشاف مواقع الربط باستخدام تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . المعلوماتية الحيوية . 25 (9): 1105-1111 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp120 . PMC 2672628. PMID 19289445 .  
  6. 1 2 ستيفن سالزبرغ في مشروع علم الأنساب الرياضي
  7. ↑ مولينز، ج.؛ موريسون مكاي، ب. (2011). "الجمعية الدولية لعلم الأحياء الحاسوبي تُكرّم مايكل آشبرنر وأولغا ترويانسكايا بجوائز رفيعة في المعلوماتية الحيوية/علم الأحياء الحاسوبي لعام 2011" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 7 (6) e1002081. Bibcode : 2011PLSCB...7E2081M . doi : 10.1371/journal.pcbi.1002081 . PMC 3107244 . 
  8. ↑ "ستيفن سالزبرغ: سيرة ذاتية مختصرة" . مختبر سالزبرغ . 21-02-2015 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 03-06-2021 .
  9. ↑ سالزبرغ، ستيفن لويد (1989). التعلم باستخدام الأمثلة المعممة المتداخلة (أطروحة دكتوراه). جامعة هارفارد. بروكويست 303755625 . 
  10. 1 2 فوغ، كريستينا؛ كوفاتس، ديان؛ شامير، رون (29 أكتوبر 2021). "إنجازات الجمعية الدولية لعلم الأحياء الجزيئي لعام 2020 من خلال جائزة العالم البارز: ستيفن سالزبيرغ" . المعلوماتية الحيوية . 37 (21): 3699-3700 . doi : 10.1093/bioinformatics/btaa508 . تاريخ الاسترجاع : 26 يوليو 2023 .
  11. ↑ ccb.jhu.edu نبذة مختصرة عن السيرة الذاتية
  12. ↑ افتتاحية حول التطور والإنفلونزا، صحيفة فيلادلفيا إنكوايرر
  13. ↑ "مناصب بلومبيرغ المتميزة | ستيفن سالزبيرغ" . مكتب البحوث بجامعة جونز هوبكنز . 9 سبتمبر 2016.
  14. ↑ "ستيفن سالزبيرج يتحدث عن الجينومات الميكروبية، والوصول المفتوح، ولقاحات الإنفلونزا، وبراءات اختراع الجينات" .
  15. ↑ "من خلال برنامج بلومبيرغ للأساتذة المتميزين، تهدف جامعة جونز هوبكنز إلى تعزيز التعاون بين التخصصات المختلفة 2014" . 2014-02-17.
  16. ↑ "مايكل ر. بلومبيرج يتعهد بتقديم 350 مليون دولار لجامعة جونز هوبكنز من أجل مبادرة أكاديمية تحويلية لعام 2013" .
  17. ↑ ديلشر، أ.؛ هارمون، د.؛ كاسيف، س.؛ وايت، أ.؛ سالزبرغ، س. (1999). " تحسين تحديد الجينات الميكروبية باستخدام GLIMMER" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 27 (23): 4636-4641 . doi : 10.1093/nar/27.23.4636 . PMC 148753. PMID 10556321 .  
  18. ^ فينتر، جي سي ؛ آدامز، م. مايرز، E.؛ لي، ب. جدارية، ر. ساتون، G.؛ سميث، ه.؛ يانديل، م. إيفانز، C .؛ هولت، را. جوكاين، دينار؛ أماناتيدس، ص. باليو، آر إم؛ هوسون، د. وورتمان، جي آر؛ تشانغ، س. كوديرا، قرص مضغوط؛ تشنغ، XH؛ تشن، L.؛ سكوبسكي، م.؛ سوبرامانيان، ج.؛ توماس، PD؛ تشانغ، J.؛ غابور ميكلوس، GL؛ نيلسون، C.؛ برودر، س. كلارك، AG. نادو، J.؛ ماكوسيك، فيرجينيا؛ وآخرون . (2001). "تسلسل الجينوم البشري" . علوم . 291 (5507): 1304– 1351. Bibcode : 2001Sci...291.1304V . doi : 10.1126/science.1058040 . PMID 11181995 .  
