نهر سانت جونز

ينقسم النهر إلى ثلاثة أحواض ومستجمعين مائيين تابعين لها ، تُدار من قِبل هيئة إدارة مياه نهر سانت جونز . ولأن النهر يتدفق شمالًا، يقع الحوض العلوي عند منابع النهر في أقصى نقطة جنوبية له. ^{[ 8 ] [ ملاحظة 1 ]} يبدأ النهر كشبكة من المستنقعات في مقاطعة إنديان ريفر ، عند نقطة غرب فيرو بيتش تُسمى مستنقع سانت جونز. وهو مجرى مائي أسود ، أي أنه يتغذى بشكل أساسي من المستنقعات والأهوار الواقعة تحته؛ حيث تتسرب المياه عبر التربة الرملية وتتجمع في وادٍ صغير. ^{[ 9 ]} تبلغ مساحة الحوض العلوي حوالي 2000 ميل مربع (5200 كيلومتر ^مربع ) ؛ ويتحول نهر سانت جونز إلى ممر مائي صالح للملاحة في مقاطعة بريفارد. يلامس النهر حدود مقاطعتي أوسولا وأورانج ويتدفق عبر الطرف الجنوبي الشرقي لمقاطعة سيمينول ، وينتقل إلى حوضه الأوسط على بعد حوالي 19 كيلومترًا شمال تيتوسفيل . ^{[ 8 ]}  

انخفض منسوب الحوض العلوي بشكل ملحوظ في عشرينيات القرن الماضي مع إنشاء مشروع تصريف مياه ملبورن تيلمان. وقد قام هذا المشروع بتصريف المياه من منابع النهر شرقًا إلى نهر إنديان عبر قنوات حُفرت عبر سلسلة جبال تين مايل ريدج بالقرب من بالم باي . وفي عام 2016، أنجز فيلق المهندسين بالجيش الأمريكي مشروع ترميم، أعاد التدفق الطبيعي إلى جزء كبير من المنطقة. ^{[ 10 ] [ 11 ]}

يبلغ النهر أضيق نقطة وأكثرها تقلباً في هذا الحوض. لا تظهر مسارات جريان النهر بوضوح، وعادةً ما تكون غير مُعلّمة. تُعدّ القوارب الهوائية الوسيلة الأمثل للتنقل في هذا الجزء من النهر . يقع ما يقارب 3500 بحيرة ضمن مستجمع المياه؛ جميعها ضحلة، حيث يتراوح أقصى عمق لها بين 1 و3 أمتار . [ ^{12 ] [ 13 ] يصبّ} النهر في العديد من هذه البحيرات، مما يزيد من صعوبة الملاحة. تقع ثماني بحيرات كبيرة وخمس بحيرات صغيرة في الجزء العلوي من الحوض؛ إحداها تُسمى بحيرة هيل آند بليزز (يُكتب اسمها أحيانًا بحيرة هيلين أو هيلين بليزز)، ^{[ 14 ]} في إشارة إلى الشتائم التي كان يرددها البحارة والصيادون في أوائل القرن التاسع عشر، عندما كانوا يُعانون من صعوبة الملاحة عبر الجزر العائمة المغطاة بالنباتات المائية ، أو الطمي والأعشاب، حيث كانت هذه الجزر تُغيّر مواقعها مع جريان النهر الزاحف. ^{[ 15 ]} تقع بحيرات واشنطن ، وويندر ، وبوينسيت على امتداد هذا الجزء من النهر. وتضم أقصى النقاط الشمالية للحوض العلوي محمية توسوهاتشي لإدارة الحياة البرية ، التي أُنشئت عام 1977 للمساعدة في ترشيح المياه المتدفقة إلى أسفل النهر. ^{[ 16 ]} 

Wetlands in the upper and middle basin are fed by rainwater trapped by the structure of the surrounding land. It is an oxygen- and nutrient-poor environment; what grows usually does so in peat which is created by centuries of decaying plant material.^[17] Water levels fluctuate with the subtropical wet and dry seasons. Rain in central and north Florida occurs seasonally during summer and winter, but farther south rain in winter is rare.^[18] All plants in these basins must tolerate water fluctuation, both flooding and drought. Sweetbay (Magnolia virginiana), cypress (Taxodium), and swamp tupelo (Nyssa biflora) trees often find great success in this region on raised land called hammocks.^[17] Trees that live in water for long periods usually have buttressed trunks, tangled, braided roots, or protrusions like cypress knees to obtain oxygen when under water, but the majority of plant life is aquatic. Wetland staples include the American white waterlily (Nymphaea odorata), pitcher plants, and Virginia iris (Iris virginica). In the southernmost points of the river, Cladium, or sawgrass, grows in vast swaths of wet prairie that at one time extended into the Everglades.^[19] These wetland flora are remarkably successful in filtering pollutants that otherwise find their way into the river.^[20]

يمتد النهر لمسافة 60 كيلومترًا (37 ميلًا) عبر حوض تبلغ مساحته 3100 كيلومتر مربع (1200 ميل ^مربع )، ويتغذى بشكل أساسي من الينابيع ومياه الأمطار. يمتد هذا الحوض عبر مقاطعات أورانج، ليك ، فولوسيا ، وسيمينول، ويضم منطقة أورلاندو الكبرى ، حيث يعيش مليونا نسمة، وتوجد فيه أهم المعالم السياحية. ^{[ 21 ]} تتنوع تضاريس المنطقة بين ضفاف واضحة المعالم على طول النهر وبحيرات واسعة ضحلة. وقد شكّل النهر اثنتين من أكبر البحيرات في الحوض الأوسط: بحيرة هارني وبحيرة مونرو . تتغذى بحيرة هارني الضحلة، التي تبلغ مساحتها 23 كيلومترًا مربعًا (9 أميال مربعة ) ^، من بحيرة بازل الطويلة والضيقة ؛ وإلى الشمال منها مباشرةً يقع نهر إيكونلوكهاتشي ، الذي يتحد مع النهر ليزيد من حجم مياهه، مما يُسهّل الملاحة للقوارب الكبيرة. ينحرف النهر غربًا، ويلتقي ببحيرة جيسوب قبل أن يصب في بحيرة مونرو بالقرب من سانفورد . عند هذه النقطة يبدأ الممر المائي الصالح للملاحة في نهر سانت جونز، والذي تتولى فيلق المهندسين بالجيش الأمريكي تجريفه وصيانته، بينما تتولى خفر السواحل الأمريكية صيانة علامات القناة . بحيرة مونرو، وهي بحيرة كبيرة تبلغ مساحتها 15 ميلاً مربعاً (39 كيلومتراً مربعاً ⁾ ويبلغ متوسط ​​عمقها 8 أقدام (2.4 متر) ، تُصرف مياه مستجمع مائي محيط بها تبلغ مساحته 2420 ميلاً مربعاً (6300 كيلومتر ^مربع ) . ^{[ 22 ]}      

يبلغ عمق قناة نهر سانت جونز، بعد مغادرته بحيرة مونرو، حوالي 2.4 متر (8 أقدام ) وعرضها 91 مترًا (100 ياردة)، ثم يلتقي بأهم روافده في الحوض الأوسط، وهو نهر ويكيفا الذي تغذيه الينابيع ، ويصب فيه ما يقارب 160 مليون لتر (42 مليون جالون أمريكي ) يوميًا. ^{[ 23 ]} وتُعد الغابات المحيطة بنهر ويكيفا موطنًا لأكبر تجمع للدببة السوداء ( Ursus americanus floridanus ) في فلوريدا؛ كما تكيفت عدة مجموعات من قرود الريسوس ( Macaca mulatta ) للعيش بالقرب من النهر. ولا يزال سبب وصول هذه القرود إلى فلوريدا غير واضح؛ إذ يُقال إنها جُلبت إما لاستخدامها في مشاهد خلفية لأفلام طرزان التي صُوّرت حول نهر سيلفر في ثلاثينيات القرن الماضي، أو لإضفاء جو من الواقعية على "رحلات السفاري في الأدغال" التي كان يُنظمها أحد مُشغّلي القوارب الطموحين في نفس الفترة تقريبًا. ^{[ 24 ] [ 25 ] [ 26 ]}   

تتميز ينابيع فلوريدا بدرجة حرارة ثابتة تبلغ 22 درجة مئوية (72 درجة فهرنهايت) على مدار العام؛ ولهذا السبب، يُعدّ نبع بلو سبرينغ موطنًا شتويًا لخراف البحر الهندية الغربية ( Trichechus manatus latirostris )، وهي محمية داخل منتزه بلو سبرينغ الحكومي. خراف البحر حيوانات ثديية مائية كبيرة الحجم وبطيئة الحركة وعاشبة، وتتمثل أبرز تهديداتها في التوسع العمراني البشري والاصطدامات مع القوارب سريعة الحركة. تُعتبر أجزاء كثيرة من نهر سانت جونز وروافده مناطق ممنوع فيها إحداث الأمواج لحماية خراف البحر من الإصابات الخطيرة أو المميتة التي قد تُسببها مراوح القوارب. ^{[ 27 ]} يُحظر التفاعل البشري مع خراف البحر في منتزه بلو سبرينغ الحكومي. ^{[ 28 ]}  

تُعدّ اللافقاريات من أهمّ الكائنات الحية في المستنقعات، فهي أساس الشبكات الغذائية . تستهلك اللافقاريات البرمائية، مثل قواقع التفاح ( Pomacea paludosa ) وجراد البحر والروبيان العشبي ، المواد النباتية، مما يُسرّع تحلّلها ويُشكّل مصدرًا غذائيًا للأسماك والطيور. تستخدم يرقات الحشرات الماء للتكاثر، متغذيةً على مجدافيات الأرجل والبرمائيات الصغيرة التي تعيش في الطحالب المجهرية وتكوينات البيريفيتون . ^{[ 29 ]} أما البعوض ، الذي يولد في الماء، فهو بدوره الغذاء المُفضّل لـ 112 نوعًا من اليعاسيب و44 نوعًا من ذباب الرعاش في فلوريدا. تتميّز هذه الحيوانات بقدرتها على تحمّل الماء والتكيّف مع الظروف الجافة عندما تتذبذب مستويات المياه من موسم لآخر أو خلال دورات الجفاف والفيضانات. ^{[ 30 ]}

