Exscalate4Cov

📅 آخر تحديث: ٤ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٤ أغسطس ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 14 صور
الموسوعة الحرة

كان مشروع Exscalate4Cov عبارة عن اتحاد بين القطاعين العام والخاص، مدعومًا من برنامج Horizon Europe التابع للاتحاد الأوروبي ، ويهدف إلى الاستفادة من الحوسبة عالية الأداء (HPC) كاستجابة لجائحة فيروس كورونا . استخدم المشروع برمجيات تصميم الأدوية بمساعدة الحاسوب ، ذات الإنتاجية العالية والنطاق الواسع للغاية، لإجراء التجارب. [ 2 ]

مشروع Exsclate4Cov، الذي يرمز إلى منصة ذكية واسعة النطاق لمكافحة مسببات الأمراض لفيروس كورونا ، [ 1 ] تم تنسيقه من قبل شركة Dompé Farmaceutici وشارك فيه 17 مشاركًا. [ 1 ] وكان جزءًا من تمويل برنامج Horizon 2020 للتحديات المجتمعية - الصحة والتغير الديموغرافي والرفاهية [ 3 ] .

أجرى المشروع واحدة من أكبر عمليات الفحص الافتراضي [ 4 ] وتجارب إعادة توظيف الأدوية [ 5 ] ، حيث تم تحديد جزيء فعال محتمل ضد فيروس SARS-CoV-2 . [ 6 ]

سياق

خلفية

خط أنابيب الفحص الافتراضي

قد تكون عملية اكتشاف الأدوية طويلة ومكلفة، وغالبًا ما تستغرق سنوات وتتطلب استثمارات مالية كبيرة. [ 7 ] تمتلك شركات الأدوية مجموعات بيانات ضخمة من المركبات الكيميائية ، والتي تختبرها على هدف دوائي ، غالبًا ما يكون مستقبلًا بروتينيًا . والهدف هو إيجاد مركبات تتفاعل مع هذه الأهداف، مما يؤدي إلى آثار علاجية محتملة. [ 8 ]

الفحص عالي الإنتاجية

لذا، تتضمن عملية اكتشاف الأدوية الجديدة عادةً الفحص عالي الإنتاجية (HTS). يُمكّن هذا الفحص من تحديد المركبات الفعّالة بسرعة. [ 9 ] على سبيل المثال، يُمكن استخدام الفحص الافتراضي كمرحلة مبكرة في مسار اكتشاف الأدوية لتقييم التفاعلات بين مجموعات بيانات كبيرة من الجزيئات الصغيرة والهدف الدوائي، وتحديد المرشحين المحتملين. يُساعد هذا النهج في تحديد المرشحين المحتملين من خلال التنبؤ بكيفية ارتباط المركبات المختلفة بالبروتين المستهدف، وهو ما يُسهم في التحقق التجريبي. [ 9 ]

في حالات الحوسبة العاجلة ، كالجائحة، حيث يُعدّ الوصول إلى حل سريع أمرًا بالغ الأهمية، يُستخدم الفحص الافتراضي لتحديد الجزيئات الفعّالة للمراحل اللاحقة من عملية اكتشاف الأدوية، مثل تحسين المركبات الرائدة والتجارب السريرية . [ 10 ] انطلق مشروع Exscalate4Cov بعد تفشي جائحة كوفيد-19، بهدف الاستفادة من القدرة الحاسوبية لأجهزة الكمبيوتر العملاقة في الاتحاد الأوروبي لتسريع اكتشاف علاجات فعّالة لفيروس كورونا. [ 11 ] ومن خلال استخدام الفحص الافتراضي عالي الإنتاجية، سعى مشروع Exscalate4Cov إلى إيجاد حلول أسرع للأزمة.

