تحديد كمية الفيروس

تُعدّ فحوصات اللويحات طريقة شائعة لتحديد تركيز الفيروس من حيث الجرعة المُعدية . تُحدد هذه الفحوصات عدد وحدات تكوين اللويحات (PFU) في عينة الفيروس، وهو أحد مقاييس كمية الفيروس. يعتمد هذا الفحص على طريقة ميكروبيولوجية تُجرى في أطباق بتري أو صفائح زراعة الخلايا متعددة الآبار . تحديدًا، تُصاب طبقة أحادية متصلة من الخلايا المضيفة بتطبيق عينة تحتوي على الفيروس بتراكيز متفاوتة، ثم تُغطى بوسط شبه صلب ، مثل الأجار أو كربوكسي ميثيل السليلوز ، لمنع انتشار العدوى الفيروسية بشكل عشوائي، كما يحدث في الوسط السائل. تتشكل لويحة فيروسية بعد إصابة الفيروس لخلية داخل الطبقة الخلوية الثابتة. ^{[ 2 ]} تتحلل الخلية المصابة بالفيروس وتنشر العدوى إلى الخلايا المجاورة، حيث تتكرر دورة العدوى والتحلل. ينتج عن ذلك منطقة من الخلايا المصابة والمتحللة (لويحة فيروسية) محاطة بخلايا سليمة غير مصابة. يمكن رؤية اللويحة باستخدام المجهر الضوئي أو بصريًا باستخدام تقنيات تلوين الخلايا (مثل التلوين بمحلول بنفسجي كريستالي لتمييز الخلايا السليمة عن الخلايا المتحللة). ^{[ 3 ]} قد يستغرق تكوين اللويحة من 3 إلى 14 يومًا، وذلك حسب الفيروس الذي يتم تحليله. تُحسب اللويحات عادةً يدويًا، ويُستخدم عدد اللويحات، بالإضافة إلى عامل تخفيف محلول العدوى (العينة المطبقة مبدئيًا على الخلايا)، لحساب عدد وحدات تكوين اللويحات لكل وحدة حجم من العينة (PFU/mL). يُمثل عدد PFU/mL تركيز جزيئات الفيروس المُعدية داخل العينة، ويستند إلى افتراض أن كل لويحة مُتكونة تُمثل عدوى أولية بجزيء فيروس مُعدٍ واحد. ^{[ 4 ] [ 5 ]}

يُعدّ اختبار تكوين البؤر (FFA) أحد أنواع اختبار اللويحات، ولكنه بدلاً من الاعتماد على تحلل الخلايا للكشف عن تكوّن اللويحات، يستخدم تقنيات التلوين المناعي باستخدام أجسام مضادة موسومة بصبغات فلورية خاصة بمستضد فيروسي للكشف عن الخلايا المضيفة المصابة وجزيئات الفيروس المعدية قبل تكوّن اللويحة الفعلية. يُعدّ اختبار تكوين البؤر مفيدًا بشكل خاص لتحديد كمية أنواع الفيروسات التي لا تُحلّل أغشية الخلايا، حيث لا يُمكن إخضاع هذه الفيروسات لاختبار اللويحات. وكما هو الحال في اختبار اللويحات، تُصاب طبقات أحادية من الخلايا المضيفة بتخفيفات مختلفة من عينة الفيروس وتُترك لتُحضن لفترة قصيرة نسبيًا ( مثلًا، 24-72 ساعة) تحت وسط شبه صلب يُقيّد انتشار الفيروس المعدي، مما يُؤدي إلى تكوين تجمعات موضعية (بؤر) من الخلايا المصابة. بعد ذلك، تُفحص الصفائح باستخدام أجسام مضادة موسومة بصبغات فلورية ضد مستضد فيروسي، ويُستخدم المجهر الفلوري لعدّ البؤر وتحديد كميتها. تُعطي طريقة FFA نتائجها عادةً في وقتٍ أقل من فحوصات اللويحات أو فحوصات جرعة العدوى النسيجية بنسبة 50% (TCID50 ₎ (انظر أدناه)، ولكنها قد تكون أكثر تكلفةً من حيث الكواشف والمعدات المطلوبة. كما يعتمد وقت إتمام الفحص على حجم المنطقة التي يتم عدّها. فالمساحة الأكبر تتطلب وقتًا أطول، ولكنها تُتيح تمثيلًا أدق للعينة. تُعبّر نتائج FFA عن وحدات تكوين البؤر لكل ملليلتر، أو FFU/mL. ^{[ 6 ]}

