الكلاميديوتا

الكلاميديات (مرادف: الكلاميديا ) هي شعبة وفئة بكتيرية تتميز بتنوعها الكبير، بما في ذلك مسببات الأمراض لدى البشر والحيوانات، والمتعايشات مع الأوليات المنتشرة في كل مكان ، ^{[ 4 ]} وأشكال الرواسب البحرية التي لم تُفهم جيدًا بعد. [ ^{5 ] جميع} أنواع الكلاميديات التي عرفها البشر لعقود طويلة هي بكتيريا داخلية إجبارية؛ وفي عام 2020، تم اكتشاف العديد من أنواع الكلاميديات الإضافية في بيئات قاع المحيط، ولا يُعرف حتى الآن ما إذا كانت جميعها لها عوائل . ^{[ 5 ]}

من بين أنواع الكلاميديا ​​المختلفة التي تُسبب أمراضًا للإنسان، يُعدّ نوعا الكلاميديا ​​الرئوية ، المُسببة لنوع من الالتهاب الرئوي ، والكلاميديا ​​التراخومية ، المُسببة لداء الكلاميديا، الأكثر أهمية . وتُعتبر الكلاميديا ​​أكثر أنواع العدوى البكتيرية المنقولة جنسيًا شيوعًا في الولايات المتحدة، حيث يتم الإبلاغ عن 2.86 مليون إصابة سنويًا.

وُصِفَ مرضٌ شبيهٌ بالكلاميديا ​​يُصيب عيون الناس لأول مرة في مخطوطات صينية ومصرية قديمة. وقدّم هالبرشتيدتيرتر وفون بروازيك وصفًا حديثًا للكائنات الحية الشبيهة بالكلاميديا ​​في عام 1907.

عُزلت سلالات الكلاميديا ​​من أكياس المح في بيض الدجاج المخصب خلال تفشي التهاب رئوي بشري في أواخر عشرينيات وأوائل ثلاثينيات القرن العشرين، وبحلول منتصف القرن العشرين، تم الحصول على سلالات من عشرات الأنواع من الفقاريات. ظهر مصطلح الكلاميديا ​​(الذي يعني الرداء) في الأدبيات العلمية عام ١٩٤٥، على الرغم من استمرار استخدام أسماء أخرى، منها بيدسونيا، ومياغاوانيلا، وعوامل التهاب رئوي، وعوامل التهاب رئوي، وعوامل التهاب رئوي. في عام ١٩٥٦، نجح تانغ فاي فان في استزراع الكلاميديا ​​التراخومية لأول مرة ، على الرغم من أنها لم تكن تُصنف كبكتيريا آنذاك. ^{[ ١٤ ]}

في عام 1966، تم التعرف على الكلاميديات كبكتيريا، وتم اعتماد جنس الكلاميديا . ^{[ 15 ]} أنشأ ستورز وبيج رتبة الكلاميديات في عام 1971. ونُشرت فئة الكلاميديا ​​مؤخرًا بشكل صحيح. ^{[ 16 ] [ 17 ] [ 18 ]} بين عامي 1989 و1999، تم التعرف على عائلات وأجناس وأنواع جديدة. تم تأسيس شعبة الكلاميديات في دليل بيرجي لعلم تصنيف البكتيريا . ^{[ 19 ]} بحلول عام 2006، تم الإبلاغ عن بيانات وراثية لأكثر من 350 سلالة من الكلاميديات. ^{[ 20 ]} يشمل اكتشاف أشكال قاع المحيط التي تم الإبلاغ عنها في عام 2020 فروعًا جديدة . ^{[ 5 ]} في عام 2022، أُعيد تسمية الشعبة إلى الكلاميديات. ^{[ 1 ]}

تضم شعبة الكلاميديات حاليًا ثمانية أجناس مُسماة بشكل صحيح، و14 جنسًا. ^{[ 21 ]} تتكون الشعبة حاليًا من رتبتين (الكلاميديات، والباراكلاميديات) وتسع عائلات ضمن طائفة واحدة (الكلاميديات). ^{[ 16 ] [ 17 ]} أربع من هذه العائلات فقط مُسماة بشكل صحيح ( الكلاميديات ، والباراكلاميديات ، والسيمكانيات ، والوادليات ) ^{[ 22 ] [ 23 ]} بينما وُصفت خمس منها كعائلات ( الكلافيكلاميديات ، والكريبلاميديات ، والباريلكلاميديات ، والبيسيكلاميديات ، والرابدوكلاميديات ). ^{[ 24 ] [ 25 ] [ 26 ]}

