French invasion of Egypt and Syria

في ذلك الوقت، كانت مصر خاضعة للسيادة العثمانية منذ أوائل القرن السادس عشر. وكان للتجار الفرنسيين حضور قوي فيها منذ القرن الخامس عشر، وحافظت فرنسا على علاقات طيبة مع العثمانيين. إلا أن إسماعيل بك ، شيخ البلد المملوكي ، الذي حكم مصر نيابة عن العثمانيين وكان يكنّ وداً للفرنسيين، توفي عام ١٧٩١ خلال وباء في القاهرة. واستولى منافساه، إبراهيم بك ومراد بك ، على السلطة واتخذا إجراءات ضد الفرنسيين في البلاد. ومع تزايد القمع، طلب التجار الفرنسيون التدخل. ولذلك، كان لدى فرنسا سببان رسميان للتدخل: أولاً، كانت مملكة فرنسا حليفة للسلطان العثماني منذ عام ١٥٣٦، ويمكنها الادعاء برغبتها في استعادة سلطته. ثانياً، منذ الثورة الفرنسية، يمكن لفرنسا أن تدّعي رغبتها أيضاً في تحرير المصريين من نير الحكم الإقطاعي للمماليك. كان قرار عام 1798 مزيجًا معقدًا من المصالح الجيوسياسية والاقتصادية والسياسية والشخصية، مُغلّفًا بمبادئ الثورة الفرنسية. ^{[ 9 ]} اعتبر نابليون الاستيلاء على مصر أهم خطوة لتحييد المزايا الاقتصادية الهائلة التي جنتها بريطانيا العظمى من التجارة مع الهند، ولإجبارها على تقديم تنازلات. ^{[ 10 ]} في أغسطس 1797، كتب في رسالة إلى مجلس الإدارة:

Les Temps ne pas éloignés, où nous notirons que, pour détruire véritablement l' Angleterre , il faut nous emparer de l' Égypt .

ليس ببعيد الوقت الذي سنشعر فيه أنه لتدمير إنجلترا حقاً يجب علينا الاستيلاء على مصر.

كان من شأن الاستيلاء على مصر أن يمنح فرنسا السيطرة على شرق البحر الأبيض المتوسط ​​والبحر الأحمر، مما كان سيؤدي إلى خسائر فادحة للاقتصاد البريطاني. علاوة على ذلك، كان من الممكن أن يتبع غزو ناجح لمصر هجوم مباشر على الأراضي البريطانية في الهند. بعد تحالف فرنسا وإسبانيا عام 1796، اضطرت البحرية الملكية إلى الانسحاب من البحر الأبيض المتوسط ​​عام 1798. ^{[ 12 ] [ 13 ]} كما رغب في تعزيز المصالح التجارية الفرنسية على حساب مصالح بريطانيا العظمى في الشرق الأوسط، آملاً في توحيد القوات مع حليف فرنسا، تيبو سلطان ، حاكم ميسور في الهند ومعارض السيطرة البريطانية في ذلك البلد. ^{[ 14 ]}

لأسباب تتعلق بالسرية، وجّه رئيس الإدارة الأمر إلى نابليون نفسه. ونصّ الأمر على أن تتألف الحملة من 36 ألف جندي من الجيش الإيطالي القديم، وضباط وقادة من اختياره، بالإضافة إلى علماء وحرفيين. وأُمرت الخزانة بإرسال 1.5 مليون فرنك إلى نابليون كل عشر سنوات. كما أُذن له بأخذ 3 ملايين فرنك من أصل 8 ملايين فرنك من "خزانة برن"، التي كانت فرنسا قد دفعتها لها الكونفدرالية المهزومة مقابل تدخلها العسكري لتأسيس الجمهورية الهيلفيتية ^{[ 15 ].} في مارس 1798، اتخذت الإدارة القرار الرسمي بإطلاق الحملة إلى مصر، وعيّنت بونابرت قائداً عاماً لجيش الشرق. وكُلّف بونابرت باحتلال مالطا أولاً، ثم الانتقال إلى غزو مصر. وبمجرد اكتمال احتلال مصر، كان عليه إقامة اتصالات مع الهند وتأمين البحر الأحمر، الأمر الذي من شأنه أن يسهل طرد البريطانيين من الشرق وحملة فرنسية مستقبلية إلى الهند. ^{[ 7 ]}

عندما وصل أسطول نابليون إلى سواحل مالطا، طالب نابليون فرسان مالطا بالسماح لأسطوله بدخول الميناء والتزود بالماء والمؤن. ردّ السيد الأكبر فون هومبيش بأنه لن يُسمح إلا لسفينتين أجنبيتين بدخول الميناء في كل مرة. في ظل هذا التقييد، سيستغرق إعادة تزويد الأسطول الفرنسي بالمؤن أسابيع، وسيكون عرضة لهجوم الأسطول البريطاني بقيادة الأدميرال نيلسون. لذلك أمر نابليون بغزو مالطا. كانت الثورة الفرنسية قد قلّصت دخل الفرسان بشكل كبير، وضعفت قدرتهم على المقاومة الجدية. كان نصف الفرسان فرنسيين، ورفض معظمهم القتال. ^{[ 20 ]} وهكذا تم غزو مالطا دون مقاومة تُذكر. ^{[ 21 ] [ 22 ]}

