FAM149A

يمتلك الجين FAM149A نظيراً رئيسياً واحداً ، وهو FAM149B. ولا يُعرف الكثير حالياً عن FAM149B باستثناء انتمائه إلى عائلة جينات FAM149 بشكل عام.

تشمل الجينات المتماثلة لـ FAM149A جين BRTD وأربعة من نظائره، بالإضافة إلى ECCHC11 وALMS1. وتوجد هذه الجينات جميعها في البشر، ولها مناطق محفوظة مع FAM149A.

يحتوي بروتين FAM149A على نطاق محفوظ ذي وظيفة غير معروفة (DUF3719). لا تتوفر معلومات كافية عن هذا النطاق، فهو موجود فقط في الكائنات حقيقية النواة ويتكون من 70 حمضًا أمينيًا. يحتوي DUF3719 على نمط تسلسل HLR محفوظ. فيما يلي صورة توضح نطاق DUF3719 على بروتين FAM149A.

من معهد سانجر، تُظهر الصورة التالية الأنواع التي تنتمي إليها هذه العائلة. يشير اللون الأرجواني إلى أن DUF3719 موجود فقط في الكائنات حقيقية النواة. أما الألوان الأخرى، مثل الأخضر، فتشير إلى وجود DUF3719 في البكتيريا. عند استخدام هذا الرسم البياني بشكل تفاعلي على الموقع الإلكتروني، يُذكر أن 23 نوعًا من حقيقيات النوى تمتلك هذا النطاق. ^{[ 7 ]}

انفصلت السلالة FAM149A عن البرمائيات منذ حوالي 400 مليون سنة، وعن الطيور منذ 300 مليون سنة، وعن الثدييات (باستثناء الرئيسيات) منذ 94 مليون سنة. وكان آخر انفصال لها عن الرئيسيات منذ حوالي 5 ملايين سنة. ^{[ 8 ]}

كما ذُكر سابقًا، يتكون بروتين FAM149A من 482 حمضًا أمينيًا . تُعرض أدناه الأحماض الأمينية التي تُساهم في ترجمة جين FAM149A إلى بروتين FAM149A، بالإضافة إلى أزواج القواعد المتطابقة. يقع البروتين بين زوج القاعدة 534 وزوج القاعدة 1982.

توجد بعض البرامج المستخدمة لتحديد التعديلات اللاحقة للترجمة في FAM149A. ^{[ 9 ]} ترد أدناه الاختبارات والنتائج الخاصة بكل منها.

NetPhos : يوفر هذا البرنامج مواقع الفسفرة المتوقعة داخل البروتين، والتي تحدث على السيرين والتيروسين والثريونين. تُقدم درجات تشير إلى جودة الموقع المتوقع. الدرجة "الجيدة" تقترب من 1.0، بينما الدرجة "المنخفضة" تقترب من الصفر. النتائج: مواقع الفسفرة المتوقعة: سيرين: 20، ثريونين: 16، تيروسين: 2. جميع هذه المواقع المتوقعة حصلت على درجات أعلى من 0.514، ومعظمها بين 0.8 و0.9. الصورة المُنشأة:

أداة السلفيناتور : تُستخدم هذه الأداة للتنبؤ بمواقع سلفنة التيروسين التي تتكون أثناء مرور البروتينات عبر المسار الإفرازي. لم تظهر أي نتائج لبروتين FAM149A، وبالتالي، لا توجد مواقع سلفنة للتيروسين.

NetAcet : يتنبأ بمواقع الأسيتيل الطرفية N.

إليكم النتائج:

وفقًا لـ NetAcet، لا توجد مواقع أسيتيل طرفية N لـ FAM149A.

برنامج SUMOplot/SUMOsp : يُستخدم للتنبؤ بمواقع السوملة المحتملة. قد يُفسر ذلك الأوزان الجزيئية الأكبر من المتوقع على هلامات SDS نتيجة ارتباط بروتينات SUMO.

