يورياركيوتا

الموسوعة الحرة

يورياركيوتا
سلالة Halobacterium sp. NRC-1، يبلغ طول كل خلية حوالي 5 ميكرومتر.
التصنيف العلمي تعديل هذا التصنيف
اِختِصاص: أركيا
المملكة: Euryarchaeota
Woese ، كاندلر وويليس ، 1990 [1]
شعبة [2]
المرادفات
  • غير Euryarchaeota ss جاريتي وهولت 2002
  • يوريارتشايدا لوكيتا 2012
  • ميثانيوكرياتريس مارغوليس وشوارتز 1982

يورياركيوتا (من اليونانية القديمة εὐρύς eurús، "واسع، واسع") هي مملكة من العتائق . [3] يورياركيوتا متنوعة للغاية وتشمل الميثانوجينات ، التي تنتج الميثان وغالبًا ما توجد في الأمعاء؛ الهالوبكتريا ، التي تنجو من تركيزات شديدة من الملح ؛ وبعض الهوائيات واللاهوائيات شديدة المحبة للحرارة ، والتي تعيش عمومًا في درجات حرارة تتراوح بين 41 و122 درجة مئوية. يتم فصلها عن العتائق الأخرى بناءً بشكل أساسي على تسلسلات الرنا الريبوسومي وبوليميراز الحمض النووي الفريد الخاص بها. [4]

وصف

تتنوع الكائنات الحية الدقيقة في المظهر والخصائص الأيضية. تحتوي الشعبة على كائنات حية ذات أشكال متنوعة، بما في ذلك كل من القضبان والمكورات . قد تظهر الكائنات الحية الدقيقة إما إيجابية الجرام أو سلبية الجرام اعتمادًا على ما إذا كان الزائفة المورين موجودة في جدار الخلية. [5] تُظهر الكائنات الحية الدقيقة أيضًا أنماط حياة متنوعة، بما في ذلك الميثانوجينات والمحبة للملوحة ومخفضات الكبريتات والمحبة للحرارة الشديدة في كل منها. [ 5] يعيش البعض الآخر في المحيط، معلقين بالعوالق والبكتيريا. على الرغم من صعوبة زراعة هذه الكائنات الحية الدقيقة البحرية ودراستها في المختبر، إلا أن التسلسل الجينومي يشير إلى أنها كائنات غيرية التغذية متحركة . [6]

على الرغم من الاعتقاد السابق بأن اليورياركيوتا تعيش فقط في بيئات متطرفة (من حيث درجة الحرارة ومحتوى الملح و/أو الرقم الهيدروجيني)، إلا أن ورقة بحثية لكورزينكوف وآخرين نُشرت في يناير 2019 أظهرت أن اليورياركيوتا تعيش أيضًا في بيئات معتدلة، مثل البيئات الحمضية منخفضة الحرارة. في بعض الحالات، تفوق عدد اليورياركيوتا على البكتيريا الموجودة. [7] كما تم العثور على اليورياركيوتا في بيئات معتدلة أخرى مثل ينابيع المياه والمستنقعات والتربة ومناطق الجذور . [8] بعض اليورياركيوتا قابلة للتكيف بدرجة كبيرة؛ عادةً ما توجد رتبة تسمى Halobacteriales في بيئات شديدة الملوحة وغنية بالكبريت ولكنها يمكن أن تنمو أيضًا في تركيزات ملح منخفضة تصل إلى 2.5٪ في مياه البحر. [8] في مناطق الجذور، يبدو أن وجود اليورياركيوتا يعتمد على وجود الفطريات الفطرية ؛ ارتبط ارتفاع عدد الفطريات بزيادة تواتر وتنوع اليوراريكوتا، في حين ارتبط غياب الفطريات الميكورايسية بغياب اليوراريكوتا. [8]

