التسلسل المحفوظ

الموسوعة الحرة
محاذاة تسلسل متعددة لخمسة بروتينات هيستون H1 من الثدييات . تمثل التسلسلات الأحماض الأمينية للبقايا من 120 إلى 180 من البروتينات. تم تمييز البقايا المحفوظة عبر جميع التسلسلات باللون الرمادي. أسفل كل موقع (أي موضع) من محاذاة تسلسل البروتين، يوجد مفتاح يشير إلى المواقع المحفوظة (*)، والمواقع ذات الاستبدالات المحافظة (:)، والمواقع ذات الاستبدالات شبه المحافظة (.)، والمواقع ذات الاستبدالات غير المحافظة ( ). [ 1 ]

في علم الأحياء التطوري ، تُعرف التسلسلات المحفوظة بأنها تسلسلات متطابقة أو متشابهة في الأحماض النووية ( DNA و RNA ) أو البروتينات عبر الأنواع ( التسلسلات المتماثلة )، أو داخل الجينوم الواحد ( التسلسلات المتشابهة )، أو بين المجموعات التصنيفية المانحة والمستقبلة ( التسلسلات الغريبة ). ويشير الحفظ إلى أن التسلسل قد تم الحفاظ عليه عن طريق الانتقاء الطبيعي .

التسلسل المحفوظ للغاية هو تسلسل ظل دون تغيير يُذكر في مراحل متقدمة من شجرة التطور ، وبالتالي في مراحل جيولوجية سحيقة . ومن أمثلة هذه التسلسلات: مكونات الحمض النووي الريبوزي (RNA) للريبوسومات الموجودة في جميع نطاقات الحياة، وتسلسلات الهوموبوكس المنتشرة بين حقيقيات النوى ، والحمض النووي الريبوزي الناقل (tmRNA) في البكتيريا . وتتداخل دراسة حفظ التسلسلات مع مجالات علم الجينوم ، وعلم البروتينات ، وعلم الأحياء التطوري ، وعلم الوراثة العرقي ، والمعلوماتية الحيوية ، والرياضيات .

تاريخ

أدى اكتشاف دور الحمض النووي في الوراثة ، وملاحظات فريدريك سانجر حول التباين بين أنواع الأنسولين الحيوانية عام 1949، [ 2 ] إلى دفع علماء الأحياء الجزيئية الأوائل لدراسة التصنيف من منظور جزيئي. [ 3 ] [ 4 ] استخدمت دراسات الستينيات تقنيات تهجين الحمض النووي والتفاعل المتبادل للبروتينات لقياس التشابه بين البروتينات المتماثلة المعروفة ، مثل الهيموجلوبين [ 5 ] والسيتوكروم ج . [ 6 ] في عام 1965، قدم إميل زوكيركاندل ولينوس باولينج مفهوم الساعة الجزيئية ، [ 7 ] مقترحين إمكانية استخدام معدلات ثابتة لاستبدال الأحماض الأمينية لتقدير الوقت المنقضي منذ تباعد كائنين حيّين . وبينما تطابقت السلالات التطورية الأولية بشكل كبير مع السجل الأحفوري ، أدت الملاحظات التي أشارت إلى أن بعض الجينات بدت وكأنها تتطور بمعدلات مختلفة إلى تطوير نظريات التطور الجزيئي . [ 3 ] [ 4 ] أظهرت مقارنة مارغريت دايوف لتسلسلات الفيريدوكسين عام 1966 أن الانتقاء الطبيعي سيعمل على حفظ وتحسين تسلسلات البروتين الأساسية للحياة. [ 8 ]

الآليات

على مدى أجيال عديدة، قد تتغير تسلسلات الأحماض النووية في جينوم سلالة تطورية تدريجيًا بمرور الوقت نتيجةً للطفرات والحذف العشوائيين . [ 9 ] [ 10 ] كما قد تخضع التسلسلات لإعادة التركيب أو الحذف بسبب إعادة ترتيب الكروموسومات . أما التسلسلات المحفوظة فهي تلك التي تبقى في الجينوم رغم هذه العوامل، وتتميز بمعدلات طفرات أبطأ من معدل الطفرات السائد. [ 11 ]

يمكن أن يحدث الحفظ في تسلسلات الأحماض النووية المشفرة وغير المشفرة . يُعتقد أن تسلسلات الحمض النووي المحفوظة بدرجة عالية لها قيمة وظيفية، على الرغم من أن دور العديد من تسلسلات الحمض النووي غير المشفرة المحفوظة بدرجة عالية لا يزال غير مفهوم بشكل كافٍ. [ 12 ] [ 13 ] يمكن أن يتأثر مدى حفظ التسلسل بضغوط انتقائية متفاوتة ، ومقاومته للطفرات، وحجم التجمع السكاني ، والانحراف الوراثي . كما أن العديد من التسلسلات الوظيفية ذات بنية معيارية ، تحتوي على مناطق قد تخضع لضغوط انتقائية مستقلة ، مثل نطاقات البروتين . [ 14 ]

تسلسل الترميز

في التسلسلات المشفرة، قد يتم الحفاظ على تسلسل الحمض النووي والأحماض الأمينية بدرجات متفاوتة، حيث أن انحلال الشفرة الوراثية يعني أن الطفرات المترادفة في التسلسل المشفر لا تؤثر على تسلسل الأحماض الأمينية للمنتج البروتيني الخاص به. [ 15 ]

يمكن الحفاظ على تسلسل الأحماض الأمينية للحفاظ على بنية أو وظيفة البروتين أو نطاقه. تخضع البروتينات المحفوظة لعدد أقل من استبدالات الأحماض الأمينية ، أو من المرجح أن تستبدل الأحماض الأمينية بأحماض ذات خصائص كيميائية حيوية مماثلة . [ 16 ] ضمن التسلسل، قد تكون الأحماض الأمينية المهمة للطي ، أو الاستقرار البنيوي، أو التي تشكل موقع ارتباط، أكثر حفظًا. [ 17 ] [ 18 ]

قد تُحفظ متوالية الأحماض النووية لجين مُشفِّر للبروتين بفعل ضغوط انتقائية أخرى. وقد يُقيِّد انحياز استخدام الكودونات في بعض الكائنات الحية أنواع الطفرات المترادفة في المتوالية. وقد تُستبعد متواليات الأحماض النووية التي تُسبب بنية ثانوية في الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) لجين مُشفِّر، إذ قد تؤثر بعض البنى سلبًا على الترجمة، أو قد تُحفظ عندما يعمل الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) أيضًا كحمض نووي ريبوزي غير مُشفِّر وظيفي. [ 19 ] [ 20 ]

