مفتاح ريبوسويتش

تمثيل ثلاثي الأبعاد لمفتاح الريبوسويتش الخاص بالليسين ( رمز PDB : 3DIL، أنابيب برتقالية وزرقاء) المرتبط بالليسين (يظهر على شكل كرات رمادية وحمراء وزرقاء في الجزء العلوي الأوسط من الهيكل).

في علم الأحياء الجزيئي ، يُعدّ مفتاح الريبوزوم جزءًا تنظيميًا في جزيء الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) يرتبط بجزيء صغير، مما يؤدي إلى تغيير في إنتاج البروتينات المشفرة بواسطة mRNA . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] وبالتالي ، فإن mRNA الذي يحتوي على مفتاح الريبوزوم يشارك بشكل مباشر في تنظيم نشاطه، استجابةً لتركيزات جزيء المؤثر . وقد وسّع اكتشاف أن الكائنات الحية الحديثة تستخدم الحمض النووي الريبوزي (RNA) للارتباط بجزيئات صغيرة، والتمييز بينها وبين نظائرها وثيقة الصلة، القدرات الطبيعية المعروفة للحمض النووي الريبوزي (RNA) لتتجاوز قدرته على ترميز البروتينات ، أو تحفيز التفاعلات ، أو الارتباط بجزيئات كبيرة أخرى من الحمض النووي الريبوزي (RNA) أو البروتينات .

كان التعريف الأصلي لمصطلح "الريبوسويتش" ينص على أنها تستشعر تركيزات جزيئات الأيض الصغيرة بشكل مباشر . [ 5 ] ورغم أن هذا التعريف لا يزال شائع الاستخدام، فقد استخدم بعض علماء الأحياء تعريفًا أوسع يشمل أنواعًا أخرى من الحمض النووي الريبوزي التنظيمي . مع ذلك، ستقتصر هذه المقالة على مناقشة الريبوسويتشات المرتبطة بالأيضات.

توجد معظم مفاتيح الريبوزوم المعروفة في البكتيريا ، ولكن تم اكتشاف مفاتيح ريبوزوم وظيفية من نوع واحد ( مفتاح الريبوزوم TPP ) في العتائق والنباتات وبعض الفطريات . كما تم التنبؤ بوجود مفاتيح ريبوزوم TPP في العتائق ، [ 6 ] ولكن لم يتم اختبارها تجريبياً.

أمثلة على ثلاثة مفاتيح ريبوزية مع روابطها الطبيعية. من اليسار إلى اليمين: مفتاح SAM الريبوزي (رمز PDB: 3gx5)، ومفتاح FMN الريبوزي (2yie)، ومفتاح الليسين الريبوزي (معرف PDB: 3d0u).

التاريخ والاكتشاف

قبل اكتشاف مفاتيح الريبوزوم، ظلّت آلية تنظيم بعض الجينات المشاركة في مسارات أيضية متعددة غامضة. أشارت أدلة متراكمة بشكل متزايد إلى فكرة غير مسبوقة آنذاك، وهي أن جزيئات mRNA المعنية قد ترتبط بالمستقلبات مباشرةً، لتؤثر على تنظيمها الذاتي. شملت هذه البيانات بنى ثانوية محفوظة للـ RNA، والتي غالبًا ما توجد في المناطق غير المترجمة ( UTRs ) للجينات ذات الصلة، ونجاح إجراءات إنشاء جزيئات RNA اصطناعية ترتبط بجزيئات صغيرة تُسمى الأبتاميرات . [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] في عام 2002، نُشرت أولى البراهين الشاملة على وجود فئات متعددة من مفاتيح الريبوزوم، بما في ذلك فحوصات الارتباط الخالية من البروتين، وتمّ إثبات أن مفاتيح الريبوزوم المرتبطة بالمستقلبات آلية جديدة لتنظيم الجينات. [ 5 ] [ 12 ] [ 13 ] [ 14 ]

تتوافق العديد من أوائل مفاتيح الريبوزوم المكتشفة مع "أنماط" تسلسلية محفوظة في مناطق 5' غير المترجمة ، والتي بدت وكأنها تُطابق جزيء RNA مُهيكل. على سبيل المثال، أدى التحليل المقارن للمناطق المجاورة لعدة جينات يُتوقع تنظيمها بشكل مشترك إلى وصف صندوق S [ 15 ] (الذي يُعرف الآن باسم مفتاح الريبوزوم SAM-I)، وصندوق THI [ 9 ] (منطقة داخل مفتاح الريبوزوم TPP)، وعنصر RFN [ 8 ] (الذي يُعرف الآن باسم مفتاح الريبوزوم FMN)، وصندوق B12 [ 16 ] ( جزء من مفتاح الريبوزوم الكوبالامين)، وفي بعض الحالات، إلى إثباتات تجريبية تُشير إلى تورطها في تنظيم الجينات عبر آلية غير معروفة. وقد لعبت المعلوماتية الحيوية دورًا في الاكتشافات الحديثة، مع تزايد أتمتة استراتيجية علم الجينوم المقارن الأساسية . (باريك وآخرون). استخدمت دراسة (2004) [ 17 ] برنامج BLAST للعثور على مناطق UTR المتماثلة مع جميع مناطق UTR في بكتيريا Bacillus subtilis . تم فحص بعض هذه المجموعات المتماثلة بحثًا عن بنية محفوظة، مما أسفر عن تحديد 10 أنماط شبيهة بالحمض النووي الريبي (RNA). تم لاحقًا تأكيد ثلاثة منها تجريبيًا على أنها مفاتيح ريبوزية glmS، وglycine، وPreQ1-I (انظر أدناه). وقد حددت جهود علم الجينوم المقارن اللاحقة، باستخدام تصنيفات إضافية من البكتيريا وخوارزميات حاسوبية محسّنة، المزيد من المفاتيح الريبوزية التي تم تأكيدها تجريبيًا، بالإضافة إلى هياكل RNA محفوظة يُفترض أنها تعمل كمفاتيح ريبوزية. [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ]

