عنصر تنظيمي سيس

📅 آخر تحديث: ١ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١ أغسطس ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 2 صور
الموسوعة الحرة

تُعدّ العناصر التنظيمية المجاورة ( CREs ) أو الوحدات التنظيمية المجاورة ( CRMs ) مناطق من الحمض النووي غير المشفر تُنظّمنسخ الجينات المجاورة. وتُمثّل هذه العناصر مكونات حيوية لشبكات التنظيم الجيني ، التي بدورها تتحكم في تكوين الشكل ، وتطور التشريح ، وجوانب أخرى من التطور الجنيني ، والتي تُدرس في علم الأحياء التطوري النمائي .

توجد عناصر تنظيم النسخ (CREs) بالقرب من الجينات التي تنظمها. وعادةً ما تنظم هذه العناصر نسخ الجينات عن طريق الارتباط بعوامل النسخ . قد يرتبط عامل نسخ واحد بالعديد من عناصر تنظيم النسخ، وبالتالي يتحكم في التعبير عن العديد من الجينات ( تعدد التأثير الجيني ). يشير المقطع اللاتيني cis إلى "على هذا الجانب"، أي على نفس جزيء الحمض النووي (DNA) الذي يحتوي على الجينات المراد نسخها.

تُعرف العناصر التنظيمية المُتحكم بها (CRMs) بأنها أجزاء من الحمض النووي ، يتراوح طولها عادةً بين 100 و1000 زوج قاعدي، [ 1 ] حيث يمكن لعدد من عوامل النسخ الارتباط بها وتنظيم التعبير الجيني للجينات المجاورة ، بالإضافة إلى تنظيم معدلات نسخها. تُسمى هذه العناصر "cis" لأنها تقع عادةً على نفس شريط الحمض النووي الذي تقع عليه الجينات التي تتحكم بها، على عكس "trans" التي تشير إلى التأثيرات على الجينات التي لا تقع على نفس الشريط أو تقع على مسافة أبعد، مثل عوامل النسخ. [ 1 ] يمكن لعنصر تنظيمي واحد من نوع "cis " أن ينظم عدة جينات، [ 2 ] وعلى العكس، يمكن لجين واحد أن يحتوي على عدة وحدات تنظيمية من نوع "cis" . [ 3 ] تؤدي الوحدات التنظيمية من نوع "cis" وظيفتها من خلال دمج عوامل النسخ النشطة والعوامل المساعدة المرتبطة بها في وقت ومكان محددين داخل الخلية، حيث تُقرأ هذه المعلومات ويُعطى الناتج. [ 4 ]

تتواجد عناصر تنظيم النسخ (CREs) غالبًا، ولكن ليس دائمًا، في الجزء العلوي من موقع النسخ. وتختلف عناصر تنظيم النسخ عن العناصر التنظيمية العابرة (TREs) ، التي تشفر عوامل النسخ.

ملخص

رسم تخطيطي يوضح المراحل التي يمكن فيها التحكم في التعبير الجيني في مسار الحمض النووي-الرنا المرسال-البروتين

يحتوي جينوم الكائن الحي على ما بين بضع مئات إلى آلاف الجينات المختلفة، كل منها يُشفّر منتجًا واحدًا أو أكثر. ولأسباب عديدة، منها الحفاظ على بنية الجين، وتوفير الطاقة، وتوليد التباين الظاهري ، من المهم أن تُعبّر الجينات فقط عند الحاجة إليها. وتُعدّ عملية تنظيم التعبير الجيني على مستوى النسخ الطريقة الأكثر فعالية للكائن الحي . تعمل عناصر تنظيم النسخ (CREs) على التحكم في النسخ من خلال العمل بالقرب من الجين أو داخله. ومن أكثر أنواع عناصر تنظيم النسخ دراسةً المُعززات والمُحفزات . وكلا هذين العنصرين التسلسليين عبارة عن مناطق بنيوية في الحمض النووي ( DNA) تعمل كمنظمات للنسخ .

