التضفير البديل

📅 آخر تحديث: ٤ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٤ أغسطس ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 11 صور
الموسوعة الحرة
ينتج عن التضفير البديل ثلاثة أشكال بروتينية . يحتوي البروتين  A على جميع الإكسونات، بينما  ينتج البروتينان B و C عن تخطي الإكسون .

التضفير البديل ، أو تضفير الحمض النووي الريبوزي البديل ، أو التضفير التفاضلي، هو عملية تضفير بديلة تحدث أثناء التعبير الجيني، وتسمح لجين واحد بإنتاج متغيرات تضفيرية مختلفة. على سبيل المثال، قد تُضمَّن بعض الإكسونات في منتج الحمض النووي الريبوزي النهائي للجين، أو تُستبعد منه. [ 1 ] وهذا يعني أن الإكسونات تُلتحم بتراكيب مختلفة، مما يؤدي إلى متغيرات تضفيرية مختلفة. في حالة الجينات المشفرة للبروتينات، قد تحتوي البروتينات المُترجمة من هذه المتغيرات التضفيرية على اختلافات في تسلسل الأحماض الأمينية ووظائفها البيولوجية (انظر الشكل).

يُعدّ التضفير البديل ذو الأهمية البيولوجية ظاهرة طبيعية في حقيقيات النوى ، حيث يزيد من عدد البروتينات التي يمكن ترميزها بواسطة الجينوم. [ 1 ] في البشر، يعتقد البعض أن حوالي 95% من الجينات متعددة الإكسونات تخضع للتضفير البديل لإنتاج منتجات بديلة وظيفية من نفس الجين. [ 2 ] بينما يعتقد آخرون أن معظم المتغيرات المُلاحظة ناتجة عن أخطاء في التضفير، وأن العدد الفعلي للجينات ذات الأهمية البيولوجية التي تخضع للتضفير البديل أقل بكثير. [ 3 ] [ 4 ]

اكتشاف

لوحظ التضفير البديل لأول مرة عام 1977. [ 5 ] [ 6 ] ينتج الفيروس الغدي خمس نسخ أولية في بداية دورة العدوى، قبل تضاعف الحمض النووي الفيروسي ، ونسخة إضافية لاحقًا، بعد بدء تضاعف الحمض النووي. ويستمر إنتاج النسخ الأولية المبكرة بعد بدء تضاعف الحمض النووي. أما النسخة الأولية الإضافية التي تُنتج في المراحل المتأخرة من العدوى فهي كبيرة الحجم، وتأتي من 5/6 من جينوم الفيروس الغدي البالغ 32 كيلوبايت. وهذا أكبر بكثير من أي من جزيئات mRNA الفردية للفيروس الغدي الموجودة في الخلايا المصابة. وقد وجد الباحثون أن النسخة الأولية من الحمض النووي الريبوزي التي ينتجها الفيروس الغدي من النوع  2 في المرحلة المتأخرة تخضع للتضفير بطرق مختلفة، مما ينتج عنه جزيئات mRNA تُشفّر بروتينات فيروسية مختلفة. بالإضافة إلى ذلك، تحتوي النسخة الأولية على مواقع متعددة لإضافة ذيل عديد الأدينين ، مما يُعطي نهايات 3' مختلفة لجزيئات mRNA المُعالجة. [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ]

في عام ١٩٨١، تم توصيف أول مثال على التضفير البديل في نسخة جينية من جين داخلي طبيعي . [ ٧ ] وُجد أن الجين المُشفِّر لهرمون الغدة الدرقية الكالسيتونين يخضع للتضفير البديل في خلايا الثدييات. تحتوي النسخة الأولية من هذا الجين على ٦ إكسونات؛ ويحتوي mRNA الكالسيتونين على الإكسونات من ١ إلى ٤، وينتهي بعد موقع إضافة ذيل عديد الأدينين في الإكسون  ٤. يُنتَج mRNA آخر من هذا الـ pre-mRNA عن طريق تخطي الإكسون  ٤، ويشمل الإكسونات من ١ إلى ٣، و٥، و٦. يُشفِّر هذا الـ mRNA بروتينًا يُعرف باسم CGRP ( الببتيد المرتبط بجين الكالسيتونين ). [ ١٠ ] [ ١١ ] كما لُوحظت أمثلة على التضفير البديل في نسخ جينات الغلوبولين المناعي في الثدييات في أوائل ثمانينيات القرن العشرين. [ ٧ ] [ ١٢ ]

منذ ذلك الحين، تم اكتشاف العديد من الأمثلة الأخرى للتضفير البديل ذي الأهمية البيولوجية في حقيقيات النوى. [ 1 ] ويُعدّ جين Dscam في ذبابة الفاكهة (Drosophila  melanogaster ) صاحب الرقم القياسي في التضفير البديل ، إذ يُحتمل أن يحتوي على 38,016 شكلاً مختلفاً من أشكال التضفير. [ 13 ]

في عام 2021، اكتُشف أن جينوم الفيروس الغدي من النوع  2، وهو الفيروس الذي حُدِّد فيه التضفير البديل لأول مرة، قادر على إنتاج تنوع أكبر بكثير من المتغيرات المُضفَّرة مما كان يُعتقد سابقًا. [ 14 ] وباستخدام تقنية التسلسل من الجيل التالي، تمكن الباحثون من تحديث  النسخ الجيني للفيروس الغدي البشري من النوع 2 وتوثيق وجود 904 متغيرًا مُضفَّرًا ينتجها الفيروس من خلال نمط معقد من التضفير البديل. وقد ثبت أن عددًا قليلًا جدًا من هذه المتغيرات المُضفَّرة وظيفي، وهي نقطة أثارها الباحثون في ورقتهم البحثية.

"يبقى السؤال المطروح هو ما هي الأدوار التي تلعبها مجموعة الحمض النووي الريبي الجديد أو ما إذا كانت جزيئات زائفة ناتجة عن آلية ربط مثقلة بالأعباء." [ 14 ]

الأوضاع

التصنيف التقليدي للأنواع الأساسية لأحداث التضفير البديل للحمض النووي الريبي. يتم تمثيل الإكسونات بمربعات زرقاء وصفراء، والإنترونات بخطوط بينهما.
تختلف الترددات النسبية لأنواع أحداث التضفير البديل بين البشر وذباب الفاكهة. [ 15 ]

تُعرف عموماً خمسة أنماط أساسية للتضفير البديل. [ 1 ] [ 2 ] [ 16 ] [ 15 ]

  • حذف الإكسون أو الإكسون المدمج : في هذه الحالة، قد يتم حذف إكسون من النسخة الأولية أو الاحتفاظ به. وهذا هو النمط الأكثر شيوعًا في الحمض النووي الريبوزي الرسول الأولي لدى الثدييات . [ 15 ]
  • الإكسونات المتنافية المتبادلة : يتم الاحتفاظ بأحد الإكسونين في الحمض النووي الريبوزي الرسول بعد عملية التضفير، ولكن ليس كليهما.
  • موقع مانح بديل : يتم استخدام وصلة ربط بديلة 5' (موقع مانح)، مما يؤدي إلى تغيير حدود 3' للإكسون العلوي .
  • موقع مستقبل بديل : يتم استخدام وصلة ربط بديلة 3' (موقع مستقبل)، مما يؤدي إلى تغيير الحد 5' للإكسون المتجه للأسفل.
  • الاحتفاظ بالإنترونات : قد يُستأصل تسلسلٌ ما كإنترون أو يُحتفظ به. ويختلف هذا عن حذف الإكسونات لأن التسلسل المحتفظ به لا يكون محاطًا بالإنترونات . إذا كان الإنترون المحتفظ به في المنطقة المشفرة، فيجب أن يُشفّر أحماضًا أمينية متوافقة مع الإكسونات المجاورة، وإلا فإن كودون التوقف أو أي تغيير في إطار القراءة سيؤدي إلى عدم فعالية البروتين. هذا النمط هو الأندر في الثدييات ولكنه الأكثر شيوعًا في النباتات. [ 15 ] [ 17 ]

إضافةً إلى هذه الأنماط الأساسية للتضفير البديل، توجد آليتان رئيسيتان أخريان لتوليد أنواع مختلفة من الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) من الجين نفسه؛ وهما: المحفزات المتعددة ومواقع إضافة ذيل عديد الأدينين المتعددة . يُوصف استخدام المحفزات المتعددة بشكل أدق بأنه آلية تنظيم نسخية وليست تضفيرًا بديلًا؛ فمن خلال بدء النسخ من نقاط مختلفة، يمكن توليد نسخ ذات إكسونات مختلفة في الطرف 5'. في المقابل، توفر مواقع إضافة ذيل عديد الأدينين المتعددة نقاط نهاية مختلفة في الطرف 3' للنسخة. توجد هاتان الآليتان مجتمعتين مع التضفير البديل، مما يوفر تنوعًا إضافيًا في الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) المشتق من الجين نفسه. [ 1 ] [ 16 ]

رسم تخطيطي يوضح انفصال ثلاثة تراكيب ربط في جين هيالورونيداز الفأري . يُظهر الرسم اتجاه النسخ من 5' إلى 3' من اليسار إلى اليمين. لم تُرسم الإكسونات والإنترونات وفقًا للمقياس.

