قائمة برامج محاذاة التسلسل

تتضمن هذه القائمة برامج محاذاة التسلسلات، وهي عبارة عن تجميع لأدوات برمجية وبوابات إلكترونية تُستخدم في محاذاة التسلسلات الثنائية والمتعددة . للاطلاع على محاذاة هياكل البروتينات، يُرجى مراجعة قسم برامج المحاذاة الهيكلية.

البحث في قاعدة البيانات فقط

اسم	وصف	نوع التسلسل*	المؤلفون	سنة
انفجار	البحث المحلي باستخدام طريقة k-tuple السريعة (أداة البحث الأساسية للمحاذاة المحلية)	كلاهما	Altschul SF , Gish W , Miller W , Myers EW , Lipman DJ ^{[ 1 ]}	1990
HPC-BLAST	غلاف BLAST متعدد العقد ومتعدد النوى متوافق مع معايير NCBI. يتم توزيع هذا الغلاف مع أحدث إصدار من BLAST، وهو يُسهّل موازاة الخوارزمية على البنى الهجينة الحديثة التي تحتوي على العديد من العقد والعديد من النوى داخل كل عقدة. ^{[ 2 ]}	بروتين	بورديشو سي إي ، سوير إس ، هورتون إم دي ، بروك آر جي ، ريكابالي بي	2017
سي إس بلاست	BLAST خاص بسياق التسلسل، وهو أكثر حساسية من BLAST وFASTA وSSEARCH. نسخة CSI-BLAST التكرارية الخاصة بالموقع أكثر حساسية من PSI-BLAST	بروتين	أنجيرمولر سي، بيجرت أ، سودينج جي ^{[ 3 ]}	2013
CUDASW++	خوارزمية سميث ووترمان المُسرّعة بواسطة وحدة معالجة الرسومات (GPU) لوحدات معالجة الرسومات المتعددة ذات المضيف المشترك	بروتين	ليو واي، ماسكيل دي إل، وشميدت بي	2009/2010
الماس	برنامج محاذاة BLASTX و BLASTP يعتمد على الفهرسة المزدوجة	بروتين	Buchfink B, Xie C, Huson DH, Reuter K, Drost HG ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}	2015/2021
فاستا	البحث المحلي باستخدام خوارزمية k -tuple السريعة، أبطأ ولكنه أكثر حساسية من BLAST	كلاهما
GGSEARCH، GLSEARCH	التوافق بين العالمي (GG) والعالمي (GL) مع الإحصائيات	بروتين
ساحر الجينوم	برنامج للبحث عن أنماط تسلسل الحمض النووي المحلي فائق السرعة والمحاذاة الزوجية لبيانات NGS (FASTA، FASTQ).	الحمض النووي	هيبرلي دي (www.sequintix.de)	2020
جينوجل	يستخدم برنامج Genoogle تقنيات الفهرسة والمعالجة المتوازية للبحث عن تسلسلات الحمض النووي والبروتينات. وهو برنامج مطوّر بلغة جافا ومفتوح المصدر.	كلاهما	ألبريشت ف	2015
هامر	بحث محلي وعالمي باستخدام نماذج ماركوف المخفية للملفات الشخصية، أكثر حساسية من PSI-BLAST	كلاهما	دوربين آر ، إيدي إس آر ، كروغ أ ، ميتشيسون جي ^{[ 6 ]}	1998
جناح HH	مقارنة ثنائية لنماذج ماركوف المخفية للملفات الشخصية؛ حساسة للغاية	بروتين	سودينغ ج ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}	2005/2012
جيش الدفاع الإسرائيلي	تردد المستند العكسي	كلاهما
جهنمي	بحث ملف تعريف SCFG	الحمض النووي الريبي	إيدي إس
كلاست	أداة بحث عالية الأداء للأغراض العامة عن تشابه التسلسل	كلاهما		2009/2014
لامدا	مُحاذي محلي عالي الأداء متوافق مع BLAST، ولكنه أسرع بكثير؛ يدعم SAM/BAM	بروتين	هانز هاوسفيديل، يوخن سينجر، كنوت رينرت ^{[ 9 ]}	2014
MMseqs2	مجموعة برامج للبحث عن مجموعات تسلسل ضخمة وتجميعها. تتميز بحساسية مماثلة لبرنامجي BLAST وPSI-BLAST، ولكنها أسرع بكثير.	بروتين	ستينيجر إم، ميرديتا إم، جاليز سي، سودينج جي ^{[ 10 ]}	2017
استخدم البحث	أداة تحليل التسلسل فائقة السرعة	كلاهما	إدغار، آر سي (2010). "البحث والتجميع أسرع بكثير من BLAST" . المعلوماتية الحيوية . 26 (19): 2460-2461 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq461 . PMID 20709691 . منشور	2010
أوزوالد	OpenCL Smith-Waterman على FPGA من Altera لقواعد بيانات البروتينات الكبيرة	بروتين	روتشي إي، غارسيا سي، بوتيلا جي، دي جيوستي إيه، نيوف إم، بريتو ماتياس إم ^{[ 11 ]}	2016
المظلة الشراعية	بحث سميث-واترمان السريع باستخدام التوازي SIMD	كلاهما	ديلي جيه	2015
بي إس آي-بلاست	BLAST التكراري الخاص بالموقع، بحث محلي باستخدام مصفوفات تسجيل خاصة بالموقع ، أكثر حساسية بكثير من BLAST	بروتين	ألتشول إس إف ، مادن تي إل، شيفر إيه إيه، تشانغ جيه، تشانغ زي، ميلر دبليو ، ليبمان دي جي ^{[ 12 ]}	1997
بحث PSI	الجمع بين خوارزمية بحث سميث-واترمان واستراتيجية بناء ملف تعريف PSI-BLAST للعثور على تسلسلات البروتين ذات الصلة البعيدة، ومنع أخطاء التمديد المفرط المتماثل.	بروتين	لي دبليو، ماك ويليام إتش، جوجون إم، كاولي إيه، لوبيز آر، بيرسون دبليو آر ^{[ 13 ]}	2012
الراحة والاستجمام	Retrieve and Relate (R&R) هو محرك بحث عالي الأداء وحساس لقواعد البيانات المتعددة، قادر على البحث بالتوازي من خلال تسلسلات الحمض النووي DNA والحمض النووي الريبي RNA والبروتين.	كلاهما		2019
سكالا بلاست	BLAST قابل للتوسع عالي التوازي	كلاهما	أوهمن وآخرون ^{[ 14 ]}	2011
سيكويلاب	ربط بيانات محاذاة التسلسل وتحليلها من نتائج NCBI-BLAST مع خوادم/خدمات تحليل التسلسل الرئيسية	نيوكليوتيد، ببتيد		2010
سام	بحث محلي وعالمي باستخدام نماذج ماركوف المخفية للملفات الشخصية، أكثر حساسية من PSI-BLAST	كلاهما	كاربلوس ك ، كروغ أ ^{[ 15 ]}	1999
بحث	بحث سميث-واترمان، أبطأ ولكنه أكثر حساسية من فاستا	كلاهما
سوافي	أول خوارزمية متوازية تستخدم معالجات Intel Xeon Phys الناشئة لتسريع البحث في قاعدة بيانات البروتينات باستخدام خوارزمية سميث-واترمان	بروتين	ليو واي وشميدت بي	2014
سوافي-إل إس	أول خوارزمية سميث-واترمان متوازية تستغل مجموعات معالجات إنتل زيون فاي لتسريع محاذاة تسلسلات الحمض النووي الطويلة	الحمض النووي	ليو واي، تران تي تي، لاونروث إف، شميدت بي	2014
سباحة	تطبيق سميث-واترمان لبنى إنتل متعددة النوى ومتعددة النوى	بروتين	روتشي إي، غارسيا سي، بوتيلا جي، دي جيوستي إيه، نايوف إم، وبريتو ماتياس إم ^{[ 16 ]}	2015
SWIMM2.0	تحسين خوارزمية سميث-واترمان على معمارية المعالجات متعددة النوى ومتعددة النوى من إنتل، استنادًا إلى امتدادات متجه AVX-512.	بروتين	روتشي إي، غارسيا سي، بوتيلا جي، دي جيوستي إيه، نايوف إم، وبريتو ماتياس إم ^{[ 17 ]}	2018
اسحب	بحث سميث-واترمان السريع باستخدام التوازي SIMD	كلاهما	روغنيس تي	2011

* نوع التسلسل: بروتين أو نيوكليوتيد

محاذاة ثنائية

اسم	وصف	نوع التسلسل*	نوع المحاذاة**	مؤلف	سنة
أكانا	محاذاة ثنائية سريعة تعتمد على المرساة	كلاهما	كلاهما	هوانغ، أومباتش، لي	2005
AlignMe	محاذاة تسلسلات البروتينات الغشائية	بروتين	كلاهما	M. Stamm، K. Khafizov، R. Staritzbichler، LR Forrest	2013
المحاذاة الكاملة	بالنسبة لجزيئات الحمض النووي DNA والحمض النووي الريبوزي RNA والبروتينات التي يصل حجمها إلى 32 ميجابايت، يقوم البرنامج بمحاذاة جميع التسلسلات التي يبلغ حجمها K أو أكبر. يتم تجميع المحاذاة المتشابهة معًا لتحليلها. كما يتضمن البرنامج فلترًا تلقائيًا للتسلسلات المتكررة.	كلاهما	محلي	إي. واشتل	2017
Bioconductor Biostrings::pairwiseAlignment	البرمجة الديناميكية	كلاهما	كلاهما + بدون نهايات	ب. أبويون	2008
BioPerl dpAlign	البرمجة الديناميكية	كلاهما	كلاهما + بدون نهايات	واي إم تشان	2003
بلاز، لاز	مطابقة الأنماط المُبذرة	النيوكليوتيد	محلي	شوارتز وآخرون ^{[ 18 ]}^{[ 19 ]}	2004، 2009
مُحاذي الكودون كود	محاذاة سريعة ثنائية ومتعددة التسلسلات باستخدام خوارزميات متعددة.	النيوكليوتيد	كلاهما	شركة كودون كود	2003-2025
CUDALign	محاذاة تسلسل الحمض النووي بحجم غير محدود في وحدة معالجة رسومية واحدة أو عدة وحدات معالجة رسومية	النيوكليوتيد	محلي، شبه عالمي، عالمي	إ. ساندس ^{[ 20 ]}^{[ 21 ]}^{[ 22 ]}	2011-2015
DNADot	أداة رسم النقاط عبر الإنترنت	النيوكليوتيد	عالمي	آر. بوين	1998
نقطة	أداة رسم النقاط القائمة على لغة جافا	كلاهما	عالمي	م. باجني وت. جونييه	1998
وليمة	نموذج التطور الوصفي للتمديد المحلي القائم على التوزيع الاحتمالي اللاحق	النيوكليوتيد	محلي	إيه كيه هوديك ودي جي براون	2010
مُجمِّع الجينوم	قم بمحاذاة ملفات الكروماتوجرام (.ab1، .scf) مع تسلسل القالب، وحدد الأخطاء، وقم بتصحيحها على الفور.	النيوكليوتيد	محلي	شركة Genome Compiler	2014
نظام المساعدة على الطريق	البرمجة الديناميكية القائمة على وحدة معالجة الرسومات مع التراجع	كلاهما	محلي، شبه عالمي، عالمي	دبليو. فرومبيرغ، إم. كيرزينكا وآخرون.	2011
جابميس	هل يؤدي محاذاة التسلسل الثنائي مع وجود فجوة واحدة إلى محاذاة تسلسلية ثنائية؟	كلاهما	شبه عالمي	ك. فروسيوس، ت. فلوري، سي إس إليوبولوس، ك. بارك، إس بي بيسيس، ج. تيشلر	2012
ساحر الجينوم	برنامج للبحث عن أنماط تسلسل الحمض النووي المحلي فائق السرعة والمحاذاة الزوجية لبيانات NGS (FASTA، FASTQ).	الحمض النووي	محلي، شبه عالمي، عالمي	هيبرلي دي (www.sequintix.de)	2020
GGSEARCH، GLSEARCH	التوافق بين العالمي (GG) والعالمي (GL) مع الإحصائيات	بروتين	عالمي في الاستعلام	دبليو. بيرسون	2007
JAligner	تطبيق مفتوح المصدر لخوارزمية سميث-واترمان بلغة جافا	كلاهما	محلي	أ. مصطفى	2005
كيه سينك	محاذاة تسلسل البروتين مع بنيته، والتي تشمل البنية الثانوية، والحفاظ على البنية، وملفات تعريف التسلسل المشتقة من البنية، ودرجات المحاذاة التوافقية.	بروتين	كلاهما	د. تشيفيان ود. بيكر ^{[ 23 ]}	2003
لالين	التشابه المحلي المتعدد وغير المتداخل (نفس خوارزمية SIM)	كلاهما	محلي غير متداخل	دبليو. بيرسون	1991 (خوارزمية)
محاذاة شمال غرب	خوارزمية البرمجة الديناميكية القياسية Needleman-Wunsch	بروتين	عالمي	ي تشانغ	2012
المطابق	محاذاة ووترمان-إيغرت المحلية (استنادًا إلى LALIGN)	كلاهما	محلي	آي. لونغدن (معدل من دبليو. بيرسون)	1999
ماكالين 2	نماذج صريحة لتطور الإدخالات والحذوفات	الحمض النووي	عالمي	ج. وانغ وآخرون	2006
ميج ألاين برو (ليزرجين للبيولوجيا الجزيئية)	برنامج لمحاذاة تسلسلات الحمض النووي DNA أو RNA أو البروتين أو DNA + البروتين عبر خوارزميات محاذاة التسلسلات الثنائية والمتعددة بما في ذلك MUSCLE و Mauve و MAFFT و Clustal Omega و Jotun Hein و Wilbur-Lipman و Martinez Needleman-Wunsch و Lipman-Pearson وتحليل Dotplot.	كلاهما	كلاهما	دي إن إيه ستار	1993-2016
صيف	شجرة اللواحق	النيوكليوتيد	عالمي	إس. كورتز وآخرون	2004
إبرة	البرمجة الديناميكية لـ Needleman-Wunsch	كلاهما	شبه عالمي	أ. بليزبي	1999
نغيلا	تكاليف الفجوات اللوغاريتمية والخطية ونماذج صريحة لتطور الإدخالات والحذوفات	كلاهما	عالمي	آر. كارترايت	2007
شمال غرب	البرمجة الديناميكية لـ Needleman-Wunsch	كلاهما	عالمي	إيه سي آر مارتن	1990-2015
المظلة الشراعية	مكتبة برمجة ديناميكية SIMD بلغات C/C++/Python/Java لتقنية SSE وAVX2	كلاهما	عالمي، بلا حدود، محلي	ج. ديلي	2015
طريق	سميث-واترمان على الرسم البياني للترجمة العكسية للبروتين (يكشف عن تحولات الإطار على مستوى البروتين)	بروتين	محلي	م. جيرديا وآخرون ^{[ 24 ]}	2009
صائد الأنماط	مطابقة الأنماط المُبذرة	النيوكليوتيد	محلي	ب. ما وآخرون ^{[ 25 ]}^{[ 26 ]}	2002–2004
ProbA (أيضًا propA)	أخذ عينات من دالة التقسيم العشوائية عبر البرمجة الديناميكية	كلاهما	عالمي	يو. موكشتاين	2002
بايمول	يقوم الأمر "align" بمحاذاة التسلسل وتطبيقه على البنية	بروتين	عالمي (عن طريق الاختيار)	دبليو إل ديلانو	2007
ريبوتر	شجرة اللواحق	النيوكليوتيد	محلي	إس. كورتز وآخرون	2001
ناب سيف	المحاذاة باستخدام ملفات تعريف الاتصال المتوقعة	بروتين	عالمي	إف تيشيرت، جيه مينينج، يو باستولا، وإم بورتو	2009
ساتسوما	محاذاة الترتيب الجيني المتوازية للجينوم الكامل	الحمض النووي	محلي	إم جي غرابهر وآخرون	2010
التسلسل	البرمجة الديناميكية المتنوعة	كلاهما	محليًا أو عالميًا	إم إس ووترمان وبي هاردي	1996
SIM، GAP، NAP، LAP	تشابه محلي مع معالجات فجوات متنوعة	كلاهما	محليًا أو عالميًا	إكس. هوانغ و دبليو. ميلر	1990-6
شريحة SIM	التشابه المحلي	كلاهما	محلي	إكس. هوانغ و دبليو. ميلر	1991
SPA: محاذاة فائقة ثنائية	محاذاة عالمية سريعة ثنائية	النيوكليوتيد	عالمي	شين، يانغ، ياو، هوانغ	2002
بحث	التوافق المحلي ( سميث-واترمان ) مع الإحصاءات	بروتين	محلي	دبليو. بيرسون	1981 (خوارزمية)
استوديو التسلسلات	تطبيق جافا صغير يعرض خوارزميات متنوعة من ^{[ 27 ]}	تسلسل عام	محليًا وعالميًا	أ. ميسكاوسكاس	1997 (كتاب مرجعي)
سويفولد	تسريع سميث-واترمان على معالج FPGA من إنتل باستخدام OpenCL لتسلسلات الحمض النووي الطويلة	النيوكليوتيد	محلي	إي. روتشي ^{[ 28 ]}^{[ 29 ]}	2017-2018
بدلة سويفت	البحث السريع عن المحاذاة المحلية	الحمض النووي	محلي	ك. راسموسن، ^{[ 30 ]} و. جيرلاخ	2005، 2008
نقالة	البرمجة الديناميكية المحسّنة للذاكرة من نوع نيدلمان-وونش	كلاهما	عالمي	آي. لونغدن (معدل من جي. مايرز و دبليو. ميلر)	1999
ترانلاين	يقوم بمحاذاة تسلسلات الأحماض النووية بناءً على محاذاة البروتين	النيوكليوتيد	غير متوفر	جي. ويليامز (معدل من بي. بيرسون)	2002
يوجين	مفتوح المصدر Smith-Waterman لـ SSE/CUDA، ومكتشف التكرارات القائم على مصفوفة اللاحقة وdotplot	كلاهما	كلاهما	UniPro	2010
ماء	البرمجة الديناميكية لسميث-واترمان	كلاهما	محلي	أ. بليزبي	1999
مطابقة الكلمات	مطابقة ثنائية من k -tuple	كلاهما	غير متوفر	آي. لونغدن	1998
نعم	مطابقة الأنماط المُبذرة	النيوكليوتيد	محلي	ل. نو وج. كوتشيروف ^{[ 31 ]}	2004