الآليات

يتكون مفتاح الريبو عادةً من أبتامر (باللون الأسود) مرتبط بمنصة تعبير مُهيكلة (باللون الأحمر). عندما يرتبط الليجاند بمفتاح الريبو، تصبح منصة التعبير متاحة للتعبير الجيني. [ 21 ]

غالبًا ما تُقسّم مفاتيح الريبوزومية من الناحية المفاهيمية إلى جزأين: الأبتامر ومنصة التعبير. يرتبط الأبتامر مباشرةً بالجزيء الصغير، وتخضع منصة التعبير لتغيرات هيكلية استجابةً للتغيرات التي تطرأ على الأبتامر. منصة التعبير هي التي تنظم التعبير الجيني.

عادةً ما تقوم منصات التعبير الجيني بإيقاف التعبير الجيني استجابةً للجزيء الصغير، ولكن بعضها يقوم بتشغيله. وقد تم إثبات آليات مفتاح الريبوزوم التالية تجريبياً.

  • يؤدي تكوين حلقات إنهاء النسخ المستقلة عن عامل رو، والتي يتم التحكم فيها بواسطة مفتاح الريبو، إلى إنهاء النسخ قبل الأوان.
  • يؤدي الطي بوساطة مفتاح الريبوسوم إلى عزل موقع ارتباط الريبوسوم ، وبالتالي تثبيط عملية الترجمة .
  • إن الريبوسويتش هو ريبوزيم يقوم بفصل نفسه في وجود تركيزات كافية من مستقلبه.
  • تؤثر البنى البديلة للريبوسويتش على عملية التضفير للرنا الرسول الأولي.
  • يُنظّم مفتاح ريبوزي في بكتيريا كلوستريديوم أسيتوبوتيلكوم جينًا مجاورًا لا ينتمي إلى نفس نسخة mRNA. في هذا التنظيم، يتداخل المفتاح الريبوزي مع نسخ الجين. الآلية غير واضحة، ولكن يُحتمل أن تكون ناجمة عن تداخل بين وحدتي بوليميراز RNA أثناء نسخهما المتزامن لنفس الحمض النووي DNA. [ 25 ]
  • يُنظّم مفتاح ريبوزي في بكتيريا الليستيريا المستوحدة التعبير عن جين يقع أسفله مباشرةً. مع ذلك، تُعدّل نسخ هذا المفتاح الريبوزي لاحقًا التعبير عن جين آخر يقع في مكان آخر من الجينوم. [ 26 ] يحدث هذا التنظيم العابر عبر اقتران القواعد مع الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) للجين البعيد. مع ارتفاع درجة حرارة البكتيريا، ينفصل المفتاح الريبوزي، مما يسمح بعملية النسخ. وقد ابتكر بحثٌ غير منشور لطلاب المرحلة الجامعية مفتاحًا ريبوزيًا مشابهًا أو "مستشعرًا حراريًا" عبر طفرات عشوائية في تسلسل الليستيريا المستوحدة. [ 27 ]

الأنواع

البنية الثانوية لمفتاح ريبوزي بيوريني من بكتيريا العصوية الرقيقة

فيما يلي قائمة بمفاتيح الريبوسوم التي تم التحقق منها تجريبياً، مرتبة حسب الربيطة.

مفاتيح الريبوزوم المفترضة:

تم تحديد مفاتيح ريبوزية مرشحة لربط المستقلبات باستخدام المعلوماتية الحيوية، وتتميز هذه المفاتيح ببنية ثانوية معقدة نوعًا ما ، بالإضافة إلى العديد من مواقع النيوكليوتيدات المحفوظة بدرجة عالية ، حيث تُعد هذه الخصائص نموذجية للمفاتيح الريبوزية التي يجب أن ترتبط بجزيء صغير على وجه التحديد. كما تتواجد هذه المفاتيح الريبوزية المرشحة باستمرار في المناطق غير المترجمة 5' للجينات المشفرة للبروتينات، وتوحي هذه الجينات بقدرتها على ربط المستقلبات، إذ تُعد هذه الخصائص أيضًا من سمات معظم المفاتيح الريبوزية المعروفة. وفيما يلي بعض المفاتيح الريبوزية المرشحة المفترضة والمتوافقة إلى حد كبير مع المعايير السابقة: وحدة crcB RNA ، ووحدة manA RNA ، ووحدة pfl RNA ، والتسلسل الرائد ydaO/yuaA ، والتسلسل الرائد yjdF RNA ، والتسلسل الرائد ykkC-yxkD (والتسلسل ykkC-III RNA ذي الصلة)، والتسلسل الرائد yybP-ykoY . ولا تزال وظائف هذه المفاتيح الريبوزية الافتراضية غير معروفة.

