الفصل الكهربائي الهلامي للبروتينات

البروتينات مفصولة بتقنية SDS-PAGE ، ومصبوغة بصبغة كوماسي الزرقاء اللامعة

يُعدّ الفصل الكهربائي للبروتينات طريقةً لتحليل البروتينات في السوائل أو المستخلصات. يُمكن إجراء هذا الفصل باستخدام حجم صغير من العينة بعدة طرق بديلة، مع أو بدون وسط داعم، مثل الأغاروز أو البولي أكريلاميد . تشمل أنواع الفصل الكهربائي الهلامي: الفصل الكهربائي الهلامي SDS-PAGE ، والفصل الكهربائي الحر، والتركيز الكهربائي ، والفصل الكهربائي متساوي السرعة ، والفصل الكهربائي التقاربي ، والفصل الكهربائي المناعي ، والفصل الكهربائي المعاكس ، والفصل الكهربائي الشعيري . لكل نوع منها العديد من الأنواع الفرعية ذات المزايا والعيوب الخاصة. غالبًا ما يُجرى الفصل الكهربائي الهلامي بالتزامن مع النقل الكهربائي أو النقل المناعي للحصول على معلومات إضافية حول بروتين مُحدد. [ 1 ]

طرق الجل المشوه

صفحة بيانات السلامة

يصف SDS-PAGE، وهو اختصار لتقنية الفصل الكهربائي على هلام بولي أكريلاميد مع كبريتات دوديسيل الصوديوم ، مجموعة من التقنيات المترابطة لفصل البروتينات وفقًا لحركتها الكهربائية (وهي دالة للوزن الجزيئي لسلسلة الببتيد) في حالتها غير المطوية . في معظم البروتينات، يؤدي ارتباط كبريتات دوديسيل الصوديوم بسلسلة الببتيد إلى توزيع متساوٍ للشحنة لكل وحدة كتلة، مما ينتج عنه فصل البروتينات حسب حجمها التقريبي أثناء عملية الفصل الكهربائي. [ 2 ]

يُعدّ SDS عامل تنظيف قوي يُستخدم لتفكيك البروتينات الأصلية وتحويلها إلى عديدات ببتيد منفردة غير مطوية . عند تسخين خليط بروتيني إلى 100  درجة مئوية بوجود SDS، يلتفّ المنظف حول هيكل عديد الببتيد. في هذه العملية، تصبح الشحنات الذاتية لعديدات الببتيد ضئيلة مقارنةً بالشحنات السالبة التي يُضيفها SDS. وبالتالي، تُصبح عديدات الببتيد بعد المعالجة هياكل عصوية الشكل ذات كثافة شحنة منتظمة، أي نفس صافي الشحنة السالبة لكل وحدة طول. وتكون سرعة الهجرة الكهربائية لهذه البروتينات دالة خطية للوغاريتمات أوزانها الجزيئية. [ 3 ]

طرق الجل الأصلي

تُستخدم الهلامات الأصلية، والمعروفة أيضًا بالهلامات غير المشوهة، لتحليل البروتينات التي لا تزال في حالتها المطوية. وبالتالي، فإن الحركة الكهربائية لا تعتمد فقط على نسبة الشحنة إلى الكتلة، بل تعتمد أيضًا على الشكل الفيزيائي والحجم ونقطة التعادل الكهربائي للبروتين. [ 4 ]

صفحة النباتات الزرقاء الأصلية

تقنية BN-PAGE هي تقنية فصل البروتينات بالهجرة الكهربائية الأصلية ، حيث يوفر صبغ كوماسي الأزرق اللامع الشحنات اللازمة لمركبات البروتين للفصل الكهربائي. [ 5 ] [ 6 ] من عيوب كوماسي أنه عند ارتباطه بالبروتينات، قد يعمل كمنظف مما يؤدي إلى تفكك المركبات . ومن عيوبها الأخرى احتمال إخماد التألق الكيميائي (كما في الكشف اللاحق بتقنية ويسترن بلوت أو فحوصات النشاط) أو تألق البروتينات التي تحتوي على مجموعات وظيفية (مثل الهيم أو الكلوروفيل ) أو الموسومة بأصباغ فلورية.

