المواجهة الإندونيسية الماليزية

قبل المواجهة ، سعى سوكارنو إلى تطوير سياسة خارجية إندونيسية مستقلة، تركز على ضم غينيا الجديدة الهولندية كخاتمة للثورة الوطنية الإندونيسية ، وترسيخ مكانة إندونيسيا كقوة دولية بارزة تدعم أجندتها الخاصة المتميزة عن أجندات دول العالم الأول والثاني . وكانت إندونيسيا دولة مهمة في تطوير حركة عدم الانحياز ، حيث استضافت مؤتمر باندونغ عام 1955. وقد سعت إندونيسيا بلا هوادة إلى المطالبة بغينيا الجديدة الهولندية من عام 1950 إلى عام 1962، على الرغم من مواجهتها انتكاسات عديدة في الجمعية العامة للأمم المتحدة في سبيل اعتراف المجتمع الدولي بمطالبتها.

في أعقاب الأزمة الإندونيسية عام 1958، والتي شملت تمرد بيرميستا في شرق إندونيسيا وإعلان الحكومة الثورية لجمهورية إندونيسيا ، برزت إندونيسيا كقوة عسكرية بارزة وصاعدة في جنوب شرق آسيا. ^{[ 18 ]} وكانت وكالة الاستخبارات المركزية (CIA)، بشكل أساسي من خلال شركتها التابعة في تايوان، شركة النقل الجوي المدني (CAT)، تقدم الدعم سرًا للمتمردين في الجزر النائية، ساعيةً إلى إضعاف نظام الرئيس سوكارنو، إن لم يكن الإطاحة به تمامًا. وابتداءً من عام 1957، كثّفت وكالة الاستخبارات المركزية اتصالاتها مع القادة العسكريين في سومطرة وسولاويزي المنتقدين للنظام . وبحلول أواخر عام 1957، أصبح نقل الأسلحة والذخيرة إلى سومطرة بواسطة السفن التجارية والغواصات الليلية أمرًا شائعًا بشكل متزايد، لكن الأمريكيين اعتقدوا أن فعالية مساعدتهم السرية تتطلب استخدام المنشآت البريطانية في سنغافورة للتزود بالوقود ودعم مهمات شركة النقل الجوي المدني التي تنطلق من بانكوك أو تايوان أو الفلبين. ^{[ 19 ]}

مع تدفق المساعدات العسكرية السوفيتية، تمكنت إندونيسيا من تعزيز مطالبتها بغينيا الجديدة الهولندية بقوة أكبر. وبلغ النزاع الدبلوماسي ذروته عام 1962 عندما شنت إندونيسيا حملة واسعة النطاق من عمليات التسلل الجوي والبحري إلى غينيا الجديدة الهولندية. ورغم هزيمة قوات التسلل هزيمة نكراء على يد القوات الهولندية والبابوية، إلا أن إندونيسيا استطاعت بذلك إضفاء مصداقية على تهديد غزوها لغينيا الجديدة الهولندية. وتحت ضغط دبلوماسي متزايد من الإندونيسيين، وكذلك من الأمريكيين الذين كانوا حريصين على منع إندونيسيا من الانضمام إلى الشيوعية، رضخ الهولنديون ووافقوا على تسوية دبلوماسية سمحت للإندونيسيين بالسيطرة على الإقليم مقابل تعهدهم بإجراء استفتاء لتقرير المصير (قانون الاختيار الحر ) بحلول عام 1969. وهكذا، بحلول نهاية عام 1962، حققت إندونيسيا انتصارًا دبلوماسيًا كبيرًا، ربما عزز من نظرتها لنفسها كقوة إقليمية بارزة. وفي سياق هذا الانتصار الدبلوماسي الأخير، وجهت إندونيسيا اهتمامها إلى المقترح البريطاني لإقامة دولة ماليزية موحدة.

قبل أن تُعلن الحكومة البريطانية سياسة شرق السويس عام ١٩٦٨، كانت قد بدأت بالفعل في إعادة تقييم التزامها بالحفاظ على وجودها في الشرق الأقصى منذ أواخر خمسينيات القرن الماضي. وكجزء من انسحابها من مستعمراتها في جنوب شرق آسيا، سعت المملكة المتحدة إلى دمج مستعمراتها في شمال بورنيو مع اتحاد مالايا (الذي نال استقلاله عن بريطانيا عام ١٩٥٧) وسنغافورة (التي نالت الحكم الذاتي عام ١٩٥٩). وفي مايو ١٩٦١، اقترحت حكومتا المملكة المتحدة وماليزيا اتحادًا أكبر يُسمى ماليزيا، يضم ولايات مالايا وشمال بورنيو وساراواك وبروناي وسنغافورة . في البداية، أبدت إندونيسيا تأييدًا طفيفًا للاتحاد المقترح، على الرغم من معارضة الحزب الشيوعي الإندونيسي له بشدة. ^{[ ١ ]}

في بروناي، لم يكن واضحًا ما إذا كان السلطان عمر علي سيف الدين الثالث سيدعم انضمام بروناي إلى الدولة الماليزية المقترحة، نظرًا لما ينطوي عليه ذلك من تقليص لمنصبه السياسي، فضلًا عن أن عائدات النفط في بروناي تضمن استقرارها المالي في حال اختيارها الاستقلال. علاوة على ذلك، كان السياسي البروناي، الدكتور أ.م. أزهري بن الشيخ محمود، مؤيدًا لوحدة شمال بورنيو، ولكنه عارض أيضًا اتحادًا ماليزيًا أوسع. في عام ١٩٦١، استطلع آراء إندونيسيا بشأن إمكانية تقديم مساعدات في تدريب مجندين من بورنيو؛ وألمح الجنرال عبد الناصوتيون إلى دعم معنوي، بينما ألمح سوباندريو ، وزير الخارجية ورئيس المخابرات الإندونيسي، إلى تقديم مساعدات أكثر جوهرية. كان أزهري يساريًا شارك في حرب الاستقلال الإندونيسية. ^{[ ١ ]} عقب هذه الاجتماعات، بدأت إندونيسيا بتدريب قوة متطوعة صغيرة تُعرف باسم الجيش الوطني لشمال كاليمانتان (TNKU) في كاليمانتان.

في الثامن من ديسمبر عام ١٩٦٢، شنّت حركة التحرير الوطني لبروناي (TNKU) انتفاضةً عُرفت بثورات بروناي . وقد مُنيت هذه الانتفاضة بفشل ذريع، إذ عجزت القوات، التي كانت تعاني من ضعف التدريب والتجهيز، عن الاستيلاء على أهداف رئيسية كالسلطان البروناي ، وحقول النفط، وتحرير الرهائن الأوروبيين. وبعد ساعات من اندلاع الانتفاضة، تمّ حشد القوات البريطانية المتمركزة في سنغافورة للردّ الفوري. وتجلّى فشل الانتفاضة خلال ثلاثين ساعة عندما قامت قوات الغوركا، التي نُقلت جواً من سنغافورة، بتأمين مدينة بروناي وضمان سلامة السلطان.

لا يزال مدى الدعم الإندونيسي لحركة التحرير الوطني الماليزية (TNKU) موضع نقاش. فبينما نفت إندونيسيا آنذاك أي تورط مباشر، إلا أنها تعاطفت مع أهداف الحركة الرامية إلى زعزعة استقرار الدولة الماليزية المقترحة. وعقب الهزيمة العسكرية التي مُنيت بها الحركة في بروناي، أعلن وزير الخارجية الإندونيسي، سوباندريو ، في 20 يناير/كانون الثاني 1963، أن إندونيسيا ستتبنى سياسة المواجهة مع ماليزيا، متراجعةً بذلك عن سياستها السابقة المتمثلة في الامتثال للمقترح البريطاني. وتلا ذلك أول عملية تسلل موثقة للقوات الإندونيسية في 12 أبريل/نيسان 1963، عندما تعرض مركز شرطة في تيبيدو، بولاية ساراواك، لهجوم. ^{[ 20 ]}

في عام ١٩٦١، قُسّمت جزيرة بورنيو إلى أربع كيانات منفصلة. تقع كاليمانتان ، التي تضم أربع مقاطعات إندونيسية ، في جنوب الجزيرة. أما في الشمال، فتقع سلطنة بروناي (محمية بريطانية) ومستعمرتان تابعتان للمملكة المتحدة: شمال بورنيو البريطانية (التي سُميت لاحقًا صباح) وساراواك. بلغ إجمالي عدد سكان هذه الأراضي البريطانية الثلاث حوالي ١.٥ مليون نسمة، نصفهم تقريبًا من شعب الداياك . بلغ عدد سكان ساراواك حوالي ٩٠٠ ألف نسمة، وصباح ٦٠٠ ألف نسمة، وبروناي حوالي ٨٠ ألف نسمة. من بين سكان ساراواك غير الداياك، كان ٣١٪ صينيين و١٩٪ ملايو. أما في صباح، فكان ٢١٪ صينيين و٧٪ ملايو؛ بينما في بروناي، كان ٢٨٪ صينيين و٥٤٪ ملايو. كان هناك عدد كبير من السكان الإندونيسيين في تاواو جنوب صباح، وعدد كبير من السكان الصينيين النشطين اقتصادياً في ساراواك. وعلى الرغم من حجمهم السكاني، كان الداياك منتشرين في جميع أنحاء البلاد في بيوت قروية طويلة، ولم يكونوا منظمين سياسياً.