تصف هذه الأنماط آليات التضفير الأساسية، لكنها قد لا تكون كافية لوصف عمليات التضفير المعقدة. على سبيل المثال، يُظهر الشكل على اليمين ثلاثة أشكال تضفيرية من جين هيالورونيداز 3 في الفأر. تُظهر مقارنة بنية الإكسون الموضحة في السطر الأول (الأخضر) مع تلك الموجودة في السطر الثاني (الأصفر) احتفاظ الإنترون، بينما تُظهر المقارنة بين الشكل التضفيري الثاني والثالث (الأصفر مقابل الأزرق) حذف الإكسون. وقد اقتُرح مؤخرًا نموذج تسمية لتحديد جميع أنماط التضفير الممكنة بشكل فريد. [ 15 ]

الآليات

آلية التوصيل العامة

يُحدد مُركب Spliceosome A نهايتي 5' و 3' للإنترون قبل إزالته. [ 16 ]

عندما يتم نسخ الحمض النووي الريبوزي الرسول الأولي (pre-mRNA) من الحمض النووي (DNA )، فإنه يحتوي على العديد من الإنترونات والإكسونات . (في الديدان الأسطوانية ، يبلغ المتوسط ​​4-5 إكسونات وإنترونات؛ أما في ذبابة الفاكهة ( دروسوفيلا)، فقد يحتوي الحمض النووي الريبوزي الرسول الأولي المنسوخ على أكثر من 100 إنترون وإكسون). يتم تحديد الإكسونات التي سيتم الاحتفاظ بها في الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA ) أثناء عملية التضفير. ويتم تنظيم واختيار مواقع التضفير بواسطة بروتينات منشطة ومثبطة للتضفير تعمل عبر مواقع النسخ (trans-acting proteins)، بالإضافة إلى عناصر تعمل في نفس مواقع النسخ (cis-acting element) داخل الحمض النووي الريبوزي الرسول الأولي نفسه، مثل مُحسِّنات ومُثبِّطات التضفير الإكسونية.

يحتوي الإنترون النووي النموذجي في حقيقيات النوى على تسلسلات توافقية تحدد مناطق مهمة. يحتوي كل إنترون على التسلسل GU في نهايته 5'. يوجد موقع تفرع بالقرب من النهاية 3'. النيوكليوتيد عند نقطة التفرع هو دائمًا A؛ ويختلف التسلسل التوافقي حول هذا التسلسل قليلاً. في البشر، يكون التسلسل التوافقي لموقع التفرع هو yUnAy. [ 18 ] يلي موقع التفرع سلسلة من البيريميدينات - سلسلة متعددة البيريميدينات - ثم AG في النهاية 3'. [ 16 ]

تتم عملية وصل الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) بواسطة مُركّب من الحمض النووي الريبوزي والبروتين يُعرف باسم الجسيم الوصلي ، ويحتوي على جزيئات snRNP تُسمى U1 وU2 وU4 وU5 وU6 (لا يشارك U3 في وصل mRNA). [ 19 ] يرتبط U1 بموقع GU في الطرف 5'، بينما يرتبط U2، بمساعدة عوامل البروتين U2AF ، بنقطة التفرع A داخل موقع التفرع. يُعرف المُركّب في هذه المرحلة باسم مُركّب الجسيم الوصلي A. يُعد تكوين مُركّب A عادةً الخطوة الأساسية في تحديد نهايات الإنترون المراد وصله، وتحديد نهايات الإكسون المراد الاحتفاظ به. [ 16 ] (يُشتق اسم U من محتواها العالي من اليوريدين ).

يرتبط معقد U4، U5، U6، ويحل U6 محل U1. ثم ينفصل U1 وU4. بعد ذلك، يُجري المعقد المتبقي تفاعلي تبادل إستري . في التفاعل الأول، يُفصل الطرف 5' للإنترون عن الإكسون المجاور له ويرتبط بموقع التفرع A برابطة فوسفاتية ثنائية الإستر 2'،5' . في التفاعل الثاني، يُفصل الطرف 3' للإنترون عن الإكسون المجاور له، ويرتبط الإكسونان برابطة فوسفاتية ثنائية الإستر. ثم يُطلق الإنترون على شكل حلقة ويتحلل. [ 1 ]

العناصر التنظيمية والبروتينات

كبح التضفير

تُنظَّم عملية التضفير بواسطة بروتينات عابرة التأثير (كابحة ومنشطة) ومواقع تنظيمية مقابلة لها في نفس الجزيء (مثبطة ومعززة) على الحمض النووي الريبوزي الرسول الأولي. ومع ذلك، وكجزء من تعقيد التضفير البديل، يُلاحظ أن تأثيرات عامل التضفير غالبًا ما تعتمد على موقعه. أي أن عامل التضفير الذي يعمل كمنشط للتضفير عند ارتباطه بعنصر معزز داخل الإنترون، قد يعمل ككابح عند ارتباطه بعنصر التضفير الخاص به في سياق الإكسون، والعكس صحيح. [ 20 ] كما يلعب التركيب الثانوي لنسخة الحمض النووي الريبوزي الرسول الأولي دورًا في تنظيم التضفير، مثل تجميع عناصر التضفير أو حجب تسلسل قد يعمل كعنصر ارتباط لعامل التضفير. [ 21 ] [ 22 ] تشكل هذه العناصر مجتمعةً "شفرة تضفير" تتحكم في كيفية حدوث التضفير في ظل ظروف خلوية مختلفة. [ 23 ] [ 24 ]

يوجد نوعان رئيسيان من عناصر تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) ذات التأثير الموضعي (cis-acting) في جزيئات ما قبل الحمض النووي الريبوزي الرسول (pre-mRNA)، ولكل منهما بروتينات ربط الحمض النووي الريبوزي (RNA) ذات التأثير البعيد (trans-acting). مواقع كبت التضفير هي مواقع ترتبط بها بروتينات كابتة التضفير، مما يقلل من احتمالية استخدام موقع مجاور كوصلة تضفير. يمكن أن تتواجد هذه المواقع في الإنترون نفسه (كبت التضفير الإنتروني، ISS) أو في إكسون مجاور ( كبت التضفير الإكسوني ، ESS). تختلف هذه المواقع في تسلسلها، وكذلك في أنواع البروتينات التي ترتبط بها. معظم كابتات التضفير هي بروتينات نووية ريبوزية غير متجانسة (hnRNPs) مثل hnRNPA1 وبروتين ربط مسار البوليبيريميدين (PTB). [ 16 ] [ 23 ] أما مواقع تعزيز التضفير فهي مواقع ترتبط بها بروتينات منشطة التضفير، مما يزيد من احتمالية استخدام موقع مجاور كوصلة تضفير. قد تحدث هذه التغيرات أيضًا في الإنترون (معززات التضفير الإنترونية، ISE) أو الإكسون ( معززات التضفير الإكسونية ، ESE). معظم البروتينات المنشطة التي ترتبط بـ ISEs و ESEs هي أعضاء في عائلة بروتينات SR . تحتوي هذه البروتينات على أنماط التعرف على الحمض النووي الريبي (RNA) ومجالات غنية بالأرجينين والسيرين (RS). [ 16 ] [ 23 ]

تنشيط التضفير

بشكل عام، تعمل محددات التضفير بطريقة مترابطة تعتمد على السياق، بحيث تشكل القواعد التي تحكم تنظيم التضفير ما يُعرف بشفرة التضفير. [ 24 ] قد يزيد وجود عنصر تسلسل RNA معين يعمل في نفس الموقع (cis-acting) من احتمالية تضفير موقع مجاور في بعض الحالات، بينما يقللها في حالات أخرى، وذلك تبعًا للسياق. يشمل السياق الذي تعمل فيه العناصر التنظيمية سياقًا يعمل في نفس الموقع (cis-acting) والذي يتحدد بوجود خصائص أخرى لتسلسل RNA، وسياقًا يعمل خارج الموقع (trans-acting) والذي تتحدد بالظروف الخلوية. على سبيل المثال، تؤثر بعض عناصر تسلسل RNA التي تعمل في نفس الموقع (cis-acting) على التضفير فقط في حال وجود عناصر متعددة في نفس المنطقة لتحديد السياق. كمثال آخر، قد يكون لعنصر يعمل في نفس الموقع (cis-acting) تأثيرات معاكسة على التضفير، وذلك تبعًا للبروتينات المُعبر عنها في الخلية (مثل بروتين PTB العصبي مقابل غير العصبي). تؤكد الدراسات التي تُظهر وجود ضغط انتقائي قوي في الجينات البشرية ضد الطفرات التي تُنتج مُثبِّطات جديدة أو تُعطِّل مُعزِّزات موجودة، على الأهمية التكيفية لمثبطات ومُعزِّزات التضفير. [ 25 ] [ 26 ]

أمثلة

تخطي الإكسون: ذبابة الفاكهة dsx

التضفير البديل لـ dsx pre-mRNA

تحتوي جزيئات ما قبل mRNA من جين dsx في ذبابة الفاكهة (Drosophila melanogaster) على 6 إكسونات. في الذكور، تتحد الإكسونات 1 و2 و3 و5 و6 لتكوين mRNA، الذي يشفر بروتينًا تنظيميًا نسخياً ضروريًا لنمو الذكور. أما في الإناث، فتتحد الإكسونات 1 و2 و3 و4، وتؤدي إشارة إضافة ذيل عديد الأدينين في الإكسون 4 إلى انقسام mRNA عند تلك النقطة. ينتج عن ذلك mRNA بروتين تنظيمي نسخياً ضروري لنمو الإناث. [ 27 ] 

هذا مثال على حذف الإكسون. يحتوي الإنترون الواقع قبل الإكسون  4 على سلسلة من متعددات البيريميدين لا تتطابق جيدًا مع التسلسل المتفق عليه ، مما يجعل ارتباط بروتينات U2AF بها ضعيفًا دون مساعدة من مُنشِّطات التضفير. لذلك، لا يُستخدم موقع مستقبل التضفير 3' هذا في الذكور. أما الإناث، فتُنتج مُنشِّط التضفير Transformer (Tra) (انظر أدناه). يُنتَج بروتين SR، Tra2، في كلا الجنسين ويرتبط بموقع ESE في الإكسون 4؛ إذا كان Tra موجودًا، فإنه يرتبط بـ Tra2، ويُشكِّل مع بروتين SR آخر مُركَّبًا يُساعد بروتينات U2AF على الارتباط بسلسلة متعددات البيريميدين الضعيفة. يتم استقطاب U2 إلى نقطة التفرع المرتبطة، مما يؤدي إلى تضمين الإكسون 4 في mRNA. [ 27 ] [ 28 ]