تُعدّ الوحدات التنظيمية المجاورة أحد أنواع العناصر التنظيمية الوظيفية . العناصر التنظيمية هي مواقع ارتباط لعوامل النسخ، التي تُشارك في تنظيم الجينات. [ 1 ] تُجري الوحدات التنظيمية المجاورة معالجةً واسعةً للمعلومات التطورية. [ 1 ] تُشكّل الوحدات التنظيمية المجاورة تجمعات غير عشوائية في مواقعها المستهدفة المُحددة، وتحتوي على مواقع ارتباط عوامل النسخ. [ 1 ]

كان التعريف الأصلي يُعرّف الوحدات التنظيمية المجاورة بأنها مُحسِّنات للحمض النووي المؤثر في نفس الجين، مما يزيد من معدل النسخ من مُحفِّز مرتبط . [ 4 ] ومع ذلك، فقد تم تغيير هذا التعريف ليُعرّف الوحدات التنظيمية المجاورة بأنها تسلسل من الحمض النووي يحتوي على مواقع ارتباط عوامل النسخ، والتي تتجمع في هياكل معيارية، بما في ذلك -على سبيل المثال لا الحصر- مناطق التحكم في الموضع، والمُحفِّزات، والمُحسِّنات، والمُثبِّطات، وعناصر التحكم الحدودية، وغيرها من المُعدِّلات. [ 4 ]

يمكن تقسيم الوحدات التنظيمية المجاورة إلى ثلاث فئات: المعززات ، التي تنظم التعبير الجيني بشكل إيجابي؛ [ 1 ] والعوازل ، التي تعمل بشكل غير مباشر من خلال التفاعل مع وحدات تنظيمية مجاورة أخرى ؛ [ 1 ] والمثبطات التي توقف التعبير عن الجينات. [ 1 ]

يُصمَّم نظام التنظيم الجيني في الموقع (cis -regulatory modules) بحيث تعمل عوامل النسخ والتعديلات فوق الجينية كمدخلات، ويكون ناتج الوحدة هو الأمر المُعطى لآلية النسخ، والتي بدورها تُحدد معدل نسخ الجينات أو ما إذا كانت مُفعَّلة أم مُثبَّطة . [ 1 ] يوجد نوعان من مدخلات عوامل النسخ: تلك التي تُحدد وقت التعبير عن الجين المستهدف، وتلك التي تعمل كمحفزات وظيفية ، والتي لا تُفعَّل إلا في حالات مُحددة أثناء النمو. [ 1 ] يمكن أن تأتي هذه المدخلات من نقاط زمنية مُختلفة، أو تُمثل روابط إشارة مُختلفة، أو من نطاقات أو سلالات خلوية مُختلفة. ومع ذلك، لا يزال الكثير مجهولاً.

بالإضافة إلى ذلك، يلعب تنظيم بنية الكروماتين والتنظيم النووي دورًا في تحديد وظيفة وحدات التنظيم الجيني المجاورة والتحكم بها. [ 4 ] وبالتالي، توفر وظائف تنظيم الجينات (GRF) سمة فريدة لوحدة التنظيم الجيني المجاورة (CRM)، حيث تربط تركيزات عوامل النسخ (المدخلات) بنشاط المحفز (المخرجات). ويكمن التحدي في التنبؤ بوظائف تنظيم الجينات، وهو تحدٍ لا يزال قائمًا. عمومًا، لا تستخدم وظائف تنظيم الجينات المنطق البولياني ، [ 2 ] على الرغم من أن تقريب المنطق البولياني لا يزال مفيدًا للغاية في بعض الحالات.

افتراض المنطق البولياني

في إطار منطق البوليان، تشمل المبادئ التي توجه عمل هذه الوحدات تصميم الوحدة الذي يحدد وظيفتها التنظيمية. وفيما يتعلق بالتطوير، يمكن لهذه الوحدات توليد مخرجات موجبة وسالبة. مخرج كل وحدة هو نتاج العمليات المختلفة التي تُجرى عليها. تشمل العمليات الشائعة بوابة "أو" - يشير هذا التصميم إلى أنه سيتم إعطاء مخرج عند إدخال أي من المدخلات [3]، وبوابة "و" - في هذا التصميم، يلزم وجود عاملين تنظيميين مختلفين لضمان الحصول على مخرج موجب. [ 1 ] "المفاتيح التبديلية" - يحدث هذا التصميم عندما يكون رابط الإشارة غائبًا بينما يكون عامل النسخ موجودًا؛ وينتهي الأمر بعامل النسخ هذا بالعمل كمثبط مهيمن. ومع ذلك، بمجرد وجود رابط الإشارة، يتم التخلص من دور عامل النسخ كمثبط ويمكن أن يحدث النسخ. [ 1 ]