غير مشفر

قد تُحفظ التسلسلات غير المشفرة المهمة لتنظيم الجينات ، مثل مواقع ارتباط أو تعرف الريبوسومات وعوامل النسخ ، ضمن الجينوم. على سبيل المثال، قد يُحفظ مُحفِّز جين أو أوبيرون محفوظ . وكما هو الحال مع البروتينات، يمكن أيضًا حفظ الأحماض النووية المهمة لبنية ووظيفة الحمض النووي الريبوزي غير المشفر (ncRNA). مع ذلك، فإن حفظ التسلسل في الحمض النووي الريبوزي غير المشفر ضعيف عمومًا مقارنةً بالتسلسلات المشفرة للبروتينات، وغالبًا ما تُحفظ أزواج القواعد التي تُساهم في البنية أو الوظيفة. [ 21 ] [ 22 ]

تعريف

تُحدد التسلسلات المحفوظة عادةً باستخدام مناهج المعلوماتية الحيوية القائمة على محاذاة التسلسلات . وقد أدى التقدم في تقنيات تسلسل الحمض النووي عالي الإنتاجية وقياس الطيف الكتلي للبروتينات إلى زيادة كبيرة في توافر تسلسلات البروتينات والمجينات الكاملة للمقارنة منذ أوائل العقد الأول من القرن الحادي والعشرين. [ 23 ] [ 24 ]

يمكن تحديد التسلسلات المحفوظة من خلال البحث عن التشابه ، باستخدام أدوات مثل BLAST و HMMER و OrthologR [ 25 ] وInfernal [ 26 ] . قد تأخذ أدوات البحث عن التشابه تسلسل حمض نووي أو بروتيني فردي كمدخل، أو تستخدم نماذج إحصائية مُولَّدة من محاذاة تسلسلات متعددة لتسلسلات معروفة ذات صلة. يمكن أن تكون النماذج الإحصائية، مثل نماذج ماركوف المخفية (HMMs) ونماذج التغاير في الحمض النووي الريبي (RNA) التي تتضمن أيضًا معلومات هيكلية [ 27 ]، مفيدة عند البحث عن تسلسلات ذات صلة أبعد. تُحاذى التسلسلات المدخلة بعد ذلك مع قاعدة بيانات لتسلسلات من أفراد ذوي صلة أو أنواع أخرى. ثم تُقيَّم المحاذاة الناتجة بناءً على عدد الأحماض الأمينية أو القواعد المتطابقة، وعدد الفجوات أو الحذوفات الناتجة عن المحاذاة. يمكن تحديد الاستبدالات المحافظة المقبولة باستخدام مصفوفات الاستبدال مثل PAM و BLOSUM . يُفترض أن المحاذاة ذات الدرجات العالية مأخوذة من تسلسلات متجانسة. ويمكن استنتاج الحفاظ على تسلسل معين من خلال الكشف عن متماثلات شديدة التشابه عبر نطاق تطوري واسع. [ 28 ]

محاذاة التسلسل المتعدد

شعار تسلسلي لنمط ارتباط LexA في البكتيريا موجبة الجرام . نظرًا لأن الأدينوزين في الموضع 5 محفوظ للغاية، فإنه يظهر أكبر من الأحرف الأخرى. [ 29 ]

يمكن استخدام محاذاة التسلسلات المتعددة لتصوير التسلسلات المحفوظة. يتضمن تنسيق CLUSTAL مفتاحًا نصيًا عاديًا لشرح الأعمدة المحفوظة في المحاذاة، حيث يشير إلى التسلسل المحفوظ (*)، والطفرات المحافظة (:)، والطفرات شبه المحافظة (.)، والطفرات غير المحافظة ( ) [ 30 ]. كما يمكن لشعارات التسلسل إظهار التسلسل المحفوظ من خلال تمثيل نسب الأحرف في كل نقطة في المحاذاة حسب الارتفاع. [ 29 ]

محاذاة الجينوم

تُظهر هذه الصورة من متصفح ECR [ 31 ] نتيجة محاذاة جينومات الفقاريات المختلفة مع الجينوم البشري عند جين OTX2 المحفوظ . في الأعلى: شروح جينية للإكسونات والإنترونات لجين OTX2. لكل جينوم، تم رسم نسبة تشابه التسلسل (%) مقارنةً بالجينوم البشري. تُظهر المسارات جينومات سمكة الزيبرا ، والكلب ، والدجاجة ، والضفدع الغربي ذي المخالب ، والأبوسوم ، والفأر ، وقرد المكاك الريسوسي ، والشمبانزي . تُشير القمم إلى مناطق ذات تشابه تسلسلي عالٍ عبر جميع الجينومات، مما يدل على أن هذا التسلسل محفوظ للغاية .

يمكن أيضًا استخدام محاذاة الجينوم الكامل (WGA) لتحديد المناطق المحفوظة بدرجة عالية بين الأنواع. حاليًا، لا تزال دقة أدوات WGA وقابليتها للتوسع محدودة نظرًا للتعقيد الحسابي للتعامل مع عمليات إعادة الترتيب، والمناطق المتكررة، والحجم الكبير للعديد من جينومات حقيقيات النوى. [ 32 ] ومع ذلك، أصبحت محاذاة الجينوم الكامل لـ 30 نوعًا أو أكثر من البكتيريا (بدائيات النوى) وثيقة الصلة ممكنة بشكل متزايد. [ 33 ] [ 34 ]

أنظمة التسجيل

تستخدم مناهج أخرى قياسات الحفظ بناءً على الاختبارات الإحصائية التي تحاول تحديد التسلسلات التي تتحور بشكل مختلف عن معدل الطفرة المتوقع (المحايد).

يُقيّم إطار عمل GERP (تحديد معدل التطور الجينومي) مدى حفظ التسلسلات الجينية عبر الأنواع. تُقدّر هذه الطريقة معدل الطفرات المحايدة في مجموعة من الأنواع من خلال محاذاة تسلسلات متعددة، ثم تُحدد مناطق التسلسل التي تُظهر طفرات أقل من المتوقع. بعد ذلك، تُمنح هذه المناطق درجات بناءً على الفرق بين معدل الطفرات المُلاحظ ومعدل الطفرات الأساسي المتوقع. تشير درجة GERP العالية إلى تسلسل محفوظ بدرجة عالية. [ 35 ] [ 36 ]

تعتمد أداة LIST [ 37 ] [ 38 ] (الهوية المحلية والتصنيفات المشتركة) على افتراض أن الاختلافات الملحوظة في الأنواع القريبة من الإنسان أكثر أهمية عند تقييم مستوى الحفظ مقارنةً بتلك الموجودة في الأنواع البعيدة. ولذلك، تستخدم LIST هوية المحاذاة المحلية حول كل موقع لتحديد التسلسلات ذات الصلة في محاذاة التسلسلات المتعددة (MSA)، ثم تُقدّر مستوى الحفظ بناءً على المسافات التصنيفية لهذه التسلسلات إلى الإنسان. وعلى عكس الأدوات الأخرى، تتجاهل LIST عدد/تكرار الاختلافات في محاذاة التسلسلات المتعددة.

