التفاعل بين البروتينات

الموسوعة الحرة

يشكل مثبط الريبونيوكلياز ذو الشكل الحذوي (الموضح كهيكل سلكي) تفاعلاً بروتينياً مع بروتين الريبونيوكلياز. وتظهر نقاط التلامس بين البروتينين على شكل بقع ملونة.

تُعرف تفاعلات البروتين-بروتين ( PPIs ) بأنها تلامسات فيزيائية عالية التخصص تنشأ بين جزيئين بروتينيين أو أكثر نتيجة لتفاعلات كيميائية حيوية ، تشمل القوى الكهروستاتيكية والروابط الهيدروجينية والتأثير الكاره للماء . ويرتبط العديد منها بتلامسات فيزيائية مع ارتباطات جزيئية بين سلاسل بروتينية تحدث داخل الخلية أو في الكائن الحي ضمن سياق جزيئي حيوي محدد.

نادراً ما تعمل البروتينات بمفردها، إذ تميل وظائفها إلى أن تكون منظمة. تُنفَّذ العديد من العمليات الجزيئية داخل الخلية بواسطة آلات جزيئية تتكون من مكونات بروتينية عديدة مُنظَّمة وفقاً لتفاعلاتها البروتينية. تُشكِّل هذه التفاعلات الفيزيولوجية ما يُعرف بعلم التفاعلات البروتينية للكائن الحي، بينما تُشكِّل التفاعلات البروتينية الشاذة أساساً للعديد من الأمراض المرتبطة بتكتل البروتينات، مثل مرض كروتزفيلد-جاكوب ومرض الزهايمر .

دُرست تفاعلات البروتين-بروتين باستخدام العديد من الأساليب ومن زوايا نظر مختلفة، منها الكيمياء الحيوية ، والكيمياء الكمية ، والديناميكا الجزيئية ، ونقل الإشارات ، وغيرها. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] تُمكّن هذه المعلومات من إنشاء شبكات تفاعل بروتيني واسعة النطاق [ 4 ] - على غرار الشبكات الأيضية أو الجينية/الوراثية - مما يُعزز المعرفة الحالية حول السلاسل الكيميائية الحيوية والأسباب الجزيئية للأمراض، بالإضافة إلى اكتشاف أهداف بروتينية محتملة ذات أهمية علاجية.

أمثلة

بروتينات نقل الإلكترون

في العديد من التفاعلات الأيضية، يرتبط بروتين يعمل كناقل للإلكترونات بإنزيم يعمل كمختزل له . بعد استقبال الإلكترون، ينفصل البروتين ثم يرتبط بالإنزيم التالي الذي يعمل كمؤكسد له (أي مستقبل الإلكترون). تعتمد هذه التفاعلات بين البروتينات على ارتباط عالي التخصص لضمان نقل الإلكترونات بكفاءة. من الأمثلة على ذلك: مكونات نظام سلسلة الفسفرة التأكسدية للميتوكوندريا: مختزل السيتوكروم ج / السيتوكروم ج / مؤكسد السيتوكروم ج؛ وأنظمة السيتوكروم P450 الميكروسومية والميتوكوندرية. [ 5 ]

في حالة أنظمة P450 الميتوكوندرية، تم تحديد البقايا المحددة المشاركة في ارتباط بروتين نقل الإلكترون الأدرينودوكسين بمختزله، وهي بقايا أرجينين قاعدية على سطح المختزل وبقايا أسبارتات حمضية على الأدرينودوكسين. [ 6 ] وقد أظهرت دراسات حديثة حول تطور المختزل أن هذه البقايا المشاركة في تفاعلات البروتين-بروتين قد حُفظت عبر تطور هذا الإنزيم. [ 7 ]

تحويل الإشارة

تُنظَّم أنشطة الخلية بواسطة إشارات خارج الخلية. ويعتمد انتشار الإشارات داخل الخلايا أو على طولها على تفاعلات البروتين-بروتين بين جزيئات الإشارة المختلفة. ويُطلق على استقطاب مسارات الإشارة عبر تفاعلات البروتين-بروتين اسم نقل الإشارة ، وهو يلعب دورًا أساسيًا في العديد من العمليات البيولوجية وفي العديد من الأمراض، بما في ذلك مرض باركنسون والسرطان.

النقل عبر الأغشية

قد يحمل بروتين بروتينًا آخر (على سبيل المثال، من السيتوبلازم إلى النواة أو العكس في حالة بروتينات استيراد المسام النووية ).

استقلاب الخلية

في العديد من عمليات التخليق الحيوي، تتفاعل الإنزيمات مع بعضها البعض لإنتاج مركبات صغيرة أو جزيئات كبيرة أخرى.

انقباض العضلات

تتضمن فسيولوجيا انقباض العضلات تفاعلات متعددة. تعمل خيوط الميوسين كمحركات جزيئية ، ومن خلال ارتباطها بالأكتين، تُمكّن انزلاق الخيوط. [ 8 ] علاوة على ذلك، ترتبط بروتينات عائلة البروتينات المرتبطة بقطرات الدهون في العضلات الهيكلية ببروتينات أخرى، مثل مُنشِّط إنزيم الليباز الثلاثي الجليسريد في الأنسجة الدهنية ومُنشِّطه المُساعد (الجين المُقارن المُعرَّف-58)، لتنظيم تحلل الدهون في العضلات الهيكلية.

الأنواع

لوصف أنواع التفاعلات بين البروتينات، يمكن للبروتينات أن تتفاعل بطريقة "عابرة" (لإحداث تأثير محدد في فترة قصيرة، مثل نقل الإشارات) أو أن تتفاعل مع بروتينات أخرى بطريقة "مستقرة" لتكوين معقدات تُصبح بمثابة آلات جزيئية داخل الأنظمة الحية. يمكن أن يؤدي تجميع معقدات البروتين إلى تكوين معقدات متجانسة أو غير متجانسة . بالإضافة إلى المعقدات التقليدية، مثل معقدات الإنزيم-المثبط ومعقدات الجسم المضاد-المستضد، يمكن أيضًا إقامة تفاعلات بين نطاقات البروتين ومعقدات النطاق-الببتيد. ومن الفروق المهمة الأخرى لتحديد التفاعلات بين البروتينات طريقة تحديدها، حيث توجد تقنيات تقيس التفاعلات الفيزيائية المباشرة بين أزواج البروتينات، وتُسمى الطرق "الثنائية"، بينما توجد تقنيات أخرى تقيس التفاعلات الفيزيائية بين مجموعات من البروتينات، دون تحديد أزواج البروتينات الشريكة، وتُسمى الطرق "المعقدة المشتركة".

المتجانسات قليلة الوحدات مقابل المتباينات قليلة الوحدات

المتجانسات قليلة الوحدات هي معقدات جزيئية ضخمة تتكون من نوع واحد فقط من الوحدات البروتينية . ويتم توجيه تجميع الوحدات البروتينية من خلال تكوين روابط غير تساهمية في البنية الرباعية للبروتين. ويتطلب تفكيك المتجانسات قليلة الوحدات، للعودة إلى المونومرات الفردية الأولية ، غالبًا تمسخ المعقد. [ 9 ] وتؤدي العديد من الإنزيمات ، والبروتينات الحاملة ، والبروتينات الهيكلية، وعوامل تنظيم النسخ وظائفها كمتجانسات قليلة الوحدات. وتتفاعل الوحدات البروتينية المختلفة في متغايرات قليلة الوحدات، وهي ضرورية للتحكم في العديد من الوظائف الخلوية. وتبرز أهمية التواصل بين البروتينات غير المتجانسة بشكل أكبر خلال عمليات الإشارات الخلوية، ولا يمكن حدوث هذه التفاعلات إلا بفضل المجالات البنيوية داخل البروتينات (كما هو موضح أدناه).

التفاعلات المستقرة مقابل التفاعلات العابرة

تتضمن التفاعلات المستقرة بروتينات تتفاعل لفترة طويلة، وتشكل وحدات فرعية ضمن مركبات دائمة، لأداء وظائف محددة. وينطبق هذا عادةً على البروتينات المتجانسة قليلة الوحدات (مثل السيتوكروم ج )، وبعض البروتينات غير المتجانسة قليلة الوحدات، مثل الوحدات الفرعية لإنزيم ATPase . من جهة أخرى، قد يتفاعل بروتين ما لفترة وجيزة وبشكل عكسي مع بروتينات أخرى في سياقات خلوية معينة فقط - كنوع الخلية ، ومرحلة دورة الخلية ، والعوامل الخارجية، ووجود بروتينات ربط أخرى، وما إلى ذلك - كما هو الحال مع معظم البروتينات المشاركة في التفاعلات الكيميائية الحيوية المتسلسلة . تُسمى هذه التفاعلات بالتفاعلات العابرة. على سبيل المثال، ترتبط بعض مستقبلات البروتين G المقترنة ببروتينات G i/o بشكل عابر فقط عند تنشيطها بواسطة روابط خارجية، [ 10 ] بينما ترتبط بعض مستقبلات البروتين G q المقترنة، مثل مستقبل المسكارين M3، ببروتينات G q قبل ارتباط المستقبل بالرابط. [ 11 ] التفاعلات بين مناطق البروتين غير المنتظمة جوهريًا ومجالات البروتين الكروية (أي MoRFs ) هي تفاعلات عابرة. [ 12 ]

الروابط التساهمية مقابل الروابط غير التساهمية

تُعدّ الروابط التساهمية أقوى أنواع الروابط ، وتتشكل عبر روابط ثنائية الكبريتيد أو مشاركة الإلكترونات . ورغم ندرتها، إلا أن هذه الروابط حاسمة في بعض التعديلات اللاحقة للترجمة ، مثل اليوبيكويتين والسومويليشن . أما الروابط غير التساهمية، فتتشكل عادةً خلال التفاعلات العابرة من خلال دمج روابط أضعف، مثل الروابط الهيدروجينية ، والتفاعلات الأيونية، وقوى فان دير فالس ، أو الروابط الكارهة للماء. [ 13 ]

دور الماء

تلعب جزيئات الماء دورًا هامًا في التفاعلات بين البروتينات. [ 14 ] [ 15 ] وقد أظهرت البنى البلورية للمركبات، التي تم الحصول عليها بدقة عالية من بروتينات مختلفة ولكنها متماثلة، أن بعض جزيئات الماء الموجودة على السطح البيني محفوظة بين المركبات المتماثلة. تشكل غالبية جزيئات الماء الموجودة على السطح البيني روابط هيدروجينية مع كلا الشريكين في كل مركب. تشارك بعض بقايا الأحماض الأمينية أو المجموعات الذرية الموجودة على السطح البيني لأحد الشريكين البروتينيين في تفاعلات مباشرة وأخرى بوساطة الماء مع الشريك البروتيني الآخر. وتكون التفاعلات غير المباشرة المزدوجة، التي تتوسطها جزيئتان من الماء، أكثر عددًا في المركبات المتماثلة ذات الألفة المنخفضة. [ 16 ] وقد أظهرت تجارب الطفرات التي أُجريت بعناية، مثل تغيير بقايا التيروسين إلى فينيل ألانين، أن التفاعلات التي تتوسطها جزيئات الماء يمكن أن تساهم في طاقة التفاعل. [ 17 ] وبالتالي، قد تُسهّل جزيئات الماء التفاعلات والتعرف المتبادل بين البروتينات.