بمجرد وصول جميع القوات إلى الشاطئ بحلول 3 يوليو، رتب نابليون لمغادرة الدلتا والاستيلاء على القاهرة، عاصمة مصر. كان من المقرر أن تبحر أسطول صغير محمل بالمؤن والمدافع والذخيرة والمعدات على طول الساحل إلى مصب نهر رشيد، متجهاً نحو النيل، ومتبعاً الجيش صعوداً من الرحمانية. وللوصول إلى القاهرة قبل فيضان النيل السنوي، قرر نابليون أن يسير بقواته مسافة 72 كيلومتراً إلى الرحمانية عبر الصحراء. عندما انطلق الفرنسيون إلى القاهرة في 6 يوليو، كان الجنود لا يزالون يرتدون بزات صوفية سميكة، وكانت حقائبهم مليئة بالمعدات، باستثناء زجاجات المياه. عانى الكثيرون من الزحار أو التهاب العين، وكان آخرون يائسين لدرجة أنهم انتحروا. تبين أن القرى المحددة على الخرائط كانت مهجورة في الغالب، وأن الآبار قد ردمها البدو المعادون. ^{[ 28 ]}

معركة الأهرامات

في 20 يوليو، تقدم الجيش الفرنسي حتى أم دينار، على بُعد 29  كيلومترًا شمال القاهرة. أفاد مراقبون أن قوة مصرية بقيادة مراد بك تجمعت على الضفة الغربية لنهر النيل في إمبابة. بينما تمركزت قوات مصرية أخرى بقيادة إبراهيم بك على الضفة الشرقية. بعد وصول نابليون إلى ساحة المعركة، هاجم سلاح الفرسان المملوكي، الذي بلغ قوامه 6000 فارس، الفرنسيين حوالي الساعة 3:30 مساءً. تمكن الفرنسيون، الذين اصطفوا في مربعات، من صد هجمات الفرسان، ثم شنوا هجومًا مضادًا أجبر المماليك على الفرار. انسحب مراد بك مع ما تبقى من قواته إلى صعيد مصر، بينما انسحب إبراهيم بك باتجاه بلبي، تمهيدًا للتراجع إلى سوريا. لم تتجاوز خسائر الفرنسيين في المعركة المئة قتيل وجريح، بينما تكبد المماليك حوالي 1500 قتيل وجريح. ^{[ 29 ]} في بيانين موجهين إلى المصريين وسكان القاهرة، أعلن نابليون أن هدف الغزو الفرنسي هو تحرير البلاد من عبودية واستغلال المماليك وحكامهم المستبدين. وسيتم حماية السكان وعائلاتهم ومنازلهم وممتلكاتهم. وسيتم احترام نمط حياتهم ودينهم، وسيتم إنشاء ديوان للحكم الذاتي، يديره وجهاء محليون. ^{[ 30 ]}

طاردت كتيبة دوبوي العدو المهزوم ، ودخلت القاهرة ليلًا بعد أن هجرها البايان مراد وإبراهيم . وفي الرابع من شهر ترميدور (22 يوليو)، قدم وجهاء القاهرة إلى الجيزة للقاء بونابرت وعرضوا عليه تسليم المدينة. وبعد ثلاثة أيام، نقل مقر قيادته الرئيسي إلى هناك. أُمر ديساي بمتابعة مراد الذي انطلق إلى صعيد مصر . ووُضعت فرقة مراقبة في الكنكة لمراقبة تحركات إبراهيم المتجه نحو سوريا. قاد بونابرت بنفسه مطاردة إبراهيم، وهزمه في صلاحية ، وأجبره على الخروج من مصر نهائيًا.

بعد الهزيمة البحرية في أبو قير، بقيت حملة بونابرت برية. ورغم ذلك، نجح جيشه في توطيد سلطته في مصر، على الرغم من مواجهته انتفاضات قومية متكررة، وبدأ نابليون يتصرف كحاكم مطلق لمصر بأكملها. أقام جناحًا، ومن داخله ترأس احتفالًا بنهر النيل - كان هو من أعطى الإشارة لإلقاء تمثال خطيبة النهر في العوامات، وبأوامره وُزعت الهدايا على الشعب، وأهدى قفاطين لكبار ضباطه.

في محاولةٍ لم تُكلل بالنجاح في كسب تأييد الشعب المصري، أصدر بونابرت بياناتٍ تُصوّره كمحررٍ للشعب من ظلم العثمانيين والمماليك، مُشيدًا بمبادئ الإسلام ومُؤكدًا على الصداقة بين فرنسا والإمبراطورية العثمانية رغم التدخل الفرنسي في الدولة المُنفصلة. وقد أكسبه هذا الموقف كمحررٍ في البداية دعمًا قويًا في مصر، ثم أدى لاحقًا إلى إعجاب محمد علي، الألباني الأصل، بنابليون ، الذي نجح حيث فشل بونابرت في إصلاح مصر وإعلان استقلالها عن العثمانيين. وفي رسالةٍ إلى أحد الشيوخ في أغسطس، كتب نابليون: "آمل... أن أتمكن من توحيد جميع الحكماء والمتعلمين من جميع البلدان، وإقامة نظامٍ موحدٍ قائمٍ على مبادئ القرآن الكريم، الذي هو الحق وحده، والذي وحده كفيلٌ بأن يُهدي الناس إلى السعادة." ^{[ 35 ]}

بعد عودة بونابرت من مواجهة إبراهيم بفترة وجيزة، حلّت ذكرى المولد النبوي الشريف، واحتُفل بها باحتفالات مهيبة. أشرف بونابرت بنفسه على الاستعراضات العسكرية لهذه المناسبة، مُستعدًا لها في قصر الشيخ مرتديًا الزي الشرقي والعمامة. وفي هذه المناسبة، منحه الديوان لقب علي بونابرت بعد أن أعلن بونابرت نفسه "ابنًا بارًا للنبي" و"محبوبًا عند الله". وفي الوقت نفسه تقريبًا، اتخذ إجراءات صارمة لحماية قوافل الحجاج من مصر إلى مكة ، وكتب رسالة بنفسه إلى والي مكة. ومع ذلك، وبسبب الضرائب التي فرضها عليهم لدعم جيشه، ظل المصريون غير مقتنعين بصدق جميع محاولات بونابرت للصلح، واستمروا في مهاجمته بلا هوادة. سُمح باستخدام أي وسيلة، حتى الهجمات المفاجئة والاغتيالات، لإخراج "الكفار" من مصر. ولم تفلح الإعدامات العسكرية في ردع هذه الهجمات، فاستمرت.