قُسّمت ساراواك إلى خمسة أقسام إدارية. أما صباح، وعاصمتها جيسلتون ( كوتا كينابالو ) على الساحل الشمالي، فقد قُسّمت إلى عدة مناطق سكنية؛ تقع مناطق المناطق الداخلية وتاواو على الحدود. وباستثناء طرفي الحدود، امتدت الحدود مع إندونيسيا بشكل عام على طول سلسلة جبال، لتصل إلى ارتفاع يقارب 2500 متر في القسم الخامس. في القسم الأول، كانت هناك بعض الطرق، بما في ذلك طريق متصل من كوتشينغ إلى بروناي، ثم طريق دائري إلى ساندكان على الساحل الشرقي لصباح. لم تكن هناك طرق في القسمين الرابع والخامس أو منطقة المناطق الداخلية، وفي القسم الثالث، لم يكن هناك سوى الطريق الساحلي، الذي يبعد حوالي 150 ميلاً عن الحدود. كانت الخرائط رديئة بشكل عام، حيث لم تُظهر الخرائط البريطانية للبلاد سوى تفاصيل طبوغرافية دقيقة للغاية. وكانت الخرائط الإندونيسية أسوأ؛ يتذكر المحاربون القدامى "ورقة واحدة بالأبيض والأسود لكاليمانتان بأكملها، مُنتزعة من كتاب مدرسي" في عام 1964. ^{[ 21 ]}

كانت كاليمانتان مقسمة إلى أربع مقاطعات، إحداها كاليمانتان الشرقية والأخرى كاليمانتان الغربية، وتحدّان بورنيو البريطانية. عاصمة كاليمانتان الغربية هي بونتياناك على الساحل الغربي، على بُعد حوالي 160 كيلومترًا من الحدود، وعاصمة كاليمانتان الشرقية هي ساماريندا على الساحل الجنوبي، على بُعد حوالي 350 كيلومترًا من الحدود. لم تكن هناك طرق في المنطقة الحدودية باستثناء بعض الطرق في الغرب، ولم يكن هناك طريق يربط بين كاليمانتان الشرقية والغربية. وبسبب نقص الطرق والمسارات المناسبة للمركبات على جانبي الحدود، اقتصرت الحركة على مسارات المشاة غير المحددة في معظمها على الخرائط، بالإضافة إلى التنقل المائي والجوي. كانت هناك أنهار كبيرة عديدة على جانبي الحدود، وكانت هذه هي الوسيلة الرئيسية للتنقل. كما كان هناك عدد لا بأس به من مهابط الطائرات العشبية الصغيرة المناسبة للطائرات الخفيفة، كمناطق إنزال للإمدادات المظلية، وللمروحيات.  

يقع خط الاستواء على بعد حوالي 160 كيلومترًا (100 ميل) جنوب كوتشينغ ، وتتلقى معظم مناطق شمال بورنيو أكثر من 3000 مليمتر (120 بوصة) من الأمطار سنويًا. تغطي الغابات الاستوائية المطيرة بورنيو بشكل طبيعي، وتغطي هذه الغابات المناطق الجبلية التي تشقها أنهار عديدة، وتتميز بتلال شديدة الانحدار وقمم جبلية لا يتجاوز عرضها في كثير من الأحيان بضعة أمتار. يؤدي هطول الأمطار الغزيرة إلى وجود أنهار كبيرة، تُشكل وسيلة نقل رئيسية وعوائق تكتيكية هائلة. تُعد غابات المانغروف الكثيفة التي تغطي مساحات شاسعة من المسطحات المدية، والتي تتقاطع مع العديد من الجداول، سمة مميزة للعديد من المناطق الساحلية، بما في ذلك بروناي وطرفي الحدود. توجد مناطق زراعية في الوديان وحول القرى. وفي محيط المستوطنات المهجورة والقائمة، توجد مناطق ذات نمو ثانوي كثيف.    

في عام ١٩٤٦، تنازل حاكم ساراواك ، تشارلز فاينر بروك، عن الولاية للتاج البريطاني، معتقدًا أن ذلك يصب في مصلحة شعب ساراواك بعد انتهاء الحرب العالمية الثانية . ^{[ ٢٢ ]} أصبحت ساراواك مستعمرة تابعة للتاج البريطاني، تُحكم من مكتب المستعمرات في لندن ، الذي بدوره أرسل حاكمًا لساراواك. ربما كانت الحركة المناهضة للتنازل، ذات الأغلبية الملايوية ، والتي رفضت سيطرة بريطانيا على ساراواك واغتالت دنكان ستيوارت ، أول مفوض سامٍ بريطاني في ساراواك، بمثابة النواة الأولى للحركة المناهضة لماليزيا اللاحقة في ساراواك، بقيادة أحمد زيدي أدروتش .

بحسب فيرنون إل. بوريت وهونغ-كاه فونغ، كانت الخلايا اليسارية والشيوعية موجودة بين الجاليات الصينية الحضرية في ساراواك منذ ثلاثينيات وأربعينيات القرن العشرين. ومن أوائل الجماعات الشيوعية في صباح رابطة مناهضة الفاشية، التي أصبحت فيما بعد جيش تحرير الأعراق، ورابطة بورنيو المناهضة لليابان، التي تألفت من رابطة شمال بورنيو المناهضة لليابان ورابطة غرب بورنيو المناهضة لليابان. وكان يقود الأخيرة وو تشان، الذي رحّلته حكومة ساراواك الاستعمارية إلى الصين عام ١٩٥٢. ومن الجماعات الشيوعية الأخرى في ساراواك جمعية شباب الصينيين المغتربين، التي تأسست عام ١٩٤٦، ورابطة التحرير وجناحها الشبابي، جمعية الشباب المتقدمة، التي ظهرت خلال خمسينيات القرن العشرين. أصبحت هذه المنظمات نواةً لحركتين حرب عصابات شيوعية: جيش كاليمانتان الشمالي الشعبي (باراكو) المناهض لماليزيا، وحركة حرب العصابات الشعبية في ساراواك (PGRS). وقد أُطلق على هذه الجماعات الشيوعية المختلفة، من قِبل مصادر بريطانية وغربية أخرى، اسم المنظمة الشيوعية السرية (CCO) أو منظمة ساراواك الشيوعية (SCO). ^{[ 23 ]}

كانت منظمة صهيون العالمية (SCO) ذات أغلبية صينية ، لكنها ضمت أيضاً مؤيدين من شعب الداياك . مع ذلك، لم تحظَ المنظمة بدعم يُذكر من الملايو وغيرهم من سكان ساراواك الأصليين. في أوج قوتها، بلغ عدد أعضاء المنظمة 24,000 عضو. ^{[ 5 ]} خلال أربعينيات وخمسينيات القرن العشرين، انتشرت الماوية بين المدارس الصينية في ساراواك. بعد الحرب العالمية الثانية، تغلغل النفوذ الشيوعي أيضاً في الحركة العمالية وحزب ساراواك المتحد للشعب ، وهو أول حزب سياسي في الولاية، والذي تأسس في يونيو 1959، وكان أغلب أعضائه من الصينيين. اندلعت ثورة ساراواك بعد ثورة بروناي عام 1962، وقاتلت منظمة صهيون العالمية إلى جانب المتمردين البرونايين والقوات الإندونيسية خلال المواجهة الإندونيسية الماليزية. ^{[ 23 ] [ 24 ]}

دعمت منظمة شنغهاي للتعاون والمتمردون البرونايون فكرة توحيد جميع أراضي بورنيو البريطانية لتشكيل دولة كاليمانتان الشمالية اليسارية المستقلة، وروّجوا لها. وقد طرح هذه الفكرة في الأصل إيه إم أزاهاري ، زعيم حزب شعب بروناي، الذي كان قد نسج علاقات مع الحركة القومية لسوكارنو ، بالتعاون مع أحمد زيدي، في جاوة خلال أربعينيات القرن العشرين. إلا أن حزب شعب بروناي كان يؤيد الانضمام إلى ماليزيا بشرط توحيدها مع أراضي شمال بورنيو الثلاث، وأن يكون لكل منها سلطانها الخاص، ما يجعلها قادرة على مقاومة هيمنة مالايا أو سنغافورة أو الإداريين الملايو أو التجار الصينيين. ^{[ 4 ]}

اعتبرت المعارضة المحلية في شمال كاليمانتان (أو كاليمانتان أوتارا) مقترحًا بديلًا لما بعد الاستعمار ضد خطة ماليزيا. واستندت هذه المعارضة في جميع أنحاء أراضي بورنيو بشكل أساسي إلى الاختلافات الاقتصادية والسياسية والتاريخية والثقافية بين ولايات بورنيو وماليزيا، فضلًا عن رفض الخضوع للهيمنة السياسية لشبه الجزيرة. وقد لجأ كل من أزاهاري وزيدي إلى المنفى في إندونيسيا خلال المواجهة. وبينما عاد زيدي إلى ساراواك واستعاد وضعه السياسي، بقي أزاهاري في إندونيسيا حتى وفاته في 3 سبتمبر 2002.

في أعقاب ثورة بروناي، وصلت فلول حركة التحرير الوطني الصينية (TNKU) إلى إندونيسيا. وربما خوفًا من ردود فعل بريطانية (لم تحدث قط)، فرّ العديد من الشيوعيين الصينيين، ربما بالآلاف، من ساراواك. عُرف رفاقهم الذين بقوا في ساراواك باسم "المنظمة الشيوعية الصينية" (CCO) في المملكة المتحدة، بينما أطلق عليهم الإندونيسيون اسم "قوة حرب العصابات الشعبية في ساراواك" (PGRS). التقى سوباندريو بمجموعة من قادتهم المحتملين في بوغور، وأرسل ناسوتيون ثلاثة مدربين من الكتيبة الثانية من فوج القوات الخاصة المقاتلة (RPKAD) إلى نانغابادان بالقرب من حدود ساراواك، حيث كان هناك حوالي 300 متدرب. وبعد نحو ثلاثة أشهر، أُرسل ملازمان إلى هناك. ^{[ 1 ]} بلغ عدد أفراد قوات المقاومة الشعبية (PGRS) حوالي 800 فرد، وكان مقرها في غرب كاليمانتان في باتو هيتام، مع وجود فرقة قوامها 120 فرداً من جهاز المخابرات الإندونيسي، بالإضافة إلى مجموعة صغيرة تلقت تدريباً في الصين. وكان الحزب الشيوعي الإندونيسي (PKI) حاضراً بقوة، بقيادة الثوري العربي سفيان. شنت قوات المقاومة الشعبية بعض الغارات على ساراواك، لكنها كرست معظم وقتها لكسب أنصارها هناك. لم يوافق الجيش الإندونيسي على توجهات قوات المقاومة الشعبية اليسارية، وتجنبها عموماً. ^{[ 2 ]}

تُثار الشكوك حول دوافع سوكارنو لبدء المواجهة. فقد زعم وزير الخارجية الإندونيسي السابق، إيدي أناك أغونغ غدي أغونغ، بعد سنوات، أن سوكارنو تعمّد إسكات معارضة إندونيسيا للدولة الماليزية المقترحة، بينما كانت إندونيسيا منشغلة بتعزيز مطالبتها بغرب غينيا الجديدة . وبعد انتصار إندونيسيا الدبلوماسي في نزاع غرب غينيا الجديدة، ربما تشجع سوكارنو على توسيع نفوذ إندونيسيا على جيرانها الأضعف. في المقابل، ربما شعر سوكارنو، تحت ضغط الحزب الشيوعي الإندونيسي المستمر وعدم استقرار السياسة الإندونيسية عمومًا، بضرورة تحويل الأنظار نحو صراع خارجي جديد.