مواقع استقبال بديلة: ذبابة الفاكهةمحول

التضفير البديل لمنتج جين Transformer في ذبابة الفاكهة

تخضع جزيئات ما قبل mRNA لجين Transformer (Tra) في ذبابة الفاكهة (Drosophila melanogaster) لعملية التضفير البديل عبر نمط موقع الاستقبال البديل. يُشفّر جين Tra بروتينًا يُعبّر عنه فقط في الإناث. يحتوي النسخ الأولي لهذا الجين على إنترون ذي موقعي استقبال محتملين. في الذكور، يُستخدم موقع الاستقبال الموجود في الطرف 5'. يؤدي هذا  إلى تضمين نسخة أطول من الإكسون 2 في النسخة المُعالجة، بما في ذلك كودون توقف مبكر . يُشفّر mRNA الناتج بروتينًا مُختزلًا غير نشط. تُنتج الإناث بروتين تحديد الجنس الرئيسي Sex lethal (Sxl). بروتين Sxl هو مثبط للتضفير يرتبط بموقع بدء التضفير (ISS) في RNA الخاص بنسخة Tra بالقرب من موقع الاستقبال في الطرف 5'، مما يمنع بروتين U2AF من الارتباط بمنطقة البوليبيريميدين. هذا يمنع استخدام هذا الموقع، ويُحوّل ارتباط الجسيم التضفيري إلى موقع الاستقبال في الطرف 3'. يؤدي التضفير في هذه المرحلة إلى تجاوز كودون التوقف، الذي يُستأصل كجزء من الإنترون. ويشفر الحمض النووي الريبوزي الرسول الناتج بروتين Tra نشط، وهو بدوره منظم للتضفير البديل لجينات أخرى مرتبطة بالجنس (انظر dsx أعلاه). [ 1 ]

تعريف الإكسون: مستقبل فاس

التضفير البديل للرنا الرسول الأولي لمستقبل فاس

تُنتَج أشكالٌ متعددة من بروتين مستقبل فاس  عن طريق التضفير البديل. ويُنتَج شكلان طبيعيان منه في البشر عن طريق آلية حذف الإكسون. يُشفِّر الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) الذي يحتوي على الإكسون 6 الشكل المرتبط بالغشاء من مستقبل فاس، والذي يُحفِّز موت الخلايا المبرمج (الاستماتة) . ويشير ازدياد التعبير عن مستقبل فاس في خلايا الجلد المعرضة للشمس بشكل مزمن، وغيابه في خلايا سرطان الجلد، إلى أن هذه الآلية قد تكون مهمة في القضاء على الخلايا ما قبل السرطانية لدى البشر. [ 29 ] في حال حذف الإكسون  6، يُشفِّر الحمض النووي الريبوزي الرسول الناتج بروتين فاس ذائبًا لا يُحفِّز الاستماتة. ويعتمد تضمين الإكسون أو حذفه على بروتينين متضادين، هما TIA-1 وبروتين ربط مسار البوليبيريميدين (PTB).

  • يُظهر موقع مانح 5' في الإنترون الواقع أسفل الإكسون  6 في الحمض النووي الريبوزي الرسول الأولي توافقًا ضعيفًا مع التسلسل المتفق عليه، ولا يرتبط به عادةً مركب U1 snRNP. إذا لم يرتبط U1، يتم تخطي الإكسون (انظر "أ" في الشكل المرفق).
  • يؤدي ارتباط بروتين TIA-1 بموقع مُحسِّن التضفير الداخلي إلى استقرار ارتباط جسيم U1 snRNP النووي الريبوزي. [ 16 ] يُساعد مُركَّب موقع المانح 5' الناتج في ارتباط عامل التضفير U2AF بموقع التضفير 3' الواقع في اتجاه 5' من الإكسون، وذلك عبر آلية غير معروفة حتى الآن (انظر ب). [ 30 ]
  • يحتوي الإكسون 6 على مثبط ربط إكسوني غني بالبيريميدين، يُسمى ure6 ، حيث يمكن لـ PTB أن يرتبط. إذا ارتبط PTB، فإنه يثبط تأثير معقد المانح 5' على ارتباط U2AF بموقع المستقبل، مما يؤدي إلى تخطي الإكسون (انظر ج).

تُعدّ هذه الآلية مثالًا على تحديد الإكسون في عملية التضفير. يتجمّع الجسيم التضفيري على الإنترون، وتقوم وحدات snRNP الفرعية بطي الحمض النووي الريبوزي (RNA) بحيث تتصل نهايتا الإنترون 5' و3'. مع ذلك، تُظهر أمثلة دُرست مؤخرًا، مثل هذا المثال، وجود تفاعلات بين نهايتي الإكسون أيضًا. في هذه الحالة تحديدًا، تُعدّ تفاعلات تحديد الإكسون هذه ضرورية للسماح بارتباط عوامل التضفير الأساسية قبل تجميع الجسيمات التضفيرية على الإنترونين المجاورين. [ 30 ]

تنافس الكابت والمنشط: إكسون 2 من جين tat لفيروس نقص المناعة البشرية من النوع 1

التضفير البديل للإكسون  2 من جين tat لفيروس نقص المناعة البشرية من النوع 1

يُنتج فيروس نقص المناعة البشرية (HIV) ، وهو فيروس قهقري يُسبب مرض الإيدز لدى البشر، نسخةً أوليةً واحدةً من الحمض النووي الريبوزي (RNA)، والتي تخضع لعملية تضفير بديلة متعددة لإنتاج أكثر من 40 نوعًا مختلفًا من الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA). [ 31 ] يوفر التوازن بين النسخ المتضفرة بشكل مختلف العديد من جزيئات mRNA التي تُشفّر منتجات مختلفة ضرورية لتكاثر الفيروس. [ 32 ] تحتوي إحدى هذه النسخ المتضفرة بشكل مختلف على جين tat ، حيث  يُعد الإكسون 2 إكسونًا كاسيتيًا يمكن حذفه أو تضمينه. يتم تنظيم تضمين الإكسون  2 من جين tat في الحمض النووي الريبوزي (RNA) من خلال التنافس بين مثبط التضفير hnRNP A1 وبروتين SR، SC35.  يتداخل ضمن الإكسون 2 تسلسل كبت التضفير الإكسوني (ESS) وتسلسل مُعزز التضفير الإكسوني (ESE). إذا ارتبط بروتين A1 الكابت بموقع ESS، فإنه يبدأ ارتباطًا تعاونيًا لجزيئات A1 ​​متعددة، ممتدًا إلى موقع المانح 5' قبل الإكسون 2، مانعًا ارتباط عامل الربط الأساسي U2AF35 بمنطقة البوليبيريميدين. أما إذا ارتبط SC35 بموقع ESE، فإنه يمنع ارتباط A1 ويحافظ على موقع المانح 5' في حالة متاحة لتجميع الجسيم الرابط. ويضمن التنافس بين المنشط والكابت إنتاج  كلا نوعي mRNA (مع الإكسون 2 وبدونه ). [ 31 ] 

الأهمية التكيفية

يحدث التضفير البديل الحقيقي في كل من الجينات المشفرة للبروتينات والجينات غير المشفرة لإنتاج منتجات متعددة (بروتينات أو حمض نووي ريبوزي غير مشفر). ​​يلزم وجود معلومات خارجية لتحديد المنتج المُنتَج، وذلك بالنظر إلى تسلسل الحمض النووي والنسخة الأولية. ونظرًا لأن آليات التنظيم وراثية، فإن هذا يوفر طرقًا جديدة لتأثير الطفرات على التعبير الجيني. [ 33 ]

قد يوفر التضفير البديل مرونة تطورية. إذ قد تؤدي طفرة نقطية واحدة إلى استبعاد أو تضمين إكسون معين من النسخة أثناء التضفير، مما يسمح بإنتاج نظير بروتيني جديد دون فقدان البروتين الأصلي. [ 1 ] وقد حددت الدراسات مناطق غير منتظمة بنيويًا (انظر: البروتينات غير المنظمة بنيويًا ) باعتبارها غنية في الإكسونات غير التكوينية [ 34 ]، مما يشير إلى أن النظائر البروتينية قد تُظهر تنوعًا وظيفيًا نتيجة لتغير الوحدات الوظيفية داخل هذه المناطق. وينعكس هذا التنوع الوظيفي الذي تحققه النظائر في أنماط تعبيرها، ويمكن التنبؤ به باستخدام أساليب التعلم الآلي. [ 35 ] [ 36 ] وتشير الدراسات المقارنة إلى أن التضفير البديل سبق تعدد الخلايا في التطور، وتقترح أن هذه الآلية ربما تم توظيفها للمساعدة في تطور الكائنات متعددة الخلايا. [ 37 ]

