الساعة الجزيئية

📅 آخر تحديث: ٢٩ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٩ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 2 صور
الموسوعة الحرة

الساعة الجزيئية مصطلح مجازي لتقنية تستخدم معدل طفرات الجزيئات الحيوية لاستنتاج الوقت في عصور ما قبل التاريخ الذي تباعدت فيه شكلان أو أكثر من أشكال الحياة . وتكون البيانات الجزيئية الحيوية المستخدمة في هذه الحسابات عادةً عبارة عن تسلسلات نيوكليوتيدية للحمض النووي DNA أو RNA ، أو تسلسلات أحماض أمينية للبروتينات .

الاكتشاف المبكر والتباعد الجيني المتساوي

يُعزى مفهوم وجود ما يُسمى بـ"الساعة الجزيئية" لأول مرة إلى إميل زوكيركاندل ولينوس باولينغ ، اللذين لاحظا في عام 1962 أن عدد الاختلافات في الأحماض الأمينية في الهيموجلوبين بين السلالات المختلفة يتغير خطيًا تقريبًا مع مرور الوقت، وفقًا لتقديرات مستقاة من الأدلة الأحفورية. [ 1 ] وقد عمما هذه الملاحظة ليؤكدا أن معدل التغير التطوري لأي بروتين محدد كان ثابتًا تقريبًا عبر الزمن وعبر السلالات المختلفة (وهو ما يُعرف بفرضية الساعة الجزيئية ).

لوحظت ظاهرة التباعد الجيني المتساوي لأول مرة عام 1963 على يد إيمانويل مارغوليش ، الذي كتب: "يبدو أن عدد الاختلافات في الأحماض الأمينية بين السيتوكروم ج لأي نوعين يعتمد في الغالب على الفترة الزمنية المنقضية منذ تباعد خطوط التطور المؤدية إلى هذين النوعين. إذا كان هذا صحيحًا، فيجب أن يكون السيتوكروم ج لجميع الثدييات مختلفًا بنفس القدر عن السيتوكروم ج لجميع الطيور. وبما أن الأسماك تتباعد عن السلالة الرئيسية لتطور الفقاريات قبل الطيور أو الثدييات، فيجب أن يكون السيتوكروم ج لكل من الثدييات والطيور مختلفًا بنفس القدر عن السيتوكروم ج للأسماك. وبالمثل، يجب أن يكون السيتوكروم ج لجميع الفقاريات مختلفًا بنفس القدر عن بروتين الخميرة." [ 2 ] على سبيل المثال، يبلغ الفرق بين السيتوكروم ج لسمكة الكارب والضفدع والسلحفاة والدجاجة والأرنب والحصان نسبة ثابتة جدًا تتراوح بين 13% و14%. وبالمثل، يتراوح الفرق بين السيتوكروم ج في البكتيريا والخميرة والقمح والعثة والتونة والحمام والحصان بين 64% و69%. وقد أدت نتيجة التساوي الجيني، إلى جانب عمل إميل زوكيركاندل ولينوس باولينغ، مباشرةً إلى الطرح الرسمي لفرضية الساعة الجزيئية في أوائل الستينيات. [ 3 ]

وبالمثل، أثبت فينسنت ساريش وآلان ويلسون في عام 1967 أن الاختلافات الجزيئية بين الرئيسيات الحديثة في بروتينات الألبومين تشير إلى حدوث معدلات تغيير ثابتة تقريبًا في جميع السلالات التي قاموا بتقييمها. [ 4 ] ويستند المنطق الأساسي لتحليلهم إلى إدراك أنه إذا تطورت سلالة من نوع ما بشكل أسرع من سلالة من نوع آخر منذ سلفهما المشترك، فإن الاختلافات الجزيئية بين نوع خارجي (أبعد صلة قرابة) والنوع الأسرع تطورًا ستكون أكبر (نظرًا لتراكم المزيد من التغيرات الجزيئية في تلك السلالة) من الاختلافات الجزيئية بين النوع الخارجي والنوع الأبطأ تطورًا. تُعرف هذه الطريقة باختبار المعدل النسبي . فعلى سبيل المثال، ذكرت ورقة ساريش وويلسون أن التفاعلات المناعية المتبادلة للألبومين لدى الإنسان ( Homo sapiens ) والشمبانزي ( Pan troglodytes ) تشير إلى أنهما يختلفان بشكل متساوٍ تقريبًا عن أنواع قرود العالم الجديد ( Ceboidea ) (ضمن هامش الخطأ التجريبي). هذا يعني أن كليهما قد تراكمت لديهما تغيرات متساوية تقريبًا في الألبومين منذ سلفهما المشترك. وقد وُجد هذا النمط أيضًا في جميع مقارنات الرئيسيات التي اختبروها. وعند معايرة هذه النتائج مع نقاط التفرع الأحفورية القليلة الموثقة جيدًا (مثل عدم وجود أحافير رئيسيات ذات مظهر حديث عُثر عليها قبل حد العصر الطباشيري-الثلاثي )، دفع هذا ساريش وويلسون إلى القول بأن تباعد الإنسان والشمبانزي ربما حدث قبل حوالي 4-6 ملايين سنة فقط. [ 5 ]

