قائمة برامج التنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي (RNA)

تُعد هذه القائمة لبرامج التنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي (RNA) عبارة عن تجميع لأدوات البرامج وبوابات الويب المستخدمة للتنبؤ ببنية الأحماض النووية .

التنبؤ بالبنية الثانوية لتسلسل واحد.

اسم	وصف	العقد ^{[ ملاحظة 1 ]}	روابط	مراجع
طيّة مركز الثقل	التنبؤ بالبنية الثانوية بناءً على مقدر المركز المعمم	لا	خادم ويب لشفرة المصدر	^{[ 1 ]}
مركز الثقل	التنبؤ بالبنية الثانوية باستخدام معلومات التسلسل المتماثل	لا	خادم ويب لشفرة المصدر	^{[ 2 ]}
طي السياق	برنامج للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي (RNA) يعتمد على نماذج تسجيل مدربة غنية بالميزات.	لا	خادم ويب لشفرة المصدر	^{[ 3 ]}
طية معاكسة	طريقة التنبؤ بالبنية الثانوية القائمة على النماذج اللوغاريتمية الخطية الشرطية (CLLMs)، وهي فئة مرنة من النماذج الاحتمالية التي تعمم على SCFGs باستخدام التدريب التمييزي والتسجيل الغني بالميزات .	لا	خادم ويب لشفرة المصدر	^{[ 4 ]}
جعدة	برنامج ينتج مجموعة كاملة من الهياكل الثانوية الممكنة لتسلسل معين، باستخدام قيود اختيارية.	لا	تمت أرشفة الكود المصدري بتاريخ 25 أبريل 2012 على موقع Wayback Machine.	^{[ 5 ]}
سايلوفولد	طريقة للتنبؤ بالبنية الثانوية تعتمد على وضع الحلزونات مما يسمح بتكوين عقد كاذبة معقدة.	نعم	خادم الويب	^{[ 6 ]}
E2Efold	طريقة تعتمد على التعلم العميق للتنبؤ بكفاءة بالبنية الثانوية عن طريق التفاضل من خلال حل التحسين المقيد، دون استخدام البرمجة الديناميكية.	نعم	شفرة المصدر	^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}
إيتيرنا فولد	نموذج قائم على التعلم متعدد المهام تم تدريبه على بيانات من مشروع إيتيرنا.	لا	خادم ويب لشفرة المصدر	^{[ 9 ]}
GTFold	برنامج متعدد النوى سريع وقابل للتوسع للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي (RNA).	لا	رابط شفرة المصدر	^{[ 10 ]}
إنتربين	خوارزمية وقاعدة بيانات للتنبؤ بمواقع إنهاء النسخ في البكتيريا. تستخدم برنامج Mfold للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي.	لا	خادم الويب	^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}
آي بي نوت	التنبؤ السريع والدقيق بالبنى الثانوية للحمض النووي الريبي (RNA) باستخدام العقد الكاذبة من خلال البرمجة العددية الصحيحة.	نعم	خادم ويب لشفرة المصدر	^{[ 13 ]}
كينفولد	حركية طي تسلسلات الحمض النووي الريبي بما في ذلك العقد الكاذبة من خلال تضمين تطبيق لوظيفة التقسيم للعقد.	نعم	لينكس ثنائي ، خادم ويب	^{[ 14 ]}^{[ 15 ]}
Mfold	خوارزمية التنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي (RNA) باستخدام الحد الأدنى من الطاقة الحرة (MFE ).	لا	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 16 ]}
pKiss	خوارزمية برمجة ديناميكية للتنبؤ بفئة محدودة (النوع H ودبابيس الشعر المتقاربة) من العقد الكاذبة للحمض النووي الريبي.	نعم	شفرة المصدر ، خادم الويب. مؤرشف بتاريخ 14 مايو 2014 في أرشيف الإنترنت (Wayback Machine).	^{[ 17 ]}
عقدة	خوارزمية برمجة ديناميكية للتنبؤ الأمثل بالعقدة الكاذبة للحمض النووي الريبي باستخدام نموذج طاقة الجوار الأقرب.	نعم	شفرة المصدر	^{[ 18 ]}
PknotsRG	خوارزمية برمجة ديناميكية للتنبؤ بفئة محدودة (النوع H) من العقد الكاذبة للحمض النووي الريبي.	نعم	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 19 ]}
RNA123	التنبؤ بالبنية الثانوية عبر خوارزميات الطي القائمة على الديناميكا الحرارية ومحاذاة التسلسل القائمة على البنية الجديدة الخاصة بالحمض النووي الريبي (RNA).	نعم	خادم الويب
سكوارنا	التنبؤ بالبنية الثانوية عبر تعظيم الجذع	نعم	خادم ويب لشفرة المصدر	^{[ 20 ]}
RNAfold	خوارزمية التنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي MFE. تتضمن تطبيقًا لدالة التقسيم لحساب احتمالات أزواج القواعد وطَيّ الحمض النووي الريبي الدائري.	لا	شفرة المصدر ، خادم الويب. مؤرشف بتاريخ 18 يناير 2016 في أرشيف الإنترنت (Wayback Machine).	^{[ 16 ]}^{[ 21 ]}^{[ 22 ]}^{[ 23 ]}^{[ 24 ]}
أشكال الحمض النووي الريبي	تعتمد عملية التنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي (RNA) باستخدام طاقة الوضع الدنيا (MFE) على الأشكال المجردة. يحافظ تجريد الشكل على تجاور وتداخل السمات البنيوية، ولكنه يتجاهل أطوال الحلزونات، مما يقلل من عدد الحلول غير المثلى دون فقدان معلومات جوهرية. علاوة على ذلك، تمثل الأشكال فئات من البنى التي يمكن حساب احتمالاتها بناءً على طاقات بولتزمان الموزونة.	لا	المصدر والملفات الثنائية ، خادم الويب	^{[ 25 ]}^{[ 26 ]}
بنية الحمض النووي الريبي	برنامجٌ للتنبؤ بأقلّ بنى الطاقة الحرة واحتمالات أزواج القواعد لتسلسلات الحمض النووي الريبي (RNA) أو الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين (DNA). كما تتوفر برامج للتنبؤ بأعلى دقة متوقعة للبنى، بما في ذلك العُقد الكاذبة. يمكن تقييد التنبؤ بالبنية باستخدام البيانات التجريبية، مثل بيانات SHAPE، والتحلل الإنزيمي، وإمكانية الوصول إلى التعديلات الكيميائية. تتوفر واجهات مستخدم رسومية لأنظمة ويندوز، وماك أو إس إكس، ولينكس. كما تتوفر برامج للاستخدام مع واجهات نصية بنمط يونكس. بالإضافة إلى ذلك، تتوفر مكتبة فئات بلغة C++.	نعم	المصدر والملفات الثنائية ، خادم الويب	^{[ 27 ]}^{[ 28 ]}
سارنا-بريديكت	طريقة للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي تعتمد على التلدين المحاكي. ويمكنها أيضاً التنبؤ بالبنية التي تحتوي على عقد كاذبة.	نعم	وصلة	^{[ 29 ]}
sqfold	توقع بنية الحد الأدنى للطاقة الحرة للأحماض النووية. seqfold هو تطبيق لخوارزمية البرمجة الديناميكية لزوكر (1981)، وهي أساس UNAFold/mfold، مع دوال طاقة من سانتا لوسيا (2004) (DNA) وتيرنر (2009) (RNA). مرخص بموجب ترخيص MIT. واجهة سطر أوامر بايثون أو وحدة نمطية.	لا	الرابط والمصدر	^{[ 30 ]}
طي	أخذ عينات إحصائية من جميع الهياكل الممكنة. يتم ترجيح العينة باحتمالات دالة التقسيم.	لا	مستودع جيت هاب	^{[ 31 ]}^{[ 32 ]}^{[ 33 ]}^{[ 34 ]}
النوافذ المنزلقة والتجميع	تُعد النوافذ المنزلقة والتجميع سلسلة أدوات لطي سلسلة طويلة من دبابيس الشعر المتشابهة.	لا	تمت أرشفة الكود المصدري بتاريخ 25 أبريل 2012 على موقع Wayback Machine.	^{[ 5 ]}
الحمض النووي الريبي الموضعي	SPOT-RNA هو أول برنامج للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي (RNA) والذي يمكنه التنبؤ بجميع أنواع أزواج القواعد (القواعد المتعارف عليها، والقواعد غير المتعارف عليها، والعقد الكاذبة، والثلاثيات القاعدية).	نعم	شفرة المصدر خادم الويب	^{[ 35 ]}
سويسبوت	أداة سطر أوامر للتنبؤ بالتكوينات البديلة (الثانوية) لمفاتيح الريبوزوم . تعتمد هذه الأداة على التنبؤ بما يسمى بتسلسل التبديل، وذلك لتقييد طي البنيتين الوظيفيتين لاحقًا.	لا	شفرة المصدر	^{[ 36 ]}
UFold	UFold: تنبؤ سريع ودقيق بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام التعلم العميق	نعم	شفرة المصدر ، خادم الويب. مؤرشف بتاريخ 7 يناير 2023 في أرشيف الإنترنت (Wayback Machine).	^{[ 37 ]}
فتح	أداة سطر أوامر للتنبؤ بالتكوينات البديلة (الثانوية) لمفاتيح الريبوزوم . تعتمد هذه الأداة على التنبؤ بما يسمى بتسلسل التبديل، وذلك لتقييد طي البنيتين الوظيفيتين لاحقًا.	لا	شفرة المصدر	^{[ 38 ]}
vsfold/vs subopt	يقوم البرنامج بطي وتوقع البنية الثانوية للحمض النووي الريبي (RNA) والعقد الكاذبة باستخدام نموذج إنتروبي مستمد من فيزياء البوليمرات. ويحسب البرنامج vs_subopt البنى شبه المثلى بناءً على منحنى الطاقة الحرة المستمد من vsfold5.	نعم	خادم الويب	^{[ 39 ]}^{[ 40 ]}
ملحوظات ↑ العقد: التنبؤ بالعقدة الكاذبة ، <نعم\|لا>.

التنبؤ بالبنية الثلاثية لتسلسل واحد

اسم	وصف	العقد ^{[ ملاحظة 1 ]}	روابط	مراجع
trRosettaRNA	trRosettaRNA خوارزمية للتنبؤ الآلي بالبنية ثلاثية الأبعاد للحمض النووي الريبي (RNA). تبني هذه الخوارزمية بنية الحمض النووي الريبي باستخدام تقنية تقليل الطاقة Rosetta، مع قيود التعلم العميق من شبكة المحولات (RNAformer). وقد تم التحقق من صحة trRosettaRNA في اختبارات عمياء، بما في ذلك CASP15 وRNA-Puzzles، مما يشير إلى أن التنبؤات الآلية التي تقدمها trRosettaRNA تنافس التنبؤات التي تقدمها أفضل المجموعات البشرية في مجال الحمض النووي الريبي الطبيعي.	نعم	شفرة مصدر خادم الويب	^{[ 41 ]}
البرنقيل	مكتبة بايثون لأخذ عينات احتمالية من هياكل الحمض النووي الريبي المتوافقة مع تسلسل النيوكليوتيدات المعطى والتي تشبه الحمض النووي الريبي على نطاق طول محلي.	نعم	شفرة المصدر	^{[ 42 ]}
فارفار2	التنبؤ الآلي من الصفر بالبنى الثلاثية للحمض النووي الريبي الشبيهة بالحمض النووي الأصلي.	نعم	خادم الويب	^{[ 43 ]}
iFoldRNA	التنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي ثلاثية الأبعاد وطيها	نعم	خادم الويب	^{[ 44 ]}
خط أنابيب MC-Fold MC-Sym	الديناميكا الحرارية والوحدات الحلقية للنيوكليوتيدات لخوارزمية التنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي. هياكل ثنائية وثلاثية الأبعاد.	نعم	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 45 ]}
ناست	نمذجة تقريبية لجزيئات الحمض النووي الريبي الكبيرة باستخدام إمكانات قائمة على المعرفة وفلاتر هيكلية	مجهول	الملفات التنفيذية	^{[ 46 ]}
NuFold	طريقة للتنبؤ بالبنية الثلاثية تعتمد على التعلم العميق، مبنية على بنية AlphaFold 2. تستخدم تمثيلًا مرنًا لمركز القاعدة النيتروجينية ومحاذاة تسلسل متعددة للميتاجينوم لتحسين التنبؤات.	نعم	الملفات التنفيذية	^{[ 47 ]}
MMB	تحويل المعلومات التجريبية المحدودة إلى نماذج ثلاثية الأبعاد من الحمض النووي الريبي (RNA)	مجهول	شفرة المصدر	^{[ 48 ]}
RNA123	منصة متكاملة للنمذجة الجديدة والنمذجة المتماثلة للهياكل ثلاثية الأبعاد للحمض النووي الريبي، حيث يتم الوصول إلى إدخال ملف الإحداثيات، وتحرير التسلسل، ومحاذاة التسلسل، وتوقع الهيكل، وميزات التحليل من خلال واجهة مستخدم رسومية بديهية واحدة.	نعم
RNAComposer	التنبؤ الآلي الكامل بالهياكل ثلاثية الأبعاد الكبيرة للحمض النووي الريبي.	نعم	خادم الويب خادم الويب	^{[ 49 ]}
ملحوظات ↑ العقد: التنبؤ بالعقدة الكاذبة ، <نعم\|لا>.

الأساليب المقارنة

تواجه طرق التسلسل الفردي المذكورة أعلاه صعوبة في تحديد عينة صغيرة من البنى الثانوية المعقولة من بين مساحة واسعة من البنى المحتملة. ومن الطرق الجيدة لتقليص حجم هذه المساحة استخدام المناهج التطورية. فالبنى التي حافظ عليها التطور هي الأرجح أن تكون الشكل الوظيفي. وتعتمد الطرق التالية على هذا المنهج.

اسم	وصف	عدد التسلسلات ^{[ ملاحظة 1 ]}	المحاذاة ^{[ ملاحظة 2 ]}	البنية ^{[ ملاحظة 3 ]}	العقد ^{[ ملاحظة 4 ]}	وصلة	مراجع
سكوارنا	التنبؤ بالبنية الثانوية الشائعة بناءً على نموذج تكوين الساق الجشع	أي	لا	نعم	نعم	خادم ويب لشفرة المصدر	^{[ 20 ]}
كارناك	التحليل المقارن مقترنًا بطي MFE.	أي	لا	نعم	لا	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 50 ]}^{[ 51 ]}
CentroidAlived	التنبؤ الشائع بالبنية الثانوية بناءً على مقدر المركز المعمم	أي	لا	نعم	لا	شفرة المصدر	^{[ 52 ]}
محاذاة المركز	أداة محاذاة متعددة سريعة ودقيقة لتسلسلات الحمض النووي الريبوزي (RNA)	أي	نعم	لا	لا	شفرة المصدر	^{[ 53 ]}
CMfinder	خوارزمية تعظيم التوقع تستخدم نماذج التغاير لوصف الزخارف. تستخدم هذه الخوارزمية أساليب استدلالية للبحث الفعال عن الزخارف، وإطار عمل بايزي للتنبؤ بالبنية يجمع بين طاقة الطي وتغاير التسلسل.	$3\leq seqs\leq 60$	نعم	نعم	لا	شفرة المصدر ، خادم الويب ، موقع الويب	^{[ 54 ]}
كونسان	يطبق خوارزمية سانكوف المثبتة للمحاذاة الزوجية المتزامنة للحمض النووي الريبي والتنبؤ بالبنية التوافقية.	2	نعم	نعم	لا	تمت أرشفة الكود المصدري بتاريخ 6 يوليو 2008 على موقع Wayback Machine.	^{[ 55 ]}
DAFS	المحاذاة والطي المتزامنان لتسلسلات الحمض النووي الريبي عبر التحلل المزدوج.	أي	نعم	نعم	نعم	شفرة المصدر	^{[ 56 ]}
داينالين	خوارزمية تعمل على تحسين دقة التنبؤ بالبنية من خلال الجمع بين تقليل الطاقة الحرة وتحليل التسلسل المقارن لإيجاد بنية ذات طاقة حرة منخفضة مشتركة بين تسلسلين دون الحاجة إلى أي تطابق في التسلسل.	2	نعم	نعم	لا	تمت أرشفة الكود المصدري بتاريخ 11 فبراير 2008 على موقع Wayback Machine.	^{[ 57 ]}^{[ 58 ]}^{[ 59 ]}
محاذاة الطي	خوارزمية قادرة على إجراء محاذاة هيكلية ثنائية محلية وعالمية لجزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA). تعتمد هذه الخوارزمية على مزيج من تقليل طاقة البنية المحفوظة وتشابه التسلسل باستخدام مصفوفات تسجيل شبيهة بمصفوفات الريبوسوم. بالنسبة للمحاذاة المحلية، يمكن الحصول على أكثر من محاذاة واحدة.	2	نعم	نعم	لا	تمت أرشفة شفرة المصدر بتاريخ 4 نوفمبر 2021 على موقع Wayback Machine ، وتمت أرشفة خادم الويب بتاريخ 4 نوفمبر 2021 على موقع Wayback Machine الإلكتروني.	^{[ 60 ]}
FoldalignM	طريقة محاذاة الحمض النووي الريبي الهيكلي المتعدد، تعتمد إلى حد كبير على برنامج PMcomp.	أي	نعم	نعم	لا	شفرة المصدر	^{[ 61 ]}
فاكهة	أداة لمحاذاة بنية الحمض النووي الريبي (RNA) الثنائية تعتمد على مقارنة أشجار الحمض النووي الريبي. تأخذ هذه الأداة في الاعتبار عمليات المحاذاة التي يمكن فيها تأصيل الأشجار المُقارنة بشكل مختلف (بالنسبة للجذور المقابلة القياسية "للحلقة الخارجية")، و/أو تبديل ترتيب التفرع.	أي	نعم	مدخل	لا	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 62 ]}^{[ 63 ]}
مجموعة الرسوم البيانية	طريقة سريعة لتجميع البنى الثانوية المحلية للحمض النووي الريبي (RNA). يتم تحسين المجموعات المتوقعة باستخدام برنامجي LocARNA وCMsearch. وبفضل التعقيد الزمني الخطي للتجميع، يُمكن تحليل مجموعات بيانات كبيرة من الحمض النووي الريبي.	أي	نعم	نعم	لا	شفرة المصدر	^{[ 64 ]}
KNetFold	يقوم بحساب بنية ثانوية توافقية للحمض النووي الريبي من خلال محاذاة تسلسل الحمض النووي الريبي بناءً على التعلم الآلي.	أي	مدخل	نعم	نعم	تمت أرشفة linuxbinary بتاريخ 16 سبتمبر 2008 على موقع Wayback Machine ، خادم الويب	^{[ 65 ]}
لارا	قم بإنتاج طي ومحاذاة عالمية لعائلات الحمض النووي الريبي غير المشفر باستخدام البرمجة الخطية الصحيحة والاسترخاء اللاغرانجي.	أي	نعم	نعم	لا	تمت أرشفة الكود المصدري بتاريخ 8 يناير 2011 على موقع Wayback Machine.	^{[ 66 ]}
LocaRNA	يُعدّ LocaRNA خليفةً لبرنامج PMcomp، ويتميز بتحسين في التعقيد الزمني. وهو نسخة معدلة من خوارزمية سانكوف للطيّ والمحاذاة المتزامنين، حيث يستقبل كمدخلات مصفوفات احتمالية أزواج القواعد المحسوبة مسبقًا من خوارزمية مكاسكيل، والتي ينتجها برنامج RNAfold-p. وبالتالي، يمكن اعتبار هذه الطريقة أيضًا وسيلةً لمقارنة مصفوفات احتمالية أزواج القواعد.	أي	نعم	نعم	لا	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 67 ]}
ماجستير	تعتمد هذه الطريقة على أخذ عينات باستخدام سلسلة ماركوف مونت كارلو في إطار محاكاة التلدين ، حيث يتم تحسين كل من البنية والمحاذاة بإجراء تغييرات محلية صغيرة. وتجمع النتيجة بين احتمالية المحاذاة اللوغاريتمية، ومعامل التغاير، واحتمالات أزواج القواعد.	أي	نعم	نعم	لا	شفرة المصدر	^{[ 68 ]}^{[ 69 ]}
مولتلاجن	تستخدم هذه الطريقة حسابات Dynalign متعددة لإيجاد بنية ذات طاقة حرة منخفضة مشتركة بين أي عدد من التسلسلات. ولا تتطلب أي تطابق في التسلسل.	أي	نعم	نعم	لا	شفرة المصدر	^{[ 70 ]}
مورليت	أداة محاذاة متعددة لتسلسلات الحمض النووي الريبي باستخدام المحاذاة التكرارية القائمة على خوارزمية سانكوف مع تقليل وقت الحساب والذاكرة بشكل حاد.	أي	نعم	نعم	لا	خادم الويب	^{[ 71 ]}
إم إكس سكارنا	أداة محاذاة متعددة لتسلسلات الحمض النووي الريبي باستخدام المحاذاة التدريجية القائمة على خوارزمية المحاذاة الهيكلية الثنائية لـ SCARNA.	أي	نعم	نعم	لا	شفرة مصدر خادم الويب	^{[ 72 ]}
pAliKiss	يتنبأ برنامج pAliKiss بالبنى الثانوية للحمض النووي الريبي (RNA) من خلال محاذاة تسلسلات متعددة ثابتة، مع التركيز بشكل خاص على البنى ذات العقد الكاذبة. هذا البرنامج هو نتاج تهجين بين برنامجي RNAalishapes و pKiss.	أي	مدخل	نعم	نعم	خادم الويب. مؤرشف بتاريخ 14 مايو 2014 في أرشيف الإنترنت (Wayback Machine). شفرة المصدر.	^{[ 17 ]}
أجزاء	طريقة للتنبؤ المشترك بالمحاذاة والهياكل الثانوية المشتركة لتسلسلين من الحمض النووي الريبي باستخدام نموذج احتمالي يعتمد على الطاقات الحرة الزائفة التي تم الحصول عليها من احتمالات الاقتران والمحاذاة المحسوبة مسبقًا.	2	نعم	نعم	لا	شفرة المصدر	^{[ 73 ]}
طي	محاذاة الطيات باستخدام SCFG المدرب على محاذاة rRNA.	$\leq 40$	مدخل	نعم	لا	خادم الويب	^{[ 74 ]}^{[ 75 ]}
PETfold	يدمج هذا النموذج رسميًا كلاً من المنهجين القائمين على الطاقة والتطور في نموذج واحد للتنبؤ بطي تسلسلات الحمض النووي الريبي المتعددة المتراصفة، وذلك باستخدام معيار دقة قصوى متوقعة. ويتم حساب الاحتمالات الهيكلية بواسطة برنامجي RNAfold وPfold.	أي	مدخل	نعم	لا	شفرة المصدر	^{[ 76 ]}
PhyloQFold	طريقة تستفيد من التاريخ التطوري لمجموعة من تسلسلات الحمض النووي الريبي المتراصفة لأخذ عينات من الهياكل الثانوية المتفق عليها، بما في ذلك العقد الكاذبة، وفقًا لاحتماليتها الخلفية التقريبية.	أي	مدخل	نعم	نعم	شفرة المصدر	^{[ 77 ]}
PMcomp/PMmulti	PMcomp هو نسخة معدلة من خوارزمية سانكوف للطي والمحاذاة المتزامنة، ويأخذ كمدخلات مصفوفات احتمالية أزواج القواعد المحسوبة مسبقًا من خوارزمية مكاسكيل، والتي ينتجها برنامج RNAfold -p. وبالتالي، يمكن اعتبار هذه الطريقة وسيلة لمقارنة مصفوفات احتمالية أزواج القواعد. أما PMmulti فهو برنامج وسيط يقوم بمحاذاة متعددة تدريجية عن طريق استدعاء pmcomp بشكل متكرر.	$2\leq seqs\leq 6$	نعم	نعم	لا	شفرة المصدر ، خادم الويب. مؤرشف بتاريخ 8 ديسمبر 2007 في أرشيف الإنترنت (Wayback Machine).	^{[ 78 ]}
RNAG	طريقة أخذ عينات جيبس لتحديد بنية محفوظة والمحاذاة الهيكلية.	أي	نعم	نعم	لا	تمت أرشفة شفرة المصدر بتاريخ 29 أغسطس 2013 على موقع Wayback Machine.	^{[ 79 ]}
آر-كوفي	يستخدم برنامج RNAlpfold لحساب البنية الثانوية للتسلسلات المُقدمة. ثم تُستخدم نسخة مُعدلة من برنامج T-Coffee لحساب محاذاة التسلسلات المتعددة التي تُحقق أفضل توافق بين التسلسلات والبنى. يُمكن دمج برنامج R-Coffee مع أي طريقة موجودة لمحاذاة التسلسلات.	أي	نعم	نعم	لا	تمت أرشفة الكود المصدري بتاريخ 9 ديسمبر 2008 على موقع Wayback Machine ، خادم الويب.	^{[ 80 ]}^{[ 81 ]}
توربو فولد	تتنبأ هذه الخوارزمية بالبنى المحفوظة في أي عدد من التسلسلات. وتستخدم المحاذاة الاحتمالية ووظائف التقسيم لرسم خرائط للأزواج المحفوظة بين التسلسلات، ثم تكرر وظائف التقسيم لتحسين دقة التنبؤ بالبنية.	أي	لا	نعم	نعم	شفرة المصدر	^{[ 82 ]}^{[ 83 ]}
R-scape	تحقق من البنية الثانوية المحفوظة بقياس أزواج القواعد المتغيرة معًا ودلالتها الإحصائية مقارنةً بالتطور السلالي البحت. سيتم اقتراح البنية الأكثر حفظًا ("المُحسَّنة") في حال عدم وجود بنية ثانوية مُعطاة.	أي	مدخل	نعم	نعم	الصفحة الرئيسية	^{[ 84 ]}
RNA123	تستخدم خوارزمية محاذاة التسلسل القائمة على البنية (SBSA) نسخةً مُحسّنةً من طريقة نييدلمان-وونش لمحاذاة التسلسل الشاملة، والتي تُراعي البنية الثانوية في القالب والاستعلام بشكل كامل. كما تستخدم مصفوفتي استبدال منفصلتين مُحسّنتين للحلزونات الحمضية النووية الريبية (RNA) والمناطق أحادية السلسلة. تُوفر خوارزمية SBSA محاذاة تسلسل دقيقة بنسبة تزيد عن 90% حتى للهياكل الكبيرة مثل الحمض النووي الريبوزي 23S البكتيري (حوالي 2800 نيوكليوتيد).	أي	نعم	نعم	نعم	خادم الويب
RNAalifold	يقوم هذا البرنامج بطي المحاذاة المحسوبة مسبقًا باستخدام مزيج من مقاييس الطاقة الحرة والتباين المشترك. وهو يأتي مع حزمة ViennaRNA .	أي	مدخل	نعم	لا	الصفحة الرئيسية	^{[ 21 ]}^{[ 85 ]}
أشكال الحمض النووي الريبي	أداة للتنبؤ بالبنية الثانوية للمحاذاة المحسوبة مسبقًا باستخدام مزيج من مقاييس الطاقة الحرة ومقاييس التغاير. يمكن فرز المخرجات باستخدام مفهوم الأشكال المجردة للتركيز على الاختلافات الرئيسية في النتائج غير المثلى.	أي	مدخل	نعم	لا	شفرة المصدر ، خادم الويب. مؤرشف بتاريخ 14 مايو 2014 في أرشيف الإنترنت (Wayback Machine).	^{[ 86 ]}
RNAcast	يقوم بحصر فضاء الشكل المجرد شبه الأمثل، ويتنبأ بشكل توافقي بشكل مجرد مشترك بين جميع التسلسلات، ولكل تسلسل، أفضل بنية من الناحية الديناميكية الحرارية والتي لها هذا الشكل المجرد.	أي	لا	نعم	لا	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 87 ]}
RNAforester	قم بمقارنة ومحاذاة الهياكل الثانوية للحمض النووي الريبي (RNA) من خلال نهج "محاذاة الغابة".	أي	نعم	مدخل	لا	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 88 ]}^{[ 89 ]}
RNAmine	برنامج استخراج الأنماط المتكررة من تسلسلات الحمض النووي الريبي غير المتراصفة هو أداة برمجية لاستخراج الأنماط الهيكلية من مجموعة من تسلسلات الحمض النووي الريبي.	أي	لا	نعم	لا	خادم الويب	^{[ 90 ]}
جهاز أخذ عينات الحمض النووي الريبي	تعتمد هذه الطريقة على أسلوب أخذ عينات احتمالي يجمع بين احتمالات اقتران القواعد داخل التسلسل واحتمالات محاذاة القواعد بين التسلسلات. يُستخدم هذا الأسلوب لأخذ عينات من الجذور المحتملة لكل تسلسل، ثم تُقارن هذه الجذور بين جميع أزواج التسلسلات للتنبؤ ببنية توافقية لتسلسلين. وقد تم توسيع نطاق هذه الطريقة لتشمل التنبؤ بالبنية المشتركة المحفوظة بين تسلسلات متعددة، وذلك باستخدام مقياس قائم على الاتساق يتضمن معلومات من جميع عمليات المحاذاة البنيوية الثنائية.	أي	نعم	نعم	نعم	شفرة المصدر	^{[ 91 ]}
سكارنا	برنامج Scarna (مُحاذي جذوع الحمض النووي الريبوزي المرشحة) هو أداة سريعة وسهلة الاستخدام لمحاذاة البنية بين سلسلتين من الحمض النووي الريبوزي. يقوم البرنامج بمحاذاة سلسلتين من الحمض النووي الريبوزي وحساب أوجه التشابه بينهما، بناءً على البنى الثانوية المشتركة المُقدَّرة. وهو يعمل حتى مع البنى الثانوية ذات العقد الكاذبة.	2	نعم	نعم	لا	خادم الويب	^{[ 92 ]}
SimulFold	استنتاج هياكل الحمض النووي الريبي (RNA) في وقت واحد، بما في ذلك العقد الكاذبة والمحاذاة والأشجار، باستخدام إطار عمل بايزي MCMC.	أي	نعم	نعم	نعم	شفرة المصدر	^{[ 93 ]}
ستيملوك	برنامج لمحاذاة بنية الحمض النووي الريبي الثنائي يعتمد على نماذج احتمالية لبنية الحمض النووي الريبي تُعرف باسم قواعد النحو العشوائية الخالية من السياق الزوجية .	أي	نعم	نعم	لا	تمت أرشفة الكود المصدري بتاريخ 11 فبراير 2008 على موقع Wayback Machine.	^{[ 94 ]}
سترال	أداة محاذاة مصممة لتوفير محاذاة متعددة للحمض النووي الريبي غير المشفر باتباع استراتيجية تقدمية سريعة. تجمع هذه الأداة معلومات اقتران القواعد الديناميكية الحرارية المستمدة من حسابات RNAfold في شكل متجهات احتمالية اقتران القواعد مع معلومات التسلسل الأولي.	$\leq 50$	نعم	لا	لا	تمت أرشفة شفرة المصدر بتاريخ 12 فبراير 2008 على موقع Wayback Machine ، وتمت أرشفة خادم الويب بتاريخ 12 فبراير 2008 على موقع Wayback Machine.	^{[ 95 ]}
TFold	أداة للتنبؤ بالبنى الثانوية للحمض النووي الريبوزي غير المشفر، بما في ذلك العقد الكاذبة. تستقبل الأداة تسلسلًا لتسلسلات الحمض النووي الريبوزي كمدخلات، وتُخرج البنية الثانوية المتوقعة. تجمع الأداة بين معايير الاستقرار والحفظ والتغير المشترك للبحث عن السيقان والعقد الكاذبة. يمكن للمستخدمين تغيير قيم المعلمات المختلفة، وتحديد (أو عدم تحديد) بعض السيقان المعروفة (إن وجدت) التي يأخذها النظام في الاعتبار، واختيار الحصول على عدة بنى محتملة أو بنية واحدة فقط، والبحث عن العقد الكاذبة أو عدم البحث عنها، وغير ذلك.	أي	نعم	نعم	نعم	خادم الويب مؤرشف بتاريخ 30 أغسطس 2011 على موقع Wayback Machine	^{[ 96 ]}
حرب	خادم ويب يجعل من الممكن استخدام عدد من أحدث الطرق في وقت واحد لإجراء محاذاة متعددة وتوقع البنية الثانوية لتسلسلات الحمض النووي الريبي غير المشفر.	$2\leq seqs\leq 50$	نعم	نعم	لا	خادم الويب	^{[ 97 ]}
معدل X	برنامج لتحليل محاذاة التسلسلات المتعددة باستخدام القواعد النحوية التطورية ، والتي يمكن اعتبارها تعميمًا مرنًا لبرنامج "Pfold".	أي	نعم	نعم	لا	تمت أرشفة الكود المصدري بتاريخ 21 سبتمبر 2011 على موقع Wayback Machine.	^{[ 98 ]}
Alifreefold/AlifreefoldMulti	نهجٌ لا يعتمد على المحاذاة للتنبؤ بالبنية الثانوية من تسلسلات الحمض النووي الريبي المتماثلة. يحسب هذا النهج بنيةً تمثيليةً من مجموعة من تسلسلات الحمض النووي الريبي المتماثلة باستخدام بنى ثانوية شبه مثالية مُولَّدة لكل تسلسل. ويستند إلى تمثيل متجهي للبنى شبه المثالية، حيث يلتقط إشارات حفظ البنية من خلال ترجيح الأنماط البنيوية وفقًا لحفظها عبر البنى شبه المثالية.	>5	لا	نعم	لا	شفرة المصدر خادم الويب	^{[ 99 ]}^{[ 100 ]}
ملحوظات ↑ عدد التسلسلات: <أي\|عدد>. ↑ المحاذاة: تتنبأ بالمحاذاة ، <إدخال\|نعم\|لا>. ↑ البنية: تتنبأ بالبنية ، <إدخال\|نعم\|لا>. ↑ العقد: التنبؤ بالعقدة الكاذبة ، <نعم\|لا>.