نِطَاق

تضمنت منهجية مشروع Exscalate4Cov فحص مليارات المركبات ضد أهداف بروتينية مختلفة لفيروس SARS-CoV-2 ، وتحديد تلك التي تتمتع بأعلى قدرة على الارتباط بالهدف. وكانت أهداف المشروع كالتالي:

  • تحديد المرشحين المحتملين للأدوية ضد فيروس كورونا لمكافحة جائحة كوفيد-19؛ [ 2 ]
  • إجراء تجربة واسعة النطاق كمثال لسيناريوهات الأوبئة المستقبلية؛ [ 2 ]
  • تطوير منصة تصميم الأدوية بمساعدة الحاسوب والتي تستفيد من قدرات الحواسيب العملاقة؛ [ 12 ]
  • المشاركة السريعة للبيانات والاكتشافات العلمية مع المجتمع [ 13 ] للعمل في سيناريو حوسبة عاجل.

المشاريع السابقة

حاسوب عملاق

جاء مشروع Exscalate4Cov عقب مشروع ANTAREX4ZIKA [ 14 ] ، وكلاهما هدف إلى الاستفادة من الحوسبة عالية الأداء (HPC) في اكتشاف الأدوية، وإن كانا يستهدفان فيروسات مختلفة. فبينما ركز مشروع Exscalate4Cov على فيروس SARS-CoV-2 المسبب لمرض كوفيد-19، خُصص مشروع ANTAREX4ZIKA لمعالجة فيروس زيكا . اختُتم مشروع ANTAREX4ZIKA في نهاية عام 2018، وتضمن حملة فحص افتراضية على جهاز CINECA Marconi، بقدرة إجمالية تبلغ 10 بيتافلوب. [ 14 ] أما مشروع ANTAREX، [ 15 ] الذي يرمز إلى "نهج الضبط التلقائي والتكيف لأنظمة الحوسبة عالية الأداء فائقة الكفاءة في استهلاك الطاقة"، فقد ركز على الضبط التلقائي وكفاءة استهلاك الطاقة لتطبيقات الحوسبة عالية الأداء، مما يجعلها أكثر فعالية في مختلف سيناريوهات البحث، بما في ذلك اكتشاف الأدوية.

اتحاد

قام دومبي بتنسيق اتحاد Exscalate4Cov الذي يضم كيانات عامة وخاصة، وشارك فيه 17 مؤسسة أخرى، من مراكز الأبحاث إلى الجامعات. [ 1 ]

منظمةيكتبصناعةدولة
دومبي فارماسوتيشيخاصصناعة الأدويةإيطاليا
سينيكامركز البحوث العامةالحوسبة الفائقةإيطاليا
بوليتكنيكو دي ميلانوجامعة حكوميةالبحث العلمي والتكنولوجي، والتعليمإيطاليا
جامعة ميلانوجامعة حكوميةالبحث العلمي والتكنولوجي، والتعليمإيطاليا
الجامعة الكاثوليكية، لوفينجامعة حكوميةالبحث العلمي والتكنولوجي، والتعليمبلجيكا
المعهد الدولي للبيولوجيا الجزيئية والخلويةمركز البحوث العامةمركز الأبحاثبولندا
إليترا سينكروترون ترييستيمنظمات البحثمركز الأبحاثإيطاليا
جمعية فراونهوفرمنظمات البحثمركز الأبحاثألمانيا
مركز برشلونة للحوسبة الفائقةمركز البحوث العامةالحوسبة الفائقةإسبانيا
مركز يوليش للأبحاثمركز البحوث العامةالحوسبة الفائقةألمانيا
جامعة نابولي فيدريكو الثانيجامعة حكوميةالبحث العلمي والتكنولوجي، والتعليمإيطاليا
جامعة كالياريجامعة حكوميةالبحث العلمي والتكنولوجي، والتعليمإيطاليا
المعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية (SIB)مركز البحوث العامةمركز الأبحاث سويسرا
المعهد الملكي للتكنولوجيا KTHجامعة حكوميةالبحث العلمي والتكنولوجي، والتعليمالسويد
لازارو سبالانزاني المعهد الوطني للأمراض المعديةمنظمات البحثمستشفىإيطاليا
جمعية البيانات الضخمةشركةآخرإيطاليا
المعهد الوطني للفيزياء النوويةمركز البحوث العامةمركز الأبحاثإيطاليا
تشيلونيا إس إيهشركةآخر سويسرا

خط الأنابيب

خط أنابيب الإرساء EXSCALATE، على مستويات مختلفة من التجريد.