يمكن الاطلاع على النتائج أدناه:

تعتمد البنية الثانوية لبروتين FAM149A على بنية ثلاثية الأبعاد محلية. تشمل البنى التي تم تحليلها الحلزون ألفا، والشريط بيتا، والانعطاف بيتا، واللفائف العشوائية. تم الحصول على النتائج باستخدام برنامجي GOR4 وPELE ^{[ 10 ]} من منصة Biology WorkBench. يُعد GOR4 نسخة مبسطة، بينما يقارن PELE البنى المتوقعة من برامج أخرى.

هذا هو المحفز لجين FAM149A المقدم من ElDorado ^{[ 11 ]} والتسلسل المستخرج من المعلومات.

فيما يلي نسخة منسقة بصيغة FASTA من محفز FAM149A.

من خلال موقع NCBI الإلكتروني، تمت إضافة 1000 زوج قاعدي إضافي إلى المنطقة المختارة على الكروموسوم 4 التي تحتوي على FAM149A. وبمجرد تحديد مواقع البداية والنهاية، تم نقل المواقع إلى متصفح ECR لإنشاء محاذاة عبر أنواع أخرى.

بحسب النتائج، يحتوي جين FAM149A على 14 إكسونًا محفوظة في القرد والكلب والفأر والأبوسوم. أما الدجاج والضفدع والسمكة، فتُظهر حفظًا ضئيلًا أو معدومًا. ويبدو أنه لا يوجد حفظ ملحوظ بين الأنواع في أول 1000 زوج قاعدي قبل بدء عملية النسخ. ويحتوي الكلب فقط على ما يُعتبر منطقة محفوظة تطوريًا (ECR). ^{[ 12 ]}

استنادًا إلى الرسوم البيانية على اليمين، تُسجَّل أعلى مستويات التعبير الجيني في العقدة الثلاثية التوائم ، والعقدة العنقية العلوية، والعقدة الأذينية البطينية (القلب)، والكلى. مع ذلك، يبدو أن كمية ضئيلة منه تُعبَّر في جميع أنسجة الجسم البشري تقريبًا. وباستخدام نفس المصفوفات الدقيقة التي وفرتها شركة Bio GPS، ^{[ 13 ]} وُجِد أن تعبير جين FAM149A يتغير تبعًا لانسلاخ بطانة الرحم أثناء الحيض . يفتح هذا الاكتشاف آفاقًا جديدة لاستكشاف وظيفة هذا الجين.

أُجري بحثٌ في أطلس ألين للدماغ باستخدام جين FAM149A. ووفقًا لمستويات التعبير الجيني المُقدمة في الأطلس، فإنّ FAM149A لا يُعبَّر عنه بمستويات ملحوظة في دماغ الفأر. مع ذلك، وبالملاحظة البصرية للشكل، وُجد FAM149A في المُركَّب البطني الخلفي للمهاد . ويظهر ذلك كخط عمودي داكن في منتصف شريحة الدماغ السهمية في الصورة أدناه. وللمقارنة، استُخدم تعبير بروتين الأكتين لتوضيح شكل دماغ الفأر عند مستويات التعبير العالية. ^{[ 14 ]}

تشير البيانات الواردة في الشكل أدناه إلى أن جين FAM149A يُعبر عنه بكثرة في الدماغ والأعصاب والبنكرياس والغدة الكظرية والكلى. ولا يوجد تعبير عنه في القلب. وبحسب المعلومات الواردة في الجدول الثاني، تشمل المضاعفات الشائعة المرتبطة بتعبير جين FAM149A أورام الغدة الكظرية، وأورام البنكرياس، وأورام القولون والمستقيم، وأورام المبيض. ^{[ 15 ]}

