فام46 سي

خيمة 5ج
المعرفات
أسماء مستعارة	TENT5C ، عائلة ذات تشابه تسلسلي 46 عضو C، نوكليوتيديل ترانسفيراز طرفي 5C، FAM46C
معرفات خارجية	أوميم : 613952; إم جي آي : 1921895; هومولوجيني : 56783؛ بطاقات الجينات : TENT5C؛ OMA :TENT5C - أخصائيو تقويم العظام
موقع الجين ( الإنسان )
كريس	الكروموسوم 1 (البشري)
نهاية	117,628,389 زوجًا أساسيًا
موقع الجين ( الفأر )
كريس	الكروموسوم 3 (الفأر)
نهاية	100,396,640 زوج أساسي
نمط التعبير عن الحمض النووي الريبوزي
	أعلى معبر عنه في
	بويضة ثانوية; ; الحيوانات المنوية; ; العظم الإسفنجي; ; ملتحمة الجفن; ; ظهارة البلعوم الأنفي; ; نخاع العظم; ; بوابة المعدة; ; الخلايا الظهارية القصبية; ; الغدة النكفية; ; الغشاء المخاطي للقولون السيني;
	أعلى معبر عنه في
	دم; ; المفصل الظنبوبي الفخذي; ; البويضة الأولية; ; خلية سلفية مكونة للدم من الكبد الجنيني; ; الزيجوت; ; بويضة ثانوية; ; الغدة النكفية; ; الأنبوب المنوي; ; الحويصلة المنوية; ; ظهارة العدسة;
	مزيد من بيانات تعبير المرجع
	غير متاح
علم الجينات
الوظيفة الجزيئية	ربط البروتين; نشاط الترانسفيراز; نشاط نيوكليوتيديل ترانسفيراز; نشاط بولينيوكليوتيد أدينيليل ترانسفيراز; نشاط أدينيل ترانسفيراز الحمض النووي الريبوزي; ربط الحمض النووي الريبوزي;
المكون الخلوي	نواة; السيتوبلازم;
عملية بيولوجية	تثبيت mRNA;
	المصادر:Amigo / QuickGO
نظائرها
	54855
	74645
	ENSG00000183508
	ENSMUSG00000044468
	س5ف دبليو بي 2
	س5سسف7
	ن م_017709
	ن م_001142952
	رقم NP_060179
	رقم NP_001136424
	ويكي بيانات
عرض/تحرير الإنسان	عرض/تحرير الماوس

البروتين FAM46C المعروف أيضًا باسم عائلة التشابه التسلسلي 46، العضو C هو بروتين يتم ترميزه في البشر بواسطة جين FAM46C في الموضع 1p12 الذي يمتد بين أزواج القواعد من 118,148,556 إلى 118,171,011.

ملخص

FAM46C هو بروتين ذو وظيفة غير معروفة يتكون من 391 بقايا حمض أميني تُرجمت من حمض الريبونوكلييك الرسول (mRNA) يتكون من 5720 زوجًا قاعديًا. تم تسلسل FAM46C في البداية كجزء من مشروع تسلسل الجينوم الياباني الطويل كامل الطول. يوجد FAM46C على الكروموسوم 1 في الموضع 1p12. يحتوي FAM46C على مجال واحد ذو وظيفة غير معروفة، DUF1693، وعلى هذا النحو تم وضعه في عائلة بروتين DUF1693. تم إنشاء هذه العائلة كجزء من عائلة نيوكليوتيديل ترانسفيراز ^[5] وتحتوي على 4 بروتينات شبيهة بالبريون في الديدان الخيطية. تم وضع FAM46C في المجموعة XXV من عائلة نيوكليوتيديل ترانسفيراز ^[5] جنبًا إلى جنب مع 3 بروتينات FAM46 أخرى لدى الإنسان العاقل ( أ ، ب، د).

وقد اقترح أن FAM46C قد يكون له دور وظيفي في استجابة الإنترفيرون من النوع 1. ^[6] وقد ارتبط حذف و/أو طفرة FAM46C بضعف البقاء على قيد الحياة بشكل عام لدى مرضى المايلوما . ^[7]

جين

يمتد جين FAM46C لدى الإنسان العاقل على 22456 قاعدة على الكروموسوم 1. تشير بيانات المصفوفة الدقيقة إلى أن جين FAM46C لدى الإنسان يُظهر مستويات تعبير مرتفعة في نخاع العظم ، وخلايا الدم الحمراء المبكرة CD71 + ، وخلايا B المختلفة ، وخلايا T ، والخلايا الليمفاوية ، وجميع الأنسجة المرتبطة بالخصيتين . ^[8]

التطور والتشابه

يعتبر جين FAM46C لدى الإنسان العاقل محفوظًا للغاية في نظائره القريبة مع وجود تغييرات صغيرة فقط في تسلسل البروتين AA عند مقارنته بالثدييات الأخرى.

يمكن تتبع FAM46C وخاصة DUF1693 في جميع الحيوانات المتعددة الخلايا المعروفة ، مع نظير بعيد تم العثور عليه في Trichoplax adhaerens ، وهو عضو في المجموعة القاعدية للكائنات متعددة الخلايا Placozoa .