* نوع التسلسل: بروتين أو نيوكليوتيد ** نوع المحاذاة: محلية أو عالمية

محاذاة التسلسل المتعدد

اسم	وصف	نوع التسلسل*	نوع المحاذاة**	مؤلف	سنة	رخصة
تحليل السلوك التطبيقي	محاذاة أ-بروين	بروتين	عالمي	ب. رافائيل وآخرون	2004	برنامج مجاني مملوك للاستخدام في التعليم والبحث والمنظمات غير الربحية
بيرة	محاذاة يدوية؛ بعض المساعدة البرمجية	النيوكليوتيدات	محلي	ج. بلاندي وك. فوجل	1994 (أحدث إصدار 2007)	مجاني، رخصة جنو العمومية 2
المحاذاة الكاملة	بالنسبة لجزيئات الحمض النووي DNA والحمض النووي الريبوزي RNA والبروتينات التي يصل حجمها إلى 32 ميجابايت، يقوم البرنامج بمحاذاة جميع التسلسلات التي يبلغ حجمها K أو أكبر، سواء كانت محاذاة متعددة التسلسلات (MSA) أو ضمن جزيء واحد. يتم تجميع المحاذاة المتشابهة معًا لتحليلها. كما يتضمن البرنامج فلترًا تلقائيًا للتسلسلات المتكررة.	كلاهما	محلي	إي. واشتل	2017	حر
AMAP	تلدين التسلسل	كلاهما	عالمي	أ. شوارتز ول . باتشر	2006
BAli-Phy	محاذاة متعددة باستخدام الأشجار؛ بايزية احتمالية؛ تقدير مشترك	كلا الكودونات +	عالمي	بي دي ريدلينغز وإم إيه سوشارد	2005 (أحدث إصدار 2018)	مجاني، رخصة جنو العمومية
قاعدة تلو الأخرى	محرر محاذاة التسلسلات المتعددة قائم على لغة جافا مع أدوات تحليل متكاملة	كلاهما	محليًا أو عالميًا	آر. برودي وآخرون	2004	برنامج مجاني مملوك ، يتطلب التسجيل
فوضى، محاذاة	المحاذاة التكرارية	كلاهما	محلي (مفضل)	م. برودنو وب. مورجنسترن	2003
عنقودي	المحاذاة التدريجية	كلاهما	محليًا أو عالميًا	تومسون وآخرون	1994	مجاني، رخصة LGPL
مُحاذي الكودون كود	محاذاة متعددة؛ دعم العضلات، والمجموعات، والفرابين	النيوكليوتيدات	محليًا أو عالميًا	ب. ريختريش وآخرون	2003 (أحدث إصدار 2024)
بوصلة	مقارنة محاذاة تسلسلات البروتينات المتعددة مع تقييم الدلالة الإحصائية	بروتين	عالمي	RI Sadreyev، وآخرون.	2009
فك الشفرة	المحاذاة التدريجية التكرارية	كلاهما	عالمي	إريك س. رايت	2014	مجاني، رخصة جنو العمومية
DIALIGN-TX و DIALIGN-T	طريقة تعتمد على القطاعات	كلاهما	محلي (مفضل) أو عالمي	إيه آر سوبرامانيان	2005 (أحدث إصدار 2008)
محاذاة الحمض النووي	طريقة تعتمد على القطاعات للمحاذاة داخل النوع الواحد	كلاهما	محلي (مفضل) أو عالمي	أ. روهل	2005 (أحدث إصدار 2008)
مُجمِّع تسلسل الحمض النووي الأساسي	محاذاة متعددة؛ محاذاة تسلسل تلقائية كاملة؛ تصحيح تلقائي للغموض؛ مُستدعي قواعد داخلي؛ محاذاة تسلسل سطر الأوامر	النيوكليوتيدات	محليًا أو عالميًا	شركة هيراكل بيوسوفت إس آر إل	2006 (أحدث إصدار 2018)	تجاري (بعض الوحدات مجانية)
دينامو الحمض النووي	ربط الحمض النووي بالبروتين باستخدام برامج MUSCLE و Clustal و Smith-Waterman	كلاهما	محليًا أو عالميًا	دينامو الحمض النووي	2004 (أحدث إصدار 2017)
إدنا	محاذاة التسلسل المتعدد القائمة على الطاقة لمواقع ارتباط الحمض النووي	النيوكليوتيدات	محليًا أو عالميًا	سلامة، ر.أ. وآخرون.	2013
FAMSA	محاذاة تدريجية لعائلات البروتينات الكبيرة للغاية (مئات الآلاف من الأعضاء)	بروتين	عالمي	ديوروفيتش وآخرون	2016	مجاني، رخصة جنو العمومية 3
FSA	تلدين التسلسل	كلاهما	عالمي	آر كي برادلي وآخرون	2008
عبقري	محاذاة تدريجية تكرارية؛ إضافة ClustalW	كلاهما	محليًا أو عالميًا	إيه جيه دروموند وآخرون	2005 (أحدث إصدار 2017)
إرشاد	مراقبة الجودة وتصفية عمليات محاذاة التسلسلات المتعددة	كلاهما	محليًا أو عالميًا	أو. بن وآخرون	2010 (أحدث إصدار 2015)
كالين	المحاذاة التدريجية	كلاهما	عالمي	تي. لاسمان	2005
MACSE	محاذاة تدريجية تكرارية. محاذاة متعددة لتسلسلات الترميز مع مراعاة إزاحات الإطار وكودونات التوقف.	النيوكليوتيدات	عالمي	ف. رانويز وآخرون	2011 (أحدث إصدار، الإصدار 2.07، 2023)
MAFFT	المحاذاة التدريجية التكرارية	كلاهما	محليًا أو عالميًا	ك. كاتوه وآخرون	2005	مجاني، بي إس دي
مارنا	محاذاة متعددة للحمض النووي الريبي	الحمض النووي الريبي	محلي	إس. سيبرت وآخرون	2005
مافيد	المحاذاة التدريجية	كلاهما	عالمي	ن. براي ول . باتشر	2004
ميج ألاين برو (ليزرجين للبيولوجيا الجزيئية)	برنامج لمحاذاة تسلسلات الحمض النووي DNA أو RNA أو البروتين أو DNA + البروتين عبر خوارزميات محاذاة التسلسلات الثنائية والمتعددة بما في ذلك MUSCLE و Mauve و MAFFT و Clustal Omega و Jotun Hein و Wilbur-Lipman و Martinez Needleman-Wunsch و Lipman-Pearson وتحليل Dotplot.	كلاهما	محليًا أو عالميًا	دي إن إيه ستار	1993-2023
MSA	البرمجة الديناميكية	كلاهما	محليًا أو عالميًا	دي جيه ليبمان وآخرون	1989 (تم تعديله عام 1995)
MSAProbs	البرمجة الديناميكية	بروتين	عالمي	ي. ليو، ب. شميدت، د. ماسكيل	2010
مولتالين	البرمجة الديناميكية - التجميع	كلاهما	محليًا أو عالميًا	إف. كوربيت	1988
لاجان المتعددة	محاذاة البرمجة الديناميكية التدريجية	كلاهما	عالمي	م. برودنو وآخرون	2003
العضلات	المحاذاة التدريجية التكرارية (الإصدار 3)، الاحتمالية/الاتساق (الإصدار 5)	كلاهما	محليًا أو عالميًا	آر. إدغار	2004	الملكية العامة
أوبال	المحاذاة التدريجية التكرارية	كلاهما	محليًا أو عالميًا	تي. ويلر وج. كيسي أوغلو	2007 (أحدث إصدار مستقر 2013، أحدث إصدار تجريبي 2016)
جوز البقان	الاتساق الاحتمالي	الحمض النووي	عالمي	ب. باتن وآخرون	2008
فيلو	إطار عمل للحوسبة البشرية في علم الجينوم المقارن لحل مشكلة المحاذاة المتعددة	النيوكليوتيدات	محليًا أو عالميًا	المعلوماتية الحيوية في جامعة ماكجيل	2010
PMFastR	محاذاة تدريجية واعية بالبنية	الحمض النووي الريبي	عالمي	دي. دي بلاسيو، جيه براوند، إس زانغ	2009
برالين	محاذاة ممتدة بالتماثل التدريجي التكراري مع التوصيف المسبق وتوقع البنية الثانوية	بروتين	عالمي	ج. هيرينغا	1999 (أحدث إصدار 2009)
PicXAA	محاذاة غير تقدمية، بأقصى دقة متوقعة	كلاهما	عالمي	شركة صحراين الصغيرة والمتوسطة وبي جيه يون	2010
توكيل رسمي	نموذج ماركوف المخفي/الترتيب الجزئي	بروتين	محليًا أو عالميًا	سي. لي	2002
بروبالاين	الاحتمالية/الاتساق مع احتمالات دالة التقسيم	بروتين	عالمي	روشان وليفساي	2006	مجاني، ملكية عامة
بروبكونس	الاحتمالية/الاتساق	بروتين	محليًا أو عالميًا	سي. دو وآخرون	2005	مجاني، ملكية عامة
PROMALS3D	المحاذاة التدريجية / نموذج ماركوف المخفي / البنية الثانوية / البنية ثلاثية الأبعاد	بروتين	عالمي	ج. باي وآخرون	2008
PRRN/PRRP	المحاذاة التكرارية (وخاصة التحسين)	بروتين	محليًا أو عالميًا	واي. توتوكي (مستوحى من أو. جوتوه)	1991 وما بعده
PSAlign	الحفاظ على المحاذاة بدون استخدام أساليب استدلالية	كلاهما	محليًا أو عالميًا	SH Sze, Y. Lu, Q. Yang.	2006
RevTrans	يجمع بين محاذاة الحمض النووي والبروتين، عن طريق ترجمة محاذاة البروتين إلى الحمض النووي.	الحمض النووي/البروتين (خاص)	محليًا أو عالميًا	فيرنرسون وبيدرسن	2003 (أحدث إصدار 2005)
ملحمة	محاذاة التسلسل بواسطة الخوارزمية الجينية	بروتين	محليًا أو عالميًا	سي. نوتردام وآخرون	1996 (إصدار جديد 1998)
سام	نموذج ماركوف المخفي	بروتين	محليًا أو عالميًا	أ. كروغ وآخرون	1994 (أحدث إصدار 2002)
ختم	المحاذاة اليدوية	كلاهما	محلي	أ. رامبوت	2002
StatAlign	التقدير المشترك البايزي للمحاذاة والتطور السلالي (MCMC)	كلاهما	عالمي	أ. نوفاك وآخرون	2008
ستيملوك	التنبؤ بالمحاذاة المتعددة والبنية الثانوية	الحمض النووي الريبي	محليًا أو عالميًا	آي. هولمز	2005	مجاني، رخصة جنو العمومية 3 (جزء من DART )
تي-كوفي	محاذاة تدريجية أكثر حساسية	كلاهما	محليًا أو عالميًا	سي. نوتردام وآخرون	2000 (أحدث إصدار 2008)	مجاني، رخصة جنو العمومية 2
يوجين	يدعم محاذاة متعددة باستخدام إضافات MUSCLE و KAlign و Clustal و MAFFT	كلاهما	محليًا أو عالميًا	فريق يوجين	2010 (أحدث إصدار 2020)	مجاني، رخصة جنو العمومية 2
VectorFriends	VectorFriends Aligner، و MUSCLE plugin، و Clustal W plugin	كلاهما	محليًا أو عالميًا	فريق BioFriends	2013	برنامج مجاني مملوك للاستخدام الأكاديمي
GLProbs	نهج قائم على نموذج ماركوف المخفي الزوجي التكيفي	بروتين	عالمي	ي. يي وآخرون	2013

