نموذج واتس-ستروغاتز

نموذج واتس-ستروغاتز للعالم الصغير
تم إنشاء نموذج واتس-ستروغاتز للعالم الصغير بواسطة igraph وتم تصوره بواسطة Cytoscape 2.5. 100 عقدة.

نموذج واتس-ستروغاتز هو نموذج لتوليد الرسوم البيانية العشوائية ، ينتج رسومًا بيانية ذات خصائص العالم الصغير ، بما في ذلك أطوال المسارات المتوسطة القصيرة والتكتل العالي . اقترحه دنكان ج. واتس وستيفن ستروغاتز في مقالتهما المنشورة عام 1998 في مجلة نيتشر العلمية. [ 1 ] عُرف النموذج أيضًا باسم نموذج (واتس) بيتا بعد أن استخدمه واتسβ{\displaystyle \beta }لصياغتها في كتابه العلمي الشهير "ست درجات" .

الأساس المنطقي للنموذج

يعود تاريخ الدراسة الرسمية للرسوم البيانية العشوائية إلى أعمال بول إردوش وألفريد ريني . [ 2 ] الرسوم البيانية التي درسوها، والمعروفة الآن باسم الرسوم البيانية الكلاسيكية أو رسوم إردوش-ريني (ER) ، تقدم نموذجًا بسيطًا وقويًا مع العديد من التطبيقات.

ومع ذلك، لا تمتلك مخططات العلاقات بين الكيانات خاصيتين مهمتين لوحظتا في العديد من الشبكات الواقعية:

  1. لا تُولّد هذه الرسوم البيانية تجميعًا محليًا ولا إغلاقات ثلاثية . بدلاً من ذلك، ولأنها تتمتع باحتمالية ثابتة وعشوائية ومستقلة لاتصال عقدتين، فإن رسوم ER البيانية لها معامل تجميع منخفض .
  2. لا تأخذ هذه النماذج في الحسبان تكوين المحاور. من الناحية الرسمية، يتقارب توزيع درجات مخططات ER إلى توزيع بواسون ، بدلاً من قانون القوة الذي يُلاحظ في العديد من الشبكات الحقيقية غير المقياسية . [ 3 ]

صُمم نموذج واتس وستروغاتز ليكون أبسط نموذج ممكن يعالج القيد الأول من بين القيدين. فهو يأخذ في الحسبان التكتل مع الحفاظ على متوسط ​​أطوال المسارات القصيرة لنموذج الشبكة الإندوبلازمية-العشوائية. ويتحقق ذلك من خلال الاستيفاء بين بنية عشوائية قريبة من رسوم بيانية الشبكة الإندوبلازمية-العشوائية وشبكة حلقية منتظمة . ونتيجة لذلك، يستطيع النموذج تفسير ظاهرة "العالم الصغير" جزئيًا على الأقل في مجموعة متنوعة من الشبكات، مثل شبكة الطاقة، والشبكة العصبية لديدان C. elegans ، وشبكات ممثلي الأفلام، أو التواصل المتعلق باستقلاب الدهون في الخميرة المتبرعمة . [ 4 ]

الخوارزمية

رسم بياني واتس-ستروغاتز

بالنظر إلى العدد المطلوب من العقدشمال{\displaystyle N}، متوسط ​​الدرجةك{\displaystyle K}(بافتراض أنه عدد صحيح زوجي)، ومعاملβ{\displaystyle \beta }كل ذلك مُرضٍ0β1{\displaystyle 0\leq \beta \leq 1}وشمالكlnشمال1{\displaystyle N\gg K\gg \ln N\gg 1}يقوم النموذج بإنشاء رسم بياني غير موجه معشمال{\displaystyle N}العقد وشمالك2{\displaystyle {\frac {NK}{2}}}الحواف بالطريقة التالية:

  1. قم بإنشاء شبكة حلقية منتظمة، وهي رسم بياني معشمال{\displaystyle N}كل عقدة متصلة بـك{\displaystyle K}الجيران،ك/2{\displaystyle K/2}على كل جانب. أي إذا كانت العقد مُصنَّفة 0...شمال-1،{\displaystyle 0\ldots {N-1},}هناك حافة(أنا،ج){\displaystyle (i,j)}إذا وفقط إذا0<|أنا-ج| مoد (شمال-1-ك2)ك2.{\displaystyle 0<|ij|\ \mathrm {mod} \ \left(N-1-{\frac {K}{2}}\right)\leq {\frac {K}{2}}.}
  2. لكل عقدةأنا=0،...،شمال-1{\displaystyle i=0,\dots ,{N-1}}استغل كل حافة تربطأنا{\displaystyle i}إلى خاصتهك/2{\displaystyle K/2}الجيران الأقرب إلى اليمين، أي كل حافة(أنا،ج){\displaystyle (i,j)}بحيث0<(ج-أنا) مoد شمالك/2{\displaystyle 0<(ji)\ \mathrm {mod} \ N\leq K/2}وأعد توصيله باحتماليةβ{\displaystyle \beta }تتم عملية إعادة التوصيل عن طريق الاستبدال(أنا،ج){\displaystyle (i,j)}مع(أنا،ك){\displaystyle (i,k)}أينك{\displaystyle k}يتم اختيارها بشكل عشوائي ومنتظم من بين جميع العقد الممكنة مع تجنب الحلقات الذاتية (كأنا{\displaystyle k\neq i}) وتكرار الروابط (لا يوجد حافة(أنا،ك){\displaystyle (i,{k'})}معك=ك{\displaystyle k'=k}(في هذه المرحلة من الخوارزمية).