من بين الفقاريات، تنتشر أنواع عديدة من الضفادع والسلمندرات والثعابين والسلاحف والتماسيح ( Alligator mississippiensis ) في مياه المستنقعات. معظم هذه الحيوانات نشطة ليلاً. أصوات الضفادع عالية جداً، وخلال موسم تزاوج التماسيح، تنضم إليها هدير الذكور. ^{[ 30 ]} يمكن العثور على ثعالب الماء النهرية ( Lutra canadensis ) على امتداد نهر سانت جونز وروافده، حيث تعيش في جحور أو في جذور الأشجار المحيطة بالمجاري المائية. تتغذى على جراد البحر والسلاحف والأسماك الصغيرة، وتنشط عادةً في الليل، وهي مرحة ولكنها تتجنب الاحتكاك بالبشر. ^{[ 31 ] [ 32 ]} تعج المستنقعات المحيطة بالحوض العلوي بالطيور. أحصت دراسة حديثة 60,000 طائر في شهر واحد، تعشش أو تتغذى في الحوض العلوي. ^{[ 33 ]} تعتمد الطيور الخواضة والطيور المائية، مثل أبو منجل الأبيض ( Eudocimus albus ) ولقلق الخشب ( Mycteria americana ) ودجاجة الماء الأرجوانية ( Porphyrio martinicus )، على الماء في تربية صغارها؛ إذ تتغذى على الأسماك الصغيرة والضفادع الصغيرة في المياه الضحلة والبرك خلال موسم الجفاف. وفي المواسم الوفيرة، قد يصل عدد مستعمراتها إلى الآلاف، مُحدثةً ضجيجًا هائلاً من الأصوات ومُخصبةً الأشجار بفضلاتها. ^{[ 34 ]}

• الطيور الموجودة في أحواض نهر سانت جونز الوسطى والعليا
• 
  أبو منجل الأبيض الأمريكي ( Eudocimus albus )
• 
  البومة المخططة ( Strix varia )
• 
  اللقلق الخشبي ( Mycteria americana )
• 
  ليمبكين ( Aramus guarauna )
• 
  النسر الأسود الأمريكي ( Coragyps atratus )
• 
  مالك الحزين ذو التاج الأصفر ( N. violacea )
• 
  الصقر أحمر الكتفين ( Buteo lineatus )
• 
  أنينغا ( أنهينغا أنهينغا )

ينعطف النهر شمالًا مرة أخرى وهو يتدفق عبر حوض مساحته 46,000 فدان (190 كيلومترًا ^مربعًا ) يمتد عبر مقاطعات بوتنام ، ليك، وماريون ، والجزء الغربي من مقاطعة فولوسيا. وإلى الشمال قليلًا من نهر ويكيفا يقع نبع بلو سبرينغ، وهو أكبر نبع على نهر سانت جونز، إذ ينتج أكثر من 64 مليون جالون أمريكي (240 مليون لتر) يوميًا. ^{[ 35 ]} تحافظ ينابيع فلوريدا على درجة حرارة ثابتة تبلغ 72 درجة فهرنهايت (22 درجة مئوية) على مدار العام. ولهذا السبب، يُعد نبع بلو سبرينغ الموطن الشتوي لخراف البحر الهندية الغربية ( Trichechus manatus latirostris )، وهي محمية داخل منتزه بلو سبرينغ الحكومي . خراف البحر حيوانات ثديية مائية كبيرة الحجم وبطيئة الحركة وعاشبة، وتتمثل التهديدات الرئيسية لها في التوسع العمراني البشري والاصطدامات مع المراكب المائية سريعة الحركة. تُعدّ أجزاء كثيرة من نهر سانت جونز وروافده مناطقَ ممنوع فيها إحداث الأمواج لحماية خراف البحر من الإصابات الخطيرة أو المميتة التي قد تُسببها مراوح القوارب. ^{[ 36 ]} ويُحظر التفاعل البشري مع خراف البحر في منتزه بلو سبرينغ الحكومي. ^{[ 37 ]}    

يقع منتزه جزيرة هونتون الحكومي شمال منتزه بلو سبرينغ الحكومي ، ولا يمكن الوصول إليه إلا بالقارب. في عام ١٩٥٥، عُثر على تمثال تيموكوا نادر للغاية ، يُمثل بومة، مدفونًا ومحفوظًا في طمي نهر سانت جونز قبالة جزيرة هونتون . ^{[ ٣٨ ] [ ٣٩ ]} قد يُشير هذا التمثال إلى أن صانعيه كانوا ينتمون إلى عشيرة البومة. وفي عام ١٩٧٨، عُثر على تمثالين آخرين، يُمثلان عشائر مختلفة من قبيلة تيموكوا، وهما التمثالان الوحيدان في أمريكا الشمالية اللذان عُثِر عليهما خارج شمال غرب المحيط الهادئ، على شكل بجعة وثعلب ماء، بعد أن علقا في قاع النهر بواسطة بارجة. يُمكن العثور على ثعالب الماء النهرية ( Lutra canadensis ) على امتداد نهر سانت جونز وروافده، حيث تعيش في جحور أو في جذور الأشجار المُحيطة بالممرات المائية. تتغذى على جراد البحر والسلاحف والأسماك الصغيرة، وتنشط عادةً في الليل، وهي مرحة ولكنها تتجنب الاحتكاك بالبشر. ^{[ 40 ] [ 41 ]}

يمتد نهر سانت جونز إلى الطرف الجنوبي لبحيرة جورج ، ثاني أكبر بحيرة في فلوريدا بمساحة 190 كيلومترًا مربعًا (72 ميلًا ^مربعًا ) ، وعرض 9.7 كيلومترات (6 أميال ) ، وطول 19 كيلومترًا (12 ميلًا) . ^{[ 42 ]} تمتد مستجمعات المياه المحيطة ببحيرة جورج على مساحة 9300 كيلومتر مربع (3590 ميلًا ^مربعًا ) ، وتقع ضمن غابة أوكالا الوطنية وغابة بحيرة جورج الحكومية ، اللتين تحميان نظامًا بيئيًا تهيمن عليه أشجار الصنوبر والشجيرات، بمساحة تزيد عن 1500 كيلومتر مربع (380000 ^فدان ) و 85 كيلومترًا مربعًا (21000 فدان ⁾ على التوالي. ^{[ 43 ] [ 44 ] [ 45 ]} تهيمن غابات الأراضي المنخفضة على مستجمعات مياه بحيرة جورج، وتضم أشجار الصنوبر الحلبي ( Pinus elliottii )، ونخيل المنشار ( Serenoa repens )، وأكثر من 100 نوع من النباتات الأرضية أو العشبية التي تنمو في تربة رملية فقيرة. تبقى غابات الصنوبر في الأراضي المنخفضة جافة نسبيًا، لكنها قادرة على تحمل فترات قصيرة من الفيضانات. وتجد الحيوانات البرية الكبيرة، مثل الديك الرومي البري ( Meleagris gallopavo ) وكركي الرمل ( Grus canadensis ) وأكبر تجمع للنسور الصلعاء الجنوبية ( Haliaeetus leucocephalus leucocephalus ) في الولايات المتحدة المتجاورة، سهولة أكبر في العيش في هذه الأراضي. ^{[ 46 ]} أما الثدييات النموذجية التي تعيش في هذه النظم البيئية، مثل الراكون ( Procyon lotor ) والأبوسوم ( Didelphis virginiana ) والوشق الأحمر ( Lynx rufus ) والأيل أبيض الذيل ( Odocoileus virginianus )، فهي تفضل المناطق الجافة والمسطحة ذات الغطاء الأرضي الجيد ومواقع التعشيش المتاحة. ^{[ 47 ]}      

يتدفق نهر أوكلاواها شمالًا ليلتقي بنهر سانت جونز، مُشكِّلًا أكبر روافده، وأحد أهم روافده التاريخية. تمتد حوض تصريف نهر أوكلاواها (أو أوكلاواها) عبر مقاطعات أورانج، ليك، ماريون، وألاتشوا ، مُغطيًا مساحة إجمالية قدرها 2769 ميلًا مربعًا (7170 كيلومترًا ^مربعًا ) . وتشمل هذه المساحة مدن أوكالا ، وجينزفيل ، والضواحي الشمالية لمنطقة أورلاندو الحضرية. ينبع نهر أوكلاواها من رافدين رئيسيين: سلسلة من البحيرات، أكبرها بحيرة أبوبكا في مقاطعة ليك، ومستنقع غرين سواب بالقرب من مدينة هاينز في مقاطعة بولك ، والذي يُصرف مياهه بواسطة نهر بالاتلاكاها . يقع نهر سيلفر، الذي يتغذى من أحد أكثر الينابيع إنتاجية في فلوريدا والذي يضخ 54,000,000 جالون أمريكي (200,000,000 لتر) يوميًا، في منتصف الطريق تقريبًا على طول نهر أوكلاواها الذي يبلغ طوله 96 ميلاً (154 كم) . ^{[ 48 ]}   

يُعدّ انتشار سمك القاروص كبير الفم ( Micropterus salmoides )، وسمك الكرابي الأسود ( Pomoxis nigromaculatus )، وسمك البلوجيل ( Lepomis macrochirus ) في وسط فلوريدا عامل جذب رئيسي للصيادين من جميع أنحاء البلاد. يضم نهر سانت جونز 183 نوعًا من الأسماك، 55 منها تعيش في المجرى الرئيسي للنهر. أما سمكة الدارتر المرقطة الجنوبية ( Etheostoma olmstedi ) فتوجد فقط في نهر أوكلاواها. ^{[ 49 ]} بعض هذه الأنواع بحرية، إما أنها تهاجر عكس التيار للتكاثر أو أنها وجدت بيئات غنية بالملوحة تغذيها الينابيع، مثل مستعمرة أسماك الراي اللاسع الأطلسي ( Dasyatis sabina ) التي تعيش في بحيرة واشنطن في الحوض العلوي. كما عُثر على ديدان المحيط، والقواقع، وسرطانات الطين ذات الأصابع البيضاء ( Rhithropanopeus harrisii ) في أعالي النهر حيث تقل تأثيرات المد والجزر. ^{[ ٥٠ ]} على النقيض من ذلك، تعيش ثعابين البحر الأمريكية ( Anguilla rostrata ) في جزر سانت جونز وأوكلاواها، وتتكاثر في بحر سارجاسو في وسط المحيط الأطلسي. بعد عام من العيش في المحيط، يعود الكثير منها إلى جزر سانت جونز ليستقر فيها، ثم، بتأثير من أطوار القمر، تعود أدراجها للتكاثر والموت. ^{[ ٥١ ]}

