كيناز نازعة هيدروجين البيروفات

إنزيم كيناز نازعة هيدروجين البيروفات (يُعرف أيضًا باسم كيناز مركب نازعة هيدروجين البيروفات ، أو كيناز PDC ، أو PDK ؛ EC 2.7.11.2 ) هو إنزيم كيناز يعمل على تعطيل إنزيم نازعة هيدروجين البيروفات عن طريق فسفرته باستخدام ATP .

يشارك إنزيم PDK بالتالي في تنظيم مُركّب نازعة هيدروجين البيروفات، الذي يُعدّ نازعة هيدروجين البيروفات مُكوّنه الأول. يتواجد كلٌّ من إنزيم PDK ومُركّب نازعة هيدروجين البيروفات في مصفوفة الميتوكوندريا في حقيقيات النوى . يعمل هذا المُركّب على تحويل البيروفات (أحد نواتج تحلل الجلوكوز في السيتوسول ) إلى أسيتيل-CoA ، الذي يُؤكسد بدوره في الميتوكوندريا لإنتاج الطاقة، ضمن دورة حمض الستريك . من خلال تثبيط نشاط هذا المُركّب، يُقلّل إنزيم PDK من أكسدة البيروفات في الميتوكوندريا، ويزيد من تحويل البيروفات إلى لاكتات في السيتوسول.

يتم تحفيز العمل المعاكس لـ PDK، أي إزالة الفسفرة وتنشيط نازعة هيدروجين البيروفات، بواسطة فوسفاتاز بروتيني يسمى فوسفاتاز نازعة هيدروجين البيروفات .

(لا ينبغي الخلط بين كيناز نازعة هيدروجين البيروفات وكيناز-1 المعتمد على الفوسفاتيديل إينوزيتول ، والذي يُعرف أحيانًا باسم "PDK1".)

مواقع الفسفرة

يستطيع إنزيم PDK فسفرة بقايا السيرين على نازعة هيدروجين البيروفات في ثلاثة مواقع محتملة. وقد أظهرت بعض الأدلة أن الفسفرة في الموقع 1 تُعطّل الإنزيم بشكل شبه كامل، بينما تُساهم الفسفرة في الموقعين 2 و3 بشكل طفيف فقط في تعطيل المُركّب. [ 1 ] لذلك، فإن الفسفرة في الموقع 1 هي المسؤولة عن تعطيل نازعة هيدروجين البيروفات.

الأيزوزيمات

توجد أربعة أنواع معروفة من إنزيمات PDK في البشر:

يُحفظ التسلسل الأساسي بين الإنزيمات الأربعة بنسبة تطابق 70%. وتحدث أكبر الاختلافات بالقرب من الطرف الأميني . [ 2 ]

يُعدّ PDK1 الأكبر بين الأربعة، إذ يحتوي على 436 حمضًا أمينيًا ، بينما يحتوي كل من PDK2 وPDK3 وPDK4 على 407 و406 و411 حمضًا أمينيًا على التوالي. وتختلف هذه الإنزيمات المتماثلة في نشاطها ومعدلات فسفرتها في كل موقع. ففي الموقع 1، يكون الترتيب من الأسرع إلى الأبطأ كالتالي: PDK2 > PDK4 ≈ PDK1 > PDK3. أما في الموقع 2، فيكون الترتيب كالتالي: PDK3 > PDK4 > PDK2 > PDK1. ويُعدّ PDK1 الإنزيم الوحيد القادر على فسفرة الموقع 3. ومع ذلك، فقد تبيّن أن هذه الأنشطة حساسة للتغيرات الطفيفة في الرقم الهيدروجيني، لذا فإن البيئة الدقيقة لإنزيمات PDK المتماثلة قد تُغيّر معدلات التفاعل. [ 3 ] [ 4 ]

وقد تبين أيضاً أن وفرة الإنزيمات المتماثلة تختلف باختلاف الأنسجة . فـ PDK1 متوفر بكثرة في خلايا القلب ، بينما PDK3 هو الأكثر وفرة في الخصية . أما PDK2 فيوجد في معظم الأنسجة ولكنه منخفض في خلايا الطحال والرئة . ويوجد PDK4 بشكل رئيسي في أنسجة العضلات الهيكلية والقلب . [ 5 ]