يُعد اختبار TCID50 (الجرعة المعدية لزراعة الأنسجة بنسبة 50%) مقياسًا لعيار الفيروس المعدي . يُحدد هذا الاختبار _، الذي يعتمد على التخفيف النهائي، كمية الفيروس اللازمة لإصابة 50% من الخلايا المضيفة المصابة أو لإحداث تأثير مُمرض للخلايا في 50% من عينات زراعة الأنسجة المُلقحة. قد يكون هذا الاختبار أكثر شيوعًا في تطبيقات البحوث السريرية حيث يجب تحديد الجرعة المميتة للفيروس أو إذا لم يُشكل الفيروس لويحات. عند استخدامه في سياق زراعة الأنسجة، تُزرع خلايا المضيف وتُضاف إليها تخفيفات متسلسلة من الفيروس. بعد الحضانة، تُلاحظ نسبة موت الخلايا (أي الخلايا المصابة) يدويًا وتُسجل لكل تخفيف من الفيروس، وتُستخدم النتائج لحساب قيمة TCID50 رياضيًا _. [6] [7] نظرًا للاختلافات الواضحة في طرق ومبادئ الاختبار، فإن نتائج ^{TCID50 و pfu / mL أو} نتائج _{اختبارات} العدوى الأخرى ليست متكافئة. قد تستغرق هذه الطريقة ما يصل إلى أسبوع بسبب وقت إصابة الخلايا. ^{[ 8 ]}

هناك طريقتان شائعتان لحساب TCID ₅₀ (يمكن استخدامهما أيضًا لحساب أنواع أخرى من نقاط النهاية بنسبة 50٪ مثل EC ₅₀ و IC ₅₀ و LD ₅₀ ):

• سبيرمان-كاربر ^{[ 9 ]}
• طريقة ريد-مونش

العلاقة النظرية بين TCID50 _و PFU هي تقريبًا 0.69 PFU = 1 TCID50 _{استنادًا} إلى توزيع بواسون ^{[ 10 ]} ، وهو توزيع احتمالي يصف عدد الأحداث العشوائية (جسيمات الفيروس) التي تحدث بمعدل متوسط ​​معروف (عيار الفيروس) والتي من المحتمل أن تحدث في حيز ثابت (كمية وسط الفيروس في البئر). مع ذلك، يجب التأكيد على أنه عمليًا، قد لا تنطبق هذه العلاقة حتى على نفس تركيبة الفيروس والخلايا، نظرًا لاختلاف إعداد نوعي الاختبار، وحساسية عدوى الفيروس الشديدة لعوامل مختلفة مثل عمر الخلايا، ووسط التغطية، وما إلى ذلك. لكن المرجع التالي يُعرّف العلاقة بشكل مختلف:

من مركز ATCC : "بافتراض استخدام نفس نظام الخلايا، وتكوين الفيروس لويحات على تلك الخلايا، وعدم إضافة أي إجراءات من شأنها تثبيط تكوين اللويحات، فمن المتوقع أن يحتوي 1 مل من مخزون الفيروس على نصف عدد وحدات تكوين اللويحات (PFUs) الموجودة في TCID50 _. هذا مجرد تقدير، ولكنه يستند إلى منطق أن التخفيف المحدود الذي يصيب 50% من طبقات الخلايا المعرضة للعدوى غالبًا ما يُتوقع أن يُنتج في البداية لويحة واحدة في طبقات الخلايا المصابة. في بعض الحالات، قد تتكون لويحتان أو أكثر بالصدفة، وبالتالي يجب تحديد العدد الفعلي لوحدات تكوين اللويحات تجريبيًا."

رياضيًا، من المتوقع أن تكون وحدات تكوين اللويحات (PFUs) أكبر بقليل من نصف قيمة TCID ₅₀ ، لأن الأنابيب السالبة في TCID _{50 تمثل صفرًا من وحدات تكوين اللويحات، بينما يمثل كل أنبوب موجب وحدة واحدة أو أكثر من وحدات تكوين اللويحات. ويمكن الحصول على تقدير} أكثر دقة بتطبيق توزيع بواسون.${\displaystyle P(o)}$يمثل نسبة الأنابيب السلبية، و m متوسط ​​عدد الوحدات المعدية لكل وحدة حجم (PFU/مل) .${\displaystyle P(o)=\exp(-m)}$. بالنسبة لأي عيار معبر عنه بـ TCID ₅₀ ، ⁠${\displaystyle P(o)=0.5}$وهكذا​​${\displaystyle \exp(-m)=0.5}$و​​${\displaystyle m=-\ln 0.5}$وهو ما يعادل ~ 0.7.