* نوع التسلسل: بروتين أو نيوكليوتيد. ** نوع المحاذاة: محلية أو عالمية

تحليل الجينوم

اسم	وصف	نوع التسلسل*
النسر ^{[ 32 ]}	أداة فائقة السرعة للعثور على الكلمات الغائبة نسبيًا في البيانات الجينومية	النيوكليوتيد
أداة مقارنة أرتميس (ACT)	التوافق الجيني وعلم الجينوم المقارن	النيوكليوتيد
AVID	محاذاة عالمية ثنائية مع الجينومات الكاملة	النيوكليوتيد
بلات	محاذاة تسلسلات الحمض النووي التكميلي (cDNA) مع الجينوم.	النيوكليوتيد
فك الشفرة	محاذاة الجينومات المعاد ترتيبها باستخدام ترجمة الإطار السادس	النيوكليوتيد
مضاد للطائرات	محاذاة وتحليل الجينوم الكامل غير الدقيق	النيوكليوتيد
خرائط جوجل	محاذاة تسلسلات الحمض النووي المكمل (cDNA) مع الجينوم. تحديد مواقع الربط بدقة عالية.	النيوكليوتيد
سبلاين	محاذاة تسلسلات الحمض النووي المكمل (cDNA) مع الجينوم. تحديد مواقع الربط بدقة عالية. القدرة على التعرف على تكرارات الجينات وفصلها.	النيوكليوتيد
خبازي	محاذاة متعددة للجينومات المعاد ترتيبها	النيوكليوتيد
هيئة إدارة التأمين العامة	مُحاذي الجينوم المتعدد	النيوكليوتيد
مولان	محاذاة متعددة محلية لتسلسلات بطول الجينوم	النيوكليوتيد
مالتي	محاذاة متعددة للجينومات	النيوكليوتيد
PLAST-ncRNA	البحث عن الحمض النووي الريبي غير المشفر في الجينومات عن طريق المحاذاة المحلية لوظيفة التقسيم	النيوكليوتيد
سيكوروم	تحليل بيانات محاذاة التسلسل باستخدام الخوادم/الخدمات الرئيسية	نيوكليوتيد، ببتيد
سيكويلاب	تحليل بيانات محاذاة التسلسل من نتائج NCBI-BLAST باستخدام الخوادم والخدمات الرئيسية	نيوكليوتيد، ببتيد
شافل-لاجان	محاذاة عالمية ثنائية لمناطق الجينوم المكتملة	النيوكليوتيد
SIBsim4، Sim4	برنامج مصمم لمواءمة تسلسل الحمض النووي المُعبر عنه مع تسلسل جينومي، مع مراعاة الإنترونات.	النيوكليوتيد
سلام	تحديد الجينات، والمحاذاة، والتعليق (تحديد التشابه بين الإنسان والفأر)	النيوكليوتيد
SRPRISM	أداة محاذاة فعالة للتجميعات مع ضمانات صريحة، تقوم بمحاذاة القراءات بدون وصلات.	النيوكليوتيد

* نوع التسلسل: بروتين أو نيوكليوتيد

إيجاد الزخارف

اسم	وصف	نوع التسلسل*
نظام إدارة الطاقة	البحث عن الزخارف واكتشافها	كلاهما
FMM	البحث عن الأنماط واكتشافها (يمكن أيضًا الحصول على تسلسلات إيجابية وسلبية كمدخلات للبحث عن الأنماط المُثرية)	النيوكليوتيد
كتل	تحديد الزخارف غير المتقطعة من قاعدة بيانات BLOCKS	كلاهما
زخرفي	استخلاص وتحديد الأنماط الأقصر	كلاهما
مجموعة نماذج جيبس	استخلاص الأنماط العشوائية بواسطة الاحتمالية الإحصائية	كلاهما
هامب توب	التنبؤ بالحلزونات عبر الغشائية وطوبولوجيا البروتينات	بروتين
مواقع المعلومات	مكتبة أنماط البنية المحلية	بروتين
JCoils	التنبؤ بالملف الحلزوني وسحاب الليوسين	بروتين
ميم / ماست	اكتشاف الزخارف والبحث عنها	كلاهما
CUDA-MEME	خوارزمية MEME (الإصدار 4.4.0) المُسرّعة بواسطة وحدة معالجة الرسومات (GPU) لمجموعات وحدات معالجة الرسومات (GPU).	كلاهما
شكراً	اكتشاف وبحث الأنماط المميزة	كلاهما
فاي-بلاست	أداة البحث عن الزخارف ومواءمتها	كلاهما
فيلوسكان	أداة البحث عن الزخارف	النيوكليوتيد
برات	إنشاء أنماط للاستخدام مع ScanProsite	بروتين
سكان بروسايت	أداة البحث في قاعدة بيانات الزخارف	بروتين
تيريسياس	استخراج الزخارف والبحث في قواعد البيانات	كلاهما
البازلت	البحث عن أنماط متعددة باستخدام التعبيرات النمطية	كلاهما

* نوع التسلسل: بروتين أو نيوكليوتيد

المقارنة المعيارية

اسم	المؤلفون
PFAM 30.0 (2016)
سمارت (2015)	ليتونيك، كوبلي، شميدت، سيكاريلي، دوركس، شولتز، بونتينغ، بورك
BAliBASE 3 (2015)	تومسون، بليونياك، بوش
أوكسبنش (2011)	راجافا، سيرل، أودلي، باربر، بارتون
مجموعة بنشمارك (2009)	إدغار
هومستراد (2005)	ميزوغوتشي
بريفاب 4.0 (2005)	إدغار
سابمارك (2004)	فان وال، لاسترز، وينز

مشاهدو المحاذاة، والمحررون

يرجى الاطلاع على قائمة برامج عرض المحاذاة .

