HSH2D

الموسوعة الحرة

بروتين HSH2D هو بروتين مشفر بواسطة جين HSH2D .

جين

يقع جين HSH2D على الكروموسوم 19 في الموضع 19p13.11. ومن الأسماء الشائعة لهذا الجين: HSH2 ( بروتين SH2 المكون للدم ) وALX ( بروتين محول في الخلايا اللمفاوية ذو وظيفة غير معروفة X ). يشفر الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) شكلين رئيسيين من البروتين . الشكل الأول (Isoform 1)، وهو الأطول، يحتوي على سبعة إكسونات . يمتد الجين من الموضع 16134028 إلى الموضع 16158575.

mRNA

يوجد شكلان رئيسيان من HSH2D. الشكل الأول (Isoform 1) يتكون من سبعة إكسونات ويبلغ طوله 2403 زوجًا قاعديًا . أما الشكل الثاني (Isoform 2) فيتكون من ستة إكسونات ويبلغ طوله 2936 زوجًا قاعديًا. على الرغم من أن الشكل الثاني (Isoform 2) يحتوي على mRNA أطول، إلا أنه لا يزال ينتج الشكل الأصغر في البروتين الناضج. يتميز الشكل الثاني (Isoform 2) بمنطقة 5' غير مترجمة مختلفة، وكودون بدء مختلف ، بالإضافة إلى طرف أميني أقصر . [ 1 ] يحتوي mRNA على منطقة 5' غير مترجمة قصيرة ومنطقة 3' غير مترجمة طويلة.

بروتين

يبلغ الوزن الجزيئي للبروتين 39.0 كيلودالتون (kDa) ونقطة التعادل الكهربائي (pI) 6.678. [ 2 ] السمة الرئيسية للبروتين هي نطاق SH2 ( نطاق التماثل مع Src ) ، وهو منطقة تحتوي على مستقبلات الفوسفوتيروسين وتُعد مهمة في العديد من جزيئات الإشارة . [ 3 ] يقع هذا النطاق بين الأحماض الأمينية 26 و127.

يحتوي التركيب الثانوي للبروتين على قسم حلزوني حول الأحماض الأمينية من 40 إلى 50، وصفيحة بين 60 و70، وحلزونات بين 100 و110، و135 و145، و175 و180، و200 و225، وصفيحات إضافية بين 235 و240 و295 و300، كما هو موضح في الشكل أسفل القسم (الحلزونات ممثلة بالأسهم البنفسجية والصفيحات بالأسهم الحمراء). يحتوي البروتين على عدة مواقع لتعديلات ما بعد الترجمة ، وخاصة الفسفرة والجليكوزيلية المرتبطة بـ GalNAc، والتي ثبت أنها تلعب دورًا في السرطانات. [ 4 ]

البنية ثلاثية الأبعاد المتوقعة لبروتين HSH2D

لم يتم تأكيد البنية الثلاثية للبروتين من خلال البحث، ومع ذلك فإن التنبؤات باستخدام برنامج I-TASSER [ 5 ] مفيدة في تصور البروتين.

تعبير

استنادًا إلى بيانات التعبير الجيني وتحليلات تسلسل الحمض النووي التكميلي (EST) في قاعدة بيانات NCBI GEO [ 6 ] ، يبدو أن البروتين يُعبَّر عنه بشكل محدود في جميع أنسجة الجسم البشري. ويُعبَّر عنه بكثرة في نخاع العظم ، والخلايا التائية المساعدة (CD4+) والخلايا التائية السامة (CD8+) ، والعقد اللمفاوية ، والغدة الثديية ، والطحال ، والمعدة ، والغدة الدرقية ، وأنسجة الأمعاء الدقيقة . ويرتفع مستوى التعبير عنه في حالات ابيضاض الدم الليمفاوي الحاد للخلايا التائية السلفية في مراحله المبكرة [ 6 ] ، وينخفض ​​في خلايا سرطان الثدي المعالجة بالإستروجين، مما يشير إلى وجود تفاعل بين البروتين والإستروجين.