الجدل حول التسمية

في عام 2022، تم تقديم المملكة المقترحة Methanobacteriati كاسم صالح لـ Euryarchaeota، والتي زُعم أنها غير صالحة تصنيفيًا وفقًا للمدونة الدولية لتسمية بدائيات النوى ، [9] والتي تعطي الأولوية للوصف الأول للأنواع/الأجناس المزروعة euryarchaea (باستخدام اللاحقة المنهجية - ati للمملكة). يفضل LPSN هذا الاقتراح ، [10] بإدراج Euryarchaeota كشعبة غير منشورة بشكل صحيح. [11]

يعتبر اسم Euryarchaeota حاليًا أيضًا ليس له أي أساس أو صلاحية وفقًا لـ SeqCode التنافسي ، والذي يقبل أوصافًا للتصنيفات غير المزروعة التي تم تحديدها من بيانات التسلسل. [12]

تم إدراج Euryarchaeota في متصفح التصنيف التابع للمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI) [13] كاسم حالي لشعبة (Euryarchaeota Garrity and Holt 2002 )، مع الأخذ في الاعتبار Methanobacteriota كمرادف غير متجانس. [14]

تم إدراج تصنيف Euryarchaeota أيضًا في دليل بيرجي لتصنيف العتائق والبكتيريا. [15]

لا يتم إدراج Euryarchaeota/ Methanobacteriati كتصنيف في قاعدة بيانات تصنيف الجينوم (GTDB) ولا يتم تطبيق مستوى المملكة، حتى لو كان من الممكن تحديده كفرع (Euryarchaeota ss).

نسالة

16S rRNA القائم على LTP _12_2021. [16] [17] [18]
أركيا

اقترحت تحليلات أخرى للتطور أن العتائق من فرع DPANN قد تنتمي أيضًا إلى Euryarchaeota وربما تكون مجموعة متعددة النشوء تحتل مواقع تطورية مختلفة داخل Euryarchaeota. كما أن هناك جدلًا حول ما إذا كان ينبغي تصنيف شعبة Altiarchaeota في DPANN أو Euryarchaeota. [19] يوجد أدناه رسم بياني يوضح هذا الاقتراح. [20] [21] المجموعات المحددة بين علامتي الاقتباس هي سلالات مخصصة لـ DPANN، ولكنها منفصلة تطوريًا عن البقية.

دومبروفسكي وآخرون 2019، [19] جوردان وآخرون 2017 [20] وكافاليير سميث 2020. [21]
أركيا

شجرة تطور ثالثة، 53 بروتينًا مميزًا استنادًا إلى GTDB 08-RS214. [22] [23] [24]

أركيا

"أونديناركايوتا"

"التارتشايوتا"

" هاداركايوتا "

"هادارشيا"

ميثانوباكتيريوتا_ب [25] [26]

ثيرموكوكس

"ميثانو مادا"
"الهيدروثيرمارشايوتا"

"الهيدروثيرمارشيا"

" الميثانوبكتيريا "
"نيويورياركايوتا"
"البلازما الحرارية"

"إيزيمارشيا" (MBG-D، E2)

"بوسيدونيا" (MGII & MGIII) [27]

البلازما الحرارية

"هالوباكتيريو"

أركيوجلوبيا

"ميثانوليباريا"

"السنتروفاركايا"

"ميثانوسيليا"

"ميثانوسارسينيا"