تتألف المدخلات على مستوى التطبيق من روابط من الفضاء الكيميائي والبروتين المستهدف لحملة الفحص الافتراضي، وتحديدًا بروتين السنبلة في حالة Exscalate4Cov. [ 11 ] بعد مرحلة الالتحام الجزيئي التي تُولّد التكوينات المحتملة للروابط، تُقيّم مرحلة التقييم قوة التفاعل بين وضع كل رابط والبروتين. [ 4 ] تُنتج هذه العملية في النهاية تصنيفًا للمركبات الواعدة كناتج نهائي، مما يُشير إلى أكثر المرشحين الواعدين لمزيد من البحث. [ 4 ]

على مستوى البرمجيات، يستخدم المشروع منصة الإرساء الجزيئي EXSCALATE. [ 4 ] [ 14 ] يُعدّ LiGen (مولد الروابط) أحد المكونات الرئيسية للمنصة، ويُستخدم لإجراء عمليات محاكاة الإرساء الجزيئي وتقييم النتائج. يتولى LiGen مسؤولية توليد وتقييم هيئات الروابط. ومن المكونات المهمة الأخرى على نفس المستوى مكتبة libdpipe ، التي تُسهّل التوسع عبر العُقد المتعددة والمعالجات المركزية. [ 4 ]

للاستفادة القصوى من القدرة الحاسوبية التي توفرها مراكز الحوسبة عالية الأداء، تستخدم منصة الإرساء بروتوكول MPI [ 16 ] لتوسيع نطاق المعالجة متعددة العقد وتسريع CUDA للاستفادة من وحدات معالجة الرسومات (GPUs) في الحواسيب العملاقة. وقد خضع إصدار CUDA للعديد من التحسينات، بما في ذلك OpenACC و OpenMP وتقنيات أخرى [ 17 ] [ 18 ] [ 19 ] ، لتعزيز الأداء والكفاءة.

حملة عرض افتراضية

أنظمة وحدات معالجة الرسومات

قيّمت التجربة الرئيسية للمشروع التفاعلات بين 12 بروتينًا فيروسيًا من فيروس SARS-CoV-2 مع 70 مليار جزيء من مكتبة EXSCALATE الكيميائية [ 12 ] . في نوفمبر 2020، نسّق أعضاء التحالف إحدى أكبر حملات الفحص الافتراضي، مستغلين القدرة الحاسوبية المشتركة لجهازَي حاسوب عملاقين بإجمالي 81 بيتافلوب. [ 20 ]

الحواسيب العملاقة المستخدمة هي:

  • ماركوني 100: تشغله شركة سينيكا ، وتتكون كل عقدة من معالج IBM POWER9 AC922 واحد (32 نواة، 128 خيطًا) وأربع وحدات معالجة رسومية NVIDIA V100 بذاكرة وصول عشوائي للفيديو (VRAM) سعتها 16 جيجابايت. يتكون الجهاز من 970 عقدة، مما يوفر إجمالي قدرة حسابية تبلغ 29.3 بيتافلوب. [ 21 ]
  • HPC5 : تشغله شركة إيني ، وتتكون كل عقدة من معالج Intel Xeon Gold 6252 24C (24 نواة، 48 خيطًا) وأربع وحدات معالجة رسومية NVIDIA V100 بسعة 16 جيجابايت من ذاكرة الوصول العشوائي للفيديو. يتكون الجهاز من 1820 عقدة، مما يوفر إجمالي قدرة حسابية تبلغ 51.7 بيتافلوب. [ 22 ]

الإنتاجية

استخدمت الحملة واسعة النطاق حجز 800 عقدة من نوع Marconi100 و1500 عقدة من نوع HP5 لمدة 60 ساعة. [ 4 ] وقد بلغ متوسط ​​الإنتاجية 2400 ربيطة في الثانية (lig/s) على Marconi100 و 2000 lig/s على HP5. [ 4 ]