بناء

تم الكشف عن البنى الجزيئية للعديد من المركبات البروتينية باستخدام تقنية علم البلورات بالأشعة السينية . [ 18 ] [ 19 ] وكانت أول بنية تم تحديدها بهذه الطريقة هي بنية ميوغلوبين حوت العنبر على يد السير جون كودري كيندرو . [ 20 ] في هذه التقنية، تُكتشف زوايا وشدة حزمة الأشعة السينية المنعكسة عن الذرات البلورية في فيلم، مما ينتج عنه صورة ثلاثية الأبعاد لكثافة الإلكترونات داخل البلورة. [ 21 ]

لاحقًا، بدأ استخدام الرنين المغناطيسي النووي بهدف كشف البنية الجزيئية للمركبات البروتينية. ومن الأمثلة الأولى على ذلك بنية نطاقات ارتباط الكالمودولين المرتبطة بالكالمودولين . [ 22 ] [ 23 ] تعتمد هذه التقنية على دراسة الخصائص المغناطيسية لنوى الذرات، وبالتالي تحديد الخصائص الفيزيائية والكيميائية للذرات أو الجزيئات المقابلة. يتميز الرنين المغناطيسي النووي بفائدته في توصيف التفاعلات البروتينية الضعيفة. [ 24 ]

مجالات التفاعل بين البروتينات

تحتوي بعض البروتينات على نطاقات بنيوية محددة أو أنماط تسلسلية تُتيح لها الارتباط ببروتينات أخرى. فيما يلي بعض الأمثلة على هذه النطاقات:

  • نطاق التماثل Src 2 (SH2)
تتكون نطاقات SH2 بنيويًا من ثلاث صفائح بيتا ملتوية محصورة بين حلزونين ألفا. يُعد وجود جيب ارتباط عميق ذي ألفة عالية للفوسفوتيروسين ، دون الفوسفوسيرين أو الفوسفوتريونين ، ضروريًا للتعرف على البروتينات المفسفرة بالتيروسين، وخاصة مستقبلات عوامل النمو ذاتية الفسفرة . تُعد بروتينات ربط مستقبلات عوامل النمو وإنزيم فوسفوليباز C γ أمثلة على البروتينات التي تحتوي على نطاقات SH2. [ 25 ]
  • نطاق التماثل Src 3 (SH3)
تتكون نطاقات SH3 بنيويًا من برميل بيتا يتألف من صفيحتين بيتا متعامدتين وثلاثة خيوط بيتا متوازية عكسيًا. تتعرف هذه النطاقات على تسلسلات غنية بالبرولين ، مثل بنية حلزونية من النوع الثاني متعددة البرولين (زخارف PXXP) في بروتينات إشارات الخلية مثل بروتينات التيروزين كيناز وبروتين مستقبل عامل النمو المرتبط 2 ( Grb2 ). [ 25 ]
  • نطاق ربط الفوسفوتيروسين (PTB)
تتفاعل نطاقات PTB مع التسلسلات التي تحتوي على مجموعة فوسفوتيروسين. ويمكن العثور على هذه النطاقات في ركيزة مستقبلات الأنسولين . [ 25 ]
  • مجال LIM
تم تحديد نطاقات LIM مبدئيًا في ثلاثة عوامل نسخ ذات نطاق هوميودومين (lin11 وis11 وmec3). بالإضافة إلى هذه البروتينات ذات نطاق الهوميودومين وبروتينات أخرى مشاركة في النمو، تم تحديد نطاقات LIM أيضًا في بروتينات غير هوميودومين ذات أدوار مهمة في التمايز الخلوي ، والارتباط بالهيكل الخلوي ، والشيخوخة . تحتوي هذه النطاقات على وحدة بنائية مزدوجة غنية بالسيستين مرتبطة بأيونات الزنك (Zn2 +) ، وتتضمن التسلسل المتفق عليه CX2CX16-23HX2CX2CX2CX16-21CX2C/H/D. ترتبط نطاقات LIM بنطاقات PDZ، وعوامل النسخ bHLH، ونطاقات LIM أخرى. [ 25 ]
  • نطاق الزخرفة ألفا المعقمة (SAM)
تتكون نطاقات SAM من خمسة حلزونات تشكل حزمة مضغوطة ذات لب كاره للماء محفوظ . ترتبط هذه النطاقات، الموجودة في مستقبل Eph وجزيء التفاعل السدوي ( STIM ) على سبيل المثال، ببروتينات لا تحتوي على نطاقات SAM، ويبدو أنها قادرة أيضًا على الارتباط بالحمض النووي الريبي (RNA) . [ 25 ]
  • نطاق PDZ
تم تحديد نطاقات PDZ لأول مرة في ثلاثة من كينازات الغوانيلات: PSD-95 وDlgA وZO-1. تتعرف هذه النطاقات على أنماط ثلاثية الببتيد الطرفية الكربوكسيلية (S/TXV)، أو نطاقات PDZ أخرى ، أو نطاقات LIM ، وترتبط بها عبر تسلسل ببتيدي قصير يحتوي على بقايا كارهة للماء في الطرف الكربوكسيلي . بعض البروتينات التي تم تحديدها على أنها تحتوي على نطاقات PDZ هي بروتينات داعمة، أو يبدو أنها تشارك في تجميع مستقبلات الأيونات وتكوين معقدات المستقبل-الإنزيم. [ 25 ]
  • مجال FERM
تحتوي نطاقات FERM على بقايا قاعدية قادرة على الارتباط بـ PtdIns(4,5)P2 . التالين وكينيز الالتصاق البؤري (FAK) هما اثنان من البروتينات التي تعرض نطاقات FERM. [ 25 ]
  • نطاق التماثل الكالبونين (CH)
توجد نطاقات CH بشكل رئيسي في بروتينات الهيكل الخلوي مثل البارفين . [ 25 ]
  • نطاق التماثل البليكتريني
ترتبط نطاقات التماثل البليكتريني بالفوسفاتيديل إينوزيتول والنطاقات الحمضية في بروتينات الإشارة.
  • نطاق WW
ترتبط نطاقات WW بالتسلسلات الغنية بالبرولين.
  • نمط WSxWS
يوجد في مستقبلات السيتوكين

خصائص الواجهة

يمكن لدراسة البنية الجزيئية أن توفر تفاصيل دقيقة حول السطح البيني الذي يُمكّن التفاعل بين البروتينات. عند توصيف أسطح التفاعل بين البروتينات، من المهم مراعاة نوع المركب. [ 9 ]

تشمل المعايير التي تم تقييمها الحجم (مقاسًا بالأبعاد المطلقة Å 2 أو بمساحة السطح المتاحة للمذيب (SASA) )، والشكل، والتكامل بين الأسطح، وميول واجهة البقايا، وكراهية الماء، والتجزئة والبنية الثانوية، والتغيرات التركيبية عند تكوين المركب. [ 9 ]

تعكس الغالبية العظمى من واجهات تفاعل البروتين-بروتين تركيب أسطح البروتينات، وليس لبها، على الرغم من غناها المتكرر بالبقايا الكارهة للماء، وخاصة البقايا العطرية. [ 26 ] تتميز واجهات تفاعل البروتين-بروتين بديناميكيتها، وغالبًا ما تكون مستوية، مع إمكانية أن تكون كروية وبارزة أيضًا. [ 27 ] استنادًا إلى ثلاثة تراكيب - ثنائي الأنسولين ، ومركب التربسين -مثبط التربسين البنكرياسي، والأوكسي هيموغلوبين - وجد سايروس تشوثيا وجويل جانين أن مساحة سطح تتراوح بين 1130 و1720 أنغستروم مربع قد أُزيلت من التلامس مع الماء، مما يشير إلى أن كراهية الماء عامل رئيسي في استقرار تفاعلات البروتين-بروتين. [ 28 ] وقد حسّنت دراسات لاحقة مساحة السطح المدفونة لمعظم التفاعلات إلى 1600±350 أنغستروم مربع . ومع ذلك، لوحظت أيضًا واجهات تفاعل أكبر بكثير، وارتبطت بتغيرات كبيرة في بنية أحد شركاء التفاعل. [ 18 ] تُظهر واجهات PPIs تكاملاً شكلياً وكهروستاتيكياً. [ 9 ] [ 11 ]

أنظمة

الأساليب التجريبية

توجد طرق عديدة للكشف عنها. [ 1 ] [ 29 ] ولكل طريقة من هذه الطرق نقاط قوتها وضعفها، لا سيما فيما يتعلق بحساسية الطريقة وخصوصيتها . ومن أكثر الطرق التقليدية والشائعة الاستخدام للكشف عالي الإنتاجية فحص التفاعل الثنائي للخميرة والتنقية بالتقارب المقترنة بقياس الطيف الكتلي .

مبادئ أنظمة التهجين الثنائي في الخميرة والثدييات

فحص التفاعل الثنائي للخميرة

وُصِف هذا النظام لأول مرة عام ١٩٨٩ بواسطة فيلدز وسونغ باستخدام خميرة Saccharomyces cerevisiae كنموذج بيولوجي. [ ٣٠ ] [ ٣١ ] يسمح نظام التفاعل الثنائي في الخميرة (Y2H) بتحديد تفاعلات البروتين-بروتين الثنائية (الطريقة الثنائية) داخل الكائن الحي ، حيث يُختبر البروتينان للتفاعل المباشر بيوفيزيائيًا. يعتمد نظام Y2H على إعادة بناء وظيفة عامل النسخ Gal4 في الخميرة، والتنشيط اللاحق لجين مُخبِر انتقائي مثل His3. لاختبار تفاعل بروتينين، يتم إنشاء تركيبتين للتعبير البروتيني: بروتين واحد (X) مُدمج مع نطاق ارتباط الحمض النووي (DB) الخاص بـ Gal4، وبروتين ثانٍ (Y) مُدمج مع نطاق التنشيط (AD) الخاص بـ Gal4. في هذا الاختبار، تُحوَّل خلايا الخميرة بهذه التركيبات. لا يحدث نسخ جينات المُخبِر إلا إذا تفاعل البروتين المُستهدف (DB-X) مع البروتين المُستهدف (AD-Y) وشكّلا عامل نسخ Gal4 وظيفيًا. وبالتالي، يمكن الاستدلال على التفاعل بين البروتينات من خلال وجود نواتج التعبير الجيني للجين المُبلِّغ. [ 13 ] [ 32 ] في الحالات التي يُعبِّر فيها الجين المُبلِّغ عن إنزيمات تُمكِّن الخميرة من تخليق الأحماض الأمينية أو النيوكليوتيدات الأساسية، فإن نمو الخميرة في ظل ظروف وسط غذائي انتقائي يُشير إلى تفاعل البروتينين المختبرين. وقد نُشر مؤخرًا برنامج حاسوبي للكشف عن تفاعلات البروتينات وتحديد أولوياتها. [ 33 ] [ 34 ]