قد تحدث عمليات منطقية أخرى، مثل مثبطات النسخ الخاصة بتسلسل معين، والتي عند ارتباطها بالوحدة التنظيمية المجاورة (cis) ينتج عنها مخرج يساوي صفرًا. بالإضافة إلى ذلك، فإنه إلى جانب تأثير العمليات المنطقية المختلفة، يتأثر ناتج الوحدة التنظيمية المجاورة (cis) أيضًا بالأحداث السابقة. [ 1 ] 4) يجب أن تتفاعل الوحدات التنظيمية المجاورة (cis) مع عناصر تنظيمية أخرى. في أغلب الأحيان، حتى مع وجود تداخل وظيفي بين الوحدات التنظيمية المجاورة (cis) لجين ما، فإن مدخلات ومخرجات هذه الوحدات لا تتطابق عادةً. [ 1 ]

على الرغم من أهمية افتراض المنطق البولياني في بيولوجيا الأنظمة ، تُظهر دراساتٌ مُفصّلة أن منطق تنظيم الجينات ليس بوليانيًا في العموم. [ 2 ] وهذا يعني، على سبيل المثال، أنه في حالة وحدة تنظيمية cis تُنظَّم بواسطة عاملين نسخ، لا يُمكن وصف وظائف تنظيم الجينات المُحدَّدة تجريبيًا بالوظائف البوليانية الست عشرة المُمكنة لمتغيرين. وقد اقتُرحت امتدادات غير بوليانية لمنطق تنظيم الجينات لتصحيح هذه المشكلة. [ 2 ]

تصنيف

يمكن تمييز الوحدات التنظيمية المجاورة (cis) من خلال معالجة المعلومات التي تشفرها وتنظيم مواقع ارتباط عوامل النسخ فيها. بالإضافة إلى ذلك، تتميز هذه الوحدات أيضًا بتأثيرها على احتمالية النسخ ونسبته ومعدله. [ 4 ] تُصنف الوحدات التنظيمية المجاورة عالية التعاون والتنسيق على أنها مُحسِّنات ( enhancesomes) . [ 4 ] يُعدّ تصميم مواقع ارتباط عوامل النسخ وترتيبها أمرًا بالغ الأهمية، لأن أي خلل في هذا الترتيب قد يُلغي الوظيفة. [ 4 ] تُسمى الوحدات التنظيمية المجاورة المرنة وظيفيًا بلوحات الإعلانات (billboards). ويُمثل ناتج النسخ فيها التأثير التراكمي لعوامل النسخ المرتبطة بها. [ 4 ] تؤثر المُحسِّنات على احتمالية تنشيط الجين، ولكن تأثيرها على معدل النسخ ضئيل أو معدوم. [ 4 ] يعمل نموذج الاستجابة الثنائية كمفتاح تشغيل/إيقاف للنسخ. يزيد هذا النموذج أو يُقلل من عدد الخلايا التي تنسخ الجين، ولكنه لا يؤثر على معدل النسخ. [ 4 ] يصف نموذج الاستجابة الريوستاتية الوحدات التنظيمية المجاورة بأنها منظمات لمعدل بدء نسخ الجين المرتبط بها. [ 4 ]

المروج

المحفزات هي عناصر تنظيم النسخ (CREs) تتكون من تسلسلات قصيرة نسبيًا من الحمض النووي (DNA)، وتشمل موقع بدء النسخ والمنطقة التي تبعد حوالي 35 زوجًا قاعديًا (bp) قبل أو بعد موقع البدء. [ 5 ] في حقيقيات النوى ، تتكون المحفزات عادةً من المكونات الأربعة التالية: صندوق TATA ، وموقع التعرف على TFIIB ، ومُبادر النسخ ، وعنصر المحفز الأساسي في اتجاه المصب . [ 5 ] وقد وُجد أن الجين الواحد قد يحتوي على مواقع محفزات متعددة. [ 6 ] لبدء نسخ الجين في اتجاه المصب، يجب أن ترتبط مجموعة من البروتينات الرابطة للحمض النووي، والتي تُسمى عوامل النسخ (TFs)، بهذه المنطقة بالتتابع. [ 5 ] فقط بعد ارتباط هذه المنطقة بمجموعة عوامل النسخ المناسبة، وبالترتيب الصحيح، يمكن لإنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي (RNA polymerase) الارتباط وبدء نسخ الجين.

