الكلاميديا ​​(بكتيريا)

لم تكن المعايير السابقة لتصنيف أنواع الكلاميديا ​​فعالة دائمًا. فعلى سبيل المثال، كان يتم التمييز آنذاك بين الكلاميديا ​​الببغائية (C. psittaci) والكلاميديا ​​التراخومية (C.  trachomatis) من خلال مقاومتها للسلفاديازين ، مع العلم أن ليس كل السلالات التي تم تحديدها على أنها كلاميديا  ​​ببغائية في ذلك الوقت كانت مقاومة. كما تم تصنيف الكلاميديا ​​الرئوية ( C.  pneumoniae ) بناءً على مظهرها تحت المجهر الإلكتروني وقدرتها على إصابة البشر، مع العلم أن مظهرها تحت المجهر الإلكتروني قد يختلف من مجموعة بحثية إلى أخرى، والعديد من هذه الأنواع كانت تصيب البشر.

أدى إعادة وصف شاملة لرتبة الكلاميديات في عام 1999، باستخدام تقنيات تحليل الحمض النووي الحديثة آنذاك، إلى فصل ثلاثة أنواع من جنس الكلاميديا ​​وإعادة تصنيفها ضمن جنس الكلاميدوفيلا المُستحدث آنذاك ( يُشار إليه فيما يلي بـ Cp. ). كما أُضيفت خمسة أنواع جديدة بفصلها عن الأنواع الموجودة: ^{[ 8 ]}

ملخص لتغيير التصنيف لعام 1999 ^{[ 9 ]}

الاسم القديم	يستضيف	اسم جديد
C.  psittaci	الطيور	Cp.  psittaci
	الثدييات	Cp.  abortus
	القطط	Cp.  felis
	خنزير غينيا	Cp.  caviae
C.  pecorum	الثدييات	Cp.  pecorum
المتدثرة  الرئوية	البشر	Cp.  pneumoniae
المتدثرة  الحثرية	البشر	المتدثرة  الحثرية
	الخنازير	C.  suis
	الفئران والهامستر	C.  muridarum

بحسب مؤلفي دراسة عام 1999، يبلغ متوسط ​​الاختلاف في إعادة ارتباط الحمض النووي الذي يميز الكلاميدوفيلا عن الكلاميديا ​​10.1%، وهي قيمة مقبولة لفصل الأجناس. ورغم أن تسلسلات جين الحمض النووي الريبوزي 16S لكلا الجنسين متطابقة بنسبة تقارب 95%، على عكس الأجناس الأخرى المصنفة سابقًا، فقد اعتبر المؤلفون أن نسبة التشابه الأقل من 95% مجرد دليل إرشادي لتصنيف أجناس جديدة ضمن عائلات الكلاميديا. في هذه الدراسة، استخدم المؤلفون تشابه مواقع ترميز البروتين وجينات الحمض النووي الريبوزي في الجينوم (مجموعات الجينات) للمساعدة في التمييز بين الكلاميدوفيلا والكلاميديا . كما أن جينات الحمض النووي الريبوزي 23S كاملة الطول لأنواع الجنسين كانت متطابقة بنسبة أقل من 95%. ^{[ 8 ]} تم أيضًا استخدام معايير داعمة مثل الكشف عن المستضد ، ^{[ 10 ]} وتلوين الجليكوجين ، وارتباط المضيف، وشكل المجهر الإلكتروني ، اعتمادًا على قابلية التطبيق والتوافر. 

بعض المعايير الجزيئية التي تميز أجناس الكلاميديا ^{​​[ 8 ]}

جنس	حجم الجينوم التقريبي ( ميغا زوج قاعدي )	جليكوجين قابل للكشف	عدد الأوبيرونات rDNA
الكلاميدوفيلا	1.2	لا	1
الكلاميديا	1.0	نعم	2

في عام 2001 ، اعترض العديد من علماء البكتيريا بشدة على إعادة التصنيف. ^{[ 1 ]} حددت تحليلات جينومية مقارنة في عام 2006 عددًا من البروتينات المميزة الموجودة بشكل فريد في أنواع من جنسي الكلاميديا ​​والكلاميدوفيلا ، مما دعم تميز الكلاميدوفيلا ، لكنه لم يدعم سيناريو "الانفصال المبكر" كما اقترحه الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي . ^{[ 11 ]}

