الميكروبيوم البشري

رسم بياني يوضح الميكروبات الموجودة على جلد الإنسان ، مع توضيح الانتشار النسبي لأنواع مختلفة من البكتيريا
رسم تخطيطي للميكروبات الموجودة في الجهاز الهضمي البشري موضح في مناطق مختلفة

الميكروبيوم البشري هو مجموع جميع الكائنات الحية الدقيقة التي تعيش على أو داخل أنسجة وسوائل الجسم البشري ، بالإضافة إلى المواقع التشريحية المقابلة لها، [ 1 ] [ 2 ] بما في ذلك الجهاز الهضمي ، والجلد ، والغدد الثديية ، والسائل المنوي ، والرحم ، وحويصلات المبيض ، والرئة ، واللعاب ، والغشاء المخاطي للفم ، وسطح العين ، والقناة الصفراوية [ 3 ] . تشمل أنواع الميكروبات البشرية البكتيريا ، والعتائق ، والفطريات ، والطلائعيات ، والفيروسات . على الرغم من أن الحيوانات الدقيقة يمكن أن تعيش أيضًا على جسم الإنسان، إلا أنها تُستثنى عادةً من هذا التعريف. في سياق علم الجينوم ، يُستخدم مصطلح الميكروبيوم البشري أحيانًا للإشارة إلى الجينومات الجماعية للكائنات الحية الدقيقة المقيمة؛ [ 4 ] ومع ذلك، فإن مصطلح الميتاجينوم البشري له نفس المعنى. [ 1 ]

يستضيف جسم الإنسان العديد من الكائنات الدقيقة، حيث يتساوى تقريبًا عدد الخلايا غير البشرية مع عدد الخلايا البشرية. [ 5 ] بعض الكائنات الدقيقة التي يستضيفها الإنسان هي كائنات تعايشية ، أي أنها تتعايش معه دون أن تضره أو تنفعه؛ بينما تربط البعض الآخر علاقة تكافلية مع مضيفيها من البشر، حيث يستفيد كلا الطرفين. [ 4 ] : ​​700 [ 6 ] في المقابل، يمكن لبعض الكائنات الدقيقة غير الممرضة أن تضر بمضيفيها من البشر عبر نواتجها الأيضية ، مثل ثلاثي ميثيل أمين ، الذي يحوله جسم الإنسان إلى ثلاثي ميثيل أمين N- أكسيد عبر الأكسدة بوساطة إنزيم FMO3 . [ 7 ] [ 8 ] تؤدي بعض الكائنات الدقيقة وظائف معروفة بفائدتها لمضيف الإنسان، لكن دور معظمها غير مفهوم جيدًا. أما تلك التي يُتوقع وجودها، والتي لا تسبب المرض في الظروف الطبيعية، فتُعتبر أحيانًا من الفلورا الطبيعية أو الميكروبات الطبيعية . [ 4 ]

تولى مشروع الميكروبيوم البشري (HMP) مهمة تسلسل جينوم الميكروبات البشرية، مع التركيز بشكل خاص على الميكروبات التي تستوطن عادةً الجلد والفم والأنف والجهاز الهضمي والمهبل. [ 4 ] وقد حقق المشروع إنجازًا هامًا في عام 2012 عندما نشر نتائجه الأولية. [ 9 ]

مصطلحات

- 4500  
- 4000  
- 3500  
- 3000  
- 2500  
٢٠٠٠ - 
- 1500  
- 1000  
- 500  
٠  
 
 
 
 
 
 
 
 
 

على الرغم من شيوع استخدام مصطلحي "فلورا" أو "ميكروفلورا" ، إلا أن هذا المصطلح غير دقيق من الناحية التقنية، إذ يشير مصطلح "فلورا" إلى النباتات، بينما يشير مصطلح " بيوتا" إلى مجمل الكائنات الحية في نظام بيئي معين. ومؤخرًا، شاع استخدام مصطلح "ميكروبيوتا" الأكثر دقة ، مع أن استخدامه لم يطغى على الاستخدام الراسخ لمصطلح " فلورا" فيما يتعلق بالبكتيريا والكائنات الدقيقة الأخرى. ويُستخدم كلا المصطلحين في مختلف المراجع العلمية. [ 6 ]

الأرقام النسبية

يُقدّر عدد الخلايا البكتيرية في جسم الإنسان بحوالي 38 تريليون خلية، بينما يُقدّر عدد الخلايا البشرية بحوالي 30 إلى 40 تريليون خلية. [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] ويُقدّر عدد الجينات البكتيرية بمليوني جين، أي ما يعادل 100 ضعف عدد الجينات البشرية البالغ عددها حوالي 20,000 جين . [ 14 ] [ 15 ] [ 16 ]

تقييم

مخطط انسيابي يوضح كيفية دراسة الميكروبيوم البشري على مستوى الحمض النووي.

تكمن مشكلة فهم الميكروبيوم البشري أساسًا في تحديد الأعضاء العديدة لمجتمع ميكروبي متنوع، يشمل البكتيريا وحقيقيات النوى والفيروسات. [ 17 ] ويتم ذلك بشكل أساسي باستخدام دراسات تعتمد على الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين (DNA)، مع إجراء دراسات أخرى تعتمد على الحمض النووي الريبوزي (RNA) والبروتينات والمستقلبات. [ 17 ] [ 18 ] ويمكن تصنيف دراسات الميكروبيوم القائمة على الحمض النووي عادةً إلى دراسات تضخيم مستهدفة، أو دراسات ميتاجينومية شاملة ، والتي ظهرت مؤخرًا . تركز الأولى على جينات محددة معروفة، وتُعدّ مفيدة بشكل أساسي من الناحية التصنيفية، بينما تمثل الثانية نهجًا ميتاجينوميًا شاملًا، يمكن استخدامه أيضًا لدراسة الإمكانات الوظيفية للمجتمع الميكروبي. [ 17 ] ومن التحديات التي تواجه دراسات الميكروبيوم البشري، دون غيرها من الدراسات الميتاجينومية، تجنب تضمين الحمض النووي للمضيف في الدراسة. [ 19 ]

إلى جانب توضيح تركيبة الميكروبيوم البشري، يُعدّ أحد أهمّ الأسئلة المتعلقة به هو ما إذا كان هناك "نواة"، أي ما إذا كانت هناك مجموعة فرعية من الميكروبات مشتركة بين معظم البشر. [ 20 ] [ 21 ] إذا وُجدت نواة، فسيكون من الممكن ربط تركيبات معينة من الميكروبات بحالات مرضية، وهو أحد أهداف مشروع الميكروبيوم البشري (HMP). من المعروف أن الميكروبيوم البشري (مثل ميكروبات الأمعاء) شديد التباين سواءً داخل الفرد الواحد أو بين الأفراد المختلفين، وهي ظاهرة لوحظت أيضًا في الفئران. [ 6 ]