في أواخر خمسينيات القرن العشرين، زعم سوكارنو أن ماليزيا دولة دمية بريطانية، وتجربة استعمارية جديدة، وأن أي توسع لماليزيا سيزيد من سيطرة بريطانيا على المنطقة، مما سيؤثر على الأمن القومي الإندونيسي. عارض سوكارنو بشدة مبادرة إنهاء الاستعمار البريطانية التي تضمنت تشكيل اتحاد ماليزيا الذي كان سيضم شبه جزيرة الملايو وبورنيو البريطانية. واتهم سوكارنو ماليزيا بأنها دولة دمية بريطانية تهدف إلى ترسيخ الإمبريالية والاستعمار الجديد في جنوب شرق آسيا، وكذلك إلى كبح طموح إندونيسيا في أن تصبح القوة المهيمنة إقليميًا. ^{[ 25 ]}

كما أشير إلى أن حملة سوكارنو ضد تشكيل ماليزيا كانت مدفوعة برغبة في فصل مالايا وشمال بورنيو وساراواك وسنغافورة كدولة مستقلة، وبالتالي رفضه للمقترح البريطاني لإنهاء الاستعمار، واصفًا إياه بالاستعمار الجديد الذي تمارسه الدولة البريطانية كوسيلة لنشر الهيمنة البريطانية في المنطقة. ^{[ 26 ] [ 27 ]} وبالمثل، طالبت الفلبين بشرق شمال بورنيو، بحجة أن مستعمرة بورنيو كانت لها روابط تاريخية مع الفلبين من خلال سلطنة سولو . ومع ذلك، فبينما لم يطالب سوكارنو بشكل مباشر بضم شمال بورنيو إلى كاليمانتان الإندونيسية، فقد رأى في تشكيل ماليزيا عقبة أمام " مابيليندو" ، وهو اتحاد غير سياسي ذو طابع توسعي يمتد عبر مالايا والفلبين وإندونيسيا. ^{[ 28 ]} في البداية، لم يعارض رئيس الفلبين ديوسدادو ماكاباجال الفكرة، بل إنه بادر إلى إبرام اتفاقية مانيلا . رغم أن الفلبين لم تشارك في الأعمال العدائية، إلا أنها امتنعت عن الاعتراف بماليزيا كدولة وريثة لمالايا. ونتيجة لذلك، قطعت ماليزيا علاقاتها الدبلوماسية مع الفلبين. جادلت إندونيسيا بأن قيام ماليزيا يسمح للمملكة المتحدة بالحفاظ على امتيازاتها الخاصة فيما يتعلق باستخدام قاعدة سنغافورة، وأن الحفاظ على علاقات وثيقة مع احتياجات الدفاع البريطانية في جنوب شرق آسيا يشكل تهديدًا ضمنيًا. حرص سوباندريو ، وزير الخارجية الإندونيسي، على توضيح الأمر للسفير الأمريكي هوارد ب. جونز، بأن سياسة المواجهة كانت معنية بمالايا وليس بماليزيا، وأنها كانت رد فعل على النشاط الماليزي والبريطاني المناهض لجاكرتا والمؤيد للمتمردين عام 1958، وعلى الترويج لبرنامج فصل سومطرة، وذلك مع تصاعد الجهود الدبلوماسية لتسوية النزاع الماليزي في صيف عام 1963 من خلال محادثات وزارية وقمم في مانيلا. ^{[ 19 ]}

في أبريل/نيسان 1963، وقع أول تسلل وهجوم موثق في بورنيو. تم تقسيم قوة تسلل كانت تتدرب في نانغابادان إلى قسمين، واستعدت لعمليتها الأولى. في 12 أبريل/نيسان 1963، هاجمت إحدى قوتي التسلل مركز الشرطة في تيبيدو ، التابعة للقسم الأول من ساراواك، واستولت عليه، على بُعد حوالي 64 كيلومترًا (40 ميلًا) من كوتشينغ و 3.2 كيلومترًا (ميلين) من الحدود مع كاليمانتان. ^{[ 29 ]} هاجمت المجموعة الأخرى قرية غومبانغ، جنوب غرب كوتشينغ، في وقت لاحق من الشهر نفسه. لم يعد منها سوى نصفها تقريبًا. ^{[ 30 ]} يمكن القول إن المواجهة بدأت من منظور عسكري مع هجوم تيبيدو. ^{[ 31 ]}  

قبل إعلان إندونيسيا المواجهة ضد الدولة الماليزية المقترحة في 20 يناير 1963، كانت لجنة كوبولد قد أصدرت تقريرًا في عام 1962 حول جدوى قيام دولة ماليزية، وخلصت إلى وجود دعم كافٍ في مستعمرات بورنيو لإنشاء دولة ماليزية أكبر. إلا أنه نظرًا لتزايد معارضة إندونيسيا والفلبين لمقترح ماليزيا، اقتُرحت جولة جديدة من المفاوضات للاستماع إلى وجهات نظر المعارضة الإندونيسية والفلبينية. ولحل النزاع، اجتمعت الدول المرشحة لعضوية ماليزيا مع ممثلين عن إندونيسيا والفلبين في مانيلا لعدة أيام، بدءًا من 30 يوليو 1963. وقبل أيام قليلة من القمة، في 27 يوليو 1963، واصل سوكارنو خطابه التحريضي، معلنًا عزمه على "سحق ماليزيا" ( بالإندونيسية : Ganyang Malaysia ). وفي اجتماع مانيلا، وافقت الفلبين وإندونيسيا رسميًا على قبول تشكيل ماليزيا إذا صوتت أغلبية سكان شمال بورنيو وساراواك لصالح ذلك في استفتاء نظمته الأمم المتحدة . بينما كان من المتوقع أن تبدأ بعثة تقصي الحقائق التابعة للأمم المتحدة في 22 أغسطس، أجبرت تكتيكات المماطلة الإندونيسية البعثة على البدء في 26 أغسطس. ومع ذلك، توقعت الأمم المتحدة نشر التقرير بحلول 14 سبتمبر 1963. ^{[ 32 ]}

قبل اجتماع مانيلا، حددت حكومة مالايا يوم 31 أغسطس موعدًا لتأسيس ماليزيا (متزامنًا مع احتفالات مالايا بيوم استقلالها في 31 أغسطس ). إلا أنه خلال مفاوضات مانيلا، أقنعتها حكومتا إندونيسيا والفلبين بتأجيل تأسيس ماليزيا إلى 15 سبتمبر 1963، وهو الموعد الذي كان من المتوقع أن تقدم فيه بعثة الأمم المتحدة تقريرًا حول ما إذا كانت مستعمرتا بورنيو تؤيدان مقترح ماليزيا. ^{[ 33 ]} ومع ذلك، وبعد اختتام محادثات مانيلا، أعلن رئيس وزراء مالايا، تونكو عبد الرحمن، أن الدولة الماليزية المقترحة ستُقام في 16 سبتمبر 1963، متجاهلًا على ما يبدو آخر تقرير للأمم المتحدة. ^{[ 34 ]}

أعلنت شمال بورنيو وساراواك، تحسبًا لتقرير أممي مؤيد لماليزيا، استقلالهما كجزء من ماليزيا في الذكرى السادسة لاستقلال مالايا، في 31 أغسطس 1963، قبل نشر التقرير. ^{[ 32 ]} وفي 14 سبتمبر، نُشر التقرير، مُجددًا تأييده العام للدولة الماليزية المقترحة. تأسست ماليزيا رسميًا في 16 سبتمبر 1963. وردت إندونيسيا على الفور بطرد السفير الماليزي من جاكرتا . وبعد يومين، أحرق مثيرو شغب نظمهم الحزب الشيوعي الإندونيسي السفارة البريطانية في جاكرتا. كما اقتحم مئات من مثيري الشغب السفارة السنغافورية في جاكرتا ومنازل الدبلوماسيين السنغافوريين. وفي ماليزيا، أُلقي القبض على عملاء إندونيسيين، وهاجمت حشود السفارة الإندونيسية في كوالالمبور . ^{[ 35 ]}