معززات

المُعززات هي عناصر تنظيمية (CREs) تؤثر على نسخ الجينات على نفس جزيء الحمض النووي (DNA)، ويمكن أن توجد في اتجاه 5' أو 3' أو داخل الإنترونات ، أو حتى على مسافة بعيدة نسبيًا من الجين الذي تنظمه. يمكن أن تعمل مُعززات متعددة بطريقة مُنسقة لتنظيم نسخ جين واحد. [ 7 ] كشفت العديد من مشاريع تسلسل الجينوم الكامل أن المُعززات غالبًا ما تُنسخ إلى حمض نووي ريبوزي طويل غير مُشفر (lncRNA) أو حمض نووي ريبوزي مُعزز (eRNA)، وترتبط تغيرات مستوياتها في كثير من الأحيان بتغيرات الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) للجين المستهدف. [ 8 ]

كاتمات الصوت

المُثبِّطات هي عناصر تنظيم النسخ (CREs) التي ترتبط بعوامل تنظيم النسخ (بروتينات) تُسمى الكابتات ، مما يمنع نسخ الجين. ويمكن أن يُشير مصطلح "المُثبِّط" أيضًا إلى منطقة في الطرف غير المترجم 3' من الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA)، ترتبط ببروتينات تُثبِّط ترجمة جزيء mRNA هذا، ولكن هذا الاستخدام يختلف عن استخدامه لوصف عنصر تنظيم النسخ (CRE).

المشغلون

المشغلات هي عناصر تنظيمية في بدائيات النوى وبعض حقيقيات النوى التي توجد داخل الأوبيرونات ، حيث يمكنها الارتباط ببروتينات تسمى الكابتات للتأثير على النسخ.

الدور التطوري

تؤدي العناصر التنظيمية المشفرة (CREs) دورًا تطوريًا هامًا. غالبًا ما تكون المناطق المشفرة للجينات محفوظة جيدًا بين الكائنات الحية، ومع ذلك، تُظهر الكائنات الحية المختلفة تنوعًا ظاهريًا ملحوظًا. وقد وُجد أن تعدد الأشكال الذي يحدث داخل التسلسلات غير المشفرة له تأثير عميق على النمط الظاهري من خلال تغيير التعبير الجيني . [ 7 ] يمكن للطفرات التي تنشأ داخل عنصر تنظيمي مشفر أن تُحدث تباينًا في التعبير عن طريق تغيير طريقة ارتباط عوامل النسخ. سيؤدي الارتباط الأقوى أو الأضعف للبروتينات التنظيمية إلى زيادة أو نقصان في النسخ.

وحدة تنظيمية سيس في شبكة تنظيم الجينات

تعتمد وظيفة شبكة تنظيم الجينات على بنية العُقد ، التي بدورها تعتمد على وحدات تنظيمية متعددة . [ 1 ] يوفر تخطيط هذه الوحدات معلومات كافية لتوليد أنماط مكانية وزمانية للتعبير الجيني. [ 1 ] خلال التطور، يخضع كل نطاق، حيث يمثل كل نطاق منطقة مكانية مختلفة من الجنين، لسيطرة وحدات تنظيمية مختلفة . [ 1 ] يُسهم تصميم الوحدات التنظيمية في إنتاج حلقات التغذية الراجعة ، والتغذية الأمامية ، والتنظيم المتبادل. [ 9 ]

طريقة العمل

تستطيع الوحدات التنظيمية المجاورة تنظيم جيناتها المستهدفة عبر مسافات طويلة. وقد طُرحت عدة نماذج لوصف كيفية تواصل هذه الوحدات مع مُحفِّز الجين المستهدف. [ 4 ] تشمل هذه النماذج نموذج مسح الحمض النووي، ونموذج التفاف تسلسل الحمض النووي، ونموذج التتبع المُيسَّر. في نموذج مسح الحمض النووي، يتشكل مُركَّب عامل النسخ والعامل المُساعد عند الوحدة التنظيمية المجاورة ، ثم يستمر في التحرك على طول تسلسل الحمض النووي حتى يصل إلى مُحفِّز الجين المستهدف. [ 4 ] في نموذج الالتفاف، يرتبط عامل النسخ بالوحدة التنظيمية المجاورة ، مما يؤدي إلى التفاف تسلسل الحمض النووي، ويسمح بالتفاعل مع مُحفِّز الجين المستهدف. يُؤدي مُركَّب عامل النسخ والوحدة التنظيمية المجاورة إلى التفاف تسلسل الحمض النووي ببطء باتجاه مُحفِّز الجين المستهدف، مُشكِّلاً بذلك بنية حلقية مستقرة. [ 4 ] يجمع نموذج التتبع المُيسَّر بين أجزاء من النموذجين السابقين.