محاذاة تسلسل القراءة القصيرة

اسم	وصف	خيار الطرف المزدوج	استخدم جودة FASTQ	فجوات	متعدد الخيوط	رخصة	مرجع	سنة
أريوك	يحسب محاذاة سميث-واترمان ذات الفجوات وجودة التعيين على وحدة معالجة رسومية واحدة أو أكثر. يدعم محاذاة تسلسل BS. يعالج من 100,000 إلى 500,000 قراءة في الثانية (يختلف ذلك باختلاف البيانات والأجهزة والحساسية المُهيأة).	نعم	لا	نعم	نعم	مجاني، بي إس دي	^{[ 33 ]}	2015
باراكودا	برنامج محاذاة القراءة القصيرة المتسارع بواسطة GPGPU لتحويل Burrows-Wheeler (مؤشر FM) والمبني على BWA، يدعم محاذاة عمليات الإدخال والحذف مع فتحات الفجوات والامتدادات.	نعم	لا	نعم	نعم، خيوط POSIX و CUDA	مجاني، رخصة جنو العمومية
خريطة بي بي	يستخدم تسلسلات k-mer قصيرة لفهرسة الجينوم بسرعة؛ دون قيود على الحجم أو عدد السقالات. يتميز بحساسية ودقة أعلى من برامج محاذاة Burrows-Wheeler، مع سرعة مماثلة أو أكبر. يُجري محاذاة شاملة مُحسّنة باستخدام التحويل الأفيني، وهي أبطأ ولكنها أكثر دقة من Smith-Waterman. يدعم بيانات Illumina و454 وPacBio وSanger وIon Torrent. يدعم عمليات الربط؛ قادر على معالجة عمليات الإدخال والحذف الطويلة وتسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq). مكتوب بلغة Java خالصة؛ يعمل على أي منصة. يستخدمه معهد الجينوم المشترك .	نعم	نعم	نعم	نعم	مجاني، بي إس دي		2010
فطور	يُوازن البرنامج بوضوح بين الوقت والدقة مع تقدير مسبق للدقة، مدعومًا بفهرسة التسلسلات المرجعية. يضغط الفهارس بكفاءة عالية. قادر على معالجة مليارات القراءات القصيرة. يدعم عمليات الإدخال والحذف والتغيرات النوكليوتيدية المفردة (SNPs) وأخطاء الألوان (يُمكنه ربط قراءات فضاء ألوان ABI SOLiD). يُجري محاذاة كاملة باستخدام خوارزمية سميث ووترمان.				نعم، خيوط POSIX	مجاني، رخصة جنو العمومية	^{[ 34 ]}	2009
BigBWA	يُشغّل برنامج Burrows–Wheeler Aligner (BWA) على مجموعة Hadoop . يدعم البرنامج خوارزميات BWA-MEM وBWA-ALN وBWA-SW، ويعمل مع القراءات المزدوجة والمفردة. يُؤدي ذلك إلى تقليل كبير في وقت الحساب عند التشغيل على مجموعة Hadoop، مما يُحسّن قابلية التوسع ومقاومة الأعطال.	نعم	تقليم قواعد رديئة الجودة	نعم	نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية 3	^{[ 35 ]}	2015
انفجار	برنامج محاذاة النيوكليوتيدات الخاص بـ BLAST بطيء وغير دقيق للقراءات القصيرة، ويستخدم قاعدة بيانات تسلسل (EST، تسلسل سانجر) بدلاً من الجينوم المرجعي.
بلات	صُنع بواسطة جيم كينت . يمكنه التعامل مع عدم تطابق واحد في خطوة المحاذاة الأولية.				نعم، عميل-خادم	برنامج مجاني مملوك للاستخدام الأكاديمي وغير التجاري	^{[ 36 ]}	2002
ربطة القوس	يستخدم تحويل بوروز-ويلر لإنشاء فهرس دائم وقابل لإعادة الاستخدام للجينوم؛ ببصمة ذاكرة تبلغ 1.3 جيجابايت للجينوم البشري. يُحاذي أكثر من 25 مليون قراءة من Illumina في ساعة واحدة من وقت المعالجة. يدعم سياسات محاذاة شبيهة بـ Maq وشبيهة بـ SOAP	نعم	نعم	لا	نعم، خيوط POSIX	حر، فني	^{[ 37 ]}	2009
BWA	يستخدم تحويل بوروز-ويلر لإنشاء فهرس للجينوم. وهو أبطأ قليلاً من برنامج Bowtie ولكنه يسمح بوجود عمليات إدخال/حذف في المحاذاة.	نعم	تقليم قواعد رديئة الجودة	نعم	نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية	^{[ 38 ]}	2009
BWA-PSSM	مُحاذي قراءات قصيرة احتمالي يعتمد على استخدام مصفوفات تسجيل خاصة بالموقع (PSSM). يتميز هذا المُحاذي بقابليته للتكيف، حيث يمكنه مراعاة درجات جودة القراءات ونماذج التحيزات الخاصة بالبيانات، مثل تلك الملاحظة في الحمض النووي القديم، أو بيانات PAR-CLIP، أو الجينومات ذات التركيبات النيوكليوتيدية المتحيزة. ^{[ 39 ]}	نعم	نعم	نعم	نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية	^{[ 39 ]}	2014
كاش إكس	يُمكنك من خلال برنامج CASHX تحليل وإدارة كميات كبيرة من بيانات تسلسل القراءة القصيرة، حيث يحتوي على مجموعة من الأدوات التي يُمكن استخدامها معًا أو بشكل منفصل كوحدات نمطية. تتميز هذه الخوارزمية بدقة عالية في تحديد التطابقات المثالية مع الجينوم المرجعي.				لا	برنامج مجاني مملوك للاستخدام الأكاديمي وغير التجاري
كلاودبرست	رسم الخرائط للقراءات القصيرة باستخدام Hadoop MapReduce				نعم، Hadoop MapReduce	حر، فني
مُحاذي الكودون كود	تجميع سريع، وتسلسل توافقي دقيق مع دعم درجات الجودة. مقارنة القطع المتجاورة، ودعم Phred وPhrap وBowtie. بناء قطع متجاورة منفصلة لمئات النسخ المختلفة أو قطعة متجاورة واحدة تضم آلاف التسلسلات.	نعم	نعم	نعم	نعم	ملكية خاصة ، تجارية
CUDA-EC	تصحيح أخطاء محاذاة القراءات القصيرة باستخدام وحدات معالجة الرسومات (GPUs).				نعم، يدعم وحدة معالجة الرسومات
كوشو	برنامج محاذاة قراءات قصيرة متوافق مع CUDA للجينومات الكبيرة يعتمد على تحويل Burrows-Wheeler	نعم	نعم	لا	نعم (تم تفعيل وحدة معالجة الرسومات)	مجاني، رخصة جنو العمومية	^{[ 40 ]}	2012
CUSHAW2	محاذاة القراءات القصيرة والطويلة مع وجود فجوات، بالاعتماد على بذور التطابق التام الأقصى. يدعم هذا المُحاذي كلاً من محاذاة قراءات فضاء القاعدة (مثل تلك المُستقاة من أجهزة التسلسل Illumina و454 وIon Torrent وPacBio) ومحاذاة قراءات فضاء اللون ABI SOLiD.	نعم	لا	نعم	نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية		2014
CUSHAW2-GPU	مُحاذي القراءات القصيرة CUSHAW2 المُسرّع بواسطة وحدة معالجة الرسومات.	نعم	لا	نعم	نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية
كوشو3	محاذاة دقيقة وحساسة للقراءات القصيرة في فضاء القاعدة وفضاء اللون مع التلقيح الهجين	نعم	لا	نعم	نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية	^{[ 41 ]}	2012
دكتور فاست	برنامج محاذاة الخرائط الذي يستخدم تقنية تجاهل ذاكرة التخزين المؤقت لتقليل عمليات نقل البيانات بين الذاكرة الرئيسية وذاكرة التخزين المؤقت، على غرار برنامجي mrFAST و mrsFAST، ولكنه مصمم خصيصًا لمنصة تسلسل SOLiD (قراءات فضاء اللون). كما أنه يعرض جميع مواقع الخرائط الممكنة لتحسين اكتشاف التباينات الهيكلية.	نعم	نعم، من أجل التباين الهيكلي	نعم	لا	مجاني، بي إس دي
إيلاند	تم تنفيذه بواسطة شركة Illumina. يتضمن محاذاة بدون فجوات مع طول قراءة محدود.
الأرن نسر بحري	أداة محاذاة رقمية عشوائية موسعة لمحاذاة دقيقة لقراءات التسلسل الجيني من الجيل التالي. يمكنها محاذاة القراءات المعالجة بالبيسلفيت.	نعم	تقليم قواعد رديئة الجودة	نعم	تعدد الخيوط وتمكين MPI	مجاني، رخصة جنو العمومية 3
غازست	يجد محاذاة عالمية لتسلسلات الحمض النووي القصيرة مقابل بنوك الحمض النووي الكبيرة				تعدد الخيوط	رخصة CeCILL الإصدار 2.	^{[ 42 ]}	2011
جوهرة	محرك محاذاة عالي الجودة (رسم خرائط شامل مع الاستبدالات والإضافات والحذوفات). أكثر دقة وأسرع بعدة مرات من BWA أو Bowtie 1/2. يتوفر العديد من التطبيقات البيولوجية المستقلة (أداة رسم الخرائط، أداة رسم الخرائط المنقسمة، قابلية رسم الخرائط، وغيرها).	نعم	نعم	نعم	نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية 3	^{[ 43 ]}	2012
خريطة جيناليس	جهاز محاذاة قراءة NGS فائق السرعة والشمولية بدقة عالية ومساحة تخزين صغيرة.	نعم	تقليم قواعد رديئة الجودة	نعم	نعم	ملكية خاصة ، تجارية
المُجمِّع العبقري	مُجمِّع تداخل سريع ودقيق مع القدرة على التعامل مع أي مزيج من تقنية التسلسل، وطول القراءة، وأي اتجاهات اقتران، مع أي حجم فاصل للاقتران، مع أو بدون جينوم مرجعي.				نعم	ملكية خاصة ، تجارية
GensearchNGS	إطار عمل متكامل بواجهة مستخدم رسومية سهلة الاستخدام لتحليل بيانات التسلسل الجيني عالي الإنتاجية (NGS). يدمج هذا الإطار خوارزمية محاذاة عالية الجودة خاصة به، بالإضافة إلى إمكانية إضافة ملحقات لدمج العديد من أدوات المحاذاة العامة، مما يسمح باستيراد القراءات القصيرة، ومحاذاتها، واكتشاف المتغيرات، وإنشاء التقارير. وهو مصمم خصيصًا لمشاريع إعادة التسلسل، لا سيما في مجال التشخيص.	نعم	لا	نعم	نعم	ملكية خاصة ، تجارية
GMAP و GSNAP	محاذاة قوية وسريعة للقراءات القصيرة. GMAP: قراءات أطول، مع العديد من عمليات الإدخال والحذف والوصلات (انظر المدخل أعلاه ضمن تحليل الجينوم)؛ GSNAP: قراءات أقصر، مع عملية إدخال أو حذف واحدة أو ما يصل إلى وصلتين لكل قراءة. مفيدة للتعبير الجيني الرقمي، وتحديد النمط الجيني للنيوكليوتيدات المفردة (SNP) وعمليات الإدخال والحذف. طُوِّرت بواسطة توماس وو في شركة جينينتيك. يستخدمها المركز الوطني لموارد الجينوم (NCGR) في برنامج ألفيوس.	نعم	نعم	نعم	نعم	برنامج مجاني مملوك للاستخدام الأكاديمي وغير التجاري
GNUMAP	يقوم هذا البرنامج بدقة بمحاذاة بيانات التسلسل المُستخرجة من أجهزة التسلسل من الجيل التالي (وتحديدًا أجهزة Solexa-Illumina) مع جينوم من أي حجم. ويشمل ذلك تقليم المحولات، وتحديد تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة، وتحليل تسلسل البيسلفيت.		نعم، يدعم أيضًا ملفات Illumina _int.txt و _prb.txt مع جميع درجات الجودة الأربعة لكل قاعدة		تعدد الخيوط وتمكين MPI		^{[ 44 ]}	2009
خلية نحل سداسية	يستخدم جدول تجزئة ومصفوفة بلوم لإنشاء وتصفية المواقع المحتملة على الجينوم. ولزيادة الكفاءة، يعتمد على التشابه المتبادل بين القراءات القصيرة ويتجنب إعادة محاذاة التسلسلات المتكررة غير الفريدة. وهو أسرع من Bowtie وBWA، ويسمح بإجراء عمليات المحاذاة الحساسة للحذف والإدخال والتباين في الفيروسات والبكتيريا، بالإضافة إلى عمليات المحاذاة الأكثر تحفظًا في حقيقيات النوى.	نعم	نعم	نعم	نعم	برنامج احتكاري مجاني للمستخدمين الأكاديميين وغير التجاريين المسجلين في مثيل نشر HIVE	^{[ 45 ]}	2014
IMOS	تحسين Meta-aligner و Minimap2 على Spark. مُحاذي موزّع للقراءة الطويلة على منصة Apache Spark مع قابلية توسع خطية مقارنةً بالتنفيذ على عقدة واحدة.		نعم	نعم	نعم	حر
إسحاق	يستغل النظام كامل طاقة الحوسبة المتاحة على عقدة خادم واحدة؛ وبالتالي، فهو قابل للتوسع بشكل جيد عبر نطاق واسع من بنى الأجهزة، ويتحسن أداء المحاذاة مع قدرات الأجهزة.	نعم	نعم	نعم	نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية
آخر	يستخدم بذورًا تكيفية ويتعامل بكفاءة أكبر مع التسلسلات الغنية بالتكرارات (مثل الجينومات). على سبيل المثال: يمكنه محاذاة القراءات مع الجينومات دون إخفاء التكرارات، ودون أن يتأثر سلبًا بالنتائج المتكررة.	نعم	نعم	نعم	نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية	^{[ 46 ]}	2011
MAQ	محاذاة بدون فجوات تأخذ في الاعتبار درجات الجودة لكل قاعدة.					مجاني، رخصة جنو العمومية
السيد فاست، السيدة فاست	برنامج محاذاة متقطع (mrFAST) وغير متقطع (mrsFAST) يُطبّق تقنية تجاهل ذاكرة التخزين المؤقت لتقليل عمليات نقل البيانات بين الذاكرة الرئيسية وذاكرة التخزين المؤقت. صُمّم هذا البرنامج خصيصًا لمنصة تسلسل Illumina، ويُمكنه إرجاع جميع مواقع الخريطة المُحتملة لتحسين اكتشاف التباينات الهيكلية.	نعم	نعم، من أجل التباين الهيكلي	نعم	لا	مجاني، بي إس دي
أم	MOM أو رسم الخرائط القصوى للأوليغونوكليوتيدات هي أداة مطابقة الاستعلام التي تلتقط مطابقة الطول الأقصى ضمن القراءة القصيرة.				نعم
فسيفساء	مُحاذي سريع للفجوات ومُجمِّع مُوجَّه بالمرجع. يُحاذي القراءات باستخدام خوارزمية سميث-واترمان المُطوَّرة ، والمُعتمدة على نتائج خوارزمية تجزئة k-mer. يدعم قراءات تتراوح أطوالها من القصيرة جدًا إلى الطويلة جدًا.				نعم
MPscan	برنامج محاذاة سريع يعتمد على استراتيجية الترشيح (بدون فهرسة، استخدام q-grams ومطابقة DAWG غير الحتمية العكسية )						^{[ 47 ]}	2009
نوفولاين ونوفولاين سي إس	محاذاة متقطعة لقراءات Illumina GA I & II أحادية الطرف ومزدوجة الطرف، وABI Colour space، وION Torrent. حساسية ونوعية عاليتان، باستخدام جودة القواعد في جميع مراحل المحاذاة. تشمل تقليم المحولات، ومعايرة جودة القواعد، ومحاذاة Bi-Seq، وخيارات لعرض محاذاة متعددة لكل قراءة. استخدام رموز IUPAC الغامضة في المرجع للعلامات الجينية الشائعة (SNPs) يُحسّن استرجاع العلامات الجينية ويزيل التحيز الأليلي.	نعم	نعم	نعم	تتوفر إصدارات متعددة الخيوط و MPI مع ترخيص مدفوع	نسخة مجانية مملوكة للاستخدام الأكاديمي وغير التجاري ، تعمل بخيط معالجة واحد
