بلازميد Ti

الموسوعة الحرة
رسم تخطيطي يوضح بنية بلازميد Ti، مع تسمية المناطق المهمة المختلفة.
بنية بلازميد Ti

البلازميد المحفز للورم ( Ti ) هو بلازميد موجود في الأنواع الممرضة من بكتيريا Agrobacterium sensu lato ، بما في ذلك A. tumefaciens و Rhizobium rhizogenes و A. rubi و Allorhizobium vitis .

من الناحية التطورية، يُعدّ بلازميد Ti جزءًا من عائلة من البلازميدات التي تحملها العديد من أنواع بكتيريا ألفا بروتيو . تتميز أفراد هذه العائلة من البلازميدات بوجود منطقة محفوظة من الحمض النووي تُعرف باسم كاسيت جينات repABC ، والتي تتوسط عملية تضاعف البلازميد، وتوزيعه بين الخلايا الوليدة أثناء انقسام الخلية ، بالإضافة إلى الحفاظ على البلازميد بأعداد نسخ منخفضة داخل الخلية. [ 1 ] تُصنّف بلازميدات Ti نفسها إلى فئات مختلفة بناءً على نوع الجزيء، أو بعبارة أخرى ، تسمح للبكتيريا بتحليلها كمصدر للطاقة. [ 2 ]

يُعد وجود بلازميد Ti ضروريًا لكي تُسبب البكتيريا مرض التورم التاجي في النباتات. [ 1 ] ويتم ذلك عبر مناطق حيوية مُحددة في بلازميد Ti، بما في ذلك منطقة vir التي تُشفّر جينات الضراوة، ومنطقة الحمض النووي الناقل (T-DNA)، وهي جزء من بلازميد Ti ينتقل عبر الاقتران إلى خلايا النبات المُضيف بعد أن تستشعر البكتيريا موقع الإصابة. تتميز هذه المناطق بخصائص تسمح بنقل الحمض النووي الناقل (T-DNA) إلى خلايا النبات المُضيف، ويمكنها تعديل خلية النبات المُضيف لتحفيز تخليق جزيئات مثل الهرمونات النباتية (مثل الأوكسينات والسيتوكينينات ) والأوبينات ، وتكوين أورام التورم التاجي. [ 1 ]

نظراً لإمكانية نقل منطقة T-DNA الخاصة بالبلازميد Ti من البكتيريا إلى الخلايا النباتية، فقد مثلت هذه المنطقة وسيلة مثيرة لنقل الحمض النووي بين الممالك الحيوية ، وحفزت كميات كبيرة من الأبحاث حول البلازميد Ti واستخداماته المحتملة في الهندسة الحيوية.

التسمية والتصنيف

يُعدّ بلازميد Ti أحد أفراد عائلة بلازميدات RepABC الموجودة في بكتيريا ألفا بروتيو. [ 3 ] غالبًا ما تكون هذه البلازميدات كبيرة الحجم نسبيًا، حيث يتراوح حجمها بين 100 كيلو قاعدة و2 ميجا قاعدة. وتُسمى أيضًا بالريبليكونات ، لأن تضاعفها يبدأ من موقع واحد. تتميز أفراد هذه العائلة بوجود كاسيت جيني repABC مميز. [ 4 ] ومن الأعضاء البارزة الأخرى في هذه العائلة بلازميد تحفيز الجذور (Ri) الذي تحمله بكتيريا A. rhizogenes ، والذي يُسبب مرضًا نباتيًا آخر يُعرف باسم مرض الجذور الشعرية. [ 1 ]

تتمثل إحدى السمات الرئيسية لبلازميدات Ti في قدرتها على تحفيز إنتاج الأوبينات، وهي مشتقات من أحماض أمينية أو سكريات فوسفاتية متنوعة ، في خلايا النبات المضيف. ويمكن استخدام هذه الأوبينات كمغذٍّ للبكتيريا المُعدية، التي تقوم بدورها بهدم الأوبينات باستخدام الجينات المشفرة في بلازميد Ti.

وبناءً على ذلك، تم تصنيف بلازميدات Ti بناءً على نوع الأوبين الذي تقوم بهدمه، وهي: أنواع النوبالين ، أو الأوكتوبين ، أو المانيتيل، وهي مشتقات من الأحماض الأمينية، أو نوع الأغروسينوبين، وهي مشتقات من فوسفات السكر. [ 1 ]

اكتشاف تاريخي

أدى تحديد بكتيريا A. tumefaciens كسبب لأورام العفص في النباتات إلى تمهيد الطريق لفهم الأساس الجزيئي لمرض العفص التاجي. [ 5 ]

ظهرت أولى الدلائل على وجود تأثير جيني على خلايا النبات المضيف في الفترة ما بين عامي 1942 و1943، حيث وُجد أن خلايا النباتات المصابة بأورام ثانوية تخلو من أي خلايا بكتيرية. ومع ذلك، امتلكت هذه الخلايا الورمية القدرة على إنتاج الأوبينات التي تستقلبها السلالة البكتيرية المُعدية. [ 6 ] والأهم من ذلك، أن إنتاج الأوبينات المعنية حدث بغض النظر عن نوع النبات، وفي بعض الأحيان فقط داخل أنسجة أورام التاج، مما يشير إلى أن البكتيريا قد نقلت بعض المواد الوراثية إلى خلايا النبات المضيف للسماح بتخليق الأوبينات. [ 5 ]

مع ذلك، بقيَت كيفية حدوث انتقال الحمض النووي ومدى حدوثه سؤالًا مفتوحًا. لم تُسبِّب إضافة الحمض النووي لبكتيريا A. tumefaciens وحدها أورامًا في النباتات، [ 7 ] بينما وُجِد أن كمية ضئيلة جدًا من الحمض النووي لهذه البكتيريا قد اندمجت في جينوم الخلية النباتية المضيفة. [ 8 ] كما فشلت إضافة إنزيمات ديوكسي ريبونوكلياز (DNases) لتحليل الحمض النووي في منع تكوُّن أورام النبات ونموها. [ 9 ] تشير هذه النتائج إلى أن كمية ضئيلة، إن وُجِدت أصلًا، من الحمض النووي لبكتيريا A. tumefaciens تنتقل إلى الخلية النباتية المضيفة لتُسبِّب المرض، وإذا كان الحمض النووي ينتقل بالفعل من البكتيريا إلى النبات، فلا بد أن يحدث ذلك بطريقة محمية.

لاحقًا، وُجد أن سلالات البكتيريا المسببة للأورام قادرة على تحويل البكتيريا غير الممرضة إلى ممرضة عبر عملية الاقتران، حيث تنتقل الجينات المسؤولة عن الضراوة إلى الخلايا غير الممرضة. [ 10 ] وقد تعزز دور البلازميد في هذه القدرة الممرضة عندما وُجدت بلازميدات كبيرة فقط في البكتيريا الممرضة دون البكتيريا غير الممرضة. [ 11 ] وفي النهاية، تم الكشف عن أجزاء من بلازميدات بكتيرية في خلايا النبات المضيف، مما يؤكد أن هذه هي المادة الوراثية المسؤولة عن التأثير الوراثي للعدوى. [ 12 ]

مع اكتشاف بلازميد Ti، أُجريت العديد من الدراسات لتحديد خصائصه وكيفية انتقال المادة الوراثية من بكتيريا الأجروبكتيريوم إلى النبات المضيف. ومن أبرز المحطات المبكرة في دراسات بلازميدات Ti رسم خريطة أحدها عام 1978، ودراسة تشابه التسلسل بين بلازميدات Ti المختلفة عام 1981. [ 13 ] [ 14 ]

بين عامي 1980 و2000، جرى أيضًا دراسة خصائص منطقة الحمض النووي المنقول (T-DNA) ومنطقة "vir". وقد حددت الدراسات التي أُجريت على منطقة الحمض النووي المنقول آلية انتقالها، وحددت الجينات المسؤولة عن تخليق الهرمونات النباتية والأوبينات. [ 15 ] وبشكل منفصل، هدفت الدراسات المبكرة إلى تحديد وظائف الجينات المشفرة في منطقة "vir"، والتي صُنفت بشكل عام إلى جينات تسمح بالتفاعلات بين البكتيريا والمضيف، وجينات تُمكّن من نقل الحمض النووي المنقول. [ 2 ]

النسخ والتقسيم والصيانة

رسم تخطيطي لكاسيت جينات repABC، بالإضافة إلى نشاط منتجات جيناتها.
مجموعة جينات repABC الموجودة في بلازميدات Ti في بكتيريا الأجروبكتيريا، مع رسم تخطيطي لمنتجها الجيني ووظائفها.