تحديد الهوية والتنبؤ الحسابي

إلى جانب تحديد عناصر تنظيم النسخ (CRMs) تجريبيًا، توجد خوارزميات معلوماتية حيوية متنوعة للتنبؤ بها. تحاول معظم الخوارزميات البحث عن تراكيب مهمة لمواقع ارتباط عوامل النسخ ( مواقع ارتباط الحمض النووي ) في تسلسلات المحفزات للجينات المتزامنة التعبير. [ 10 ] وتجمع طرق أكثر تطورًا بين البحث عن الأنماط المهمة والارتباط في مجموعات بيانات التعبير الجيني بين عوامل النسخ والجينات المستهدفة. [ 11 ] وقد طُبقت كلتا الطريقتين، على سبيل المثال، في برنامج ModuleMaster . ومن البرامج الأخرى المصممة لتحديد وتوقع وحدات تنظيم النسخ (cis -regulatory modules):

يُعدّ INSECT 2.0 [ 12 ] خادم ويب يُتيح البحث عن وحدات تنظيمية سيسية على مستوى الجينوم. يعتمد البرنامج على تحديد قيود صارمة بين مواقع ارتباط عوامل النسخ (TFBSs) التي تُكوّن الوحدة لتقليل معدل النتائج الإيجابية الخاطئة. صُمّم INSECT ليكون سهل الاستخدام، إذ يُتيح الاسترجاع التلقائي للتسلسلات، بالإضافة إلى العديد من طرق العرض المرئية وروابط لأدوات خارجية لمساعدة المستخدمين في العثور على الحالات التي يُرجّح أن تكون مواقع تنظيمية حقيقية. نُشرت خوارزمية INSECT 2.0 سابقًا، وشُرحت الخوارزمية والنظرية الكامنة وراءها في [ 13 ].

يستخدم برنامج ستوب نماذج ماركوف المخفية لتحديد مجموعات ذات دلالة إحصائية من تركيبات عوامل النسخ. كما يستخدم جينومًا ثانيًا ذا صلة لتحسين دقة التنبؤ للنموذج. [ 14 ]

تستخدم الشبكات البايزية خوارزمية تجمع بين تنبؤات المواقع وبيانات التعبير النسيجي الخاصة بعوامل النسخ والجينات المستهدفة ذات الأهمية. كما يستخدم هذا النموذج أشجار الانحدار لتوضيح العلاقة بين وحدة التنظيم cis المحددة ومجموعة عوامل النسخ التي يُحتمل ارتباطها. [ 15 ]

يفحص برنامج CRÈME مجموعات المواقع المستهدفة لعوامل النسخ ذات الأهمية. يستخدم هذا البرنامج قاعدة بيانات لمواقع ارتباط عوامل النسخ المؤكدة والمُعَلَّمة عبر الجينوم البشري . تُطبَّق خوارزمية بحث على مجموعة البيانات لتحديد التوليفات الممكنة لعوامل النسخ التي لها مواقع ارتباط قريبة من مُحفِّز مجموعة الجينات ذات الأهمية. ثم تُحلَّل الوحدات التنظيمية المحتملة إحصائيًا، وتُمثَّل التوليفات المهمة بيانيًا [ 16 ].

يُعدّ تحديد الوحدات التنظيمية النشطة في التسلسل الجينومي أمرًا صعبًا. وتنشأ مشاكل التحديد غالبًا من قلة عدد عوامل النسخ المعروفة، مما يُصعّب تحديد التجمعات ذات الدلالة الإحصائية لمواقع ارتباط عوامل النسخ. [ 14 ] إضافةً إلى ذلك، تحدّ التكاليف الباهظة من استخدام مصفوفات التجانب الجينومي الكاملة واسعة النطاق . [ 15 ]

مواقع ارتباط عوامل تنظيم الجينات. عوامل النسخ التي ترتبط بالحمض النووي، والبروتينات الرابطة للحمض النووي الريبي ، والحمض النووي الريبي الميكروي الذي يرتبط بالحمض النووي الريبي

أمثلة

من الأمثلة على التسلسل التنظيمي المؤثر في نفس الجزيء (cis-acting) هو المُشغِّل في أوبيرون اللاكتوز (lac operon ). يرتبط هذا التسلسل من الحمض النووي (DNA) بمثبط اللاكتوز (lac repressor )، الذي بدوره يمنع نسخ الجينات المجاورة على جزيء الحمض النووي نفسه. ولذلك، يُعتبر مُشغِّل اللاكتوز (lac operator) مؤثرًا في نفس الجزيء (cis) على تنظيم الجينات القريبة. ولا يُشفِّر المُشغِّل نفسه أي بروتين أو حمض نووي ريبوزي (RNA) .