من ملتقى نهر أوكلاواها، وعلى امتداد 163 كيلومترًا (101 ميل) حتى المحيط الأطلسي، يُصرف الحوض السفلي مساحة إجمالية قدرها 6700 كيلومتر مربع (2600 ميل ^مربع ) في مقاطعات بوتنام وسانت جونز وكلاي ودوفال. تصب اثنا عشر رافدًا في النهر في الحوض السفلي. يتسع النهر بشكل ملحوظ عند الطرف الشمالي لبحيرة جورج؛ فبين بحيرة جورج وبالاتكا، يتراوح عرضه بين 180 و800 متر (600 و2640 قدمًا) . وبين بالاتكا وجاكسونفيل، يتسع أكثر ليتراوح عرضه بين 1.6 و4.8 كيلومتر (1 و3 أميال ) . يُعد هذا الجزء من النهر الأكثر ملاءمة للملاحة، وتُعتبر الملاحة البحرية استخدامه الرئيسي. يُشرف فيلق المهندسين بالجيش الأمريكي على صيانة قنوات ملاحية بعمق لا يقل عن 3.7 متر (12 قدمًا) وعرض لا يقل عن 30 مترًا (100 قدم) . شمال جاكسونفيل، تم توسيع القنوات لتصل إلى عمق 40 قدمًا (12 مترًا) وعرض يتراوح بين 400 و900 قدم (120 و270 مترًا) . ^{[ 52 ]}        

تُعدّ البلدات والمدن الواقعة على طول الحوض السفلي للنهر من أقدم البلدات والمدن في فلوريدا، وقد ارتبط تاريخها ارتباطًا وثيقًا بالنهر. وكانت كل من بالاتكا وغرين كوف سبرينغز وجهتين سياحيتين شهيرتين في الماضي. ونشأت عدة مواقع أصغر على طول النهر حول مراسي العبّارات، ولكن مع إنشاء خطوط السكك الحديدية ثم الطرق السريعة بين الولايات بالقرب من ساحل المحيط الأطلسي، شهدت العديد من البلدات تراجعًا اقتصاديًا كبيرًا، وتم نسيان مراسي العبّارات. ^{[ 53 ]}

يمرّ آخر 56 كيلومترًا (35 ميلًا) من مجرى النهر عبر مدينة جاكسونفيل التي يزيد عدد سكانها عن مليون نسمة. ويعتمد جزء كبير من اقتصاد جاكسونفيل على النهر، حيث تُشحن وتُنقل منها سنويًا 16 مليون طن (18 مليون طن متري) . تشمل الصادرات الورق والفوسفات والأسمدة والحمضيات، بينما تشمل الواردات الرئيسية النفط والبن والحجر الجيري والسيارات والأخشاب. ^{[ 54 ]} يُساهم ميناء جاكسونفيل بمبلغ 1.38 مليار دولار في الاقتصاد المحلي، ويوفر 10 آلاف وظيفة. ^{[ 33 ]} ولدى البحرية الأمريكية قاعدتان في منطقة جاكسونفيل: قاعدة مايبورت البحرية ، عند مصب النهر، وتُعد ثاني أكبر قاعدة عمليات للأسطول الأطلسي وميناءه الرئيسي في البلاد. تُعد قاعدة جاكسونفيل الجوية البحرية واحدة من أكبر المنشآت الجوية التابعة للخدمة، حيث تضم جناحين جويين وأكثر من 150 طائرة ثابتة الجناح ودوارة الجناح، كما أنها تستضيف واحدة من مستشفيين بحريين متكاملين فقط متبقيين في فلوريدا. ^{[ 33 ]}   

تُعرف جاكسونفيل، التي يُطلق عليها لقب غير رسمي هو "مدينة النهر"، بثقافتها المتمحورة حول نهر سانت جونز. ويستقبل سباق "جيت ريفر رن" السنوي للجري 18,000 مشارك، يقطعون مسافة على طول النهر وفوقه مرتين. ^{[ 55 ]} تُقام أكبر بطولة لصيد سمك الكينجفيش في الولايات المتحدة على أحد روافد نهر سانت جونز، حيث يركز الصيادون الرياضيون على صيد سمك الماكريل الملكي ( Scomberomorus cavalla )، وسمك الكوبيا ( Rachycentron canadum )، وسمك الدلفين ( Coryphaena hippurus )، وسمك الواهو ( Acanthocybium solandri ). ^{[ 56 ]} ويطل ملعب فريق جاكسونفيل جاغوارز على النهر، وكذلك معظم المركز التجاري لوسط المدينة. وتمتد سبعة جسور فوق نهر سانت جونز في جاكسونفيل؛ جميعها تسمح بمرور السفن الشراعية الكبيرة، على الرغم من أن بعضها يفرض قيودًا على أوقات المرور عندما تكون حركة القطارات أو السيارات كثيفة. ^{[ 57 ]}

تتسبب المد والجزر في دخول مياه البحر إلى مصب نهر سانت جونز، مما قد يؤثر على مستوى النهر في الحوض الأوسط. ونتيجة لذلك، يُعد جزء كبير من النهر في جاكسونفيل جزءًا من مياه البحر، مما يجعله نظامًا بيئيًا مصبيًا . تستطيع الحيوانات والنباتات في هذه الأنظمة تحمل كل من المياه العذبة والمالحة، والتقلبات في نسبة الملوحة ودرجات الحرارة المرتبطة بارتفاع المد والجزر وهطول الأمطار الغزيرة. ^{[ 58 ]} يمكن أحيانًا مشاهدة حيوانات بحرية مثل الدلافين وأسماك القرش في نهر سانت جونز في جاكسونفيل، وكذلك خراف البحر. تهاجر أسماك مثل البوري ( Mullidae )، والسمك المفلطح ( Paralichthys lethostigma )، والشاد ( Alosa sapidissima )، وسرطان البحر الأزرق ( Callinectes sapidus ) من المحيط إلى ينابيع المياه العذبة في أعلى النهر للتكاثر. ^{[ 59 ]}

على الرغم من أن اللافقاريات التي تعيش في المياه العذبة ، والتي تشمل الطحالب والنباتات الملتصقة، تُشكل أساس الشبكات الغذائية في الحوض الأوسط والسفلي، فإن العوالق الحيوانية والنباتية تؤدي هذا الدور في بيئة مصب النهر. تتجمع الرخويات بأعداد كبيرة عند مصب نهر سانت جونز، وتتغذى على قاع النهر والمحيط. ^{[ 60 ]} ويتضح وفرة وأهمية المحار ( Crassostrea virginica ) من خلال أكوام النفايات العديدة التي خلفها شعب تيموكوا، والتي يصل ارتفاعها إلى عدة أقدام. ويُعد المحار والرخويات الأخرى المصدر الغذائي الرئيسي للطيور الشاطئية. وتبدأ الأشجار الكبيرة التي تصطف على ضفاف النهر من منبعه إلى جنوب جاكسونفيل بالتحول إلى مستنقعات ملحية شرق المدينة. وتضم مايبورت حوالي 20 سفينة لصيد الروبيان تستخدم مصب نهر سانت جونز للوصول إلى المحيط الأطلسي. ^{[ 61 ]}

المنطقة التجارية بوسط مدينة جاكسونفيل على نهر سانت جونز

يقع نهر سانت جونز ضمن سهل ساحلي ، ويمر عبر منطقة كانت في الماضي جزرًا حاجزة وكثبانًا ساحلية ومستنقعات مصبات الأنهار. تشكلت شبه جزيرة فلوريدا في المقام الأول بفعل قوى ومعادن من المحيط. وهي منخفضة جدًا لدرجة أن أدنى تقلبات في مستوى سطح البحر يمكن أن يكون لها تأثير كبير على جيومورفولوجيتها. كانت فلوريدا في يوم من الأيام جزءًا من قارة غوندوانا العظمى . تحت التكوينات الصخرية المرئية، توجد قاعدة من الجرانيت الناري وتكوين بركاني تحت طبقة رسوبية تشكلت خلال حقبة الحياة القديمة (منذ 542 إلى 251 مليون سنة). خلال العصر الطباشيري (منذ 145 إلى 66 مليون سنة)، غُطيت القاعدة وطبقتها الرسوبية بكربونات الكالسيوم وتكوينات ناتجة عن تبخر المياه تُسمى المتبخرات . ^{[ 62 ]} ما يغطي شبه الجزيرة هو نتيجة عمليات متزامنة لترسب الرمال والأصداف والمرجان، والتعرية بفعل الماء والعوامل الجوية. ^{[ 63 ]} مع انحسار مياه المحيط وتقدمها، غُطيت شبه الجزيرة بمياه البحر سبع مرات على الأقل. ضغطت الأمواج الرمال وكربونات الكالسيوم والأصداف لتُشكّل الحجر الجيري ؛ وعلى حافة المحيط، تشكلت كثبان رملية شاطئية بفعل هذا الترسيب. ونشأت أنهار تمتد من الشمال إلى الجنوب، مثل نهر سانت جونز، بفعل الكثبان الرملية الشاطئية القديمة التي كانت غالبًا ما تفصلها أخاديد . ومع انحسار مياه المحيط، تشكلت بحيرات شاطئية في الأخاديد، والتي تعرضت لمزيد من التعرية بفعل المياه الحمضية. ^{[ 64 ]} علاوة على ذلك، تشكلت جزر حاجزة على طول ساحل المحيط الأطلسي، محيطة بالبحيرة الشاطئية باليابسة ومُشكّلة نهرًا من المياه العذبة. ^{[ 12 ]}

يتدفق نهر سانت جونز شمالًا من منابعه وحتى منطقة سانفورد تقريبًا. ^{[ 65 ]} ثم ينعطف غربًا بشكل حاد قرب سانفورد لبضعة أميال، فيما يُعرف بانزياح نهر سانت جونز ، لكنه سرعان ما يغير اتجاهه ليعود ويتدفق شمالًا. يفترض الجيولوجيون أن الانزياح المتجه غربًا ربما يكون قد تشكل قبل الأجزاء المتجهة شمالًا، ربما خلال أواخر العصر الثالث أو أوائل العصر البليستوسيني، أي قبل 66 إلى 12 مليون سنة. وقد يكون التصدع والتصدع مسؤولًا أيضًا عن هذا الانزياح. ^{[ 65 ]} على الرغم من أن النشاط الزلزالي في فلوريدا ضئيل في معظمه، فقد وقعت عدة زلازل طفيفة بالقرب من نهر سانت جونز، ناجمة عن الحوض الذي أحدثه التصدع البانجي . ^{[ 66 ]}

تُعدّ المياه العذبة الوفيرة في فلوريدا نتاجًا لهطول الأمطار الذي يعود إلى الغلاف الجوي في عملية تُسمى النتح التبخري، والتي تتضمن تبخر الرطوبة من النباتات وانتقالها عبر الماء. ومع هطول الأمطار، يتجه معظمها إلى البحيرات والجداول والأنهار. ^{[ 67 ]} ومع ذلك، تُخزّن كمية كبيرة من المياه العذبة تحت الأرض، ولكن بالقرب من السطح، في طبقات المياه الجوفية . تتكون طبقة المياه الجوفية السطحية في الغالب من الطين والأصداف والرمل، وتقع فوق طبقة عازلة من مواد أكثر كثافة. تُحفر الآبار في طبقة المياه الجوفية السطحية، التي تُزوّد ​​المناطق ذات المحتوى المعدني العالي بمياه ذات جودة أفضل. ^{[ 52 ]} في بعض الأحيان، تُكسر الطبقة العازلة للسماح بتسرب المياه إلى الطبقة التي تليها لإعادة تغذية المياه الجوفية. تقع طبقة فلوريدا الجوفية ، أسفل الطبقة العازلة، تحت الولاية بأكملها وأجزاء من جورجيا وألاباما وميسيسيبي وكارولاينا الجنوبية. وهي متاحة بشكل خاص في الجزء الشمالي من فلوريدا، حيث تعمل كمصدر للمياه العذبة للمناطق الحضرية من سانت بطرسبرغ شمالاً إلى جاكسونفيل وتالاهاسي . ^{[ 68 ]}