تعتمد عملية تضاعف بلازميد Ti وتقسيمه والحفاظ عليه على كاسيت الجينات repABC ، الذي يتكون أساسًا من ثلاثة جينات: repA و repB و repC . يشفر كل من repA و repB بروتيناتٍ تُشارك في تقسيم البلازميد، بينما يشفر repC مُبادر التضاعف. [ 1 ] تُعبَّر هذه الجينات من أربعة مُحفزات مختلفة تقع في اتجاه 5' من repA . يشفر repE حمضًا نوويًا ريبوزيًا صغيرًا مضادًا للاتجاه ، ويقع بين repB و repC . [ 4 ] بالإضافة إلى ذلك، يوجد موقع تقسيم ( parS ) ومنشأ تضاعف ( oriV ) داخل كاسيت repABC . [ 1 ]

تضاعف بلازميد Ti

يتم تحفيز تضاعف بلازميد Ti بواسطة بروتين RepC المُبادر ( P05684 )، الذي يمتلك نطاقين بروتينيين : نطاق طرفي أميني (NTD) يرتبط بالحمض النووي، ونطاق طرفي كربوكسيلي (CTD). وقد أظهرت تحليلات الطفرات أنه بدون بروتين RepC وظيفي، يعجز بلازميد Ti عن التضاعف. [ 4 ] في الوقت نفسه، يبلغ طول تسلسل oriV حوالي 150 نيوكليوتيدًا، ويقع ضمن جين repC . [ 3 ] وقد أظهرت التجارب المخبرية أن بروتين RepC يرتبط بهذه المنطقة، مما يشير إلى دوره كمنشأ للتضاعف. [ 16 ] لذلك، على الرغم من أن العملية الكاملة وراء تضاعف بلازميد Ti لم تُوصف بشكل كامل، فمن المرجح أن تعتمد الخطوة الأولى من التضاعف على التعبير عن بروتين RepC وارتباطه بـ oriV . تجدر الإشارة إلى أن بروتين RepC يعمل فقط في الوضع cis ، حيث يقوم فقط بتحفيز تضاعف البلازميد الذي تم ترميزه فيه وليس أي بلازميد آخر موجود في الخلية البكتيرية. [ 16 ]

تقسيم بلازميد Ti

المكونات المشاركة في نظام تقسيم RepA/RepB للبلازميدات Ti [ 1 ]
عنصروظيفة
RepA (ParA), P05682إنزيم ATPase ضعيف ينظم ذاتيًا بشكل سلبي التعبير عن كاسيت repABC ويمكنه تكوين خيوط للمساعدة في تقسيم البلازميد أثناء انقسام الخلية
RepB (ParB), P05683بروتين رابط للحمض النووي يعمل كمحول بين RepA وموقع parS
parSموقع الارتباط المتناظر لبروتين ParB؛ توافقGTTNNCNGCNGNNAAC

يُشابه نظام تقسيم بلازميد Ti نظام ParA/ParB المُستخدم في بلازميدات أخرى وكروموسومات بكتيرية، ويُعتقد أنه يعمل بالطريقة نفسها. [ 17 ] وقد أدت الطفرات في أي من البروتينين RepA أو RepB إلى انخفاض استقرار البلازميد، مما يُشير إلى دورهما وأهميتهما في تقسيم البلازميد. [ 4 ] تُمكّن قدرة RepA على تكوين خيوط من إنشاء جسر مادي يُمكن من خلاله سحب الحمض النووي إلى قطبي الخلية المنقسمة. في الوقت نفسه، يستطيع بروتين RepB الارتباط بشكل خاص بتسلسل parS ، مُشكلاً مُركبًا مع الحمض النووي يُمكن لـ RepA التعرّف عليه. [ 1 ] [ 4 ] يُعد هذا النظام بالغ الأهمية لتقسيم بلازميد Ti بشكل صحيح، نظرًا لوجود البلازميد بأعداد قليلة فقط في الخلية البكتيرية.

صيانة بلازميد Ti

يُحافظ على بلازميد Ti بأعداد نسخ منخفضة داخل الخلية البكتيرية. ويتحقق ذلك جزئيًا من خلال التأثير على التعبير عن مُبادر التضاعف RepC. [ 1 ] عند ارتباطه بـ ADP ، يُفعَّل RepA ليعمل مع RepB، مُؤديًا دور مُثبِّط لوحدة repABC . [ 3 ] وبالتالي، تبقى مستويات RepC منخفضة داخل الخلية، مما يمنع حدوث دورات تضاعف كثيرة خلال كل دورة انقسام خلوي. علاوة على ذلك، يوجد جزيء RNA صغير يُعرف باسم RepE مُشفَّر بين repB و repC ، يعمل على خفض التعبير عن repC . [ 18 ] يُعد RepE مُكمِّلًا لـ RepC، ويرتبط بـ mRNA الخاص بـ repC لتكوين جزيء مزدوج السلاسل. وهذا بدوره يُمكن أن يمنع إنتاج بروتين RepC عن طريق الترجمة . [ 18 ]

بشكل منفصل، يتأثر التعبير عن كاسيت repABC ، وبالتالي عدد نسخ بلازميد Ti، بنظام استشعار النصاب في بكتيريا الأجروبكتيريوم . [ 4 ] تستجيب أنظمة استشعار النصاب لكثافة التجمعات البكتيرية عن طريق استشعار جزيء يُعرف باسم المحفز الذاتي، والذي تنتجه الخلايا البكتيرية بمستويات منخفضة، ويتراكم ليصل إلى مستوى عتبة معينة عند وجود كثافة عالية من البكتيريا. [ 18 ] في هذه الحالة، المحفز الذاتي هو جزيء N-3-أوكسوأوكتانويل-L-هوموسيرين لاكتون (3-OC8 -AHL )، والذي يستشعره منظم يُعرف باسم TraR. [ 4 ] عند تنشيطه، يرتبط TraR بمناطق تُعرف باسم صناديق tra في مناطق محفز كاسيت جين repABC لتحفيز التعبير. لذلك، يؤدي ارتفاع كثافة التجمعات البكتيرية إلى زيادة عدد البلازميدات الموجودة داخل كل خلية بكتيرية، مما يُرجح أن يدعم إمراضية النبات المضيف. [ 4 ]

سمات

منطقة الضراوة

رسم تخطيطي يوضح تركيب منطقة vir في بلازميدات Ti
تركيب منطقة vir في بلازميدات Ti من نوع الأوكتوبين

عادةً ما يتم تثبيط التعبير عن منطقة vir في الظروف الطبيعية، ولا يتم تنشيطها إلا عندما تستشعر البكتيريا إشارات نباتية من مواقع الجروح. هذا التنشيط ضروري لإنتاج بروتينات Vir ونقل الحمض النووي والبروتينات إلى خلايا النبات المضيف. [ 1 ]