على الرغم من تقدم محادثات السلام وتعثرها، واصلت إندونيسيا حملتها للتسلل. في 14 أغسطس، أبلغ أحد رؤساء القبائل عن توغل في صفوف الفرقة الثالثة، وأشارت متابعة لاحقة إلى أن عددهم يبلغ حوالي 50 جنديًا. تلت ذلك سلسلة من الاشتباكات، حيث نشرت كتيبة الغوركا 2/6 دوريات وكمائن، وبعد شهر، قُتل 15 جنديًا وأُسر ثلاثة. أفاد جنود الغوركا بأنهم مدربون تدريبًا جيدًا ويقودهم قادة محترفون، لكن استهلاكهم للذخيرة كان مرتفعًا، وانضباطهم في إطلاق النار كان ضعيفًا. أبلغ الأسرى عن تسلل 300 متسلل آخر في غضون أسبوع، و600 متسلل في غضون أسبوعين. ^{[ 36 ]} كانت معركة لونغ جاواي أول توغل كبير لمركز الفرقة الثالثة، بقيادة الرائد موليونو سورجوواردوجو من سلاح مشاة البحرية الملكية الفلبينية، ^{[ 37 ]} الذي أُرسل إلى نانغابادان في وقت سابق من العام. ^{[ 30 ]} أدى إعلان قيام دولة ماليزيا في سبتمبر 1963 إلى نشر وحدات من الجيش الماليزي في بورنيو البريطانية السابقة، والمعروفة الآن باسم ماليزيا الشرقية. ^{[ 38 ]}

لم يُعزز الهجوم المُتعمّد الذي شنّته القوات الإندونيسية على القوات الماليزية من مكانة سوكارنو "المناهضة للإمبريالية"، على الرغم من محاولة الحكومة الإندونيسية إلقاء اللوم على فيلق الكوماندوز البحري ( KKKO) باعتبارهم مُتحمّسين مثاليين يتصرفون بشكل مُستقل. كما قدّمت الحكومة أزاهاري، الذي ادّعى أن القوات الإندونيسية لم تُشارك في العمليات العسكرية. بعد ذلك، أطلق سوكارنو حملة سلام، وفي أواخر يناير، أعلن استعداده لوقف إطلاق النار (على الرغم من نفيه تورط إندونيسيا المُباشر). بدأت المُحادثات في بانكوك، لكنّ انتهاكات الحدود استمرّت، وسرعان ما فشلت. استؤنفت المُحادثات في منتصف العام في طوكيو، وفشلت في غضون أيام، لكنّها أتاحت الوقت لبعثة تايلاندية لزيارة ساراواك ومُشاهدة جنود إندونيسيين مُجهّزين تجهيزًا جيدًا ينسحبون عبر الحدود، التي كانوا قد عبروها على بُعد مسافة قصيرة في وقت سابق من ذلك اليوم. ^{[ 39 ]}

في غضون ذلك، ازداد قلق القوات المسلحة الإندونيسية بقيادة الفريق أحمد ياني إزاء تدهور الأوضاع الداخلية في إندونيسيا، وبدأت بالتواصل سرًا مع الحكومة الماليزية، في محاولة لعرقلة المواجهة وتقليصها إلى أدنى حد. ^{[ 40 ]} وقد نُفذ هذا الإجراء للحفاظ على جيش منهك بالفعل، والذي كان قد نفذ مؤخرًا عملية تريكورا في غرب غينيا الجديدة، وللحفاظ في الوقت نفسه على موقعه السياسي في الساحة الإندونيسية، لا سيما في مواجهة الحزب الشيوعي الإندونيسي، الداعم المتحمس للمواجهة. ^{[ 41 ]}

في الثالث من مايو/أيار عام ١٩٦٤، وفي خضمّ استمرار الأعمال العدائية، أعلن سوكارنو قيادة الشعب المزدوجة ( دويكورا). تضمنت هذه القيادة دعوة سوكارنو للدفاع عن الثورة الإندونيسية ودعم الثورات في مالايا وسنغافورة وساراواك وصباح بهدف تدمير ماليزيا. وبالتزامن مع إعلان سوكارنو "عام العيش في خطر" خلال احتفالات عيد استقلال إندونيسيا، بدأت القوات الإندونيسية حملة تسلل جوي وبحري إلى شبه الجزيرة الماليزية في ١٧ أغسطس/آب ١٩٦٤. في ذلك اليوم، عبرت قوة بحرية قوامها نحو ١٠٠ فرد، مؤلفة من مظليين من فرقة الاستجابة السريعة التابعة لسلاح الجو ( باسوكان جيراك تجيبات ، PGT) وقوات منظمة كيلبورن (KKO) ونحو اثني عشر شيوعيًا ماليزيًا، مضيق ملقا بالقوارب ، ونزلوا في بونتيان على ثلاث دفعات خلال الليل. ^{[ 42 ]} ولكن بدلاً من استقبالهم كمحررين، تم احتواؤهم من قبل قوات الكومنولث المختلفة، وتم القبض على جميع المتسللين باستثناء أربعة منهم في غضون أيام قليلة. ^{[ 43 ]}

في الثاني من سبتمبر، انطلقت ثلاث طائرات من طراز لوكهيد سي-130 هيركوليز من جاكرتا متجهةً إلى شبه جزيرة ماليزيا ، محلقةً على ارتفاع منخفض لتجنب رصدها بالرادار. وفي الليلة التالية، وصلت طائرتان من طراز سي-130 إلى هدفهما حاملتين مظليين من برنامج التدريب على الإنزال الجوي (PGT)، الذين قفزوا وهبطوا بالقرب من لابيس في جوهور (على بُعد حوالي 160 كيلومترًا (100 ميل) شمال سنغافورة). أما الطائرة المتبقية من طراز سي-130 فقد تحطمت في مضيق ملقا أثناء محاولتها التهرب من اعتراض صاروخ جافلين إف إيه دبليو 9 تابع لسلاح الجو الملكي البريطاني ، والذي أُطلق من قاعدة سلاح الجو الملكي البريطاني في تينغا . ^{[ 42 ]} وبسبب عاصفة رعدية، تشتت المظليون الـ 96 على نطاق واسع، مما أدى إلى هبوطهم بالقرب من كتيبة الغوركا 1/10، التي انضمت إليها الكتيبة الأولى من فوج المشاة الملكي النيوزيلندي (1 RNZIR) المتمركزة بالقرب من ملقا مع اللواء 28 (الكومنولث) . قادت العمليات أربع كتائب ماليزية، لكن استغرق الأمر شهراً كاملاً حتى تمكنت قوات الأمن من القبض على 90 من أصل 96 جندياً مظلياً أو قتلهم، وقُتل رجلان خلال العملية. ^{[ 44 ] [ 45 ] [ 46 ]}

في الثالث من سبتمبر، عقب هجوم لابيس، أعلن يانغ دي-برتوان أغونغ ، ملك ماليزيا، بناءً على نصيحة مجلس الوزراء الماليزي ، حالة الطوارئ في جميع أنحاء البلاد، بهدف تمكين المحاكمة السريعة وتطبيق عقوبة الإعدام على الغزاة الذين يتم أسرهم. ^{[ 47 ] [ 48 ]} وقد أقر مجلس النواب ومجلس الشيوخ في البرلمان الماليزي إعلان حالة الطوارئ في العاشر ^{[ 49 ] [ 50 ] [ 51 ]} والحادي عشر ^{[ 52 ] [ 53 ]} من سبتمبر على التوالي، وأعقب ذلك مباشرةً إقرار قانون الطوارئ (الصلاحيات الأساسية) لعام 1964 في المجلسين. ^{[ 51 ] [ 53 ]}

في غضون ذلك، أدى توسع الصراع الإندونيسي إلى شبه جزيرة ماليزيا إلى اندلاع أزمة مضيق سوندا ، والتي تضمنت عبور حاملة الطائرات البريطانية "إتش إم إس فيكتوريوس" برفقة مدمرتين لمضيق سوندا. وتم تجهيز قوات الكومنولث لشن غارات جوية على مناطق التسلل الإندونيسية في سومطرة في حال محاولة المزيد من التسلل الإندونيسي إلى شبه جزيرة ماليزيا. وشهد الصراع مواجهة متوترة استمرت ثلاثة أسابيع قبل أن يتم حله سلمياً. ^{[ 54 ]}

مع حلول الأشهر الأخيرة من عام ١٩٦٤، بدا أن الصراع قد وصل مجدداً إلى طريق مسدود، حيث تمكنت قوات الكومنولث من كبح جماح حملة التسلل الإندونيسية إلى شرق ماليزيا مؤقتاً، ومؤخراً إلى شبه الجزيرة الماليزية. إلا أن هذا التوازن الهش بدا قابلاً للتغير مرة أخرى في ديسمبر ١٩٦٤ عندما بدأت استخبارات الكومنولث بالإبلاغ عن حشد لقوات التسلل الإندونيسية في كاليمانتان مقابل كوتشينغ، مما أشار إلى احتمال تصعيد الأعمال العدائية. وعلى إثر ذلك، تم نشر كتيبتين بريطانيتين إضافيتين في بورنيو. ^{[ ٥٥ ] [ ٥٦ ]} وفي الوقت نفسه، ونظراً لعمليات الإنزال في ماليزيا واستمرار إندونيسيا في حشد قواتها، وافقت أستراليا ونيوزيلندا أيضاً على بدء نشر قوات قتالية في بورنيو في أوائل عام ١٩٦٥. ^{[ ٥٧ ]}

كانت عملية كلاريت سلسلة طويلة من الغارات السرية عبر الحدود التي نفذتها قوات الكومنولث في بورنيو من يونيو 1964 إلى أوائل عام 1966. وشاركت في هذه الغارات قوات خاصة ، من بينها القوات الجوية الخاصة البريطانية ، وفوج القوات الجوية الخاصة الأسترالي ، والقوات الجوية الخاصة النيوزيلندية ، بالإضافة إلى قوات المشاة النظامية . وخلال المراحل الأولى من النزاع، اقتصرت محاولات قوات الكومنولث والقوات الماليزية على السيطرة على الحدود وحماية المراكز السكانية من الهجمات الإندونيسية. إلا أنه بحلول عام 1965، قررت هذه القوات اتخاذ إجراءات أكثر حزمًا، فعبرت الحدود للحصول على معلومات، ولاحقت المتسللين الإندونيسيين المنسحبين. ^{[ 31 ]} وقد تمت الموافقة على العملية لأول مرة في مايو 1965، ثم وُسّعت لتشمل الكمائن عبر الحدود في يوليو. ^{[ 58 ]}

