المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية

الموسوعة الحرة

المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية
اختصارالمركز الوطني للبحوث الاقتصادية
تأسست1988 ؛ منذ 36 سنة ( 1988 )
المقر الرئيسيبيثيسدا ، ميريلاند
موقع
الإحداثيات38°59′45″N 77°05′56″W / 38.9959°N 77.0989°W / 38.9959; -77.0989
اللغة الرسمية
إنجليزي
مخرج
ستيفن شيري (منذ 26 سبتمبر 2022)
المنظمة الأم
المكتبة الوطنية الأمريكية للطب
الانتماءاتالمعاهد الوطنية للصحة
موقع إلكترونيncbi.nlm.nih.gov

المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية ( NCBI ) [1] [2] هو جزء من (NLM)، وهو فرع من المعاهد الوطنية للصحة (NIH). وقد تمت الموافقة عليه وتم تمويله من قبل حكومة الولايات المتحدة . يقع المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية في بيثيسدا بولاية ماريلاند ، وقد تأسس في عام 1988 من خلال تشريع رعاه عضو الكونجرس الأمريكي كلود بيبر .

يضم المركز الوطني لبحوث البيولوجيا الجزيئية سلسلة من قواعد البيانات ذات الصلة بالتكنولوجيا الحيوية والطب الحيوي وهو مورد مهم لأدوات وخدمات المعلوماتية الحيوية. تشمل قواعد البيانات الرئيسية GenBank لتسلسلات الحمض النووي و PubMed ، وهي قاعدة بيانات ببليوغرافية للأدبيات الطبية الحيوية. تشمل قواعد البيانات الأخرى قاعدة بيانات NCBI Epigenomics . كل هذه قواعد البيانات متاحة عبر الإنترنت من خلال محرك البحث Entrez . تم توجيه NCBI بواسطة ديفيد ليبمان ، [2] أحد المؤلفين الأصليين لبرنامج محاذاة تسلسل BLAST [3] وشخصية تحظى باحترام واسع النطاق في مجال المعلوماتية الحيوية .

بنك الجينات

كان المركز الوطني لبحوث البيولوجيا الجزيئية مسؤولاً عن توفير قاعدة بيانات تسلسل الحمض النووي GenBank منذ عام 1992. [4] ينسق GenBank مع المختبرات الفردية وقواعد بيانات التسلسل الأخرى، مثل تلك الموجودة في مختبر البيولوجيا الجزيئية الأوروبي (EMBL) وبنك بيانات الحمض النووي الياباني (DDBJ). [4]

منذ عام 1992، تطورت NCBI لتوفير قواعد بيانات أخرى بالإضافة إلى GenBank. توفر NCBI قاعدة بيانات الجينات، ووراثة مندلية عبر الإنترنت في الإنسان ، وقاعدة بيانات النمذجة الجزيئية (هياكل البروتين ثلاثية الأبعاد)، و dbSNP (قاعدة بيانات تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة )، ومجموعة التسلسل المرجعي، وخريطة الجينوم البشري ، ومتصفح التصنيف ، وتنسق مع المعهد الوطني للسرطان لتوفير مشروع تشريح جينوم السرطان. يعين NCBI معرفًا فريدًا (رقم تعريف التصنيف) لكل نوع من الكائنات الحية. [5]

يتوفر لدى المركز الوطني لبحوث الحمض النووي أدوات برمجية متاحة عبر متصفحات الإنترنت أو عبر بروتوكول نقل الملفات (FTP) . على سبيل المثال، يعد برنامج BLAST برنامجًا للبحث عن تشابه التسلسلات. ويمكن لبرنامج BLAST إجراء مقارنات التسلسلات مع قاعدة بيانات الحمض النووي GenBank في أقل من 15 ثانية.

