ChemSpider

ChemSpider هي قاعدة بيانات إلكترونية متاحة مجاناً للمواد الكيميائية، مملوكة للجمعية الملكية للكيمياء . [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] تحتوي على معلومات عن أكثر من 100 مليون جزيء من أكثر من 270 مصدر بيانات، ويحصل كل منها على مُعرّف فريد يُسمى مُعرّف ChemSpider.
مصادر
تشمل مصادر قاعدة البيانات ما يلي: [ 8 ]
قواعد البيانات الاحترافية
- EPA DSSTox [ 9 ]
- إدارة الغذاء والدواء الأمريكية (FDA)
- قاعدة بيانات الأيض البشري
- مجلة الكيمياء الحلقية غير المتجانسة
- كيغ
- كومغم
- ليدسكوب
- LipidMAPS
- مارينليت
- MDPI
- ميكاد
- MLSMR
- MMDB
- مولي
- MTDP
- نانوجين
- مجلة نيتشر للكيمياء الحيوية
- NCGC
- المعهد الوطني للحساسية والأمراض المعدية
- المعاهد الوطنية للصحة (NIH)
- برنامج فحص المخدرات المعتمد من المعهد الوطني للاضطرابات العصبية والسكتة الدماغية
- المعهد الوطني للمعايير والتكنولوجيا
- كتاب NIST الإلكتروني للكيمياء
- المركز الوطني لأبحاث سرطان الثدي والمسالك البولية
- قاعدة بيانات NMRShiftDB
- باناش
- PCMD
- برنامج دعم الأشخاص ذوي الإعاقة
- الببتيدات
- بروس ساينس: أدوية المستقبل
- QSAR
- مواد كيميائية للبحث والتطوير
- مركز سان دييغو لعلم الجينوم الكيميائي
- مركبات SGCOx، مركبات SGCSto
- SMID
- المواصفات
- اتحاد علم الجينوم البنيوي
- شور كيم
- مختبر سينثون
- شركة تومسون فارما
- مجموعة كاملة من وحدات بناء مختبر TOSLab
- UM-BBD
- UPCMLD
- كيمياء مفيدة
- شبكة العلوم
- إكس فارم
- كيم إيد
التعهيد الجماعي
يمكن تحديث قاعدة بيانات ChemSpider بمساهمات المستخدمين، بما في ذلك إيداع البنى الكيميائية ، وإيداع الأطياف، ومراجعة المستخدمين. هذا نهجٌ يعتمد على التعهيد الجماعي لتطوير قاعدة بيانات كيميائية على الإنترنت. وقد أسفرت مراجعة البيانات القائمة على التعهيد الجماعي عن إنشاء قاموس للأسماء الكيميائية المرتبطة بالبنى الكيميائية، والذي استُخدم في تطبيقات استخراج النصوص من الأدبيات الطبية الحيوية والكيميائية. [ 10 ]
ومع ذلك، فإن حقوق قاعدة البيانات غير متنازل عنها ولا تتوفر نسخة احتياطية من البيانات ؛ في الواقع، تنص الأسئلة الشائعة على أنه لا يُسمح إلا بتنزيلات محدودة: [ 11 ] وبالتالي فإن الحق في إنشاء نسخة متفرعة غير مضمون ولا يمكن اعتبار المشروع مجانيًا / مفتوح المصدر .
سمات
البحث
تتوفر عدة وحدات بحث متاحة:
- تتيح خاصية البحث القياسية الاستعلام عن الأسماء النظامية والأسماء التجارية والمرادفات وأرقام التسجيل
- تتيح خاصية البحث المتقدم البحث التفاعلي حسب التركيب الكيميائي، والتركيب الكيميائي الفرعي، باستخدام الصيغة الجزيئية ونطاق الوزن الجزيئي ، وأرقام CAS ، والموردين، وما إلى ذلك. ويمكن استخدام البحث لتوسيع أو تضييق نطاق النتائج التي تم العثور عليها بالفعل.
- يمكن إجراء البحث عن البنية على الأجهزة المحمولة باستخدام تطبيقات مجانية لنظام التشغيل iOS (iPhone/iPod/iPad) [ 12 ] ولنظام التشغيل Android . [ 13 ]
ترميز المستندات الكيميائية
استُخدمت قاعدة بيانات ChemSpider مع تقنيات استخراج النصوص كأساس لترميز وثائق الكيمياء . يستخدم نظام ChemMantis [ 14 ] ، وهو نظام متكامل لترميز الكيمياء وتحويل التسميات، خوارزميات لتحديد واستخراج الأسماء الكيميائية من الوثائق وصفحات الويب، ثم يحوّل هذه الأسماء إلى هياكل كيميائية باستخدام خوارزميات تحويل الأسماء إلى هياكل، بالإضافة إلى البحث في قواميس قاعدة بيانات ChemSpider. والنتيجة هي نظام متكامل يربط بين وثائق الكيمياء والبحث عن المعلومات عبر ChemSpider في أكثر من 150 مصدر بيانات.