أظهرت الأبحاث المستندة إلى مشروع الجينوم البشري وتقنيات تسلسل الجينوم الأخرى أن البشر يمتلكون جينات أكثر بنسبة 30% فقط من دودة Caenorhabditis elegans الأسطوانية ، وضعف عدد جينات ذبابة الفاكهة Drosophila melanogaster تقريبًا . وقد أدى هذا الاكتشاف إلى تكهنات بأن التعقيد الملحوظ لدى البشر، أو الفقاريات عمومًا، قد يعود إلى ارتفاع معدلات التضفير البديل لديهم مقارنةً باللافقاريات. [ 38 ] [ 39 ] ومع ذلك، لم تجد دراسة أجريت على عينات من 100,000 علامة تسلسل معبرة (EST) من كل من الإنسان والفأر والجرذ والبقرة وذبابة الفاكهة ( Drosophila  melanogaster ) ودودة Caenorhabditis  elegans ونبات Arabidopsis thaliana أي اختلافات كبيرة في تردد الجينات المتضفرة بديلًا بين البشر وأي من الحيوانات الأخرى التي تم اختبارها. [ 40 ] في المقابل، اقترحت دراسة أخرى أن هذه النتائج كانت نتيجة لاختلاف عدد علامات التسلسل المعبرة المتاحة للكائنات الحية المختلفة. عندما قارن الباحثون ترددات التضفير البديل في مجموعات فرعية عشوائية من الجينات من كل كائن حي، خلصوا إلى أن الفقاريات لديها معدلات تضفير بديل أعلى من اللافقاريات. [ 41 ]

مرض

قد تؤدي التغيرات في آلية معالجة الحمض النووي الريبوزي (RNA) إلى خلل في عملية التضفير لعدة نسخ، بينما قد تؤدي التغيرات في النوكليوتيدات المفردة في مواقع التضفير أو مواقع تنظيم التضفير المؤثرة في نفس الجين إلى اختلافات في تضفير جين واحد، وبالتالي في الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) الناتج من نسخ الجين الطافر. أشارت دراسة أجريت عام 2005، باستخدام التحليلات الاحتمالية، إلى أن أكثر من 60% من الطفرات المسببة للأمراض لدى الإنسان تؤثر على التضفير بدلاً من التأثير المباشر على التسلسلات المشفرة. [ 42 ] وتشير دراسة أحدث إلى أن ثلث الأمراض الوراثية من المرجح أن يكون لها مكون متعلق بالتضفير. [ 20 ] وبغض النظر عن النسبة المئوية الدقيقة، يوجد عدد من الأمراض المرتبطة بالتضفير. [ 43 ] وكما هو موضح أدناه، يُعد السرطان مثالاً بارزاً على الأمراض المرتبطة بالتضفير.

تُوجد أيضًا جزيئات mRNA المُعالَجة بشكل غير طبيعي في نسبة عالية من الخلايا السرطانية. [ 44 ] [ 45 ] [ 46 ] وقد كشفت تحليلات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) والبروتينات المُدمجة عن تعبير تفاضلي ملحوظ لأشكال التضفير لبروتينات رئيسية في مسارات السرطان الهامة. [ 47 ] ليس من الواضح دائمًا ما إذا كانت أنماط التضفير الشاذة هذه تُساهم في نمو السرطان، أو أنها مجرد نتيجة لتشوهات خلوية مرتبطة بالسرطان. بالنسبة لأنواع معينة من السرطان، مثل سرطان القولون والمستقيم وسرطان البروستاتا، فقد تبين أن عدد أخطاء التضفير لكل سرطان يختلف اختلافًا كبيرًا بين أنواع السرطان المختلفة، وهي ظاهرة تُعرف باسم عدم استقرار النسخ الجيني . [ 48 ] [ 49 ] كما تبين أن عدم استقرار النسخ الجيني يرتبط ارتباطًا وثيقًا بانخفاض مستوى التعبير عن جينات عوامل التضفير. لقد ثبت أن طفرة DNMT3A تساهم في الأورام الدموية الخبيثة ، وأن سلالات الخلايا التي تحمل طفرة DNMT3A تُظهر عدم استقرار في النسخ الجيني مقارنةً بنظيراتها من النوع البري المتماثل جينياً. [ 50 ]

في الواقع، يوجد انخفاض في التضفير البديل في الخلايا السرطانية مقارنةً بالخلايا الطبيعية، وتختلف أنواع التضفير؛ فعلى سبيل المثال، تُظهر الخلايا السرطانية مستويات أعلى من احتفاظ الإنترونات مقارنةً بالخلايا الطبيعية، ولكن مستويات أقل من حذف الإكسونات. [ 51 ] قد تُعزى بعض الاختلافات في التضفير في الخلايا السرطانية إلى ارتفاع وتيرة الطفرات الجسدية في جينات عوامل التضفير، [ 46 ] وقد ينتج بعضها عن تغيرات في فسفرة عوامل التضفير المؤثرة عبر النسخ. [ 33 ] وقد ينتج البعض الآخر عن تغيرات في الكميات النسبية لعوامل التضفير المنتجة؛ فعلى سبيل المثال، تبين أن خلايا سرطان الثدي تحتوي على مستويات مرتفعة من عامل التضفير SF2/ASF . [ 52 ] وجدت إحدى الدراسات أن نسبة صغيرة نسبيًا (383 من أصل أكثر من 26000) من متغيرات التضفير البديل كانت أعلى ترددًا بشكل ملحوظ في الخلايا السرطانية مقارنةً بالخلايا الطبيعية، مما يشير إلى وجود مجموعة محدودة من الجينات التي، عند حدوث تضفير خاطئ لها، تُسهم في تطور الورم. [ 53 ] ومع ذلك، يُعتقد أن الآثار الضارة للنسخ المتضفرة بشكل خاطئ عادةً ما يتم حمايتها والتخلص منها بواسطة آلية مراقبة جودة ما بعد النسخ الخلوية التي تُسمى تحلل الحمض النووي الريبوزي الرسول بوساطة الهراء [NMD]. [ 54 ]

أحد الأمثلة على نوع محدد من التضفير المرتبط بالسرطانات هو أحد جينات DNMT البشرية . تشفر ثلاثة جينات DNMT إنزيمات تضيف مجموعات ميثيل إلى الحمض النووي، وهو تعديل غالبًا ما يكون له تأثيرات تنظيمية. وُجدت عدة نسخ mRNA من DNMT3B ذات تضفير غير طبيعي في الأورام وخطوط الخلايا السرطانية. في دراستين منفصلتين، أدى التعبير عن اثنين من هذه النسخ mRNA ذات التضفير غير الطبيعي في خلايا الثدييات إلى تغييرات في أنماط مثيلة الحمض النووي في تلك الخلايا. كما نمت الخلايا التي تحتوي على أحد هذه النسخ mRNA غير الطبيعية ضعف سرعة نمو الخلايا الضابطة، مما يشير إلى مساهمة مباشرة لهذا المنتج في تطور الورم. [ 33 ]

مثال آخر هو الجين الأولي المسرطن Ron ( MST1R ) . من الخصائص المهمة للخلايا السرطانية قدرتها على الحركة وغزو الأنسجة السليمة. وقد وُجد أن إنتاج نسخة غير طبيعية من Ron مرتبط بزيادة مستويات SF2/ASF في خلايا سرطان الثدي. ويؤدي الشكل غير الطبيعي لبروتين Ron، المشفر بواسطة هذا الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA)، إلى حركة الخلية . [ 52 ]

تم تحديد الإفراط في التعبير عن نسخة متحولة مبتورة من جين FOSB - ΔFosB - في مجموعة محددة من الخلايا العصبية في النواة المتكئة كآلية سببية متورطة في تحفيز واستمرار الإدمان على المخدرات والمكافآت الطبيعية . [ 55 ] [ 56 ] [ 57 ] [ 58 ]

تشير دراسات حديثة مثيرة للجدل إلى دور محوري لبنية الكروماتين وتعديلات الهيستون في تنظيم التضفير البديل. وتوحي هذه النتائج بأن التنظيم فوق الجيني لا يحدد فقط أي أجزاء من الجينوم يتم التعبير عنها، بل يحدد أيضًا كيفية تضفيرها. [ 59 ]

تحليل على نطاق الجينوم (على مستوى النسخ)

يُجرى تحليل التضفير البديل على مستوى النسخ الجيني عادةً باستخدام تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي عالي الإنتاجية. ويُعتمد في أغلب الأحيان على تقنية التسلسل قصير القراءة، كما هو الحال مع أجهزة Illumina. لكنّ تقنية التسلسل طويل القراءة، كما هو الحال مع أجهزة Nanopore أو PacBio، تُعدّ أكثر فائدة. ويمكن استخدام تحليلات النسخ الجيني على مستوى النسخ الجيني، على سبيل المثال، لقياس كمية التضفير البديل المنحرف، كما هو الحال في دراسة مجموعة من مرضى السرطان. [ 60 ]

استُخدمت تقنيات التسلسل العميق لإجراء تحليلات شاملة للجينوم لكل من الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) غير المعالج والمعالج، مما أتاح فهمًا أعمق لعملية التضفير البديل. على سبيل المثال، تشير نتائج استخدام التسلسل العميق إلى أن ما يُقدّر بنحو 95% من نسخ الجينات متعددة الإكسونات في البشر تخضع لعملية التضفير البديل، مع وجود عدد من نسخ ما قبل الحمض النووي الريبوزي الرسول (pre-mRNA) التي تُضفر بطريقة خاصة بالأنسجة. [ 2 ] كما طُوّرت مناهج علم الجينوم الوظيفي والحسابية القائمة على التعلم متعدد الحالات لدمج بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) للتنبؤ بوظائف الأشكال المتغايرة المُضفّرة بديلًا. [ 36 ] وقد ساعد التسلسل العميق أيضًا في الكشف الحيوي عن الحلقات العابرة التي تُطلق أثناء عملية التضفير، وتحديد تسلسلات مواقع التفرع، ورسم خرائط واسعة النطاق لنقاط التفرع في نسخ ما قبل الحمض النووي الريبوزي الرسول (pre-mRNA) البشرية. [ 61 ]

