الشفرة البلاستيدية للبكتيريا والعتائق والنباتات

الشفرة البكتيرية والعتائقية والبلاستيدية النباتية (جدول الترجمة 11 ) هي شفرة الحمض النووي المستخدمة من قبل البكتيريا والعتائق والفيروسات بدائية النواة وبروتينات البلاستيدات الخضراء . وهي في الأساس مطابقة للشفرة القياسية ، إلا أن هناك بعض الاختلافات في كودونات البدء البديلة .

^{[ 1 ] من بين} كودونات البدء المحتملةفي الجدول 1 من NCBI، يُعدّ كودون AUG الأكثر شيوعًا. ^[ 2] أما كودونا البدء الآخران المذكوران في الجدول 1 (GUG وUUG) فهما نادران في حقيقيات النوى. ^{[ 3 ]} تتميز بدائيات النوى بمتطلبات أقل صرامة لكودونات البدء، وهي موضحة فيالجدول 11 من NCBI.

^{ب ^ ^ ^} تم وصف الأساس التاريخي لتسمية كودونات التوقف بالكهرمان والأوكر والأوبال في سيرة ذاتية لسيدني برينر ^{[ 4 ]} وفي مقال تاريخي لبوب إدغار. ^{[ 5 ]}

كما هو الحال في الشفرة القياسية، تكون عملية بدء الترجمة أكثر كفاءة عند كودون AUG. بالإضافة إلى ذلك، تم توثيق بدء الترجمة باستخدام كودوني GUG وUUG في العتائق والبكتيريا. ^{[ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ]} في بكتيريا الإشريكية القولونية ، يُقدّر أن كودون UUG يعمل كبادئ لحوالي 3% من بروتينات البكتيريا. ^{[ 13 ]} من المعروف أن كودون CUG يعمل كبادئ لبروتين واحد مُشفّر بواسطة البلازميد (RepA) في الإشريكية القولونية . ^{[ 14 ]} بالإضافة إلى بدء الترجمة باستخدام كودون NUG، في حالات نادرة، يمكن للبكتيريا بدء الترجمة من كودون AUU ، كما هو الحال في بوليميراز عديد الأدينين PcnB وجين InfC الذي يُشفّر عامل بدء الترجمة IF3 . ^{[ 15 ] [ 16 ] [ 10 ] [ 17 ]} التعيينات الداخلية هي نفسها الموجودة في الكود القياسي على الرغم من أن أكواد UGA ذات كفاءة منخفضة للتريبتوفان في بكتيريا Bacillus subtilis ، ومن المفترض أنها موجودة أيضًا في بكتيريا Escherichia coli . ^{[ 18 ]}

يكون تنسيق NCBI الخام كما يلي، مع وضع علامات UUG وCUG وAUU وAUC وAUA وAUG وGUG كمبادرات محتملة: ^{[ 19 ]}

 AAs = FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG البدايات = ---M------**--*----M------------MMMM---------------M------------ الأساس 1 = TTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGGGGG الأساس 2 = TTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGGTTTTCCCCAAAAGGGG الأساس 3 = TCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAG

لم يتم التطرق إلى بدء التفاعل عند AUC و AUA في نص وصف NCBI، ولكن من المعروف بالفعل أن كليهما يحدث في E. coli . ^{[ 20 ]}

• قائمة الشفرات الوراثية

تتضمن هذه المقالة نصًا من المكتبة الوطنية الأمريكية للطب ، وهو متاح للعموم . ^{[ 19 ]}