جونستون أتول

تشمل أنواع الطيور البحرية المسجلة للتكاثر في الجزيرة المرجانية: طائر النوء بولور ، وطائر القطرس ذو الذيل الوتدي ، وطائر القطرس كريسماس ، وطائر الفايتون ذو الذيل الأبيض ، وطائر الفايتون ذو الذيل الأحمر ، وطائر الأطيش البني ، وطائر الأطيش أحمر القدمين ، وطائر الأطيش المقنع ، وطائر الفرقاطة الكبير ، وخرشنة النظارة ، وخرشنة السخام ، وخرشنة نودي البنية ، وخرشنة نودي السوداء ، وخرشنة بيضاء . وتُعد هذه الجزيرة أكبر مستعمرة في العالم لطيور الفايتون ذات الذيل الأحمر، حيث بلغ عدد أعشاشها 10800 عش في عام 2020. ^{[ 17 ]} كما تزورها الطيور الشاطئية المهاجرة ، بما في ذلك الزقزاق الذهبي الباسيفيكي ، والزقزاق الجوال ، والكركي ذو الفخذ الخشن ، والزقزاق الأحمر ، والزقزاق الرملي . ^{[ 18 ]} وقد تم الاعتراف بالجزيرة، بمياهها البحرية المحيطة، كمنطقة مهمة للطيور من قبل منظمة BirdLife International بسبب مستعمرات الطيور البحرية فيها . ^{[ 19 ]}

أول تسجيل غربي للجزيرة المرجانية كان في 2 سبتمبر 1796، عندما جنحت السفينة الأمريكية " سالي" المتمركزة في بوسطن عن طريق الخطأ على رصيف رملي بالقرب من الجزر. نشر قبطان السفينة، جوزيف بيربونت، تجربته في العديد من الصحف الأمريكية في العام التالي، واصفًا بدقة جزيرتي جونستون وساند، بالإضافة إلى جزء من الشعاب المرجانية. ومع ذلك، لم يُسمِّ المنطقة ولم يُعلن ملكيته لها. ^{[ 21 ]} لم تُسمَّ الجزر إلا بعد رصدها في 14 ديسمبر 1807، من على متن سفينة "إتش إم إس كورنواليس"  التابعة للبحرية الملكية ، بقيادة الكابتن تشارلز جيمس جونستون. ^{[ 22 ]} سجلت يوميات السفينة: "في 14 ديسمبر، تم اكتشاف جديد، وهما جزيرتان منخفضتان جدًا، عند خط عرض 16° 52′ شمالًا وخط طول 190° 26′ شرقًا، مع وجود شعاب مرجانية خطيرة إلى الشرق منهما، ولا يتجاوز امتدادهما الإجمالي أربعة أميال". ^{[ 23 ]}

في عام 1856، سنّت الولايات المتحدة قانون جزر الجوانو ، الذي سمح لمواطنيها بالاستيلاء على الجزر غير المأهولة وغير المطالب بها ^{[ 24 ]} التي تحتوي على رواسب الجوانو . وبموجب هذا القانون، استأجر ويليام باركر وآر إف رايان السفينة الشراعية فلسطين خصيصًا للعثور على جزيرة جونستون المرجانية. وقد عثرا على الجوانو في الجزيرة في 19 مارس 1858، ثم أعلنا ضم الجزيرة إلى الأراضي الأمريكية. ^{[ 25 ]} في العام نفسه، أبحر إس سي ألين على متن السفينة كالاما بتكليف من الملك كاميهاميها الرابع ملك هاواي ، إلى جزيرة جونستون المرجانية، وأزال العلم الأمريكي، وأعلن ضم الجزيرة إلى مملكة هاواي (14-19 يونيو 1858). ^{[ 24 ]} أطلق ألين على الجزيرة اسم "كالاما" وعلى الجزيرة الصغيرة المجاورة اسم "كورنواليس". ^{[ 26 ] [ 27 ]}

عند عودتهم في 22 يوليو 1858، ^{[ 24 ]} رفع قبطان سفينة فلسطين العلم الأمريكي مجددًا لتأكيد سيادة الولايات المتحدة على الجزيرة. إلا أنه في 27 يوليو، أُعلنت الجزيرة المرجانية "المهجورة" جزءًا من أراضي الملك كاميهاميها الرابع. ^{[ 27 ]} خلال زيارتها في يوليو، تركت سفينة فلسطين اثنين من أفراد طاقمها على الجزيرة لجمع الفوسفات . وفي وقت لاحق من ذلك العام، ألغى كاميهاميها عقد الإيجار الممنوح لألين عندما علم أن الولايات المتحدة كانت قد طالبت بالجزيرة المرجانية سابقًا. ^{[ 25 ]}

في عام 1872، رفعت أرملة باركر دعوى قضائية للمطالبة بملكية الجزيرة استنادًا إلى أعمال التطوير التي قام بها زوجها هناك. رفض المدعي العام الأمريكي هذا الادعاء لأن باركر كان قد باع حصته قبل ذلك بسنوات. ^{[ 28 ]}

بحلول عام ١٨٩٠، استُنزفت رواسب ذرق الطيور في الجزيرة المرجانية بالكامل تقريبًا (تم استخراجها) بفعل مصالح أمريكية تعمل بموجب قانون جزر ذرق الطيور. وفي عام ١٨٩٢، قامت سفينة إتش إم إس تشامبيون  بمسح الجزيرة ورسم خرائطها لتحديد مدى ملاءمتها كمحطة لكابلات التلغراف. (أُلغي هذا التحقيق عندما تقرر مدّ الكابل عبر جزيرة فانينغ ). ^{[ ٢٤ ]} وبحلول عام ١٨٩٨، استولت الولايات المتحدة على الجزيرة، ^{[ ٢٩ ]} وأُنشئت حكومة إقليمية أمريكية. وفي ١١ سبتمبر ١٩٠٩، قام هذا المكتب بتأجير جزيرة جونستون المرجانية لمواطن عادي، ماكس شليمين من هونولولو، لأغراض زراعية. نصّ عقد الإيجار على زراعة أشجار جوز الهند، وأن "المستأجر لا يسمح باستخدام المتفجرات في المياه المجاورة مباشرةً لأغراض قتل أو صيد الأسماك، ولا يسمح بتدمير أو صيد الطيور". ^{[ 24 ]} إلا أن المستأجر سرعان ما تخلى عن المشروع، وفي 9 أغسطس/آب 1918، أُعيد تخصيص عقد الإيجار لشركة صيد يابانية مقرها هونولولو. نقل قارب صغير مجموعة من العمال إلى الجزيرة، حيث بنوا سقيفة خشبية على الساحل الجنوبي الشرقي للجزيرة الكبيرة، ومدّوا خط سكة حديد صغيرًا على منحدر التل المنخفض لتسهيل إزالة ذرق الطيور. لم تكن كمية ذرق الطيور ولا جودته كافية لتغطية تكلفة جمعه، وسرعان ما تم التخلي عن المشروع. ^{[ 27 ]}

