إنزيم تريبتوفان سينثاز
إنزيم سينثاز التربتوفان (أو سينثاز التربتوفان ) هو إنزيم ( EC 4.2.1.20 ) يحفز الخطوتين الأخيرتين في عملية التخليق الحيوي للتربتوفان . [ 1 ] [ 2 ] يوجد هذا الإنزيم عادةً في البكتيريا الحقيقية ، [ 3 ] والبكتيريا القديمة ، [ 4 ] والطلائعيات ، [ 5 ] والفطريات ، [ 6 ] والنباتات . [ 7 ] إلا أنه غير موجود في الحيوانات . [ 8 ] يوجد عادةً على شكل رباعي الوحدات α2β2. [ 9 ] [ 10 ] تحفز الوحدات الفرعية α تكوين الإندول وجليسرالدهيد -3-فوسفات (G3P) بشكل عكسي من إندول-3-جليسرول فوسفات (IGP). تحفز الوحدات الفرعية β التكثيف غير العكوس للإندول والسيرين لتكوين التربتوفان في تفاعل يعتمد على فوسفات البيريدوكسال (PLP). يرتبط كل موقع نشط α بموقع نشط β عبر قناة كارهة للماء طولها 25 أنغستروم موجودة داخل الإنزيم. يُسهّل هذا انتشار الإندول المتكون في المواقع النشطة α مباشرةً إلى المواقع النشطة β في عملية تُعرف باسم توجيه الركيزة . [ 11 ] ترتبط المواقع النشطة لإنزيم سينثاز التربتوفان ارتباطًا غير مباشر . [ 12 ]
بنية الإنزيم

الوحدات الفرعية
يوجد إنزيم سينثاز التربتوفان عادةً على شكل مُركّب α-ββ-α. تبلغ الكتلة الجزيئية للوحدتين الفرعيتين α و β 27 و 43 كيلو دالتون على التوالي. تتخذ الوحدة الفرعية α بنية برميل TIM . أما الوحدة الفرعية β فتتخذ بنية طي من النوع الثاني، وتحتوي على موقع ارتباط مجاور للموقع النشط للأيونات أحادية التكافؤ. [ 13 ] يؤدي تجميعهما في مُركّب إلى تغييرات هيكلية في كلتا الوحدتين الفرعيتين، مما ينتج عنه تنشيط متبادل. توجد آليتان رئيسيتان للتواصل بين الوحدات الفرعية. أولاً، يتفاعل نطاق COMM في الوحدة الفرعية β مع الحلقة α-loop2 في الوحدة الفرعية α. بالإضافة إلى ذلك، توجد تفاعلات بين بقايا αGly181 و βSer178. [ 14 ] يتم تنظيم المواقع النشطة بشكل غير مباشر، وتخضع لانتقالات بين حالتي الفتح (غير النشطة) والإغلاق (النشطة). [ 12 ]
قناة كارهة للماء
يفصل بين الموقعين النشطين α و β قناة كارهة للماء طولها 25 أنغستروم موجودة داخل الإنزيم، مما يسمح بانتشار الإندول. في حال عدم وجود هذه القناة، فإن الإندول المتكون في الموقع النشط α سينتشر بسرعة ويفقد من الخلية نظرًا لكونه كارهًا للماء وقادرًا على عبور الأغشية بسهولة. ولذلك، تُعد هذه القناة ضرورية لوظيفة معقد الإنزيم. [ 15 ]
آلية الإنزيم

يحوّل التفاعل الكلي لإنزيم سينثاز التربتوفان فوسفات إندول-3-جليسرول والسيرين إلى جليسرالدهيد-3-فوسفات، وتربتوفان، وماء. يحدث التفاعل على مرحلتين، تُحفّز كل منهما بواسطة إحدى الوحدات الفرعية للإنزيم.

تفاعل الوحدة الفرعية ألفا
تحفز الوحدة الفرعية α تكوين الإندول وG3P من خلال انشطار عكسي ألدولي لـ IGP. يُعتقد أن αGlu49 وαAsp60 يشاركان بشكل مباشر في التحفيز كما هو موضح. [ 11 ] الخطوة المحددة لمعدل التفاعل هي عملية التماثل لـ IGP. [ 16 ] انظر الصورة 2.