النماذج الحسابية

كما تم دراسة مفاتيح الريبوزوم باستخدام أساليب المحاكاة الحاسوبية. [ 30 ] [ 31 ] [ 32 ] وعلى وجه الخصوص، يمكن تقسيم حلول التنبؤ بمفاتيح الريبوزوم إلى فئتين رئيسيتين:

  • أدوات البحث عن جينات الريبوسويتش ، أي الأنظمة التي تهدف إلى الكشف عن الريبوسويتشات من خلال عمليات الفحص الجينومي، والتي تعتمد في الغالب على آليات البحث عن الأنماط. تضم هذه المجموعة برنامج Infernal، وهو المكون الأساسي لقاعدة بيانات Rfam ، [ 33 ] وأدوات أكثر تخصصًا مثل RibEx [ 34 ] أو RiboSW. [ 35 ]
  • تُعدّ مُتنبئات التبديل التوافقي ، أي الطرق القائمة على التصنيف البنيوي للهياكل البديلة، مثل paRNAs، [ 36 ] و RNAshapes [ 37 ] وRNAbor. [ 38 ] علاوة على ذلك، تم اقتراح مناهج خاصة بالعائلات للتنبؤ ببنية التشغيل/الإيقاف. [ 39 ]

أداة SwiSpot [ 40 ] تغطي كلا المجموعتين بطريقة ما، حيث تستخدم التنبؤات المطابقة لتقييم وجود مفاتيح الريبوزوم.

تتناول دراسات حسابية أخرى خصائص قابلية مواقع ارتباط الريبوسويتش للاستهداف الدوائي، وتقييم فعاليتها كأهداف دوائية جديدة محتملة. [ 41 ] [ 42 ] [ 43 ] بالإضافة إلى ذلك، تم تطبيق نماذج توليدية مثل آلات بولتزمان المقيدة لتعلم تبعيات التسلسل وتصميم ريبوسويتشات RNA وظيفية جديدة [ 44 ] .

فرضية عالم الحمض النووي الريبي

تُظهر مفاتيح الريبوزوم أن الحمض النووي الريبوزي (RNA) الموجود طبيعيًا قادر على الارتباط بجزيئات صغيرة بشكلٍ انتقائي، وهي قدرة كان يُعتقد سابقًا أنها حكرٌ على البروتينات أو جزيئات الحمض النووي الريبوزي المصنّعة صناعيًا والتي تُسمى الأبتاميرات . وبالتالي، فإن وجود مفاتيح الريبوزوم في جميع مجالات الحياة يُعزز فرضية عالم الحمض النووي الريبوزي ، التي تفترض أن الحياة وُجدت في الأصل باستخدام الحمض النووي الريبوزي فقط، وأن البروتينات ظهرت لاحقًا؛ وتتطلب هذه الفرضية أن جميع الوظائف الحيوية التي تؤديها البروتينات (بما في ذلك الارتباط بالجزيئات الصغيرة) يُمكن أن يؤديها الحمض النووي الريبوزي. وقد اقتُرح أن بعض مفاتيح الريبوزوم قد تُمثل أنظمة تنظيمية قديمة، أو حتى بقايا من ريبوزيمات عالم الحمض النووي الريبوزي التي حُفظت نطاقات ارتباطها. [ 13 ] [ 18 ] [ 45 ]

كأهداف للمضادات الحيوية

يُعد الحمض النووي الريبوزي (RNA) هدفًا دوائيًا ناشئًا بالفعل . [ 46 ] تساهم عوامل متعددة في جعل مفاتيح الريبوزوم أهدافًا للمضادات الحيوية الجديدة : [ 47 ] [ 48 ] [ 41 ]

  • إن قدرتها على الارتباط بالجزيئات الصغيرة بتقارب عالٍ تجعلها مناسبة لاستهداف الأدوية
  • تحتوي بعض مفاتيح الريبوزوم على مواقع ربط تُظهر خصائص واعدة فيما يتعلق بإمكانية استهدافها بالأدوية . [ 49 ]
  • إن غياب مفاتيح الريبوزوم في الخلايا حقيقية النواة يجعلها أهدافًا شديدة التخصص للمضادات الحيوية الجديدة
  • لقد ثبت أن تثبيط بعض مفاتيح الريبوزوم فعال في التسبب في موت الخلايا البكتيرية.

في الواقع، تبين أن بعض المضادات الحيوية التي ظلت آلية عملها مجهولة لعقود، تعمل عن طريق استهداف مفاتيح الريبوزوم. [ 50 ] على سبيل المثال، عندما يدخل المضاد الحيوي بيريثيامين إلى الخلية، يتم استقلابه إلى بيريثيامين بيروفوسفات. وقد ثبت أن بيريثيامين بيروفوسفات يرتبط بمفتاح الريبوزوم TPP وينشطه، مما يؤدي إلى توقف الخلية عن تصنيع واستيراد TPP. ولأن بيريثيامين بيروفوسفات لا يحل محل TPP كإنزيم مساعد، تموت الخلية.

