UBALD1
يُعدّ UBALD1 ( البروتين الحاوي على نطاق شبيه باليوبيكويتين المرتبط 1) بروتينًا يُشفّر بواسطة جين UBALD1، الموجود على الكروموسوم 16 في الإنسان. [ 4 ] يتميز UBALD1 بتعبير نسيجي واسع الانتشار ، ويتمركز في النواة والسيتوبلازم . ويُعدّ UBALD1 بروتينًا محفوظًا في الحيوانات، بما في ذلك اللافقاريات . ويُعرف UBALD1 أيضًا باسم FAM100A.
جين
يقع جين UBALD1 البشري على السلسلة السالبة من الكروموسوم 16 في الموقع الخلوي 16p13.3. يحتوي الجين على ثلاثة إكسونات واثنين من الإنترونات ، ويبلغ طوله الإجمالي 6145 زوجًا من القواعد. [ 5 ]
النصوص
يوجد ثلاثة أشكال متغايرة من جين UBALD1 في الإنسان، وكلها تحتوي على ثلاثة إكسونات. يمتلك الشكل المتغاير الأول من UBALD1 تسلسل mRNA مكونًا من 1374 نيوكليوتيدًا، ويُشفّر أطول بروتين. يختلف الشكل المتغاير الثاني بحذف 75 نيوكليوتيدًا في بداية الإكسون الثالث، بينما يختلف الشكل المتغاير الثالث بإضافة 185 نيوكليوتيدًا في نهاية الإكسون الأول. [ 4 ]
| نسخة نصية بديلة | طول الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) | طول الإكسون 1 | طول الإكسون 2 | طول الإكسون 3 | نظير البروتين | طول البروتين (الأحماض الأمينية) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 (NM_145253.3) | 1374 | 211 | 62 | 1099 | 1 (NP_660296.1) | 177 |
| 2 (NM_001330467.2) | 1299 | 211 | 62 | 1024 | 2 (NP_001317396.1) | 152 |
| 3 (NM_001411032.1) | 1559 | 396 | 62 | 1099 | 3 (NP_001397961.1) | 122 |
بروتين
الأشكال المتغايرة
يُشفّر النظير الأول من جين UBALD1 أطول بروتين، ويتكون من 177 حمضًا أمينيًا. يتطابق تسلسل البروتين من النظير الثاني بنسبة 85.9% مع النظير الأول. يحتوي النظير الثاني على حذف 25 حمضًا أمينيًا في الإكسون 3، ويفتقر إلى نطاق PHA03247. يختلف النظير الثالث اختلافًا كبيرًا عن النظيرين الأول والثاني، إذ يتطابق بنسبة 35.6% مع النظير الأول. يحتوي النظير الثالث على 122 حمضًا أمينيًا، ويتضمن إضافة في الإكسون 1، مما يُسبب انزياحًا في إطار قراءة الكودونات وظهور كودون التوقف في وقت أبكر. كما يفتقر النظير الثالث إلى نطاق PHA03247.
الخصائص والمجالات
يبلغ الوزن الجزيئي للبروتين المشفر بواسطة النظير 1 من جين UBALD1 حوالي 19.0 كيلو دالتون ، ونقطة تساوي كهربائية متوقعة تبلغ 6.13 . [ 6 ] [ 7 ] يتميز بروتين UBALD1 بغناه بالألانين والبرولين ، ويحتوي على العديد من الثنائيات/الثلاثيات من هذه الأحماض الأمينية. وتُعد بقايا البرولين ومضاعفاتها محفوظة بشكل كبير، وتحديدًا ضمن نطاق PHA03247. يحتوي البروتين على نطاق واحد، هو PHA03247، أو نطاق بروتين الغلاف الكبير UL36. يُعد بروتين الغلاف UL36 أكبر بروتين غلاف موجود في فيروس الهربس البسيط من النوع الأول، ويحتوي على نشاط مزيل لليوبيكويتين . [ 8 ]
بناء
يتكون التركيب الثانوي لبروتين UBALD1 في الغالب من لفائف وأربعة مناطق حلزونية ألفا قصيرة (المواقع 5-22، 25-46، 76-83، و170-173). [ 9 ] أما تركيبه الثالثي فهو ملتف وكروي الشكل .