على الرغم من فائدته، فإن نظام التفاعل الثنائي للخميرة له قيود. فهو يستخدم الخميرة كنظام مضيف رئيسي، مما قد يُشكل مشكلة عند دراسة البروتينات التي تحتوي على تعديلات ما بعد الترجمة خاصة بالثدييات. عادةً ما يكون عدد تفاعلات البروتين-بروتين المُحددة منخفضًا بسبب ارتفاع معدل النتائج السلبية الكاذبة؛ [ 35 ] كما أنه يُقلل من شأن البروتينات الغشائية ، على سبيل المثال. [ 36 ] [ 37 ]

خلال دراساته، استخدم عالم الأحياء الجزيئية أنطون يوريف تقنية التفاعل الثنائي للخميرة لتحديد تفاعلات بروتينية جديدة تربط بين النسخ والتعديل ما بعد النسخ، مما يُظهر فائدة هذه الطرق في الكشف عن تفاعلات البروتين-بروتين الوظيفية والخاصة بنظائر البروتين. [ 38 ] في الدراسات الأولية التي استخدمت تقنية التفاعل الثنائي للخميرة، لم تُجرَ ضوابط مناسبة للنتائج الإيجابية الكاذبة (مثل تنشيط DB-X لجين المُخبِر دون وجود AD-Y) في كثير من الأحيان، مما أدى إلى ارتفاع معدل النتائج الإيجابية الكاذبة عن المعدل الطبيعي. لذا، يجب تطبيق إطار عمل تجريبي للتحكم في هذه النتائج الإيجابية الكاذبة. [ 39 ] وقد تم التغلب على القيود المتعلقة بانخفاض تغطية البروتينات الغشائية من خلال ظهور متغيرات تقنية التفاعل الثنائي للخميرة، مثل تقنية التفاعل الثنائي للخميرة الغشائية (MYTH) [ 37 ] ونظام اليوبيكويتين المنقسم، [ 32 ] والتي لا تقتصر على التفاعلات التي تحدث في النواة؛ بالإضافة إلى نظام التفاعل الثنائي البكتيري، الذي يُجرى في البكتيريا. [ 40 ]

مبدأ تنقية التقارب الترادفي

تنقية التقارب المقترنة بقياس الطيف الكتلي

يكشف تنقية البروتينات بالتقارب المقترنة بقياس الطيف الكتلي في الغالب عن التفاعلات المستقرة، وبالتالي فهي تُشير بشكل أفضل إلى تفاعلات البروتين-بروتين الوظيفية داخل الخلايا الحية. [ 41 ] [ 32 ] تبدأ هذه الطريقة بتنقية البروتين الموسوم، الذي يُعبَّر عنه في الخلية عادةً بتراكيز مماثلة لتلك الموجودة داخل الخلايا الحية ، والبروتينات المتفاعلة معه (تنقية بالتقارب). تُعد تنقية البروتينات بالتقارب المتسلسل ، التي طورها برتراند سيرافين وماتياس مان وزملاؤهما، من أكثر الطرق فائدةً وانتشارًا لتنقية البروتينات مع أدنى حد من التلوث الخلفي. بعد ذلك، يمكن تحليل تفاعلات البروتين-بروتين باستخدام قياس الطيف الكتلي عبر طرق مختلفة: الإدماج الكيميائي، والإدماج البيولوجي أو الأيضي (SILAC)، والطرق غير الموسومة. [ 9 ] علاوة على ذلك، استُخدمت نظرية الشبكات لدراسة مجموعة تفاعلات البروتين-بروتين المُحدَّدة في الخلايا. [ 4 ]

مصفوفة البروتين القابلة للبرمجة بواسطة الأحماض النووية (NAPPA)

طُوّر هذا النظام لأول مرة من قِبل لابير وزملاؤه عام ٢٠٠٤ باستخدام نظام النسخ والترجمة في المختبر. استخدموا قالب DNA يحمل جينًا مُستهدفًا مُدمجًا مع بروتين GST، وثُبِّت على سطح صلب. رُبطت الأجسام المضادة لـ GST وDNA البلازميدي المُؤشَّر بالبيوتين بشريحة مُغطاة بالأمينوبروبيل ثلاثي إيثوكسي سيلان (APTES). يُحسِّن BSA كفاءة ارتباط DNA. رُبط DNA البلازميدي المُؤشَّر بالبيوتين بالأفيدين. تم تصنيع البروتين الجديد باستخدام نظام التعبير الخلوي الخالي من الخلايا، أي مُستخلص الخلايا الشبكية للأرانب (RRL)، ثم تم التقاط البروتين الجديد بواسطة الأجسام المضادة لـ GST المرتبطة بالشريحة. لاختبار تفاعل البروتين-بروتين، تم تثبيت cDNA للبروتين المُستهدف وcDNA للبروتين المُستَطلَع على نفس الشريحة المُغطاة. باستخدام نظام النسخ والترجمة في المختبر، تم تصنيع البروتين المُستهدف والبروتين المُستَطلَع من نفس المُستخلص. تم ربط البروتين المستهدف بالمصفوفة بواسطة جسم مضاد مُغطى على الشريحة، واستُخدم بروتين الاستعلام لفحص المصفوفة. وُسم بروتين الاستعلام بعلامة الهيماغلوتينين (HA). وبذلك، تم تصوير التفاعل بين البروتينين باستخدام الجسم المضاد ضد الهيماغلوتينين. [ 42 ] [ 43 ]

التكامل داخل الجين

عندما تتحد نسخ متعددة من عديد ببتيد مُشفّر بواسطة جين لتكوين مُركّب، يُشار إلى هذا التركيب البروتيني باسم مُتعدد الوحدات. وعندما يتكوّن مُتعدد الوحدات من عديدات ببتيد ناتجة عن أليلين طافرين مختلفين لجين مُعين، قد يُظهر مُتعدد الوحدات المُختلط نشاطًا وظيفيًا أكبر من مُتعددات الوحدات غير المُختلطة التي يُكوّنها كل طفرة على حدة. في هذه الحالة، تُعرف هذه الظاهرة باسم التكامل داخل الجين (أو التكامل بين الأليلات). وقد تم إثبات التكامل داخل الجين في العديد من الجينات المختلفة في مجموعة متنوعة من الكائنات الحية، بما في ذلك الفطريات Neurospora crassa و Saccharomyces cerevisiae و Schizosaccharomyces pombe ؛ وبكتيريا Salmonella typhimurium ؛ وفيروس العاثية T4 [ 44 ] ، وهو فيروس RNA [ 45 ]، والبشر. [ 46 ] في مثل هذه الدراسات، غالبًا ما يتم عزل العديد من الطفرات المعيبة في نفس الجين وتحديد مواقعها بترتيب خطي بناءً على ترددات إعادة التركيب لتكوين خريطة جينية للجين. وبشكل منفصل، تم اختبار الطفرات في تركيبات ثنائية لقياس التكامل. وقد أدى تحليل نتائج هذه الدراسات إلى استنتاج مفاده أن التكامل داخل الجين، بشكل عام، ينشأ من تفاعل وحدات الببتيد الأحادية المعيبة بشكل مختلف لتكوين متعدد الوحدات. [ 47 ] ويبدو أن الجينات التي تشفر عديدات الببتيد المكونة لمتعددات الوحدات شائعة. أحد تفسيرات البيانات هو أن وحدات الببتيد الأحادية غالبًا ما تصطف في متعدد الوحدات بطريقة تجعل عديدات الببتيد الطافرة المعيبة في مواقع قريبة في الخريطة الجينية تميل إلى تكوين متعدد وحدات مختلط ضعيف الأداء، بينما تميل عديدات الببتيد الطافرة المعيبة في مواقع بعيدة إلى تكوين متعدد وحدات مختلط أكثر فعالية. يبدو أن التفاعل المباشر بين بروتينين حديثي التكوين، ينبثقان من ريبوسومات متجاورة ، آلية عامة لتكوين المتجانسات (المتعددات). [ 48 ] وقد تم تحديد مئات من بروتينات قليلة الوحدات التي تتجمع في الخلايا البشرية من خلال هذا التفاعل. [ 48 ] الشكل الأكثر شيوعًا للتفاعل هو التفاعل بين المناطق الطرفية الأمينية للبروتينات المتفاعلة. ويبدو أن تكوين الثنائيات يمكن أن يحدث بشكل مستقل عن آليات التجميع المتخصصة. وقد ناقش جيهل القوى بين الجزيئية التي يُحتمل أن تكون مسؤولة عن التعرف الذاتي وتكوين المتعددات. [ 49 ]

طرق أخرى محتملة

مع تطور التكنولوجيا، ظهرت تقنيات متنوعة لتحديد تفاعلات البروتين-بروتين. تشمل هذه التقنيات الترسيب المناعي المشترك، والمصفوفات الدقيقة للبروتينات ، والطرد المركزي التحليلي الفائق ، وتشتت الضوء ، وقياس الطيف الفلوري، ورسم خرائط تفاعلات البروتينات في الثدييات باستخدام تقنية التألق الضوئي (LUMIER)، وأنظمة نقل طاقة الرنين، ومصائد تفاعلات البروتين-بروتين في الثدييات، والأسطح الحيوية القابلة للتحويل الكهربائي ، وفحص تكامل أجزاء البروتين ، بالإضافة إلى القياسات الآنية غير الموسومة باستخدام رنين البلازمون السطحي ، والقياس الحراري . [ 36 ] [ 37 ]

الأساليب الحسابية

بروتوكول استخراج النصوص .

التنبؤ الحاسوبي بالتفاعلات بين البروتينات

يُعدّ الكشف التجريبي عن تفاعلات البروتين-بروتين وتوصيفها عمليةً شاقةً ومستهلكةً للوقت. مع ذلك، يمكن التنبؤ بالعديد من هذه التفاعلات حسابيًا، عادةً باستخدام البيانات التجريبية كنقطة انطلاق. كما طُوّرت طرقٌ تسمح بالتنبؤ بتفاعلات البروتين-بروتين من الصفر، أي دون وجود أدلة مسبقة على هذه التفاعلات.

أساليب السياق الجينومي

تعتمد طريقة حجر رشيد أو دمج النطاقات على فرضية أن البروتينات المتفاعلة قد تندمج أحيانًا لتكوين بروتين واحد في جينوم آخر. [ 50 ] لذلك، يمكننا التنبؤ باحتمالية تفاعل بروتينين من خلال تحديد ما إذا كان لكل منهما تشابه تسلسلي غير متداخل مع منطقة من تسلسل بروتين واحد في جينوم آخر.