كانت بعثة تاناجر بعثة مشتركة برعاية وزارة الزراعة الأمريكية ومتحف بيشوب في هاواي ، زارت الجزيرة المرجانية عام ١٩٢٣. تألفت البعثة من فريقين برفقة قوافل من المدمرات، حيث غادر الفريق الأول هونولولو في ٧ يوليو ١٩٢٣ على متن المدمرة الأمريكية ويبوريل  ، التي أجرت أول مسح لجزيرة جونستون في القرن العشرين. أُجريت عمليات المسح الجوي ورسم الخرائط فوق جونستون باستخدام طائرة دوغلاس دي تي-٢ المائية المحمولة على ذيل المدمرة، والتي رُفعت إلى الماء للإقلاع. في الفترة من ١٠ إلى ٢٢ يوليو ١٩٢٣، سُجلت الجزيرة المرجانية في مشروع رائد للتصوير الجوي . غادرت المدمرة تاناجر  هونولولو في ١٦ يوليو وانضمت إلى ويبوريل لإكمال المسح، ثم توجهت إلى جزيرة ويك لإجراء مسوحات أخرى هناك. ^{[ 30 ]} نُصبت الخيام على الشاطئ الجنوبي الغربي ذي الرمال البيضاء الناعمة، وأُجري مسح بيولوجي شامل. كانت مئات الطيور البحرية من اثني عشر نوعًا هي السكان الرئيسيين، إلى جانب السحالي والحشرات وسرطانات الناسك. وامتلأت الشعاب المرجانية والمياه الضحلة بالأسماك وغيرها من الكائنات البحرية. ^{[ 27 ]}

في 29 يونيو 1926، وبموجب الأمر التنفيذي رقم 4467 ، أنشأ الرئيس كالفين كوليدج محمية جزيرة جونستون كمحمية طيور اتحادية ووضعها تحت إشراف وزارة الزراعة الأمريكية ، باعتبارها "ملاذاً وأرضاً لتكاثر الطيور المحلية". ^{[ 31 ]} أُضيفت جزيرة جونستون المرجانية إلى نظام محميات الحياة البرية الوطنية في الولايات المتحدة في عام 1926، وأُعيد تسميتها إلى محمية جزيرة جونستون الوطنية للحياة البرية في عام 1940. ^{[ 32 ]} أُنشئت محمية جزيرة جونستون المرجانية الوطنية للحياة البرية لحماية النظام البيئي الاستوائي والحياة البرية التي يأويها. ^{[ 33 ]} ومع ذلك، لم يكن لدى وزارة الزراعة سفن، وكانت البحرية الأمريكية مهتمة بالجزيرة المرجانية لأسباب استراتيجية، لذلك بموجب الأمر التنفيذي 6935 في 29 ديسمبر 1934، وضع الرئيس فرانكلين د. روزفلت الجزر تحت "سيطرة وولاية وزير البحرية للأغراض الإدارية"، ولكنها تخضع للاستخدام كملجأ وأرض تكاثر للطيور المحلية، تحت وزارة الداخلية الأمريكية .

في 14 فبراير 1941، أصدر الرئيس فرانكلين روزفلت الأمر التنفيذي رقم 8682 لإنشاء مناطق دفاع بحري في أراضي وسط المحيط الهادئ. أنشأ هذا الأمر "منطقة جونستون آيلاند البحرية الدفاعية"، التي تشمل المياه الإقليمية الواقعة بين أعلى مستوى للمد والحدود البحرية التي تمتد لثلاثة أميال حول الجزيرة المرجانية. كما تم إنشاء "محمية جونستون آيلاند للمجال الجوي البحري" لتقييد الوصول إلى المجال الجوي فوق منطقة الدفاع البحري. لم يُسمح بدخول مناطق الدفاع البحري في جونستون إلا لسفن وطائرات الحكومة الأمريكية، ما لم يُصرّح بذلك وزير البحرية .

في عام 1990، تم تعيين اثنين من موظفي خدمة الأسماك والحياة البرية الأمريكية بدوام كامل، وهما مدير محمية وعالم أحياء، في جزيرة جونستون المرجانية للتعامل مع الأنشطة المتزايدة المتعلقة بالتنوع البيولوجي والملوثات والصراع على الموارد. ^{[ 34 ]}

بعد انتهاء المهمة العسكرية في الجزيرة عام ٢٠٠٤، أُديرت الجزيرة المرجانية من قِبل مجمع محميات الحياة البرية الوطنية للجزر النائية في المحيط الهادئ . أُديرت الجزر الخارجية وحقوق المياه بشكل تعاوني من قِبل إدارة الأسماك والحياة البرية، بينما بقيت بعض مساحة جزيرة جونستون الفعلية تحت سيطرة القوات الجوية الأمريكية لأغراض المعالجة البيئية، ووكالة الحد من التهديدات الدفاعية لأغراض تنظيف البلوتونيوم. إلا أنه في ٦ يناير ٢٠٠٩، وبموجب المادة ٢ من قانون الآثار ، أنشأ الرئيس جورج دبليو بوش النصب التذكاري البحري الوطني للجزر النائية في المحيط الهادئ لإدارة وحماية جزيرة جونستون إلى جانب ست جزر أخرى في المحيط الهادئ. ^{[ ٣٥ ]} يضم النصب التذكاري الوطني محمية جونستون أتول الوطنية للحياة البرية ضمن حدوده، ويحتوي على ٦٩٦ فدانًا (٢.٨٢ كيلومتر ^مربع ) من اليابسة وأكثر من ٨٠٠,٠٠٠ فدان (٣,٢٠٠ كيلومتر ^مربع ) من المياه. ^{[ 36 ]} في عام 2014، وسّعت إدارة الرئيس باراك أوباما نطاق المنطقة المحمية لتشمل كامل المنطقة الاقتصادية الخالصة ، وذلك بحظر جميع أنشطة الصيد التجاري. وفي إطار مراجعة أجريت عام 2017 لجميع المعالم الوطنية التي تم توسيع نطاقها منذ عام 1996، أوصى وزير الداخلية آنذاك، رايان زينك، بالسماح بالصيد خارج حدود الـ 12 ميلاً. ^{[ 37 ]}  

في 29 ديسمبر 1934، أصدر الرئيس فرانكلين د. روزفلت الأمر التنفيذي رقم 6935 الذي نقل بموجبه السيطرة على جزيرة جونستون المرجانية إلى البحرية الأمريكية التابعة للمنطقة البحرية الرابعة عشرة في بيرل هاربر، لإنشاء قاعدة جوية ، كما نقلها إلى وزارة الداخلية الأمريكية لإدارة محمية الطيور. وفي عام 1948، تولت القوات الجوية الأمريكية السيطرة على الجزيرة المرجانية. ^{[ 1 ]}

خلال سلسلة التجارب النووية "عملية هاردتاك" التي أجريت في الفترة من 22 أبريل  إلى 19 أغسطس 1958، أُسندت إدارة جزيرة جونستون المرجانية إلى قائد فرقة العمل المشتركة السابعة . وبعد انتهاء التجارب، عادت الجزيرة إلى قيادة القوات الجوية الأمريكية. ^{[ 38 ]}

خلال البرنامج النووي للولايات المتحدة، وتحديداً بين أواخر الأربعينيات وعام 1962، تم تنفيذ عمليات اختبار نووي على ارتفاعات عالية في الجزيرة المرجانية. ^{[ 39 ]}