تؤدي مياه الأمطار الحمضية إلى تآكل الحجر الجيري، مما قد يُشكّل كهوفًا. وعندما يكون سمك طبقة هذه الكهوف رقيقًا جدًا - أقل من 30 مترًا - تتشكل البالوعات . وعندما يذوب الحجر الجيري أو طبقة الرمل/الطين فوق طبقة المياه الجوفية، ويدفع ضغط الماء إلى الخارج، تتشكل الينابيع. تقع الأحواض العليا والوسطى لنهر سانت جونز في جزء من شبه الجزيرة حيث يكون نظام المياه الجوفية رقيقًا، مما يعني وفرة الينابيع والبالوعات. تُقاس الينابيع بكمية المياه المتدفقة، والتي تعتمد على الموسم وكمية الأمطار. أعلى معدل تدفق يكون من ينابيع الدرجة الأولى التي تُطلق ما لا يقل عن 2.8 متر ^مكعب من الماء في الثانية. هناك أربعة ينابيع من الدرجة الأولى تُغذي نهر سانت جونز: ينابيع سيلفر في مقاطعة ماريون، التي تُطلق ما بين 7.1 و36.5 متر ^{مكعب في} الثانية ؛ ^{[ 69 ]} نبع سيلفر غلين الواقع بين مقاطعتي ماريون وليك، والذي ينبعث منه ما بين 38 و245 قدمًا مكعبًا في الثانية (1.1 و6.9 متر ^مكعب /ثانية) ؛ ^{[ 70 ]} ينابيع ألكسندر في مقاطعة ليك، والتي ينبعث منها ما بين 56 و202 قدمًا مكعبًا في الثانية (1.6 و5.7 متر ^مكعب /ثانية) ؛ ^{[ 71 ]} ونبع بلو في مقاطعة فولوسيا، والذي ينبعث منه ما بين 87 و218 قدمًا مكعبًا في الثانية (2.5 و6.2 متر ^مكعب /ثانية) . ^{[ 72 ] [ 73 ]}      

يقع نهر سانت جونز ضمن منطقة شبه استوائية رطبة . تتراوح درجة الحرارة في أشهر الصيف بين 23 و33 درجة مئوية ، وبين 10 و22 درجة مئوية في الشتاء، مع احتمال انخفاضها إلى ما دون الصفر في الشتاء حوالي اثنتي عشرة مرة. ترتبط درجة حرارة مياه النهر بدرجة حرارة الهواء، حيث يتراوح متوسطها بين 10 و35 درجة مئوية ، وترتفع في أشهر الصيف. ^{[ 74 ]} عند اتساع النهر بين بالاتكا وجاكسونفيل، يصبح للرياح تأثير كبير على الملاحة، وتكثر الأمواج العاتية والمياه الهادئة. ^{[ 75 ]}      

يزداد هطول الأمطار في أواخر الصيف وأوائل الخريف. ^{[ 54 ]} تُعدّ العواصف الاستوائية والرياح الشمالية الشرقية من الظواهر الشائعة على طول ساحل المحيط الأطلسي لولاية فلوريدا؛ ويقع نهر سانت جونز على بُعد يتراوح بين 16 و48 كيلومترًا (10 إلى 30 ميلًا) من الساحل، لذا فإن أي عاصفة تضرب مقاطعات إنديان ريفر شمالًا إلى دوفال تُنتج أمطارًا تُصرف عبر نهر سانت جونز. وقد تسببت العاصفة الاستوائية فاي عام 2008 في هطول 410 مليمترات (16 بوصة) من الأمطار خلال خمسة أيام، تركز معظمها بالقرب من ملبورن . وارتفع منسوب نهر سانت جونز بالقرب من جنيف في مقاطعة سيمينول بمقدار 2.1 متر (7 أقدام) في أربعة أيام، مسجلًا رقمًا قياسيًا. كما ارتفع منسوب النهر بالقرب من سانفورد بمقدار متر واحد (3 أقدام) في 36 ساعة. وتسببت فاي في فيضانات شديدة في الحوض الأوسط، ليس فقط بسبب الأمطار الغزيرة، بل أيضًا بسبب انحدار ضفاف النهر. ^{[ 76 ]} مع ذلك، عادةً ما تتلقى حوضة سانت جونز ما بين 1300 و1400 ملم من الأمطار سنويًا، نصفها خلال أشهر الصيف. ^{[ 77 ]} ويتناسب معدل التبخر مع معدل هطول الأمطار، حيث يتراوح بين 690 و1450 ملم سنويًا ، ومعظمه يحدث في فصل الصيف. ^{[ 74 ]}      

يقع النهر بأكمله ضمن مصطبة بامليكو شبه المستوية، مما يمنحه انحدارًا إجماليًا قدره 2.0 سم لكل كيلومتر؛ وهو أحد أكثر الأنهار الرئيسية استواءً في القارة. ^{[ 12 ]} يؤثر قربه من المحيط في الحوض السفلي على ارتفاعه وانخفاضه مع المد والجزر والملوحة. يؤثر المد والجزر بانتظام على مستويات المياه جنوبًا حتى بحيرة جورج؛ وعندما يقترن برياح عاتية، يمكن أن تمتد تأثيرات المد والجزر إلى بحيرة مونرو على بعد 259 كيلومترًا ، وقد وصلت في بعض الأحيان إلى بحيرة هارني. ^{[ 54 ]} عادةً ما يرفع المد والجزر مستوى النهر حوالي 0.37 متر في جاكسونفيل، وينخفض ​​قليلًا إلى 0.21 متر في أورانج بارك حيث يتسع النهر، ثم يرتفع مرة أخرى إلى 0.37 متر في بالاتكا حيث يضيق. نتيجة لتأثيرات المد والجزر، غالبًا ما تكون قياسات التصريف في الحوض السفلي غير دقيقة. مع ذلك، يتراوح معدل التصريف المُقدَّر بين نهر أوكلاواها ومركز جاكسونفيل بين 4000 و8300 قدم مكعب (110 إلى 240 مترًا ^مكعبًا ) في الثانية. ^{[ 52 ]} ويبلغ متوسط ​​التصريف غير المدّي عند مصبّ النهر في مايبورت 15000 قدم مكعب (420 مترًا ^مكعبًا ) في الثانية، ولكنه يتجاوز 50000 قدم مكعب (1400 متر ^مكعب ) في الثانية مع المدّ والجزر، وقد يصل إلى أكثر من 150000 قدم مكعب (4200 متر ^مكعب ) في الثانية بعد هطول أمطار غزيرة مصحوبة بالمدّ والجزر. ^{[ 54 ]} وفي اتجاه مجرى النهر، يتراوح معدل التصريف بين 1030 قدمًا مكعبًا (29 مترًا ^مكعبًا ) في الثانية قرب بحيرة بوينسيت و 2850 قدمًا مكعبًا (81 مترًا ^مكعبًا ) في الثانية قرب ديلاند. يؤدي التقاء العديد من الينابيع ونهر إيكونلوكهاتشي ونهر ويكيفا إلى زيادة متوسط ​​التصريف بمقدار 940 قدمًا مكعبًا (27 مترًا ^مكعبًا ) في الثانية بين بحيرة هارني وديلاند، وهو ما يمثل أكبر زيادة سنوية في متوسط ​​تدفق المياه على طول نهر سانت جونز. ^{[ 74 ]}            

مع ازدياد المسافة بين مصب نهر سانت جونز والأحواض الوسطى والعليا، تتناقص ملوحة النهر تدريجيًا. تبلغ ملوحة المياه البحرية 35  جزءًا في الألف أو أكثر، بينما تقل ملوحة المياه العذبة عن جزأين في  الألف. أما المياه التي تقع بين هذين الرقمين فتُصنف على أنها مياه مالحة. بالقرب من مركز جاكسونفيل، سُجلت متوسطات ملوحة بلغت 11.40  جزءًا في الألف. وإلى الجنوب عند جسر باكمان، الذي يربط الجانب الجنوبي من جاكسونفيل بمنتزه أورانج، تنخفض الملوحة إلى 2.9  جزءًا في الألف، ثم تنخفض مرة أخرى إلى 0.81  جزءًا في الألف عند جسر شاندز بالقرب من ينابيع غرين كوف . ^{[ 81 ] [ 82 ]}

يُقاس الأكسجين المذاب في المياه العذبة كمؤشر على صحة الحياة النباتية والحيوانية. يدخل الأكسجين إلى الماء عبر الغلاف الجوي ومن خلال عملية التمثيل الضوئي للنباتات المائية، ويتأثر بضغط الماء ودرجة حرارته. يؤدي التحلل السريع للمواد العضوية إلى انخفاض كمية الأكسجين المذاب في النهر، وكذلك المغذيات المضافة إلى الماء صناعيًا عن طريق مياه الصرف الصحي المعالجة أو مياه الصرف من الحقول الزراعية المخصبة. توصي وكالة حماية البيئة الأمريكية وولاية فلوريدا بألا يقل  مستوى الأكسجين عن 5 ملغم/لتر. وقد سُجلت مستويات الأكسجين عند هذه الحدود الدنيا أو دونها في عدة مواقع على نهر سانت جونز أو روافده خلال تسعينيات القرن الماضي، بما في ذلك مصب نهر ويكيفا، ونهر سانت جونز عند بلدة كريسماس ، وفي أوائل العقد الأول من القرن الحادي والعشرين عند بلو سبرينغ وبلاك ووتر كريك. ^{[ 74 ]} قد يؤدي انخفاض مستويات الأكسجين المذاب بشكل مستمر إلى ازدهار الطحالب، مما قد يتسبب أيضًا في مزيد من الانخفاض في مستوى الأكسجين المذاب. ^{[ 82 ]}

كغيرها من الجداول ذات المياه السوداء في فلوريدا، يتميز نهر سانت جونز بلونه الأسود في معظمه، وذلك بسبب التانينات الموجودة في أوراق الشجر المتساقطة والنباتات المائية المتحللة. أما الجداول التي تغذيها الينابيع، فهي صافية بشكل ملحوظ، والرؤية فيها عالية جدًا، حتى عندما يكون قاع النهر على عمق عشرات الأقدام. ^{[ 83 ]}