المفردات المتشابهة

يعتبر بروتين FAM46C في الإنسان العاقل مشابهًا لثلاثة بروتينات FAM46 منفصلة معروفة، وكلها تحتوي على DUF1693.

يسرد هذا الجدول نظائر FAM46C البشرية، مع الإشارة إلى أرقام الوصول NCBI ذات الصلة (الحالية اعتبارًا من مايو 2013)، ودرجات محاذاة النوكليوتيدات والبروتين المحسوبة باستخدام خوارزمية ALIGN والمقارنتها مع بحث NCBI BLAST .

نظائرها

يوجد العديد من نظائر FAM46C الموجودة في جميع أنحاء الكتالوج الحالي للكائنات متعددة الخلايا، والتي تظهر جميعها حفظًا مثيرًا للإعجاب لمجال الوظيفة غير المعروفة 1693. يُعتقد أن النظير الأكثر شهرة هو TRIADDRAFT14293، وهو جين من نوع Trichoplax adhaerens . يوفر هذا النظير دليلاً على أن FAM46C عضو في مجموعة من البروتينات التي تحتوي على بقايا أحماض أمينية محفوظة بدرجة عالية، وبالتالي يُعتقد أنه يوفر بعض الوظائف المهمة للغاية، كما هو متوقع عند النظر في نشاطه المحتمل في نقل النوكليوتيد.

المجالات المتجانسة

لتحديد الهياكل المحفوظة المحتملة، تم استخدام نهج تنبؤي فيما يتعلق بمقارنة FAM46C بأبعد نظير متاح، وهو Trichoplax adhearens . تم استخدام Phyre 2 ^[9] للتنبؤ بالهيكل الثانوي للبروتين في FAM46C البشري وtrichoplax TRIADDRAFT-14293. نحن قادرون على تصور الهياكل المحتملة المتوقعة بثقة عالية في كل من الجين البشري وجين البلاكوزان. يقدم هذا التنبؤ الأولي بعض الرؤى حول الهياكل المهمة، على الأرجح للوظيفة التحفيزية و/أو الارتباطية.

نسالة

بناءً على محاذاة تسلسلات متعددة تم إنشاؤها بواسطة Clustal W، تم إنشاء شجرة تطورية غير متجذرة لبعض نظائر FAM46C لإثبات التواجد المتنوع للجينات المشابهة لجين FAM46C في جميع أنحاء الكتالوج التطوري الحالي. من أجل الأجيال القادمة، تم حذف العديد من نظائر الجينات (انظر جدول نظائر الجينات أعلاه؛ تم حذف العديد منها من هذا الجدول أيضًا).

بنية البروتين

يحتوي بروتين FAM46C من "Homo sapiens" على 391 حمضًا أمينيًا بدون أشكال متماثلة معروفة. لم يتم بلورة بروتين FAM46C من "Homo sapiens" ولم يتم تحديد بنيته الثانوية حتى مايو 2013. يتمتع بروتين FAM46C بنقطة تساوي كهربية متوقعة تبلغ 5.338. يحتوي البروتين على مجال واحد ذو وظيفة غير معروفة، DUF1693 (Pfam: PF07984)

تم العثور على نمط سحاب الليوسين يبدأ عند Lys113 وينتهي عند Lys134. يمكن أن يساعد هذا في التمييز بين البروتينات النووية والبروتينات غير النووية، ومع ذلك، تنبأت جميع المجموعات الفرعية الأخرى من التحليلات باستخدام PSORTII ^[10] بأن FAM46C هو بروتين سيتوبلازمي بحت.

ولم يتم التنبؤ بأية زخارف هيكلية بروتينية مهمة أخرى.

تفاعلات البروتين مع البروتين

لقد ثبت تجريبياً أن FAM46C يتفاعل جسديًا مع 4 بروتينات منفصلة على الأقل، مع تفاعلات أخرى تم التنبؤ بها ^[11]

بروتين	شهادة	الانضمام	قاعدة البيانات
دازاب 2	2-هجين	أأ أ ر 11454	النعناع
الرحلة 6	2-هجين	رقم CAA05080	النعناع
PLK4	2-هجين	ن م_014264	النعناع
أيه بي 2 بي 1	2-هجين	ن م_001030006	النعناع