العلاقة مع النظرية المحايدة

كانت ملاحظة معدل التغير الجزيئي المنتظم في الأصل ظاهرةً بحتة . لاحقًا، طوّر موتو كيمورا [ 6 ] النظرية المحايدة للتطور الجزيئي ، والتي تنبأت بوجود ساعة جزيئية. لنفترض وجود N فردًا، ولتبسيط هذه الحسابات، لنفترض أن الأفراد أحاديون (أي لديهم نسخة واحدة من كل جين). ولنفترض أن معدل الطفرات المحايدة (أي الطفرات التي ليس لها تأثير على اللياقة ) في فرد جديد هوμ{\displaystyle \mu }إن احتمال أن تصبح هذه الطفرة الجديدة ثابتة في المجموعة السكانية هو 1/N، لأن كل نسخة من الجين متساوية في الجودة. في كل جيل، يمكن لكل فرد أن يحمل طفرات جديدة، لذا هناك احتمالات متساوية.μ{\displaystyle \mu }يحدث عدد N من الطفرات المحايدة الجديدة في المجتمع ككل. وهذا يعني أنه في كل جيل،μ{\displaystyle \mu }ستصبح الطفرات المحايدة الجديدة ثابتة. إذا كانت معظم التغيرات التي تُلاحظ خلال التطور الجزيئي محايدة، فإن عمليات التثبيت في مجموعة سكانية ستتراكم بمعدل زمني يساوي معدل الطفرات المحايدة في الفرد.

معايرة

لاستخدام الساعات الجزيئية لتقدير أوقات التباعد، يلزم "معايرتها". ذلك لأن البيانات الجزيئية وحدها لا تحتوي على أي معلومات حول الأوقات المطلقة. في علم الوراثة الفيروسية ودراسات الحمض النووي القديم - وهما مجالان من علم الأحياء التطوري حيث يمكن أخذ عينات من التسلسلات على مدى زمني تطوري - يمكن استخدام تواريخ العينات الوسيطة لمعايرة الساعة الجزيئية. مع ذلك، تتطلب معظم دراسات علم الوراثة معايرة الساعة الجزيئية باستخدام أدلة مستقلة حول التواريخ، مثل السجل الأحفوري . [ 7 ] هناك طريقتان عامتان لمعايرة الساعة الجزيئية باستخدام الأحافير: معايرة العقدة ومعايرة الطرف. [ 8 ]

معايرة العقدة

تُعرف معايرة العقدة، التي يُشار إليها أحيانًا باسم تأريخ العقدة، بأنها طريقة لتحديد النطاق الزمني للأشجار التطورية من خلال تحديد قيود زمنية لعقدة واحدة أو أكثر في الشجرة. استخدمت الطرق المبكرة لمعايرة الساعة البيولوجية قيدًا أحفوريًا واحدًا فقط (مثل تنعيم المعدل غير البارامتري) [ 9 ] ، لكن الطرق الأحدث (BEAST [ 10 ] و r8s [ 11 ] ) تسمح باستخدام أحافير متعددة لمعايرة الساعات الجزيئية. تُستخدم أقدم أحفورة في الفرع الحيوي لتقييد الحد الأدنى لعمر العقدة التي تُمثل السلف المشترك الأحدث لهذا الفرع. مع ذلك، ونظرًا لعدم اكتمال حفظ الأحافير وعوامل أخرى، فإن الفروع الحيوية عادةً ما تكون أقدم من أقدم أحافيرها. [ 8 ] ولمراعاة ذلك، يُسمح للعقد بأن تكون أقدم من الحد الأدنى للقيد في تحليلات معايرة العقدة. إلا أن تحديد مقدار قِدم العقدة المسموح به يُعد أمرًا صعبًا. توجد عدة استراتيجيات لاستخلاص الحد الأقصى لعمر مجموعة تصنيفية، بما في ذلك تلك القائمة على نماذج الولادة والوفاة، وتحليلات التوزيع الطبقي الأحفوري، أو الضوابط التافونومية . [ 12 ] وبدلاً من استخدام حد أقصى وحد أدنى، يمكن استخدام دالة كثافة احتمالية لتمثيل عدم اليقين بشأن عمر المجموعة التصنيفية. يمكن أن تتخذ دوال الكثافة هذه شكل دوال الكثافة الاحتمالية القياسية (مثل التوزيع الطبيعي ، والتوزيع اللوغاريتمي الطبيعي ، والتوزيع الأسي ، وتوزيع غاما ) والتي يمكن استخدامها للتعبير عن عدم اليقين المرتبط بتقديرات زمن التباعد. [ 10 ] إن تحديد شكل ومعاملات التوزيع الاحتمالي ليس بالأمر البسيط، ولكن توجد طرق لا تستخدم أقدم الأحافير فحسب، بل تستخدم عينة أكبر من السجل الأحفوري للمجموعات التصنيفية لتقدير دوال الكثافة تجريبياً. [ 13 ] وقد أظهرت الدراسات أن زيادة عدد القيود الأحفورية تزيد من دقة تقدير زمن التباعد. [ 14 ]