الآلية

يُعطَّل إنزيم نازع هيدروجين البيروفات عند فسفرته بواسطة PDK. في الوضع الطبيعي، يكون الموقع النشط لهذا الإنزيم في هيئة مستقرة ومنظمة مدعومة بشبكة من الروابط الهيدروجينية . مع ذلك، تُسبب الفسفرة بواسطة PDK في الموقع 1 تداخلات فراغية مع بقايا سيرين مجاورة أخرى، وذلك نتيجةً لزيادة حجم البقايا المفسفرة وشحناتها السالبة. [ 6 ] يؤدي هذا إلى تعطيل شبكة الروابط الهيدروجينية واضطراب هيئة حلقتي الفسفرة. تمنع هاتان الحلقتان خطوة الأسيتلة الاختزالية ، مما يُوقف النشاط الكلي للإنزيم. [ 7 ] أما التغيرات الهيكلية وآلية تعطيل الإنزيم عند الفسفرة في الموقعين 2 و3، فلا تزال غير معروفة حتى الآن.

أنظمة

إنزيم PDK المتماثل 4 مع ADP المرتبط بالموقع النشط. وقد ثبت أن ADP مثبط تنافسي. [ 8 ]

يتم تنشيط إنزيم بيروفات ديهيدروجينيز كيناز بواسطة ATP و NADH وأسيتيل- CoA . ويتم تثبيطه بواسطة ADP و NAD+ و CoA-SH والبيروفات . [ 9 ]

يستجيب كل إنزيم متماثل لكل عامل من هذه العوامل بشكل مختلف قليلاً. يحفز NADH نشاط PDK1 بنسبة 20% ونشاط PDK2 بنسبة 30%. ويزيد NADH مع أسيتيل-CoA من نشاط هذين الإنزيمين بنسبة 200% و300% على التوالي. في ظروف مماثلة، لا يستجيب PDK3 لـ NADH، ويتم تثبيطه بواسطة NADH مع أسيتيل-CoA. يزداد نشاط PDK4 بنسبة 200% مع NADH، ولكن إضافة أسيتيل-CoA لا تزيد من نشاطه أكثر من ذلك. [ 5 ]

أهمية المرض

PDK isoforms are elevated in obesity, diabetes, heart failure, and cancer.[10] Some studies have shown that cells that lack insulin (or are insensitive to insulin) overexpress PDK4.[11] As a result, the pyruvate formed from glycolysis cannot be oxidized which leads to hyperglycaemia due to the fact that glucose in the blood cannot be used efficiently. Therefore, several drugs target PDK4 hoping to treat type II diabetes.[12]

PDK1 has shown to have increased activity in hypoxic cancer cells due to the presence of HIF-1. PDK1 shunts pyruvate away from the citric acid cycle and keeps the hypoxic cell alive.[13] Therefore, PDK1 inhibition has been suggested as an antitumor therapy since PDK1 prevents apoptosis in these cancerous cells.[14] Similarly, PDK3 has been shown to be overexpressed in colon cancer cell lines.[15] Three proposed inhibitors are AZD7545 and dichloroacetate which both bind to PDK1, and Radicicol which binds to PDK3.[16]

Mutations in the PDK3 gene are a rare cause of X-linked Charcot-Marie-Tooth disease (CMTX6).[17][18]

In dogs, specifically Doberman Pinschers, a mutation in the PDK4 gene is associated with dilated cardiomyopathy (DCM).[19][20][21]