أنظمة
التعبير الجيني على مستوى الجينات
يُعدّ جين UBALD1 من الجينات عالية التعبير ، إذ يزيد تعبيره بمقدار 1.4 ضعف عن متوسط تعبير الجينات الأخرى. [ 10 ] ويُعبر عن جين UBALD1 في جميع أنحاء الجسم، مع أعلى مستوياته في المشيمة والعضلات الهيكلية والكبد والدماغ . [ 11 ] وفي الدماغ، يكون تعبير جين UBALD1 في أعلى مستوياته في تكوين الحصين والمناطق الشمية . [ 12 ]
تنظيم مستوى البروتين
من المتوقع أن يتمركز بروتين UBALD1 في النواة والسيتوبلازم . [ 13 ] توجد إشارة تصدير نووية بشكل متوسط في المواضع 79-85 وبقوة في المواضع 174-177. [ 14 ] يحتوي UBALD1 على العديد من مواقع الفسفرة والتحلل السكري المتوقعة، مع وجود مواقع فسفرة معروفة في S88 وS90 وS93 وS96. [ 15 ]
التاريخ التطوري
المتماثلات
يُعدّ نطاق الجينات المتماثلة لـ UBALD1 واسعًا، حيث تباعدت أبعد جيناته المتماثلة منذ 694 مليون سنة في اللافقاريات. تشمل هذه الجينات المتماثلة معظم الفقاريات، مثل الثدييات والطيور والزواحف والبرمائيات والأسماك ، بالإضافة إلى بعض اللافقاريات، مثل المفصليات واللاسعات والرخويات وشوكيات الجلد والديدان الأسطوانية . لا توجد جينات متماثلة في الفطريات أو النباتات أو البكتيريا . تتراوح نسبة التشابه في تسلسل الجينات المتماثلة وثيقة الصلة، بما في ذلك الثدييات والطيور والزواحف، بين 67% و92%. أما الجينات المتماثلة متوسطة الصلة، بما في ذلك البرمائيات والأسماك، فتتراوح نسبة التشابه في تسلسل الجينات المتماثلة بين 55% و75%. بينما تتراوح نسبة التشابه في تسلسل الجينات المتماثلة بعيدة الصلة، بما في ذلك اللافقاريات، بين 29% و50%.
| مجموعة تصنيفية | الجنس والنوع | الاسم الشائع | تاريخ التباعد (بالملايين من السنين) | طول التسلسل (حمض أميني) ! ! تشابه التسلسل % | رقم الوصول | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| الثدييات | الإنسان العاقل | بشر | 0 | 177 | 100 | NP_660296.1 |
| Mus musculus | فأرة الماوس | 87 | 176 | 92.1 | NP_663334.1 | |
| فاسكولاركتوس سينيريوس | الكوالا | 160 | 174 | 80.6 | XP_020834285.1 | |
| أفيس | Gallus gallus | فرخة | 319 | 162 | 76.3 | XP_015150132.1 |
| Strigops habroptila | ببغاء البومة | 319 | 162 | 74.6 | XP_030340656.1 | |
| الزواحف | Chrysemys picta bellii | سلحفاة مطلية | 319 | 165 | 76.3 | XP_005312202.1 |
| Varanus komodoensis | تنين كومودو | 319 | 166 | 67.6 | XP_044289341.1 | |
| البرمائيات | Geotrypetes seraphini | طائر الكاسيلي الغابوني | 353 | 161 | 70.4 | XP_033770542.1 |
| بوفو بوفو | الضفدع الشائع | 353 | 142 | 65.4 | XP_040297017.1 | |
| الأسماك | سمكة الزيبرا (Danio rerio) | سمكة الزيبرا | 431 | 155 | 68.0 | NP_001002488.1 |
| بتروميزون مارينوس | سمك الجريث البحري | 599 | 179 | 64.7 | XP_032830618.1 | |
| اللافقاريات | ستايلا كلافا | الكيسيات | 603 | 111 | 42.9 | XP_039256608.1 |