معايرة الطرف

يُشار إليها أحيانًا باسم تحديد عمر الأطراف ، وهي طريقة لمعايرة الساعة الجزيئية تُعامل فيها الأحافير كوحدات تصنيفية وتُوضع على أطراف الشجرة. ويتحقق ذلك بإنشاء مصفوفة تتضمن مجموعة بيانات جزيئية للوحدات التصنيفية الموجودة، بالإضافة إلى مجموعة بيانات مورفولوجية لكل من الوحدات التصنيفية المنقرضة والموجودة. [ 12 ] على عكس معايرة العقد، تُعيد هذه الطريقة بناء بنية الشجرة وتضع الأحافير في آنٍ واحد. تعمل النماذج الجزيئية والمورفولوجية معًا بشكل متزامن، مما يسمح للمورفولوجيا بتحديد مواقع الأحافير. [ 8 ] تستخدم معايرة الأطراف جميع وحدات الأحافير التصنيفية ذات الصلة أثناء معايرة الساعة، بدلاً من الاعتماد فقط على أقدم أحفورة من كل فرع حيوي. لا تعتمد هذه الطريقة على تفسير الأدلة السلبية لاستنتاج أقصى أعمار الفروع الحيوية. [ 12 ]

معايرة التمدد

يمكن رصد التغيرات الديموغرافية في التجمعات السكانية من خلال رصد تقلبات في حجم التجمع السكاني الفعال التاريخي ، وذلك من خلال عينة من التباين الجيني الموجود في التجمع السكاني، باستخدام نظرية التجمع السكاني. [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ] ويمكن استخدام التوسعات السكانية القديمة، الموثقة والمؤرخة جيدًا في السجل الجيولوجي، لمعايرة معدل التطور الجزيئي بطريقة مشابهة لمعايرة العقدة. إلا أنه بدلًا من المعايرة بناءً على العمر المعروف للعقدة، تستخدم معايرة التوسع نموذجًا ثنائي الحقبة، حيث يكون حجم التجمع السكاني ثابتًا، يليه نمو سكاني، ويكون زمن الانتقال بين الحقبتين هو المعيار محل الاهتمام في المعايرة. [ 18 ] [ 19 ] وتعمل معايرة التوسع على نطاقات زمنية أقصر، ضمن النوع الواحد، مقارنةً بمعايرة العقدة، لأن التوسعات لا يمكن رصدها إلا بعد السلف المشترك الأحدث للنوع المعني. تم استخدام التأريخ التوسعي لإظهار أن معدلات الساعة الجزيئية يمكن أن تتضخم على فترات زمنية قصيرة [ 18 ] (< 1 مليون سنة) بسبب التثبيت غير الكامل للأليلات، كما تمت مناقشته أدناه [ 20 ] [ 21 ]

تحديد التاريخ باستخدام الأدلة الكاملة

يتجاوز هذا النهج في معايرة أطراف الشجرة التطورية مجرد التقدير المتزامن لموقع الأحفورة، وبنيتها، والنطاق الزمني التطوري. في هذه الطريقة، يُمكن لعمر الأحفورة أن يُحدد موقعها التطوري، بالإضافة إلى شكلها. وبإتاحة الفرصة لحدوث جميع جوانب إعادة بناء الشجرة في آنٍ واحد، يقل خطر الحصول على نتائج متحيزة. [ 8 ] وقد تم تطوير هذا النهج من خلال دمجه مع نماذج مختلفة. إحدى الطرق الحالية لمعايرة الساعة الجزيئية هي التأريخ باستخدام الأدلة الكاملة، مقترنًا بنموذج الولادة والوفاة الأحفوري (FBD) ونموذج التطور المورفولوجي. [ 22 ] يتميز نموذج FBD بكونه يسمح بوجود "أسلاف مُختارة"، وهي عبارة عن أصناف أحفورية تُعد السلف المباشر لصنف أو سلالة حية . وهذا يسمح بوضع الأحافير على فرع أعلى من كائن حي موجود، بدلًا من حصرها في أطراف الشجرة. [ 23 ]