الجيل القادم	تم تطويره لاستخدامه من قبل علماء الأحياء الذين يقومون بتحليل بيانات التسلسل من الجيل التالي من منصات Roche Genome Sequencer FLX و Illumina GA/HiSeq و Life Technologies Applied BioSystems' SOLiD System و PacBio و Ion Torrent.	نعم	نعم	نعم	نعم	ملكية خاصة ، تجارية
خريطة الجيل القادم	برنامج مرن وسريع لرسم خرائط القراءات (أسرع بمرتين من BWA)، يحقق حساسية رسم خرائط مماثلة لبرنامج Stampy. يستخدم داخليًا بنية فهرسة فعالة من حيث الذاكرة (جدول تجزئة) لتخزين مواقع جميع التسلسلات المكونة من 13 نيوكليوتيدًا الموجودة في الجينوم المرجعي. يتم تحديد مناطق رسم الخرائط التي تتطلب محاذاة ثنائية ديناميكيًا لكل قراءة. يستخدم تعليمات SIMD السريعة (SSE) لتسريع حسابات المحاذاة على وحدة المعالجة المركزية. إذا كان ذلك متاحًا، يتم حساب المحاذاة على وحدة معالجة الرسومات (باستخدام OpenCL/CUDA) مما يقلل وقت التشغيل بنسبة 20-50%.	نعم	لا	نعم	نعم، خيوط POSIX ، وOpenCL/ CUDA ، وSSE	حر	^{[ 48 ]}	2013
مجموعة أدوات أوميكسون المتغيرة	تتضمن هذه الأداة أدوات بالغة الحساسية والدقة للكشف عن الطفرات النقطية المفردة (SNPs) وعمليات الإدخال والحذف (indels). كما توفر حلاً لرسم خرائط قراءات التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS) القصيرة ذات التباعد المتوسط (حتى 30% تباين في التسلسل) عن الجينومات المرجعية. ولا تفرض أي قيود على حجم المرجع، مما يجعل هذه الأداة، إلى جانب حساسيتها العالية، مناسبة تمامًا لمشاريع التسلسل المستهدف والتشخيص.	نعم	نعم	نعم	نعم	ملكية خاصة ، تجارية
تطبيق PALMapper	يحسب بكفاءة عالية عمليات المحاذاة، سواءً كانت مُلصقة أو غير مُلصقة، بدقة فائقة. بالاعتماد على استراتيجية تعلم آلي مُدمجة مع عملية رسم خرائط سريعة تعتمد على خوارزمية شبيهة بخوارزمية سميث-واترمان المُجزأة، يُحاذي البرنامج حوالي 7 ملايين قراءة في الساعة على وحدة معالجة مركزية واحدة. وهو يُحسّن منهج QPALMA المُقترح أصلاً.				نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية
بارتيك فلو	يُستخدم هذا البرنامج من قِبل علماء الأحياء وعلماء المعلوماتية الحيوية. وهو يدعم محاذاة التسلسلات غير المتقطعة، والمتقطعة، ومحاذاة وصلات الربط من قراءات أحادية ومزدوجة النهاية من بيانات Illumina وLife Technologies Solid™ وRoche 454 وIon Torrent الأولية (مع أو بدون معلومات الجودة). كما يدمج البرنامج نظامًا قويًا للتحكم في الجودة على مستوى FASTQ/Qual وعلى البيانات المُحاذية. تشمل الوظائف الإضافية تقليم وتصفية القراءات الأولية، والكشف عن تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNP) وعمليات الإدخال/الحذف (InDel)، وقياس كمية mRNA وmicroRNA، والكشف عن الجينات المندمجة.	نعم	نعم	نعم	إمكانية التثبيت على معالجات متعددة النوى، وخادم-عميل	نسخة تجريبية مجانية مملوكة ومدارة تجارياً
يمر	يقوم بفهرسة الجينوم، ثم يوسع نطاق البذور باستخدام محاذاة الكلمات المحسوبة مسبقًا. يعمل مع مساحة القاعدة، ومساحة اللون (SOLID)، ويمكنه محاذاة قراءات تسلسل الحمض النووي الريبوزي الجينومي والمُعالَج.	نعم	نعم	نعم	نعم	برنامج مجاني مملوك للاستخدام الأكاديمي وغير التجاري
موج الشعر بإستمرار	يقوم البرنامج بفهرسة الجينوم باستخدام بذور دورية للعثور بسرعة على المحاذاة بدقة كاملة تصل إلى أربعة اختلافات. كما يمكنه رسم خرائط قراءات Illumina و SOLiD. وعلى عكس معظم برامج رسم الخرائط، تزداد السرعة مع زيادة طول القراءة.				نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية	^{[ 49 ]}
بريمكس	يقوم هذا البرنامج بفهرسة الجينوم باستخدام جدول بحث k-mer بحساسية كاملة تصل إلى عدد قابل للتعديل من حالات عدم التطابق. وهو الأنسب لرسم خرائط تسلسلات تتراوح أطوالها بين 15 و60 زوجًا قاعديًا على الجينوم.	لا	لا	نعم	لا، عمليات متعددة لكل عملية بحث			2003
كيو بالم	يمكن استخدام درجات الجودة، وأطوال الإنترونات، وتوقعات مواقع الربط الحاسوبية لإجراء محاذاة غير متحيزة. يمكن تدريبها وفقًا لخصائص تجربة تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) والجينوم. مفيدة لاكتشاف مواقع الربط/الإنترونات وبناء نماذج الجينات. (راجع PALMapper للحصول على نسخة أسرع).				نعم، عميل-خادم	مجاني، رخصة جنو العمومية 2
RazerS	لا يوجد حد أقصى لطول القراءة. يدعم تعيين مسافة هامينغ أو مسافة التحرير مع معدلات خطأ قابلة للتكوين. حساسية قابلة للتكوين والتنبؤ (موازنة بين وقت التشغيل والحساسية). يدعم تعيين قراءة الأطراف المزدوجة.					مجاني، رخصة LGPL
حقيقي، حقيقي	يُعدّ برنامج REAL أداةً فعّالة ودقيقة وحساسة لمحاذاة القراءات القصيرة المُستقاة من تقنيات التسلسل الجيني من الجيل التالي. يستطيع البرنامج معالجة كميات هائلة من القراءات أحادية الطرف المُولّدة بواسطة جهاز تحليل الجينوم Illumina/Solexa من الجيل التالي. أما cREAL فهو امتداد بسيط لبرنامج REAL يُستخدم لمحاذاة القراءات القصيرة المُستقاة من تقنيات التسلسل الجيني من الجيل التالي مع جينوم ذي بنية دائرية.		نعم		نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية
RMAP	يمكن للبرنامج تحديد مواقع القراءات مع أو بدون معلومات احتمالية الخطأ (درجات الجودة)، ويدعم قراءات الأطراف المزدوجة أو تحديد مواقع القراءات المعالجة بالبيسلفيت. لا توجد قيود على طول القراءة أو عدد حالات عدم التطابق.	نعم	نعم	نعم		مجاني، رخصة جنو العمومية 3
الحمض النووي الريبوزي	مُحاذي رقمي عشوائي لمحاذاة دقيقة لقراءات التسلسل الجيني من الجيل التالي	نعم	تقليم قواعد رديئة الجودة	نعم	تعدد الخيوط وتمكين MPI	مجاني، رخصة جنو العمومية 3
محقق RTG	سريع للغاية، يتحمل أعدادًا كبيرة من عمليات الإدخال والحذف والاستبدال. يتضمن محاذاة كاملة للقراءات. يحتوي المنتج على مسارات شاملة للكشف عن المتغيرات وتحليل الميتاجينوم مع أي مزيج من بيانات Illumina وComplete Genomics وRoche 454.	نعم	نعم، بالنسبة لاستدعاء المتغيرات	نعم	نعم	برنامج مجاني مملوك للاستخدام الفردي من قبل الباحثين
سيجيميل	يمكنه التعامل مع عمليات الإضافة والحذف وعدم التطابق؛ ويستخدم مصفوفات اللواحق المحسّنة.	نعم	لا	نعم	نعم	برنامج مجاني مملوك للاستخدام غير التجاري	^{[ 50 ]}	2009
SeqMap	يدعم ما يصل إلى 5 عمليات استبدال وإضافات وحذف مختلطة؛ وخيارات ضبط متنوعة وتنسيقات إدخال وإخراج متعددة.					برنامج مجاني مملوك للاستخدام الأكاديمي وغير التجاري
شريك	تصحيح أخطاء القراءة القصيرة باستخدام بنية بيانات شجرة اللاحقة				نعم، جافا
روبيان	يقوم بفهرسة الجينوم المرجعي اعتبارًا من الإصدار 2. يستخدم الأقنعة لإنشاء مفاتيح محتملة. يمكنه تعيين قراءات مساحة ألوان ABI SOLiD.	نعم	نعم	نعم	نعم، OpenMP	مجاني، [[رخص BSD	مشتق مجاني، مرخص بموجب رخصة BSD	^{[ 51 ]}^{[ 52 ]}	2009-2011
شريط التمرير	Slider هو تطبيق لمخرجات محلل تسلسل Illumina يستخدم ملفات "الاحتمالية" بدلاً من ملفات التسلسل كمدخل للمحاذاة مع تسلسل مرجعي أو مجموعة من التسلسلات المرجعية.	نعم	نعم	لا	لا		^{[ 53 ]}^{[ 54 ]}	2009-2010
SOAP، SOAP2، SOAP3، SOAP3-dp	SOAP: خوارزمية قوية ذات عدد قليل (1-3) من الفجوات وعدم التطابق. تتميز بسرعة محسّنة مقارنةً بـ BLAT، وتستخدم جدول تجزئة مكونًا من 12 حرفًا. SOAP2: تستخدم BWT ثنائي الاتجاه لبناء فهرس المرجع، وهي أسرع بكثير من الإصدار الأول. SOAP3: إصدار مُسرّع بواسطة وحدة معالجة الرسومات (GPU) قادر على إيجاد جميع عمليات المحاذاة ذات 4 حالات عدم تطابق في غضون عشرات الثواني لكل مليون قراءة. SOAP3-dp، مُسرّع أيضًا بواسطة وحدة معالجة الرسومات، يدعم عددًا غير محدود من حالات عدم التطابق والفجوات وفقًا لدرجات عقوبة الفجوة الأفينية.	نعم	لا	نعم، SOAP3-dp	نعم، يدعم POSIX Threads ؛ بينما يحتاج كل من SOAP3 وSOAP3-dp إلى وحدة معالجة رسومية تدعم CUDA.	مجاني، رخصة جنو العمومية	^{[ 55 ]}^{[ 56 ]}
SOCS	لتقنيات ABI SOLiD. زيادة ملحوظة في وقت تحديد مواقع القراءات التي تحتوي على عدم تطابق (أو أخطاء في الألوان). يستخدم نسخة تكرارية من خوارزمية بحث السلاسل النصية لرابين-كارب.				نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية
SparkBWA	يدمج هذا البرنامج أداة Burrows–Wheeler Aligner (BWA) ضمن إطار عمل Apache Spark الذي يعمل على منصة Hadoop . يدعم الإصدار 0.2 الصادر في أكتوبر 2016 خوارزميات BWA-MEM وBWA-backtrack وBWA-ALN. وتعمل جميعها مع القراءات المفردة والقراءات المزدوجة.	نعم	تقليم قواعد رديئة الجودة	نعم	نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية 3	^{[ 57 ]}	2016
SSAHA، SSAHA2	سريع لعدد قليل من المتغيرات					برنامج مجاني مملوك للاستخدام الأكاديمي وغير التجاري
ستامبي	بالنسبة لقراءات Illumina، تتميز هذه الطريقة بدقة عالية وحساسية فائقة للقراءات التي تحتوي على عمليات إدخال/حذف، أو متغيرات هيكلية، أو العديد من تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs). كانت بطيئة، ولكن تم تحسين سرعتها بشكل كبير باستخدام BWA في عملية المحاذاة الأولى.	نعم	نعم	نعم	لا	برنامج مجاني مملوك للاستخدام الأكاديمي وغير التجاري	^{[ 58 ]}	2010
عاصفة	لقراءات Illumina أو ABI SOLiD، مع مخرجات SAM أصلية. يتميز بحساسية عالية للقراءات التي تحتوي على العديد من الأخطاء، بما في ذلك عمليات الإدخال والحذف (دعم كامل من 0 إلى 15، ودعم موسع في الحالات الأخرى). يستخدم بذورًا متباعدة (ضربة واحدة) وفلتر محاذاة سريع جدًا يعتمد على SSE - SSE2 - AVX2 - AVX-512 . للقراءات ذات الطول الثابت فقط، ويوصي المؤلفون باستخدام SHRiMP2 في الحالات الأخرى.	لا	نعم	نعم	نعم، OpenMP	حر	^{[ 59 ]}	2010
Subread, Subjunction	أدوات محاذاة قراءات فائقة السرعة والدقة. يمكن استخدام Subread لمحاذاة قراءات كل من gDNA-seq وRNA-seq. يكشف Subjunc عن وصلات الإكسونات ويرسم خرائط قراءات RNA-seq. يستخدم نموذجًا جديدًا للمحاذاة يُسمى seed-and-vote .	نعم	نعم	نعم	نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية 3
تايبان	يقرأ مجمع De-novo لـ Illumina					برنامج مجاني مملوك للاستخدام الأكاديمي وغير التجاري
يوجين	واجهة مرئية لكل من Bowtie وBWA، وأداة محاذاة مدمجة	نعم	نعم	نعم	نعم	مجاني، رخصة جنو العمومية
VelociMapper	أداة TimeLogic لرسم خرائط محاذاة التسلسل المرجعي، مُسرّعة بواسطة FPGA . أسرع من الخوارزميات القائمة على تحويل Burrows-Wheeler مثل BWA وBowtie. تدعم ما يصل إلى 7 حالات عدم تطابق و/أو عمليات إدخال/حذف دون أي تأثير سلبي على الأداء. تُنتج محاذاة Smith-Waterman حساسة مع فجوات.	نعم	نعم	نعم	نعم	ملكية خاصة ، تجارية
إكسبريس ألاين	مُحاذي قراءات قصيرة ذو نافذة منزلقة قائم على معالج FPGA، يستغل خاصية التوازي الفائقة لمحاذاة القراءات القصيرة. يتضاعف الأداء خطيًا مع عدد الترانزستورات على الشريحة (أي أن الأداء مضمون ليتضاعف مع كل تكرار لقانون مور دون تعديل الخوارزمية). يُعد استهلاك الطاقة المنخفض ميزةً مفيدةً لمعدات مراكز البيانات. وقت تشغيل قابل للتنبؤ. يُقدم أداءً أفضل من حيث التكلفة مقارنةً بمُحاذيات النوافذ المنزلقة البرمجية على الأجهزة الحالية، ولكنه ليس أفضل من مُحاذيات BWT البرمجية الحالية. يُمكنه التعامل مع أعداد كبيرة (>2) من حالات عدم التطابق. سيجد جميع مواقع التطابق لجميع البذور. نسخة تجريبية أحادية FPGA، تحتاج إلى تطوير لتصبح نسخة إنتاجية متعددة FPGA.					برنامج مجاني مملوك للاستخدام الأكاديمي وغير التجاري
تكبير	حساسية بنسبة 100% لقراءات تتراوح بين 15 و240 زوجًا قاعديًا مع عدم تطابق عملي. سرعة فائقة. يدعم عمليات الإدخال والحذف. يعمل مع أجهزة Illumina وSOLiD، وليس مع أجهزة 454.				نعم (واجهة المستخدم الرسومية)، لا (واجهة سطر الأوامر)	ملكية خاصة ، تجارية	^{[ 60 ]}

