الانتفاضة الثانية

بموجب اتفاقيات أوسلو ، الموقعة عامي 1993 و1995، التزمت إسرائيل بالانسحاب التدريجي لقواتها من أجزاء من قطاع غزة والضفة الغربية ، وأكدت حق الفلسطينيين في الحكم الذاتي داخل تلك المناطق من خلال إنشاء سلطة فلسطينية . من جانبها، اعترفت منظمة التحرير الفلسطينية رسميًا بإسرائيل والتزمت بتحمل مسؤولية الأمن الداخلي في المراكز السكانية بالمناطق التي تم إخلاؤها. وكان من المقرر أن يستمر الحكم الذاتي الفلسطيني لمدة خمس سنوات انتقالية يتم خلالها التفاوض على اتفاق دائم. إلا أن الواقع على الأرض خيّب آمال الطرفين بشدة في عملية أوسلو. وتشير التقارير إلى أن حرية تنقل الفلسطينيين تدهورت بين عامي 1993 و2000. ^{[ 35 ]} وقد تبادل الإسرائيليون والفلسطينيون الاتهامات بشأن فشل عملية السلام في أوسلو. وفي السنوات الخمس التي أعقبت توقيع اتفاقيات أوسلو مباشرة، قُتل 405 فلسطينيين و256 إسرائيليًا.

منذ عام 1996، وضعت إسرائيل خططًا واستعدادات طارئة واسعة النطاق، أُطلق عليها مجتمعةً اسم "السحر الموسيقي"، تحسبًا لفشل محادثات السلام. وفي عام 1998، وبعد أن خلص الجيش الإسرائيلي إلى أن الخطة الخمسية المنصوص عليها في محادثات أوسلو لن تُستكمل، نفّذ عملية "حقل الأشواك" للسيطرة على بلدات في المنطقة (ج) وبعض مناطق غزة، ونُفّذت مناورات عسكرية على مستوى الأفواج في أبريل/نيسان 2000 تحقيقًا لهذه الغاية. أما الاستعدادات الفلسطينية فكانت دفاعية ومحدودة النطاق، تهدف في المقام الأول إلى طمأنة السكان المحليين أكثر من كونها استعدادًا لمواجهة هجوم إسرائيلي محتمل. وقد دفعت كثافة هذه العمليات العميد تسفي فوغل إلى التساؤل عما إذا كانت الاستعدادات العسكرية الإسرائيلية ستتحول إلى نبوءة تتحقق ذاتيًا. ^{[ 36 ]}

في عام 1995، تولى شيمون بيريز رئاسة الوزراء خلفاً لإسحاق رابين ، الذي اغتيل على يد يغال عمير ، وهو متطرف يهودي معارض لاتفاقية أوسلو للسلام. وفي انتخابات عام 1996، انتخب الإسرائيليون ائتلافاً يمينياً ^{[ 37 ]} بقيادة مرشح حزب الليكود ، بنيامين نتنياهو، الذي خلفه في عام 1999 زعيم حزب العمل إيهود باراك .

في الفترة من 11 إلى 25 يوليو/تموز 2000، عُقدت قمة السلام في كامب ديفيد بين الرئيس الأمريكي بيل كلينتون ، ورئيس الوزراء الإسرائيلي إيهود باراك ، ورئيس السلطة الفلسطينية ياسر عرفات . وقد فشلت المحادثات في نهاية المطاف، حيث تبادل الطرفان الاتهامات. وبرزت خمسة عوائق رئيسية أمام التوصل إلى اتفاق: الحدود والتجاور الجغرافي، والقدس والحرم القدسي ، واللاجئون الفلسطينيون وحقهم في العودة ، والمخاوف الأمنية الإسرائيلية، والمستوطنات الإسرائيلية. وأدى الاستياء من الوضع خلال الصيف إلى انقسام كبير في منظمة التحرير الفلسطينية، حيث انضمت العديد من فصائل فتح إليها وانضمت إلى حماس والجهاد الإسلامي. ^{[ 38 ]}

في 13 سبتمبر 2000، قام ياسر عرفات والمجلس التشريعي الفلسطيني بتأجيل الإعلان الأحادي المخطط له عن قيام دولة فلسطينية مستقلة. ^{[ 39 ]}

بينما قام بيريز بتقييد بناء المستوطنات بناءً على طلب وزيرة الخارجية الأمريكية، مادلين أولبرايت ، ^{[ 37 ]} واصل نتنياهو البناء داخل المستوطنات الإسرائيلية القائمة ^{[ 40 ]} وطرح خططًا لبناء حي جديد، هار حوما ، في القدس الشرقية . ومع ذلك، فقد كان أداؤه أقل بكثير من مستوى حكومة شامير في الفترة 1991-1992، وامتنع عن بناء مستوطنات جديدة، على الرغم من أن اتفاقيات أوسلو لم تنص على مثل هذا الحظر. ^{[ 37 ]} بناء الوحدات السكنية قبل أوسلو، 1991-1992: 13,960؛ بعد أوسلو، 1994-1995: 3,840؛ 1996-1997: 3,570. ^{[ 41 ]}

في محاولة لتهميش الجناح الأكثر تشدداً بين المستوطنين، سعى باراك إلى استمالة الرأي العام المعتدل للمستوطنين، وحصل على موافقة على تفكيك 12 بؤرة استيطانية جديدة شُيّدت منذ اتفاقية نهر واي في نوفمبر 1998، ^{[ 42 ]} إلا أن التوسع المستمر للمستوطنات القائمة، مع خطط لبناء 3000 منزل جديد في الضفة الغربية ، قوبل بإدانة شديدة من القيادة الفلسطينية. ورغم أن اتفاقيات أوسلو سمحت بالبناء داخل المستوطنات القائمة، إلا أن المؤيدين الفلسطينيين يرون أن أي بناء مستمر يتعارض مع روح الاتفاقيات، ^{[ 37 ]} ويضر بنتيجة مفاوضات الوضع النهائي، ويقوض ثقة الفلسطينيين في رغبة باراك في السلام. ^{[ 42 ]}

عُقدت قمة السلام في الشرق الأوسط في كامب ديفيد، في الفترة من 11 إلى 25 يوليو/تموز 2000، بين الرئيس الأمريكي بيل كلينتون ، ورئيس الوزراء الإسرائيلي إيهود باراك ، ورئيس السلطة الفلسطينية ياسر عرفات . وقد فشلت القمة، حيث تبادل الطرفان الأخيران الاتهامات بالتسبب في فشل المحادثات. ^{[ 43 ]} وبرزت أربعة عوائق رئيسية أمام التوصل إلى اتفاق: الأرض، والقدس والحرم القدسي ، واللاجئون الفلسطينيون وحق العودة ، والمخاوف الأمنية الإسرائيلية. ^{[ 44 ]}

أحداث أكتوبر 2000

تشير "أحداث أكتوبر 2000" إلى عدة أيام من الاضطرابات والاشتباكات داخل إسرائيل، معظمها بين مواطنين عرب والشرطة الإسرائيلية ، بالإضافة إلى أعمال شغب واسعة النطاق شارك فيها كل من العرب واليهود. قُتل اثنا عشر مواطنًا عربيًا إسرائيليًا وفلسطيني من قطاع غزة على يد الشرطة الإسرائيلية، بينما قُتل يهودي إسرائيلي عندما صدمت سيارته بحجر على طريق تل أبيب-حيفا السريع . خلال الشهر الأول من الانتفاضة، قُتل 141 فلسطينيًا وأُصيب 5984 آخرون، بينما قُتل 12 إسرائيليًا وأُصيب 65. ^{[ 67 ]}

بدأ إضراب عام ومظاهرات في شمال إسرائيل في الأول من أكتوبر/تشرين الأول، واستمرت لعدة أيام. وفي بعض الحالات، تصاعدت المظاهرات إلى اشتباكات مع الشرطة الإسرائيلية ، شملت رشق الحجارة وإلقاء القنابل الحارقة وإطلاق النار الحي. استخدمت الشرطة الغاز المسيل للدموع وأطلقت النار بالرصاص المطاطي ، ثم بالذخيرة الحية في بعض الحالات، في انتهاك صارخ لبروتوكول الشرطة المنظم لتفريق أعمال الشغب. وقد ربطت لجنة أور استخدام الذخيرة الحية بشكل مباشر بالعديد من الوفيات .

في 8 أكتوبر، شارك آلاف الإسرائيليين اليهود في أعمال عنف في تل أبيب وأماكن أخرى، حيث قام بعضهم بإلقاء الحجارة على العرب، وتدمير ممتلكات العرب، وهتفوا "الموت للعرب". ^{[ 68 ]}

في أعقاب أعمال الشغب، ساد توتر شديد بين المواطنين اليهود والعرب، وانعدام ثقة بين المواطنين العرب والشرطة. قامت لجنة تحقيق، برئاسة قاضي المحكمة العليا تيودور أور ، بمراجعة أعمال الشغب العنيفة، وخلصت إلى أن الشرطة لم تكن مستعدة بشكل كافٍ للتعامل مع مثل هذه الأحداث، ووجهت اتهامات بسوء السلوك لضباط كبار. ووبخت لجنة أور رئيس الوزراء إيهود باراك ، وأوصت بعدم تولي شلومو بن عامي ، وزير الأمن الداخلي آنذاك، منصب وزير الأمن العام مجدداً. كما حمّلت اللجنة قادة عرباً وأعضاء في الكنيست مسؤولية تأجيج الأوضاع وتفاقم العنف.

عُقدت قمة طابا بين إسرائيل والسلطة الفلسطينية في الفترة من 21 إلى 27 يناير/كانون الثاني 2001، في مدينة طابا بشبه جزيرة سيناء . وقد اقترب رئيس الوزراء الإسرائيلي إيهود باراك والرئيس الفلسطيني ياسر عرفات من التوصل إلى تسوية نهائية أكثر من أي محادثات سلام سابقة أو لاحقة، إلا أنهما فشلا في نهاية المطاف في تحقيق أهدافهما.

في 17 يناير/كانون الثاني 2001، قُتل المراهق الإسرائيلي أوفير رحوم بعد أن استدرجته إلى رام الله شابة فلسطينية تبلغ من العمر 24 عامًا، تُدعى منى جود عوانة، وهي عضوة في تنظيم فتح . تواصلت عوانة مع أوفير عبر الإنترنت، ونشأت بينهما علاقة عاطفية استمرت لعدة أشهر. وفي النهاية، أقنعته بالذهاب إلى رام الله للقائها، حيث تعرض لكمين من ثلاثة مسلحين فلسطينيين، وأطلقوا عليه النار أكثر من خمس عشرة مرة. ^{[ 77 ]} أُلقي القبض على عوانة لاحقًا في عملية عسكرية وأمنية واسعة النطاق، وحُكم عليها بالسجن المؤبد. وقُتل خمسة إسرائيليين آخرين في يناير/كانون الثاني، إلى جانب ثمانية عشر فلسطينيًا.

ترشح أرييل شارون ، الذي كان آنذاك من حزب الليكود ، ضد إيهود باراك من حزب العمل . وانتُخب شارون رئيسًا لوزراء إسرائيل في 6 فبراير/شباط 2001 في الانتخابات الخاصة التي جرت عام 2001. ورفض شارون مقابلة ياسر عرفات شخصيًا.