| سترونجيلوسنتروتوس بوربوراتوس | قنفذ البحر الأرجواني | 619 | 183 | 36.2 | XP_785714.2 | |
| تريكوبلاكس sp. H2 | تريكوبلاكس | 661 | 94 | 39.5 | RDD43865.1 | |
| فانيسا تاميميا | فراشة كاميهاميها | 694 | 151 | 50.5 | XP_026499211.1 | |
| جيجانتوبيلتا إيجيس | حلزون أعماق البحار | 694 | 128 | 42.1 | XP_041363274.1 | |
| ميرسيناريا ميرسيناريا | المحار الصلب | 694 | 122 | 42.5 | XP_045214261.1 |
الموازاة
يوجد لبروتين UBALD1 البشري نظير واحد ، هو UBALD2، الموجود في الفقاريات دون اللافقاريات. يتشابه البروتينان بنسبة تطابق في التسلسل تبلغ 63.1% ونسبة تشابه في التسلسل تبلغ 70.9%. يبلغ طول بروتين UBALD2 164 حمضًا أمينيًا، ونقطة تعادل كهربائي متوقعة تبلغ 6.78، ووزن جزيئي يبلغ 17.7 كيلو دالتون. [ 7 ]
يُحفظ نطاق بروتين الغلاف UL36 الخاص بـ UBALD1 جزئيًا في نظيره UBALD2. ويُعبر عن UBALD1 على مستوى أليل واحد ، بينما يُعبر عن UBALD2 على مستوى أليلين.
حفظ
يُعدّ الإكسون 1 وبداية الإكسون 3 (المواقع 64-79) محفوظين بدرجة عالية بين الجينات المتماثلة، سواءً كانت متماثلة تمامًا أو متباعدة. وعلى وجه التحديد، فإن بقايا البرولين في الإكسون 3 (P65، P69، P72، P73، P76) محفوظة بشكل كبير.
البروتينات المتفاعلة
يرتبط بروتين UBALD1 ارتباطًا فيزيائيًا ببروتيني MED8 الموجود في النواة، و RPL9 الموجود في السيتوبلازم. [ 16 ] كما يرتبط UBALD1 أيضًا ببروتيني EPRS و EEF1E1 ، وكلاهما معروف بتفاعلهما ومشاركتهما في معقد إنزيم أمينو أسيل-tRNA سينثيتاز المتعدد . [ 17 ]
الأهمية السريرية
ارتبط جين UBALD1 بأنواع مختلفة من السرطان، [ 18 ] ووُجد أنه جسم مضاد ذاتي مرتفع بشكل ملحوظ لدى مرضى اللمفوما . [ 19 ] يرتبط نقص مثيلة منطقة المحفز لجين UBALD1 بالتصاق الخلايا ، وتنشيط الخلايا البائية ، وتنشيط الخلايا اللمفاوية ، وهو مؤشر حيوي محتمل للتنبؤ بالمقاومة الأولية للعلاجات الكيميائية القائمة على البلاتين . [ 20 ] كما يرتبط نقص مثيلة جين UBALD1 بعدم التوافق بين الجنسين . يُظهر جين UBALD1 نقصًا ملحوظًا في مثيلة CpG لدى النساء المتحولات جنسيًا المصنفات كذكور عند الولادة قبل تلقيهن العلاج الهرموني لتأكيد الجنس ، مقارنةً بالرجال غير المتحولين جنسيًا المصنفين كذكور عند الولادة. [ 21 ]
مراجع
- 1 2 3 GRCm38: إصدار Ensembl رقم 89: ENSMUSG00000039568 – Ensembl ، مايو 2017
- ↑ "مرجع PubMed البشري:" . المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، المكتبة الوطنية الأمريكية للطب .
- ↑ "مرجع PubMed للفأر:" . المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، المكتبة الوطنية الأمريكية للطب .
- 1 2 "UBALD1 UBA like domain containing 1 [ Homo sapiens (Human) ] - Gene - NCBI" .
- ↑ "جين UBALD1 - بطاقات الجينات | بروتين UBAD1 | جسم مضاد UBAD1" .
- ↑ "PhosphoSite" .