يشكل البروتينان VirA وVirG نظامًا تنظيميًا ثنائي المكونات داخل بكتيريا الأغروبكتيريوم . [ 19 ] يُعد هذا النظام نوعًا من أنظمة الاستشعار والإشارة الشائعة في البكتيريا؛ حيث يعملان في هذه الحالة على استشعار الإشارات النباتية لتحفيز التعبير عن منطقة vir . أثناء عملية الاستشعار، يخضع VirA، وهو كيناز استشعار الهيستيدين، لعملية فسفرة قبل نقل مجموعة الفوسفات هذه إلى منظم الاستجابة VirG. [ 20 ] بعد ذلك، يرتبط منظم الاستجابة VirG المُنشط بمنطقة من الحمض النووي تُعرف باسم صندوق vir ، وتقع في اتجاه 5' من مُحفز vir ، لتنشيط التعبير عن منطقة vir . [ 1 ] [ 19 ] من الوظائف اللاحقة المحتملة للاستشعار الذي يتوسطه VirA وVirG، الحركة الاتجاهية، أو الانجذاب الكيميائي ، للبكتيريا نحو الإشارات النباتية؛ مما يسمح للأغروبكتيريوم بالتحرك نحو موقع الجرح في النباتات. [ 21 ] علاوة على ذلك، مع تحفيز منطقة vir ، يمكن أن تتوسط بروتينات Vir في نقل الحمض النووي T. [ 22 ]

يُعدّ أوبيرون virB أكبر أوبيرون في منطقة vir ، حيث يُشفّر 11 بروتينًا من بروتينات VirB المشاركة في عملية نقل الحمض النووي T-DNA والبروتينات البكتيرية إلى خلايا النبات المضيف (انظر جهاز النقل أدناه). [ 23 ] [ 24 ]

يشفر أوبيرون virC بروتينين: VirC1 و VirC2. يؤثر هذان البروتينان على قدرة بكتيريا الأغروبكتيريوم على إحداث المرض في مختلف العوائل النباتية، ويمكن للطفرات أن تقلل من ضراوة البكتيريا، لكنها لا تزيلها تمامًا. [ 25 ] يمكن تثبيط كل من أوبيروني virC و virD بواسطة بروتين مشفر كروموسوميًا يُعرف باسم Ros. [ 26 ] [ 27 ] يرتبط Ros بمنطقة من الحمض النووي تتداخل مع موقع ارتباط منظم VirG، وبالتالي ينافسه في التحكم بمستويات التعبير الجيني. [ 26 ] [ 27 ] وظيفيًا، يعزز كل من VirC1 و VirC2 تجميع معقد الريلاكسوزوم أثناء النقل الاقتراني للحمض النووي T من البكتيريا إلى الخلية النباتية المضيفة. [ 28 ] هذه عملية تعتمد على الطاقة وتتوسطها فعالية NTPase الخاصة بهما، وتحدث عند ارتباطهما بمنطقة من الحمض النووي تُعرف باسم overdrive . [ 28 ] ونتيجة لذلك، تعمل هذه البروتينات على زيادة كمية خيوط الحمض النووي المنقول (T-DNA) المنتجة. بعد إنتاج خيط الحمض النووي المراد نقله (خيط النقل، خيط T)، يمكن لبروتينات VirC أيضًا أن تساعد في توجيه خيط النقل إلى جهاز النقل. [ 28 ]

يُشفّر مُشغّل virD أربعة بروتينات: VirD1-D4. [ 29 ] يُشارك كلٌّ من VirD1 وVirD2 في معالجة الحمض النووي T أثناء الاقتران لإنتاج الشريط T؛ وهو جزيء الحمض النووي أحادي السلسلة الذي يُنقل إلى خلية النبات المُضيف (انظر جهاز النقل أدناه). [ 30 ] أثناء المعالجة، يعمل VirD1 كإنزيم توبويزوميراز لفكّ لولبَي الحمض النووي. [ 30 ] بعد ذلك، يقوم VirD2، وهو إنزيم ريلاكساز ، بقطع أحد شريطَي الحمض النووي ويبقى مُرتبطًا به أثناء نقله إلى الخلية المُستقبِلة. [ 31 ] [ 32 ] داخل الخلية المُستقبِلة، يعمل VirD2 أيضًا مع VirE2 لتوجيه الحمض النووي المنقول إلى نواة الخلية المُستقبِلة. تشير بعض الدراسات إلى أن VirD2 قد يخضع للفسفرة وإزالة الفسفرة بواسطة بروتينات مختلفة، مما يؤثر على قدرته على نقل الحمض النووي. [ 33 ] في المقابل، لا يُعرف الكثير عن VirD3، ولم تُقدّم تحليلات الطفرات أي دليل يدعم دوره في ضراوة بكتيريا الأجروبكتيريوم . [ 34 ] وأخيرًا، يُعدّ VirD4 جزءًا أساسيًا من عملية الاقتران، حيث يعمل كعامل ربط يتعرّف على شريط T وينقله إلى قناة النقل. [ 35 ]

يشفر أوبيرون virE بروتينين: VirE1 و VirE2. [ 36 ] يُعد VirE2 بروتينًا مُؤثرًا ينتقل مع شريط T إلى خلايا النبات المضيف. هناك، يرتبط بشريط T لتوجيهه إلى نواة خلية النبات المضيف. [ 37 ] [ 38 ] يتضمن جزء من هذا النشاط وجود تسلسلات التوطين النووي داخل البروتين، والتي تُحدد البروتين والحمض النووي المرتبط به لدخول النواة. كما أنه يحمي شريط T من هجوم النيوكلياز . [ 39 ] هناك بعض التكهنات حول دور VirE2 كقناة بروتينية، تسمح للحمض النووي بالمرور عبر الغشاء السيتوبلازمي للنبات . [ 40 ] من ناحية أخرى، قد يُشارك VirE1 في تعزيز نقل بروتين VirE2 إلى خلية النبات المضيف. [ 41 ] يرتبط هذا البروتين بنطاق ارتباط الحمض النووي أحادي السلسلة (ssDNA) الخاص ببروتين VirE2، وبالتالي يمنع بروتين VirE2 من الارتباط المبكر بالسلسلة T داخل الخلية البكتيرية. [ 42 ]

يُعدّ virF عاملًا لتحديد نوع العائل، ويوجد في بعض أنواع بلازميدات Ti وليس جميعها؛ فعلى سبيل المثال، تحتوي بلازميدات Ti من نوع الأوكتوبين على virF، بينما لا تحتوي بلازميدات Ti من نوع النوبالين عليه. [ 43 ] [ 44 ] وقد عُزيت قدرة بكتيريا A. tumefaciens على إحداث أورام التاج في بعض أنواع النباتات دون غيرها إلى وجود أو غياب جين virF هذا . [ 43 ] [ 44 ]

يشفر أوبيرون virH بروتينين: VirH1 و VirH2. [ 45 ] أظهرت دراسة معلوماتية حيوية لتسلسلات الأحماض الأمينية لبروتين VirH تشابهًا بينها وبين عائلة فائقة من البروتينات تُعرف باسم إنزيمات السيتوكروم P450 . [ 46 ] ثم اكتُشف أن VirH2 يستقلب بعض المركبات الفينولية التي يكشف عنها VirA. [ 45 ]

جهاز النقل

يجب أن تحقق أجهزة النقل المشفرة داخل بلازميد Ti هدفين: السماح بالنقل الاقتراني لبلازميد Ti بين البكتيريا، والسماح بتوصيل الحمض النووي T وبعض البروتينات المؤثرة إلى خلايا النبات المضيف. ويتحقق ذلك بواسطة نظام Tra/Trb ونظام VirB/VirD4 على التوالي، وكلاهما من مكونات نظام الإفراز من النوع الرابع (T4SS). [ 47 ]

لكي يتم نقل بلازميد Ti وT-DNA عبر الاقتران، يجب أولاً معالجتهما بواسطة بروتينات مختلفة، مثل إنزيم الريلاكسيز (إنزيم يقوم بقطع الحمض النووي) TraA/VirD2 وبروتينات نقل وتضاعف الحمض النووي (Dtr). يتعرف traA وDtr التابع له على منطقة تُعرف باسم منشأ النقل ( oriT ) في بلازميد Ti ويرتبطان بها لتكوين الريلاكسوسوم ، وهو مُركب بروتيني لنقل البلازميد. أما VirD2 وDtr التابع له، فيتعرفان على تسلسل حدود T-DNA ويُحدثان قطعًا فيه، ثم يتم نقل شريط T المقطوع إلى غشاء الخلية، حيث توجد بقية آليات النقل. [ 31 ]