وصل البشر إلى شبه جزيرة فلوريدا قبل حوالي 12000 عام، عندما كان مستوى المحيط أقل بنحو 110 أمتار (350 قدمًا) مما هو عليه اليوم، وكانت مساحة شبه الجزيرة ضعف مساحتها الحالية. ^{[ 84 ]} يُطلق على هؤلاء السكان الأوائل اسم الهنود القدماء . كانوا في الأساس صيادين وجامعين للثمار، يتبعون الحيوانات الكبيرة مثل الماموث والخيول والجمال والبيسون. كانت معظم أراضيهم بعيدة عن الماء، حيث كانت معظم المياه العذبة موجودة في الأنهار الجليدية والغطاءات الجليدية القطبية. ونتيجة لذلك، كانت فلوريدا أرضًا قاحلة قليلة الأشجار، تهيمن عليها المراعي والنباتات الشجيرية. ^{[ 85 ]} 

قبل حوالي 9000 عام، ارتفعت درجة حرارة المناخ، مما أدى إلى ذوبان معظم القمم الجليدية القطبية والعديد من الأنهار الجليدية، وخلق بيئة أكثر رطوبة وغمر نصف الجرف القاري. ولأن الهنود القدماء لم يعودوا مضطرين للسفر لمسافات طويلة بحثًا عن الماء، أصبحت مخيماتهم أكثر استقرارًا، وتحولت إلى قرى. ومع وجود أدلة على مجموعة واسعة من الأدوات التي صُنعت في ذلك الوقت تقريبًا، لاحظ علماء الآثار الانتقال إلى العصر العتيق . صنع سكان العصر العتيق أدواتهم من العظام وأسنان الحيوانات وقرون الوعل. ونسجوا أليافًا من نباتات مثل نخيل الملفوف ونخيل المنشار. وقد تم التنقيب في عدد قليل من مواقع الدفن - بما في ذلك موقع ويندوفر الأثري في مقاطعة بريفارد بالقرب من تيتوسفيل - والتي تقدم أدلة على طقوس الدفن. دفن سكان العصر العتيق موتاهم في مستنقعات الخث الضحلة ، مما حافظ على الكثير من الأنسجة البشرية. ^{[ 86 ] [ 87 ]} أدى تغير مناخي إضافي بين 5000 و3000 سنة مضت إلى العصر العتيق الأوسط؛ وتشير الأدلة إلى أن الاستيطان البشري بالقرب من نهر سانت جونز حدث لأول مرة خلال هذه الحقبة. ازداد عدد السكان الأصليين بشكل ملحوظ في ذلك الوقت، وسُجلت العديد من المستوطنات بالقرب من نهر سانت جونز من تلك الحقبة؛ وتنتشر على ضفاف نهر سانت جونز وفروعه أكوام من النفايات مليئة بآلاف الأصداف، وخاصة أصداف حلزون المياه العذبة ( Viviparus georgianus ) والمحار. ^{[ 88 ] [ 89 ]}

شهد ظهور أنواع إقليمية من الفخار والأدوات الحجرية المصنوعة من الصوان أو الحجر الجيري مزيدًا من التقدم حوالي عام 500 قبل الميلاد . انتقل سكان العصر القديم إلى مجموعات مستقرة حول فلوريدا. من الجزء الأوسط من الولاية شمالًا، على طول ساحل المحيط الأطلسي، عاشت شعوب ثقافة سانت جونز ، التي سُميت نسبةً إلى أهم تكوين طبيعي قريب. حوالي عام 750 ميلادي ، تعلمت ثقافة سانت جونز زراعة الذرة، مما أضافها إلى نظامهم الغذائي الذي كان يتألف من الأسماك والطرائد والقرع. يُؤرخ علماء الآثار والأنثروبولوجيا هذا التقدم الزراعي ليتزامن مع انتشار المواقع الأثرية، مما يشير إلى زيادة سكانية لاحقة. ^{[ 90 ]} عندما وصل المستكشفون الأوروبيون إلى شمال فلوريدا، التقوا بشعب تيموكوا ، الذي بلغ عدده حوالي 14000 نسمة، وهو أكبر مجموعة من السكان الأصليين في المنطقة. ^{[ 91 ]} أطلق شعب سيمينول اللاحق على النهر اسم ويلاكا أو يلاكو . قد تكون هذه الصيغ مشتقة من كلمة "wi-láko " في لغة الكريك ، والتي تعني "الماء الكبير"، وهي كلمة مركبة تُطلق عادةً على الأنهار الكبيرة التي تجري عبر البحيرات؛ فنهر سانت جونز يُشكّل ويُحيط بالعديد من البحيرات. أو قد يكون اسم سيمينول مشتقًا من كلمة "walaka" (المُشتقة من "wi-alaka "، والتي تعني "الماء" و"القدوم")، وربما إشارة إلى بطء تصريف النهر وتأثيرات المد والجزر عليه. ويُترجم الاسم أحيانًا إلى "سلسلة البحيرات" في اللغة الإنجليزية. ^{[ 92 ] [ 93 ] [ 94 ]}

في عام 1955، عُثر على تمثال تيموكوا نادر للغاية يُمثل بومة، مدفونًا ومحفوظًا في طين نهر سانت جونز قبالة جزيرة هونتون . ^{[ 95 ] [ 96 ]} قد يُشير هذا التمثال إلى أن صانعيه كانوا ينتمون إلى عشيرة البومة. وفي عام 1978، عُثر على تمثالين آخرين، يُمثلان عشائر مختلفة من قبيلة تيموكوا، وهما التمثالان الوحيدان في أمريكا الشمالية اللذان عُثر عليهما خارج منطقة شمال غرب المحيط الهادئ، على شكل بجعة وثعلب الماء، بعد أن علقا في قاع النهر بواسطة بارجة.

على الرغم من أن أول اتصال أوروبي بفلوريدا كان عام 1513 عندما وصل خوان بونس دي ليون بالقرب من كيب كانافيرال ، إلا أن الأوروبيين لم يستوطنوا الساحل الشمالي لشبه الجزيرة الأطلسية إلا عام 1562. أطلق المستكشفون الإسبان الأوائل على النهر اسم ريو دي كورينتس (نهر التيارات). ^{[ 33 ]} أصبح نهر سانت جونز أول مكان يُستعمر في المنطقة وأول ساحة معركة: عندما أقام المستكشف الفرنسي جان ريبو نصبًا تذكاريًا جنوب مصب النهر لإعلان الوجود الفرنسي، أثار ذلك قلق الإسبان الذين كانوا يستكشفون الساحل الجنوبي والغربي لشبه الجزيرة لعقود. ^{[ 97 ] [ 98 ]} تم احتجاز ريبو بعد عودته إلى أوروبا.

في عام ١٥٦٤، وصل رينيه غولين دي لودونيير لبناء حصن كارولين عند مصب نهر سانت جونز؛ وأطلقوا على النهر اسم ريفيير دي ماي (Riviere de Mai) لأنهم استوطنوه في الأول من مايو. ^{[ ٩٩ ]} وثّق الفنان جاك لوموان ما رآه بين شعب تيموكوا في عام ١٥٦٤، مصورًا إياهم على أنهم أقوياء بدنيًا ولا يعانون من نقص في المؤن. ^{[ ٩١ ]} لم يدم حصن كارولين طويلًا، على الرغم من أن العلاقات مع السكان المحليين من قبيلتي تيموكوا وموكاما كانت ودية . لم تتمكن المستعمرة من إعالة نفسها؛ ففرّ بعض الفرنسيين. أما من بقي منهم، فقد قُتلوا في عام ١٥٦٥ على يد الإسبان بقيادة بيدرو مينينديز، عندما زحفوا شمالًا من سانت أوغسطين واستولوا على حصن كارولين. ^{[ ٩٧ ] [ ٩٨ ]} أعاد الإسبان تسمية النهر إلى سان ماتيو تكريمًا للرسول متى، الذي كان عيده في اليوم التالي. سمح الاستيلاء على حصن كارولين للإسبان بالحفاظ على سيطرتهم على النهر. ^{[ 100 ]}

استمر الصراع بين الفرنسيين والإسبان حول من سيسيطر على الموارد الطبيعية والسكان الأصليين في المنطقة. لم يُشجع شعب تيموكوا، الذين كانوا قد كوّنوا صداقات مع الفرنسيين في البداية، على التحالف مع الإسبان بسبب كراهية الحاكم الاستعماري بيدرو مينينديز دي أفيليس للبروتستانتية الفرنسية ونظرته إلى معتقدات تيموكوا على أنها "شيطانية". ^{[ 101 ]} وبحلول عام 1573، كان شعب تيموكوا في حالة تمرد صريح، مما أثار غضب الحاكم وأجبر المستوطنين الإسبان على التخلي عن مزارعهم وحامياتهم في المناطق الداخلية من فلوريدا؛ ولم يستطع الإسبان إقناع شعب تيموكوا بالكف عن مهاجمتهم. ^{[ 102 ]}

بعد مرور أكثر من مئة عام، حقق المبشرون نجاحًا أكبر، فأنشأوا مراكز على طول النهر. وأطلق المبشرون الفرنسيسكان الإسبان على النهر اسمه الحالي نسبةً إلى سان خوان ديل بويرتو (القديس يوحنا الميناء)، وهي البعثة التي أُنشئت عند مصب النهر بعد سقوط الحصن الفرنسي. وقد ظهر الاسم لأول مرة على خريطة إسبانية رُسمت بين عامي 1680 و1700. ^{[ 103 ]}

بدأ شعب تيموكوا، شأنه شأن مجموعات أخرى من السكان الأصليين في فلوريدا، يفقد تماسكه ويتناقص عدده بحلول القرن الثامن عشر. ^{[ ملاحظة 2 ]} وقد ساهمت قبيلة كريك، التي كانت تقطن في ولايتي جورجيا وألاباما الحاليتين، في هذا التناقص؛ ففي عام 1702، انضمت إلى قبيلة ياماسي وهاجمت بعضًا من شعب تيموكوا، مما أجبرهم على طلب الحماية من الإسبان الذين استعبدوهم. ^{[ 104 ]} بدأ شعب كريك في استيعاب شعوب أخرى وانتشروا جنوبًا حتى عُرفوا بحلول عام 1765 باسم سيمينول من قِبل البريطانيين، وهو مصطلح مُقتبس من كلمة سيمارونيس التي تعني "الهاربون" أو "المتوحشون". ^{[ 105 ]} استخدم شعب سيمينول لغات متنوعة من الشعوب التي استوعبها شعب كريك: هيتشيتي ، ومسكوغي ، بالإضافة إلى لغة تيموكوا. بين عامي 1716 و1767، انتقل السيمينول تدريجيًا إلى فلوريدا وبدأوا بقطع علاقاتهم مع الكريك ليصبحوا قبيلة متماسكة خاصة بهم. ^{[ 106 ]} شكل نهر سانت جونز حدودًا طبيعية لفصل المستعمرات الأوروبية على الضفة الشرقية عن أراضي السكان الأصليين غرب النهر. ^{[ 107 ]}