في 13 يونيو 2012، أعلن مدير المعاهد الوطنية للصحة (NIH)، فرانسيس كولينز ، عن إنجازٍ هام لمشروع الميكروبيوم البشري (HMP) . [ 9 ] وتزامن هذا الإعلان مع نشر سلسلة من المقالات المنسقة في مجلة Nature [ 22 ] [ 23 ] والعديد من المجلات التابعة لمكتبة العلوم العامة (PLoS) في اليوم نفسه. من خلال رسم خريطة التركيب الميكروبي الطبيعي للبشر الأصحاء باستخدام تقنيات تسلسل الجينوم، أنشأ باحثو مشروع الميكروبيوم البشري قاعدة بيانات مرجعية وحددوا نطاق التباين الميكروبي الطبيعي لدى البشر. جُمعت أكثر من 5000 عينة من 242 متطوعًا أمريكيًا سليمًا، من 15 موقعًا في الجسم لدى الرجال و18 موقعًا لدى النساء، بما في ذلك الفم والأنف والجلد والأمعاء الغليظة (البراز) والمهبل. وخضعت جميع عينات الحمض النووي، البشري والميكروبي، للتحليل باستخدام أجهزة تسلسل الحمض النووي. واستُخرجت بيانات الجينوم الميكروبي من خلال تحديد الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي الخاص بالبكتيريا، 16S rRNA . وقد حسب الباحثون أن أكثر من 10000 نوع من الميكروبات تعيش في النظام البيئي البشري، وقد حددوا 81-99% من الأجناس . [ 24 ]

تحليل ما بعد المعالجة

يُعد التحليل الإحصائي ضروريًا للتحقق من صحة النتائج التي تم الحصول عليها ( يمكن استخدام تحليل التباين لتحديد حجم الاختلافات بين المجموعات)؛ وعند اقترانه بالأدوات الرسومية، يصبح من السهل تصور النتائج وفهمها. [ 25 ]

بمجرد تجميع الميتاجينوم، يصبح من الممكن استنتاج الإمكانات الوظيفية للميكروبيوم. تُعدّ التحديات الحسابية لهذا النوع من التحليل أكبر من تلك الخاصة بالجينومات المفردة، لأن مُجمِّعات الميتاجينوم عادةً ما تكون ذات جودة أقل، والعديد من الجينات المُسترجعة غير مكتملة أو مُجزأة. بعد خطوة تحديد الجينات، يُمكن استخدام البيانات لإجراء توصيف وظيفي من خلال مُحاذاة متعددة للجينات المستهدفة مع قواعد بيانات الجينات المُتماثلة . [ 26 ]

تحليل الجينات الواسمة

تحليل الجينات المؤشرة هو تقنية تستخدم البادئات لاستهداف منطقة جينية محددة، مما يُمكّن من تحديد السلالات الميكروبية . تتميز هذه المنطقة الجينية بمنطقة شديدة التباين، مما يُتيح تحديدًا دقيقًا؛ وهي مُحددة بمناطق محفوظة، تعمل كمواقع ارتباط للبادئات المستخدمة في تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) . الجين الرئيسي المُستخدم لتوصيف البكتيريا والعتائق هو جين 16S rRNA ، بينما يعتمد تحديد الفطريات على الفاصل الداخلي المنسوخ (ITS). هذه التقنية سريعة وغير مكلفة نسبيًا، وتُمكّن من تصنيف العينة الميكروبية بدقة منخفضة. وهي مثالية للعينات التي قد تكون مُلوثة بحمض نووي من العائل. يختلف تقارب البادئات بين جميع تسلسلات الحمض النووي، مما قد يؤدي إلى تحيزات أثناء تفاعل التضخيم. العينات منخفضة الوفرة عُرضة لأخطاء التضخيم الزائد، نظرًا لزيادة تمثيل الكائنات الدقيقة المُلوثة الأخرى مع زيادة دورات تفاعل البوليميراز المتسلسل. يمكن أن يساعد تحسين اختيار البادئات في تقليل هذه الأخطاء، على الرغم من أنه يتطلب معرفة كاملة بالكائنات الحية الدقيقة الموجودة في العينة ووفرتها النسبية. [ 27 ]

يمكن أن يتأثر تحليل الجينات الواسمة باختيار البادئات؛ لذا يُفضّل في هذا النوع من التحليل استخدام بروتوكول مُدقّق وموثوق (مثل البروتوكول المُستخدم في مشروع ميكروبيوم الأرض). تتمثل الخطوة الأولى في تحليل تضخيم الجينات الواسمة في إزالة أخطاء التسلسل. على الرغم من موثوقية العديد من منصات التسلسل، إلا أن معظم التنوع الظاهري في التسلسل لا يزال ناتجًا عن أخطاء أثناء عملية التسلسل. وللحد من هذه الظاهرة، يتمثل النهج الأول في تجميع التسلسلات في وحدات تصنيفية تشغيلية (OTUs): حيث تُدمج هذه العملية التسلسلات المتشابهة (عادةً ما يُعتمد عتبة تشابه بنسبة 97%) في سمة واحدة يمكن استخدامها في خطوات التحليل اللاحقة. مع ذلك، قد تستبعد هذه الطريقة تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) لأنها ستُجمّع في وحدة تصنيفية تشغيلية واحدة. ثمة نهج آخر هو التنميط القليل ، والذي يتضمن معلومات خاصة بالموقع من تسلسل الحمض النووي الريبوزي 16S للكشف عن اختلافات النوكليوتيدات الصغيرة والتمييز بين التصنيفات المتقاربة والمختلفة. تُنتج هذه الطرق جدولًا لتسلسلات الحمض النووي وعدد التسلسلات المختلفة لكل عينة بدلاً من وحدات التصنيف التشغيلي (OTU). [ 27 ]

تتمثل إحدى الخطوات المهمة الأخرى في التحليل في إسناد اسم تصنيفي لتسلسلات الميكروبات في البيانات. ويمكن القيام بذلك باستخدام أساليب التعلم الآلي التي تصل دقتها على مستوى الجنس إلى حوالي 80%. كما توفر حزم برامج التحليل الشائعة الأخرى دعمًا للتصنيف التصنيفي باستخدام التطابقات التامة مع قواعد البيانات المرجعية، مما يوفر دقة أعلى، ولكن حساسية أقل. وينبغي فحص الكائنات الدقيقة غير المصنفة بحثًا عن تسلسلات العضيات. [ 27 ]

التحليل الوراثي

تستخدم العديد من الطرق التي تستغل الاستدلال التطوري جين 16SRNA للبكتيريا والعتائق، وجين 18SRNA للكائنات حقيقية النوى. وتعتمد طرق المقارنة التطورية (PCMs) على مقارنة سمات متعددة بين الكائنات الدقيقة، حيث يرتبط ارتفاع عدد السمات المشتركة بعلاقات أوثق. عادةً ما تُدمج طرق المقارنة التطورية مع طريقة المربعات الصغرى المعممة التطورية (PGLS) أو تحليلات إحصائية أخرى للحصول على نتائج أكثر دلالة. يُستخدم إعادة بناء الحالة السلفية في دراسات الميكروبيوم لتقدير قيم السمات للتصنيفات التي تُعرف سماتها. ويتم ذلك عادةً باستخدام برنامج PICRUSt ، الذي يعتمد على قواعد البيانات المتاحة. يختار الباحثون المتغيرات التطورية وفقًا لنوع الدراسة: فمن خلال اختيار بعض المتغيرات ذات المعلومات البيولوجية المهمة، يُمكن تقليل حجم البيانات المراد تحليلها. [ 28 ]