مسح الصفحة الأصلية

يفصل الفصل الكهربائي الهلامي الأصلي (CN-PAGE)، المعروف أيضًا باسم Native PAGE، البروتينات الحمضية الذائبة في الماء والبروتينات الغشائية في هلام متدرج من متعدد الأكريلاميد . لا يستخدم هذا الفصل أي صبغة مشحونة، لذا فإن الحركة الكهربائية للبروتينات فيه (على عكس تقنية إزاحة الشحنة BN-PAGE) مرتبطة بالشحنة الذاتية للبروتينات. [ 7 ] تعتمد مسافة الهجرة على شحنة البروتين وحجمه وحجم مسام الهلام. في كثير من الحالات، تكون دقة هذا الفصل أقل من BN-PAGE، لكن CN-PAGE يوفر مزايا عندما تتداخل صبغة كوميسي مع تقنيات تحليلية أخرى، فعلى سبيل المثال، وُصف بأنه تقنية فصل دقيقة فعالة للغاية لتحليلات نقل طاقة الرنين الفلوري (FRET) . [ 8 ] بالإضافة إلى ذلك، ولأن CN-PAGE لا يتطلب الظروف القاسية لـ BN-PAGE، فإنه يحافظ على التجمعات فوق الجزيئية لمعقدات البروتينات الغشائية التي تتفكك في BN-PAGE. [ 7 ] ومع ذلك، فإن استخدام المنظفات أثناء استخلاص المصفوفة يمكن أن يتسبب في تفكك بروتينات الغشاء الأصلية، ويمكن أن تساهم الهلامات المتدرجة في تمسخ البروتينات القابلة للذوبان المفصولة.

تحضير الرحلان الكهربائي الهلامي الأصلي

تنفصل معقدات البروتين المطوية المطلوبة بدقة ووضوح تامين دون خطر التمسخ، وذلك بفضل الخصائص المميزة لهلام البولي أكريلاميد، ومحلول منظم الفصل الكهربائي، وجهاز الفصل الكهربائي، وغيرها من المعايير القياسية المستخدمة. تُغسل البروتينات (المعدنية) المفصولة باستمرار في مذيب فسيولوجي وتُنقل إلى جامع الكسور. في أربعة إلى خمسة كسور من هلام البولي أكريلاميد، يمكن تحديد العوامل المساعدة المختلفة لأيونات المعادن وقياسها كميًا بدقة تامة باستخدام مطياف الكتلة بالبلازما المقترنة حثيًا عالي الدقة . ويمكن تحديد البنى ثلاثية الأبعاد الوظيفية المرتبطة بالبروتينات المعدنية المعزولة في أجزاء من هذه الكسور بدقة باستخدام مطيافية الرنين النووي المغناطيسي في المحلول . [ 9 ]

أنظمة التخزين المؤقت

الهجرة المفترضة للبروتينات في نظام هلام ليميللي: أ: هلام التكديس، ب: هلام الفصل، س: تطبيق العينة، ج: عدم استمرارية في المحلول المنظم ومصفوفة الفصل الكهربائي