بعد أن أصبحت فلوريدا تحت سيطرة مملكة بريطانيا العظمى عام ١٧٦٣، استكشف عالما الطبيعة جون وويليام بارترام، وهما أب وابنه من الكويكرز، نهر سان خوان على امتداده أثناء زيارتهما لجنوب شرق الولايات المتحدة بين عامي ١٧٦٥ و١٧٦٦. ونشرا مذكراتٍ تصف تجاربهما والنباتات والحيوانات التي شاهداها. وكلّفهما الملك جورج الثالث بالعثور على منبع النهر الذي أطلقوا عليه اسم بيكولاتا أو سان خوان، وقاما بقياس عرضه وعمقه، وأخذا عينات من التربة أثناء رحلتهما جنوبًا. ^{[ ١٠٨ ]} عاد ويليام إلى فلوريدا بين عامي ١٧٧٣ و١٧٧٧، وكتب مذكراتٍ أخرى عن رحلاته، حيث جمع النباتات وصادق قبيلة سيمينول التي أطلقت عليه لقب "بوك باغي" (جامع الزهور). ^{[ 109 ]} قادت زيارة ويليام إلى أقصى الجنوب حتى بلو سبرينغ، حيث أشاد بصفاء مياه النبع قائلاً: "الماء صافٍ تمامًا، وتوجد هنا أعداد هائلة ومتنوعة من الأسماك؛ تبدو واضحة كما لو كانت موضوعة على طاولة أمام عينيك، على الرغم من أنها مغمورة في الماء لأقدام عديدة." ^{[ 110 ]} اجتذبت مذكرات بارترام انتباه شخصيات أمريكية بارزة مثل جيمس ماديسون وألكسندر هاميلتون . ^{[ 111 ]} ألهم نجاح هذه المذكرات علماء طبيعة آخرين مثل أندريه ميشو لاستكشاف نهر سانت جونز بشكل أعمق، كما فعل عام 1788، حيث أبحر من بالاتكا جنوبًا إلى بحيرة مونرو، وأطلق أسماءً على بعض النباتات التي وصفها آل بارترام في مذكراتهم. تبع ميشو ويليام بالدوين بين عامي 1811 و1817. وقد حمل المستكشفون اللاحقون، بمن فيهم جون جيمس أودوبون ، كتاب ويليام " رحلات عبر كارولاينا الشمالية والجنوبية، وجورجيا، وشرق وغرب فلوريدا" معهم كدليل. ^{[ 108 ] [ 112 ]}

في عام ١٧٩٥، أُعيدت فلوريدا إلى إسبانيا، ما أغرى الأمريكيين بأراضيها الرخيصة. انتهز زيفانيا كينغسلي، وهو مزارع وتاجر رقيق كان مواليًا سابقًا لبريطانيا وغادر كارولاينا الجنوبية خلال حرب الاستقلال الأمريكية ، هذه الفرصة وأنشأ مزرعة أطلق عليها اسم لوريل غروف بالقرب مما يُعرف اليوم ببحيرة دوكتورز ، على الضفة الغربية لنهر سانت جونز، جنوب موقع أورانج بارك الحالي. ^{[ ١١٣ ]} بعد ثلاث سنوات، سافر كينغسلي إلى كوبا واشترى فتاة من قبيلة وولوف تُدعى آنا مادغيجين جاي، تبلغ من العمر ١٣ عامًا . أصبحت زوجته بحكم الأمر الواقع، وأدارت مزرعة لوريل غروف بينما كان كينغسلي يسافر ويدير أعماله. ^{[ ١١٤ ]} كانت المزرعة تزرع الحمضيات وقطن جزر البحر ( Gossypium barbadense ). في عام ١٨١٤، انتقلوا إلى مزرعة أكبر في جزيرة فورت جورج ، حيث عاشوا لمدة ٢٥ عامًا، وامتلكوا العديد من المزارع والمنازل الأخرى فيما يُعرف اليوم بجاكسونفيل، وأخرى في جزيرة درايتون في الطرف الشمالي من بحيرة جورج. تزوج كينغسلي لاحقًا من ثلاث نساء مُحررات في علاقة تعدد زوجات؛ ^{[ ١١٥ ]} سمحت فلوريدا الخاضعة للسيطرة الإسبانية بالزواج بين الأعراق، وكان ملاك الأراضي البيض مثل جيمس إروين، وجورج كلارك، وفرانسيسكو سانشيز، وجون فريزر، وفرانسيس ريتشارد الابن - وهم من أوائل المستوطنين على طول النهر - متزوجين من نساء أفريقيات أو على علاقة بهن خارج إطار الزواج. ^{[ ١١٦ ]}

شهدت السنوات الأولى التي أعقبت ضم فلوريدا إلى الولايات المتحدة عام 1821 صراعات عنيفة بين المستوطنين البيض وقبيلة سيمينول، التي كانت تضم في كثير من الأحيان عبيدًا أفارقة هاربين. وتتجلى آثار هذه الصدامات بين القوات الأمريكية وقوات سيمينول خلال تأسيس إقليم فلوريدا في المدن والمعالم الواقعة على طول نهر سانت جونز، والتي سُميت بأسماء من شاركوا فيها بشكل مباشر. حتى قبل أن تخضع فلوريدا للسيادة الأمريكية، كان اللواء أندرو جاكسون مسؤولاً عن إجلاء قبيلة ألاتشوا سيمينول غرب نهر سواني ، إما بقتلهم أو إجبارهم على النزوح جنوبًا باتجاه مقاطعة ليك، وذلك عام 1818. وقد أدت جهود جاكسون إلى اندلاع حرب سيمينول الأولى ، وكُوفئ بتسمية معبر للماشية عبر جزء واسع من نهر سانت جونز بالقرب من حدود جورجيا - والذي كان يُعرف سابقًا باسم كوفورد - باسم جاكسونفيل. أسفر هجوم جاكسون عن ضم فلوريدا إلى الولايات المتحدة ^{[ 117 ] [ ملاحظة 3 ].} في أعقاب حروب سيمينول، شهدت منطقة سانت جونز ازدهارًا تدريجيًا في التجارة والسكان، بفضل رحلات السفن البخارية. بشرت السفن البخارية بعصر ذهبي للنهر، وقبل ظهور خطوط السكك الحديدية المحلية، كانت الوسيلة الوحيدة للوصول إلى المناطق الداخلية من الولاية. كما أتاحت لسكان جاكسونفيل فرصة مشاهدة سباقات الخيل. ^{[ 118 ]} بحلول ستينيات القرن التاسع عشر، كانت تُنظم رحلات أسبوعية بين جاكسونفيل وتشارلستون وسافانا لنقل السياح والأخشاب والقطن والحمضيات. واعتُبرت التربة على طول نهر سانت جونز خصبة بشكل خاص لإنتاج برتقال أكثر حلاوة . ^{[ 119 ]}

كان دور فلوريدا في الحرب الأهلية الأمريكية محدودًا مقارنةً بالولايات الكونفدرالية الأخرى ، نظرًا لصغر عدد سكانها مقارنةً بالولايات المتقدمة. وقد زودت فلوريدا الكونفدرالية بالمؤن عبر السفن البخارية في نهر سانت جونز، على الرغم من الحصار البحري الأمريكي الذي فرضه على النهر وسواحل المحيط الأطلسي. ومن أبرز أدوار فلوريدا في الحرب الأهلية إغراق السفينة "يو إس إس كولومباين"  ، وهي سفينة بخارية تابعة للاتحاد كانت تُستخدم في دوريات نهر سانت جونز لمنع وصول المؤن إلى جيش الكونفدرالية. في عام 1864، بالقرب من بالاتكا، استولت قوات الكونفدرالية بقيادة الكابتن جون جاكسون ديكسون على السفينة "يو إس إس كولومباين" وأحرقتها وأغرقتها، مما يجعلها ربما السفينة الوحيدة التي استولت عليها الكونفدرالية. ^{[ 120 ] [ 121 ]} في العام نفسه، وفي اتجاه مجرى النهر، أغرق الكونفدراليون مرة أخرى سفينة تابعة للاتحاد، وهي " مابل ليف" ، التي اصطدمت ببرميل عائم مليء بالمتفجرات واستقرت في الطمي بالقرب من جولينجتون كريك ، جنوب جاكسونفيل. تم انتشال جزء من حطام السفينة في عام 1994، عندما اكتُشف أن العديد من القطع الأثرية التي تعود إلى حقبة الحرب الأهلية، بما في ذلك الصور الفوتوغرافية القديمة وأعواد الثقاب الخشبية، قد حُفظت في طمي النهر. ^{[ 122 ]}

أطلق الكابتن الكونفدرالي جون ويليام بيرسون على ميليشياته اسم نهر أوكلاواها، وأطلق عليها اسم "حراس أوكلاواها" خلال الحرب الأهلية الأمريكية . ^{[ 123 ]} قبل الحرب الأهلية، أدار بيرسون منتجعًا صحيًا ناجحًا في أورانج سبرينغز . بعد الحرب، تراجعت شعبية منتجع بيرسون في أورانج سبرينغز بسبب ازدياد الاهتمام بسيلفر سبرينغز القريبة - منبع نهر سيلفر - مع مطلع القرن العشرين، مما ساهم في شهرة نهر أوكلاواها. وصفه الشاعر سيدني لانيير، المولود في جورجيا ، بأنه "أجمل ممر مائي في العالم" في دليل سياحي نشره عام 1876. ^{[ 124 ] [ 125 ]} أتاح النهر لمارجوري كينان راولينغز الوصول إلى نهر سانت جونز من منزلها في بحيرة أورانج . كانت المنطقة وجهة رئيسية لصيد الأسماك حتى تدهورت جودة المياه في أربعينيات القرن العشرين، ^{[ 126 ]} ومنذ ذلك الحين، ازداد تدهور النهر ومصادره. على وجه الخصوص، اكتسبت بحيرة أبوبكا لقب أكثر بحيرات فلوريدا تلوثًا بعد حادثة تسرب كيميائي عام 1980 أدت إلى تراكم مادة DDE فيها. ^{[ 127 ]} وقد شهدت البحيرة ازدهارًا مزمنًا للطحالب نتيجةً لأسمدة مزارع الحمضيات ومياه الصرف الصحي المتدفقة من المزارع المجاورة. ^{[ 128 ]}