طُرق

يمكن أن توفر الطرق البايزية تقديرات أكثر ملاءمة لأوقات التباعد، خاصة إذا تم استخدام مجموعات بيانات كبيرة - مثل تلك التي تنتجها علم الوراثة العرقي . [ 24 ]

معدل غير ثابت للساعة الجزيئية

في بعض الأحيان، لا يُمكن تقدير سوى تاريخ تباعد واحد من الأحافير، وتُستنتج جميع التواريخ الأخرى منه. بينما تتوفر أحافير وفيرة لمجموعات أخرى من الأنواع، مما يسمح باختبار فرضية ثبات معدلات التباعد. أظهرت تسلسلات الحمض النووي التي تعرضت لمستويات منخفضة من الانتقاء السلبي معدلات تباعد تتراوح بين 0.7 و0.8% لكل مليون سنة في البكتيريا والثدييات واللافقاريات والنباتات. [ 25 ] وفي الدراسة نفسها، كانت المناطق الجينومية التي تعرضت لانتقاء سلبي أو تطهيري مرتفع للغاية (ترميز الحمض النووي الريبوزي) أبطأ بكثير (1% لكل 50 مليون سنة).  

إضافةً إلى هذا التباين في المعدل تبعًا للموقع الجينومي، فقد أثبت التباين بين التصنيفات منذ أوائل التسعينيات أنه مجال خصب للبحث أيضًا، [ 26 ] حتى على مدى فترات زمنية تطورية قصيرة نسبيًا (على سبيل المثال، طيور المحاكاة [ 27 ] ). تمتلك الطيور البحرية ذات الأنف الأنبوبي ساعات جزيئية تعمل في المتوسط ​​بنصف سرعة العديد من الطيور الأخرى، [ 28 ] ربما بسبب طول فترات الأجيال ، والعديد من السلاحف لديها ساعة جزيئية تعمل بثُمن سرعتها في الثدييات الصغيرة، أو حتى أبطأ. [ 29 ] من المرجح أيضًا أن تؤثر عوامل صغر حجم التجمعات السكانية على تحليلات الساعة الجزيئية. وقد تحدى باحثون مثل فرانسيسكو ج. أيالا فرضية الساعة الجزيئية بشكل جذري. [ 30 ] [ 31 ] [ 32 ] وفقًا لدراسة أيالا عام 1999، تتضافر خمسة عوامل للحد من تطبيق نماذج الساعة الجزيئية:

  • تغيير أوقات الأجيال (إذا كان معدل الطفرات الجديدة يعتمد جزئيًا على الأقل على عدد الأجيال بدلاً من عدد السنوات)
  • حجم السكان ( يكون الانحراف الوراثي أقوى في التجمعات السكانية الصغيرة، وبالتالي فإن المزيد من الطفرات يكون محايدًا بشكل فعال)
  • الاختلافات الخاصة بالأنواع (بسبب اختلاف التمثيل الغذائي، والبيئة، والتاريخ التطوري،  ...)
  • تغيير في وظيفة البروتين المدروس (يمكن تجنبه في الأنواع وثيقة الصلة عن طريق استخدام تسلسلات الحمض النووي غير المشفرة أو التركيز على الطفرات الصامتة )
  • تغيرات في شدة الانتقاء الطبيعي.
مخطط تطوري يوضح ثلاث مجموعات، إحداها لها فروع أطول بشكل ملحوظ من المجموعتين الأخريين.
تتميز أنواع الخيزران الخشبية (قبائل Arundinarieae و Bambuseae ) بأوقات أجيال طويلة ومعدلات طفرات أقل، كما يتضح من الفروع القصيرة في الشجرة التطورية ، مقارنة بأنواع الخيزران العشبية سريعة التطور ( Olyreae ).