في عام 1970، أُعيدت السيطرة التشغيلية إلى القوات الجوية حتى يوليو 1973، حين أسند وزير الدفاع مسؤولية إدارة القاعدة إلى وكالة الأسلحة الخاصة الدفاعية . وعلى مر السنين، تعاقبت على إدارة القاعدة منظماتٌ مختلفة، منها وكالة الدعم الذري الدفاعي (DASA) من عام 1959 إلى 1971، ووكالة الدفاع النووي (DNA) من عام 1971 إلى 1996، ووكالة الأسلحة الخاصة الدفاعية (DSWA) من عام 1996 إلى 1998. وفي عام 1998، دُمجت وكالة الأسلحة الخاصة الدفاعية مع عناصر مختارة من مكتب وزير الدفاع لتشكيل وكالة الحد من التهديدات الدفاعية (DTRA). ^{[ 40 ]} وفي عام 1999، نُقلت مسؤولية إدارة القاعدة من وكالة الحد من التهديدات الدفاعية مرة أخرى إلى القوات الجوية حتى انتهاء مهمة القوات الجوية في عام 2004 وإغلاق القاعدة.

في عام ١٩٣٥، قام أفراد من الجناح الثاني للدوريات التابع للبحرية الأمريكية ببعض أعمال البناء البسيطة لتطوير الجزيرة المرجانية لتسهيل عمليات الطائرات المائية. وفي عام ١٩٣٦، بدأت البحرية أولى التغييرات العديدة لتوسيع مساحة الجزيرة. فقد شيدوا بعض المباني ومرفأً للقوارب على جزيرة ساند، وفجروا الشعاب المرجانية لتوفير مساحة هبوط للطائرات المائية بطول ١١٠٠ متر (٣٦٠٠ قدم) . ^{[ ٣ ]} وقد قامت عدة طائرات مائية برحلات جوية من هاواي إلى جونستون، منها رحلة سرب مكون من ست طائرات في نوفمبر ١٩٣٥. 

في نوفمبر 1939، باشر مقاولون مدنيون أعمالاً إضافية في جزيرة ساند لتمكين تشغيل سرب واحد من طائرات الدورية مع سفن الدعم. تم تجريف جزء من البحيرة، واستُخدمت المواد المستخرجة لإنشاء موقف سيارات متصل بجزيرة ساند عبر جسر بطول 610 أمتار . تم تجهيز ثلاثة مهابط للطائرات المائية، أحدها بمساحة 3350 × 300 متر، ومهبطان متقاطعان بمساحة 2130 × 240 متر لكل منهما ، وتم تجريفهما إلى عمق 2.4 متر . شُيِّدت في جزيرة ساند ثكنات تتسع لـ 400 رجل، وقاعة طعام، ومستشفى تحت الأرض، ومحطة إذاعية، وخزانات مياه، وبرج مراقبة فولاذي بارتفاع 30 مترًا . ^{[ 3 ]} في ديسمبر 1943، تمت إضافة 10 أفدنة (4.0 هكتارات) إضافية لموقف السيارات إلى قاعدة الطائرات المائية. ^{[ 3 ]}     

في 26 مايو 1942، تحطمت طائرة تابعة للبحرية الأمريكية من طراز كونسوليديتد PBY-5 كاتالينا قبالة جزيرة جونستون المرجانية. هبط قائد الطائرة هبوطًا عاديًا، ثم ضغط على دواسة الوقود للإقلاع فورًا. عند سرعة تقارب 50 عقدة، انحرفت الطائرة إلى اليسار ودخلت في دوامة مائية عنيفة. انشطرت هيكل الطائرة، وغرقت الكاتالينا على الفور. ^{[ 41 ]}

بعد الحرب، في 27 مارس 1949، اضطرت طائرة من طراز PBY-6A كاتالينا إلى الهبوط اضطرارياً أثناء رحلة من كواجالين إلى جزيرة جونستون. تضررت الطائرة بشكل لا يمكن إصلاحه، وتم إنقاذ طاقمها المكون من 11 فرداً بعد تسع ساعات بواسطة سفينة تابعة للبحرية، والتي أغرقت الطائرة بنيرانها. ^{[ 42 ]}

في عام 1958، كانت هناك مناقشة لاتفاقية دعم مقترحة لعمليات الطائرات المائية التابعة للبحرية في جزيرة جونستون، إلا أنها لم تُستكمل قط بسبب عدم تحقق أحد متطلبات العملية. ^{[ 34 ]}

بحلول سبتمبر 1941، بدأ تشييد مهبط طائرات في جزيرة جونستون. شُيّد مدرج بطول 1220 مترًا وعرض 150 مترًا، بالإضافة إلى ثكنتين تتسع كل منهما لـ 400 جندي، وقاعتي طعام، ومبنى للتبريد، ومستشفى تحت الأرض، ومحطة لمعالجة المياه العذبة، ومبانٍ للورش، ومستودع للوقود. اكتمل بناء المدرج في 7 ديسمبر 1941، وفي ديسمبر 1943، وصلت كتيبة الإنشاءات البحرية 99 إلى الجزيرة المرجانية، وشرعت في تمديد المدرج إلى 1800 متر . [ ^{3 ] وتم} تمديد المدرج وتحسينه مع توسع الجزيرة.  

خلال الحرب العالمية الثانية ، استُخدمت جزيرة جونستون المرجانية كقاعدة للتزود بالوقود للغواصات، ومحطةً لتزويد الطائرات الأمريكية بالوقود أثناء عبورها المحيط الهادئ، بما في ذلك طائرة بوينغ بي-29 إينولا غاي . ^{[ 2 ]} وبحلول عام 1944، أصبحت الجزيرة من أكثر محطات النقل الجوي ازدحامًا في المحيط الهادئ. وكانت طائرات الإخلاء الطبي الجوي التابعة لقيادة النقل الجوي تتوقف في جونستون في طريقها إلى هاواي. وبعد يوم النصر على اليابان في 14 أغسطس 1945، شهدت جونستون تحولًا في تدفق الأفراد والطائرات القادمة من البر الرئيسي إلى المحيط الهادئ. وبحلول عام 1947، مرّ أكثر من 1300 قاذفة من طراز بي-29 وبي-24 عبر جزر ماريانا ، وكواجالين ، وجزيرة جونستون، وأواهو في طريقها إلى قاعدة ماثر الجوية والحياة المدنية.