مفتاح ريبوس مصمم هندسيًا

نظراً لأن مفاتيح الريبوزومية تُعد طريقة فعالة للتحكم في التعبير الجيني في الكائنات الحية الطبيعية، فقد كان هناك اهتمام بهندسة مفاتيح الريبوزومية الاصطناعية [ 51 ] [ 52 ] [ 53 ] [ 54 ] للتطبيقات الصناعية والطبية مثل العلاج الجيني . [ 55 ] [ 56 ]

انظر أيضاً

  • مقياس حرارة الحمض النووي الريبي - فئة أخرى من أجزاء تنظيم الحمض النووي الريبي الرسول التي تغير شكلها استجابة لتقلبات درجة الحرارة، وبالتالي تكشف أو تحجب موقع ارتباط الريبوسوم.

مراجع

  1. نودلر إي، ميرونوف إيه إس (يناير 2004). "التحكم في استقلاب البكتيريا بواسطة مفتاح الريبوزوم". اتجاهات في العلوم البيوكيميائية . 29 (1): 11-17 . doi : 10.1016/j.tibs.2003.11.004 . PMID 14729327 . 
  2. تاكر بي جيه، بريكر آر آر (يونيو 2005). "المفاتيح الريبوزية كعناصر متعددة الاستخدامات للتحكم في الجينات". الرأي الحالي في البيولوجيا التركيبية . 15 (3): 342-348 . doi : 10.1016/j.sbi.2005.05.003 . PMID 15919195 . 
  3. فيتريشاك إيه جي، روديونوف دي إيه، ميرونوف إيه إيه، جيلفاند إم إس (يناير 2004). "المفاتيح الريبوزية: أقدم آلية لتنظيم التعبير الجيني؟". اتجاهات في علم الوراثة . 20 (1): 44-50 . CiteSeerX 10.1.1.312.9100 . doi : 10.1016/j.tig.2003.11.008 . PMID 14698618 .  
  4. باتي، آر. تي. (يونيو 2006). "بنية العناصر التنظيمية في الحمض النووي الريبوزي الرسول". الرأي الحالي في علم الأحياء البنيوي . 16 (3): 299-306 . doi : 10.1016/j.sbi.2006.05.001 . PMID 16707260 . 
  5. 1 2 نهفي أ، سودارسان ن، إيبرت إم إس، زو إكس، براون كيه إل، بريكر آر آر (سبتمبر 2002). "التحكم الجيني بواسطة الحمض النووي الريبوزي الرسول المرتبط بالمستقلبات" . الكيمياء والبيولوجيا . 9 (9): 1043-1049 . doi : 10.1016/S1074-5521(02)00224-7 . PMID 12323379 . 
  6. سودارسان ن، باريك جيه إي، بريكر آر آر (يونيو 2003). "توجد نطاقات الحمض النووي الريبي المرتبطة بالمستقلبات في جينات حقيقيات النوى" . الحمض النووي الريبي . 9 (6): 644-647 . doi : 10.1261/rna.5090103 . PMC 1370431. PMID 12756322 .  
  7. نو إكس، كادنر آر جيه (يونيو 2000). "يمنع أدينوسيل كوبالامين ارتباط الريبوسوم بـ RNA btuB" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 97 (13): 7190-7195 . Bibcode : 2000PNAS...97.7190N . doi : 10.1073 / pnas.130013897 . PMC 16521. PMID 10852957 .  
  8. 1 2 جلفاند إم إس، ميرونوف إيه إيه، جومانتاس جيه، كوزلوف يي، بيروموف دي إيه (نوفمبر 1999). "عنصر بنية RNA محفوظ يشارك في تنظيم جينات تخليق الريبوفلافين البكتيري". الاتجاهات في علم الوراثة . 15 (11): 439-442 . دوى : 10.1016 / S0168-9525 (99)01856-9 . بميد 10529804 . 
  9. 1 2 ميراندا-ريوس ج، نافارو م، سوبرون م (أغسطس 2001). "بنية محفوظة من الحمض النووي الريبوزي (صندوق ثي) تشارك في تنظيم التعبير الجيني لتخليق الثيامين في البكتيريا" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 98 (17): 9736-9741 . doi : 10.1073/pnas.161168098 . PMC 55522. PMID 11470904 .  
  10. ستورمو جي دي، جي واي (أغسطس 2001). "هل تعمل جزيئات mRNA كمستشعرات مباشرة للجزيئات الصغيرة للتحكم في تعبيرها؟" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 98 (17): 9465-9467 . Bibcode : 2001PNAS...98.9465S . doi : 10.1073/pnas.181334498 . PMC 55472. PMID 11504932 .  
  11. غولد إل، براون دي، هي واي، شتاتلاند تي، سينغر بي إس، وو واي (يناير 1997). "من أشكال قليل النوكليوتيدات إلى تقنية SELEX الجينومية: حلقات تنظيمية بيولوجية جديدة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 94 ( 1 ): 59-64 . Bibcode : 1997PNAS...94...59G . doi : 10.1073/pnas.94.1.59 . PMC 19236. PMID 8990161 .  