طوّر مستخدمو الساعة الجزيئية حلولًا بديلة باستخدام عدد من الأساليب الإحصائية، بما في ذلك تقنيات الاحتمال الأقصى ، ولاحقًا النمذجة البايزية . وعلى وجه الخصوص، اقتُرحت نماذج تأخذ في الحسبان تباين المعدلات عبر السلالات للحصول على تقديرات أدق لأوقات التباعد. تُسمى هذه النماذج بالساعات الجزيئية المرنة [ 33 ] لأنها تمثل موقفًا وسيطًا بين فرضية الساعة الجزيئية "الصارمة" ونموذج جوزيف فيلسنشتاين متعدد المعدلات [ 34 ] ، وهي ممكنة بفضل تقنيات سلسلة ماركوف مونت كارلو (MCMC) التي تستكشف نطاقًا مرجحًا من تراكيب الشجرة، وتُقدّر في الوقت نفسه معلمات نموذج الاستبدال المُختار. تجدر الإشارة إلى أن تواريخ التباعد المُستنتجة باستخدام الساعة الجزيئية تستند إلى الاستدلال الإحصائي ، وليس إلى أدلة مباشرة .

يواجه نموذج الساعة الجزيئية تحديات خاصة على المدى الزمني القصير جدًا والطويل جدًا. فعلى المدى الزمني الطويل، تكمن المشكلة في التشبع . فعندما يمر وقت كافٍ، تكون العديد من المواقع قد خضعت لأكثر من تغيير واحد، ولكن يستحيل رصد أكثر من تغيير واحد. وهذا يعني أن عدد التغييرات المرصودة لم يعد خطيًا مع الزمن، بل أصبح ثابتًا. حتى عند المسافات الجينية المتوسطة، ومع كفاية البيانات الوراثية لتقدير البنية، قد تكون الإشارة إلى الحجم الكلي للشجرة ضعيفة في ظل نماذج الاحتمالية المعقدة، مما يؤدي إلى تقديرات غير دقيقة لنموذج الساعة الجزيئية. [ 35 ]

على نطاقات زمنية قصيرة جدًا، لا تمثل العديد من الاختلافات بين العينات تثبيتًا لتسلسلات مختلفة في المجموعات السكانية المختلفة. بل تمثل أليلات بديلة كانت موجودة كجزء من تعدد الأشكال في السلف المشترك. ويؤدي إدراج الاختلافات التي لم تثبت بعد إلى تضخم كبير محتمل في المعدل الظاهري للساعة الجزيئية على نطاقات زمنية قصيرة جدًا. [ 21 ] [ 36 ]

الاستخدامات

تُعدّ تقنية الساعة الجزيئية أداةً مهمةً في علم التصنيف الجزيئي ، والتطور الكلي ، والأساليب المقارنة في علم الوراثة العرقي . وقد أتاح تقدير تواريخ الأحداث التطورية ، بما في ذلك تلك التي لم تُوثّقها الأحافير ، مثل التباينات بين الكائنات الحية ، دراسة عمليات التطور الكلي في الكائنات التي كانت سجلاتها الأحفورية محدودة. وتعتمد الأساليب المقارنة في علم الوراثة العرقي اعتمادًا كبيرًا على السلالات التطورية المُعايرة.