بعد الحرب العالمية الثانية، استُخدم مطار جونستون أتول تجاريًا من قِبل شركة طيران كونتيننتال إير ميكرونيزيا ، حيث كانت رحلاتها تهبط بين هونولولو وماجورو . عند هبوط الطائرة، كان الجنود يُحيطون بها، ويُمنع الركاب من مغادرتها. كما كانت شركة ألوها إيرلاينز تُسيّر رحلات أسبوعية مُجدولة إلى الجزيرة لنقل المدنيين والعسكريين. في تسعينيات القرن الماضي، كانت الرحلات شبه يومية، حيث وصل عدد الرحلات في بعض الأيام إلى ثلاث رحلات. ^{[ 43 ]} قبيل نقل الذخائر الكيميائية إلى جونستون أتول، راجع الجراح العام في دائرة الصحة العامة الشحنة وخطط التخزين في جونستون أتول. دفعت توصياته وزير الدفاع إلى إصدار تعليمات في ديسمبر 1970 بتعليق إطلاق الصواريخ وجميع رحلات الطائرات غير الضرورية. ونتيجة لذلك، توقفت خدمة طيران ميكرونيزيا على الفور، وتوقفت عمليات إطلاق الصواريخ، باستثناء عمليتي إطلاق قمر صناعي في عام 1975 اعتُبرتا حاسمتين لمهمة الجزيرة. ^{[ 34 ]}

كانت هناك أوقات عديدة استدعت فيها الحاجة إلى المدرج للهبوط الاضطراري للطائرات المدنية والعسكرية. وعندما أُغلق المدرج، لم يعد يصلح كموقع محتمل للهبوط الاضطراري عند التخطيط لرحلات الطيران عبر المحيط الهادئ. في عام ٢٠٠٣، كان مطار جونستون أتول يتألف من مدرج واحد مغلق غير مُصان بطول ٩٠٠٠ قدم (٢٧٠٠ متر) من الأسفلت/الخرسانة (٥/٢٣)، وممر موازٍ له، ومنحدر كبير مُعبّد على طول الجانب الجنوبي الشرقي من المدرج. ^{[ ٤٣ ]} 

في فبراير 1941، أُعلنت جزيرة جونستون المرجانية منطقة بحرية دفاعية ومجالًا جويًا محميًا تابعًا للبحرية الأمريكية. في يوم الهجوم الياباني على بيرل هاربر، الموافق 7 ديسمبر 1941، كانت المدمرة الأمريكية " إنديانابوليس"  خارج مينائها الأم بيرل هاربر لإجراء تدريب على قصف جزيرة جونستون. وقع الهجوم الياباني على بيرل هاربر بينما كانت السفينة تُنزل جنودًا من مشاة البحرية ومدنيين ومؤنًا على الجزيرة المرجانية. ^{[ 44 ]} في 15 ديسمبر 1941، تعرضت الجزيرة المرجانية للقصف خارج الشعاب المرجانية من قبل غواصة يابانية، كانت قد شاركت في الهجوم على بيرل هاربر قبل ثمانية أيام. تضررت عدة مبانٍ، بما في ذلك محطة توليد الكهرباء، لكن لم يُصب أي من الأفراد. ^{[ 3 ] : 159} وقع قصف ياباني إضافي في 22 و23 ديسمبر 1941. في جميع الحالات، ردت مدفعية جونستون الساحلية بإطلاق النار، مما أجبر الغواصة على التراجع.

في يوليو 1942، استُبدل المتعاقدون المدنيون في الجزيرة المرجانية بـ 500 رجل من الكتيبة الخامسة والعاشرة للإنشاءات البحرية ، الذين قاموا بتوسيع مخازن الوقود وإنتاج المياه في القاعدة، وبنوا مرافق إضافية. غادرت الكتيبة الخامسة في يناير 1943. ^{[ 3 ] : 159} وفي ديسمبر 1943، وصلت الكتيبة 99 للإنشاءات البحرية إلى الجزيرة المرجانية. وشرعت في تمديد المدرج إلى 6000 قدم (1800 متر) وإضافة 10 أفدنة (4 هكتارات) من مواقف الطائرات المائية إلى القاعدة. ^{[ 3 ] : 160}  

في 25 يناير 1957، منحت وزارة الخزانة الأمريكية تصريحًا لمدة خمس سنوات لخفر السواحل الأمريكي لتشغيل وصيانة محطة إرسال نظام الملاحة بعيد المدى (لوران) في جزيرة جونستون المرجانية. وبعد عامين، في ديسمبر 1959، وافق وزير الدفاع على طلب وزير الخزانة باستخدام جزيرة ساند كموقع لمحطات لوران A وC التابعة لخفر السواحل الأمريكي. مُنح خفر السواحل الأمريكي إذنًا بإنشاء محطة لوران A وC في جزيرة ساند، على أن يُشغّلها أفراد من خفر السواحل الأمريكي حتى 30 يونيو 1992. أُلغي تصريح تشغيل محطة لوران في جزيرة جونستون عام 1962. وفي 1 نوفمبر 1957، تم تدشين محطة لوران-A جديدة تابعة لخفر السواحل الأمريكي . وبحلول عام 1958، بدأت محطة لوران التابعة لخفر السواحل في جزيرة جونستون البث على مدار الساعة، مما أرسى معيارًا جديدًا لنظام لوران في وسط المحيط الهادئ. أدى معدل الإرسال الجديد بين جزيرة جونستون وشعاب فرينش فريجيت إلى زيادة دقة تحديد المواقع في ممرات الملاحة البحرية من أواهو، هاواي، إلى جزيرة ميدواي. في السابق، كان ذلك مستحيلاً في بعض المناطق على طول هذا الطريق الملاحي الهام. توقفت محطة لوران-أ الأصلية التابعة لخفر السواحل الأمريكي في جزيرة جونستون عن العمل في 30 يونيو 1961، عندما بدأت المحطة الجديدة في جزيرة ساند المجاورة الإرسال باستخدام هوائي أكبر طوله 180 قدمًا.

تم إغلاق محطة لوران-سي في 1 يوليو 1992، وغادر جميع أفراد خفر السواحل والمعدات الإلكترونية والممتلكات في ذلك الشهر. ونُقلت المباني في جزيرة ساند إلى أنشطة أخرى. وأُزيلت هوائيات لوران السوطية من جزيرتي جونستون وساند، وهُدم برج لوران وهوائيه الذي يبلغ ارتفاعه 625 قدمًا في 3 ديسمبر 1992. ثم فُككت محطتا لوران إيه وسي والمباني في جزيرة ساند وأُزيلت. ^{[ 45 ] [ 46 ]}