أسفرت أعمال العنف في مارس/آذار عن مقتل 8 إسرائيليين، معظمهم من المدنيين، و26 فلسطينياً. وفي الخليل ، قتل قناص فلسطيني الرضيع الإسرائيلي شلهيفيت باس ، البالغ من العمر عشرة أشهر . ^{[ 78 ] [ 79 ]} وقد صدمت هذه الجريمة الرأي العام الإسرائيلي. ووفقاً لتحقيقات الشرطة الإسرائيلية، فقد استهدف القناص الرضيع عمداً. ^{[ 80 ]}

في 30 أبريل/نيسان 2001، قُتل سبعة مسلحين فلسطينيين في انفجار، أحدهم كان متورطاً في مقتل أوفير رحوم. ورفض الجيش الإسرائيلي تأكيد أو نفي الاتهامات الفلسطينية الموجهة إليه بالمسؤولية عن الانفجار.

في 7 مايو/أيار 2001، استولت قوات الكوماندوز البحرية الإسرائيلية على السفينة "سانتوريني " التي كانت تبحر في المياه الدولية باتجاه قطاع غزة الخاضع لسيطرة السلطة الفلسطينية. كانت السفينة محملة بالأسلحة. وذكر التحقيق الإسرائيلي الذي أعقب ذلك أن الشحنة اشترتها الجبهة الشعبية لتحرير فلسطين - القيادة العامة ، بزعامة أحمد جبريل . وقُدّرت قيمة السفينة وحمولتها بعشرة ملايين دولار. وبحسب التقارير، كان طاقم السفينة يخطط لتفريغ حمولة البراميل المعبأة بالأسلحة - والتي كانت محكمة الإغلاق ومقاومة للماء مع محتوياتها - في موقع متفق عليه مسبقاً قبالة سواحل غزة، حيث ستستعيدها السلطة الفلسطينية. 

في 8 مايو/أيار 2001، اختُطف مراهقان إسرائيليان، يعقوب "كوبي" مانديل (13 عامًا) ويوسف إشران (14 عامًا)، أثناء تنزههما بالقرب من قريتهما. وعُثر على جثتيهما في صباح اليوم التالي في كهف بالقرب من مكان سكنهما. ^{[ 81 ]} وذكرت صحيفة يو إس إيه توداي ، نقلاً عن الشرطة، أن الصبيين "قُيِّدا وطُعِنا وضُرِبا حتى الموت بالحجارة". وأضافت الصحيفة: "كانت جدران الكهف في صحراء يهودا مُغطاة بدماء الصبيين، والتي يُقال إن القتلة هم من لطّخوها هناك". ^{[ 82 ]}

بعد تفجير انتحاري استهدف نتانيا في 18 مايو/أيار 2001، استخدمت إسرائيل، ولأول مرة منذ عام 1967، طائرات حربية لمهاجمة أهداف تابعة للسلطة الفلسطينية في الضفة الغربية وقطاع غزة، ما أسفر عن مقتل 12 فلسطينياً. وكانت الغارات الجوية في السابق تُنفذ باستخدام طائرات الهليكوبتر الهجومية. ^{[ 83 ]}

في الأول من يونيو/حزيران 2001، فجّر انتحاري من حركة الجهاد الإسلامي نفسه في ملهى دولفيناريوم للرقص على ساحل تل أبيب . أسفر الهجوم عن مقتل 21 مدنياً إسرائيلياً، معظمهم من طلاب المدارس الثانوية، وإصابة 132 آخرين. ^{[ 84 ] [ 85 ] [ 86 ] [ 87 ]} وقد أعاق هذا الهجوم بشكل كبير الجهود الأمريكية للتفاوض على وقف إطلاق النار.

تم ربط مقتل جورجيوس تسيبوكتزاكيس في 12 يونيو على يد قناصة فلسطينيين لاحقاً بمروان البرغوثي . ^{[ 88 ]}

قُتل ما مجموعه 469 فلسطينياً و199 إسرائيلياً في عام 2001. ويذكر تقرير منظمة العفو الدولية عن السنة الأولى للانتفاضة ما يلي:

ارتكب الجيش الإسرائيلي الغالبية العظمى من حالات القتل والإصابات غير القانونية في إسرائيل والأراضي المحتلة باستخدام القوة المفرطة. وعلى وجه الخصوص، استخدم الجيش الإسرائيلي طائرات هليكوبتر أمريكية الصنع في هجمات صاروخية عقابية في أماكن لم يكن فيها خطر وشيك على الأرواح. كما استخدمت إسرائيل طائرات هليكوبتر حربية لتنفيذ عمليات إعدام خارج نطاق القضاء، ولإطلاق النار على أهداف أسفرت عن مقتل مدنيين، بمن فيهم أطفال. ... دأبت حماس والجهاد الإسلامي على زرع القنابل في الأماكن العامة، عادةً داخل إسرائيل، بهدف قتل وتشويه أعداد كبيرة من المدنيين الإسرائيليين بشكل عشوائي. وقد روجت كلتا المنظمتين لثقافة الاستشهاد، وتستخدمان الانتحاريين بشكل متكرر. ^{[ 65 ]}

نفّذ إرهابيون فلسطينيون عدداً من الهجمات الانتحارية في وقت لاحق من عام 2001، من بينها مجزرة مطعم سبارو التي أسفرت عن مقتل 15 مدنياً (بينهم 7 أطفال)؛ ^{[ 89 ] [ 90 ]} وتفجير محطة قطار نهاريا وتفجير حافلة بارديس حنا ، وكلاهما أسفر عن مقتل 3 مدنيين؛ ^{[ 91 ] [ 92 ] [ 93 ]} وتفجير شارع بن يهودا الذي أسفر عن مقتل 11 مدنياً، معظمهم من الأطفال؛ ^{[ 94 ]} وتفجير حافلة حيفا رقم 16 الذي أسفر عن مقتل 15 مدنياً. ^{[ 95 ]}

في يناير/كانون الثاني 2002، استولت فرقة العمليات الخاصة البحرية التابعة لجيش الدفاع الإسرائيلي (شاييطت 13) على سفينة الشحن " كارين أ" ، التي كانت تحمل أسلحة من إيران باتجاه إسرائيل، يُعتقد أنها كانت مُخصصة لاستخدامها من قبل فصائل فلسطينية مسلحة ضد إسرائيل. وقد تبين تورط مسؤولين كبار في السلطة الفلسطينية في عملية التهريب، حيث أشار الإسرائيليون إلى تورط ياسر عرفات أيضاً.

شنّ الفلسطينيون سلسلة من العمليات الانتحارية والهجمات ضد إسرائيل، استهدفت في معظمها المدنيين. في 3 مارس/آذار، قتل قناص فلسطيني 10 جنود ومدنيين إسرائيليين، وأصاب 4 آخرين بجروح عند نقطة تفتيش قرب عوفرا باستخدام بندقية إم 1 غاراند . ^{[ 96 ] [ 97 ]} وقد أُلقي القبض عليه لاحقًا وحُكم عليه بالسجن المؤبد. ازداد معدل الهجمات، وبلغ ذروته في مارس/آذار 2002. ^{[ 98 ]}

إلى جانب العديد من هجمات إطلاق النار والقنابل اليدوية، شهد شهر مارس/آذار 2002 تنفيذ 15 عملية تفجير انتحارية في إسرائيل، بمعدل عملية تفجير كل يومين. وقد تسبب هذا المعدل المرتفع للهجمات في انتشار الخوف في جميع أنحاء إسرائيل، وتعطيل الحياة اليومية بشكل خطير في جميع أنحاء البلاد. عُرف شهر مارس/آذار 2002 في إسرائيل باسم "مارس/آذار الأسود". ^{[ 98 ]} وفي 12 مارس/آذار، صدر قرار مجلس الأمن التابع للأمم المتحدة رقم 1397 ، الذي أكد مجدداً على حل الدولتين ، ووضع الأسس لخارطة طريق للسلام . ^{[ 99 ]}

في 27 مارس، بلغت موجة العنف ذروتها بتفجير انتحاري خلال احتفال عيد الفصح في فندق بارك بمدينة نتانيا ، أسفر عن مقتل 30 شخصًا. عُرف الهجوم بمجزرة عيد الفصح . ^{[ 100 ]} في المجمل، قُتل نحو 130 إسرائيليًا، معظمهم من المدنيين، في هجمات فلسطينية خلال شهر مارس 2002. ^{[ 99 ]} في 28 مارس، طرح القادة العرب، الذين اطلعت دوائرهم الانتخابية على تغطية تلفزيونية مفصلة للعنف في الصراع، مبادرة سلام عربية شاملة ، حظيت بتأييد عرفات، لكن إسرائيل تجاهلتها فعليًا. ^{[ 99 ] [ 101 ] [ 102 ] [ 103 ]}

في 29 مارس، شنت إسرائيل عملية الدرع الواقي ، التي استمرت حتى 3 مايو. ونفذ الجيش الإسرائيلي توغلات واسعة النطاق في جميع أنحاء الضفة الغربية، ودخل العديد من المدن الفلسطينية. وحوصر عرفات في مجمعه برام الله . ^{[ 104 ]} وقدّرت الأمم المتحدة أن 497 فلسطينيًا قُتلوا وأُصيب 1447 آخرون جراء التوغل الإسرائيلي في الفترة من 1 مارس إلى 7 مايو. ^{[ 105 ]} وبرّأ تقرير للأمم المتحدة إسرائيل من مزاعم ارتكاب مجزرة، لكنه انتقدها لاستخدامها القوة المفرطة ضد المدنيين. كما اعتقلت القوات الإسرائيلية 4258 فلسطينيًا خلال العملية. ^{[ 106 ]} وبلغت الخسائر الإسرائيلية خلال العملية 30 قتيلاً و127 جريحًا. وتُوّجت العملية باستعادة المناطق الخاضعة لسيطرة السلطة الفلسطينية. ^{[ 105 ]}

معركة جنين

بين 2 و11 أبريل/نيسان، شهد مخيم جنين للاجئين الفلسطينيين حصارًا ومعارك ضارية . استُهدف المخيم خلال عملية الدرع الواقي بعد أن قررت إسرائيل أنه "استُخدم كموقع انطلاق للعديد من الهجمات الإرهابية ضد المدنيين الإسرائيليين والبلدات والقرى الإسرائيلية في المنطقة". ^{[ 107 ]} تحولت معركة جنين إلى نقطة توتر لكلا الجانبين، وشهدت قتالًا شرسًا في المناطق الحضرية، حيث قاتلت قوات المشاة الإسرائيلية، مدعومة بالدبابات والمروحيات الهجومية، لتطهير المخيم من المسلحين الفلسطينيين. وفي نهاية المطاف، انتصر الجيش الإسرائيلي بعد أن استخدم اثنتي عشرة جرافة مدرعة من طراز كاتربيلر D9 لإزالة العبوات الناسفة الفلسطينية ، وتفجير المتفجرات، وهدم المباني ومواقع الأسلحة؛ وقد أثبتت الجرافات مناعتها ضد هجمات المسلحين الفلسطينيين. ^{[ 108 ]}

خلال العمليات العسكرية الإسرائيلية في المخيم، زعمت مصادر فلسطينية وقوع مجزرة راح ضحيتها المئات. وصرح مسؤول كبير في السلطة الفلسطينية في منتصف أبريل/نيسان بمقتل نحو 500 شخص. ^{[ 109 ]} وخلال القتال في جنين، قدّر مسؤولون إسرائيليون في البداية عدد القتلى الفلسطينيين بالمئات، لكنهم قالوا لاحقًا إنهم يتوقعون أن يصل عدد القتلى الفلسطينيين إلى ما بين 45 و55 قتيلاً. ^{[ 110 ]} وفي خضم الجدل الذي أعقب ذلك، منعت إسرائيل الأمم المتحدة من إجراء التحقيق المباشر الذي طالب به مجلس الأمن بالإجماع، إلا أن الأمم المتحدة رأت مع ذلك أنها قادرة على دحض مزاعم المجزرة في تقريرها، الذي ذكر أن عدد القتلى بلغ نحو 52 قتيلاً، منتقدةً كلا الجانبين لتعريضهما المدنيين الفلسطينيين للخطر. ^{[ 110 ] [ 111 ]} واستنادًا إلى تحقيقاتهما الخاصة، اتهمت منظمة العفو الدولية ^{[ 112 ]} وهيومن رايتس ووتش ^{[ 113 ]} بعض أفراد جيش الدفاع الإسرائيلي في جنين بارتكاب جرائم حرب، لكنهما أكدتا أيضًا عدم ارتكاب جيش الدفاع الإسرائيلي أي مجزرة. ودعت كلتا المنظمتين الحقوقيتين إلى إجراء تحقيقات رسمية. نفى الجيش الإسرائيلي هذه الاتهامات.