لذا، يمكن ضرب عيار TCID ₅₀ (لكل مل) في 0.7 للتنبؤ بمتوسط ​​عدد وحدات تكوين اللويحات/مل. عند تطبيق هذه الحسابات، تذكر أن المتوسط ​​المحسوب لن يكون صحيحًا إلا إذا لم تُغير التغييرات في البروتوكول اللازمة لتصوير اللويحات من تعبير الفيروس المعدي مقارنةً بالتعبير في ظل الظروف المستخدمة لـ TCID ₅₀ .

"وبذلك، كتقدير عملي، يمكن للمرء أن يفترض أن المادة التي تحتوي على TCID ₅₀ بقيمة 1 × 10 ⁵ TCID ₅₀ /مل ستنتج 0.7 × 10 ⁵ PFUs/مل." ^{[ 11 ]}

يُعدّ اختبار التراص الدموي (HA) اختبارًا شائعًا لتحديد كمية البروتينات غير المتألقة، وهو خاص بفيروس الإنفلونزا . يعتمد هذا الاختبار على قدرة الهيماغلوتينين ، وهو بروتين سطحي لفيروسات الإنفلونزا، على تجميع خلايا الدم الحمراء (أي تسبب تكتلها). في هذا الاختبار، تُحضن عينات مخففة من فيروس الإنفلونزا مع محلول كريات دم حمراء بنسبة 1% لمدة ساعة، ثم يُحدد تركيز الفيروس الذي يبدأ عنده التراص بصريًا. يُنتج الاختبار نتيجة بوحدات التراص الدموي (HAU)، بنسب نموذجية بين وحدات تكوين اللويحات (PFU) ووحدات التراص الدموي (HAU) في حدود 10⁶ ^. [ ^{12 ] [ 13 ] [ 14 ] يستغرق} هذا الاختبار من ساعة إلى ساعتين تقريبًا.

يُعد اختبار تثبيط التراص الدموي أحد أنواع اختبارات التراص الدموي الشائعة المستخدمة لقياس مستويات الأجسام المضادة النوعية للإنفلونزا في مصل الدم. في هذا النوع، تتداخل الأجسام المضادة لفيروس الإنفلونزا في المصل مع ارتباط الفيروس بخلايا الدم الحمراء. وبالتالي، يُثبط التراص الدموي عند وجود الأجسام المضادة بتركيز كافٍ. ^{[ 15 ]}

يعتمد اختبار حمض البيسينكونينيك (BCA؛ المعروف أيضًا باسم اختبار سميث) على قياس لوني بسيط وهو اختبار شائع الاستخدام لتحديد كمية البروتين. ^{[ 16 ]}

يُشبه اختبار BCA اختبارات البروتين لوري أو برادفورد . طُوّر كاشف اختبار BCA لأول مرة وصُنع تجاريًا بواسطة شركة بيرس كيميكال (التي تملكها الآن شركة ثيرمو فيشر ساينتيفيك )، والتي احتفظت ببراءة الاختراع حتى عام 2006. ^{[ 17 ] [ 18 ]}

في اختبار BCA، تعمل الروابط الببتيدية للبروتين على اختزال أيونات النحاس الثنائي (Cu²⁺) إلى أيونات النحاس الأحادي (Cu¹⁺) كميًا ^، مما ^ينتج عنه لون أزرق فاتح. يرتبط BCA بأيونات النحاس الأحادي (Cu¹⁺ ⁾ بنسبة 2:1، مما ينتج عنه نوع ذو لون أكثر كثافة يمتص الضوء عند 562  نانومتر. يُستخدم امتصاص العينة عند 562  نانومتر لتحديد تركيز البروتين الكلي فيها. تُقارن نتائج الاختبار بمنحنيات قياسية معروفة بعد تحليلها باستخدام مطياف ضوئي أو قارئ لوحات . ^{[ 19 ]} يستغرق الاختبار من 30 دقيقة إلى ساعة واحدة. على الرغم من شيوع هذا الاختبار وسرعته، إلا أنه يفتقر إلى الخصوصية تجاه البروتينات الفيروسية لأنه يحسب جميع البروتينات في العينة. لذلك، يجب أن يكون مستحضر الفيروس المراد قياسه عالي النقاء وخاليًا من بروتينات المضيف أو المصل أو الناقل أو أي بروتينات أخرى.