انظر أيضاً

قائمة برامج المعلوماتية الحيوية مفتوحة المصدر

مراجع

↑ ألتشول إس إف، غيش دبليو، ميلر دبليو، مايرز إي دبليو، ليبمان دي جيه؛ غيش؛ ميلر؛ مايرز؛ ليبمان (أكتوبر 1990). "أداة بحث أساسية للمحاذاة المحلية". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 215 (3): 403-410 . doi : 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 . PMID 2231712. S2CID 14441902 . {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )
↑ مستودع كود HPC-BLAST https://github.com/UTennessee-JICS/HPC-BLAST
↑ أنجرمولر، سي.؛ بيجرت، أ.؛ سودينغ، ج. (ديسمبر 2012). "النمذجة التمييزية لاحتمالات استبدال الأحماض الأمينية الخاصة بالسياق" . المعلوماتية الحيوية . 28 (24): 3240-3247 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts622 . hdl : 11858/00-001M-0000-0015-8D22-F . PMID 23080114 .
↑ بوخفينك، شي ، وهوسون (2015). "محاذاة سريعة وحساسة للبروتينات باستخدام DIAMOND". Nature Methods . 12 (1): 59–60 . doi : 10.1038/nmeth.3176 . PMID 25402007. S2CID 5346781 .
↑ ب. بوخفينك، ك. رويتر، و هـ. ج. دروست (2021). "محاذاة البروتينات الحساسة على نطاق شجرة الحياة باستخدام DIAMOND" . Nature Methods . 18 (4): 366–368 . doi : 10.1038/s41592-021-01101-x . PMC 8026399. PMID 33828273 .
↑ دوربين، ريتشارد؛ إيدي، شون ر.؛ كروغ، أندرس ؛ ميتشيسون، غرايم، محرران. (1998). تحليل التسلسل البيولوجي: نماذج احتمالية للبروتينات والأحماض النووية . كامبريدج، المملكة المتحدة: مطبعة جامعة كامبريدج. ISBN 978-0-521-62971-3.
↑ سودينغ ج (أبريل 2005). "الكشف عن تماثل البروتينات من خلال مقارنة نماذج ماركوف المخفية" . المعلوماتية الحيوية . 21 (7): 951-960 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti125 . hdl : 11858/00-001M-0000-0017-EC7A-F . PMID 15531603 .
↑ ريمرت، مايكل؛ بيجرت، أندرياس؛ هاوزر، أندرياس؛ سودينغ، يوهانس (25-12-2011). "HHblits: بحث سريع للغاية عن تسلسل البروتين التكراري باستخدام محاذاة HMM-HMM". Nature Methods . 9 ( 2): 173–175 . doi : 10.1038/nmeth.1818 . hdl : 11858/00-001M-0000-0015-8D56-A . ISSN 1548-7105 . PMID 22198341. S2CID 205420247 .
↑ هاوسويدل، هـ.، سينغر ، ج.، رينرت، ك. (2014-09-01). "لامدا: أداة المحاذاة المحلية للبيانات البيولوجية الضخمة" . المعلوماتية الحيوية . 30 (17): 349-355 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu439 . PMC 4147892. PMID 25161219 .
↑ شتاينغر، مارتن؛ سودينغ، يوهانس (16 أكتوبر 2017). "يُمكّن MMseqs2 من البحث الحساس عن تسلسل البروتين لتحليل مجموعات البيانات الضخمة" . مجلة Nature Biotechnology . 35 (11): 1026-1028 . doi : 10.1038/nbt.3988 . hdl : 11858/00-001M-0000-002E-1967-3 . PMID: 29035372. S2CID : 402352 .
↑ روتشي، إنزو؛ غارسيا، كارلوس؛ بوتيلا، غييرمو؛ جوستي، أرماندو إي. دي؛ نايوف، مارسيلو؛ برييتو-ماتياس، مانويل (30-06-2016). "أوزوالد: خوارزمية سميث-واترمان OpenCL على معالج FPGA من شركة ألترا لقواعد بيانات البروتينات الكبيرة" . المجلة الدولية لتطبيقات الحوسبة عالية الأداء . 32 (3): 337-350 . doi : 10.1177/1094342016654215 . hdl : 11336/48798 . ISSN 1094-3420 . S2CID 212680914 .
↑ ألتشول إس إف، مادن تي إل، شافر إيه إيه، وآخرون (سبتمبر 1997). "برنامجا Gapped BLAST وPSI-BLAST: جيل جديد من برامج البحث في قواعد بيانات البروتينات" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 25 (17): 3389-402 . doi : 10.1093 / nar/25.17.3389 . PMC 146917. PMID 9254694 .
↑ لي و، ماكويليام هـ، غوجون م، وآخرون (يونيو 2012). "PSI-Search: بحث SSEARCH التكراري المُختزل باستخدام HOE" . المعلوماتية الحيوية . 28 (12): 1650-1651 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts240 . PMC 3371869. PMID 22539666 .
↑ أوهمن، سي.؛ نيبلوخا، ج. (أغسطس 2006). "ScalaBLAST: تطبيق قابل للتوسع لـ BLAST لتحليل المعلوماتية الحيوية عالي الأداء وكثيف البيانات" . معاملات IEEE للأنظمة المتوازية والموزعة . 17 (8): 740-749 . doi : 10.1109/TPDS.2006.112 . S2CID 11122366 .
↑ هيوجي، ر.؛ كاربلوس، ك.؛ كروغ، أ. (2003). سام: نظام برمجيات لمحاذاة التسلسل ونمذجته. تقرير فني UCSC-CRL-99-11 (تقرير). جامعة كاليفورنيا، سانتا كروز، كاليفورنيا.
↑ روتشي، إنزو؛ غارسيا، كارلوس؛ بوتيلا، غييرمو؛ دي جوستي، أرماندو؛ نايوف، مارسيلو؛ برييتو-ماتياس، مانويل (25-12-2015). "تحليل أداء مراعٍ لاستهلاك الطاقة لتطبيق SWIMM: Smith–Waterman على معمارية Intel متعددة النوى وذات النوى الكثيرة" . التزامن والحوسبة: الممارسة والتجربة . 27 (18): 5517-5537 . doi : 10.1002/cpe.3598 . hdl : 11336/53930 . ISSN 1532-0634 . S2CID 42945406 .
^ روتشي، إنزو؛ غارسيا، كارلوس؛ بوتيلا، غييرمو؛ دي جوستي، أرماندو؛ نيوف، مارسيلو؛ بريتو ماتياس ، مانويل (25/12/2015). "SWIMM 2.0: Smith-Waterman المحسّن على معماريات Intel Multicore وManycore المستندة إلى امتدادات المتجهات AVX-512" . المجلة الدولية للبرمجة الموازية . 47 (2): 296-317 . دوى : 10.1007 / s10766-018-0585-7 . ردمك 1573-7640 . S2CID 49670113 .
↑ شوارتز إس، كينت دبليو جيه، سميت إيه، تشانغ زد، بيرتش آر، هارديسون آر سي، هاوسلر دي، ميلر دبليو؛ كينت؛ سميت؛ تشانغ؛ بيرتش؛ هارديسون؛ هاوسلر؛ ميلر (2003). " محاذاة الإنسان والفأر باستخدام BLASTZ" . أبحاث الجينوم . 13 (1): 103-107 . doi : 10.1101/gr.809403 . PMC 430961. PMID 12529312 . {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )
↑ هاريس آر إس (2007). تحسين محاذاة الأزواج للحمض النووي الجينومي (أطروحة).
↑ سانديس، إيدانس ف. دي أو؛ دي ميلو، ألبا كريستينا م. أ. (مايو 2013). "استرجاع محاذاة سميث-واترمان مع تحسينات لتسلسلات بيولوجية بحجم ميغابايت باستخدام وحدة معالجة الرسومات". معاملات IEEE للأنظمة المتوازية والموزعة . 24 (5): 1009-1021 . doi : 10.1109/TPDS.2012.194 .
↑ سانديس، إيدانس ف. دي أو.؛ ميراندا، ج.؛ دي ميلو، أكما؛ مارتوريل، إكس.؛ أيغواد، إي. (مايو 2014). CUDAlign 3.0: مقارنة متوازية للتسلسلات البيولوجية في مجموعات كبيرة من وحدات معالجة الرسومات . الحوسبة العنقودية والسحابية والشبكية (CCGrid)، المؤتمر الدولي الرابع عشر لـ IEEE/ACM لعام 2014. ص 160. doi : 10.1109/CCGrid.2014.18 . hdl : 2117/24766 .
↑ سانديس، إيدانس ف. دي أو.؛ ميراندا، ج.؛ دي ميلو، أكما؛ مارتوريل، إكس.؛ أيغواد، إي. (أغسطس 2014). مقارنة متسلسلة الميغابايت المتوازية عالية الدقة باستخدام وحدات معالجة رسومية متعددة غير متجانسة . وقائع ندوة ACM SIGPLAN التاسعة عشرة حول مبادئ وممارسات البرمجة المتوازية. الصفحات 383-384 . doi : 10.1145/2555243.2555280 . hdl : 2117/23094 .
↑ تشيفيان، د؛ بيكر، د (2006). "نمذجة التماثل باستخدام توليد مجموعة محاذاة بارامترية مع اختيار نموذج توافقي وقائمة على الطاقة" . أبحاث الأحماض النووية . 34 (17): e112. doi : 10.1093/nar/gkl480 . PMC 1635247. PMID 16971460 .
↑ جيرديا، م؛ نو، ل؛ كوتشيروف، ج (يناير 2010). "الترجمة العكسية لاكتشاف أوجه التشابه البروتينية البعيدة في وجود طفرات إزاحة الإطار" . خوارزميات البيولوجيا الجزيئية . 5 (6): 6. doi : 10.1186/1748-7188-5-6 . PMC 2821327. PMID 20047662 .
↑ ما، ب.؛ ترومب، ج.؛ لي، م. (2002). "PatternHunter: بحث أسرع وأكثر حساسية عن التماثل" . المعلوماتية الحيوية . 18 (3): 440-445 . doi : 10.1093/bioinformatics/18.3.440 . PMID 11934743 .
↑ لي، م.؛ ما، ب.؛ كيسمان، د.؛ ترومب، ج. (2004). "باترن هنتر 2: بحث سريع وحساس للغاية عن التماثل". مجلة المعلوماتية الحيوية وعلم الأحياء الحاسوبي . 2 (3): 417-439 . CiteSeerX 10.1.1.1.2393 . doi : 10.1142/S0219720004000661 . PMID 15359419 .
↑ غوسفيلد، دان (1997). خوارزميات على السلاسل والأشجار والمتتاليات . مطبعة جامعة كامبريدج. ISBN 978-0-521-58519-4.
↑ روتشي، إنزو؛ غارسيا، كارلوس؛ بوتيلا، غييرمو؛ نايوف، مارسيلو؛ دي جوستي، أرماندو؛ برييتو-ماتياس، مانويل (2018). " SWIFOLD: تطبيق سميث-واترمان على FPGA باستخدام OpenCL لتسلسلات الحمض النووي الطويلة" . BMC Systems Biology . 12 (ملحق 5): 96. doi : 10.1186/s12918-018-0614-6 . PMC 6245597. PMID 30458766 .
↑ روتشي، إنزو؛ غارسيا، كارلوس؛ بوتيلا، غييرمو؛ نايوف، مارسيلو؛ دي جوستي، أرماندو؛ برييتو-ماتياس، مانويل. تسريع محاذاة سميث-واترمان لتسلسلات الحمض النووي الطويلة باستخدام OpenCL على FPGA . المؤتمر الدولي الخامس حول المعلوماتية الحيوية والهندسة الطبية الحيوية. الصفحات 500-511 . doi : 10.1007/978-3-319-56154-7_45 .
↑ راسموسن ك، ستوي ج، مايرز إي دبليو؛ ستوي؛ مايرز (2006). "مرشحات q-Gram فعالة لإيجاد جميع تطابقات إبسيلون على طول معين". مجلة علم الأحياء الحاسوبي . 13 (2): 296-308 . CiteSeerX 10.1.1.465.2084 . doi : 10.1089/cmb.2006.13.296 . PMID 16597241 . {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )
↑ نو إل، كوتشيروف جي؛ كوتشيروف (2005). "YASS: تعزيز حساسية البحث عن تشابه الحمض النووي" . أبحاث الأحماض النووية . 33 (ملحق 2 ): W540– W543. doi : 10.1093/nar/gki478 . PMC 1160238. PMID 15980530 .
^ براتاس، ديوغو؛ سيلفا، خورخي (2020). "التسلسلات الدنيا المستمرة لـ SARS-CoV-2" . المعلوماتية الحيوية . 36 (21): 5129-5132 . دوى : 10.1093/المعلوماتية الحيوية/btaa686 . بمك 7559010 . بميد 32730589 .
↑ ويلتون، ريتشارد؛ بودافاري، تاماس؛ لانغميد، بن؛ ويلان، سارة جيه؛ سالزبيرغ، ستيفن إل؛ زالاي، ألكسندر إس. (2015). "Arioc: محاذاة قراءة عالية الإنتاجية مع استكشاف مُسرَّع بواسطة وحدة معالجة الرسومات لمساحة بحث البذرة والتوسيع" . PeerJ . 3 e808. doi : 10.7717/peerj.808 . PMC 4358639. PMID 25780763 .
↑ هومر، نيلز؛ ميريمان، باري؛ نيلسون، ستانلي ف. (2009). "BFAST: أداة محاذاة لإعادة تسلسل الجينوم على نطاق واسع" . PLOS ONE . 4 (11) e7767. Bibcode : 2009PLoSO...4.7767H . doi : 10.1371/journal.pone.0007767 . PMC 2770639. PMID 19907642 .
↑ أبوين، ج.م.؛ بيشيل، ج.س.؛ بينا، ت.ف.؛ أميغو، ج. (2015). "BigBWA: تقريب مُحاذي بوروز-ويلر لتقنيات البيانات الضخمة" . المعلوماتية الحيوية . 31 (24): 4003-5 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv506 . PMID 26323715 .
↑ كينت، دبليو جيه (2002). "BLAT - أداة محاذاة شبيهة بـ BLAST" . أبحاث الجينوم . 12 (4): 656-664 . doi : 10.1101/gr.229202 . ISSN 1088-9051 . PMC 187518. PMID 11932250 .
↑ لانغميد، بن؛ ترابنيل، كول؛ بوب، ميهاي؛ سالزبيرغ، ستيفن ل. (2009). "محاذاة فائقة السرعة وفعالة من حيث الذاكرة لتسلسلات الحمض النووي القصيرة مع الجينوم البشري" . علم الأحياء الجينومي . 10 (3): R25. doi : 10.1186/gb-2009-10-3-r25 . ISSN 1465-6906 . PMC 2690996. PMID 19261174 .
↑ لي، هـ.؛ دوربين، ر. (2009). "محاذاة سريعة ودقيقة للقراءات القصيرة باستخدام تحويل بوروز-ويلر" . المعلوماتية الحيوية . 25 (14): 1754-1760 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp324 . ISSN 1367-4803 . PMC 2705234. PMID 19451168 .
كيربيدجيف ، بيتر؛ فريلسن، جيس؛ ليندغرين، ستينوس؛ كروغ، أندرس (2014). "رسم خرائط احتمالية قابلة للتكيف للقراءات القصيرة باستخدام مصفوفات تسجيل خاصة بالموقع" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 15 ( 1 ): 100. doi : 10.1186/1471-2105-15-100 . ISSN 1471-2105 . PMC 4021105. PMID 24717095 .
↑ ليو، ي.؛ شميدت، ب.؛ ماسكيل، د.ل. (2012). "CUSHAW: برنامج محاذاة قراءات قصيرة متوافق مع CUDA للجينومات الكبيرة، يعتمد على تحويل بوروز-ويلر" . المعلوماتية الحيوية . 28 (14): 1830-1837 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts276 . ISSN 1367-4803 . PMID 22576173 .
↑ ليو، ي.؛ شميدت، ب. (2012). "محاذاة القراءات الطويلة بناءً على بذور التطابق التام الأقصى" . المعلوماتية الحيوية . 28 (18): i318– i324. doi : 10.1093/bioinformatics/ bts414 . ISSN 1367-4803 . PMC 3436841. PMID 22962447 .
↑ رزق، غيوم؛ لافينيه، دومينيك (2010). " GASSST: أداة بحث عالمية عن التسلسلات القصيرة" . المعلوماتية الحيوية . 26 (20): 2534-2540 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq485 . PMC 2951093. PMID 20739310 .
↑ ماركو-سولا، سانتياغو؛ ساميث، مايكل؛ غيغو، رودريك؛ ريبيكا، باولو (2012). "مُحَوِّل GEM: محاذاة سريعة ودقيقة ومتعددة الاستخدامات عن طريق الترشيح". Nature Methods . 9 (12): 1185–1188 . doi : 10.1038/nmeth.2221 . ISSN 1548-7091 . PMID 23103880. S2CID 2004416 .
↑ كليمنت، ن. ل.؛ سنيل، كيو.؛ كليمنت، م. ج.؛ هولنهورست، ب. س.؛ بوروار، ج.؛ غريفز، ب. ج.؛ كيرنز، ب. ر.؛ جونسون، و. إي. (2009). "خوارزمية GNUMAP: رسم خرائط احتمالية غير متحيزة للأوليغونوكليوتيدات من تسلسل الجيل التالي" . المعلوماتية الحيوية . 26 (1): 38-45 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp614 . ISSN 1367-4803 . PMC 6276904. PMID 19861355 .
↑ سانتانا-كوينتيرو، لويس؛ دينجرديسن، هايلي؛ تييري-ميغ، جان؛ مازومدر، راجا؛ سيمونيان، فاهان (2014). "HIVE-Hexagon: محاذاة تسلسل متوازية عالية الأداء لتحليل بيانات التسلسل من الجيل التالي" . PLOS ONE . 9 (6): 1754–1760 . Bibcode : 2014PLoSO...999033S . doi : 10.1371/ journal.pone.0099033 . PMC 4053384. PMID 24918764 .
↑ كيلباسا، إس إم؛ وان، آر؛ ساتو، ك؛ هورتون، ب؛ فريث، إم سي (2011). " البذور التكيفية تُسهّل مقارنة التسلسل الجينومي" . أبحاث الجينوم . 21 (3): 487-493 . doi : 10.1101/gr.113985.110 . PMC 3044862. PMID 21209072 .
↑ رايفالز، إريك؛ سالميلا، لينا؛ كيسكينين، بيتري؛ كالسي، بيتري؛ تارهيو، جورما (2009). "Mpscan: تحديد سريع لمواقع قراءات متعددة في الجينومات". خوارزميات في المعلوماتية الحيوية . سلسلة محاضرات في علوم الحاسوب. المجلد 5724. الصفحات 246-260 . Bibcode : 2009LNCS.5724..246R . CiteSeerX 10.1.1.156.928 . doi : 10.1007/978-3-642-04241-6_21 . ISBN 978-3-642-04240-9. S2CID 17187140 .
↑ سيدلازيك، فريتز جيه؛ ريشنيدر، فيليب؛ فون هاسيلر، أرندت (2013). "NextGenMap: رسم خرائط قراءة سريع ودقيق في الجينومات شديدة التعدد الشكلي" . المعلوماتية الحيوية . 29 (21): 2790-2791 . doi : 10.1093/bioinformatics/btt468 . PMID 23975764 .
↑ تشين، يانغهو؛ سوايايا، تادي؛ تشين، تينغ (2009). "PerM: رسم خرائط فعال لقراءات التسلسل القصيرة باستخدام بذور متباعدة حساسة كاملة دورية" . المعلوماتية الحيوية . 25 (19): 2514-2521 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp486 . PMC 2752623. PMID 19675096 .
↑ سيرلز، ديفيد ب.؛ هوفمان، ستيف؛ أوتو، كريستيان؛ كورتز، ستيفان؛ شارما، سينثيا م.؛ خايتوفيتش، فيليب؛ فوغل، يورغ؛ ستادلر، بيتر ف.؛ هاكرمولر، يورغ (2009). "الرسم السريع لتسلسلات قصيرة ذات عدم تطابق، وإدخالات، وحذوفات باستخدام هياكل الفهرسة" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 5 (9) e1000502. رمز Bibcode : 2009PLSCB...5E0502H . doi : 10.1371/journal.pcbi.1000502 . ISSN 1553-7358 . PMC 2730575. PMID 19750212 .
↑ رامبل، ستيفن م.؛ لاكروت، فيل؛ دالكا، أدريان ف.؛ فيوم، مارك؛ سيدو، أريند؛ برودنو، مايكل (2009). "SHRiMP: رسم خرائط دقيق لقراءات فضاء اللون القصيرة" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 5 (5) e1000386. رمز Bibcode : 2009PLSCB...5E0386R . doi : 10.1371/journal.pcbi.1000386 . PMC 2678294. PMID 19461883 .
↑ ديفيد، ماتي؛ دزامبا، ميسكو؛ ليستر، دان؛ إيلي، لوسيان؛ برودنو، مايكل (2011). "SHRiMP2: رسم خرائط القراءات القصيرة الحساسة والعملية" . المعلوماتية الحيوية . 27 (7): 1011-1012 . doi : 10.1093/bioinformatics/btr046 . PMID 21278192 .
↑ مالهيس، نوار؛ باترفيلد، يارون إس إن؛ إستر، مارتن؛ جونز، ستيفن جيه إم (2009). "سلايدر - الاستخدام الأمثل لمعلومات الاحتمالية لمحاذاة قراءات التسلسل القصيرة والكشف عن تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة" . المعلوماتية الحيوية . 25 (1): 6-13 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn565 . PMC 2638935. PMID 18974170 .
↑ مالهيس، نوار؛ جونز، ستيفن جيه إم (2010). "استدعاء SNP عالي الجودة باستخدام بيانات Illumina بتغطية سطحية". المعلوماتية الحيوية . 26 (8): 1029-1035 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq092 . PMID 20190250 .
↑ لي، ر.؛ لي، ي.؛ كريستيانسن، ك.؛ وانغ، ج. (2008). "SOAP: برنامج محاذاة النيوكليوتيدات القصيرة" . المعلوماتية الحيوية . 24 (5): 713-714 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn025 . ISSN 1367-4803 . PMID 18227114 .
↑ لي، ر.؛ يو، س.؛ لي، ي.؛ لام، ت.-و.؛ ييو، س.-م.؛ كريستيانسن، ك.؛ وانغ، ج. (2009). "SOAP2: أداة فائقة السرعة محسّنة لمحاذاة القراءات القصيرة". المعلوماتية الحيوية . 25 (15): 1966-1967 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp336 . ISSN 1367-4803 . PMID 19497933 .
^ أبوين، خوسيه م. بيشيل، خوان C.؛ بينا، توماس ف. أميغو ، خورخي (2016/05/16). "SparkBWA: تسريع محاذاة بيانات تسلسل الحمض النووي عالية الإنتاجية" . بلوس واحد . 11 (5) هـ0155461. بيب كود : 2016PLoSO..1155461A . دوى : 10.1371/journal.pone.0155461 . ردمك 1932-6203 . بمك 4868289 . بميد 27182962 .
↑ لونتر، ج.؛ جودسون، م. (2010). "ستامبي: خوارزمية إحصائية لرسم خرائط قراءات تسلسل إيلومينا بسرعة وحساسية" . أبحاث الجينوم . 21 (6): 936-939 . doi : 10.1101/gr.111120.110 . ISSN 1088-9051 . PMC 3106326. PMID 20980556 .
↑ نو، ل.؛ جيرديا، م.؛ كوتشيروف، ج. (2010). " تصميم بذور متباعدة فعالة لرسم خرائط قراءة SOLiD" . التقدم في المعلوماتية الحيوية . 2010 708501. doi : 10.1155/2010/708501 . PMC 2945724. PMID 20936175 .
↑ لين، هـ.؛ تشانغ، ز.؛ تشانغ، م.ك.؛ ما، ب.؛ لي، م. (2008). "زوم! رسم خرائط لمليارات من الأوليغومرات" . المعلوماتية الحيوية . 24 (21): 2431-2437 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn416 . PMC 2732274. PMID 18684737 .