كانت هذه الدوريات، التي كانت سرية للغاية آنذاك، تشمل في كثير من الأحيان فرق استطلاع صغيرة تعبر الحدود من ولايتي ساراواك أو صباح الماليزيتين إلى كاليمانتان الإندونيسية لرصد القوات الإندونيسية التي توشك على دخول شرق ماليزيا. في البداية، اقتصر التوغل على 2700 متر (3000 ياردة) ، ثم امتد لاحقًا إلى 5500 متر (6000 ياردة) ، ثم إلى 9100 متر (10000 ياردة) بعد معركة بلامان مابو في أبريل 1965. ^{[ 59 ] [ 60 ]} بعد ذلك، وُجِّهت قوات متابعة تقليدية بحجم فصيلة وسرية إلى مواقعها لنصب كمائن للإندونيسيين، إما أثناء عبورهم الحدود أو غالبًا أثناء وجودهم في كاليمانتان. كان من المفترض أن تكون هذه العمليات "قابلة للإنكار"، ونُفِّذت في إطار سياسة "الدفاع الهجومي". ^{[ 58 ]} نظراً لحساسية هذه العمليات والعواقب المحتملة في حال الكشف عنها، فقد تم التحكم بها على أعلى مستوى وإجراؤها ضمن معايير صارمة تُعرف باسم "القواعد الذهبية"، بينما أقسم المشاركون على السرية. ^{[ 61 ]}

نجح كلاريت إلى حد كبير في انتزاع زمام المبادرة لقوات الكومنولث قبل تعليق مشاركته في أواخر الحرب، مما أدى إلى تكبيد الإندونيسيين خسائر فادحة وإبقائهم في موقف دفاعي على جانبهم من الحدود. ^{[ 58 ] [ 62 ]}

في أوائل يناير 1963، كانت القوات العسكرية في شمال بورنيو، التي وصلت في ديسمبر 1962 استجابةً لثورة بروناي، تحت قيادة قائد القوات البريطانية في بورنيو (COMBRITBOR)، اللواء والتر ووكر ، الذي كان مدير عمليات بورنيو (DOBOPS) ومقره جزيرة لابوان ، وكان يرفع تقاريره مباشرةً إلى القائد العام لقوات الشرق الأقصى، الأدميرال السير ديفيد لوس . ^{[ 63 ]} وتم استبدال لوس بشكل روتيني بالأدميرال السير فاريل بيج في أوائل عام 1963. ^{[ 64 ]} وفي منتصف عام 1963، وصل العميد بات غليني، الذي كان يشغل منصب عميد هيئة الأركان العامة في سنغافورة، كنائب لمدير عمليات بورنيو.

كانت السلطة السياسية والعسكرية بيد لجان الطوارئ في ساراواك وشمال بورنيو، بما في ذلك حكامها، الذين كانوا القادة العامين لمستعمراتهم. وفي بروناي، كان هناك مجلس استشاري للدولة مسؤول أمام السلطان. ^{[ 65 ]} بعد الاستقلال، انتقلت السلطة العليا إلى مجلس الدفاع الوطني الماليزي في كوالالمبور، مع لجان تنفيذية في ولايتي صباح وساراواك. أما التوجيه العسكري فكان من لجنة العمليات الوطنية الماليزية، التي يرأسها كل من رئيس أركان القوات المسلحة الماليزية، الفريق أول تونكو عثمان ، والمفتش العام للشرطة، السير كلود فينير. وكان القائد العام للقوات البريطانية في الشرق الأقصى عضوًا فيها. وكان فريق العمليات الخاصة التابع لمكتب الشؤون العسكرية (DOBOPS) يحضر اجتماعاتها بانتظام. ^{[ 66 ]}

شملت القوات البريطانية في بورنيو مقر قيادة اللواء الثالث من قوات الكوماندوز في كوتشينغ، المسؤول عن الجزء الغربي من ساراواك، والفرق الأولى والثانية والثالثة، ومقر قيادة اللواء 99 من مشاة الغوركا في بروناي، المسؤول عن الفرق الشرقية والرابعة والخامسة، وبروناي وصباح. ^{[ 67 ]} وقد انتشرت هذه المقرات من سنغافورة في أواخر عام 1962 استجابةً لثورة بروناي. واقتصرت القوات البرية في البداية على خمس كتائب مشاة بريطانية وغوركا، كانت تتمركز عادةً في مالايا وسنغافورة وهونغ كونغ، ^{[ 68 ]} بالإضافة إلى سرب من السيارات المدرعة. ^{[ 69 ]} كما نشرت الشرطة عدة سرايا من قوات المشاة الخفيفة التابعة لقوات الشرطة الميدانية . ^{[ 70 ]} مع ذلك، ومع توفر موارد إضافية، ازداد حجم القوة المتاحة لووكر، وبحلول نهاية عام 1964، بلغ قوام القوات البريطانية حوالي 14000 جندي موزعين على ثلاث كتائب (زادت إلى أربع في عام 1965). ^{[ 8 ]} أما الجهد البحري، بقيادة قيادة العمليات البحرية، فقد تم توفيره بشكل أساسي بواسطة كاسحات ألغام تُستخدم لدوريات المياه الساحلية والممرات المائية الداخلية الأكبر حول خليج والاس. وتم تمركز سفينة حراسة - فرقاطة أو مدمرة - قبالة تاواو. ^{[ 71 ]}

قبل المواجهة، لم تكن أي وحدات عسكرية بريطانية متمركزة في صباح أو ساراواك. ومع تطور الصراع، ازدادت الحاجة إلى أعداد متزايدة من القوات. كان هناك ثلاثة أنواع من انتشار الجيش البريطاني: الوحدات المتمركزة في الشرق الأقصى لمدة عامين تقوم بجولة واحدة مدتها أربعة أشهر (ينطبق هذا على القوات الأسترالية والنيوزيلندية)؛ ووحدات الغوركا (المتمركزة بشكل دائم في الشرق الأقصى) تقوم بجولات مدتها ستة أشهر، عادةً مرة كل اثني عشر شهرًا؛ والوحدات المتمركزة في المملكة المتحدة (من قيادة الجيش الاستراتيجية ) تقوم بجولات مدتها اثنا عشر شهرًا، تشمل ستة أسابيع من التدريب على حرب الأدغال في شبه جزيرة ماليزيا.

تألف المكون الجوي الأولي المتمركز في بورنيو من وحدات من أسراب متمركزة في مالايا وسنغافورة. وشملت هذه الوحدات طائرات نقل من طراز توين بايونير وسينجل بايونير ، وربما طائرتين أو ثلاث طائرات نقل من طراز بلاكبيرن بيفرلي وهاندلي بيج هاستينغز ، ونحو 12 مروحية من أنواع مختلفة. كان من أوائل "تحديات" ووكر تقليص ترتيبات القيادة والسيطرة المركزية لسلاح الجو الملكي البريطاني، والإصرار على أن يكون توجيه الطائرات للعمليات في بورنيو من قِبَل مقره الرئيسي، وليس من قِبَل مقر قيادة سلاح الجو الملكي البريطاني في الشرق الأقصى في سنغافورة. ^{[ 72 ]} وقدمت طائرات أخرى من أنواع عديدة متمركزة في مالايا وسنغافورة طلعات جوية حسب الحاجة، بما في ذلك دعم النقل الروتيني إلى كوتشينغ ولابوان. وشمل دعم الأجنحة الدوارة 60 مروحية نقل جنود تابعة للبحرية والقوات الجوية، و40 مروحية أخرى أصغر حجماً تابعة للجيش. ^{[ 8 ]}

تم تزويد الدوريات داخل ماليزيا بالإمدادات أثناء تواجدها في الميدان بواسطة مروحيات من طراز ويسكس تابعة للبحرية الملكية ومروحيات من طراز ويرل ويند تابعة لسلاح الجو الملكي البريطاني، حيث كانت تُسقط الإمدادات في البداية من ارتفاع منخفض، ثم لاحقًا بعد أن تُخلي الدوريات منطقة هبوط في الأدغال الكثيفة، كانت تُنقل جوًا. كما أُجريت تجربة نشر مشتركة بين القوات المسلحة لمركبة ويستلاند إس آر إن 5 الهوائية في تاواو تحت قيادة الرائد جون سيمبسون .

إضافةً إلى وحدات القوات البرية والجوية، شاركت بين عامي 1963 و1966 نحو 80 سفينة من البحرية الملكية البريطانية، والبحرية الملكية الأسترالية، والبحرية الملكية الماليزية، والبحرية الملكية النيوزيلندية، والأسطول الملكي المساعد. ^{[ 73 ]} وكانت معظم هذه السفن زوارق دورية، وكاسحات ألغام، وفرقاطات، ومدمرات، تقوم بدوريات على طول الساحل لاعتراض المتمردين الإندونيسيين. كما شاركت إحدى حاملتي الطائرات الكوماندوز، وهما إتش إم إس ألبيون وإتش إم إس بولوارك ، طوال فترة المواجهة، وعادةً ما كانت مهمتها الأساسية نقل القوات والمروحيات والطائرات العسكرية بين سنغافورة وبورنيو. ^{[ 74 ]}

في المراحل الأولى من النزاع، كانت القوات الإندونيسية تحت قيادة الفريق زولكيبلي في بونتياناك، على ساحل كاليمانتان الغربية، على بُعد حوالي 200 كيلومتر (120 ميلًا) من الحدود. وقُدّر عدد المقاتلين الإندونيسيين غير النظاميين، بقيادة ضباط إندونيسيين، بنحو 1500 مقاتل، إلى جانب عدد غير معروف من القوات النظامية وعناصر الدفاع المحلي غير النظامية. وانتشروا على طول الحدود في ثماني وحدات عملياتية، معظمها في مواجهة الفرقتين الأولى والثانية. وكانت لهذه الوحدات أسماء مثل "الصواعق" و"أشباح الليل" و"كاسحات العالم". ^{[ 75 ]} ومع ذلك، ومع تطور النزاع، استُبدل هؤلاء "المتطوعون" سيئو التدريب والتجهيز بوحدات نظامية. ^{[ 76 ]} وازداد عدد القوات الإندونيسية المنتشرة على طول الحدود في كاليمانتان بشكل ملحوظ مع نهاية عام 1964، حيث قُدّر عددها بين 15000 و30000 رجل، بعد أن كان حوالي 2500 رجل في منتصف عام 1964. ^{[ 77 ]}  

كان استخدام المعلومات الاستخباراتية أحد العوامل التي ساهمت في احتواء القوات الإندونيسية . فقد تمكن سلاح الإشارة الملكي من اعتراض اتصالات الجيش الإندونيسي. وقام فيلق الاستخبارات، المتمركز في مقر الاتصالات الحكومية (GCHQ) بمحطات التنصت في سنغافورة، بفك تشفير هذه الاتصالات، ومنها محطة تشيا كينغ التابعة لسلاح الجو الملكي البريطاني، والتي كانت متصلة مباشرة بمقر قيادة القوات الجوية لشرق المملكة المتحدة في قاعدة شانغي الجوية . ويُحتمل أن تكون المعلومات الاستخباراتية المستقاة من هذه المحطات قد استُخدمت في التخطيط لبعض جوانب عمليات كلاريت عبر الحدود.