تاريخيًا، تم اكتشاف النسخ المُعالَجة بالتضفير البديل من خلال مقارنة تسلسلات EST ، لكن هذا يتطلب تسلسل أعداد هائلة من ESTs. تأتي معظم مكتبات ESTs من عدد محدود جدًا من الأنسجة، لذا من المرجح أن تُغفل المتغيرات المُعالَجة الخاصة بالأنسجة في أي حال. مع ذلك، طُوِّرت مناهج عالية الإنتاجية لدراسة التضفير، مثل: التحليلات القائمة على مصفوفات الحمض النووي الدقيقة ، واختبارات ارتباط الحمض النووي الريبي، والتسلسل العميق . يمكن استخدام هذه الطرق لفحص التعددات الشكلية أو الطفرات في عناصر التضفير أو حولها التي تؤثر على ارتباط البروتين. عند دمجها مع اختبارات التضفير، بما في ذلك اختبارات الجينات المُبلِّغة في الجسم الحي ، يمكن تحليل التأثيرات الوظيفية للتعددات الشكلية أو الطفرات على تضفير نسخ ما قبل mRNA. [ 20 ] [ 23 ] [ 62 ]

في تحليل المصفوفات الدقيقة، تُستخدم مصفوفات من شظايا الحمض النووي التي تُمثل إكسونات فردية ( مثل مصفوفة Affymetrix للإكسونات) أو حدود الإكسونات ( مثل مصفوفات ExonHit أو Jivan ). ثم تُفحص المصفوفة باستخدام الحمض النووي التكميلي المُوسَم من الأنسجة المستهدفة. ترتبط جزيئات الحمض النووي التكميلي المُستخدمة في الفحص بالحمض النووي من الإكسونات المُضمنة في الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) في نسيجها الأصلي، أو بالحمض النووي من الحد الفاصل بين إكسونين. وهذا يُمكن أن يكشف عن وجود أنواع مُحددة من الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) المُنتجة عن طريق التضفير البديل. [ 63 ]

تستخدم تقنية CLIP ( الربط المتقاطع والترسيب المناعي ) الأشعة فوق البنفسجية لربط البروتينات بجزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA) في الأنسجة أثناء عملية التضفير. ثم يُرسب بروتين تنظيم التضفير ذو التأثير العابر باستخدام أجسام مضادة نوعية. وعند عزل الحمض النووي الريبوزي المرتبط بهذا البروتين واستنساخه، يتم الكشف عن التسلسلات المستهدفة لهذا البروتين. [ 64 ] وهناك طريقة أخرى لتحديد البروتينات الرابطة للحمض النووي الريبوزي ورسم خريطة ارتباطها بنسخ ما قبل الحمض النووي الريبوزي الرسول (pre-mRNA)، وهي "تقييم المصفوفات الدقيقة للأبتاميرات الجينومية عن طريق الإزاحة (MEGAshift)".net [ 65 ]. تتضمن هذه الطريقة تعديلًا لطريقة "التطور المنهجي للروابط عن طريق الإثراء الأسي (SELEX)" [ 66 ] بالإضافة إلى قراءة تعتمد على المصفوفات الدقيقة. أتاح استخدام طريقة MEGAshift فهمًا أعمق لتنظيم التضفير البديل، وذلك من خلال تحديد التسلسلات في نسخ ما قبل mRNA المحيطة بالإكسونات المتضفرة بديلًا، والتي تتوسط الارتباط بعوامل التضفير المختلفة، مثل ASF/SF2 وPTB. [ 67 ] كما استُخدم هذا النهج للمساعدة في تحديد العلاقة بين البنية الثانوية للـ RNA وارتباط عوامل التضفير. [ 22 ]

يُتيح استخدام اختبارات الجينات المُبلِّغة تحديد بروتينات التضفير المُشاركة في حدث تضفير بديل مُحدد، وذلك عن طريق بناء جينات مُبلِّغة تُعبِّر عن أحد بروتينين فلوريين مختلفين، اعتمادًا على تفاعل التضفير الحاصل. وقد استُخدمت هذه الطريقة لعزل الطفرات التي تُؤثر على التضفير، وبالتالي تحديد بروتينات تنظيم التضفير الجديدة التي تُعطَّل في تلك الطفرات. [ 64 ]

ساهمت التطورات الحديثة في مجال التنبؤ ببنية البروتين في تطوير أدوات جديدة لشرح الجينوم وتحليل التضفير البديل. فعلى سبيل المثال، قامت منصة isoform.io، التي تعتمد على التنبؤ ببنية البروتين، بتقييم مئات الآلاف من الأشكال المتغايرة لجينات ترميز البروتين البشري، والتي جُمعت من تجارب تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) المتعددة عبر مجموعة متنوعة من الأنسجة البشرية. وقد أدى هذا التحليل الشامل إلى تحديد العديد من الأشكال المتغايرة ذات بنية متوقعة أكثر دقة ووظيفة متفوقة محتملة مقارنةً بالأشكال المتغايرة التقليدية في أحدث قاعدة بيانات للجينات البشرية. ومن خلال دمج التنبؤات البنيوية مع بيانات التعبير الجيني والأدلة التطورية، أثبت هذا النهج إمكانات التنبؤ ببنية البروتين كأداة لتحسين شرح الجينوم البشري. [ 68 ]

قواعد البيانات

توجد مجموعة من قواعد بيانات التضفير البديل. [ 69 ] [ 70 ] [ 71 ] تُعد قواعد البيانات هذه مفيدة للعثور على الجينات التي تحتوي على ما قبل mRNA الذي يخضع للتضفير البديل وأحداث التضفير البديل أو لدراسة التأثير الوظيفي للتضفير البديل.