تفاعل الوحدة الفرعية β
تحفز الوحدة الفرعية β تفاعل الاستبدال β الذي يتكثف فيه الإندول والسيرين لتكوين التربتوفان في تفاعل يعتمد على PLP. يُعتقد أن الأحماض الأمينية βLys87 وβGlu109 وβSer377 تشارك بشكل مباشر في التحفيز كما هو موضح. [ 11 ] مع ذلك، لم يتم تحديد الآلية الدقيقة بشكل قاطع. انظر الصورة 2.
الوظيفة البيولوجية
يوجد إنزيم سينثاز التربتوفان عادةً في البكتيريا الحقيقية، والبكتيريا القديمة، والطلائعيات، والفطريات، والنباتات. وهو غائب عن الحيوانات كالإنسان. يُعد التربتوفان أحد الأحماض الأمينية العشرين الأساسية ، وأحد الأحماض الأمينية التسعة الضرورية للإنسان. ولذلك، يُعتبر التربتوفان عنصرًا أساسيًا في النظام الغذائي البشري.
نطاق الركيزة
ومن المعروف أيضاً أن إنزيم تريبتوفان سينثاز يقبل نظائر الإندول، مثل الإندولات المفلورة أو الميثيلية، كركائز، مما يؤدي إلى توليد نظائر التربتوفان المقابلة. [ 17 ]
أهمية المرض
بما أن البشر لا يمتلكون إنزيم سينثاز التربتوفان، فقد تم استكشاف هذا الإنزيم كهدف دوائي محتمل . [ 18 ] ومع ذلك، يُعتقد أن البكتيريا تمتلك آليات بديلة لإنتاج الأحماض الأمينية، مما قد يجعل هذا النهج أقل فعالية. في كلتا الحالتين، حتى لو كان الدواء يُضعف البكتيريا فقط، فقد يظل مفيدًا لأن البكتيريا ضعيفة بالفعل في بيئة المضيف المعادية. على هذا النحو، فإن تثبيط إنزيم سينثاز التربتوفان إلى جانب إنزيمات PLP الأخرى في استقلاب الأحماض الأمينية لديه القدرة على المساعدة في حل المشكلات الطبية. [ 19 ]
تم اقتراح تثبيط إنزيم تريبتوفان سينثاز وإنزيمات PLP الأخرى في استقلاب الأحماض الأمينية من أجل:
- علاج مرض السل [ 18 ]
- علاج التهابات العين والأعضاء التناسلية [ 20 ]
- علاج داء خفيات الأبواغ [ 18 ]
- استخدام مبيدات الأعشاب [ 21 ]
تطور
يُعتقد أن جين trpB2 قد تضاعف في المراحل المبكرة من التطور. دخلت إحدى النسختين إلى أوبيرون trp باسم trpB2i، مما سمح بتعبيره مع trpA. شكّل trpB2i معقدات عابرة مع TrpA، وخلال هذه العملية، نشّط TrpA في اتجاه واحد. أما النسخة الأخرى، فبقيت خارج الأوبيرون باسم trpB2o، وأدت دورًا موجودًا أو دورًا جديدًا، مثل العمل كبروتين مُسترجع للإندول. تطور trpB2i إلى TrpB1، الذي شكّل معقدات دائمة مع trpA، مما أدى إلى تنشيط ثنائي الاتجاه. تضاءلت فائدة بروتين استرجع الإندول، وفُقد جين TrpB. في النهاية، اندمج جينا TrpB1 وTrpA، مما أدى إلى تكوين الإنزيم ثنائي الوظيفة. [ 22 ]
الأهمية التاريخية
كان إنزيم سينثاز التربتوفان أول إنزيم تم تحديده بقدرتين تحفيزيتين ، وقد خضع لدراسات مستفيضة. كما كان أول إنزيم يُستخدم فيه توجيه الركيزة. ولذلك، فقد خضع هذا الإنزيم لدراسات مكثفة، ويحظى باهتمام كبير. [ 11 ]
انظر أيضاً
مراجع
- ↑ دان إم إف، نيكس دي، نجو إتش، باريندز تي آر، شليشتينغ آي (يونيو 2008). "إنزيم تريبتوفان سينثاز: آلية عمل آلة نانوية موجهة". اتجاهات في العلوم البيوكيميائية . 33 (6): 254-264 . doi : 10.1016/j.tibs.2008.04.008 . PMID 18486479 .