مراجع

^ abc GRCh38: إصدار Ensembl رقم 89: ENSG00000183508 – Ensembl ، مايو 2017
^ abc GRCm38: إصدار Ensembl رقم 89: ENSMUSG00000044468 – Ensembl ، مايو 2017
^ "مرجع PubMed البشري:". المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، المكتبة الوطنية الأمريكية للطب .
^ "مرجع PubMed الخاص بالفأرة:". المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، المكتبة الوطنية الأمريكية للطب .
^ ab Kuchta K, Knizewski L, Wyrwicz LS, Rychlewski L, Ginalski K (ديسمبر 2009). "التصنيف الشامل لبروتينات طيات النوكليوتيديل ترانسفيراز: تحديد العائلات الجديدة وممثليها في الإنسان". Nucleic Acids Res . 37 (22): 7701–14 . doi :10.1093/nar/gkp854. PMC 2794190. PMID 19833706 .
^ Schoggins JW، Wilson SJ، Panis M، Murphy MY، Jones CT، Bieniasz P ، Rice CM (أبريل 2011). "مجموعة متنوعة من المنتجات الجينية هي عوامل مؤثرة في استجابة الإنترفيرون المضادة للفيروسات من النوع الأول". Nature . 472 (7344): 481– 5. Bibcode :2011Natur.472..481S. doi :10.1038/nature09907. PMC 3409588. PMID 21478870 .
^ Boyd KD, Ross FM, Walker BA, Wardell CP, Tapper WJ, Chiecchio L, Dagrada G, Konn ZJ, Gregory WM, Jackson GH, Child JA, Davies FE, Morgan GJ (ديسمبر 2011). "رسم خريطة لحذف الكروموسوم 1p في المايلوما يحدد FAM46C عند 1p12 وCDKN2C عند 1p32.3 كجينات في مناطق مرتبطة بالبقاء الضار". Clin. Cancer Res . 17 (24): 7776– 84. doi :10.1158/1078-0432.CCR-11-1791. PMC 5751883. PMID 21994415 .
^ "BioGPS - نظام بوابة الجينات الخاص بك".
^ كيلي إل إيه، ستيرنبرج إم جيه (2009). "التنبؤ ببنية البروتين على الويب: دراسة حالة باستخدام خادم فاير" (PDF) . نات بروتوك . 4 (3): 363– 71. doi :10.1038/nprot.2009.2. hdl : 10044/1/18157 . PMID 19247286. S2CID 12497300.
^ Horton P, Nakai K (1997). "التنبؤ الأفضل بمواقع توطين الخلايا البروتينية باستخدام تصنيف أقرب الجيران k". Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol . 5 : 147– 52. PMID 9322029.
^ "FAM46C PSICQUIC View" . تم الاسترجاع في 11 مايو 2013 .

روابط خارجية

الموقع الرسمي ، مشروع تسلسل الجينوم البشري الياباني الكامل

Original text

Rate this translation

Your feedback will be used to help improve Google Translate

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: إصدار Ensembl رقم 89: ENSG00000183508 – Ensembl ، مايو 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: إصدار Ensembl رقم 89: ENSMUSG00000044468 – Ensembl ، مايو 2017

[3] "مرجع PubMed البشري:". المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، المكتبة الوطنية الأمريكية للطب .

[4] "مرجع PubMed الخاص بالفأرة:". المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، المكتبة الوطنية الأمريكية للطب .

[Kuchta2009-5] Kuchta K, Knizewski L, Wyrwicz LS, Rychlewski L, Ginalski K (ديسمبر 2009). "التصنيف الشامل لبروتينات طيات النوكليوتيديل ترانسفيراز: تحديد العائلات الجديدة وممثليها في الإنسان". Nucleic Acids Res . 37 (22): 7701–14 . doi :10.1093/nar/gkp854. PMC 2794190. PMID 19833706 .

[pmid21478870-6] Schoggins JW، Wilson SJ، Panis M، Murphy MY، Jones CT، Bieniasz P ، Rice CM (أبريل 2011). "مجموعة متنوعة من المنتجات الجينية هي عوامل مؤثرة في استجابة الإنترفيرون المضادة للفيروسات من النوع الأول". Nature . 472 (7344): 481– 5. Bibcode :2011Natur.472..481S. doi :10.1038/nature09907. PMC 3409588. PMID 21478870 .

[pmid21994415-7] Boyd KD, Ross FM, Walker BA, Wardell CP, Tapper WJ, Chiecchio L, Dagrada G, Konn ZJ, Gregory WM, Jackson GH, Child JA, Davies FE, Morgan GJ (ديسمبر 2011). "رسم خريطة لحذف الكروموسوم 1p في المايلوما يحدد FAM46C عند 1p12 وCDKN2C عند 1p32.3 كجينات في مناطق مرتبطة بالبقاء الضار". Clin. Cancer Res . 17 (24): 7776– 84. doi :10.1158/1078-0432.CCR-11-1791. PMC 5751883. PMID 21994415 .

[8] "BioGPS - نظام بوابة الجينات الخاص بك".

[pmid19247286-9] كيلي إل إيه، ستيرنبرج إم جيه (2009). "التنبؤ ببنية البروتين على الويب: دراسة حالة باستخدام خادم فاير" (PDF) . نات بروتوك . 4 (3): 363– 71. doi :10.1038/nprot.2009.2. hdl : 10044/1/18157 . PMID 19247286. S2CID 12497300.

[pmid9322029-10] Horton P, Nakai K (1997). "التنبؤ الأفضل بمواقع توطين الخلايا البروتينية باستخدام تصنيف أقرب الجيران k". Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol . 5 : 147– 52. PMID 9322029.

[11] "FAM46C PSICQUIC View" . تم الاسترجاع في 11 مايو 2013 .