عادةً ما تُجرى عملية حساب المسافة مع مراعاة العلاقات التطورية باستخدام UniFrac أو أدوات مشابهة، مثل مؤشر سورنسن أو مؤشر راو D، لتحديد الاختلافات بين المجتمعات المختلفة. تتأثر جميع هذه الطرق سلبًا بانتقال الجينات الأفقي ، إذ قد تُنتج أخطاءً وتؤدي إلى ربط الأنواع المتباعدة. توجد طرق مختلفة للحد من التأثير السلبي لانتقال الجينات الأفقي، بما في ذلك استخدام جينات متعددة أو أدوات حسابية لتقييم احتمالية حدوث انتقال الجينات الأفقي. [ 28 ]

تحليل الشبكة البيئية

تتطور المجتمعات الميكروبية ضمن ديناميكية بالغة التعقيد، يمكن النظر إليها وتحليلها كنظام بيئي. وتتحكم التفاعلات البيئية بين الميكروبات في تغيرها وتوازنها واستقرارها، ويمكن تمثيلها بنموذج ديناميكي للسكان. [ 29 ] تشهد الدراسات الجارية للخصائص البيئية للميكروبيوم نموًا سريعًا، مما يسمح لنا بفهم خصائصه الأساسية. وقد يُسهم فهم القواعد الكامنة وراء المجتمعات الميكروبية في علاج الأمراض المرتبطة بعدم استقرار هذه المجتمعات. ومن الأسئلة الأساسية: هل يمتلك البشر المختلفون، الذين يتشاركون مجتمعات ميكروبية مختلفة، نفس الديناميكيات الميكروبية الأساسية؟ [ 30 ] وتدعم أدلة متزايدة فكرة أن الديناميكيات الميكروبية عالمية. [ 31 ] ويُعد هذا السؤال خطوة أساسية تُمكّن العلماء من تطوير استراتيجيات علاجية، استنادًا إلى الديناميكيات المعقدة للمجتمعات الميكروبية البشرية. وهناك العديد من الخصائص المهمة التي ينبغي مراعاتها عند تطوير استراتيجيات التدخل للسيطرة على الديناميكيات الميكروبية البشرية، بهدف الحد من الحالات المرضية المتأثرة بالميكروبات. [ 32 ]

الأنواع

البكتيريا

آلية التفاعل بين الكائنات المتعايشة والممرضة، والتي تكمن وراء الالتهاب في مرض الانسداد الرئوي المزمن. يتميز ظهارة المسالك الهوائية ببنية معقدة، تتكون من سبعة أنواع مختلفة على الأقل من الخلايا تتفاعل فيما بينها عبر روابط محكمة. تستطيع الخلايا الظهارية إيصال بعض الإشارات إلى الأنسجة الكامنة، مشاركةً في آليات الدفاع المناعي الفطري والتكيفي، إلا أن الخلايا المتغصنة هي الناقل الرئيسي لهذه الإشارات. بمجرد أن تُفعّل بكتيريا ممرضة (مثل المكورات الرئوية ، الزائفة الزنجارية ) مستقبلات التعرف على الأنماط الخاصة الموجودة على/داخل الخلايا الظهارية، يتم تنشيط مسارات الإشارات الالتهابية. ينتج عن ذلك بشكل رئيسي إنتاج الإنترلوكين-1، والإنترلوكين-6، والإنترلوكين-8. تحفز هذه السيتوكينات انجذاب الخلايا المستهدفة (مثل العدلات، والخلايا المتغصنة، والبلعميات) نحو موقع العدوى. من ناحية أخرى، تُسبب الكائنات الحية الدقيقة الطبيعية إشارات ضعيفة فقط، لا تُحفز الالتهاب. إن آلية التمييز بين البكتيريا الضارة وغير الضارة على المستويين الجزيئي والفسيولوجي غير مفهومة تماماً.

تستوطن مجموعات من الميكروبات (مثل البكتيريا والخمائر ) الجلد والأغشية المخاطية في أجزاء مختلفة من الجسم. ويُعدّ دورها جزءًا من وظائف الجسم الطبيعية والصحية، إلا أنه إذا تجاوزت أعداد الميكروبات نطاقاتها الطبيعية (غالبًا بسبب ضعف جهاز المناعة) ، أو إذا استوطنت الميكروبات (كما في حالة سوء النظافة أو الإصابة) مناطق من الجسم غير معقمة أو غير مستوطنة عادةً (مثل الدم، أو الجهاز التنفسي السفلي، أو تجويف البطن)، فقد ينتج عن ذلك أمراض (مسببةً، على التوالي، تجرثم الدم/الإنتان، والالتهاب الرئوي، والتهاب الصفاق). [ 33 ]

أظهر مشروع الميكروبيوم البشري أن الأفراد يحملون آلاف الأنواع من البكتيريا، حيث تتميز كل منطقة من الجسم بمجتمعاتها البكتيرية الخاصة. وقد أظهرت مناطق الجلد والمهبل تنوعًا أقل من الفم والأمعاء، اللذين أظهرا أعلى مستويات التنوع. ويختلف التركيب البكتيري لموقع معين في الجسم من شخص لآخر، ليس فقط في النوع، بل أيضًا في الوفرة. فالبكتيريا من النوع نفسه الموجودة في جميع أنحاء الفم تنتمي إلى أنواع فرعية متعددة، وتفضل الاستيطان في مواقع مختلفة تمامًا داخل الفم. حتى الأنماط المعوية في الأمعاء البشرية، التي كان يُعتقد سابقًا أنها مفهومة جيدًا، تنتمي إلى طيف واسع من المجتمعات ذات حدود تصنيفية غير واضحة. [ 34 ] [ 35 ]

تشير التقديرات إلى أن ما بين 500 إلى 1000 نوع من البكتيريا تعيش في أمعاء الإنسان، ولكنها تنتمي إلى عدد قليل من الشعب: تهيمن شعبة العصيات وشعبة البكتيريا ، ولكن هناك أيضًا شعبة الزائفة ، وشعبة الميكروبات الثمرية ، وشعبة الأكتينوبكتيريا ، وشعبة الفيوزوبكتيريا ، وشعبة البكتيريا الزرقاء . [ 36 ]

تعيش أنواع عديدة من البكتيريا، وخاصةً المكورات العقدية الطافرة وغيرها من اللاهوائيات ، في الفم، حيث تُشكّل جزءًا من مادة لزجة تُسمى البلاك . إذا لم تتم إزالة هذه المادة بالفرشاة، فإنها تتصلب مُشكّلةً الجير. كما تُفرز هذه البكتيريا نفسها أحماضًا تُذيب مينا الأسنان ، مُسببةً تسوس الأسنان . [ 37 ]