  12. ^ ميرونوف إيه إس، جوساروف الأول، رافيكوف آر، لوبيز إل إي، شاتالين ك، كرينيفا را، بيروموف دا، نودلر إي (نوفمبر 2002). "استشعار الجزيئات الصغيرة بواسطة الحمض النووي الريبي الناشئ: آلية للتحكم في النسخ في البكتيريا" . خلية . 111 (5): 747-756 . دوى : 10.1016 / S0092-8674 (02)01134-0 . بميد 12464185 . 
  13. وينكلر وآخرون (أكتوبر 2002). "مشتقات الثيامين ترتبط مباشرةً بالحمض النووي الريبوزي الرسول لتنظيم التعبير الجيني البكتيري". مجلة نيتشر . 419 (6910): 952-956 . Bibcode : 2002Natur.419..952W . doi : 10.1038/nature01145 . PMID: 12410317. S2CID : 4408592 .  
  14. وينكلر، دبليو سي، وكوهين-شالاميش، إس، وبريكر، آر آر (ديسمبر 2002). "بنية mRNA تتحكم في التعبير الجيني عن طريق الارتباط بـ FMN" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 99 (25): 15908-15913 . Bibcode : 2002PNAS...9915908W . doi : 10.1073/pnas.212628899 . PMC 138538. PMID 12456892 .  
  15. غروندي إف جيه، وهينكين تي إم (نوفمبر 1998). "منظم صندوق S: نظام تحكم عالمي جديد لإنهاء النسخ لجينات تخليق الميثيونين والسيستين في البكتيريا موجبة الجرام" . علم الأحياء الدقيقة الجزيئي . 30 (4): 737-749 . doi : 10.1046/j.1365-2958.1998.01105.x . PMID 10094622 . 
  16. فرانكلوند سي في، كادنر آر جيه (يونيو 1997). "عناصر نسخ متعددة تتحكم في التعبير عن جين btuB في الإشريكية القولونية" . مجلة علم البكتيريا . 179 (12): 4039-4042 . doi : 10.1128/jb.179.12.4039-4042.1997 . PMC 179215. PMID 9190822 .  
  17. باريك جيه إي، كوربينو كيه إيه، وينكلر دبليو سي، نهفي إيه، ماندال إم، كولينز جيه، لي إم، روث إيه، سودارسان إن، جونا آي، ويكيزر جيه كيه، بريكر آر آر (أبريل 2004). "أنماط جديدة من الحمض النووي الريبوزي تشير إلى نطاق أوسع للمفاتيح الريبوزية في التحكم الجيني البكتيري" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 101 (17): 6421-6426 . Bibcode : 2004PNAS..101.6421B . doi : 10.1073 / pnas.0308014101 . PMC 404060. PMID 15096624 .  
  18. 1 2 كوربينو كيه إيه، باريك جيه إي، ليم جيه، ويلز آر، تاكر بي جيه، بوسكارز آي، ماندال إم، رودنيك إن دي، بريكر آر آر (2005). "دليل على وجود فئة ثانية من مفاتيح الريبوزوم S-أدينوسيل ميثيونين وغيرها من أنماط الحمض النووي الريبوزي التنظيمية في ألفا بروتيوبكتيريا" . علم الأحياء الجينومي . 6 (8) R70. doi : 10.1186/gb-2005-6-8-r70 . PMC 1273637. PMID 16086852 .  
  19. واينبرغ ز، باريك جيه إي، ياو ز، روث أ، كيم جيه إن، غور جيه، وانغ جيه إكس، لي إي آر، بلوك كيه إف، سودارسان إن، نيف إس، تومبا إم، روزو دبليو إل، بريكر آر آر (2007). "تحديد 22 من الحمض النووي الريبي المُهيكل المُحتمل في البكتيريا باستخدام برنامج CMfinder لتحليل الجينوم المقارن" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 35 (14): 4809-4819 . doi : 10.1093/nar/gkm487 . PMC 1950547. PMID 17621584 .  
  20. واينبرغ ز، وانغ جيه إكس، بوغ جيه، يانغ جيه، كوربينو كيه، موي آر إتش، بريكر آر آر (مارس 2010). "علم الجينوم المقارن يكشف عن 104 من جزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA) المرشحة ذات البنية المحددة من البكتيريا والعتائق وميتاجينوماتها" . علم الأحياء الجينومي . 11 (3) R31. Bibcode : 2010GenBi..11..R31W . doi : 10.1186/gb-2010-11-3-r31 . PMC 2864571. PMID 20230605 .  
  21. تشي، لي؛ لوكس، يوليوس ب .؛ ليو، تشانغ سي.؛ موتاليك، فيفيك ك.؛ أركين، آدم ب. (يوليو 2012). "هندسة الحمض النووي الريبوزي غير المشفر ذي التأثير العابر الموجود طبيعيًا لاستشعار الإشارات الجزيئية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (12): 5775-5786 . doi : 10.1093/nar / gks168 . ISSN 1362-4962 . PMC 3384300. PMID 22383579 .   