تضم رتبة الكلاميديات، كما وُصفت مؤخرًا، عائلتي الكلاميديات والكلافيكلاميديا ، بينما تضم ​​رتبة الباراكلاميديات الجديدة العائلات السبع المتبقية. ^{[ 16 ]} يدعم هذا الطرح ملاحظة وجود مجموعتين تطوريتين متميزتين تبرر تصنيفهما فوق مستوى العائلة. وقد وُجد أن البصمات الجزيئية، على شكل حذف/إضافة محفوظة (CSIs) وبروتينات (CSPs)، مشتركة بشكل فريد بين كل رتبة على حدة، مما يوفر وسيلة لتمييز كل مجموعة عن الأخرى ويدعم فكرة الأصل المشترك للعائلات داخل كل رتبة. ^{[ 16 ] [ 27 ]} كما يدعم تميز الرتبتين عدم وجود حذف/إضافة محفوظة (CSIs) بين أي مجموعة أخرى من العائلات.

تم اكتشاف بصمات جزيئية خاصة بعائلة الكلاميديا. ^{[ 16 ] [ 27 ]} كانت الكلاميديا ​​في الأصل تتألف من جنس واحد، هو الكلاميديا ، ولكن في عام 1999 تم تقسيمها إلى جنسين، هما الكلاميدوفيلا والكلاميديا . ومنذ عام 2015، تم توحيد الجنسين مجددًا، حيث أعيد تصنيف الأنواع التابعة لجنس الكلاميدوفيلا كأنواع من الكلاميديا. ^{[ 28 ] [ 29 ]}

مع ذلك، وُجدت مؤشرات CSI وCSP خاصة بأنواع الكلاميدوفيلا ، مما يدعم تميزها عن الكلاميديا، وربما يستدعي ذلك دراسة إضافية لتصنيفها إلى مجموعتين منفصلتين داخل العائلة. كما وُجدت مؤشرات CSI وCSP مشتركة حصريًا بين جميع أنواع الكلاميديا ، مما يشير إلى سلالة مستقلة عن الكلاميدوفيلا ، ويدعم وسيلة لتمييز أنواع الكلاميديا ​​عن الأنواع المجاورة لها من الكلاميدوفيلا . ^{[ 16 ] [ 27 ]}

يعتمد التصنيف المقبول حاليًا على قائمة أسماء بدائيات النوى ذات المكانة في التسمية (LPSN) ^{[ 30 ]} والمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI). ^{[ 21 ]}

• " Similichlamydiales " Pallen، Rodriguez-R & Alikhan 2022 [Hat2 GTDB ]
  • العائلة Parilichlamydiaceae سترايد وآخرون. 2013 ["Similichlamydiaceae" Pallen, Rodriguez-R & Alikhan 2022 ]
  • عائلة " Piscichlamydiaceae " هورن 2010 - بناءً على علم الوراثة في غوبتا وآخرون (2015). ^{[ 31 ]}
• ترتيب الكلاميديات ستورز وبيج 1971
  • عائلة " Actinochlamydiaceae " Steigen et al. 2013
  • عائلة " Criblamydiaceae " توماس، كاسون وغروب 2006
  • عائلة الكلاميديا ​​رايك 1957
  • عائلة Parachlamydiaceae إيفريت، بوش وأندرسن 1999
  • عائلة Rhabdochlamydiaceae Corsaro et al. 2009
  • عائلة سيمكانياسيا إيفريت، بوش وأندرسن 1999
  • عائلة Waddliaceae Rurangirwa وآخرون. 1999

تُشكّل الكلاميديا ​​مجموعةً تطوريةً بكتيريةً فريدةً انفصلت عن باقي البكتيريا منذ حوالي مليار عام، ويمكن تمييزها بوجود العديد من مواقع التداخل الجيني (CSIs) ومواقع التداخل الجيني الفرعية (CSPs). ^{[ 16 ] [ 27 ] [ 32 ] [ 8 ]} ويمكن تمييز أنواع هذه المجموعة عن جميع أنواع البكتيريا الأخرى بوجود حذف/إضافة محفوظة في عدد من البروتينات، وبوجود أعداد كبيرة من البروتينات المميزة الموجودة بشكلٍ فريد في أنواع الكلاميديا ​​المختلفة. ^{[ 33 ] [ 34 ]}

تُعدّ الكلاميديات مثيرة للاهتمام، إذ لا يوجد في رتبة الكلاميديات (التي تضم جميع الأعضاء المنشورة بشكل صحيح قبل عام 2010) أي أعضاء معروفة تعيش بشكل حر. ونظرًا لأن معظم البكتيريا تعيش بشكل حر، فلا بدّ من وجود نقطة ما انفصل فيها هذا السلالة لتصبح داخل الخلايا. ولا يزال تحديد مكان حدوث هذا الانفصال والمضيف الأصلي موضع جدل إلى حد ما. ^{[ 35 ]}