في الثاني والعشرين من سبتمبر، احتُفل بذكرى تأسيس الجمهورية الفرنسية الأولى، ونظّم بونابرت احتفالًا مهيبًا. وبأمره، بُني سيرك ضخم في أكبر ساحات القاهرة، تحيط به 105 أعمدة (يحمل كل منها علمًا باسم مقاطعة) ونصب تذكاري ضخم منقوش في وسطه. ونُقشت على سبعة مذابح كلاسيكية أسماء أبطال سقطوا في حروب الثورة الفرنسية . وشُيّد قوسان للنصر تخليدًا للذكرى: قوس خشبي في ساحة الأزبكية، وقوس آخر نُقشت عليه عبارة "لا إله إلا الله، محمد رسول الله" وزيّنه الفنان الجنوي ميشيل ريغو بمشاهد من معركة الأهرامات . ^{[ 36 ]} وهنا برزت بعض المفارقات ، إذ أطربت اللوحات الفرنسيين، لكنها أغضبت المصريين المهزومين الذين كانوا يسعون لكسب تأييدهم كحلفاء. 

في يوم الاحتفال، خاطب بونابرت جنوده، مستعرضًا إنجازاتهم منذ حصار تولون عام ١٧٩٣ ، قائلًا لهم: «من الإنجليز، المشهورين بفنونهم وتجارتهم، إلى البدو الأشداء، لقد لفتتم أنظار العالم. أيها الجنود، مصيركم مشرق... في هذا اليوم، يحتفل ٤٠ مليون مواطن بعهد الحكم التمثيلي، ٤٠ مليون مواطن يفكرون بكم». وأعقب الخطاب هتافات « تحيا الجمهورية! » ودويّ مدفعي. لاحقًا، أقام بونابرت وليمة لمئتي شخص في حديقة بالقاهرة، وأرسل جنودًا لرفع العلم الفرنسي على قمة هرم. ^{[ ٣٧ ]}

بعد هزيمته في معركة الأهرامات، تراجع مراد بك إلى صعيد مصر . في 25 أغسطس 1798، أبحر الجنرال ديساي على رأس فرقته في أسطول نهري. ^{[ 38 ]} في 31 أغسطس، وصل ديساي إلى بني سويف حيث واجه مشاكل في الإمداد، ثم أبحر في النيل إلى بهنسة وتقدم نحو المنيا . لم يقاتل المماليك، وعاد الأسطول في 12 سبتمبر عند مدخل بحر يوسف . علم ديساي أن المماليك كانوا في سهل الفيوم بحلول 24 سبتمبر. وقع أول اشتباك بين الجانبين في 3 أكتوبر، ودارت معركة ثانوية ثانية بدأت تستنزف مؤن وذخيرة القوات الفرنسية. في 7 أكتوبر، خرجت قوات مراد بك من خنادق سيديمان وهاجمت الفرنسيين، الذين شكلوا أنفسهم في ثلاثة مربعات، مربع كبير ومربعين صغيرين عند زواياه. ^{[ 39 ]} هاجم المماليك بشراسة كما في المواجهات السابقة، لكنهم صُدّوا. حاول المماليك استخدام مدافعهم الأربعة، لكن هجومًا قويًا بقيادة الكابتن جان راب تمكن من أسرها. ^{[ 40 ]}

في عام ١٧٩٨، قاد نابليون الجيش الفرنسي إلى مصر، فغزا الإسكندرية والقاهرة سريعًا . إلا أنه في أكتوبر من ذلك العام، أدى السخط الشعبي على الفرنسيين إلى انتفاضة في القاهرة. وبينما كان بونابرت في القاهرة القديمة ، بدأ سكان المدينة بتوزيع الأسلحة فيما بينهم وتحصين المواقع، لا سيما في جامع الأزهر . وقُتل القائد الفرنسي دومينيك دوبوي على يد القاهريين الثائرين، وكذلك مساعد بونابرت ، جوزيف سولكوفسكي . وقد أقسم المواطنون المحليون، بتحريض من الشيوخ والأئمة، على النبي صلى الله عليه وسلم بإبادة كل فرنسي يقابلونه، فتم ذبح كل فرنسي صادفوه - سواء في منازلهم أو في الشوارع - بوحشية. وتجمعت الحشود عند أبواب المدينة لمنع بونابرت من الدخول، لكنه صُدم واضطر إلى سلوك طريق ملتف للدخول عبر بوابة بولاق. كان وضع الجيش الفرنسي حرجًا ، إذ كان البريطانيون يهددون سيطرة فرنسا على مصر بعد انتصارهم في معركة النيل ، وكان مراد بك وجيشه لا يزالون في صعيد مصر، بينما بالكاد تمكن الجنرالان مينو ودوغوا من الحفاظ على سيطرتهما على دلتا مصر. وكان للفلاحين العثمانيين قضية مشتركة مع الثوار ضد الفرنسيين في القاهرة ، فقد كانت المنطقة بأكملها في حالة ثورة. ورد الفرنسيون بنصب المدافع في القلعة وإطلاقها على المناطق التي تضم قوات الثوار. وخلال الليل، تقدم الجنود الفرنسيون حول القاهرة ودمروا أي متاريس أو تحصينات صادفوها. وسرعان ما بدأ الثوار يتراجعون أمام قوة القوات الفرنسية، وفقدوا تدريجيًا السيطرة على مناطقهم في المدينة. وقام بونابرت شخصيًا بمطاردة الثوار من شارع إلى شارع وأجبرهم على اللجوء إلى جامع الأزهر . قال بونابرت: " لقد فات الأوان [أي الله] ، لقد بدأتم، والآن سأنهي!" ثم أمر على الفور مدافعَه بفتح النار على المسجد. اقتحم الفرنسيون البوابات ودخلوا المبنى، فذبحوا سكانه. في نهاية الثورة، سقط ما بين 5000 و6000 من سكان القاهرة بين قتيل وجريح. ^{[ 41 ]}     