اختبار الإليزا ( ELISA ) هو اختبار يعتمد على الأجسام المضادة ، ويستخدم جسمًا مضادًا نوعيًا لمستضد معين ، مرتبطًا كيميائيًا بإنزيم ( أو مرتبطًا بجسم مضاد آخر مرتبط بإنزيم)، للكشف عن وجود كمية غير معروفة من المستضد (مثل البروتين الفيروسي) في العينة. يتم الكشف عن ارتباط الجسم المضاد بالمستضد، أو تحديد كميته، من خلال قدرة الإنزيم على تحويل كاشف الركيزة لإنتاج إشارة قابلة للكشف، والتي يمكن استخدامها بعد ذلك لحساب تركيز المستضد المستهدف في العينة. ^{[ 20 ]} يُعد إنزيم بيروكسيداز الفجل (HRP) من الإنزيمات الشائعة الاستخدام في اختبارات الإليزا، نظرًا لقدرته على تضخيم الإشارة وزيادة حساسية الاختبار.

توجد أنواع عديدة من اختبارات ELISA، ولكن يمكن تصنيفها عمومًا إلى اختبارات غير مباشرة ، وتنافسية ، وساندويتش ، وعكسية . ^{[ 21 ]} ومن المهم الإشارة إلى أن اختبار ELISA لا يميز بين الفيروسات المعدية وغير المعدية؛ لذا فهو قادر على تحديد كمية الجسيمات/البروتينات الفيروسية، ولكنه لا يحدد قوة الفيروس أو قدرته على العدوى.

يُعدّ اختبار الانتشار المناعي الشعاعي الأحادي (SRID)، المعروف أيضًا بطريقة مانشيني، اختبارًا بروتينيًا يكشف عن كمية مستضد فيروسي محدد عن طريق الانتشار المناعي في وسط شبه صلب (مثل الأجار). يحتوي الوسط على مصل مضاد خاص بالمستضد المراد قياسه، ويُوضع المستضد في مركز القرص. مع انتشار المستضد في الوسط، تتشكل حلقة راسب تنمو حتى الوصول إلى حالة التوازن. قد تتراوح مدة الاختبار من 10 ساعات إلى أيام، اعتمادًا على وقت توازن المستضد والضد. يرتبط قطر منطقة التفاعل الناتجة عن الحلقة خطيًا بلوغاريتم تركيز البروتين، ويُقارن بأقطار مناطق التفاعل لمعايير بروتينية معروفة للقياس الكمي. ^{[ 22 ]} حلت اختبارات ELISA، التي تتطلب كمية أقل من المادة وأسهل في التنفيذ والتفسير، محل اختبارات الانتشار المناعي إلى حد كبير كأداة تشخيصية.

تستخدم تقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (qPCR) كيمياء تفاعل البوليميراز المتسلسل لتضخيم الحمض النووي الفيروسي (DNA أو RNA) لإنتاج تراكيز عالية كافية للكشف عنه وتحديد كميته باستخدام التألق. يعتمد التحديد الكمي بواسطة qPCR عمومًا على التخفيفات المتسلسلة لمعايير ذات تركيز معروف، والتي تُحلل بالتوازي مع العينات المجهولة لأغراض المعايرة والمقارنة. يمكن تحقيق الكشف الكمي باستخدام مجموعة واسعة من استراتيجيات الكشف بالتألق، بما في ذلك المجسات المتخصصة بالتسلسل أو الأصباغ الفلورية غير المتخصصة مثل SYBR Green . ^{[ 23 ]} ترتبط المجسات المتخصصة بالتسلسل، مثل TaqMan Molecular Beacons أو Scorpion، فقط بالحمض النووي ذي التسلسل المناسب الناتج أثناء التفاعل. يرتبط صبغ SYBR Green بجميع جزيئات الحمض النووي المزدوجة ^{[ 24 ]} الناتجة أثناء التفاعل.