التنبؤ بإمكانية وصول المذيب إلى الحمض النووي الريبي

اسم (سنة)	وصف	وصلة	مراجع
RNAsnap2 (2020)	يستخدم برنامج RNAsnap2 شبكة عصبية تلافيفية موسعة مع خصائص تطورية مُولَّدة من BLAST + INFERNAL (كما هو الحال في RNAsol) واحتمالات اقتران القواعد المتوقعة من LinearPartition كمدخلات للتنبؤ بإمكانية وصول المذيب إلى الحمض النووي الريبي (RNA). كما يمكن لإصدار التسلسل الأحادي من RNAsnap2 التنبؤ بإمكانية وصول المذيب إلى تسلسل الحمض النووي الريبي المُدخل دون استخدام معلومات تطورية.	شفرة المصدر خادم الويب	^{[ 101 ]}
RNAsol (2019)	يستخدم برنامج RNAsol predictor خوارزمية التعلم العميق LSTM أحادية الاتجاه مع معلومات تطورية تم إنشاؤها من BLASTN + INFERNAL والبنية الثانوية المتوقعة من RNAfold كمدخل للتنبؤ بإمكانية وصول المذيب إلى الحمض النووي الريبي.	تمت أرشفة الكود المصدري بتاريخ 18 يناير 2021 على موقع Wayback Machine . خادم الويب مؤرشف بتاريخ 18 يناير 2021 على موقع Wayback Machine	^{[ 102 ]}
RNAsnap (2017)	يستخدم برنامج RNAsnap predictor خوارزمية التعلم الآلي SVM والمعلومات التطورية المولدة من BLASTN كمدخل للتنبؤ بإمكانية وصول المذيب إلى الحمض النووي الريبي.	شفرة المصدر	^{[ 103 ]}

التفاعلات بين الجزيئات: الحمض النووي الريبي-الحمض النووي الريبي

تؤدي العديد من الحموض النووية الريبية غير المشفرة (ncRNAs) وظائفها عن طريق الارتباط بحموض نووية ريبية أخرى . على سبيل المثال، تنظم الحموض النووية الريبية الميكروية (miRNAs) التعبير الجيني للبروتينات المشفرة عن طريق الارتباط بمناطق 3' غير المترجمة (3' UTRs) ، وتوجه الحموض النووية الريبية النووية الصغيرة التعديلات ما بعد النسخ عن طريق الارتباط بالحمض النووي الريبي الريبوسومي (rRNA) ، ويرتبط الحمض النووي الريبي U4 والحمض النووي الريبي U6 الخاصان بالجسيم الرابط ببعضهما البعض ليشكلا جزءًا من الجسيم الرابط ، كما تنظم العديد من الحموض النووية الريبية البكتيرية الصغيرة التعبير الجيني عن طريق التفاعلات المضادة، مثل GcvB و OxyS و RyhB .

اسم	وصف	البنية داخل الجزيئية	مقارن	وصلة	مراجع
سكوارنا	يتنبأ برنامج SQUARNA بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي (RNA) المتكونة من عدة تسلسلات من الحمض النووي الريبي عبر تعظيم الساق.	نعم	نعم	خادم ويب لشفرة المصدر	^{[ 20 ]}
مفترس الحمض النووي الريبي	يستخدم برنامج RNApredator أسلوب البرمجة الديناميكية لحساب مواقع تفاعل الحمض النووي الريبي مع الحمض النووي الريبي.	نعم	لا	خادم الويب. مؤرشف بتاريخ 10 يناير 2015 على موقع Wayback Machine.	^{[ 104 ]}
غوغل	أداة لتحديد تطابقات الحمض النووي الريبي-الحمض النووي الريبي بسرعة مع تهجين مثالي عبر اقتران قواعد AU و CG و GU.	لا	لا	خادم الويب	^{[ 105 ]}
IntaRNA	التنبؤ الفعال بالأهداف مع مراعاة إمكانية الوصول إلى المواقع المستهدفة.	نعم	لا	خادم ويب لشفرة المصدر	^{[ 106 ]}^{[ 107 ]}^{[ 108 ]}^{[ 109 ]}^{[ 110 ]}
كوبرا آر إن إيه	أداة للتنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبوزي الصغير (sRNA). تقوم بحساب تنبؤات الجينوم الكامل من خلال مزيج من تنبؤات IntaRNA المتميزة للجينوم الكامل.	نعم	نعم	خادم ويب لشفرة المصدر	^{[ 111 ]}^{[ 107 ]}
نعناع	أداة آلية لتحليل البنى ثلاثية الأبعاد لجزيئات الحمض النووي الريبي (RNA) والحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين (DNA)، ومسارات ديناميكياتها الجزيئية على مستوى الذرات الكاملة، أو مجموعات أخرى من التكوينات (مثل البنى المستمدة من الأشعة السينية أو الرنين المغناطيسي النووي). لكل تكوين من RNA أو DNA، تحدد MINT شبكة الروابط الهيدروجينية، وتكشف أنماط اقتران القواعد، وتحدد أنماط البنية الثانوية (الحلزونات، والوصلات، والحلقات، وما إلى ذلك) والعقد الكاذبة. كما تُقدّر طاقة التراص وتفاعلات أنيون الفوسفات مع القواعد.	نعم	لا	خادم ويب لشفرة المصدر	^{[ 112 ]}
نوباك	يحسب دالة التوزيع الكاملة غير المعقدة للخيوط المتفاعلة في محلول مخفف. ويحسب التركيزات، وطاقة التفاعل المتوسطة، واحتمالات اقتران القواعد للمركبات المرتبة التي تقل تعقيدًا عن حد معين. كما يحسب دالة التوزيع واقتران القواعد للخيوط المفردة، بما في ذلك فئة من التراكيب المعقدة. ويتيح أيضًا تصميم المركبات المرتبة.	نعم	لا	نوباك	^{[ 113 ]}
OligoWalk/RNAstructure	يتنبأ البرنامج بالبنى الثانوية للجزيئات الثنائية مع وبدون بنية داخلية. كما يتنبأ بتقارب التهجين لحمض نووي قصير مع هدف من الحمض النووي الريبي.	نعم	لا		^{[ 114 ]}
piRNA	يحسب دالة التوزيع والديناميكا الحرارية لتفاعلات الحمض النووي الريبي (RNA-RNA). ويأخذ في الاعتبار جميع البنى الثانوية المشتركة الممكنة لحمضين نوويين متفاعلين لا تحتوي على عقد كاذبة، أو عقد كاذبة تفاعلية، أو متعرجات.	نعم	لا	لينكس ثنائي	^{[ 115 ]}
piRNAPred	إطار عمل متكامل للتنبؤ بـ piRNA باستخدام ميزات هجينة مثل تركيب النيوكليوتيدات k-mer، والبنية الثانوية، والخصائص الديناميكية الحرارية والفيزيائية الكيميائية.	نعم	لا		^{[ 116 ]}
RNAripalign	يحسب دالة التوزيع والديناميكا الحرارية لتفاعلات الحمض النووي الريبي (RNA) بناءً على محاذاة الهياكل. كما يدعم التنبؤ بتفاعلات الحمض النووي الريبي (RNA) للتسلسلات المفردة. ويُخرج هياكل شبه مثالية بناءً على توزيع بولتزمان. ويأخذ في الاعتبار جميع الهياكل الثانوية المشتركة الممكنة لحمضين نوويين متفاعلين لا تحتوي على عقد كاذبة، أو عقد كاذبة تفاعلية، أو متعرجات.	نعم	لا		^{[ 117 ]}
RACTIP	التنبؤ السريع والدقيق بتفاعل الحمض النووي الريبي مع الحمض النووي الريبي باستخدام البرمجة العددية الصحيحة.	نعم	لا	خادم ويب لشفرة المصدر	^{[ 118 ]}
RNAaliduplex	استنادًا إلى RNAduplex مع مكافآت للمواقع المتغيرة بشكل مشترك	لا	نعم	شفرة المصدر	^{[ 21 ]}
RNAcofold	يعمل بشكل مشابه لبرنامج RNAfold، ولكنه يسمح بتحديد تسلسلين من الحمض النووي الريبي (RNA) واللذان يُسمح لهما بعد ذلك بتشكيل بنية ثنائية.	نعم	لا	شفرة المصدر	^{[ 21 ]}^{[ 119 ]}
RNAduplex	يحسب البرنامج البنى الثانوية المثلى وغير المثلى للتهجين. ويتم تبسيط الحساب من خلال السماح فقط بأزواج القواعد بين الجزيئات.	لا	لا	شفرة المصدر	^{[ 21 ]}
RNAhybrid	أداة لإيجاد الحد الأدنى من طاقة التهجين الحرة لـ RNA طويل وRNA قصير (≤ 30 نيوكليوتيد).	لا	لا	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 120 ]}^{[ 121 ]}
RNAup	يحسب هذا البرنامج الديناميكا الحرارية لتفاعلات الحمض النووي الريبي (RNA). يتم تقسيم ارتباط الحمض النووي الريبي إلى مرحلتين: (1) أولاً، يتم حساب احتمالية بقاء جزء من التسلسل (مثل موقع الارتباط) غير مزدوج. (2) ثم يتم حساب طاقة الارتباط، بافتراض أن موقع الارتباط غير مزدوج، باعتبارها القيمة المثلى لجميع أنواع الارتباطات الممكنة.	نعم	لا	شفرة المصدر	^{[ 21 ]}^{[ 122 ]}

التفاعلات بين الجزيئات: الحمض النووي الريبي الميكروي: أي نوع من الحمض النووي الريبي

يتضمن الجدول أدناه تفاعلات لا تقتصر على UTRs.

اسم	وصف	بين الأنواع	البنية داخل الجزيئية	مقارن	وصلة	مراجع
كومتار	أداة ويب للتنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNA) تعتمد بشكل أساسي على الحفاظ على التنظيم المحتمل في أنواع النباتات.	نعم	لا	لا	أداة ويب	^{[ 123 ]}
RNA22	يوفر الرابط الأول (التنبؤات المحسوبة مسبقًا) تنبؤات RNA22 لجميع نسخ الجينات المشفرة للبروتينات في الإنسان والفأر والديدان الأسطوانية وذبابة الفاكهة. ويتيح هذا الرابط تصور التنبؤات ضمن خريطة cDNA، بالإضافة إلى تحديد النسخ التي تستهدفها جزيئات miR متعددة ذات أهمية. أما الرابط الثاني (التسلسلات التفاعلية/المخصصة) فيحدد أولًا مواقع ارتباط microRNA المحتملة في التسلسل المطلوب، ثم يُحدد جزيء microRNA المستهدف. كلا الأداتين مُقدمتان من مركز الطب الحسابي في جامعة توماس جيفرسون .	نعم	لا	لا	تنبؤات مُحسوبة مسبقًا، تسلسلات تفاعلية/مخصصة	^{[ 124 ]}
RNAhybrid	أداة لإيجاد الحد الأدنى من طاقة التهجين الحرة لـ RNA طويل وRNA قصير (≤ 30 نيوكليوتيد).	نعم	لا	لا	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 120 ]}^{[ 121 ]}
miRBooking	يحاكي هذا البرنامج آلية عمل الحمض النووي الريبوزي الميكروي (microRNA) وفقًا للنسبة الكمية، وذلك باستخدام نسخة معدلة من خوارزمية غيل-شابلي لإيجاد مجموعة مستقرة من الثنائيات. ويعتمد على القياسات الكمية لاجتياز مجموعة أزواج الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) والحمض النووي الريبوزي الميكروي، وعلى التكامل الأولي لترتيب المواقع وتحديدها.	نعم	لا	لا	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 125 ]}

التفاعلات بين الجزيئات: MicroRNA:UTR

تنظم الميكرو آر إن إيه التعبير الجيني للبروتينات المشفرة عن طريق الارتباط بمناطق 3' غير المترجمة (3' UTRs )، وهناك أدوات مصممة خصيصًا للتنبؤ بهذه التفاعلات. لتقييم طرق التنبؤ بالأهداف باستخدام بيانات تجريبية عالية الإنتاجية، انظر (Baek et al. ، Nature 2008)، ^{[ 126 ]} (Alexiou et al. ، Bioinformatics 2009)، ^{[ 127 ]} أو (Ritchie et al.، Nature Methods 2009) ^{[ 128 ].}

اسم	وصف	بين الأنواع	البنية داخل الجزيئية	مقارن	وصلة	مراجع
كيوبيد	طريقة للتنبؤ المتزامن بتفاعلات miRNA مع أهدافها وتفاعلات الحمض النووي الريبوزي الداخلي المتنافس (ceRNA) التي تتوسطها . وهي منهجية تكاملية تُحسّن بشكل ملحوظ دقة التنبؤ بتفاعلات miRNA مع أهدافها، وذلك استنادًا إلى قياسات مستوى mRNA والبروتين في خطوط خلايا سرطان الثدي. تُنفَّذ كيوبيد في ثلاث خطوات: الخطوة الأولى: إعادة تقييم مواقع ارتباط miRNA المرشحة في مناطق 3' غير المترجمة (3' UTRs). الخطوة الثانية: التنبؤ بالتفاعلات من خلال دمج المعلومات حول المواقع المختارة والارتباط الإحصائي بين أنماط التعبير عن miRNA والأهداف المفترضة. الخطوة الثالثة: تُقيِّم كيوبيد ما إذا كانت الأهداف المُستنتجة تتنافس على منظمات miRNA المُتوقعة.	بشر	لا	نعم	برنامج (MATLAB)	^{[ 129 ]}
ديانا مايكرو تي	الإصدار 3.0 عبارة عن خوارزمية تعتمد على عدة معلمات يتم حسابها بشكل فردي لكل microRNA، وهي تجمع بين عناصر التعرف على microRNA المحفوظة وغير المحفوظة في درجة تنبؤ نهائية.	إنسان، فأر	لا	نعم	خادم الويب	^{[ 130 ]}
ميكروتار	أداة للتنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي في الحيوانات تعتمد على التكامل بين الحمض النووي الريبوزي الميكروي والهدف والبيانات الديناميكية الحرارية.	نعم	لا	لا	شفرة المصدر	^{[ 131 ]}
ميتا تارجت	التنبؤ بالجينات المستهدفة لـ microRNA باستخدام آلة المتجهات الداعمة.	نعم	لا	لا	خادم الويب	^{[ 132 ]}
مرآة	يستند برنامج miRror إلى مفهوم التنظيم التوافقي بواسطة مجموعة من جزيئات miRNA أو الجينات. ويدمج البرنامج تنبؤات من عشرات مصادر miRNA التي تعتمد على خوارزميات تكميلية في إطار إحصائي موحد.	نعم	لا	لا	خادم الويب مؤرشف بتاريخ 3 مارس 2016 على موقع Wayback Machine	^{[ 133 ]}^{[ 134 ]}
بيكتار	التنبؤات التوافقية لأهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي.	8 فقاريات	لا	نعم	التوقعات	^{[ 135 ]}
بيتا	يتضمن دور إمكانية الوصول إلى الموقع المستهدف، كما هو محدد من خلال تفاعلات الاقتران القاعدي داخل الحمض النووي الريبوزي الرسول، في التعرف على هدف الحمض النووي الريبوزي الميكروي.	نعم	نعم	لا	ملف تنفيذي ، خادم ويب ، تنبؤات	^{[ 136 ]}
RNA22	يوفر الرابط الأول (التنبؤات المحسوبة مسبقًا) تنبؤات RNA22 لجميع نسخ الجينات المشفرة للبروتينات في الإنسان والفأر والديدان الأسطوانية وذبابة الفاكهة. ويتيح هذا الرابط تصور التنبؤات ضمن خريطة cDNA، بالإضافة إلى تحديد النسخ التي تستهدفها جزيئات miR متعددة ذات أهمية. أما الرابط الثاني (التسلسلات التفاعلية/المخصصة) فيحدد أولًا مواقع ارتباط microRNA المحتملة في التسلسل المطلوب، ثم يُحدد جزيء microRNA المستهدف. كلا الأداتين مُقدمتان من مركز الطب الحسابي في جامعة توماس جيفرسون .	نعم	لا	لا	تنبؤات مُحسوبة مسبقًا، تسلسلات تفاعلية/مخصصة	^{[ 124 ]}
RNAhybrid	أداة لإيجاد الحد الأدنى من طاقة التهجين الحرة لـ RNA طويل وRNA قصير (≤ 30 نيوكليوتيد).	نعم	لا	لا	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 120 ]}^{[ 121 ]}
سيلامر	طريقة لتحديد الكلمات ذات التمثيل الزائد أو الناقص بشكل ملحوظ في التسلسلات وفقًا لقائمة جينات مُرتبة. تُستخدم عادةً لتحديد الإثراء أو النقص الملحوظ في تسلسلات بذور الحمض النووي الريبوزي الميكروي أو الحمض النووي الريبوزي المتداخل الصغير من بيانات التعبير الجيني للمصفوفات الدقيقة.	نعم	لا	لا	خادم ويب لشفرة المصدر	^{[ 137 ]}^{[ 138 ]}
طريف	يتنبأ برنامج TARget REFiner (TAREF) بأهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي (microRNA) بناءً على معلومات متعددة مستمدة من المناطق المحيطة بمواقع الهدف المتوقعة، حيث قد لا تنجح أساليب التنبؤ بالبنية التقليدية في تقييم مدى انفتاحها. كما يوفر البرنامج خيار استخدام النمط المشفر لتحسين عملية الترشيح.	نعم	لا	لا	الخادم/شفرة المصدر	^{[ 139 ]}
p-TAREF	يُحدد برنامج p-TAREF (مُحسِّن أهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي النباتي) أهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي النباتي بناءً على معلومات متعددة الخصائص مُستمدة من المناطق المُحيطة بمواقع الهدف المُتوقعة، حيث قد لا تنجح أساليب التنبؤ بالبنية التقليدية في تقييم مدى انفتاحها. كما يُتيح البرنامج خيار استخدام النمط المُشفَّر لتحسين عملية الترشيح. ولأول مرة، استخدم البرنامج قوة التعلم الآلي مع نظام تسجيل النقاط من خلال انحدار متجه الدعم (SVR)، مع مراعاة الجوانب البنيوية وجوانب المحاذاة للاستهداف في النباتات باستخدام نماذج خاصة بكل نبات. تم تنفيذ p-TAREF في بنية متزامنة على مستوى الخادم وفي شكل مستقل، مما يجعله أحد الأدوات القليلة المتاحة لتحديد الأهداف والقادرة على العمل بشكل متزامن على أجهزة سطح المكتب البسيطة، مع إجراء تحليل شامل ودقيق وسريع على مستوى النسخ الجيني. كما يُتيح البرنامج خيار التحقق التجريبي من الأهداف المُتوقعة، على الفور، باستخدام بيانات التعبير الجيني المُدمجة في نظامه الخلفي، لتعزيز الثقة في التنبؤ إلى جانب درجة SVR. وقد تم إجراء تقييم شامل لأداء p-TAREF من خلال اختبارات مختلفة ومقارنته بأدوات أخرى لتحديد أهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي النباتي، حيث وُجد أن p-TAREF يتفوق في الأداء.	نعم	لا	لا	خادم/مستقل
مسح الهدف	يتنبأ البرنامج بالأهداف البيولوجية لجزيئات miRNA من خلال البحث عن مواقع تتطابق مع منطقة البذرة لكل جزيء miRNA. في الذباب والديدان الأسطوانية، تُصنّف التنبؤات بناءً على احتمالية حفظها التطوري. أما في أسماك الزيبرا، فتُصنّف التنبؤات بناءً على رقم الموقع ونوعه وسياقه، والذي يشمل العوامل المؤثرة على إمكانية الوصول إلى الموقع المستهدف. في الثدييات، يمكن للمستخدم اختيار تصنيف التنبؤات بناءً على احتمالية حفظها أو على رقم الموقع ونوعه وسياقه. في الثدييات والديدان الأسطوانية، يمكن للمستخدم توسيع نطاق التنبؤات ليشمل جميع المواقع، وليس المواقع المحفوظة فقط.	الفقاريات، الذباب، الديدان الأسطوانية	التقييم غير المباشر	نعم	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 140 ]}^{[ 141 ]}^{[ 142 ]}^{[ 143 ]}^{[ 144 ]}^{[ 145 ]}

برنامج التنبؤ بجينات الحمض النووي الريبوزي غير المشفر

اسم	وصف	عدد التسلسلات ^{[ ملاحظة 1 ]}	المحاذاة ^{[ ملاحظة 2 ]}	البنية ^{[ ملاحظة 3 ]}	وصلة	مراجع
أليفولدز	تقييم محاذاة تسلسل متعددة لوجود بنية ثانوية غير عادية مستقرة ومحفوظة للحمض النووي الريبي.	أي	مدخل	نعم	شفرة المصدر	^{[ 146 ]}
إيفوفولد	a comparative method for identifying functional RNA structures in multiple-sequence alignments. It is based on a probabilistic model-construction called a phylo-SCFG and exploits the characteristic differences of the substitution process in stem-pairing and unpaired regions to make its predictions.	any	input	Yes	linuxbinary	^[147]
GraphClust	Fast RNA structural clustering method to identify common (local) RNA secondary structures. Predicted structural clusters are presented as alignment. Due to the linear time complexity for clustering it is possible to analyse large RNA datasets.	any	Yes	Yes	sourcecode	^[64]
MSARi	heuristic search for statistically significant conservation of RNA secondary structure in deep multiple sequence alignments.	any	input	Yes	sourcecodeArchived 2008-08-20 at the Wayback Machine	^[148]
QRNA	This is the code from Elena Rivas that accompanies a submitted manuscript "Noncoding RNA gene detection using comparative sequence analysis". QRNA uses comparative genome sequence analysis to detect conserved RNA secondary structures, including both ncRNA genes and cis-regulatory RNA structures.	2	input	Yes	sourcecodeArchived 2008-07-06 at the Wayback Machine	^[149]^[150]
RNAz	program for predicting structurally conserved and thermodynamic stable RNA secondary structures in multiple sequence alignments. It can be used in genome wide screens to detect functional RNA structures, as found in noncoding RNAs and cis-acting regulatory elements of mRNAs.	any	input	Yes	sourcecode, webserverArchived 2008-01-08 at the Wayback MachineRNAz 2	^[151]^[152]^[153]
ScanFold	A program for predicting unique local RNA structures in large sequences with unusually stable folding.	1	None	Yes	sourcecode webserverArchived 2022-04-18 at the Wayback Machine	^[154]
Xrate	a program for analysis of multiple sequence alignments using phylogenetic grammars, that may be viewed as a flexible generalization of the "Evofold" program.	any	Yes	Yes	sourcecodeArchived 2011-09-21 at the Wayback Machine	^[98]
Notes ↑Number of sequences: <any\|num>. ↑Alignment: predicts an alignment, <input\|yes\|no>. ↑Structure: predicts structure, <input\|yes\|no>.

Family specific gene prediction software

Name	Description	Family	Link	References
ARAGORN	يكشف برنامج ARAGORN عن الحمض النووي الريبوزي الناقل (tRNA) والحمض النووي الريبوزي الناقل المعدل (tmRNA) في تسلسلات النيوكليوتيدات.	tRNA tmRNA	خادم الويب. مؤرشف بتاريخ 3 يوليو 2011 في أرشيف الإنترنت (Wayback Machine). المصدر مؤرشف بتاريخ 3 يوليو 2011 في أرشيف الإنترنت (Wayback Machine).	^{[ 155 ]}
قارئ miReader	يُعدّ miReader الأول من نوعه في الكشف عن جزيئات miRNA الناضجة دون الاعتماد على التسلسلات الجينومية أو المرجعية. حتى الآن، كان اكتشاف جزيئات miRNA مقتصراً على الأنواع التي تتوفر لها تسلسلات جينومية أو مرجعية، إذ اعتمدت معظم أدوات اكتشاف miRNA على تحديد جزيئات pre-miRNA المرشحة. ونتيجةً لذلك، اقتصرت دراسة بيولوجيا miRNA في الغالب على الكائنات النموذجية. يُمكّن miReader من التمييز المباشر بين جزيئات miRNA الناضجة وبيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي الصغير، دون الحاجة إلى تسلسلات جينومية مرجعية. وقد طُوّر البرنامج للعديد من الشعب والأنواع، بدءاً من الفقاريات وصولاً إلى النماذج النباتية. وقد أظهرت اختبارات التحقق المكثفة دقةً تتجاوز 90% باستمرار.	miRNA ناضج	webserver/source webserver/source	^{[ 156 ]}
miRNAminer	بالنظر إلى استعلام البحث، يتم تحديد المتماثلات المرشحة باستخدام بحث BLAST ثم يتم اختبارها لخصائص miRNA المعروفة، مثل البنية الثانوية والطاقة والمحاذاة والحفظ، من أجل تقييم دقتها.	الحمض النووي الريبي الميكروي	خادم الويب	^{[ 157 ]}
RISCbinder	التنبؤ بالسلسلة الدليلية للحمض النووي الريبي الميكروي.	ميكرو آر إن إيه ناضج	خادم الويب	^{[ 158 ]}
RNAmicro	نهج قائم على SVM، بالاقتران مع مرشح غير صارم للهياكل الثانوية المتفق عليها، قادر على التعرف على سلائف microRNA في عمليات محاذاة التسلسل المتعددة.	الحمض النووي الريبي الميكروي	الصفحة الرئيسية مؤرشفة بتاريخ 16 أغسطس 2009 على موقع Wayback Machine	^{[ 159 ]}
RNAmmer	يستخدم برنامج RNAmmer برنامج HMMER لترقيم جينات الحمض النووي الريبوزي (rRNA) في تسلسلات الجينوم. وقد تم بناء الملفات التعريفية باستخدام عمليات محاذاة من قاعدة بيانات الحمض النووي الريبوزي الأوروبية ^{[ 160 ]} وقاعدة بيانات الحمض النووي الريبوزي 5S ^{[ 161 ] .}	الحمض النووي الريبوزي	مصدر خادم الويب، مؤرشف بتاريخ 13 يونيو 2019 على موقع Wayback Machine	^{[ 162 ]}
سنو ريبورت	يستخدم مزيجًا من التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي والتعلم الآلي المصمم للتعرف على الفئتين الرئيسيتين من الحمض النووي الريبي النووي الصغير، وهما الحمض النووي الريبي النووي الصغير من النوع C/D والحمض النووي الريبي النووي الصغير من النوع H/ACA، من بين تسلسلات الحمض النووي الريبي النووي غير المشفر المرشحة.	snoRNA	تمت أرشفة الكود المصدري بتاريخ 6 يوليو 2009 على موقع Wayback Machine.	^{[ 163 ]}
سنوسكان	ابحث عن جينات snoRNA الدليلة لمثيلة صندوق C/D في تسلسل جينومي.	snoRNA من نوع C/D box	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 164 ]}^{[ 165 ]}
tRNAscan-SE	برنامج للكشف عن جينات الحمض النووي الريبوزي الناقل في التسلسل الجينومي.	الحمض النووي الريبوزي الناقل (tRNA)	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 165 ]}^{[ 166 ]}
miRNAFold	برنامج سريع من البداية للبحث عن سلائف الحمض النووي الريبي الميكروي في الجينومات.	microRNA	خادم الويب	^{[ 167 ]}

برنامج البحث عن التماثل في الحمض النووي الريبي

اسم	وصف	وصلة	مراجع
فك الشفرة (برنامج)	تعتمد أداة FindNonCoding على منهجية استخراج الأنماط لاستخلاص الأنماط التسلسلية الأساسية والحلقات الدبوسية التي تمثل عائلة الحمض النووي الريبوزي غير المشفر، وتحديد التطابقات في الجينومات بسرعة. صُممت FindNonCoding لتكون سهلة الاستخدام، وتتميز بدقة عالية في العثور على الحمض النووي الريبوزي غير المشفر مع معدل اكتشاف خاطئ منخفض.	شفرة المصدر	^{[ 168 ]}
إربين	برنامج "Easy RNA Profile IdentificatioN" هو برنامج بحث عن أنماط الحمض النووي الريبوزي (RNA) يقرأ تسلسلًا متوازيًا وبنية ثانوية، ويستنتج تلقائيًا "ملفًا إحصائيًا للبنية الثانوية" (SSP). ثم تقوم خوارزمية برمجة ديناميكية مبتكرة بمطابقة هذا الملف الإحصائي مع أي قاعدة بيانات مستهدفة، لإيجاد الحلول ودرجاتها المرتبطة بها.	خادم ويب لشفرة المصدر ، مؤرشف بتاريخ 29 سبتمبر 2011 على موقع Wayback Machine.	^{[ 169 ]}^{[ 170 ]}^{[ 171 ]}
جهنمي	يُستخدم برنامج "استدلال محاذاة الحمض النووي الريبي" للبحث في قواعد بيانات تسلسل الحمض النووي عن تشابهات بنية الحمض النووي الريبي وتسلسله. وهو تطبيق لحالة خاصة من قواعد النحو العشوائية الخالية من السياق، والتي تُسمى نماذج التغاير.	شفرة المصدر	^{[ 172 ]}^{[ 173 ]}^{[ 174 ]}
مجموعة الرسوم البيانية	طريقة سريعة لتجميع البنى الهيكلية للحمض النووي الريبي (RNA) لتحديد البنى الثانوية الشائعة (المحلية) للحمض النووي الريبي. تُعرض المجموعات الهيكلية المتوقعة على شكل محاذاة. وبفضل التعقيد الزمني الخطي للتجميع، يُمكن تحليل مجموعات بيانات كبيرة من الحمض النووي الريبي.	شفرة المصدر	^{[ 64 ]}
PHMMTS	"نماذج ماركوف المخفية الزوجية على الهياكل الشجرية" هي امتداد لنماذج ماركوف المخفية الزوجية المعرفة على محاذاة الأشجار.	شفرة المصدر ، خادم الويب	^{[ 175 ]}
ريفينا	مرشح تسلسلي بطيء ودقيق أو سريع واستدلالي لنماذج التغاير.	تمت أرشفة الكود المصدري بتاريخ 28 مايو 2008 على موقع Wayback Machine.	^{[ 176 ]}^{[ 177 ]}
بحث	يأخذ تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) مع بنيته الثانوية ويستخدم خوارزمية محاذاة محلية للبحث في قاعدة بيانات عن الحمض النووي الريبي المتماثل.	شفرة المصدر	^{[ 178 ]}
المُهيكل	برنامج فائق السرعة للبحث عن الأنماط الهيكلية للحمض النووي الريبي باستخدام خوارزمية مطابقة ثنائية الاتجاه مبتكرة تعتمد على الفهرسة بالإضافة إلى استراتيجية جديدة وسريعة لربط الأجزاء.	شفرة المصدر	^{[ 179 ]}
راليجناتور	خوارزميات سريعة عبر الإنترنت وقائمة على الفهرسة للبحث التقريبي عن أنماط بنية تسلسل الحمض النووي الريبي	شفرة المصدر	^{[ 180 ]}

المعايير

اسم	وصف	البنية ^{[ ملاحظة 1 ]}	المحاذاة ^{[ ملاحظة 2 ]}	نسالة	روابط	مراجع
BRalibase I	مقارنة شاملة لأساليب التنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي المقارنة	نعم	لا	لا	بيانات	^{[ 181 ]}
BRalibase II	معيار لبرامج محاذاة التسلسلات المتعددة على الحمض النووي الريبي الهيكلي	لا	نعم	لا	تمت أرشفة البيانات بتاريخ 30 أبريل 2011 على موقع Wayback Machine.	^{[ 182 ]}
BRalibase 2.1	معيار لبرامج محاذاة التسلسلات المتعددة على الحمض النووي الريبي الهيكلي	لا	نعم	لا	تمت أرشفة البيانات بتاريخ 25 مايو 2010 على موقع Wayback Machine.	^{[ 183 ]}
قاعدة بيانات BRalibase III	تقييم نقدي لأداء طرق البحث عن التشابه على الحمض النووي الريبي غير المشفر	لا	نعم	لا	تمت أرشفة البيانات بتاريخ 2 مايو 2011 على موقع Wayback Machine.	^{[ 184 ]}
CompaRNA	مقارنة مستقلة بين طرق التسلسل الفردي والطرق المقارنة للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي	نعم	لا	لا	تم أرشفة نسخة AMU بتاريخ 10-10-2010 على موقع Wayback Machine أو نسخة IIMCB	^{[ 185 ]}
إيتيرنا بنش	قاعدة بيانات تضم بيانات هيكلية متنوعة وعالية الإنتاجية تم جمعها من خلال مشروع تصميم الحمض النووي الريبي (RNA) الذي يعتمد على التعهيد الجماعي Eterna	نعم	لا	لا	بيانات
اختبار الحمض النووي الريبي	اختبار لمحاذاة تسلسل الحمض النووي الريبي المتعدد يعتمد كليًا على هياكل الحمض النووي الريبي ثلاثية الأبعاد المعروفة	نعم	نعم	لا	بيانات	^{[ 186 ]}
ملحوظات ↑ الهيكل: أدوات التنبؤ بالهيكل المعياري<نعم\|لا>. ↑ المحاذاة: أدوات محاذاة المعايير<نعم\|لا>.