بعد أن هدأت مصر وعادت إلى سيطرته، استغل بونابرت فترة الراحة هذه لزيارة السويس والاطلاع بنفسه على إمكانية وجود قناة (تُعرف بقناة الفراعنة ) يُقال إنها حُفرت في العصور القديمة بين البحر الأحمر ونهر النيل بأمر من الفراعنة. وقبل انطلاقه في رحلته، أعاد بونابرت الحكم الذاتي إلى القاهرة كدليل على عفوه عنها ، حيث استُبدلت اللجنة العسكرية بمجلس ديوان جديد مؤلف من 60 عضوًا. ثم انطلق بونابرت، برفقة زملائه من المعهد، بيرتوليه ، ومونج ، ولو بير ، ودوتيرتر ، وكوستاز ، وكافاريلي ، وتبعه حرس من 300 رجل، نحو البحر الأحمر، وبعد ثلاثة أيام من المسير عبر الصحراء، وصل هو وقافلته إلى السويس. بعد إصدار أوامره بإتمام تحصينات السويس، عبر بونابرت البحر الأحمر، وفي 28 ديسمبر/كانون الأول، توجه إلى سيناء بحثًا عن جبال موسى الشهيرة التي تبعد 17 كيلومترًا عن السويس. وعند عودته، فوجئ بارتفاع المد، فواجه خطر الغرق. وبعد رحلة استكشافية طويلة، وصل إلى السويس، وحققت البعثة هدفها، إذ عثرت على بقايا القناة القديمة التي بناها سنوسرت الثالث ونخو الثاني . 

في هذه الأثناء، تلقى العثمانيون في القسطنطينية (إسطنبول حاليًا) نبأ تدمير الأسطول الفرنسي في أبو قير، واعتقدوا أن ذلك يُنذر بنهاية بونابرت وحملته المحاصرة في مصر. فقرر السلطان سليم الثالث شنّ حرب على فرنسا، وأرسل جيشين إلى مصر. انطلق الجيش الأول، بقيادة جزار باشا ، بـ 12 ألف جندي، ثم دُعم بقوات من دمشق وحلب والعراق ( 10 آلاف جندي) والقدس (8 آلاف جندي). أما الجيش الثاني، بقيادة مصطفى باشا، فقد انطلق من رودس بنحو ثمانية آلاف جندي، وكان يعلم أنه سيحصل على نحو 42 ألف جندي من ألبانيا والقسطنطينية وآسيا الصغرى واليونان . خطط العثمانيون لهجومين على القاهرة : من سوريا ، عبر صحراء الصالحية - بلبيس - الخانقة ، ومن رودس عن طريق البحر بالإنزال في منطقة أبو قير أو مدينة دمياط الساحلية .

في نهاية عام ١٧٩٨، تمثلت المشكلة الأكثر إلحاحًا في الحشد السريع للقوات العثمانية، التي كان السلطان قد خطط لشن هجوم واسع النطاق على مصر. كان من بين هذه القوات جيش رودس، الذي نُقل بحرًا بمساعدة البحرية الملكية. أما الجيش الآخر، جيش دمشق، فقد تقدم نحو مصر عبر فلسطين وسيناء. وبينما كانت هذه التحركات تُحضّر، كان أحمد باشا الجزار يتقدم من عكا على الحدود المصرية، ما كان سيجذب انتباه نابليون. في هذا الوضع الحرج، قرر نابليون استباق الهجوم، والاستيلاء على عكا، وهزيمة العثمانيين في سوريا، ثم العودة إلى مصر لمواجهتهم. جهّز حوالي ١٤٠٠٠ جندي، نُظّموا في فرق بقيادة الجنرالات رينييه كليبر ، وبون ، ولان ، وفرقة فرسان بقيادة الجنرال مراد ، ولواء مشاة وفرسان بقيادة رئيس اللواء بيسيير ، وسرية جمال، ومدفعية بقيادة دومارتان ، ومهندسين وخبراء عسكريين بقيادة كافاريلي . أُرسلت قطع المدفعية الثقيلة المخصصة للحصار بواسطة الأسطول بقيادة القائد البحري بيريه إلى يافا. وفي 10 فبراير 1799، غادر نابليون القاهرة متوجهًا إلى سوريا. وكانت العريش هدفه الأول ، والتي استسلمت أخيرًا في 19 فبراير بعد حصار غير متوقع. وسقطت غزة دون مقاومة في 25 فبراير، وبحلول 3 مارس، وصل الفرنسيون إلى مشارف يافا . ^{[ 42 ]}

كانت هذه المدينة محاطة بأسوار عالية تتوسطها أبراج. وقد عهد جزار باشا بالدفاع عنها إلى قوات النخبة، مع مدفعية يديرها 1200 مدفعي عثماني. كانت المدينة إحدى الطرق المؤدية إلى سوريا، وكان من الممكن استخدام مينائها من قبل أسطوله، وكان جزء كبير من نجاح الحملة يعتمد على سقوطها. هذا يعني أن بونابرت كان عليه الاستيلاء على المدينة قبل التقدم أكثر، ولذلك حاصرها . بعد الهجوم الناجح في 7 مارس، استسلمت المدينة. نجح أحد مرؤوسي ضابط فرنسي في إقناع 3000 تركي في قلعة يافا بأنهم سيحصلون على عفو. ومع ذلك، أمر بونابرت بإعدام كل رجل منهم، بالإضافة إلى 1400 سجين آخر. حاول لاحقًا تبرير هذا الإجراء بادعاء أنه كان ضرورة عسكرية، حيث لم يكن لديه طعام لهذا العدد الكبير من السجناء، ولم يستطع توفير حراسة لهم، ووجد أتراكًا مُفرجًا عنهم من العريش يخدمون في الحامية. ومع ذلك، لم يصمد أي من هذه التفسيرات أمام التدقيق. ^{[ 43 ] [ 44 ]}