  22. تشيا إم تي، واشتر إيه، سودارسان إن، بريكر آر آر (مايو 2007). "التحكم في التضفير البديل للحمض النووي الريبوزي والتعبير الجيني بواسطة مفاتيح الريبوزوم حقيقية النواة". نيتشر . 447 ( 7143): 497-500 . Bibcode : 2007Natur.447..497C . doi : 10.1038/nature05769 . PMID 17468745. S2CID 4393918 .  
  23. واشتر أ، تونج-أوزدمير م، غروف ب.س، غرين ب.ج، شينتاني د.ك، بريكر ر.ر (نوفمبر 2007). " التحكم الريبوسومي في التعبير الجيني في النباتات عن طريق التضفير والمعالجة البديلة للنهاية 3' للرنا المرسال" . خلية النبات . 19 (11): 3437-3450 . doi : 10.1105/tpc.107.053645 . PMC 2174889. PMID 17993623 .  
  24. بوكوبزا إس، أداتو أ، ماندل ت، شابيرا م، نودلر إي، أهاروني أ (نوفمبر 2007). "تنظيم الجينات المعتمد على مفتاح الريبوسويتش وتطوره في المملكة النباتية" . الجينات والتطور . 21 (22): 2874-2879 . doi : 10.1101/gad.443907 . PMC 2049190. PMID 18006684 .  
  25. أندريه جي، إيفن إس، بوتزر إتش، بورغيير بي، كروكس سي، دانشان إيه، مارتن-فيرسترات آي، سوتورينا أو (أكتوبر 2008). "مفاتيح الريبوزوم S-box وT-box والحمض النووي الريبوزي المضاد يتحكمان في أوبيرون استقلاب الكبريت في كلوستريديوم أسيتوبوتيلكوم" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 36 (18): 5955-5969 . doi : 10.1093/nar/gkn601 . PMC 2566862. PMID 18812398 .  
  26. لوه إي، دوسورجيه أو، غريبنلاند جيه، فايتكيفيسيوس كيه، تينسو تي، ماندين بي، ريبويلا إف، بوخريزر سي، كوسارت بي، يوهانسون جيه (نوفمبر 2009). "مفتاح ريبوزي عابر يتحكم في التعبير عن منظم الضراوة PrfA في الليستيريا المستوحدة" . مجلة Cell . 139 (4): 770-779 . Bibcode : 2009Cell..139..770L . doi : 10.1016/j.cell.2009.08.046 . PMID 19914169 . 
  27. "الفريق: جامعة بريغام يونغ بروفو/النتائج - 2011.igem.org" . 2011.igem.org .
  28. شيرمان إي إم، إسكياكي جيه، السيد جي، يي جيه دي (مارس 2012). "تفاعل مفيد طاقيًا بين القائد والرابط يُلغي التعاونية في ربط الليجاند في مفاتيح الريبوزومية للجليسين" . RNA . 18 ( 3): 496-507 . doi : 10.1261/rna.031286.111 . PMC 3285937. PMID 22279151 .  
  29. بوكوبزا، إس. إي.، وأهاروني، أ. (أكتوبر 2008). "تشغيل مفاتيح الريبوزوم النباتية". مجلة تريندز إن بلانت ساينس ، 13 (10): 526-533 . Bibcode : 2008TPS....13..526B . doi : 10.1016/j.tplants.2008.07.004 . PMID 18778966 . 
  30. باريك، جيه إي (2009). "التنبؤ بتنظيم الريبوسويتش على نطاق جينومي". الريبوسويتشات . طرق في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 540. الصفحات 1-13 . doi : 10.1007/978-1-59745-558-9_1 . ISBN   978-1-934115-88-6PMID 19381548 
  31. باراش د، غابدانك إ (يناير 2010). "تقليل الطاقة المطبق على مفاتيح الريبوزوم: منظور وتحديات" . بيولوجيا الحمض النووي الريبوزي . 7 (1): 90-97 . doi : 10.4161/rna.7.1.10657 . PMID 20061789 . 
  32. تشين، شي-جي؛ بيرك، دونالد هـ؛ أدامياك، ر.و. (2015). الأساليب الحسابية لفهم مفاتيح الريبوزوم / أساليب في علم الإنزيمات، المجلد 553. دار النشر الأكاديمية. ISBN 978-0-12-801618-3.
  33. ناووركي إي بي، كولبي دي إل، إيدي إس آر (مايو 2009). "إنفرنال 1.0: استنتاج محاذاة الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 25 (10): 1335-1337 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp157 . PMC 2732312. PMID 19307242 .  
  34. أبريو-جودجر سي، ميرينو إي (يوليو 2005). "RibEx: خادم ويب لتحديد مواقع مفاتيح الريبوزوم وغيرها من العناصر التنظيمية البكتيرية المحفوظة" . أبحاث الأحماض النووية . 33 (عدد خادم الويب): W690-2. doi : 10.1093/nar/gki445 . PMC 1160206. PMID 15980564 .  