حوّل البرنامج 437 صاروخ PGM-17 ثور إلى نظام أسلحة مضاد للأقمار الصناعية (ASAT) جاهز للعمليات، وهي قدرة ظلت سرية للغاية حتى بعد نشرها. تمت الموافقة على تطوير مهمة البرنامج 437 من قبل وزير الدفاع الأمريكي روبرت ماكنمارا في 20 نوفمبر 1962، وانطلقت من الجزيرة المرجانية. استخدم البرنامج 437 صواريخ ثور مُعدّلة كانت قد أُعيدت من بريطانيا العظمى، وكانت هذه ثاني عملية نووية أمريكية مضادة للأقمار الصناعية. أُجريت ثمانية عشر إطلاقًا إضافيًا لصواريخ ثور دون مدارية من جزيرة جونستون بين عامي 1964 و1975 لدعم البرنامج 437. في عامي 1965 و1966، أُطلقت أربعة صواريخ ثور من البرنامج 437 مزودة بـ"حمولات بديلة" لفحص الأقمار الصناعية. كان هذا تطويرًا للنظام يسمح بالتحقق البصري من الهدف قبل تدميره. ربما كانت هذه الرحلات مرتبطة ببرنامج 922 الذي طُوّر في أواخر الستينيات، وهو نسخة غير نووية من صاروخ ثور مزودة بنظام توجيه بالأشعة تحت الحمراء ورأس حربي شديد الانفجار. كانت صواريخ ثور نشطة بالقرب من منصتي إطلاق جزيرة جونستون بعد عام 1964. إلا أنه، وبسبب حرب فيتنام جزئيًا ، قامت وزارة الدفاع الأمريكية في أكتوبر 1970 بتحويل برنامج 437 إلى وضع الاستعداد كإجراء اقتصادي. أدت محادثات الحد من الأسلحة الاستراتيجية إلى معاهدة الصواريخ المضادة للصواريخ الباليستية التي حظرت "التدخل في وسائل التحقق الوطنية"، ما يعني أنه بموجب المعاهدة، لم يُسمح للصواريخ المضادة للأقمار الصناعية بمهاجمة أقمار التجسس السوفيتية. أُزيلت صواريخ ثور من جزيرة جونستون المرجانية ووُضعت في حالة احتياطية حربية في قاعدة فاندنبرغ الجوية من عام 1970 حتى توقف مهمة مكافحة الأقمار الصناعية من منشآت جزيرة جونستون في 10 أغسطس 1974. أُوقف البرنامج رسميًا في 1 أبريل 1975، عندما انقطعت أي إمكانية لإعادة إطلاق برنامج مكافحة الأقمار الصناعية. أُجريت 18 عملية إطلاق لصواريخ ثور لدعم مهمة الحمولة البديلة (AP) ضمن البرنامج 437 من منصات الإطلاق في جزيرة جونستون المرجانية. ^{[ 6 ]} أُطلق صاروخان من طراز ثور من الجزيرة في أواخر عام 1975، بعد أشهر من تاريخ "الإيقاف الرسمي".

كان نظام الكشف والتتبع الفضائي (SPADATS) ^{[ 50 ]} يُشغَّل من قِبَل قيادة الدفاع الجوي لأمريكا الشمالية ( NORAD ) إلى جانب نظام Spacetrack التابع للقوات الجوية الأمريكية ، ونظام مراقبة الفضاء التابع للبحرية ، ووحدة تتبع الأقمار الصناعية التابعة لقيادة الدفاع الجوي للقوات الكندية . كما شغَّل مرصد سميثسونيان للفيزياء الفلكية اثني عشر نظامًا من كاميرات بيكر-نان، يزن كل منها 3.5 طن (لم يكن أي منها في جونستون)، وذلك لتصنيف الأقمار الصناعية. وكان لدى القوات الجوية الأمريكية عشر محطات لكاميرات بيكر-نان حول العالم، معظمها من عام 1960 إلى عام 1977، مع بدء التخلص التدريجي منها في عام 1964. ^{[ 51 ]}

أُنشئت محطة كاميرا بيكر-نان الفضائية في جزيرة ساند، وبدأت العمل بحلول عام 1965. ^{[ 34 ]} تولى سرب المراقبة الثامن عشر التابع لسلاح الجو الأمريكي تشغيل كاميرا بيكر-نان في محطة بُنيت على طول الجسر في جزيرة ساند حتى عام 1975، حين مُنح عقد تشغيل المحطات الأربع المتبقية التابعة لسلاح الجو لشركة بنديكس للهندسة الميدانية . وفي عام 1977 تقريبًا، نُقلت الكاميرا من جزيرة ساند إلى دايغو ، كوريا الجنوبية . ^{[ 27 ]} أصبحت كاميرات بيكر-نان قديمة الطراز مع بدء التشغيل الأولي لثلاثة مواقع تتبع بصري تابعة لنظام GEODSS في دايغو، كوريا؛ وجبل هالياكالا ، وماوي، وميدان وايت ساندز للصواريخ . وبدأ تشغيل موقع رابع في عام 1985 في دييغو غارسيا ، بينما أُلغي مشروع موقع خامس في البرتغال. أُغلق موقع دايغو، كوريا، بسبب تداخل أضواء المدينة. قام نظام GEODSS بتتبع الأقمار الصناعية ليلاً، على الرغم من أن موقع اختبار مختبر لينكولن التابع لمعهد ماساتشوستس للتكنولوجيا ، والذي يقع في نفس موقع الموقع 1 في وايت ساندز، قام بتتبع الكويكبات نهاراً كدليل على المفهوم في أوائل الثمانينيات. ^{[ 51 ]}

كان مشروع نظام مراقبة الأقمار الصناعية والصواريخ (SAMOS-E) أو "E-6" سلسلة قصيرة العمر نسبيًا من أقمار الاستطلاع البصري الأمريكية في أوائل الستينيات. عُرف SAMOS أيضًا بالمصطلحين غير المصنفين "البرنامج 101" و"البرنامج 201". ^{[ 52 ]} استُخدم برنامج القوات الجوية كغطاء للتطوير الأولي لأنظمة أقمار الاستطلاع "كي هول" التابعة لوكالة المخابرات المركزية (بما في ذلك "كورونا" و "غامبيت "). ^{[ 53 ]} تم التصوير باستخدام كاميرات فيلمية ومراقبة تلفزيونية من مدارات أرضية منخفضة قطبية ، حيث تعود علب الأفلام عبر كبسولة ومظلة مع استرجاعها في الجو . أُطلق SAMOS لأول مرة في عام 1960، لكنه لم يبدأ العمل حتى عام 1963، حيث أُطلقت جميع المهمات من قاعدة فاندنبرغ الجوية. ^{[ 54 ]}

خلال الأشهر الأولى من برنامج ساموس، كان من الضروري ليس فقط إخفاء الجهود التقنية لمشروعي كورونا وجامبيت تحت ستار نشاط ساموس، بل أيضاً جعل أجزاء المركبة المدارية للنظامين متشابهة ظاهرياً. ولذلك، لم تُحدد بعض تفاصيل تكوين ساموس وفقاً للمنطق الهندسي بقدر ما حُددت بناءً على الحاجة إلى تمويه جامبيت. ومن ثم، نظرياً، كان من الممكن إطلاق جامبيت دون لفت انتباه الكثيرين إلى طبيعته الحقيقية. حُلت المشكلات المتعلقة بشبكات التتبع والاتصالات والاستعادة بقرار أواخر فبراير 1961 باستخدام جزيرة جونستون كمنطقة هبوط واستعادة كبسولات الفيلم الخاصة بالبرنامج. ^{[ 55 ]} في 10 يوليو 1961، بدأ العمل في أربعة مبانٍ تابعة لمركز عمليات الاستعادة في جزيرة جونستون التابع للمكتب الوطني للاستطلاع . وكان رجال من منشأة جونستون أتول يستعيدون كبسولات الفيلم المظلية باستخدام طائرة JC-130 مجهزة بالرادار، وذلك بالتقاطها في الجو بواسطة جهاز استعادة متخصص. ^{[ 56 ]} كان مركز الاستعادة مسؤولاً أيضاً عن جمع حاويات البيانات العلمية المشعة التي تم إسقاطها من الصواريخ بعد الإطلاق والتفجير النووي . ^{[ 57 ]}

