مجال HTH المرتبط بالحمض النووي من نوع LuxR
| البروتينات التنظيمية البكتيرية، عائلة luxR | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 البنية الحلية لمجال ربط الحمض النووي لبروتين erwinia amylovora rcsb | |||||||||
| المعرفات | |||||||||
| رمز | جيرا | ||||||||
| بفام | PF00196 | ||||||||
| عشيرة بفام | CL0123 | ||||||||
| انتربرو | حقوق الملكية الفكرية 000792 | ||||||||
| بروسيت | بى دى أو سي 00542 | ||||||||
| سكوب2 | 1rnl / نطاق / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
في علم الأحياء الجزيئي، مجال HTH المرتبط بالحمض النووي من نوع LuxR هو مجال حلزوني ملتوي (HTH) يرتبط بالحمض النووي ويتكون من حوالي 65 حمضًا أمينيًا . وهو موجود في منظمات النسخ لعائلة منظمات الاستجابة LuxR/FixJ. سُمي المجال على اسم Vibrio fischeri luxR، وهو منشط نسخي للتحكم في التوهج عن طريق استشعار النصاب . توجد بروتينات مجال HTH من نوع LuxR في مجموعة متنوعة من الكائنات الحية . يقع مجال HTH المرتبط بالحمض النووي عادةً في المنطقة الطرفية C للبروتين؛ وغالبًا ما تحتوي المنطقة الطرفية N على مجال ربط ذاتي التحريض أو مجال تنظيمي للاستجابة. تعمل معظم منظمات نوع LuxR كمنشطات نسخ ، ولكن يمكن أن يكون بعضها قمعيًا أو له دور مزدوج لمواقع مختلفة. تتحكم منظمات HTH من نوع LuxR في مجموعة متنوعة من الأنشطة في عمليات بيولوجية مختلفة.
يشكل مجال HTH المرتبط بالحمض النووي من النوع luxR بنية حزمة حلزونية رباعية . يتألف نموذج HTH من الحلزونين الثاني والثالث، والمعروفين باسم السقالة ولولب التعرف، على التوالي. يرتبط HTH بالحمض النووي في الأخدود الرئيسي، حيث يقوم الجزء الطرفي الأميني من لولب التعرف بمعظم اتصالات الحمض النووي. يشارك اللولب الرابع في ثنائيات gerE وtraR. تؤدي أحداث الإشارة بواسطة إحدى آليات التنشيط الأربع الموضحة أدناه إلى تعدد المنظم. ترتبط المنظمات بالحمض النووي كمتعددات. [1] [2] [3]
يمكن تنشيط بروتينات HTH من النوع LuxR بواسطة واحدة من أربع آليات مختلفة:
1. المنظمات التي تنتمي إلى نظام نقل حسي مكون من مكونين حيث يتم تنشيط البروتين عن طريق فسفرته ، عمومًا على بقايا الأسبارتات ، بواسطة كيناز عبر الغشاء . [4] [5] بعض البروتينات التي تنتمي إلى هذه الفئة هي:
- Rhizobiaceae fixJ (منظم عالمي يحفز التعبير عن جينات تثبيت النيتروجين في البكتيريا الهوائية الدقيقة)
- Escherichia coli و Salmonella typhimurium uhpA (ينشط جين نقل فوسفات الهكسوز uhpT)
- E. coli narL و narP (تنشيط أوبيرون اختزال النترات )
- بكتيريا الأمعاء rcsB (تنظيم تخليق عديدات السكاريد الخارجية في الأمراض المعوية والنباتية )
- بورديتيلا السعال الديكي bvgA ( عامل الضراوة )
- Bacillus subtilis comA (تشارك في التعبير عن جينات الكفاءة المتأخرة في التعبير)
2. المنظمات التي يتم تنشيطها، أو في حالات نادرة جدًا يتم قمعها، عند ارتباطها بـ N-acyl homoserine lactones ، والتي تستخدم كجزيئات استشعار النصاب في مجموعة متنوعة من البكتيريا سلبية الجرام : [6]
- Vibrio fischeri luxR (ينشط أوبيرون التلألؤ الحيوي )
- Agrobacterium tumefaciens traR (تنظيم نقل البلازميد Ti )
- Erwinia carotovora carR (التحكم في تخليق المضادات الحيوية الكاربابينيم )