مشاهدو المحاذاة، والمحررون

اسم	وصف	المحاذاة ^{[ ملاحظة 1 ]}	البنية ^{[ ملاحظة 2 ]}	وصلة	مراجع
للبيع	أداة لمحاذاة وتحرير تسلسل الحمض النووي الريبي المتزامن والبنية الثانوية	نعم	نعم	شفرة المصدر	^{[ 187 ]}
كولورستوك ، إس إس كولور ، راتون	Colorstock، وهو برنامج نصي يعمل عبر سطر الأوامر باستخدام ألوان ANSI الطرفية؛ وSScolor، وهو برنامج نصي مكتوب بلغة Perl يُنشئ صفحات HTML ثابتة؛ وRaton، وهو تطبيق ويب بتقنية Ajax يُنشئ صفحات HTML ديناميكية. يمكن استخدام كل أداة لتلوين محاذاة الحمض النووي الريبوزي (RNA) حسب البنية الثانوية ولإبراز الطفرات التعويضية في السيقان بصريًا.	نعم	نعم	تمت أرشفة الكود المصدري بتاريخ 21 أغسطس 2008 على موقع Wayback Machine .	^{[ 188 ]}
متصفح الجينوم المتكامل (IGB)	عارض محاذاة متعددة مكتوب بلغة جافا .	نعم	لا	شفرة المصدر	^{[ 189 ]}
جالفيو	محرر محاذاة متعدد مكتوب بلغة جافا .	نعم	لا	شفرة المصدر	^{[ 190 ]}^{[ 191 ]}
رالي	وضع رئيسي لمحرر النصوص Emacs . يوفر وظائف تساعد في عرض وتحرير محاذاة التسلسلات المتعددة للحمض النووي الريبي المهيكل.	نعم	نعم	شفرة المصدر	^{[ 192 ]}
سارس	محرر تسلسل رسومي للعمل مع المحاذاة الهيكلية للحمض النووي الريبي (RNA).	نعم	نعم	شفرة المصدر	^{[ 193 ]}
ملحوظات ↑ المحاذاة: عرض وتعديل المحاذاة ، <نعم\|لا>. ↑ الهيكل: عرض وتعديل الهيكل ، <نعم\|لا>.

الطي العكسي، تصميم الحمض النووي الريبي

اسم	وصف	وصلة	مراجع
	تصميم الحالة الواحدة
إيترنا / إيترنا بوت	لعبة طي الحمض النووي الريبوزي (RNA) تتحدى اللاعبين لإنشاء تسلسلات تُطوى لتكوين بنية RNA مستهدفة. يتم تصنيع أفضل التسلسلات للغز معين، وتُفحص بنيتها من خلال التخطيط الكيميائي. بعد ذلك، تُقيّم التسلسلات بناءً على مدى تطابق البيانات مع البنية المستهدفة، ويُقدّم للاعبين تقييمٌ لها. EteRNABot هو تطبيق برمجي يعتمد على قواعد تصميم مُقدّمة من لاعبي EteRNA.	لعبة إيتيرنا مؤرشفة بتاريخ 9 يوليو 2014 على موقع Wayback Machine، وخادم الويب إيتيرنا بوت.	^{[ 194 ]}
RNAinverse	توفر حزمة ViennaRNA برنامج RNAinverse، وهو خوارزمية لتصميم التسلسلات ذات البنية المطلوبة.	خادم الويب	^{[ 21 ]}
RNAiFold	نهجٌ كاملٌ لطي الحمض النووي الريبي العكسي، قائمٌ على برمجة القيود ومُنفَّذٌ باستخدام أدوات بحوث العمليات ، يسمح بتحديد نطاقٍ واسعٍ من قيود التصميم. يوفر برنامج RNAiFold خوارزميتين لحل مشكلة الطي العكسي: الأولى، RNA-CPdesign، التي تستكشف فضاء البحث بالكامل؛ والثانية، RNA-LNSdesign، القائمة على خوارزمية البحث في الجوار الكبير، وهي مناسبةٌ لتصميم البنى الكبيرة. كما يُمكن للبرنامج تصميم جزيئات الحمض النووي الريبي المتفاعلة باستخدام RNAcofold من حزمة ViennaRNA . يتوفر تطبيقٌ سابقٌ كامل الوظائف، مؤرشفٌ بتاريخ 22 يوليو 2014 على موقع Wayback Machine باستخدام COMET.	شفرة مصدر خادم الويب	^{[ 195 ]}^{[ 196 ]}^{[ 197 ]}
RNA-SSD / مصمم الحمض النووي الريبي	تعتمد طريقة RNA-SSD (مصمم البنية الثانوية للحمض النووي الريبي) أولاً على تعيين القواعد بشكل احتمالي لكل موقع بناءً على نماذج احتمالية. بعد ذلك، يتم استخدام بحث محلي عشوائي لتحسين هذا التسلسل. يتوفر برنامج RNA-SSD للعموم تحت اسم RNA Designer على موقع RNASoft الإلكتروني.	خادم الويب	^{[ 198 ]}
معلومات-RNA	يستخدم برنامج INFO-RNA نهج البرمجة الديناميكية لتوليد تسلسل بداية مُحسَّن للطاقة، والذي يتم تحسينه لاحقًا بشكل أكبر من خلال بحث محلي عشوائي يستخدم طريقة فعالة لاختيار الجوار.	شفرة مصدر خادم الويب	^{[ 199 ]}^{[ 200 ]}
RNAexinv	يُعدّ RNAexinv امتدادًا لبرنامج RNAinverse لتوليد تسلسلات لا تقتصر وظيفتها على الطي في بنية مرغوبة فحسب، بل يجب أن تُظهر أيضًا سمات مُحددة مثل الاستقرار الديناميكي الحراري ومقاومة الطفرات. لا يُنتج هذا النهج بالضرورة تسلسلًا يُطابق بنية الإدخال تمامًا، بل يُنتج تجريدًا للشكل، أي أنه يُحافظ على تجاور وتداخل العناصر البنيوية، ولكنه يتجاهل أطوال الحلزونات والعدد الدقيق للمواقع غير المزدوجة فيها.	شفرة المصدر	^{[ 201 ]}
RNA-ensign	يطبق هذا النهج خوارزمية فعّالة لأخذ العينات على مستوى العالم لدراسة المشهد الطفري في ظل قيود هيكلية وديناميكية حرارية. ويُظهر الباحثون أن نهج أخذ العينات على مستوى العالم أكثر قوة، وأكثر نجاحًا، ويُنتج تسلسلات أكثر استقرارًا ديناميكيًا حراريًا من النهج المحلي.	شفرة المصدر	^{[ 202 ]}
الاحتجاز	برنامج بديل لبرنامج RNA-ensign، قادر على تصميم تسلسلات محددة بمحتوى GC معين باستخدام مجموعة بولتزمان الموزونة بـ GC والتراجع العشوائي.	شفرة المصدر	^{[ 203 ]}
DSS-Opt	تستخدم ديناميكيات تحسين فضاء التسلسل (DSS-Opt) ديناميكيات نيوتن في فضاء التسلسل، مع مصطلح تصميم سلبي ومحاكاة التلدين لتحسين التسلسل بحيث يطوى إلى البنية الثانوية المطلوبة.	شفرة المصدر	^{[ 204 ]}
مودينا	يُفسّر هذا النهج عملية الطي العكسي للحمض النووي الريبي (RNA) على أنها مسألة تحسين متعددة الأهداف، ويحلّها باستخدام خوارزمية جينية. وفي نسخته الموسّعة، يستطيع برنامج MODENA تصميم هياكل الحمض النووي الريبي ذات العقد الكاذبة بمساعدة IPknot.	شفرة المصدر	^{[ 205 ]}^{[ 206 ]}
مخطط علاقات الكيانات (ERD)	^{يمكن استخدام تصميم الحمض النووي الريبوزي}^{التطوري} ( ERD ⁾ لتصميم تسلسلات الحمض النووي الريبوزي التي تتخذ بنية مستهدفة محددة. تحتوي أي بنية ثانوية للحمض النووي الريبوزي على مكونات هيكلية مختلفة، لكل منها طول مختلف. لذلك، في الخطوة الأولى، يُعاد بناء التسلسلات الفرعية للحمض النووي الريبوزي (مجموعات) التي تُقابل المكونات المختلفة ذات الأطوال المختلفة. باستخدام هذه المجموعات، يُعيد تصميم الحمض النووي الريبوزي التطوري بناء تسلسل أولي للحمض النووي الريبوزي متوافق مع البنية المستهدفة المحددة. ثم يستخدم تصميم الحمض النووي الريبوزي التطوري خوارزمية تطورية لتحسين جودة التسلسلات الفرعية التي تُقابل المكونات. تتمثل المساهمات الرئيسية لتصميم الحمض النووي الريبوزي التطوري في استخدام تسلسلات الحمض النووي الريبوزي الطبيعية، وطريقة مختلفة لتقييم التسلسلات في كل مجموعة، وتفكيك هرمي مختلف للبنية المستهدفة إلى بنى فرعية أصغر.	تمت أرشفة خادم الويب بتاريخ 19 أكتوبر 2014 في أرشيف الإنترنت (Wayback Machine). تمت أرشفة شفرة المصدر بتاريخ 19 أكتوبر 2014 في أرشيف الإنترنت (Wayback Machine).	^{[ 207 ]}
مضاد الحمض النووي الريبي	تستخدم هذه الطريقة نموذجًا استدلاليًا لمحاكاة سلوك مستعمرات النمل لحل مشكلة الطي العكسي. تُظهر تسلسلات الحمض النووي الريبوزي (RNA) المصممة توافقًا عاليًا مع قيود البنية والتسلسل المُدخلة. والأهم من ذلك، إمكانية التحكم بدقة عالية في قيمة GC للتسلسل المصمم. كما يُمكن أخذ عينات من توزيع قيمة GC لمجموعات الحلول، وتحديد قيم GC متعددة ضمن نطاق تسلسلي محدد. وبفضل التقييم المرن للتسلسلات الوسيطة باستخدام برامج مثل RNAfold وpKiss وHotKnots وIPKnot، يُمكن حل البنى الثانوية المتداخلة للحمض النووي الريبوزي، بالإضافة إلى بنى العقد الكاذبة من النوعين H وK، باستخدام هذه الطريقة.	شفرة مصدر خادم الويب	^{[ 208 ]}^{[ 209 ]}
	تصميم الحالة المزدوجة
switch.pl	توفر حزمة ViennaRNA برنامجًا مكتوبًا بلغة Perl لتصميم تسلسلات الحمض النووي الريبوزي (RNA) التي يمكنها اتخاذ حالتين. على سبيل المثال، تم تصميم مقياس حرارة الحمض النووي الريبوزي (RNA) بنجاح باستخدام هذا البرنامج، حيث تتغير حالته البنيوية تبعًا لدرجة حرارة البيئة المحيطة.	شفرة المصدر لصفحة الدليل	^{[ 210 ]}
صانع الريبوز	يهدف هذا النظام إلى تصميم جزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة (sRNA) ومنطقة 5'UTR الخاصة بجزيئات الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) المستهدفة. يُصمم الحمض النووي الريبوزي الصغير لتنشيط أو تثبيط التعبير البروتيني لجزيء mRNA. كما يُمكن تصميم أحد مكوني الحمض النووي الريبوزي فقط بشرط تثبيت التسلسل الآخر.	شفرة مصدر خادم الويب	^{[ 211 ]}
	تصميم متعدد الحالات
مخطط الحمض النووي الريبي	تعتمد مكتبة C++ هذه على خوارزمية أخذ عينات متعددة الأهداف من RNAdesign . وهي توفر واجهة SWIG للغتين Perl و Python، مما يتيح دمجها بسهولة مع أدوات متنوعة. وبالتالي، يمكن دمج أخذ عينات تسلسل متعددة الأهداف مع العديد من تقنيات التحسين ووظائف الهدف.	شفرة المصدر	^{[ 212 ]}
تصميم الحمض النووي الريبي	تعتمد الخوارزمية الأساسية على مزيج من تلوين الرسوم البيانية والتحسين المحلي الاستدلالي لإيجاد تسلسلات قادرة على التكيف مع عدة هيئات محددة مسبقًا. كما يمكن للبرنامج استخدام RNAcofold لتصميم أزواج تسلسلات الحمض النووي الريبي المتفاعلة.	شفرة المصدر	^{[ 213 ]}
فرناكنشتاين	يطبق Frnakenstein خوارزمية جينية لحل مشكلة طي الحمض النووي الريبي العكسي.	تمت أرشفة شفرة المصدر بتاريخ 23 يوليو 2014 على موقع Wayback Machine.	^{[ 214 ]}
مصمم معتمد من AR	مصمم الحمض النووي الريبي التغايري (ARDesigner) هو أداة عبر الإنترنت تحل مشكلة الطي العكسي من خلال دمج مقاومة الطفرات. إلى جانب البحث المحلي، زُوّد البرنامج بتقنية التلدين المحاكي للبحث الفعال عن حلول جيدة. وقد استُخدمت هذه الأداة لتصميم مقياس حرارة الحمض النووي الريبي .		^{[ 215 ]}

ملحوظات

عارضو ومحررو البنية الثانوية

اسم	وصف	وصلة	مراجع
عارض زائف	تصور تلقائي لهياكل العقدة الكاذبة للحمض النووي الريبي كرسوم بيانية مستوية.	تطبيق ويب/ثنائي	^{[ 216 ]}^{[ 217 ]}^{[ 218 ]}^{[ 219 ]}
أفلام الحمض النووي الريبي	تصفح المسارات المتسلسلة عبر مناظر البنية الثانوية للحمض النووي الريبي	شفرة المصدر	^{[ 220 ]}^{[ 221 ]}
فيروس حمى الضنك من نوع الحمض النووي الريبي	يهدف برنامج RNA-DV إلى توفير واجهة مستخدم رسومية سهلة الاستخدام لعرض وتصميم البنى الثانوية للحمض النووي الريبي (RNA). يتيح البرنامج للمستخدمين التفاعل مباشرةً مع بنية الحمض النووي الريبي وإجراء عمليات مثل تغيير محتوى التسلسل الأولي وربط/فصل روابط النيوكليوتيدات. كما يدمج حسابات الطاقة الديناميكية الحرارية، بما في ذلك أربعة نماذج طاقة رئيسية. يدعم برنامج RNA-DV ثلاثة تنسيقات إدخال، هي: CT وRNAML وdot bracket (dp).	شفرة المصدر	^{[ 222 ]}
RNA2D3D	برنامج لإنشاء وعرض ومقارنة نماذج ثلاثية الأبعاد للحمض النووي الريبي (RNA).	ثنائي	^{[ 223 ]}
بنية الحمض النووي الريبي	يحتوي برنامج RNAstructure على عارض للهياكل في ملفات ct. كما يمكنه مقارنة الهياكل المتوقعة باستخدام برنامج circleplot. ويمكن إخراج الهياكل كملفات postscript.	شفرة المصدر	^{[ 224 ]}
RNAView/RnamlView	استخدم برنامج RNAView لتحديد وتصنيف أنواع أزواج القواعد النيتروجينية المتكونة في هياكل الأحماض النووية تلقائيًا. استخدم برنامج RnamlView لترتيب هياكل الحمض النووي الريبوزي (RNA).	شفرة المصدر	^{[ 225 ]}
شعار RILogo	يصور هذا الرسم البياني عملية اقتران القواعد داخل/بين الجزيئات لاثنين من جزيئات الحمض النووي الريبي المتفاعلة مع شعارات التسلسل في رسم بياني مستوٍ.	خادم الويب / شفرة المصدر	^{[ 226 ]}
VARNA	أداة للرسم والتصور والتعليق الآلي على البنية الثانوية للحمض النووي الريبي (RNA)، صُممت في البداية كبرنامج مصاحب لخوادم الويب وقواعد البيانات.	شفرة مصدر تطبيق الويب	^{[ 227 ]}
فورنا	عارض ويب لعرض البنى الثانوية للحمض النووي الريبي (RNA) باستخدام تخطيط الرسم البياني الموجه بالقوة الذي توفره مكتبة d3.js للتصور. وهو يعتمد على fornac ، وهي حاوية جافا سكريبت لرسم البنية الثانوية ببساطة على صفحة ويب.	مصدر تطبيق الويب fornac مصدر forna	^{[ 228 ]}
R2R	برنامج لرسم مخططات توافقية جمالية للحمض النووي الريبي مع التعرف التلقائي على التغاير الزوجي. يستخدم برنامج Rfam هذا البرنامج لرسم كل من البنية المفردة المُعَلَّمة يدويًا والبنية المُحسَّنة بالتغاير باستخدام R-scape.	مصدر	^{[ 229 ]}
RNAcanvas	تطبيق ويب لرسم واستكشاف هياكل الأحماض النووية.	تطبيق ويب	^{[ 230 ]}
RNAscape	خوارزمية رسم الخرائط الهندسية لإنتاج مخطط ثنائي الأبعاد لبنية الحمض النووي الريبي ثلاثي الأبعاد، والتي تحاول الحفاظ على طوبولوجيا التفاعل الثلاثي، يتم توفيرها من خلال خادم ويب تفاعلي مع خيارات تخصيص متنوعة.	خادم الويب شفرة المصدر	^{[ 231 ]}