تُجرى معظم عمليات فصل البروتينات باستخدام نظام محلول منظم "غير متصل" (أو DISC) يُحسّن بشكل ملحوظ وضوح الحزم داخل الهلام. أثناء الفصل الكهربائي في نظام هلام غير متصل، يتشكل تدرج أيوني في المرحلة المبكرة، مما يؤدي إلى تركيز جميع البروتينات في حزمة واحدة حادة. ويتحقق تشكل هذا التدرج الأيوني باختيار قيمة أس هيدروجيني (pH) تكون عندها أيونات المحلول المنظم مشحونة بشكل معتدل مقارنةً بالبروتينات المغلفة بـ SDS. توفر هذه الظروف بيئةً تحدد فيها تفاعلات كولراوش الموصلية المولية . ونتيجةً لذلك، تتركز البروتينات المغلفة بـ SDS عدة أضعاف في منطقة رقيقة بسمك 19  ميكرومتر تقريبًا خلال دقائق معدودة. في هذه المرحلة، تهاجر جميع البروتينات بنفس سرعة الهجرة عبر عملية الفصل الكهربائي متساوي السرعة . يحدث هذا في منطقة من الهلام ذات مسام أكبر، بحيث لا تعيق مصفوفة الهلام الهجرة أثناء عملية التركيز أو "التكديس". [ 10 ] [ 11 ] يتم فصل البروتينات حسب الحجم في الجزء السفلي من الهلام، وهو الجزء المسؤول عن الفصل. يتميز هذا الجزء بمسام أصغر بكثير، مما يؤدي إلى تأثير غربلة يحدد بدوره الحركة الكهربائية للبروتينات. في الوقت نفسه، يتميز الجزء المسؤول عن الفصل من الهلام بقيمة أس هيدروجيني تجعل أيونات المحلول المنظم تحمل شحنة أكبر في المتوسط، مما يجعلها تسبق البروتينات المغطاة بـ SDS، وبالتالي تلغي تدرج الأيونات وتمنع تراكمها.

يُعد نظام التريس-جليسين، أو نظام " ليملي "، من أنظمة المحاليل المنظمة غير المتصلة واسعة الانتشار، حيث يتراكم عند درجة حموضة 6.8 وينفصل عند درجة حموضة تتراوح بين 8.3 و9.0. ومن عيوب هذا النظام أن هذه القيم قد تُحفز تكوين روابط ثنائية الكبريتيد بين بقايا السيستين في البروتينات، نظرًا لأن قيمة pKa للسيستين تتراوح بين 8 و9، ولأن العامل المُختزل الموجود في محلول التحميل لا يهاجر مع البروتينات. وقد ساهمت التطورات الحديثة في تقنية المحاليل المنظمة في التخفيف من هذه المشكلة من خلال فصل البروتينات عند درجة حموضة أقل بكثير من قيمة pKa للسيستين (مثل نظام بيس-تريس ، درجة حموضة 6.5)، وتضمين عوامل مُختزلة (مثل بيسلفيت الصوديوم) تنتقل إلى الهلام قبل البروتينات للحفاظ على بيئة مُختزلة. ومن الفوائد الإضافية لاستخدام محاليل منظمة ذات قيم حموضة منخفضة أن هلام الأكريلاميد يكون أكثر استقرارًا عند هذه القيم، مما يسمح بتخزين الهلام لفترات طويلة قبل الاستخدام. [ 12 ] [ 13 ]

الفصل الكهربائي للهلام المتدرج SDS للبروتينات

عند تطبيق الجهد، تهاجر الأنيونات (وجزيئات العينة سالبة الشحنة) نحو القطب الموجب (الأنود) في الحجرة السفلية، حيث يكون أيون الكلوريد ( Cl⁻ ) هو الأيون الرائد (ذو حركة عالية وتركيز عالٍ)، بينما يكون أيون الجليسينات هو الأيون اللاحق (ذو حركة منخفضة وتركيز منخفض). لا تهاجر جزيئات بروتين SDS بحرية عند الحد الفاصل بين أيون الكلوريد (Cl⁻ ) في محلول الجل ومحلول الجليسينات (Gly⁻ ) في محلول الكاثود. وقد وجد فريدريش كولراوش أن قانون أوم ينطبق أيضًا على الإلكتروليتات المذابة . وبسبب انخفاض الجهد بين محلولي الكلوريد والجليسينات ، تنضغط البروتينات (تتراص) في طبقات رقيقة ميكرومترية. [ 14 ] يتحرك الحد الفاصل عبر تدرج مسامي، ويتشتت تكدس البروتينات تدريجيًا نتيجة لزيادة مقاومة الاحتكاك في مصفوفة الجل. ويحدث التراص والتفكك باستمرار في الجل المتدرج، حيث يكون لكل بروتين موضع مختلف. لفصل البروتينات بشكل كامل، يجب أن يتجاوز تركيز هلام البولي أكريلاميد 16% من إجمالي التركيز. نظام الهلام المزدوج لـ "لايملي" عبارة عن هلام متدرج بسيط. لا يؤثر اختلاف الرقم الهيدروجيني للمحاليل المنظمة على جودة الفصل، ولا حاجة إلى "هلام تكديس" ذي رقم هيدروجيني مختلف. [ 15 ]