وظيفة

لا تزال وظيفة بروتين HSH2D غير مفهومة تمامًا، إلا أنه ثبت دوره في وظائف خلوية متنوعة، مثل موت الخلايا المبرمج، والتئام الجروح، وعوامل نمو بطانة الأوعية الدموية، والنقل الخلوي المرتبط بالغشاء، وتكوين قطرات الدهون، وإعادة تشكيل الكولاجين. [ 7 ] ويُعتقد أيضًا أنه يلعب دورًا في تنشيط الخلايا التائية. [ 8 ]

البروتينات المتفاعلة

يتفاعل بروتين HSH2D مع العديد من الجينات الأولية المسرطنة ، بما في ذلك الجين الأولي المسرطن FES ( FES ) والجين الأولي المسرطن CRK ( CRK ). كما يُشتبه في تفاعله مع بروتينات أخرى مثل كيناز التيروزين غير المستقبل 2 (TRK2)، والكيناز المُحفز بواسطة PTEN (PINK1)، والإنترلوكين 2 (IL2). [ 9 ] يُعرض أدناه ملخص لهذه البروتينات ووظائفها المُحتملة.

اسمرقم الوصول إلى المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيويةوظيفة
الجين الأولي المسرطن FES (FES)NP_001996.1تكوين الدم، وعامل النمو، وإشارات مستقبلات السيتوكين.
الجين الأولي المسرطن CRK (CRK)NP_058431.2محول يرتبط بالبروتينات المفسفرة بالتيروزين. يحتوي على نطاقات SH2 و SH3
مستقبل التيروزين كيناز غير المستقبل 2 (TNK2)NP_005772.3إنزيم التيروزين كيناز الذي قد يكون مرتبطًا بمسارات نقل الإشارة لفسفرة التيروزين. [ 10 ]
الكيناز المفترض المحفز بواسطة PTEN (PINK1)NP_115785.1بروتين كيناز سيرين/ثريونين
إنترلوكين 2 (IL2)NP_000577.2السيتوكين مهم لتكاثر الخلايا التائية والبائية [ 11 ]

الأهمية السريرية

تمت دراسة بروتين HSH2D إلى جانب جينات بشرية أخرى يُتوقع أن يكون لها دور في جهاز المناعة البشري . وقد وُجد أن HSH2D يُعبر عنه بكثرة لدى مرضى التهاب القولون التقرحي . [ 12 ] كما يرتبط هذا البروتين بنشاط الإنترفيرون ألفا. [ 13 ]

التشابه

يحتوي HSH2D على أربعة نظائر متباعدة والعديد من النظائر المتماثلة في أنواع أخرى تتمتع بمستويات عالية من الحفظ.

الموازاة

تُعدّ البروتينات الأربعة المتماثلة لـ HSH2D في البشر بروتينات أخرى تحتوي على نطاقات SH2. ولا يوجد بينها مستوى عالٍ من الحفظ باستثناء هذا النطاق. وقد تمّ العثور على جميع البروتينات المتماثلة من خلال بطاقات الجينات [ 14 ].

اسمرقم الوصول إلى المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيويةطول التسلسل (الأحماض الأمينية)تشابه التسلسلتطابق التسلسل
SH2D2ANP_001154913.139929%

21.7%

SH2D7NP_001094874.145133.1%25.9%
SH2D4ANP_001167630.145412%17.4%
SH2D4BNP_997255.235733.7%18.1%

المتماثلات

يحتوي بروتين HSH2D على العديد من البروتينات المتماثلة التي تنتشر عبر عدة رتب من الكائنات الحية. وقد حُفظ هذا البروتين بشكل جيد عبر الثدييات، بالإضافة إلى بعض الزواحف والبرمائيات واللافقاريات. القائمة التالية ليست شاملة، بل تُظهر النطاق الواسع للكائنات الحية التي قد يوجد فيها هذا البروتين. تم العثور على جميع البروتينات المتماثلة باستخدام برامج BLAST [ 15 ] أو BLAT [ 16 ] .