  35. تشانغ تي إتش، هوانغ إتش دي، وو إل سي، ييه سي تي، ليو بي جيه، هورنغ جيه تي (يوليو 2009). "التعرف الحاسوبي على مفاتيح الريبوزوم بناءً على التسلسلات الوظيفية المحفوظة في الحمض النووي الريبوزي والتكوينات" . الحمض النووي الريبوزي . 15 (7): 1426-1430 . doi : 10.1261/rna.1623809 . PMC 2704089. PMID 19460868 .  
  36. فوس ب، ماير س، جيجيريش ر (يوليو 2004). "تقييم إمكانية التنبؤ بالتحولات البنيوية في الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 20 (10): 1573-1582 . doi : 10.1093/bioinformatics/bth129 . PMID 14962925 . 
  37. جانسن إس، جيجيريش آر (فبراير 2015). "استوديو تشكيل الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 31 (3): 423-425 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu649 . PMC 4308662. PMID 25273103 .  
  38. فرايهولت إي، مولتون في، كلوت بي (أغسطس 2007). "احتمالية بولتزمان للجيران البنيويين للحمض النووي الريبي والكشف عن مفتاح الريبوزوم" . المعلوماتية الحيوية . 23 (16): 2054-2062 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm314 . PMID 17573364 . 
  39. كلوت، ب.، لو، ف.، لورنز، و.أ. (أبريل 2012). "الجيران البنيويون ذوو الدقة المتوقعة القصوى لبنية ثانوية من الحمض النووي الريبي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 13 (ملحق 5) S6. doi : 10.1186/1471-2105-13-S5-S6 . PMC 3358666. PMID 22537010 .  
  40. بارساكي م، نوفوا إي إم، كيليس م، بيشيني أ (نوفمبر 2016). "SwiSpot: نمذجة مفاتيح الريبوزوم عن طريق تحديد تسلسلات التبديل" . المعلوماتية الحيوية . 32 (21): 3252-3259 . doi : 10.1093/bioinformatics/btw401 . hdl : 11568/817190 . PMID 27378291 . 
  41. 1 2 ريكاند، إيليمار هوغو؛ برينك، روث (23 أغسطس 2021). "DrugPred_RNA - أداة للتنبؤ بقابلية مواقع ارتباط الحمض النووي الريبي للأدوية بناءً على بنيتها" . مجلة المعلومات الكيميائية والنمذجة . 61 (8): 4068-4081 . doi : 10.1021/acs.jcim.1c00155 . ISSN 1549-9596 . PMC 8389535. PMID 34286972. تاريخ الاسترجاع : 12 مارس 2024 .   
  42. راماسوامي كريشنان، سوميا؛ روي، أريجيت؛ وونغ، ليمسون؛ غروميها، إم مايكل (11 أبريل 2025). "DRLiPS: طريقة جديدة للتنبؤ بمواقع ارتباط جزيئات الحمض النووي الريبي الصغيرة القابلة للاستهداف الدوائي باستخدام التعلم الآلي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 53 (6): 239. doi : 10.1093/nar/gkaf239 . ISSN 1362-4962 . PMC 11963762. PMID 40173014. تاريخ الاسترجاع : 10 يونيو 2025 .   
  43. شي، جينغرو؛ فرانك، آرون ت. (10 يونيو 2021). "استكشاف التجاويف القابلة للربط في الحمض النووي الريبي" . رسائل الكيمياء الطبية ACS . 12 (6): 928-934 . doi : 10.1021/acsmedchemlett.1c00068 . PMC 8201482. PMID 34141071. تاريخ الاسترجاع: 10 يونيو 2025 .  
  44. ^ فرنانديز دي كوسيو دياز، خورخي. هاردوين، بيير؛ ليونيت دو موتييه، فرانسوا كزافييه؛ أندريا دي جيواتشينو؛ مارشاند، برتراند؛ بونتي، يان؛ سرجيل، برونو؛ موناسون، ريمي؛ كوكو ، سيمونا (2025/12/18). "تصميم مفاتيح RNA الجزيئية باستخدام آلات بولتزمان المقيدة" . اتصالات الطبيعة . 16 (1): 11223. دوى : 10.1038 / s41467-025-66265-y . ISSN 2041-1723 . بمك 12714719 . بميد 41413030 .   
  45. كوكرين جيه سي، ستروبل إس إيه (يونيو 2008). " مؤثرات مفتاح الريبوزوم كعوامل مساعدة لإنزيمات البروتين" . الحمض النووي الريبوزي . 14 (6): 993-1002 . doi : 10.1261/rna.908408 . PMC 2390802. PMID 18430893 .  
  46. يو، آي مينغ؛ تشوي، يونغ هي؛ تو، مي جوان (2020). "أدوية الحمض النووي الريبوزي وأهداف الحمض النووي الريبوزي للجزيئات الصغيرة: المبادئ والتقدم والتحديات" . مراجعات دوائية . 72 (4): 862-898 . doi : 10.1124/pr.120.019554 . ISSN 1521-0081 . PMC 7495341. PMID 32929000 .   