تتكون الميكروبات المهبلية في الغالب من أنواع مختلفة من بكتيريا اللاكتوباسيلس . ساد الاعتقاد لفترة طويلة بأن أكثر هذه الأنواع شيوعًا هو اللاكتوباسيلس أسيدوفيلس ، ولكن تبين لاحقًا أن اللاكتوباسيلس إنيرس هو الأكثر شيوعًا، يليه اللاكتوباسيلس كريسباتوس . ومن أنواع اللاكتوباسيلس الأخرى الموجودة في المهبل: اللاكتوباسيلس جينسيني ، واللاكتوباسيلس ديلبروكاي، واللاكتوباسيلس جاسيري . يمكن أن يؤدي اضطراب الميكروبات المهبلية إلى التهابات مثل التهاب المهبل البكتيري وداء المبيضات . [ 38 ]

العتائق

تتواجد العتائق في أمعاء الإنسان، ولكن على عكس التنوع الهائل للبكتيريا في هذا العضو، فإن عدد أنواع العتائق محدود للغاية. [ 39 ] المجموعة السائدة هي الميثانوجينات ، وخاصةً Methanobrevibacter smithii و Methanosphaera stadtmanae . [ 40 ] ومع ذلك، فإن استعمار الميثانوجينات للأمعاء متفاوت، ولا يوجد سوى حوالي 50% من البشر لديهم أعداد قابلة للكشف بسهولة من هذه الكائنات. [ 41 ]

حتى عام 2007، لم تكن هناك أمثلة واضحة معروفة لمسببات الأمراض الأثرية، [ 42 ] [ 43 ] على الرغم من اقتراح وجود علاقة بين وجود بعض الميثانوجينات وأمراض اللثة لدى الإنسان . [ 44 ] كما أن فرط نمو البكتيريا في الأمعاء الدقيقة (SIBO) الناتج عن الميثان يُعزى في الغالب إلى الميثانوجينات، وخاصةً بكتيريا Methanobrevibacter smithii . [ 45 ]

الفطريات

تتواجد الفطريات، وخاصة الخمائر ، في أمعاء الإنسان. [ 46 ] [ 47 ] [ 48 ] [ 49 ] وتُعدّ أنواع الكانديدا من أكثرها دراسةً نظرًا لقدرتها على إحداث المرض لدى الأشخاص ذوي المناعة الضعيفة وحتى لدى الأصحاء. [ 47 ] [ 48 ] [ 49 ] كما تتواجد الخمائر على الجلد، [ 46 ] مثل أنواع الملاسيزيا ، حيث تتغذى على الزيوت التي تفرزها الغدد الدهنية . [ 50 ] [ 51 ]

الفيروسات

تستوطن الفيروسات، وخاصة الفيروسات البكتيرية ( العاثيات )، مواقع مختلفة من الجسم. تشمل هذه المواقع المستوطنة الجلد، [ 52 ] والأمعاء، [ 53 ] والرئتين، [ 54 ] وتجويف الفم. [ 55 ] وقد ارتبطت التجمعات الفيروسية ببعض الأمراض، ولا تعكس ببساطة التجمعات البكتيرية. [ 56 ] [ 57 ] [ 58 ]

في يناير 2024، أبلغ علماء الأحياء عن اكتشاف " المسلات "، وهي فئة جديدة من العناصر الشبيهة بالفيروسات ، و"الأوبلينات"، وهي مجموعة البروتينات ذات الصلة بها، في الميكروبيوم البشري. [ 59 ] [ 60 ]

الأميبا

من المعروف أن عدداً من أنواع الأميبا غير الممرضة تعيش في الجهاز الهضمي البشري كمتعايشات، بما في ذلك Endolimax nana ، والعديد من أنواع جنس Entamoeba (وخاصة Entamoeba coli و E. hartmanni و E. polecki )، ونوع Iodamoeba buetschlii . [ 61 ]

المناطق التشريحية

جلد

أظهرت دراسة أجريت على 20 موقعًا جلديًا لدى عشرة أشخاص أصحاء وجود 205 أجناس بكتيرية ضمن 19 شعبة بكتيرية، حيث نُسبت معظم التسلسلات إلى أربع شعب: الأكتينوميسيتات (51.8%)، والباسيلوتا (24.4%)، والزائفة (16.5%)، والبكتيرويدوتا (6.3%). [ 62 ] يوجد عدد كبير من الأجناس الفطرية على جلد الإنسان السليم، مع بعض التباين حسب منطقة الجسم؛ إلا أنه في الحالات المرضية، تميل أجناس معينة إلى السيطرة في المنطقة المصابة. [ 46 ] على سبيل المثال، تسود الملاسيزية في التهاب الجلد التأتبي ، بينما تسود الأكريومونيوم في فروة الرأس المصابة بقشرة الرأس. [ 46 ]

يعمل الجلد كحاجز يمنع غزو الميكروبات الممرضة. يحتوي جلد الإنسان على ميكروبات تعيش إما داخله أو على سطحه، وقد تكون مستوطنة أو عابرة. تختلف أنواع الكائنات الحية الدقيقة المستوطنة باختلاف نوع الجلد في جسم الإنسان. تستوطن غالبية الميكروبات على الخلايا السطحية للجلد أو تفضل الارتباط بالغدد. توفر هذه الغدد، مثل الغدد الدهنية أو العرقية، للميكروبات الماء والأحماض الأمينية والأحماض الدهنية. بالإضافة إلى ذلك، غالبًا ما تكون البكتيريا المستوطنة المرتبطة بالغدد الدهنية موجبة الجرام، وقد تكون ممرضة. [ 4 ]

الملتحمة

يوجد عدد قليل من البكتيريا والفطريات بشكل طبيعي في الملتحمة . [ 46 ] [ 63 ] تشمل أنواع البكتيريا المكورات موجبة الغرام (مثل المكورات العنقودية والمكورات العقدية ) والعصيات والمكورات سالبة الغرام (مثل المستدمية والنيسرية ). [ 63 ] تشمل أجناس الفطريات المبيضات ، والرشاشيات ، والبنسيليوم . [ 46 ] تفرز الغدد الدمعية باستمرار، مما يحافظ على رطوبة الملتحمة، بينما يعمل الرمش المتقطع على تليين الملتحمة وغسل المواد الغريبة. تحتوي الدموع على مواد مضادة للبكتيريا مثل الليزوزيم ، مما يجعل من الصعب على الكائنات الدقيقة البقاء على قيد الحياة في وجود الليزوزيم والاستقرار على الأسطح الظهارية .

