متحور جاما من فيروس سارس-كوف-2

كان متحور غاما ( P.1) ^{[ أ ] [ 6 ] [ 7 ]} أحد متحورات فيروس SARS-CoV-2 ، المسبب لمرض كوفيد-19 . ^{[ 8 ]} سُمي هذا المتحور من فيروس SARS-CoV-2 بالسلالة P.1، ويحتوي على 17 استبدالًا للأحماض الأمينية ، عشرة منها في بروتين السنبلة، بما في ذلك هذه الثلاثة التي صُنفت على أنها مثيرة للقلق بشكل خاص: N501Y و E484K وK417T. ^{[ 4 ] [ 9 ]} رُصد لأول مرة من قبل المعهد الوطني للأمراض المعدية (NIID) في اليابان، في 6 يناير 2021، لدى أربعة أشخاص وصلوا إلى طوكيو بعد زيارة ولاية أمازوناس في البرازيل قبل أربعة أيام. ^{[ 4 ] [ 10 ]} وأُعلن لاحقًا عن انتشاره في البرازيل. ^{[ 4 ]} بموجب نظام التسمية المبسط الذي اقترحته منظمة الصحة العالمية ، تم تصنيف P.1 على أنه متغير جاما، واعتُبر متغيرًا مثيرًا للقلق حتى مارس 2022، عندما تم استبداله إلى حد كبير بمتغيرات دلتا وأوميكرون . ^{[ 11 ]}

تسبب فيروس غاما في انتشار واسع للعدوى في أوائل عام 2021 في مدينة ماناوس ، عاصمة ولاية أمازوناس، على الرغم من أن المدينة كانت قد شهدت بالفعل انتشارًا واسعًا للعدوى في مايو 2020، ^{[ 12 ]} حيث أشارت دراسة ^{[ 13 ]} إلى ارتفاع نسبة الأجسام المضادة لفيروس SARS-CoV-2. ^{[ 14 ]} وتشير مقالة بحثية نُشرت في مجلة ساينس إلى أن الأشخاص المصابين بالسلالة P.1 لديهم فرصة أكبر لنقل العدوى والوفاة مقارنةً بالمصابين بالسلالة B.1.1.28. ^{[ 15 ]}

يتألف متغير جاما من نوعين فرعيين متميزين هما 28-AM-1 و28-AM-2، وكلاهما يحمل الطفرات K417T وE484K وN501Y، وقد تطور كلاهما بشكل مستقل عن الآخر داخل نفس منطقة الأمازون البرازيلية . ^{[ 16 ]}

يختلف النمط الجيني غاما اختلافًا ملحوظًا عن النمط الجيني زيتا (السلالة P.2) الذي انتشر أيضًا بكثرة في البرازيل. فعلى وجه الخصوص، يحمل النمط الجيني زيتا طفرة E484K فقط، ولا يحمل أيًا من الطفرتين الأخريين المثيرتين للقلق، وهما N501Y وK417T. ^{[ 16 ] [ 9 ]}

أشارت التقارير الأولية إلى أن كلاً من P.1 وP.2 ينتميان إلى سلالتين منفصلتين ومختلفتين من السلالة البرازيلية B.1.1.248. ^{[ 17 ] [ 18 ]} إلا أن B.1.1.248 فقدت لاحقًا مكانتها كسلالة مستقلة، وأُعيد تصنيفها إلى B.1.1.28. ^{[ 19 ]} كما أُطلق على P.1 اسم B.1.1.28.1، ^{[ 20 ]} بينما أُطلق على P.2 اسم B.1.1.28.2 أو VUI-202101/01. ^{[ 21 ]} ونظرًا لأن نظام تسمية سلالات بانجو لا يسمح إلا بثلاثة مستويات فرعية ، فقد تم تسمية P.1 بـ B.1.1.28.1 وP.2 بـ B.1.1.28.2. ^{[ 4 ] [ 22 ]}

بعد اكتشافه، تمت مشاركة بيانات الجينوم لأربع عينات من المتغير الجديد مع GISAID بعد تخصيص نطاق المعرفات لها: EPI_ISL_792680إلى EPI_ISL_792683. ^{[ 23 ]}

الطفرات

تحديد الطفرات في متغير جاما

جين	حمض أميني
ORF1ab	synT733C
	synC2749T
	S1188L
	K1795Q
	del11288-11296 (3675-3677 SGF)
	synC12778T
	synC13860T
	E5665D
يرتقع	L18F
	T20N
	P26S
	D138Y
	R190S
	K417T
	E484K
	N501Y
	H 655Y
	T1027I
ORF8	E92K
	ins28269-28273
شمال	P80R
المصدر: فاريا وآخرون (2021) ، الشكل 1.ب

متحورات فيروس سارس-كوف-2

إضافةً إلى وجود ثماني طفرات (أربع منها طفرات جينية مترادفة ) في إطارات القراءة المفتوحة (ORF1a وORF1b)  -  إحداها عبارة عن مجموعة من الحذف  -  يحتوي جين غاما على 10 طفرات مميزة في بروتين السنبلة ، بما في ذلك N501Y وE484K. كما يحتوي على طفرتين  -  إحداهما إدخال  -  في جين ORF8 والأخرى في جين N. ^{[ 4 ] [ 24 ]}