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ زوكيركاندل إي ، باولينغ (1962). "الأمراض الجزيئية، والتطور، والتغاير الجيني" . في كاشا، م.، بولمان، ب (محرران). آفاق في الكيمياء الحيوية . دار النشر الأكاديمية، نيويورك. ص 189-225 . 
  2. ↑ مارغوليش إي (أكتوبر 1963). "البنية الأولية وتطور السيتوكروم سي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 50 (4): 672-679 . Bibcode : 1963PNAS...50..672M . doi : 10.1073 / pnas.50.4.672 . PMC 221244. PMID 14077496 .  
  3. ↑ كومار س (أغسطس 2005). "الساعات الجزيئية: أربعة عقود من التطور". مراجعات الطبيعة. علم الوراثة . 6 (8): 654-662 . doi : 10.1038/nrg1659 . PMID 16136655. S2CID 14261833 .  
  4. ↑ ساريش، في. إم.، وويلسون، أ. سي. (يوليو 1967). "معدلات تطور الألبومين في الرئيسيات" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 58 (1): 142-148 . Bibcode : 1967PNAS...58..142S . doi : 10.1073/pnas.58.1.142 . PMC 335609. PMID 4962458 .  
  5. ↑ ساريش ، في. إم.، وويلسون، أ. سي. (ديسمبر 1967). " المقياس الزمني المناعي لتطور أشباه البشر". مجلة ساينس . 158 (3805): 1200-1203 . رمز Bibcode : 1967Sci...158.1200S . doi : 10.1126/science.158.3805.1200 . JSTOR 1722843. PMID 4964406. S2CID 7349579 .   
  6. ↑ كيمورا م (فبراير 1968). " معدل التطور على المستوى الجزيئي". مجلة نيتشر . 217 (5129): 624-626 . Bibcode : 1968Natur.217..624K . doi : 10.1038/217624a0 . PMID 5637732. S2CID 4161261 .  
  7. ↑ بنتون إم جيه، دونوهيو بي سي (يناير 2007). "أدلة أحفورية لتحديد تاريخ شجرة الحياة" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 24 (1): 26-53 . doi : 10.1093/molbev/msl150 . PMID 17047029 . 
  8. 1 2 3 4 دونوهيو، بي سي، ويانغ، زد (يوليو 2016). "تطور أساليب تحديد الأطر الزمنية التطورية" . المعاملات الفلسفية للجمعية الملكية في لندن. السلسلة ب، العلوم البيولوجية . 371 (1699) 20160020. doi : 10.1098/rstb.2016.0020 . PMC 4920342. PMID 27325838 .  
  9. ↑ ساندرسون م (1997). "نهج غير بارامتري لتقدير أوقات التباعد في غياب ثبات المعدل" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 14 (12): 1218-1231 . doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025731 . S2CID 17647010 . 
  10. 1 2 دروموند إيه جيه، سوشارد إم إيه، شي دي، رامبوت إيه (أغسطس 2012). "علم الوراثة التطوري البايزي باستخدام BEAUti وBEAST 1.7" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 29 (8): 1969-1973 . doi : 10.1093/molbev/mss075 . PMC 3408070. PMID 22367748 .  
  11. ↑ ساندرسون، إم جيه (يناير 2003). "r8s: استنتاج المعدلات المطلقة للتطور الجزيئي وأوقات التباعد في غياب الساعة الجزيئية" . المعلوماتية الحيوية . 19 (2): 301-302 . doi : 10.1093/bioinformatics/19.2.301 . PMID 12538260 . 
  12. 1 2 3 أورايلي جيه إي، دوس ريس إم، دونوهيو بي سي (نوفمبر 2015). "نصائح لتحديد تاريخ تقدير زمن التباعد" . اتجاهات في علم الوراثة . 31 (11): 637-650 . doi : 10.1016/j.tig.2015.08.001 . hdl : 1983/ba7bbcf4-1d51-4b74-a800-9948edb3bbe6 . PMID 26439502 . 
  13. ↑ كلارامونت، س. (2022). "CladeDate: مولد معلومات المعايرة لتقدير وقت التباعد" . مناهج في علم البيئة والتطور . 13 (11). وايلي: 2331-2338 . Bibcode : 2022MEcEv..13.2331C . doi : 10.1111/2041-210x.13977 . ISSN 2041-210X . S2CID 252353611 .  
  14. ↑ Zheng Y, Wiens JJ (أبريل 2015). "هل تؤثر البيانات المفقودة على دقة تقدير زمن التباعد باستخدام برنامج BEAST؟". علم الوراثة الجزيئية والتطور . 85 (1): 41-49 . Bibcode : 2015MolPE..85...41Z . doi : 10.1016 / j.ympev.2015.02.002 . PMID 25681677. S2CID 3895351 .  
  15. ↑ روغرز إيه آر، هاربينغ إتش (مايو 1992). "النمو السكاني يُحدث تغييرات في توزيع الاختلافات الجينية الثنائية" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 9 (3): 552-569 . doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040727 . PMID 1316531 . 
  16. ↑ شابيرو ب، دروموند ج، رامبوت أ، ويلسون إم سي، ماثيوس بي، شير AV، وآخرون . (نوفمبر 2004). "صعود وسقوط بيسون السهوب البيرينجية" . علوم . 306 (5701): 1561–1565 . بيب كود : 2004Sci...306.1561S . دوى : 10.1126/science.1101074 . بميد 15567864 . S2CID 27134675 .   
  17. ↑ لي هـ، دوربين ر (يوليو 2011). " استنتاج تاريخ السكان البشري من تسلسلات الجينوم الكامل للأفراد" . مجلة نيتشر . 475 (7357): 493-496 . doi : 10.1038/nature10231 . PMC 3154645. PMID 21753753 .  
  18. 1 2 كراندال إي دي، سبروكو إي جيه، ديبور تي إس، باربر بي إتش، كاربنتر كي إي (فبراير 2012). "تحديد عمر التوسع: معايرة الساعات الجزيئية في الأنواع البحرية من خلال التوسع على جرف سوندا بعد ذروة العصر الجليدي الأخير" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 29 (2): 707-719 . doi : 10.1093/molbev/msr227 . PMID 21926069 . 
  19. ↑ هوارو، تي بي (مايو 2016). "التوسع الديموغرافي في أواخر العصر الجليدي يحفز إعادة النظر في الساعة البيولوجية لعلم الوراثة السكانية" . علم الأحياء المنهجي . 65 (3): 449-464 . doi : 10.1093/sysbio/syv120 . hdl : 2263/53371 . PMID 26683588 . 
