كاركد

الموسوعة الحرة

ناكسد
المعرفات
أسماء مستعارةNAXD ، LP3298، CARKD، NAD(P)HX ديهيدراتاز، PEBEL2
معرفات خارجيةأوميم : 615910; إم جي آي : 1913353; هومولوجيني : 6333؛ بطاقات الجينات : ناكسد؛ OMA :NAXD - أخصائيو تقويم العظام
نظائرها
صِنفبشرالفأر
دخول

55739

69225

فرقة موسيقية

ENSG00000213995

ENSMUSG00000031505

يونيبروت

س8إو45

س9سز42

تسلسل مرجعي (mRNA)

NM_001242881
NM_001242882
NM_001242883
NM_018210

رقم NM_001190357
رقم NM_001293661
رقم NM_026995

RefSeq (بروتين)

NP_001229810
NP_001229811
NP_001229812
NP_060680

NP_001177286
NP_001280590
NP_081271
NP_001389565

الموقع (UCSC)العدد 13: 110.62 – 110.64 ميجا بايتالعدد 8: 11.55 – 11.56 ميجا بايت
البحث في PubMed[3][4]
ويكي بيانات
عرض/تحرير الإنسانعرض/تحرير الماوس
كيناز الكربوهيدرات
البنية البلورية لإنزيم الكربوهيدرات المفترض Bacillus subtilis (ألوان قوس قزح، الطرف الأميني = أزرق، الطرف الكربوكسيلي = أحمر). [5]
المعرفات
رمزكارب_كيناز
بفامPF01256
عشيرة بفامCL0118
انتربروحقوق الملكية الفكرية 000631
بروسيتبى دى أو سي 00806
سكوب21kyh / سكوب / سوبفام
الهياكل البروتينية المتاحة:
بفام  الهياكل / ECOD  
قاعدة بيانات البروتينقاعدة بيانات RCSB؛ PDBe؛ PDBj
مجموع قاعدة بيانات PDBملخص الهيكل
قاعدة بيانات البروتين1كيه ، 2اكس3

البروتين المحتوي على نطاق كيناز الكربوهيدرات (يُختصر باسم CARKD )، والذي يتم ترميزه بواسطة جين CARKD ، هو بروتين بشري ذو وظيفة غير معروفة. يشفر جين CARKD البروتينات باستخدام ببتيد بروبتيد ميتوكوندريا متوقع (mCARKD)، أو ببتيد إشارة (spCARKD) أو لا شيء منهما (cCARKD). أشار تحليل المجهر البؤري لخلايا CHO (مبيض الهامستر الصيني) المحولة وراثيًا إلى أن cCARKD يبقى في السيتوزول ، بينما يستهدف mCARKD وspCARKD الميتوكوندريا والشبكة الإندوبلازمية على التوالي. [6] يتم الحفاظ على البروتين في العديد من الأنواع، وقد تم التنبؤ بنظائره من خلال حقيقيات النوى والبكتيريا والعتائق .

بناء

جين

يحتوي جين CARKD البشري على 10 إكسونات ويقع على الكروموسوم 13 في النقطة 34. توجد الجينات التالية بالقرب من CARKD على الكروموسوم: [7]

  • COL4A2 : الوحدة الفرعية A2 من الكولاجين من النوع الرابع
  • RAB20: منظم محتمل لحركة Connexin 43.
  • CARS2: إنزيم سيستينيل-tRNA سينثيتاز 2 للميتوكوندريا
  • ING1 : بروتين مثبط للورم

بروتين

هذا البروتين هو جزء من عائلة فوسفوميثيل بيريميدين كيناز : ريبوكيناز / pfkB. تتميز هذه العائلة بوجود مجال مشترك بين العائلة. [8] يحتوي CARKD على مجال كيناز الكربوهيدرات ( Pfam PF01256). [8] ترتبط هذه العائلة بـ Pfam PF02210 و Pfam PF00294 مما يعني أنها أيضًا كيناز كربوهيدرات.

الخصائص المتوقعة

تم التنبؤ بالخصائص التالية لـ CARKD باستخدام التحليل المعلوماتي الحيوي :

وظيفة

توزيع الأنسجة

يبدو أن CARKD يتم التعبير عنه في كل مكان بمستويات عالية. تشير بيانات التعبير في البروتين البشري، ونظيره لدى الفئران ، إلى تعبيره في جميع الأنسجة تقريبًا. [13] [14] أحد أنماط التعبير الغريبة لـ CARKD هو تعبيره التفاضلي من خلال تطور الخلايا الدبقية القليلة التغصن . يكون تعبيره أقل في الخلايا السلفية القليلة التغصن مقارنة بالخلايا الدبقية القليلة التغصن الناضجة. [15]

شركاء ملزمون

تم التنبؤ بأن البروتين البشري أبوليبوبروتين A-1 المرتبط بالبروتين ( APOA1BP ) هو شريك ارتباط لـ CARKD. [16] يعتمد هذا التوقع على التواجد المشترك عبر الجينومات والتعبير المشترك. بالإضافة إلى هذه البيانات، تحتوي نظائر CARKD في E. coli على مجال مشابه لـ APOA1BP. يشير هذا إلى أن البروتينين من المحتمل أن يكونا قد نشأا من سلف تطوري مشترك، ووفقًا لنظرية تحليل حجر رشيد، [17] من المحتمل أن يكونا شركاء تفاعل حتى في الأنواع مثل البشر حيث لا يتم إنتاج البروتينين كببتيد واحد.