في المقابل، تُعدّ العناصر التنظيمية العابرة عوامل قابلة للانتشار، وعادةً ما تكون بروتينات، قد تُعدّل التعبير الجيني لجينات بعيدة عن الجين الذي نُسخ أصلاً لتكوينها. على سبيل المثال، قد يكون عامل النسخ الذي يُنظّم جينًا على الكروموسوم 6 قد نُسخ بدوره من جين على الكروموسوم 11. مصطلح " العناصر التنظيمية العابرة" مُشتق من الكلمة اللاتينية " trans " التي تعني "مقابل".

توجد عناصر تنظيمية داخلية وعناصر تنظيمية خارجية. غالباً ما تكون العناصر التنظيمية الداخلية مواقع ارتباط لعامل واحد أو أكثر من العوامل الخارجية .

باختصار، توجد العناصر التنظيمية cis على نفس جزيء الحمض النووي مثل الجين الذي تنظمه، بينما يمكن للعناصر التنظيمية trans تنظيم الجينات البعيدة عن الجين الذي تم نسخها منه.

أمثلة في الحمض النووي الريبي

عناصر الحمض النووي الريبي
يكتباختصاروظيفةتوزيعالمرجع.
عنصر إزاحة الإطارينظم استخدام الإطار البديل مع الحمض النووي الريبوزي الرسولالعتائق ، البكتيريا ، حقيقيات النوى ، فيروسات الحمض النووي الريبوزي[ 17 ] [ 18 ] [ 19 ]
موقع دخول الريبوسوم الداخليآيريسيبدأ عملية الترجمة في منتصف الحمض النووي الريبوزي الرسولفيروس الحمض النووي الريبي ، حقيقيات النوى[ 20 ]
عنصر استجابة الحديدغضبينظم التعبير عن الجينات المرتبطة بالحديدحقيقيات النوى[ 21 ]
ببتيد القائدينظم نسخ الجينات المرتبطة و/أو الأوبيروناتالبكتيريا[ 22 ]
مفتاح ريبوسويتشتنظيم الجيناتالبكتيريا ، حقيقيات النوى[ 23 ]
مقياس حرارة الحمض النووي الريبيتنظيم الجيناتالبكتيريا[ 24 ]
تسلسل إدخال السيلينوسيستينسيسيسيوجه الخلية لترجمة كودونات التوقف UGA إلى سيلينوسيستينالحيوانات متعددة الخلايا[ 25 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 ديفيدسون إي إتش (2006). الجينوم التنظيمي: شبكات تنظيم الجينات في النمو والتطور . إلسيفير. ص 1-86 . 
  2. 1 2 3 4 تيف، ف. ب. (2010). "التنبؤ بوظائف تنظيم الجينات: دروس مستفادة من العاثيات المعتدلة" . مجلة الفيزياء الحيوية . 98 (7): 1247-1256 . Bibcode : 2010BpJ....98.1247T . doi : 10.1016/j.bpj.2009.11.046 . PMC 2849075. PMID 20371324 .  
  3. ↑ بن تابو دي ليون إس، ديفيدسون إي إتش (2007). "تنظيم الجينات: شبكة التحكم الجيني في النمو" (ملف PDF) . المراجعة السنوية للفيزياء الحيوية والبنية الجزيئية الحيوية . 36 : 191-212 . doi : 10.1146/annurev.biophys.35.040405.102002 . PMID 17291181 . 
  4. ١ ٢ ٣ ٤ ٥ ٦ ٧ ٨ ٩ ١٠ ١١ ١٢ ١٣ ١٤ جيزيورسكا دي إم، جوردان كيه دبليو، فانس كيه دبليو (٢٠٠٩). "نهج بيولوجيا الأنظمة لفهم وظيفة وحدة التنظيم الذاتي". سيمين. سيل ديف. بيول . ٢٠ (٧): ٨٥٦-٨٦٢ . doi : 10.1016/j.semcdb.2009.07.007 . PMID 19660565 . 
  5. 1 2 3 بتلر جي إي، كادوناجا جي تي (أكتوبر 2002). "المروج الأساسي لـ RNA بوليميريز II: عنصر رئيسي في تنظيم التعبير الجيني" . الجينات والتنمية . 16 (20): 2583-2592 . دوى : 10.1101/gad.1026202 . بميد 12381658 . 
  6. ↑ تشوي س (17 مايو 2008). مقدمة في بيولوجيا الأنظمة . سبرينغر ساينس آند بيزنس ميديا. ص 78. ISBN  978-1-59745-531-2.
  7. 1 2 ويتكوب بي جيه، كالاي جي (ديسمبر 2011). "العناصر التنظيمية المجاورة: الآليات الجزيئية والعمليات التطورية الكامنة وراء التباين". مجلة نيتشر ريفيوز جينيتكس . 13 (1): 59-69 . doi : 10.1038/nrg3095 . PMID 22143240. S2CID 13513643 .  
  8. ↑ ميلاميد ب، يوسفزون ي، وآخرون (2 مارس 2016). " معززات النسخ: النسخ، والوظيفة، والمرونة" . النسخ . 7 (1): 26-31 . doi : 10.1080/21541264.2015.1128517 . PMC 4802784. PMID 26934309 .   
  9. ↑ لي إي، ديفيدسون إي إتش (2009). "بناء شبكات تنظيم الجينات التنموية" . أبحاث العيوب الخلقية . 87 (2): 123-130 . doi : 10.1002/bdrc.20152 . PMC 2747644. PMID 19530131 .  
  10. ↑ أيرتس، س.؛ وآخرون (2003). "الكشف الحاسوبي عن الوحدات التنظيمية المجاورة". المعلوماتية الحيوية . 19 (ملحق 2): ii5–14. doi : 10.1093/bioinformatics/btg1052 . PMID 14534164 .  
  11. ^ ورزوديك، كليمنس؛ شرودر، أدريان. دراجر، أندرياس. وانكي، ديرك. بيرندزن، كينيث دبليو؛ كرونفيلد، مارسيل. هارتر، كلاوس. زيل، أندرياس (2010). “ModuleMaster: أداة جديدة لفك تشفير الشبكات التنظيمية النسخية”. النظم الحيوية . 99 (1). أيرلندا: إلسفير: 79-81 . دوى : 10.1016/j.biosystems.2009.09.005 . ردمك 0303-2647 . بميد 19819296 .  
