التعاون بين iPlant

تُعدّ مبادرة iPlant التعاونية ، التي أُعيد تسميتها إلى Cyverse في عام 2017، منظمة افتراضية أُنشئت بموجب اتفاقية تعاون ممولة من المؤسسة الوطنية للعلوم الأمريكية (NSF) لإنشاء بنية تحتية إلكترونية لعلوم النبات ( علم النبات ). ^{[ 1 ]} وقد شبّهت المؤسسة الوطنية للعلوم البنية التحتية الإلكترونية بالبنية التحتية المادية ، "... وهي عبارة عن تقنيات حاسوبية ومعلوماتية واتصالات موزعة ، بالإضافة إلى الكوادر والمكونات التكاملية التي توفر منصة طويلة الأجل لتمكين البحث العلمي الحديث". ^{[ 2 ]} وفي سبتمبر 2013، أُعلن عن تجديد المؤسسة الوطنية للعلوم تمويل مبادرة iPlant لفترة ثانية مدتها خمس سنوات، مع توسيع نطاقها ليشمل جميع أبحاث علوم الحياة غير البشرية. ^{[ 3 ]}

يطوّر المشروع أنظمة حاسوبية وبرمجيات تجمع بين موارد الحوسبة، مثل تلك الموجودة في مشروع TeraGrid ، وبرمجيات المعلوماتية الحيوية وعلم الأحياء الحاسوبي . ويهدف إلى تسهيل التعاون بين الباحثين من خلال تحسين الوصول إلى البيانات وكفاءة معالجتها. ويتخذ المشروع من الولايات المتحدة مقراً رئيسياً له، ولكنه يتعاون دولياً.

يعتمد علم الأحياء بشكل متزايد على الحواسيب. ^{[ 4 ]} ويشهد علم الأحياء النباتية تغيرات متسارعة مع ظهور التقنيات الحديثة. ^{[ 5 ]} ومع ظهور المعلوماتية الحيوية ، وعلم الأحياء الحاسوبي ، وتسلسل الحمض النووي ، ونظم المعلومات الجغرافية ، وغيرها، بات بإمكان الحواسيب أن تقدم مساعدة كبيرة للباحثين الذين يدرسون الحياة النباتية، والذين يسعون لإيجاد حلول للتحديات في مجالات الطب ، والوقود الحيوي ، والتنوع البيولوجي ، والزراعة ، ومشاكل مثل تحمل الجفاف ، وتربية النباتات ، والزراعة المستدامة . ^{[ 6 ]} وتتداخل العديد من هذه المشاكل مع التخصصات التقليدية، مما يجعل تسهيل التعاون بين علماء النبات من خلفيات وتخصصات متنوعة أمرًا ضروريًا. ^{[ 6 ] [ 7 ] [ 8 ]}

في عام 2006، دعت مؤسسة العلوم الوطنية الأمريكية (NSF) إلى تقديم مقترحات لإنشاء "نوع جديد من المنظمات - تعاونية البنية التحتية السيبرانية لعلوم النبات" ضمن برنامج بعنوان "التعاونية السيبرانية لعلوم النبات" (PSCIC) بإدارة كريستوفر جرير. ^{[ 9 ]} قُبل أحد المقترحات (مع اعتماد مصطلح "التعاونية" كاسم)، وأُنشئت iPlant رسميًا في 1 فبراير 2008. ^{[ 1 ] [ 9 ]} وقُدّر التمويل بـ 10 ملايين دولار سنويًا على مدى خمس سنوات. ^{[ 10 ]}