- E. carotovora expR (عامل الضراوة لمرض العفن الطري؛ ينشط جينات إنزيم نقع الأنسجة النباتية )
- Pseudomonas aeruginosa lasR (ينشطجين الإيلاستاز lasB)
- Erwinia chrysanthemi echR و Erwinia stewartii esaR
- Pseudomonas chlororaphis phzR (منظم إيجابي لإنتاج المضادات الحيوية من فئة فينازين )
- Pseudomonas aeruginosa rhlR (ينشط أوبيرون rhlAB وجين lasB)
- Acinetobacter baumannii abaR (ينشط الأوبرون لإنتاج الببتيد الدهني الشبيه بالسطح acinetin-505) [7] [8]
3. منظمات المجال المؤثر المستقلة ، بدون مجال تنظيمي، ممثلة بـ gerE. [1]
4. منظمات ربط الربيطة المتعددة ، مثل malT. [9]
مراجع
- ^ ab Ducros VM, Lewis RJ, Verma CS, Dodson EJ, Leonard G, Turkenburg JP, Murshudov GN, Wilkinson AJ, Brannigan JA (مارس 2001). "البنية البلورية لـ GerE، المنظم النسخي النهائي لتكوين الأبواغ في Bacillus subtilis". J. Mol. Biol . 306 (4): 759–71. doi :10.1006/jmbi.2001.4443. PMID 11243786.
- ^ Pristovsek P, Sengupta K, Lohr F, Schafer B, von Trebra MW, Ruterjans H, Bernhard F (مايو 2003). "التحليل البنيوي لمجال ربط الحمض النووي لبروتين Erwinia amylovora RcsB وتفاعله مع صندوق RcsAB". J. Biol. Chem . 278 (20): 17752–9. doi : 10.1074/jbc.M301328200 . PMID 12740396.
- ^ Zhang RG, Pappas T, Brace JL, Miller PC, Oulmassov T, Molyneaux JM, Anderson JC, Bashkin JK, Winans SC, Joachimiak A (يونيو 2002). "بنية عامل النسخ المستشعر للنصاب البكتيري المعقد بالفيرومون والحمض النووي". Nature . 417 (6892): 971–4. doi :10.1038/nature00833. PMID 12087407. S2CID 4420408.
- ^ Maris AE, Sawaya MR, Kaczor-Grzeskowiak M, Jarvis MR, Bearson SM, Kopka ML, Schroder I, Gunsalus RP, Dickerson RE (أكتوبر 2002). "التثنية تسمح بالتعرف على موقع هدف الحمض النووي بواسطة منظم استجابة NarL". Nat. Struct. Biol . 9 (10): 771–8. doi :10.1038/nsb845. PMID 12352954. S2CID 20574350.
- ^ Birck C, Malfois M, Svergun D, Samama J (أغسطس 2002). "Insights into signal transduction detected by the low resolution structure of the FixJ response organizer". J. Mol. Biol . 321 (3): 447–57. doi :10.1016/S0022-2836(02)00651-4. PMID 12162958.
- ^ Pappas KM, Weingart CL, Winans SC (أغسطس 2004). "التواصل الكيميائي في البكتيريا البروتينية: دراسات كيميائية حيوية وبنيوية لمركبات ومستقبلات الإشارة المطلوبة للإشارات بين الخلايا". Mol. Microbiol . 53 (3): 755–69. doi :10.1111/j.1365-2958.2004.04212.x. PMID 15255890.
- ^ Niu C, Clemmer KM, Bonomo RA, Rather PN. عزل وتوصيف إنزيم ذاتي التحفيز من Acinetobacter baumannii. J Bacteriol. 2008؛190(9):3386–3392. doi:10.1128/JB.01929-07
- ^ Pérez-Varela M, Tierney ARP, Kim JS, Vazquez-Torres A, Rather P. توصيف RelA في Acinetobacter baumannii [نُشر على الإنترنت قبل الطباعة، 30 مارس 2020]. J Bacteriol. 2020؛ JB.00045-20. doi:10.1128/JB.00045-20
- ^ Schlegel A, Bohm A, Lee SJ, Peist R, Decker K, Boos W (مايو 2002). "تنظيم الشبكة لنظام مالتوز Escherichia coli". J. Mol. Microbiol. Biotechnol . 4 (3): 301–7. PMID 11931562.