بعد المعركة، قدّرت معظم المصادر، بما فيها الجيش الإسرائيلي والسلطة الفلسطينية ، عدد القتلى الفلسطينيين بما بين 52 و56 قتيلاً؛ ^{[ 114 ]} وثّقت منظمة هيومن رايتس ووتش مقتل 52 فلسطينياً، وزعمت أن من بينهم 27 مسلحاً على الأقل و22 مدنياً، بالإضافة إلى 3 فلسطينيين آخرين لم يُعرف وضعهم كمسلحين أو مدنيين، ^{[ 115 ]} بينما ذكر الجيش الإسرائيلي أن 48 مسلحاً و5 مدنيين قُتلوا. ^{[ 116 ]} ووفقاً لهيومن رايتس ووتش، دُمّر 140 مبنى. ^{[ 117 ]} وأفاد الجيش الإسرائيلي بمقتل 23 جندياً إسرائيلياً وإصابة 75 آخرين خلال المعركة. ^{[ 113 ] [ 118 ]}

حصار بيت لحم

في الفترة من 2 أبريل/نيسان إلى 10 مايو/أيار، تصاعدت حدة التوتر في كنيسة المهد ببيت لحم . حاصر جنود الجيش الإسرائيلي الكنيسة بينما كان بداخلها مدنيون فلسطينيون ومسلحون وكهنة. خلال الحصار ، قتل قناصة الجيش الإسرائيلي 8 مسلحين داخل الكنيسة وأصابوا أكثر من 40 شخصًا. انتهى التوتر بترحيل 13 مسلحًا فلسطينيًا إلى أوروبا، كان الجيش الإسرائيلي قد صنّفهم إرهابيين، وبذلك أنهى الجيش الإسرائيلي حصاره الذي دام 38 يومًا مع المسلحين داخل الكنيسة.

عقب تقرير استخباراتي إسرائيلي يفيد بأن ياسر عرفات قد دفع 20 ألف دولار لكتائب شهداء الأقصى ، طالبت الولايات المتحدة بإصلاحات ديمقراطية في السلطة الفلسطينية ، فضلاً عن تعيين رئيس وزراء مستقل عن عرفات. وفي 13 مارس/آذار 2003، وتحت ضغط أمريكي، عيّن عرفات محمود عباس رئيساً لوزراء فلسطين.

عقب تعيين عباس، روّجت الإدارة الأمريكية لخارطة طريق السلام ، وهي خطة اللجنة الرباعية لإنهاء الصراع الإسرائيلي الفلسطيني عبر حلّ التنظيمات المسلحة، ووقف النشاط الاستيطاني، وإقامة دولة فلسطينية ديمقراطية ومسالمة. وطالبت المرحلة الأولى من الخطة السلطة الفلسطينية بقمع هجمات العصابات والإرهابيين ومصادرة الأسلحة غير المشروعة. ونظرًا لعجز عباس أو عدم رغبته في مواجهة التنظيمات المسلحة والمخاطرة بنشوب حرب أهلية، سعى إلى التوصل إلى اتفاق وقف إطلاق نار مؤقت مع الفصائل المسلحة، وطلب منها وقف الهجمات على المدنيين الإسرائيليين.

في 20 مايو/أيار، اعترضت قوات الكوماندوز البحرية الإسرائيلية سفينة أخرى، هي " أبو حسن" ، كانت متجهة من لبنان إلى قطاع غزة . وكانت السفينة محملة بالصواريخ والأسلحة والذخائر. وأُلقي القبض على ثمانية من أفراد طاقمها، بينهم قيادي بارز في حزب الله .

في 29 يونيو/حزيران 2003، أعلنت حركات فتح وحماس والجهاد الإسلامي من جانب واحد هدنة مؤقتة ، أعلنت بموجبها وقف إطلاق النار ووقف جميع الهجمات ضد إسرائيل لمدة ثلاثة أشهر. ^{[ 119 ]} انخفض العنف قليلاً في الشهر التالي، لكن التفجيرات الانتحارية ضد المدنيين الإسرائيليين استمرت، وكذلك العمليات الإسرائيلية ضد المسلحين.

قُتل أربعة فلسطينيين، ثلاثة منهم مسلحون، في اشتباكات مسلحة خلال غارة شنها الجيش الإسرائيلي على عسكر قرب نابلس ، بمشاركة دبابات وناقلات جند مدرعة ؛ وقُتل جندي إسرائيلي برصاص أحد المسلحين. وادعى فلسطينيون مجاورون أن فرقة من الشرطة الإسرائيلية متنكرة بزي عمال فلسطينيين أطلقت النار على عبد الله قواسمة أثناء خروجه من مسجد في الخليل. ^{[ 120 ]} وقالت وحدة مكافحة الإرهاب الإسرائيلية (YAMAM) ، التي نفذت العملية، إن قواسمة أطلق النار عليهم أثناء محاولتهم اعتقاله.

في 19 أغسطس/آب، نفّذت حماس هجوماً انتحارياً منسقاً على حافلة مكتظة في القدس ، ما أسفر عن مقتل 23 مدنياً إسرائيلياً، بينهم 7 أطفال. وأعلنت حماس أن الهجوم جاء رداً على مقتل خمسة فلسطينيين (من بينهم القيادي في حماس عبد الله قواسمة ) في وقت سابق من الأسبوع. ووصفت وسائل الإعلام الأمريكية والإسرائيلية تفجير الحافلة بأنه كسر للهدوء وأنهى وقف إطلاق النار.

عقب هجوم حماس على الحافلة، صدرت الأوامر لقوات الدفاع الإسرائيلية بقتل أو أسر جميع قادة حماس في الخليل وقطاع غزة . وقد تم القبض على جميع مدبري تفجير الحافلة الانتحاري أو قتلهم، كما لحقت أضرار جسيمة بقيادة حماس في الخليل على يد الجيش الإسرائيلي. فُرض حظر تجول صارم في نابلس وجنين وطولكرم؛ واستمر إغلاق نابلس لأكثر من مئة يوم. وفي نزل عيسى ، دمرت جرافات الإدارة المدنية الإسرائيلية أكثر من ستين متجراً. وبررت الإدارة المدنية الإسرائيلية هدم المتاجر بأنها بُنيت بدون ترخيص. ويعتبر الفلسطينيون حظر التجول العسكري الإسرائيلي وتدمير الممتلكات بمثابة عقاب جماعي ضد الفلسطينيين الأبرياء. ^{[ 121 ]}

بعد عجزه عن الحكم بفعالية في عهد عرفات، استقال عباس في سبتمبر/أيلول 2003، وعُيّن أحمد قريع (أبو علاء) خلفًا له. تخلّت الحكومة الإسرائيلية عن الأمل في التوصل إلى تسوية تفاوضية للصراع، واتبعت سياسة أحادية الجانب لفصل إسرائيل فعليًا عن المجتمعات الفلسطينية، وذلك ببدء بناء جدار الفصل الإسرائيلي في الضفة الغربية . تزعم إسرائيل أن الجدار ضروري لمنع المهاجمين الفلسطينيين من دخول المدن الإسرائيلية، بينما يزعم الفلسطينيون أن الجدار يفصل المجتمعات الفلسطينية عن بعضها، وأن خطة البناء تُعدّ ضمًا فعليًا للأراضي الفلسطينية.

عقب تفجير انتحاري وقع في 4 أكتوبر/تشرين الأول في مطعم ماكسيم بحيفا ، وأودى بحياة 21 إسرائيليًا، زعمت إسرائيل أن سوريا وإيران تدعمان حركة الجهاد الإسلامي وحزب الله ، وتتحملان مسؤولية الهجوم الإرهابي. وفي اليوم التالي لمجزرة ماكسيم، قصفت طائرات حربية تابعة لسلاح الجو الإسرائيلي ما يُزعم أنه قاعدة تدريب فلسطينية سابقة في عين صاحب بسوريا ، والتي كانت مهجورة في معظمها منذ ثمانينيات القرن الماضي. وقد دُمرت الذخائر المخزنة في الموقع، وأُصيب حارس مدني.

رداً على القصف المتكرر للمستوطنات الإسرائيلية بصواريخ القسام وقذائف الهاون من غزة، نفّذ الجيش الإسرائيلي عملياته بشكل رئيسي في رفح ، حيث قام بتفتيش وتدمير أنفاق التهريب التي يستخدمها المسلحون للحصول على الأسلحة والذخائر والهاربين والسجائر وقطع غيار السيارات والأجهزة الكهربائية والعملات الأجنبية والذهب والمخدرات والأقمشة من مصر . بين سبتمبر/أيلول 2000 ومايو / أيار 2004، تم اكتشاف وتدمير تسعين نفقاً تربط مصر بقطاع غزة. تسببت المداهمات في رفح في تشريد العديد من العائلات. الموقف الإسرائيلي الرسمي هو أن منازلهم سقطت في أيدي المسلحين ودُمّرت خلال معارك مع قوات الجيش الإسرائيلي. العديد من هذه المنازل مهجورة بسبب التوغلات الإسرائيلية، ثم دُمّرت لاحقاً. وفقاً لمنظمة هيومن رايتس ووتش، تم تدمير أكثر من 1500 منزل لإنشاء منطقة عازلة واسعة في المدينة، العديد منها "دون ضرورة عسكرية"، مما أدى إلى تشريد حوالي ستة عشر ألف شخص. ^{[ 122 ]}

في الثاني من فبراير/شباط 2004، أعلن رئيس الوزراء الإسرائيلي أرييل شارون عن خطته لنقل جميع المستوطنين اليهود من قطاع غزة . ووصفت المعارضة الإسرائيلية إعلانه بأنه "تضليل إعلامي"، بينما أعلن حزب العمل الإسرائيلي دعمه لهذه الخطوة. في المقابل، رفض شريكا شارون في الائتلاف الحاكم، الحزب الديني الوطني والاتحاد الوطني ، الخطة وتعهدا بالانسحاب من الحكومة في حال تنفيذها. كما رفض يوسي بيلين ، الداعي للسلام ومهندس اتفاقيتي أوسلو وجنيف ، خطة الانسحاب المقترحة، زاعماً أن الانسحاب من قطاع غزة دون اتفاق سلام سيشجع الإرهاب .