التصور

يُعدّ صبغ كوماسي الأزرق اللامع أشهر أنواع صبغات البروتينات . وهو صبغ أنيوني يرتبط بالبروتينات بشكل غير انتقائي. تُثبّت البروتينات في الهلام بواسطة حمض الخليك وتُصبغ في الوقت نفسه. يمكن إزالة الصبغ الزائد المُدمج في الهلام عن طريق إزالة الصبغة الزائدة باستخدام نفس المحلول الخالي من الصبغة. تظهر البروتينات على شكل أشرطة زرقاء على خلفية شفافة. [ 16 ] [ 17 ]

عند الحاجة إلى طريقة أكثر حساسية من التلوين باستخدام صبغة كوميسي، يُستخدم عادةً التلوين بالفضة. يُعد التلوين بالفضة إجراءً حساسًا للكشف عن كميات ضئيلة من البروتينات في الهلام، ولكنه يُمكنه أيضًا تصوير الأحماض النووية أو السكريات المتعددة. [ 17 ]

تتوفر في الأسواق طرق تصوير لا تستخدم صبغات مثل كوميسي والفضة. [ 18 ] فعلى سبيل المثال، تُسوّق شركة Bio-Rad Laboratories هلامات "خالية من الصبغات" لفصل البروتينات باستخدام تقنية SDS-PAGE. كما يمكن استخدام صبغات فلورية قابلة للعكس، مثل تلك التي تُنتجها شركة Azure Biosystems، كصبغة AzureRed أو Azure TotalStain Q. [ 17 ] [ 18 ] [ 19 ]

كما هو الحال في الفصل الكهربائي الهلامي للأحماض النووية، يُستخدم صبغ التتبع غالبًا. وعادةً ما تُضاف أصباغ أنيونية ذات حركة كهربائية معروفة إلى محلول العينة. ومن أشهر أصباغ التتبع صبغة بروموفينول الأزرق . تتلون هذه الصبغة في الوسط القلوي والوسط المتعادل، وهي جزيء صغير سالب الشحنة يتحرك باتجاه المصعد. ونظرًا لكونه جزيئًا عالي الحركة، فإنه يتقدم على معظم البروتينات. [ 20 ]

التطبيقات الطبية

تمثيل تخطيطي لهلام الفصل الكهربائي للبروتين.
يُظهر الفصل الكهربائي لبروتينات المصل وجود بروتين شاذ (ذروة في منطقة جاما) لدى مريض مصاب بالورم النخاعي المتعدد .

في الطب ، يُعدّ الفصل الكهربائي للبروتينات طريقة لتحليل البروتينات الموجودة بشكل رئيسي في مصل الدم . قبل الاستخدام الواسع النطاق للفصل الكهربائي الهلامي ، كان يتم إجراء الفصل الكهربائي للبروتينات إما عن طريق الفصل الكهربائي الحر (على الورق) أو عن طريق الفصل الكهربائي المناعي.

تقليديًا، يُصنف بروتين الدم إلى فئتين : ألبومين المصل والغلوبولين . وهما متساويان في النسبة عمومًا، إلا أن جزيء الألبومين أصغر حجمًا بكثير ويحمل شحنة سالبة خفيفة، مما يؤدي إلى تراكمه على هلام الرحلان الكهربائي. ويمثل الشريط الصغير الذي يسبق الألبومين بروتين الترانسثيريتين (المعروف أيضًا باسم ما قبل الألبومين). قد تُسبب بعض الأدوية أو المواد الكيميائية في الجسم ظهور شريط خاص بها، ولكنه عادةً ما يكون صغيرًا. وتُلاحظ أشرطة غير طبيعية (نتوءات) في اعتلال غاما أحادي النسيلة ذي الأهمية غير المحددة والورم النخاعي المتعدد ، وهي مفيدة في تشخيص هذه الحالات.