بعد فترة وجيزة من توليه القيادة في بورنيو، أصدر الجنرال ووكر توجيهًا يسرد فيه مقومات النجاح، استنادًا إلى تجربته في حالة الطوارئ في مالايا :

• العمليات الموحدة (الجيش والبحرية والقوات الجوية تعمل معًا بشكل كامل)
• معلومات دقيقة وفي الوقت المناسب (الحاجة إلى الاستطلاع المستمر وجمع المعلومات الاستخباراتية)
• السرعة، والتنقل، والمرونة
• أمن القواعد
• السيطرة على الغابة
• كسب قلوب وعقول الناس (أضيف هذا بعد عدة أشهر). ^{[ 78 ]}

أدرك ووكر صعوبة محدودية القوات وطول الحدود، وفي أوائل عام 1963، تم تعزيز القوات بسرب من القوات الخاصة البريطانية، والذي كان يتناوب مع سرب آخر في منتصف العام. وعندما اعتمدت القوات الخاصة مؤقتًا دوريات من ثلاثة أفراد بدلًا من أربعة، لم تتمكن من مراقبة الحدود عن كثب. كما اعتُبرت زيادة قدرة المشاة على إنشاء شبكة مراقبة أمرًا ضروريًا.

أنشأ ووكر قوات حرس الحدود، مستندًا إلى قوة كيلابيتس التابعة لهاريسون ، والتي تم حشدها للمساعدة في اعتراض قوات اتحاد نمور التاميل المنسحبة من ثورة بروناي. كما استعان بخبرة مشاة البحرية الملكية، بالإضافة إلى معرفة ومهارة قوات رينجرز ساراواك التي خدمت خلال حالة الطوارئ في مالايا. وقد وافقت حكومة ساراواك على ذلك في مايو/أيار تحت مسمى "الشرطة المساعدة". واختار ووكر المقدم جون كروس، وهو ضابط من الغوركا يتمتع بخبرة واسعة في الأدغال، لهذه المهمة. تم إنشاء مركز تدريب في منطقة نائية في جبل مورات بالفرقة الخامسة، وكان معظم أفراده من القوات الخاصة البريطانية. تم إلحاق حرس الحدود بكتائب المشاة، وتطوروا ليصبحوا قوة لجمع المعلومات الاستخباراتية من خلال استخدام معرفتهم المحلية وعلاقاتهم الأسرية. ^{[ 79 ]} بالإضافة إلى ذلك، تم توسيع فرع الشرطة الخاص، الذي أثبت فعاليته الكبيرة خلال حالة الطوارئ في مالايا في تجنيد مصادر داخل المنظمة الشيوعية. ^{[ 80 ]}

طُوّرت تكتيكات القتال في الأدغال البريطانية وصُقلت خلال حالة الطوارئ في مالايا لمواجهة عدو ماكر ومراوغ. ركزت هذه التكتيكات على السفر بخفة، والتخفي، والبقاء لأيام عديدة دون إعادة التزود بالإمدادات. كان التخفي يعني التزام الصمت (باستخدام الإشارات اليدوية، وتجنب المعدات التي تُصدر أصواتًا مزعجة)، وعدم استخدام العطور - إذ مُنعت مستحضرات التجميل المعطرة (لأنها كانت تُكتشف من مسافة كيلومتر واحد من قِبل المقاتلين الأكفاء في الأدغال)، وأحيانًا تناول الطعام باردًا لتجنب روائح الطهي.

في حوالي عام ١٩٦٢، مع انتهاء الخدمة الوطنية ، أعيد تنظيم كتائب المشاة البريطانية إلى ثلاث سرايا بنادق، وسرية دعم، وسرية قيادة ذات مسؤوليات لوجستية. وضمت قيادة الكتيبة قسم استخبارات. تألفت كل سرية بنادق من ثلاث فصائل، كل فصيلة تضم ٣٢ جنديًا، مُجهزة برشاشات خفيفة وبنادق نصف آلية . أما سرية الدعم، فكانت تضم فصيلة هاون بستة مدافع هاون متوسطة ( عيار ٣ بوصات حتى استُبدلت بمدافع هاون عيار ٨١ ملم في نهاية عام ١٩٦٥ تقريبًا)، مُنظمة في ثلاثة أقسام، مما يسمح بإلحاق قسم بسرية بنادق عند الحاجة. وبالمثل، كانت هناك فصيلة مضادة للدبابات، بالإضافة إلى فصيلة هندسة هجومية . أُلغيت فصيلة الرشاشات، ولكن كان من المُقرر أن يوفر وصول رشاش ٧.٦٢ ملم متعدد الأغراض ، مع مجموعات إطلاق نار مستمر بحوزة كل سرية، قدرة رشاش متوسط. وفي هذه الأثناء، ظل رشاش فيكرز متاحًا. تمثلت الابتكارات في التنظيم الجديد في تشكيل فصيلة الاستطلاع التابعة للكتيبة، ^{[ 81 ]} وفي العديد من الكتائب، كانت فصيلة الاستطلاع تتألف من "رجال مختارين". في بورنيو، كانت قذائف الهاون تُوزع عادةً على سرايا البنادق، وكانت بعض الكتائب تُشغل ما تبقى من سرية الدعم التابعة لها كسرية بنادق أخرى.

كان النشاط الأساسي هو دوريات الفصائل، واستمر هذا النشاط طوال الحملة، حيث كانت الدوريات تُنشر بواسطة المروحيات، وتُنزل وتُسحب بالحبال حسب الحاجة. كانت الحركة عادةً في صف واحد؛ يتناوب القسم المتقدم، ولكنه كان مُنظمًا بكشافين متقدمين، يتبعهما قائده، ثم باقي الكشافة في مجموعة دعم ناري. كانت التدريبات القتالية لـ"الاشتباك الأمامي" (أو الخلفي)، أو "الكمين الأيسر" (أو الأيمن) مُطورة بشكل كبير. ونظرًا لضعف الخرائط، كانت الملاحة بالغة الأهمية؛ ومع ذلك، فإن المعرفة المحلية لكشافة الحدود في بورنيو عوضت عن ضعف الخرائط. لذلك، كانت تُستخدم المسارات أحيانًا إلا إذا كان الكمين مُحتملًا، أو كان هناك احتمال لوجود ألغام. كما تم التعامل مع عبور العوائق مثل الأنهار كتدريب قتالي. وفي الليل، كانت الفصيلة تتحصن في موقع مُحكم مع دفاع شامل.

كان الاشتباك أثناء الحركة ممكنًا دائمًا. مع ذلك، كان الهجوم يتخذ عادةً شكلين: إما مهاجمة معسكر أو نصب كمين. كانت تكتيكات التعامل مع المعسكر تتمثل في حشد مجموعة خلفه ثم الهجوم على مقدمته. لكن الكمائن كانت على الأرجح التكتيك الأكثر فعالية، ويمكن نصبها لعدة أيام. استهدفت الكمائن المسارات، وخاصةً في أجزاء من بورنيو، الممرات المائية. كانت كمائن المسارات قريبة المدى، من 10 إلى 20 مترًا (من 11 إلى 22 ياردة) ، مع منطقة قتل يتراوح طولها عادةً من 20 إلى 50 مترًا (من 22 إلى 55 ياردة) ، اعتمادًا على القوة المتوقعة للهدف. تكمن الحيلة في البقاء متخفيًا عند دخول الهدف منطقة الكمين، ثم فتح النار دفعة واحدة.    

كان الدعم الناري محدودًا خلال النصف الأول من الحملة. فقد انتشرت بطارية كوماندوز خفيفة مزودة بمدافع هاوتزر عيار 105 ملم في بروناي مطلع عام 1963، لكنها عادت إلى سنغافورة بعد بضعة أشهر مع انتهاء عمليات قمع ثورة بروناي. وعلى الرغم من تصاعد الهجمات الإندونيسية بعد قيام ماليزيا، لم تكن هناك حاجة تُذكر للدعم الناري: فمدى المدافع المحدود ( 10 كيلومترات ) ، وقلة توفر المروحيات، ومساحة البلاد الشاسعة، كلها عوامل جعلت من تواجد المدفعية في المكان والزمان المناسبين تحديًا كبيرًا. مع ذلك، عادت بطارية من أحد الفوجين المتمركزين في ماليزيا إلى بورنيو في أوائل إلى منتصف عام 1964. وتناوبت هذه البطاريات على التمركز حتى نهاية المواجهة. وفي أوائل عام 1965، وصل فوج كامل من المملكة المتحدة. إلا أن قصر مدى قذائف الهاون عيار 3 بوصات ووزنها الثقيل جعلا استخدامها محدودًا للغاية.  