  20. ↑ هو إس واي، تونغ كيه جيه، فوستر سي إس، ريتشي إيه إم، لو إن، كريسب إم دي (سبتمبر 2015). " معايرات جغرافية حيوية للساعة الجزيئية" . رسائل علم الأحياء . 11 (9) 20150194. رمز Bibcode : 2015BiLet..1150194H . doi : 10.1098/rsbl.2015.0194 . PMC 4614420. PMID 26333662 .  
  21. 1 2 هو إس واي، فيليبس إم جيه، كوبر إيه، دروموند إيه جيه (يوليو 2005). "الاعتماد الزمني لتقديرات معدل التطور الجزيئي والمبالغة المنهجية في تقدير أوقات التباعد الحديثة" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 22 (7): 1561-1568 . doi : 10.1093/molbev/msi145 . PMID 15814826 . 
  22. ↑ هيث، تي. أ.، وهولسنبيك، ج. ب.، وستادلر، ت. (يوليو 2014). "عملية الولادة والوفاة المتحجرة لمعايرة متسقة لتقديرات زمن التباعد" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 111 (29): E2957– E2966 . arXiv : 1310.2968 . Bibcode : 2014PNAS..111E2957H . doi : 10.1073/pnas.1319091111 . PMC 4115571. PMID 25009181 .  
  23. ↑ غافريوشكينا أ، هيث ت.أ، كسيبكا د.ت، ستادلر ت، ويلش د، دروموند أ.ج (يناير 2017). "التأريخ البايزي الشامل يكشف عن التشعّب التاجي الحديث للبطاريق" . علم الأحياء المنهجي . 66 (1): 57-73 . arXiv : 1506.04797 . doi : 10.1093/sysbio/syw060 . PMC 5410945. PMID 28173531 .  
  24. ↑ دوس ريس م، إينوي ج، هاسيغاوا م، آشر ر.ج، دونوهيو ب.س، يانغ ز (سبتمبر 2012). "توفر مجموعات بيانات علم الوراثة التطورية الدقة والضبط في تقدير النطاق الزمني لتطور الثدييات المشيمية" . وقائع العلوم البيولوجية . 279 (1742): 3491-3500 . doi : 10.1098/rspb.2012.0683 . PMC 3396900. PMID 22628470 .  
  25. ↑ أوشمان، هـ.، وويلسون، أ. س. (1987). "التطور في البكتيريا: دليل على معدل استبدال عالمي في الجينومات الخلوية". مجلة التطور الجزيئي . 26 ( 1-2 ): 74-86 . Bibcode : 1987JMolE..26...74O . doi : 10.1007/BF02111283 . PMID: 3125340. S2CID : 8260277 .  
  26. ↑ دوزيري إي جيه، ديلسوك إف، ستانوب إم جيه، هوشون دي (2003). "الساعات الجزيئية المحلية في ثلاثة جينات نووية: أوقات التباعد للقوارض والثدييات الأخرى وعدم التوافق بين معايرات الأحافير". مجلة التطور الجزيئي . 57 (ملحق 1): S201– S213 . Bibcode : 2003JMolE..57S.201D . CiteSeerX 10.1.1.535.897 . doi : 10.1007/s00239-003-0028-x . PMID 15008417. S2CID 23887665 .   
  27. ↑ هانت جيه إس، بيرمنغهام إي، ريكليفز آر إي (2001). "التصنيف الجزيئي والجغرافيا الحيوية لطيور المحاكاة، والطيور المرتجفة، وطيور التقليد في جزر الأنتيل (الطيور: فصيلة المحاكاة)" . مجلة أوك . 118 (1): 35-55 . doi : 10.1642/0004-8038(2001)118 [ 0035:MSABOA ] 2.0.CO ; 2. ISSN 0004-8038 . S2CID 51797284 .  
  28. ↑ رايندت، إف إي وأوستن، ج. (2005). "أوجه القصور التحليلية والمفاهيمية الرئيسية في مراجعة تصنيفية حديثة لرتبة النوءيات - رد على بينهالوريك ووينك (2004)" (ملف PDF) . مجلة إيمو . 105 (2): 181-186 . رمز Bibcode : 2005EmuAO.105..181R . doi : 10.1071/MU04039 . S2CID 20390465 . 
  29. ↑ Avise JC, Bowen BW, Lamb T, Meylan AB, Bermingham E (مايو 1992). "تطور الحمض النووي للميتوكوندريا بوتيرة السلحفاة: دليل على انخفاض التباين الجيني وانخفاض معدل التطور الدقيق في السلاحف" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 9 (3): 457-473 . doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040735 . PMID 1584014 . 
  30. ↑ أيالا، ف. ج. (يناير 1999). "سراب الساعة الجزيئية" . مقالات بيولوجية . 21 (1): 71-75 . doi : 10.1002/(SICI)1521-1878(199901)21:1 < 71::AID-BIES9 > 3.0.CO ; 2-B . PMID 10070256 . {{cite journal}}: CS1 maint: deprecated archiveal service ( link )
  31. ↑ شوارتز، جيه إتش وماريسكا، بي. (2006). "هل تعمل الساعات الجزيئية أصلاً؟ نقد لعلم التصنيف الجزيئي". النظرية البيولوجية . 1 (4): 357-371 . CiteSeerX 10.1.1.534.4502 . doi : 10.1162/biot.2006.1.4.357 . S2CID 28166727 .  
  32. ↑ باسكوال-غارسيا أ، أريناس م، باستولا يو (نوفمبر 2019). "الساعة الجزيئية في تطور بنى البروتينات". علم الأحياء المنهجي . 68 (6): 987-1002 . doi : 10.1093/sysbio/syz022 . hdl : 20.500.11850/373053 . PMID 31111152 . 
  33. ↑ دروموند إيه جيه، هو إس واي، فيليبس إم جيه، رامبوت إيه (مايو 2006). "علم الوراثة التطورية المرن وتحديد التاريخ بثقة" . مجلة PLOS Biology . 4 (5) e88. doi : 10.1371/journal.pbio.0040088 . PMC 1395354. PMID 16683862 .  
  34. ↑ فيلسنشتاين، ج. (2001). "مراعاة تباين معدلات التطور بين المواقع عند استنتاج العلاقات التطورية". مجلة التطور الجزيئي . 53 ( 4-5 ): 447-455 . Bibcode : 2001JMolE..53..447F . doi : 10.1007/s002390010234 . PMID: 11675604. S2CID : 9791493 .  
  35. ↑ مارشال، دي سي، وآخرون. 2016. تضخم معدلات وتواريخ الساعة الجزيئية: علم الوراثة الجزيئي، والجغرافيا الحيوية، وتنوع الإشعاع العالمي للزيز من أستراليا (نصفية الأجنحة: الزيزيات: الزيزيات). علم الأحياء المنهجي 65(1):16-34 .
  36. ↑ بيترسون جي آي، ماسيل جيه (نوفمبر 2009). "التنبؤ الكمي بالساعة الجزيئية ونسبة ka/ks على نطاقات زمنية قصيرة" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 26 (11): 2595-2603 . doi : 10.1093/molbev/msp175 . PMC 2912466. PMID 19661199 .  