يجمع برنامج Aminode [ 39 ] بين عمليات المحاذاة المتعددة والتحليل التطوري لتحليل التغيرات في البروتينات المتماثلة، وينتج مخططًا يوضح المعدلات المحلية للتغيرات التطورية. يحدد هذا النهج المناطق المقيدة تطوريًا في البروتين، وهي أجزاء تخضع للانتقاء التطهيري ، وعادةً ما تكون بالغة الأهمية لوظيفة البروتين الطبيعية.

تتضمن مناهج أخرى، مثل PhyloP وPhyloHMM، أساليب علم الوراثة الإحصائي لمقارنة التوزيعات الاحتمالية لمعدلات الاستبدال، مما يسمح بالكشف عن كل من الحفظ والطفرات المتسارعة. أولًا، يتم إنشاء توزيع احتمالي أساسي لعدد الاستبدالات المتوقع حدوثها في عمود ضمن محاذاة تسلسل متعددة، استنادًا إلى شجرة تطورية . تُستخدم العلاقات التطورية المقدرة بين الأنواع محل الاهتمام لحساب دلالة أي استبدالات (أي أن الاستبدال بين نوعين وثيقي الصلة قد يكون أقل احتمالًا من الاستبدال بين نوعين متباعدين، وبالتالي أكثر دلالة). للكشف عن الحفظ، يتم حساب توزيع احتمالي لمجموعة فرعية من محاذاة التسلسل المتعددة، ومقارنته بالتوزيع الأساسي باستخدام اختبار إحصائي مثل اختبار نسبة الاحتمال أو اختبار النتيجة . ثم تُستخدم قيم P الناتجة عن مقارنة التوزيعين لتحديد المناطق المحفوظة. يستخدم PhyloHMM نماذج ماركوف المخفية لإنشاء التوزيعات الاحتمالية. تقارن حزمة برامج PhyloP التوزيعات الاحتمالية باستخدام اختبار نسبة الاحتمال أو اختبار النتيجة ، بالإضافة إلى استخدام نظام تسجيل مشابه لنظام GERP. [ 40 ] [ 41 ] [ 42 ]

الحفاظ الشديد على البيئة

عناصر فائقة الحفظ

العناصر فائقة الحفظ (UCEs) هي تسلسلات شديدة التشابه أو التطابق عبر مجموعات تصنيفية متعددة . اكتُشفت هذه العناصر لأول مرة في الفقاريات ، [ 43 ] ثم حُددت لاحقًا ضمن تصنيفات متباينة على نطاق واسع. [ 44 ] على الرغم من أن أصل ووظيفة العناصر فائقة الحفظ غير مفهومين بشكل كامل، [ 45 ] فقد استُخدمت لدراسة التباينات الزمنية العميقة في السلويات ، [ 46 ] والحشرات ، [ 47 ] وبين الحيوانات والنباتات . [ 48 ]

الجينات المحفوظة عالميًا

إن الجينات الأكثر حفظاً هي تلك الموجودة في جميع الكائنات الحية. وتتكون هذه الجينات بشكل رئيسي من الحمض النووي الريبوزي غير المشفر والبروتينات اللازمة لعمليتي النسخ والترجمة ، والتي يُفترض أنها حُفظت من السلف المشترك الأخير لجميع أشكال الحياة. [ 49 ]

تشمل الجينات أو عائلات الجينات التي وُجد أنها محفوظة عالميًا عوامل استطالة مرتبطة بـ GTP ، وميثيونين أمينوببتيداز 2 ، وسيرين هيدروكسي ميثيل ترانسفيراز ، وناقلات ATP . [ 50 ] كما أن مكونات جهاز النسخ، مثل بوليميراز الحمض النووي الريبي والهيليكازات ، ومكونات جهاز الترجمة، مثل الحمض النووي الريبي الريبوسومي ، والحمض النووي الريبي الناقل، والبروتينات الريبوسومية ، محفوظة عالميًا أيضًا. [ 51 ]

التطبيقات

علم الوراثة العرقي والتصنيف

تُستخدم مجموعات التسلسلات المحفوظة غالبًا لإنشاء الأشجار التطورية ، إذ يُفترض أن الكائنات الحية ذات التسلسلات المتشابهة وثيقة الصلة. [ 52 ] قد يختلف اختيار التسلسلات تبعًا للنطاق التصنيفي للدراسة. على سبيل المثال، تُعد الجينات الأكثر حفظًا، مثل الحمض النووي الريبوزي 16S وتسلسلات الريبوسوم الأخرى، مفيدة لإعادة بناء العلاقات التطورية العميقة وتحديد شعب البكتيريا في دراسات الميتاجينوميات . [ 53 ] [ 54 ] يمكن استخدام التسلسلات المحفوظة ضمن فرع حيوي ولكنها تخضع لبعض الطفرات، مثل جينات الصيانة الخلوية ، لدراسة العلاقات بين الأنواع. [ 55 ] [ 56 ] [ 57 ] تُستخدم منطقة الفاصل المنسوخ الداخلي (ITS)، اللازمة لفصل جينات الحمض النووي الريبوزي المحفوظة ولكنها تخضع لتطور سريع، بشكل شائع لتصنيف الفطريات وسلالات البكتيريا سريعة التطور. [ 58 ] [ 59 ] [ 60 ] [ 61 ]

البحوث الطبية

نظرًا لأن التسلسلات المحفوظة بدرجة عالية غالبًا ما تؤدي وظائف بيولوجية مهمة، فإنها تُعد نقطة انطلاق مفيدة لتحديد سبب الأمراض الوراثية . فالعديد من اضطرابات التمثيل الغذائي الخلقية وأمراض التخزين الليزوزومي ناتجة عن تغيرات في جينات محفوظة فردية، مما يؤدي إلى فقدان أو خلل في الإنزيمات التي تُعد السبب الكامن وراء أعراض المرض. ويمكن التنبؤ بالأمراض الوراثية من خلال تحديد التسلسلات المحفوظة بين البشر والكائنات الحية المختبرية مثل الفئران [ 62 ] أو ذباب الفاكهة [ 63 ] ، ودراسة آثار تعطيل هذه الجينات [ 64 ] . كما يمكن استخدام دراسات الارتباط على مستوى الجينوم لتحديد التباين في التسلسلات المحفوظة المرتبطة بالمرض أو النتائج الصحية. وقد تم اكتشاف أكثر من عشرين موقعًا جينيًا جديدًا محتملاً للاستعداد للإصابة بمرض الزهايمر [ 65 ] [ 66 ] .