[1] ألتشول إس إف، غيش دبليو، ميلر دبليو، مايرز إي دبليو، ليبمان دي جيه؛ غيش؛ ميلر؛ مايرز؛ ليبمان (أكتوبر 1990). "أداة بحث أساسية للمحاذاة المحلية". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 215 (3): 403-410 . doi : 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 . PMID 2231712. S2CID 14441902 . {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )

[2] مستودع كود HPC-BLAST https://github.com/UTennessee-JICS/HPC-BLAST

[3] أنجرمولر، سي.؛ بيجرت، أ.؛ سودينغ، ج. (ديسمبر 2012). "النمذجة التمييزية لاحتمالات استبدال الأحماض الأمينية الخاصة بالسياق" . المعلوماتية الحيوية . 28 (24): 3240-3247 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts622 . hdl : 11858/00-001M-0000-0015-8D22-F . PMID 23080114 .

[4] بوخفينك، شي ، وهوسون (2015). "محاذاة سريعة وحساسة للبروتينات باستخدام DIAMOND". Nature Methods . 12 (1): 59–60 . doi : 10.1038/nmeth.3176 . PMID 25402007. S2CID 5346781 .

[5] ب. بوخفينك، ك. رويتر، و هـ. ج. دروست (2021). "محاذاة البروتينات الحساسة على نطاق شجرة الحياة باستخدام DIAMOND" . Nature Methods . 18 (4): 366–368 . doi : 10.1038/s41592-021-01101-x . PMC 8026399. PMID 33828273 .

[6] دوربين، ريتشارد؛ إيدي، شون ر.؛ كروغ، أندرس ؛ ميتشيسون، غرايم، محرران. (1998). تحليل التسلسل البيولوجي: نماذج احتمالية للبروتينات والأحماض النووية . كامبريدج، المملكة المتحدة: مطبعة جامعة كامبريدج. ISBN 978-0-521-62971-3.

[7] سودينغ ج (أبريل 2005). "الكشف عن تماثل البروتينات من خلال مقارنة نماذج ماركوف المخفية" . المعلوماتية الحيوية . 21 (7): 951-960 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti125 . hdl : 11858/00-001M-0000-0017-EC7A-F . PMID 15531603 .

[8] ريمرت، مايكل؛ بيجرت، أندرياس؛ هاوزر، أندرياس؛ سودينغ، يوهانس (25-12-2011). "HHblits: بحث سريع للغاية عن تسلسل البروتين التكراري باستخدام محاذاة HMM-HMM". Nature Methods . 9 ( 2): 173–175 . doi : 10.1038/nmeth.1818 . hdl : 11858/00-001M-0000-0015-8D56-A . ISSN 1548-7105 . PMID 22198341. S2CID 205420247 .

[9] هاوسويدل، هـ.، سينغر ، ج.، رينرت، ك. (2014-09-01). "لامدا: أداة المحاذاة المحلية للبيانات البيولوجية الضخمة" . المعلوماتية الحيوية . 30 (17): 349-355 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu439 . PMC 4147892. PMID 25161219 .

[10] شتاينغر، مارتن؛ سودينغ، يوهانس (16 أكتوبر 2017). "يُمكّن MMseqs2 من البحث الحساس عن تسلسل البروتين لتحليل مجموعات البيانات الضخمة" . مجلة Nature Biotechnology . 35 (11): 1026-1028 . doi : 10.1038/nbt.3988 . hdl : 11858/00-001M-0000-002E-1967-3 . PMID: 29035372. S2CID : 402352 .

[11] روتشي، إنزو؛ غارسيا، كارلوس؛ بوتيلا، غييرمو؛ جوستي، أرماندو إي. دي؛ نايوف، مارسيلو؛ برييتو-ماتياس، مانويل (30-06-2016). "أوزوالد: خوارزمية سميث-واترمان OpenCL على معالج FPGA من شركة ألترا لقواعد بيانات البروتينات الكبيرة" . المجلة الدولية لتطبيقات الحوسبة عالية الأداء . 32 (3): 337-350 . doi : 10.1177/1094342016654215 . hdl : 11336/48798 . ISSN 1094-3420 . S2CID 212680914 .

[12] ألتشول إس إف، مادن تي إل، شافر إيه إيه، وآخرون (سبتمبر 1997). "برنامجا Gapped BLAST وPSI-BLAST: جيل جديد من برامج البحث في قواعد بيانات البروتينات" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 25 (17): 3389-402 . doi : 10.1093 / nar/25.17.3389 . PMC 146917. PMID 9254694 .

[13] لي و، ماكويليام هـ، غوجون م، وآخرون (يونيو 2012). "PSI-Search: بحث SSEARCH التكراري المُختزل باستخدام HOE" . المعلوماتية الحيوية . 28 (12): 1650-1651 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts240 . PMC 3371869. PMID 22539666 .

[14] أوهمن، سي.؛ نيبلوخا، ج. (أغسطس 2006). "ScalaBLAST: تطبيق قابل للتوسع لـ BLAST لتحليل المعلوماتية الحيوية عالي الأداء وكثيف البيانات" . معاملات IEEE للأنظمة المتوازية والموزعة . 17 (8): 740-749 . doi : 10.1109/TPDS.2006.112 . S2CID 11122366 .

[15] هيوجي، ر.؛ كاربلوس، ك.؛ كروغ، أ. (2003). سام: نظام برمجيات لمحاذاة التسلسل ونمذجته. تقرير فني UCSC-CRL-99-11 (تقرير). جامعة كاليفورنيا، سانتا كروز، كاليفورنيا.

[16] روتشي، إنزو؛ غارسيا، كارلوس؛ بوتيلا، غييرمو؛ دي جوستي، أرماندو؛ نايوف، مارسيلو؛ برييتو-ماتياس، مانويل (25-12-2015). "تحليل أداء مراعٍ لاستهلاك الطاقة لتطبيق SWIMM: Smith–Waterman على معمارية Intel متعددة النوى وذات النوى الكثيرة" . التزامن والحوسبة: الممارسة والتجربة . 27 (18): 5517-5537 . doi : 10.1002/cpe.3598 . hdl : 11336/53930 . ISSN 1532-0634 . S2CID 42945406 .

[17] روتشي، إنزو؛ غارسيا، كارلوس؛ بوتيلا، غييرمو؛ دي جوستي، أرماندو؛ نيوف، مارسيلو؛ بريتو ماتياس ، مانويل (25/12/2015). "SWIMM 2.0: Smith-Waterman المحسّن على معماريات Intel Multicore وManycore المستندة إلى امتدادات المتجهات AVX-512" . المجلة الدولية للبرمجة الموازية . 47 (2): 296-317 . دوى : 10.1007 / s10766-018-0585-7 . ردمك 1573-7640 . S2CID 49670113 .

[18] شوارتز إس، كينت دبليو جيه، سميت إيه، تشانغ زد، بيرتش آر، هارديسون آر سي، هاوسلر دي، ميلر دبليو؛ كينت؛ سميت؛ تشانغ؛ بيرتش؛ هارديسون؛ هاوسلر؛ ميلر (2003). " محاذاة الإنسان والفأر باستخدام BLASTZ" . أبحاث الجينوم . 13 (1): 103-107 . doi : 10.1101/gr.809403 . PMC 430961. PMID 12529312 . {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )

[19] هاريس آر إس (2007). تحسين محاذاة الأزواج للحمض النووي الجينومي (أطروحة).

[20] سانديس، إيدانس ف. دي أو؛ دي ميلو، ألبا كريستينا م. أ. (مايو 2013). "استرجاع محاذاة سميث-واترمان مع تحسينات لتسلسلات بيولوجية بحجم ميغابايت باستخدام وحدة معالجة الرسومات". معاملات IEEE للأنظمة المتوازية والموزعة . 24 (5): 1009-1021 . doi : 10.1109/TPDS.2012.194 .

[21] سانديس، إيدانس ف. دي أو.؛ ميراندا، ج.؛ دي ميلو، أكما؛ مارتوريل، إكس.؛ أيغواد، إي. (مايو 2014). CUDAlign 3.0: مقارنة متوازية للتسلسلات البيولوجية في مجموعات كبيرة من وحدات معالجة الرسومات . الحوسبة العنقودية والسحابية والشبكية (CCGrid)، المؤتمر الدولي الرابع عشر لـ IEEE/ACM لعام 2014. ص 160. doi : 10.1109/CCGrid.2014.18 . hdl : 2117/24766 .

[22] سانديس، إيدانس ف. دي أو.؛ ميراندا، ج.؛ دي ميلو، أكما؛ مارتوريل، إكس.؛ أيغواد، إي. (أغسطس 2014). مقارنة متسلسلة الميغابايت المتوازية عالية الدقة باستخدام وحدات معالجة رسومية متعددة غير متجانسة . وقائع ندوة ACM SIGPLAN التاسعة عشرة حول مبادئ وممارسات البرمجة المتوازية. الصفحات 383-384 . doi : 10.1145/2555243.2555280 . hdl : 2117/23094 .

[23] تشيفيان، د؛ بيكر، د (2006). "نمذجة التماثل باستخدام توليد مجموعة محاذاة بارامترية مع اختيار نموذج توافقي وقائمة على الطاقة" . أبحاث الأحماض النووية . 34 (17): e112. doi : 10.1093/nar/gkl480 . PMC 1635247. PMID 16971460 .

[24] جيرديا، م؛ نو، ل؛ كوتشيروف، ج (يناير 2010). "الترجمة العكسية لاكتشاف أوجه التشابه البروتينية البعيدة في وجود طفرات إزاحة الإطار" . خوارزميات البيولوجيا الجزيئية . 5 (6): 6. doi : 10.1186/1748-7188-5-6 . PMC 2821327. PMID 20047662 .

[25] ما، ب.؛ ترومب، ج.؛ لي، م. (2002). "PatternHunter: بحث أسرع وأكثر حساسية عن التماثل" . المعلوماتية الحيوية . 18 (3): 440-445 . doi : 10.1093/bioinformatics/18.3.440 . PMID 11934743 .

[26] لي، م.؛ ما، ب.؛ كيسمان، د.؛ ترومب، ج. (2004). "باترن هنتر 2: بحث سريع وحساس للغاية عن التماثل". مجلة المعلوماتية الحيوية وعلم الأحياء الحاسوبي . 2 (3): 417-439 . CiteSeerX 10.1.1.1.2393 . doi : 10.1142/S0219720004000661 . PMID 15359419 .

[27] غوسفيلد، دان (1997). خوارزميات على السلاسل والأشجار والمتتاليات . مطبعة جامعة كامبريدج. ISBN 978-0-521-58519-4.

