مشروع الألف جينوم النباتي

الموسوعة الحرة

مشروع الألف جينوم النباتي
وكالة التمويل
مدة2008 – 2019
موقع إلكترونيwww.onekp.com

كانت مبادرة 1000 نسخة نباتية (1KP) عبارة عن جهد بحثي دولي لإنشاء الكتالوج الأكثر تفصيلاً للتنوع الجيني في النباتات. تم الإعلان عنها في عام 2008 برئاسة جاني كا شو وونغ ومايكل ديهولوس من جامعة ألبرتا . نجح المشروع في تسلسل النسخ الجيني (الجينات المعبر عنها) لـ 1000 نوع مختلف من النباتات بحلول عام 2014؛ [1] [2] نُشرت منتجاتها النهائية في عام 2019. [3] [4] [5]

كان مشروع 1KP أحد مشاريع التسلسل واسعة النطاق (التي تشمل العديد من الكائنات الحية) المصممة للاستفادة من التوافر الأوسع لتقنيات تسلسل الحمض النووي عالية الإنتاجية ("الجيل التالي") . على سبيل المثال، حصل مشروع 1000 جينوم المماثل على تسلسلات جينوم عالية التغطية لـ 1000 شخص فردي بين عامي 2008 و2015، لفهم التباين الجيني البشري بشكل أفضل . [6] [7] يوفر هذا المشروع نموذجًا لمزيد من مشاريع الجينوم على مستوى الكوكب بما في ذلك مشروع 10KP لتسلسل الجينوم الكامل لـ 10000 نبات، [8] ومشروع Earth BioGenome ، الذي يهدف إلى تسلسل وفهرسة وتوصيف جينومات جميع التنوع البيولوجي حقيقيات النوى على الأرض . [9]

الأهداف

اعتبارًا من عام 2002 ، قُدِّر عدد الأنواع النباتية الخضراء المصنفة بحوالي 370.000، ومع ذلك، فمن المحتمل أن يكون هناك آلاف أخرى غير مصنفة حتى الآن. [10] وعلى الرغم من هذا العدد، فإن القليل جدًا من هذه الأنواع لديها معلومات مفصلة عن تسلسل الحمض النووي حتى الآن؛ 125.426 نوعًا في GenBank ، اعتبارًا من 11 أبريل 2012 ، [11] ولكن معظمها (>95٪) لديها تسلسل الحمض النووي لجين واحد أو اثنين فقط. "... لم يتأثر أي من أنواع النباتات التي يبلغ عددها نصف مليون تقريبًا والتي تعرفها البشرية بالجينوم على أي مستوى". [1] يهدف مشروع 1000 جينوم نباتي إلى إنتاج زيادة بنحو 100 ضعف في عدد الأنواع النباتية ذات تسلسل الجينوم الواسع المتاح.

العلاقات التطورية

كانت هناك جهود لتحديد العلاقات التطورية بين الأنواع النباتية المعروفة، [12] [13] ولكن شجرة التطور (أو الأشجار التطورية) التي تم إنشاؤها باستخدام البيانات المورفولوجية فقط، أو الهياكل الخلوية، أو الإنزيمات الفردية، أو على عدد قليل فقط من التسلسلات (مثل rRNA ) يمكن أن تكون عرضة للخطأ؛ [14] تكون السمات المورفولوجية معرضة للخطر بشكل خاص عندما يبدو نوعان متشابهين جسديًا على الرغم من أنهما ليسا وثيقي الصلة (نتيجة للتطور المتقارب على سبيل المثال) أو التماثل ، أو عندما يبدو نوعان وثيقي الصلة مختلفين جدًا لأنهما، على سبيل المثال، قادران على التغيير استجابة لبيئتهما بشكل جيد للغاية. هذه المواقف شائعة جدًا في مملكة النبات. تتمثل إحدى الطرق البديلة لبناء العلاقات التطورية في التغييرات في تسلسل الحمض النووي للعديد من الجينات بين الأنواع المختلفة والتي غالبًا ما تكون أكثر قوة في مواجهة مشاكل الأنواع المتشابهة المظهر. [14] مع كمية التسلسل الجينومي الذي ينتجه هذا المشروع، يمكن اختبار العديد من العلاقات التطورية المتوقعة بشكل أفضل من خلال محاذاة التسلسل لتحسين يقينها. مع 383,679 شجرة عائلة جينية نووية و2,306 توزيع عمري للجينات مع مخططات Ks المستخدمة في التحليل النهائي والمشتركة في GigaDB جنبًا إلى جنب مع ورقة البحث النهائية. [15]