الجهاز الهضمي

استقلاب التربتوفان بواسطة الميكروبات المعوية البشرية ()
تحتوي الصورة أعلاه على روابط قابلة للنقر
يوضح هذا الرسم التخطيطي عملية التخليق الحيوي للمركبات النشطة بيولوجيًا ( الإندول وبعض مشتقاته الأخرى) من التربتوفان بواسطة البكتيريا في الأمعاء. [ 64 ] يُنتَج الإندول من التربتوفان بواسطة بكتيريا تُعبِّر عن إنزيم التربتوفاناز . [ 64 ] تقوم بكتيريا كلوستريديوم سبوروجينز باستقلاب التربتوفان إلى إندول، ثم إلى حمض 3-إندول بروبيونيك (IPA)، [ 65 ] وهو مضاد أكسدة قوي للغاية ذو تأثير وقائي عصبي ، حيث يعمل على إزالة جذور الهيدروكسيل الحرة . [ 64 ] [ 66 ] [ 67 ] يرتبط حمض 3- إندول بروبيونيك بمستقبل البريغنان X (PXR) في خلايا الأمعاء، مما يُسهِّل الحفاظ على توازن الغشاء المخاطي ووظيفة الحاجز . [ 64 ] بعد امتصاصه من الأمعاء وتوزيعه إلى الدماغ، يُوفِّر حمض 3-إندول بروبيونيك تأثيرًا وقائيًا عصبيًا ضد نقص التروية الدماغية ومرض الزهايمر . [ 64 ] تقوم أنواع بكتيريا اللاكتوباسيلية ( Lactobacillus s.l. ) باستقلاب التربتوفان إلى إندول-3-ألديهيد (I3A) الذي يؤثر على مستقبلات الهيدروكربون العطري (AhR) في الخلايا المناعية المعوية، مما يزيد بدوره من إنتاج الإنترلوكين 22 (IL-22). [ 64 ] يحفز الإندول نفسه إفراز الببتيد الشبيه بالجلوكاجون-1 (GLP-1) في خلايا L المعوية ويعمل كرابط لمستقبلات AhR. [ 64 ] يمكن أيضًا استقلاب الإندول في الكبد إلى كبريتات الإندكسيل ، وهو مركب سام بتركيزات عالية ويرتبط بأمراض الأوعية الدموية واختلال وظائف الكلى . [ 64 ] يمتص AST-120 ( الفحم المنشط )، وهو مادة ماصة معوية تُؤخذ عن طريق الفم ، الإندول ، مما يقلل بدوره من تركيز كبريتات الإندكسيل في بلازما الدم. [ 64 ]

في البشر، يتحدد تركيب الميكروبيوم المعوي للرضيع أثناء الولادة، وينضج ليصبح ميكروبيوم البالغين خلال السنوات القليلة الأولى. [ 68 ] كما تؤثر الولادة القيصرية أو الولادة الطبيعية على تركيب الميكروبات المعوية. فالأطفال الذين يولدون عبر المهبل لديهم ميكروبات معوية غير ممرضة ومفيدة، مشابهة لتلك الموجودة لدى الأم. [ 69 ] ومع ذلك، فإن الميكروبات المعوية للأطفال الذين يولدون بعملية قيصرية تحتوي على المزيد من البكتيريا الممرضة مثل الإشريكية القولونية والمكورات العنقودية ، وتحتاج إلى وقت أطول لتطوير ميكروبات معوية غير ممرضة ومفيدة. [ 70 ]

لا تقتصر العلاقة بين بعض أنواع الميكروبات المعوية والإنسان على التعايش غير الضار، بل هي علاقة تكافلية . [ 4 ] تُفيد بعض الكائنات الدقيقة المعوية البشرية الجسم عن طريق تخمير الألياف الغذائية إلى أحماض دهنية قصيرة السلسلة ، مثل حمض الخليك وحمض الزبدة ، والتي يمتصها الجسم بعد ذلك. [ 6 ] [ 71 ] كما تلعب البكتيريا المعوية دورًا في تصنيع فيتامينات ب وفيتامين ك ، بالإضافة إلى استقلاب الأحماض الصفراوية والستيرولات والمواد الغريبة . [ 4 ] [ 71 ] وتُشبه الأهمية الجهازية للأحماض الدهنية قصيرة السلسلة والمركبات الأخرى التي تُنتجها الهرمونات ، ويبدو أن البكتيريا المعوية نفسها تعمل كغدة صماء ، [ 71 ] وقد رُبط اختلال تنظيم البكتيريا المعوية بالعديد من الحالات الالتهابية والمناعية الذاتية. [ 6 ] [ 72 ]

يتغير تركيب الميكروبات المعوية البشرية بمرور الوقت، ومع تغير النظام الغذائي، ومع تغير الصحة العامة. [ 6 ] [ 72 ] وقد وجدت مراجعة منهجية لخمس عشرة تجربة سريرية عشوائية مضبوطة أجريت على البشر في يوليو 2016 أن بعض السلالات المتوفرة تجاريًا من بكتيريا البروبيوتيك من جنسي Bifidobacterium و Lactobacillus ( مثل B. longum و B. breve و B. infantis و L. helveticus و L. rhamnosus و L. plantarum و L. casei )، عند تناولها عن طريق الفم بجرعات يومية تتراوح بين 10⁹ و10¹⁰ وحدة تشكيل مستعمرة (CFU) لمدة شهر إلى شهرين ، تُظهر فعالية علاجية (أي تحسنًا في النتائج السلوكية) في بعض اضطرابات الجهاز العصبي المركزي - بما في ذلك القلق والاكتئاب واضطراب طيف التوحد والوسواس القهري - كما تُحسّن بعض جوانب الذاكرة . [ 73 ]    

المريء

بينما كان يُعتقد سابقًا أن المريء يخلو من الميكروبيوم، فقد أصبح معروفًا منذ ثمانينيات القرن الماضي أنه يحتوي على ميكروبيوم متنوع. ومع ذلك، لا يزال دوره في نشأة الأمراض وصحة المريء غير مفهوم بشكل كافٍ. ويعود ذلك جزئيًا إلى صعوبة أخذ عينات من الميكروبات الموجودة في المريء. توجد أنواع عديدة من البكتيريا في المريء، مثل: Firmicutes ( العقدية ، والفيلونيلا ، والميغاسفيرا ، والجرانوليكاتيلا ، والجيميلا ، والكلوستريديوم ، والبوليديا ) ، و Bacteroidetes ( البريفوتيلا والبكتيرويدس )، و Fusobacteria ، وActinobacteria ( الروثيا والأكتينوميسيس )، و Saccharibacteria . وكانت أكثر الأنواع وفرةً هي العقدية المعتدلة (Streptococcus mitis ). [ 74 ] في المريء السليم، تهيمن البكتيريا موجبة الجرام، مثل العقدية . [ 75 ]