  12. ↑ بارا آر جي، روهر سي أو، كويل دي، بيريز-كاسترو سي، يانكيليفيتش بي (2015). "INSECT 2.0: خادم ويب للتنبؤ بوحدات التنظيم الجيني على مستوى الجينوم" . المعلوماتية الحيوية . 32 (8): 1229-1231 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv726 . hdl : 11336/37980 . PMID 26656931 . 
  13. ↑ روهر، سي. أو.، بارا، آر. جي.، يانكيليفيتش، ب.، بيريز-كاسترو، سي. (2013). "INSECT: بحث حاسوبي عن عوامل النسخ المتزامنة" . المعلوماتية الحيوية . 29 (22): 2852-2858 . doi : 10.1093/bioinformatics/btt506 . hdl : 11336/12301 . PMID 24008418 . 
  14. 1 2 سينها إس، ليانغ واي، سيجيا إي (2006). "Stubb: برنامج لاكتشاف وتحليل الوحدات التنظيمية cis" . أبحاث الأحماض النووية . 34 (عدد خادم الويب): W555– W559. doi : 10.1093/nar/gkl224 . PMC 1538799. PMID 16845069 .  
  15. 1 2 تشين إكس، بلانشيت إم (2007). " مقارنة التسلسلات دون استخدام المحاذاة: تطبيق على تصنيف الأنواع الفرعية لفيروس نقص المناعة البشرية/فيروس نقص المناعة القردي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 8 1: 1-17 . doi : 10.1186/1471-2105-8-1 . PMC 1766362. PMID 17199892 .  
  16. ↑ شاران ر، بن حور أ، لوتس ج ج، أوفشارينكو إ (2004). "كريم: مستكشف الوحدات التنظيمية سيس للجينوم البشري" . أبحاث الأحماض النووية . 32 (عدد خادم الويب): W253– W256 . doi : 10.1093/nar/gkh385 . PMC 441523. PMID 15215390 .  
  17. ↑ بيكارت م، فيرث أ.إ، تشانغ ي، جلاديشيف ف.ن، أتكينز ج.ف، بارانوف ب.ف (يناير 2010). "Recode-2: تصميم جديد، أدوات بحث جديدة، والعديد من الجينات الإضافية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 38 (عدد قواعد البيانات): D69–74. doi : 10.1093/nar/gkp788 . PMC 2808893. PMID 19783826 .  
  18. ↑ تشونغ بي واي، فيرث إيه إي، أتكينز جيه إف (مارس 2010). "انزياح الإطار في فيروسات ألفا: تنوع في البنى التحفيزية 3'". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 397 (2): 448-456 . doi : 10.1016/j.jmb.2010.01.044 . PMID 20114053 . 
  19. ↑ جيدروك دي بي، كورنيش بي في (فبراير 2009). "العقد الكاذبة في الحمض النووي الريبي المُغيِّر للإطار: البنية والآلية" . أبحاث الفيروسات . 139 (2): 193-208 . doi : 10.1016/j.virusres.2008.06.008 . PMC 2670756. PMID 18621088 .  
  20. ^ Mokrejs M، Vopálenský V، Kolenaty O، Masek T، Feketová Z، Sekyrová P، Skaloudová B، Kríz V، Pospísek M (يناير 2006). "IRESite: قاعدة بيانات هياكل IRES التي تم التحقق منها تجريبياً (www.iresite.org)" . أبحاث الأحماض النووية . 34 (إصدار قاعدة البيانات): D125–130. دوى : 10.1093/نار/gkj081 . بمك 1347444 . بميد 16381829 .  
  21. ↑ هينتز إم دبليو، وكوهن إل سي (أغسطس 1996). "التحكم الجزيئي في استقلاب الحديد لدى الفقاريات: دوائر تنظيمية قائمة على الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) تعمل بواسطة الحديد وأكسيد النيتريك والإجهاد التأكسدي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 93 (16): 8175-8182 . Bibcode : 1996PNAS...93.8175H . doi : 10.1073/pnas.93.16.8175 . PMC 38642. PMID 8710843 .  
  22. ↑ بلات تي (1986). "إنهاء النسخ وتنظيم التعبير الجيني". المراجعة السنوية للكيمياء الحيوية . 55 : 339-372 . doi : 10.1146/annurev.bi.55.070186.002011 . PMID 3527045 . 
  23. ↑ بريكر ، آر آر (مارس 2008). "مفاتيح الريبوزوم المعقدة". مجلة ساينس . 319 (5871): 1795-1797 . رمز Bibcode : 2008Sci...319.1795B . doi : 10.1126/science.1152621 . PMID 18369140. S2CID 45588146 .  
  24. ↑ كورتمن ج، ناربرهاوس ف (مارس 2012). "مقاييس حرارة الحمض النووي الريبي البكتيري: السحابات والمفاتيح الجزيئية". مراجعات الطبيعة. علم الأحياء الدقيقة . 10 (4): 255-265 . doi : 10.1038/nrmicro2730 . PMID 22421878. S2CID 29414695 .  
  25. ↑ والتشاك ر، وستوف إي، كاربون ب، كرول أ (أبريل 1996). "نمط بنيوي جديد للحمض النووي الريبوزي في عنصر إدخال السيلينوسيستين في الحمض النووي الريبوزي الرسول للبروتين السيليني حقيقي النواة" . الحمض النووي الريبوزي . 2 (4): 367-379 . PMC 1369379. PMID 8634917 .  