انظر أيضاً

مراجع

↑ هامادا م، كيريو هـ، ساتو ك، ميتوياما ت، أساي ك (فبراير 2009). "التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام مُقدِّرات المركز المعممة" . المعلوماتية الحيوية . 25 (4): 465-473 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn601 . PMID 19095700 .
↑ هامادا م، ساتو ك، كيريو هـ، ميتوياما ت، أساي ك (يونيو 2009). "توقعات البنية الثانوية للحمض النووي الريبي من خلال دمج معلومات التسلسل المتماثل" . المعلوماتية الحيوية . 25 (12): i330– i338. doi : 10.1093/bioinformatics/btp228 . PMC 2687982. PMID 19478007 .
↑Zakov S, Goldberg Y, Elhadad M, Ziv-Ukelson M (November 2011). "Rich parameterization improves RNA structure prediction". Journal of Computational Biology. 18 (11): 1525–1542. Bibcode:2011LNCS.6577..546Z. doi:10.1089/cmb.2011.0184. PMID 22035327.
↑Do CB, Woods DA, Batzoglou S (July 2006). "CONTRAfold: RNA secondary structure prediction without physics-based models". Bioinformatics. 22 (14): e90–e98. doi:10.1093/bioinformatics/btl246. PMID 16873527.
1 2Schroeder SJ, Stone JW, Bleckley S, Gibbons T, Mathews DM (July 2011). "Ensemble of secondary structures for encapsidated satellite tobacco mosaic virus RNA consistent with chemical probing and crystallography constraints". Biophysical Journal. 101 (1): 167–175. Bibcode:2011BpJ...101..167S. doi:10.1016/j.bpj.2011.05.053. PMC 3127170. PMID 21723827.
↑Bindewald E, Kluth T, Shapiro BA (July 2010). "CyloFold: secondary structure prediction including pseudoknots". Nucleic Acids Research. 38 (Web Server issue): W368–W372. doi:10.1093/nar/gkq432. PMC 2896150. PMID 20501603.
↑Chen X, Li Y, Umarov R, Gao X, Song L (2020). "RNA Secondary Structure Prediction By Learning Unrolled Algorithms". arXiv:2002.05810 [cs.LG].
↑Chen, X., Li, Y., Umarov, R., Gao, X., and Song, L. RNAsecondary structure prediction by learning unrolled algorithms. In International Conference on Learning Representations, 2020. URL https://openreview.net/forum?id=S1eALyrYDH.
↑ وايمينت-ستيل، هانا ك.؛ كلادوانغ، ويبابات؛ ستروم، ألكسندرا إ.؛ لي، جيهيونغ؛ ترويل، أدريان؛ بيكا، أليكس؛ داس، ريجو (2022). "تقييم وتحسين حزم البنية الثانوية للحمض النووي الريبي من خلال تجارب عالية الإنتاجية" . مجلة نيتشر ميثودز . 19 (10): 1234-1242 . doi : 10.1038/s41592-022-01605-0 . ISSN 1548-7105 . PMC 9839360. PMID 36192461 .
↑ سوينسون إم إس، أندرسون جيه، آش إيه، غاوراف بي، سوكوسد زد، بادر دي إيه، وآخرون . (يوليو 2012). " GTfold: تمكين التنبؤ المتوازي بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي على أجهزة سطح المكتب متعددة النوى" . BMC Research Notes . 5 341. doi : 10.1186/1756-0500-5-341 . PMC 3748833. PMID 22747589 .
↑ غوبتا، سواتي؛ بادماشالي، نامراتا؛ بال، ديبناث (نوفمبر 2023). "إنتربين: مستودع لحلقات إنهاء النسخ الذاتية في البكتيريا" . بيوشيمي . 214 (الجزء ب): 228-236 . doi : 10.1016/j.biochi.2023.07.018 . PMID 37499897 .
↑ غوبتا، سواتي؛ بال، ديبناث (10 أغسطس 2021). "تجمعات من حلقات الشعر تحفز إنهاء النسخ الذاتي في البكتيريا" . التقارير العلمية . 11 (1): 16194. Bibcode : 2021NatSR..1116194G . doi : 10.1038/s41598-021-95435-3 . ISSN 2045-2322 . PMC 8355165. PMID 34376740 .
↑ ساتو ك، كاتو ي، حمادة م، أكوتسو ت، أساي ك (يوليو 2011). "IPknot: تنبؤ سريع ودقيق بالبنى الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام العقد الكاذبة من خلال البرمجة العددية" . المعلوماتية الحيوية . 27 (13): i85– i93. doi : 10.1093/bioinformatics/btr215 . PMC 3117384. PMID 21685106 .
↑ Xayaphoummine A, Bucher T, Isambert H (يوليو 2005). "خادم ويب Kinefold للتنبؤ بمسار طي الحمض النووي الريبي/الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين وبنيته، بما في ذلك العقد الكاذبة والعقد" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 33 (عدد خوادم الويب): W605– W610. doi : 10.1093/nar/gki447 . PMC 1160208. PMID 15980546 .
↑ زايافومين أ، بوخر ت، ثالمان ف، إيزامبيرت هـ (ديسمبر 2003). "التنبؤ والإحصاءات الخاصة بالعقد الكاذبة في هياكل الحمض النووي الريبي باستخدام عمليات المحاكاة العشوائية المجمعة بدقة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 100 (26): 15310-15315 . arXiv : physics/0309117 . Bibcode : 2003PNAS..10015310X . doi : 10.1073 / pnas.2536430100 . PMC 307563. PMID 14676318 .
1 2 زوكر م، ستيغلر ب (يناير 1981). "الطي الأمثل لتسلسلات الحمض النووي الريبي الكبيرة باستخدام الديناميكا الحرارية والمعلومات المساعدة" . أبحاث الأحماض النووية . 9 (1): 133-148 . doi : 10.1093/nar/9.1.133 . PMC 326673. PMID 6163133 .
1 2 ثيس سي، جانسن إس، جيجيريش آر (2010). "التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي بما في ذلك أنماط دبابيس الشعر المتقاربة". في مولتون في، سينغ إم (محرران). الخوارزميات في المعلوماتية الحيوية . المجلد 6293 (سلسلة محاضرات في علوم الحاسوب ). سبرينغر برلين هايدلبرغ. الصفحات 52-64 . doi : 10.1007/978-3-642-15294-8_5 . ISBN 978-3-642-15293-1. PMC 7121939 .
↑ ريفاس إي، إيدي إس آر (فبراير 1999). "خوارزمية برمجة ديناميكية للتنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي بما في ذلك العقد الكاذبة". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 285 (5): 2053-2068 . arXiv : physics/9807048 . doi : 10.1006/jmbi.1998.2436 . PMID 9925784. S2CID 2228845 .
↑ ريدر ج، ستيفن ب، جيجيريش ر (يوليو 2007). "pknotsRG: طي العقدة الكاذبة في الحمض النووي الريبي، بما في ذلك البنى شبه المثلى والنوافذ المنزلقة" . أبحاث الأحماض النووية . 35 (عدد خادم الويب): W320– W324 . doi : 10.1093/nar/gkm258 . PMC 1933184. PMID 17478505 .
1 2 3 MD Serdakov؛ DR Bohdan؛ GI Nikolaev؛ JM Bujnicki؛ EF Baulin (يوليو 2026). "إعادة النظر في منهجية تعظيم أزواج القواعد للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام SQUARNA". bioRxiv 10.64898/2026.06.30.735492 .
1 2 3 4 5 6 7 هوفاكر إل، فونتانا دبليو، ستادلر بي إف، بونهوفر أ، تاكر إم، شوستر بي (1994). “الطي السريع ومقارنة الهياكل الثانوية للحمض النووي الريبي”. Monatshefte für Chemie . 125 (2): 167– 188. دوى : 10.1007 / BF00818163 . S2CID 19344304 .
↑ مكاسكيل، ج. س. (1990). "دالة التوزيع المتوازنة واحتمالات ارتباط أزواج القواعد للبنية الثانوية للحمض النووي الريبي". البوليمرات الحيوية . 29 ( 6-7 ): 1105-1119 . doi : 10.1002/bip.360290621 . hdl : 11858/00-001M- 0000-0013-0DE3-9 . PMID 1695107. S2CID 12629688 .
↑ هوفاكر، آي. إل.، وستادلر، بي. إف. (مايو 2006). "خوارزميات طي فعالة من حيث الذاكرة للبنى الثانوية الدائرية للحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 22 (10): 1172-1176 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl023 . PMID 16452114 .
↑ بومبفونويرر إيه إف، باكوفن آر، بيرنهارت إس إتش، هيرتل جيه، هوفاكر آي إل، ستادلر بي إف، ويل إس (يناير 2008). "اختلافات في طي الحمض النووي الريبي ومحاذاته: دروس مستفادة من بيناسك". مجلة البيولوجيا الرياضية . 56 ( 1-2 ): 129-144 . CiteSeerX 10.1.1.188.1420 . doi : 10.1007/s00285-007-0107-5 . PMID 17611759. S2CID 15637111 .
↑ جيجيريش ر، فوس ب، ريمسماير م (2004). " أشكال مجردة للحمض النووي الريبي" . أبحاث الأحماض النووية . 32 (16): 4843-4851 . doi : 10.1093/nar/gkh779 . PMC 519098. PMID 15371549 .
↑ فوس ب، جيغريش ر، ريمسماير م (فبراير 2006). "تحليل احتمالي كامل لأشكال الحمض النووي الريبي" . بي إم سي بيولوجي . 4 (1) 5. doi : 10.1186/1741-7007-4-5 . PMC 1479382. PMID 16480488 .
↑ ماثيوز، د.هـ.، ديزني، م.د.، تشايلدز، ج.ل.، شرودر، س.ج.، زوكر، م.، تيرنر، د.هـ. (مايو 2004). "دمج قيود التعديل الكيميائي في خوارزمية البرمجة الديناميكية للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 101 (19): 7287-7292 . Bibcode : 2004PNAS..101.7287M . doi : 10.1073/ pnas.0401799101 . PMC 409911. PMID 15123812 .
↑ ماثيوز، د. هـ. (أغسطس 2004). "استخدام دالة تقسيم البنية الثانوية للحمض النووي الريبي لتحديد مدى الثقة في أزواج القواعد المتوقعة من خلال تقليل الطاقة الحرة" . الحمض النووي الريبي . 10 (8): 1178-1190 . doi : 10.1261/rna.7650904 . PMC 1370608. PMID 15272118 .
↑ تسانغ إتش إتش، ويز كيه سي (2010). "SARNA-Predict: تحسين دقة التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام التلدين المحاكي القائم على التبديل". معاملات IEEE/ACM في علم الأحياء الحاسوبي والمعلوماتية الحيوية . 7 (4): 727-740 . Bibcode : 2010ITCBB...7..727T . doi : 10.1109/TCBB.2008.97 . PMID 21030739. S2CID 12095376 .
↑ seqfold ، Lattice Automation، 27-03-2022 ، تم الاطلاع عليه بتاريخ 27-03-2022
↑ دينغ واي، لورانس سي إي (ديسمبر 2003). " خوارزمية أخذ عينات إحصائية للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي" . أبحاث الأحماض النووية . 31 (24): 7280-7301 . doi : 10.1093/nar/gkg938 . PMC 297010. PMID 14654704 .
↑ دينغ واي، تشان سي واي، لورانس سي إي (يوليو 2004). "خادم ويب Sfold للطي الإحصائي والتصميم العقلاني للأحماض النووية" . أبحاث الأحماض النووية . 32 (عدد خوادم الويب): W135– W141 . doi : 10.1093/nar/gkh449 . PMC 441587. PMID 15215366 .
↑ دينغ واي، تشان سي واي، لورانس سي إي (أغسطس 2005). " التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام المراكز في مجموعة بولتزمان الموزونة" . الحمض النووي الريبي . 11 (8): 1157-1166 . doi : 10.1261/rna.2500605 . PMC 1370799. PMID 16043502 .
↑ تشان سي واي، لورانس سي إي، دينغ واي (أكتوبر 2005). "ميزات تجميع البنية على خادم الويب Sfold" . المعلوماتية الحيوية . 21 (20): 3926-3928 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti632 . PMID 16109749 .
↑ سينغ ج، هانسون ج، باليوال ك، تشو ي (نوفمبر 2019). "التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام مجموعة من الشبكات العصبية العميقة ثنائية الأبعاد والتعلم بالنقل" . نيتشر كوميونيكيشنز . 10 (1) 5407. Bibcode : 2019NatCo..10.5407S . doi : 10.1038/s41467-019-13395-9 . PMC 6881452. PMID 31776342 .
↑ بارساكي م، نوفوا إي إم، كيليس م، بيشيني أ (نوفمبر 2016). "SwiSpot: نمذجة مفاتيح الريبوزوم عن طريق تحديد تسلسلات التبديل" . المعلوماتية الحيوية . 32 (21): 3252-3259 . doi : 10.1093/bioinformatics/btw401 . hdl : 11568/817190 . PMID 27378291 .
↑ فو إل، كاو واي، وو جيه، بينغ كيو، ني كيو، شي إكس (فبراير 2022). "UFold: تنبؤ سريع ودقيق بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام التعلم العميق" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 50 (3): 14. doi : 10.1093 / nar/gkab1074 . PMC 8860580. PMID 34792173 .
↑ ماركهام، ن. ر.، وزوكر، م. (2008). "UNAFold". المعلوماتية الحيوية . مناهج في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 453. الصفحات 3-31 . doi : 10.1007/978-1-60327-429-6_1 . ISBN 978-1-60327-428-9PMID 18712296
↑ داوسون، دبليو كيه، فوجيوارا، كيه، كاواي، جي (سبتمبر 2007). "التنبؤ بالعقد الكاذبة في الحمض النووي الريبي باستخدام النمذجة الاستدلالية مع التخطيط والطي المتسلسل" . PLOS ONE . 2 (9) e905. Bibcode : 2007PLoSO...2..905D . doi : 10.1371/journal.pone.0000905 . PMC 1975678. PMID 17878940 .
↑ داوسون، دبليو كيه، تاكاي، تي، إيتو، إن، شيميزو، كيه، كاواي، جي (2014). "نموذج جديد للإنتروبيا للحمض النووي الريبي: الجزء الثالث. هل شكل منحنى طاقة الطي الحر للحمض النووي الريبي قمعي؟" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 5 (1): 2652. doi : 10.4081/jnai.2014.2652 .
↑ وانغ وآخرون (نوفمبر 2023). "trRosettaRNA: التنبؤ الآلي بالبنية ثلاثية الأبعاد للحمض النووي الريبي باستخدام شبكة المحولات" . Nature Communications . 14 (1) 7266. Bibcode : 2023NatCo..14.7266W . doi : 10.1038/s41467-023-42528-4 . PMC 10636060. PMID 37945552 .
↑ فريلسن ج، مولتكه إ، ثيم م، مارديا ك ف، فيركينغهوف-بورغ ج، هاملريك ت (يونيو 2009). "نموذج احتمالي للفضاء التوافقي للحمض النووي الريبي" . مجلة PLOS للبيولوجيا الحاسوبية . 5 (6) e1000406. رمز Bibcode : 2009PLSCB...5E0406F . doi : 10.1371/journal.pcbi.1000406 . PMC 2691987. PMID 19543381 .
↑ واتكينز، أندرو مارتن؛ رانجان، راميا؛ داس، ريجو (2020-08-04). "FARFAR2: تحسين التنبؤ بطيات الحمض النووي الريبي المعقدة باستخدام برنامج Rosetta" . Structure . 28 ( 8): 963–976.e6. doi : 10.1016/j.str.2020.05.011 . ISSN 0969-2126 . PMC 7415647. PMID 32531203 .
↑ شارما إس، دينغ إف، دوخوليان إن في (سبتمبر 2008). "iFoldRNA: التنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي ثلاثية الأبعاد وطيّه" . المعلوماتية الحيوية . 24 (17): 1951-1952 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn328 . PMC 2559968. PMID 18579566 .
↑ باريسيان م، ماجور ف (مارس 2008). "خط أنابيب MC-Fold وMC-Sym يستنتج بنية الحمض النووي الريبي من بيانات التسلسل". نيتشر . 452 ( 7183): 51-55 . Bibcode : 2008Natur.452...51P . doi : 10.1038/nature06684 . PMID 18322526. S2CID 4415777 .
↑ جونيكاس إم إيه، رادمر آر جيه، ليدراخ إيه، داس آر، بيرلمان إس، هيرشلاج دي، ألتمان آر بي (فبراير 2009). " نمذجة تقريبية لجزيئات الحمض النووي الريبي الكبيرة باستخدام إمكانات قائمة على المعرفة وفلاتر هيكلية" . الحمض النووي الريبي . 15 (2): 189-199 . doi : 10.1261/rna.1270809 . PMC 2924536. PMID 19144906 .
↑ كاجايا، يوكي؛ تشانغ، زيكونغ؛ ابتهاز، نبيل؛ وانغ، شياو؛ ناكامورا، تسوكاسا؛ بونورو، براناف ديب؛ كيهارا، دايسوكي (2025-01-21). "NuFold: منهج شامل للتنبؤ بالبنية الثلاثية للحمض النووي الريبي مع تمثيل مرن لمركز القاعدة النيتروجينية" . Nature Communications . 16 (1): 881. Bibcode : 2025NatCo..16..881K . doi : 10.1038/s41467-025-56261-7 . ISSN 2041-1723 . PMC 11751094. PMID 39837861 .
↑ فلوريس إس سي، ألتمان آر بي (سبتمبر 2010). "تحويل المعلومات التجريبية المحدودة إلى نماذج ثلاثية الأبعاد للحمض النووي الريبي" . الحمض النووي الريبي . 16 (9): 1769-1778 . doi : 10.1261/rna.2112110 . PMC 2648710. PMID 20651028 .
↑ بوبيندا م، سزاشنيوك م، أنتزاك م، بورزيكا كيه جيه، لوكاسياك ب، بارتول ن، وآخرون . (أغسطس 2012). "تركيب البنية ثلاثية الأبعاد الآلي للحمض النووي الريبي الكبير" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (14): e112. doi : 10.1093/nar/gks339 . PMC 3413140. PMID 22539264 .
↑ بيريكيه أو، توزيه إتش، دوشيه إم (يناير 2003). "إيجاد البنية المشتركة بين اثنين من الحمض النووي الريبي المتماثل" . المعلوماتية الحيوية . 19 (1): 108-116 . doi : 10.1093/bioinformatics/19.1.108 . PMID 12499300 .
↑ توزيت هـ، بيريكيه أ (يوليو 2004). "كارناك: عائلات طي الحمض النووي الريبي ذات الصلة" . أبحاث الأحماض النووية . 32. 32 (عدد خادم الويب): W142– W145 . doi : 10.1093/nar/gkh415 . PMC 441553. PMID 15215367 .
↑ حمادة م، ساتو ك، أساي ك (يناير 2011). "تحسين دقة التنبؤ بالبنية الثانوية لتسلسلات الحمض النووي الريبي المتراصفة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (2): 393-402 . doi : 10.1093/nar/gkq792 . PMC 3025558. PMID 20843778 .
↑ هامادا م، ساتو ك، كيريو هـ، ميتوياما ت، أساي ك (ديسمبر 2009). "CentroidAlign: أداة محاذاة سريعة ودقيقة للحمض النووي الريبوزي المهيكل من خلال تعظيم مجموع نقاط الأزواج المتوقعة" . المعلوماتية الحيوية . 25 (24): 3236-3243 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp580 . PMID 19808876 .
↑ ياو ز، واينبرغ ز، روزو دبليو إل (فبراير 2006). "CMfinder - خوارزمية لإيجاد أنماط الحمض النووي الريبي تعتمد على نموذج التغاير" . المعلوماتية الحيوية . 22 (4): 445-452 . doi : 10.1093/bioinformatics/btk008 . PMID 16357030 .
↑ داول، آر. دي.، وإيدي ، إس. آر. (سبتمبر 2006). "التنبؤ الفعال ببنية الحمض النووي الريبي (RNA) ومحاذاته باستخدام قيود محاذاة التسلسل" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 7 (1) 400. doi : 10.1186/1471-2105-7-400 . PMC 1579236. PMID 16952317 .
^ ساتو ك، كاتو واي، أكوتسو تي، أساي ك، ساكاكيبارا واي (ديسمبر 2012). "DAFS: المحاذاة والطي المتزامن لتسلسلات الحمض النووي الريبي (RNA) عبر التحلل المزدوج" . المعلوماتية الحيوية . 28 (24): 3218-3224 . دوى : 10.1093/المعلوماتية الحيوية/BTS612 . بميد 23060618 .
↑ ماثيوز، د. هـ.، وتيرنر، د. هـ. (مارس 2002). "داين ألاين: خوارزمية لإيجاد البنية الثانوية المشتركة بين سلسلتين من الحمض النووي الريبي". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 317 (2): 191-203 . doi : 10.1006/jmbi.2001.5351 . PMID 11902836 .
↑ ماثيوز، د. هـ. (مايو 2005). "التنبؤ بمجموعة من البنى الثانوية للحمض النووي الريبي ذات الطاقة الحرة الدنيا المشتركة بين سلسلتين" . المعلوماتية الحيوية . 21 (10): 2246-2253 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti349 . PMID 15731207 .
↑ هارمانسي ، أ.و.، شارما، ج.، ماثيوز، د.هـ. (أبريل 2007). "التنبؤ الفعال ببنية الحمض النووي الريبي الثنائي باستخدام قيود المحاذاة الاحتمالية في داين ألاين" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 8 (1) 130. doi : 10.1186/1471-2105-8-130 . PMC 1868766. PMID 17445273 .
↑ سوندفيلد د، هافغارد جيه إتش، دي ميلو إيه سي، غورودكين جيه (أبريل 2016). "Foldalign 2.5: تطبيق متعدد الخيوط لمحاذاة الحمض النووي الريبي البنيوي الثنائي" . المعلوماتية الحيوية . 32 (8): 1238-1240 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv748 . PMC 4824132. PMID 26704597 .
↑ تورارينسون إي، هافغارد جيه إتش، غورودكين جيه (أبريل 2007). "محاذاة وتجميع تسلسلات الحمض النووي الريبي (RNA) متعددة البنية" . المعلوماتية الحيوية . 23 (8): 926-932 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm049 . PMID 17324941 .
↑ ميلو ن، زاكوف س، كاتزينلسون إ، باخمات إ، دينيتز ي، زيف-أوكيلسون م (2012). "مقارنات شجرة الحمض النووي الريبوزي عبر محاذاة غير جذرية وغير مرتبة". خوارزميات في المعلوماتية الحيوية . سلسلة محاضرات في علوم الحاسوب. المجلد 7534. الصفحات 135-148 . doi : 10.1007/978-3-642-33122-0_11 . ISBN 978-3-642-33121-3.
↑ ميلو ن، زاكوف س، كاتزينلسون إي، باخمات إي، دينيتز ي، زيف-أوكيلسون م (أبريل 2013). "محاذاة الأشجار الفرعية المتماثلة غير المتجذرة وغير المرتبة لأشجار الحمض النووي الريبي" . خوارزميات البيولوجيا الجزيئية . 8 (1) 13. doi : 10.1186/1748-7188-8-13 . PMC 3765143. PMID 23590940 .
1 2 3 هاين إس، كوستا إف، روز دي، باكوفن آر (يونيو 2012). "GraphClust: التجميع الهيكلي غير المعتمد على المحاذاة للبنى الثانوية المحلية للحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 28 (12): i224– i232. doi : 10.1093/bioinformatics/bts224 . PMC 3371856. PMID 22689765 .
↑ بيندوالد إي، شابيرو بي إيه (مارس 2006). "التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي من خلال محاذاة التسلسلات باستخدام شبكة من مصنفات الجوار الأقرب k" . الحمض النووي الريبي . 12 (3): 342-352 . doi : 10.1261/rna.2164906 . PMC 1383574. PMID 16495232 .
↑ باور م، كلاو ج.و، رينرت ك (يوليو 2007). "محاذاة دقيقة متعددة لتسلسلات الحمض النووي الريبي باستخدام التحسين التوافقي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 8 (1) 271. doi : 10.1186/1471-2105-8-271 . PMC 1955456. PMID 17662141 .
↑ ويل إس، رايش كيه، هوفاكر آي إل، ستادلر بي إف، باكوفن آر (أبريل 2007). "استنتاج عائلات وفئات الحمض النووي الريبوزي غير المشفر باستخدام التجميع القائم على بنية الجينوم" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 3 (4) e65. Bibcode : 2007PLSCB...3...65W . doi : 10.1371/journal.pcbi.0030065 . PMC 1851984. PMID 17432929 .
↑ ليندغرين إس، غاردنر بي بي، كروغ إيه (ديسمبر 2006). "قياس التباين المشترك في محاذاة الحمض النووي الريبي: الواقعية الفيزيائية تُحسّن مقاييس المعلومات" . المعلوماتية الحيوية . 22 (24): 2988-2995 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl514 . PMID 17038338 .
↑ ليندغرين إس، غاردنر بي بي، كروغ إيه (ديسمبر 2007). "ماستر: محاذاة متعددة وتوقع بنية الحمض النووي الريبي غير المشفر باستخدام التلدين المحاكي". المعلوماتية الحيوية . 23 (24): 3304-3311 . CiteSeerX 10.1.1.563.7072 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm525 . PMID 18006551 .
↑ Xu Z, Mathews DH (مارس 2011). "Multilign: خوارزمية للتنبؤ بالبنى الثانوية المحفوظة في تسلسلات الحمض النووي الريبي المتعددة" . المعلوماتية الحيوية . 27 (5): 626-632 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq726 . PMC 3042186. PMID 21193521 .
↑ كيريو هـ، تابي ي، كين ت، أساي ك (يوليو 2007). "مورليت: أداة عملية للمحاذاة المتعددة لتسلسلات الحمض النووي الريبي البنيوية" . المعلوماتية الحيوية . 23 (13): 1588-1598 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm146 . PMID 17459961 .
↑ تابي واي، كيريو إتش، كين تي، أساي كيه (يناير 2008). "طريقة سريعة للمحاذاة الهيكلية المتعددة لتسلسلات الحمض النووي الريبي الطويلة" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 9 (1) 33. رمز Bibcode : 2008BMCBi...9...33T . doi : 10.1186/1471-2105-9-33 . PMC 2375124. PMID 18215258 .
↑ هارمانسي، أ.و.، شارما، ج.، ماثيوز، د.هـ. (أبريل 2008). "PARTS: محاذاة احتمالية للتنبؤ بالبنية الثانوية لبروتين RNA joinT" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 36 (7): 2406-2417 . doi : 10.1093/nar/gkn043 . PMC 2367733. PMID 18304945 .
↑ كنودسن ب، هاين ج (يونيو 1999). "التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام قواعد نحوية عشوائية خالية من السياق والتاريخ التطوري" . المعلوماتية الحيوية . 15 (6): 446-454 . doi : 10.1093/bioinformatics/15.6.446 . PMID 10383470 .
↑ كنودسن ب، هاين ج (يوليو 2003). "Pfold: التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام قواعد نحوية عشوائية خالية من السياق" . أبحاث الأحماض النووية . 31 (13): 3423-3428 . doi : 10.1093/nar/gkg614 . PMC 169020. PMID 12824339 .
↑ سيمان إس إي، غورودكين جيه، باكوفن آر (نوفمبر 2008). "توحيد المعلومات التطورية والديناميكية الحرارية لطي الحمض النووي الريبي في عمليات المحاذاة المتعددة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 36 (20): 6355-6362 . doi : 10.1093/nar/gkn544 . PMC 2582601. PMID 18836192 .
↑ دوس جي، ميتزلر دي (سبتمبر 2012). "أخذ عينات بايزية من البنى الثانوية للحمض النووي الريبي المحفوظة تطوريًا مع العقد الكاذبة" . المعلوماتية الحيوية . 28 (17): 2242-2248 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts369 . PMID 22796961 .
↑ هوفاكر، آي. إل.، بيرنهارت، إس. إتش.، ستادلر، بي. إف. (سبتمبر 2004). "محاذاة مصفوفات احتمالية اقتران قواعد الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 20 (14): 2222-2227 . doi : 10.1093/bioinformatics/bth229 . PMID 15073017 .
↑ وي د، ألبرت إل في، لورانس سي إي (سبتمبر 2011). "RNAG: أداة جديدة لأخذ عينات جيبس للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي للتسلسلات غير المتراصفة" . المعلوماتية الحيوية . 27 (18): 2486-2493 . doi : 10.1093/bioinformatics/btr421 . PMC 3167047. PMID 21788211 .
↑ ويلم أ، هيغينز دي جي، نوتردام سي (مايو 2008). "آر-كوفي: طريقة للمحاذاة المتعددة للحمض النووي الريبي غير المشفر" . أبحاث الأحماض النووية . 36 (9): e52. doi : 10.1093/nar/ gkn174 . PMC 2396437. PMID 18420654 .
↑ موريتي إس، ويلم إيه، هيغينز دي جي، زيناريوس آي، نوتردام سي (يوليو 2008). "آر-كوفي: خادم ويب لمحاذاة تسلسلات الحمض النووي الريبوزي غير المشفر بدقة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 36 (عدد خوادم الويب): W10– W13 . doi : 10.1093/nar/gkn278 . PMC 2447777. PMID 18483080 .
↑ هارمانسي، أ.و.، شارما ، ج.، ماثيوز، د.هـ. (أبريل 2011). "TurboFold: التقدير الاحتمالي التكراري للبنى الثانوية لتسلسلات الحمض النووي الريبي المتعددة" . BMC Bioinformatics . 12 (1) 108. doi : 10.1186/1471-2105-12-108 . PMC 3120699. PMID 21507242 .
↑ سيتين إم جي، ماثيوز دي إتش (مارس 2012). "TurboKnot: التنبؤ السريع بالبنى الثانوية المحفوظة للحمض النووي الريبي، بما في ذلك العقد الكاذبة" . المعلوماتية الحيوية . 28 (6): 792-798 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts044 . PMC 3307117. PMID 22285566 .
↑Rivas E, Clements J, Eddy SR (January 2017). "A statistical test for conserved RNA structure shows lack of evidence for structure in lncRNAs". Nature Methods. 14 (1): 45–48. doi:10.1038/nmeth.4066. PMC 5554622. PMID 27819659.
↑Hofacker IL, Fekete M, Stadler PF (June 2002). "Secondary structure prediction for aligned RNA sequences". Journal of Molecular Biology. 319 (5): 1059–1066. doi:10.1016/S0022-2836(02)00308-X. PMID 12079347.
↑Voss B (2006). "Structural analysis of aligned RNAs". Nucleic Acids Research. 34 (19): 5471–5481. doi:10.1093/nar/gkl692. PMC 1636479. PMID 17020924.
↑Reeder J, Giegerich R (September 2005). "Consensus shapes: an alternative to the Sankoff algorithm for RNA consensus structure prediction". Bioinformatics. 21 (17): 3516–3523. doi:10.1093/bioinformatics/bti577. PMID 16020472.
↑Höchsmann M, Töller T, Giegerich R, Kurtz S (2003). "Local similarity in RNA secondary structures". Proceedings. IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. 2: 159–168. PMID 16452790.
↑Höchsmann M, Voss B, Giegerich R (2004). "Pure multiple RNA secondary structure alignments: a progressive profile approach". IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 1 (1): 53–62. doi:10.1109/TCBB.2004.11. PMID 17048408. S2CID 692442.
↑Hamada M, Tsuda K, Kudo T, Kin T, Asai K (October 2006). "Mining frequent stem patterns from unaligned RNA sequences". Bioinformatics. 22 (20): 2480–2487. doi:10.1093/bioinformatics/btl431. PMID 16908501.
↑ Xu X, Ji Y, Stormo GD (أغسطس 2007). "RNA Sampler: خوارزمية جديدة قائمة على أخذ العينات للتنبؤ بالبنية الثانوية الشائعة للحمض النووي الريبي ومحاذاة البنية" . المعلوماتية الحيوية . 23 (15): 1883-1891 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm272 . PMID 17537756 .
↑ تابي واي، تسودا كيه، كين تي، أساي كيه (يوليو 2006). "SCARNA: محاذاة هيكلية سريعة ودقيقة لتسلسلات الحمض النووي الريبي عن طريق مطابقة أجزاء الساق ذات الطول الثابت" . المعلوماتية الحيوية . 22 (14): 1723-1729 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl177 . PMID 16690634 .
↑ ماير، آي إم، وميكلوس، آي (أغسطس 2007). "SimulFold: استنتاج بنى الحمض النووي الريبي (RNA) بشكل متزامن ، بما في ذلك العقد الكاذبة، والمحاذاة، والأشجار، باستخدام إطار عمل بايزي MCMC" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 3 (8) e149. Bibcode : 2007PLSCB...3..149M . doi : 10.1371/journal.pcbi.0030149 . PMC 1941756. PMID 17696604 .
↑ هولمز، آي (مارس 2005). "الاستدلال الاحتمالي المُعجَّل لتطور بنية الحمض النووي الريبي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 6 (1) 73. doi : 10.1186/1471-2105-6-73 . PMC 1090553. PMID 15790387 .
↑ دالي د، ويلم أ، ماينز إ، ستيجر ج (يوليو 2006). "سترال: محاذاة تدريجية للحمض النووي الريبي غير المشفر باستخدام متجهات احتمالية اقتران القواعد في وقت تربيعي" . المعلوماتية الحيوية . 22 (13): 1593-1599 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl142 . PMID 16613908 .
↑ إنجيلين إس، طاهي إف (أبريل 2010). "Tfold: تنبؤ حاسوبي فعال بالبنى الثانوية للحمض النووي الريبي غير المشفر" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 38 (7): 2453-2466 . doi : 10.1093/nar/gkp1067 . PMC 2853104. PMID 20047957 .
↑ تورارينسون إي، ليندغرين إس (يوليو 2008). "WAR: خادم ويب لمحاذاة الحمض النووي الريبي البنيوي" . أبحاث الأحماض النووية . 36 (عدد خادم الويب): W79– W84 . doi : 10.1093/nar/gkn275 . PMC 2447782. PMID 18492721 .
1 2 كلوسترمان، ب. س.، أوزيلوف، أ. ف.، بيندانا، ي. ر.، برادلي، ر. ك.، تشاو، س.، كوسول، س.، وآخرون . (أكتوبر 2006). "XRate: أداة سريعة للنمذجة والتدريب والتعليق على قواعد التصنيف التطوري" . BMC Bioinformatics . 7 (1) 428. doi : 10.1186/1471-2105-7-428 . PMC 1622757. PMID 17018148 .
↑ غلوزون، جان بيير سيهي؛ أوانغراوا، عايدة (2018). "AliFreeFold: منهج لا يعتمد على المحاذاة للتنبؤ بالبنية الثانوية من تسلسلات الحمض النووي الريبي المتماثلة" . المعلوماتية الحيوية . 34 (13): i70– i78. doi : 10.1093/bioinformatics/bty234 . PMC 6022685. PMID 29949960. تاريخ الاسترجاع: 10 يناير 2023 .
↑ بوساني، مارك أندريه؛ كاربنتير، فالنتين؛ غلوزون، جان بيير س.؛ أوانغراوا، عايدة؛ أنسلميتي، يوان (2020). " AliFreeFoldMulti: طريقة لا تعتمد على المحاذاة للتنبؤ بالبنى الثانوية لنظائر الحمض النووي الريبي المتعددة" . علم الجينوم والمعلوماتية الحيوية للحمض النووي الريبي . doi : 10.1093/nargab/lqaa086 . PMC 7671329. PMID 33575631. تاريخ الاسترجاع: 10 يناير 2023 .
↑ هانومانثابا إيه كيه، سينغ جيه، باليوال كيه، سينغ جيه، تشو واي (يناير 2021). "التنبؤ بإمكانية وصول المذيب إلى الحمض النووي الريبي باستخدام شبكة عصبية تلافيفية متوسعة، وذلك بالاعتماد على تسلسل واحد وملف تعريف" . المعلوماتية الحيوية . 36 (21): 5169-5176 . doi : 10.1093/bioinformatics/btaa652 . hdl : 10072/399087 . PMID 33106872 .
↑ صن إس، وو كيو، بينغ زد، يانغ جيه (مايو 2019). "تحسين التنبؤ بإمكانية وصول المذيب إلى الحمض النووي الريبي باستخدام الشبكات العصبية ذات الذاكرة طويلة المدى وملفات تعريف التسلسل المحسّنة". المعلوماتية الحيوية . 35 (10): 1686-1691 . doi : 10.1093/bioinformatics/bty876 . PMID 30321300 .
↑ يانغ واي، لي إكس، تشاو إتش، زان جيه، وانغ جيه، تشو واي (يناير 2017). "توصيف البنى الثلاثية للحمض النووي الريبي على نطاق الجينوم وتأثيرها الوظيفي من خلال التنبؤ بإمكانية وصول المذيب إلى الحمض النووي الريبي" . الحمض النووي الريبي . 23 (1): 14-22 . doi : 10.1261/rna.057364.116 . PMC 5159645. PMID 27807179 .
↑ إيجنهوفر إف، تافر إتش، ستادلر بي إف، هوفاكر آي إل (يوليو 2011). "RNApredator: تنبؤ سريع قائم على إمكانية الوصول لأهداف الحمض النووي الريبوزي الصغير" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد خادم الويب): W149– W154. doi : 10.1093/nar/gkr467 . PMC 3125805. PMID 21672960 .
↑ جيرلاخ دبليو، جيجيريش آر (مارس 2006). "GUUGle: أداة مساعدة للمطابقة الدقيقة السريعة وفقًا لقواعد التكامل في الحمض النووي الريبي، بما في ذلك اقتران قواعد GU" . المعلوماتية الحيوية . 22 (6): 762-764 . doi : 10.1093/bioinformatics/btk041 . PMID 16403789 .
↑ مان م، رايت ب ر، باكوفن ر (يوليو 2017). "IntaRNA 2.0: تنبؤ مُحسَّن وقابل للتخصيص لتفاعلات الحمض النووي الريبي-الحمض النووي الريبي" . أبحاث الأحماض النووية . 45 (W1): W435– W439. doi : 10.1093/nar/gkx279 . PMC 5570192. PMID 28472523 .
1 2 رايت بي آر، جورج جيه، مان إم، سوريسكو دي إيه، ريختر إيه إس، لوت إس، وآخرون . (يوليو 2014). "CopraRNA وIntaRNA: التنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبي الصغير، والشبكات، ومجالات التفاعل" . أبحاث الأحماض النووية . 42 (عدد خادم الويب): W119– W123 . doi : 10.1093/nar/gku359 . PMC 4086077. PMID 24838564 .
↑ بوش أ، ريختر أ.س، باكوفن ر (ديسمبر 2008). "إنتا آر إن إيه: تنبؤ فعال بأهداف الحمض النووي الريبوزي الصغير البكتيري مع مراعاة إمكانية الوصول إلى موقع الهدف والمناطق البذرية" . المعلوماتية الحيوية . 24 (24): 2849-2856 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn544 . PMC 2639303. PMID 18940824 .
↑ ريختر إيه إس، شليبرغر سي، باكوفن آر، شتيغليش سي (يناير 2010). "التنبؤ بـ INTARNA القائم على البذور والمدمج مع نظام GFP-reporter يحدد أهداف mRNA للـ RNA الصغير Yfr1" . المعلوماتية الحيوية . 26 (1): 1-5 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp609 . PMC 2796815. PMID 19850757 .
↑ سميث سي، هاين إس، ريختر إيه إس، ويل إس، باكوفن آر (يوليو 2010). "أدوات فرايبورغ للحمض النووي الريبوزي: خادم ويب يدمج INTARNA وEXPARNA وLOCARNA" . أبحاث الأحماض النووية . 38 (عدد خوادم الويب): W373– W377 . doi : 10.1093/nar/gkq316 . PMC 2896085. PMID 20444875 .
↑ رايت، بي آر، وريشتر، إيه إس، وبابنفورت، كيه، ومان، إم، وفوجل، جيه، وهيس، دبليو آر، وآخرون . (سبتمبر 2013). "علم الجينوم المقارن يعزز التنبؤ بالأهداف لجزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة البكتيرية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 110 (37): E3487– E3496 . Bibcode : 2013PNAS..110E3487W . doi : 10.1073/pnas.1303248110 . PMC 3773804. PMID 23980183 .
↑ غورسكا أ، ياسينسكي م، تريلسكا ج (سبتمبر 2015). "MINT: برنامج لتحديد الأنماط والتفاعلات قصيرة المدى في مسارات الأحماض النووية" . أبحاث الأحماض النووية . 43 (17): e114. doi : 10.1093/nar/gkv559 . PMC 4787793. PMID 26024667 .
↑ ديركس آر إم، بويس جيه إس، شيفر جيه إم، وينفري إي، بيرس إن إيه (2007). "التحليل الديناميكي الحراري لسلاسل الأحماض النووية المتفاعلة". مجلة SIAM Review . 49 (1): 65-88 . Bibcode : 2007SIAMR..49...65D . CiteSeerX 10.1.1.523.4764 . doi : 10.1137/060651100 .
↑ ماثيوز ، د. هـ.، بوركارد، م. إ.، فراير، س. م.، وايت، ج. ر.، تيرنر، د. هـ. (نوفمبر 1999). " التنبؤ بتقارب قليل النوكليوتيدات مع أهداف الأحماض النووية" . الحمض النووي الريبي . 5 (11) S1355838299991148: 1458-1469 . doi : 10.1017/S1355838299991148 . PMC 1369867. PMID 10580474 .