في عام 2003، كان يُعتقد على نطاق واسع أن الكلاميديات تشترك في سلف مشترك مع البكتيريا الزرقاء ، وهي المجموعة التي تضم السلف الداخلي للبلاستيدات الخضراء في النباتات الحديثة . ^{[ 36 ]} ويعود ذلك إلى دراسات أظهرت أن جينات محددة، ولاحقًا محتويات جينومية كاملة، هي الأكثر تشابهًا مع البكتيريا الزرقاء والنباتات البرية. ووجدت دراسة أجريت عام 2004 أن 11% من الجينات في بروتوكلاميديا ​​أميبوفيلا UWE25 و4% في الكلاميديات هي الأكثر تشابهًا مع جينات البلاستيدات الخضراء والنباتات والبكتيريا الزرقاء . ^{[ 8 ]} وفي عام 2006، أشارت مقالة إلى أن إنزيم ناقل أمينو L,L-diaminopimelate يشبه بشكل ملحوظ نظيره في النباتات والبكتيريا الزرقاء. ^{[ 37 ]} ثمة تفسير بديل، لا يقل غرابة، من عام 2008، مفاده أن الكلاميديا ​​ربما كانت كائناً متكافلاً داخلياً لنبات سلفي، حيث نقلت بعض جيناتها إلى العائل قبل أن تُفقد. ^{[ 36 ]}

قبل فرضية البكتيريا الزرقاء، كانت هناك فرضيات منافسة تتعلق بشعبتي بلانكتوميسيتات أو سبيروكيتات . ظهرت نظرية بلانكتوميسيتات منذ عام ١٩٨٧ مع تصنيف كافاليير-سميث لبكتيريا بلانكتو. ^{[ ٣٨ ]} كادت هذه النظرية أن تُدحض بدراسة أجريت عام ٢٠٠٠ أظهرت عدم وجود صلة ذات دلالة إحصائية في الحمض النووي الريبوزي ٢٣S (تمامًا كما فعلت تحليلات الحمض النووي الريبوزي ١٦S السابقة). ^{[ ٣٩ ]} اعتقد جيمس دبليو مولدر ، في كتاباته عام ٢٠٠٣، أن هذا يمثل نهاية نظرية بلانكتوميسيتس. ^{[ ٤٠ ]} مع ذلك، تشير أدلة متزايدة إلى وجود صلة فعلية بين هاتين الشعبتين فيما يُعرف الآن باسم شعبة PVC الفائقة . ^{[ 41 ] [ 42 ] [ 43 ]} يشير التطور السلالي والوجود المشترك لـ CSIs في البروتينات الخاصة بالسلالة إلى أن Verrucomicrobiota هي أقرب الكائنات الحية الحرة لهذه الكائنات الطفيلية اعتبارًا من عام 2007. ^{[ 44 ]}

أتاحت مقارنة جينات الحمض النووي الريبوزي (RNA) رسم شجرة تطور السلالات المعروفة ضمن شعبة الكلاميديا. ^{[ 20 ]} ومنذ ذلك الحين، تم بناء أشجار تطور باستخدام مواقع جينية إضافية. انظر قسم  شجرة التطور أدناه.

لتصنيف الأنواع غير الموجودة هنا، راجع على سبيل المثال Gupta et al. (2015). ^{[ 31 ]}

تم وصف ثلاثة أنواع من الكلاميديا ​​التي تصيب البشر بشكل شائع:

• الكلاميديا ​​التراخومية ، التي تسبب مرض التراخوما في العين وعدوى الكلاميديا ​​المنقولة جنسياً
• الكلاميدوفيلا الرئوية ، التي تسبب نوعًا من الالتهاب الرئوي
• الكلاميدوفيلا الببغائية ، التي تسبب داء الببغاء

إن الحالة الفيزيولوجية الفريدة للمتدثرات، بما في ذلك دورة حياتها ثنائية الطور وضرورة تكاثرها داخل مضيف حقيقي النواة، قد مكّنت من استخدام تحليل الحمض النووي لتشخيص المتدثرات. ^{[ 51 ]} ويُعدّ الانتقال الأفقي للجينات واضحًا، مما يُعقّد هذا المجال البحثي. فعلى سبيل المثال، تم العثور على جينين يُشفّران بروتينات H1 شبيهة بالهيستون من أصل حقيقي النواة في الجينوم بدائي النواة للمتدثرة الحثرية، وهي ممرض إلزامي داخل الخلايا .

• قائمة رتب البكتيريا
• قائمة أجناس البكتيريا

• وارد م. "www.chlamydiae.com" . جامعة ساوثهامبتون. موسوعة ويكي شاملة مرجعية وتعليمية حول الكلاميديا ​​والكلاميديا.
• نظرة عامة على الكلاميديا