- 1 2 "Expasy - أداة حساب pI/Mw" .
- ↑ شليكر، سي.، كوربل، جي. إيه.، كاتينهورن، إل. إم.، وبلوغ، إتش. إل. (2005). نشاط إزالة اليوبيكويتين محفوظ في بروتين الغلاف الكبير لفيروسات الهربس. مجلة علم الفيروسات، 79(24)، 15582-15585.
- ↑ وي تشنغ، تشنغشين تشانغ، يانغ لي، روبن بيرس، إريك دبليو. بيل، يانغ تشانغ. طي البروتينات غير المتجانسة عن طريق ربط خرائط الاتصال بالتعلم العميق مع محاكاة تجميع I-TASSER. تقارير الخلية والأساليب، 1: 100014 (2021).
- ↑ "NCBI AceView" .
- ↑ "Gds3113 / 150432" .
- ↑ "تفاصيل الجينات :: أطلس ألين للدماغ: دماغ الفأر" .
- ↑ ناكاي، ك. وهورتون، ب.، PSORT: برنامج للكشف عن إشارات فرز البروتينات والتنبؤ بموقعها تحت الخلوي، Trends Biochem. Sci، 24(1) 34-35 (1999).
- ↑ "الخدمات" .
- ↑ هورنبيك بي في، تشانغ بي، موراي بي، كورنهاوزر جي إم، لاثام في، سكرزيبك إي. فوسفوسايت بلس، 2014: الطفرات، والتعديلات اللاحقة للترجمة، وإعادة المعايرة. أبحاث الأحماض النووية. 2015 43:D512-20
- ↑ ستيلزل، يو.، وورم، يو.، لالوفسكي، إم.، هينيغ، سي.، بريمبيك، إف إتش.، غوهلر، إتش.، ... ووانكر، إي إي (2005). شبكة تفاعل البروتين-البروتين البشري: مورد لشرح البروتينوم. الخلية، 122(6)، 957-968.
- ↑ Szklarczyk D*, Gable AL*, Nastou KC, Lyon D, Kirsch R, Pyysalo S, Doncheva NT, Legeay M, Fang T, Bork P‡, Jensen LJ‡, von Mering C‡. قاعدة بيانات STRING في عام 2021: شبكات بروتين-بروتين قابلة للتخصيص، والوصف الوظيفي لمجموعات الجينات/القياسات التي يرفعها المستخدمون. Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8;49(D1):D605-12.PubMed
- ↑ تشين، ر.، مياس، جي آي، لي-بوك-ثان، ج.، جيانغ، ل.، لام، إتش واي، تشين، ر.، ... وسنايدر، م. (2012). تحليل البيانات الجينومية الشخصية يكشف عن أنماط ظاهرية جزيئية وطبية ديناميكية. مجلة الخلية، 148(6)، 1293-1307.
- ↑ تان، كيو.، وانغ، دي.، يانغ، جيه.، شينغ، بي.، يانغ، إس.، لي، واي.، ... وشي، واي. (2020). تحديد المؤشرات الحيوية التنبؤية للاستجابة للعلاج المضاد لـ PD-1 لدى مرضى السرطان من خلال تحليل الأجسام المضادة الذاتية. ثيرانوستيكس، 10(14)، 6399.
- ↑ هوا، ت.، كانغ، س.، لي، إكس إف، تيان، واي جيه، ولي، واي. (2021). تحديد جينات مثيلة جديدة في مرضى سرطان المبيض الظهاري المقاومين للبلاتين من خلال تحليل ميثيلوم الحمض النووي. مجلة أبحاث طب التوليد وأمراض النساء، 47(3)، 1031-1039.
- ^ راميريز، ك.، فرنانديز، آر، كوليت، إس، كيار، إم.، ديلغادو-زاياس، إي.، غوميز-جيل، إي.، ... & باسارو، إي. (2021). علم الوراثة اللاجينية متورط في أساس عدم التطابق بين الجنسين: تحليل الارتباط على مستوى الجينوم. الحدود في علم الأعصاب، 1074.
- الجينات البشرية
- الجينات الموجودة على الكروموسوم البشري 16