- ↑ مايلز إي دبليو (1991). "الأساس البنيوي للحفز بواسطة إنزيم تريبتوفان سينثاز". التقدم في علم الإنزيمات والمجالات ذات الصلة في البيولوجيا الجزيئية . المجلد 64. الصفحات 93-172 . doi : 10.1002/9780470123102.ch3 . ISBN 9780470123102PMID 2053470
- ↑ جابلونسكي ب، جابلونسكي ل، بينتادو أ، سريرانغاناثان ن، هاود س (سبتمبر 1996). "إنزيم تريبتوفان سينثاز: تحديد الوحدة الفرعية B من إنزيم تريبتوفان سينثاز في باستوريلا ملتوسيدا باستخدام مضادات المصل ضد السلالة PI059" . علم الأحياء الدقيقة . 142 : 115-121 . doi : 10.1099/13500872-142-1-115 . PMID 8581158 .
- ↑ لازكانو أ، دياز-فيلغوميز إي، ميلز ت، أورو ج (مارس 1995). "حول مستويات خصوصية الركيزة الإنزيمية: الآثار المترتبة على التطور المبكر للمسارات الأيضية". التقدم في أبحاث الفضاء . 15 (3): 345-356 . doi : 10.1016/S0273-1177(99)80106-9 . PMID 11539248 .
- ↑ أندرسون، آي.، واتكينز، ر.، سامويلسون، ج.، سبنسر، د.، ماجوروس، و.، غراي، م.، لوفتوس، ب. (أغسطس 2005). "اكتشاف الجينات في جينوم أكانثاميبا كاستيلاني". بروتيست . 156 (2): 203-214 . doi : 10.1016/j.protis.2005.04.001 . PMID 16171187 .
- ↑ أيرلندا سي، بيكهاوس إن، لو بي، سانغاري آر، تشانغ إيه، ماسوريكار بي، آن زد (أبريل 2008). "جين سينثاز التربتوفان TRP1 في فطر Nodulisporium sp.: توصيف جزيئي وعلاقته بإنتاج حمض النودوليسبوريك أ". مجلة علم الأحياء الدقيقة التطبيقية والتكنولوجيا الحيوية . 79 (3): 451-459 . doi : 10.1007/s00253-008-1440-3 . PMID 18389234. S2CID 7230896 .
- ↑ سانجايا، هسياو بي واي، سو آر سي، كو إس إس، تونغ سي جي، يانغ آر واي، تشان إم تي (أبريل 2008). "الإفراط في التعبير عن إنزيم تريبتوفان سينثاز بيتا 1 (AtTSB1) من نبات رشاد أذن الفأر في نبات رشاد أذن الفأر والطماطم يمنح تحملاً لإجهاد الكادميوم". بيئة الخلية النباتية . 31 (8): 1074-1085 . Bibcode : 2008PCEnv..31.1074S . doi : 10.1111/j.1365-3040.2008.01819.x . PMID 18419734 .
{{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط ) - ↑ إيكرت إس سي، كوبلر إي، هوفمان بي، براوس جي إتش (يونيو 2000). "يتم تنظيم جين trpB المشفر لإنزيم سينثاز التربتوفان في فطر Aspergillus nidulans بواسطة نظام التحكم متعدد المسارات". علم الوراثة الجزيئية العامة . 263 (5): 867-76 . doi : 10.1007/s004380000250 . PMID 10905354. S2CID 22836208 .
- ↑ أحمد، س. أ.، مايلز، إ. و. ، ديفيز، د. ر. (مارس 1985). "التبلور والبيانات البلورية الأولية بالأشعة السينية لمركب سينثاز التربتوفان ألفا 2 بيتا 2 من السالمونيلا التيفية" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 260 (6): 3716-3718 . doi : 10.1016/s0021-9258(19)83682-7 . PMID 3882715 .
- ↑ هايد سي سي، أحمد إس إيه، بادلان إي إيه، مايلز إي دبليو، ديفيز دي آر (نوفمبر 1988). "البنية ثلاثية الأبعاد لمركب إنزيم سينثاز التربتوفان ألفا 2 بيتا 2 المتعدد من السالمونيلا التيفية" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 263 (33): 17857-17871 . doi : 10.1016/s0021-9258(19)77913-7 . PMID 3053720 .
- رابوني إس، بيتاتي إس، موزاريلي إيه (أبريل 2009). "إنزيم تريبتوفان سينثاز: كنزٌ ثمينٌ لعلماء الإنزيمات" . مجلة علوم الحياة الخلوية والجزيئية . 66 ( 14 ) : 2391-403 . doi : 10.1007/ s00018-009-0028-0 . hdl : 11381/2293687 . PMC 11115766. PMID 19387555. S2CID 30220030 .