تطبيقات التكنولوجيا الحيوية

لم تكن قائمة الجينومات النباتية التي تم تسلسلها في المشروع عشوائية؛ بل ركزنا بدلاً من ذلك على النباتات التي تنتج مواد كيميائية قيمة أو منتجات أخرى ( مستقلبات ثانوية في كثير من الحالات) على أمل أن يسمح توصيف الجينات المعنية باستخدام أو تعديل العمليات الحيوية الأساسية. [1] على سبيل المثال، هناك العديد من النباتات المعروفة بإنتاج الزيوت (مثل الزيتون) وبعض الزيوت من نباتات معينة تحمل تشابهًا كيميائيًا قويًا مع المنتجات البترولية مثل نخيل الزيت والأنواع المنتجة للهيدروكربونات . [16] إذا كان من الممكن استخدام آليات النبات هذه لإنتاج كميات كبيرة من الزيت المفيد صناعيًا، أو تعديلها بحيث تفعل ذلك، فستكون ذات قيمة كبيرة. هنا، فإن معرفة تسلسل جينات النبات المشاركة في المسار الأيضي الذي ينتج الزيت هو خطوة أولى كبيرة للسماح بمثل هذا الاستخدام. ومن الأمثلة الحديثة على كيفية عمل مسارات الكيمياء الحيوية الطبيعية الهندسية الأرز الذهبي الذي تضمن تعديل مساره وراثيًا، بحيث يتم إنتاج مقدمة لفيتامين أ بكميات كبيرة مما يجعل الأرز ذو اللون البني حلاً محتملاً لنقص فيتامين أ. [17] هذا المفهوم الخاص بهندسة النباتات للقيام "بالعمل" شائع [18] وستزداد إمكاناته بشكل كبير نتيجة للمعلومات الجينية حول هذه الأنواع الألف من النباتات. يمكن أيضًا استخدام المسارات الحيوية لإنتاج المركبات الطبية بكميات كبيرة باستخدام النباتات بدلاً من التفاعلات الكيميائية العضوية اليدوية كما يتم إنشاء معظمها حاليًا.

كانت إحدى النتائج الأكثر غرابة للمشروع هي اكتشاف قنوات أيونية متعددة جديدة حساسة للضوء تستخدم على نطاق واسع للتحكم البصري الجيني في الخلايا العصبية التي تم اكتشافها من خلال تسلسل وتوصيف فسيولوجي للأوبسينات من أكثر من 100 نوع من أنواع الطحالب بواسطة المشروع. [19] يوفر توصيف تسلسلات رودوبسين القناة الجديدة هذه موارد لمهندسي البروتين الذين لا يهتمون عادةً أو لا يملكون القدرة على توليد بيانات التسلسل من هذه الأنواع النباتية العديدة. [20] تعمل عدد من شركات التكنولوجيا الحيوية على تطوير بروتينات رودوبسين القناة هذه لأغراض طبية، مع وجود العديد من مرشحي العلاج البصري الجيني هؤلاء قيد التجارب السريرية لاستعادة الرؤية لعمى الشبكية . ستصدر النتائج المنشورة الأولى لعلاج التهاب الشبكية الصباغي في يوليو 2021. [21]

نهج المشروع

تم إجراء التسلسل في البداية على منصة تسلسل الحمض النووي من الجيل التالي Illumina Genome Analyzer GAII في معهد بكين للجينوم (BGI Shenzhen، الصين)، ولكن تم تشغيل العينات لاحقًا على منصة Illumina HiSeq 2000 الأسرع . بدءًا من 28 جهازًا لتسلسل الحمض النووي من الجيل التالي Illumina Genome Analyzer ، تمت ترقيتها في النهاية إلى 100 جهاز تسلسل HiSeq 2000 في معهد بكين للجينوم . مكنت السعة الأولية البالغة 3 جيجابايت/تشغيل (3 مليارات زوج أساسي لكل تجربة) لكل من هذه الأجهزة من التسلسل السريع والدقيق لعينات النبات. [22]

