أو آر إف 7أ

الموسوعة الحرة
بروتين فيروس كورونا بيتا NS7A
بنية البروتين الإضافي ORF7a لفيروس كورونا المستجد-سارس
المعرفات
رمزفيروس كورونا المستجد_NS7A
بفامPF08779
انتربروحقوق الملكية الفكرية رقم 014888
الهياكل البروتينية المتاحة:
بفام  الهياكل / ECOD  
قاعدة بيانات البروتينقاعدة بيانات RCSB؛ PDBe؛ PDBj
مجموع قاعدة بيانات PDBملخص الهيكل

ORF7a (المعروف أيضًا بعدة أسماء أخرى، بما في ذلك فيروس كورونا سارس X4 ، أو SARS-X4 ، أو ORF7a ، أو U122 ) [1] هو جين موجود في فيروسات كورونا من جنس فيروس بيتا كورونا . وهو يعبر عن بروتين فيروس بيتا كورونا NS7A ، وهو بروتين غشائي من النوع الأول مع مجال بروتيني يشبه الغلوبولين المناعي . تم اكتشافه لأول مرة في فيروس سارس-كوف ، وهو الفيروس المسبب لمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة (سارس). [2] يمتلك النظير في فيروس سارس-كوف-2 ، وهو الفيروس المسبب لمرض كوفيد-19 ، حوالي 85٪ من هوية التسلسل لبروتين سارس-كوف. [3]

وظيفة

تم وصف عدد من الوظائف المحتملة لبروتين ORF7a. يُعتقد أن الوظيفة الأساسية هي تعديل المناعة ومحاربة الإنترفيرون . البروتين ليس ضروريًا لتكاثر الفيروسات . [1]

تفاعلات البروتين الفيروسي

تشير الدراسات التي أجريت على فيروس سارس-كوف إلى أن البروتين يشكل تفاعلات بروتينية-بروتينية مع بروتين سبايك و ORF3a ، وهو موجود في الفيروسات الناضجة ، مما يجعله بروتينًا هيكليًا فيروسيًا ثانويًا . [1] [4] من غير الواضح ما إذا كان هذا يحدث في فيروس سارس-كوف-2. [5] قد يكون له دور في تجميع الفيروسات. [1]

تأثيرات المضيف

تم وصف عدد من التفاعلات مع بروتينات المضيف وتأثيراتها على عمليات الخلية المضيفة . تم الإبلاغ عن أن بروتين SARS-CoV ORF7a له نشاط ربط بمجالات integrin I. [6]

وقد تم الإبلاغ أيضًا عن أنه يحفز موت الخلايا المبرمج من خلال مسار يعتمد على الكاسباس . [1] [7] كما أنه يحتوي على عنصر تم إثبات أنه يتوسط النقل المعتمد على COPII خارج الشبكة الإندوبلازمية ، ويستهدف البروتين جهاز جولجي. [8]

في فيروس سارس-كوف-2، تم وصف بروتين ORF7a بأنه مضاد فعال للإنترفيرون . [3] قد يكون لبروتين سارس-كوف-2 تأثيرات تعديل المناعة من خلال التفاعل مع الخلايا الوحيدة . [5]

بناء

بروتين ORF7a هو بروتين عبر غشائي يحتوي على 121 بقايا حمض أميني في SARS-CoV-2 [5] و122 في SARS-CoV. [2] إنه بروتين عبر غشائي من النوع الأول مع ببتيد إشارة طرفي أميني ، ونطاق خارجي به طية من الغلوبولين المناعي ، وتسلسل إشارة احتباس الشبكة الإندوبلازمية الطرفية C. [5] [6] [1] يحتوي الهيكل على سبعة خيوط بيتا تشكل صفحتين بيتا ، مرتبة في شطيرة بيتا . [2] تحدث معظم الاختلافات في التسلسل بين SARS-CoV وSARS-CoV-2 في النطاق الخارجي الشبيه بـ Ig وقد تنتج اختلافات في تفاعلات البروتين-البروتين . [5]

التعديلات بعد الترجمة

تم الإبلاغ عن أن بروتين SARS-CoV-2 ORF7a قد تم تعديله بعد الترجمة عن طريق اليوبيكويتين . قد تكون سلاسل البولي يوبيكويتين المرتبطة بالليسين 119 مرتبطة بمضادات الإنترفيرون المبلغ عنها للبروتين . [3] [9]