صفحات اصطناعية
SyntheticPages هي قاعدة بيانات تفاعلية مجانية لإجراءات الكيمياء التركيبية ، تُشرف عليها الجمعية الملكية للكيمياء . [ 15 ] يُرسل المستخدمون إجراءات تركيبية قاموا بتنفيذها بأنفسهم لنشرها على الموقع. قد تكون هذه الإجراءات أعمالًا أصلية، ولكنها غالبًا ما تستند إلى تفاعلات منشورة في الأدبيات العلمية. ويتم توثيق الإجراء الأصلي المنشور عند الاقتضاء. ويراجعها محرر علمي قبل النشر. لا تخضع الصفحات لمراجعة الأقران الرسمية كما هو الحال في مقالات المجلات العلمية، ولكن يُمكن للمستخدمين المسجلين إضافة تعليقات. كما يُشرف المحررون العلميون على هذه التعليقات. والهدف هو جمع الخبرات العملية حول كيفية إجراء عمليات تركيب كيميائي مفيدة في المختبر. بينما تُدرج الطرق التجريبية المنشورة في المجلات الأكاديمية العادية بشكل رسمي وموجز، تُقدم الإجراءات في ChemSpider SyntheticPages بتفاصيل عملية أكثر. ويُشجع على استخدام أسلوب غير رسمي. كما تُضاف تعليقات المُرسلين. ومن المنشورات الأخرى التي تُقدم تفاصيل مماثلة: Organic Syntheses و Inorganic Syntheses . أُنشئ موقع SyntheticPages في الأصل من قبل الأساتذة كيفن بوكر-ميلبورن ( جامعة بريستول )، وستيفن كاديك ( جامعة كوليدج لندن )، وبيتر سكوت ( جامعة وارويك )، وماكس هاموند. وفي فبراير 2010، أُعلن عن اندماجه [ 16 ] مع محرك البحث عن التركيب الكيميائي ChemSpider التابع للجمعية الملكية للكيمياء، وتشكيل ChemSpider|SyntheticPages (CS|SP).
خدمات أخرى
تتوفر العديد من الخدمات عبر الإنترنت. وتشمل هذه الخدمات تحويل الأسماء الكيميائية إلى هياكل كيميائية ، وإنشاء سلاسل SMILES و InChI ، بالإضافة إلى التنبؤ بالعديد من المعايير الفيزيائية والكيميائية، والتكامل مع خدمة ويب تسمح بالتنبؤ بالرنين المغناطيسي النووي .
تاريخ
استحوذت الجمعية الملكية للكيمياء (RSC) على ChemSpider في مايو 2009. [ 17 ] قبل الاستحواذ من قبل RSC، كانت ChemSpider تحت سيطرة شركة خاصة، ChemZoo Inc. تم إطلاق النظام لأول مرة في مارس 2007 في شكل إصدار تجريبي ، ثم تم الانتقال إلى الإصدار الرسمي في مارس 2008.
حقائق مفتوحة
كان موقع ChemSpider بمثابة مستودع للمركبات الكيميائية كجزء من مشروع Open PHACTS ، وهو مبادرة للأدوية المبتكرة . وقد طُوّر مشروع Open PHACTS وفقًا لمعايير مفتوحة، مع نهج الوصول المفتوح والويب الدلالي لمعالجة المعوقات في اكتشاف الأدوية ذات الجزيئات الصغيرة - مصادر المعلومات المتباينة، ونقص المعايير، ووفرة المعلومات. [ 18 ]
انظر أيضاً
مراجع
- ^ فان نوردن، ر. (2012). "شبكة بيانات الكيمياء تتوسع" . طبيعة . 483 (7391): 524. بيب كود : 2012Natur.483..524V . دوى : 10.1038/483524 أ. بميد 22460877 .
- ↑ "مدونة ChemSpider » أرشيف المدونة » ChemSpider تتبنى تراخيص المشاع الإبداعي" . www.chemspider.com . مؤرشف من الأصل بتاريخ 2015-04-02 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2014-03-21 .
- ↑ أنتوني جون ويليامز (يناير-فبراير 2008). "ChemSpider وشبكتها المتنامية: بناء مجتمع يركز على البنية للكيميائيين" . مجلة الكيمياء الدولية . 30 (1).