اختيار الأنواع

تم تجميع اختيار الأنواع النباتية المراد تسلسلها من خلال تعاون دولي بين وكالات التمويل المختلفة ومجموعات الباحثين الذين أعربوا عن اهتمامهم بنباتات معينة. [1] كان هناك تركيز على تلك الأنواع النباتية المعروفة بقدرتها على التخليق الحيوي المفيد لتسهيل أهداف التكنولوجيا الحيوية للمشروع، واختيار الأنواع الأخرى لملء الفجوات وشرح بعض العلاقات التطورية غير المعروفة لتطور النبات الحالي. بالإضافة إلى القدرة على التخليق الحيوي للمركبات الصناعية، تم تخصيص أولوية عالية للأنواع النباتية المعروفة أو المشتبه في أنها تنتج مواد كيميائية نشطة طبياً (مثل الخشخاش الذي ينتج المواد الأفيونية ) لفهم عملية التخليق بشكل أفضل، واستكشاف إمكانات الإنتاج التجاري، واكتشاف خيارات صيدلانية جديدة. تم اختيار عدد كبير من الأنواع النباتية ذات الخصائص الطبية من الطب الصيني التقليدي (TCM). [1] يمكن الاطلاع على القائمة الكاملة للأنواع المختارة علنًا على الموقع الإلكتروني، [23] وتم نشر التفاصيل المنهجية وتفاصيل الوصول إلى البيانات بالتفصيل. [5] [24]

النسخ الجيني مقابل تسلسل الجينوم

بدلاً من تسلسل الجينوم بأكمله (كل تسلسل الحمض النووي) للأنواع النباتية المختلفة، قام المشروع بتسلسل تلك المناطق فقط من الجينوم التي تنتج منتجًا بروتينيًا ( الجينات المشفرة )؛ النسخ الجيني . [1] يبرر هذا النهج التركيز على المسارات الكيميائية الحيوية حيث تكون الجينات المنتجة للبروتينات المعنية مطلوبة فقط لفهم الآلية التركيبية، ولأن هذه الآلاف من التسلسلات ستمثل تفاصيل تسلسل كافية لبناء علاقات تطورية قوية للغاية من خلال مقارنة التسلسل. يمكن أن تختلف أعداد الجينات المشفرة في الأنواع النباتية بشكل كبير، ولكن جميعها تحتوي على عشرات الآلاف أو أكثر مما يجعل النسخ الجيني مجموعة كبيرة من المعلومات. ومع ذلك، يشكل التسلسل غير المشفر غالبية (>90٪) من محتوى الجينوم. [25] على الرغم من أن هذا النهج مشابه من الناحية المفاهيمية لعلامات التسلسل المعبر عنها (ESTs)، إلا أنه يختلف اختلافًا جوهريًا في أن التسلسل الكامل لكل جين سيتم الحصول عليه بتغطية عالية بدلاً من جزء صغير فقط من تسلسل الجين باستخدام EST. [26] للتمييز بين الاثنين، تُعرف الطريقة غير EST باسم "تسلسل النسخ الجيني بالبندقية". [26]

تسلسل البندقية النسخية

يتم جمع mRNA ( الرنا الرسول ) من عينة، وتحويله إلى cDNA بواسطة إنزيم النسخ العكسي ، ثم تجزئته بحيث يمكن تسلسله. [1] [22] بخلاف تسلسل البندقية النسخية ، تم تسمية هذه التقنية بتسلسل RNA-seq وتسلسل البندقية النسخية الكاملة (WTSS). [26] بمجرد تسلسل أجزاء cDNA، سيتم تجميعها من جديد (دون محاذاتها لتسلسل جينوم مرجعي ) مرة أخرى في تسلسل الجين الكامل عن طريق الجمع بين جميع الأجزاء من هذا الجين أثناء مرحلة تحليل البيانات. تم إنتاج مجمع نسخي جديد مصمم خصيصًا لـ RNA-Seq لهذا المشروع، [27] SOAPdenovo-Trans هو جزء من مجموعة SOAP لأدوات تجميع الجينوم من BGI .