↑ شيتساز هـ، سالاري ر، ساهينالب س.ك، باكوفن ر (يونيو 2009). "خوارزمية دالة التقسيم لسلاسل الأحماض النووية المتفاعلة" . المعلوماتية الحيوية . 25 (12): i365– i373. doi : 10.1093/bioinformatics/btp212 . PMC 2687966. PMID 19478011 .
↑ مونغا، آي.، وبانيرجي، آي. (نوفمبر 2019). "التعرف الحاسوبي على جزيئات piRNA باستخدام خصائص تعتمد على تسلسل الحمض النووي الريبي، وبنيته، وخصائصه الديناميكية الحرارية والفيزيائية والكيميائية" . علم الجينوم الحالي . 20 (7): 508-518 . doi : 10.2174/1389202920666191129112705 . PMC 7327968. PMID 32655289 .
↑ لي إيه إكس، مارز إم، تشين جيه، ريديس سي إم (فبراير 2011). "التنبؤ بتفاعل الحمض النووي الريبي-الحمض النووي الريبي بناءً على محاذاة تسلسلات متعددة". المعلوماتية الحيوية . 27 (4): 456-463 . arXiv : 1003.3987 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq659 . PMID 21134894. S2CID 6586629 .
↑ كاتو واي، ساتو كيه، هامادا إم، واتانابي واي، أساي كيه، أكوتسو تي (سبتمبر 2010). "RactIP: تنبؤ سريع ودقيق بتفاعل الحمض النووي الريبي باستخدام البرمجة العددية" . المعلوماتية الحيوية . 26 (18): i460– i466. doi : 10.1093/bioinformatics/btq372 . PMC 2935440. PMID 20823308 .
↑ برنهارت إس إتش، تافر إتش، موكشتاين يو، فلام سي، ستادلر بي إف، هوفاكر آي إل (مارس 2006). "دالة التقسيم واحتمالات اقتران القواعد في ثنائيات الحمض النووي الريبي غير المتجانسة" . خوارزميات البيولوجيا الجزيئية . 1 (1) 3. doi : 10.1186/1748-7188-1-3 . PMC 1459172. PMID 16722605 .
1 2 3 ريمسماير م، ستيفن ب، هوخسمان م، جيغريش ر (أكتوبر 2004). "التنبؤ السريع والفعال بثنائيات الحمض النووي الريبوزي الميكروي/الهدف" . الحمض النووي الريبوزي . 10 ( 10): 1507-1517 . doi : 10.1261/rna.5248604 . PMC 1370637. PMID 15383676 .
1 2 3 كروجر ج، ريمسماير م (يوليو 2006). "RNAhybrid: التنبؤ بأهداف microRNA سهل وسريع ومرن" . أبحاث الأحماض النووية . 34 (عدد خادم الويب): W451– W454 . doi : 10.1093/nar/gkl243 . PMC 1538877. PMID 16845047 .
↑ موكشتاين يو، تافر إتش، هاكرمولر جيه، برنهارت إس إتش، ستادلر بي إف، هوفاكر آي إل (مايو 2006). "الديناميكا الحرارية لربط الحمض النووي الريبي-الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 22 (10): 1177-1182 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl024 . PMID 16446276 .
↑ Chorostecki U, Palatnik JF (يوليو 2014). "comTAR: أداة ويب للتنبؤ بأهداف microRNA المحفوظة وتوصيفها في النباتات" . المعلوماتية الحيوية . 30 (14): 2066-2067 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu147 . hdl : 11336/29681 . PMID 24632500 .
1 2 ميراندا كيه سي، هوينه تي، تاي واي، أنج واي إس، تام دبليو إل، طومسون إيه إم، وآخرون . (سبتمبر 2006). "طريقة قائمة على الأنماط لتحديد مواقع ارتباط الحمض النووي الريبوزي الميكروي (microRNA) وجزيئاته غير المتجانسة المقابلة" . مجلة Cell . 126 (6): 1203-1217 . Bibcode : 2006Cell..126.1203M . doi : 10.1016/j.cell.2006.07.031 . PMID 16990141 .
↑ ويل ن، ليسي ف، سكوت ن، دالير ب، بيلو ج، ماجور ف (أغسطس 2015). " محاكاة MiRBooking لآلية عمل microRNAs القياسية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 43 (14): 6730-6738 . doi : 10.1093/nar/gkv619 . PMC 4538818. PMID 26089388 .
↑ بايك د، فيلين ج، شين س، كامارغو ف د، جيجي س ب، بارتل د ب (سبتمبر 2008). " تأثير الحمض النووي الريبوزي الميكروي على إنتاج البروتين" . نيتشر . 455 (7209): 64-71 . Bibcode : 2008Natur.455...64B . doi : 10.1038/nature07242 . PMC 2745094. PMID 18668037 .
↑ أليكسيو ب، ماراغكاكيس م، بابادوبولوس ج ل، ريتشكو م، هاتزيجورجيو أ ج (ديسمبر 2009). "ضائع في الترجمة: تقييم ومنظور لتحديد أهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي الحاسوبي" . المعلوماتية الحيوية . 25 (23): 3049-3055 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp565 . PMID 19789267 .
↑ ريتشي دبليو، فلامان إس، راسكو جيه إي (يونيو 2009). "التنبؤ بأهداف ووظائف الحمض النووي الريبوزي الميكروي: فخاخ للمتهورين". نيتشر ميثودز . 6 (6): 397-398 . doi : 10.1038/nmeth0609-397 . PMID 19478799. S2CID 205417583 .
↑ تشيو إتش إس، لوبيت-نافاس دي، يانغ إكس، تشونغ دبليو جيه، أمبيسي-إمبيومباتو إيه، آير إيه، وآخرون . (فبراير 2015). "كيوبيد: إعادة بناء متزامنة لشبكات microRNA-target و ceRNA" . أبحاث الجينوم . 25 (2): 257-267 . doi : 10.1101 / gr.178194.114 . PMC 4315299. PMID 25378249 .
↑ ماراغاكيس م، أليكسيو ب، بابادوبولوس ج ل، ريتشكو م، دالاماغاس ت، جيانوبولوس ج، وآخرون . (سبتمبر 2009). "التنبؤ الدقيق بأهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي يرتبط بمستويات كبت البروتين" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 10 (1) 295. doi : 10.1186/1471-2105-10-295 . PMC 2752464. PMID 19765283 .
↑ ثاداني ر، تامي إم تي (ديسمبر 2006). "ميكروتار: التنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي من ثنائيات الحمض النووي الريبوزي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 7.7 (ملحق 5) S20. doi : 10.1186/1471-2105-7-S5-S20 . PMC 1764477. PMID 17254305 .
↑ كيم إس كيه، نام جيه دبليو، ري جيه كيه، لي دبليو جيه، تشانغ بي تي (سبتمبر 2006). "miTarget: التنبؤ بالجينات المستهدفة للـ microRNA باستخدام آلة المتجهات الداعمة" . BMC Bioinformatics . 7 (1) 411. doi : 10.1186/1471-2105-7-411 . PMC 1594580. PMID 16978421 .
↑ فريدمان، واي.، نعمتي، جي.، لينال، إم. (أغسطس 2010). "MiRror: أداة تحليلية تركيبية على الويب لمجموعات من الحمض النووي الريبوزي الميكروي وأهدافه" . المعلوماتية الحيوية . 26 (15): 1920-1921 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq298 . PMID 20529892 .
↑ بالاغا، أو.، فريدمان، ي.، لينال، م. (أكتوبر 2012). "نحو طبيعة تركيبية لتنظيم الحمض النووي الريبوزي الميكروي في الخلايا البشرية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (19): 9404-9416 . doi : 10.1093/nar/gks759 . PMC 3479204. PMID 22904063 .
↑ كريك أ، غرون د، بوي إم إن، وولف ر، روزنبرغ ل، إبستين إي جيه، وآخرون . (مايو 2005). "توقعات أهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي التوافقية". علم الوراثة الطبيعية . 37 (5): 495-500 . doi : 10.1038 / ng1536 . PMID 15806104. S2CID 22672750 .
↑ كيرتز م، إيوفينو ن، أونرستال يو، غول يو، سيغال إي (أكتوبر 2007). "دور إمكانية الوصول إلى الموقع في التعرف على هدف الحمض النووي الريبوزي الميكروي". علم الوراثة الطبيعية . 39 (10): 1278-1284 . doi : 10.1038/ng2135 . PMID 17893677. S2CID 1721807 .
↑ فان دونجن إس، أبرو-جودجر سي، إنرايت إيه جيه (ديسمبر 2008). "الكشف عن ارتباط الحمض النووي الريبوزي الميكروي وتأثيرات الحمض النووي الريبوزي المتداخل الصغير خارج الهدف من بيانات التعبير الجيني" . نيتشر ميثودز . 5 (12): 1023-1025 . doi : 10.1038/nmeth.1267 . PMC 2635553. PMID 18978784 .
↑ بارتونيسيك ن، إنرايت أ.ج. (نوفمبر 2010). "SylArray: خادم ويب للكشف الآلي عن تأثيرات miRNA من بيانات التعبير الجيني" . المعلوماتية الحيوية . 26 (22): 2900-2901 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq545 . PMID 20871108 .
↑ هيكام ر، شانكار ر (مارس 2010). "معلومات تسلسل المنطقة المجاورة لتحسين تنبؤات أهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي". مجلة العلوم البيولوجية . 35 (1): 105-118 . doi : 10.1007/s12038-010-0013-7 . PMID 20413915. S2CID 7047781 .
↑ لويس بي بي، شيه آي إتش، جونز-رودز إم دبليو، بارتل دي بي، بيرج سي بي (ديسمبر 2003). "التنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي في الثدييات" . مجلة الخلية . 115 (7): 787-798 . doi : 10.1016/S0092-8674(03)01018-3 . PMID 14697198 .
↑ لويس بي بي، بيرج سي بي، بارتل دي بي (يناير 2005). "يشير اقتران البذور المحفوظ، والذي غالبًا ما يكون محاطًا بالأدينوزينات، إلى أن آلاف الجينات البشرية هي أهداف للـ microRNA" . مجلة Cell . 120 (1): 15-20 . doi : 10.1016/j.cell.2004.12.035 . PMID 15652477 .
↑ غريمسون أ، فاره ك ك، جونستون و ك، غاريت-إنجيل ب، ليم ل ب، بارتل د ب (يوليو 2007). "تحديد خصوصية استهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي في الثدييات: محددات تتجاوز اقتران البذور" . الخلية الجزيئية . 27 (1): 91-105 . doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.017 . PMC 3800283. PMID 17612493 .
↑ غارسيا دي إم، بايك دي، شين سي، بيل جي دبليو، غريمسون إيه، بارتل دي بي (سبتمبر 2011). " ضعف استقرار اقتران البذور ووفرة مواقع الاستهداف العالية يقللان من كفاءة lsy-6 وغيرها من microRNAs" . مجلة Nature Structural & Molecular Biology . 18 (10): 1139-1146 . doi : 10.1038/nsmb.2115 . PMC 3190056. PMID 21909094 .
↑ أغاروال، ف.، بيل، ج. و.، نام، ج. و.، بارتل، د. ب. (أغسطس 2015). " التنبؤ بمواقع استهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي الفعالة في الحمض النووي الريبوزي الرسول لدى الثدييات" . eLife . 4 e05005. Bibcode : 2015eLife...405005A . doi : 10.7554/eLife.05005 . PMC 4532895. PMID 26267216 .
↑ أغاروال، ف.، سابتلني، أ.و.، ثيرو، ب.، أوليتسكي، إ.، بارتل، د.ب. (أكتوبر 2018). " التنبؤ بفعالية استهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي في ذبابة الفاكهة" . علم الأحياء الجينومي . 19 (1) 152. doi : 10.1186/s13059-018-1504-3 . PMC 6172730. PMID 30286781 .
↑ واشيتل إس، هوفاكر آي إل (سبتمبر 2004). "الطي التوافقي للتسلسلات المتراصفة كمقياس جديد للكشف عن الحمض النووي الريبي الوظيفي بواسطة علم الجينوم المقارن". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 342 (1): 19-30 . CiteSeerX 10.1.1.58.6251 . doi : 10.1016/j.jmb.2004.07.018 . PMID 15313604 .
↑ بيدرسن جيه إس، بيجيرانو جي، سيبل إيه، روزنبلوم كيه، ليندبلاد-توه كيه، لاندر إي إس، وآخرون . (أبريل 2006). "تحديد وتصنيف البنى الثانوية المحفوظة للحمض النووي الريبي في الجينوم البشري" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 2 (4) e33. Bibcode : 2006PLSCB...2...33P . doi : 10.1371/journal.pcbi.0020033 . PMC 1440920. PMID 16628248 .
↑ كوفنتري أ، كليتمان دي جيه، بيرغر ب (أغسطس 2004). "MSARI: محاذاة تسلسل متعددة للكشف الإحصائي عن البنية الثانوية للحمض النووي الريبي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 101 (33): 12102-12107 . Bibcode : 2004PNAS..10112102C . doi : 10.1073/pnas.0404193101 . PMC 514400. PMID 15304649 .
↑ ريفاس إي، إيدي إس آر (2001). "الكشف عن جينات الحمض النووي الريبوزي غير المشفر باستخدام تحليل التسلسل المقارن" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 2 (1) 8. Bibcode : 2001BMCBi...2....8R . doi : 10.1186/1471-2105-2-8 . PMC 64605. PMID 11801179 .
↑ ريفاس إي، كلاين آر جيه، جونز تي إيه، إيدي إس آر (سبتمبر 2001). "التعرف الحاسوبي على الحمض النووي الريبوزي غير المشفر في الإشريكية القولونية باستخدام علم الجينوم المقارن" . علم الأحياء الحالي . 11 (17): 1369-1373 . Bibcode : 2001CBio...11.1369R . doi : 10.1016/S0960-9822(01)00401-8 . PMID 11553332 .
↑ واشيتل إس، هوفاكر آي إل، ستادلر بي إف (فبراير 2005). "تنبؤ سريع وموثوق بالحمض النووي الريبي غير المشفر" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 102 (7): 2454-2459 . Bibcode : 2005PNAS..102.2454W . doi : 10.1073/pnas.0409169102 . PMC 548974. PMID 15665081 .
↑ Gruber AR, Neuböck R, Hofacker IL, Washietl S (يوليو 2007). "خادم الويب RNAz: التنبؤ ببنى الحمض النووي الريبي المستقرة ديناميكيًا حراريًا والمحفوظة تطوريًا" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 35 (عدد خادم الويب): W335– W338. doi : 10.1093/nar/gkm222 . PMC 1933143. PMID 17452347 .
↑ واشيتل، س. (2007). "التنبؤ بالحمض النووي الريبي غير المشفر باستخدام RNAz". علم الجينوم المقارن . مناهج في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 395. الصفحات 503-526 . doi : 10.1007/978-1-59745-514-5_32 . ISBN 978-1-58829-693-1PMID 17993695
↑ أندروز آر جيه، روش جيه، موس دبليو إن (2018). "ScanFold: منهجية لاكتشاف العناصر البنيوية المحلية للحمض النووي الريبي على مستوى الجينوم - تطبيقات على فيروس زيكا وفيروس نقص المناعة البشرية" . PeerJ . 6 e6136 . doi : 10.7717/peerj.6136 . PMC 6317755. PMID 30627482 .
↑ لاسليت د، كانباك ب (2004). "برنامج ARAGORN، برنامج للكشف عن جينات الحمض النووي الريبوزي الناقل (tRNA) وجينات الحمض النووي الريبوزي الناقل المعدل (tmRNA) في تسلسلات النيوكليوتيدات" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 32 (1): 11-16 . doi : 10.1093/nar/gkh152 . PMC 373265. PMID 14704338 .
↑ جها أ، شانكار ر (2013). "miReader: اكتشاف miRNAs جديدة في أنواع لا تملك جينومًا متسلسلًا" . PLOS ONE . 8 (6) e66857. Bibcode : 2013PLoSO...866857J . doi : 10.1371/journal.pone.0066857 . PMC 3689854. PMID 23805282 .
↑ أرتزي إس، كيزون أ، شومرون ن (يناير 2008). "miRNAminer: أداة للبحث عن جينات microRNA المتماثلة" . BMC Bioinformatics . 9 (1) 39. doi : 10.1186/1471-2105-9-39 . PMC 2258288. PMID 18215311 .
↑ أحمد ف، أنصاري ح ر، راغافا ج ب (أبريل 2009). "التنبؤ بالسلسلة الدليلية للحمض النووي الريبوزي الميكروي من تسلسلها وبنيتها الثانوية" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 10 (1) 105. doi : 10.1186/1471-2105-10-105 . PMC 2676257. PMID 19358699 .
↑ هيرتل ج، ستادلر ب ف (يوليو 2006). "دبابيس الشعر في كومة قش: التعرف على سلائف الحمض النووي الريبوزي الميكروي في بيانات علم الجينوم المقارن" . المعلوماتية الحيوية . 22 (14): e197– e202. doi : 10.1093/bioinformatics/btl257 . PMID 16873472 .
^ Wuyts J، Perrière G، Van De Peer Y (يناير 2004). "قاعدة بيانات الريبوسوم RNA الأوروبية" . أبحاث الأحماض النووية . 32 (إصدار قاعدة البيانات): D101 – D103. دوى : 10.1093/نار/gkh065 . بمك 308799 . بميد 14681368 .
↑ شيمانسكي م، بارسيسزوسكا م.ز، إردمان ف.أ، بارسيسزوسكي ج (يناير 2002). "قاعدة بيانات الحمض النووي الريبوزي 5S" . أبحاث الأحماض النووية . 30 (1): 176-178 . doi : 10.1093 / nar/30.1.176 . PMC 99124. PMID 11752286 .
↑ لاغيسن ك، هالين ب، رودلاند إي إيه، ستيرفيلدت إتش إتش، روغنيس ت، أوسيري دي دبليو (2007). " RNAmmer: شرح متسق وسريع لجينات الحمض النووي الريبوزي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 35 (9): 3100-3108 . doi : 10.1093/nar/gkm160 . PMC 1888812. PMID 17452365 .
↑ هيرتل ج، هوفاكر آي إل، ستادلر بي إف (يناير 2008). "SnoReport: تحديد حاسوبي لـ snoRNAs ذات الأهداف غير المعروفة" . المعلوماتية الحيوية . 24 (2): 158-164 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm464 . PMID 17895272 .
↑ لوي تي إم، إيدي إس آر (فبراير 1999). "فحص حاسوبي لجزيئات snoRNA الدليلية للمثيلة في الخميرة". مجلة ساينس . 283 (5405): 1168-1171 . رمز Bibcode : 1999Sci...283.1168L . doi : 10.1126/science.283.5405.1168 . PMID 10024243 .
1 2 شاتنر، ب.، بروكس، أ.ن.، لوي، ت.م. (يوليو 2005). "خوادم الويب tRNAscan-SE وsnoscan وsnoGPS للكشف عن الحمض النووي الريبوزي الناقل (tRNA) والحمض النووي الريبوزي النووي الصغير (snoRNA)" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 33 (عدد خوادم الويب): W686– W689. doi : 10.1093/nar/gki366 . PMC 1160127. PMID 15980563 .
↑ لوي تي إم، إيدي إس آر (مارس 1997). "tRNAscan-SE: برنامج لتحسين الكشف عن جينات الحمض النووي الريبوزي الناقل في التسلسل الجينومي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 25 (5): 955-964 . doi : 10.1093 / nar/25.5.955 . PMC 146525. PMID 9023104 .
↑ تيمبل إس، طاهي إف (يونيو 2012). "طريقة سريعة من الصفر للتنبؤ بسلائف الحمض النووي الريبوزي الميكروي في الجينومات" . أبحاث الأحماض النووية . 40 (11): e80. doi : 10.1093/nar/gks146 . PMC 3367186. PMID 22362754 .
↑ رايت إي إس (أكتوبر 2021). "FindNonCoding: الكشف السريع والبسيط عن الحمض النووي الريبي غير المشفر في الجينومات" . المعلوماتية الحيوية . 12 أكتوبر (3): 841-843 . doi : 10.1093/bioinformatics/btab708 . PMC 10060727. PMID 34636849 .
↑ غوتيريه د، لامبرت أ (نوفمبر 2001). "تحديد وتحديد نمط الحمض النووي الريبي مباشرةً من خلال محاذاة تسلسلات متعددة باستخدام ملفات تعريف البنية الثانوية". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 313 (5): 1003-1011 . doi : 10.1006/jmbi.2001.5102 . PMID 11700055 .
↑ لامبرت أ، فونتين جيه إف، ليجندر إم، لوكلير إف، بيرمال إي، ماجور إف، وآخرون . (يوليو 2004). "خادم ERPIN: واجهة لتحديد أنماط الحمض النووي الريبي (RNA) بناءً على الملفات التعريفية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 32 (عدد خوادم الويب): W160– W165 . doi : 10.1093/nar/gkh418 . PMC 441556. PMID 15215371 .
↑ لامبرت أ، ليجندر م، فونتين ج ف، غوتيريه د (مايو 2005). "حساب القيم المتوقعة لزخارف الحمض النووي الريبي باستخدام الالتفافات المنفصلة" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 6 (1) 118. doi : 10.1186/1471-2105-6-118 . PMC 1168889. PMID 15892887 .
↑ ناووركي إي بي، إيدي إس آر (مارس 2007). "التصنيف المعتمد على الاستعلام (QDB) لتسريع عمليات البحث عن تشابه الحمض النووي الريبي" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 3 (3) e56. Bibcode : 2007PLSCB...3...56N . doi : 10.1371/journal.pcbi.0030056 . PMC 1847999. PMID 17397253 .
↑ إيدي إس آر (يوليو 2002). "خوارزمية برمجة ديناميكية فعالة من حيث الذاكرة لتحقيق المحاذاة المثلى لتسلسل مع بنية ثانوية للحمض النووي الريبي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 3 (1) 18. doi : 10.1186/1471-2105-3-18 . PMC 119854. PMID 12095421 .
↑ إيدي إس آر، دوربين آر (يونيو 1994). "تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي باستخدام نماذج التغاير" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 22 (11): 2079-2088 . doi : 10.1093/nar/22.11.2079 . PMC 308124. PMID 8029015 .
↑ ساتو ك، ساكاكيبارا ي (سبتمبر 2005). "محاذاة البنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام الحقول العشوائية الشرطية" . المعلوماتية الحيوية . 21. 21 (ملحق 2): ii237– ii242. doi : 10.1093/bioinformatics/bti1139 . PMID 16204111 .
↑ واينبرغ ز، روزو دبليو إل (أغسطس 2004). "استغلال البنية المحفوظة لتسريع عملية شرح الحمض النووي الريبوزي غير المشفر دون فقدان الدقة" . المعلوماتية الحيوية . 20. 20 (ملحق 1): i334– i341. doi : 10.1093/bioinformatics/bth925 . PMID 15262817 .
↑ واينبرغ ز، روزو دبليو إل (يناير 2006). "أساليب استدلالية قائمة على التسلسل لتوصيف أسرع لعائلات الحمض النووي الريبي غير المشفر" . المعلوماتية الحيوية . 22 (1): 35-39 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti743 . PMID 16267089 .
↑ كلاين آر جيه، إيدي إس آر (سبتمبر 2003). "RSEARCH: إيجاد متماثلات لتسلسلات الحمض النووي الريبي المفردة ذات البنية المحددة" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 4 (1) 44. doi : 10.1186/1471-2105-4-44 . PMC 239859. PMID 14499004 .
↑ ماير ف، كورتز س، باكوفن ر، ويل س، بيكستيت م (مايو 2011). "ستراكتاتور: بحث سريع قائم على الفهرسة عن أنماط بنية تسلسل الحمض النووي الريبي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 12 (1) 214. doi : 10.1186/1471-2105-12-214 . PMC 3154205. PMID 21619640 .
↑ ماير ف، كورتز س، بيكستيت م (يوليو 2013). "خوارزميات سريعة عبر الإنترنت وقائمة على الفهرسة للبحث التقريبي عن أنماط بنية تسلسل الحمض النووي الريبي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 14 (1) 226. doi : 10.1186/1471-2105-14-226 . PMC 3765529. PMID 23865810 .
↑ غاردنر ، ب. ب.، وجيغريش، ر. (سبتمبر 2004). "مقارنة شاملة لأساليب التنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي المقارن" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 5 (1) 140. رمز Bibcode : 2004BMCBi...5..140G . doi : 10.1186/1471-2105-5-140 . PMC 526219. PMID 15458580 .
↑ غاردنر، ب.ب.، ويلم، أ.، وواشيتل، س. (2005). "معيار لبرامج محاذاة التسلسلات المتعددة على الحمض النووي الريبي البنيوي" . أبحاث الأحماض النووية . 33 (8): 2433-2439 . doi : 10.1093/nar/gki541 . PMC 1087786. PMID 15860779 .
↑ ويلم أ، ماينز إ، ستيجر ج (أكتوبر 2006). "معيار مُحسَّن لمحاذاة الحمض النووي الريبوزي لبرامج محاذاة التسلسل" . خوارزميات البيولوجيا الجزيئية . 1 (1) 19. doi : 10.1186/1748-7188-1-19 . PMC 1635699. PMID 17062125 .
↑ فرايهولت إي كيه، بولباك جيه بي، غاردنر بي بي (يناير 2007). "استكشاف المادة المظلمة الجينومية: تقييم نقدي لأداء طرق البحث عن التشابه على الحمض النووي الريبي غير المشفر" . أبحاث الجينوم . 17 (1): 117-125 . doi : 10.1101/gr.5890907 . PMC 1716261. PMID 17151342 .
↑ بوتون تي، كوزلوفسكي إل بي، روثر كيه إم، بوجنيكي جيه إم (أبريل 2013). "CompaRNA: خادم للتقييم المستمر للطرق الآلية للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 41 (7): 4307-4323 . doi : 10.1093/nar/gkt101 . PMC 3627593. PMID 23435231 .
↑ رايت إي إس (مايو 2020). " RNAconTest: مقارنة أدوات محاذاة التسلسل المتعدد للحمض النووي الريبي غير المشفر بناءً على الاتساق البنيوي" . RNA . 26 (5): 531-540 . doi : 10.1261/rna.073015.119 . PMC 7161358. PMID 32005745 .
↑ سيبل، بي. إن.، مولر، تي.، دانديكار، تي.، شولتز، ج.، وولف، إم. (نوفمبر 2006). "4SALE - أداة لمحاذاة وتحرير تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) وبنيته الثانوية بشكل متزامن" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 7 (1) 498. doi : 10.1186/1471-2105-7-498 . PMC 1637121. PMID 17101042 .
↑ بيندانا واي آر، هولمز آي إتش (فبراير 2008). "Colorstock، SScolor، Ratón: أدوات تصوير محاذاة الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 24 (4): 579-580 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm635 . PMC 7109877. PMID 18218657 .
↑ نيكول، جيه دبليو، وهيلت، جي إيه، وبلانشارد، إس جي، وراجا، إيه، ولورين، إيه إي (أكتوبر 2009). " متصفح الجينوم المتكامل: برنامج مجاني لتوزيع واستكشاف مجموعات البيانات على نطاق الجينوم" . المعلوماتية الحيوية . 25 (20): 2730-2731 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp472 . PMC 2759552. PMID 19654113 .
↑ ووترهاوس إيه إم، وبروكتر جيه بي، ومارتن دي إم، وكلامب إم، وبارتون جي جيه (مايو 2009). "جالفيو الإصدار 2 - محرر محاذاة تسلسل متعدد ومنصة تحليل" . المعلوماتية الحيوية . 25 (9): 1189-1191 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp033 . PMC 2672624. PMID 19151095 .
↑ كلامب م، كوف ج، سيرل إس إم، بارتون جي جي (فبراير 2004). "محرر محاذاة جافا جالفيو" . المعلوماتية الحيوية . 20 (3): 426-427 . doi : 10.1093/bioinformatics/btg430 . PMID 14960472 .
↑ غريفيثس-جونز، س. (يناير 2005). "RALEE - محرر محاذاة الحمض النووي الريبوزي في إيماكس" . المعلوماتية الحيوية . 21 (2): 257-259 . doi : 10.1093/bioinformatics/bth489 . PMID 15377506 .
^ أندرسن إس، ليند تومسن أ، كنودسن ب، كريستنسن إس إي، هافجارد جيه، تورارينسون إي، وآخرون . (نوفمبر 2007). "التحسين شبه الآلي لمحاذاة الحمض النووي الريبي" . الحمض النووي الريبي . 13 (11): 1850–1859 . دوى : 10.1261/rna.215407 . بمك 2040093 . بميد 17804647 .
↑ لي جيه، كلادوانغ دبليو، لي إم، كانتو دي، عزيزيان إم، كيم إتش، وآخرون . (فبراير 2014). "قواعد تصميم الحمض النووي الريبوزي من مختبر مفتوح ضخم" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 111 (6): 2122-2127 . Bibcode : 2014PNAS..111.2122L . doi : 10.1073/pnas.1313039111 . PMC 3926058. PMID 24469816 .
↑ غارسيا-مارتن، جيه إيه، كلوت، بي، دوتو، آي (أبريل 2013). "RNAiFOLD: خوارزمية برمجة مقيدة للطي العكسي للحمض النووي الريبي والتصميم الجزيئي". مجلة المعلوماتية الحيوية وعلم الأحياء الحاسوبي . 11 (2): 1350001. doi : 10.1142/S0219720013500017 . PMID 23600819 .
↑ غارسيا-مارتن، جيه. إيه.، كلوت، ب.، دوتو، آي. (يوليو 2013). "RNAiFold: خادم ويب للطي العكسي للحمض النووي الريبي والتصميم الجزيئي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 41 (عدد خوادم الويب): W465– W470 . doi : 10.1093/nar/gkt280 . PMC 3692061. PMID 23700314 .
↑ غارسيا-مارتن، جيه. إيه.، دوتو، آي.، كلوت، بي. (يوليو 2015). "RNAiFold 2.0: خادم ويب وبرنامج لتصميم جزيئات RNA مخصصة وقائمة على Rfam" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 43 (W1): W513– W521 . arXiv : 1505.04210 . Bibcode : 2015arXiv150504210G . doi : 10.1093/nar/gkv460 . PMC 4489274. PMID 26019176 .
↑ أندرونيسكو م، فيجيس أ ب، هوتر ف، هوس ه ه، كوندون أ (فبراير 2004). "خوارزمية جديدة لتصميم البنية الثانوية للحمض النووي الريبي". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 336 (3): 607-624 . doi : 10.1016/j.jmb.2003.12.041 . PMID 15095976 .
↑ بوش أ، باكوفن ر (أغسطس 2006). "INFO-RNA - منهج سريع لطي الحمض النووي الريبي العكسي" . المعلوماتية الحيوية . 22 (15): 1823-1831 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl194 . PMID 16709587 .
↑ بوش أ، باكوفن ر (يوليو 2007). "INFO-RNA - خادم للطي العكسي السريع للحمض النووي الريبي مع مراعاة قيود التسلسل" . أبحاث الأحماض النووية . 35 (عدد خوادم الويب): W310– W313 . doi : 10.1093/nar/gkm218 . PMC 1933236. PMID 17452349 .
↑ أفيو أ، تشوركين أ، باراش د (أغسطس 2011). "RNAexinv: طي عكسي موسع للحمض النووي الريبي من الشكل والخصائص الفيزيائية إلى التسلسلات" . BMC Bioinformatics . 12 (319) 319. doi : 10.1186/1471-2105-12-319 . PMC 3176266. PMID 21813013 .
↑ ليفين أ، ليس م، بونتي ي، أودونيل سي دبليو، ديفاداس س، بيرغر ب، والدسبول ج (نوفمبر 2012). "نهج أخذ العينات العالمي لتصميم وإعادة هندسة البنى الثانوية للحمض النووي الريبي" . أبحاث الأحماض النووية . 40 (20): 10041-10052 . doi : 10.1093/nar/ gks768 . PMC 3488226. PMID 22941632 .
↑ راينهارتز، ف.، بونتي، ي.، والدسبول، ج. (يوليو 2013). "خوارزمية أخذ عينات مرجحة لتصميم تسلسلات الحمض النووي الريبوزي (RNA) ذات بنية ثانوية مستهدفة وتوزيع نيوكليوتيدي" . المعلوماتية الحيوية . 29 (13): i308– i315. doi : 10.1093/bioinformatics/btt217 . PMC 3694657. PMID 23812999 .
↑ ماثيس إم سي، بينيرت إس، توردا إيه إي (أكتوبر 2012). "ديناميكيات فضاء التسلسل لتصميم البنية الثانوية للحمض النووي الريبي". مجلة نظرية الحساب الكيميائي . 8 (10): 3663-3670 . Bibcode : 2012JCTC....8.3663M . doi : 10.1021/ct300267j . PMID 26593011 .
↑ تانيدا أ (2011). "مودينا: طي عكسي متعدد الأهداف للحمض النووي الريبي" . التقدم والتطبيقات في المعلوماتية الحيوية والكيمياء . 4 : 1-12 . doi : 10.2147/aabc.s14335 . PMC 3169953. PMID 21918633 .
↑ تانيدا أ (2012). "خوارزمية جينية متعددة الأهداف لتصميم تسلسل الحمض النووي الريبوزي ذي العقد الكاذبة" . مجلة فرونتيرز إن جينيتكس . 3 : 36. doi : 10.3389/fgene.2012.00036 . PMC 3337422. PMID 22558001 .
↑ إسماعيلي طاهري أ، غنجتابيش م، محمد نوري م (مايو 2014). "حل تطوري لمشكلة تصميم الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 30 (9): 1250-1258 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu001 . PMID 24407223 .
↑ كلاينكوف ر، مان م، باكوفن ر (أكتوبر 2015). "antaRNA: تصميم تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) القائم على مستعمرات النمل" . المعلوماتية الحيوية . 31 (19): 3114-3121 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv319 . PMC 4576691. PMID 26023105 .
↑ كلاينكوف ر، هوارت ت، باكوفن ر، مان م (نوفمبر 2015). "antaRNA - الطي العكسي متعدد الأهداف لـ RNA العقدة الكاذبة باستخدام تحسين مستعمرة النمل" . BMC Bioinformatics . 16 (389) 389. doi : 10.1186/s12859-015-0815-6 . PMC 4652366. PMID 26581440 .
↑ فلام سي، هوفاكر آي إل، ماورر-ستروه إس، ستادلر بي إف، زيل إم (فبراير 2001). "تصميم جزيئات الحمض النووي الريبي متعددة الاستقرار" . الحمض النووي الريبي . 7 (2) S1355838201000863: 254-265 . doi : 10.1017/s1355838201000863 . PMC 1370083. PMID 11233982 .
↑ رودريغو ج، جاراميلو أ (سبتمبر 2014). "RiboMaker: تصميم حاسوبي للتنظيم الريبي القائم على التكوين" . المعلوماتية الحيوية . 30 (17): 2508-2510 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu335 . PMID 24833802 .
↑ هامر إس، تشياتشيك بي، فلام سي، هوفاكر آي إل، فينديس إس (سبتمبر 2017). "RNAblueprint: تصميم مرن لتسلسل الأحماض النووية متعددة الأهداف" . المعلوماتية الحيوية . 33 (18): 2850-2858 . doi : 10.1093/bioinformatics/btx263 . PMC 5870862. PMID 28449031 .
↑ هونر زو سيدرديسن سي، هامر إس، أبفالتر آي، هوفاكر آي إل، فلام سي، ستادلر بي إف (ديسمبر 2013). "التصميم الحاسوبي للحمض النووي الريبي ذي المناظر الطاقية المعقدة". بوليمرات حيوية . 99 (12): 1124-1136 . doi : 10.1002/bip.22337 . PMID 23818234. S2CID 7337968 .
^ Lyngsø RB، Anderson JW، Sizikova E، Badugu A، Hyland T، Hein J (أكتوبر 2012). "فرانكنشتاين: طي الحمض النووي الريبي العكسي متعدد الأهداف" . بي إم سي للمعلوماتية الحيوية . 13 (260) 260. دوى : 10.1186/1471-2105-13-260 . بمك 3534541 . بميد 23043260 .
↑ شو و، ليو م، تشين هـ، بو إكس، وانغ إس (ديسمبر 2010). "ARDesigner: نظام قائم على الويب لتصميم الحمض النووي الريبي التغايري". مجلة التكنولوجيا الحيوية . 150 (4): 466-473 . doi : 10.1016/j.jbiotec.2010.10.067 . PMID 20969900 .
↑ بيون ي، هان ك (يونيو 2009). "PseudoViewer3: توليد رسومات مستوية لهياكل الحمض النووي الريبي واسعة النطاق باستخدام العقد الكاذبة" . المعلوماتية الحيوية . 25 (11): 1435-1437 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp252 . PMID 19369500 .
↑ بيون ي، هان ك (يوليو 2006). "PseudoViewer: تطبيق ويب وخدمة ويب لعرض العقد الكاذبة والبنى الثانوية في الحمض النووي الريبي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 34 (عدد خادم الويب): W416– W422. doi : 10.1093/nar/gkl210 . PMC 1538805. PMID 16845039 .
↑ هان ك، بيون ي (يوليو 2003). "PSEUDOVIEWER2: تصوير العقد الكاذبة للحمض النووي الريبي من أي نوع" . أبحاث الأحماض النووية . 31 (13): 3432-3440 . doi : 10.1093/nar/gkg539 . PMC 168946. PMID 12824341 .
↑ هان ك، لي ي، كيم و (2002). "PseudoViewer: التصوير التلقائي للعقد الكاذبة في الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 18. 18 (ملحق 1): S321– S328. doi : 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S321 . PMID 12169562 .
↑ كايزر أ، كروجر ج، إيفرز دي جيه (يوليو 2007). "أفلام الحمض النووي الريبي 2: رسوم متحركة متسلسلة للبنى الثانوية للحمض النووي الريبي" . أبحاث الأحماض النووية . 35 (عدد خادم الويب): W330– W334. doi : 10.1093/nar/gkm309 . PMC 1933240. PMID 17567618 .
↑ إيفرز د، جيجيريش ر (يناير 1999). "أفلام الحمض النووي الريبي: تصوير فضاءات البنية الثانوية للحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 15 (1): 32-37 . doi : 10.1093/bioinformatics/15.1.32 . PMID 10068690 .
↑ تسانغ إتش إتش، داي دي سي (2012). "RNA-DV". وقائع مؤتمر ACM حول المعلوماتية الحيوية، وعلم الأحياء الحاسوبي، والطب الحيوي . الصفحات 601-603 . doi : 10.1145/2382936.2383036 . ISBN 978-1-4503-1670-5. S2CID 15910737 .
↑ مارتينيز إتش إم، مايزل جيه في، شابيرو بي إيه (يونيو 2008). "RNA2D3D: برنامج لإنشاء وعرض ومقارنة نماذج ثلاثية الأبعاد للحمض النووي الريبي" . مجلة بنية وديناميكيات الجزيئات الحيوية . 25 (6): 669-683 . doi : 10.1080/07391102.2008.10531240 . PMC 3727907. PMID 18399701 .
↑ رويتر جيه إس، ماثيوز دي إتش (مارس 2010). "RNAstructure: برنامج للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي وتحليلها" . BMC Bioinformatics . 11 (1) 129. doi : 10.1186/1471-2105-11-129 . PMC 2984261. PMID 20230624 .
↑ يانغ هـ، جوسينيه ف، ليونتيس ن، تشين ل، ويستبروك ج، بيرمان هـ، وستوف إي (يوليو 2003). "أدوات للتعرف التلقائي على أزواج قواعد الحمض النووي الريبي وتصنيفها" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 31 (13): 3450-3460 . doi : 10.1093/nar/gkg529 . PMC 168936. PMID 12824344 .
↑ مينزل ب، سيمان إس إي، غورودكين ج (أكتوبر 2012). "RILogo: تصوير تفاعلات الحمض النووي الريبي-الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 28 (19): 2523-2526 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts461 . PMID 22826541 .
↑ دارتي ك، دينيس أ، بونتي ي (أغسطس 2009). "فارنا: رسم وتحرير تفاعلي للبنية الثانوية للحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 25 (15): 1974-1975 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp250 . PMC 2712331. PMID 19398448 .
↑ كيربيدجيف ب، هامر س، هوفاكر آي إل (أكتوبر 2015). "فورنا (الحمض النووي الريبي الموجه بالقوة): مخططات بسيطة وفعالة لبنية الحمض النووي الريبي الثانوية عبر الإنترنت" . المعلوماتية الحيوية . 31 (20): 3377-3379 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv372 . PMC 4595900. PMID 26099263 .
↑ واينبرغ ز، بريكر ر ر (يناير 2011). "R2R - برنامج لتسريع تصوير البنى الثانوية الجمالية المتفق عليها للحمض النووي الريبي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 12 (1) 3. doi : 10.1186/1471-2105-12-3 . PMC 3023696. PMID 21205310 .
↑ جونسون ، ب. ز.، وسيمون، أ. إ. (يوليو 2023). "RNAcanvas: رسم تفاعلي واستكشاف لهياكل الأحماض النووية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 51 (w1): W501– W508. doi : 10.1093/nar/gkad302 . PMC 10320051. PMID 37094080 .
↑ ميترا، راكتيم؛ كوهين، آري س؛ روهس، ريمو (17 أبريل 2024). "RNAscape: رسم خرائط هندسية وتصور قابل للتخصيص لبنية الحمض النووي الريبي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 52 (W1): W354– W361. doi : 10.1093/nar/gkae269 . ISSN 0305-1048 . PMC 11223802. PMID 38630617 .