مجرى البول والمثانة

يبدو أن الجهاز البولي التناسلي يحتوي على ميكروبات، [ 76 ] [ 77 ] وهو اكتشاف غير متوقع في ضوء الاستخدام طويل الأمد لطرق الزرع الميكروبيولوجي السريرية القياسية للكشف عن البكتيريا في البول عند ظهور علامات التهاب المسالك البولية ؛ ومن الشائع أن تُظهر هذه الاختبارات عدم وجود بكتيريا. [ 78 ] يبدو أن طرق الزرع الشائعة لا تكشف عن أنواع عديدة من البكتيريا والكائنات الحية الدقيقة الأخرى الموجودة بشكل طبيعي. [ 78 ] اعتبارًا من عام 2017، استُخدمت طرق التسلسل لتحديد هذه الكائنات الحية الدقيقة لتحديد ما إذا كانت هناك اختلافات في الميكروبات بين الأشخاص الذين يعانون من مشاكل في المسالك البولية والأشخاص الأصحاء. [ 76 ] [ 77 ] [ 79 ] لتقييم ميكروبيوم المثانة بشكل صحيح، على عكس الجهاز البولي التناسلي، يجب جمع عينة البول مباشرة من المثانة، وهو ما يتم غالبًا باستخدام قسطرة . [ 80 ]

المهبل

تشير الميكروبات المهبلية إلى الأنواع والأجناس التي تستوطن المهبل. تلعب هذه الكائنات دورًا هامًا في الحماية من العدوى والحفاظ على صحة المهبل. [ 81 ] أكثر الكائنات الحية الدقيقة المهبلية وفرةً لدى النساء قبل انقطاع الطمث هي من جنس العصيات اللبنية (Lactobacillus )، والتي تثبط مسببات الأمراض عن طريق إنتاج بيروكسيد الهيدروجين وحمض اللاكتيك. [ 48 ] [ 81 ] [ 82 ] يختلف تركيب أنواع البكتيريا ونسبها تبعًا لمرحلة الدورة الشهرية . [ 83 ] [ 84 ]يؤثر الأصل العرقي أيضًا على البكتيريا المهبلية. يقل وجود بكتيريا اللاكتوباسيلس المنتجة لبيروكسيد الهيدروجين لدى النساء الأمريكيات من أصل أفريقي، كما أن درجة حموضة المهبل لديهن أعلى. [ 85 ] وقد رُبطت عوامل مؤثرة أخرى، مثل الجماع والمضادات الحيوية، بفقدان بكتيريا اللاكتوباسيلس. [ 82 ] علاوة على ذلك، وجدت الدراسات أن الجماع مع استخدام الواقي الذكري يُغير مستويات بكتيريا اللاكتوباسيلس، ويزيد من مستوى بكتيريا الإشريكية القولونية ضمن البكتيريا المهبلية. [ 82 ] تُعد التغيرات في الميكروبات المهبلية الطبيعية والصحية مؤشرًا على وجود عدوى، [ 86 ] مثل داء المبيضات أو التهاب المهبل البكتيري . [ 82 ] تُثبط المبيضات البيضاء نمو أنواع بكتيريا اللاكتوباسيلس ، بينما تُثبط أنواع بكتيريا اللاكتوباسيلس المنتجة لبيروكسيد الهيدروجين نمو وضراوة المبيضات البيضاء في كل من المهبل والأمعاء. [ 46 ] [ 48 ] [ 49 ]

تشمل الأجناس الفطرية التي تم اكتشافها في المهبل: الكانديدا ، والبيشيا ، واليوروتيوم ، والألترناريا ، والرودوتورولا ، والكلادوسبوريوم ، وغيرها. [ 46 ]

المشيمة

حتى وقت قريب، كان يُعتقد أن المشيمة عضو معقم، ولكن تم تحديد أنواع وأجناس بكتيرية متعايشة وغير ممرضة تعيش في نسيج المشيمة. [ 87 ] [ 88 ] [ 89 ] ومع ذلك، فإن وجود ميكروبيوم في المشيمة أمر مثير للجدل، كما ورد في العديد من الدراسات. من المرجح أن ما يُسمى بـ"ميكروبيوم المشيمة" ناتج عن تلوث الكواشف، لأن العينات ذات الكتلة الحيوية المنخفضة معرضة للتلوث بسهولة. [ 90 ] [ 91 ] [ 92 ]

رَحِم

حتى وقت قريب، كان يُعتقد أن الجزء العلوي من الجهاز التناسلي للمرأة بيئة معقمة. إلا أن مجموعة متنوعة من الكائنات الدقيقة تستوطن رحم النساء السليمات اللاتي لا يعانين من أعراض في سن الإنجاب. ويختلف الميكروبيوم الرحمي اختلافًا كبيرًا عن الميكروبيوم المهبلي والجهاز الهضمي. [ 93 ]

تجويف الفم

تُهيئ البيئة الموجودة في فم الإنسان بيئةً مثاليةً لنمو الكائنات الدقيقة المميزة الموجودة فيه. فهي توفر مصدراً للماء والمغذيات، فضلاً عن درجة حرارة معتدلة. [ 4 ] تلتصق الميكروبات المقيمة في الفم بالأسنان واللثة لمقاومة الغسل الميكانيكي من الفم إلى المعدة، حيث يتم القضاء على الميكروبات الحساسة للأحماض بواسطة حمض الهيدروكلوريك . [ 4 ] [ 48 ]

تشمل البكتيريا اللاهوائية في تجويف الفم ما يلي: أكتينوميسيس ، أراكنيا ، باكتيرويدس ، بيفيدوباكتيريوم ، يوبكتيريوم ، فيوزوباكتيريوم ، لاكتوباسيلوس ، ليبتوتريكيا ، بيبتوكوكس ، بيبتوستربتوكوكس ، بروبيونيباكتيريوم ، سيلينوموناس ، تريبونيما ، وفيلونيلا . [ 94 ] تشمل أجناس الفطريات التي توجد بشكل متكرر في الفم: الكانديدا ، والكلادوسبوريوم ، والأسبرجيلوس ، والفيوزاريوم ، والجلوموس ، والألترناريا ، والبنسيليوم ، والكريبتوكوكس ، وغيرها. [ 46 ]

تتراكم البكتيريا على كلٍ من الأنسجة الفموية الصلبة والرخوة في طبقة حيوية، مما يسمح لها بالالتصاق والتكاثر في البيئة الفموية مع حمايتها من العوامل البيئية والمواد المضادة للميكروبات. [ 95 ] يلعب اللعاب دورًا أساسيًا في الحفاظ على توازن الطبقة الحيوية، مما يسمح بإعادة استعمار البكتيريا لتكوينها والتحكم في نموها عن طريق إزالة تراكم الطبقة الحيوية. [ 96 ] كما يوفر وسيلةً للمغذيات وتنظيم درجة الحرارة. ويحدد موقع الطبقة الحيوية نوع المغذيات التي تتلقاها. [ 97 ]

طوّرت البكتيريا الفموية آليات لاستشعار بيئتها والتهرب من المضيف أو تعديله. ومع ذلك، يراقب جهاز المناعة الفطري عالي الكفاءة استعمار البكتيريا باستمرار لمنع غزوها للأنسجة الموضعية. ويوجد توازن ديناميكي بين بكتيريا طبقة البلاك السنية وجهاز المناعة الفطري. [ 98 ]