الشرح الوظيفي

يمكن استخدام تحديد التسلسلات المحفوظة لاكتشاف التسلسلات الوظيفية والتنبؤ بها، مثل الجينات. [ 67 ] كما يمكن استخدام التسلسلات المحفوظة ذات الوظيفة المعروفة، مثل نطاقات البروتين، للتنبؤ بوظيفة التسلسل. ويمكن استخدام قواعد بيانات نطاقات البروتين المحفوظة، مثل Pfam وقاعدة بيانات النطاقات المحفوظة، لشرح النطاقات الوظيفية في جينات ترميز البروتين المتوقعة. [ 68 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ "أسئلة وأجوبة حول رموز Clustal" . Clustal . مؤرشف من الأصل بتاريخ 24 أكتوبر 2016. تم الاطلاع عليه بتاريخ 8 ديسمبر 2014 .
  2. ↑ سانجر، ف. (24 سبتمبر 1949). "الاختلافات بين الأنواع في الأنسولين" . مجلة نيتشر . 164 (4169): 529. Bibcode : 1949Natur.164..529S . doi : 10.1038/164529a0 . PMID 18141620. S2CID 4067991 .  
  3. 1 2 مارمور، ج؛ فالكو، س؛ ماندل، م (أكتوبر 1963). "مناهج جديدة لتصنيف البكتيريا". المراجعة السنوية لعلم الأحياء الدقيقة . 17 (1): 329-372 . doi : 10.1146/annurev.mi.17.100163.001553 . PMID 14147455 . 
  4. بيس ، ن . ر.؛ ساب، ج.؛ غولدنفيلد، ن. (17 يناير 2012). "علم الوراثة وما وراءه: الأهمية العلمية والتاريخية والمفاهيمية لشجرة الحياة الأولى" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 109 (4): 1011-1018 . Bibcode : 2012PNAS..109.1011P . doi : 10.1073/pnas.1109716109 . PMC 3268332. PMID 22308526 .  
  5. ↑ زوكرلاندل، إميل ؛ باولينغ، لينوس ب. (1962). "الأمراض الجزيئية، والتطور، وعدم التجانس الجيني". آفاق في الكيمياء الحيوية : 189-225 .
  6. ↑ مارغوليش، إي (أكتوبر 1963). "البنية الأولية وتطور السيتوكروم سي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 50 (4): 672-679 . Bibcode : 1963PNAS...50..672M . doi : 10.1073 / pnas.50.4.672 . PMC 221244. PMID 14077496 .  
  7. ↑ زوكيركاندل، إي؛ باولينغ، إل بي (1965). "التباعد والتقارب التطوري في البروتينات". الجينات والبروتينات المتطورة : 96-166 . doi : 10.1016/B978-1-4832-2734-4.50017-6 . ISBN 978-1-4832-2734-4.
  8. ↑ إيك، آر في؛ دايوف، إم أو (15 أبريل 1966). "تطور بنية الفيريدوكسين بناءً على بقايا حية لتسلسلات الأحماض الأمينية البدائية". مجلة ساينس . 152 (3720): 363-366 . Bibcode : 1966Sci...152..363E . doi : 10.1126/science.152.3720.363 . PMID 17775169. S2CID 23208558 .  
  9. ↑ كيمورا، م. (17 فبراير 1968). " معدل التطور على المستوى الجزيئي". مجلة نيتشر . 217 (5129): 624-626 . Bibcode : 1968Natur.217..624K . doi : 10.1038/217624a0 . PMID 5637732. S2CID 4161261 .  
  10. ↑ كينغ، جيه إل؛ جوكس، تي إتش (16 مايو 1969). "التطور غير الدارويني". مجلة ساينس . 164 (3881): 788-798 . Bibcode : 1969Sci...164..788L . doi : 10.1126/science.164.3881.788 . PMID 5767777 . 
  11. ↑ كيمورا، م؛ أوتا، ت (1974). "حول بعض المبادئ التي تحكم التطور الجزيئي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 71 (7): 2848-2852 . Bibcode : 1974PNAS...71.2848K . doi : 10.1073/ pnas.71.7.2848 . PMC 388569. PMID 4527913 .  
  12. ↑ أستانا، سوراب؛ رويتبرغ، ميخائيل؛ ستاماتويانوبولوس، جون؛ سونيايف، شاميل (28 ديسمبر 2007). برودنو، مايكل (محرر). "تحليل حفظ التسلسل على مستوى النيوكليوتيدات" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 3 (12) e254. Bibcode : 2007PLSCB...3..254A . doi : 10.1371/journal.pcbi.0030254 . ISSN 1553-7358 . PMC 2230682. PMID 18166073 .   
  13. ↑ كوبر، جي إم؛ براون، سي دي (1 فبراير 2008). "تحديد العلاقة بين حفظ التسلسل والوظيفة الجزيئية" . أبحاث الجينوم . 18 (2): 201-205 . doi : 10.1101/gr.7205808 . ISSN 1088-9051 . PMID 18245453 .  
  14. ↑ جيلسون، آمي آي؛ مارشال-كريستنسن، أهيمي؛ تشوي، جيونغ-مو؛ شاخنوفيتش، يوجين آي. (2017). " دور الانتقاء التطوري في ديناميكيات تطور بنية البروتين" . مجلة الفيزياء الحيوية . 112 (7): 1350-1365 . arXiv : 1606.05802 . Bibcode : 2017BpJ...112.1350G . doi : 10.1016/j.bpj.2017.02.029 . PMC 5390048. PMID 28402878 .  
  15. ^ هانت ، ريان سي. سيمهادري، فيجايا إل؛ ياندولي، ماثيو. ساونا، زوبين إي؛ كيمتشي-سارفاتي، شافا (2014). “الكشف عن الطفرات المترادفة”. الاتجاهات في علم الوراثة . 30 (7): 308-321 . دوى : 10.1016/j.tig.2014.04.006 . بميد 24954581 . 
  16. ↑ تشانغ، جيانزي (2000). "معدلات استبدال النيوكليوتيدات غير المترادفة المحافظة والجذرية في الجينات النووية للثدييات" . مجلة التطور الجزيئي . 50 (1): 56-68 . Bibcode : 2000JMolE..50...56Z . doi : 10.1007/ s002399910007 . ISSN 0022-2844 . PMID 10654260. S2CID 15248867 .   