أخذ عينات من الأنسجة النباتية

جاءت العينات من جميع أنحاء العالم، مع توفير عدد من الأنواع النادرة بشكل خاص من قبل الحدائق النباتية مثل حديقة Fairy Lake النباتية (شنتشن، الصين). [ بحاجة لمصدر ] تم تحديد نوع الأنسجة التي تم جمعها من خلال الموقع المتوقع للنشاط الحيوي؛ على سبيل المثال، إذا كان من المعروف أن هناك عملية أو مادة كيميائية مثيرة للاهتمام موجودة بشكل أساسي في الأوراق، فقد تم استخدام عينة من الأوراق. تم تكييف عدد من بروتوكولات تسلسل الحمض النووي الريبي واختبارها لأنواع مختلفة من الأنسجة، [24] وتم مشاركتها علنًا عبر منصة protocols.io. [28]

القيود المحتملة

نظرًا لأن التسلسل الجيني فقط هو الذي تم تسلسله، فإن المشروع لم يكشف عن معلومات حول تسلسل تنظيم الجينات ، أو الحمض النووي الريبي غير المشفر ، أو عناصر تكرار الحمض النووي ، أو السمات الجينومية الأخرى التي لا تشكل جزءًا من التسلسل المشفر. بناءً على عدد قليل من جينومات النباتات الكاملة التي تم جمعها حتى الآن، فإن هذه المناطق غير المشفرة ستشكل في الواقع غالبية الجينوم، [25] [29] وقد يكون الحمض النووي غير المشفر هو المحرك الأساسي للاختلافات في السمات التي تُرى بين الأنواع. [30]

نظرًا لأن mRNA كان المادة الأولية، فإن مقدار تمثيل التسلسل لجين معين يعتمد على مستوى التعبير (عدد جزيئات mRNA التي ينتجها). وهذا يعني أن الجينات ذات التعبير العالي تحصل على تغطية أفضل لأن هناك تسلسلًا أكبر للعمل منه. [30] والنتيجة، إذن، هي أن بعض الجينات المهمة ربما لم يتم اكتشافها بشكل موثوق من قبل المشروع إذا تم التعبير عنها بمستوى منخفض ولكنها لا تزال تتمتع بوظائف كيميائية حيوية مهمة.

من المعروف أن العديد من أنواع النباتات (خاصة تلك التي يتم التلاعب بها زراعيًا) [29] قد خضعت لتغييرات كبيرة على مستوى الجينوم من خلال تكرار الجينوم بأكمله. على سبيل المثال، يمكن أن تحتوي جينومات الأرز والقمح على 4-6 نسخ من الجينومات الكاملة [29] ( القمح ) بينما تحتوي الحيوانات عادةً على نسختين فقط ( ثنائية الصبغيات ). قد تشكل هذه الجينات المكررة مشكلة للتجميع الجديد لأجزاء التسلسل، لأن تكرار التسلسلات يربك برامج الكمبيوتر عند محاولة تجميع الأجزاء معًا، وقد يكون من الصعب تتبعها من خلال التطور.

مقارنة مع مشروع الألف جينوم

التشابه

وكما أن معهد بكين لعلم الجينوم في شنتشن بالصين هو أحد مراكز الجينوم الرئيسية المشاركة في مشروع الألف جينوم ، فإن المعهد هو موقع التسلسل لمشروع الألف جينوم النباتي. [31] كلا المشروعين عبارة عن جهود واسعة النطاق للحصول على معلومات مفصلة عن تسلسل الحمض النووي لتحسين فهمنا للكائنات الحية، وسوف يستخدم كلا المشروعين تسلسل الجيل التالي لتسهيل الإنجاز في الوقت المناسب.

الاختلافات

تختلف أهداف المشروعين بشكل كبير. ففي حين يركز مشروع الألف جينوم على التنوع الجيني في نوع واحد، فإن مشروع الألف جينوم النباتي ينظر إلى العلاقات التطورية والجينات بين 1000 نوع مختلف من النباتات.