- 1 2 فاطمي م.ق، آي ر، تشانغ س.أ (سبتمبر 2009). "التنظيم التآزري والتغيرات التركيبية الناتجة عن ارتباط الليجاند بإنزيم تريبتوفان سينثاز". الكيمياء الحيوية . 48 (41): 9921-31 . doi : 10.1021/bi901358j . PMID 19764814 .
- ↑ غريشين ، ن. ف.، فيليبس، م. أ.، غولدسميث، إ. ج. (يوليو 1995). "نمذجة البنية المكانية لإنزيمات ديكاربوكسيلاز الأورنيثين" . علوم البروتين . 4 (7): 1291-1304 . doi : 10.1002/pro.5560040705 . PMC 2143167. PMID 7670372 .
- ↑ شنايدر تي آر، جيرهاردت إي، لي إم، ليانغ بي إتش، أندرسون كيه إس، شليشتينغ آي (أبريل 1998). "إغلاق الحلقة والتواصل بين الوحدات الفرعية في إنزيم تريبتوفان سينثاز". الكيمياء الحيوية . 37 (16): 5394-406 . doi : 10.1021/bi9728957 . PMID 9548921 .
- ↑ هوانغ إكس، هولدن إتش إم، راوشيل إف إم (2001). "توجيه الركائز والوسائط في التفاعلات المحفزة بالإنزيمات". المراجعة السنوية للكيمياء الحيوية . 70 : 149-180 . doi : 10.1146/annurev.biochem.70.1.149 . PMID 11395405 .
- ↑ أندرسون، ك.س.، مايلز، إ.و. ، جونسون، ك.أ. (مايو 1991). "يُعدِّل السيرين توجيه الركيزة في إنزيم تريبتوفان سينثاز. آلية تحفيز جديدة بين الوحدات الفرعية" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 266 (13): 8020-33 . doi : 10.1016/S0021-9258(18)92934-0 . PMID 1902468 .
- ↑ ويلكوكس م (يونيو 1974). "التخليق الإنزيمي لنظائر التربتوفان-ل". الكيمياء الحيوية التحليلية . 59 (2): 436-440 . doi : 10.1016/0003-2697(74)90296-6 . PMID 4600987 .
- 1 2 3 تشودري ك، روس دي إس (سبتمبر 2005). "علم جينوم الأوليات لاكتشاف الأدوية" . نات بيوتكنولوجي . 23 (9): 1089-91 . doi : 10.1038/ nbt0905-1089 . PMC 7096809. PMID 16151400 .
- ↑ بيكر د، سيلباخ م، رولنهاجن س، بالماير م، ماير ت ف، مان م، بومان د (مارس 2006). "استقلاب السالمونيلا القوي يحد من إمكانيات تطوير مضادات ميكروبية جديدة". نيتشر . 440 (7082): 303-307 . Bibcode : 2006Natur.440..303B . doi : 10.1038/ nature04616 . PMID 16541065. S2CID 4426157 .
- ↑ كالدول إتش دي، وود إتش، كرين دي، بيلي آر (يونيو 2003). "تعدد الأشكال في جينات سينثاز التربتوفان في الكلاميديا التراخومية يميز بين العزلات التناسلية والعينية" . مجلة التحقيقات السريرية . 111 (11): 1757-1769 . doi : 10.1172/JCI17993 . PMC 156111. PMID 12782678 .
- ↑ كوليك ف، هارتمان إي، وياند م، فراي م، جيرل أ، نيكس د، دان إم إف، شليشتينغ آي (سبتمبر 2005). "حول الأساس البنيوي للآلية التحفيزية وتنظيم الوحدة الفرعية ألفا من إنزيم تريبتوفان سينثاز من السالمونيلا التيفية وإنزيم BXI من الذرة، وهما إنزيمان مرتبطان تطوريًا". مجلة علم الأحياء الجزيئي . 352 (3): 608-20 . doi : 10.1016/j.jmb.2005.07.014 . PMID 16120446 .
- ↑ ليوبولدسيدر إس، هيتوير إس، ستيرنر آر (نوفمبر 2006). "تطور المركبات متعددة الإنزيمات: حالة إنزيم تريبتوفان سينثاز". الكيمياء الحيوية . 45 (47): 14111-14119 . doi : 10.1021/bi061684b . PMID 17115706 .
- EC 4.2.1