تعتمد طريقة الجوار المحفوظ على فرضية أنه إذا كانت الجينات التي تشفر بروتينين متجاورة على كروموسوم واحد في العديد من الجينومات، فمن المرجح أن تكون مرتبطة وظيفيًا (وربما تتفاعل فيزيائيًا). [ 51 ]

تعتمد طريقة الملف التطوري على فرضية مفادها أنه إذا وُجد بروتينان أو أكثر في آنٍ واحد أو غابا في عدة جينومات، فمن المرجح أنهما مرتبطان وظيفيًا. [ 51 ] ولذلك، يمكن تحديد البروتينات التي يُحتمل تفاعلها من خلال تحديد وجود أو غياب الجينات في العديد من الجينومات، واختيار تلك الجينات التي تكون موجودة أو غائبة معًا دائمًا.

أساليب استخراج النصوص

تُعدّ المعلومات المتاحة للعموم من الوثائق الطبية الحيوية متاحة بسهولة عبر الإنترنت، وتُشكّل مصدرًا قيّمًا لجمع معلومات حول تفاعلات البروتين-بروتين المعروفة، والتنبؤ بها، ودراسة ارتباط البروتينات. ويُعتبر استخراج البيانات النصية أقل تكلفةً وأسرع استخدامًا مقارنةً بتقنيات الإنتاجية العالية الأخرى. وتعتمد أساليب استخراج البيانات النصية حاليًا على الكشف عن العلاقات الثنائية بين البروتينات المتفاعلة من الجمل الفردية باستخدام استخلاص المعلومات القائم على القواعد والأنماط، بالإضافة إلى أساليب التعلّم الآلي . [ 52 ] وتتوفر مجموعة واسعة من تطبيقات استخراج البيانات النصية لاستخلاص و/أو التنبؤ بتفاعلات البروتين-بروتين للاستخدام العام، فضلًا عن مستودعات تُخزّن عادةً تفاعلات البروتين-بروتين التي تم التحقق منها يدويًا و/أو التنبؤ بها حاسوبيًا. ويمكن تنفيذ استخراج البيانات النصية على مرحلتين: استرجاع المعلومات ، حيث يتم استرجاع النصوص التي تحتوي على أسماء أحد البروتينين المتفاعلين أو كليهما، واستخلاص المعلومات، حيث يتم استخلاص المعلومات المستهدفة (البروتينات المتفاعلة، والمخلفات المتضمنة، وأنواع التفاعل، وما إلى ذلك).

توجد أيضًا دراسات تستخدم التحليل التطوري ، وتستند وظائفها إلى نظرية مفادها أن البروتينات المشاركة في مسارات مشتركة تتطور بشكل مترابط عبر الأنواع. تستخدم بعض منهجيات استخراج النصوص الأكثر تعقيدًا تقنيات متقدمة لمعالجة اللغة الطبيعية (NLP) وتبني شبكات معرفية (على سبيل المثال، اعتبار أسماء الجينات عقدًا والأفعال حوافًا). تشمل التطورات الأخرى طرق النواة للتنبؤ بتفاعلات البروتينات. [ 53 ]

أساليب التعلم الآلي

التسلسل الهرمي لتصنيف تقنيات التعلم الآلي.

تم اقتراح العديد من الطرق الحسابية ومراجعتها للتنبؤ بتفاعلات البروتين-بروتين. [ 54 ] [ 55 ] [ 56 ] يمكن تصنيف أساليب التنبؤ إلى فئات بناءً على الأدلة التنبؤية: تسلسل البروتين، وعلم الجينوم المقارن ، ومجالات البروتين، والبنية الثلاثية للبروتين، وطوبولوجيا شبكة التفاعل. [ 54 ] يتطلب تطوير نموذج تنبؤ حسابي إنشاء مجموعة إيجابية (أزواج البروتينات المتفاعلة المعروفة) ومجموعة سلبية (أزواج البروتينات غير المتفاعلة). [ 55 ] يمكن تصنيف نماذج التنبؤ التي تستخدم تقنيات التعلم الآلي بشكل عام إلى مجموعتين رئيسيتين: نماذج خاضعة للإشراف ونماذج غير خاضعة للإشراف، وذلك بناءً على تصنيف متغيرات الإدخال وفقًا للنتيجة المتوقعة. [ 56 ]

في عام 2005، تم تحليل البروتينات الغشائية المتكاملة لخميرة Saccharomyces cerevisiae باستخدام نظام اليوبيكويتين القائم على التزاوج (mbSUS). يكشف هذا النظام تفاعلات البروتينات الغشائية مع بروتينات الإشارة خارج الخلوية [ 57 ]. من بين 705 بروتينات غشائية متكاملة، تم تتبع 1985 تفاعلًا مختلفًا شملت 536 بروتينًا. ولفرز وتصنيف التفاعلات، استُخدمت آلة المتجهات الداعمة لتحديد التفاعلات ذات الثقة العالية والمتوسطة والمنخفضة. يستخدم نظام الخميرة ثنائي الهجين ذو اليوبيكويتين المنقسم مُبلغات النسخ لتحديد مُحوَّرات الخميرة التي تُشفِّر أزواجًا من البروتينات المتفاعلة [ 58 ] . في عام 2006، وُجد أن الغابة العشوائية ، وهي مثال على تقنية مُشرفة، هي أكثر طرق التعلم الآلي فعالية للتنبؤ بتفاعلات البروتينات [59]. طُبِّقت هذه الطرق لاكتشاف تفاعلات البروتينات على شبكة التفاعلات البشرية، وتحديدًا شبكة تفاعلات البروتينات الغشائية [ 60 ] وشبكة تفاعلات البروتينات المرتبطة بالفصام. [ 61 ]

حتى عام 2020، حقق نموذج يستخدم فئات تجمعات البقايا (RCCs)، المُنشأة من قواعد بيانات 3DID وNegatome، تصنيفًا صحيحًا بنسبة 96-99% لحالات تفاعلات البروتين-بروتين. [ 62 ] تُعدّ فئات تجمعات البقايا فضاءً متجهيًا حسابيًا يُحاكي فضاء طي البروتين، ويشمل جميع مجموعات البقايا المتصلة في آنٍ واحد، ويمكن استخدامه لتحليل علاقة بنية البروتين بوظيفته وتطوره. [ 63 ]

قواعد البيانات

أدى تحديد تفاعلات البروتين-بروتين على نطاق واسع إلى ظهور مئات الآلاف من التفاعلات، والتي جُمعت معًا في قواعد بيانات بيولوجية متخصصة يتم تحديثها باستمرار لتوفير خرائط تفاعلية كاملة . وكانت أولى هذه القواعد هي قاعدة بيانات البروتينات المتفاعلة (DIP) . [ 64 ]

تجمع قواعد البيانات الأساسية معلومات حول تفاعلات البروتين-بروتين المنشورة والتي ثبت وجودها من خلال طرق تجريبية صغيرة أو كبيرة النطاق. ومن الأمثلة على ذلك: DIP ، وقاعدة بيانات شبكة التفاعلات الجزيئية الحيوية (BIND)، والمستودع العام البيولوجي لمجموعات بيانات التفاعلات ( BioGRID )، وقاعدة بيانات مرجع البروتين البشري (HPRD)، وقاعدة بيانات التفاعلات الجزيئية IntAct، وقاعدة بيانات التفاعلات الجزيئية (MINT)، ومورد تفاعلات البروتين على الخميرة MIPS (MIPS-MPact)، وقاعدة بيانات تفاعلات البروتين-بروتين في الثدييات MIPS (MIPS-MPPI).

تنتج قواعد البيانات الوصفية عادةً عن دمج معلومات قواعد البيانات الأساسية، ولكنها تستطيع أيضاً جمع بعض البيانات الأصلية.

تتضمن قواعد بيانات التنبؤ العديد من تفاعلات البروتين-بروتين التي يتم التنبؤ بها باستخدام تقنيات متعددة (المقال الرئيسي). ومن الأمثلة على ذلك: قاعدة بيانات التنبؤ بتفاعلات البروتين-بروتين البشرية (PIPs)، [ 65 ] وقاعدة بيانات التفاعلات المتشابهة (I2D)، وقاعدة بيانات تفاعلات البروتين-بروتين المعروفة والمتوقعة (STRING-db) ، وقاعدة بيانات التفاعلات البشرية الموحدة (UniHI).

تعتمد جميع الطرق الحسابية المذكورة آنفًا على قواعد بيانات مصدرية يمكن استقراء بياناتها للتنبؤ بتفاعلات بروتين-بروتين جديدة . ويختلف نطاق التغطية اختلافًا كبيرًا بين قواعد البيانات. فعمومًا، تحتوي قواعد البيانات الأساسية على أقل عدد من تفاعلات البروتين المسجلة، لأنها لا تدمج البيانات من قواعد بيانات أخرى متعددة، بينما تحتوي قواعد بيانات التنبؤ على أكبر عدد منها، لأنها تتضمن أشكالًا أخرى من الأدلة بالإضافة إلى الأدلة التجريبية. على سبيل المثال، تحتوي قاعدة البيانات الأساسية IntAct على 572,063 تفاعلًا، [ 66 ] وقاعدة البيانات الوصفية APID على 678,000 تفاعل، [ 67 ] وقاعدة بيانات التنبؤ STRING على 25,914,693 تفاعلًا. [ 68 ] مع ذلك، فإن بعض التفاعلات في قاعدة بيانات STRING يتم التنبؤ بها فقط بواسطة طرق حسابية مثل Genomic Context، ولم يتم التحقق منها تجريبيًا.

شبكات التفاعل

مثبطات مضخة البروتون في علاج الفصام. [ 61 ]

تدعم المعلومات الموجودة في قواعد بيانات تفاعلات البروتين-بروتين بناء شبكات التفاعل. ورغم إمكانية تمثيل شبكة تفاعلات البروتين-بروتين لبروتين معين في الكتب الدراسية، إلا أن مخططات تفاعلات البروتين-بروتين في الخلية الكاملة معقدة للغاية ويصعب إنشاؤها. [ 69 ]

من الأمثلة على خرائط التفاعلات الجزيئية المُعدة يدويًا خريطة كورت كون لعام 1999 الخاصة بتنظيم دورة الخلية. [ 70 ] وبالاستناد إلى خريطة كون، نشر شفيكوفسكي وآخرون في عام 2000 بحثًا حول تفاعلات البروتين-بروتين في الخميرة، حيث ربطوا 1548 بروتينًا متفاعلًا تم تحديدها بواسطة فحص التفاعل الثنائي. استخدموا طريقة رسم بياني متعدد الطبقات لإيجاد موضع أولي للعقد، ثم حسّنوا التخطيط باستخدام خوارزمية تعتمد على القوة. [ 71 ]

طُوِّرت أدوات المعلوماتية الحيوية لتبسيط مهمة تصوير شبكات التفاعلات الجزيئية المعقدة، واستكمالها بأنواع أخرى من البيانات. على سبيل المثال، يُعدّ برنامج Cytoscape برنامجًا مفتوح المصدر واسع الانتشار، ويتوفر له حاليًا العديد من الإضافات. [ 72 ] كما يتميز برنامج Pajek بميزته في تصوير وتحليل الشبكات الضخمة جدًا. [ 51 ]

يُعدّ تحديد الوحدات الوظيفية في شبكات تفاعلات البروتين-بروتين تحديًا هامًا في المعلوماتية الحيوية. تُعرّف الوحدات الوظيفية بأنها مجموعة من البروتينات المرتبطة ببعضها ارتباطًا وثيقًا في شبكة تفاعلات البروتين-بروتين. وهي مشكلة مشابهة تقريبًا لاكتشاف المجتمعات في الشبكات الاجتماعية . توجد بعض الطرق، مثل وحدات Jactive [ 73 ] وMoBaS [ 74 ] . تدمج وحدات Jactive شبكة تفاعلات البروتين-بروتين مع بيانات التعبير الجيني ، بينما تدمج MoBaS شبكة تفاعلات البروتين-بروتين مع دراسات الارتباط على مستوى الجينوم .