على الرغم من سهولة استخدام صبغة SYBR Green، إلا أن افتقارها للخصوصية وانخفاض حساسيتها يدفعان معظم المختبرات إلى استخدام تقنيات الكشف الكمي المعتمدة على المجسات. توجد العديد من أنواع تقنية qPCR، بما في ذلك طريقة العتبة المقارنة، التي تسمح بالقياس الكمي النسبي من خلال مقارنة قيم Ct (دورات PCR التي تُظهر زيادات ذات دلالة إحصائية في الناتج) من عينات متعددة تتضمن معيارًا داخليًا . ^{[ 25 ]}

يُضخّم تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) جميع الأحماض النووية المستهدفة ، بما في ذلك تلك المُستمدة من جزيئات فيروسية مُعدية سليمة، ومن جزيئات فيروسية معيبة، بالإضافة إلى الأحماض النووية الحرة في المحلول. ولهذا السبب، من المرجح أن تكون نتائج تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (qPCR) (المُعبر عنها بعدد نسخ الجينوم/مل) أعلى كميةً من نتائج المجهر الإلكتروني النافذ (TEM). في التحديد الكمي للفيروسات، نادرًا ما تكون نسبة الفيروسات الكاملة إلى نسخ الحمض النووي 1:1. ويعود ذلك إلى أنه أثناء تضاعف الفيروس، لا يتم إنتاج الحمض النووي والبروتينات الفيروسية دائمًا بنسبة 1:1، وتنتج عملية تجميع الفيروس فيروسات كاملة، بالإضافة إلى قفيصات فارغة و/أو جينومات فيروسية حرة زائدة. في مثال فيروس الحمى القلاعية ، تبلغ نسبة الفيروسات الكاملة إلى نسخ الحمض النووي الريبي (RNA) داخل خلية مضيفة نشطة التضاعف حوالي 1:1000. ^{[ 26 ]} تشمل مزايا المعايرة بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (qPCR) سرعة الحصول على النتائج (1-4 ساعات) والحساسية العالية (حيث يمكنها الكشف عن تركيزات أقل بكثير من الفيروسات مقارنةً بالطرق الأخرى).

يُعدّ استشعار النبض المقاوم القابل للضبط (TRPS) طريقةً تسمح بقياسات عالية الإنتاجية لجزيئات الفيروس المفردة، حيث تُمرَّر هذه الجزيئات عبر مسام نانوية قابلة لضبط الحجم ، واحدةً تلو الأخرى. ^{[ 27 ]} تتميز هذه التقنية بقدرتها على تحديد حجم وتركيز جزيئات الفيروس في المحلول بدقة عالية في آنٍ واحد. ويمكن استخدام ذلك في تقييم استقرار العينة ومساهمة التجمعات، بالإضافة إلى إجمالي تركيز جزيئات الفيروس (vp/mL). ^{[ 28 ]}

يتم القياس باستخدام تقنية TRPS في محلول منظم أيوني، ولا يتطلب الأمر تلوين العينات مسبقًا قبل التحليل، مما يجعل هذه التقنية أسرع من التقنيات التي تتطلب معالجة مسبقة بأصباغ فلورية، حيث لا يتجاوز وقت التحضير والقياس الإجمالي 10 دقائق لكل عينة. يتوفر تحليل الفيروسات بتقنية TRPS تجاريًا من خلال أنظمة qViro-X ، والتي تتميز بإمكانية تعقيمها كيميائيًا بالتعقيم بالبخار بعد إجراء القياس.

تُشبه هذه التقنية تقنية مطيافية الكتلة بالبلازما المقترنة حثيًا للجسيمات المفردة (SP ICP-MS ) التي اكتشفها ديغيلدر وفافارجر (2003) ^{[ 29 ]} ، والتي تم تكييفها لاحقًا لتحليل جسيمات نانوية أخرى (مثل غرويات الذهب، انظر ديغيلدر وآخرون (2006)). ^{[ 30 ]} وقد تم تكييف تقنية SP ICP-MS لتحليل مطيافية الكتلة بالبلازما المقترنة حثيًا للفيروسات المفردة (SV ICPMS) في دراسة شاملة (ديغيلدر، 2021). ^{[ 31 ]} وتقترح هذه الدراسة إمكانية تكييف هذه الطريقة لتحديد الفيروسات المفردة (SV) وعدّها. باستخدام تسجيلات مطيافية الكتلة بالبلازما المقترنة حثيًا عالية الدقة متعددة القنوات (MC SF) في وضع الكشف عن الفيروسات المفردة، يُمكن عدّ الأيونات الرئيسية والأساسية لتحليل الفيروسات المفردة وتحديدها. ويمكن إجراء عدّ من 2 إلى 500 وحدة فيروسية في غضون 20 ثانية. يُقترح إجراء التحليلات باستخدام شعلة غاز الأرغون للأيونات الرئيسية : 12C+، 13C+، 14N+، 15N+، والأيونات الأساسية: 31P+، 32S+، 33S+، و34S+. وتُناقش جميع التداخلات بالتفصيل. يُوصى باستخدام مطياف الكتلة بالبلازما المقترنة حثيًا عالي الدقة (MC ICP-MS)، بينما تُدرس خيارات استخدام الأجواء اللاهوائية/الهوائية لتحسين التحليل عند استخدام مطياف الكتلة بالبلازما المقترنة حثيًا رباعي الأقطاب (Quadrupole ICP-MS). وتُدرس تطبيقات هذا التحليل على نوعين من الفيروسات (SARS-CoV-2 وبكتيريا العاثية T5) باستخدام المسح الزمني وتحليل الكتلة الثابتة لأيونات الفيروس المختارة، مما يسمح بتوصيف الأنواع باستخدام النسب المولية N/C وP/C وS/C، وتحديد تركيزها العددي.