اضطرت المدفعية إلى تبني تكتيكات جديدة. نُشرت جميع المدافع تقريبًا في فصائل فردية ضمن قاعدة سرية أو فصيلة. وكان يقود هذه الفصائل أحد ضباط المدفعية الصغار، أو ضباط الصف، أو الرقباء. تألفت كل فصيلة من حوالي عشرة رجال، وتولت إدارة عملياتها الفنية للتحكم في النيران. وكانت تُنقل بواسطة مروحيات ويسكس أو بيلفيدير حسب الحاجة للتعامل مع التوغلات أو عمليات الدعم. كان عدد المراقبين المتقدمين قليلًا، ولكن يبدو أنهم كانوا يرافقون دائمًا عمليات المشاة الاعتيادية ، وأحيانًا عمليات القوات الخاصة. ومع ذلك، نادرًا ما كان مراقبو المدفعية يرافقون الدوريات داخل صباح وساراواك إلا إذا كانوا يلاحقون توغلًا معروفًا وكانت المدافع في المدى. وكانت فرق المراقبة تُقاد دائمًا تقريبًا من قبل ضابط، وتتألف من رجلين أو ثلاثة فقط.

كانت الاتصالات مشكلة؛ إذ لم تُستخدم أجهزة الراديو داخل الفصائل، بل في المؤخرة فقط. وكانت المسافات تتجاوز قدرة أجهزة الراديو المحمولة على الظهر ذات التردد العالي جدًا ( A41 وA42 ، وهما نسختان من AN/PRC 9 و10)، على الرغم من أن استخدام محطات الترحيل أو إعادة البث ساعد حيثما كان ذلك ممكنًا من الناحية التكتيكية. وكان بإمكان قواعد الدوريات استخدام جهاز HF رقم 62 الذي يعود إلى الحرب العالمية الثانية (والذي يتميز بوجود لوحة تحكم عليه مكتوبة باللغتين الإنجليزية والروسية). وحتى وصول جهاز A13 المحمول على الظهر عام 1966، كان جهاز HF الخفيف الوحيد هو جهاز A510 الأسترالي، الذي لم يكن يوفر اتصالًا صوتيًا، بل شفرة مورس فقط.

العمليات النفسية البريطانية

تضمنت هذه التسريبات تصريحًا من مصدر مجهول في وزارة الخارجية البريطانية يفيد بأن قرار عزل الرئيس سوكارنو اتخذه رئيس الوزراء هارولد ماكميلان ، ثم نُفِّذ في عهد رئيس الوزراء هارولد ويلسون . ووفقًا لهذه التسريبات، كانت المملكة المتحدة قد أبدت قلقها بالفعل إزاء إعلان سياسة "المواجهة". ^{[ 82 ]} وزُعم أن مذكرة لوكالة المخابرات المركزية الأمريكية عام 1962 أشارت إلى أن ماكميلان والرئيس الأمريكي جون إف. كينيدي كانا يشعران بقلق متزايد إزاء احتمال اتساع نطاق المواجهة مع ماليزيا، واتفقا على "تصفية الرئيس سوكارنو، تبعًا للظروف والفرص المتاحة". ^{[ 83 ]}

كُشِفَ دور وزارة الخارجية البريطانية وجهاز الاستخبارات البريطاني (MI6) خلال المواجهة في سلسلة من التحقيقات الاستقصائية التي نشرها بول لاشمار وأوليفر جيمس في صحيفة الإندبندنت بدءًا من عام 1997، كما تناولته أيضًا مجلات متخصصة في التاريخ العسكري والاستخباراتي. ولإضعاف النظام، نسّق قسم أبحاث المعلومات التابع لوزارة الخارجية البريطانية عمليات نفسية بالتنسيق مع الجيش البريطاني، لنشر دعاية سوداء تُشوّه صورة الحزب الشيوعي الإندونيسي، والإندونيسيين الصينيين ، وسوكارنو. وكان الهدف من هذه الجهود تكرار نجاحات حملة الحرب النفسية البريطانية خلال حالة الطوارئ في مالايا.

نُسّقت هذه الجهود من المفوضية البريطانية العليا في سنغافورة، حيث نشرت هيئة الإذاعة البريطانية (BBC) ووكالة أسوشيتد برس وصحيفة نيويورك تايمز تقاريرها عن الأزمة في إندونيسيا. ووفقًا لرولاند تشاليس، مراسل هيئة الإذاعة البريطانية الذي كان في سنغافورة آنذاك، كان الصحفيون عرضةً للتلاعب من قِبل إدارة الإيرادات والدفاع الإندونيسية (IRD) بسبب رفض سوكارنو السماح لهم بدخول البلاد: "بطريقة غريبة، جعل سوكارنو المراسلين ضحايا للقنوات الرسمية من خلال منعهم من دخول البلاد، لأن المعلومات التي كان من الممكن الحصول عليها تقريبًا كانت من السفير البريطاني في جاكرتا." ^{[ 82 ]} وشملت هذه التلاعبات تقريرًا لهيئة الإذاعة البريطانية يفيد بأن الشيوعيين يخططون لذبح مواطني جاكرتا. استند هذا الاتهام إلى تزويرٍ دبره نورمان ريدواي ، خبير الدعاية في إدارة الإيرادات والدفاع الإندونيسية. وقد تفاخر لاحقًا في رسالة إلى السفير البريطاني في جاكرتا، السير أندرو جيلكريست ، بأن التقرير "انتشر في جميع أنحاء العالم وعاد أدراجه"، و"أُعيد إلى إندونيسيا على الفور تقريبًا عبر هيئة الإذاعة البريطانية". ^{[ 84 ]} أبلغ جيلكريست نفسه وزارة الخارجية في 5 أكتوبر 1965: "لم أخفِ عنكم قط اعتقادي بأن إطلاق النار في إندونيسيا سيكون خطوة تمهيدية ضرورية للتغيير الفعال." ^{[ 85 ]}

في أبريل/نيسان 2000، أكد دينيس هيلي ، وزير الدفاع آنذاك، أن جهاز الاستخبارات الداخلية (IRD) كان نشطًا خلال تلك الفترة. ونفى رسميًا أي دور لجهاز الاستخبارات البريطاني (MI6)، كما نفى معرفته الشخصية بتسليح بريطانيا للجناح اليميني في الجيش، مع أنه أشار إلى أنه لو وُجدت مثل هذه الخطة، "لكان قد دعمها بالتأكيد". ^{[ 86 ]} ورغم تورط جهاز الاستخبارات البريطاني (MI6) بشكل كبير في هذه الخطة من خلال استخدام جهاز الاستخبارات الداخلية (IRD) (الذي كان يُعتبر مكتبًا تابعًا له)، إلا أن الحكومة البريطانية تنفي رسميًا أي دور للجهاز نفسه، ولم يرفع مكتب مجلس الوزراء السرية عن الوثائق المتعلقة بهذا الأمر حتى الآن . ^{[ 86 ]}

الجيش البريطاني

تم نشر سرب واحد من فوج الخدمة الجوية الخاصة الثاني والعشرين التابع للجيش البريطاني في بورنيو مطلع عام 1963 في أعقاب ثورة بروناي لجمع معلومات استخباراتية في المنطقة الحدودية حول التسلل الإندونيسي. ^{[ 87 ]} استمر الوجود العسكري البريطاني حتى نهاية الحملة. ونظرًا لوجود حدود تمتد على مسافة 1563 كيلومترًا (971 ميلًا) ، لم يكن بإمكانهم التواجد في كل مكان، وفي ذلك الوقت، لم يكن لدى فوج الخدمة الجوية الخاصة الثاني والعشرين سوى ثلاثة أسراب. كما تواجدت أيضًا وحدة الخدمة البحرية الخاصة (SBS) التابعة لقوات الكوماندوز البحرية الملكية، وكان لديها قسمان متمركزان في سنغافورة. ^{[ 88 ]} تم نشر المقر التكتيكي لفوج الخدمة الجوية الخاصة الثاني والعشرين في كوتشينغ عام 1964 للسيطرة على جميع عمليات الخدمة الجوية الخاصة ووحدة الخدمة البحرية الخاصة. ^{[ 89 ] [ 90 ]} تفاقم نقص أفراد الخدمة الجوية الخاصة ووحدة الخدمة البحرية الخاصة بسبب الحاجة الماسة إليهم في جنوب الجزيرة العربية، وهي مهمة بالغة الصعوبة في ظل ظروف قاسية ضد خصم ماكر وعدواني. 