تخزين البيانات

نظام تخزين البيانات

كان من الجوانب الحاسمة الأخرى للتجربة إدارة تخزين البيانات. اعتمدت المنصة على عمليات إدخال/إخراج MPI فعّالة [ 16 ] لمعالجة العمليات الحسابية متعددة العُقد. تطلّبت بيانات الإدخال مساحة 3.3 تيرابايت بتنسيق SMILES [ 4 ] . مع ذلك، تطلّبت بيانات SMILES توسيعًا في خطوة معالجة مسبقة شملت 100 عقدة على مدى خمسة أيام [ 4 ] . وبالمثل، شملت خطوة المعالجة اللاحقة 19 عقدة على مدى خمسة أيام.

بيانات الإخراج

تضمنت المخرجات النهائية ملفات CSV تحتوي على نتائج كل ربيطة مُدخلة، بحجم 69 تيرابايت. [ 4 ] مجموعة البيانات الناتجة، التي تحتوي على 570 مليون مركب فعال، متاحة مجانًا. [ 4 ]

إعادة توظيف الأدوية

أجرى مشروع Exscalate4Cov أيضًا تجارب لإعادة استخدام الأدوية . [ 5 ] تُقدّم إعادة استخدام الأدوية نهجًا واعدًا لتلبية الاحتياجات السريرية غير المُلبّاة في حالات الحوسبة العاجلة ، نتيجةً للأوبئة . لذا، تُوفّر إعادة استخدام الأدوية الموجودة ذات السلامة والسمية المُثبتة ميزةً كبيرةً من خلال توفير الوقت في تحديد العلاجات الجديدة المُحتملة. [ 8 ] خلال أنشطة مشروع Exscalate4Cov الأوروبي، تم اختيار رالوكسيفين من خلال نهج مُدمج لإعادة استخدام الأدوية والفحص الحاسوبي على بروتينات هدف فيروس SARS-CoV-2، يليه فحصٌ مُخبريّ لاحق. [ 4 ] [ 5 ]

نتائج

توسط

تتوفر نتائج الحملة واسعة النطاق للمشروع عبر منصة MEDIATE (المحاكاة الجزيئية المنزلية). [ 23 ] يهدف مشروع MEDIATE [ 24 ] إلى إنشاء مكتبة كيميائية لمثبطات فيروس سارس-كوف-2. توفر بوابة MEDIATE إمكانية الوصول إلى مجموعة من الجزيئات الصغيرة التي يمكن للباحثين استخدامها لبدء تصميم أدوية جديدة من مجموعة محدودة من الجزيئات.

رالوكسيفين

التركيب الكيميائي للرالوكسيفين

الرالوكسيفين مركب كيميائي معروف يُستخدم لعلاج هشاشة العظام . ونتيجةً لتجارب إعادة توظيف الأدوية ، حدد مشروع E4C الرالوكسيفين كمرشح محتمل لعلاج مرضى كوفيد-19 في المراحل المبكرة، [ 6 ] [ 5 ] بهدف منع تفاقم الحالة. [ 25 ] في أكتوبر 2020، أذنت وكالة الأدوية الإيطالية (AIFA) بإجراء تجارب سريرية لعلاج مرضى كوفيد-19، [ 26 ] ويخضع حاليًا لاختبارات الموافقة. [ 27 ]

المصلحة العامة

حظيت التجارب، بما في ذلك اكتشاف رالوكسيفين كدواء محتمل لعلاج كوفيد-19، باهتمام كبير من المجتمع العلمي، كما هو موثق في العديد من المقالات العلمية. [ 4 ] [ 6 ] [ 5 ]