للمزيد من القراءة

  • راي، جي. أ. (مارس 2007). "الأهمية التطورية للطفرات التنظيمية في الموقع cis". مجلة Nature Reviews Genetics . 8 (3): 206-216 . doi : 10.1038/nrg2063 . PMID 17304246. S2CID 560067 .  
  • جومبل ن، برودوم ب، ويتكوب ب ج، كاسنر ف أ، كارول س ب (فبراير 2005). "صدفةٌ خاطفة: تطور التنظيم الجيني وأصل أنماط الصبغة في ذبابة الفاكهة". مجلة نيتشر . 433 (7025): 481-487 . Bibcode : 2005Natur.433..481G . doi : 10.1038/nature03235 . PMID 15690032. S2CID 16422483 .  
  • برودوم ب، غومبل ن، روكاس أ، كاسنر ف.أ، ويليامز ت.م، ييه س.د، ترو ج.ر، كارول س.ب (أبريل 2006). "التطور المورفولوجي المتكرر من خلال التغيرات التنظيمية في جين متعدد التأثيرات". مجلة نيتشر . 440 (7087): 1050-1053 . Bibcode : 2006Natur.440.1050P . doi : 10.1038/nature04597 . PMID 16625197. S2CID 9581516 .  
  • ستيرن، د. ل. (أغسطس 2000). "علم الأحياء التطوري النمائي ومشكلة التباين" . التطور؛ المجلة الدولية للتطور العضوي . 54 (4): 1079-1091 . doi : 10.1111/j.0014-3820.2000.tb00544.x . PMID 11005278 . 
  • ويذربي إس دي، كارول إس بي، غرينييه جيه كيه (2004). من الحمض النووي إلى التنوع: علم الوراثة الجزيئية وتطور تصميم الحيوانات . كامبريدج، ماساتشوستس: بلاكويل للنشر. ISBN 978-1-4051-1950-4.