  17. ↑ سوسونيس، كونستانتينوس؛ هاني، كارل إي؛ كاو، جين؛ سونشو، بهارات؛ تسونيس، بانايوتيس أ (2012). " حفظ البنية ثلاثية الأبعاد في البروتينات غير المتجانسة أو غير المرتبطة" . علم الجينوم البشري . 6 (1): 10. doi : 10.1186/1479-7364-6-10 . ISSN 1479-7364 . PMC 3500211. PMID 23244440 .   
  18. ↑ كايريس، فيسفالداس؛ فرنانديز، ميغيل إكس. (2007). "SitCon: أداة لتصور حفظ بقايا موقع الارتباط وربط تسلسل البروتين بوظيفته". المجلة الدولية للكيمياء الكمية . 107 (11): 2100-2110 . Bibcode : 2007IJQC..107.2100K . doi : 10.1002/qua.21396 . hdl : 10400.13/5004 . ISSN 0020-7608 . 
  19. ↑ شاماري، جيه في؛ هيرست، لورانس دي (2005). "دليل على الانتقاء على الطفرات المترادفة التي تؤثر على استقرار البنية الثانوية للرنا المرسال في الثدييات" . علم الأحياء الجينومي . 6 (9): R75. Bibcode : 2005GenBi...6..R75C . doi : 10.1186/gb-2005-6-9-r75 . PMC 1242210. PMID 16168082 .  
  20. ↑ وادلر، سي إس؛ فاندربول، سي كيه (27 نوفمبر 2007). "وظيفة مزدوجة لجزيء RNA صغير بكتيري: يؤدي SgrS تنظيمًا يعتمد على اقتران القواعد ويُشفّر عديد ببتيد وظيفي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 104 (51): 20454-20459 . Bibcode : 2007PNAS..10420454W . doi : 10.1073/pnas.0708102104 . PMC 2154452. PMID 18042713 .  
  21. ^ جونسون، لكل؛ ليبوفيتش، ليونارد؛ غراندي، دان؛ موريس ، كيفن ف. (مارس 2014). “الحفظ التطوري للـ RNA الطويلة غير المشفرة؛ التسلسل، البنية، الوظيفة” . الكيمياء الحيوية والفيزياء الحيوية اكتا (BBA) - مواضيع عامة . 1840 (3): 1063–1071 . دوى : 10.1016/j.bbagen.2013.10.035 . بمك 3909678 . بميد 24184936 .  
  22. ↑ فرايهولت، إي كيه؛ بولباك، جيه بي؛ غاردنر، بي بي (6 ديسمبر 2006). "استكشاف المادة المظلمة الجينومية: تقييم نقدي لأداء طرق البحث عن التشابه على الحمض النووي الريبي غير المشفر" . أبحاث الجينوم . 17 (1): 117-125 . doi : 10.1101/gr.5890907 . PMC 1716261. PMID 17151342 .  
  23. ↑ مارغوليس، إي إتش (1 ديسمبر 2003). " تحديد وتوصيف التسلسلات المحفوظة متعددة الأنواع" . أبحاث الجينوم . 13 (12): 2507-2518 . doi : 10.1101/gr.1602203 . ISSN 1088-9051 . PMC 403793. PMID 14656959 .   
  24. ↑ إدواردز، جون ر.؛ روباريل، حمير؛ جو، جينغيو (2005). "تسلسل الحمض النووي باستخدام مطياف الكتلة". بحوث الطفرات/الآليات الأساسية والجزيئية للطفرات . 573 ( 1-2 ): 3-12 . Bibcode : 2005MRFMM.573....3E . doi : 10.1016/j.mrfmmm.2004.07.021 . PMID 15829234 . 
  25. ↑ دروست، هايك-جورج؛ جابل، ألكسندر؛ جروس، إيفو؛ كوينت، مارسيل (1 مايو 2015). "دليل على الصيانة النشطة لأنماط الساعة الرملية في علم الوراثة الجزيئية في تكوين الأجنة الحيوانية والنباتية" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 32 (5): 1221-1231 . doi : 10.1093/molbev/msv012 . ISSN 0737-4038 . PMC 4408408. PMID 25631928 .   
  26. ↑ ناووركي، إي بي؛ إيدي، إس آر (4 سبتمبر 2013). "إنفرنال 1.1: بحث أسرع بمئة ضعف عن تماثل الحمض النووي الريبي" . المعلوماتية الحيوية . 29 (22): 2933-2935 . doi : 10.1093/bioinformatics/btt509 . PMC 3810854. PMID 24008419 .  
  27. ↑ إيدي، إس آر؛ دوربين، آر (11 يونيو 1994). "تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي باستخدام نماذج التغاير" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 22 (11): 2079-2088 . doi : 10.1093/nar/22.11.2079 . PMC 308124. PMID 8029015 .  
  28. ↑ تريفيدي، راكيش؛ ناجاراجارام، هامباباثالو أديمورثي (2020). "مصفوفات تسجيل الاستبدال للبروتينات - نظرة عامة" . علم البروتين . 29 (11): 2150-2163 . doi : 10.1002/pro.3954 . ISSN 0961-8368 . PMC 7586916. PMID 32954566 .   
  29. 1 2 "Weblogo" . جامعة كاليفورنيا، بيركلي . تم الاطلاع عليه بتاريخ 30 ديسمبر 2017 .
  30. ↑ "أسئلة وأجوبة حول رموز Clustal" . Clustal . مؤرشف من الأصل بتاريخ 24 أكتوبر 2016. تم الاطلاع عليه بتاريخ 8 ديسمبر 2014 .
  31. ↑ "متصفح ECR" . متصفح ECR . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 يناير 2018 .
  32. ^ إيرل دنت. نجوين، نجان؛ هيكي جلين. هاريس، روبرت س. فيتزجيرالد، ستيفن. بيل، كاثرين. سيلدتسوف، إيغور؛ مولودتسوف، فلاديمير؛ راني، بريان J .؛ كلاوسون، حيرام؛ كيم، جيبوم؛ كيمينا، كارستن؛ تشانغ، جيا مينغ؛ إرب، إيوناس؛ بولياكوف، الكسندر؛ هو، مينمي؛ هيريرو، خافيير؛ كينت، وليام جيمس. سولوفييف، فيكتور؛ دارلينج ، آرون إي. ما، جيان؛ نوتردام، سيدريك؛ برودنو، مايكل. دوبتشاك، إينا؛ هوسلر، ديفيد؛ باتن ، بنديكت (ديسمبر 2014). "Alignathon: تقييم تنافسي لطرق محاذاة الجينوم الكامل" . أبحاث الجينوم . 24 (12): 2077– 2089. doi : 10.1101/gr.174920.114 . PMC 4248324 . PMID 25273068 .  
  33. ↑ رولي، ل.؛ مرهج، ف.؛ فورنييه، ب.-إ.؛ راؤول، د. (سبتمبر 2015). " الجينوم البكتيري الشامل كأداة جديدة لتحليل البكتيريا الممرضة" . الميكروبات الجديدة والعدوى الجديدة . 7 : 72-85 . doi : 10.1016/j.nmni.2015.06.005 . PMC 4552756. PMID 26442149 .  