حظيت نتائج المشروع باهتمام وطني في إيطاليا، كما سلطت الضوء عليها العديد من المقالات الصحفية، [ 28 ] [ 29 ] [ 30 ] وذلك بفضل استخدام الحواسيب العملاقة الإيطالية خلال فترة الجائحة. بالإضافة إلى ذلك، حظيت نتائج الحملة واسعة النطاق باهتمام المجلات الدولية. [ 31 ] [ 32 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. 1 2 3 4 5 6 "منصة إكساسكيل الذكية لمكافحة مسببات الأمراض لفيروس كورونا | مشروع إكسكالييت فور كوف | صحيفة وقائع | هورايزون 2020" . كورديس | المفوضية الأوروبية . doi : 10.3030/101003551 . تاريخ الاسترجاع: 9 يوليو 2024 .
  2. 1 2 3 "العلوم" . www.exscalate4cov.eu . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 يوليو 2024 .
  3. ↑ "التحديات المجتمعية - الصحة والتغير الديموغرافي والرفاه | برنامج | هورايزون 2020" . كورديس | المفوضية الأوروبية . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 يوليو 2024 .
  4. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 جاديولي، دافيد؛ فيتالي، إيمانويل؛ فيكاريللي، فيديريكو؛ لاتيني، كيارا؛ مانيلفي، المبيضات. تالاريكو، كارمين؛ سيلفانو، كريستينا؛ كافازوني، كارلو؛ باليرمو، جيانلوكا؛ بيكاري ، أندريا روزاريو (1 يناير 2023). “EXSCALATE: منصة فحص افتراضية واسعة النطاق لاكتشاف الأدوية التي تستهدف علم الأدوية المتعددة لمحاربة SARS-CoV-2”. معاملات IEEE حول المواضيع الناشئة في مجال الحوسبة . 11 (1): 170– 181. بيب كود : 2023ITETC..11..170G . دوى : 10.1109/TETC.2022.3187134 . hdl : 11311/1234144 . ISSN 2168-6750 . 
  5. 1 2 3 4 5 أليغريتي، مارسيلو؛ سيستا، ماريا كانديدا؛ زيبولي، مارا؛ بيكاري، أندريا؛ تالاريكو، كارمين؛ مانتيللي، فلافيو؛ بوتشي، إنريكو م.؛ سكورزوليني، لورا؛ نيكاستري ، إيمانويل (يناير 2022). "إعادة استخدام مُعدِّل مستقبلات هرمون الاستروجين رالوكسيفين لعلاج عدوى SARS-CoV-2" . موت الخلايا وتمايزها . 29 (1): 156-166 . دوى : 10.1038 / s41418-021-00844-6 . ردمك 1476-5403 . بمك 8370058 . بميد 34404919 .   
  6. 1 2 3 إياكونيس، دانييلا؛ بوردي، ليسيا؛ ماتوسالي، جوليا؛ تالاريكو، كارمين؛ مانيلفي، المبيضات. سيستا، ماريا كانديدا؛ زيبولي، مارا؛ كاكوري، فرانشيسكا؛ بوجاتي، أنطونيلا؛ زاني، ألبرتو؛ الفلبينية، فيديريكا؛ سكورزوليني، لورا؛ جوبي، ماركو؛ بيج، مارتن؛ بيوتي، أريانا (25 مايو 2022). "توصيف الرالوكسيفين كعامل دوائي محتمل ضد SARS-CoV-2 ومتغيراته" . موت الخلايا ومرضها . 13 (5): 498. دوى : 10.1038 / s41419-022-04961-z . ISSN 2041-4889 . بمك 9130985 . PMID 35614039 .   
  7. ↑ بيرديغالييف، نوركين؛ ألجوفان، محمد (مايو 2020). "نظرة عامة على اكتشاف الأدوية وتطويرها" . الكيمياء الطبية المستقبلية . 12 (10): 939-947 . doi : 10.4155/fmc-2019-0307 . ISSN 1756-8919 . PMID 32270704 .  
  8. 1 2 كولكارني، VS؛ ألاغارسامي، V.؛ سليمان، الواقع الافتراضي؛ خوسيه، بنسلفانيا؛ موروجيسان س. (1 أبريل 2023). "إعادة استخدام الأدوية: أداة فعالة في اكتشاف الأدوية الحديثة" . المجلة الروسية للكيمياء الحيوية العضوية . 49 (2): 157-166 . دوى : 10.1134 / S1068162023020139 . ISSN 1608-330X . بمك 9945820 . بميد 36852389 .   
  9. 1 2 وايلدي، ماري جو؛ هاونسو، أندرس؛ تيودور، ماثيو؛ ويب، ماريا؛ كونيك، جوناثان هـ. (2017)، الفحص عالي الإنتاجية ، التقارير السنوية في الكيمياء الطبية، المجلد 50، إلسيفير، الصفحات 149-195 ، doi : 10.1016/bs.armc.2017.08.004 ، ISBN   978-0-12-813069-8