قاد ريتشارد يورغنسن الفريق خلال مرحلة إعداد المقترح، وكان الباحث الرئيسي (PI) من عام 2008 إلى عام 2009. ^{[ 10 ]} شغل كل من غريغوري أندروز، وفيكي تشاندلر، وسودها رام، ولينكولن شتاين مناصب الباحثين الرئيسيين المشاركين (Co-PIs) من عام 2008 إلى عام 2009. في أواخر عام 2009، عُيّن ستيفن غوف باحثًا رئيسيًا، وانضم دانيال ستانزيون كباحث رئيسي مشارك. ^{[ 1 ] [ 11 ] [ 12 ]} اعتبارًا من مايو 2014، استُبدل الباحث الرئيسي المشارك ستانزيون بأربعة باحثين رئيسيين مشاركين جدد: دورين وير في كولد سبرينغ هاربور، ونيرف ميرشانت وإريك ليونز في جامعة أريزونا، وماثيو فون في مركز تكساس للحوسبة المتقدمة. ^{[ 13 ]}

يدعم مشروع iPlant ما يُعرف بالعلوم الإلكترونية ، وهو استخدام لتكنولوجيا نظم المعلومات يتبناه مجتمع البحث العلمي في جهود مثل المركز الوطني للتحليل والتركيب البيئي (NCEAS)، ومشروع ELIXIR، ^{[ 14 ]} ومشروع تكنولوجيا الخيزران الذي بدأ في سبتمبر 2010. ^{[ 15 ] [ 16 ]} صُمم مشروع iPlant "لإنشاء الأساس اللازم لدعم الاحتياجات الحاسوبية لمجتمع البحث العلمي وتسهيل التقدم نحو حلول للمشاكل الرئيسية في علم الأحياء النباتية". ^{[ 6 ] [ 17 ]}

يعمل المشروع كعمل تعاوني ، إذ يسعى إلى الحصول على آراء مجتمع علوم النبات الأوسع حول ما يجب تطويره. ^{[ 18 ]} وبناءً على هذه الآراء، فقد سهّل استخدام مجموعات البيانات الضخمة، ^{[ 19 ]} وأنشأ بيئة بحثية مجتمعية لتبادل مجموعات البيانات الموجودة داخل مجال البحث وبين مجالات البحث المختلفة، ^{[ 20 ]} كما يشارك البيانات مع تتبع المصدر . ^{[ 21 ] [ 22 ]} وكان ويكيبيديا أحد النماذج التي دُرست للتعاون . ^{[ 23 ] [ 24 ]}

أشارت العديد من جوائز مؤسسة العلوم الوطنية الأخيرة إلى iPlant بشكل صريح في أوصافها، إما كنمط تصميم يُتبع أو كجهة متعاونة سيعمل معها المتلقي. ^{[ 25 ]}

يُتيح مشروع iPlant بنيته التحتية الإلكترونية بعدة طرق مختلفة، ويُقدم خدمات لتسهيل الوصول إليها لجمهوره الأساسي. وقد صُمم المشروع ليتطور استجابةً لاحتياجات مجتمع البحث الذي يخدمه. ^{[ 6 ]}

خدمة حل أسماء التصنيفات

خدمة حل أسماء التصنيف (TNRS) هي أداة مجانية لتصحيح وتوحيد أسماء النباتات. وهذا ضروري لأن أسماء النباتات التي تحتوي على أخطاء إملائية، أو أسماء قديمة (لأن هناك مرادفًا أحدث مفضلًا)، أو أسماء غير مكتملة، تجعل من الصعب على الحواسيب معالجة القوائم الكبيرة. ^{[ 6 ] [ 40 ] [ 41 ]}

• "iPlant Collaborative، التي أعيد تسميتها إلى CyVerse" . الموقع الرسمي . تم الاطلاع عليه بتاريخ 22 مايو 2017 .
  • "خدمة حل أسماء التصنيف" . الموقع الرسمي . تم الاطلاع عليه بتاريخ 22 مايو 2017 .
  • "My-Plant.org" . شبكة اجتماعية قائمة على علم الوراثة لعلوم النبات . مبادرة iPlant التعاونية. مؤرشف من الأصل بتاريخ 13 أكتوبر 2011. تم الاطلاع عليه بتاريخ 28 سبتمبر 2011 .
  • "مسار سريع لشرح الجينات وتحليل الجينوم - مترو الأنفاق DNA" . موقع الأداة الإلكتروني . iPlant Collaborative . تاريخ الاسترجاع: 21 سبتمبر 2011 .