  47. بانشال، فيبول؛ برينك، روث (يناير 2021). " المفاتيح الريبوزية كأهداف دوائية للمضادات الحيوية" . المضادات الحيوية . 10 (1): 45. doi : 10.3390/antibiotics10010045 . PMC 7824784. PMID 33466288 .  
  48. هيويت، ويليام م.؛ كالابريس، ديفيد ر.؛ شنيكلوث، جون س. (2019-06-01). "أدلة على وجود مواقع قابلة للربط في الحمض النووي الريبي المهيكل عبر بنك بيانات البروتين" . الكيمياء الحيوية العضوية والطبية . 27 (11): 2253-2260 . doi : 10.1016/j.bmc.2019.04.010 . ISSN 0968-0896 . PMC 8283815. PMID 30982658 .   
  49. ريكاند، إيليمار؛ برينك، روث (2017). "تصميم روابط الريبوسويتش، فئة مستهدفة ناشئة للمضادات الحيوية الجديدة". مجلة الكيمياء الطبية المستقبلية . 9 (14): 1649-1662 . doi : 10.4155/fmc-2017-0063 . PMID 28925284 . 
  50. بلونت ك.ف.، وبريكر ر.ر. (ديسمبر 2006). "المفاتيح الريبوزية كأهداف للأدوية المضادة للبكتيريا". مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 24 (12): 1558-1564 . doi : 10.1038/nbt1268 . PMID 17160062. S2CID 34398395 .  
  51. باور جي، سويس بي (يونيو 2006). "المفاتيح الريبوزية المُهندسة كأدوات جديدة في البيولوجيا الجزيئية". مجلة التكنولوجيا الحيوية . 124 (1): 4-11 . doi : 10.1016/j.jbiotec.2005.12.006 . PMID 16442180 . 
  52. ديكسون ن، دنكان جيه إن، جيرلينغز ت، دنستان إم إس، مكارثي جيه إي، ليس د، ميكلفيلد جيه (فبراير 2010). " إعادة هندسة مفاتيح الريبوزوم الانتقائية المتعامدة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 107 (7): 2830-2835 . Bibcode : 2010PNAS..107.2830D . doi : 10.1073/pnas.0911209107 . PMC 2840279. PMID 20133756 .  
  53. فيرهونيغ أ، كارشر د، بوك ر (أبريل 2010). "التعبير الجيني القابل للتحفيز من جينوم البلاستيدات بواسطة مفتاح ريبوزي اصطناعي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 107 (14): 6204-6209 . Bibcode : 2010PNAS..107.6204V . doi : 10.1073/pnas.0914423107 . PMC 2852001. PMID 20308585 .  
  54. ^ فرنانديز دي كوسيو دياز، خورخي. هاردوين، بيير؛ موتييه، فرانسوا كزافييه ليونيت دو؛ جيواتشينو، أندريا دي؛ مارشاند، برتراند؛ بونتي، يان؛ سرجيل، برونو؛ موناسون، ريمي؛ كوكو، سيمونا (2025). "تصميم مفاتيح RNA الجزيئية باستخدام آلات بولتزمان المقيدة" . اتصالات الطبيعة . 16 (1) 11223. بيب كود : 2025NatCo..1611223F . BioRxiv 10.1101/2023.05.10.540155 . دوى : 10.1038/s41467-025-66265-y . بمك 12714719 . PMID 41413030 .   
  55. كيتزر، ب.، كوفمان، ج. ك.، إنجلهاردت، س.، بوسو، س.، فون كالي، س.، هارتيغ، ج. س.، أونغيرختس، ج.، نيتلبيك، د. م. (فبراير 2014). " مفاتيح ريبوزية اصطناعية للتحكم في التعبير الجيني وتضاعف فيروسات الحمض النووي DNA وRNA" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 111 (5): E554–562. Bibcode : 2014PNAS..111E.554K . doi : 10.1073/pnas.1318563111 . PMC 3918795. PMID 24449891 .  
  56. ستروبل ب، كلاوزر ب، هارتيغ جيه إس، لاملا ت، غانتنر ف، كروز إس (أكتوبر 2015). "تخفيف سمية الجينات المنقولة بواسطة مفتاح الريبوزوم يزيد من إنتاجية ناقل الفيروس الغدي المرتبط في خلايا HEK-293" . العلاج الجزيئي . 23 (10): 1582-1591 . doi : 10.1038/mt.2015.123 . PMC 4817922. PMID 26137851 .  

للمزيد من القراءة

  • فيري-داماري، أدريان ر.؛ وينكلر، ويد س. (2011). "الفصل 5. أدوار أيونات المعادن في التنظيم بواسطة مفاتيح الريبوزوم". في: أستريد سيجل، وهيلموت سيجل، ورولاند ك. أو. سيجل (محررون). الأدوار البنيوية والحفزية لأيونات المعادن في الحمض النووي الريبوزي . أيونات المعادن في علوم الحياة. المجلد  9. كامبريدج، المملكة المتحدة: دار نشر الجمعية الملكية للكيمياء. الصفحات 141-173 . doi : 10.1039/9781849732512-00141 . ISBN  978-1-84973-094-5. PMC 3454353 . PMID 22010271 .