في حين قُدِّرت تكلفة مشروع 1000 جينوم بما يصل إلى 50 مليون دولار أمريكي، [6] لم يكن مشروع 1000 جينوم نباتي مكلفًا؛ حيث جاء الفرق في التكلفة من التسلسل المستهدف في الجينومات. [1] نظرًا لأن مشروع 1000 جينوم نباتي قام بتسلسل النسخ فقط، في حين قام المشروع البشري بتسلسل أكبر قدر ممكن من الجينوم كما تم تحديده، [6] فهناك قدر أقل بكثير من جهد التسلسل المطلوب في هذا النهج الأكثر تحديدًا. في حين يعني هذا أنه كان هناك ناتج تسلسل إجمالي أقل نسبيًا لمشروع 1000 جينوم ، فإن الأجزاء غير المشفرة من الجينومات المستبعدة في مشروع 1000 جينوم نباتي لم تكن مهمة لأهدافه كما هي بالنسبة للمشروع البشري. لذا فإن النهج الأكثر تركيزًا لمشروع 1000 جينوم نباتي قلل من التكلفة مع تحقيق أهدافه.

التمويل

تم تمويل المشروع من قبل Alberta Innovates - Technology Futures (اندماج iCORE [1])، وGenome Alberta، وجامعة ألبرتا، ومعهد بكين للجينوم (BGI)، وMusea Ventures (شركة استثمارية خاصة مقرها الولايات المتحدة الأمريكية). [32] حتى الآن، تلقى المشروع 1.5 مليون دولار كندي من حكومة ألبرتا و0.5 مليون دولار أخرى من Musea Ventures. [32] في يناير 2010، أعلنت BGI أنها ستساهم بمبلغ 100 مليون دولار في مشاريع تسلسل واسعة النطاق للنباتات والحيوانات (بما في ذلك مشروع 1000 جينوم نباتي، ثم متابعة مشروع 10000 جينوم نباتي [8] ). [31]