انظر أيضاً

مراجع

  1. 1 2 3 4 5 6 7 8 بلاك، د. ل. (2003). "آليات التضفير البديل للرنا الرسول الأولي" ( ملف PDF) . المراجعة السنوية للكيمياء الحيوية . 72 (1): 291-336 . doi : 10.1146/annurev.biochem.72.121801.161720 . PMID 12626338. S2CID 23576288 .  
  2. 1 2 3 بان كيو، شاي أو، لي إل جيه، فراي بي جيه، بلينكو بي جيه (ديسمبر 2008). "دراسة معمقة لتعقيد التضفير البديل في النسخ الجيني البشري باستخدام تقنية التسلسل عالي الإنتاجية". مجلة نيتشر جينيتكس . 40 (12): 1413-1415 . doi : 10.1038/ng.259 . PMID 18978789. S2CID 9228930 .  
  3. ↑ بهويان إس إيه، لي إس، فان إم، هنتنغتون بي، هوغان إي، ليو سي سي، ليو جيه، بافليديس بي (2018). " تقييم منهجي لوظيفة الأشكال المتغايرة في التقارير المنشورة عن التضفير البديل" . بي إم سي جينوميكس . 19 (1) 637. doi : 10.1186/s12864-018-5013-2 . PMC 6114036. PMID 30153812. S2CID 52113302 .   
  4. ↑ تريس إم إل، أباسكال إف، فالنسيا إيه (2017). " قد لا يكون التضفير البديل هو المفتاح لتعقيد البروتينات" . اتجاهات في العلوم البيوكيميائية . 42 (2): 98-110 . doi : 10.1016/j.tibs.2016.08.008 . PMC 6526280. PMID 27712956 .  
  5. ↑ تشاو إل تي، جيليناس آر إي، بروكر تي آر، روبرتس آر جيه (سبتمبر 1977). "ترتيب تسلسلي مذهل عند الطرف 5' من الحمض النووي الريبوزي الرسول لفيروس الأدينو 2". الخلية . 12 ( 1): 1-8 . doi : 10.1016/0092-8674(77)90180-5 . PMID 902310. S2CID 2099968 .  
  6. ↑ بيرجيت إس إم، مور سي، شارب بي إيه (أغسطس 1977). "القطع الموصولة في الطرف 5' من الحمض النووي الريبوزي الرسول المتأخر للفيروس الغدي 2" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 74 (8): 3171-3175 . رمز Bibcode : 1977PNAS...74.3171B . doi : 10.1073/pnas.74.8.3171 . PMC 431482. PMID 269380 .  
  7. ليف إس إي، روزنفيلد إم جي، إيفانز آر إم (1986). "وحدات النسخ المعقدة: تنوع التعبير الجيني من خلال معالجة الحمض النووي الريبوزي البديلة". المراجعة السنوية للكيمياء الحيوية . 55 (1): 1091-117 . doi : 10.1146 /annurev.bi.55.070186.005303 . PMID 3017190 . 
  8. ↑ تشاو إل تي، بروكر تي آر (أكتوبر 1978). "البنى المُعالَجة لرسالة ألياف الفيروس الغدي 2 وغيرها من الرنا المرسال المتأخر". الخلية . 15 ( 2): 497-510 . doi : 10.1016/0092-8674(78)90019-3 . PMID 719751. S2CID 44642349 .  
  9. ↑ نيفينز جيه آر، دارنيل جيه إي (ديسمبر 1978). "خطوات معالجة mRNA الخاص بفيروس Ad2: تسلسلات نووية متعددة الأدينين محفوظة، وإضافة متعددة الأدينين تسبق عملية التضفير". مجلة Cell . 15 (4): 1477-1493 . doi : 10.1016/0092-8674(78)90071-5 . PMID 729004. S2CID 39704416 .  
  10. ↑ روزنفيلد إم جي، أمارا إس جي، روس بي إيه، أونغ إي إس، إيفانز آر إم (مارس 1981). "تغير التعبير الجيني للكالسيتونين المرتبط بتعدد أشكال الحمض النووي الريبوزي". مجلة نيتشر . 290 (5801): 63-65 . رمز Bibcode : 1981Natur.290...63R . doi : 10.1038/290063a0 . PMID 7207587. S2CID 4318349 .  
  11. ↑ روزنفيلد إم جي، لين سي آر، أمارا إس جي، ستولارسكي إل، روس بي إيه، أونغ إي إس، إيفانز آر إم (مارس 1982). "تعدد أشكال الحمض النووي الريبوزي الرسول للكالسيتونين: تبديل الببتيد المرتبط بأحداث التضفير البديل للحمض النووي الريبوزي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 79 (6): 1717-21 . Bibcode : 1982PNAS...79.1717R . doi : 10.1073/pnas.79.6.1717 . PMC 346051. PMID 6952224 .  
  12. ^ ماكي آر، رويدر دبليو، تراونيكر أ، سيدمان سي، وابل إم، راشكي دبليو، تونيغاوا إس (مايو 1981). “دور إعادة ترتيب الحمض النووي ومعالجة الحمض النووي الريبي البديل في التعبير عن جينات دلتا الجلوبيولين المناعي”. خلية . 24 (2): 353–65 . دوى : 10.1016/0092-8674(81)90325-1 . بميد 6786756 . S2CID 13208589 .  
  13. ↑ شمكر د، كليمنس جيه سي، شو إتش، ووربي سي إيه، شياو جيه، مودا إم، وآخرون . (يونيو 2000). " بروتين Dscam في ذبابة الفاكهة هو مستقبل لتوجيه المحاور العصبية يتميز بتنوع جزيئي استثنائي" . مجلة Cell . 101 (6): 671-84 . doi : 10.1016/S0092-8674(00)80878-8 . PMID 10892653. S2CID 13829976 .   
  14. 1 2 ويسترجرين جاكوبسون أ، سيجرمان ب، والرمان أو، ليند إس بي، تشاو إتش، روبين سي جيه، وآخرون . (نوفمبر 2020). "نسخة الفيروس الغداني البشري من النوع الثاني: تعقيد مذهل للرنا المرسال المقسم بشكل بديل" . مجلة علم الفيروسات . 95 (4). دوى : 10.1128/JVI.01869-20 . بمك 7851563 . بميد 33239457 .   
  15. 1 2 3 4 5 ساميث م، فويساك س، غيغو ر (أغسطس 2008). برنت إم آر (محرر). " تعريف عام وتسمية لأحداث التضفير البديل" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 4 (8) e1000147. رمز Bibcode : 2008PLSCB...4E0147S . doi : 10.1371/journal.pcbi.1000147 . PMC 2467475. PMID 18688268 .  
  16. 1 2 3 4 5 6 7 8 ماتلين إيه جيه، كلارك إف، سميث سي دبليو (مايو 2005). "فهم التضفير البديل: نحو شفرة خلوية". مراجعات الطبيعة. بيولوجيا الخلية الجزيئية . 6 (5): 386-98 . doi : 10.1038/nrm1645 . PMID 15956978. S2CID 14883495 .  
  17. ↑ نير-غاون، هاداس؛ هالاتشمي، رونيت؛ سافالدي-غولدشتاين، سيغال؛ روبين، إيتان؛ أوفير، رون؛ فلور، روبرت (2004). "احتفاظ الإنترون ظاهرة رئيسية في التضفير البديل في نبات الأرابيدوبسيس" . مجلة النبات . 39 (6): 877-885 . doi : 10.1111/j.1365-313X.2004.02172.x . ISSN 1365-313X . PMID 15341630 .  
  18. ^ جاو ك، ماسودا أ، ماتسورا تي، أونو ك (أبريل 2008). "تسلسل إجماع نقطة الفرع البشري هو yUnAy" . أبحاث الأحماض النووية . 36 (7): 2257–67 . دوى : 10.1093/nar/gkn073 . بمك 2367711 . بميد 18285363 .  
  19. ↑ كلارك د (2005). البيولوجيا الجزيئية . أمستردام: دار النشر الأكاديمية إلسيفير. ISBN 978-0-12-175551-5.
  20. ليم كيه إتش ، فيراريس إل، فيلو إم إي، رافائيل بي جيه، فيربراذر دبليو جي (يوليو 2011). "استخدام التوزيع الموضعي لتحديد عناصر التضفير والتنبؤ بعيوب معالجة ما قبل الحمض النووي الريبوزي الرسول في الجينات البشرية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 108 (27): 11093-11098 . Bibcode : 2011PNAS..10811093H . doi : 10.1073 / pnas.1101135108 . PMC 3131313. PMID 21685335 .  
  21. ↑ وارف إم بي، بيرغلوند جيه إيه (مارس 2010). "دور بنية الحمض النووي الريبوزي في تنظيم عملية تضفير ما قبل الحمض النووي الريبوزي الرسول" . اتجاهات في العلوم البيوكيميائية . 35 (3): 169-178 . doi : 10.1016/j.tibs.2009.10.004 . PMC 2834840. PMID 19959365 .  
  22. 1 2 ريد دي سي، تشانغ بي إل، غندرسون إس آي، ألبرت إل، طومسون دبليو إيه، فيربراذر دبليو جي (ديسمبر 2009). " تقنية SELEX من الجيل التالي تحدد التسلسل والمحددات البنيوية لارتباط عامل التضفير في تسلسل ما قبل mRNA البشري" . RNA . 15 (12): 2385-97 . doi : 10.1261/rna.1821809 . PMC 2779669. PMID 19861426 .  
  23. 1 2 3 4 وانغ ز، بيرج سي بي (مايو 2008). "تنظيم التضفير: من قائمة أجزاء العناصر التنظيمية إلى شفرة تضفير متكاملة" . الحمض النووي الريبي . 14 (5): 802-13 . doi : 10.1261/rna.876308 . PMC 2327353. PMID 18369186 .  
  24. 1 2 باراش واي، كالاركو جيه إيه، غاو دبليو، بان كيو، وانغ إكس، شاي أو، وآخرون . (مايو 2010 ) . "فك شفرة التضفير". نيتشر . 465 (7294): 53-9 . Bibcode : 2010Natur.465...53B . doi : 10.1038/nature09000 . PMID 20445623. S2CID 2398858 .   
  25. ↑ كي إس، تشانغ إكس إتش، تشاسين إل إيه (أبريل 2008). " الانتقاء الإيجابي الذي يؤثر على أنماط التضفير يعكس التطور التعويضي" . أبحاث الجينوم . 18 (4): 533-543 . doi : 10.1101/gr.070268.107 . PMC 2279241. PMID 18204002 .  
  26. ↑ فيربراذر دبليو جي، هولست دي، بيرج سي بي، شارب بي إيه (سبتمبر 2004). "التحقق من صحة مُحسِّنات التضفير الإكسوني باستخدام تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة" . مجلة PLOS Biology . 2 (9) E268. doi : 10.1371/journal.pbio.0020268 . PMC 514884. PMID 15340491 .  