غالباً ما تكون العلاقات بين البروتينات نتيجة لأنواع متعددة من التفاعلات أو يتم استنتاجها من خلال مناهج مختلفة، بما في ذلك التموضع المشترك، والتفاعل المباشر، والتفاعل الجيني الكابت، والتفاعل الجيني الإضافي، والارتباط الفيزيائي، وغيرها من الارتباطات. [ 75 ]

شبكات التفاعل الموقعة

يتم عرض تفاعلات البروتين-البروتين في شبكة موقعة تصف نوع التفاعلات التي تحدث [ 76 ].

غالبًا ما تؤدي تفاعلات البروتين-بروتين إلى تنشيط أو تثبيط أحد البروتينات المتفاعلة. ويمكن الإشارة إلى هذه التأثيرات في شبكة تفاعلات البروتين-بروتين باستخدام "علامات" (مثل "تنشيط" أو "تثبيط"). على الرغم من إضافة هذه الخصائص إلى الشبكات منذ فترة طويلة، [ 77 ] فقد صاغ فيناياجام وآخرون (2014) مصطلح " الشبكة الموقعة" لوصفها. تُعبّر الشبكات الموقعة عادةً عن طريق تصنيف التفاعل إما إيجابيًا أو سلبيًا. التفاعل الإيجابي هو الذي يؤدي إلى تنشيط أحد البروتينات، بينما يشير التفاعل السلبي إلى تثبيط أحد البروتينات. [ 78 ]

غالبًا ما تُبنى شبكات تفاعل البروتين-بروتين نتيجةً لتجارب مخبرية مثل فحص التفاعل الثنائي في الخميرة أو تقنيات تنقية الألفة وتقنيات قياس الطيف الكتلي اللاحقة. [ 79 ] ومع ذلك، لا توفر هذه الطرق مستوى المعلومات اللازم لتحديد نوع التفاعل الموجود، وبالتالي القدرة على إسناد دلالات إلى مخططات الشبكة.

فحص التداخل الرناوي

تُعدّ تقنية تداخل الحمض النووي الريبوزي (RNAi) (كبت التعبير عن بروتينات محددة بين عمليتي النسخ والترجمة) إحدى الطرق المستخدمة في تحديد تفاعلات البروتين-بروتين. يتم كبت التعبير عن بروتينات محددة، ثم تُحلل الأنماط الظاهرية الناتجة. تشير العلاقة الظاهرية المترابطة (أي عندما يؤدي تثبيط أي من بروتينين إلى نفس النمط الظاهري) إلى علاقة إيجابية أو مُنشِّطة. أما الأنماط الظاهرية غير المترابطة (أي عندما يؤدي تثبيط أي من بروتينين إلى نمطين ظاهريين مختلفين) فتشير إلى علاقة سلبية أو مُثبِّطة. إذا كان البروتين A يعتمد على البروتين B للتنشيط، فإن تثبيط أيٍّ منهما سيؤدي إلى فقدان الخلية للوظيفة التي يوفرها البروتين A، وستكون الأنماط الظاهرية متطابقة في حالتي التثبيط. أما إذا تم تعطيل البروتين A بواسطة البروتين B، فستختلف الأنماط الظاهرية تبعًا للبروتين المُثبَّط (تثبيط البروتين B يمنعه من تعطيل البروتين A، مما يُبقي A نشطًا؛ بينما تعطيل A يمنع B من تنشيط أي شيء، وبالتالي يتغير النمط الظاهري). يتطلب تحديد إشارة تفاعل بروتين-بروتين معين إجراء عدة فحوصات RNAi . ويشير فيناياغام وزملاؤه، مبتكرو هذه التقنية، إلى ضرورة إجراء تسعة فحوصات RNAi على الأقل، مع ازدياد الثقة كلما زاد عدد الفحوصات. [ 78 ]

كأهداف علاجية

يُعدّ تعديل تفاعلات البروتين-بروتين تحديًا يحظى باهتمام متزايد من المجتمع العلمي. [ 80 ] وقد أُدرجت العديد من خصائص هذه التفاعلات، مثل المواقع التغايرية والمناطق النشطة، في استراتيجيات تصميم الأدوية. [ 81 ] [ 82 ] ومع ذلك، فإن عددًا قليلًا جدًا من هذه التفاعلات يستهدفها بشكل مباشر مثبطات تفاعلات البروتين-بروتين الجزيئية الصغيرة المعتمدة من إدارة الغذاء والدواء الأمريكية ، مما يُبرز فرصة هائلة غير مستغلة لاكتشاف الأدوية.

في عام 2014، تمكن أميت جايسوال وآخرون من تطوير 30 ببتيدًا لتثبيط استقطاب التيلوميراز نحو التيلوميرات باستخدام دراسات تفاعل البروتين-بروتين. [ 83 ] [ 84 ] كما تمكن أركين وآخرون من تطوير مثبطات تعتمد على أجزاء الأجسام المضادة لتنظيم تفاعلات بروتين-بروتين محددة. [ 85 ]

بما أن "تعديل" تفاعلات البروتين-بروتين لا يقتصر على التثبيط فحسب، بل يشمل أيضًا تثبيت معقدات البروتين الرباعية ، وهو نموذج تم تقديمه باكتشاف نينغ تشنغ لتكوين معقدات البروتين المحفزة بالأوكسين ، [ 86 ] [ 87 ] فإن الجزيئات التي تعمل بهذه الآلية (ما يسمى بالغراء الجزيئي ) تخضع أيضًا لدراسة مكثفة. [ 88 ]

أمثلة

تشمل مثبطات التفاعلات بين البروتينات التي أصبحت أدوية صيدلانية يتم تسويقها ما يلي:

تشمل المثبطات التجريبية في تطوير الأدوية ما يلي:

انظر أيضاً

مراجع

  1. 1 2 تيتيكا ك، ليمينز إ، تافيرنييه ج، إيكرمان س (يناير 2019). "اكتشاف التفاعلات بين البروتينات الخلوية: الاستراتيجيات والفرص التكنولوجية" . مراجعات قياس الطيف الكتلي . 38 (1): 79-111 . Bibcode : 2019MSRv...38...79T . doi : 10.1002/mas.21574 . PMID 29957823 . 
  2. ↑ هيرس إتش دي، دينغ دبليو، هيلما جيه، ليونهاردت إتش، كاردوسو إم سي (2013). "تصوير وتعطيل تفاعلات البروتين في الخلايا الحية بشكل مُستهدف" . نيتشر كوميونيكيشنز . 4 2660. Bibcode : 2013NatCo...4.2660H . doi : 10.1038/ncomms3660 . PMC 3826628. PMID 24154492 .  
  3. ↑ عيسى ن.ف، بنساودة أ، مورفي س (فبراير 2022). "تقنية كبت كودون العنبر لرسم خرائط تفاعلات البروتين الفيروسي المضيف في مواقع محددة في الخلايا الثديية" . بروتوكول حيوي . 12 (3) e4315. doi : 10.21769/bioprotoc.4315 . PMC 8855090. PMID 35284605 .  
  4. 1 2 مشاغي، أ. ر.، رمضان بور، أ.، كريمي بور، ف. (2004). "دراسة شبكة معقد بروتيني". المجلة الأوروبية للفيزياء ب . 41 (1): 113-121 . arXiv : cond-mat/0304207 . Bibcode : 2004EPJB...41..113M . doi : 10.1140/epjb/e2004-00301-0 . S2CID 9233932 . 
  5. ↑ هانوكوغلو، إي (1996). "بروتينات نقل الإلكترون لأنظمة السيتوكروم P450". في: بيطار، إي إي، وجيفكوت، سي آر (محرران). الوظائف الفيزيولوجية للسيتوكروم P450 وعلاقتها بالبنية والتنظيم . سلسلة التقدم في البيولوجيا الجزيئية والخلوية. المجلد 14. دار نشر جاي آي. الصفحات 29-55 . doi : 10.1016/S1569-2558(08)60339-2 . ISBN   978-0-7623-0113-3.
  6. ↑ براندت، م. إي.، وفيكري، ل. إي. (أغسطس 1993). "تفاعلات أزواج الشحنات التي تُثبّت معقدات الفيريدوكسين-مختزل الفيريدوكسين. تحديدها بواسطة طفرات تكميلية خاصة بالموقع" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 268 (23): 17126-17130 . doi : 10.1016/S0021-9258(19)85311-5 . PMID 8349601 . 
  7. ↑ هانوكوغلو، إي (ديسمبر 2017). "حفظ واجهات الإنزيم-الإنزيم المساعد في مختزلة الأدرينودوكسين المرتبطة بـ FAD و NADP - إنزيم واسع الانتشار". مجلة التطور الجزيئي . 85 ( 5-6 ): 205-218 . Bibcode : 2017JMolE..85..205H . doi : 10.1007/s00239-017-9821-9 . PMID: 29177972. S2CID : 7120148 .  
  8. ↑ كوبر، جي إم (2000). الخلية: مدخل جزيئي ( الطبعة الثانية). واشنطن العاصمة: مطبعة الجمعية الأمريكية لعلم الأحياء الدقيقة. رقم ISBN  978-0-87893-106-4.
  9. 1 2 3 4 5 جونز إس، ثورنتون جيه إم (يناير 1996). "مبادئ تفاعلات البروتين-البروتين" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 93 (1): 13-20 . Bibcode : 1996PNAS...93...13J . doi : 10.1073/pnas.93.1.13 . PMC 40170. PMID 8552589 .  
  10. ↑ تشين ك، سيثي ب ر، لامبرت ن أ (أغسطس 2008). "وفرة واستقرار المركبات التي تحتوي على مستقبلات بروتين G غير النشطة وبروتينات G" . مجلة FASEB . 22 (8): 2920-2927 . doi : 10.1096/fj.08-105775 . PMC 2493464. PMID 18434433 .  
  11. 1 2 تشين ك، دونغ سي، وو جي، لامبرت إن إيه (أغسطس 2011). "التجميع المسبق في الحالة غير النشطة لمستقبلات G(q) المقترنة ومتغايرات G(q) ثلاثية الوحدات" . مجلة نيتشر للكيمياء الحيوية . 7 (10): 740-747 . doi : 10.1038/nchembio.642 . PMC 3177959. PMID 21873996 .  
  12. ↑ ماليس ن، جسبونر ج (يونيو 2015). "التعرف الحاسوبي على إطارات إعادة التركيب المتعددة في تسلسلات البروتين" . المعلوماتية الحيوية . 31 (11): 1738-1744 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv060 . PMC 4443681. PMID 25637562 .  
  13. 1 2 ويسترمارك ج، إيفاسكا ج، كورثالز جي إل (يوليو 2013). " تحديد التفاعلات البروتينية المشاركة في الإشارات الخلوية" . علم البروتينات الجزيئي والخلوي . 12 (7): 1752-1763 . doi : 10.1074/mcp.R113.027771 . PMC 3708163. PMID 23481661 .  
  14. ↑ جانين ج (ديسمبر 1999). "الأسطح الرطبة والجافة: دور المذيب في التعرف على البروتينات والبروتينات والحمض النووي" . ستراكشر . 7 (12): R277– R279. doi : 10.1016/s0969-2126(00)88333-1 . PMID 10647173 . 
  15. ↑ باريلاري سي، تايلور جيه، فاينر آر، إسيكس جيه دبليو (مارس 2007). "تصنيف جزيئات الماء في مواقع ارتباط البروتين". مجلة الجمعية الكيميائية الأمريكية . 129 (9): 2577-2587 . Bibcode : 2007JAChS.129.2577B . doi : 10.1021/ja066980q . PMID 17288418 . 
  16. ↑ ليسوفا، أو.، بلكادي، ل.، بيدويل، ح. (أبريل 2014). "التفاعلات المباشرة وغير المباشرة في التعرف بين جسم مضاد مُعادل متقاطع والأنماط المصلية الأربعة لفيروس حمى الضنك". مجلة التعرف الجزيئي . 27 (4): 205-214 . doi : 10.1002/jmr.2352 . PMID 24591178. S2CID 5416842 .  
  17. ↑ إنجلاند، ب.، بريغير، ف.، بيدويل، هـ. (يناير 1997). "المساهمات الطاقية والحركية لبقايا التلامس في الجسم المضاد D1.3 في التفاعل مع الليزوزيم". الكيمياء الحيوية . 36 (1): 164-172 . CiteSeerX 10.1.1.613.413 . doi : 10.1021/bi961419y . PMID 8993330 .  
  18. 1 2 جانين ج، تشوثيا سي (سبتمبر 1990). "بنية مواقع التعرف بين البروتينات" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 265 (27): 16027-16030 . doi : 10.1016/S0021-9258(17)46181-3 . PMID 2204619 . 
  19. ↑ ألبرتس ب، جونسون أ، لويس ج، راف م، روبرتس ك، والتر ب (2002). البيولوجيا الجزيئية للخلية ( الطبعة الرابعة). نيويورك: جارلاند ساينس. الصفحات 514-515 . ISBN   0-8153-4072-9.
  20. ↑ كيندرو جيه سي، بودو جي، دينتزيس إتش إم، باريش آر جي، ويكوف إتش، فيليبس دي سي (مارس 1958). "نموذج ثلاثي الأبعاد لجزيء الميوغلوبين تم الحصول عليه بواسطة تحليل الأشعة السينية". نيتشر . 181 ( 4610): 662-666 . Bibcode : 1958Natur.181..662K . doi : 10.1038/181662a0 . PMID 13517261. S2CID 4162786 .  
  21. ↑ كوبر، د. ر.، بوريبسكي، ب. ج.، خروسزتش، م.، مينور، و. (أغسطس 2011). " علم البلورات بالأشعة السينية: تقييم والتحقق من صحة معقدات البروتين والجزيئات الصغيرة لاكتشاف الأدوية" . رأي الخبراء في اكتشاف الأدوية . 6 (8): 771-782 . doi : 10.1517/17460441.2011.585154 . PMC 3138648. PMID 21779303 .  
  22. ↑ ألبرتس ب، جونسون أ، لويس ج، راف م، روبرتس ك، والتر ب (2002). البيولوجيا الجزيئية للخلية ( الطبعة الرابعة). نيويورك: جارلاند ساينس. الصفحات 515-517 . ISBN   0-8153-4072-9.
  23. ↑ واند إيه جيه، إنجلاندر إس دبليو (أغسطس 1996). " دراسة معقدات البروتين باستخدام مطيافية الرنين النووي المغناطيسي" . الرأي الحالي في التكنولوجيا الحيوية . 7 (4): 403-408 . doi : 10.1016/s0958-1669(96)80115-7 . PMC 3442359. PMID 8768898 .  
  24. ↑ فينوغرادوفا، أو.، وكين، ج. (2012). "الرنين المغناطيسي النووي كأداة فريدة في تقييم وتحديد التفاعلات الضعيفة بين البروتينات". في: تشو، ج. (محرر). الرنين المغناطيسي النووي للبروتينات والجزيئات الحيوية الصغيرة . مواضيع في الكيمياء الحالية. المجلد 326. سبرينغر برلين. الصفحات 35-45 . doi : 10.1007/128_2011_216 . ISBN   978-3-642-28916-3. PMC 3676910 . PMID 21809187 .  
  25. 1 2 3 4 5 6 7 8 بيريدج إم جيه (2012). "علم أحياء إشارات الخلية: الوحدة 6 - الجوانب المكانية والزمانية للإشارات". مجلة الكيمياء الحيوية . 6 csb0001006. doi : 10.1042/csb0001006 (غير نشط في 19 يونيو 2026).{{cite journal}}: صيانة CS1: رقم التعريف الرقمي غير نشط اعتبارًا من يونيو 2026 ( رابط )
  26. ↑ يان سي، وو إف، جيرنيجان آر إل، دوبس دي، هونافار في (يناير 2008). "توصيف التفاعلات بين البروتينات" . مجلة البروتين . 27 (1): 59-70 . doi : 10.1007/s10930-007-9108-x . PMC 2566606. PMID 17851740 .  
  27. ↑ جونز إس، ثورنتون جيه إم (سبتمبر 1997). "تحليل مواقع تفاعل البروتين-البروتين باستخدام رقع سطحية". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 272 ​​(1): 121-132 . doi : 10.1006/jmbi.1997.1234 . PMID 9299342 . 
  28. ↑ تشوثيا سي، جانين جيه (أغسطس 1975). "مبادئ التعرف بين البروتينات". نيتشر . 256 (5520): 705-708 . Bibcode : 1975Natur.256..705C . doi : 10.1038/256705a0 . PMID 1153006. S2CID 4292325 .  
  29. ↑ فيزيكي إي إم، فيلدز إس (مارس 1995). " تفاعلات البروتين-البروتين: طرق الكشف والتحليل" . مراجعات علم الأحياء الدقيقة . 59 (1): 94-123 . doi : 10.1128/MMBR.59.1.94-123.1995 . PMC 239356. PMID 7708014 .  
  30. ↑ باجل ب، كوفاك س، أوسترهيلد م، براونر ب، دونجر-كالتنباخ إ، فريشمان ج، وآخرون . (مارس 2005). "قاعدة بيانات تفاعلات البروتين-بروتين في الثدييات MIPS" . المعلوماتية الحيوية . 21 (6): 832-834 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti115 . PMID 15531608. تاريخ الاسترجاع: 2 يناير 2021 .  
  31. ↑ تيرينتييف، أ.أ.، مولدوغازييفا، ن.ت.، شايتان، ك.ف. (ديسمبر 2009). "علم البروتينات الديناميكي في نمذجة الخلية الحية: تفاعلات البروتين-البروتين". الكيمياء الحيوية. بيوكيميا . 74 (13): 1586-1607 . doi : 10.1134/s0006297909130112 . PMID 20210711. S2CID 19815231 .  
  32. ووداك إس جيه ، فلاسبلوم جيه، تورينسكي إيه إل، بو إس (ديسمبر 2013). "شبكات تفاعل البروتين-البروتين: ثروات محيرة". الرأي الحالي في البيولوجيا الهيكلية . 23 (6): 941-953 . doi : 10.1016/j.sbi.2013.08.002 . PMID 24007795 . 