  34. ↑ ميريك، غيوم؛ ياهارا، كوجي؛ ماغيروس، ليوناردوس؛ باسكو، بن؛ ميدن، مارتن سي جيه؛ جولي، كيث أ.؛ شيبارد، صموئيل ك.؛ بيريسويل، ستيفان (27 مارس 2014). "نهج الجينوم الشامل المرجعي لعلم الجينوم البكتيري المقارن: تحديد مؤشرات وبائية جديدة في كامبيلوباكتر الممرضة" . PLOS ONE . 9 (3) e92798. Bibcode : 2014PLoSO...992798M . doi : 10.1371/ journal.pone.0092798 . PMC 3968026. PMID 24676150 .  
  35. ↑ كوبر، جي إم (17 يونيو 2005). " توزيع وشدة القيود في تسلسل الجينوم لدى الثدييات" . أبحاث الجينوم . 15 (7): 901-913 . doi : 10.1101/gr.3577405 . PMC 1172034. PMID 15965027 .  
  36. ↑ "Sidow Lab - GERP" . مؤرشف من الأصل بتاريخ 14 يناير 2017. تم الاطلاع عليه بتاريخ 23 أبريل 2016 .
  37. ↑ نوار مالهيس؛ ستيفن جيه إم جونز؛ يورغ غسبونر (2019). "تدابير محسّنة للحفاظ على التطور تستغل المسافات التصنيفية" . نيتشر كوميونيكيشنز . 10 (1): 1556. Bibcode : 2019NatCo..10.1556M . doi : 10.1038/s41467-019-09583-2 . PMC 6450959. PMID 30952844 .  
  38. ↑ نوار مالهيس؛ ماثيو جاكوبسون؛ ستيفن جيه إم جونز؛ يورغ غسبونر (2020). "LIST-S2: فرز الطفرات الضارة غير المترادفة عبر الأنواع بناءً على التصنيف" . أبحاث الأحماض النووية . 48 (W1): W154– W161. doi : 10.1093/nar/gkaa288 . PMC 7319545. PMID 32352516 .  
  39. ↑ تشانغ كيه تي، غو جيه، دي رونزا إيه، ساردييلو إم (يناير 2018). "أمينود: تحديد القيود التطورية في البروتينوم البشري" . تقارير علمية 8 ( 1) 1357. Bibcode : 2018NatSR...8.1357C . doi : 10.1038/s41598-018-19744-w . PMC 5778061. PMID 29358731 .  
  40. ↑ بولارد، ك.س.؛ هوبيز، م.ج.؛ روزنبلوم، ك.ر.؛ سيبل، أ. (26 أكتوبر 2009). "الكشف عن معدلات الاستبدال غير المحايدة في السلالات التطورية للثدييات" . أبحاث الجينوم . 20 (1): 110-121 . doi : 10.1101/gr.097857.109 . PMC 2798823. PMID 19858363 .  
  41. ↑ "PHAST: Home" .
  42. ↑ فان، شياودان؛ تشو، جون؛ شادت، إريك إي؛ ليو، جون إس (2007). "القوة الإحصائية لنموذج ماركوف المخفي التطوري للكشف عن العناصر المحفوظة تطوريًا" . مجلة BMC للمعلوماتية الحيوية . 8 (1): 374. doi : 10.1186/1471-2105-8-374 . PMC 2194792. PMID 17919331 .  
  43. ↑ بيجيرانو، ج. (28 مايو 2004). " العناصر فائقة الحفظ في الجينوم البشري". مجلة ساينس . 304 (5675): 1321-1325 . Bibcode : 2004Sci...304.1321B . CiteSeerX 10.1.1.380.9305 . doi : 10.1126/science.1098119 . PMID 15131266. S2CID 2790337 .   
  44. ↑ سيبل، أ. (1 أغسطس 2005). " العناصر المحفوظة تطوريًا في جينومات الفقاريات والحشرات والديدان والخميرة" . أبحاث الجينوم . 15 (8): 1034-1050 . doi : 10.1101/gr.3715005 . PMC 1182216. PMID 16024819 .  
  45. ↑ هارمستون، ن.؛ باريسيك، أ.؛ لينارد، ب. (11 نوفمبر 2013). "لغز الحفظ غير المشفر المتطرف" . المعاملات الفلسفية للجمعية الملكية ب: العلوم البيولوجية . 368 (1632) 20130021. doi : 10.1098/rstb.2013.0021 . PMC 3826495. PMID 24218634 .  
  46. ↑ فيركلوث، بي سي؛ ماكورماك، جيه إي؛ كروفورد، إن جي؛ هارفي، إم جي؛ برومفيلد، آر تي؛ غلين، تي سي (9 يناير 2012). "عناصر فائقة الحفظ تُرسّخ آلاف المؤشرات الجينية التي تغطي نطاقات زمنية تطورية متعددة" . علم الأحياء المنهجي . 61 (5): 717-726 . doi : 10.1093/sysbio/sys004 . PMID 22232343 . 
  47. ↑ فيركلوث، برانت سي؛ برانستيتر، مايكل جي؛ وايت، نور دي؛ برادي، شون جي (مايو 2015). " إثراء العناصر فائقة الحفظ من المفصليات يوفر منظورًا جينوميًا للعلاقات بين غشائيات الأجنحة" . موارد علم البيئة الجزيئية . 15 (3): 489-501 . arXiv : 1406.0413 . Bibcode : 2015MolER..15..489F . doi : 10.1111/1755-0998.12328 . PMC 4407909. PMID 25207863 .  
  48. ↑ رينيكر، ج.؛ ليونز، إ.؛ كونانت، ج. س.؛ بيريس، ج. س.؛ فريلينغ، م.؛ شيو، س.-ر.؛ كوركين، د. (10 أبريل 2012). "عناصر متعددة الأنواع متطابقة طويلة في جينومات النباتات والحيوانات" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 109 (19): E1183– E1191 . doi : 10.1073/pnas.1121356109 . PMC 3358895. PMID 22496592 .  
  49. ↑ إيزنبارجر، توماس أ.؛ كار، كريستوفر إي.؛ جونسون، سارة ستيوارت؛ فيني، مايكل؛ تشيرش، جورج م.؛ جيلبرت، والتر؛ زوبر، ماريا ت.؛ روفكون، غاري (14 أكتوبر 2008). "أكثر أجزاء الجينوم حفظًا للكشف عن الحياة على الأرض والكواكب الأخرى". أصول الحياة وتطور المحيطات الحيوية . 38 (6): 517-533 . Bibcode : 2008OLEB...38..517I . doi : 10.1007/s11084-008-9148-z . PMID 18853276. S2CID 15707806 .  
  50. ↑ هاريس، جيه كيه (12 فبراير 2003). " الجوهر الجيني للسلف المشترك" . أبحاث الجينوم . 13 (3): 407-412 . doi : 10.1101/gr.652803 . PMC 430263. PMID 12618371 .  