ملكيات

تُنتج بنية الشبكة الأساسية للنموذج شبكةً مُتكتلةً محليًا، بينما تُقلل الروابط المُعاد توصيلها عشوائيًا بشكلٍ كبيرٍ من متوسط ​​أطوال المسارات . تُدخل الخوارزمية حواليβشمالك2{\displaystyle \beta {\frac {NK}{2}}}من هذه الحواف غير الشبكية. متغيرةβ{\displaystyle \beta }يُتيح ذلك إمكانية الاستيفاء بين شبكة منتظمة (β=0{\displaystyle \beta =0}) وبنية قريبة من الرسم البياني العشوائي Erdős-Rényiجي(شمال،ص){\displaystyle G(N,p)}معص=كشمال-1{\displaystyle p={\frac {K}{N-1}}}فيβ=1{\displaystyle \beta =1}لا يقترب هذا من نموذج العلاقات الكيانية الفعلي، حيث ستكون كل عقدة متصلة على الأقل بـك/2{\displaystyle K/2}عقد أخرى.

الخصائص الثلاث محل الاهتمام هي متوسط ​​طول المسار ، ومعامل التجميع ، وتوزيع الدرجة .

متوسط ​​طول المسار

بالنسبة لشبكة حلقية، يكون متوسط ​​طول المسار [ 1 ] هو(0)شمال/2ك1{\displaystyle \ell (0)\approx N/2K\gg 1}ويتناسب حجمه خطيًا مع حجم النظام. في الحالة الحدية لـβ1{\displaystyle \beta \rightarrow 1}، يقترب الرسم البياني من رسم بياني عشوائي مع(1)lnشمالlnك{\displaystyle \ell (1)\approx {\frac {\ln N}{\ln K}}}، بينما لا تتقارب معه فعلياً. في المنطقة المتوسطة0<β<1{\displaystyle 0<\beta <1}، ينخفض ​​متوسط ​​طول المسار بسرعة كبيرة مع زيادةβ{\displaystyle \beta }، وتقترب بسرعة من قيمتها القصوى.

معامل التجميع

بالنسبة للشبكة الحلقية، معامل التجميع [ 5 ]ج(0)=3(ك-2)4(ك-1){\displaystyle C(0)={\frac {3(K-2)}{4(K-1)}}}وبالتالي يميل إلى3/4{\displaystyle 3/4}مثلك{\displaystyle K}ينمو، بغض النظر عن حجم النظام. [ 6 ] في الحالة الحدية لـβ1{\displaystyle \beta \rightarrow 1}معامل التجميع من نفس رتبة معامل التجميع للرسوم البيانية العشوائية الكلاسيكية،ج=ك/(شمال-1){\displaystyle C=K/(N-1)}وبالتالي، يتناسب عكسيًا مع حجم النظام. في المنطقة المتوسطة، يبقى معامل التكتل قريبًا جدًا من قيمته في الشبكة المنتظمة، ولا ينخفض ​​إلا عند قيم عالية نسبيًا.β{\displaystyle \beta }. ينتج عن ذلك منطقة ينخفض ​​فيها متوسط ​​طول المسار بسرعة، لكن معامل التجميع لا ينخفض، مما يفسر ظاهرة "العالم الصغير".

إذا استخدمنا مقياس بارات وويغت [ 6 ] للتجميعج(β){\displaystyle C'(\beta )}يُعرَّف بأنه النسبة بين متوسط ​​عدد الحواف بين جيران عقدة ما ومتوسط ​​عدد الحواف الممكنة بين هؤلاء الجيران، أو، بدلاً من ذلك،
ج(β)3×عدد المثلثاتعدد الثلاثيات المتصلة{\displaystyle C'(\beta )\equiv {\frac {3\times {\text{number of triangles}}}{\text{number of connected triples}}}}
ثم نحصل علىج(β)ج(0)(1-β)3.{\displaystyle C'(\beta )\sim C(0)(1-\beta )^{3}.}

توزيع الدرجات

إن توزيع الدرجات في حالة الشبكة الحلقية هو مجرد دالة ديراك دلتا متمركزة عندك{\displaystyle K}توزيع الدرجات لعدد كبير من العقد و0<β<1{\displaystyle 0<\beta <1}يمكن كتابتها على النحو التالي: [ 6 ]