[1] العقد: التنبؤ بالعقدة الكاذبة ، <نعم|لا>.

[42] العقد: التنبؤ بالعقدة الكاذبة ، <نعم|لا>.

[52] عدد التسلسلات: <أي|عدد>.

[53] المحاذاة: تتنبأ بالمحاذاة ، <إدخال|نعم|لا>.

[54] البنية: تتنبأ بالبنية ، <إدخال|نعم|لا>.

[55] العقد: التنبؤ بالعقدة الكاذبة ، <نعم|لا>.

[152] Number of sequences: <any|num>.

[153] Alignment: predicts an alignment, <input|yes|no>.

[154] Structure: predicts structure, <input|yes|no>.

[190] الهيكل: أدوات التنبؤ بالهيكل المعياري<نعم|لا>.

[191] المحاذاة: أدوات محاذاة المعايير<نعم|لا>.

[198] المحاذاة: عرض وتعديل المحاذاة ، <نعم|لا>.

[199] الهيكل: عرض وتعديل الهيكل ، <نعم|لا>.

[pmid19095700-2] هامادا م، كيريو هـ، ساتو ك، ميتوياما ت، أساي ك (فبراير 2009). "التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام مُقدِّرات المركز المعممة" . المعلوماتية الحيوية . 25 (4): 465-473 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn601 . PMID 19095700 .

[pmid19478007-3] هامادا م، ساتو ك، كيريو هـ، ميتوياما ت، أساي ك (يونيو 2009). "توقعات البنية الثانوية للحمض النووي الريبي من خلال دمج معلومات التسلسل المتماثل" . المعلوماتية الحيوية . 25 (12): i330– i338. doi : 10.1093/bioinformatics/btp228 . PMC 2687982. PMID 19478007 .

[pmid22035327-4] Zakov S, Goldberg Y, Elhadad M, Ziv-Ukelson M (November 2011). "Rich parameterization improves RNA structure prediction". Journal of Computational Biology. 18 (11): 1525–1542. Bibcode:2011LNCS.6577..546Z. doi:10.1089/cmb.2011.0184. PMID 22035327.

[pmid16873527-5] Do CB, Woods DA, Batzoglou S (July 2006). "CONTRAfold: RNA secondary structure prediction without physics-based models". Bioinformatics. 22 (14): e90–e98. doi:10.1093/bioinformatics/btl246. PMID 16873527.

[pmid21723827-6] 1 2Schroeder SJ, Stone JW, Bleckley S, Gibbons T, Mathews DM (July 2011). "Ensemble of secondary structures for encapsidated satellite tobacco mosaic virus RNA consistent with chemical probing and crystallography constraints". Biophysical Journal. 101 (1): 167–175. Bibcode:2011BpJ...101..167S. doi:10.1016/j.bpj.2011.05.053. PMC 3127170. PMID 21723827.

[pmid20501603-7] Bindewald E, Kluth T, Shapiro BA (July 2010). "CyloFold: secondary structure prediction including pseudoknots". Nucleic Acids Research. 38 (Web Server issue): W368–W372. doi:10.1093/nar/gkq432. PMC 2896150. PMID 20501603.

[8] Chen X, Li Y, Umarov R, Gao X, Song L (2020). "RNA Secondary Structure Prediction By Learning Unrolled Algorithms". arXiv:2002.05810 [cs.LG].

[9] Chen, X., Li, Y., Umarov, R., Gao, X., and Song, L. RNAsecondary structure prediction by learning unrolled algorithms. In International Conference on Learning Representations, 2020. URL https://openreview.net/forum?id=S1eALyrYDH.

[10] وايمينت-ستيل، هانا ك.؛ كلادوانغ، ويبابات؛ ستروم، ألكسندرا إ.؛ لي، جيهيونغ؛ ترويل، أدريان؛ بيكا، أليكس؛ داس، ريجو (2022). "تقييم وتحسين حزم البنية الثانوية للحمض النووي الريبي من خلال تجارب عالية الإنتاجية" . مجلة نيتشر ميثودز . 19 (10): 1234-1242 . doi : 10.1038/s41592-022-01605-0 . ISSN 1548-7105 . PMC 9839360. PMID 36192461 .

[pmid22747589-11] سوينسون إم إس، أندرسون جيه، آش إيه، غاوراف بي، سوكوسد زد، بادر دي إيه، وآخرون . (يوليو 2012). " GTfold: تمكين التنبؤ المتوازي بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي على أجهزة سطح المكتب متعددة النوى" . BMC Research Notes . 5 341. doi : 10.1186/1756-0500-5-341 . PMC 3748833. PMID 22747589 .

[12] غوبتا، سواتي؛ بادماشالي، نامراتا؛ بال، ديبناث (نوفمبر 2023). "إنتربين: مستودع لحلقات إنهاء النسخ الذاتية في البكتيريا" . بيوشيمي . 214 (الجزء ب): 228-236 . doi : 10.1016/j.biochi.2023.07.018 . PMID 37499897 .

[13] غوبتا، سواتي؛ بال، ديبناث (10 أغسطس 2021). "تجمعات من حلقات الشعر تحفز إنهاء النسخ الذاتي في البكتيريا" . التقارير العلمية . 11 (1): 16194. Bibcode : 2021NatSR..1116194G . doi : 10.1038/s41598-021-95435-3 . ISSN 2045-2322 . PMC 8355165. PMID 34376740 .

[pmid21685106-14] ساتو ك، كاتو ي، حمادة م، أكوتسو ت، أساي ك (يوليو 2011). "IPknot: تنبؤ سريع ودقيق بالبنى الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام العقد الكاذبة من خلال البرمجة العددية" . المعلوماتية الحيوية . 27 (13): i85– i93. doi : 10.1093/bioinformatics/btr215 . PMC 3117384. PMID 21685106 .

[pmid15980546-15] Xayaphoummine A, Bucher T, Isambert H (يوليو 2005). "خادم ويب Kinefold للتنبؤ بمسار طي الحمض النووي الريبي/الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين وبنيته، بما في ذلك العقد الكاذبة والعقد" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 33 (عدد خوادم الويب): W605– W610. doi : 10.1093/nar/gki447 . PMC 1160208. PMID 15980546 .

[pmid14676318-16] زايافومين أ، بوخر ت، ثالمان ف، إيزامبيرت هـ (ديسمبر 2003). "التنبؤ والإحصاءات الخاصة بالعقد الكاذبة في هياكل الحمض النووي الريبي باستخدام عمليات المحاكاة العشوائية المجمعة بدقة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 100 (26): 15310-15315 . arXiv : physics/0309117 . Bibcode : 2003PNAS..10015310X . doi : 10.1073 / pnas.2536430100 . PMC 307563. PMID 14676318 .

[pmid6163133-17] 1 2 زوكر م، ستيغلر ب (يناير 1981). "الطي الأمثل لتسلسلات الحمض النووي الريبي الكبيرة باستخدام الديناميكا الحرارية والمعلومات المساعدة" . أبحاث الأحماض النووية . 9 (1): 133-148 . doi : 10.1093/nar/9.1.133 . PMC 326673. PMID 6163133 .

[pmid_pkiss-18] 1 2 ثيس سي، جانسن إس، جيجيريش آر (2010). "التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي بما في ذلك أنماط دبابيس الشعر المتقاربة". في مولتون في، سينغ إم (محرران). الخوارزميات في المعلوماتية الحيوية . المجلد 6293 (سلسلة محاضرات في علوم الحاسوب ). سبرينغر برلين هايدلبرغ. الصفحات 52-64 . doi : 10.1007/978-3-642-15294-8_5 . ISBN 978-3-642-15293-1. PMC 7121939 .

[pmid9925784-19] ريفاس إي، إيدي إس آر (فبراير 1999). "خوارزمية برمجة ديناميكية للتنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي بما في ذلك العقد الكاذبة". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 285 (5): 2053-2068 . arXiv : physics/9807048 . doi : 10.1006/jmbi.1998.2436 . PMID 9925784. S2CID 2228845 .

[pmid17478505-20] ريدر ج، ستيفن ب، جيجيريش ر (يوليو 2007). "pknotsRG: طي العقدة الكاذبة في الحمض النووي الريبي، بما في ذلك البنى شبه المثلى والنوافذ المنزلقة" . أبحاث الأحماض النووية . 35 (عدد خادم الويب): W320– W324 . doi : 10.1093/nar/gkm258 . PMC 1933184. PMID 17478505 .

[squarna-21] 1 2 3 MD Serdakov؛ DR Bohdan؛ GI Nikolaev؛ JM Bujnicki؛ EF Baulin (يوليو 2026). "إعادة النظر في منهجية تعظيم أزواج القواعد للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام SQUARNA". bioRxiv 10.64898/2026.06.30.735492 .

[RNAinverse-22] 1 2 3 4 5 6 7 هوفاكر إل، فونتانا دبليو، ستادلر بي إف، بونهوفر أ، تاكر إم، شوستر بي (1994). “الطي السريع ومقارنة الهياكل الثانوية للحمض النووي الريبي”. Monatshefte für Chemie . 125 (2): 167– 188. دوى : 10.1007 / BF00818163 . S2CID 19344304 .

[pmid1695107-23] مكاسكيل، ج. س. (1990). "دالة التوزيع المتوازنة واحتمالات ارتباط أزواج القواعد للبنية الثانوية للحمض النووي الريبي". البوليمرات الحيوية . 29 ( 6-7 ): 1105-1119 . doi : 10.1002/bip.360290621 . hdl : 11858/00-001M- 0000-0013-0DE3-9 . PMID 1695107. S2CID 12629688 .

[pmid16452114-24] هوفاكر، آي. إل.، وستادلر، بي. إف. (مايو 2006). "خوارزميات طي فعالة من حيث الذاكرة للبنى الثانوية الدائرية للحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 22 (10): 1172-1176 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl023 . PMID 16452114 .

[pmid17611759-25] بومبفونويرر إيه إف، باكوفن آر، بيرنهارت إس إتش، هيرتل جيه، هوفاكر آي إل، ستادلر بي إف، ويل إس (يناير 2008). "اختلافات في طي الحمض النووي الريبي ومحاذاته: دروس مستفادة من بيناسك". مجلة البيولوجيا الرياضية . 56 ( 1-2 ): 129-144 . CiteSeerX 10.1.1.188.1420 . doi : 10.1007/s00285-007-0107-5 . PMID 17611759. S2CID 15637111 .

[abstract_shapes-26] جيجيريش ر، فوس ب، ريمسماير م (2004). " أشكال مجردة للحمض النووي الريبي" . أبحاث الأحماض النووية . 32 (16): 4843-4851 . doi : 10.1093/nar/gkh779 . PMC 519098. PMID 15371549 .

[shape_probabilities-27] فوس ب، جيغريش ر، ريمسماير م (فبراير 2006). "تحليل احتمالي كامل لأشكال الحمض النووي الريبي" . بي إم سي بيولوجي . 4 (1) 5. doi : 10.1186/1741-7007-4-5 . PMC 1479382. PMID 16480488 .

[RNAstructure-28] ماثيوز، د.هـ.، ديزني، م.د.، تشايلدز، ج.ل.، شرودر، س.ج.، زوكر، م.، تيرنر، د.هـ. (مايو 2004). "دمج قيود التعديل الكيميائي في خوارزمية البرمجة الديناميكية للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 101 (19): 7287-7292 . Bibcode : 2004PNAS..101.7287M . doi : 10.1073/ pnas.0401799101 . PMC 409911. PMID 15123812 .

[RNAstructure-partition-29] ماثيوز، د. هـ. (أغسطس 2004). "استخدام دالة تقسيم البنية الثانوية للحمض النووي الريبي لتحديد مدى الثقة في أزواج القواعد المتوقعة من خلال تقليل الطاقة الحرة" . الحمض النووي الريبي . 10 (8): 1178-1190 . doi : 10.1261/rna.7650904 . PMC 1370608. PMID 15272118 .

[30] تسانغ إتش إتش، ويز كيه سي (2010). "SARNA-Predict: تحسين دقة التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام التلدين المحاكي القائم على التبديل". معاملات IEEE/ACM في علم الأحياء الحاسوبي والمعلوماتية الحيوية . 7 (4): 727-740 . Bibcode : 2010ITCBB...7..727T . doi : 10.1109/TCBB.2008.97 . PMID 21030739. S2CID 12095376 .

[31] seqfold ، Lattice Automation، 27-03-2022 ، تم الاطلاع عليه بتاريخ 27-03-2022

[pmid14654704-32] دينغ واي، لورانس سي إي (ديسمبر 2003). " خوارزمية أخذ عينات إحصائية للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي" . أبحاث الأحماض النووية . 31 (24): 7280-7301 . doi : 10.1093/nar/gkg938 . PMC 297010. PMID 14654704 .

[pmid15215366-33] دينغ واي، تشان سي واي، لورانس سي إي (يوليو 2004). "خادم ويب Sfold للطي الإحصائي والتصميم العقلاني للأحماض النووية" . أبحاث الأحماض النووية . 32 (عدد خوادم الويب): W135– W141 . doi : 10.1093/nar/gkh449 . PMC 441587. PMID 15215366 .

[pmid16043502-34] دينغ واي، تشان سي واي، لورانس سي إي (أغسطس 2005). " التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام المراكز في مجموعة بولتزمان الموزونة" . الحمض النووي الريبي . 11 (8): 1157-1166 . doi : 10.1261/rna.2500605 . PMC 1370799. PMID 16043502 .

[pmid16109749-35] تشان سي واي، لورانس سي إي، دينغ واي (أكتوبر 2005). "ميزات تجميع البنية على خادم الويب Sfold" . المعلوماتية الحيوية . 21 (20): 3926-3928 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti632 . PMID 16109749 .

[36] سينغ ج، هانسون ج، باليوال ك، تشو ي (نوفمبر 2019). "التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام مجموعة من الشبكات العصبية العميقة ثنائية الأبعاد والتعلم بالنقل" . نيتشر كوميونيكيشنز . 10 (1) 5407. Bibcode : 2019NatCo..10.5407S . doi : 10.1038/s41467-019-13395-9 . PMC 6881452. PMID 31776342 .

[pmid27378291-37] بارساكي م، نوفوا إي إم، كيليس م، بيشيني أ (نوفمبر 2016). "SwiSpot: نمذجة مفاتيح الريبوزوم عن طريق تحديد تسلسلات التبديل" . المعلوماتية الحيوية . 32 (21): 3252-3259 . doi : 10.1093/bioinformatics/btw401 . hdl : 11568/817190 . PMID 27378291 .

[pmid34792173-38] فو إل، كاو واي، وو جيه، بينغ كيو، ني كيو، شي إكس (فبراير 2022). "UFold: تنبؤ سريع ودقيق بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام التعلم العميق" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 50 (3): 14. doi : 10.1093 / nar/gkab1074 . PMC 8860580. PMID 34792173 .

[pmid18712296-39] ماركهام، ن. ر.، وزوكر، م. (2008). "UNAFold". المعلوماتية الحيوية . مناهج في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 453. الصفحات 3-31 . doi : 10.1007/978-1-60327-429-6_1 . ISBN 978-1-60327-428-9PMID 18712296

[pmid17878940-40] داوسون، دبليو كيه، فوجيوارا، كيه، كاواي، جي (سبتمبر 2007). "التنبؤ بالعقد الكاذبة في الحمض النووي الريبي باستخدام النمذجة الاستدلالية مع التخطيط والطي المتسلسل" . PLOS ONE . 2 (9) e905. Bibcode : 2007PLoSO...2..905D . doi : 10.1371/journal.pone.0000905 . PMC 1975678. PMID 17878940 .

[pmidnone-41] داوسون، دبليو كيه، تاكاي، تي، إيتو، إن، شيميزو، كيه، كاواي، جي (2014). "نموذج جديد للإنتروبيا للحمض النووي الريبي: الجزء الثالث. هل شكل منحنى طاقة الطي الحر للحمض النووي الريبي قمعي؟" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 5 (1): 2652. doi : 10.4081/jnai.2014.2652 .

[pmid37945552-43] وانغ وآخرون (نوفمبر 2023). "trRosettaRNA: التنبؤ الآلي بالبنية ثلاثية الأبعاد للحمض النووي الريبي باستخدام شبكة المحولات" . Nature Communications . 14 (1) 7266. Bibcode : 2023NatCo..14.7266W . doi : 10.1038/s41467-023-42528-4 . PMC 10636060. PMID 37945552 .

[pmid19543381-44] فريلسن ج، مولتكه إ، ثيم م، مارديا ك ف، فيركينغهوف-بورغ ج، هاملريك ت (يونيو 2009). "نموذج احتمالي للفضاء التوافقي للحمض النووي الريبي" . مجلة PLOS للبيولوجيا الحاسوبية . 5 (6) e1000406. رمز Bibcode : 2009PLSCB...5E0406F . doi : 10.1371/journal.pcbi.1000406 . PMC 2691987. PMID 19543381 .

[pmid17726102-45] واتكينز، أندرو مارتن؛ رانجان، راميا؛ داس، ريجو (2020-08-04). "FARFAR2: تحسين التنبؤ بطيات الحمض النووي الريبي المعقدة باستخدام برنامج Rosetta" . Structure . 28 ( 8): 963–976.e6. doi : 10.1016/j.str.2020.05.011 . ISSN 0969-2126 . PMC 7415647. PMID 32531203 .

[pmid18579566-46] شارما إس، دينغ إف، دوخوليان إن في (سبتمبر 2008). "iFoldRNA: التنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي ثلاثية الأبعاد وطيّه" . المعلوماتية الحيوية . 24 (17): 1951-1952 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn328 . PMC 2559968. PMID 18579566 .

[pmid18322526-47] باريسيان م، ماجور ف (مارس 2008). "خط أنابيب MC-Fold وMC-Sym يستنتج بنية الحمض النووي الريبي من بيانات التسلسل". نيتشر . 452 ( 7183): 51-55 . Bibcode : 2008Natur.452...51P . doi : 10.1038/nature06684 . PMID 18322526. S2CID 4415777 .

[pmid19144906-48] جونيكاس إم إيه، رادمر آر جيه، ليدراخ إيه، داس آر، بيرلمان إس، هيرشلاج دي، ألتمان آر بي (فبراير 2009). " نمذجة تقريبية لجزيئات الحمض النووي الريبي الكبيرة باستخدام إمكانات قائمة على المعرفة وفلاتر هيكلية" . الحمض النووي الريبي . 15 (2): 189-199 . doi : 10.1261/rna.1270809 . PMC 2924536. PMID 19144906 .

[49] كاجايا، يوكي؛ تشانغ، زيكونغ؛ ابتهاز، نبيل؛ وانغ، شياو؛ ناكامورا، تسوكاسا؛ بونورو، براناف ديب؛ كيهارا، دايسوكي (2025-01-21). "NuFold: منهج شامل للتنبؤ بالبنية الثلاثية للحمض النووي الريبي مع تمثيل مرن لمركز القاعدة النيتروجينية" . Nature Communications . 16 (1): 881. Bibcode : 2025NatCo..16..881K . doi : 10.1038/s41467-025-56261-7 . ISSN 2041-1723 . PMC 11751094. PMID 39837861 .

[pmid20651028-50] فلوريس إس سي، ألتمان آر بي (سبتمبر 2010). "تحويل المعلومات التجريبية المحدودة إلى نماذج ثلاثية الأبعاد للحمض النووي الريبي" . الحمض النووي الريبي . 16 (9): 1769-1778 . doi : 10.1261/rna.2112110 . PMC 2648710. PMID 20651028 .

[pmid22539264-51] بوبيندا م، سزاشنيوك م، أنتزاك م، بورزيكا كيه جيه، لوكاسياك ب، بارتول ن، وآخرون . (أغسطس 2012). "تركيب البنية ثلاثية الأبعاد الآلي للحمض النووي الريبي الكبير" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (14): e112. doi : 10.1093/nar/gks339 . PMC 3413140. PMID 22539264 .

[pmid12499300-56] بيريكيه أو، توزيه إتش، دوشيه إم (يناير 2003). "إيجاد البنية المشتركة بين اثنين من الحمض النووي الريبي المتماثل" . المعلوماتية الحيوية . 19 (1): 108-116 . doi : 10.1093/bioinformatics/19.1.108 . PMID 12499300 .

[pmid15215367-57] توزيت هـ، بيريكيه أ (يوليو 2004). "كارناك: عائلات طي الحمض النووي الريبي ذات الصلة" . أبحاث الأحماض النووية . 32. 32 (عدد خادم الويب): W142– W145 . doi : 10.1093/nar/gkh415 . PMC 441553. PMID 15215367 .

[pmid20843778-58] حمادة م، ساتو ك، أساي ك (يناير 2011). "تحسين دقة التنبؤ بالبنية الثانوية لتسلسلات الحمض النووي الريبي المتراصفة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (2): 393-402 . doi : 10.1093/nar/gkq792 . PMC 3025558. PMID 20843778 .

[pmid19808876-59] هامادا م، ساتو ك، كيريو هـ، ميتوياما ت، أساي ك (ديسمبر 2009). "CentroidAlign: أداة محاذاة سريعة ودقيقة للحمض النووي الريبوزي المهيكل من خلال تعظيم مجموع نقاط الأزواج المتوقعة" . المعلوماتية الحيوية . 25 (24): 3236-3243 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp580 . PMID 19808876 .

[pmid16357030-60] ياو ز، واينبرغ ز، روزو دبليو إل (فبراير 2006). "CMfinder - خوارزمية لإيجاد أنماط الحمض النووي الريبي تعتمد على نموذج التغاير" . المعلوماتية الحيوية . 22 (4): 445-452 . doi : 10.1093/bioinformatics/btk008 . PMID 16357030 .

[pmid16952317-61] داول، آر. دي.، وإيدي ، إس. آر. (سبتمبر 2006). "التنبؤ الفعال ببنية الحمض النووي الريبي (RNA) ومحاذاته باستخدام قيود محاذاة التسلسل" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 7 (1) 400. doi : 10.1186/1471-2105-7-400 . PMC 1579236. PMID 16952317 .

[pmid23060618-62] ساتو ك، كاتو واي، أكوتسو تي، أساي ك، ساكاكيبارا واي (ديسمبر 2012). "DAFS: المحاذاة والطي المتزامن لتسلسلات الحمض النووي الريبي (RNA) عبر التحلل المزدوج" . المعلوماتية الحيوية . 28 (24): 3218-3224 . دوى : 10.1093/المعلوماتية الحيوية/BTS612 . بميد 23060618 .

[pmid11902836-63] ماثيوز، د. هـ.، وتيرنر، د. هـ. (مارس 2002). "داين ألاين: خوارزمية لإيجاد البنية الثانوية المشتركة بين سلسلتين من الحمض النووي الريبي". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 317 (2): 191-203 . doi : 10.1006/jmbi.2001.5351 . PMID 11902836 .

[pmid15731207-64] ماثيوز، د. هـ. (مايو 2005). "التنبؤ بمجموعة من البنى الثانوية للحمض النووي الريبي ذات الطاقة الحرة الدنيا المشتركة بين سلسلتين" . المعلوماتية الحيوية . 21 (10): 2246-2253 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti349 . PMID 15731207 .

[pmid17445273-65] هارمانسي ، أ.و.، شارما، ج.، ماثيوز، د.هـ. (أبريل 2007). "التنبؤ الفعال ببنية الحمض النووي الريبي الثنائي باستخدام قيود المحاذاة الاحتمالية في داين ألاين" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 8 (1) 130. doi : 10.1186/1471-2105-8-130 . PMC 1868766. PMID 17445273 .

[66] سوندفيلد د، هافغارد جيه إتش، دي ميلو إيه سي، غورودكين جيه (أبريل 2016). "Foldalign 2.5: تطبيق متعدد الخيوط لمحاذاة الحمض النووي الريبي البنيوي الثنائي" . المعلوماتية الحيوية . 32 (8): 1238-1240 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv748 . PMC 4824132. PMID 26704597 .

[pmid17324941-67] تورارينسون إي، هافغارد جيه إتش، غورودكين جيه (أبريل 2007). "محاذاة وتجميع تسلسلات الحمض النووي الريبي (RNA) متعددة البنية" . المعلوماتية الحيوية . 23 (8): 926-932 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm049 . PMID 17324941 .

[978-3-642-33122-0_11-68] ميلو ن، زاكوف س، كاتزينلسون إ، باخمات إ، دينيتز ي، زيف-أوكيلسون م (2012). "مقارنات شجرة الحمض النووي الريبوزي عبر محاذاة غير جذرية وغير مرتبة". خوارزميات في المعلوماتية الحيوية . سلسلة محاضرات في علوم الحاسوب. المجلد 7534. الصفحات 135-148 . doi : 10.1007/978-3-642-33122-0_11 . ISBN 978-3-642-33121-3.

[pmid23590940-69] ميلو ن، زاكوف س، كاتزينلسون إي، باخمات إي، دينيتز ي، زيف-أوكيلسون م (أبريل 2013). "محاذاة الأشجار الفرعية المتماثلة غير المتجذرة وغير المرتبة لأشجار الحمض النووي الريبي" . خوارزميات البيولوجيا الجزيئية . 8 (1) 13. doi : 10.1186/1748-7188-8-13 . PMC 3765143. PMID 23590940 .