انظر أيضا

مراجع

  1. ^ abcdefgh تم الاسترجاع في 25 فبراير 2010
  2. ^ Matasci N، Hung LH، Yan Z، Carpenter EJ، Wickett NJ، Mirarab S، وآخرون (2014). "الوصول إلى البيانات لمشروع 1000 نبات (1KP)". GigaScience . 3 (17): 17. doi : 10.1186/2047-217X-3-17 . PMC  4306014. PMID  25625010 .
  3. ^ مبادرة ألف نسخة نباتية من الترانسكربتوم (أكتوبر 2019). "ألف نسخة نباتية من الترانسكربتوم وعلم النشوء والتطور للنباتات الخضراء". مجلة نيتشر . 574 (7780): 679–685. doi :10.1038/s41586-019-1693-2. PMC 6872490. PMID  31645766 . 
  4. ^ Wong GK, Soltis DE, Leebens-Mack J, Wickett NJ, Barker MS, de Peer YV, et al. (4 مايو 2016). "تسلسل وتحليل النسخ الجيني لألف نوع عبر شجرة الحياة للنباتات الخضراء". المراجعة السنوية لعلم الأحياء النباتية . 71 : 741–765. doi : 10.1146/annurev-arplant-042916-041040 . ISSN  1543-5008. PMID  31851546. S2CID  209416841.
  5. ^ ab Carpenter EJ, Matasci N, Ayyampalayam S, Wu S, Sun J, Yu J, et al. (أكتوبر 2019). "الوصول إلى بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي من 1173 نوعًا من النباتات: مبادرة 1000 نسخة من النسخ الجيني للنباتات (1KP)". GigaScience . 8 (10). doi :10.1093/gigascience/giz126. PMC 6808545. PMID  31644802 . 
  6. ^ abcd Hayden EC (يناير 2008). "International genome project launch". Nature . 451 (7177): 378–9. Bibcode :2008Natur.451R.378C. doi :10.1038/451378b. PMID  18216809. S2CID  205035320.
  7. ^ "حول IGSR ومشروع الألف جينوم". IGSR: مورد العينات الجينومية الدولية . تم الاسترجاع في 2 أكتوبر 2018 .
  8. ^ ab Cheng S, Melkonian M, Smith SA, Brockington S, Archibald JM, Delaux PM, et al. (1 مارس 2018). "10KP: خطة تسلسل الجينوم متعدد الأصناف". GigaScience . 7 (3): 1–9. doi :10.1093/gigascience/giy013. PMC 5869286. PMID  29618049 . 
  9. ^ Lewin HA, Robinson GE, Kress WJ, Baker WJ, Coddington J, Crandall KA, et al. (24 أبريل 2018). "مشروع Earth BioGenome: تسلسل الحياة من أجل مستقبل الحياة". وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 115 (17): 4325-4333. رمز Bibcode : 2018PNAS..115.4325L. doi : 10.1073/pnas.1720115115 . ISSN  0027-8424. PMC 5924910. PMID  29686065 . 
  10. ^ Pitman NC, Jørgensen PM (نوفمبر 2002). "تقدير حجم النباتات المهددة بالانقراض في العالم". مجلة العلوم . 298 (5595): 989. doi :10.1126/science.298.5595.989. PMID  12411696. S2CID  891010.
  11. ^ "تصنيف NCBI". NCBI . تم الاسترجاع في 11 أبريل 2012 .
  12. ^ بريمر ك (1985). "ملخص علم تطور وتصنيف النباتات الخضراء". علم التصنيف التفرعي . 1 (4): 369-385. doi : 10.1111/j.1096-0031.1985.tb00434.x . PMID  34965683. S2CID  84961691.
  13. ^ Graham LE, Delwiche CF, Mishler BD (1991). "الارتباطات التطورية بين "الطحالب الخضراء" و"النباتات الطحلبية"". التقدم في علم الحشائش . 213-44 (3): 451-483. JSTOR  2399900.
  14. ^ ab Doyle JJ (يناير 1992). "أشجار الجينات وأشجار الأنواع: التصنيف الجزيئي كتصنيف أحادي الحرف". علم النبات النظامي . 1 (1): 144-63. doi :10.2307/2419070. JSTOR  2419070.
  15. ^ Li Z, Barker MS (1 فبراير 2020). "استنتاج تكرارات الجينوم القديم المفترضة في مبادرة 1000 نبات (1KP): الوصول إلى سلالات الجينات وتوزيع الأعمار". GigaScience . 9 (2). doi :10.1093/gigascience/giaa004. PMC 7011446. PMID  32043527 . 
  16. ^ Augustus GD, Jayabalan M, Rajarathinam K, Ray AK, Seiler GJ (2002). "Potential hydrocarbon produced genres of Western Ghats, Tamil Nadu, India". Biomass and Bioenergy . 23 (3): 165–169. Bibcode :2002BmBe...23..165A. doi :10.1016/S0961-9534(02)00045-4.
  17. ^ Ye X, Al-Babili S, Klöti A, Zhang J, Lucca P, Beyer P, et al. (يناير 2000). "هندسة مسار التخليق الحيوي لبروفيتامين أ (بيتا كاروتين) في بذرة الأرز (الخالية من الكاروتينات). مجلة العلوم . 287 (5451): 303-5. رمز Bibcode :2000Sci...287..303Y. doi :10.1126/science.287.5451.303. PMID  10634784. S2CID  40258379.
  18. ^ Taiz L, Zeiger E (2006). "الفصل 13: المستقلبات الثانوية ودفاع النبات". علم وظائف الأعضاء النباتية (الطبعة الرابعة). Sinauer Associates. ISBN 978-0-87893-856-8.