References

  1. Yeaman SJ, Hutcheson ET, Roche TE, Pettit FH, Brown JR, Reed LJ, Watson DC, Dixon GH (June 1978). "Sites of phosphorylation on pyruvate dehydrogenase from bovine kidney and heart". Biochemistry. 17 (12): 2364–70. doi:10.1021/bi00605a017. PMID 678513.
  2. Popov KM, Kedishvili NY, Zhao Y, Gudi R, Harris RA (November 1994). "Molecular cloning of the p45 subunit of pyruvate dehydrogenase kinase". The Journal of Biological Chemistry. 269 (47): 29720–4. doi:10.1016/S0021-9258(18)43940-3. PMID 7961963.
  3. كورتشكينا إل جي، باتيل إم إس (أكتوبر 2001). "التخصص الموضعي لأربعة إنزيمات متماثلة من كيناز نازعة هيدروجين البيروفات تجاه مواقع الفسفرة الثلاثة لنازعة هيدروجين البيروفات البشرية" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 276 (40): 37223-37229 . doi : 10.1074/jbc.M103069200 . PMID 11486000 . 
  4. كولوبوفا إي، توغانوفا أ، بولاتنيكوف إي، بوبوف ك م (أغسطس 2001). "تنظيم نشاط نازعة هيدروجين البيروفات من خلال الفسفرة في مواقع متعددة" . المجلة البيوكيميائية . 358 (الجزء 1): 69-77 . doi : 10.1042/0264-6021:3580069 . PMC 1222033. PMID 11485553 .  
  5. 1 2 بوكر-كينلي إم إم، ديفيس دبليو آي، وو بي، هاريس آر إيه، بوبوف كيه إم (يناير 1998). " دليل على وجود تنظيم خاص بالأنسجة لمركب نازعة هيدروجين البيروفات في الثدييات" . المجلة البيوكيميائية . 329 (1): 191-196 . doi : 10.1042/bj3290191 . PMC 1219031. PMID 9405293 .  
  6. كورتشكينا إل جي، باتيل إم إس (فبراير 2001). "استكشاف آلية تعطيل إنزيم نازع هيدروجين البيروفات البشري عن طريق فسفرة ثلاثة مواقع" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 276 (8): 5731-5738 . doi : 10.1074/jbc.M007558200 . PMID 11092882 . 
  7. كاتو م، وين ر.م، تشوانغ ج.ل، تسو س.ك، ماتشيوس م، لي ج، تشوانغ د.ت (ديسمبر 2008). " الأساس البنيوي لتعطيل معقد نازعة هيدروجين البيروفات البشري عن طريق الفسفرة: دور حلقات الفسفرة غير المنتظمة" . ستراكشر . 16 (12): 1849-1859 . doi : 10.1016/j.str.2008.10.010 . PMC 2849990. PMID 19081061 .  
  8. روش تي إي، ريد إل جيه (أغسطس 1974). "متطلبات الكاتيون أحادي التكافؤ لتثبيط كيناز نازعة هيدروجين البيروفات بواسطة ADP". مجلة الاتصالات البحثية البيوكيميائية والبيوفيزيائية . 59 (4): 1341-1348 . Bibcode : 1974BBRC...59.1341R . doi : 10.1016/0006-291X(74)90461-6 . PMID 4370205 . 
  9. سوجدين إم سي، هولنيس إم جيه (مايو 2003). "التطورات الحديثة في آليات تنظيم أكسدة الجلوكوز على مستوى معقد نازعة هيدروجين البيروفات بواسطة كينازات نازعة هيدروجين البيروفات". المجلة الأمريكية لعلم وظائف الأعضاء والغدد الصماء والتمثيل الغذائي. 284 ( 5): E855-62. doi : 10.1152/ajpendo.00526.2002 . PMID 12676647 . 
  10. بارك إس، جيون جيه إتش، لي آي كيه (2018). "دور مركب نازعة هيدروجين البيروفات في إعادة تشكيل الأيض: وظائف مختلفة لمركب نازعة هيدروجين البيروفات في الأيض" . مجلة داء السكري الطبية . 42 (4): 270-281 . doi : 10.4093/dmj.2018.0101 . PMC 6107359. PMID 30136450 .  
  11. ماجر م، بوبوف ك م، هاريس ر أ، بوغاردوس س، بروشازكا م (أكتوبر 1998). "يُثبِّط الأنسولين التعبير عن الحمض النووي الريبوزي المرسال لكيناز نازعة هيدروجين البيروفات (PDK): آلية محتملة تُسهم في زيادة أكسدة الدهون لدى الأفراد المقاومين للأنسولين" . علم الوراثة الجزيئية والأيض . 65 (2): 181-186 . doi : 10.1006/mgme.1998.2748 . PMID 9787110 . 