  27. 1 2 لينش، ك. و.، ومانياتيس، ت. (أغسطس 1996). "تجميع معقدات بروتين SR محددة على عناصر تنظيمية متميزة لمُحسِّن التضفير doublesex في ذبابة الفاكهة" . الجينات والتطور . 10 (16): 2089-2101 . doi : 10.1101/gad.10.16.2089 . PMID 8769651 . 
  28. ↑ غريفلي، بي آر، هيرتل ، كيه جيه، مانياتيس، تي (يونيو 2001). "دور U2AF35 وU2AF65 في التضفير المعتمد على المُحسِّن" . RNA . 7 (6) S1355838201010317: 806–18 . doi : 10.1017/S1355838201010317 . PMC 1370132. PMID 11421359 .  
  29. ↑ فيليبوفيتش إي، أديبويغا ب، سانشيز آر إل، غاتاليكا زد (فبراير 2002). "تعبير CD95 (Fas) في جلد الإنسان المعرض للشمس وسرطانات الجلد" . مجلة السرطان . 94 (3): 814-819 . doi : 10.1002/cncr.10277 . PMID 11857317. S2CID 23772719 .  
  30. 1 2 إزكويردو جيه إم، ماجوس إن، بونال إس، مارتينيز سي، كاستيلو آر، غيغو آر، وآخرون . (أغسطس 2005). "تنظيم التضفير البديل لجين فاس من خلال التأثيرات المضادة لـ TIA-1 وPTB على تعريف الإكسون" . الخلية الجزيئية . 19 (4): 475-84 . doi : 10.1016/j.molcel.2005.06.015 . PMID 16109372 .  
  31. 1 2 زاهلر إيه إم، دامغارد سي كيه، كيمز جيه، كابوتي إم (مارس 2004). "يرتبط البروتينان SC35 والبروتين النووي الريبوزي غير المتجانس A/B بعنصر مُحسِّن/مُثبِّط التضفير الإكسوني المجاور لتنظيم تضفير الإكسون 2 من جين tat لفيروس نقص المناعة البشرية من النوع الأول" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 279 (11): 10077-84 . doi : 10.1074/jbc.M312743200 . PMID 14703516 . 
  32. ↑ جاكينيه إس، ميرو إيه، بيلودو بي إس، دامير إل، ستولتزفوس سي إم، برانلان سي (نوفمبر 2001). "مثبط ربط الإكسون الثاني ضمن الإكسون 2 من جين Tat لفيروس نقص المناعة البشرية من النوع 1 يثبط ربط mRNA الخاص بـ Tat ويرتبط ببروتين hnRNP H" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 276 (44): 40464-75 . doi : 10.1074/jbc.M104070200 . PMID 11526107 . 
  33. 1 2 3 فاكينثال، جيه دي، وجودلي، إل إيه (2008). "التضفير الشاذ للحمض النووي الريبوزي وعواقبه الوظيفية في الخلايا السرطانية" . نماذج وآليات الأمراض . 1 (1): 37-42 . doi : 10.1242/dmm.000331 . PMC 2561970. PMID 19048051 .  
  34. ↑ روميرو بي آر، زيدي إس، فانغ واي واي، أوفيرسكي في إن، راديفوجاك بي، أولدفيلد سي جيه، وآخرون (مايو 2006). "التضفير البديل بالتزامن مع الاضطراب الجوهري للبروتين يُتيح زيادة التنوع الوظيفي في الكائنات متعددة الخلايا" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 103 (22): 8390-5 . Bibcode : 2006PNAS..103.8390R . doi : 10.1073 / pnas.0507916103 . PMC 1482503. PMID 16717195 .   
  35. ↑ لي إتش دي، مينون آر، أومين جي إس، غوان واي (أغسطس 2014). "العصر الناشئ لتكامل البيانات الجينومية لتحليل وظيفة نظائر التضفير" . اتجاهات في علم الوراثة . 30 (8): 340-347 . doi : 10.1016/j.tig.2014.05.005 . PMC 4112133. PMID 24951248 .  
  36. إكسي ر، لي هـ د، مينون ر، وين ي، أومين ج س، كريتزلر م، غوان ي (نوفمبر 2013). " التمييز المنهجي لوظائف الأشكال المتغايرة الناتجة عن التضفير البديل من خلال دمج بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 9 (11) e1003314. رمز Bibcode : 2013PLSCB...9E3314E . doi : 10.1371/journal.pcbi.1003314 . PMC 3820534. PMID 24244129 .  
  37. ↑ إيريميا م، روكوف جيه إل، بيني د، روي إس دبليو (أكتوبر 2007). "التحليل الوظيفي والتطوري للجينات ذات التضفير البديل يتوافق مع أصل حقيقي النواة المبكر للتضفير البديل" . بي إم سي بيولوجيا التطور . 7 (1): 188. Bibcode : 2007BMCEE...7..188I . doi : 10.1186/1471-2148-7-188 . PMC 2082043. PMID 17916237 .  
  38. ↑ إيوينغ ب، غرين ب (يونيو 2000). "تحليل علامات التسلسل المعبر عنها يشير إلى 35000 جين بشري". علم الوراثة الطبيعية . 25 (2): 232-234 . doi : 10.1038/76115 . PMID 10835644. S2CID 19165121 .  
  39. ↑ روست كروليوس هـ، جايلون أ، بيرنو أ، داسيلفا س، بونو ل، فيشر س، وآخرون (يونيو 2000). "تقدير عدد الجينات البشرية من خلال تحليل شامل للجينوم باستخدام تسلسل الحمض النووي لـ Tetraodon nigroviridis". علم الوراثة الطبيعية . 25 (2): 235-238 . doi : 10.1038/76118 . PMID 10835645. S2CID 44052050 .   
  40. ^ بريت د، بوسبيسيل إتش، فالكارسيل جيه، رايخ جيه، بورك بي (يناير 2002). “الربط البديل وتعقيد الجينوم”. علم الوراثة الطبيعة . 30 (1): 29-30 . دوى : 10.1038 / ng803 . بميد 11743582 . S2CID 2724843 .  
  41. ↑ كيم إي، ماجن أ، آست جي (2006). " مستويات مختلفة من التضفير البديل بين حقيقيات النوى" . أبحاث الأحماض النووية . 35 (1): 125-131 . doi : 10.1093/nar/gkl924 . PMC 1802581. PMID 17158149 .  
  42. ↑ لوبيز-بيغاس ن، أوديت ب، أوزونيس س، بارا ج، غيغو ر (مارس 2005). "هل طفرات التضفير هي السبب الأكثر شيوعًا للأمراض الوراثية؟". رسائل FEBS . 579 (9): 1900-1903 . Bibcode : 2005FEBSL.579.1900L . doi : 10.1016/j.febslet.2005.02.047 . PMID 15792793. S2CID 30174458 .  
  43. ↑ وارد إيه جيه، كوبر تي إيه (يناير 2010). " علم أمراض التضفير" . مجلة علم الأمراض . 220 (2): 152-163 . doi : 10.1002/path.2649 . PMC 2855871. PMID 19918805 .  
  44. ↑ سكوتهايم، ر. إ.، ونيس، م. (2007). "التضفير البديل في السرطان: ضوضاء، أم وظيفي، أم منهجي؟". المجلة الدولية للكيمياء الحيوية وبيولوجيا الخلية . 39 ( 7-8 ): 1432-1449 . doi : 10.1016/j.biocel.2007.02.016 . PMID 17416541 . 
  45. ↑ هي سي، تشو إف، زو زد، تشنغ إتش، تشو آر (2009). باور جيه إيه (محرر). " نظرة شاملة على متغيرات النسخ الخاصة بالسرطان من خلال تحليل النسخ الطرحي على مستوى كامل" . PLOS ONE . 4 (3) e4732. Bibcode : 2009PLoSO...4.4732H . doi : 10.1371/journal.pone.0004732 . PMC 2648985. PMID 19266097 .  
  46. 1 2 سفين أ، كيلبينين س، روسوليهتو أ، لوث ر.أ، سكوتهايم ر.إ (مايو 2016). "التضفير الشاذ للحمض النووي الريبوزي في السرطان؛ تغيرات التعبير والطفرات المحركة لجينات عامل التضفير" . أونكوجين . 35 (19): 2413-2427 . doi : 10.1038 / onc.2015.318 . PMID 26300000. S2CID 22943729 .  
  47. ↑ أومين جي إس، غوان واي، مينون آر (يوليو 2014). "فئة جديدة من البروتينات المرشحة كعلامات حيوية لسرطان الثدي: متغيرات التضفير المتغيرة التعبير لـ ERBB2 (HER2/neu) و ERBB1 (EGFR) في خطوط خلايا سرطان الثدي" . مجلة البروتينات . 107 : 103-112 . doi : 10.1016/j.jprot.2014.04.012 . PMC 4123867. PMID 24802673 .  
  48. ↑ سفين أ، يوهانسن ب، تيكسيرا إم آر، لوث آر إيه، سكوتهايم آر آي (أغسطس 2014). "عدم استقرار النسخ الجيني كخاصية جزيئية شاملة للسرطانات" . بي إم سي جينوميكس . 15 (1) 672. doi : 10.1186/1471-2164-15-672 . PMC 3219073. PMID 25109687 .  
  49. ↑ سفين أ، أغيسن تي إتش، نيسباكن أ، روغنم تي أو، لوث آر إيه، سكوتهايم آر آي (مايو 2011). "عدم استقرار النسخ الجيني في سرطان القولون والمستقيم ، كما تم تحديده بواسطة تحليلات المصفوفات الدقيقة للإكسونات: ارتباطات بمستويات التعبير عن عوامل التضفير وبقاء المريض" . طب الجينوم . 3 (5) 32. doi : 10.1186/gm248 . PMC 4137096. PMID 21619627 .  
  50. ↑ باناسزاك إل جي، جيوديس في، تشاو إكس، وو زد، غاو إس، هوسوكاوا كيه، وآخرون (مارس 2018). "خلل في تضفير الحمض النووي الريبوزي وعدم استقرار الجينوم بعد تحفيز طفرات DNMT3A بواسطة تقنية تحرير الجينات CRISPR/Cas9" . خلايا الدم ، الجزيئات والأمراض . 69 : 10-22 . doi : 10.1016/j.bcmd.2017.12.002 . PMC 6728079. PMID 29324392 .   
  51. ↑ كيم إي، غورين أ، آست جي (يناير 2008). "رؤى حول العلاقة بين السرطان والتضفير البديل". اتجاهات في علم الوراثة . 24 (1): 7-10 . doi : 10.1016/j.tig.2007.10.001 . PMID 18054115 . 
  52. 1 2 غيغنا سي، جيوردانو إس، شين إتش، بينفينوتو إف، كاستيليوني إف، كوموليو بي إم، وآخرون . (ديسمبر 2005). "يتم التحكم في حركة الخلية بواسطة SF2/ASF من خلال التضفير البديل للجين الأولي المسرطن Ron" . الخلية الجزيئية . 20 (6): 881-90 . doi : 10.1016/j.molcel.2005.10.026 . PMID 16364913 .  