في نظام VirB/VirD4، يُساعد إنزيم VirD2 المُرخي للحمض النووي بواسطة العوامل المساعدة VirD1 وVirC1 وVirC2 أثناء معالجته لركيزة الحمض النووي. [ 48 ] علاوة على ذلك، يُساهم إنزيم VirD2 المُرخي للحمض النووي وبروتينات VirC في نقل شريط الحمض النووي إلى مُستقبل VirD4 على غشاء الخلية. [ 28 ] يُعد هذا المُستقبل مُكونًا أساسيًا لأنظمة الإفراز من النوع الرابع (T4SSs)، ويُعتقد أنه يُنشط عملية نقل الحمض النووي ويُسهل انتقاله إلى قناة النقل بين خليتين. [ 49 ]

يرتبط نظاما Tra/Trb و VirB/VirD4 تطوريًا، ويُنظَّم كل منهما على شكل أوبيرون على البلازميد. يلخص الجدول أدناه البروتينات المشفرة في الأوبيرونات التي تُشكِّل قناة النقل في النظامين. [ 1 ]

VirBتراتي آر بيوظيفة
VirB1TraLTrbNيعزز إنزيم الهيدرولاز [ 1 ] تكوين الشعيرات الاقترانية. [ 50 ]
VirB2ترامTrbCالوحدة الفرعية الرئيسية للبيلين في الشعيرة الاقترانية . [ 51 ]
VirB3ترااTrbDبروتين الغشاء الداخلي (IM) الذي يتفاعل مع B4/traB/trbE. [ 1 ] [ 52 ]
VirB4TraBTrbEإنزيم ATPase الذي يوفر الطاقة اللازمة لانزياح البيلين [ 51 ] [ 53 ] . وهو وحدة فرعية محتملة للقناة. [ 1 ]
VirB5TraCTrbFجزء من الشعيرة، [ 54 ] وتحديداً لاصق الطرف. [ 1 ]
VirB6تقليديTrbLوحدة فرعية متعددة المواضع لقناة الغشاء الداخلي. [ 51 ] [ 55 ] [ 1 ]
VirB7ترانTrbHالبروتين الدهني للغشاء الخارجي (OM)، الوحدة الفرعية الأساسية. [ 51 ] [ 56 ] [ 1 ]
VirB8TraE(لا أحد)وحدة فرعية للقناة ثنائية الموضع (داخل الغشاء الداخلي والخارجي). [ 1 ]
VirB9تراوTrbGالوحدة الفرعية الأساسية المرتبطة بالغشاء الخارجي. [ 1 ]
VirB10ترافTrbIموضوع مزدوج: قناة الغشاء الخارجي والوحدة الفرعية الأساسية. [ 1 ]
VirB11TraGtrbBقناة ATPase التي توفر الطاقة. [ 1 ]

نقل الحمض النووي (T-DNA)

يبلغ طول الحمض النووي المنقول (T-DNA) لبكتيريا الأغروبكتيريوم حوالي 15-20 كيلو قاعدة، ويندمج في جينوم النبات المضيف عند انتقاله عبر عملية تُعرف باسم إعادة التركيب . تستغل هذه العملية الفجوات الموجودة مسبقًا في جينوم خلية النبات المضيف للسماح للحمض النووي المنقول بالاقتران مع تسلسلات قصيرة في الجينوم، مما يهيئ عملية ربط الحمض النووي ، حيث يرتبط الحمض النووي المنقول بشكل دائم بجينوم النبات. [ 37 ] يُحاط طرفا منطقة الحمض النووي المنقول بتسلسلات طولها 24 قاعدة.

يُعبَّر عن الحمض النووي T-DNA الخاص ببكتيريا الأغروبكتيريوم داخل جينوم الخلية النباتية المضيفة لإنتاج مجموعتين رئيسيتين من البروتينات. [ 1 ] المجموعة الأولى مسؤولة عن إنتاج هرمونات نمو النبات. ومع إنتاج هذه الهرمونات، يزداد معدل انقسام الخلايا، وبالتالي تكوّن أورام التاج. [ 47 ] أما المجموعة الثانية من البروتينات فهي مسؤولة عن تحفيز تخليق الأوبينات في الخلايا النباتية المضيفة. وتعتمد أنواع الأوبينات المنتجة على نوع بلازميد Ti، وليس على النبات المضيف. [ 1 ]

تحتوي بعض بلازميدات Ti على قطعتين من الحمض النووي T، وليس قطعة واحدة. يُطلق على هذا النوع من التركيب اسم T L -DNA و T R -DNA. [ 57 ]

جينات استخدام الأوبين

تُصدَّر الأوبينات التي تُنتجها النبتة المصابة، والتي تستخدمها النبتة المضيفة، خارج الخلية النباتية حيث يمكن لخلايا الأغروبكتيريوم امتصاصها . تمتلك البكتيريا جينات في مناطق أخرى من بلازميد Ti تسمح بهدم الأوبينات. لكل سلالة بلازميدية توليفة خاصة بها من جينات استخدام الأوبينات. يتراوح تعقيد الآلية من ثلاثة أوبرونات ( noc ، nox ، acc ) للنوبالين والأغروسينوبين في بلازميدات من نوع النوبالين، إلى أكثر من 40 جينًا للأوكتوبين والأغروسينوبين والمانوبين في بلازميدات من نوع الأوكتوبين. [ 57 ]

الاستخدامات في الهندسة الحيوية

أتاحت قدرة بكتيريا الأغروبكتيريوم على إيصال الحمض النووي إلى الخلايا النباتية آفاقًا جديدة لهندسة الجينوم النباتي ، مما سمح بإنتاج نباتات معدلة وراثيًا (نباتات مُحوَّرة وراثيًا). [ 58 ] تتعرف البروتينات المشاركة في نقل الحمض النووي المنقول (T-DNA) أولًا على التسلسلات الحدودية لمنطقة الحمض النووي المنقول. وبالتالي، يُمكن للعلماء استخدام التسلسلات الحدودية للحمض النووي المنقول لتطويق أي تسلسل مرغوب فيه، ثم يُدخل هذا الناتج في بلازميد ويُدخل إلى خلايا الأغروبكتيريوم . [ 59 ] هناك، يتعرف جهاز النقل في بكتيريا الأغروبكتيريوم توميفاسينز على التسلسلات الحدودية وينقلها بطريقة قياسية إلى الخلية النباتية المستهدفة. [ 1 ] علاوة على ذلك، من خلال ترك التسلسلات الحدودية فقط للحمض النووي المنقول، يُعدِّل الناتج الجينوم النباتي دون التسبب في أي أورام. [ 60 ] وقد استُخدمت هذه الطريقة لتعديل العديد من المحاصيل الزراعية، بما في ذلك الأرز، [ 61 ] والشعير، [ 62 ] والقمح. [ 63 ] وقد وسّعت الدراسات اللاحقة نطاق أهداف بكتيريا A. tumefaciens ليشمل الفطريات وخطوط الخلايا البشرية. [ 64 ] [ 65 ]

بلازميدات مماثلة

تُشكّل بلازميدات RepABC المختلفة مجموعات عدم توافق. عادةً لا تستطيع بلازميدات المجموعة نفسها التعايش، إذ يؤدي وجود إحداها إلى انقراض الأخرى. مع ذلك، تتمتع العديد من بلازميدات Ti من نوع نوبالين بالقدرة على الاندماج مع بلازميدات غير متوافقة. هذا يجعل من الصعب "إزالة" هذه البلازميدات (أي التخلص منها من البكتيريا)، وهي عملية تُستخدم غالبًا في المختبر لاستبدال بلازميد Ti بآخر. [ 57 ]

بلازميد محفز لتكوين الجذور (Ri)