ميثانوسارسينيا_أ

ميثانوكروبيا

ميثانوناتروناركيا

البكتيريا الحلزونية

" البروتوأركيوتا "
يورياركايوتا س س

انظر أيضا

مراجع

  1. ^ Woese CR، Kandler O، Wheelis ML (يونيو 1990). "نحو نظام طبيعي للكائنات الحية: اقتراح لمجالات الأركيا والبكتيريا واليوكاريا". وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 87 (12): 4576–9. Bibcode :1990PNAS...87.4576W. doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC  54159. PMID  2112744 .
  2. ^ كاستيل سي جيه، بانفيلد جيه إف (2018). "مجموعات ميكروبية جديدة كبرى توسع التنوع وتغير فهمنا لشجرة الحياة". سيل . 172 (6): 1181-1197. doi : 10.1016/j.cell.2018.02.016 . PMID  29522741.
  3. ^ Hogan CM (2010). E. Monosson, C. Cleveland (eds.). "Archaea". موسوعة الأرض . المجلس الوطني للعلوم والبيئة . تم الاسترجاع في 18 أغسطس 2017 .
  4. ^ Lincoln SA, Wai B, Eppley JM, Church MJ, Summons RE, DeLong EF (يوليو 2014). "Planktonic Euryarchaeota are a significant source of archaeal tetraether lipids in the ocean". وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 111 (27): 9858–63. Bibcode :2014PNAS..111.9858L. doi : 10.1073/pnas.1409439111 . PMC 4103328. PMID  24946804 . 
  5. ^ ab Garrity GM, Holt JG (2015). "Euryarchaeota phy. nov.". في Whitman WB (محرر). دليل برجي لتصنيف العتائق والبكتيريا . جون وايلي وأولاده . doi :10.1002/9781118960608. ISBN 9781118960608.
  6. ^ Iverson V, Morris RM, Frazar CD, Berthiaume CT, Morales RL, Armbrust EV (فبراير 2012). "فك تشابك الجينومات من الميتاجينومات: الكشف عن فئة غير مزروعة من Euryarchaeota البحرية". Science . 335 (6068): 587–90. Bibcode :2012Sci...335..587I. doi :10.1126/science.1212665. PMID  22301318. S2CID  31381073.
  7. ^ Korzhenkov AA, Toshchakov SV, Bargiela R, Gibbard H, Ferrer M, Teplyuk AV, Jones DL, Kublanov IV, Golyshin PN, Golyshina OV (يناير 2019). "العتائق تهيمن على المجتمع الميكروبي في نظام بيئي بدرجة حرارة منخفضة إلى معتدلة وحموضة شديدة". ميكروبيوم . 7 (1): 11. doi : 10.1186/s40168-019-0623-8 . PMC 6350386. PMID  30691532 . 
  8. ^ abc Bomberg M, Timonen S (أكتوبر 2007). "توزيع الفطريات الجذرية واليورياركيوتا في أغلفة فطريات الصنوبر الاسكتلندي ودبال الغابات الشمالية". علم البيئة الميكروبية . 54 (3): 406-16. رمز Bibcode : 2007MicEc..54..406B. doi : 10.1007/s00248-007-9232-3. PMID  17334967. S2CID  19425171.
  9. ^ جوكر، ماركوس؛ أورين، أهارون (2024-01-22). "نشر صحيح لأسماء مجالين وسبع ممالك من بدائيات النوى". المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 74 (1). doi :10.1099/ijsem.0.006242. ISSN  1466-5026.
  10. ^ LPSN: Kingdom Methanobacteriati. تم الاسترجاع في 25 سبتمبر 2024.
  11. ^ LPSN: شعبة "Euryarchaeota". تم الاسترجاع في 25 سبتمبر 2024.
  12. ^ سجل SeqCode: “Euryarchaeota”. تم الاسترجاع في 25 سبتمبر 2024.
  13. ^ Sayers; et al. "Euryarchaeota". متصفح التصنيف . قاعدة بيانات التصنيف التابعة للمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI) . تم الاسترجاع في 2024-09-25 .
  14. ^ Sayers; et al. "Euryarchaeota". متصفح التصنيف . قاعدة بيانات التصنيف التابعة للمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI) . تم الاسترجاع في 2024-09-25 .
  15. ^ دليل برجي لتصنيف العتائق والبكتيريا: قائمة بالترتيب حسب المنطقة. آخر تحديث: 27 مارس 2017. مكتبة وايلي الإلكترونية، جون وايلي وأولاده، المحدودة. تم الاسترجاع في 25 سبتمبر 2024.
  16. ^ "The LTP" . تم الاسترجاع في 23 فبراير 2021 .
  17. ^ "شجرة LTP_all بتنسيق newick" . تم الاسترجاع في 23 فبراير 2021 .
  18. ^ "ملاحظات إصدار LTP_12_2021" (PDF) . تم الاسترجاع في 23 فبراير 2021 .
  19. ^ ab نينا دومبروفسكي، جون هو لي، توم أ. ويليامز، بيير أوفري، أنيا سبانج (2019). التنوع الجينومي وأنماط الحياة والأصول التطورية لعتائق DPANN. الطبيعة.
  20. ^ ab Jordan T. Bird, Brett J. Baker, Alexander J. Probst, Mircea Podar, Karen G. Lloyd (2017). المقارنات الجينومية المستقلة عن الثقافة تكشف عن التكيفات البيئية لـ Altiarchaeales. Frontiers.
  21. ^ ab Cavalier-Smith, Thomas; Chao, Ema E-Yung (2020). "أشجار بروتين الريبوسوم متعدد المجالات وأصل البكتيريا العصوية للنيومورا (حقيقيات النوى، البكتيريا القديمة)". Protoplasma . 257 (3): 621–753. doi :10.1007/s00709-019-01442-7. PMC 7203096. PMID  31900730 . 
  22. ^ "GTDB release 08-RS214". قاعدة بيانات تصنيف الجينوم . تم الاسترجاع في 6 ديسمبر 2021 .
  23. ^ "ar53_r214.sp_label". قاعدة بيانات تصنيف الجينوم . تم الاسترجاع في 10 مايو 2023 .
  24. ^ "تاريخ التصنيف". قاعدة بيانات تصنيف الجينوم . تم الاسترجاع في 6 ديسمبر 2021 .
  25. ^ أنيا سبانج، إيفا إف كاسيريس، ثيجس جيه جي إيتيما: الاستكشاف الجينومي للتنوع والبيئة والتطور في المجال القديم للحياة. في: مجلة العلوم المجلد 357 العدد 6351، eaaf3883، 11 أغسطس 2017، doi:10.1126/science.aaf3883
  26. ^ Sometines mispelled as Theinoarchaea: Catherine Badel, Gaël Erauso, Annika L. Gomez, Ryan Catchpole, Mathieu Gonnet, Jacques Oberto, Patrick Forterre, Violette Da Cunha: The global distribution and evolutionary history of the pT26‐2 archaeal plasmid family. In: environmental microbiology. sfam 10 Sep 2019. doi:10.1111/1462-2920.14800
  27. ^ NCBI: كانديداتوس بوسيدونيا (الطبقة)