التعبير والتوطين

معلومات جينية
التنظيم الجينومي لعزل ووهان-هو-1، أقدم عينة متسلسلة لفيروس سارس-كوف-2، تشير إلى موقع ORF7a
معرف جينوم NCBI86693
حجم الجينوم29,903 قاعدة
سنة الإنجاز2020
متصفح الجينوم ( UCSC )

إلى جانب الجينات الخاصة بالبروتينات الإضافية الفيروسية الأخرى ، يقع جين ORF7a بالقرب من تلك التي تشفر البروتينات البنيوية الفيروسية ، عند الطرف 5' من جينوم الحمض النووي الريبي لفيروس كورونا. [3] ORF7a هو جين متداخل يتداخل مع ORF7b . [10] في فيروس سارس-كوف، تم الإبلاغ عن توطين فرعي خلوي في الشبكة الإندوبلازمية وجهاز جولجي و ERGIC ، [1] مع وصف توطين جولجي مماثل لفيروس سارس-كوف-2. [11]

تطور

التراكب البنيوي لمجالات Ig في ORF8 (الأزرق، PDB : 7JTL ​[ 12] ) وORF7a (البرتقالي، PDB : 7CI3 ​[ 5] ) يوضح تشابه طوبولوجيات الساندويتش بيتا الخاصة بهما .

يُعتقد أن ORF8 في SARS-CoV-2، والذي يشفر بروتينًا له طية شبيهة بـ Ig، قد يكون نظيرًا لـ ORF7a نشأ من خلال تكرار الجينات ، [13] [14] على الرغم من أن بعض تحليلات المعلوماتية الحيوية تشير إلى أن التشابه قد يكون منخفضًا جدًا لدعم التكرار، وهو أمر غير شائع نسبيًا في الفيروسات. [15] مجالات الغلوبولين المناعي غير شائعة في فيروسات كورونا؛ بخلاف المجموعة الفرعية من فيروسات كورونا بيتا التي تحتوي على ORF8 وORF7a، تم تحديد عدد صغير فقط من فيروسات كورونا ألفا الخفافيش على أنها تحتوي على مجالات Ig محتملة، في حين أنها غائبة عن فيروسات كورونا جاما وفيروسات كورونا دلتا . [16] [14] قد تكون مجالات Ig بيتا وألفا استحواذات مستقلة، حيث ربما تم الحصول على ORF8 وORF7a من بروتينات المضيف. [16]

تم تسلسل العديد من جينومات SARS-CoV-2 طوال جائحة COVID-19 وتم الإبلاغ عن عدد من الاختلافات، بما في ذلك طفرات الحذف ، [17] والطفرات غير المنطقية (إدخال كودون توقف سابق لأوانه وقطع البروتين)، [18] واندماج جين واحد على الأقل . [19]