يتم تصنيف الغلوبولينات حسب نمط التخطيط الخاص بها (مع ممثليها الرئيسيين):

انظر أيضاً

مراجع

  1. ميخوف، بودين (2022). أساسيات الرحلان الكهربائي: النظرية والتطبيق الأساسيان . دي جرويتر. ص  490. doi : 10.1515/9783110761641 . ISBN 9783110761641. S2CID 247987700 . 
  2. سترينجر، ر. (2005). "الرحلان الكهربائي". موسوعة العلوم التحليلية ( الطبعة الثانية). مستشفى جامعة رويال ليفربول. ص 360. doi : 10.1016/B0-12-369397-7/00120-5 . ISBN   978-0-12-369397-6.
  3. ميريديث، إس سي (1984). "تحديد الوزن الجزيئي للبروتينات بواسطة كروماتوغرافيا نفاذية الهلام في المذيبات العضوية" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 259 (19): 11682-11685 . doi : 10.1016/s0021-9258(20)71263-9 . ISSN 0021-9258 . PMID 6480578 .  
  4. يوبل، هولجر؛ براون، هانز-بيتر؛ ميلار، أ. هارفي (2005). "تقنية الفصل الكهربائي الهلامي الأصلي الأزرق في النباتات: أداة لتحليل تفاعلات البروتين-بروتين" . طرق النبات . 1 (1): 11. Bibcode : 2005PlMet...1...11E . doi : 10.1186/1746-4811-1-11 . ISSN 1746-4811 . PMC 1308860. PMID 16287510 .   
  5. شاغر، هيرمان؛ فون ياغو، غيبهارد (1991). "الرحلان الكهربائي الأصلي الأزرق لعزل معقدات البروتين الغشائي في شكلها النشط إنزيميًا". الكيمياء الحيوية التحليلية . 199 (2): 223-231 . doi : 10.1016/0003-2697(91)90094-A . PMID 1812789 . 
  6. ^ فيتيج، إيلكا؛ براون، هانز بيتر؛ شيجر ، هيرمان (2006). "الصفحة الأصلية الزرقاء". نات. بروتوك . 1 (1): 418-428 . دوى : 10.1038/nprot.2006.62 . بميد 17406264 . S2CID 19715017 .  
  7. 1 2 ويتيج، إيلكا؛ شاجر، هيرمان (11-10-2005). "مزايا وقيود تقنية الفصل الكهربائي الهلامي الشفاف الأصلي" . علم البروتينات . 5 (17): 4338-4346 . doi : 10.1002/pmic.200500081 . PMID 16220535. S2CID 23396231 .  
  8. غافين، بول د.؛ ديفينيش، رودني ج.؛ بريسكوت، مارك (2003). "تقنية نقل طاقة الرنين الفلوري (FRET) تكشف عن تغيرات في تفاعل F1 مع ساق الجزء الثابت أثناء نشاط إنزيم F1F0 - ATP synthase " . مجلة بيوشيميكا وبيوفيزيكا أكتا . 1607 ( 2-3 ): 167-179 . doi : 10.1016/j.bbabio.2003.09.013 . PMID 14670607 . 
  9. كاستنهولز، بيرند (2004). "الرحلان الكهربائي الهلامي المستمر التحضيري متعدد الأكريلاميد الأصلي (PNC-PAGE): طريقة فعالة لعزل العوامل المساعدة للكادميوم في الأنظمة البيولوجية" . رسائل تحليلية . 37 (4): 657-665 . doi : 10.1081/AL-120029742 . ISSN 0003-2719 . S2CID 97636537 .  
  10. أورنشتاين، ليونارد (ديسمبر 1964). "الرحلان الكهربائي القرصي. الجزء الأول: الخلفية والنظرية" . حوليات أكاديمية نيويورك للعلوم . 121 (2): 321-349 . Bibcode : 1964NYASA.121..321O . CiteSeerX : 10.1.1.140.7598 . doi : 10.1111/j.1749-6632.1964.tb14207.x . PMID: 14240533. S2CID : 28591995 .   