  10. ^ يانغ، يانكينغ؛ تشو، تشنغدان؛ وانغ، شياو يو. تشانغ، شينبن؛ مو، كايجي؛ شي، يولونغ؛ بنغ، تشنغ. شو، زيجيان؛ تشو ، ويليانج (18 يناير 2021). "النهج القائم على الليجند للتنبؤ بأهداف الدواء والفحص الافتراضي ضد كوفيد-19" . إحاطات في المعلوماتية الحيوية . 22 (2): 1053-1064 . دوى : 10.1093/bib/bbaa422 . ردمك 1467-5463 . بمك 7929377 . بميد 33461215 .   
  11. 1 2 بيكاري، أندريا ر.؛ فيستولي، جوليو (يناير 2022). "Exscalate4CoV: استراتيجيات مبتكرة للحوسبة عالية الأداء (HPC) لمواجهة أزمة الجائحة" . المجلة الدولية للعلوم الجزيئية . 23 (19) 11576. doi : 10.3390/ijms231911576 . ISSN 1422-0067 . PMC 9569893. PMID 36232873 .   
  12. 1 2 "Exscalate | منصة اكتشاف الأدوية بالذكاء الاصطناعي" . exscalate.com . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 يوليو 2024 .
  13. ↑ "الصفحة الرئيسية" . mediate.exscalate4cov.eu . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 يوليو 2024 .
  14. 1 2 3 "مشاريع إكسكاليت" . www.exscalate.eu . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 يوليو 2024 .
  15. ↑ "ANTAREX: وصف المشروع" . www.up.pt. تم الاطلاع عليه بتاريخ 10 يوليو 2024 .
  16. 1 2 ماركيديس، ستيفانو؛ غاديولي، دافيدي؛ فيتالي، إيمانويل؛ باليرمو، جيانلوكا (نوفمبر 2021). "فهم تأثير الإدخال/الإخراج على أداء الالتحام الجزيئي عالي الإنتاجية". ورشة عمل IEEE/ACM الدولية السادسة لأنظمة البيانات المتوازية (PDSW) لعام 2021. IEEE. الصفحات 9-14 . doi : 10.1109/PDSW54622.2021.00007 . hdl : 11311/1198330 . ISBN  978-1-6654-1837-9.
  17. ^ جاديولي ، دافيد. باليرمو، جيانلوكا؛ شيروبين، ستيفانو؛ فيتالي، إيمانويل؛ أجوستا، جيوفاني؛ مانيلفي، المبيضات. بيكاري، أندريا ر. كافازوني، كارلو؛ سانا، نيكو؛ سيلفانو ، كريستينا (يناير 2021). "تقريبات قابلة للضبط للتحكم في وقت الحل في التطبيق المصغر لرسو السفن الجزيئي HPC" . مجلة الحوسبة الفائقة . 77 (1): 841– ​​869. أرخايف : 1901.06363 . دوى : 10.1007/s11227-020-03295-x . ISSN 0920-8542 . 
  18. ↑ فيتالي، إيمانويل؛ غاديولي، دافيدي؛ باليرمو، جيانلوكا؛ بيكاري، أندريا؛ كافازوني، كارلو؛ سيلفانو، كريستينا (يوليو 2019). "استغلال OpenMP وOpenACC لتسريع منهج هندسي لالتحام الجزيئات في عقد الحوسبة عالية الأداء غير المتجانسة" . مجلة الحوسبة الفائقة . 75 (7): 3374-3396 . doi : 10.1007/s11227-019-02875-w . hdl : 11311/1117472 . ISSN 0920-8542 . 
  19. ^ فيتالي، إيمانويل؛ فيكاريللي، فيديريكو؛ بيسون، ماورو؛ جاديولي، دافيد؛ أكوردي، جيانماركو؛ فاتيكا، ماسيميليانو؛ بيكاري، أندريا ر. باليرمو، جيانلوكا (1 أبريل 2024). "الأساليب المُحسّنة لوحدة معالجة الرسومات للفحص الظاهري القائم على الالتحام الجزيئي في اكتشاف الأدوية: تحليل مقارن" . مجلة الحوسبة المتوازية والموزعة . 186 104819. أرخايف : 2209.05069 . دوى : 10.1016/j.jpdc.2023.104819 . ردمك 0743-7315 . 
  20. ^ "EXSCALATE4COV: 60 ORE DI SUPERCALCOLO CONTRO IL CORONAVIRUS" .
  21. ↑ "HPC5 - PowerEdge C4140، Xeon Gold 6252 24C 2.1GHz، NVIDIA Tesla V100، Mellanox HDR Infiniband | TOP500" . www.top500.org . تاريخ الاطلاع: 9 يوليو 2024 .
  22. ↑ "UG3.2: دليل مستخدم MARCONI100 - SCAI - دعم المستخدم - البوابة التقنية لـ CINECA" . wiki.u-gov.it . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 يوليو 2024 .