  33. ↑ بانيرجي إس، فيلاسكيز-زاباتا في، فورست جي، إلمور جي إم، وايز آر بي (يوليو 2021). "NGPINT: برنامج تفاعلات البروتين-بروتين من الجيل التالي" . Briefings in Bioinformatics . 22 (4) bbaa351. doi : 10.1093/bib/bbaa351 . PMID 33367498 . 
  34. ↑ فيلاسكيز-زاباتا، ف.، إلمور، ج.م.، بانيرجي، س.، دورمان، ك.س.، وايز، ر.ب. (أبريل 2021). "تحليل الجيل التالي للخميرة ثنائية الهجين باستخدام Y2H-SCORES يحدد متفاعلات جديدة لمستقبل MLA المناعي" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 17 (4) e1008890. Bibcode : 2021PLSCB..17E8890V . doi : 10.1371/journal.pcbi.1008890 . PMC 8046355. PMID 33798202 .  
  35. ↑ راجاغوبالا إس في، سيكورسكي بي، كوفيلد جيه إتش، توفشيغريتشكو إيه، أويتز بي (ديسمبر 2012). "دراسة معقدات البروتين باستخدام نظام الخميرة ثنائي الهجين" . طرق . 58 ( 4): 392-399 . doi : 10.1016/j.ymeth.2012.07.015 . PMC 3517932. PMID 22841565 .  
  36. 1 2 ستيلزل يو، وانكر إي إي (ديسمبر 2006). "قيمة شبكات تفاعل البروتين-بروتين عالية الجودة في بيولوجيا الأنظمة". الرأي الحالي في البيولوجيا الكيميائية . 10 (6): 551-558 . doi : 10.1016/j.cbpa.2006.10.005 . PMID 17055769 . 
  37. 1 2 3 بيتسشنيج ج، سنايدر ج، ستاغليار إ (فبراير 2011). "تقنيات أبحاث البروتينات التفاعلية: التطبيقات والتطورات الحديثة". الرأي الحالي في التكنولوجيا الحيوية . 22 (1): 50-58 . doi : 10.1016/j.copbio.2010.09.001 . PMID 20884196 . 
  38. ↑ يوريف أ، أونو م، جوف س أ، ماكالوسو ف، وينوجل ل ب (يوليو 2000). "تحديد موقع نظائر A-RAF في الميتوكوندريا" . علم الأحياء الجزيئي والخلوي . 20 (13): 4870-4878 . doi : 10.1128/MCB.20.13.4870-4878.2000 . ISSN 0270-7306 . PMC 85938. PMID 10848612 .   
  39. ^ فينكاتيسان ك، روال جي إف، فازكيز أ، ستيلزل يو، ليمنس الأول، هيروزان-كيشيكاوا تي، وآخرون . (يناير 2009). "إطار تجريبي لرسم الخرائط التفاعلية الثنائية" . طرق الطبيعة . 6 (1): 83-90 . دوى : 10.1038/nmeth.1280 . بمك 2872561 . بميد 19060904 .   
  40. ↑ باتيستي أ، بوفيريه إي (ديسمبر 2012). "نظام التفاعل الثنائي البكتيري القائم على إعادة تكوين أدينيلات سيكلاز في الإشريكية القولونية" . طرق . 58 (4): 325-334 . Bibcode : 2012MCME...58..325B . doi : 10.1016/j.ymeth.2012.07.018 . PMID 22841567 . 
  41. ↑ بريتنر إل إم، ماسيل جيه (سبتمبر 2012). "التصاق البروتين، وليس عدد التفاعلات الوظيفية بين البروتينات، هو ما يتنبأ بضوضاء التعبير ومرونته في الخميرة" . بي إم سي بيولوجيا الأنظمة . 6 : 128. doi : 10.1186/1752-0509-6-128 . PMC 3527306. PMID 23017156 .  
  42. ↑ راماشاندران ن، هاينسورث إي، بهولار ب، أيزنشتاين س، روزن ب، لاو أي واي، وآخرون . (يوليو 2004). " مصفوفات البروتين ذاتية التجميع". مجلة ساينس . 305 (5680): 86-90 . Bibcode : 2004Sci...305...86R . doi : 10.1126/science.1097639 . PMID 15232106. S2CID 20936301 .   
  43. ↑ راماشاندران ن، رافائيل جيه في، هاينسورث إي، ديميركان جي، فوينتيس إم جي، رولفس إيه، وآخرون (يونيو 2008). "جيل جديد من مصفوفات البروتينات الوظيفية ذاتية التجميع عالية الكثافة" . نيتشر ميثودز . 5 (6): 535-538 . doi : 10.1038/nmeth.1210 . PMC 3070491. PMID 18469824 .   
  44. ↑ بيرنشتاين هـ، إدغار ر.س، دينهارت ج.هـ (يونيو 1965). "التكامل داخل الجين بين الطفرات الحساسة للحرارة في العاثية T4D" . علم الوراثة . 51 (6): 987-1002 . doi : 10.1093/genetics/51.6.987 . PMC 1210828. PMID 14337770 .  
  45. ↑ سمولوود إس، سيفيك بي، موير إس إيه (ديسمبر 2002). "التكامل داخل الجين وتكوين قليل الوحدات للوحدة الفرعية L من بوليميراز الحمض النووي الريبي لفيروس سينداي" . علم الفيروسات . 304 (2): 235-245 . doi : 10.1006/viro.2002.1720 . PMID 12504565 . 
  46. ^ رودريغيز بومبو بي، بيريز سيردا سي، بيريز بي، ديسفيات إل آر، سانشيز بوليدو إل، أوغارتي إم (يونيو 2005). "نحو نموذج لشرح التكامل داخل الوريد في كربوكسيلاز البروتين غير المتجانس بروبيونيل-CoA" . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - الأساس الجزيئي للمرض . 1740 (3): 489–98 . دوى : 10.1016/j.bbadis.2004.10.009 . بميد 15949719 . 
  47. ↑ كريك، إف إتش، وأورجل، إل إي (يناير 1964). "نظرية التكامل بين الأليلات". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 8 : 161-165 . doi : 10.1016/s0022-2836(64)80156-x . PMID 14149958 . 
  48. 1 2 بيرتوليني م، فينزل ك، كاتس إ، وروك ف، تيپمان ف، شميت ج، وآخرون . (يناير 2021). "التفاعلات بين البروتينات الوليدة المترجمة بواسطة الريبوسومات المتجاورة تحفز تجميع المتجانسات" . مجلة ساينس . 371 (6524): 57-64 . Bibcode : 2021Sci...371...57B . doi : 10.1126/science.abc7151 . PMC 7613021. PMID 33384371 .   
  49. ↑ جيهل، هـ. (سبتمبر 1963). "القوى بين الجزيئية والخصوصية البيولوجية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 50 (3): 516-24 . Bibcode : 1963PNAS...50..516J . doi : 10.1073 / pnas.50.3.516 . PMC 221211. PMID 16578546 .  
  50. ↑ ماركوت إي إم، بيليغريني إم، نغ إتش إل، رايس دي دبليو، ييتس تي أو، أيزنبرغ دي (يوليو 1999). "الكشف عن وظيفة البروتين وتفاعلات البروتين-بروتين من تسلسلات الجينوم". مجلة ساينس . 285 (5428): 751-753 . Bibcode : 1999Sci...285..751M . CiteSeerX 10.1.1.535.9650 . doi : 10.1126/science.285.5428.751 . PMID 10427000 .  
  51. 1 2 3 رامان ك (فبراير 2010). "بناء وتحليل شبكات تفاعل البروتين-البروتين" . التجريب الآلي . 2 (1): 2. doi : 10.1186/1759-4499-2-2 . PMC 2834675. PMID 20334628 .  
  52. ↑ بادال، ف. د.، كوندروتاس، ب. ج.، فاكسر، إ. أ. (ديسمبر 2015). " استخراج النصوص لنمذجة ارتباط البروتينات" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 11 (12) e1004630. رمز Bibcode : 2015PLSCB..11E4630B . doi : 10.1371/journal.pcbi.1004630 . PMC 4674139. PMID 26650466 .  
  53. ↑ بابانيكولاو ن، بافلوبولوس غا، ثيودوسيو ت، إيليوبولوس إ (مارس 2015). "توقعات تفاعلات البروتين-بروتين باستخدام أساليب استخراج النصوص". أساليب . استخراج النصوص من الأدبيات الطبية الحيوية. 74 : 47-53 . doi : 10.1016/j.ymeth.2014.10.026 . PMID 25448298 . 
  54. 1 2 كوتليار م، روسوس أ.إ، جوريسيكا إ (ديسمبر 2017). "التنبؤ بتفاعلات البروتين-بروتين". البروتوكولات الحالية في المعلوماتية الحيوية . 60 (1): 8.2.1–8.2.14. doi : 10.1002/cpbi.38 . PMID 29220074. S2CID 19509320 .  
  55. 1 2 دينغ ز، كيهارا د (أغسطس 2018). "الأساليب الحسابية للتنبؤ بتفاعلات البروتين-بروتين باستخدام خصائص بروتينية متنوعة" . البروتوكولات الحالية في علم البروتين . 93 (1) e62. doi : 10.1002/cpps.62 . PMC 6097941. PMID 29927082 .  
  56. 1 2 ساركار د، ساها س (سبتمبر 2019). "تقنيات التعلم الآلي للتنبؤ بتفاعلات البروتين-بروتين" . مجلة العلوم البيولوجية . 44 (4) 104. doi : 10.1007/s12038-019-9909-z . PMID 31502581. S2CID 199668359 .  
  57. ↑ ميلر جيه بي، لو آر إس، بن حور إيه، ديسماريه سي، ستاغليار آي، نوبل دبليو إس، وآخرون . (أغسطس 2005). "تحديد واسع النطاق لتفاعلات بروتينات الغشاء المتكاملة في الخميرة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 102 (34): 12123-12128 . Bibcode : 2005PNAS..10212123M . doi : 10.1073 / pnas.0505482102 . PMC 1189342. PMID 16093310 .   
  58. ↑ لالوند إس، سيرو أ، براتيلي ر، بايلوت ج، تشين ج، ساردي إم آي، وآخرون (2010). " شبكة تفاعل بروتين غشائي/بروتين إشارة لنسخة AMPv2 من نبات الأرابيدوبسيس" . فرونتيرز إن فيزيولوجي . 1 : 24. doi : 10.3389/fphys.2010.00024 . PMC 3059934. PMID 21423366 .   
  59. ↑ تشي واي، بار-جوزيف زد، كلاين-سيثارامان جيه (مايو 2006). "تقييم البيانات البيولوجية المختلفة وطرق التصنيف الحاسوبية لاستخدامها في التنبؤ بتفاعلات البروتينات" . البروتينات . 63 ( 3): 490-500 . doi : 10.1002/prot.20865 . PMC 3250929. PMID 16450363 .  
  60. ↑ تشي واي، ديمان إتش كيه، بهولا إن، بودياك آي، كار إس، مان دي، وآخرون . (ديسمبر 2009). " التنبؤ المنهجي بتفاعلات مستقبلات الغشاء البشري" . علم البروتينات . 9 (23): 5243-5255 . doi : 10.1002/pmic.200900259 . PMC 3076061. PMID 19798668 .   
  61. 1 2 غاناباثيراجو إم كيه، طاهر إم، هاندن إيه، ساركار إس إن، سويت آر إيه، نيمغاونكار في إل، وآخرون . (أبريل 2016). "شبكة تفاعلات الفصام مع 504 تفاعلات بروتين-بروتين جديدة" . مجلة npj للفصام . 2 16012. doi : 10.1038/npjschz.2016.12 . PMC 4898894. PMID 27336055 .   
  62. ↑ بوت فيليز إيه إتش، فونتوف إف، ديل ريو جي (يوليو 2020). "نمذجة تفاعلات البروتين-بروتين بكفاءة باستخدام فئات تجمعات البقايا" . المجلة الدولية للعلوم الجزيئية . 21 (13): 4787. doi : 10.3390/ijms21134787 . PMC 7370293. PMID 32640745 .  