عقب إعلان أرييل شارون خطة فك الاشتباك ، وردًا على الهجمات الانتحارية على معبر إيرز وميناء أشدود (التي أسفرت عن مقتل 10 أشخاص)، شنّ الجيش الإسرائيلي سلسلة من الغارات المدرعة على قطاع غزة (وخاصة رفح ومخيمات اللاجئين المحيطة بغزة)، ما أسفر عن مقتل نحو 70 مقاتلاً من حماس . وفي 22 مارس/آذار 2004، اغتالت مروحية حربية إسرائيلية زعيم حماس الشيخ أحمد ياسين ، مع اثنين من حراسه الشخصيين وتسعة من المارة. وفي 17 أبريل/نيسان، وبعد عدة محاولات فاشلة من حماس لتنفيذ تفجيرات انتحارية، ونجاح إحداها في مقتل شرطي إسرائيلي، قُتل خليفة ياسين، عبد العزيز الرنتيسي ، بطريقة مماثلة تقريبًا، مع حارس شخصي وابنه محمد.

تصاعدت حدة القتال في قطاع غزة بشكل كبير في مايو/أيار 2004 بعد عدة محاولات فاشلة لمهاجمة نقاط تفتيش إسرائيلية ، مثل معبر إيرز ومعبر كارني . وفي 2 مايو/أيار، هاجم مسلحون فلسطينيون امرأة حامل وبناتها الأربع الصغيرات، وأطلقوا النار عليهن فقتلوهن . ^{[ 123 ] [ 124 ] [ 125 ]} وصنفت منظمة العفو الدولية هذا الفعل جريمة ضد الإنسانية ، وقالت إنها "تجدد دعوتها لجميع الفصائل الفلسطينية المسلحة إلى وضع حد فوري للاستهداف المتعمد للمدنيين الإسرائيليين، سواء في إسرائيل أو في الأراضي المحتلة". ^{[ 126 ]} إضافة إلى ذلك، وفي 11 و12 مايو/أيار، دمر مسلحون فلسطينيون ناقلتي جند مدرعتين من طراز M-113 تابعتين للجيش الإسرائيلي ، ما أسفر عن مقتل 13 جنديًا وتشويه جثثهم. وشن الجيش الإسرائيلي غارتين لاستعادة الجثث، ما أسفر عن مقتل ما بين 20 و40 فلسطينيًا، وإلحاق أضرار جسيمة بالمنشآت في حي الزيتون بقطاع غزة، وفي جنوب غرب رفح.

في وقت لاحق، وتحديداً في 18 مايو/أيار، شنّ الجيش الإسرائيلي عملية قوس قزح بهدف معلن هو ضرب البنية التحتية للمسلحين في رفح، وتدمير أنفاق التهريب، وإيقاف شحنة من صواريخ SA-7 وأسلحة مضادة للدبابات متطورة . أسفرت العملية عن مقتل 41 مسلحاً فلسطينياً و12 مدنياً، وتدمير ما بين 45 و56 مبنى فلسطينياً. قصفت الدبابات الإسرائيلية مئات المتظاهرين الفلسطينيين الذين كانوا يقتربون من مواقعهم، ما أسفر عن مقتل 10 منهم. وكان المتظاهرون قد تجاهلوا التحذيرات الإسرائيلية بالعودة. أثارت هذه الحادثة استنكاراً دولياً واسعاً للعملية.

في 29 سبتمبر/أيلول، وبعد سقوط صاروخ قسام على بلدة سديروت الإسرائيلية ومقتل طفلين إسرائيليين، شنّ الجيش الإسرائيلي عملية "أيام التوبة" شمال قطاع غزة. وكان الهدف المعلن للعملية هو إزالة خطر صواريخ القسام من سديروت وقتل مقاتلي حماس الذين يطلقونها. انتهت العملية في 16 أكتوبر/تشرين الأول، بعد أن تسببت في دمار واسع النطاق ومقتل أكثر من 100 فلسطيني، 20 منهم على الأقل دون سن السادسة عشرة. ^{[ 127 ]} قتل الجيش الإسرائيلي إيمان درويش الحمس، البالغة من العمر 13 عامًا، عندما دخلت منطقة عسكرية مغلقة؛ واتُهم القائد بإطلاق النار من سلاحه الآلي على جثتها عمدًا للتأكد من وفاتها. حقق الجيش الإسرائيلي في الحادثة، لكن تمت تبرئة القائد من جميع المخالفات، ^{[ 128 ] [ 129 ]} ومؤخرًا، تمت تبرئته بالكامل عندما اعتبرت محكمة القدس الجزئية الادعاء تشهيريًا، وحكمت بدفع 300 ألف شيكل إسرائيلي جديد من قبل الصحفي والقناة التلفزيونية المسؤولين عن التقرير، بالإضافة إلى 80 ألف شيكل إسرائيلي جديد أخرى كأتعاب قانونية، وألزمت الصحفي والقناة التلفزيونية ببث تصحيح. ^{[ 130 ]} ووفقًا لمسعفين فلسطينيين، قتلت القوات الإسرائيلية ما لا يقل عن 62 مسلحًا و42 فلسطينيًا آخرين يُعتقد أنهم مدنيون. ^{[ 131 ]} ووفقًا لإحصاء أجرته صحيفة هآرتس ، قُتل 87 مسلحًا و42 مدنيًا. وتضررت مخيمات اللاجئين الفلسطينيين بشدة جراء الهجوم الإسرائيلي. وأعلن الجيش الإسرائيلي إحباط ما لا يقل عن 12 عملية إطلاق صواريخ قسام، وإصابة العديد من المسلحين خلال العملية.

في 21 أكتوبر، قتل سلاح الجو الإسرائيلي عدنان الغول ، وهو صانع قنابل بارز في حماس ومخترع صاروخ القسام .

في 11 نوفمبر، توفي ياسر عرفات في باريس.

بدأ التصعيد في غزة بالتزامن مع زيارة محمود عباس إلى سوريا بهدف تحقيق هدنة بين الفصائل الفلسطينية وإقناع قيادة حماس بوقف الهجمات على الإسرائيليين. وتعهدت حماس بمواصلة الكفاح المسلح، فأطلقت صواريخ قسام عديدة على سهول مفتوحة قرب وادي عوز ، وقصفت روضة أطفال في كفر داروم بصاروخ مضاد للدبابات.

في التاسع من ديسمبر/كانون الأول، قُتل خمسة فلسطينيين من مهربي الأسلحة، وأُلقي القبض على اثنين آخرين على الحدود بين رفح ومصر . وفي وقت لاحق من ذلك اليوم، أُصيب جمال أبو صمهدانة واثنان من حراسه الشخصيين جراء غارة صاروخية. وفي أول غارة جوية إسرائيلية على مسلحين منذ أسابيع، أطلقت طائرة مسيرة إسرائيلية صاروخًا واحدًا على سيارة أبو صمهدانة أثناء سيرها بين رفح وخان يونس جنوب قطاع غزة. وكانت هذه المحاولة الرابعة لاغتيال صمهدانة من قبل إسرائيل. يُعد صمهدانة أحد قياديي لجان المقاومة الشعبية ، وأحد القوى الرئيسية وراء أنفاق التهريب. ويُعتقد أن صمهدانة مسؤول عن التفجير الذي استهدف موكبًا دبلوماسيًا أمريكيًا في غزة، والذي أسفر عن مقتل ثلاثة أمريكيين.

في العاشر من ديسمبر/كانون الأول، رداً على إطلاق حماس قذائف هاون على مستوطنة نيفيه ديكاليم في قطاع غزة، ما أسفر عن إصابة أربعة إسرائيليين (بينهم طفل يبلغ من العمر ثماني سنوات)، أطلق جنود إسرائيليون النار على مخيم خان يونس للاجئين (مصدر قذائف الهاون)، ما أدى إلى مقتل طفلة تبلغ من العمر سبع سنوات. وأكد مصدر في الجيش الإسرائيلي أن القوات أطلقت النار على خان يونس، لكنها أوضحت أنها استهدفت طواقم هاون تابعة لحماس.

أسفر أكبر هجوم منذ اغتيال ياسر عرفات عن مقتل خمسة جنود إسرائيليين في 12 ديسمبر/كانون الأول، وإصابة عشرة آخرين. فُجِّر نحو 1.5 طن من المتفجرات في نفق أسفل معبر حدودي تسيطر عليه القوات الإسرائيلية على الحدود المصرية مع غزة قرب رفح، مما أدى إلى انهيار عدة مبانٍ وإلحاق أضرار بأخرى. دمر الانفجار جزءًا من الموقع العسكري وقتل ثلاثة جنود. ثم تسلل مسلحان فلسطينيان إلى الموقع وقتلا جنديين إسرائيليين آخرين بالرصاص. يُعتقد أن حماس وفصيلًا جديدًا من حركة فتح، يُعرف باسم "صقور فتح"، نفذا الهجوم المنظم والمنسق بدقة. وأعلن متحدث باسم الحركة، يُدعى "أبو مجاد"، مسؤوليته عن الهجوم باسم " صقور فتح "، زاعمًا أنه جاء ردًا على "اغتيال" ياسر عرفات، متهمًا إسرائيل بتسميمه.

أُجريت الانتخابات الرئاسية الفلسطينية في 9 يناير/كانون الثاني، وانتُخب محمود عباس (أبو مازن) رئيسًا للسلطة الفلسطينية. وقد تمحور برنامجه حول التفاوض السلمي مع إسرائيل ونبذ العنف لتحقيق الأهداف الفلسطينية. ورغم دعوة عباس للمقاتلين إلى وقف الهجمات على إسرائيل، إلا أنه وعدهم بالحماية من التوغلات الإسرائيلية، ولم يدعُ إلى نزع السلاح بالقوة.

استمر العنف في قطاع غزة، وقام أرييل شارون بتجميد جميع الاتصالات الدبلوماسية والأمنية مع السلطة الوطنية الفلسطينية . وصرح المتحدث باسمها، عساف شريف، قائلاً: "أبلغت إسرائيل القادة الدوليين اليوم أنه لن تُعقد أي اجتماعات مع عباس حتى يبذل جهداً حقيقياً لوقف الإرهاب". وجاء تجميد الاتصالات بعد أقل من أسبوع من انتخاب محمود عباس، وقبل يوم واحد من تنصيبه. وأكد المفاوض الفلسطيني صائب عريقات الخبر، قائلاً: "لا يمكن محاسبة محمود عباس قبل أن يُنصّب رئيساً". ^{[ 132 ] [ 133 ]}

بعد ضغوط دولية وتهديد إسرائيلي بعملية عسكرية واسعة النطاق في قطاع غزة ، أمر عباس الشرطة الفلسطينية بالانتشار في شمال القطاع لمنع قصف صواريخ وقذائف القسام للمستوطنات الإسرائيلية. ورغم أن الهجمات على الإسرائيليين لم تتوقف تمامًا، إلا أنها انخفضت بشكل حاد. وفي 8 فبراير/شباط 2005، أعلن شارون وعباس، خلال قمة شرم الشيخ، هدنة متبادلة بين إسرائيل والسلطة الوطنية الفلسطينية . وتصافحا في قمة رباعية ضمت أيضًا الأردن ومصر في شرم الشيخ . إلا أن حماس والجهاد الإسلامي أعلنتا أن الهدنة غير ملزمة لأعضائهما. ولم تتراجع إسرائيل عن مطلبها بتفكيك البنية التحتية للإرهاب قبل المضي قدمًا في خارطة طريق السلام . ^{[ 134 ]}

حذر كثيرون من هشاشة الهدنة، وضرورة إحراز تقدم تدريجي مع الحرص على الالتزام بها والحفاظ على الهدوء. وفي ليلة 9-10 فبراير، سقط وابل من 25 إلى 50 صاروخ قسام وقذيفة هاون على مستوطنة نيفي ديكاليم ، وتكرر الأمر ظهرًا. وأعلنت حماس أن ذلك جاء ردًا على هجوم أسفر عن مقتل فلسطيني قرب مستوطنة إسرائيلية. ^{[ 135 ]} ردًا على هجوم الهاون، أمر عباس قوات الأمن الفلسطينية بوقف مثل هذه الهجمات مستقبلًا، كما أقال قادة كبارًا في الجهاز الأمني ​​الفلسطيني. وفي 10 فبراير، اعتقلت قوات الأمن الإسرائيلية مهران عمر شكات أبو حمس، وهو فلسطيني من سكان نابلس ، كان على وشك تنفيذ هجوم انتحاري بحافلة في التل الفرنسي بالقدس .