يلعب هذا التفاعل الديناميكي بين تجويف الفم والميكروبات الفموية دورًا محوريًا في الصحة والمرض، إذ يُسهّل دخول الميكروبات إلى الجسم. [ 99 ] يُمثل التوازن الصحي علاقة تكافلية، حيث تحدّ الميكروبات الفموية من نموّ مسببات الأمراض والتصاقها، بينما يُوفّر الجسم بيئةً مُلائمةً لازدهارها. [ 99 ] [ 95 ] تُؤدي التغيرات البيئية، مثل تغير الحالة المناعية، وتغيّر الميكروبات المُقيمة، وتوافر العناصر الغذائية، إلى تحوّل العلاقة من تبادلية إلى تطفلية، مما يجعل الجسم عُرضةً لأمراض الفم والأمراض الجهازية. [ 95 ] وقد رُبطت الأمراض الجهازية، مثل داء السكري وأمراض القلب والأوعية الدموية، بسوء صحة الفم. [ 99 ] ومن الأمور ذات الأهمية الخاصة دور الكائنات الدقيقة الفموية في مرضَي الأسنان الرئيسيين: تسوس الأسنان وأمراض اللثة . [ 98 ] يُؤدي استعمار مسببات الأمراض للثة إلى استجابة مناعية مُفرطة، مما يُؤدي إلى تكوّن جيب لثوي - وهو مساحة أعمق بين السن واللثة. [ 95 ] يعمل هذا كمستودع محمي غني بالدم يحتوي على مغذيات لمسببات الأمراض اللاهوائية. [ 95 ] يمكن أن ينتج المرض الجهازي في مواقع مختلفة من الجسم عن دخول الميكروبات الفموية إلى الدم عن طريق المرور عبر الأنسجة المريضة في جيوب اللثة والأغشية الفموية. [ 99 ]

يُعدّ الحفاظ على نظافة الفم السليمة والمستمرة الطريقة الأساسية للوقاية من أمراض الفم والأمراض الجهازية. [ 99 ] فهو يُقلل من كثافة الغشاء الحيوي وتكاثر البكتيريا الممرضة المحتملة التي تُسبب الأمراض. [ 97 ] ومع ذلك، قد لا تكون نظافة الفم السليمة كافية، إذ يلعب الميكروبيوم الفموي والعوامل الوراثية والتغيرات في الاستجابة المناعية دورًا في تطور العدوى المزمنة. [ 97 ] يُمكن استخدام المضادات الحيوية لعلاج العدوى المنتشرة بالفعل، لكنها غير فعالة ضد البكتيريا الموجودة داخل الأغشية الحيوية. [ 97 ]

تجويف الأنف

تُعد المكورات العنقودية الذهبية من الأنواع الممرضة الرئيسية في تجويف الأنف.

رئة

على غرار تجويف الفم، يمتلك الجهاز التنفسي العلوي والسفلي آليات ميكانيكية لردع الميكروبات. تُنتج الخلايا الكأسية المخاط الذي يحبس الميكروبات ويطردها من الجهاز التنفسي عبر خلايا طلائية هدبية متحركة باستمرار. [ 4 ] إضافةً إلى ذلك، يُحدث المخاط الأنفي تأثيرًا قاتلًا للبكتيريا لاحتوائه على إنزيم الليزوزيم. [ 4 ] يبدو أن للجهاز التنفسي العلوي والسفلي مجموعة خاصة به من الميكروبات. [ 100 ] تنتمي الميكروبات البكتيرية الرئوية إلى 9 أجناس بكتيرية رئيسية: بريفوتيلا ، سفينغوموناس ، سودوموناس ، أسينيتوباكتر ، فيوزوبكتيريوم ، ميغاسفيرا ، فيلونيلا ، ستافيلوكوكوس ، وستربتوكوكوس . بعض البكتيريا التي تُعتبر "ميكروبات طبيعية" في الجهاز التنفسي قد تُسبب أمراضًا خطيرة ، خاصةً لدى الأفراد الذين يعانون من نقص المناعة. وتشمل هذه الأنواع المكورات العقدية المقيحة ، والمستدمية النزلية ، والمكورات العقدية الرئوية ، والنيسرية السحائية ، والمكورات العنقودية الذهبية . أما الأجناس الفطرية التي تُكوّن الميكروبيوم الفطري الرئوي فتشمل المبيضات ، والمالاسيزيا ، والنيوسارتوريا ، والسكاروميسيس ، والأسبرجيلوس ، وغيرها. [ 46 ]

لوحظت توزيعات غير معتادة للأجناس البكتيرية والفطرية في الجهاز التنفسي لدى مرضى التليف الكيسي . [ 46 ] [ 101 ] غالبًا ما تحتوي فلورا البكتيريا لديهم على بكتيريا مقاومة للمضادات الحيوية وبطيئة النمو، ويتغير معدل انتشار هذه المُمْرِضات تبعًا للعمر. [ 101 ]

القناة الصفراوية

تقليديًا، كان يُعتقد أن القناة الصفراوية معقمة في الحالة الطبيعية، وأن وجود الكائنات الدقيقة في الصفراء يُعد مؤشرًا على وجود عملية مرضية. وقد تأكد هذا الافتراض من خلال عدم القدرة على تحديد سلالات بكتيرية من القناة الصفراوية الطبيعية. بدأت تظهر في عام 2013 دراسات تُبين أن الميكروبات الصفراوية الطبيعية تُشكل طبقة وظيفية منفصلة تحمي القناة الصفراوية من استعمار الكائنات الدقيقة الخارجية. [ 102 ]

دم

يمكن أن يؤدي وجود البكتيريا الحية في مجرى الدم إلى تنشيط مناعي قوي، مما ينتج عنه متلازمات سريرية تتراوح بين أشكال خفيفة نسبياً من تجرثم الدم إلى حالة خطيرة قد تهدد الحياة تُعرف باسم الإنتان . قد يحدث تجرثم الدم تلقائياً أو كمضاعفات لإجراءات طبية، بما في ذلك زراعة الكبد . [ 103 ]

حتى في غياب الكائنات الحية الدقيقة، يمكن لمنتجات تحلل البكتيريا، وخاصةً شظايا الحمض النووي الميكروبي، أن تدخل الدورة الدموية وتبقى فيها لفترة مؤقتة إلى أن يتم التخلص منها عن طريق الترشيح الكلوي أو التحلل الأنزيمي. وقد أدت هذه الملاحظة إلى ظهور مفهوم ميكروبيوم الدم، الذي يعكس في المقام الأول الحمض النووي الميكروبي المتداول في الدم بدلاً من البكتيريا السليمة القابلة للحياة.