بلازميد Ri هو مصطلح وصفي يشير إلى البلازميدات الممرضة الشبيهة ببلازميد Ti، والتي تُسبب مرضًا يُعرف باسم مرض الجذور الشعرية، بدلًا من مرض التورم التاجي. يُعد بلازميد Ri الخاص ببكتيريا Rhizobium rhizogenes مثالًا كلاسيكيًا على ذلك . تحمل جميع بلازميدات Ri منطقة vir ، ومنطقة أو منطقتين من الحمض النووي المنقول (T-DNA)، وجينات استخدام الأوبين. أما الجينات rolA وrolB الموجودة في الحمض النووي المنقول (T-DNA) فهي التي تمنحها القدرة على تكوين الجذور. تعمل هذه الجينات على تعزيز انقسام خلايا النبات بطريقة غير هرمونية، على عكس بلازميد Ti. [ 57 ]

البلازميدات التكافلية (sym) لبكتيريا الرايزوبيا

تحمل بعض أنواع بكتيريا الرايزوبيا جينات تثبيت النيتروجين (nif) وجينات تكوين العقد الجذرية (nod) على الكروموسوم، بينما تحملها أنواع أخرى على بلازميدات تكافلية متخصصة (sym). ومثل بلازميدات Ti، تستخدم البلازميدات التكافلية أيضًا نظام استبدال repABC، ونظام استشعار النصاب TraI/TraR، وتحتوي على نظام نقل البلازميد trb. ومن الأمثلة النموذجية على ذلك البلازميد pNGR234a (536,165  زوجًا قاعديًا؛ رقم التسجيل NC000914) من بكتيريا Sinorhizobium fredii NGR234. [ 57 ] لا يؤدي هذا البلازميد غير الضروري أي وظيفة أساسية. ويحدث هدم الأوبين على الكروموسوم الرئيسي للبكتيريا، وليس على البلازميد التكافلي. كما يوجد نظام الإفراز من النوع الرابع (T4SS) (VirB) على البلازميد الضخم بدلًا من البلازميد التكافلي. [ 66 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 غوردون ، جيه إي، وكريستي، بي جيه (ديسمبر 2014). "بلازميدات أغروباكتيريوم تي آي" . ميكروبيولوجي سبيكتروم . 2 (6) 2.6.19. doi : 10.1128/microbiolspec.PLAS-0010-2013 . PMC 4292801. PMID 25593788 .  
  2. 1 2 هويكاس، بي جيه، وبيجيرسبيرجن، إيه جي (1994). "نظام ضراوة بكتيريا أغروباكتيريوم توميفاسينز ". المراجعة السنوية لعلم أمراض النبات . 32 (1): 157-181 . Bibcode : 1994AnRvP..32..157H . doi : 10.1146/annurev.py.32.090194.001105 .
  3. 1 2 3 بينتو يو إم، باباس كيه إم، وينانز إس سي (نوفمبر 2012). " أساسيات تضاعف البلازميد وانفصاله". مراجعات الطبيعة. علم الأحياء الدقيقة . 10 (11): 755-65 . doi : 10.1038/nrmicro2882 . PMID 23070556. S2CID 6518175 .  
  4. 1 2 3 4 5 6 7 8 سيفالوس إم إيه، سرفانتس ريفيرا آر، جوتيريز ريوس آر إم (يوليو 2008). “عائلة البلازميد reABC”. البلازميد . 60 (1): 19-37 . دوى : 10.1016/j.plasmid.2008.03.001 . بميد 18433868 . 
  5. 1 2 كادو، سي آي (2014). "سرد تاريخي حول اكتساب رؤى حول آلية تكوّن أورام التاج الناجم عن بكتيريا أغروباكتيريوم توميفاسينز" . مجلة فرونتيرز في علم الأحياء الدقيقة . 5 (340): 340. doi : 10.3389/fmicb.2014.00340 . PMC 4124706. PMID 25147542 .  
  6. ^ بيتي أ، ديلهاي إس، تيمبي جي، موريل جي (1970). "Recherches sur les guanidines des أنسجة التاج المراري. Mise en الأدلة على وجود علاقة كيمياء حيوية محددة بين بكتيريا Agrobacterium tumefaciens والأورام غير المرغوب فيها". فيزيول. الخضار . 8 : 205 - 213.
  7. ↑ كادو سي آي، لوركين بي إف (1976). "دراسات على بكتيريا أغروباكتيريوم توميفاسينز . 5. مصير الحمض النووي البكتيري المضاف خارجيًا في نبات التبغ (نيكوتيانا تاباكوم )". علم أمراض النبات الفيزيولوجي . 8 (1): 73-82 . doi : 10.1016/0048-4059(76)90009-6 .
  8. ↑ درليكا، ك. أ.، وكادو ، س. إ. (سبتمبر 1974). "التقدير الكمي للحمض النووي لبكتيريا أغروباكتيريوم توميفاسينز في خلايا ورم التاج" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 71 (9): 3677-3681 . Bibcode : 1974PNAS...71.3677D . doi : 10.1073/pnas.71.9.3677 . PMC 433839. PMID 4530329 .  
  9. ↑ براون، أ. س.، وود، هـ. ن. (نوفمبر 1966). "حول تثبيط بدء الورم في مرض داء المرارة التاجية باستخدام ريبونوكلياز أ" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 56 (5): 1417-1422 . Bibcode : 1966PNAS...56.1417B . doi : 10.1073/pnas.56.5.1417 . PMC 219988. PMID 5230302 .  
  10. ↑ كير أ (1971). "اكتساب الضراوة بواسطة عزلات غير ممرضة من بكتيريا أغروباكتيريوم راديوباكتر ". علم أمراض النبات الفيزيولوجي . 1 (3): 241-246 . doi : 10.1016/0048-4059(71)90045-2 .
  11. ↑ زاينن، آي.، فان لاريبك، ن.، فان مونتاجو، م.، شيل، ج. (يونيو 1974). "الحمض النووي الدائري فائق الالتفاف في سلالات أغروباكتيريوم المُسببة لمرض التورم التاجي". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 86 (1): 109-127 . Bibcode : 1974JMBio..86..109Z . doi : 10.1016/s0022-2836(74)80011-2 . PMID 4854526 . 
  12. ↑ تشيلتون، إم دي، دروموند، إم إتش، ميريو، دي جيه، سياكي، دي، مونتويا، إيه إل، جوردون، إم بي، نيستر، إي دبليو (يونيو 1977). "الاندماج المستقر للحمض النووي البلازميدي في خلايا النباتات العليا: الأساس الجزيئي لتكوّن أورام التاج". الخلية . 11 ( 2): 263-271 . doi : 10.1016/0092-8674(77)90043-5 . PMID 890735. S2CID 7533482 .  
  13. ↑ تشيلتون، إم دي، مونتويا، إيه إل، ميرلو، دي جيه، دروموند، إم إتش، ناتر، آر، جوردون، إم بي، نيستر، إي دبليو (فبراير 1978). "تحديد موقع بلازميد يُكسب سلالة أغروباكتيريوم توميفاسينز B6-806 خاصية التسرطن باستخدام إنزيمات القطع المحددة". بلازميد . 1 (2): 254-269 . doi : 10.1016/0147-619x(78)90043-4 . PMID 748950 . 
  14. ↑ إنجلر، جي.، ديبيكر، أ.، ماينهوت، ر.، فيلارويل، ر.، فان مونتاجو، م.، شيل، ج. (أكتوبر 1981). "الرسم الفيزيائي لتماثلات تسلسل قواعد الحمض النووي بين بلازميد Ti من نوع أوكتوبين وبلازميد Ti من نوع نوبالين في بكتيريا أغروباكتيريوم توميفاسينز". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 152 (2): 183-208 . doi : 10.1016/0022-2836(81)90239-4 . PMID 6276566 . 