قراءة إضافية

  • كافاليير سميث ت (يناير 2002). "أصل البكتيريا القديمة في النيومورا، الجذر السلبي للشجرة العالمية والتصنيف الضخم للبكتيريا". المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 52 (الجزء 1): 7-76. doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID  11837318.
  • Woese CR، Gupta R، Hahn CM، Zillig W، Tu J (1984). "العلاقات التطورية لثلاث بكتيريا عتيقة تعتمد على الكبريت". علم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطبيقي . 5 (1): 97-105. رمز Bibcode : 1984SyApM...5...97W. doi : 10.1016/S0723-2020(84)80054-5. PMID  11541975.
  • جاريتي جي إم، هولت جيه جي (2001). "شعبة أ. 2. Euryarchaeota phy. nov." في دي آر بون، آر دبليو كاستنهولز (المحرران). دليل برجي لعلم البكتيريا المنهجي المجلد 1: العتائق والبكتيريا المتفرعة والضوئية (الطبعة الثانية). نيويورك: سبرينغر فيرلاغ . ص 169. رقم ISBN 978-0-387-98771-2.
يوجد في ويكيميديا ​​كومنز الوسائط المتعلقة بـ Euryarchaeota .
تم الاسترجاع من "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Euryarchaeota&oldid=1248192578"
Original text
Rate this translation
Your feedback will be used to help improve Google Translate