مراجع

  1. ^ abcdefg Liu, DX; Fung, TS; Chong, KK; Shukla, A; Hilgenfeld, R (سبتمبر 2014). "البروتينات الإضافية لفيروس كورونا المستجد وغيره من الفيروسات التاجية". Antiviral Research . 109 : 97–109. doi :10.1016/j.antiviral.2014.06.013. PMC  7113789. PMID  24995382 .
  2. ^ abc Nelson CA, Pekosz A, Lee CA, Diamond MS, Fremont DH (2005). "بنية واستهداف البروتين الإضافي Orf7a لفيروس كورونا المرتبط بمتلازمة الالتهاب الرئوي الحاد الوخيم (سارس) داخل الخلايا". Structure . 13 (1): 75–85. doi : 10.1016/j.str.2004.10.010 . PMC 7125549. PMID  15642263 . 
  3. ^ abcd Redondo, Natalia; Zaldívar-López, Sara; Garrido, Juan J.; Montoya, Maria (7 يوليو 2021). "بروتينات ملحقة لفيروس كورونا المستجد في التسبب في المرض الفيروسي: المعروف والمجهول". Frontiers in Immunology . 12 : 708264. doi : 10.3389/fimmu.2021.708264 . hdl : 10261/249329 . PMC 8293742. PMID  34305949 . 
  4. ^ هوانغ، تشنغ؛ إيتو، ناوتو؛ تسينج، شين-تي كيه؛ ماكينو، شينجي (أغسطس 2006). "البروتين الإضافي لفيروس كورونا 7أ المسبب لمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة هو بروتين هيكلي فيروسي". مجلة علم الفيروسات . 80 (15): 7287-7294. doi :10.1128/JVI.00414-06. PMC 1563709. PMID  16840309 . 
  5. ^ abcdef تشو، زيليانج؛ هوانغ، تشونليو؛ تشو، تشتشونغ؛ هوانغ، تشاوكسيا؛ سو، ليلى؛ كانغ، سيسي؛ تشن، شياو شيويه؛ تشن، كيويوي. هو، سوهوا؛ رونغ، شيا؛ شياو فاي. تشن، يونيو؛ تشين ، شودينغ (مارس 2021). “تكشف البصيرة الهيكلية عن SARS-CoV-2 ORF7a كعامل مناعي لوحيدات CD14 + البشرية”. آي ساينس . 24 (3): 102187. بيب كود :2021iSci...24j2187Z. دوى :10.1016/j.isci.2021.102187. بمك 7879101 . بميد  33615195. 
  6. ^ ab Hänel K, Stangler T, Stoldt M, Willbold D (مايو 2006). "يكشف هيكل المحلول لبروتين X4 المشفر بواسطة فيروس كورونا المرتبط بمتلازمة الالتهاب الرئوي الحاد عن طية تشبه الغلوبولين المناعي ويقترح نشاط ارتباط بمجالات الإنترجرين I". J. Biomed. Sci . 13 (3): 281–93. doi : 10.1007/s11373-005-9043-9 . PMC 7089389. PMID  16328780 . 
  7. ^ ساتيا ن ، لال إس كيه (2007). “البيولوجيا الجزيئية لفيروس السارس التاجي”. آن نيويورك أكاد العلوم . 1102 (1): 26-38. بيب كود :2007NYASA1102...26S. دوى : 10.1196/حوليات.1408.002 . بمك 7168024 . بميد  17470909. 
  8. ^ Pekosz A, Schaecher SR, Diamond MS, Fremont DH, Sims AC, Baric RS (2006). "بنية وتعبير وتوطين البروتينات الإضافية 7a و7b لفيروس كورونا المستجد في الخلايا". Adv Exp Med Biol . التقدم في الطب التجريبي وعلم الأحياء. 581 : 115–20. doi : 10.1007/978-0-387-33012-9_20 . ISBN 978-0-387-26202-4. PMC  7123408 . PMID  17037516.
  9. ^ كاو، زينغوو؛ شيا، هونغجي؛ راجسباوم، ريكاردو؛ شيا، شيانزو؛ وانغ، هواليه؛ شي، باي يونج (مارس 2021). "يوبيكويتين بروتين سارس-كوف-2 أو آر إف 7 إيه يعزز من مقاومة استجابة الإنترفيرون". علم المناعة الخلوي والجزيئي . 18 (3): 746-748. doi :10.1038/s41423-020-00603-6. PMC 7815971. PMID  33473190 . 
  10. ^ Pekosz, Andrew; Schaecher, Scott R.; Diamond, Michael S.; Fremont, Daved H.; Sims, Amy C.; Baric, Ralph S. (2006). "بنية وتعبير وتوطين البروتينات الملحقة بفيروس كورونا المستجد 7a و7b داخل الخلايا". The Nidoviruses . التقدم في الطب التجريبي وعلم الأحياء. 581 : 115–120. doi :10.1007/978-0-387-33012-9_20. ISBN 978-0-387-26202-4. PMC  7123408 . PMID  17037516.