  15. ^ زامبريسكي بي، تيمبي جي، شيل جي (يناير 1989). "نقل ووظيفة جينات T-DNA من البلازميدات الزراعية Ti و Ri في النباتات". خلية . 56 (2): 193– 201. بيب كود : 1989خلية...56..193Z . دوى : 10.1016/0092-8674(89)90892-1 . بميد 2643473 . S2CID 19393909 .  
  16. 1 2 بينتو يو إم، فلوريس-ميريلز إيه إل، كوستا إي دي، وينانز إس سي (سبتمبر 2011). "بروتين RepC للبلازميد Ti من نوع الأوكتوبين يرتبط بأصل التضاعف المحتمل داخل repC ويعمل فقط في الوضع cis" . علم الأحياء الدقيقة الجزيئي . 81 (6): 1593-1606 . doi : 10.1111/j.1365-2958.2011.07789.x . PMID 21883520 . 
  17. ↑ بيغنيل سي، توماس سي إم (سبتمبر 2001). "بروتينات تقسيم ParA-ParB البكتيرية". مجلة التكنولوجيا الحيوية . 91 (1): 1-34 . doi : 10.1016/S0168-1656(01)00293-0 . PMID 11522360 . 
  18. 1 2 3 تشاي واي، وينانز إس سي (يونيو 2005). "يُثبِّط جزيء صغير من الحمض النووي الريبوزي المضاد التعبير عن بروتين النسخ الأساسي لبلازميد Ti في بكتيريا أغروباكتيريوم توميفاسينز" . علم الأحياء الدقيقة الجزيئي . 56 (6): 1574-1585 . doi : 10.1111/j.1365-2958.2005.04636.x . PMID 15916607. S2CID 20348880 .  
  19. 1 2 وينانز إس سي (أكتوبر 1991). "نظام تنظيمي ثنائي المكونات في بكتيريا أغروباكتيريوم للكشف عن المواد الكيميائية المنبعثة من جروح النباتات". علم الأحياء الدقيقة الجزيئي . 5 (10): 2345-50 . doi : 10.1111/j.1365-2958.1991.tb02080.x . PMID 1791750. S2CID 21209713 .  
  20. ^ هوانغ واي، موريل بي، باول بي، كادو سي آي (فبراير 1990). "VirA، وهو منظم مشترك لجينات الفوعة المحددة لـ Ti، يتم فسفرته في المختبر" . مجلة علم البكتيريا . 172 (2): 1142– 4. دوى : 10.1128/jb.172.2.1142-1144.1990 . بمك 208549 . بميد 2298696 .  
  21. ↑ شو سي إتش، آشبي إيه إم، براون إيه، رويال سي، لوك جي جي، شو سي إتش (مايو 1988). "virA وvirG هما وظيفتا بلازميد Ti اللازمتان للانجذاب الكيميائي لبكتيريا Agrobacterium tumefaciens نحو الأسيتوسيرينجون". علم الأحياء الدقيقة الجزيئي . 2 (3): 413-417 . doi : 10.1111 / j.1365-2958.1988.tb00046.x . PMID 3398775. S2CID 8536451 .  
  22. ↑ ستاشل إس إي، زامبريسكي بي سي (أغسطس 1986). "يتحكم كل من virA وvirG في تنشيط عملية نقل الحمض النووي T بواسطة النبات في بكتيريا A. tumefaciens". مجلة Cell . 46 (3): 325-333 . Bibcode : 1986Cell...46..325S . doi : 10.1016/0092-8674(86)90653-7 . PMID 3731272. S2CID 37938846 .  
  23. ↑ وارد جيه إي، أكيوشي دي إي، ريغير دي، داتا إيه، غوردون إم بي، نيستر إي دبليو (أبريل 1988). "توصيف أوبيرون virB من بلازميد Ti لبكتيريا Agrobacterium tumefaciens" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 263 (12): 5804-14 . doi : 10.1016/S0021-9258(18)60637-4 . PMID 3281947 . 
  24. ^ Vergunst AC، Schrammeijer B، den Dulk-Ras A، de Vlaam CM، Regensburg-Tuïnk TJ، Hooykaas PJ (نوفمبر 2000). "انتقال البروتين المعتمد على VirB/D4 من البكتيريا الزراعية إلى الخلايا النباتية". علوم . 290 (5493): 979– 82. بيب كود : 2000Sci...290..979V . دوى : 10.1126/science.290.5493.979 . بميد 11062129 . 
  25. ↑ كلوز تي جيه، تايت آر سي، ريمبل إتش سي، هيروكا تي، كيم إل، كادو سي آي (يونيو 1987). "التوصيف الجزيئي لجينات virC في بلازميد Ti" . مجلة علم البكتيريا . 169 (6): 2336-2344 . doi : 10.1128/jb.169.6.2336-2344.1987 . PMC 212055. PMID 3584058 .  
  26. 1 2 كولي إم بي، ديسوزا إم آر، كادو سي آي (أبريل 1991). "يتم تنظيم الأوبيرونين virC وvirD في بلازميد Agrobacterium Ti بواسطة جين ros الكروموسومي: تحليل جين ros المستنسخ" . مجلة علم البكتيريا . 173 (8): 2608-16 . doi : 10.1128/jb.173.8.2608-2616.1991 . PMC 207827. PMID 2013576 .  
  27. 1 2 ديسوزا-أولت إم آر، كولي إم بي، كادو سي آي (يونيو 1993). "تحليل مثبط Ros لأوبرونات virC وvirD في بكتيريا أغروباكتيريوم: التواصل الجزيئي بين جينات البلازميد والكروموسوم" . مجلة علم البكتيريا . 175 (11): 3486-90 . doi : 10.1128/jb.175.11.3486-3490.1993 . PMC 204748. PMID 8501053 .  
  28. 1 2 3 4 أتماكوري كيه، كاسكاليس إي، بورتون أو تي، بانتا إل إم، كريستي بي جيه (مايو 2007). "Agrobacterium ParA / MinD-like VirC1 ينسق مكانيًا تفاعلات نقل الحمض النووي المترافق المبكرة" . مجلة إمبو . 26 (10): 2540–51 . دوى : 10.1038/sj.emboj.7601696 . بمك 1868908 . بميد 17505518 .  
  29. ↑ بورتر إس جي، يانوفسكي إم إف، نيستر إي دبليو (سبتمبر 1987). "التوصيف الجزيئي لأوبيرون virD من بكتيريا Agrobacterium tumefaciens" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 15 (18): 7503-17 . doi : 10.1093 / nar/15.18.7503 . PMC 306264. PMID 3658701 .  
  30. 1 2 غاي ج، داس أ (مايو 1989). "يشفر أوبيرون virD في بلازميد Ti لبكتيريا Agrobacterium tumefaciens إنزيمًا مُرخيًا للحمض النووي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 86 (9): 3109-13 . Bibcode : 1989PNAS...86.3109G . doi : 10.1073/pnas.86.9.3109 . PMC 287074. PMID 2541431 .  
  31. 1 2 زيكنر إي إل، لانغ إس، شيلدباخ جيه إف (أبريل 2012). "تجميع وآليات آلات الإفراز البكتيرية من النوع الرابع" . المعاملات الفلسفية للجمعية الملكية في لندن. السلسلة ب، العلوم البيولوجية . 367 (1592): 1073-87 . doi : 10.1098/rstb.2011.0207 . PMC 3297438. PMID 22411979 .  
  32. ↑ يانوفسكي إم إف، بورتر إس جي، يونغ سي، أولبرايت إل إم، غوردون إم بي، نيستر إي دبليو (نوفمبر 1986). "يشفر أوبيرون virD في بكتيريا Agrobacterium tumefaciens إنزيم نوكلياز داخلي متخصص في موقع معين". مجلة Cell . 47 (3): 471-477 . Bibcode : 1986Cell...47..471Y . doi : 10.1016/0092-8674(86)90604-5 . PMID 3021341. S2CID 40721668 .  