الاسم العلميالاسم الشائعطلبرقم الوصول إلى المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيويةطول التسلسل (الأحماض الأمينية)تطابق التسلسلتشابه التسلسل
بان تروغلوتايتسالشمبانزيالرئيسياتNP_001229302.135299%99.70%
Heterocephalus glaberجرذ الخلد العاريالقوارضEHB15865.132454%63.40%
Hipposideros armigerخفاش ذو أوراق مستديرة كبيرالخفافيشXP_019497370.136067%76.10%
كونديلورا كريستاتاشامة ذات أنف نجميسوريكومورفاXP_004688256.135562%72.10%
الجمل العربيالجمل العربيسيتاريو داكتيللاXP_010993355.136066%75.70%
بانثيرا باردوسالنمرآكلات اللحومXP_019271712.136062%71.40%
ميليجريس جالوبافوالديك الرومي البريطائرXP_010723595.132623%28.80%
أنوليس كارولينينسيسسحلية كاروليناالزواحفXP_016854511.156722%31.50%
زينوبوس تروبيكاليسالضفدع الغربي ذو المخالببرمائيXP_012809627.136331%42.80%
Callorhinchus miliiقرش الشبح الأستراليسمكةXP_007899329.150026%33.10%
لينغولا أناتينالسانولااللافقارياتXP_013404014.118718%23.40%
Biomphalaria glabrataغير متوفراللافقارياتXP_013080865.181812%10.10%
سالبينغويكا روزيتاغير متوفرالطلائعياتXP_004995081.148117.70%10.90%

مراجع

  1. ↑ "مجال SH2 المكون للدم [ الإنسان العاقل (البشري) ] " . المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية . 2017-04-22.
  2. ↑ بريندل، ف.، بوخر، ب.، نوربخش، إ.ر.، بليسديل، ب.إ. وكارلين، س. (1992) "طرق وخوارزميات للتحليل الإحصائي لتسلسلات البروتين" وقائع الجمعية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية 89، 2009-2006
  3. ↑ فيليباكوبولوس، بانايس (ديسمبر 2009). "مجالات SH2: مُعدِّلات نشاط التيروزين كيناز غير المستقبل" . الرأي الحالي في البيولوجيا التركيبية . 19 (6): 643-649 . doi : 10.1016/j.sbi.2009.10.001 . PMC 2791838. PMID 19926274 .  
  4. ↑ جيل، دي جيه (مارس 2011). "الموقع، الموقع، الموقع: رؤى جديدة حول غلكزة بروتين O-GalNAc ". اتجاهات في بيولوجيا الخلية . 21 (3): 149-158 . doi : 10.1016/j.tcb.2010.11.004 . PMID 21145746 . 
  5. ↑ "I-TASSER" .
  6. 1 2 "NCBI GEO" .
  7. ↑ ماكنتوش، سي جي (2016). "يُظهر تسلسل SOLiD SAGE تعبيرًا جينيًا تفاضليًا في عينات العقد اللمفاوية الصائمية لغزلان الأيل الأحمر (Cervus elaphus) المقاومة والحساسة بعد إصابتها ببكتيريا المتفطرة الطيرية الفرعية شبه السلية". علم المناعة البيطرية وعلم الأمراض المناعية . 169 : 102-110 . doi : 10.1016/j.vetimm.2015.10.009 . PMID 26620077 . 
  8. ↑ تاتيبي، كين (2010). "تحليل شبكة الاستجابة للتعبير الجيني التفاضلي في خلايا الرئة الظهارية البشرية أثناء الإصابة بإنفلونزا الطيور" . مجلة BMC Bioinformatics . 11 : 170. doi : 10.1186/1471-2105-11-170 . PMC 2868837. PMID 20370926 .  
  9. ↑ "STRING: شبكة تفاعل البروتين-البروتين" .
  10. ↑ "TNK2 tyrosine kinase non receptor 2" .
  11. ↑ "IL2 إنترلوكين 2" .
  12. ↑ كلارك، بيتر (2012). "تحليل المعلوماتية الحيوية يكشف عن بصمات النسخ الجيني والحمض النووي الريبوزي الميكروي وأهداف إعادة توظيف الأدوية لمرض التهاب الأمعاء وأمراض المناعة الذاتية الأخرى" . أمراض التهاب الأمعاء . 18 (12): 2315-33 . doi : 10.1002/ibd.22958 . PMID 22488912. S2CID 4629313 .  
  13. ↑ شميسر، هـ (2010). "تحديد الجينات المحفزة بواسطة إنترفيرون ألفا والمرتبطة بالنشاط المضاد للفيروسات في خلايا داودي، وتوصيف IFIT3 كجين جديد مضاد للفيروسات" . مجلة علم الفيروسات . 84 (20): 10671-10680 . doi : 10.1128/jvi.00818-10 . PMC 2950578. PMID 20686046 .  
  14. ↑ "جين HSH2D" .
  15. ↑ "NCBI BLAST" .
  16. ↑ "بحث جينومي UCSC BLAT" .