انتهت النجاحات الأولية قبل الوصول إلى مدينة عكا . وبدعم من البريطانيين، الذين وصلوا إلى عكا في 15 مارس، تم تعزيز دفاعات المدينة. إضافةً إلى ذلك، تمكنت البحرية الملكية من حشد الأسطول الفرنسي لنقل الذخيرة والمدافع. ^{[ 45 ]} وبدون مدافع الحصار، اضطر نابليون إلى اللجوء إلى أساليب حصار تستغرق وقتًا أطول. في هذه الأثناء، كان جيش دمشق في طريقه لحصار عكا. عند الاشتباك مع القوات المعادية، أظهرت القوات الفرنسية تفوقًا واضحًا في المراحل الأولى من المواجهة. في 8 أبريل، حقق ضابط من جونوت انتصارًا في مناوشة فرسان قرب الناصرة ، على الرغم من تفوق العدو عدديًا. تبع ذلك نصرٌ كبير في 11 أبريل، حيث تمكن كليبر، بقيادة 1500 رجل، من دحر قوة كبيرة قوامها 6000 تركي في معركة كنعان. وفي معركة أخرى، قاد قائد سلاح الفرسان المقدام يواكيم مورات قواته بنجاح عبر نهر الأردن إلى شمال بحيرة طبريا ، حيث اشتبك مع 5000 من الأتراك وهزمهم. ^{[ 46 ]}

جبل طابور

بعد ستين يومًا من الهجمات المتكررة وهجومين دمويين غير حاسمين، ظلت المدينة عصية على السقوط. ومع ذلك، كانت لا تزال تنتظر تعزيزات بحرية، فضلًا عن جيش كبير يتجمع في آسيا بأمر من السلطان للزحف ضد الفرنسيين. وللكشف عن تحركاتهم، أمر جيزار بشن هجوم عام على معسكر بونابرت. وقد حظي هذا الهجوم بدعم مدفعيته وقصف بحري من البريطانيين. وبتهوره المعهود، دفع بونابرت قوات جيزار إلى أسوارها، ثم توجه لمساعدة كليبر، الذي كان متحصنًا في الأنقاض مع 4000 جندي فرنسي تحت قيادته في مواجهة 20000 عثماني في جبل طابور . ابتكر بونابرت حيلةً استغل فيها جميع المزايا التي أتاحها له موقع العدو، فأرسل مراد وفرسانه عبر نهر الأردن للدفاع عن معبر النهر، وفيال ورامبون للزحف نحو نابلس ، بينما وضع بونابرت نفسه قواته بين العثمانيين ومخازن الذخيرة. وقد تكللت هذه المناورات بالنجاح، فيما عُرف بمعركة جبل طابور . فقد فوجئ جيش العدو في عدة نقاط في آن واحد، وهُزم شر هزيمة، وأُجبر على التراجع، تاركًا جماله وخيامه ومؤنه وخمسة آلاف قتيل في ساحة المعركة. ^{[ 46 ]}

عند عودته لحصار عكا، علم بونابرت أن الأدميرال بيريه قد أنزل سبع قطع مدفعية حصار في يافا. فأمر بونابرت بشن هجومين، تم صدهما بقوة. رُصد أسطول يرفع العلم العثماني، فأدرك بونابرت أنه لا بد من الاستيلاء على المدينة قبل وصول هذا الأسطول مع التعزيزات. فأمر بشن هجوم عام خامس، تمكن من الاستيلاء على التحصينات الخارجية، ورفع العلم الفرنسي ثلاثي الألوان على الأسوار، ودفع العثمانيين إلى التراجع داخل المدينة، وأجبرهم على تخفيف حدة نيرانهم. وهكذا سقطت عكا أو كادت أن تستسلم.

كان من بين المقاتلين في صفوف العثمانيين الضابط المهندس الفرنسي المهاجر فيليبو ، أحد زملاء بونابرت في المدرسة العسكرية . أمر فيليبو بوضع المدافع في أفضل المواقع وحفر خنادق جديدة خلف الأنقاض التي استولت عليها قوات بونابرت، وكأنها معجزة. في الوقت نفسه، نزل سيدني سميث ، قائد الأسطول البريطاني، مع طواقم سفنه. جددت هذه العوامل عزيمة المحاصرين ودفعت قوات بونابرت إلى التراجع، وسط ضراوة عنيدة من كلا الجانبين. بعد تكبده خسائر فادحة في معارك عكا، وتفشي الطاعون بين جنوده، ومعاناة نابليون من الحر الشديد، اضطر نابليون في نهاية المطاف إلى التراجع إلى مصر بعد 63 يومًا من الحملة. ^{[ 47 ]}

كان وضع القوات الفرنسية حرجًا للغاية ، إذ كان العدو قادرًا على مضايقة مؤخرتها أثناء انسحابها، وكانت منهكة وجائعة في الصحراء، بالإضافة إلى حملها عددًا كبيرًا من المصابين بالطاعون. وكان نقل هؤلاء المرضى في وسط الجيش سيؤدي إلى انتشار المرض، لذا كان لا بد من نقلهم في المؤخرة، حيث كانوا أكثر عرضة لغضب العثمانيين، الذين كانوا يتوقون للثأر لمذابح يافا. كان هناك مستشفيان، أحدهما في المستشفى الكبير على جبل الكرمل والآخر في يافا. وبأمر من بونابرت، تم إجلاء جميع من كانوا في جبل الكرمل إلى يافا وطنطورة . تم التخلي عن خيول المدفعية أمام عكا، وسلم بونابرت وجميع ضباطه خيولهم إلى ضابط النقل داوري، وسار بونابرت على خيوله ليكون قدوة. 