  12. هولنيس إم جيه، سوجدين إم سي (ديسمبر 2003). "تنظيم نشاط معقد نازعة هيدروجين البيروفات عن طريق الفسفرة العكسية". معاملات الجمعية الكيميائية الحيوية . 31 (الجزء 6): 1143-1151 . doi : 10.1042/bst0311143 . PMID 14641014 . 
  13. كيم جيه دبليو، تشيرنيشوف آي، سيمينزا جي إل، دانغ سي في (مارس 2006). "التعبير عن كيناز نازعة هيدروجين البيروفات بوساطة HIF-1: مفتاح أيضي ضروري للتكيف الخلوي مع نقص الأكسجين" . أيض الخلية . 3 (3): 177-185 . doi : 10.1016/j.cmet.2006.02.002 . PMID 16517405 . 
  14. بونيه إس، آرتشر إس إل، ألالونيس-ترنر جيه، هارومي إيه، بوليو سي، طومسون آر، لي سي تي، لوباشوك جي دي، بوتاجونتا إل، بونيه إس، هاري جي، هاشيموتو كيه، بورتر سي جيه، أندرادي إم إيه، ثيبود بي، ميشالاكيس إي دي (يناير 2007). "يتم تثبيط محور الميتوكوندريا-قناة البوتاسيوم في السرطان، ويعزز تطبيعه موت الخلايا المبرمج ويمنع نمو السرطان" . خلية السرطان . 11 (1): 37-51 . doi : 10.1016/j.ccr.2006.10.020 . PMID 17222789 . 
  15. لو سي دبليو، لين إس سي، تشين سي دبليو، لين إس سي، لي سي تي، لين بي دبليو، لي جي سي، تساي إس جي (سبتمبر 2011). " زيادة التعبير عن كيناز نازعة هيدروجين البيروفات 3 تزيد من مقاومة الأدوية والانتكاس المبكر في سرطان القولون" . المجلة الأمريكية لعلم الأمراض . 179 (3): 1405-1414 . doi : 10.1016/j.ajpath.2011.05.050 . PMC 3157210. PMID 21763680 .  
  16. كاتو م، لي ج، تشوانغ ج ل، تشوانغ د ت (أغسطس 2007). "آليات بنيوية متميزة لتثبيط نظائر كيناز نازعة هيدروجين البيروفات بواسطة AZD7545، ثنائي كلورو أسيتات، وراديكيكول" . ستراكشر . 15 ( 8): 992-1004 . doi : 10.1016/j.str.2007.07.001 . PMC 2871385. PMID 17683942 .  
  17. الوراثة المندلية عبر الإنترنت في الإنسان (OMIM): مرض شاركو-ماري-توث، سائد مرتبط بالكروموسوم X، 6؛ CMTX6 - 300905
  18. كينرسون إم إل، ييو إي إم، تشوانغ دي تي، كيدامبي إيه، تسو إس سي، لي سي، شودري آر، درو إيه بي، رانس جي، ديلايتسكي إم بي، زوخنر إس، رايان إم إم، نيكلسون جي إيه (أبريل 2013). "موقع جيني جديد لمرض شاركو-ماري-توث السائد المرتبط بالكروموسوم X (CMTX6) ناتج عن طفرات في جين إنزيم البيروفات ديهيدروجينيز كيناز 3 (PDK3)" . علم الوراثة الجزيئية البشرية . 22 (7): 1404-1416 . doi : 10.1093 / hmg/dds557 . PMC 3596851. PMID 23297365 .  
  19. بولفر إل، إسترادا إيه إتش، لاركين سي، كونلون تي جيه، لورينكو إف، تاغارت كيه، وآخرون . (مارس 2020). " النتائج الوظيفية لنقص PDK4 في خلايا ليفية من كلاب دوبرمان بينشر" . التقارير العلمية . 10 (1) 3930. Bibcode : 2020NatSR..10.3930B . doi : 10.1038/s41598-020-60879-6 . PMC 7054397. PMID 32127618 .   
  20. تاغارت ك، إسترادا أ، طومسون ب، لورينكو ف، كيرماني س، سوزوكي-هاتانو س، باكاك ك.أ. (2017). " يؤدي نقص PDK4 إلى موت الخلايا المبرمج الداخلي استجابةً للجوع في الخلايا الليفية من كلاب دوبرمان بينشر المصابة باعتلال عضلة القلب التوسعي" . BioResearch Open Access . 6 (1): 182–191 . doi : 10.1089/biores.2017.0023 . PMC 5745584. PMID 29285418 .  
  21. ميرز كيه إم، لاهمرز إس، كين بي دبليو، وايت إس إن، أوياما إم إيه، ماوسيلي إي، ليندبلاد-توه كيه (أغسطس 2012). "طفرة في موقع الربط في جين يُشفّر بروتين PDK4، وهو بروتين ميتوكوندري، مرتبطة بتطور اعتلال عضلة القلب التوسعي في كلاب الدوبرمان". علم الوراثة البشرية . 131 (8): 1319-25 . doi : 10.1007/s00439-012-1158-2 . PMID 22447147. S2CID 253975177 .