خضعت الجزيرة المرجانية لتجارب أسلحة بيولوجية واسعة النطاق على مدى أربع سنوات بدءًا من عام 1965. وكانت التجارب الاستراتيجية الأمريكية للأسلحة البيولوجية مكلفة ومعقدة مثل تجارب القنابل الهيدروجينية الأولى في جزيرة إنيويتوك المرجانية . وقد شملت هذه التجارب عددًا كافيًا من السفن لتكوين خامس أكبر أسطول بحري مستقل في العالم. وشملت إحدى التجارب عدة سفن تحمل مئات من قرود الريسوس . ويُقدّر أن طائرة نفاثة واحدة مزودة برذاذ سلاح بيولوجي "قد تكون أكثر فعالية في التسبب في وفيات بشرية من قنبلة هيدروجينية بقوة عشرة ميغا طن". ^{[ 5 ]}

في الفترة التي سبقت تجارب الحرب البيولوجية في المحيط الهادئ ضمن مشروع 112 ومشروع شاد ، اكتُشف فيروس جديد خلال برنامج المسح البيولوجي للمحيط الهادئ بواسطة فرق من قسم الطيور التابع لمؤسسة سميثسونيان على متن قاطرة تابعة للجيش الأمريكي مشاركة في البرنامج. في البداية، كان اسم المشروع "مشروع علم الطيور في المحيط الهادئ"، ولكن تم تغييره بعد أن لاحظ أحدهم الاختصار الطبيعي "POOP". ^{[ 58 ]} عُزل الفيروس المنقول بالقراد لأول مرة عام 1964، واكتُشف في قراد Ornithodoros capensis ، الذي عُثر عليه في عش طائر الخرشنة الشائعة ( Anous stolidus ) في جزيرة ساند، جونستون أتول. سُمي هذا الفيروس "فيروس جونستون أتول " وهو من عائلة فيروسات الإنفلونزا. ^{[ 59 ]}

في فبراير ومارس وأبريل من عام 1965، استُخدمت جزيرة جونستون المرجانية لشنّ هجمات بيولوجية على سفن تابعة للجيش الأمريكي والبحرية الأمريكية على بُعد 160 كيلومترًا (100 ميل) جنوب غرب جزيرة جونستون، وذلك في اختبارات لتقييم نقاط الضعف والدفاع والتطهير أجراها مركز ديزيريت للاختبارات ضمن مشروع شاد (SHAD) التابع للمشروع 112. كان يُطلق على الاختبار DTC 64-4 (مركز ديزيريت للاختبارات) في البداية اسم "التقييم البيولوجي الأحمر" (RED BEVA)، ثم غُيّر اسمه لاحقًا إلى "شيدي غروف" (Shady Grove)، على الأرجح لأسباب تتعلق بالأمن العملياتي. وشملت العوامل البيولوجية التي أُطلقت خلال هذا الاختبار: فرانسيسلا تولارينسيس (المعروفة سابقًا باسم باستوريلا تولارينسيس ) (العامل UL)، المسبب لداء التولاريميا ؛ وكوكسيلا بورنيتي (العامل OU)، المسبب لحمى كيو ؛ وباسيلوس غلوبيغي (العامل BG). ^{[ 60 ]} خلال مشروع شاد، استُخدمت بكتيريا باسيلوس غلوبيغي لمحاكاة عوامل الحرب البيولوجية (مثل الجمرة الخبيثة )، لأنها كانت تُعتبر آنذاك ملوثًا ذا تأثير صحي ضئيل على البشر؛ إلا أنها تُعتبر الآن من مسببات الأمراض البشرية. ^{[ 61 ]} أطلقت سفن مُجهزة بجهاز النشر متعدد الرؤوس E-2 وطائرات A-4C مُجهزة بخزانات رش Aero 14B عوامل ممرضة حية في تسع تجارب جوية وأربع تجارب سطحية في المرحلة ب من سلسلة الاختبارات من 12 فبراير إلى 15 مارس 1965، وفي أربع تجارب جوية في المرحلة د من سلسلة الاختبارات من 22 مارس إلى 3 أبريل 1965. ^{[ 60 ]} 

بحسب جاك ألديرسون، أحد قدامى المحاربين في مشروع شاد، والذي كان يقود قاطرات الجيش، فإن المنطقة الثالثة في جونستون أتول كانت تقع في أقصى جزء من الجزيرة باتجاه الريح، وكانت تتألف من كوخ نيسن قابل للطي لإعداد الأسلحة وبعض الاتصالات. ^{[ 62 ]}

في عام 1970، أعاد الكونغرس تعريف المهمة العسكرية للجزيرة لتصبح تخزين وتدمير الأسلحة الكيميائية. استأجر جيش الولايات المتحدة 41 فدانًا (17 هكتارًا) في الجزيرة المرجانية لتخزين الأسلحة الكيميائية الموجودة في أوكيناوا ، اليابان. أصبحت جزيرة جونستون المرجانية موقعًا لتخزين الأسلحة الكيميائية في عام 1971، حيث احتوت على حوالي 6.6% من ترسانة الأسلحة الكيميائية للجيش الأمريكي . ^{[ 7 ]} نُقلت الأسلحة الكيميائية من أوكيناوا في إطار عملية "القبعة الحمراء" مع إعادة نشر السرية الكيميائية 267. وتضمنت صواريخ وألغامًا وقذائف مدفعية وحاويات كبيرة سعة طن واحد مملوءة بغاز السارين ، وغاز VX ، وغاز التقيؤ، وغازات مُسببة للتقرحات مثل غاز الخردل . كما تم تخزين الأسلحة الكيميائية من ألمانيا الغربية وأسلحة حقبة الحرب العالمية الثانية من جزر سليمان في الجزيرة بعد عام 1990. ^{[ 63 ]} تم تخزين العوامل الكيميائية في منطقة تخزين ريد هات عالية الأمان (RHSA) والتي تضمنت أكواخًا محصنة في منطقة تخزين الأسلحة ، ومبنى ريد هات (رقم 850)، ومستودعين للنفايات الخطرة ريد هات (رقم 851 ورقم 852)، ومنطقة تخزين مفتوحة، ومداخل أمنية وأبراج حراسة. 

بعض الأسلحة الأخرى المخزنة في الموقع شُحنت من مخازن الولايات المتحدة في ألمانيا الغربية عام ١٩٩٠. وجاءت هذه الشحنات عقب اتفاقية عام ١٩٨٦ بين الولايات المتحدة وألمانيا الغربية لنقل الذخائر. ^{[ ٦٤ ]} غادرت سفن تجارية تحمل الذخائر ألمانيا الغربية في إطار عمليتي "الثعبان الذهبي" و " الصندوق الفولاذي" في أكتوبر ١٩٩٠، ووصلت إلى جزيرة جونستون في ٦ نوفمبر ١٩٩٠. ورغم تفريغ السفن في غضون تسعة أيام، استمر تفريغ الذخائر وتخزينها حتى عام ١٩٩١. ^{[ ٦٥ ]} أما ما تبقى من الأسلحة الكيميائية فكان عبارة عن عدد قليل من أسلحة تعود إلى حقبة الحرب العالمية الثانية، شُحنت من جزر سليمان. ^{[ ٦٦ ]}