لإخفاء انسحابها من الحصار، انطلق الجيش ليلاً. وعند وصوله إلى يافا، أمر بونابرت بإجلاء المصابين بالطاعون ثلاث مرات إلى ثلاث نقاط مختلفة : الأولى بحراً إلى دمياط ، والثانية براً إلى غزة، والثالثة براً إلى العريش. وخلال الانسحاب، نهب الجيش جميع الأراضي التي مر بها، فدمر الماشية والمحاصيل والمنازل. وكانت غزة المكان الوحيد الذي نجا من النهب، مقابل ولاء الجنود لبونابرت. ولتسريع الانسحاب، اقترح نابليون خطوة مثيرة للجدل، وهي القتل الرحيم لجنوده المصابين بالطاعون في مراحله الأخيرة (يتراوح عددهم بين 15 و50 جندياً، حسب المصادر) والذين لم يكن من المتوقع شفاؤهم، وذلك عن طريق جرعة زائدة من الأفيون، لتخفيف معاناتهم، وتسهيل الانسحاب، ومنع انتشار المرض، وتجنب التعذيب والإعدامات التي كان سيتعرض لها الجنود الذين سيبقون خلفهم لو وقعوا في أسر العدو. رفض أطباؤه تنفيذ هذه الأوامر ^{[ 48 ] [ 49 ] [ 50 ]} ، ولكن هناك أيضًا أدلة في شكل شهادات مباشرة تزعم أن القتل الرحيم الجماعي قد حدث بالفعل، ولا تزال المسألة محل نقاش. ^{[ 51 ] [ 52 ]} 

عند عودته إلى القاهرة في 14 يونيو 1799، وضع نابليون خططًا للمغادرة. وفي محاولة للضغط على حكومة الإدارة لاستدعائه، أرسل برقية إلى باريس في 29 يونيو، يعترف فيها بخسارة 5344 رجلًا ويطلب 6000 جندي كتعزيزات، رغم علمه التام بعدم وصولها. وفي 11 أغسطس، تلقى نابليون نبأ الأزمة في أوروبا. كانت فرنسا تواجه تحالفًا يضم إنجلترا والنمسا وروسيا وتركيا ونابولي. غزا جيش أنجلو-روسي هولندا، وسيطر جيش نمساوي-روسي على سويسرا؛ واستولى أسطول تركي-روسي على كورفو؛ وتقدم جيش نمساوي-روسي آخر إلى شمال إيطاليا، مُبددًا كل جهود بونابرت في غضون أسابيع. ووردت أنباء عن أن فرنسا على وشك الانهيار الاقتصادي، وأن المشاعر الملكية كانت في أوجها. ^{[ 53 ]}

في الثامن من يناير، التقى دافوت بقوات محلية أخرى في تحتا ، حيث قتل ألف رجل وأجبر الباقين على الفرار. ^{[ 55 ]} في هذه الأثناء، تعزز جيش مراد بك بألف شريف قادمين من وراء البحر الأحمر، ومئتين وخمسين مملوكًا بقيادة حسن بك جداوي وعثمان بك حسن، بالإضافة إلى النوبيين وسكان شمال إفريقيا بقيادة الشيخ الكيلاني، حيث عسكروا بالقرب من قرية حوي ، وكلهم مدعومون من سكان صعيد مصر وشلالات النيل . ^{[ 55 ]}

سار الجيش الإسلامي الموحد في 21 يناير 1799 في الصحراء، حتى وصل إلى سمهود قرب قنا . وفي 22 يناير، شكّل ديساي ثلاثة مربعات، اثنان للمشاة وواحد للفرسان. وُضع الفرسان في وسط المربعين الآخرين لحمايتهم. بالكاد اصطف الفرنسيون في خط مستقيم، إذ أحاط بهم فرسان العدو تمامًا، بينما أطلق رتل من العرب من ينبع النار باستمرار على يسارهم. أمر ديساي رماة الفوج 96 مشاة بالهجوم عليهم، بينما سيتولى راب وسافاري ، على رأس سرب من الفرسان، مهاجمة العدو من الجناح. ^{[ 56 ]}

تعرض العرب لهجوم عنيف أجبرهم على الفرار، تاركين نحو ثلاثين منهم في الساحة بين قتيل وجريح. بعد ذلك، عاد عرب ينبع، بعد أن استعادوا قوتهم، للهجوم، وكانوا ينوون الاستيلاء على قرية سمهود، لكن رماة الفوج 96 مشاة هاجموهم بشراسة ووجهوا نحوهم نيرانًا كثيفة، مما اضطرهم إلى التراجع بعد أن تكبدوا خسائر فادحة. ^{[ 56 ]}

مع ذلك، كانت القوات الإسلامية الكثيرة تتقدم، مطلقةً صرخاتٍ مرعبة، وانقضّ المماليك على الساحات التي يقودها الجنرالان فريان وبيليارد ، لكنهم صُدّوا بشدة بنيران المدفعية والبنادق ، ما اضطرهم إلى التراجع، تاركين ساحة المعركة مليئة بجثث قتلاهم. ^{[ 56 ]} لم يستطع مراد بك وعثمان بك حسن، قائدا فيلق المماليك، الصمود أمام هجوم فرسان دافو. فتركا مواقعهما، وجرّا الجيش بأكمله في فراره. طارد الفرنسيون أعداءهم حتى اليوم التالي، ولم يتوقفوا إلا بعد أن دفعوهم إلى ما وراء شلالات النيل. ^{[ 56 ]}

