خريطة التحلل البروتيني
 | This article reads like a press release or a news article and may be largely based on routine coverage. (December 2019) |
كانت خريطة التحلل البروتيني ( PMAP ) عبارة عن مورد ويب متكامل يركز على البروتياز . [1] يرتبط نطاقها الآن بموسع متصفح احتيالي/غير مرغوب فيه.
الأساس المنطقي
تم تصميم PMAP لمساعدة الباحثين في مجال البروتيناز في التفكير حول الشبكات البروتينية والمسارات الأيضية .
التاريخ والتمويل
تم إنشاء مركز PMAP في الأصل في معهد بيرنهام للأبحاث الطبية ، لا جولا، كاليفورنيا. في عام 2004، اختارت المعاهد الوطنية للصحة (NIH) فريقًا بقيادة جيفري دبليو سميث ، لإنشاء مركز المسارات البروتينية (CPP). كجزء من خارطة طريق المعاهد الوطنية للصحة للأبحاث الطبية الحيوية، يطور المركز التكنولوجيا لدراسة سلوك البروتينات وتوزيع هذه المعرفة على المجتمع العلمي على نطاق واسع.
نقطة محورية
البروتيازات هي فئة من الإنزيمات التي تنظم الكثير مما يحدث في جسم الإنسان ، سواء داخل الخلية أو خارجها، عن طريق شق الروابط الببتيدية في البروتينات . ومن خلال هذا النشاط، فإنها تحكم الوظائف الأساسية الأربع للخلية: التمايز ، والحركة ، والانقسام، وموت الخلايا - وتنشط حلقات خارج الخلية مهمة ، مثل التأثير المتتالي الكيميائي الحيوي في تخثر الدم . ولا يمكن للحياة أن توجد بدونها. يوجد نظام تصنيف واسع النطاق عبر الإنترنت للبروتيازات (يشار إليها أيضًا باسم الببتيدازات) في قاعدة بيانات MEROPS .
هدف
المسارات البروتينية، أو التحلل البروتيني، هي سلسلة من الأحداث التي تتحكم فيها البروتيازات والتي تحدث استجابة لمحفزات محددة. يمكن اعتبار تخثر الدم وإنتاج الأنسولين مسارات بروتينية. إن تنشيط البروتين وتنظيمه وتثبيطه عبارة عن تفاعلات بروتيازية لمستويات الجلوكوز المتغيرة وتحفز بروتيازات أخرى في مجرى الدم.
محتوى قاعدة البيانات
يدمج PMAP خمس قواعد بيانات. يتم تشغيل ProteaseDB و SubstrateDB بواسطة خط أنابيب التعليقات التلقائي الذي يولد "صفحات الجزيئات" الديناميكية الغنية بالمعلومات الجزيئية. يحتوي CutDB [2] على معلومات حول أكثر من 6600 حدث بروتيني، و ProfileDB مخصص لمعلومات حول خصوصية التعرف على الركيزة للبروتينات. بدأت PathwayDB في تجميع المسارات الأيضية التي يمكن نمذجة وظيفتها ديناميكيًا بطريقة قائمة على القواعد. يتم استنتاج الشبكات الافتراضية من خلال الفرز شبه الآلي من الأدبيات. قد تساعد أدوات برامج البروتياز في تحليل البروتيازات الفردية ومجموعات البيانات على مستوى البروتيوم .
الاستخدام
الوجهات الشائعة في PMAP هي صفحات جزيئات البروتياز وصفحات جزيئات الركيزة. تعرض صفحات جزيئات البروتياز الأخبار الحديثة في أدبيات PubMed عن البروتياز، والأحداث البروتينية المعروفة، وموقع مجال البروتين وعرض بنية البروتين ، بالإضافة إلى شرح متقاطع في قسم قواعد البيانات الحيوية الأخرى . تعرض صفحات جزيئات الركيزة مجالات البروتين ومواقع قطع البروتياز المشتقة تجريبياً لهدف بروتيني معين محل اهتمام.
انظر أيضا
مراجع
- ^ Igarashi, Y; Heureux, E; Doctor, KS; Talwar, P; Gramatikova, S; Gramatikoff, K; Zhang, Y; Blinov, M; Ibragimova, SS; Boyd, S; Ratnikov, B; Cieplak, P; Godzik, A; Smith, JW; Osterman, AL; Eroshkin, AM (2008). "PMAP: قواعد بيانات لتحليل الأحداث والمسارات البروتينية". أبحاث الأحماض النووية . 37 (إصدار قاعدة البيانات): D611–D618. doi :10.1093/nar/gkn683. PMC 2686432. PMID 18842634 .
- ^ Igarashi Y, Eroshkin A, Gramatikova S, Gramatikoff K, Zhang Y, Smith JW, Osterman AL, Godzik A. CutDB: قاعدة بيانات الأحداث البروتينية. Nucleic Acids Research . 2007 D546-9
روابط خارجية
- البروتيازات في عناوين الموضوعات الطبية بالمكتبة الوطنية الأمريكية للطب (MeSH)
- الموقع الرسمي
- قاعدة بيانات موقع Proteolysis Cut - تعليقات الخبراء المنسقة من المستخدمين
- واجهة رسومية لمواقع قطع البروتياز
- مؤشر قطع البروتياز
- Merops - قاعدة بيانات الببتيداز محفوظ في 2006-11-14 على موقع Wayback Machine
| الحقول | |
|---|---|
| المعلوماتية الحيوية | |
| علم الأحياء البنيوي | |
| أدوات البحث | |
| المنظمات |
|
| |