  19. ^ Klapoetke NC، Murata Y، Kim SS، Pulver SR، Birdsey-Benson A، Cho YK، وآخرون. (مارس 2014). "الإثارة البصرية المستقلة لمجموعات عصبية مميزة". Nature Methods . 11 (3): 338–346. doi :10.1038/nmeth.2836. PMC 3943671. PMID  24509633 . 
  20. ^ Wong GK, Soltis DE, Leebens-Mack J, Wickett NJ, Barker MS, Van de Peer Y, et al. (أبريل 2020). "تسلسل وتحليل النسخ الجيني لألف نوع عبر شجرة الحياة للنباتات الخضراء". المراجعة السنوية لعلم الأحياء النباتية . 71 : 741–765. doi : 10.1146/annurev-arplant-042916-041040 . PMID  31851546. S2CID  209416841.
  21. ^ Sahel JA، Boulanger-Scemama E، Pagot C، Arleo A، Galluppi F، Martel JN، et al. (يوليو 2021). "التعافي الجزئي لوظيفة الرؤية لدى مريض أعمى بعد العلاج البصري الوراثي". Nature Methods . 27 (7): 1223–1229. doi : 10.1038/s41591-021-01351-4 . PMID  34031601. S2CID  235203605.
  22. ^ "تم استرجاعه في 25 فبراير 2010". مؤرشف من الأصل في 7 مارس 2010. تم استرجاعه في 3 مارس 2010 .
  23. ^ "1kP Sample List Viewer". www.onekp.com . تم الاسترجاع في 10 أبريل 2020 .
  24. ^ ab Johnson MT، Carpenter EJ، Tian Z، Bruskiewich R، Burris JN، Carrigan CT، et al. (21 نوفمبر 2012). "تقييم طرق عزل الحمض النووي الريبي الكلي والتنبؤ بنجاح تسلسل النسخ الجيني للنباتات المتنوعة". PLOS ONE . 7 (11): e50226. Bibcode :2012PLoSO...750226J. doi : 10.1371/journal.pone.0050226 . ISSN  1932-6203. PMC 3504007. PMID 23185583  . 
  25. ^ ab Morgante M (أبريل 2006). "تنظيم جينوم النبات وتنوعه: عام القمامة!". الرأي الحالي في التكنولوجيا الحيوية . 17 (2): 168-73. doi :10.1016/j.copbio.2006.03.001. PMID  16530402.
  26. ^ abc Morozova O, Hirst M, Marra MA (2009). "تطبيقات تقنيات التسلسل الجديدة لتحليل النسخ". المراجعة السنوية لعلم الجينوم وعلم الوراثة البشرية . 10 : 135–151. doi :10.1146/annurev-genom-082908-145957. PMID  19715439. S2CID  26713396.
  27. ^ Xie Y, Wu G, Tang J, Luo R, Patterson J, Liu S, et al. (15 يونيو 2014). "SOAPdenovo-Trans: تجميع النسخ الجديد مع قراءات RNA-Seq القصيرة". Bioinformatics . 30 (12): 1660–1666. arXiv : 1305.6760 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu077 . ISSN  1367-4803. PMID  24532719.
  28. ^ TM، JE، Tian Z، Bruskiewich R، NJ، TC، وآخرون. (15 أغسطس 2019). "عزل الحمض النووي الريبي من الأنسجة النباتية v1 (protocols.io.439gyr6)". Protocols.io . doi : 10.17504/protocols.io.439gyr6 .
  29. ^ abc Yu J, Hu S, Wang J, Wong GK, Li S, Liu B, et al. (أبريل 2002). "تسلسل مسودة لجينوم الأرز (Oryza sativa L. ssp. indica)". Science . 296 (5565): 79–92. Bibcode :2002Sci...296...79Y. doi :10.1126/science.1068037. PMID  11935017. S2CID  208529258.
  30. ^ ab Bird CP, Stranger BE, Liu M, Thomas DJ, Ingle CE, Beazley C, et al. (2007). "Fast-evolving noncoding sequences in the human genome". Genome Biology . 8 (6): R118. doi : 10.1186/gb-2007-8-6-r118 . PMC 2394770. PMID  17578567 . 
  31. ^ ab "BGI تطلب مقترحات لتسلسل 1000 جينوم نباتي وحيواني؛ وتتعهد بـ 100 مليون دولار نحو هذا الجهد". GenomeWeb . 12 يناير 2010. تم الاسترجاع في 25 فبراير 2010 .
  32. ^ "باحث في برنامج iCORE في ألبرتا يقود مشروع الجينوم الدولي". حكومة ألبرتا. 13 نوفمبر 2008. مؤرشف من الأصل في 25 سبتمبر 2012. تم الاسترجاع في 21 أغسطس 2018 .
  33. ^ Weigel D, Mott R (2009). "مشروع الألف جينوم لنبات أرابيدوبسيس ثاليانا". علم الأحياء الجيني . 10 (5): 107. doi : 10.1186/gb-2009-10-5-107 . PMC 2718507. PMID  19519932 . 
  34. ^ مجتمع علماء جينوم 10ك (2009). "جينوم 10ك: اقتراح للحصول على تسلسل الجينوم الكامل لـ 10000 نوع من الفقاريات". مجلة الوراثة . 100 (6): 659-74. doi :10.1093/jhered/esp086. PMC 2877544. PMID  19892720 . {{cite journal}}:CS1 maint: أسماء رقمية: قائمة المؤلفين ( الرابط )
  • الموقع الرسمي
تم الاسترجاع من "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=مشروع_1000_جينوم_نباتي&oldid=1205580507"
Original text
Rate this translation
Your feedback will be used to help improve Google Translate