  11. ديفيس، باروخ ج. (ديسمبر 1964). "الرحلان الكهربائي القرصي. 2، الطريقة والتطبيق على بروتينات مصل الدم البشري" . حوليات أكاديمية نيويورك للعلوم . 121 (2): 404-427 . Bibcode : 1964NYASA.121..404D . doi : 10.1111/j.1749-6632.1964.tb14213.x . PMID 14240539. S2CID 30512118 .  
  12. شاغر، هيرمان؛ فون ياغو، غيبهارد (1987-11-01). "الرحلان الكهربائي الهلامي متعدد الأكريلاميد مع كبريتات دوديسيل الصوديوم ثلاثي السين لفصل البروتينات في نطاق من 1 إلى 100 كيلو دالتون" . الكيمياء الحيوية التحليلية . 166 (2): 368-379 . doi : 10.1016/0003-2697(87)90587-2 . ISSN 0003-2697 . PMID 2449095 .  
  13. ويلتفانغ، ينس؛ أرولد، نوربرت؛ نيوهوف، فولكر (1991). "نظام جديد متعدد الأطوار للمحلول المنظم لفصل البروتينات والببتيدات ذات الكتل الجزيئية 100000-1000 باستخدام الرحلان الكهربائي على هلام بولي أكريلاميد مع كبريتات دوديسيل الصوديوم، والكشف عنها بحساسية بيكومولية" . الرحلان الكهربائي . 12 (5): 352-366 . doi : 10.1002/elps.1150120507 . ISSN 0173-0835 . PMID 1718736. S2CID 40101706 .   
  14. ^ كولراوش، فريدر (1897). "تركيزات Ueber-Verschiebungen durch Electrolyse im Inneren von Lösungen und Lösungsgemischen" . Annalen der Physik und Chemie . 62 (10): 209– 239. بيب كود : 1897AnP...298..209K . دوى : 10.1002/andp.18972981002 .
  15. ويسترميير، راينر (2016-05-02). الفصل الكهربائي في الممارسة: دليل لطرق وتطبيقات فصل الحمض النووي والبروتين، الجزء أ (الطبعة الخامسة ). وايلي. ص 43. doi : 10.1002/9783527695188 . ISBN   978-3-527-69518-8.
  16. ويسترميير، راينر (26-02-2016). الفصل الكهربائي في الممارسة: دليل لطرق وتطبيقات فصل الحمض النووي والبروتين (الطبعة الخامسة ). وايلي . doi : 10.1002/9783527695188 . ISBN  978-3-527-69518-8.
  17. 1 2 3 ساس، يواكيم؛ غالاغر، شون ر. (2009). "تلوين البروتينات في الهلام" . البروتوكولات الحالية في البيولوجيا الجزيئية . 85 (1): الوحدة 10.6. doi : 10.1002 /0471142727.mb1006s85 . ISSN 1934-3639 . PMID 19170026. S2CID 205153300 .   
  18. 1 2 سينغر، فيكتوريا ل.؛ هوغلاند، ريتشارد ب. (1999). "التصوير الفلوري للأحماض النووية والبروتينات في الهلام". المجسات الفلورية والمضيئة للنشاط البيولوجي (الطبعة الثانية ). دار النشر الأكاديمية. الصفحات 58-61 . doi : 10.1016/b978-012447836-7/50006-3 . ISBN   978-0-12-447836-7.
  19. "التألق داخل الهلام" . Azure Biosystems . تم الاسترجاع في 2023-12-02 .
  20. ويسترميير، راينر (2016-05-02). الفصل الكهربائي في الممارسة: دليل لطرق وتطبيقات فصل الحمض النووي والبروتين، الجزء أ (الطبعة الخامسة ). وايلي . الصفحات 2، 12، 121. doi : 10.1002/9783527695188 . ISBN   978-3-527-69518-8.