رف كتب NCBI

رف كتب NCBI [6] عبارة عن مجموعة من الإصدارات المجانية التي يمكن الوصول إليها عبر الإنترنت والتي يمكن تنزيلها من كتب الطب الحيوي المختارة. يغطي رف الكتب مجموعة واسعة من الموضوعات بما في ذلك علم الأحياء الجزيئي والكيمياء الحيوية وعلم الأحياء الخلوية وعلم الوراثة وعلم الأحياء الدقيقة وحالات المرض من وجهة نظر جزيئية وخلوية وطرق البحث وعلم الفيروسات . بعض الكتب هي إصدارات عبر الإنترنت من كتب منشورة سابقًا، في حين أن البعض الآخر، مثل Coffee Break ، كتبه وحرره موظفو NCBI. رف الكتب هو مكمل لمستودع Entrez PubMed لملخصات النشر التي تمت مراجعتها من قبل الأقران حيث توفر محتويات رف الكتب وجهات نظر راسخة حول مجالات الدراسة المتطورة وسياق يمكن فيه تنظيم العديد من القطع الفردية المتباينة من الأبحاث المبلغ عنها. [ بحاجة لمصدر ]

أداة البحث عن المحاذاة المحلية الأساسية (BLAST)

BLAST هي خوارزمية تستخدم لحساب تشابه التسلسل بين التسلسلات البيولوجية، مثل تسلسلات النوكليوتيدات في الحمض النووي وتسلسلات الأحماض الأمينية في البروتينات. [7] BLAST هي أداة قوية للعثور على تسلسلات مماثلة لتسلسل الاستعلام داخل نفس الكائن الحي أو في كائنات حية مختلفة. إنها تبحث في تسلسل الاستعلام على قواعد بيانات وخوادم NCBI وتنشر النتائج مرة أخرى على متصفح الشخص بالتنسيق المختار. تكون تسلسلات الإدخال إلى BLAST في الغالب بتنسيق FASTA أو GenBank بينما يمكن تسليم الإخراج في مجموعة متنوعة من التنسيقات مثل HTML وتنسيق XML والنص العادي. HTML هو تنسيق الإخراج الافتراضي لصفحة الويب الخاصة بـ NCBI. يتم تقديم نتائج NCBI-BLAST بتنسيق رسومي مع جميع النتائج التي تم العثور عليها، وجدول يحتوي على معرفات التسلسل للنتائج التي تحتوي على بيانات ذات صلة بالتسجيل، جنبًا إلى جنب مع المحاذاة لتسلسل الاهتمام والنتائج التي تم تلقيها مع درجات BLAST المماثلة لهذه النتائج. [8]

دخول

يستخدم NCBI نظام البحث عبر قواعد البيانات Entrez Global Query في جميع قواعد البيانات الرئيسية مثل تسلسلات النوكليوتيدات والبروتينات، وهياكل البروتين، وPubMed، وTaxonomy، وComplete Genomes، وOMIM، والعديد من القواعد الأخرى. [ 9] Entrez هو نظام فهرسة واسترجاع يحتوي على بيانات من مصادر مختلفة للبحث الطبي الحيوي. وزع NCBI الإصدار الأول من Entrez في عام 1991، ويتألف من تسلسلات النوكليوتيدات من PDB و GenBank ، وتسلسلات البروتين من SWISS-PROT، وGenBank المترجمة، وPIR، وPRF، وPDB، والملخصات والاقتباسات المرتبطة من PubMed. تم تصميم Entrez خصيصًا لدمج البيانات من العديد من المصادر وقواعد البيانات والتنسيقات المختلفة في نموذج معلومات موحد ونظام استرجاع يمكنه استرداد المراجع والتسلسلات والهياكل ذات الصلة بكفاءة. [10]

جين

تم تنفيذ Gene في NCBI لتوصيف وتنظيم المعلومات حول الجينات. إنه بمثابة عقدة رئيسية في ترابط خريطة الجينوم والتعبير والتسلسل ووظيفة البروتين والبنية وبيانات التشابه. يتم تعيين GeneID فريد لكل سجل جين يمكن متابعته من خلال دورات المراجعة. يتم إنشاء سجلات الجينات للجينات المعروفة أو المتوقعة هنا ويتم تحديدها حسب مواضع الخريطة أو تسلسلات النوكليوتيدات. يتمتع Gene بالعديد من المزايا على سابقه، LocusLink، بما في ذلك التكامل الأفضل مع قواعد البيانات الأخرى في NCBI، ونطاق تصنيفي أوسع، وخيارات محسنة للاستعلام والاسترجاع التي يوفرها نظام Entrez. [11]