- ↑ ويليامز، أ. ج. (2008). "قواعد بيانات المركبات الكيميائية العامة". الرأي الحالي في اكتشاف وتطوير الأدوية . 11 (3): 393-404 . PMID 18428094 .
- ↑ برومفيل، ج. (2008). "الكيميائيون ينسجون شبكة من البيانات" . مجلة نيتشر . 453 (7192): 139. Bibcode : 2008Natur.453..139B . doi : 10.1038/453139a . PMID 18464701 .
- ↑ ويليامز، أ. ج. (2011). "Chemspider: منصة للتعاون الجماعي لتنظيم البيانات المستمدة من قواعد بيانات المركبات العامة". تقنيات الحوسبة التعاونية للبحوث الطبية الحيوية . ص 363-386 . doi : 10.1002/9781118026038.ch22 . ISBN 9781118026038.
- ↑ بنس، هـ. إي.؛ ويليامز، أ. (2010). "ChemSpider: مصدر معلومات كيميائية على الإنترنت". مجلة التعليم الكيميائي . 87 (11): 1123. Bibcode : 2010JChEd..87.1123P . doi : 10.1021/ed100697w .
- ↑ "مصادر البيانات" . Chemspider . مؤرشف من الأصل في 5 مايو 2007. تم الاطلاع عليه في 16 مايو 2019 .
- ↑ "مدونة ChemSpider » أرشيف المدونة » متصفح DSSTox التابع لوكالة حماية البيئة الأمريكية يتصل بـ ChemSpider" . ChemSpider. 23 أغسطس 2008. مؤرشف من الأصل في 7 نوفمبر 2017. تم الاطلاع عليه في 7 نوفمبر 2017 .
- ↑ هيتني، ك.م.؛ ويليامز، أ.ج.؛ فان موليجن، إ.م.؛ كلاينجانز، ج.؛ تكاتشينكو، ف.؛ كورس، ج.أ. (2010). " التنسيق الآلي مقابل التنسيق اليدوي لقاموس كيميائي متعدد المصادر: الأثر على استخراج النصوص" . مجلة المعلوماتية الكيميائية . 2 (1): 3. doi : 10.1186/1758-2946-2-3 . PMC 2848622. PMID 20331846 .
- ↑ "مدونة ChemSpider » أرشيف المدونة » من يرغب في الحصول على قاعدة بيانات ChemSpider كاملة؟" . www.chemspider.com . مؤرشف من الأصل بتاريخ 24-09-2015 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 18-04-2014 .
- ↑ "ChemSpider على متجر التطبيقات" . متجر التطبيقات . مؤرشف من الأصل في 13 نوفمبر 2011.
- ↑ "ChemSpider Mobile - تطبيقات أندرويد على جوجل بلاي" . play.google.com .
- ↑ مرحبًا بكم في ChemMantis في ChemZoo ودعوة للمساهمات من المجتمع، 23 أكتوبر 2008، بقلم أ. ويليامز، منشور مدونة مؤرشف في 24 سبتمبر 2015 على Wayback Machine
- ↑ "ChemSpider SyntheticPages" . الجمعية الملكية للكيمياء . تم الاطلاع عليه بتاريخ 26 يونيو 2012 .
- ↑ "يدعم ChemSpider وSyntheticPages الكيمياء التركيبية" . منشورات الجمعية الملكية للكيمياء. 5 فبراير 2010. مؤرشف من الأصل في 26 يوليو 2012. تم الاطلاع عليه في 26 يونيو 2012 .
- ↑ "استحواذ الجمعية الملكية للكيمياء على ChemSpider" . الجمعية الملكية للكيمياء. 11 مايو 2009. تم الاطلاع عليه بتاريخ 11-05-2009 .
- ↑ ويليامز، أ. ج .؛ هارلاند، ل.؛ غروث، ب.؛ بيتيفير، س .؛ تشيتشيستر، س.؛ ويليغهاغن، إ. ل.؛ إيفيلو، س. ت.؛ بلومبيرغ، ن.؛ إيكر، ج .؛ غوبل، س .؛ مونس، ب. (2012). "Open PHACTS: قابلية التشغيل البيني الدلالي لاكتشاف الأدوية" . Drug Discovery Today . 17 ( 21–22 ): 1188–1198 . doi : 10.1016/j.drudis.2012.05.016 . PMID 22683805 .
- قواعد البيانات الكيميائية
- المواقع الإلكترونية التي تستخدم ويكيبيديا
- مواقع الإنترنت التي تم إنشاؤها في عام 2007
- الجمعية الملكية للكيمياء
- قواعد البيانات البيولوجية