في عام 2009، طُعن في صحة تصنيف الكلاميدوفيلا  باستخدام تقنيات تحليل الحمض النووي الحديثة (التي تعتمد على 100 بروتين متسلسل بدلاً من  الحمض النووي الريبوزي 16S)، مما أدى إلى اقتراح "إعادة توحيد عائلة الكلاميديا ​​في جنس واحد، هو الكلاميديا ". وأشار الباحثون إلى ضعف الدعم الإحصائي لشجرة الحمض النووي الريبوزي لعام 1999، والتي أظهرت انقسامًا في 68% فقط من الأشجار التي تم أخذ عينات منها، وجادلوا بأن  دراسة عام 2006 لم تقدم دعمًا قويًا كافيًا لهذا الفصل. ^{[ 12 ]} يبدو أن هذا التراجع قد حظي بقبول المجتمع العلمي ^{[ 13 ]} وتم التحقق منه رسميًا في عام 2015، ^{[ 14 ] [ 15 ]} مما رفع عدد أنواع الكلاميديا ​​(الصحيحة) إلى 9 أنواع بحلول عام 2017. ^{[ 16 ]} وبحلول عام 2018، أصبح دمج جنس الكلاميدوفيلا مرة أخرى في جنس الكلاميديا ​​أمرًا مقبولًا على نطاق واسع. ^{[ 17 ] [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ]}

مع ذلك، تُظهر التحليلات الأحدث لقاعدة بيانات تصنيف الجينوم، باستخدام 120  بروتينًا متسلسلًا، صحة فصل هذين الجنسين (انظر قسم  علم الوراثة أدناه)، مما أدى إلى إعادة إحياء الجنس في تصنيفي GTDB و GBIF . ^{[ 21 ] [ 22 ]} كما استعاد جوزيف وآخرون (2015)، الذين اقترحوا أنواعًا جديدة من سلالات كانت تُعرف سابقًا باسم C.  psittaci ، فرعًا متماسكًا من الكلاميدوفيلا في شجرة الجينوم الكامل، ولكن ببنية غير معتادة تُظهر أن الكلاميدوفيلا هي أقرب الأنواع إلى الكلاميدوفيلا  الموريداروم . ^{[ 6 ]} ووجد غوبتا وآخرون (2015) تسلسلًا واحدًا من  نوع CSI و19  تسلسلًا من نوع CSP خاصًا بالكلاميدوفيليا، وتسلسلين من  نوع CSI و19 تسلسلًا من نوع CSP خاصين بنسخة الكلاميديا  ​​ثلاثية الأنواع . ^{[ 23 ]}

عُزلت لاحقًا العديد من الأنواع المحتملة، لكن لم يُكلّف أحد نفسه عناء تسميتها. تندرج العديد من الأنواع الجديدة ضمن مجموعة الكلاميدوفيليا ، وقد صُنّفت في الأصل كسلالات شاذة من الكلاميديوم الببغائي . ومما يزيد الأمر تعقيدًا أن هذه المجموعة تُظهر علامات على إعادة التركيب بين الأنواع. ^{[ 6 ]}

• في عام 2013 تمت إضافة نوع عاشر، وهو C. ibidis ، المعروف فقط من طيور أبو منجل المقدس البرية في فرنسا. ^{[ 24 ]}
• تمت إضافة نوعين آخرين في عام 2014 (ولكن تم التحقق من صحتهما في عام 2015): C. avium الذي يصيب الحمام والببغاوات، و C. gallinacea الذي يصيب الدجاج والدجاج الحبشي والديك الرومي. ^{[ 6 ]}
• تم دمج نوعين من الأنواع المقترحة لـ Chlamydophila في عام 1999 ( C. abortus و C. felis ) رسميًا في عام 2015. ^{[ 1 ]} تم تغطية C. caviae في نفس المنشور، ولكن تم التحقق من صحتها فقط في عام 2024. ^{[ 25 ]}
• تم التحقق من صحة C. poikilotherma في عام 2022، كتصحيح لـ "Chlamydia poikilothermis" لعام 2019. ^{[ 1 ]}
• تم التحقق من صحة C. buteonis في عام 2023. ^{[ 1 ]}
• تم التحقق من صحة C. crocodili في عام 2023. ^{[ 1 ]}

يوجد نوع واحد من الكلاميدوفيليا نُشر بشكل غير صحيح ولم يُنقل إلى جنس الكلاميديا ​​حتى عام 2025: " Chlamydophila parapsittaci "، ^{[ 26 ]} وهو يُمثل مرحلة وسيطة بين الكلاميدوفيليا المجهضة (C. abortus) والكلاميديا ​​الببغائية ( C. psittaci) . ^{[ 27 ]} انظر الكلاميديا ​​الببغائية §  المرحلة الوسيطة بين الكلاميديا ​​الببغائية والمجهضة (Psittaci-abortus) لمناقشة هذا النوع.