[28] روتشي، إنزو؛ غارسيا، كارلوس؛ بوتيلا، غييرمو؛ نايوف، مارسيلو؛ دي جوستي، أرماندو؛ برييتو-ماتياس، مانويل (2018). " SWIFOLD: تطبيق سميث-واترمان على FPGA باستخدام OpenCL لتسلسلات الحمض النووي الطويلة" . BMC Systems Biology . 12 (ملحق 5): 96. doi : 10.1186/s12918-018-0614-6 . PMC 6245597. PMID 30458766 .

[29] روتشي، إنزو؛ غارسيا، كارلوس؛ بوتيلا، غييرمو؛ نايوف، مارسيلو؛ دي جوستي، أرماندو؛ برييتو-ماتياس، مانويل. تسريع محاذاة سميث-واترمان لتسلسلات الحمض النووي الطويلة باستخدام OpenCL على FPGA . المؤتمر الدولي الخامس حول المعلوماتية الحيوية والهندسة الطبية الحيوية. الصفحات 500-511 . doi : 10.1007/978-3-319-56154-7_45 .

[30] راسموسن ك، ستوي ج، مايرز إي دبليو؛ ستوي؛ مايرز (2006). "مرشحات q-Gram فعالة لإيجاد جميع تطابقات إبسيلون على طول معين". مجلة علم الأحياء الحاسوبي . 13 (2): 296-308 . CiteSeerX 10.1.1.465.2084 . doi : 10.1089/cmb.2006.13.296 . PMID 16597241 . {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )

[31] نو إل، كوتشيروف جي؛ كوتشيروف (2005). "YASS: تعزيز حساسية البحث عن تشابه الحمض النووي" . أبحاث الأحماض النووية . 33 (ملحق 2 ): W540– W543. doi : 10.1093/nar/gki478 . PMC 1160238. PMID 15980530 .

[Pratas2020-32] براتاس، ديوغو؛ سيلفا، خورخي (2020). "التسلسلات الدنيا المستمرة لـ SARS-CoV-2" . المعلوماتية الحيوية . 36 (21): 5129-5132 . دوى : 10.1093/المعلوماتية الحيوية/btaa686 . بمك 7559010 . بميد 32730589 .

[WiltonEtAl2015-33] ويلتون، ريتشارد؛ بودافاري، تاماس؛ لانغميد، بن؛ ويلان، سارة جيه؛ سالزبيرغ، ستيفن إل؛ زالاي، ألكسندر إس. (2015). "Arioc: محاذاة قراءة عالية الإنتاجية مع استكشاف مُسرَّع بواسطة وحدة معالجة الرسومات لمساحة بحث البذرة والتوسيع" . PeerJ . 3 e808. doi : 10.7717/peerj.808 . PMC 4358639. PMID 25780763 .

[HomerMerrimanNelson2009-34] هومر، نيلز؛ ميريمان، باري؛ نيلسون، ستانلي ف. (2009). "BFAST: أداة محاذاة لإعادة تسلسل الجينوم على نطاق واسع" . PLOS ONE . 4 (11) e7767. Bibcode : 2009PLoSO...4.7767H . doi : 10.1371/journal.pone.0007767 . PMC 2770639. PMID 19907642 .

[Abuin2015-35] أبوين، ج.م.؛ بيشيل، ج.س.؛ بينا، ت.ف.؛ أميغو، ج. (2015). "BigBWA: تقريب مُحاذي بوروز-ويلر لتقنيات البيانات الضخمة" . المعلوماتية الحيوية . 31 (24): 4003-5 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv506 . PMID 26323715 .

[Kent2002-36] كينت، دبليو جيه (2002). "BLAT - أداة محاذاة شبيهة بـ BLAST" . أبحاث الجينوم . 12 (4): 656-664 . doi : 10.1101/gr.229202 . ISSN 1088-9051 . PMC 187518. PMID 11932250 .

[LangmeadTrapnell2009-37] لانغميد، بن؛ ترابنيل، كول؛ بوب، ميهاي؛ سالزبيرغ، ستيفن ل. (2009). "محاذاة فائقة السرعة وفعالة من حيث الذاكرة لتسلسلات الحمض النووي القصيرة مع الجينوم البشري" . علم الأحياء الجينومي . 10 (3): R25. doi : 10.1186/gb-2009-10-3-r25 . ISSN 1465-6906 . PMC 2690996. PMID 19261174 .

[LiDurbin2009-38] لي، هـ.؛ دوربين، ر. (2009). "محاذاة سريعة ودقيقة للقراءات القصيرة باستخدام تحويل بوروز-ويلر" . المعلوماتية الحيوية . 25 (14): 1754-1760 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp324 . ISSN 1367-4803 . PMC 2705234. PMID 19451168 .

[KerpedjievFrellsen2014-39] كيربيدجيف ، بيتر؛ فريلسن، جيس؛ ليندغرين، ستينوس؛ كروغ، أندرس (2014). "رسم خرائط احتمالية قابلة للتكيف للقراءات القصيرة باستخدام مصفوفات تسجيل خاصة بالموقع" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 15 ( 1 ): 100. doi : 10.1186/1471-2105-15-100 . ISSN 1471-2105 . PMC 4021105. PMID 24717095 .

[LiuSchmidt2012a-40] ليو، ي.؛ شميدت، ب.؛ ماسكيل، د.ل. (2012). "CUSHAW: برنامج محاذاة قراءات قصيرة متوافق مع CUDA للجينومات الكبيرة، يعتمد على تحويل بوروز-ويلر" . المعلوماتية الحيوية . 28 (14): 1830-1837 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts276 . ISSN 1367-4803 . PMID 22576173 .

[LiuSchmidt2012b-41] ليو، ي.؛ شميدت، ب. (2012). "محاذاة القراءات الطويلة بناءً على بذور التطابق التام الأقصى" . المعلوماتية الحيوية . 28 (18): i318– i324. doi : 10.1093/bioinformatics/ bts414 . ISSN 1367-4803 . PMC 3436841. PMID 22962447 .

[RizkLavenier2012-42] رزق، غيوم؛ لافينيه، دومينيك (2010). " GASSST: أداة بحث عالمية عن التسلسلات القصيرة" . المعلوماتية الحيوية . 26 (20): 2534-2540 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq485 . PMC 2951093. PMID 20739310 .

[Marco-SolaSammeth2012-43] ماركو-سولا، سانتياغو؛ ساميث، مايكل؛ غيغو، رودريك؛ ريبيكا، باولو (2012). "مُحَوِّل GEM: محاذاة سريعة ودقيقة ومتعددة الاستخدامات عن طريق الترشيح". Nature Methods . 9 (12): 1185–1188 . doi : 10.1038/nmeth.2221 . ISSN 1548-7091 . PMID 23103880. S2CID 2004416 .

[ClementSnell2009-44] كليمنت، ن. ل.؛ سنيل، كيو.؛ كليمنت، م. ج.؛ هولنهورست، ب. س.؛ بوروار، ج.؛ غريفز، ب. ج.؛ كيرنز، ب. ر.؛ جونسون، و. إي. (2009). "خوارزمية GNUMAP: رسم خرائط احتمالية غير متحيزة للأوليغونوكليوتيدات من تسلسل الجيل التالي" . المعلوماتية الحيوية . 26 (1): 38-45 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp614 . ISSN 1367-4803 . PMC 6276904. PMID 19861355 .

[VSimonyan2014-45] سانتانا-كوينتيرو، لويس؛ دينجرديسن، هايلي؛ تييري-ميغ، جان؛ مازومدر، راجا؛ سيمونيان، فاهان (2014). "HIVE-Hexagon: محاذاة تسلسل متوازية عالية الأداء لتحليل بيانات التسلسل من الجيل التالي" . PLOS ONE . 9 (6): 1754–1760 . Bibcode : 2014PLoSO...999033S . doi : 10.1371/ journal.pone.0099033 . PMC 4053384. PMID 24918764 .

[46] كيلباسا، إس إم؛ وان، آر؛ ساتو، ك؛ هورتون، ب؛ فريث، إم سي (2011). " البذور التكيفية تُسهّل مقارنة التسلسل الجينومي" . أبحاث الجينوم . 21 (3): 487-493 . doi : 10.1101/gr.113985.110 . PMC 3044862. PMID 21209072 .

[RivalsEtAl2009-47] رايفالز، إريك؛ سالميلا، لينا؛ كيسكينين، بيتري؛ كالسي، بيتري؛ تارهيو، جورما (2009). "Mpscan: تحديد سريع لمواقع قراءات متعددة في الجينومات". خوارزميات في المعلوماتية الحيوية . سلسلة محاضرات في علوم الحاسوب. المجلد 5724. الصفحات 246-260 . Bibcode : 2009LNCS.5724..246R . CiteSeerX 10.1.1.156.928 . doi : 10.1007/978-3-642-04241-6_21 . ISBN 978-3-642-04240-9. S2CID 17187140 .

[SedlazeckReschenederVonHaeseler2013-48] سيدلازيك، فريتز جيه؛ ريشنيدر، فيليب؛ فون هاسيلر، أرندت (2013). "NextGenMap: رسم خرائط قراءة سريع ودقيق في الجينومات شديدة التعدد الشكلي" . المعلوماتية الحيوية . 29 (21): 2790-2791 . doi : 10.1093/bioinformatics/btt468 . PMID 23975764 .

[ChenSouaiaiaChen2009-49] تشين، يانغهو؛ سوايايا، تادي؛ تشين، تينغ (2009). "PerM: رسم خرائط فعال لقراءات التسلسل القصيرة باستخدام بذور متباعدة حساسة كاملة دورية" . المعلوماتية الحيوية . 25 (19): 2514-2521 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp486 . PMC 2752623. PMID 19675096 .

[SearlsHoffmann2009-50] سيرلز، ديفيد ب.؛ هوفمان، ستيف؛ أوتو، كريستيان؛ كورتز، ستيفان؛ شارما، سينثيا م.؛ خايتوفيتش، فيليب؛ فوغل، يورغ؛ ستادلر، بيتر ف.؛ هاكرمولر، يورغ (2009). "الرسم السريع لتسلسلات قصيرة ذات عدم تطابق، وإدخالات، وحذوفات باستخدام هياكل الفهرسة" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 5 (9) e1000502. رمز Bibcode : 2009PLSCB...5E0502H . doi : 10.1371/journal.pcbi.1000502 . ISSN 1553-7358 . PMC 2730575. PMID 19750212 .

[RumbleLacrouteDalcaFiumeSidowBrudno2009-51] رامبل، ستيفن م.؛ لاكروت، فيل؛ دالكا، أدريان ف.؛ فيوم، مارك؛ سيدو، أريند؛ برودنو، مايكل (2009). "SHRiMP: رسم خرائط دقيق لقراءات فضاء اللون القصيرة" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 5 (5) e1000386. رمز Bibcode : 2009PLSCB...5E0386R . doi : 10.1371/journal.pcbi.1000386 . PMC 2678294. PMID 19461883 .

[DavidDzambaListerIlieBrudno2011-52] ديفيد، ماتي؛ دزامبا، ميسكو؛ ليستر، دان؛ إيلي، لوسيان؛ برودنو، مايكل (2011). "SHRiMP2: رسم خرائط القراءات القصيرة الحساسة والعملية" . المعلوماتية الحيوية . 27 (7): 1011-1012 . doi : 10.1093/bioinformatics/btr046 . PMID 21278192 .

[MalhisButterfieldEsterJones2009-53] مالهيس، نوار؛ باترفيلد، يارون إس إن؛ إستر، مارتن؛ جونز، ستيفن جيه إم (2009). "سلايدر - الاستخدام الأمثل لمعلومات الاحتمالية لمحاذاة قراءات التسلسل القصيرة والكشف عن تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة" . المعلوماتية الحيوية . 25 (1): 6-13 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn565 . PMC 2638935. PMID 18974170 .

[MalhisJones2010-54] مالهيس، نوار؛ جونز، ستيفن جيه إم (2010). "استدعاء SNP عالي الجودة باستخدام بيانات Illumina بتغطية سطحية". المعلوماتية الحيوية . 26 (8): 1029-1035 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq092 . PMID 20190250 .

[LiLi2008-55] لي، ر.؛ لي، ي.؛ كريستيانسن، ك.؛ وانغ، ج. (2008). "SOAP: برنامج محاذاة النيوكليوتيدات القصيرة" . المعلوماتية الحيوية . 24 (5): 713-714 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn025 . ISSN 1367-4803 . PMID 18227114 .

[LiYu2009-56] لي، ر.؛ يو، س.؛ لي، ي.؛ لام، ت.-و.؛ ييو، س.-م.؛ كريستيانسن، ك.؛ وانغ، ج. (2009). "SOAP2: أداة فائقة السرعة محسّنة لمحاذاة القراءات القصيرة". المعلوماتية الحيوية . 25 (15): 1966-1967 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp336 . ISSN 1367-4803 . PMID 19497933 .

[57] أبوين، خوسيه م. بيشيل، خوان C.؛ بينا، توماس ف. أميغو ، خورخي (2016/05/16). "SparkBWA: تسريع محاذاة بيانات تسلسل الحمض النووي عالية الإنتاجية" . بلوس واحد . 11 (5) هـ0155461. بيب كود : 2016PLoSO..1155461A . دوى : 10.1371/journal.pone.0155461 . ردمك 1932-6203 . بمك 4868289 . بميد 27182962 .

[LunterGoodson2010-58] لونتر، ج.؛ جودسون، م. (2010). "ستامبي: خوارزمية إحصائية لرسم خرائط قراءات تسلسل إيلومينا بسرعة وحساسية" . أبحاث الجينوم . 21 (6): 936-939 . doi : 10.1101/gr.111120.110 . ISSN 1088-9051 . PMC 3106326. PMID 20980556 .

[NoeGirdeaKucherov2010-59] نو، ل.؛ جيرديا، م.؛ كوتشيروف، ج. (2010). " تصميم بذور متباعدة فعالة لرسم خرائط قراءة SOLiD" . التقدم في المعلوماتية الحيوية . 2010 708501. doi : 10.1155/2010/708501 . PMC 2945724. PMID 20936175 .

[LinZhangZhangMaLi2008-60] لين، هـ.؛ تشانغ، ز.؛ تشانغ، م.ك.؛ ما، ب.؛ لي، م. (2008). "زوم! رسم خرائط لمليارات من الأوليغومرات" . المعلوماتية الحيوية . 24 (21): 2431-2437 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn416 . PMC 2732274. PMID 18684737 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ 39 ]

[ 40 ]

[ 41 ]

[ 42 ]

[ 43 ]

[ 44 ]

[ 45 ]

[ 46 ]

[ 47 ]

[ 48 ]

[ 49 ]

[ 50 ]

[ 51 ]

[ 52 ]

[ 53 ]

[ 54 ]

[ 55 ]

[ 56 ]

[ 57 ]

[ 58 ]

[ 59 ]

[ 60 ]