كان الحل هو إنشاء وحدات جديدة لبورنيو. أول من تم توظيفها في بورنيو كانت فصيلة الاستطلاع التابعة لسرية المظليين المستقلة للحرس، والتي كانت موجودة بالفعل كقوة استطلاع تابعة للواء المظليين السادس عشر. بعد ذلك، تم تشكيل سرية المظليين المستقلة من الغوركا. ^{[ 91 ]} كما تم استخدام أقسام من قوات الخدمة البحرية الخاصة (SBS)، ولكن في الغالب لمهام برمائية. ^{[ 92 ]} وأخيرًا، شكلت كتائب فوج المظليين سرايا دوريات (السرية ج في الفوج الثاني والسرية د في الفوج الثالث). ^{[ 93 ]} تحسن الوضع في عام 1965 عندما وافقت حكومتا أستراليا ونيوزيلندا على إمكانية استخدام قواتهما في بورنيو، مما مكّن أسراب القوات الخاصة الأسترالية والنيوزيلندية من التناوب في بورنيو. ^{[ 94 ]}

كانت أنشطة القوات الخاصة البريطانية (SAS) في معظمها عبارة عن دوريات استطلاع ومراقبة سرية تقوم بها فرق مكونة من أربعة أفراد. ومع ذلك، نُفذت بعض عمليات المداهمة واسعة النطاق، بما في ذلك عمليات إنزال برمائية نفذتها وحدة العمليات الخاصة البحرية (SBS). وبمجرد الموافقة على عمليات كلاريت، تركزت معظم العمليات داخل كاليمانتان، على الرغم من أنهم نفذوا عمليات عبر الحدود قبل عمليات كلاريت منذ أوائل عام 1964 تقريبًا. ^{[ 95 ]}

بحلول نهاية عام ١٩٦٥، وصل الصراع إلى طريق مسدود. كان الرئيس الفلبيني المنتخب حديثًا، فرديناند ماركوس ، حريصًا على تخفيف حدة التوتر، واختلف إلى حد ما عن سلفه في عدم سعيه الحثيث وراء مطالبة شمال صباح. وبذلك، خططت الحكومة الجديدة للاعتراف باتحاد ماليزيا. في الخامس من فبراير، أُعلن أن الفلبين ستُبلغ إندونيسيا قبل يوم واحد من تطبيع علاقاتها مع كوالالمبور. وفي ظل عزلتها التامة، ندد سوكارنو بتصرفات ماركوس في خطابه، الأمر الذي أثار دهشة مانيلا. وأدى خطاب سوكارنو إلى موجة جديدة من التعهدات بدعم المواجهة، حيث نددت منظمات شبابية ودينية بخطة ماركوس. ^{[ ٩٦ ]}

"إذا أراد ماركوس مساعدة ماليزيا، فهذا شأنه، لكننا سنواصل سحق ماليزيا، حتى لو اضطررنا إلى القتال بمفردنا."

بدأ التوتر يخفّ في عام 1965 عقب صراع سياسي داخلي في إندونيسيا. ففي الأول من أكتوبر/تشرين الأول 1965، اختُطف عدد من كبار جنرالات الجيش وقُتلوا في محاولة انقلابية نُسبت إلى الحزب الشيوعي الإندونيسي ، والتي قمعها الجيش بقيادة الجنرال سوهارتو سريعًا. ونجا الجنرال ناسوتيون بأعجوبة من خاطفيه. وفي خضم الفوضى التي أعقبت ذلك، وافق سوكارنو على السماح لسوهارتو بتولي القيادة والسيطرة الطارئة على جاكرتا والقوات المسلحة المتمركزة هناك. وُجّهت أصابع الاتهام في محاولة الانقلاب الفاشلة إلى الحزب الشيوعي الإندونيسي ، وفي الأسابيع والأشهر اللاحقة، اندلعت حملة سجن وإعدام خارج نطاق القانون لأعضاء الحزب والمتعاطفين معه في جميع أنحاء جاكرتا وإندونيسيا. ^{[ 97 ]} ومع ترسيخ سوهارتو قبضته على السلطة في جاكرتا وإندونيسيا، بدأ نطاق وكثافة حملة التسلل الإندونيسية إلى شرق بورنيو بالتراجع. ^{[ 98 ]}

ومع ذلك، استمرت عمليات كلاريت، وفي مارس، شاركت كتيبة من الغوركا في بعض من أعنف معارك الحملة خلال غارتين على كاليمانتان. ^{[ 99 ]} استمرت العمليات المحدودة للقوات الإندونيسية في المنطقة الحدودية، بما في ذلك محاولة إطلاق نار مضاد على  موقع مدفع عيار 105 ملم في اللواء المركزي (أفادت تقارير من السكان المحليين أن نيران الرد البريطانية قد أسقطت المدفع الإندونيسي، الذي يُعتقد أنه عيار 76  ملم).

بعد هذا التغيير في القيادة ، تراجع اهتمام إندونيسيا بمواصلة المواجهة وانخفض النشاط العسكري. ^{[ 100 ]} وقد باءت بالفشل جهود سابقة بذلتها اليابان وتايلاند والفلبين للتوسط بين عامي 1964 و1965. وفي أبريل 1966، بدأت القيادة الإندونيسية الجديدة تُبدي انفتاحها على محادثات السلام، التي انطلقت رسميًا.

في الوقت الذي بدأت فيه حالة الجمود السياسي في إندونيسيا بالاستقرار (بعد أن أوقفت عملية كبيرة لقوات الدفاع الذاتي الريفية للقبض على سجين بريطاني)، تواصلت قوات الدفاع الذاتي الريفية مع قوات المقاومة الشعبية لتشكيل قوات حرب عصابات في صباح وساراواك. لم تتجاوز جهود صباح الحدود، إلا أن مجموعتين دخلتا ساراواك في فبراير ومايو وحصلتا على دعم من المتعاطفين المحليين. صمدت المجموعة الأولى، رغم خسائرها في عدة مواجهات، حتى يونيو، ثم انسحبت فور سماعها بنبأ انتهاء المواجهة. كما تمكن الناجون من المجموعة الثانية، بعد احتكاكهم بالقوات الأسترالية، من العودة إلى إندونيسيا. ^{[ 101 ]}

كان التوغل الإندونيسي الأخير في شهري مايو ويونيو. رُصدت دلائل على عبور قوة كبيرة إلى اللواء المركزي. بلغ قوامها نحو 80 جنديًا، معظمهم من المتطوعين، بقيادة الملازم سومبي (أو سومبي) وفريق من سرية المغيرين 600. تحركوا بسرعة نحو بروناي، بينما كانت كتيبة الغوركا 1/7 تلاحقهم وتنصب لهم كمائن؛ وتم حصر معظمهم. ردًا على ذلك، شُنّت عملية كلاريت الأخيرة، والتي كانت عبارة عن كمين مدفعي ناجح نفذته بطارية المدفعية الخفيفة 38.

في 28 مايو، وخلال مؤتمر عُقد في بانكوك ، أعلنت حكومتا ماليزيا وإندونيسيا انتهاء النزاع. مع ذلك، لم يكن واضحًا ما إذا كان سوهارتو يسيطر سيطرة كاملة على إندونيسيا (بدلًا من سوكارنو)، ولم يكن بالإمكان التراخي في حالة التأهب في بورنيو. وبحلول يونيو، اتفق الطرفان مبدئيًا على تسوية سلمية، عقب اجتماعات بين نائب رئيس الوزراء الماليزي تون عبد الرزاق ووزير الخارجية الإندونيسي آدم مالك . ^{[ 97 ]}

بتعاون سوهارتو، وُقِّعت معاهدة سلام في 11 أغسطس/آب، وصُدِّقت بعد يومين، ^{[ 8 ]} منهيةً بذلك الحرب غير المعلنة. ^{[ 102 ] [ 103 ] [ 104 ]} نصّت المعاهدة على وقف الأعمال العدائية، والعودة الفورية للعلاقات الدبلوماسية، وإتاحة الفرصة لشعبي صباح وساراواك لإعادة تأكيد مكانتهما داخل ماليزيا عبر العمليات الديمقراطية.

بلغت قوات الكومنولث البريطاني ذروتها عند 17000 جندي منتشرين في بورنيو، مع وجود 10000 جندي آخرين متاحين في مالايا وسنغافورة. ^{[ 8 ]}

بلغ إجمالي الخسائر العسكرية في دول الكومنولث البريطاني 280 قتيلاً و180 جريحاً، وكان معظمهم من البريطانيين. ^{[ 8 ]} وبلغت خسائر الغوركا 43 قتيلاً و83 جريحاً، بينما بلغت الخسائر في صفوف القوات المسلحة البريطانية الأخرى 19 قتيلاً و44 جريحاً. أما الخسائر الأسترالية فبلغت 16 قتيلاً، منهم 7 قتلى في المعارك، و9 جرحى. وبلغت خسائر نيوزيلندا 7 قتلى و7 جرحى أو مصابين. ^{[ 112 ] [ 113 ]} أما الخسائر المتبقية فكانت من الجيش الماليزي والشرطة وقوات حرس الحدود. ووقع عدد كبير من الخسائر البريطانية في حوادث طائرات الهليكوبتر، بما في ذلك تحطم طائرة بيلفيدير الذي أودى بحياة العديد من قادة القوات الخاصة البريطانية ومسؤول في وزارة الخارجية، يُحتمل أنه كان عضواً في جهاز الاستخبارات البريطاني MI6. كما أسفر تصادم طائرة ويسيكس عن مقتل عدد من رجال الكتيبة الثانية للمظليين، وتحطم طائرة ويستلاند سكاوت في 16 يوليو 1964، بالقرب من مطار كلوانج، مما أسفر عن مقتل اثنين من أفراد الطاقم من السرب 656 التابع لسلاح الجو الملكي البريطاني. وأخيرًا، في أغسطس/آب 1966، ظلّ جنديان بريطانيان وجنديان أستراليان في عداد المفقودين، ويُفترض أنهم لقوا حتفهم، حيث يُرجّح أن الأستراليين (كلاهما من قوات العمليات الخاصة الأسترالية) قد غرقا أثناء عبورهما نهرًا متضخمًا. ^{[ 114 ]} وبعد نحو عشرين عامًا، عُثر على رفات أحد أفراد مشاة البحرية الملكية. وبلغ إجمالي عدد القتلى المدنيين 36، والجرحى 53، والأسرى 4، وكان معظمهم من السكان المحليين. ^{[ 8 ]}

قُدِّرت الخسائر الإندونيسية بما يتراوح بين 590 و2300 قتيل، و222 جريحًا، و771 أسيرًا. ^{[ 8 ] [ 115 ]}

حصل عدد من جنود الكومنولث البريطاني على أوسمة شجاعة لأعمالهم خلال الحملة. ولم تُمنح أي أوسمة صليب الطيران المتميز أو أوسمة بحرية.

تم منح جميع أفراد الجيش أو الشرطة الإندونيسية المشاركين في النزاع وسام حملة شمال بورنيو العسكرية ( Satyalancana Wira Dharma )، ^{[ 116 ] [ 117 ]} وتم تكريم اثنين من مشاة البحرية الإندونيسية ( عثمان وهارون ) كأبطال قوميين لإندونيسيا .