  51. ↑ بان، نيناد؛ بيكمان، رولاند؛ كيت، جيمي إتش دي؛ دينمان، جوناثان دي؛ دراغون، فرانسوا؛ إليس، ستيفن آر؛ لافونتين، دينيس إل جيه؛ ليندال، لاسه؛ ليلياس، أندرس؛ ليبتون، جيفري إم؛ ماك أليار، مايكل إيه؛ مور، بيتر بي؛ نولر، هاري إف؛ أورتيغا، جواكين؛ بانسي، فيكرام جوفيند؛ راماكريشنان، في؛ سبان، كريستيان إم تي؛ ستيتز، توماس إيه؛ تشورزيفسكي، ماريك؛ تولرفي، ديفيد؛ وارين، آلان جيه؛ ويليامسون، جيمس آر؛ ويلسون، دانيال؛ يونات، آدا؛ يوسوبوف، مارا (فبراير 2014). "نظام جديد لتسمية البروتينات الريبوزومية" . الرأي الحالي في البيولوجيا التركيبية . 24 : 165–169 . doi : 10.1016/ j.sbi.2014.01.002 . PMC 4358319. PMID 24524803 .  
  52. ↑ غاداكار، سوديندرا ر.؛ روزنبرغ، مايكل س.؛ كومار، سودير (15 يناير 2005). "استنتاج السلالات التطورية للأنواع من جينات متعددة: شجرة التسلسل المتسلسل مقابل شجرة الجينات المتفق عليها" . مجلة علم الحيوان التجريبي، الجزء ب: التطور الجزيئي والنمائي . 304ب (1): 64-74 . رمز Bibcode : 2005JEZB..304...64G . doi : 10.1002/jez.b.21026 . PMID 15593277 . 
  53. ↑ لودفيج، دبليو؛ شلايفر، كيه إتش (أكتوبر 1994). "التصنيف الوراثي للبكتيريا بناءً على تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي 16S و23S" . مجلة FEMS لاستعراضات علم الأحياء الدقيقة . 15 ( 2-3 ): 155-173 . doi : 10.1111/j.1574-6976.1994.tb00132.x . PMID 7524576 . 
  54. ↑ هوغ، لورا أ.؛ بيكر، بريت ج.؛ أنانثارامان، كارتيك؛ براون، كريستوفر ت.؛ بروبست، ألكسندر ج.؛ كاستيل، سيندي ج.؛ باترفيلد، كريستينا ن.؛ هيرنسدورف، أليكس و.؛ أمانو، يوكي؛ إيسي، كوتارو؛ سوزوكي، يوهي؛ دوديك، ناتاشا؛ ريلمان، ديفيد أ.؛ فينستاد، كاري م.؛ أموندسون، رونالد؛ توماس، برايان س.؛ بانفيلد، جيليان ف. (11 أبريل 2016). "نظرة جديدة لشجرة الحياة" . مجلة نيتشر مايكروبيولوجي . 1 (5): 16048. doi : 10.1038/nmicrobiol.2016.48 . PMID 27572647 . 
  55. ↑ تشانغ، لي تشينغ؛ لي، وين هسيونغ (فبراير 2004). "تتطور جينات الصيانة الخلوية في الثدييات بوتيرة أبطأ من الجينات الخاصة بالأنسجة" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 21 (2): 236-239 . doi : 10.1093/molbev/msh010 . PMID 14595094 . 
  56. ↑ كليرمونت، أو.؛ ​​بوناكورس، س.؛ بينجن، إي. (1 أكتوبر 2000). "تحديد سريع وبسيط للمجموعة التطورية لبكتيريا الإشريكية القولونية" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 66 (10): 4555-4558 . Bibcode : 2000ApEnM..66.4555C . doi : 10.1128/AEM.66.10.4555-4558.2000 . PMC 92342. PMID 11010916 .  
  57. ↑ كولبيرغ، مورغان؛ نيلسون، ماريا أ.؛ أرناسون، أولفور؛ هارلي، إريك هـ.؛ جانكي، أكسل (أغسطس 2006). "جينات الصيانة الخلوية للتحليل التطوري للعلاقات بين الثدييات المشيمية" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 23 (8): 1493-1503 . doi : 10.1093/molbev/msl027 . PMID 16751257 . 
  58. ^ شوتش، كل؛ سيفرت، كا؛ هوندورف، S .؛ روبرت، V.؛ سبوج، JL. ليفيسك، كاليفورنيا؛ تشن، دبليو؛ بولتشاكوفا، إي. فويت، ك. كروس، PW. ميلر، آن؛ وينجفيلد، إم جي؛ ايمي، MC. أن، ك.-د. باي، F.-Y.؛ باريتو، آر دبليو؛ بيجيرو، د.؛ بيرجيرون، M.-J.؛ بلاكويل، م. بوخوت، T.؛ بوجالي، م. بونيوين، ن.؛ بورجاز، أركنساس؛ بويك، ب. كاي، L.؛ كاي، س. كاردينالي، ج.؛ شافيري، ب. كوبينز، بج. كريسبو، أ. كوباس، ب. كامينغز، C .؛ الدمام، يو. دي بير، ZW؛ دي هوج، ع. ديل برادو، ر. دينتينجر، ب. ديجويز-أوريبيوندو، J .؛ ديفاكار ، بي كيه . دوغلاس، ب. دويناس، م.؛ دونج، تا؛ إبرهارت، يو. إدواردز، جي. الشاهد، MS؛ فليجيروفا، ك.؛ فورتادو، م.؛ جارسيا، MA؛ قه، Z.-W؛ جريفيث، غيغاواط. غريفيث، ك. جرونوالد، جي زد؛ جرونوالد، م.؛ جروب، م. جريزنهاوت، م. قوه، L.-D.؛ هاجن، ف. هامبلتون، S .؛ هاملين، RC؛ هانسن، ك.؛ هارولد، ب. هيلر، G.؛ هيريرا، C .؛ هيراياما، ك.؛ هيروكا، Y.؛ هو، H.-M.؛ هوفمان، ك.؛ هوفستيتر، V.؛ هوجنابا، ف. هولينجسورث، مساء؛ هونغ، S.-B.؛ هوساكا، ك؛ هوبراكن، J .؛ هيوز، ك. هوهتينن، S .؛ هايد، دينار كويتي. جيمس، T.؛ جونسون، م. جونسون، جي. جونستون، العلاقات العامة. جونز، إي بي جي؛ كيلي، LJ. كيرك، مساء؛ كناب، د.ج. كولجالج، يو. كوفاكس، جنرال موتورز؛ كورتزمان، CP. لاندفيك، س. ليفيت، SD؛ ليجينستوفر، AS؛ ليماتينن، ك.؛ لومبارد، L.؛ لوانجسا أرد، JJ؛ لومبش، HT؛ ماجانتي، ه.؛ ماهاراشتشيكومبورا، SSN؛ مارتن، النائب. مايو، TW؛ ماك تاغارت، أر. ميثفين، AS؛ ماير، دبليو. مونكالفو، J.-M.؛ مونغكولسامريت، س. ناجي، إل جي؛ نيلسون، ر. نيسكانين، T.؛ نيلاسي، أنا؛ أوكادا، ج.؛ أوكان، أنا. أولارياجا، أنا. أوتي، J.؛ باب، T.؛ بارك، د.؛ بيتكوفيتس، T.؛ بينو بوداس، ر.؛ كويدفليج، دبليو؛ رجا، HA؛ ريديكر، D.؛ رينتول، TL؛ روبيال، سي. سارمينتو راميريز، JM؛ شميت، أنا. شوسلر، أ. شيرر، سي. سوتوم، ك. ستيفاني، فوب؛ ستينروس، س.؛ ستيلو، ب. ستوكينغر، ه.؛ سوترونج، S .؛ سوه، S.-O.؛ سونغ، G.-H.؛ سوزوكي، م.؛ تاناكا، ك.؛ تيدرسو، L.؛ تيليريا، MT؛ تريتر، E.؛ أونترينر، دبليو إيه؛ أوربينا، إتش؛ فاجفولجي، سي؛ فيال، إيه؛ فو، تي دي؛ والثر، جي؛ وانغ، كيو-إم؛ وانغ، واي؛ وير، بي إس؛ فايس، إم؛ وايت، إم إم؛ شو، جيه؛ ياهر، آر؛ يانغ، زد إل؛ يوركوف، إيه؛ زامورا، جيه-سي؛ تشانغ، إن؛ تشوانغ، دبليو-واي؛ شينديل، دي. (27 مارس 2012). "منطقة الفاصل الداخلي المنسوخ (ITS) للريبوسوم النووي كعلامة باركود DNA عالمية للفطريات" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 109 (16): 6241-6246 . doi : 10.1073/pnas.1117018109 . PMC 3341068 . PMID 22454494 .  