واصل ديساي زحفه جنوبًا، فوصل إلى إسناه في التاسع من فبراير. في هذه الأثناء، كان عثمان بك حسن قد حشد قواته عند سفح جبل قرب أسوان . وفي الثاني عشر من فبراير، اكتشف الجنرال دافو مواقع العدو، فبادر على الفور إلى وضع خططه العسكرية. شكّل فرسانه في صفين، وانقضّ على المماليك بهذا التشكيل القتالي. أصيب عثمان بك حسن بجروح خطيرة، إذ رأى حصانه يُقتل تحته. اندفع الفرسان الفرنسيون باندفاع شديد نحو العثمانيين، فتحوّل القتال إلى ضراوة. ومع ذلك، هُزم المماليك وأُجبروا على الانسحاب من ساحة المعركة. ^{[ 57 ]}

بحلول نهاية فبراير 1799، وصل الشريف حسن وألفا جندي مشاة من مكة . وعندما وصل ديسايكس وقواته إلى أسيوط، تُرك أسطوله بالقرب من قنا . وفي 3 مارس، شن العثمانيون هجومًا على الأسطول المسمى "إيطاليا" بقيادة النقيب مراندي، وعلى متنه مئتا جندي من مشاة البحرية وثلاثمئة جريح ومكفوف. حاول مراندي المناورة، لكن مئات الغزاة اقتحموا السفينة، فأمر بإضرام النار فيها. وقُتل لاحقًا بوابل من الرصاص. ومع ذلك، فقد قُتل جميع من كانوا على متنها في نهاية المطاف. ^{[ 58 ]}

في الثامن من مارس عام ١٧٩٩، قاد الجنرال بيليارد قواته لمواجهة ٣٠٠٠ جندي من مشاة مكة و٣٥٠ مملوكًا في سهل عبنود، الواقع على الضفة اليمنى لنهر النيل جنوب قنا. تمكن الفرنسيون، بتشكيلهم المربع، من التقدم نحو القوات العثمانية التي تحصنت لاحقًا في منازل عبنود. استمر القتال لساعات، وبعدها تمكن الفرنسيون من الوصول إلى فناء القرية وإضرام النار في المنازل. اضطر العثمانيون إلى الفرار، وقُتل جميع الجرحى المتبقين. ^{[ ٥٩ ]}

استمر المماليك في استراتيجيتهم المتمثلة في تحريض السكان المحليين ضد القوات الفرنسية. في الأول من مايو/أيار عام ١٧٩٩، قتلت قوات الجنرال دافو ما لا يقل عن ألفي فلاح في بني عدي قرب أسيوط. ^{[ ٦٠ ]} ومع ذلك ، أثناء ملاحقتهم لمراد بك في صعيد مصر، اكتشف الفرنسيون الآثار في دندرة وطيبة وإدفو وفيلة .

في 29 مايو 1799، تمكن الجنرال بيليارد من الاستيلاء على كسير على البحر الأحمر، بعد أن سار عبر الصحراء، لوقف المزيد من تقدم القوات المكية أو أي غزو محتمل من الإنجليز. ^{[ 61 ]}

في القاهرة، وجد الجيش الراحة والإمدادات اللازمة للتعافي، لكن إقامته هناك لم تكن لتطول. فقد أُبلغ بونابرت أن مراد بك قد أفلت من مطاردة الجنرالات ديساي ، وبيليارد ، ودونزيلو ، ودافوت ، وأنه يزحف نحو مصر السفلى. فسار بونابرت لمهاجمته في الجيزة، وعلم أيضاً أن مئة سفينة عثمانية كانت قبالة أبو قير، تُهدد الإسكندرية.

دون إضاعة الوقت أو العودة إلى القاهرة، أمر بونابرت جنرالاته بالتوجه بأقصى سرعة لملاقاة جيش باشا الروملية ، سعيد مصطفى، الذي انضم إلى قوات مراد بك وإبراهيم. وقبل مغادرته الجيزة، حيث وجدهم، كتب بونابرت إلى ديوان القاهرة قائلاً:

تجرأت ثمانون سفينة على مهاجمة الإسكندرية، لكنها دُحرت بنيران المدفعية هناك، ورست في خليج أبو قير، حيث بدأت بإنزال الجنود. أتركهم يفعلون ذلك، لأني أنوي مهاجمتهم، وقتل كل من يرفض الاستسلام، وترك الباقين أحياءً ليُقادوا في موكب نصر إلى القاهرة. سيكون هذا مشهدًا مهيبًا للمدينة.

تحصّنت القوات العثمانية، بقيادة مصطفى باشا، في موقع شديد التحصين قرب ساحل أبو قير. وفي 25 يونيو/حزيران 1799، هاجم نابليون القوات العثمانية، التي كانت تتألف من حوالي 18 ألف جندي، مدعومة بحوالي 10 آلاف جندي فرنسي. شقّت المشاة الفرنسية طريقها عبر ثلاثة خطوط متتالية من التحصينات التركية، بمساعدة كبيرة من غباء الإنكشارية الذين تركوا مواقعهم مرارًا وتكرارًا بحثًا عن رؤوس الفرنسيين، لكن الضربة القاضية جاءت على يد مراد على رأس فرسانه بعد الظهر بقليل. وجد القائد الغاسكوني المقدام أن معرفته بالأرض التي اكتسبها في يوليو/تموز السابق كانت ذات فائدة عظيمة، ودُحر الأتراك أمام شراسة هجومه؛ وبعد معركة ضارية، اشتبك فيها مراد شخصيًا مع قائد العدو وأُصيب في خده، سقطت القيادة التركية مع العديد من كبار ضباط العدو. ^{[ 62 ]}