[pmid22689765-70] 1 2 3 هاين إس، كوستا إف، روز دي، باكوفن آر (يونيو 2012). "GraphClust: التجميع الهيكلي غير المعتمد على المحاذاة للبنى الثانوية المحلية للحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 28 (12): i224– i232. doi : 10.1093/bioinformatics/bts224 . PMC 3371856. PMID 22689765 .

[pmid16495232-71] بيندوالد إي، شابيرو بي إيه (مارس 2006). "التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي من خلال محاذاة التسلسلات باستخدام شبكة من مصنفات الجوار الأقرب k" . الحمض النووي الريبي . 12 (3): 342-352 . doi : 10.1261/rna.2164906 . PMC 1383574. PMID 16495232 .

[pmid17662141-72] باور م، كلاو ج.و، رينرت ك (يوليو 2007). "محاذاة دقيقة متعددة لتسلسلات الحمض النووي الريبي باستخدام التحسين التوافقي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 8 (1) 271. doi : 10.1186/1471-2105-8-271 . PMC 1955456. PMID 17662141 .

[pmid17432929-73] ويل إس، رايش كيه، هوفاكر آي إل، ستادلر بي إف، باكوفن آر (أبريل 2007). "استنتاج عائلات وفئات الحمض النووي الريبوزي غير المشفر باستخدام التجميع القائم على بنية الجينوم" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 3 (4) e65. Bibcode : 2007PLSCB...3...65W . doi : 10.1371/journal.pcbi.0030065 . PMC 1851984. PMID 17432929 .

[pmid17038338-74] ليندغرين إس، غاردنر بي بي، كروغ إيه (ديسمبر 2006). "قياس التباين المشترك في محاذاة الحمض النووي الريبي: الواقعية الفيزيائية تُحسّن مقاييس المعلومات" . المعلوماتية الحيوية . 22 (24): 2988-2995 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl514 . PMID 17038338 .

[pmid18006551-75] ليندغرين إس، غاردنر بي بي، كروغ إيه (ديسمبر 2007). "ماستر: محاذاة متعددة وتوقع بنية الحمض النووي الريبي غير المشفر باستخدام التلدين المحاكي". المعلوماتية الحيوية . 23 (24): 3304-3311 . CiteSeerX 10.1.1.563.7072 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm525 . PMID 18006551 .

[pmid21193521-76] Xu Z, Mathews DH (مارس 2011). "Multilign: خوارزمية للتنبؤ بالبنى الثانوية المحفوظة في تسلسلات الحمض النووي الريبي المتعددة" . المعلوماتية الحيوية . 27 (5): 626-632 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq726 . PMC 3042186. PMID 21193521 .

[pmid17459961-77] كيريو هـ، تابي ي، كين ت، أساي ك (يوليو 2007). "مورليت: أداة عملية للمحاذاة المتعددة لتسلسلات الحمض النووي الريبي البنيوية" . المعلوماتية الحيوية . 23 (13): 1588-1598 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm146 . PMID 17459961 .

[MXSCARNA-78] تابي واي، كيريو إتش، كين تي، أساي كيه (يناير 2008). "طريقة سريعة للمحاذاة الهيكلية المتعددة لتسلسلات الحمض النووي الريبي الطويلة" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 9 (1) 33. رمز Bibcode : 2008BMCBi...9...33T . doi : 10.1186/1471-2105-9-33 . PMC 2375124. PMID 18215258 .

[pmid18304945-79] هارمانسي، أ.و.، شارما، ج.، ماثيوز، د.هـ. (أبريل 2008). "PARTS: محاذاة احتمالية للتنبؤ بالبنية الثانوية لبروتين RNA joinT" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 36 (7): 2406-2417 . doi : 10.1093/nar/gkn043 . PMC 2367733. PMID 18304945 .

[pmid10383470-80] كنودسن ب، هاين ج (يونيو 1999). "التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام قواعد نحوية عشوائية خالية من السياق والتاريخ التطوري" . المعلوماتية الحيوية . 15 (6): 446-454 . doi : 10.1093/bioinformatics/15.6.446 . PMID 10383470 .

[pmid12824339-81] كنودسن ب، هاين ج (يوليو 2003). "Pfold: التنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام قواعد نحوية عشوائية خالية من السياق" . أبحاث الأحماض النووية . 31 (13): 3423-3428 . doi : 10.1093/nar/gkg614 . PMC 169020. PMID 12824339 .

[pmid18836192-82] سيمان إس إي، غورودكين جيه، باكوفن آر (نوفمبر 2008). "توحيد المعلومات التطورية والديناميكية الحرارية لطي الحمض النووي الريبي في عمليات المحاذاة المتعددة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 36 (20): 6355-6362 . doi : 10.1093/nar/gkn544 . PMC 2582601. PMID 18836192 .

[pmid22796961-83] دوس جي، ميتزلر دي (سبتمبر 2012). "أخذ عينات بايزية من البنى الثانوية للحمض النووي الريبي المحفوظة تطوريًا مع العقد الكاذبة" . المعلوماتية الحيوية . 28 (17): 2242-2248 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts369 . PMID 22796961 .

[pmid15073017-84] هوفاكر، آي. إل.، بيرنهارت، إس. إتش.، ستادلر، بي. إف. (سبتمبر 2004). "محاذاة مصفوفات احتمالية اقتران قواعد الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 20 (14): 2222-2227 . doi : 10.1093/bioinformatics/bth229 . PMID 15073017 .

[pmid21788211-85] وي د، ألبرت إل في، لورانس سي إي (سبتمبر 2011). "RNAG: أداة جديدة لأخذ عينات جيبس للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي للتسلسلات غير المتراصفة" . المعلوماتية الحيوية . 27 (18): 2486-2493 . doi : 10.1093/bioinformatics/btr421 . PMC 3167047. PMID 21788211 .

[pmid18420654-86] ويلم أ، هيغينز دي جي، نوتردام سي (مايو 2008). "آر-كوفي: طريقة للمحاذاة المتعددة للحمض النووي الريبي غير المشفر" . أبحاث الأحماض النووية . 36 (9): e52. doi : 10.1093/nar/ gkn174 . PMC 2396437. PMID 18420654 .

[pmid18483080-87] موريتي إس، ويلم إيه، هيغينز دي جي، زيناريوس آي، نوتردام سي (يوليو 2008). "آر-كوفي: خادم ويب لمحاذاة تسلسلات الحمض النووي الريبوزي غير المشفر بدقة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 36 (عدد خوادم الويب): W10– W13 . doi : 10.1093/nar/gkn278 . PMC 2447777. PMID 18483080 .

[pmid21507242-88] هارمانسي، أ.و.، شارما ، ج.، ماثيوز، د.هـ. (أبريل 2011). "TurboFold: التقدير الاحتمالي التكراري للبنى الثانوية لتسلسلات الحمض النووي الريبي المتعددة" . BMC Bioinformatics . 12 (1) 108. doi : 10.1186/1471-2105-12-108 . PMC 3120699. PMID 21507242 .

[pmid22285566-89] سيتين إم جي، ماثيوز دي إتش (مارس 2012). "TurboKnot: التنبؤ السريع بالبنى الثانوية المحفوظة للحمض النووي الريبي، بما في ذلك العقد الكاذبة" . المعلوماتية الحيوية . 28 (6): 792-798 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts044 . PMC 3307117. PMID 22285566 .

[90] Rivas E, Clements J, Eddy SR (January 2017). "A statistical test for conserved RNA structure shows lack of evidence for structure in lncRNAs". Nature Methods. 14 (1): 45–48. doi:10.1038/nmeth.4066. PMC 5554622. PMID 27819659.

[pmid12079347-91] Hofacker IL, Fekete M, Stadler PF (June 2002). "Secondary structure prediction for aligned RNA sequences". Journal of Molecular Biology. 319 (5): 1059–1066. doi:10.1016/S0022-2836(02)00308-X. PMID 12079347.

[pmid17020924-92] Voss B (2006). "Structural analysis of aligned RNAs". Nucleic Acids Research. 34 (19): 5471–5481. doi:10.1093/nar/gkl692. PMC 1636479. PMID 17020924.

[pmid16020472-93] Reeder J, Giegerich R (September 2005). "Consensus shapes: an alternative to the Sankoff algorithm for RNA consensus structure prediction". Bioinformatics. 21 (17): 3516–3523. doi:10.1093/bioinformatics/bti577. PMID 16020472.

[pmid16452790-94] Höchsmann M, Töller T, Giegerich R, Kurtz S (2003). "Local similarity in RNA secondary structures". Proceedings. IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. 2: 159–168. PMID 16452790.

[pmid17048408-95] Höchsmann M, Voss B, Giegerich R (2004). "Pure multiple RNA secondary structure alignments: a progressive profile approach". IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 1 (1): 53–62. doi:10.1109/TCBB.2004.11. PMID 17048408. S2CID 692442.

[pmid16908501-96] Hamada M, Tsuda K, Kudo T, Kin T, Asai K (October 2006). "Mining frequent stem patterns from unaligned RNA sequences". Bioinformatics. 22 (20): 2480–2487. doi:10.1093/bioinformatics/btl431. PMID 16908501.

[pmid17537756-97] Xu X, Ji Y, Stormo GD (أغسطس 2007). "RNA Sampler: خوارزمية جديدة قائمة على أخذ العينات للتنبؤ بالبنية الثانوية الشائعة للحمض النووي الريبي ومحاذاة البنية" . المعلوماتية الحيوية . 23 (15): 1883-1891 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm272 . PMID 17537756 .

[pmid16690634-98] تابي واي، تسودا كيه، كين تي، أساي كيه (يوليو 2006). "SCARNA: محاذاة هيكلية سريعة ودقيقة لتسلسلات الحمض النووي الريبي عن طريق مطابقة أجزاء الساق ذات الطول الثابت" . المعلوماتية الحيوية . 22 (14): 1723-1729 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl177 . PMID 16690634 .

[pmid17696604-99] ماير، آي إم، وميكلوس، آي (أغسطس 2007). "SimulFold: استنتاج بنى الحمض النووي الريبي (RNA) بشكل متزامن ، بما في ذلك العقد الكاذبة، والمحاذاة، والأشجار، باستخدام إطار عمل بايزي MCMC" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 3 (8) e149. Bibcode : 2007PLSCB...3..149M . doi : 10.1371/journal.pcbi.0030149 . PMC 1941756. PMID 17696604 .

[pmid15790387-100] هولمز، آي (مارس 2005). "الاستدلال الاحتمالي المُعجَّل لتطور بنية الحمض النووي الريبي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 6 (1) 73. doi : 10.1186/1471-2105-6-73 . PMC 1090553. PMID 15790387 .

[pmid16613908-101] دالي د، ويلم أ، ماينز إ، ستيجر ج (يوليو 2006). "سترال: محاذاة تدريجية للحمض النووي الريبي غير المشفر باستخدام متجهات احتمالية اقتران القواعد في وقت تربيعي" . المعلوماتية الحيوية . 22 (13): 1593-1599 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl142 . PMID 16613908 .

[{{PMID|20047957}}-102] إنجيلين إس، طاهي إف (أبريل 2010). "Tfold: تنبؤ حاسوبي فعال بالبنى الثانوية للحمض النووي الريبي غير المشفر" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 38 (7): 2453-2466 . doi : 10.1093/nar/gkp1067 . PMC 2853104. PMID 20047957 .

[pmid18492721-103] تورارينسون إي، ليندغرين إس (يوليو 2008). "WAR: خادم ويب لمحاذاة الحمض النووي الريبي البنيوي" . أبحاث الأحماض النووية . 36 (عدد خادم الويب): W79– W84 . doi : 10.1093/nar/gkn275 . PMC 2447782. PMID 18492721 .

[pmid17018148-104] 1 2 كلوسترمان، ب. س.، أوزيلوف، أ. ف.، بيندانا، ي. ر.، برادلي، ر. ك.، تشاو، س.، كوسول، س.، وآخرون . (أكتوبر 2006). "XRate: أداة سريعة للنمذجة والتدريب والتعليق على قواعد التصنيف التطوري" . BMC Bioinformatics . 7 (1) 428. doi : 10.1186/1471-2105-7-428 . PMC 1622757. PMID 17018148 .

[105] غلوزون، جان بيير سيهي؛ أوانغراوا، عايدة (2018). "AliFreeFold: منهج لا يعتمد على المحاذاة للتنبؤ بالبنية الثانوية من تسلسلات الحمض النووي الريبي المتماثلة" . المعلوماتية الحيوية . 34 (13): i70– i78. doi : 10.1093/bioinformatics/bty234 . PMC 6022685. PMID 29949960. تاريخ الاسترجاع: 10 يناير 2023 .

[106] بوساني، مارك أندريه؛ كاربنتير، فالنتين؛ غلوزون، جان بيير س.؛ أوانغراوا، عايدة؛ أنسلميتي، يوان (2020). " AliFreeFoldMulti: طريقة لا تعتمد على المحاذاة للتنبؤ بالبنى الثانوية لنظائر الحمض النووي الريبي المتعددة" . علم الجينوم والمعلوماتية الحيوية للحمض النووي الريبي . doi : 10.1093/nargab/lqaa086 . PMC 7671329. PMID 33575631. تاريخ الاسترجاع: 10 يناير 2023 .

[107] هانومانثابا إيه كيه، سينغ جيه، باليوال كيه، سينغ جيه، تشو واي (يناير 2021). "التنبؤ بإمكانية وصول المذيب إلى الحمض النووي الريبي باستخدام شبكة عصبية تلافيفية متوسعة، وذلك بالاعتماد على تسلسل واحد وملف تعريف" . المعلوماتية الحيوية . 36 (21): 5169-5176 . doi : 10.1093/bioinformatics/btaa652 . hdl : 10072/399087 . PMID 33106872 .

[108] صن إس، وو كيو، بينغ زد، يانغ جيه (مايو 2019). "تحسين التنبؤ بإمكانية وصول المذيب إلى الحمض النووي الريبي باستخدام الشبكات العصبية ذات الذاكرة طويلة المدى وملفات تعريف التسلسل المحسّنة". المعلوماتية الحيوية . 35 (10): 1686-1691 . doi : 10.1093/bioinformatics/bty876 . PMID 30321300 .

[109] يانغ واي، لي إكس، تشاو إتش، زان جيه، وانغ جيه، تشو واي (يناير 2017). "توصيف البنى الثلاثية للحمض النووي الريبي على نطاق الجينوم وتأثيرها الوظيفي من خلال التنبؤ بإمكانية وصول المذيب إلى الحمض النووي الريبي" . الحمض النووي الريبي . 23 (1): 14-22 . doi : 10.1261/rna.057364.116 . PMC 5159645. PMID 27807179 .

[PMC3125805-110] إيجنهوفر إف، تافر إتش، ستادلر بي إف، هوفاكر آي إل (يوليو 2011). "RNApredator: تنبؤ سريع قائم على إمكانية الوصول لأهداف الحمض النووي الريبوزي الصغير" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد خادم الويب): W149– W154. doi : 10.1093/nar/gkr467 . PMC 3125805. PMID 21672960 .

[pmid16403789-111] جيرلاخ دبليو، جيجيريش آر (مارس 2006). "GUUGle: أداة مساعدة للمطابقة الدقيقة السريعة وفقًا لقواعد التكامل في الحمض النووي الريبي، بما في ذلك اقتران قواعد GU" . المعلوماتية الحيوية . 22 (6): 762-764 . doi : 10.1093/bioinformatics/btk041 . PMID 16403789 .

[pmid28472523-112] مان م، رايت ب ر، باكوفن ر (يوليو 2017). "IntaRNA 2.0: تنبؤ مُحسَّن وقابل للتخصيص لتفاعلات الحمض النووي الريبي-الحمض النووي الريبي" . أبحاث الأحماض النووية . 45 (W1): W435– W439. doi : 10.1093/nar/gkx279 . PMC 5570192. PMID 28472523 .

[pmid24838564-113] 1 2 رايت بي آر، جورج جيه، مان إم، سوريسكو دي إيه، ريختر إيه إس، لوت إس، وآخرون . (يوليو 2014). "CopraRNA وIntaRNA: التنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبي الصغير، والشبكات، ومجالات التفاعل" . أبحاث الأحماض النووية . 42 (عدد خادم الويب): W119– W123 . doi : 10.1093/nar/gku359 . PMC 4086077. PMID 24838564 .

[pmid18940824-114] بوش أ، ريختر أ.س، باكوفن ر (ديسمبر 2008). "إنتا آر إن إيه: تنبؤ فعال بأهداف الحمض النووي الريبوزي الصغير البكتيري مع مراعاة إمكانية الوصول إلى موقع الهدف والمناطق البذرية" . المعلوماتية الحيوية . 24 (24): 2849-2856 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn544 . PMC 2639303. PMID 18940824 .

[pmid19850757-115] ريختر إيه إس، شليبرغر سي، باكوفن آر، شتيغليش سي (يناير 2010). "التنبؤ بـ INTARNA القائم على البذور والمدمج مع نظام GFP-reporter يحدد أهداف mRNA للـ RNA الصغير Yfr1" . المعلوماتية الحيوية . 26 (1): 1-5 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp609 . PMC 2796815. PMID 19850757 .

[pmid20444875-116] سميث سي، هاين إس، ريختر إيه إس، ويل إس، باكوفن آر (يوليو 2010). "أدوات فرايبورغ للحمض النووي الريبوزي: خادم ويب يدمج INTARNA وEXPARNA وLOCARNA" . أبحاث الأحماض النووية . 38 (عدد خوادم الويب): W373– W377 . doi : 10.1093/nar/gkq316 . PMC 2896085. PMID 20444875 .

[pmid23980183-117] رايت، بي آر، وريشتر، إيه إس، وبابنفورت، كيه، ومان، إم، وفوجل، جيه، وهيس، دبليو آر، وآخرون . (سبتمبر 2013). "علم الجينوم المقارن يعزز التنبؤ بالأهداف لجزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة البكتيرية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 110 (37): E3487– E3496 . Bibcode : 2013PNAS..110E3487W . doi : 10.1073/pnas.1303248110 . PMC 3773804. PMID 23980183 .

[MINT-RNA-NAR-118] غورسكا أ، ياسينسكي م، تريلسكا ج (سبتمبر 2015). "MINT: برنامج لتحديد الأنماط والتفاعلات قصيرة المدى في مسارات الأحماض النووية" . أبحاث الأحماض النووية . 43 (17): e114. doi : 10.1093/nar/gkv559 . PMC 4787793. PMID 26024667 .

[NUPACK-119] ديركس آر إم، بويس جيه إس، شيفر جيه إم، وينفري إي، بيرس إن إيه (2007). "التحليل الديناميكي الحراري لسلاسل الأحماض النووية المتفاعلة". مجلة SIAM Review . 49 (1): 65-88 . Bibcode : 2007SIAMR..49...65D . CiteSeerX 10.1.1.523.4764 . doi : 10.1137/060651100 .

[oligowalk-120] ماثيوز ، د. هـ.، بوركارد، م. إ.، فراير، س. م.، وايت، ج. ر.، تيرنر، د. هـ. (نوفمبر 1999). " التنبؤ بتقارب قليل النوكليوتيدات مع أهداف الأحماض النووية" . الحمض النووي الريبي . 5 (11) S1355838299991148: 1458-1469 . doi : 10.1017/S1355838299991148 . PMC 1369867. PMID 10580474 .

[piRNA-121] شيتساز هـ، سالاري ر، ساهينالب س.ك، باكوفن ر (يونيو 2009). "خوارزمية دالة التقسيم لسلاسل الأحماض النووية المتفاعلة" . المعلوماتية الحيوية . 25 (12): i365– i373. doi : 10.1093/bioinformatics/btp212 . PMC 2687966. PMID 19478011 .

[Monga-122] مونغا، آي.، وبانيرجي، آي. (نوفمبر 2019). "التعرف الحاسوبي على جزيئات piRNA باستخدام خصائص تعتمد على تسلسل الحمض النووي الريبي، وبنيته، وخصائصه الديناميكية الحرارية والفيزيائية والكيميائية" . علم الجينوم الحالي . 20 (7): 508-518 . doi : 10.2174/1389202920666191129112705 . PMC 7327968. PMID 32655289 .

[RNAripalign-123] لي إيه إكس، مارز إم، تشين جيه، ريديس سي إم (فبراير 2011). "التنبؤ بتفاعل الحمض النووي الريبي-الحمض النووي الريبي بناءً على محاذاة تسلسلات متعددة". المعلوماتية الحيوية . 27 (4): 456-463 . arXiv : 1003.3987 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq659 . PMID 21134894. S2CID 6586629 .

[pmid20823308-124] كاتو واي، ساتو كيه، هامادا إم، واتانابي واي، أساي كيه، أكوتسو تي (سبتمبر 2010). "RactIP: تنبؤ سريع ودقيق بتفاعل الحمض النووي الريبي باستخدام البرمجة العددية" . المعلوماتية الحيوية . 26 (18): i460– i466. doi : 10.1093/bioinformatics/btq372 . PMC 2935440. PMID 20823308 .

[pmid16722605-125] برنهارت إس إتش، تافر إتش، موكشتاين يو، فلام سي، ستادلر بي إف، هوفاكر آي إل (مارس 2006). "دالة التقسيم واحتمالات اقتران القواعد في ثنائيات الحمض النووي الريبي غير المتجانسة" . خوارزميات البيولوجيا الجزيئية . 1 (1) 3. doi : 10.1186/1748-7188-1-3 . PMC 1459172. PMID 16722605 .

[pmid15383676-126] 1 2 3 ريمسماير م، ستيفن ب، هوخسمان م، جيغريش ر (أكتوبر 2004). "التنبؤ السريع والفعال بثنائيات الحمض النووي الريبوزي الميكروي/الهدف" . الحمض النووي الريبوزي . 10 ( 10): 1507-1517 . doi : 10.1261/rna.5248604 . PMC 1370637. PMID 15383676 .

[pmid16845047-127] 1 2 3 كروجر ج، ريمسماير م (يوليو 2006). "RNAhybrid: التنبؤ بأهداف microRNA سهل وسريع ومرن" . أبحاث الأحماض النووية . 34 (عدد خادم الويب): W451– W454 . doi : 10.1093/nar/gkl243 . PMC 1538877. PMID 16845047 .

[pmid16446276-128] موكشتاين يو، تافر إتش، هاكرمولر جيه، برنهارت إس إتش، ستادلر بي إف، هوفاكر آي إل (مايو 2006). "الديناميكا الحرارية لربط الحمض النووي الريبي-الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 22 (10): 1177-1182 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl024 . PMID 16446276 .

[129] Chorostecki U, Palatnik JF (يوليو 2014). "comTAR: أداة ويب للتنبؤ بأهداف microRNA المحفوظة وتوصيفها في النباتات" . المعلوماتية الحيوية . 30 (14): 2066-2067 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu147 . hdl : 11336/29681 . PMID 24632500 .

[pmid16990141-130] 1 2 ميراندا كيه سي، هوينه تي، تاي واي، أنج واي إس، تام دبليو إل، طومسون إيه إم، وآخرون . (سبتمبر 2006). "طريقة قائمة على الأنماط لتحديد مواقع ارتباط الحمض النووي الريبوزي الميكروي (microRNA) وجزيئاته غير المتجانسة المقابلة" . مجلة Cell . 126 (6): 1203-1217 . Bibcode : 2006Cell..126.1203M . doi : 10.1016/j.cell.2006.07.031 . PMID 16990141 .

[131] ويل ن، ليسي ف، سكوت ن، دالير ب، بيلو ج، ماجور ف (أغسطس 2015). " محاكاة MiRBooking لآلية عمل microRNAs القياسية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 43 (14): 6730-6738 . doi : 10.1093/nar/gkv619 . PMC 4538818. PMID 26089388 .

[pmid18668037-132] بايك د، فيلين ج، شين س، كامارغو ف د، جيجي س ب، بارتل د ب (سبتمبر 2008). " تأثير الحمض النووي الريبوزي الميكروي على إنتاج البروتين" . نيتشر . 455 (7209): 64-71 . Bibcode : 2008Natur.455...64B . doi : 10.1038/nature07242 . PMC 2745094. PMID 18668037 .

[pmid19789267-133] أليكسيو ب، ماراغكاكيس م، بابادوبولوس ج ل، ريتشكو م، هاتزيجورجيو أ ج (ديسمبر 2009). "ضائع في الترجمة: تقييم ومنظور لتحديد أهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي الحاسوبي" . المعلوماتية الحيوية . 25 (23): 3049-3055 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp565 . PMID 19789267 .

[pmid19478799-134] ريتشي دبليو، فلامان إس، راسكو جيه إي (يونيو 2009). "التنبؤ بأهداف ووظائف الحمض النووي الريبوزي الميكروي: فخاخ للمتهورين". نيتشر ميثودز . 6 (6): 397-398 . doi : 10.1038/nmeth0609-397 . PMID 19478799. S2CID 205417583 .

[Chiu_et._al,_Genome_Res_2015-135] تشيو إتش إس، لوبيت-نافاس دي، يانغ إكس، تشونغ دبليو جيه، أمبيسي-إمبيومباتو إيه، آير إيه، وآخرون . (فبراير 2015). "كيوبيد: إعادة بناء متزامنة لشبكات microRNA-target و ceRNA" . أبحاث الجينوم . 25 (2): 257-267 . doi : 10.1101 / gr.178194.114 . PMC 4315299. PMID 25378249 .

[pmid19765283-136] ماراغاكيس م، أليكسيو ب، بابادوبولوس ج ل، ريتشكو م، دالاماغاس ت، جيانوبولوس ج، وآخرون . (سبتمبر 2009). "التنبؤ الدقيق بأهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي يرتبط بمستويات كبت البروتين" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 10 (1) 295. doi : 10.1186/1471-2105-10-295 . PMC 2752464. PMID 19765283 .

[pmid17254305-137] ثاداني ر، تامي إم تي (ديسمبر 2006). "ميكروتار: التنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي من ثنائيات الحمض النووي الريبوزي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 7.7 (ملحق 5) S20. doi : 10.1186/1471-2105-7-S5-S20 . PMC 1764477. PMID 17254305 .

[pmid16978421-138] كيم إس كيه، نام جيه دبليو، ري جيه كيه، لي دبليو جيه، تشانغ بي تي (سبتمبر 2006). "miTarget: التنبؤ بالجينات المستهدفة للـ microRNA باستخدام آلة المتجهات الداعمة" . BMC Bioinformatics . 7 (1) 411. doi : 10.1186/1471-2105-7-411 . PMC 1594580. PMID 16978421 .

[139] فريدمان، واي.، نعمتي، جي.، لينال، إم. (أغسطس 2010). "MiRror: أداة تحليلية تركيبية على الويب لمجموعات من الحمض النووي الريبوزي الميكروي وأهدافه" . المعلوماتية الحيوية . 26 (15): 1920-1921 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq298 . PMID 20529892 .

[140] بالاغا، أو.، فريدمان، ي.، لينال، م. (أكتوبر 2012). "نحو طبيعة تركيبية لتنظيم الحمض النووي الريبوزي الميكروي في الخلايا البشرية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (19): 9404-9416 . doi : 10.1093/nar/gks759 . PMC 3479204. PMID 22904063 .

[pmid15806104-141] كريك أ، غرون د، بوي إم إن، وولف ر، روزنبرغ ل، إبستين إي جيه، وآخرون . (مايو 2005). "توقعات أهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي التوافقية". علم الوراثة الطبيعية . 37 (5): 495-500 . doi : 10.1038 / ng1536 . PMID 15806104. S2CID 22672750 .

[pmid17893677-142] كيرتز م، إيوفينو ن، أونرستال يو، غول يو، سيغال إي (أكتوبر 2007). "دور إمكانية الوصول إلى الموقع في التعرف على هدف الحمض النووي الريبوزي الميكروي". علم الوراثة الطبيعية . 39 (10): 1278-1284 . doi : 10.1038/ng2135 . PMID 17893677. S2CID 1721807 .

[pmid18978784-143] فان دونجن إس، أبرو-جودجر سي، إنرايت إيه جيه (ديسمبر 2008). "الكشف عن ارتباط الحمض النووي الريبوزي الميكروي وتأثيرات الحمض النووي الريبوزي المتداخل الصغير خارج الهدف من بيانات التعبير الجيني" . نيتشر ميثودز . 5 (12): 1023-1025 . doi : 10.1038/nmeth.1267 . PMC 2635553. PMID 18978784 .

[pmid20871108-144] بارتونيسيك ن، إنرايت أ.ج. (نوفمبر 2010). "SylArray: خادم ويب للكشف الآلي عن تأثيرات miRNA من بيانات التعبير الجيني" . المعلوماتية الحيوية . 26 (22): 2900-2901 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq545 . PMID 20871108 .

[pmid=20413915-145] هيكام ر، شانكار ر (مارس 2010). "معلومات تسلسل المنطقة المجاورة لتحسين تنبؤات أهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي". مجلة العلوم البيولوجية . 35 (1): 105-118 . doi : 10.1007/s12038-010-0013-7 . PMID 20413915. S2CID 7047781 .

[pmid14697198-146] لويس بي بي، شيه آي إتش، جونز-رودز إم دبليو، بارتل دي بي، بيرج سي بي (ديسمبر 2003). "التنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي في الثدييات" . مجلة الخلية . 115 (7): 787-798 . doi : 10.1016/S0092-8674(03)01018-3 . PMID 14697198 .

[pmid15652477-147] لويس بي بي، بيرج سي بي، بارتل دي بي (يناير 2005). "يشير اقتران البذور المحفوظ، والذي غالبًا ما يكون محاطًا بالأدينوزينات، إلى أن آلاف الجينات البشرية هي أهداف للـ microRNA" . مجلة Cell . 120 (1): 15-20 . doi : 10.1016/j.cell.2004.12.035 . PMID 15652477 .

[pmid17612493-148] غريمسون أ، فاره ك ك، جونستون و ك، غاريت-إنجيل ب، ليم ل ب، بارتل د ب (يوليو 2007). "تحديد خصوصية استهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي في الثدييات: محددات تتجاوز اقتران البذور" . الخلية الجزيئية . 27 (1): 91-105 . doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.017 . PMC 3800283. PMID 17612493 .

[pmid21909094-149] غارسيا دي إم، بايك دي، شين سي، بيل جي دبليو، غريمسون إيه، بارتل دي بي (سبتمبر 2011). " ضعف استقرار اقتران البذور ووفرة مواقع الاستهداف العالية يقللان من كفاءة lsy-6 وغيرها من microRNAs" . مجلة Nature Structural & Molecular Biology . 18 (10): 1139-1146 . doi : 10.1038/nsmb.2115 . PMC 3190056. PMID 21909094 .

[150] أغاروال، ف.، بيل، ج. و.، نام، ج. و.، بارتل، د. ب. (أغسطس 2015). " التنبؤ بمواقع استهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي الفعالة في الحمض النووي الريبوزي الرسول لدى الثدييات" . eLife . 4 e05005. Bibcode : 2015eLife...405005A . doi : 10.7554/eLife.05005 . PMC 4532895. PMID 26267216 .

[151] أغاروال، ف.، سابتلني، أ.و.، ثيرو، ب.، أوليتسكي، إ.، بارتل، د.ب. (أكتوبر 2018). " التنبؤ بفعالية استهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي في ذبابة الفاكهة" . علم الأحياء الجينومي . 19 (1) 152. doi : 10.1186/s13059-018-1504-3 . PMC 6172730. PMID 30286781 .

[pmid15313604-155] واشيتل إس، هوفاكر آي إل (سبتمبر 2004). "الطي التوافقي للتسلسلات المتراصفة كمقياس جديد للكشف عن الحمض النووي الريبي الوظيفي بواسطة علم الجينوم المقارن". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 342 (1): 19-30 . CiteSeerX 10.1.1.58.6251 . doi : 10.1016/j.jmb.2004.07.018 . PMID 15313604 .

[pmid16628248-156] بيدرسن جيه إس، بيجيرانو جي، سيبل إيه، روزنبلوم كيه، ليندبلاد-توه كيه، لاندر إي إس، وآخرون . (أبريل 2006). "تحديد وتصنيف البنى الثانوية المحفوظة للحمض النووي الريبي في الجينوم البشري" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 2 (4) e33. Bibcode : 2006PLSCB...2...33P . doi : 10.1371/journal.pcbi.0020033 . PMC 1440920. PMID 16628248 .