تم رسم طفرات الأحماض الأمينية لمتغير جاما من فيروس SARS-CoV-2 على خريطة جينوم فيروس SARS-CoV-2 مع التركيز على بروتين سبايك. ^{[ 25 ]}

في 12 يناير 2021، أكد مركز CADDE البرازيلي البريطاني 13 حالة إصابة محلية بالسلالة P.1 في ماناوس، بولاية أمازوناس، أكبر مدن غابات الأمازون المطيرة. ^{[ 4 ]} كانت السلالة الجديدة غائبة في 27 عينة جُمعت من ماناوس بين مارس ونوفمبر 2020، ولكن تم رصدها في 42% (13 من أصل 31) من العينات التي جُمعت في الفترة من 15 إلى 23 ديسمبر 2020، ثم في 52.2% (35 من أصل 67) خلال الفترة من 15 إلى 31 ديسمبر 2020، و85.4% (41 من أصل 48) خلال الفترة من 1 إلى 9 يناير 2021. والجدير بالذكر أن السلالة P.2 تراجعت بشكل ملحوظ لصالح السلالة P1 خلال الفترة من النصف الثاني من ديسمبر إلى 1-9 يناير، حيث انخفضت نسبة السلالة P.2 في ماناوس من 25.4% إلى 6.3%. ^{[ 4 ] [ 89 ]}

كشفت دراسة أجريت على 180 عينة برازيلية تم تسلسلها جينياً، جُمعت في ولاية ريو دي جانيرو خلال عام 2020، عن ظهور السلالة الجديدة P.2 من فيروس SARS-CoV-2 (المنحدرة من السلالة B.1.1.28). تم رصد السلالة P.2 لأول مرة من خلال تسلسل الجينوم في أكتوبر 2020، ولكن تشير التقديرات إلى ظهورها في أوائل يوليو 2020. ^{[ 27 ]} وحتى ديسمبر 2020، وعلى الرغم من ازدياد انتشارها بشكل ملحوظ في جميع أنحاء الولاية، إلا أنها ظلت محصورة إلى حد كبير في عاصمة الولاية ريو دي جانيرو . في مايو 2020، كانت السلالتان الرئيسيتان اللتان تسببتا في الإصابة بفيروس كوفيد-19 هما B.1.1.33 (70%) وB.1.1.28 (20%)، بينما بحلول سبتمبر، أصبحت السلالتان الرئيسيتان هما B.1.1.33 (50%) وB.1.1.28 (40%)، مع عدم رصد أي وجود للسلالة P.2. أما خلال شهري أكتوبر ونوفمبر، فقد كانت السلالة P.2 هي الأكثر شيوعًا بنسبة تقارب 50% (وفقًا لأداة بانغولين ). ^{[ 90 ]} كما وجدت الدراسة أن طفرة E484K "منتشرة على نطاق واسع" في جميع عينات P.2 التي تم تحليلها (36 من أصل 38). ^{[ 90 ]}

Researchers at the Oswaldo Cruz Foundation published a preprint genomic epidemiology study of 250 collected genomes from different places in Amazonas and found that P.1 infections can produce nearly 10 times more viral load than in other COVID-19-infected persons involving lineages B.1.1.28 and B.1.195. The lineage also showed 2.2 times higher transmissibility with the same ability to infect both adults (18–59 years old) and older persons (60 years old and higher), suggesting P.1 and its sublineages are more successful at infecting younger humans with no gender differential.^[91]

The Centre for Arbovirus Discovery, Diagnosis, Genomics and Epidemiology (CADDE) produced another journal article of samples collected in Manaus between November 2020 and January 2021. The study indicated lineage P.1 to be about 2.0 times (50% CrI, 1.7–2.4 times) more transmissible and was shown to be capable of evading about 32% (50% CrI, 21–46%) of inherited immunity from previous coronavirus diseases, leading to the possibility of reinfection. These increased statistics also had the same reflection in fatality, in that P.1 infections can be about 50% (50% CrI, 20–90%) more lethal.^[92][93][94] As part of ongoing research, the variant's capacity to neutralise antibodies has been evaluated by scientists in a published preprint work demonstrating that 8 CoronaVac-immunised persons had a poor blood plasma response against lineage P.1. Since the study only had a small number of participants, it was not possible to establish any statistical conclusion as a larger number of vaccinated people would need to be studied.^[95] Scientists at MIT, Harvard and Cambridge, and hospitals physicians in Boston, corroborated that people fully vaccinated with Pfizer and Moderna vaccines have significantly decreased neutralisation with P.1—in a preprint work.^[96]

In March 2022, the World Health Organization listed the Alpha, Beta and Gamma variants as previously circulating citing lack of any detected cases in the prior weeks and months.^[11]

• المتغيرات من SARS-CoV-2 : ألفا ، بيتا ، دلتا ، إبسيلون ، زيتا ، إيتا ، ثيتا ، أيوتا ، كابا ، لامدا ، مو ، أوميكرون

• سلالات بانجو: تقرير عن المتغيرات الجديدة - تقرير عن التوزيع العالمي لثلاثة متغيرات، بما في ذلك P.1، وهو سليل B.1.1.28
• تقرير COG-UK حول طفرات البروتين الشوكي لفيروس SARS-CoV-2 ذات الأهمية في المملكة المتحدة