  33. ↑ تاو واي، راو بي كيه، بهاتاشارجي إس، جيلفين إس بي (أبريل 2004). "يتداخل التعبير عن فوسفاتاز البروتين النباتي 2C مع النقل النووي لبروتين VirD2 من معقد T في بكتيريا أغروباكتيريوم" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 101 (14): 5164-9 . Bibcode : 2004PNAS..101.5164T . doi : 10.1073/pnas.0300084101 . PMC 387391. PMID 15047887 .  
  34. ↑ فوغل إيه إم، داس إيه (أغسطس 1992). " جين virD3 في بكتيريا أغروباكتيريوم توميفاسينز ليس ضروريًا لتكوين الأورام في النباتات" . مجلة علم البكتيريا . 174 (15): 5161-5164 . doi : 10.1128/jb.174.15.5161-5164.1992 . PMC 206339. PMID 1629176 .  
  35. ↑ كومار آر بي، داس إيه (مارس 2002). " الموقع القطبي والمجالات الوظيفية لبروتين نقل الحمض النووي VirD4 في بكتيريا Agrobacterium tumefaciens". علم الأحياء الدقيقة الجزيئي . 43 (6): 1523-1532 . doi : 10.1046/j.1365-2958.2002.02829.x . PMID 11952902. S2CID 43167663 .  
  36. ↑ وينانز إس سي، ألينزا بي، ستاشيل إس إي، ماكبرايد كي إي، نيستر إي دبليو (يناير 1987). "توصيف أوبيرون virE لبلازميد pTiA6 من بكتيريا Agrobacterium Ti" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 15 (2): 825-837 . doi : 10.1093/nar/15.2.825 . PMC 340470. PMID 3547330 .  
  37. 1 2 جيلفين إس بي (2012). "عبور الخلية: رحلة الحمض النووي T لبكتيريا الأغروبكتيريوم إلى جينوم العائل" . مجلة فرونتيرز إن بلانت ساينس . 3 : 52. Bibcode : 2012FrPS....3...52G . doi : 10.3389/fpls.2012.00052 . PMC 3355731. PMID 22645590 .  
  38. ↑ داس أ (مايو 1988). "يشفر أوبيرون virE في بكتيريا Agrobacterium tumefaciens بروتينًا رابطًا للحمض النووي أحادي السلسلة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 85 (9): 2909-13 . Bibcode : 1988PNAS...85.2909D . doi : 10.1073/pnas.85.9.2909 . PMC 280112. PMID 2452439 .  
  39. ^ Schrammeijer B، Beijersbergen A، Idler KB، Melchers LS، Thompson DV، Hooykaas PJ (يونيو 2000). "تحليل تسلسل المنطقة الفيروسية من Agrobacterium tumefaciens octopine Ti plasmid pTi15955" . مجلة علم النبات التجريبي . 51 (347): 1167– 9. دوى : 10.1093/jexbot/51.347.1167 . بميد 10948245 . 
  40. ↑ دوماس ف، داكلي م، بيلتشار ب، فان جيلدر ب، هون ب (يناير 2001). "قناة VirE2 من بكتيريا أغروباكتيريوم لنقل الحمض النووي المنقول إلى الخلايا النباتية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 98 (2): 485-490 . Bibcode : 2001PNAS...98..485D . doi : 10.1073 / pnas.011477898 . PMC 14613. PMID 11149937 .  
  41. ↑ سوندبيرغ سي، ميك إل، كارول كيه، داس إيه، ريم دبليو (فبراير 1996). "بروتين VirE1 يُسهّل تصدير بروتين VirE2 الرابط للحمض النووي أحادي السلسلة من بكتيريا Agrobacterium tumefaciens إلى الخلايا النباتية" . مجلة علم البكتيريا . 178 (4): 1207-1212 . doi : 10.1128/jb.178.4.1207-1212.1996 . PMC 177787. PMID 8576060 .  
  42. ↑ سوندبيرغ، سي دي، وريم، دبليو (نوفمبر 1999). "يتفاعل بروتين VirE1، وهو بروتين شبيه بالبروتين المرافق في بكتيريا Agrobacterium tumefaciens، مع VirE2 في نطاقات ضرورية لربط الحمض النووي أحادي السلسلة والتفاعل التعاوني" . مجلة علم البكتيريا . 181 (21): 6850-6855 . doi : 10.1128/JB.181.21.6850-6855.1999 . PMC 94155. PMID 10542192 .  
  43. 1 2 جارشو إي، غريمسلي إن إتش، هون بي (ديسمبر 1991). "يؤثر جين virF، وهو جين ضراوة يحدد نطاق العائل في بكتيريا Agrobacterium tumefaciens، على نقل الحمض النووي T إلى الذرة الصفراء" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 88 (23): 10426-30 . Bibcode : 1991PNAS...8810426J . doi : 10.1073 / pnas.88.23.10426 . PMC 52941. PMID 11607242 .  
  44. 1 2 ميلشرز إل إس، ماروني إم جي، دين دولك-راس إيه، تومسون دي في، فان فورين إتش إيه، شيلبيرورت آر إيه، هويكاس بي جي (فبراير 1990). “سلالات الأكتوبين والنوبالين من Agrobacterium tumefaciens تختلف في الفوعة؛ التوصيف الجزيئي لموضع virF”. البيولوجيا الجزيئية النباتية . 14 (2): 249–59 . بيب كود : 1990PMolB..14..249M . دوى : 10.1007/BF00018565 . بميد 2101693 . S2CID 8736045 .  
  45. 1 2 كالوجيراكي، في إس، تشو، جيه، إيبرهارد، إيه، مادسن، إي إل، وينانز، إس سي (نوفمبر 1999). "يتم نزع مجموعة الميثيل من حمض الفيروليك، وهو محفز جين vir الفينولي، بواسطة بروتين VirH2 الموجود في بلازميد Ti لبكتيريا Agrobacterium tumefaciens" . علم الأحياء الدقيقة الجزيئي . 34 (3): 512-22 . doi : 10.1046/j.1365-2958.1999.01617.x . PMID 10564493 . 
  46. ↑ كانيموتو، آر إتش، باول، إيه تي، أكيوشي، دي إي، ريغير، دي إيه، كيرستيتر، آر إيه، نيستر، إي دبليو، وآخرون . (مايو 1989). "تسلسل النيوكليوتيدات وتحليل الموضع الجيني pinF المُحفَّز في النبات من بكتيريا Agrobacterium tumefaciens" . مجلة علم البكتيريا . 171 (5): 2506-2512 . doi : 10.1128/jb.171.5.2506-2512.1989 . PMC 209927. PMID 2708311 .   
  47. 1 2 Zhu J, Oger PM, Schrammeijer B, Hooykaas PJ, Farrand SK, Winans SC (يوليو 2000). " أسس تكوّن أورام التاج" . مجلة علم البكتيريا . 182 (14): 3885-95 . Bibcode : 2000JBact.182.3885Z . doi : 10.1128/jb.182.14.3885-3895.2000 . PMC 94570. PMID 10869063 .  
  48. ↑ دي فوس، جي، وزامبريسكي، بي (1989). "تعبير بروتينات VirD1 وVirD2 وVirC1 الخاصة ببكتيريا Agrobacterium nopaline، وضرورتها لإنتاج خيوط T في بكتيريا E. coli". التفاعلات الجزيئية بين النباتات والميكروبات . 2 (2): 43-52 . Bibcode : 1989MPMI....2...43V . doi : 10.1094/mpmi-2-043 . PMID 2520160 . 
  49. ↑ غوميس-روث إف إكس، سولا إم، دي لا كروز إف، كول إم (2004). "عوامل الربط في آليات الإفراز من النوع الرابع للجزيئات الكبيرة". التصميم الصيدلاني الحالي . 10 (13): 1551-1565 . doi : 10.2174/1381612043384817 . PMID 15134575 . 