[157] كوفنتري أ، كليتمان دي جيه، بيرغر ب (أغسطس 2004). "MSARI: محاذاة تسلسل متعددة للكشف الإحصائي عن البنية الثانوية للحمض النووي الريبي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 101 (33): 12102-12107 . Bibcode : 2004PNAS..10112102C . doi : 10.1073/pnas.0404193101 . PMC 514400. PMID 15304649 .

[pmid11801179-158] ريفاس إي، إيدي إس آر (2001). "الكشف عن جينات الحمض النووي الريبوزي غير المشفر باستخدام تحليل التسلسل المقارن" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 2 (1) 8. Bibcode : 2001BMCBi...2....8R . doi : 10.1186/1471-2105-2-8 . PMC 64605. PMID 11801179 .

[pmid11553332-159] ريفاس إي، كلاين آر جيه، جونز تي إيه، إيدي إس آر (سبتمبر 2001). "التعرف الحاسوبي على الحمض النووي الريبوزي غير المشفر في الإشريكية القولونية باستخدام علم الجينوم المقارن" . علم الأحياء الحالي . 11 (17): 1369-1373 . Bibcode : 2001CBio...11.1369R . doi : 10.1016/S0960-9822(01)00401-8 . PMID 11553332 .

[pmid15665081-160] واشيتل إس، هوفاكر آي إل، ستادلر بي إف (فبراير 2005). "تنبؤ سريع وموثوق بالحمض النووي الريبي غير المشفر" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 102 (7): 2454-2459 . Bibcode : 2005PNAS..102.2454W . doi : 10.1073/pnas.0409169102 . PMC 548974. PMID 15665081 .

[pmid17452347-161] Gruber AR, Neuböck R, Hofacker IL, Washietl S (يوليو 2007). "خادم الويب RNAz: التنبؤ ببنى الحمض النووي الريبي المستقرة ديناميكيًا حراريًا والمحفوظة تطوريًا" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 35 (عدد خادم الويب): W335– W338. doi : 10.1093/nar/gkm222 . PMC 1933143. PMID 17452347 .

[pmid17993695-162] واشيتل، س. (2007). "التنبؤ بالحمض النووي الريبي غير المشفر باستخدام RNAz". علم الجينوم المقارن . مناهج في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 395. الصفحات 503-526 . doi : 10.1007/978-1-59745-514-5_32 . ISBN 978-1-58829-693-1PMID 17993695

[163] أندروز آر جيه، روش جيه، موس دبليو إن (2018). "ScanFold: منهجية لاكتشاف العناصر البنيوية المحلية للحمض النووي الريبي على مستوى الجينوم - تطبيقات على فيروس زيكا وفيروس نقص المناعة البشرية" . PeerJ . 6 e6136 . doi : 10.7717/peerj.6136 . PMC 6317755. PMID 30627482 .

[pmid14704338-164] لاسليت د، كانباك ب (2004). "برنامج ARAGORN، برنامج للكشف عن جينات الحمض النووي الريبوزي الناقل (tRNA) وجينات الحمض النووي الريبوزي الناقل المعدل (tmRNA) في تسلسلات النيوكليوتيدات" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 32 (1): 11-16 . doi : 10.1093/nar/gkh152 . PMC 373265. PMID 14704338 .

[pmid23805282-165] جها أ، شانكار ر (2013). "miReader: اكتشاف miRNAs جديدة في أنواع لا تملك جينومًا متسلسلًا" . PLOS ONE . 8 (6) e66857. Bibcode : 2013PLoSO...866857J . doi : 10.1371/journal.pone.0066857 . PMC 3689854. PMID 23805282 .

[pmid18215311-166] أرتزي إس، كيزون أ، شومرون ن (يناير 2008). "miRNAminer: أداة للبحث عن جينات microRNA المتماثلة" . BMC Bioinformatics . 9 (1) 39. doi : 10.1186/1471-2105-9-39 . PMC 2258288. PMID 18215311 .

[riscbinder-167] أحمد ف، أنصاري ح ر، راغافا ج ب (أبريل 2009). "التنبؤ بالسلسلة الدليلية للحمض النووي الريبوزي الميكروي من تسلسلها وبنيتها الثانوية" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 10 (1) 105. doi : 10.1186/1471-2105-10-105 . PMC 2676257. PMID 19358699 .

[pmid16873472-168] هيرتل ج، ستادلر ب ف (يوليو 2006). "دبابيس الشعر في كومة قش: التعرف على سلائف الحمض النووي الريبوزي الميكروي في بيانات علم الجينوم المقارن" . المعلوماتية الحيوية . 22 (14): e197– e202. doi : 10.1093/bioinformatics/btl257 . PMID 16873472 .

[pmid14681368-169] Wuyts J، Perrière G، Van De Peer Y (يناير 2004). "قاعدة بيانات الريبوسوم RNA الأوروبية" . أبحاث الأحماض النووية . 32 (إصدار قاعدة البيانات): D101 – D103. دوى : 10.1093/نار/gkh065 . بمك 308799 . بميد 14681368 .

[pmid11752286-170] شيمانسكي م، بارسيسزوسكا م.ز، إردمان ف.أ، بارسيسزوسكي ج (يناير 2002). "قاعدة بيانات الحمض النووي الريبوزي 5S" . أبحاث الأحماض النووية . 30 (1): 176-178 . doi : 10.1093 / nar/30.1.176 . PMC 99124. PMID 11752286 .

[pmid17452365-171] لاغيسن ك، هالين ب، رودلاند إي إيه، ستيرفيلدت إتش إتش، روغنيس ت، أوسيري دي دبليو (2007). " RNAmmer: شرح متسق وسريع لجينات الحمض النووي الريبوزي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 35 (9): 3100-3108 . doi : 10.1093/nar/gkm160 . PMC 1888812. PMID 17452365 .

[pmid17895272-172] هيرتل ج، هوفاكر آي إل، ستادلر بي إف (يناير 2008). "SnoReport: تحديد حاسوبي لـ snoRNAs ذات الأهداف غير المعروفة" . المعلوماتية الحيوية . 24 (2): 158-164 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm464 . PMID 17895272 .

[pmid10024243-173] لوي تي إم، إيدي إس آر (فبراير 1999). "فحص حاسوبي لجزيئات snoRNA الدليلية للمثيلة في الخميرة". مجلة ساينس . 283 (5405): 1168-1171 . رمز Bibcode : 1999Sci...283.1168L . doi : 10.1126/science.283.5405.1168 . PMID 10024243 .

[pmid15980563-174] 1 2 شاتنر، ب.، بروكس، أ.ن.، لوي، ت.م. (يوليو 2005). "خوادم الويب tRNAscan-SE وsnoscan وsnoGPS للكشف عن الحمض النووي الريبوزي الناقل (tRNA) والحمض النووي الريبوزي النووي الصغير (snoRNA)" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 33 (عدد خوادم الويب): W686– W689. doi : 10.1093/nar/gki366 . PMC 1160127. PMID 15980563 .

[pmid9023104-175] لوي تي إم، إيدي إس آر (مارس 1997). "tRNAscan-SE: برنامج لتحسين الكشف عن جينات الحمض النووي الريبوزي الناقل في التسلسل الجينومي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 25 (5): 955-964 . doi : 10.1093 / nar/25.5.955 . PMC 146525. PMID 9023104 .

[pmid22362754-176] تيمبل إس، طاهي إف (يونيو 2012). "طريقة سريعة من الصفر للتنبؤ بسلائف الحمض النووي الريبوزي الميكروي في الجينومات" . أبحاث الأحماض النووية . 40 (11): e80. doi : 10.1093/nar/gks146 . PMC 3367186. PMID 22362754 .

[pmid34636849-177] رايت إي إس (أكتوبر 2021). "FindNonCoding: الكشف السريع والبسيط عن الحمض النووي الريبي غير المشفر في الجينومات" . المعلوماتية الحيوية . 12 أكتوبر (3): 841-843 . doi : 10.1093/bioinformatics/btab708 . PMC 10060727. PMID 34636849 .

[pmid11700055-178] غوتيريه د، لامبرت أ (نوفمبر 2001). "تحديد وتحديد نمط الحمض النووي الريبي مباشرةً من خلال محاذاة تسلسلات متعددة باستخدام ملفات تعريف البنية الثانوية". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 313 (5): 1003-1011 . doi : 10.1006/jmbi.2001.5102 . PMID 11700055 .

[pmid15215371-179] لامبرت أ، فونتين جيه إف، ليجندر إم، لوكلير إف، بيرمال إي، ماجور إف، وآخرون . (يوليو 2004). "خادم ERPIN: واجهة لتحديد أنماط الحمض النووي الريبي (RNA) بناءً على الملفات التعريفية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 32 (عدد خوادم الويب): W160– W165 . doi : 10.1093/nar/gkh418 . PMC 441556. PMID 15215371 .

[pmid15892887-180] لامبرت أ، ليجندر م، فونتين ج ف، غوتيريه د (مايو 2005). "حساب القيم المتوقعة لزخارف الحمض النووي الريبي باستخدام الالتفافات المنفصلة" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 6 (1) 118. doi : 10.1186/1471-2105-6-118 . PMC 1168889. PMID 15892887 .

[pmid17397253-181] ناووركي إي بي، إيدي إس آر (مارس 2007). "التصنيف المعتمد على الاستعلام (QDB) لتسريع عمليات البحث عن تشابه الحمض النووي الريبي" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 3 (3) e56. Bibcode : 2007PLSCB...3...56N . doi : 10.1371/journal.pcbi.0030056 . PMC 1847999. PMID 17397253 .

[pmid12095421-182] إيدي إس آر (يوليو 2002). "خوارزمية برمجة ديناميكية فعالة من حيث الذاكرة لتحقيق المحاذاة المثلى لتسلسل مع بنية ثانوية للحمض النووي الريبي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 3 (1) 18. doi : 10.1186/1471-2105-3-18 . PMC 119854. PMID 12095421 .

[pmid8029015-183] إيدي إس آر، دوربين آر (يونيو 1994). "تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي باستخدام نماذج التغاير" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 22 (11): 2079-2088 . doi : 10.1093/nar/22.11.2079 . PMC 308124. PMID 8029015 .

[pmid16204111-184] ساتو ك، ساكاكيبارا ي (سبتمبر 2005). "محاذاة البنية الثانوية للحمض النووي الريبي باستخدام الحقول العشوائية الشرطية" . المعلوماتية الحيوية . 21. 21 (ملحق 2): ii237– ii242. doi : 10.1093/bioinformatics/bti1139 . PMID 16204111 .

[pmid15262817-185] واينبرغ ز، روزو دبليو إل (أغسطس 2004). "استغلال البنية المحفوظة لتسريع عملية شرح الحمض النووي الريبوزي غير المشفر دون فقدان الدقة" . المعلوماتية الحيوية . 20. 20 (ملحق 1): i334– i341. doi : 10.1093/bioinformatics/bth925 . PMID 15262817 .

[pmid16267089-186] واينبرغ ز، روزو دبليو إل (يناير 2006). "أساليب استدلالية قائمة على التسلسل لتوصيف أسرع لعائلات الحمض النووي الريبي غير المشفر" . المعلوماتية الحيوية . 22 (1): 35-39 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti743 . PMID 16267089 .

[pmid14499004-187] كلاين آر جيه، إيدي إس آر (سبتمبر 2003). "RSEARCH: إيجاد متماثلات لتسلسلات الحمض النووي الريبي المفردة ذات البنية المحددة" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 4 (1) 44. doi : 10.1186/1471-2105-4-44 . PMC 239859. PMID 14499004 .

[pmid21619640-188] ماير ف، كورتز س، باكوفن ر، ويل س، بيكستيت م (مايو 2011). "ستراكتاتور: بحث سريع قائم على الفهرسة عن أنماط بنية تسلسل الحمض النووي الريبي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 12 (1) 214. doi : 10.1186/1471-2105-12-214 . PMC 3154205. PMID 21619640 .

[189] ماير ف، كورتز س، بيكستيت م (يوليو 2013). "خوارزميات سريعة عبر الإنترنت وقائمة على الفهرسة للبحث التقريبي عن أنماط بنية تسلسل الحمض النووي الريبي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 14 (1) 226. doi : 10.1186/1471-2105-14-226 . PMC 3765529. PMID 23865810 .

[pmid15458580-192] غاردنر ، ب. ب.، وجيغريش، ر. (سبتمبر 2004). "مقارنة شاملة لأساليب التنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي المقارن" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 5 (1) 140. رمز Bibcode : 2004BMCBi...5..140G . doi : 10.1186/1471-2105-5-140 . PMC 526219. PMID 15458580 .

[pmid15860779-193] غاردنر، ب.ب.، ويلم، أ.، وواشيتل، س. (2005). "معيار لبرامج محاذاة التسلسلات المتعددة على الحمض النووي الريبي البنيوي" . أبحاث الأحماض النووية . 33 (8): 2433-2439 . doi : 10.1093/nar/gki541 . PMC 1087786. PMID 15860779 .

[pmid17062125-194] ويلم أ، ماينز إ، ستيجر ج (أكتوبر 2006). "معيار مُحسَّن لمحاذاة الحمض النووي الريبوزي لبرامج محاذاة التسلسل" . خوارزميات البيولوجيا الجزيئية . 1 (1) 19. doi : 10.1186/1748-7188-1-19 . PMC 1635699. PMID 17062125 .

[pmid17151342-195] فرايهولت إي كيه، بولباك جيه بي، غاردنر بي بي (يناير 2007). "استكشاف المادة المظلمة الجينومية: تقييم نقدي لأداء طرق البحث عن التشابه على الحمض النووي الريبي غير المشفر" . أبحاث الجينوم . 17 (1): 117-125 . doi : 10.1101/gr.5890907 . PMC 1716261. PMID 17151342 .

[pmid23435231-196] بوتون تي، كوزلوفسكي إل بي، روثر كيه إم، بوجنيكي جيه إم (أبريل 2013). "CompaRNA: خادم للتقييم المستمر للطرق الآلية للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 41 (7): 4307-4323 . doi : 10.1093/nar/gkt101 . PMC 3627593. PMID 23435231 .

[pmid32005745-197] رايت إي إس (مايو 2020). " RNAconTest: مقارنة أدوات محاذاة التسلسل المتعدد للحمض النووي الريبي غير المشفر بناءً على الاتساق البنيوي" . RNA . 26 (5): 531-540 . doi : 10.1261/rna.073015.119 . PMC 7161358. PMID 32005745 .

[pmid17101042-200] سيبل، بي. إن.، مولر، تي.، دانديكار، تي.، شولتز، ج.، وولف، إم. (نوفمبر 2006). "4SALE - أداة لمحاذاة وتحرير تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) وبنيته الثانوية بشكل متزامن" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 7 (1) 498. doi : 10.1186/1471-2105-7-498 . PMC 1637121. PMID 17101042 .

[colorstock-201] بيندانا واي آر، هولمز آي إتش (فبراير 2008). "Colorstock، SScolor، Ratón: أدوات تصوير محاذاة الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 24 (4): 579-580 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm635 . PMC 7109877. PMID 18218657 .

[binf_igb_paper-202] نيكول، جيه دبليو، وهيلت، جي إيه، وبلانشارد، إس جي، وراجا، إيه، ولورين، إيه إي (أكتوبر 2009). " متصفح الجينوم المتكامل: برنامج مجاني لتوزيع واستكشاف مجموعات البيانات على نطاق الجينوم" . المعلوماتية الحيوية . 25 (20): 2730-2731 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp472 . PMC 2759552. PMID 19654113 .

[pmid19151095-203] ووترهاوس إيه إم، وبروكتر جيه بي، ومارتن دي إم، وكلامب إم، وبارتون جي جيه (مايو 2009). "جالفيو الإصدار 2 - محرر محاذاة تسلسل متعدد ومنصة تحليل" . المعلوماتية الحيوية . 25 (9): 1189-1191 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp033 . PMC 2672624. PMID 19151095 .

[pmid14960472-204] كلامب م، كوف ج، سيرل إس إم، بارتون جي جي (فبراير 2004). "محرر محاذاة جافا جالفيو" . المعلوماتية الحيوية . 20 (3): 426-427 . doi : 10.1093/bioinformatics/btg430 . PMID 14960472 .

[pmid15377506-205] غريفيثس-جونز، س. (يناير 2005). "RALEE - محرر محاذاة الحمض النووي الريبوزي في إيماكس" . المعلوماتية الحيوية . 21 (2): 257-259 . doi : 10.1093/bioinformatics/bth489 . PMID 15377506 .

[pmid17804647-206] أندرسن إس، ليند تومسن أ، كنودسن ب، كريستنسن إس إي، هافجارد جيه، تورارينسون إي، وآخرون . (نوفمبر 2007). "التحسين شبه الآلي لمحاذاة الحمض النووي الريبي" . الحمض النووي الريبي . 13 (11): 1850–1859 . دوى : 10.1261/rna.215407 . بمك 2040093 . بميد 17804647 .

[EteRNA-207] لي جيه، كلادوانغ دبليو، لي إم، كانتو دي، عزيزيان إم، كيم إتش، وآخرون . (فبراير 2014). "قواعد تصميم الحمض النووي الريبوزي من مختبر مفتوح ضخم" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 111 (6): 2122-2127 . Bibcode : 2014PNAS..111.2122L . doi : 10.1073/pnas.1313039111 . PMC 3926058. PMID 24469816 .

[RNAiFold-208] غارسيا-مارتن، جيه إيه، كلوت، بي، دوتو، آي (أبريل 2013). "RNAiFOLD: خوارزمية برمجة مقيدة للطي العكسي للحمض النووي الريبي والتصميم الجزيئي". مجلة المعلوماتية الحيوية وعلم الأحياء الحاسوبي . 11 (2): 1350001. doi : 10.1142/S0219720013500017 . PMID 23600819 .

[RNAiFoldWeb-209] غارسيا-مارتن، جيه. إيه.، كلوت، ب.، دوتو، آي. (يوليو 2013). "RNAiFold: خادم ويب للطي العكسي للحمض النووي الريبي والتصميم الجزيئي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 41 (عدد خوادم الويب): W465– W470 . doi : 10.1093/nar/gkt280 . PMC 3692061. PMID 23700314 .

[RNAiFold2Web-210] غارسيا-مارتن، جيه. إيه.، دوتو، آي.، كلوت، بي. (يوليو 2015). "RNAiFold 2.0: خادم ويب وبرنامج لتصميم جزيئات RNA مخصصة وقائمة على Rfam" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 43 (W1): W513– W521 . arXiv : 1505.04210 . Bibcode : 2015arXiv150504210G . doi : 10.1093/nar/gkv460 . PMC 4489274. PMID 26019176 .

[RNA-SSD-211] أندرونيسكو م، فيجيس أ ب، هوتر ف، هوس ه ه، كوندون أ (فبراير 2004). "خوارزمية جديدة لتصميم البنية الثانوية للحمض النووي الريبي". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 336 (3): 607-624 . doi : 10.1016/j.jmb.2003.12.041 . PMID 15095976 .

[INFO-RNA-212] بوش أ، باكوفن ر (أغسطس 2006). "INFO-RNA - منهج سريع لطي الحمض النووي الريبي العكسي" . المعلوماتية الحيوية . 22 (15): 1823-1831 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl194 . PMID 16709587 .

[INFO-RNA-WebServer-213] بوش أ، باكوفن ر (يوليو 2007). "INFO-RNA - خادم للطي العكسي السريع للحمض النووي الريبي مع مراعاة قيود التسلسل" . أبحاث الأحماض النووية . 35 (عدد خوادم الويب): W310– W313 . doi : 10.1093/nar/gkm218 . PMC 1933236. PMID 17452349 .

[RNAexinv-214] أفيو أ، تشوركين أ، باراش د (أغسطس 2011). "RNAexinv: طي عكسي موسع للحمض النووي الريبي من الشكل والخصائص الفيزيائية إلى التسلسلات" . BMC Bioinformatics . 12 (319) 319. doi : 10.1186/1471-2105-12-319 . PMC 3176266. PMID 21813013 .

[RNA-ensign-215] ليفين أ، ليس م، بونتي ي، أودونيل سي دبليو، ديفاداس س، بيرغر ب، والدسبول ج (نوفمبر 2012). "نهج أخذ العينات العالمي لتصميم وإعادة هندسة البنى الثانوية للحمض النووي الريبي" . أبحاث الأحماض النووية . 40 (20): 10041-10052 . doi : 10.1093/nar/ gks768 . PMC 3488226. PMID 22941632 .

[IncaRNAtion-216] راينهارتز، ف.، بونتي، ي.، والدسبول، ج. (يوليو 2013). "خوارزمية أخذ عينات مرجحة لتصميم تسلسلات الحمض النووي الريبوزي (RNA) ذات بنية ثانوية مستهدفة وتوزيع نيوكليوتيدي" . المعلوماتية الحيوية . 29 (13): i308– i315. doi : 10.1093/bioinformatics/btt217 . PMC 3694657. PMID 23812999 .

[DSS-Opt-217] ماثيس إم سي، بينيرت إس، توردا إيه إي (أكتوبر 2012). "ديناميكيات فضاء التسلسل لتصميم البنية الثانوية للحمض النووي الريبي". مجلة نظرية الحساب الكيميائي . 8 (10): 3663-3670 . Bibcode : 2012JCTC....8.3663M . doi : 10.1021/ct300267j . PMID 26593011 .

[MODENA-218] تانيدا أ (2011). "مودينا: طي عكسي متعدد الأهداف للحمض النووي الريبي" . التقدم والتطبيقات في المعلوماتية الحيوية والكيمياء . 4 : 1-12 . doi : 10.2147/aabc.s14335 . PMC 3169953. PMID 21918633 .

[MODENA_E-219] تانيدا أ (2012). "خوارزمية جينية متعددة الأهداف لتصميم تسلسل الحمض النووي الريبوزي ذي العقد الكاذبة" . مجلة فرونتيرز إن جينيتكس . 3 : 36. doi : 10.3389/fgene.2012.00036 . PMC 3337422. PMID 22558001 .

[ERD-220] إسماعيلي طاهري أ، غنجتابيش م، محمد نوري م (مايو 2014). "حل تطوري لمشكلة تصميم الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 30 (9): 1250-1258 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu001 . PMID 24407223 .

[antaRNA_basis-221] كلاينكوف ر، مان م، باكوفن ر (أكتوبر 2015). "antaRNA: تصميم تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) القائم على مستعمرات النمل" . المعلوماتية الحيوية . 31 (19): 3114-3121 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv319 . PMC 4576691. PMID 26023105 .

[antaRNA_pk-222] كلاينكوف ر، هوارت ت، باكوفن ر، مان م (نوفمبر 2015). "antaRNA - الطي العكسي متعدد الأهداف لـ RNA العقدة الكاذبة باستخدام تحسين مستعمرة النمل" . BMC Bioinformatics . 16 (389) 389. doi : 10.1186/s12859-015-0815-6 . PMC 4652366. PMID 26581440 .

[switch.pl-223] فلام سي، هوفاكر آي إل، ماورر-ستروه إس، ستادلر بي إف، زيل إم (فبراير 2001). "تصميم جزيئات الحمض النووي الريبي متعددة الاستقرار" . الحمض النووي الريبي . 7 (2) S1355838201000863: 254-265 . doi : 10.1017/s1355838201000863 . PMC 1370083. PMID 11233982 .

[RiboMaker-224] رودريغو ج، جاراميلو أ (سبتمبر 2014). "RiboMaker: تصميم حاسوبي للتنظيم الريبي القائم على التكوين" . المعلوماتية الحيوية . 30 (17): 2508-2510 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu335 . PMID 24833802 .

[RNAblueprint-225] هامر إس، تشياتشيك بي، فلام سي، هوفاكر آي إل، فينديس إس (سبتمبر 2017). "RNAblueprint: تصميم مرن لتسلسل الأحماض النووية متعددة الأهداف" . المعلوماتية الحيوية . 33 (18): 2850-2858 . doi : 10.1093/bioinformatics/btx263 . PMC 5870862. PMID 28449031 .

[RNADesign-226] هونر زو سيدرديسن سي، هامر إس، أبفالتر آي، هوفاكر آي إل، فلام سي، ستادلر بي إف (ديسمبر 2013). "التصميم الحاسوبي للحمض النووي الريبي ذي المناظر الطاقية المعقدة". بوليمرات حيوية . 99 (12): 1124-1136 . doi : 10.1002/bip.22337 . PMID 23818234. S2CID 7337968 .

[Frnakenstein-227] Lyngsø RB، Anderson JW، Sizikova E، Badugu A، Hyland T، Hein J (أكتوبر 2012). "فرانكنشتاين: طي الحمض النووي الريبي العكسي متعدد الأهداف" . بي إم سي للمعلوماتية الحيوية . 13 (260) 260. دوى : 10.1186/1471-2105-13-260 . بمك 3534541 . بميد 23043260 .

[ARDesigner-228] شو و، ليو م، تشين هـ، بو إكس، وانغ إس (ديسمبر 2010). "ARDesigner: نظام قائم على الويب لتصميم الحمض النووي الريبي التغايري". مجلة التكنولوجيا الحيوية . 150 (4): 466-473 . doi : 10.1016/j.jbiotec.2010.10.067 . PMID 20969900 .

[pmid19369500-229] بيون ي، هان ك (يونيو 2009). "PseudoViewer3: توليد رسومات مستوية لهياكل الحمض النووي الريبي واسعة النطاق باستخدام العقد الكاذبة" . المعلوماتية الحيوية . 25 (11): 1435-1437 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp252 . PMID 19369500 .

[pmid16845039-230] بيون ي، هان ك (يوليو 2006). "PseudoViewer: تطبيق ويب وخدمة ويب لعرض العقد الكاذبة والبنى الثانوية في الحمض النووي الريبي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 34 (عدد خادم الويب): W416– W422. doi : 10.1093/nar/gkl210 . PMC 1538805. PMID 16845039 .

[pmid12824341-231] هان ك، بيون ي (يوليو 2003). "PSEUDOVIEWER2: تصوير العقد الكاذبة للحمض النووي الريبي من أي نوع" . أبحاث الأحماض النووية . 31 (13): 3432-3440 . doi : 10.1093/nar/gkg539 . PMC 168946. PMID 12824341 .

[pmid12169562-232] هان ك، لي ي، كيم و (2002). "PseudoViewer: التصوير التلقائي للعقد الكاذبة في الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 18. 18 (ملحق 1): S321– S328. doi : 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S321 . PMID 12169562 .

[pmid17567618-233] كايزر أ، كروجر ج، إيفرز دي جيه (يوليو 2007). "أفلام الحمض النووي الريبي 2: رسوم متحركة متسلسلة للبنى الثانوية للحمض النووي الريبي" . أبحاث الأحماض النووية . 35 (عدد خادم الويب): W330– W334. doi : 10.1093/nar/gkm309 . PMC 1933240. PMID 17567618 .

[pmid10068690-234] إيفرز د، جيجيريش ر (يناير 1999). "أفلام الحمض النووي الريبي: تصوير فضاءات البنية الثانوية للحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 15 (1): 32-37 . doi : 10.1093/bioinformatics/15.1.32 . PMID 10068690 .

[235] تسانغ إتش إتش، داي دي سي (2012). "RNA-DV". وقائع مؤتمر ACM حول المعلوماتية الحيوية، وعلم الأحياء الحاسوبي، والطب الحيوي . الصفحات 601-603 . doi : 10.1145/2382936.2383036 . ISBN 978-1-4503-1670-5. S2CID 15910737 .

[pmid18399701-236] مارتينيز إتش إم، مايزل جيه في، شابيرو بي إيه (يونيو 2008). "RNA2D3D: برنامج لإنشاء وعرض ومقارنة نماذج ثلاثية الأبعاد للحمض النووي الريبي" . مجلة بنية وديناميكيات الجزيئات الحيوية . 25 (6): 669-683 . doi : 10.1080/07391102.2008.10531240 . PMC 3727907. PMID 18399701 .

[pmid20230624-237] رويتر جيه إس، ماثيوز دي إتش (مارس 2010). "RNAstructure: برنامج للتنبؤ بالبنية الثانوية للحمض النووي الريبي وتحليلها" . BMC Bioinformatics . 11 (1) 129. doi : 10.1186/1471-2105-11-129 . PMC 2984261. PMID 20230624 .

[pmid12824344-238] يانغ هـ، جوسينيه ف، ليونتيس ن، تشين ل، ويستبروك ج، بيرمان هـ، وستوف إي (يوليو 2003). "أدوات للتعرف التلقائي على أزواج قواعد الحمض النووي الريبي وتصنيفها" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 31 (13): 3450-3460 . doi : 10.1093/nar/gkg529 . PMC 168936. PMID 12824344 .

[pmid22826541-239] مينزل ب، سيمان إس إي، غورودكين ج (أكتوبر 2012). "RILogo: تصوير تفاعلات الحمض النووي الريبي-الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 28 (19): 2523-2526 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts461 . PMID 22826541 .

[pmid19398448-240] دارتي ك، دينيس أ، بونتي ي (أغسطس 2009). "فارنا: رسم وتحرير تفاعلي للبنية الثانوية للحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 25 (15): 1974-1975 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp250 . PMC 2712331. PMID 19398448 .

[pmid26099263-241] كيربيدجيف ب، هامر س، هوفاكر آي إل (أكتوبر 2015). "فورنا (الحمض النووي الريبي الموجه بالقوة): مخططات بسيطة وفعالة لبنية الحمض النووي الريبي الثانوية عبر الإنترنت" . المعلوماتية الحيوية . 31 (20): 3377-3379 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv372 . PMC 4595900. PMID 26099263 .

[242] واينبرغ ز، بريكر ر ر (يناير 2011). "R2R - برنامج لتسريع تصوير البنى الثانوية الجمالية المتفق عليها للحمض النووي الريبي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 12 (1) 3. doi : 10.1186/1471-2105-12-3 . PMC 3023696. PMID 21205310 .

[pmid37094080-243] جونسون ، ب. ز.، وسيمون، أ. إ. (يوليو 2023). "RNAcanvas: رسم تفاعلي واستكشاف لهياكل الأحماض النووية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 51 (w1): W501– W508. doi : 10.1093/nar/gkad302 . PMC 10320051. PMID 37094080 .

[244] ميترا، راكتيم؛ كوهين، آري س؛ روهس، ريمو (17 أبريل 2024). "RNAscape: رسم خرائط هندسية وتصور قابل للتخصيص لبنية الحمض النووي الريبي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 52 (W1): W354– W361. doi : 10.1093/nar/gkae269 . ISSN 0305-1048 . PMC 11223802. PMID 38630617 .

[ ملاحظة 1 ]

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ 39 ]

[ 40 ]

[ ملاحظة 1 ]

[ 41 ]

[ 42 ]

[ 43 ]

[ 44 ]

[ 45 ]

[ 46 ]

[ 47 ]

[ 48 ]

[ 49 ]

[ ملاحظة 1 ]

[ ملاحظة 2 ]

[ ملاحظة 3 ]

[ ملاحظة 4 ]

[ 50 ]

[ 51 ]

[ 52 ]

[ 53 ]

[ 54 ]

[ 55 ]

[ 56 ]

[ 57 ]

[ 58 ]

[ 59 ]

[ 60 ]

[ 61 ]

[ 62 ]

[ 63 ]

[ 64 ]

[ 65 ]

[ 66 ]

[ 67 ]

[ 68 ]

[ 69 ]

[ 70 ]

[ 71 ]

[ 72 ]

[ 73 ]

[ 74 ]

[ 75 ]

[ 76 ]

[ 77 ]

[ 78 ]

[ 79 ]

[ 80 ]

[ 81 ]

[ 82 ]

[ 83 ]

[ 84 ]

[ 85 ]

[ 86 ]

[ 87 ]

[ 88 ]

[ 89 ]

[ 90 ]

[ 91 ]

[ 92 ]

[ 93 ]

[ 94 ]

اللغة	العربية (RTL)
روابط موسوعية	30 رابطاً
المصدر الأصلي	ويكيبيديا ↗