في 13 فبراير/شباط 2005، دخل عباس في محادثات مع قادة حركة الجهاد الإسلامي وحماس، لحثهم على الالتفاف حوله واحترام الهدنة. وصرح إسماعيل هنية، أحد كبار قادة حماس، بأن "موقف الحركة من الهدوء سيظل ثابتاً، وستتحمل إسرائيل مسؤولية أي انتهاك أو عدوان جديد".

في منتصف يونيو/حزيران، كثّفت الفصائل الفلسطينية قصفها لمدينة سديروت بصواريخ قسام محلية الصنع . أسفرت الهجمات الفلسطينية عن مقتل فلسطينيين اثنين ومدني صيني جراء صاروخ قسام، بالإضافة إلى مقتل إسرائيليين اثنين. أدت موجة الهجمات إلى تراجع التأييد الشعبي الإسرائيلي لخطة فك الارتباط . تصاعدت هجمات حركة الجهاد الإسلامي وكتائب شهداء الأقصى على إسرائيل في يوليو/تموز، وفي 12 يوليو/تموز، استهدف تفجير انتحاري مدينة نتانيا الساحلية ، ما أسفر عن مقتل 5 مدنيين. في 14 يوليو/تموز، بدأت حماس قصف المستوطنات الإسرائيلية داخل قطاع غزة وخارجه بعشرات صواريخ القسام، ما أسفر عن مقتل امرأة إسرائيلية. في 15 يوليو/تموز، استأنفت إسرائيل سياستها في "الاغتيالات المستهدفة"، ما أسفر عن مقتل 7 من مقاتلي حماس وقصف نحو 4 مواقع تابعة لها. إن استمرار قصف المستوطنات الإسرائيلية بالصواريخ، والاشتباكات في الشوارع بين مقاتلي حماس والشرطة الفلسطينية، هدد بتقويض الهدنة المتفق عليها في قمة شرم الشيخ عام 2005. كما بدأ جيش الدفاع الإسرائيلي في تعزيز قواته المدرعة حول قطاع غزة رداً على القصف.

يُعدّ تاريخ انتهاء الانتفاضة الثانية محل خلاف، إذ لم يكن هناك حدثٌ مُحدّدٌ أنهىها. ^{[ 136 ]} الرأي السائد هو أنها انتهت عام 2005، بينما تُشير بعض المصادر إلى أحداثٍ وإحصاءاتٍ تمتدّ حتى عام 2007. ^{[ 137 ]}

• يعتبر بعض المعلقين، مثل سيفر بلوكر، ^{[ 138 ]} أن الانتفاضة انتهت في أواخر عام 2004. ومع مرض ياسر عرفات ثم وفاته في نوفمبر 2004، فقد الفلسطينيون زعيمهم المعترف به دوليًا على مدى العقود الثلاثة الماضية، وبعد ذلك فقدت الانتفاضة زخمها وأدت إلى قتال داخلي بين الفصائل الفلسطينية (وأبرزها صراع فتح وحماس )، فضلاً عن الصراع داخل حركة فتح نفسها.
• كما يُستشهد بانسحاب إسرائيل الأحادي الجانب من قطاع غزة، الذي أُعلن عنه في يونيو 2004 واكتمل في أغسطس 2005، باعتباره إشارة إلى نهاية الانتفاضة، على سبيل المثال من قبل رمزي بارود. ^{[ 139 ]}
• يعتبر البعض الثامن من فبراير/شباط 2005 نهاية رسمية للانتفاضة الثانية، على الرغم من استمرار أعمال عنف متفرقة خارج سيطرة السلطة الفلسطينية أو بموافقتها. ^{[ 140 ] [ 141 ]} في ذلك اليوم، التقى عباس وشارون في قمة شرم الشيخ ، حيث تعهدا بإنهاء الهجمات المتبادلة. ^{[ 142 ] [ 143 ]} إضافةً إلى ذلك، وافق شارون على إطلاق سراح 900 أسير فلسطيني والانسحاب من بلدات الضفة الغربية. رفضت حماس وحركة الجهاد الإسلامي في فلسطين الانضمام إلى الاتفاق، بحجة أن وقف إطلاق النار يمثل موقف السلطة الفلسطينية فقط. ^{[ 142 ] [ 144 ]} بعد خمسة أيام، توصل عباس إلى اتفاق مع المنظمتين المعارضتين للالتزام بالهدنة بشرط الرد على أي انتهاك إسرائيلي. ^{[ 145 ]}

تناول شاختر الصعوبات في تحديد متى انتهت الانتفاضة الثانية. ورأى أن التفجيرات الانتحارية هي المعيار الأفضل، باعتبارها العنصر الأهم في العنف الذي انطوت عليه، وأنه وفقًا لهذا المعيار انتهت الانتفاضة خلال عام 2005. ^{[ 136 ]}

نشرت لجنة تقصي الحقائق في شرم الشيخ (وهي لجنة تحقيق شُكّلت للنظر في أسباب انهيار عملية السلام، برئاسة جورج ج. ميتشل ) تقريرها في مايو 2001. ^{[ 154 ]} وفي تقرير ميتشل ، أكدت حكومة إسرائيل ما يلي:

كان انهيار مفاوضات كامب ديفيد في 25 يوليو/تموز 2000، و"الاعتراف الواسع النطاق في المجتمع الدولي بمسؤولية الفلسطينيين عن المأزق"، بمثابة الشرارة المباشرة للعنف. وبناءً على هذا الرأي، كان العنف الفلسطيني مخططًا له من قبل قيادة السلطة الفلسطينية، وكان يهدف إلى "استفزاز الفلسطينيين وإسقاط ضحايا فلسطينيين كوسيلة لاستعادة زمام المبادرة الدبلوماسية".

ونفت منظمة التحرير الفلسطينية، بحسب التقرير نفسه، أن تكون الانتفاضة قد خُطط لها، وأكدت أن "كامب ديفيد لم تكن سوى محاولة من إسرائيل لتوسيع نطاق نفوذها على الأرض ليشمل المفاوضات". وذكر التقرير أيضاً:

من وجهة نظر منظمة التحرير الفلسطينية، ردّت إسرائيل على الاضطرابات باستخدام مفرط وغير قانوني للقوة المميتة ضد المتظاهرين؛ وهو سلوك، في نظر المنظمة، يعكس استهتار إسرائيل بأرواح الفلسطينيين وسلامتهم. وبالنسبة للفلسطينيين، عززت الصور التي انتشرت على نطاق واسع لمحمد الدرة في غزة في 30 سبتمبر/أيلول، وهو يختبئ خلف والده، هذا التصور.

وخلص تقرير ميتشل إلى ما يلي:

لم تتسبب زيارة شارون في اندلاع "انتفاضة الأقصى". لكن توقيتها كان سيئاً، وكان ينبغي توقع أثرها الاستفزازي؛ بل توقعه بالفعل أولئك الذين طالبوا بمنع الزيارة.

وأيضًا:

ليس لدينا أساس نستنتج من خلاله أن السلطة الفلسطينية كانت لديها خطة متعمدة لبدء حملة عنف في أول فرصة سانحة؛ أو نستنتج أن حكومة إسرائيل كانت لديها خطة متعمدة للرد بقوة مميتة.

زعم الفلسطينيون أن زيارة شارون كانت بداية الانتفاضة الثانية، ^{[ 149 ]} بينما زعم آخرون أن ياسر عرفات كان قد خطط للانتفاضة مسبقاً. ^{[ 155 ]}

يرى البعض، مثل بيل كلينتون ، ^{[ 156 ]} أن التوترات كانت شديدة بسبب فشل المفاوضات في قمة كامب ديفيد في يوليو/تموز 2000. ويشيرون إلى وقوع خسائر إسرائيلية في وقت مبكر من 27 سبتمبر/أيلول؛ وهذا ما يُعرف بـ"الرأي السائد" في إسرائيل، وفقًا لجيريمي بريسمان، وهو الرأي الذي عبّرت عنه وزارة الخارجية الإسرائيلية . ^{[ 157 ] [ 158 ]} وقد تبنّت معظم وسائل الإعلام الرئيسية وجهة النظر القائلة بأن زيارة شارون كانت الشرارة التي أشعلت أعمال الشغب في بداية الانتفاضة الثانية. ^{[ 48 ] [ 159 ] [ 160 ] [ 161 ]} وفي الأيام الخمسة الأولى من أعمال الشغب والاشتباكات التي أعقبت الزيارة، قتلت الشرطة وقوات الأمن الإسرائيلية 47 فلسطينيًا وجرحت 1885، ^{[ 53 ]} بينما قتل الفلسطينيون 5 إسرائيليين. ^{[ 162 ] [ 163 ]}

ينظر الفلسطينيون إلى الانتفاضة الثانية على أنها جزء من نضالهم المستمر من أجل التحرر الوطني وإنهاء الاحتلال الإسرائيلي، ^{[ 164 ]} بينما يعتبرها العديد من الإسرائيليين موجة من الإرهاب الفلسطيني حرض عليها وخطط لها مسبقاً الزعيم الفلسطيني آنذاك ياسر عرفات . ^{[ 157 ]}

يُؤيد فكرة أن عرفات خطط للانتفاضة زعيم حماس محمود الزهار ، الذي صرّح في سبتمبر/أيلول 2010 بأنه عندما أدرك عرفات أن قمة كامب ديفيد في يوليو/تموز 2000 لن تُلبّي جميع مطالبه، أمر حماس، بالإضافة إلى فتح وكتائب شهداء الأقصى، بشنّ "عمليات عسكرية" ضد إسرائيل. ^{[ 165 ]} ويؤكد الزهار مصعب حسن يوسف ، نجل مؤسس حماس وزعيمها الشيخ حسن يوسف ، الذي يدّعي أن الانتفاضة الثانية كانت مناورة سياسية مُدبّرة من قِبل عرفات. ويزعم يوسف أن "عرفات قد جمع ثروة طائلة بصفته رمزًا دوليًا للضحية. ولم يكن ليُفرّط في هذه المكانة ويتحمّل مسؤولية بناء مجتمع فاعل". ^{[ 166 ]}

استشهد ديفيد صامويلز بممدوح نوفل، القائد العسكري السابق للجبهة الديمقراطية لتحرير فلسطين ، الذي قدم مزيدًا من الأدلة على الاستعدادات العسكرية التي سبقت أحداث 28 سبتمبر. يروي نوفل أن عرفات قال لهم: "الآن سنخوض المعركة، لذا يجب أن نكون مستعدين". ^{[ 167 ]} وكان باراك قد وضع، في وقت مبكر من شهر مايو، خططًا طارئة لوقف أي انتفاضة في مهدها من خلال الاستخدام المكثف لقناصة الجيش الإسرائيلي، وهو تكتيك أسفر عن ارتفاع عدد الضحايا الفلسطينيين خلال الأيام الأولى من أعمال الشغب. ^{[ 168 ]}