على الرغم من استعمار الإسبان لفلوريدا لقرنين من الزمان، ظلت الولاية آخر جزء من الساحل الشرقي للولايات المتحدة يتم تطويره واستكشافه. ^{[ 22 ]} بعد الحرب الأهلية، تراكمت على ولاية فلوريدا ديونٌ طائلة حالت دون بناء الطرق وخطوط السكك الحديدية اللازمة لمواصلة تقدمها. في عام 1881، توجه حاكم فلوريدا، ويليام بلوكسهام، مباشرةً إلى رجل أعمال من بنسلفانيا يُدعى هاميلتون ديستون ، طالبًا منه في البداية بناء قنوات لتحسين مرور السفن البخارية عبر نهر كالوساهاتشي ، ولاحقًا تجفيف الأراضي في الجزء الأوسط من الولاية لأغراض الزراعة. كما تم إقناع ديستون بشراء 4 ملايين فدان (16 ألف كيلومتر ^مربع ) من الأراضي في وسط فلوريدا مقابل مليون دولار، وهو ما قيل حينها إنه أكبر شراء للأراضي في التاريخ. لم ينجح ديستون في مساعيه لتجفيف الأراضي، لكن استثماره أنعش قطاع السياحة ومهّد الطريق أمام جهود قطبي السكك الحديدية، هنري فلاجلر وهنري بلانت، لإنشاء خطوط سكك حديدية على طول الساحل الشرقي لفلوريدا، بما في ذلك خط سكة حديد يربط بين سانفورد وتامبا. كان ديستون مسؤولاً عن إنشاء مدن كيسيمي وسانت كلاود والعديد من المدن الأخرى على الساحل الغربي لفلوريدا. ^{[ 129 ] [ 130 ]} 

ذكرت صحيفة نيويورك تايمز في تقرير لها عام ١٨٨٣ عن تطور ديستون أنه قبل شراء ديستون للأرض وما تلاه من تطوير، كانت جاكسونفيل وسانت أوغسطين هما المكانان الوحيدان الجديران بالزيارة في فلوريدا، مع إمكانية قضاء ليلة واحدة في رحلة نهرية على نهر سانت جونز إلى بالاتكا . وبحلول عام ١٨٨٣، امتدت مناطق الجذب السياحي لمسافة ٢٥٠ ميلاً (٤٠٠ كيلومتر) جنوبًا. ^{[ ١٣١ ]} ومع ازدياد عدد السكان، ازداد الاهتمام بمنطقة سانت جونز. وتم تصوير فلوريدا كأرض عجائب غريبة قادرة على علاج الأمراض بفضل مياهها وحمضياتها، وبدأت المنطقة تحظى باهتمام كبير في كتابات الرحالة. وللتخفيف من التهاب الشعب الهوائية الذي كان يعاني منه، أقام رالف والدو إيمرسون لفترة وجيزة في سانت أوغسطين، واصفًا شمال فلوريدا بأنها "منطقة بشعة" تعجّ بمضاربي الأراضي. وقد أثار بيع العبيد علنًا استياءً شديدًا لدى إيمرسون، مما زاد من نفوره العام. ^{[ 132 ]} بعد الحرب الأهلية، عاشت الكاتبة الشهيرة هارييت بيتشر ستو بالقرب من جاكسونفيل، وسافرت عبر نهر سانت جونز، وكتبت عنه بمودة: "يُعدّ مدخل نهر سانت جونز من المحيط أحد أكثر المناظر الطبيعية تميزًا وروعةً التي مررنا بها على الإطلاق: في الطقس الجميل، يكون المنظر خلابًا." ^{[ 133 ]} كان لمذكراتها "أوراق النخيل" ، التي نُشرت عام 1873 كسلسلة من رسائلها إلى أهلها، تأثير كبير في جذب سكان الشمال إلى الولاية. ^{[ 134 ]} 

برز جانب غير متوقع من ازدياد أعداد الوافدين إلى فلوريدا، مُشكلاً مشكلة عويصة. فقد انتشرت زهور النيل ، التي يُحتمل أن تكون السيدة دبليو دبليو فولر، صاحبة منزل شتوي قرب بالاتكا، قد أدخلتها عام ١٨٨٤، وتنمو بكثافة شديدة تجعلها من الأنواع الغازية الخطيرة . وبحلول منتصف تسعينيات القرن التاسع عشر، غطت هذه الزهور الأرجوانية مساحة ٥٠ مليون فدان (٢٠٠ ألف كيلومتر ^مربع ) من النهر وفروعه. ^{[ ١٣٥ ]} وتمنع هذه النباتات الملاحة المائية والصيد، كما تحول دون وصول ضوء الشمس إلى أعماق النهر، مما يؤثر على الحياة النباتية والحيوانية على حد سواء. وقد وجدت حكومة فلوريدا أن هذه النباتات تُسبب إزعاجاً بالغاً، فأنفقت ما يقارب ٦٠٠ ألف دولار أمريكي بين عامي ١٨٩٠ و١٩٣٠ في محاولة فاشلة للتخلص منها من الجداول والأنهار في شمال فلوريدا. ^{[ ١٣٥ ] [ ١٣٦ ]} 

وصل رجل إنجليزي يُدعى نيلسون فيل ، بعد أن أقنعته إعلانات ديستون بتحقيق ثروته في فلوريدا، إلى المنطقة في ثمانينيات القرن التاسع عشر. اشترى فيل، وهو مهندس، 12000 فدان (49 كيلومترًا ^مربعًا ) بالقرب من بحيرة توهوبيكاليغا لإنشاء بلدة أطلق عليها اسم ناركوسي ، والتي بلغ عدد سكانها أكثر من 200 مهاجر إنجليزي بحلول عام 1888. تلت ذلك سلسلة من سوء الحظ وتوتر العلاقات البريطانية الأمريكية، مما دفع فيل إلى قضاء بضع سنوات في الاستثمار في البنية التحتية في سيبيريا ، لكنه عاد في عام 1909 بأفكار لتطوير الأراضي الرطبة في وسط فلوريدا. وقد شجعه أكثر الوعود السياسية التي قطعها الحاكم نابليون بونابرت بروارد بتجفيف مستنقعات إيفرجليدز خلال حملته الانتخابية عام 1904. في عام 1910، اشترى فيل 118,000 فدان (480 كيلومترًا ^مربعًا ) من الأرض بسعر 1.35 دولارًا للفدان، وأسس شركة مزارع فيلسمير لتجفيف مستنقع سانت جونز في عام 1911 وتوجيه المياه إلى بحيرة إنديان ريفر ، مُروجًا للقنوات المُهندسة وغيرها من المنشآت باعتبارها فعّالة للغاية في توفير الأراضي لبناء مدينة ضخمة. ^{[ 137 ]} وقد أُحرز بعض التقدم في البداية، بما في ذلك إنشاء بلدة فيلسمير حيث بيعت الأراضي بسعر 100 دولار للفدان، لكن المبيعات تراجعت بسبب فضيحة تتعلق بالاحتيال في بيع الأراضي وتقارير تجفيف غير دقيقة من إيفرجليدز. ثم وجدت الشركة نفسها تعاني من نقص في الأموال بسبب سوء الإدارة. وأدت الأمطار الغزيرة إلى انهيار السدود والجسور التي تم إنشاؤها حديثًا، مما أجبر الشركة بحلول عام 1916 على الدخول في حالة تصفية. غادر فيل فلوريدا إلى فرجينيا في عام 1917. ^{[ 138 ] [ 139 ]}  

استخدمت مارجوري كينان راولينغز نهر سانت جونز كخلفية في روايتيها " قمر الجنوب تحت" و "العام الصغير" ، بالإضافة إلى العديد من القصص القصيرة. في عام ١٩٣٣، قامت برحلة بالقارب على طول نهر سانت جونز برفقة صديقة. في الحوض العلوي، لاحظت صعوبة تحديد الاتجاه بسبب تدفق النهر غير الواضح، وكتبت في فصل بعنوان "انجراف زهور الياقوت" في مذكراتها " كريك المتقاطع " أنها حظيت بأفضل لحظاتها وهي تراقب طريقة طفو زهور الياقوت. ^{[ ١٤٠ ]} وكتبت راولينغز: "لو كان بإمكاني الاحتفاظ بمكان وزمان جميلين إلى الأبد، لأخترت ليلة على تلك الضفة العالية المنعزلة فوق نهر سانت جونز." ^{[ ١٤١ ] [ ملاحظة ٤ ]}

شهدت فلوريدا في القرن العشرين هجرة جماعية إليها. بيعت الأراضي غير المطورة بأسعار جيدة، وغالبًا ما تم تجفيفها لاستصلاح الأراضي الرطبة دون رقابة، بل وشجعته الحكومة في كثير من الأحيان. انخفضت مساحة منابع نهر سانت جونز من 78 كيلومترًا مربعًا (30 ميلًا ^مربعًا ) إلى كيلومتر مربع واحد بين عامي 1900 و1972. ^{[ 142 ]} تم استصلاح جزء كبير من الأراضي للاستخدام الحضري، لكن الاحتياجات الزراعية أثرت سلبًا، حيث جرفت الأسمدة ومياه الصرف من مزارع الماشية إلى نهر سانت جونز. وبدون الأراضي الرطبة لتصفية الملوثات، بقيت المواد الكيميائية في النهر وتدفقت إلى المحيط الأطلسي. دمر مستخدمو القوارب الجزر العائمة من الطمي والأعشاب في الحوض العلوي بالديناميت، مما أدى إلى جفاف البحيرات تمامًا. ^{[ 143 ]} 

ربما كان مشروع قناة فلوريدا المائية العابرة ، الذي يهدف إلى ربط سواحل الولاية المطلة على خليج المكسيك والمحيط الأطلسي عبر تحويل مجرى نهر أوكلاواها، والذي أُجيز لأول مرة عام 1933، أخطر تأثير بشري على الطبيعة في وسط فلوريدا. ^{[ ملاحظة 5 ]} كان من المقرر أن يبلغ طول القناة 275 كيلومترًا (171 ميلًا) ، وعرضها 76 مترًا (250 قدمًا) ، وعمقها 9.1 مترًا (30 قدمًا) . ^{[ 144 ]} كان بناء القناة على رأس أولويات الهندسة في الولاية، وبحلول عام 1964، بدأ فيلق المهندسين بالجيش الأمريكي أعمال بناء قناة فلوريدا المائية العابرة. كانت السيطرة على الفيضانات الدافع الرئيسي وراء بنائها، على الرغم من أن المنطق الأوسع وجدوى المشروع ظلا غير واضحين. في الوقت نفسه، كان فيلق المهندسين بالجيش الأمريكي يبني مئات الأميال من القنوات في إيفرجليدز، وبحلول ستينيات القرن الماضي، وُجهت إليه اتهامات بإهدار أموال دافعي الضرائب من خلال مشاريع البناء غير الضرورية. ^{[ 145 ]} في عام 1969، رفع صندوق الدفاع البيئي دعوى قضائية في المحكمة الفيدرالية لوقف أعمال البناء في القناة، مشيرًا إلى الضرر الذي لا يمكن إصلاحه والذي سيلحق بالممرات المائية في فلوريدا وخزان فلوريدا الجوفي، وهو مصدر المياه العذبة في وسط وشمال فلوريدا. ^{[ 146 ]}   