نُقل العامل البرتقالي إلى جزيرة جونستون المرجانية من جنوب فيتنام ومدينة غولفبورت بولاية ميسيسيبي عام 1972 ضمن عملية بيسر آيفي . وخُزّن في الركن الشمالي الغربي من الجزيرة، في موقع يُعرف باسم موقع تخزين مبيد الأعشاب البرتقالي، أو ما يُسمى "ساحة العامل البرتقالي". وفي نهاية المطاف، دُمّر العامل البرتقالي خلال عملية بيسر إتش أو على متن سفينة الحرق الهولندية إم تي فولكانوس في صيف عام 1977. ^{[ 8 ]} وأفادت وكالة حماية البيئة الأمريكية (EPA) أن 1,800,000 غالون من مبيد الأعشاب البرتقالي كانت مُخزّنة في جزيرة جونستون المرجانية، وأن 480,000 غالون إضافية كانت مُخزّنة في غولفبورت بولاية ميسيسيبي، نُقلت إلى جزيرة جونستون المرجانية لتدميرها. ^{[ 67 ]} وقد أدّى تسرب البراميل أثناء التخزين، والانسكابات أثناء عمليات إعادة التعبئة، إلى تلوث كلٍّ من منطقة التخزين والبحيرة بمخلفات مبيد الأعشاب ومُلوِّثه السام 2,3,7,8-رباعي كلورو ثنائي بنزوديوكسين . ^{[ 68 ] [ 69 ]}

كان نظام التخلص من العوامل الكيميائية في جزيرة جونستون المرجانية (JACADS) التابع للجيش الأمريكي أول منشأة متكاملة للتخلص من الأسلحة الكيميائية. بُنيت المنشأة لحرق الذخائر الكيميائية في الجزيرة، وبدأ التخطيط لها عام 1981، وبدأ البناء عام 1985، واكتمل بعد خمس سنوات. بعد اكتمال البناء وتحديد خصائص المنشأة، بدأ نظام JACADS اختبارات التحقق التشغيلي (OVT) في يونيو 1990. من عام 1990 حتى عام 1993، أجرى الجيش أربع فترات مُخططة من اختبارات التحقق التشغيلي (OVT)، وفقًا لما ينص عليه القانون العام 100-456. اكتملت اختبارات التحقق التشغيلي في مارس 1993، مُثبتةً كفاءة تقنية الحرق العكسي وأن عمليات نظام JACADS استوفت جميع المعايير البيئية. بدأ الانتقال إلى العمليات المتكاملة في مايو 1993، لكن المنشأة لم تبدأ عملياتها المتكاملة فعليًا حتى أغسطس 1993.

تم تفكيك جميع الأسلحة الكيميائية التي كانت مخزنة في جزيرة جونستون، وحرق المواد الكيميائية في مركز جونستون للأسلحة الكيميائية (JACADS)، واكتملت العملية في عام 2000. وفي وقت لاحق، تم الانتهاء من تدمير النفايات الخطرة الموروثة المرتبطة بتخزين الأسلحة الكيميائية وتنظيفها. هُدم مركز جونستون للأسلحة الكيميائية (JACADS) بحلول عام 2003، وجُردت الجزيرة من بنيتها التحتية المتبقية، وخضعت لمعالجة بيئية. ^{[ 63 ]}

في عام 2003، أُزيلت المباني والمنشآت، بما في ذلك تلك المستخدمة في برنامج JACADS، ووُضعت علامة على المدرج بأنه مغلق. وكانت آخر رحلة مغادرة للأفراد الرسميين في 15 يونيو 2004. بعد هذا التاريخ، أصبحت القاعدة مهجورة تمامًا، ولم يتبق منها سوى مبنى مركز العمليات المشتركة (JOC) في الطرف الشرقي من المدرج، ومخابئ المواد الكيميائية في منطقة تخزين الأسلحة، وكوخ واحد على الأقل من نوع كوانسيت . ^{[ 70 ]}

بُني مركز العمليات المشتركة (JOC) عام 1964، وهو مبنى إداري من أربعة طوابق مصنوع من الخرسانة والفولاذ، يخدم الجزيرة، وهو خالٍ من النوافذ، وقد شُيّد ليتحمل إعصارًا استوائيًا من الفئة الرابعة، بالإضافة إلى التجارب النووية الجوية. لا يزال المبنى قائمًا، لكنه أُفرغ من محتوياته بالكامل عام 2004 خلال مشروع لإزالة الأسبستوس . جميع أبواب مركز العمليات المشتركة ملحومة ومغلقة باستثناء باب واحد. يضم الطابق الأرضي مبنىً جانبيًا ملحقًا يُستخدم كمرفق للتطهير، ويحتوي على ثلاثة ممرات طويلة متعرجة و55 رأس دش يمكن المرور من خلالها أثناء عملية التطهير. ^{[ 71 ]}

لا تزال صفوف المخابئ في منطقة تخزين ريد هات سليمة؛ ومع ذلك، تم إبرام اتفاقية بين الجيش الأمريكي ووكالة حماية البيئة (المنطقة التاسعة) في 21 أغسطس/آب 2003، تقضي بهدم مبنى نزع سلاح الذخائر في مركز جاكادس، واستخدام المخابئ في منطقة تخزين ريد هات للتخلص من مخلفات البناء. بعد وضع المخلفات داخل المخابئ، تم تأمينها، وسُدّت مداخلها بحاجز من كتل خرسانية (يُعرف أيضًا باسم حاجز الملك توت) لمنع الوصول إلى داخلها. ^{[ 34 ]}

على مر السنين، حدثت تسريبات للعامل البرتقالي، بالإضافة إلى تسريبات للأسلحة الكيميائية في منطقة تخزين الأسلحة، حيث استُخدمت مواد كيميائية كاوية مثل هيدروكسيد الصوديوم للتخفيف من آثار المواد السامة أثناء عمليات التنظيف. كما حدثت انسكابات أكبر لغازات الأعصاب والخردل داخل مركز التحكم في الأسلحة الكيميائية في قاعدة جونستون أتول للحماية من الحرائق. وأشارت وكالة حماية البيئة إلى تسربات صغيرة لمكونات الأسلحة الكيميائية من قاعدة جونستون أتول. وقد أُجريت دراسات متعددة على بيئة جونستون أتول ونظامها البيئي، ومن المرجح أن تكون هذه الجزيرة الأكثر دراسة في المحيط الهادئ. ^{[ 34 ]}

أظهرت الدراسات التي أُجريت في الجزيرة المرجانية حول تأثير تلوث ثنائي الفينيل متعدد الكلور (PCB) على أسماك الدامسيل المرجانية ( Abudefduf sordidus ) أن التشوهات الجنينية يمكن استخدامها كمقياس لمقارنة المناطق الملوثة وغير الملوثة. ^{[ 72 ]} وقد عُزي بعض تلوث ثنائي الفينيل متعدد الكلور في البحيرة إلى ممارسات التخلص من المحولات الكهربائية المحملة بهذا المركب من قبل خفر السواحل .