بحسب ما ورد، صرّحت سهى عرفات، أرملة عرفات، على تلفزيون دبي في ديسمبر/كانون الأول 2012، بأن زوجها كان يخطط للانتفاضة: "مباشرةً بعد فشل مفاوضات كامب ديفيد، التقيت به في باريس لدى عودته... لقد فشلت كامب ديفيد، فقال لي: 'عليكِ البقاء في باريس'. سألته عن السبب، فقال: 'لأنني سأبدأ انتفاضة. إنهم يريدونني أن أخون القضية الفلسطينية. يريدونني أن أتخلى عن مبادئنا، ولن أفعل ذلك'،" هكذا ترجم معهد ميمري للأبحاث [ ^{169 ] تصريح سهى.}

بحسب فيليب مطر، فُسِّر الانسحاب الإسرائيلي الأحادي الجانب من لبنان صيف عام 2000 من قِبَل العرب على أنه هزيمة إسرائيلية، وكان له تأثير بالغ على التكتيكات المُتَّبعة في انتفاضة الأقصى. ^{[ 101 ]} وصرح فاروق قدومي، المسؤول في منظمة التحرير الفلسطينية، للصحفيين: "نحن متفائلون. يمكن أن تُتخذ مقاومة حزب الله مثالاً يُحتذى به للعرب الآخرين الساعين لاستعادة حقوقهم". ^{[ 170 ]} وقد صرّح العديد من المسؤولين الفلسطينيين بأن الانتفاضة كانت مُخطَّطًا لها مُسبقًا بفترة طويلة للضغط على إسرائيل. ومع ذلك، لا يزال الجدل قائمًا حول ما إذا كان عرفات نفسه قد أصدر أوامر مباشرة باندلاعها، على الرغم من أنه لم يتدخل لوقفها. ^{[ 38 ]} وادّعى مندو نوفل، المستشار الشخصي لعرفات، في أوائل عام 2001 أن السلطة الفلسطينية لعبت دورًا حاسمًا في اندلاع الانتفاضة. ^{[ 67 ]} أدى الرد العسكري الإسرائيلي إلى تدمير جزء كبير من البنية التحتية التي بنتها السلطة الفلسطينية خلال السنوات التي أعقبت اتفاقيات أوسلو تمهيدًا لإقامة دولة فلسطينية. ^{[ 171 ]} وشملت هذه البنية التحتية التسليح المشروع للقوات الفلسطينية لأول مرة: حيث أُقيم نحو 90 معسكرًا شبه عسكري لتدريب الشباب الفلسطيني على القتال المسلح. ^{[ 38 ]} وبلغ عدد الفلسطينيين المسلحين والمدربين في الأراضي المحتلة نحو 40 ألفًا. ^{[ 52 ]}

في 29 سبتمبر 2001، وصف مروان البرغوثي ، زعيم تنظيم الفتح ، في مقابلة مع صحيفة الحياة ، دوره في الفترة التي سبقت الانتفاضة. ^{[ 172 ]}

كنتُ أعلم أن نهاية سبتمبر كانت الفترة الأخيرة قبل الانفجار، ولكن عندما وصل شارون إلى المسجد الأقصى، كان ذلك الوقت الأمثل لاندلاع الانتفاضة... في الليلة التي سبقت زيارة شارون، شاركتُ في حلقة نقاش على محطة تلفزيونية محلية، واغتنمتُ الفرصة لدعوة الجمهور إلى التوجه إلى المسجد الأقصى صباحًا، إذ لم يكن من الممكن أن يصل شارون إلى الحرم الشريف بهذه السهولة ويغادر بسلام. أنهيتُ حديثي وتوجهتُ إلى الأقصى صباحًا... حاولنا إثارة اشتباكات دون جدوى بسبب اختلاف الآراء الذي برز مع آخرين في باحة المسجد الأقصى آنذاك... بعد مغادرة شارون، بقيتُ ساعتين بصحبة آخرين، ناقشنا سبل الرد وكيفية الاستجابة في جميع المدن (بلاد) وليس في القدس فقط. تواصلنا مع جميع الفصائل الفلسطينية.

كما صرح البرغوثي بأن مثال حزب الله وانسحاب إسرائيل من لبنان كان عاملاً ساهم في اندلاع الانتفاضة. ^{[ 67 ]}

بحسب ناثان ثرال ، استنادًا إلى روايات إليوت أبرامز الداخلية عن المفاوضات بين عامي 2001 و2005، يبدو من البديهي أن العنف لعب دورًا فعالًا في زعزعة الرضا الإسرائيلي وتعزيز الأهداف الفلسطينية: فقد أيدت الولايات المتحدة فكرة الدولة الفلسطينية، وأصبح أرييل شارون أول رئيس وزراء إسرائيلي يؤكد الفكرة نفسها، بل وتحدث عن "احتلال" إسرائيلي، وكان إراقة الدماء شديدة لدرجة أن شارون قرر الانسحاب من غزة، وهي منطقة لطالما تخيل أن تحتفظ بها إسرائيل. ^{[ 173 ]} مع ذلك، يعتبر زكريا الزبيدي ، القائد السابق لكتائب شهداء الأقصى ، الانتفاضة فشلًا ذريعًا لم يحقق شيئًا للفلسطينيين. ^{[ 174 ]}

فيما يتعلق بأعداد القتلى المدنيين الإسرائيليين مقابل القتلى من المقاتلين، أفادت منظمة بتسيلم أنه حتى 30 أبريل 2008، قُتل 719 مدنياً إسرائيلياً و334 من أفراد قوات الأمن الإسرائيلية. ^{[ 175 ]}

B'Tselem reports^[175] that through 30 April 2008, out of 4,745 Palestinians killed by Israeli security forces, there were 1,671 "Palestinians who took part in the hostilities and were killed by Israeli security forces", or 35.2%. According to their statistics, 2,204 of those killed by Israeli security forces "did not take part in the hostilities", or 46.4%. There were 870 (18.5%) who B'Tselem defines as "Palestinians who were killed by Israeli security forces and it is not known if they were taking part in the hostilities".

The B'Tselem casualties breakdown's reliability was questioned and its methodology has been heavily criticized by a variety of institutions and several groups and researchers, most notably Jerusalem Center for Public Affairs's senior researcher, retired IDF lieutenant colonel Jonathan Dahoah-Halevi, who claimed that B'Tselem repeatedly classifies terror operatives and armed combatants as "uninvolved civilians", but also criticized the Israeli government for not collecting and publishing casualty data.^[178]Caroline B. Glick, deputy managing editor of The Jerusalem Post and former advisor to Benjamin Netanyahu, pointed to several instances where, she claimed, B'Tselem had misrepresented Palestinian rioters or terrorists as innocent victims, or where B'Tselem failed to report when an Arab allegedly changed his testimony about an attack by settlers.^[179][180] The Committee for Accuracy in Middle East Reporting in America (CAMERA), which said that B'Tselem repeatedly classified Arab combatants and terrorists as civilian casualties.^{[181][182][183][184]}

The Israeli International Policy Institute for Counter-Terrorism (IPICT), on the other hand, in a "Statistical Report Summary" for 27 September 2000, through 1 January 2005, indicates that 56% (1,542) of the 2,773 Palestinians killed by Israelis were combatants. According to their data, an additional 406 Palestinians were killed by actions of their own side. 22% (215) of the 988 Israelis killed by Palestinians were combatants. An additional 22 Israelis were killed by actions of their own side.^[8]

IPICT counts "probable combatants" in its total of combatants. From their full report in September 2002:

يُعرَّف "المقاتل المحتمل" بأنه شخص قُتل في موقع ووقت كانا يشهدان مواجهة مسلحة، ويبدو أنه كان على الأرجح - وإن لم يكن ذلك مؤكدًا - مشاركًا فاعلًا في القتال. على سبيل المثال، في كثير من الحالات التي أسفر فيها حادث ما عن عدد كبير من الضحايا الفلسطينيين، فإن المعلومة الوحيدة المتاحة هي أن شخصًا ما قُتل عندما ردّ جنود إسرائيليون بإطلاق النار ردًا على إطلاق نار من موقع معين. مع أنه من الممكن ألا يكون القتيل مشاركًا فاعلًا في القتال، وإنما تصادف وجوده بالقرب من أشخاص كانوا يشاركون فيه، فمن المعقول افتراض أن عدد هذه الوفيات العرضية ليس مرتفعًا بشكل خاص. عندما تدعم روايات الحادث مثل هذه المصادفة، يُمنح الضحية الفردية فرصة الشك، ويُصنَّف على أنه غير مقاتل. ^{[ 8 ]}

في التقرير الكامل نفسه الصادر عن اللجنة الدولية للتحقيق في النزاعات المسلحة لعام 2002، يوجد رسم بياني دائري (الرسم البياني 2.9) يسرد تفاصيل المقاتلين الفلسطينيين الذين سقطوا في صفوف اللجنة حتى سبتمبر 2002. وفيما يلي الإحصاءات الواردة في ذلك الرسم البياني الدائري والتي استُخدمت لحساب النسبة المئوية الإجمالية للمقاتلين حتى سبتمبر 2002:

في 24 أغسطس/آب 2004، نشر زئيف شيف، مراسل صحيفة هآرتس، أرقاماً للخسائر استناداً إلى بيانات جهاز الأمن العام الإسرائيلي (الشاباك) . ^{[ 176 ]} وذكرت مقالة هآرتس : "هناك تباين بين عدد الضحايا وعدد الضحايا المسجل لدى جيش الدفاع الإسرائيلي، حيث بلغ اثنين أو ثلاثة".

فيما يلي ملخص للأرقام الواردة في المقال:

• قُتل أكثر من 1000 إسرائيلي جراء هجمات فلسطينية في انتفاضة الأقصى.
• تزعم مصادر فلسطينية مقتل 2736 فلسطينياً في الانتفاضة.
• جهاز الأمن العام (الشاباك) لديه أسماء 2124 قتيلاً فلسطينياً.
• من بين 2124 قتيلاً، نسب جهاز الأمن العام (الشاباك) هؤلاء القتلى إلى هذه المنظمات:
  • 466 عضواً من حماس
  • 408 التنظيم التابع لفتح وكتائب شهداء الأقصى
  • 205 الجهاد الإسلامي الفلسطيني
  • 334 من "قوات الأمن الفلسطينية - على سبيل المثال، القوة 17 ، والشرطة الفلسطينية، والمخابرات العامة، وجهاز مكافحة التجسس"

لم يذكر المقال ما إذا كان القتلى مقاتلين أم لا. إليكم اقتباسًا:

أظهرت إحصائيات جهاز الأمن العام الفلسطيني (الشاباك) أن قوات الأمن الفلسطينية - على سبيل المثال، القوة 17، والشرطة الفلسطينية، والمخابرات العامة، وجهاز مكافحة التجسس - فقدت 334 من عناصرها خلال النزاع الحالي. ^{[ 176 ]}

رداً على إحصائيات جيش الدفاع الإسرائيلي بشأن الخسائر الفلسطينية في الضفة الغربية، أفادت منظمة بتسيلم الإسرائيلية لحقوق الإنسان بأن ثلثي الفلسطينيين الذين قتلوا في عام 2004 لم يشاركوا في القتال. ^{[ 185 ]}

في عام 2009، ذكر المؤرخ بيني موريس في كتابه الاستعادي " دولة واحدة، دولتان" أن حوالي ثلث القتلى الفلسطينيين حتى عام 2004 كانوا من المدنيين. ^{[ 186 ]}

أفادت منظمة بتسيلم أنه حتى 30 أبريل/نيسان 2008، قُتل 577 فلسطينيًا على يد فلسطينيين آخرين. من بينهم، 120 فلسطينيًا قُتلوا على يد فلسطينيين آخرين للاشتباه في تعاونهم مع إسرائيل. ^{[ 175 ]} وتحتفظ بتسيلم بقائمة بأسماء الفلسطينيين الذين قُتلوا على يد فلسطينيين آخرين، مع تفاصيل حول ملابسات الوفاة. ومن بين أسباب الوفاة العديدة: تبادل إطلاق النار، والاقتتال بين الفصائل، والاختطاف، والتعاون مع إسرائيل، وغيرها. ^{[ 187 ]}

فيما يتعلق بقتل الفلسطينيين على يد فلسطينيين آخرين، ذكرت مقالة في مجلة "ذا هيومانيست" في يناير 2003 ما يلي: ^{[ 188 ]}

لأكثر من عقد من الزمان، انتهكت السلطة الفلسطينية حقوق الإنسان والحريات المدنية الفلسطينية من خلال القتل الممنهج للمدنيين - بمن فيهم المتعاونون والمتظاهرون والصحفيون وغيرهم - دون توجيه تهمة أو محاكمة عادلة. ومن بين إجمالي عدد المدنيين الفلسطينيين الذين قُتلوا خلال هذه الفترة على يد قوات الأمن الإسرائيلية والفلسطينية، كان 16% منهم ضحايا قوات الأمن الفلسطينية.