كان من المخطط إنشاء قناة منفصلة، ​​هي قناة سانت جونز-إنديان ريفر بارج ، لربط النهر بالممر المائي الساحلي الداخلي ؛ ^{[ 147 ]} لم يبدأ العمل في المشروع قط، وتم إلغاؤه بعد فترة وجيزة من تعليق العمل في قناة كروس فلوريدا بارج. ^{[ 148 ]}

عندما حلّت السكك الحديدية محلّ السفن البخارية ، فقد النهر الكثير من أهميته للولاية. واستقرّ تدفق المهاجرين إلى فلوريدا بشكل رئيسي جنوب أورلاندو، مما أثّر سلبًا على النظام الطبيعي للأراضي الرطبة هناك. ^{[ 149 ]} ومع ذلك، شهدت المناطق الحضرية في الأجزاء الشمالية والوسطى من الولاية نموًا ملحوظًا خلال الخمسين عامًا الماضية. ففي الحوض العلوي، ازداد عدد السكان بنسبة 700% بين عامي 1950 و2000، ومن المتوقع أن يرتفع بمقدار 1.5 مليون نسمة أخرى بحلول عام 2020. ^{[ 150 ]}

تتسرب النترات والفوسفور ، المستخدمة كأسمدة للحدائق والمحاصيل، إلى نهر سانت جونز. كما تُساهم أنظمة الصرف الصحي المعطلة وتسرب مياه الصرف من مراعي الماشية في تلوث يصل بدوره إلى النهر. وتتدفق مياه الأمطار من مصارف الشوارع مباشرةً إلى النهر وروافده: ففي سبعينيات القرن الماضي، كان نهر إيكونلوكهاتشي يستقبل 8 ملايين جالون أمريكي (30 مليون لتر) من مياه الصرف الصحي المعالجة يوميًا. ^{[ 151 ]} وقد جُففت الأراضي الرطبة ورُصفت، ما جعلها عاجزة عن ترشيح الملوثات من المياه، وتفاقم الوضع بسبب بطء تصريف النهر نفسه. وتحدث ظاهرة ازدهار الطحالب ونفوق الأسماك وتشوهات وتقرحات في الأسماك بشكل منتظم في النهر من بالاتكا إلى جاكسونفيل. وعلى الرغم من أن معظم الملوثات في النهر تُجرف من أجزائه الجنوبية، إلا أن منطقة جاكسونفيل تُنتج ما يقرب من 36% من الملوثات الموجودة في الحوض السفلي. ^{[ 152 ]} 

نفّذت ولاية فلوريدا برنامجًا يُسمى "تحسين وإدارة المياه السطحية" (SWIM) عام 1987 للمساعدة في تنظيف الأنهار، لا سيما فيما يتعلق بتلوث المصادر غير المحددة ، أو المواد الكيميائية التي تتسرب إلى النهر عبر التربة، بدلاً من إلقاء النفايات مباشرةً عبر الأنابيب. ^{[ 153 ]} يُساعد برنامج SWIM السلطات المحلية في شراء الأراضي اللازمة لاستعادة الأراضي الرطبة. وتتولى إدارة حماية البيئة في فلوريدا (DEP) مسؤولية استعادة نهر سانت جونز (SJRWMD). وتتمثل الخطوة الأولى في عملية الاستعادة، خاصةً في الحوض العلوي، في شراء الأراضي العامة المتاخمة للنهر؛ وقد تم إنشاء عشر محميات ومناطق محمية مختلفة لهذا الغرض حول منابع نهر سانت جونز. ^{[ 150 ]} وحول بحيرة غريفين في سلسلة بحيرات أوكلاواها، اشترت إدارة SJRWMD مساحة 6500 فدان (26 كيلومترًا ^مربعًا ) من الأراضي التي كانت تُستخدم سابقًا في الزراعة الطينية. ^{[ 154 ]} تم شراء أكثر من 19,000 فدان (77 كيلومترًا ^مربعًا ) على طول بحيرة أبوبكا لاستعادة أراضيها الرطبة، وقامت هيئة إدارة موارد المياه في نهر سانت جونز (SJRWMD) بإزالة ما يقرب من 15,000,000 رطل (6,800,000 كيلوغرام) من سمك الشاد ( Dorosoma cepedianum )، وهو نوع من الأسماك يخزن الفوسفور ويزيد من مشاكل الطحالب. ^{[ 128 ]} كما حددت هيئة إدارة موارد المياه في نهر سانت جونز (SJRWMD) مستويات دنيا للبحيرات والروافد في مستجمعات مياه سانت جونز لمراقبة عمليات سحب المياه المرخصة وإعلان نقص المياه عند الضرورة. ^{[ 155 ]}   

للمساعدة في تنظيف نهر سانت جونز وتوفير الأموال اللازمة لتحسين جودة المياه فيه، شنّ عمدة جاكسونفيل، جون ديلاني، حملةً لإدراجه ضمن قائمة أنهار التراث الأمريكي ، بدءًا من عام ١٩٩٧. ويهدف هذا التصنيف، الذي تُصدره وكالة حماية البيئة، إلى تنسيق الجهود بين الوكالات الفيدرالية لتحسين حماية الموارد الطبيعية والبيئة، والإنعاش الاقتصادي، والحفاظ على التراث التاريخي والثقافي. ^{[ ١٥٦ ]} أثارت الحملة جدلًا واسعًا، إذ دافع العمدة الجمهوري عن طلب المساعدة من الحكومة الفيدرالية، وكتب: "اعتمدت أنهار أخرى بشكل كبير على المساعدة الفيدرالية في عمليات التنظيف البيئي الضخمة. لقد حان دور سانت جونز الآن". ^{[ ١٥٧ ]} كما أيدت ٢٢ بلدة على طول نهر سانت جونز، بالإضافة إلى منظمات بيئية ورياضية وترفيهية ورياضية مائية وتعليمية، هذا التصنيف. ^{[ ١٥٨ ]} إلا أن العديد من السياسيين الجمهوريين البارزين أعربوا عن مخاوفهم إزاء زيادة اللوائح والقيود الفيدرالية المفروضة على ملكية العقارات الخاصة على طول النهر؛ وقد أصدر مجلس نواب فلوريدا قرارًا يطالب الرئيس بيل كلينتون بعدم إدراج نهر سانت جونز. على الرغم من ذلك، صنّف كلينتون نهر سانت جونز كواحد من 14 نهراً فقط من أنهار التراث الأمريكي من أصل 126 نهراً تم ترشيحها في عام 1998، وذلك لأهميته البيئية والتاريخية والاقتصادية والثقافية. ^{[ 159 ] [ 160 ]}

أدى التزايد المستمر في عدد السكان في فلوريدا إلى توقعات مخططي المدن بأن طبقة المياه الجوفية في فلوريدا لن تكون قادرة على تلبية احتياجات سكان شمال فلوريدا. وبحلول عام 2020، من المتوقع أن يصل عدد سكان حوض نهر سانت جونز إلى 7 ملايين نسمة، أي ضعف عددهم في عام 2008. ^{[ 161 ]} وتُعدّ المقترحات المتعلقة باستخدام 155 مليون جالون أمريكي (590 مليون لتر) يوميًا من نهر سانت جونز، و 100 مليون جالون أمريكي أخرى (380 مليون لتر) من نهر أوكلاواها، كمصدر للمياه العذبة، مثيرة للجدل، ما دفع منظمة خاصة تُدعى "حماة نهر سانت جونز" إلى ترشيحه ضمن قائمة الأنهار العشرة الأكثر عرضة للخطر التي وضعتها منظمة " الأنهار الأمريكية" المعنية بحماية البيئة . في عام 2008، تم إدراجه في المرتبة السادسة، ^{[ 162 ]} وهو ما قوبل بموافقة صحيفة جاكسونفيل، فلوريدا تايمز يونيون ، وتشكيك من جانب هيئة إدارة موارد المياه في سان جواكين. ^{[ 5 ] [ 163 ]}  

يُدرس نهر سانت جونز كمصدر إضافي للمياه لتلبية الاحتياجات المتزايدة من المياه العامة. في عام ٢٠٠٨، أجرت هيئة إدارة المياه في النهر دراسةً حول تأثير سحب المياه المقترح على إمدادات المياه، وطلبت من المجلس الوطني للبحوث مراجعة الجوانب العلمية للدراسة أثناء سيرها. نتج عن ذلك سلسلة من أربعة تقارير قيّمت تأثير سحب المياه على مستوى النهر وتدفقه، واستعرضت الآثار المحتملة على النظم البيئية للأراضي الرطبة، وقدمت رؤى شاملة حول دراسة هيئة إدارة المياه. ^{[ ١٦٤ ]} وخلص المجلس الوطني للبحوث إلى أن الهيئة، بشكل عام، أدّت عملاً كفؤاً في ربط الاستجابات البيئية المتوقعة، بما في ذلك حجمها ودرجة عدم اليقين العامة، بنطاق سحب المياه المقترح. ومع ذلك، أشار التقرير إلى ضرورة أن يُراعي التقرير النهائي للهيئة قضايا بالغة الأهمية، مثل ارتفاع مستوى سطح البحر في المستقبل، والنمو السكاني، والتوسع العمراني. على الرغم من أن الهيئة توقعت أن تؤدي التغييرات في إدارة المياه إلى زيادة مستويات المياه وتدفقاتها بما يتجاوز عمليات سحب المياه السطحية المقترحة، إلا أن هذه التوقعات تنطوي على قدر كبير من عدم اليقين. ^{[ ١٦٥ ]}

أشار التقرير أيضًا إلى مخاوف بشأن استنتاج المنطقة بأن سحب المياه لن يكون له سوى آثار بيئية ضارة قليلة. استند هذا الاستنتاج إلى نتائج النموذج التي أظهرت أن زيادة التدفقات من مشاريع الحوض العلوي والتغيرات في استخدام الأراضي (زيادة المساحات غير المنفذة) عوضت إلى حد كبير آثار سحب المياه على تدفقات المياه ومستوياتها. على الرغم من أن مشاريع الحوض العلوي إيجابية من حيث أنها ستعيد الأراضي إلى الحوض (والمياه إلى النهر)، إلا أنه لا يمكن قول الشيء نفسه عن زيادة جريان المياه السطحية في المناطق الحضرية ، والتي تُعرف جودتها الرديئة. ^{[ 165 ]}