P(ك)ن=0و(ك،ك)(ك/2ن)(1-β)نβك/2-ن(βك/2)ك-ك/2-ن(ك-ك/2-ن)!هـ-βك/2،{\displaystyle P(k)\approx \sum _{n=0}^{f(k,K)}{{K/2} \choose {n}}(1-\beta )^{n}\beta ^{K/2-n}{\frac {(\beta K/2)^{k-K/2-n}}{(k-K/2-n)!}}e^{-\beta K/2},}

أينكأنا{\displaystyle k_{i}}عدد الحواف التيأناذ{\displaystyle i^{\text{th}}}العقدة لها درجتها. هنا كك/2{\displaystyle k\geq K/2}، وو(ك،ك)=مين(ك-ك/2،ك/2){\displaystyle f(k,K)=\min(k-K/2,K/2)}يتشابه شكل توزيع الدرجات مع شكل الرسم البياني العشوائي، وله ذروة واضحة عندك=ك{\displaystyle k=K}ويتناقص بشكل أُسّي بالنسبة للقيم الكبيرة|ك-ك|{\displaystyle |k-K|}طوبولوجيا الشبكة متجانسة نسبياً، مما يعني أن جميع العقد لها درجة مماثلة.

القيود

يتمثل القيد الرئيسي لهذا النموذج في أنه يُنتج توزيعًا غير واقعي للدرجات . في المقابل، غالبًا ما تكون الشبكات الحقيقية شبكات غير متجانسة في الدرجات، ذات توزيع لا يعتمد على المقياس، وتضم مراكز محورية وتوزيعًا لا يعتمد على المقياس للدرجات. تُوصف هذه الشبكات بشكل أفضل من هذه الناحية بواسطة عائلة نماذج الارتباط التفضيلي ، مثل نموذج باراباسي-ألبرت (BA) . (من ناحية أخرى، يعجز نموذج باراباسي-ألبرت عن إنتاج مستويات التكتل العالية الموجودة في الشبكات الحقيقية، وهو قصور لا يشترك فيه نموذج واتس وستروغاتز. لذا، لا ينبغي اعتبار أي من نموذجي واتس وستروغاتز أو باراباسي-ألبرت واقعيًا تمامًا).

يشير نموذج واتس وستروغاتز أيضًا إلى عدد ثابت من العقد، وبالتالي لا يمكن استخدامه لنمذجة نمو الشبكة.

انظر أيضاً

مراجع

  1. واتس ، دي جيه ؛ ستروغاتز، إس إتش (1998). "الديناميكيات الجماعية لشبكات 'العالم الصغير'" (ملف PDF) . مجلة نيتشر . 393 (6684): 440-442 . رمز Bibcode : 1998Natur.393..440W . doi : 10.1038/30918 . PMID : 9623998. S2CID : 4429113. مؤرشف (ملف PDF) من الأصل بتاريخ 26 أكتوبر 2020. تاريخ الاسترجاع : 18 مايو 2018 .  
  2. ^ إردوس، ص. (1960). “منشورات Mathematicae 6, 290 (1959); P. Erdos, A. Renyi”. نشر. الرياضيات. انست. معلقة. أكاد. الخيال العلمي . 5 : 17.
  3. رافاس، إي. (30 أغسطس 2002). "التنظيم الهرمي للنمطية في الشبكات الأيضية". مجلة ساينس . 297 (5586): 1551-1555 . arXiv : cond-mat/0209244 . Bibcode : 2002Sci...297.1551R . doi : 10.1126/science.1073374 . PMID: 12202830. S2CID : 14452443 .  
  4. العنزي، بدر؛ آرب، باتريك؛ جرجس، شريف؛ أورميرود، كريستوفر؛ أولسمان، نوح؛ زين، كاي (2015). "تحليل تجريبي وحسابي لشبكة بروتينية كبيرة تتحكم في تخزين الدهون يكشف مبادئ تصميم شبكة إشارات" . مجلة PLOS للبيولوجيا الحاسوبية . 11 (5) e1004264. Bibcode : 2015PLSCB..11E4264A . doi : 10.1371/journal.pcbi.1004264 . PMC 4447291. PMID 26020510 .  
  5. ألبرت، ر.، باراباسي، أ.-ل. (2002). "الميكانيكا الإحصائية للشبكات المعقدة". مراجعات الفيزياء الحديثة . 74 (1): 47-97 . arXiv : cond-mat/0106096 . Bibcode : 2002RvMP...74...47A . doi : 10.1103/RevModPhys.74.47 . S2CID 60545 . {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )
  6. 1 2 3 بارات، أ.؛ ويغت، م. (2000). "حول خصائص نماذج الشبكات ذات العالم الصغير". المجلة الأوروبية للفيزياء ب . 13 (3): 547-560 . arXiv : cond-mat/9903411 . doi : 10.1007/s100510050067 . S2CID 13483229 .