للمزيد من القراءة

  • هو، إس واي دبليو، محرر (2020). الساعة التطورية الجزيئية: النظرية والتطبيق . سبرينغر، تشام. doi : 10.1007/978-3-030-60181-2 . ISBN 978-3-030-60180-5. S2CID 231672167 . 
  • كومار س (أغسطس 2005). "الساعات الجزيئية: أربعة عقود من التطور". مراجعات الطبيعة. علم الوراثة . 6 (8): 654-662 . doi : 10.1038/nrg1659 . PMID 16136655. S2CID 14261833 .  
  • مورغان ، جي جي (1998). "إميل زوكيركاندل، لينوس باولينغ، وساعة التطور الجزيئي، 1959-1965". مجلة تاريخ علم الأحياء . 31 (2): 155-178 . doi : 10.1023/A:1004394418084 . PMID 11620303. S2CID 5660841 .  
  • زوكيركاندل إي ، وباولينغ إل بي (1965). "التباعد والتقارب التطوري في البروتينات". في برايسون في، وفوجل إتش جيه (محرران). الجينات والبروتينات المتطورة . دار النشر الأكاديمية، نيويورك. الصفحات 97-166 . 
  • ألان ويلسون والساعة الجزيئية
  • تفسير الساعة الجزيئية لظاهرة التساوي في المسافة الجزيئية
  • خدمة تحديد تاريخ شجرة الحياة الجزيئية