... وفقًا للدراسة السنوية التي تجريها منظمة فريدوم هاوس حول الحقوق السياسية والحريات المدنية، بعنوان " الحرية في العالم 2001-2002" ، فإن الطبيعة الفوضوية للانتفاضة، إلى جانب ردود الفعل الإسرائيلية العنيفة، قد أدت إلى تدهور الأوضاع المعيشية للفلسطينيين في المناطق الخاضعة للإدارة الإسرائيلية. وتشير الدراسة إلى ما يلي:

تراجعت الحريات المدنية بسبب: مقتل مدنيين فلسطينيين بالرصاص على يد أفراد الأمن الفلسطينيين؛ والمحاكمات والإعدامات بإجراءات موجزة للمتعاونين المزعومين من قبل السلطة الفلسطينية؛ وعمليات القتل خارج نطاق القضاء للمتعاونين المشتبه بهم على يد الميليشيات؛ والتشجيع الرسمي الواضح للشباب الفلسطيني على مواجهة الجنود الإسرائيليين، مما يعرضهم للخطر بشكل مباشر.

وقد أطلق على العنف الفلسطيني الداخلي اسم " الانقلاب الداخلي" خلال هذه الانتفاضة والانتفاضة السابقة. ^{[ 189 ]}

في 27 ديسمبر/كانون الأول 2008 (الساعة 11:30 صباحًا بالتوقيت المحلي؛ 09:30 ^{بالتوقيت} العالمي المنسق ⁾ ، اندلعت حرب غزة ، وهي تصعيدٌ للصراع بين غزة وإسرائيل ، عندما شنت إسرائيل حملة عسكرية أُطلق عليها اسم ^" عملية الرصاص المصبوب " ( بالعبرية : מבצע עופרת יצוקה )، استهدفت عناصر وبنية حماس التحتية ردًا على الهجمات الصاروخية المتكررة التي شنتها إسرائيل من قطاع غزة. ^{[ 192 ] [ 193 ] [ 194 ]} وقد أطلق قادة حماس ومعظم وسائل الإعلام في العالم العربي على هذه العملية اسم " مجزرة غزة " ( بالعربية : مجزرة غزة ) . ^{[ 195 ] [ 196 ] [ 197 ] [ 198 ] [ 199 ] [ 200 ] [ 201 ] [ 202 ] [ 203 ] [ 204 ]} تشير الدراسات المنشورة في المجلة الطبية الدولية "الصحة العامة العالمية" إلى أن إسرائيل انتهكت حقوق الإنسان باستهدافها للعاملين في المجال الطبي والمدنيين، ومنعها عمليات الإجلاء الطبي الطارئة، وتقييدها للرعاية الصحية المقدمة للمدنيين. ^{[ 205 ]}  

في يوم السبت الموافق 17 يناير/كانون الثاني 2009، أعلنت إسرائيل وقفًا أحاديًا لإطلاق النار، مشروطًا بوقف المزيد من الهجمات الصاروخية وقذائف الهاون من غزة، وبدأت الانسحاب على مدى الأيام التالية. ^{[ 206 ]} وفي وقت لاحق، أعلنت حماس وقفًا لإطلاق النار من جانبها، بشروطها الخاصة المتمثلة في الانسحاب الكامل وفتح المعابر الحدودية. ولا يزال إطلاق قذائف الهاون من غزة مستمرًا بمستوى منخفض، إلا أن إسرائيل لم تعتبر ذلك حتى الآن خرقًا لوقف إطلاق النار. ويمكن ملاحظة وتيرة الهجمات في الرسم البياني المصغر. وتتوافق البيانات مع مقال "الجدول الزمني للصراع الإسرائيلي-الغزي 2008-2009 "، بالاعتماد بشكل أساسي على تقارير صحيفة هآرتس الإخبارية من 1 فبراير/شباط ^{[ 207 ]} إلى 28 فبراير/شباط. ^{[ 208 ]} وتتمثل ردود الجيش الإسرائيلي المعتادة في شن غارات جوية على أنفاق تهريب الأسلحة. ^{[ 209 ]}

استمر العنف من كلا الجانبين طوال عام 2006. وفي 27 ديسمبر/كانون الأول، أصدرت منظمة بتسيلم الإسرائيلية لحقوق الإنسان تقريرها السنوي عن الانتفاضة. وبحسب التقرير، قُتل 660 فلسطينيًا، أي أكثر من ثلاثة أضعاف عدد القتلى الفلسطينيين في عام 2005، بالإضافة إلى 23 إسرائيليًا، في عام 2006. وجاء في مقال نشرته صحيفة هآرتس في 28 ديسمبر/كانون الأول : ^{[ 210 ]} "وفقًا للتقرير، فإن حوالي نصف الفلسطينيين الذين قُتلوا، أي 322 شخصًا، لم يشاركوا في الأعمال العدائية وقت مقتلهم. وكان 22 من القتلى مستهدفين بعمليات اغتيال، و141 منهم قاصرين." وقُتل 405 من أصل 660 فلسطينيًا في نزاع غزة عام 2006 ، الذي استمر من 28 يونيو/حزيران إلى 26 نوفمبر/تشرين الثاني.

تشمل الجماعات المسلحة المتورطة في أعمال العنف حماس ، والجهاد الإسلامي ، والجبهة الشعبية لتحرير فلسطين ، وكتائب شهداء الأقصى . وكان التكتيك الفلسطيني الأكثر فتكًا هو التفجير الانتحاري ( انظر القائمة ). وكانت التفجيرات الانتحارية، التي تُنفذ إما منفردة أو مزدوجة، تستهدف في الغالب أهدافًا سهلة التحصين (مثل نقاط التفتيش) بهدف زيادة تكلفة الحرب على الإسرائيليين وإضعاف معنويات المجتمع الإسرائيلي. واستهدفت معظم الهجمات الانتحارية (وإن لم تكن جميعها) المدنيين، ونُفذت في أماكن مزدحمة في المدن الإسرائيلية، مثل وسائل النقل العام والمطاعم والمراكز التجارية والأسواق.

كان من أبرز التطورات استخدام الأطفال للأحزمة الناسفة الانتحارية . وعلى عكس معظم العمليات الانتحارية، لم يقتصر استنكار هذه العمليات على الولايات المتحدة ومنظمات حقوق الإنسان كمنظمة العفو الدولية ، بل شمل أيضاً العديد من الفلسطينيين وجزءاً كبيراً من صحافة الشرق الأوسط. أصغر منفذ لعملية انتحارية فلسطينية كان عيسى بدير، البالغ من العمر 16 عاماً، وهو طالب في المرحلة الثانوية من قرية الدوحة، والذي صدم أصدقاءه وعائلته عندما فجر نفسه في حديقة بريشون لتسيون ، مما أسفر عن مقتل فتى مراهق ورجل مسن. أما أصغر محاولة انتحارية فكانت من نصيب فتى يبلغ من العمر 14 عاماً، أُلقي القبض عليه من قبل الجنود عند حاجز حوارة قبل أن يتمكن من إلحاق أي أذى.

شنت الجماعات المسلحة حملة حرب عصابات مكثفة ضد أهداف عسكرية ومدنية إسرائيلية داخل إسرائيل وفي الأراضي الفلسطينية، مستخدمةً تكتيكاتٍ مثل الكمائن وهجمات القناصة والتفجيرات الانتحارية . وكانت المعدات العسكرية في معظمها مستوردة، بينما تم إنتاج بعض الأسلحة الخفيفة والقنابل اليدوية والأحزمة الناسفة وبنادق الهجوم وصواريخ القسام محلياً. كما زادت هذه الجماعات من استخدام الألغام الأرضية التي يتم التحكم فيها عن بُعد ضد المدرعات الإسرائيلية، وهو تكتيكٌ كان شائعاً بين الجماعات قليلة التسليح. وكثيراً ما استُخدمت السيارات المفخخة ضد أهدافٍ "ضعيفة التحصين" مثل سيارات الجيب المدرعة الإسرائيلية ونقاط التفتيش. كذلك، أسفرت أكثر من 1500 عملية إطلاق نار من سيارات فلسطينية عن مقتل 75 شخصاً في السنة الأولى من الانتفاضة فقط. ^{[ 223 ]}

في مايو/أيار 2004، زعم وزير الدفاع الإسرائيلي شاؤول موفاز أن سيارات إسعاف تابعة لوكالة الأمم المتحدة لإغاثة وتشغيل اللاجئين الفلسطينيين في الشرق الأدنى (الأونروا) استُخدمت لنقل جثث جنود إسرائيليين قتلى، وذلك لمنع جيش الدفاع الإسرائيلي من استعادة جثثهم. ^{[ 224 ]} وقد نشرت وكالة رويترز مقطع فيديو يُظهر رجالاً مسلحين أصحاء يدخلون سيارة إسعاف تحمل شعارات الأمم المتحدة لنقل جثث الجنود. نفت الأونروا في البداية أن تكون سيارات إسعافها تنقل مسلحين، لكنها أفادت لاحقاً بأن السائق أُجبر على الامتثال لتهديدات من مسلحين. ولا تزال الأونروا تنفي نقل سيارات إسعافها لأجزاء من جثث جنود إسرائيليين قتلى.

في أغسطس 2004، قالت إسرائيل إن جهازًا متطورًا للكشف عن المتفجرات يستخدمه جيش الدفاع الإسرائيلي عند نقطة تفتيش هوارا بالقرب من نابلس اكتشف أن سيارة إسعاف فلسطينية كانت تنقل مواد متفجرة.