كانت معركة أبو قير البرية آخر معارك بونابرت في مصر، وقد ساهمت جزئيًا في استعادة سمعته بعد الهزيمة البحرية الفرنسية في نفس المكان قبل عام. خلال عملية تبادل الأسرى في أبو قير، ولا سيما عبر جريدة فرانكفورت التي أرسلها إليه سيدني سميث، كان على اتصال بالأسطول البريطاني، الذي علم منه بالأحداث في فرنسا. وكما رأى بونابرت (وأضفى عليها لاحقًا طابعًا أسطوريًا)، فإن فرنسا تُجبر على التراجع، وقد استعاد أعداؤها ما كانت قد غزته، وكانت فرنسا ساخطة على حكومتها الديكتاتورية، وتحنّ إلى السلام المجيد الذي وقّعته في معاهدة كامبو فورميو - وكما رأى بونابرت، فإن هذا يعني أن فرنسا بحاجة إليه وسترحب بعودته. مع ركود الحملة المصرية وتفاقم عدم الاستقرار السياسي في فرنسا، بدأت مرحلة جديدة في مسيرة بونابرت المهنية ، إذ شعر أنه لم يعد لديه ما يفعله في مصر بما يليق بطموحه، وأن القوات التي تركها له هناك (كما أظهرت الهزيمة في عكا) لم تكن كافية لشن حملة ذات أهمية خارج مصر. وهكذا قرر بونابرت فجأة العودة إلى فرنسا. ^{[ 63 ]} 

لم يُفشِ سر عودته إلا لعدد قليل من الأصدقاء الذين عُرفوا بسرّيتهم وولائهم. غادر القاهرة في أغسطس/آب بحجة القيام برحلة في دلتا النيل دون إثارة الشكوك ، برفقة العالمين مونج وبيرتوليه ، والرسام دينون ، والجنرالات بيرتييه ومورا ولان ، وعدد قليل من الضباط الآخرين، من بينهم مارمون وأندريوسي وبيسيير . [ ⁶⁴ ] ^{في 23} أغسطس/آب، أُعلن للجيش أن بونابرت قد نقل صلاحياته كقائد عام إلى الجنرال كليبر. قرأ كليبر على جنوده البيان الموجز الذي تركه نابليون: "لم تُقنعني إلا ظروف استثنائية، من أجل مصلحة بلادي وسمعتها، وطاعةً للأمر، بالمرور عبر خطوط العدو والعودة إلى أوروبا." ^{[ 65 ]}

في 24 يناير 1800، وقّع كليبر اتفاقية العريش مع كور يوسف ضياء الدين باشا بحضور سميث، والتي نصّت على السماح لجيش الشرق بإخلاء مصر والعودة إلى موانئ صديقة في أوروبا. إلا أن سميث تجاوز صلاحياته بالموافقة على الاتفاقية، إذ كانت وزارة بيت قد منعت القادة البريطانيين في ديسمبر 1799 من الموافقة على معاهدة مماثلة، مع أن هذا لم يُبلّغ لسميث إلا بعد توقيع الاتفاقية. أرسل سميث ورئيسه اللورد كيث رسائل إلى كليبر يُعلمانه فيها أن الحكومة البريطانية لن توافق إلا على استسلام فرنسي غير مشروط. أثار هذا غضب كليبر، فقام بهزيمة جيش عثماني قوامه 40 ألف رجل بقيادة يوسف في هليوبوليس في 20 مارس 1800.

بعد انتصار الفرنسيين، عاد كليبر إلى القاهرة وقمع انتفاضة أخرى هناك. في 14 يونيو، اغتال الطالب السوري سليمان الحلبي كليبر قبل إعدامه. انتقلت قيادة جيش الشرق إلى الجنرال جاك فرانسوا مينو في 3 يوليو، الذي احتفظ بها حتى أغسطس 1801. نُشرت رسالة مينو في صحيفة "لو مونيتور" في 6 سبتمبر، متضمنةً استنتاجات اللجنة المكلفة بمحاكمة المسؤولين عن الاغتيال: رأت اللجنة، بعد إجراء المحاكمة بكل ما يلزم من رسمية وإجراءات، ضرورة اتباع العادات المصرية في تطبيق العقوبة؛ فأدانت الحلبي بالصلب بعد حرق يده اليمنى؛ وثلاثة من الشيوخ المذنبين بقطع رؤوسهم وحرق جثثهم.

في أوائل عام ١٨٠١، أُرسلت قوة استكشافية بريطانية لتحرير مصر من الاحتلال الفرنسي بالتنسيق مع القوات العثمانية. وبين ٨ و٢١ مارس، حقق البريطانيون سلسلة انتصارات على الفرنسيين في أبو قير ومندورة والإسكندرية . ثم انضم البريطانيون إلى العثمانيين واستولوا على حصن جوليان والرحمانية والقاهرة بين أبريل ويونيو. وبدأت القوات البريطانية محاصرة آخر معاقل الفرنسيين في الإسكندرية في ١٧ أغسطس، واستسلم مينو في ٢ سبتمبر. وبموجب شروط استسلامه ، سمح الجنرال البريطاني جون هيلي هاتشينسون بإعادة جيش الشرق إلى أوروبا على متن سفن بريطانية. كما تنازل مينو لبريطانيا عن جميع الآثار المصرية، مثل حجر رشيد ، التي جمعها الفرنسيون. وبعد محادثات أولية في العريش في ٣٠ يناير ١٨٠٢، أنهت معاهدة باريس في ٢٥ يونيو جميع الأعمال العدائية بين فرنسا والإمبراطورية العثمانية، وأعادت مصر إلى الحكم العثماني. ^{[ ٦٦ ]}