يحتوي جين FAM149A على نوعين من النسخ، النوع الأول (النسخة 1) والنوع الثاني (النسخة 2). يُشفّر كلا النوعين نفس بروتين FAM149A. تشمل الاختلافات وجود أزواج قاعدية إضافية في المنطقة غير المترجمة 5' وكذلك في المنطقة غير المترجمة 3'. أحد الاختلافين في المنطقة المترجمة الفعلية للبروتين هو استبدال الأدينين (A) بالجوانين (G) عند الزوج القاعدي 1590 في النوع الأول (النسخة 1) وعند الزوج القاعدي 1337 في النوع الثاني (النسخة 2). أما الاختلاف الآخر فيتمثل في استبدال الأدينين (A) بالسيتوزين (C) عند الزوج القاعدي 2214 في النوع الأول (النسخة 1) وعند الزوج القاعدي 1961 في النوع الثاني (النسخة 2).

فيما يلي تحليل لمنطقة المحفز لجين FAM149A. يُظهر التحليل عددًا من مواقع ارتباط عوامل النسخ التي قد تُسهم بشكلٍ كبير في تنظيم التعبير الجيني. تُبين الصورة أدناه مواقع هذه الارتباطات، وقد تم تحليلها للكشف عن أي وظائف فريدة محتملة.

كانت هناك نتائج عديدة، ولكن تم اختيار تلك التي تتمتع بأعلى تشابه وأعلى وفرة، لأنها الأرجح وجودًا على الجين الفعلي. تشمل عائلات المصفوفة ذات الأهمية المنطقة التنظيمية لجين مرض هنتنغتون ، وعامل نمو الأعصاب، وعامل التنفس النووي، وجين الورم الغدي متعدد الأشكال، وعوامل النسخ ذات الأصابع الزنكية، ومنشط E2F-myc/منظم دورة الخلية. وقد أظهر العديد منها تفاعلات تدور حول مركب الأصابع الزنكية، مما يشير إلى أن هذا قد يكون مهمًا لـ FAM149A. ^{[ 17 ]}

يُحتمل أن يتفاعل البروتين FAM149A مع البروتينات ZNF385D وC10orf10 وPNMAL1 وCPN2 وC10orf72 وVPS13D وRBMS3. ^{[ 18 ]} استنادًا إلى أبحاث سابقة حول مواقع الارتباط، تبين أن العديد منها يرتبط بشكل متكرر ببروتينات الزنك. ووفقًا لنتائج قاعدة بيانات STRING، يُعد بروتين الزنك 385D ثاني أقوى بروتين مُرتبط. مع ذلك، لا يُمكن الجزم بأن هذه هي البروتينات الوحيدة المُتفاعلة، إذ يبدو أن الأبحاث التي تتناول تفاعلات FAM149A قليلة جدًا. استُخدمت قاعدة بيانات التفاعلات الجزيئية (MINT) كمصدر إضافي لتفاعلات البروتينات، إلا أن FAM149A لم يكن مُدرجًا فيها. واستنادًا إلى قائمة الشركاء الوظيفيين في STRING، فإن البروتينات الخمسة الأولى غير موجودة أيضًا في قاعدة بيانات MINT. كما أظهرت قاعدة بيانات تفاعلات أخرى، وهي I2D Protein-Protein Interaction ^{[ 19 ]} ، تفاعلًا مُحتملًا مع البروتين PRKAG1 ، إلا أن هذا التفاعل كان ضعيفًا.

فيما يلي قائمة بالبروتينات التي يحتمل أن تتفاعل مع FAM149A.

على الرغم من عدم وجود ارتباط قاطع، فقد وُجد أن جين FAM149A هو أحد الجينات المرشحة الخمسة عشر للمساهمة في تطور السرطان والآفات الخلوية غير الطبيعية. ^{[ 20 ]} كما أشارت الدراسة نفسها إلى انخفاض مستوى التعبير عن هذا الجين أثناء الإصابة بسرطان الفم، مما يوفر مسارًا محتملاً للدراسة.