تمثلت بعض ردود الفعل الفلسطينية على السياسة الإسرائيلية في الضفة الغربية وقطاع غزة في الاحتجاجات السلمية، ^{[ 225 ] [ 226 ] [ 227 ]} لا سيما في قرية بلعين ومحيطها . وتشجع منظمات مثل المركز الفلسطيني للتقارب، الذي يتخذ من بيت ساحور مقراً له، على المقاومة السلمية وتنظمها رسمياً. ^{[ 228 ]} كما تدعو منظمات أخرى، مثل حركة التضامن الدولية، صراحةً إلى المقاومة السلمية. وتُنفذ بعض هذه الأنشطة بالتعاون مع جهات دولية وإسرائيلية، مثل الاحتجاجات الأسبوعية ضد جدار الفصل العنصري الإسرائيلي في قرى مثل بلعين، ^{[ 229 ]} وبدو، ^{[ 230 ]} وبدروس. ^{[ 231 ]} وقد امتد هذا النموذج من المقاومة إلى قرى أخرى مثل بيت سيرا، ^{[ 232 ]} والخليل وصفا ونعلين. ^{[ 233 ] [ 234 ]} خلال إعادة احتلال إسرائيل لجنين ونابلس، أصدر مسيحيان فلسطينيان في مايو 2002 "نداءً لاستراتيجية مقاومة سلمية في فلسطين". ^{[ 235 ]}

قوبلت التكتيكات السلمية أحيانًا بالقوة العسكرية الإسرائيلية. فعلى سبيل المثال، تشير منظمة العفو الدولية إلى أن "ناجي أبو قمر (10 سنوات)، ومبارك سليم الحشاش (11 سنة)، ومحمود طارق منصور (13 سنة) كانوا من بين ثمانية متظاهرين عُزّل قُتلوا في وقت مبكر من بعد ظهر يوم 19 مايو/أيار 2004 في رفح، بقطاع غزة، عندما فتح الجيش الإسرائيلي النار على مظاهرة سلمية بقذائف الدبابات وصاروخ أُطلق من مروحية حربية. وأُصيب عشرات المتظاهرين العُزّل الآخرين في الهجوم". ووفقًا لمسؤولين في الجيش والحكومة الإسرائيلية، قصفت الدبابات مبنىً فارغًا مجاورًا، وأطلقت مروحية صاروخًا في ساحة مفتوحة قريبة لردع المتظاهرين عن التقدم نحو مواقع الجيش الإسرائيلي. ^{[ 236 ]}

ردّ جيش الدفاع الإسرائيلي على الهجمات الفلسطينية بشن غارات على أهداف مسلحة في الضفة الغربية وقطاع غزة، معتمداً تكتيكات قتالية حضرية فعّالة للغاية . شدد الجيش الإسرائيلي على سلامة قواته، مستخدماً معدات مدرعة ثقيلة كدبابات ميركافا وناقلات الجنود المدرعة، ونفّذ غارات جوية بطائرات عسكرية متنوعة، من بينها طائرات إف-16 وطائرات مسيّرة ومروحيات هجومية ، لضرب أهداف مسلحة. دارت معظم المعارك البرية في شوارع المدينة، حيث خاضها مشاة مدربون ومسلحون تدريباً عالياً. وبفضل تفوقه في التدريب والمعدات والعدد، كان للجيش الإسرائيلي اليد العليا في قتال الشوارع. تكبدت الجماعات الفلسطينية المسلحة خسائر فادحة خلال المعارك، إلا أن العمليات تعرضت لانتقادات دولية متكررة بسبب الخسائر في صفوف المدنيين. استُهدفت ورش الحدادة الفلسطينية وغيرها من المنشآت التجارية التي تشتبه إسرائيل في استخدامها لتصنيع الأسلحة، بالإضافة إلى أنفاق التهريب في قطاع غزة، بشكل منتظم بالغارات الجوية.

استُخدمت الجرافات المدرعة الإسرائيلية من طراز كاتربيلر D9 بشكل روتيني لتفجير العبوات الناسفة والألغام الأرضية ، وهدم المنازل على طول الحدود مع مصر التي كانت تُستخدم لإطلاق النار على القوات الإسرائيلية، وإنشاء "مناطق عازلة"، ودعم العمليات العسكرية في الضفة الغربية. وحتى فبراير/شباط 2005، كانت إسرائيل تتبع سياسة هدم منازل عائلات منفذي العمليات الانتحارية بعد إخطارهم بالإخلاء. ونظرًا للعدد الكبير من الفلسطينيين الذين يعيشون في منازل فردية، والكمية الهائلة من المنازل المدمرة، والأضرار الجانبية الناجمة عن عمليات الهدم، أصبحت هذه السياسة تكتيكًا مثيرًا للجدل بشكل متزايد. بدأت العائلات بتزويد القوات الإسرائيلية بمعلومات في الوقت المناسب حول عمليات التفجير الانتحاري لمنع هدم منازلهم، على الرغم من أن العائلات التي تفعل ذلك كانت تُخاطر بالإعدام أو العقاب بتهمة التواطؤ ، إما من قبل السلطة الفلسطينية أو خارج نطاق القضاء من قبل فصائل فلسطينية مسلحة. أوصت لجنة الجيش الإسرائيلي التي درست هذه القضية بإنهاء هذه الممارسة لأن السياسة لم تكن فعالة بما يكفي لتبرير تكلفتها على صورة إسرائيل دوليًا وردود الفعل السلبية التي أثارتها بين الفلسطينيين. ^{[ 237 ]}

بفضل التفوق البري والجوي الكامل، كانت القوات العسكرية والشرطية الإسرائيلية تنفذ عمليات اعتقال جماعية بشكل منتظم؛ وفي أي وقت، كان هناك حوالي 6000 سجين فلسطيني محتجزين في السجون الإسرائيلية، ونحو نصفهم محتجزون مؤقتًا دون توجيه اتهام نهائي، وفقًا للقانون الإسرائيلي.

استخدمت إسرائيل على نطاق واسع خلال الانتفاضة تكتيك " حظر التجول " العسكري، وهو إغلاق طويل الأمد للمناطق المدنية. وكان أطول حظر تجول في نابلس ، حيث استمر لأكثر من 100 يوم متواصل، ولم يُسمح للسكان عمومًا إلا بأقل من ساعتين يوميًا لشراء الطعام أو قضاء شؤونهم الأخرى.

أُقيمت نقاط تفتيش أمنية وحواجز طرق داخل المدن الفلسطينية وبينها، ما أخضع جميع الأفراد والمركبات للتفتيش الأمني ​​لضمان حرية المرور. دافعت إسرائيل عن هذه النقاط باعتبارها ضرورية لوقف المسلحين والحد من قدرتهم على نقل الأسلحة. إلا أن بعض المراقبين والمنظمات الفلسطينية والإسرائيلية والدولية انتقدوا هذه النقاط ووصفوها بالمفرطة والمهينة، واعتبارها سبباً رئيسياً للوضع الإنساني المتردي في الأراضي الفلسطينية المحتلة. وقد يتأخر المرور لعدة ساعات، تبعاً للوضع الأمني ​​في إسرائيل. وكانت أبراج القناصة تُستخدم بكثافة في قطاع غزة قبل الانسحاب الإسرائيلي .

اخترق جهازا المخابرات الإسرائيليان، الشاباك والموساد ، منظمات المقاومة الفلسطينية بالاعتماد على جواسيس ومصادر داخل الجماعات المسلحة، والتنصت على خطوط الاتصال، والاستطلاع الجوي. ^{[ 238 ]} وقد مكّنت المعلومات الاستخباراتية التي جُمعت جيش الدفاع الإسرائيلي، وشرطة الحدود الإسرائيلية ، والشرطة الإسرائيلية ، بما في ذلك وحدات القوات الخاصة يمام ومسترافيم ، من إحباط مئات العمليات الانتحارية المخطط لها. كما ساعدت هذه المعلومات في إعداد قائمة بأسماء فلسطينيين مُستهدفين بالاغتيال.

استخدمت إسرائيل على نطاق واسع عمليات الاغتيال المستهدفة ، التي استهدفت فلسطينيين متورطين في تنظيم هجمات ضد إسرائيليين، للقضاء على التهديدات الوشيكة وردع الآخرين عن الاقتداء بهم، معتمدةً بشكل أساسي على الغارات الجوية والعمليات السرية لتنفيذها. وقد اقترح جهاز الأمن العام (الشاباك) استراتيجية الاغتيال المستهدف، حيث رأى أنه على الرغم من استحالة إيقاف كل انتحاري على حدة، إلا أنه يمكن إيقاف التفجيرات الانتحارية من خلال مهاجمة البنية التحتية المتآمرة التي تقف وراءها مباشرةً، وذلك بقتل القادة العملياتيين، والمجندين، والوسطاء، وموردي الأسلحة، والقائمين على إدارة المخابئ، ومهربي الأموال التي تمول التفجيرات. ^{[ 239 ]} وُجهت انتقادات لإسرائيل لاستخدامها طائرات الهليكوبتر الحربية في عمليات الاغتيال داخل المدن، والتي غالباً ما أسفرت عن سقوط ضحايا مدنيين. وانتقدت إسرائيل ما وصفته بممارسة قادة الجماعات المسلحة الاختباء بين المدنيين في المناطق المكتظة بالسكان، ما يحولهم إلى دروع بشرية غير واعية . وخلال الانتفاضة، تكبدت القيادة الفلسطينية خسائر فادحة جراء عمليات الاغتيال المستهدفة.

أدان المجتمع الدولي هذه الممارسة على نطاق واسع باعتبارها عمليات إعدام خارج نطاق القضاء، ^{[ 240 ] [ 241 ]} بينما قضت المحكمة العليا الإسرائيلية بأنها إجراء مشروع للدفاع عن النفس ضد الإرهاب. ^{[ 242 ]} وينتقد الكثيرون عمليات القتل المستهدفة لما تُسببه من خطر على المدنيين، على الرغم من أن مؤيديها يعتقدون أنها تُقلل من الخسائر في صفوف المدنيين من كلا الجانبين.

رداً على الهجمات الصاروخية المتكررة من قطاع غزة، فرضت البحرية الإسرائيلية حصاراً بحرياً على المنطقة. كما أغلقت إسرائيل الحدود وأغلقت المجال الجوي لغزة بالتنسيق مع مصر ، وأخضعت جميع المساعدات الإنسانية الداخلة إلى القطاع للتفتيش الأمني ​​قبل نقلها عبر المعابر البرية. وأُعلن حظر مواد البناء لاحتمال استخدامها في بناء الملاجئ. ^{[ 243 ]} وقد وُجهت انتقادات دولية للحصار باعتباره شكلاً من أشكال " العقاب الجماعي " ضد سكان غزة المدنيين. ^{[ 244 ]}

تأثرت التجارة الإسرائيلية سلبًا بشكل كبير، لا سيما بسبب الانخفاض الحاد في السياحة. وقدّر ممثل غرفة التجارة الإسرائيلية الخسائر الاقتصادية التراكمية الناجمة عن الأزمة بما يتراوح بين 150 و200  مليار شيكل (35-45 مليار دولار أمريكي  )، مقابل ناتج محلي إجمالي سنوي قدره 122  مليار دولار أمريكي في عام 2002. ^{[ 253 ]} وتعافى الاقتصاد الإسرائيلي بعد عام 2005 مع الانخفاض الحاد في التفجيرات الانتحارية، وذلك بفضل جهود الجيش الإسرائيلي وجهاز الأمن العام (الشاباك ).

قدّر مكتب المنسق الخاص للأمم المتحدة لعملية السلام في الشرق الأوسط (UNSCO) حجم الخسائر التي لحقت بالاقتصاد الفلسطيني بأكثر من 1.1  مليار دولار في الربع الأول من عام 2002، مقارنة بالناتج المحلي الإجمالي السنوي البالغ 4.5  مليار دولار. ^{[ 253 ]}