  23. ↑ "الصفحة الرئيسية" . mediate.exscalate4cov.eu . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 يوليو 2024 .
  24. ^ فيستولي، جوليو. مانيلفي، المبيضات. تالاريكو، كارمين؛ فافا، آنا؛ ورشل، أريه؛ تتكو، ايجور V.؛ أبوستولوف، روسين؛ أيها يانغ؛ لاتيني، كيارا؛ فيكاريللي، فيديريكو؛ باليرمو، جيانلوكا؛ جاديولي، دافيد؛ فيتالي، إيمانويل؛ فاريالي، جايتانو؛ بيسابيا، فينسينزو (3 أغسطس 2023). "التوسط - الالتحام الجزيئي في المنزل: تحويل عمليات المحاكاة التعاونية إلى حلول علاجية" . رأي الخبراء حول اكتشاف المخدرات . 18 (8): 821-833 . دوى : 10.1080 / 17460441.2023.2221025 . اتش دي ال : 2434/1009370 . ISSN 1746-0441 . PMC 12404243. PMID 37424369 .​   
  25. ^ نيكاستري، إيمانويل. مارينانجيلي، فرانكو؛ بيفيتا، إيمانويل؛ توري، إيلينا؛ ريجياني، فرانشيسكو؛ فيورنتينو، جوزيبي؛ سكورزوليني، لورا؛ فيتوري، سيرينا؛ مارسيليا، كارولينا؛ جافيولي، إليزابيث ماري؛ بيكاري، أندريا ر. تيربوليلي، جوزيبي؛ دي بيزول، ماريا؛ جويسيس، جيوفاني؛ مانتيلي ، فلافيو (يونيو 2022). "تجربة عشوائية متعددة المراكز من المرحلة الثانية، مزدوجة التعمية، خاضعة للتحكم الوهمي، تقيم فعالية وسلامة رالوكسيفين للمرضى الذين يعانون من كوفيد-19 الخفيف إلى المتوسط" . الطب السريري . 48 101450. دوى : 10.1016/j.eclinm.2022.101450 . ISSN 2589-5370 . PMC 9098200 . PMID 35582123 .   
  26. ↑ "مشروع EXSCALATE4COV: وكالة الأدوية الإيطالية (AIFA) تُجيز تجربة سريرية لعقار رالوكسيفين لمرضى كوفيد-19 ذوي الأعراض الخفيفة الذين يتلقون العلاج في المنزل وفي المرافق الطبية" . www.dompe.com . تاريخ الاطلاع: 10 يوليو 2024 .
  27. ^ نيكاستري، إيمانويل. مارينانجيلي، فرانكو؛ بيفيتا، إيمانويل؛ توري، إيلينا؛ ريجياني، فرانشيسكو؛ فيورنتينو، جوزيبي؛ سكورزوليني، لورا؛ فيتوري، سيرينا؛ مارسيليا، كارولينا؛ جافيولي، إليزابيث ماري؛ بيكاري، أندريا ر. تيربوليلي، جوزيبي؛ دي بيزول، ماريا؛ جويسيس، جيوفاني؛ مانتيلي ، فلافيو (يونيو 2022). "تجربة عشوائية متعددة المراكز من المرحلة الثانية، مزدوجة التعمية، خاضعة للتحكم الوهمي، تقيم فعالية وسلامة رالوكسيفين للمرضى الذين يعانون من كوفيد-19 الخفيف إلى المتوسط" . الطب السريري . 48 101450. دوى : 10.1016/j.eclinm.2022.101450 . ISSN 2589-5370 . PMC 9098200 . PMID 35582123 .   
  28. ↑ "Exscalate، البرنامج الفائق الذي يستكشف الجزيء لمكافحة كوفيد-19" . كورييري ديلا سيرا (باللغة الإيطالية). 8 أكتوبر 2021 . تم الاسترجاع في 9 يوليو 2024 .
  29. ^ "Covid: Aifa، ok a test su Raloxifene in casi lievi - أخبار أخرى - Ansa.it" . وكالة أنسا (باللغة الإيطالية). 27 أكتوبر 2020 . تم الاسترجاع في 9 يوليو 2024 .
  30. ↑ "فيروس كورونا، الكمبيوتر العملاق الإيطالي اكتشف العلاج باستخدام رالوكسيفين"" . لا ريبوبليكا (باللغة الإيطالية). 19 يونيو 2020. تم الاسترجاع 9 يوليو 2024 .
  31. ↑ بيكهام، أوليفر (29 أكتوبر 2020). "أبحاث الحواسيب العملاقة تؤدي إلى تجربة سريرية على البشر لعلاج محتمل لمرض كوفيد-19، رالوكسيفين" . HPCwire . تم الاطلاع عليه في 9 يوليو 2024 .
  32. ↑ الكاتبة آيلا سليسكو (18 يونيو 2020). "دواء هشاشة العظام يُظهر نتائج واعدة في مكافحة فيروس كورونا" . نيوزويك . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 يوليو 2024 .