الأهمية السريرية

بناءً على التعبير النوعي عن CARKD، قد يلعب CARKD دورًا في سرطان الدم الليمفاوي الحاد . [18] بالإضافة إلى ذلك، تشير بيانات المصفوفة الدقيقة إلى أن CARKD يتم تنظيمه بشكل تصاعدي في أورام الورم الأرومي الدبقي متعدد الأشكال . [19]

مراجع

  1. ^ abc GRCh38: إصدار Ensembl رقم 89: ENSG00000213995 – Ensembl ، مايو 2017
  2. ^ abc GRCm38: إصدار Ensembl رقم 89: ENSMUSG00000031505 – Ensembl ، مايو 2017
  3. ^ "مرجع PubMed البشري:". المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، المكتبة الوطنية الأمريكية للطب .
  4. ^ "مرجع PubMed الخاص بالفأرة:". المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، المكتبة الوطنية الأمريكية للطب .
  5. ^ PDB : 1kyh ؛ Zhang RG، Grembecka J، Vinokour E، Collart F، Dementieva I، Minor W، Joachimiak A (سبتمبر 2002). "بنية Bacillus subtilis YXKO--عضو في عائلة UPF0031 وكيناز مفترض". مجلة علم الأحياء البنيوي . 139 (3): 161-70. doi :10.1016/S1047-8477(02)00532-4. PMC 2793413. PMID  12457846 . 
  6. ^ Marbaix AY, Tyteca D, Niehaus TD, Hanson AD, Linster CL, Van Schaftingen E (15 مايو 2014). "حدوث وتوزيع نظام إصلاح NADPHX في الثدييات تحت الخلوية". المجلة الكيميائية الحيوية . 460 (1): 49-58. doi :10.1042/bj20131482. PMID  24611804.
  7. ^ "متصفح جينوم UCSC: CARKD".
  8. ^ ab "CDD: قاعدة بيانات النطاق المحفوظ (NCBI)".
  9. ^ Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (March 1992). "طرق وخوارزميات التحليل الإحصائي لتسلسلات البروتين". وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 89 (6): 2002–6. Bibcode :1992PNAS...89.2002B. doi : 10.1073/pnas.89.6.2002 . PMC 48584. PMID  1549558 . 
  10. ^ "برنامج PI (توقع نقطة التساوي الكهربائي)". مؤرشف من الأصل في 2008-10-26.
  11. ^ من "قاعدة بيانات UniProt".
  12. ^ Bendtsen JD, Nielsen H, von Heijne G , Brunak S (يوليو 2004). "تحسين التنبؤ بالببتيدات الإشارية: SignalP 3.0". مجلة علم الأحياء الجزيئي . 340 (4): 783–95. CiteSeerX 10.1.1.165.2784 . doi :10.1016/j.jmb.2004.05.028. PMID  15223320. 
  13. ^ "Unigene (عارض ملف تعريف EST) CARKD البشري".
  14. ^ "Unigene (عارض ملف تعريف EST) Mouse CARKD".
  15. ^ Nielsen JA, Maric D, Lau P, Barker JL, Hudson LD (سبتمبر 2006). "تحديد بروتين التصاق خلايا الخلايا الدبقية القليلة التغصن باستخدام ملف تعريف التعبير الجيني". مجلة علوم الأعصاب . 26 (39): 9881–91. doi :10.1523/JNEUROSCI.2246-06.2006. PMC 1613258. PMID  17005852 . 
  16. ^ "STRING: التفاعلات البروتينية المعروفة والمتوقعة".
  17. ^ Date SV (2008). "The Rosetta Stone Method". Bioinformatics . Methods in Molecular Biology. المجلد 453. توتووا، نيوجيرسي: Humana Press. ص 169-180. doi :10.1007/978-1-60327-429-6_7. ISBN 978-1-60327-428-9. PMID  18712302.
  18. ^ Milani L, Lundmark A, Nordlund J, Kiialainen A, Flaegstad T, Jonmundsson G, Kanerva J, Schmiegelow K, Gunderson KL, Lönnerholm G, Syvänen AC (يناير 2009). "أنماط التعبير الجيني الخاصة بالأليل في الخلايا المصابة بسرطان الدم الأولي تكشف عن تنظيم التعبير الجيني عن طريق مثيلة موقع CpG". Genome Research . 19 (1): 1–11. doi :10.1101/gr.083931.108. PMC 2612957. PMID  18997001 . 
  19. ^ Ruano Y، Mollejo M، Ribalta T، Fiaño C، Camacho FI، Gómez E، de Lope AR، Hernández-Moneo JL، Martínez P، Meléndez B (2006). “تحديد الجينات المستهدفة المرشحة الجديدة في أمبليكونات أورام ورم أرومي دبقي متعدد الأشكال تم اكتشافها عن طريق التعبير وتحديد ملامح ميكروأري CGH”. السرطان الجزيئي . 5 (1): 39. دوى : 10.1186/1476-4598-5-39 . بمك 1592108 . بميد  17002787. 
تم الاسترجاع من "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=CARKD&oldid=1198128140"
Original text
Rate this translation
Your feedback will be used to help improve Google Translate