في عام 1962، بلغ تلوث البلوتونيوم ذروته قرب موقع الإطلاق المدمر، وفي البحيرة قبالة منصة الإطلاق، وبالقرب من جزيرة ساند، وذلك عقب ثلاث عمليات إطلاق فاشلة لصواريخ نووية. وقد أُزيل موقع الإطلاق الملوث، وجُمعت الأنقاض ودُفنت خلال توسعة الجزيرة عام 1962. وفي عام 1980، أُجري مسح إشعاعي شامل لتسجيل التلوث بالعناصر العابرة لليورانيوم الناتج عن عمليات إجهاض صواريخ ثور عام 1962. كما بدأ سلاح الجو الأمريكي أبحاثًا حول طرق إزالة تلوث الديوكسين من التربة نتيجة تسرب مبيد الأعشاب المخزن "العميل البرتقالي". ^{[ 34 ]} ومنذ ذلك الحين، أجرت السلطات الدفاعية الأمريكية سلسلة من الدراسات لمسح الجزيرة.

تم تفكيك المنشآت الملوثة وعزلها داخل موقع إطلاق صاروخ ثور رقم 1 (LE-1) السابق، كخطوة أولى في برنامج التنظيف. جُمع حوالي 45,000 طن من التربة الملوثة بالنظائر المشعة ووُضعت في منطقة مسيجة تغطي 24 فدانًا (9.7 هكتار) شمال الجزيرة. عُرفت هذه المنطقة باسم منطقة التحكم الإشعاعي، وكانت شديدة التلوث بالبلوتونيوم عالي الإشعاع. ^{[ 38 ] [ 73 ]} يقع "ساحة بلوتو" في موقع LE-1 حيث وقع انفجار الصاروخ عام 1962، وحيث دُفن أيضًا منحدر تحميل شديد التلوث، كان يُستخدم لتحميل حطام ملوث بالبلوتونيوم على قوارب صغيرة أُلقيت في البحر. شملت عملية المعالجة عملية "تعدين" للبلوتونيوم تُعرف باسم مشروع تنظيف التربة الملوثة بالبلوتونيوم في جونستون أتول. تم دفن التربة المشعة التي جُمعت وغيرها من المخلفات في مكب نفايات أُنشئ داخل منطقة LE-1 السابقة، وذلك خلال الفترة من يونيو 2002 وحتى 11 نوفمبر 2002. وشملت أعمال المعالجة في منطقة مراقبة الإشعاع بناء غطاء من المرجان بسماكة 61 سنتيمترًا لإغلاق مكب النفايات. وُضعت علامات دائمة في كل زاوية من زوايا مكب النفايات لتحديد موقعه. ^{[ 34 ]} 

عُرضت الجزيرة المرجانية للبيع بالمزاد العلني عبر إدارة الخدمات العامة الأمريكية (GSA) عام 2005 قبل سحبها. وعُرضت جزيرة جونستون المجردة للبيع لفترة وجيزة عام 2005 مع قيود عديدة على سند الملكية، باعتبارها "مقر إقامة أو منتجعًا لقضاء العطلات"، مع إمكانية استخدامها في "السياحة البيئية" من قِبل مكتب استخدام العقارات والتصرف التابع لإدارة الخدمات العامة. وشمل البيع المقترح الرمز البريدي الفريد 96558، الذي كان مخصصًا سابقًا للقوات المسلحة في المحيط الهادئ. ولم يشمل البيع المقترح توفير المياه الجارية أو الكهرباء أو إعادة تشغيل المدرج المغلق. وقد نُشرت تفاصيل العرض على موقع إدارة الخدمات العامة الإلكتروني وفي نشرة إخبارية لمركز تفسير استخدام الأراضي تحت مسمى "قائمة عقارات غير عادية رقم 6384، جزيرة جونستون". ^{[ 74 ] [ 75 ]}

في 22 أغسطس/آب 2006، ضرب إعصار إيوك جزيرة جونستون . مرّ الجدار الشرقي لعين الإعصار مباشرة فوق الجزيرة المرجانية، مصحوبًا برياح تجاوزت سرعتها 160 كيلومترًا في الساعة . كان اثنا عشر شخصًا متواجدين على الجزيرة وقت وصول الإعصار، وكان جزء من طاقم مُرسَلًا لإيصال متعاقد مع القوات الجوية الأمريكية لأخذ عينات من مستويات تلوث المياه الجوفية. نجا جميع الأشخاص الاثني عشر، وكتب أحدهم رواية مباشرة عن لجوئه إلى مبنى مركز العمليات المشتركة (JOC) هربًا من العاصفة. ^{[ 71 ]}  

في 9 ديسمبر/كانون الأول 2007، قامت قوات خفر السواحل الأمريكية بتنظيف مدرج مطار جزيرة جونستون من الحطام، واستخدمته في نقل صياد تايواني مريض إلى جزيرة أواهو في هاواي . وكان الصياد قد نُقل من سفينة الصيد التايوانية "شينغ يي تساي" رقم 166 إلى سفينة خفر السواحل "كوكوي" في 6 ديسمبر/كانون الأول 2007. ثم نُقل إلى الجزيرة، ومنها استقل طائرة إنقاذ من طراز "إتش سي-130 هيركوليز" تابعة لخفر السواحل من كودياك في ألاسكا . ^{[ 76 ]}

منذ إغلاق القاعدة، زارت العديد من السفن العابرة للمحيط الهادئ الجزيرة المرجانية، إذ تتمتع هذه الجزيرة المهجورة بجاذبية كبيرة نظراً للأنشطة التي كانت تُمارس فيها سابقاً. وقد دوّن الزوار تجاربهم في التوقف هناك خلال رحلاتهم، أو نشروا صوراً لزياراتهم. ^{[ 77 ]}

في عام ٢٠١٠، رصد فريق مسح تابع لهيئة الأسماك والحياة البرية سربًا من نمل أنوبوليبس غزا محمية جونستون أتول الوطنية للحياة البرية. هدد هذا النمل المجنون مستعمرات الطيور البحرية الحيوية، ما استدعى استئصاله. ^{[ ٧٨ ]} قادت هيئة الأسماك والحياة البرية الأمريكية مشروع "فريق مكافحة النمل المجنون"، الذي حقق انخفاضًا بنسبة ٩٩٪ في أعداد النمل بحلول عام ٢٠١٣. أقام الفريق في ملجأ كان يُستخدم سابقًا كمأوى من الإشعاع النووي ومكتب. ^{[ ٩ ] [ ٧٩ ]} تم استئصال هذا النوع بالكامل من الجزيرة المرجانية في عام ٢٠٢١. ^{[ ٨٠ ]}

في عام ٢٠٢٥، أُعلن عن الموقع كموقع مُخطط له لمختبر أبحاث القوات الجوية لاختبار توصيل الشحنات بواسطة صواريخ قابلة لإعادة الاستخدام ضمن برنامج شحن الصواريخ التابع للقوات الجوية. يهدف البرنامج إلى دعم توصيل الشحنات العسكرية إلى أي مكان في العالم في غضون ساعات. ستقوم القوات الجوية ببناء منصتي هبوط تدعمان ما يصل إلى عشر عمليات هبوط لمركبات العودة إلى الغلاف الجوي سنويًا على مدى أربع سنوات. صُممت مرحلة الاختبار هذه لعرض وتقييم قدرات البرنامج. ^{[ ٨١ ]}