للمزيد من القراءة

  • غاديولي، د.؛ وآخرون (يوليو 2022)، "إكسكاليْت: منصة فحص افتراضية واسعة النطاق لاكتشاف الأدوية تستهدف تعدد التأثيرات الدوائية لمكافحة فيروس سارس-كوف-2"، معاملات IEEE حول المواضيع الناشئة في الحوسبة ، 11 (1): 170-181 ، Bibcode : 2023ITETC..11..170G ، doi : 10.1109/TETC.2022.3187134 ، hdl : 11311/1234144
  • بيكاري، أ.؛ وآخرون (سبتمبر 2022)، "Exscalate4CoV: استراتيجيات مبتكرة للحوسبة عالية الأداء (HPC) لمواجهة أزمة الوباء"، المجلة الدولية للعلوم الجزيئية ، 23 (19) 11576، doi : 10.3390/ijms231911576 ، hdl : 2434/943376 ، PMC 9569893 ، PMID 36232873  
  • إيمرسون، أ.؛ وآخرون (مايو 2023)، موارد الحوسبة عالية الأداء لمشروع EXSCALATE4CoV ، سلسلة SpringerBriefs في العلوم والتكنولوجيا التطبيقية، الصفحات 27-34 ، doi : 10.1007/978-3-031-30691-4_4 ، ISBN  978-3-031-30690-7
  • كوليتي، إس.؛ وآخرون (2023)، Exscalate4CoV ، سلسلة SpringerBriefs في العلوم والتكنولوجيا التطبيقية، doi : 10.1007/978-3-031-30691-4 ، ISBN 978-3-031-30690-7
  • بيكاري، أ.؛ وآخرون (مايو 2023)، استراتيجية إعادة استخدام الأدوية في مشروع Exscalate4CoV: التجارب السريرية للرالوكسيفين ، سلسلة SpringerBriefs في العلوم والتكنولوجيا التطبيقية، الصفحات 19-26 ، doi : 10.1007/978-3-031-30691-4_3 ، ISBN  978-3-031-30690-7