  59. ↑ مان، إس إم؛ كاكووش، إن أو؛ أوكتافيا، إس؛ ميتشل، إتش (26 مارس 2010). "منطقة الفاصل المنسوخ الداخلي، أداة جديدة تُستخدم في التمييز بين الأنواع وتحديد العلاقات التصنيفية داخل جنس كامبيلوباكتر" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 76 (10): 3071-3081 . Bibcode : 2010ApEnM..76.3071M . doi : 10.1128 / AEM.02551-09 . PMC 2869123. PMID 20348308 .  
  60. ↑ رانجارد، ل.؛ بولي، ف.؛ لاتا، ج.-س.؛ موجيل، س.؛ ثيولوز، ج.؛ نازاريه، س. (1 أكتوبر 2001). "توصيف المجتمعات البكتيرية والفطرية في التربة باستخدام بصمات تحليل الفواصل بين الجينات الريبوزومية الآلية: التباين البيولوجي والمنهجي" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 67 (10): 4479-4487 . Bibcode : 2001ApEnM..67.4479R . doi : 10.1128/AEM.67.10.4479-4487.2001 . PMC 93193. PMID 11571146 .  
  61. ^ بيديت، فيليب. باربوت، فريديريك؛ لالاند، فاليري؛ بورغوفر، بياتريس؛ بيتي، جان كلود (يونيو 1999). "تطوير طريقة جديدة لنمط PCR-riboting تعتمد على التسلسل الجيني للريبوسوم RNA" . رسائل علم الأحياء الدقيقة FEMS . 175 (2): 261–266 . دوى : 10.1111/j.1574-6968.1999.tb13629.x ​​. بميد 10386377 . 
  62. ↑ آلا، أوجو؛ بيرو، روزاريو مايكل؛ غراسي، إيلينا؛ داماسكو، كريستيان؛ سيلينغو، لورينزو؛ أوتي، مارتن؛ بروفيرو، باولو؛ دي كونتو، فرديناندو؛ تاكر-كيلوغ، غريغ (28 مارس 2008). "التنبؤ بجينات الأمراض البشرية من خلال تحليل التعبير المشترك المحفوظ بين الإنسان والفأر" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 4 (3) e1000043. رمز Bibcode : 2008PLSCB...4E0043A . doi : 10.1371/journal.pcbi.1000043 . PMC 2268251. PMID 18369433 .  
  63. ↑ باندي، يو بي؛ نيكولز، سي دي (17 مارس 2011). "نماذج الأمراض البشرية في ذبابة الفاكهة (دروسوفيلا ميلانوجاستر ) ودور الذبابة في اكتشاف الأدوية العلاجية" . مراجعات علم الأدوية . 63 (2): 411-436 . doi : 10.1124/pr.110.003293 . PMC 3082451. PMID 21415126 .  
  64. ↑ هوانغ، هوي؛ وينتر، إيتان إي؛ وانغ، هواجون؛ وينستوك، كيث جي؛ شينغ، هيمينغ؛ غودستادت، ليو؛ ستينسون، بيتر دي؛ كوبر، ديفيد إن؛ سميث، دوغلاس؛ ألبا، إم مار؛ بونتينغ، كريس بي؛ فيشتل، كيم (2004). "الحفظ التطوري والاختيار لنظائر جينات الأمراض البشرية في جينومات الفئران والجرذان" . علم الأحياء الجينومي . 5 (7): R47. doi : 10.1186 / gb-2004-5-7-r47 . PMC 463309. PMID 15239832 .  
  65. ↑ جي، دونغليانغ؛ فيلاي، جاك؛ طومسون، ألكسندر جيه؛ سيمون، جيسون إس؛ شيانا، كيفن في؛ أوربان، توماس جيه؛ هاينزن، إيرين إل؛ كيو، بينغ؛ بيرتلسن، آرثر إتش؛ موير، أندرو جيه؛ سولكوفسكي، مارك؛ ماكهاتشيسون، جون جي؛ غولدشتاين، ديفيد بي. (16 أغسطس 2009). "التغير الجيني في IL28B يتنبأ بالتخلص من الفيروس الناتج عن علاج التهاب الكبد الوبائي سي" . مجلة نيتشر . 461 (7262): 399-401 . Bibcode : 2009Natur.461..399G . doi : 10.1038/nature08309 . PMID 19684573. S2CID 1707096 .  
  66. ↑ بيرترام، ل. (2009). "دراسات الارتباط على مستوى الجينوم في مرض الزهايمر" . علم الوراثة الجزيئية البشرية . 18 (R2): R137– R145 . doi : 10.1093/hmg/ddp406 . PMC 2758713. PMID 19808789 .  
  67. ↑ كيليس، مانوليس؛ باترسون، نيك؛ إندريزي، ماثيو؛ بيرين، بروس؛ لاندر، إريك س. (15 مايو 2003). "تسلسل ومقارنة أنواع الخميرة لتحديد الجينات والعناصر التنظيمية". مجلة نيتشر . 423 (6937): 241-254 . Bibcode : 2003Natur.423..241K . doi : 10.1038 / nature01644 . PMID 12748633. S2CID 1530261 .  
  68. ↑ مارشلر-باور، أ.؛ لو، س.؛ أندرسون، ج.ب.؛ تشيتساز، ف.؛ ديربيشاير، م.ك.؛ ديويز-سكوت، س.؛ فونغ، ج.هـ.؛ جير، ل.ي.؛ جير، ر.س.؛ غونزاليس، ن.ر.؛ غوادز، م.؛ هورويتز، د.إ.؛ جاكسون، ج.د.؛ كي، ز.؛ لانكزيكي، س.ج.؛ لو، ف.؛ مارشلر، ج.هـ.؛ مولوكاندوف، م.؛ أوميلتشينكو، م.ف.؛ روبرتسون، س.ل.؛ سونغ، ج.س.؛ ثانكي، ن.؛ ياماشيتا، ر.أ.؛ تشانغ، د.؛ تشانغ، ن.؛ تشنغ، س.؛ براينت، ش.هـ. (24 نوفمبر 2010). "CDD: قاعدة بيانات النطاقات المحفوظة للشرح الوظيفي للبروتينات" . أبحاث الأحماض النووية . 39 (قاعدة البيانات): D225– D229. doi : 10.1093/nar/ gkq1189 . PMC 3013737. PMID 21109532 .