  19. ↑ ريد، تي دي؛ سالزبيرغ، إس؛ بوب، إم؛ شومواي، إم؛ أوميام، إل؛ جيانغ، إل؛ هولتزابيل، إي؛ بوش، جيه؛ سميث، كيه؛ شوب، جيه إم؛ سولومون، دي؛ كيم، بي؛ فريزر، سي إم (2002). " التسلسل الجينومي المقارن لاكتشاف تعدد الأشكال الجديد في بكتيريا الجمرة الخبيثة" . مجلة ساينس . 296 (5575): 2028-2033 . رمز Bibcode : 2002Sci...296.2028R . doi : 10.1126/science.1071837 . PMID 12004073. S2CID 15470665 .  
  20. ↑ غيدين، إي.؛ سينغامالاي، إن. إيه.؛ شومواي، إم.؛ زابورسكي، جيه.؛ فيلدبليوم، تي.؛ سوبو، في.؛ سبيرو، دي. جيه.؛ سيتز، جيه.؛ كو، إتش.؛ بولوتوف، بي.؛ ديرنوفوي، دي.؛ تاتوسوفا، تي.؛ باو، واي.؛ سانت جورج، كيه.؛ تايلور، جيه.؛ ليبمان، دي. جيه.؛ فريزر، سي. إم.؛ تاوبنبرغر، جيه. كيه.؛ سالزبيرغ، إس. إل. (2005). "التسلسل واسع النطاق لفيروس الإنفلونزا البشرية يكشف عن الطبيعة الديناميكية لتطور الجينوم الفيروسي" . مجلة نيتشر . 437 (7062): 1162-1166 . Bibcode : 2005Natur.437.1162G . doi : 10.1038/nature04239 . PMID 16208317 . 
  21. ↑ هولمز، إي سي؛ غيدين، إي؛ ميلر، إن؛ تايلور، جيه؛ باو، واي؛ سانت جورج، كيه؛ غرينفيل، بي تي؛ سالزبيرغ، إس إل؛ فريزر، سي إم؛ ليبمان، دي جيه؛ تاوبنبرغر، جيه كيه (2005). "تحليل الجينوم الكامل لفيروس الإنفلونزا البشرية أ يكشف عن سلالات متعددة مستمرة وإعادة ترتيب بين فيروسات H3N2 الحديثة" . مجلة PLOS Biology . 3 (9) e300. doi : 10.1371/journal.pbio.0030300 . PMC 1180517. PMID 16026181 .  
  22. ↑ مقال سالزبرغ في مجلة فوربس
  23. ↑ "المؤلفان المتشككان ستيفن سالزبرغ وجو نيكيل يحصلان على جائزة باليس في التفكير النقدي" . 14 يونيو 2013.
  24. ↑ بيكر، نيكلسون. (4 يناير 2021). "فرضية تسريب المختبر: لعقود، قام العلماء بتعطيل الفيروسات على أمل منع حدوث جائحة، لا التسبب بها. ولكن ماذا لو...؟". مجلة نيويورك. تاريخ الاطلاع: 18 يناير 2021.
  25. ↑ "ستيفن سالزبرغ، دكتوراه، أستاذ الهندسة الطبية الحيوية" . كلية الطب بجامعة جونز هوبكنز . تم الاطلاع عليه بتاريخ 3 يونيو 2021 .
  26. ↑ "ستيفن سالزبرغ" . scholar.google.com . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2025-06-03 .
  27. ↑ "الباحثون الأكثر استشهاداً بهم" . publons.com . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2021-06-03 .
  28. ↑ "ستيفن سالزبرغ، دكتوراه، أستاذ الهندسة الطبية الحيوية" . طب جونز هوبكنز . تم الاسترجاع في 4 مايو 2021 .