  50. ↑ زوبان ج، هاكوورث سي إيه، أغيلار ج، وارد د، زامبريسكي ب (سبتمبر 2007). "يعزز VirB1* تكوين شعيرات T في نظام الإفراز من النوع الرابع vir في بكتيريا Agrobacterium tumefaciens" . مجلة علم البكتيريا . 189 (18): 6551-6563 . doi : 10.1128/JB.00480-07 . PMC 2045169. PMID 17631630 .  
  51. 1 2 3 4 كريستي بي جيه، أتماكوري كيه، كريشنامورثي في، جاكوبوفسكي إس، كاسكاليس إي (2005). "التكوين الحيوي، والبنية، ووظيفة أنظمة الإفراز من النوع الرابع في البكتيريا" . المراجعة السنوية لعلم الأحياء الدقيقة . 59 : 451-85 . doi : 10.1146/annurev.micro.58.030603.123630 . PMC 3872966. PMID 16153176 .  
  52. ↑ موسّي، ب.، هوداسيك، أ.، داس، أ. (يونيو 2010). "بروتين الإفراز VirB3 من النوع الرابع في بكتيريا Agrobacterium tumefaciens هو بروتين غشائي داخلي ويتطلب VirB4 وVirB7 وVirB8 لتحقيق الاستقرار" . مجلة علم البكتيريا . 192 (11): 2830-2838 . doi : 10.1128/JB.01331-09 . PMC 2876495. PMID 20348257 .  
  53. ↑ بينيا أ، ماتيلا إ، مارتين-بينيتو ج، فالبويستا ج م، كاراسكوسا ج ل، دي لا كروز ف، وآخرون (نوفمبر 2012). "يوفر التركيب السداسي لبروتين VirB4 المقترن ATPase رؤى جديدة للعلاقة الوظيفية والتطورية مع ناقلات الحمض النووي" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 287 (47): 39925-39932 . doi : 10.1074/jbc.M112.413849 . PMC 3501061. PMID 23035111 .   
  54. ↑ شميدت-آيزنلوهر هـ، دومكه ن، أنغيرر س، وانر ج، زامبريسكي ب س، بارون س (ديسمبر 1999). " بروتينات Vir تُثبّت VirB5 وتُسهّل ارتباطه بالزغيبة T لبكتيريا Agrobacterium tumefaciens" . مجلة علم البكتيريا . 181 (24): 7485-92 . doi : 10.1128/JB.181.24.7485-7492.1999 . PMC 94205. PMID 10601205 .  
  55. ↑ جاكوبوفسكي إس جيه، كريشنامورثي في، كاسكاليس إي، كريستي بي جيه (أغسطس 2004). "مجالات VirB6 في بكتيريا Agrobacterium tumefaciens توجه التصدير المنظم لركيزة الحمض النووي من خلال نظام إفراز من النوع الرابع" . مجلة البيولوجيا الجزيئية . 341 (4): 961-77 . doi : 10.1016/j.jmb.2004.06.052 . PMC 3918220. PMID 15328612 .  
  56. ↑ تشاندرا ف، فرونزيس ر، دوكيروي س، كرونين ن، نافازا ج، واكسمان ج (ديسمبر 2009). "بنية معقد الغشاء الخارجي لنظام إفراز من النوع الرابع" . نيتشر . 462 ( 7276): 1011-1015 . Bibcode : 2009Natur.462.1011C . doi : 10.1038/nature08588 . PMC 2797999. PMID 19946264 .  
  57. 1 2 3 4 5 سوزوكي، كاتسونوري؛ تاناكا، كاتسويوكي؛ ياماموتو، شينجي؛ كيوكاوا، كازويا؛ موريغوتشي، كازوكي؛ يوشيدا، كازو (2009). "البلازميدات Ti و Ri". الميجابلازميدات الميكروبية . دراسات علم الأحياء الدقيقة. 11 : 133– 147. دوى : 10.1007/978-3-540-85467-8_6 . رقم ISBN 978-3-540-85466-1.
  58. ↑ هيرنالستينز جيه بي، فان فليت إف، دي بيوكيلير إم، ديبيكر إيه، إنجلر جي، ليمرز إم، هولسترز إم، فان مونتاجو إم، شيل جيه (1980). " بلازميد Ti الخاص ببكتيريا Agrobacterium tumefaciens كنظام ناقل مضيف لإدخال الحمض النووي الغريب في الخلايا النباتية". مجلة Nature . 287 (5783): 654-656 . Bibcode : 1980Natur.287..654H . doi : 10.1038/287654a0 . S2CID 4333703 . 
  59. ↑ جيلفين، إس. بي. (مارس 2003). "تحويل النباتات بواسطة بكتيريا الأغروبكتيريوم: البيولوجيا الكامنة وراء أداة "التلاعب الجيني"" . مراجعات علم الأحياء الدقيقة والبيولوجيا الجزيئية . 67 (1): 16-37 ، جدول المحتويات. Bibcode : 2003MMBR...67...16G . doi : 10.1128 / mmbr.67.1.16-37.2003 . PMC 150518. PMID 12626681 .  
  60. ↑ زامبريسكي ب، جوس هـ، جينيتيلو س، ليمانز ج، مونتاجو م ف، شيل ج (1983). "ناقل بلازميد Ti لإدخال الحمض النووي إلى الخلايا النباتية دون تغيير قدرتها الطبيعية على التجدد" . مجلة EMBO . 2 (12): 2143-2150 . Bibcode : 1983EMBO....2.2143Z . doi : 10.1002/j.1460-2075.1983.tb01715.x . PMC 555426. PMID 16453482 .  
  61. ↑ تشان إم تي، لي تي إم، تشانغ إتش إتش (1992). "تحويل أرز إنديكا ( أوريزا ساتيفا إل.) بواسطة أغروباكتيريوم توميفاسينز ". فسيولوجيا النبات والخلايا . 33 (5): 577-583 . doi : 10.1093/oxfordjournals.pcp.a078292 .
  62. ↑ تينغاي إس، ماكيلروي دي، كالا آر، فيغ إس، وانغ إم، ثورنتون إس، بريتيل آر (1997). " تحويل الشعير بواسطة بكتيريا أغروباكتيريوم توميفاسينز " . مجلة النبات . 11 (6): 1369-1376 . doi : 10.1046/j.1365-313X.1997.11061369.x .
  63. ↑ تشنغ م، فراي جيه إي، بانغ س، تشو هـ، هيروناكا سي إم، دنكان دي آر، وآخرون . (نوفمبر 1997). " التحويل الوراثي للقمح بوساطة بكتيريا أغروباكتيريوم توميفاسينز" . علم وظائف النبات . 115 (3): 971-980 . Bibcode : 1997PlanP.115..971C . doi : 10.1104/pp.115.3.971 . PMC 158560. PMID 12223854 .   
  64. ↑ تزفيرا تي، سيتوفسكي في (2007).أغروباكتيريوم : من علم الأحياء إلى التكنولوجيا الحيوية . سبرينغر ساينس آند بيزنس ميديا.
  65. ↑ كونيك تي، تزفيرا تي، كابولنيك واي، غافني واي، دينغوال سي، سيتوفسكي في (فبراير 2001). " التحويل الجيني لخلايا هيلا بواسطة أغروباكتيريوم" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 98 (4): 1871-1876 . Bibcode : 2001PNAS...98.1871K . doi : 10.1073/pnas.98.4.1871 . PMC 29349. PMID 11172043 .  
  66. ↑ شميسر، سي؛ ليسيغانغ، إتش؛ كريشياك، دي؛ باكو، إن؛ لو كويري، إيه؛ وولهر، إيه؛ هاينماير، آي؛ مورغنسترن، بي؛ بوميرينغ-روزر، إيه؛ فلوريس، إم؛ بالاسيوس، آر؛ برينر، إس؛ غوتشالك، جي؛ شميتز، آر إيه؛ بروتون، دبليو جيه؛ بيريه، إكس؛ ستريتماتر، إيه دبليو؛ ستريت، دبليو آر (يونيو 2009). "سلالة ريزوبيوم NGR234 تمتلك عددًا ملحوظًا من أنظمة الإفراز" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 75 (12): 4035-4045 . Bibcode : 2009ApEnM..75.4035S . doi : 10.1128/AEM.00515-09 . PMC 2698369 . PMID 19376903 .