  53. ↑ هوي إل، تشانغ إكس، وو إكس، لين زد، وانغ كيو، لي واي، هو جي (أبريل 2004). "تحديد متغيرات mRNA المُعالَجة بالتضفير البديل والمرتبطة بالسرطانات من خلال محاذاة ESTs على مستوى الجينوم" . Oncogene . 23 (17): 3013–23 . doi : 10.1038/sj.onc.1207362 . PMID 15048092 . 
  54. ↑ دانكواردت إس، نيو-يليك جي، ثيرمان آر، فريد يو، هينتز إم دبليو، كولوزيك إيه إي (مارس 2002). " مرنا بيتا غلوبين المُعالَج بشكل غير طبيعي: طفرة نقطية واحدة تُنتج نسخًا حساسة وغير حساسة لتحلل المرنا بوساطة كودون التوقف" . مجلة الدم . 99 (5): 1811-1816 . doi : 10.1182/blood.V99.5.1811 . PMID 11861299. S2CID 17128174 .  
  55. ↑ نيستلر إي جيه (ديسمبر 2013). "الأساس الخلوي للذاكرة في الإدمان" . حوارات في علم الأعصاب السريري . 15 (4): 431-443 . doi : 10.31887/DCNS.2013.15.4/enestler . PMC 3898681. PMID 24459410. على الرغم من أهمية العديد من العوامل النفسية والاجتماعية ، فإن إدمان المخدرات، في جوهره، ينطوي على عملية بيولوجية: قدرة التعرض المتكرر لمادة مخدرة على إحداث تغييرات في دماغ ضعيف، مما يدفع إلى البحث القهري عن المخدرات وتعاطيها، وفقدان السيطرة على استخدام المخدرات، وهو ما يُعرّف حالة الإدمان. ... وقد أظهرت مجموعة كبيرة من الدراسات أن تحفيز ΔFosB في الخلايا العصبية من النوع D1 في النواة المتكئة يزيد من حساسية الحيوان للأدوية وكذلك للمكافآت الطبيعية ويعزز تعاطي المخدرات ذاتيًا، على الأرجح من خلال عملية التعزيز الإيجابي.   
  56. ↑ رافل، جيه كيه (نوفمبر 2014). "علم الأحياء العصبي الجزيئي للإدمان: ما هو دور (Δ)FosB؟". المجلة الأمريكية لتعاطي المخدرات والكحول . 40 (6): 428-37 . doi : 10.3109/00952990.2014.933840 . PMID 25083822. S2CID 19157711. يُعدّ ΔFosB عامل نسخ أساسيًا متورطًا في المسارات الجزيئية والسلوكية للإدمان بعد التعرض المتكرر للمخدرات. إن تكوين ΔFosB في مناطق دماغية متعددة، والمسار الجزيئي المؤدي إلى تكوين معقدات AP-1، مفهوم جيدًا . أتاح تحديد وظيفة ΔFosB مزيدًا من التوضيح لبعض الجوانب الرئيسية لسلسلة تفاعلاته الجزيئية، والتي تشمل عوامل مؤثرة مثل GluR2 (87، 88)، وCdk5 (93)، وNFkB (100). علاوة على ذلك، يرتبط العديد من هذه التغيرات الجزيئية المحددة الآن ارتباطًا مباشرًا بالتغيرات البنيوية والفسيولوجية والسلوكية التي تُلاحظ بعد التعرض المزمن للأدوية (60، 95، 97، 102). وقد فتحت الدراسات فوق الجينية آفاقًا جديدة للبحث في الأدوار الجزيئية لـ ΔFosB، وأوضحت التطورات الحديثة دور ΔFosB في التأثير على الحمض النووي والهيستونات، باعتباره مفتاحًا جزيئيًا حقيقيًا (34). ونتيجةً لفهمنا المُحسَّن لـ ΔFosB في الإدمان، أصبح من الممكن تقييم احتمالية الإدمان للأدوية الحالية (119)، بالإضافة إلى استخدامه كمؤشر حيوي لتقييم فعالية التدخلات العلاجية (121، 122، 124). بعض هذه التدخلات المقترحة لها قيود (125) أو أنها لا تزال في مراحلها الأولى (75). ومع ذلك، يُؤمل أن تُفضي بعض هذه النتائج الأولية إلى علاجات مبتكرة، والتي تشتد الحاجة إليها في مجال الإدمان.  
  57. ↑ بيلينسكي ب، فويتيلا أ، كابكا-سكرزيبزاك ل، تشويدوروفيتش ر، سيرانكا م، ستودزينسكي ت (2012). "التنظيم اللاجيني في إدمان المخدرات". حوليات الطب الزراعي والبيئي . 19 (3): 491-496 . PMID 23020045. لهذه الأسباب ، يُعتبر ΔFosB عامل نسخ أساسيًا ومسببًا في إنشاء روابط عصبية جديدة في مركز المكافأة، وقشرة الفص الجبهي، ومناطق أخرى من الجهاز الحوفي. وينعكس ذلك في زيادة مستوى الحساسية للكوكايين والمخدرات الأخرى، واستقراره، واستمراره لفترة طويلة، والميل إلى الانتكاس حتى بعد فترات طويلة من الامتناع. تعمل هذه الشبكات المُنشأة حديثًا بكفاءة عالية عبر مسارات جديدة بمجرد استئناف تعاطي المخدرات. 
  58. ↑ أولسن ، سي إم (ديسمبر 2011). "المكافآت الطبيعية، والمرونة العصبية، والإدمان غير الدوائي" . علم الأدوية العصبية . 61 (7): 1109-1122 . doi : 10.1016/j.neuropharm.2011.03.010 . PMC 3139704. PMID 21459101 .  
  59. ↑ لوكو آر إف، ألو إم، شور آي إي، كورنبليت إيه آر، ميستيلي تي (يناير 2011). "علم التخلق في التضفير البديل للرنا الرسول الأولي" . مجلة الخلية . 144 (1): 16-26 . doi : 10.1016/j.cell.2010.11.056 . PMC 3038581. PMID 21215366 .  
  60. ↑ ستروم جيه إم، يوهانسن بي، سكوتهايم آر آي (2023). "التضفير البديل المنحرف كنمط جزيئي فرعي لسرطان القولون والمستقيم المستقر ميكروساتليًا" . مجلة المعلوماتية السريرية للسرطان . 7 (7) e2200159. doi : 10.1200/CCI.22.00159 . hdl : 10852/108838 . PMID 36821799 . 
  61. ↑ تاغارت إيه جيه، دي سيمون إيه إم، شيه جيه إس، فيلو إم إي، فيربراذر دبليو جي (يونيو 2012). " رسم خرائط واسعة النطاق لنقاط التفرع في نسخ ما قبل mRNA البشري في الجسم الحي" . مجلة نيتشر للبيولوجيا التركيبية والجزيئية . 19 (7): 719-21 . doi : 10.1038/nsmb.2327 . PMC 3465671. PMID 22705790 .  
  62. ↑ فيربراذر، دبليو جي، ويه، آر إف، وشارب، بي إيه، وبيرج، سي بي (أغسطس 2002). " التحديد التنبؤي لمُحسِّنات التضفير الإكسونية في الجينات البشرية" . مجلة ساينس . 297 (5583): 1007-1013 . رمز Bibcode : 2002Sci...297.1007F . doi : 10.1126/science.1073774 . PMID 12114529. S2CID 8689111 .  
  63. ↑ بان كيو، شاي أو، ميسكيتا سي، تشانغ دبليو، سالتزمان إيه إل، محمد إن، وآخرون . (ديسمبر 2004). "الكشف عن السمات التنظيمية الشاملة للتضفير البديل في الثدييات باستخدام منصة مصفوفة دقيقة كمية" . الخلية الجزيئية . 16 (6): 929-41 . doi : 10.1016/j.molcel.2004.12.004 . PMID 15610736 .  
  64. 1 2 ديفيد سي جيه، مانلي جيه إل (فبراير 2008). "البحث عن منظمات التضفير البديل: مناهج جديدة تُمهد الطريق لكشف شفرة التضفير" . الجينات والتطور . 22 (3): 279-285 . doi : 10.1101/gad.1643108 . PMC 2731647. PMID 18245441 .  
  65. ↑ واتكينز كيه إتش، ستيوارت إيه، فيربراذر دبليو (ديسمبر 2009). "طريقة سريعة وعالية الإنتاجية لرسم خرائط البروتينات النووية الريبية (RNPs) على الحمض النووي الريبوزي الرسول الأولي البشري" . مجلة التجارب المصورة . 34 (34): 1622. doi : 10.3791/1622 . PMC 3152247. PMID 19956082 .  
  66. ↑ تورك سي، غولد إل (أغسطس 1990). "التطور المنهجي للروابط عن طريق الإثراء الأسي: روابط الحمض النووي الريبي لبوليميراز الحمض النووي لبكتيريا العاثية T4". مجلة ساينس . 249 (4968): 505-510 . رمز Bibcode : 1990Sci...249..505T . doi : 10.1126/science.2200121 . PMID 2200121 . 
  67. ↑ تشانغ ب، ليفين ج، طومسون و.أ، فيربراذر و.ج (مارس 2010). "تحليل الارتباط عالي الإنتاجية يحدد خصوصية ارتباط ASF/SF2 على جزيئات mRNA الأولية البشرية المُعالَجة بالتضفير البديل" . الكيمياء التوافقية والفحص عالي الإنتاجية . 13 (3): 242-252 . doi : 10.2174/138620710790980522 . PMC 3427726. PMID 20015017 .  
  68. ↑ سومر، ماركوس جيه؛ تشا، سويونغ؛ فارابيو، أليس؛ رينكون، ناتاليا؛ بارك، سوخوان؛ مينكين، إيليا؛ بيرتيا، ميهايلا؛ شتاينيغر، مارتن؛ سالزبيرغ، ستيفن إل. (2022-12-15). "تحديد الأشكال المتغايرة للنسخ الجيني البشري باستخدام التوجيه البنيوي" . eLife . 11 e82556 . doi : 10.7554/eLife.82556 . PMC 9812405. PMID 36519529 .  
  69. ↑ تابيل جيه، ها كيه سي، ستيرن-ويلر تي، غور إيه، براونشفايغ يو، هيرموسو-بوليدو إيه، وآخرون (أكتوبر 2017). "أطلس لملامح التضفير البديل والارتباطات الوظيفية يكشف عن برامج تنظيمية وجينات جديدة تُعبّر في الوقت نفسه عن أشكال متغايرة رئيسية متعددة" . أبحاث الجينوم . 27 (10): 1759-1768 . doi : 10.1101/gr.220962.117 . PMC 5630039. PMID 28855263 .   
  70. ↑ لوادي ز، يوان ك، غريس أ، تسوي أ، كالينينا أو في، باومباخ ج، وآخرون . (يناير 2021). "DIGGER: استكشاف الدور الوظيفي للتضفير البديل في تفاعلات البروتين" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 49 (D1): D309– D318 . doi : 10.1093/nar/gkaa768 . PMC 7778957. PMID 32976589 .   
  71. ↑ رودريجيز جي إم، مايتا بي، إزكورديا الأول، بيتريللي أ، ويسيلينك جيه جيه، لوبيز جي، وآخرون . (يناير 2013). "APPRIS: شرح للأشكال الإسوية الرئيسية والبديلة للوصلة" . أبحاث الأحماض النووية . 41 (إصدار قاعدة البيانات): D110-7. دوى : 10.1093/نار/gks1058 . بمك 3531113 . بميد 23161672 .