  11. ^ تشانغ جينغ. كروز كوزمي، روث؛ تشوانغ، منغ وي؛ ليو، دونغشياو؛ ليو، يوان؛ تنغ، شاولي. وانغ، باي هوي؛ تانغ ، تشيي (ديسمبر 2020). “دراسة نظامية وجزيئية للتوطين تحت الخلوي لبروتينات SARS-CoV-2”. نقل الإشارة والعلاج المستهدف . 5 (1): 269. دوى :10.1038/s41392-020-00372-8. بمك 7670843 . بميد  33203855. 
  12. ^ فلاور، توماس جي؛ بوفالو، كوزمو زد؛ هوي، ريتشارد إم؛ أليير، مارك؛ رين، شيويفينج؛ هيرلي، جيمس إتش (12 يناير 2021). "بنية SARS-CoV-2 ORF8، بروتين التهرب المناعي سريع التطور". وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 118 (2): e2021785118. doi :10.1073/pnas.2021785118. PMC 7812859. PMID  33361333 . 
  13. ^ ماريانو، جوزيبينا؛ فارثينج، ريبيكا جيه؛ لال-فارجات، شامار إل إم؛ بيرجيرون، جوليان آر سي (17 ديسمبر 2020). "التوصيف البنيوي لفيروس سارس-كوف-2: أين نحن، وأين يجب أن نكون". فرونتيرز في العلوم البيولوجية الجزيئية . 7 : 605236. doi : 10.3389/fmolb.2020.605236 . PMC 7773825. PMID  33392262 . 
  14. ^ ab Neches, Russell Y.; Kyrpides, Nikos C.; Ouzounis, Christos A. (23 فبراير 2021). "التباعد غير النمطي لجين Orf8 من فيروس كورونا المستجد 2 من Orf7a ضمن سلالة فيروس كورونا يشير إلى استراتيجيات فيروسية خفية محتملة في التهرب المناعي". mBio . 12 (1). doi :10.1128/mBio.03014-20. PMC 7845636. PMID  33468697 . 
  15. ^ بيريرا، فيليبي (نوفمبر 2020). "الديناميكيات التطورية للجين الإضافي ORF8 لفيروس سارس-كوف-2". العدوى والوراثة والتطور . 85 : 104525. doi : 10.1016/j.meegid.2020.104525. PMC 7467077. PMID  32890763 . 
  16. ^ ab Tan, Yongjun; Schneider, Theresa; Leong, Matthew; Aravind, L.; Zhang, Dapeng (30 يونيو 2020). "بروتينات مجال الغلوبولين المناعي الجديدة توفر رؤى حول تطور ومرض الفيروسات المرتبطة بفيروس SARS-CoV-2". mBio . 11 (3). doi :10.1128/mBio.00760-20. PMC 7267882. PMID  32471829 . 
  17. ^ هولندا ، لاريندا أ. كايلين، إميلي أ؛ مقصود، ربيعة؛ استفانوس، بركيت؛ وو، ليلي الأول؛ فارساني، أرفيند؛ هالدن، رولف يو. هوغ، بريندا G.؛ سكوتش، ماثيو. ليم ، إفريم س. (يوليو 2020). “تم تحديد حذف 81 نيوكليوتيد في SARS-CoV-2 ORF7a من المراقبة الحارسة في أريزونا (من يناير إلى مارس 2020)”. مجلة علم الفيروسات . 94 (14): e00711-20. دوى :10.1128/JVI.00711-20. بمك 7343219 . بميد  32357959. 
  18. ^ Nemudryi, Artem; Nemudraia, Anna; Wiegand, Tanner; Nichols, Joseph; Snyder, Deann T.; Hedges, Jodi F.; Cicha, Calvin; Lee, Helen; Vanderwood, Karl K.; Bimczok, Diane; Jutila, Mark A.; Wiedenheft, Blake (يونيو 2021). "تحدد المراقبة الجينومية لفيروس كورونا المستجد (SARS-CoV-2) القطع الطبيعي لـORF7a الذي يحد من تثبيط المناعة". Cell Reports . 35 (9): 109197. doi :10.1016/j.celrep.2021.109197. PMC 8118641. PMID  34043946 . 
  19. ^ أديتيا، أمين؛ شيه هونغ. رويشودري، بافيترا؛ شريستا، لاساتا؛ لوبريينو، ميشيل؛ هوانغ، مي لي؛ جيروم، كيث ر . غريننجر ، ألكسندر ل. (أغسطس 2020). “تحديد عمليات الحذف الكبيرة المتعددة في ORF7a مما يؤدي إلى اندماج الجينات داخل الإطار في عزلات SARS-CoV-2 السريرية”. مجلة علم الفيروسات السريرية . 129 : 104523. دوى :10.1016/j.jcv.2020.104523. بمك 7309833 . بميد  32623351. 
تتضمن هذه المقالة نصًا من المجال العام Pfam و InterPro : IPR014888
تم الاسترجاع من "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=ORF7a&oldid=1184793400"
Original text
Rate this translation
Your feedback will be used to help improve Google Translate