على الرغم من أن معظم أجهزة قياس التدفق الخلوي لا تتمتع بحساسية كافية، إلا أن هناك بعض الأجهزة المتوفرة تجاريًا والتي يمكن استخدامها لتحديد كمية الفيروسات. يقوم عداد الفيروسات بقياس عدد جزيئات الفيروس السليمة في العينة باستخدام التألق للكشف عن البروتينات والأحماض النووية المتمركزة في نفس الموقع. تُصبغ العينات بصبغتين، إحداهما خاصة بالبروتينات والأخرى خاصة بالأحماض النووية، ثم تُحلل أثناء مرورها عبر شعاع ليزر. تُحدد كمية الجزيئات التي تُنتج أحداثًا متزامنة على كل قناة من قناتي التألق المتميزتين، بالإضافة إلى معدل تدفق العينة المقاس، لحساب تركيز جزيئات الفيروس (جزيء/مل). ^{[ 32 ]} تتشابه النتائج عمومًا في الكمية المطلقة مع نتائج المجهر الإلكتروني النافذ. يتميز هذا التحليل بنطاق عمل خطي يتراوح بين 10⁵ ^و10⁹ جزيء ^/ مل، ووقت تحليل يبلغ حوالي 10 دقائق مع وقت تحضير قصير للعينة.

صورة مجهرية إلكترونية نافذة (TEM) لفيروس شلل الأطفال بتقنية التلوين السلبي، المقياس = 50 نانومتر

مقطع نسيجي مضمن من فيروسات H1N1 الجديدة

المجهر الإلكتروني النافذ (TEM) نوع متخصص من المجهر يستخدم حزمة من الإلكترونات مُركّزة بواسطة مجال مغناطيسي لتصوير العينة. يوفر TEM تصويرًا بدقة مكانية أعلى بألف مرة من المجهر الضوئي (دقة تصل إلى 0.2  نانومتر). ^{[ 33 ]} يتطلب ذلك عينة رقيقة جدًا مصبوغة سلبًا . تتضمن عملية تحضير العينات وضعها على شبكة TEM مطلية وتلوينها سلبًا بسائل معتم للإلكترونات. ^{[ 34 ]} يمكن أيضًا فحص عينات الأنسجة المضمنة إذا تم تقطيعها إلى شرائح رقيقة. تختلف طرق تحضير العينات باختلاف البروتوكول والمستخدم، ولكنها تستغرق عادةً ساعات لإتمامها. تُظهر صور TEM جزيئات الفيروس الفردية، ويمكن استخدام التحليل الكمي للصور لتحديد تركيزات الفيروس. توفر هذه الصور عالية الدقة أيضًا معلومات عن مورفولوجيا الجسيمات لا تستطيع معظم الطرق الأخرى توفيرها. غالبًا ما تكون نتائج TEM الكمية أعلى من نتائج الاختبارات الأخرى، حيث يتم قياس جميع الجسيمات، بغض النظر عن قدرتها على العدوى، في النتيجة المُبلغ عنها وهي جسيمات شبيهة بالفيروس لكل مل (vlp/mL). يُعدّ المجهر الإلكتروني النافذ الكمي فعالاً بشكل عام عند قياس تركيزات الفيروسات التي تزيد عن 10⁶ ^جسيم /مل. ونظراً لارتفاع تكلفة الجهاز والحاجة إلى مساحة ومرافق دعم كبيرة، فإنّ معدات المجهر الإلكتروني النافذ متوفرة فقط في عدد قليل من المختبرات.