  63. ↑ كورال-كورال ر، تشافيز إي، ديل ريو ج (ديسمبر 2015). "تمثيل فضاء الطي القابل للتعلم الآلي بناءً على فئات مجموعات البقايا" . علم الأحياء الحاسوبي والكيمياء . 59 الجزء أ: 1-7 . doi : 10.1016/j.compbiolchem.2015.07.010 . PMID 26366526 . 
  64. ↑ زيناريوس، آي.، رايس، دي. دبليو.، سالوينسكي، إل.، بارون، إم. كيه.، ماركوت، إي. إم.، أيزنبرغ، دي. (يناير 2000). "DIP: قاعدة بيانات البروتينات المتفاعلة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 28 (1): 289-291 . doi : 10.1093 / nar/28.1.289 . PMC 102387. PMID 10592249 .  
  65. ↑ ماكدويل، دكتور في الطب، سكوت، ماجستير في العلوم، بارتون، جي جي (يناير 2009). "PIPs: قاعدة بيانات التنبؤ بتفاعلات البروتين-بروتين البشري" . أبحاث الأحماض النووية . 37 (عدد قواعد البيانات): D651– D656. doi : 10.1093/nar/gkn870 . PMC 2686497. PMID 18988626 .  
  66. ↑ IntAct. "البروتينات، التفاعلات، التفاعلات الثنائية والتفاعلات متعددة السلاسل" . www.ebi.ac.uk. تاريخ الاطلاع: 19 نوفمبر 2018 .
  67. ↑ "خادم بيانات تفاعلات البروتين الرشيق: حول APID" .
  68. ↑ "STRING: شبكات ارتباط البروتينات الوظيفية" . string-db.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 19 نوفمبر 2018 .
  69. ↑ سبرينزاك إي، ساتات إس، مارغاليت إتش (أبريل 2003). "ما مدى موثوقية بيانات التفاعل التجريبي بين البروتينات؟" . مجلة البيولوجيا الجزيئية . 327 (5): 919-923 . doi : 10.1016/S0022-2836(03)00239-0 . PMID 12662919. تاريخ الاسترجاع: 2 يناير 2021 . 
  70. ↑ شويكوفسكي ب، أوتز ب، فيلدز س (ديسمبر 2000). "شبكة من تفاعلات البروتين-بروتين في الخميرة". مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 18 (12): 1257-1261 . Bibcode : 2000NatBi..18.1257S . doi : 10.1038/82360 . PMID 11101803. S2CID 3009359 .  
  71. ↑ ريغو جي، شيفتشينكو أ، روتز ب، ويلم م، مان م، سيرافين ب (أكتوبر 1999). "طريقة عامة لتنقية البروتينات لتوصيف معقدات البروتين واستكشاف البروتينات". مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 17 (10): 1030-1032 . doi : 10.1038/13732 . PMID 10504710. S2CID 663553 .  
  72. ↑ كول م، ويز س، وارشيد ب (2011). "سايتوسكيب: برنامج لتصور وتحليل الشبكات البيولوجية". التنقيب عن البيانات في علم البروتينات . مناهج في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 696. الصفحات 291-303 . doi : 10.1007/978-1-60761-987-1_18 . ISBN   978-1-60761-986-4PMID 21063955​​ 
  73. ↑ إيديكر تي، أوزير أو، شفيكوفسكي بي، سيجل إيه إف (1 يناير 2002). "اكتشاف الدوائر التنظيمية والإشاراتية في شبكات التفاعل الجزيئي" . المعلوماتية الحيوية . 18 (ملحق 1): S233– S240. doi : 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.s233 . PMID 12169552 . 
  74. ↑ آياتي م، إرتن س، تشانس م ر، كويوتورك م (ديسمبر 2015). "MOBAS: تحديد الشبكات الفرعية للبروتينات المرتبطة بالأمراض باستخدام التقييم القائم على النمطية" . مجلة EURASIP في المعلوماتية الحيوية وبيولوجيا الأنظمة . 2015 (1) 7. doi : 10.1186/s13637-015-0025-6 . PMC 5270451. PMID 28194175 .  
  75. ↑ دي دومينيكو م، نيكوسيا ف، أريناس أ، لاتورا ف (أبريل 2015). "الاختزال الهيكلي للشبكات متعددة الطبقات". نيتشر كوميونيكيشنز . 6 6864. arXiv : 1405.0425 . Bibcode : 2015NatCo...6.6864D . doi : 10.1038/ncomms7864 . PMID 25904309. S2CID 16776349 .  
  76. ↑ فيشر ب، ساندمان ت، هورن ت، بيلمان م، تشودري ف، هوبر و، وآخرون (مارس 2015). " خريطة للتفاعلات الجينية الاتجاهية في خلية حيوانية متعددة الخلايا" . eLife . 4 e05464. doi : 10.7554/eLife.05464 . PMC 4384530. PMID 25748138 .   
  77. ↑ إيديكر تي، تان ك، وأويتز ب. (2005) تصوير وتكامل تفاعلات البروتين-البروتين. في: جوليميس، إي. (محرر) تفاعلات البروتين-البروتين - دليل الاستنساخ الجزيئي، الطبعة الثانية. مطبعة مختبر كولد سبرينغ هاربور.
  78. فيناياجام أ، زيرين ج، روزيل س، هو ي، يلمازيل ب، سامسونوفا أ.أ، وآخرون (يناير 2014). "دمج شبكات تفاعل البروتين-بروتين مع الأنماط الظاهرية يكشف عن دلائل التفاعلات" . نيتشر ميثودز . 11 (1): 94-99 . doi : 10.1038/ nmeth.2733 . PMC 3877743. PMID 24240319 .   
  79. ↑ تشين جي آي، جينغراس إيه سي (يوليو 2007). "التنقية بالتقارب باستخدام مطياف الكتلة (AP-MS) لفوسفاتازات السيرين/ثريونين". طرق . 42 (3): 298-305 . doi : 10.1016/j.ymeth.2007.02.018 . PMID 17532517 . 
  80. ↑ لارايا إل، ماكنزي جي، سبرينغ دي آر، فينكيتارامان إيه آر، هيغنز دي جيه (يونيو 2015). "التغلب على التحديات الكيميائية والبيولوجية والحسابية في تطوير مثبطات تستهدف تفاعلات البروتين-بروتين" . الكيمياء والبيولوجيا . 22 (6): 689-703 . doi : 10.1016/j.chembiol.2015.04.019 . PMC 4518475. PMID 26091166 .  
  81. ↑ أركين إم آر، ويلز جيه إيه (أبريل 2004). "مثبطات الجزيئات الصغيرة لتفاعلات البروتين-بروتين: التقدم نحو تحقيق الحلم" . مجلة نيتشر ريفيوز. اكتشاف الأدوية . 3 (4): 301-317 . Bibcode : 2004NRvDD...3..301A . doi : 10.1038/nrd1343 . PMC 4179228. PMID 15060526. S2CID 13879559 .   
  82. ↑ تشين جيه، سوير إن، ريغان إل (أبريل 2013). "تفاعلات البروتين-بروتين: اتجاهات عامة في العلاقة بين قوة الارتباط ومساحة السطح المدفون بين الأسطح" . علم البروتين . 22 (4): 510-515 . doi : 10.1002/pro.2230 . PMC 3610057. PMID 23389845 .  
  83. ↑ جايسوال أ، لاكشمي ب ت (9 سبتمبر 2014). "التثبيط الجزيئي لتجنيد التيلوميراز باستخدام ببتيدات مصممة: نهج حاسوبي". مجلة بنية وديناميكيات الجزيئات الحيوية . 33 (7): 1442-1459 . doi : 10.1080/07391102.2014.953207 . PMID 25204447. S2CID 27293727 .  
  84. ↑ جايسوال أ (2014). "AtTRB1–3 يتوسط التغيرات الهيكلية في AtPOT1b لحمل الحمض النووي أحادي السلسلة" . ISRN علم الأحياء الهيكلي . 2014 : 1–16 . doi : 10.1155/2014/827201 .
  85. ↑ جيانغ ز، كو ي هـ، تشونغ م، تشانغ ج، تشو ش ش، شينغ ل، وآخرون . (يوليو 2022). "مثبطات أجزاء الأجسام المضادة النوعية للمُحَوِّل لتعديل التفاعلات البروتينية داخل الخلايا لبروتين p97 (VCP)" . مجلة الجمعية الكيميائية الأمريكية . 144 (29): 13218-13225 . Bibcode : 2022JAChS.14413218J . doi : 10.1021/ jacs.2c03665 . PMC 9335864. PMID 35819848 .   
  86. ↑ تان إكس، كالديرون-فيالوبوس إل آي، شارون إم، تشنغ سي، روبنسون سي في، إستيل إم، وآخرون . (أبريل 2007). "آلية استشعار الأوكسين بواسطة إنزيم يوبيكويتين ليغاز TIR1" . مجلة نيتشر . 446 (7136): 640-645 . Bibcode : 2007Natur.446..640T . doi : 10.1038/nature05731 . ISSN 0028-0836 . PMID 17410169 .   
  87. ↑ كاو إس، كانغ إس، ماو إتش، ياو جيه، غو إل، تشنغ إن (10 فبراير 2022). "تحديد المواد اللاصقة الجزيئية باستخدام مستشعر ثنائي النانوية للكنابيديول" . نيتشر كوميونيكيشنز . 13 (1) 815. Bibcode : 2022NatCo..13..815C . doi : 10.1038/ s41467-022-28507-1 . ISSN 2041-1723 . PMC 8831599. PMID 35145136 .   
  88. ↑ سويني إل، ليسن إس، ديفيس جيه، أوتمان سي (أغسطس 2022). "مواد لاصقة جزيئية لتثبيت التفاعلات بين البروتينات" . الرأي الحالي في البيولوجيا الكيميائية . 69 102169. doi : 10.1016/j.cbpa.2022.102169 . PMID 35749929 . 
  89. ↑ هارتمان، جي دي، إيغبرتسون، إم إس، هالتشينكو، دبليو، لاسويل، دبليو إل، دوغان، إم إي، سميث، آر إل، وآخرون . (نوفمبر 1992). "مضادات مستقبلات الفيبرينوجين غير الببتيدية. 1. اكتشاف وتصميم مثبطات الموقع الخارجي". مجلة الكيمياء الطبية . 35 (24). الجمعية الكيميائية الأمريكية : 4640-4642 . doi : 10.1021/jm00102a020 . PMID 1469694 .  
  90. ↑ إيفانوف، أ. أ.، خوري، ف. ر.، فو، هـ. (يوليو 2013). "استهداف التفاعلات بين البروتينات كاستراتيجية مضادة للسرطان" . اتجاهات في العلوم الدوائية . 34 (7): 393-400 . doi : 10.1016/j.tips.2013.04.007 . PMC 3773978. PMID 23725674 .  
  91. ↑ شيانغ هـ، تشو م، لي ي، تشو ل، وانغ ر (نوفمبر 2023). "اكتشاف الأدوية من خلال استهداف التفاعلات بين البروتينات المشاركة في الالتهام الذاتي" . مجلة Acta Pharmaceutica Sinica. B. 13 ( 11): 4373–4390 . doi : 10.1016/j.apsb.2023.07.016 . PMC 10638514. PMID 37969735 .  
  92. ↑ سيمبا سي بي، غاديك تي آر (2016). " تطوير ليفيتيغراست: مثبط جديد للخلايا التائية لعلاج جفاف العين" . طب العيون السريري . 10 : 1083-1094 . doi : 10.2147/OPTH.S110557 . PMC 4910612. PMID 27354762 .  
  93. 1 2 ندى ح، تشوي ي، كيم س، جيونغ ك س، مينويل ن أ، لي ك (2024). " رؤى جديدة حول مُعدِّلات تفاعل البروتين-بروتين في اكتشاف الأدوية والتقدم العلاجي" . نقل الإشارة والعلاج الموجه . 9 (1) 341. doi : 10.1038/s41392-024-02036-3 . PMC 11621763. PMID 39638817 .  
  94. ↑ هارجريفز د، كارباجو آر جيه، بودنارتشوك إم إس، إمبري ك، راولينز بي بي، باكر إم، وآخرون . (مايو 2023). "تصميم مثبطات تفاعل البروتين-بروتين الصلبة يُمكّن من استهداف Mcl-1 غير القابل للاستهداف الدوائي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 120 (21) e2221967120. Bibcode : 2023PNAS..12021967H . doi : 10.1073 / pnas.2221967120 . PMC 10214187. PMID 37186857 .   

للمزيد من القراءة