بروتين

تحافظ قاعدة بيانات البروتين على السجل النصي لتسلسلات البروتين الفردية، المشتقة من العديد من الموارد المختلفة مثل مشروع NCBI Reference Sequence (RefSeq)، وGenBank، وPDB، وUniProtKB/SWISS-Prot. توجد سجلات البروتين بتنسيقات مختلفة بما في ذلك FASTA و XML وهي مرتبطة بموارد NCBI الأخرى. يوفر البروتين البيانات ذات الصلة للمستخدمين مثل الجينات وتسلسلات DNA/RNA والمسارات البيولوجية وبيانات التعبير والتباين والأدبيات. كما يوفر أيضًا مجموعات محددة مسبقًا من البروتينات المتشابهة والمتطابقة لكل تسلسل كما تم حسابها بواسطة BLAST. تحتوي قاعدة بيانات البنية الخاصة بـ NCBI على مجموعات إحداثيات ثلاثية الأبعاد للهياكل المحددة تجريبياً في PDB والتي يتم استيرادها بواسطة NCBI. تحتوي قاعدة بيانات المجال المحفوظ ( CDD ) للبروتين على ملفات تعريف التسلسل التي تميز المجالات المحفوظة للغاية داخل تسلسلات البروتين. كما تحتوي على سجلات من موارد خارجية مثل SMART و Pfam . توجد قاعدة بيانات أخرى للبروتينات تُعرف باسم قاعدة بيانات مجموعات البروتينات، والتي تحتوي على مجموعات من تسلسلات البروتينات التي يتم تجميعها وفقًا للحد الأقصى للمحاذاة بين التسلسلات الفردية كما تم حسابها بواسطة BLAST. [12]

قاعدة بيانات Pubchem

قاعدة بيانات PubChem التابعة للمركز الوطني للأبحاث البيولوجية هي مورد عام للجزيئات وأنشطتها ضد التجارب البيولوجية. يمكن البحث في PubChem والوصول إليه من خلال نظام استرجاع المعلومات Entrez . [13]

انظر أيضا

مراجع

  1. ^ "مشروع الجينوم البشري". نيويورك تايمز .
  2. ^ "معهد أبحاث ينشر بيانات جينية على الإنترنت". نيويورك تايمز . 26 يونيو 1997.
  3. ^ "الحس من التسلسلات: ستيفن ف. ألتشول حول تحسين BLAST". 2000. مؤرشف من الأصل في 7 أكتوبر 2007.
  4. ^ ab Mizrachi, Ilene (22 أغسطس 2007). "GenBank: The Nucleotide Sequence Database". The NCBI Handbook . National Center for Biotechnology Information (US). مؤرشف من الأصل في 18 مايو 2023.
  5. ^ "الصفحة الرئيسية - التصنيف". NCBI . مؤرشف من الأصل في 16 فبراير 2024.
  6. ^ "الصفحة الرئيسية - الكتب". NCBI . تم الاسترجاع في 12 يونيو 2019 .
  7. ^ Altschul Stephen؛ Gish Warren؛ Miller Webb؛ Myers Eugene؛ Lipman David (1990). "أداة البحث الأساسية عن المحاذاة المحلية". مجلة علم الأحياء الجزيئي . 215 (3): 403– 410. doi :10.1016/s0022-2836(05)80360-2. PMID  2231712. S2CID  14441902.
  8. ^ Madden, T. (2013). "The BLAST Sequence Analysis Tool". The NCBI Handbook (الطبعة الثانية). Bethesda, MD: National Center for Biotechnology Information.
  9. ^ منسقو موارد المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (2012). "موارد قاعدة البيانات للمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية". أبحاث الأحماض النووية 41 (إصدار قاعدة البيانات): D8–D20.
  10. ^ Ostell J. (2002). دليل NCBI، الطبعة الثانية، الفصل 15، نظام البحث والاسترجاع Entrez
  11. ^ ماجلوت د. ، برويت ك. وتاتوسوفا ت. (2005). دليل المركز الوطني لبحوث المعلومات البيولوجية، الطبعة الثانية، الفصل 19، الجين: دليل الجينات
  12. ^ Sayers E. (2013). The NCBI Handbook, 2nd edition, NCBI Protein Resources
  13. ^ Wang Y. & Bryant S H. (2014). The NCBI Handbook, 2nd edition, NCBI PubChem BioAssay Database
تتمتع ويكي بيانات بالخاصية التالية:
  • معرف تصنيف NCBI (P685) (انظر الاستخدامات )
  • الموقع الرسمي
  • الموقع الرسمي للمكتبة الوطنية للطب
  • الموقع الرسمي للمعاهد الوطنية للصحة
تم الاسترجاع من "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=المركز_الوطني_لمعلومات_التكنولوجيا_الحيوية&oldid=1262050548"
Original text
Rate this translation
Your feedback will be used to help improve Google Translate