لا تزال الآليات الدقيقة التي يدخل بها الحمض النووي الميكروبي إلى مجرى الدم غير مفهومة تمامًا، على الرغم من أن الانتقال من الجهاز الهضمي يعتبر مصدرًا رئيسيًا، لا سيما في حالة ضعف وظيفة الحاجز المعوي، وهي سمة لوحظت في العديد من الأمراض الالتهابية المزمنة. [ 104 ]

تم استكشاف البصمات الوراثية للميكروبات المشتقة من الدم كمؤشرات حيوية غير جراحية محتملة لمجموعة متنوعة من الحالات، بما في ذلك داء السكري وأمراض القلب والأوعية الدموية والسرطان. وتشير بعض الدراسات إلى أن هذه البصمات قد تميز حتى بين أنواع السرطان المختلفة. [ 105 ] [ 106 ]

على الرغم من الاهتمام المتزايد، لا يزال وجود ميكروبيوم دموي متميز وأهميته البيولوجية موضع نقاش. وتشمل المخاوف الرئيسية القيود التقنية في التسلسل والتحليل المعلوماتي الحيوي، فضلاً عن ارتفاع خطر التلوث والتشوهات التحليلية. [ 107 ] [ 108 ]

ولمعالجة هذه الشكوك، تم اقتراح دراسات إثبات المفهوم متعددة الجنسيات، ذات ضوابط صارمة، واستباقية، لتحديد مدى تمثيل الحمض النووي الميكروبي المتداول للميكروبيوم البشري ككل. [ 109 ]

المرض والموت

تعتمد أجسام البشر على عدد لا يحصى من الجينات البكتيرية كمصدر للعناصر الغذائية الأساسية. [ 110 ] تشير الدراسات الميتاجينومية والوبائية إلى أدوار حيوية للميكروبيوم البشري في الوقاية من طيف واسع من الأمراض، بدءًا من داء السكري من النوع الثاني والسمنة، وصولًا إلى داء الأمعاء الالتهابي ومرض باركنسون، وحتى حالات الصحة النفسية كالاكتئاب. [ 111 ] قد تؤثر العلاقة التكافلية بين ميكروبات الأمعاء وأنواع البكتيريا المختلفة على استجابة الجهاز المناعي للفرد. [ 112 ] يبدو أن نواتج الأيض التي تنتجها ميكروبات الأمعاء عوامل مسببة لداء السكري من النوع الثاني. [ 113 ] على الرغم من أن العلاج القائم على الميكروبيوم لا يزال في مراحله الأولى، إلا أنه يُظهر نتائج واعدة، لا سيما في علاج عدوى المطثية العسيرة المقاومة للأدوية [ 114 ] وفي علاج داء السكري. [ 115 ]

عدوى المطثية العسيرة

يؤدي التواجد المفرط لبكتيريا المطثية العسيرة (C. difficile) إلى التهاب الجهاز الهضمي، والذي يرتبط عادةً باختلال التوازن الميكروبي في الأمعاء، والذي يُعتقد أنه ناجم عن تناول المضادات الحيوية. يقضي استخدام المضادات الحيوية على البكتيريا المعوية المفيدة في الجهاز الهضمي، والتي تمنع عادةً البكتيريا الممرضة من السيطرة. [ 116 ] يشمل العلاج التقليدي لعدوى المطثية العسيرة نظامًا إضافيًا من المضادات الحيوية، إلا أن معدلات فعاليته تتراوح بين 20 و30% في المتوسط. [ 117 ] إدراكًا لأهمية البكتيريا المعوية الصحية، لجأ الباحثون إلى إجراء يُعرف باسم زرع الميكروبات البرازية (FMT)، حيث يتلقى المرضى الذين يعانون من أمراض الجهاز الهضمي، مثل عدوى المطثية العسيرة (CDI)، محتوى برازيًا من شخص سليم على أمل استعادة التوازن الميكروبي الطبيعي للأمعاء. [ 118 ] تبلغ فعالية زرع الميكروبات البرازية حوالي 85-90% لدى المصابين بعدوى المطثية العسيرة الذين لم تُجدِ معهم المضادات الحيوية نفعًا أو الذين عاودتهم العدوى بعد تناولها. [ 119 ] [ 120 ] يتعافى معظم المصابين بعدوى المطثية العسيرة بعد جلسة واحدة من زرع الميكروبات البرازية. [ 121 ] [ 116 ] [ 122 ]

سرطان

على الرغم من أن السرطان يُعدّ عمومًا مرضًا وراثيًا وبيئيًا، إلا أن الكائنات الدقيقة تُسهم في حوالي 20% من حالات السرطان لدى الإنسان. [ 123 ] وبالنسبة لعوامل سرطان القولون تحديدًا ، فإن كثافة البكتيريا في القولون أعلى بمليون مرة منها في الأمعاء الدقيقة ، كما أن عدد حالات السرطان في القولون يزيد بنحو 12 ضعفًا مقارنةً بالأمعاء الدقيقة، مما قد يُشير إلى دور مُمرض للميكروبات في سرطانات القولون والمستقيم . [ 124 ] ويمكن استخدام كثافة الميكروبات كأداة تشخيصية في تقييم سرطانات القولون والمستقيم. [ 124 ]

قد تؤثر الميكروبات على التسرطن بثلاث طرق رئيسية: (أ) تغيير توازن تكاثر الخلايا السرطانية وموتها، (ب) تنظيم وظائف الجهاز المناعي، و(ج) التأثير على استقلاب العوامل التي ينتجها الجسم، والأطعمة، والأدوية. [ 123 ] تحتوي الأورام التي تنشأ على الأسطح الحدودية، مثل الجلد والبلعوم الفموي والجهاز التنفسي والهضمي والبولي التناسلي ، على ميكروبات. لا يُثبت وجود كمية كبيرة من الميكروبات في موقع الورم وجود علاقة سببية أو ارتباط. بدلاً من ذلك، قد تجد الميكروبات أن ضغط الأكسجين أو التركيب الغذائي للورم داعمًا لها. كما أن انخفاض أعداد ميكروبات معينة أو الإجهاد التأكسدي المُستحث قد يزيد من المخاطر. [ 123 ] [ 124 ] من بين حوالي 1030 ميكروبًا على الأرض، صنفت الوكالة الدولية لأبحاث السرطان عشرة منها كمواد مسرطنة للإنسان. [ 123 ] قد تفرز الميكروبات بروتينات أو عوامل أخرى تحفز تكاثر الخلايا في العائل بشكل مباشر، أو قد تنظم جهاز المناعة لدى العائل بالزيادة أو النقصان، بما في ذلك تحفيز الالتهاب الحاد أو المزمن بطرق تساهم في التسرطن. [ 123 ]

فيما يتعلق بعلاقة وظيفة المناعة بتطور الالتهاب، فإن حواجز سطح الغشاء المخاطي عرضة للمخاطر البيئية، ويجب أن تُرمم بسرعة للحفاظ على التوازن الداخلي . كما أن ضعف مناعة الجسم أو الميكروبات يقلل من مقاومة الأورام الخبيثة، مما قد يؤدي إلى الالتهاب والسرطان. بمجرد اختراق هذه الحواجز، يمكن للميكروبات أن تُفعّل برامج التهابية أو مثبطة للمناعة عبر مسارات مختلفة. [ 123 ] على سبيل المثال، يبدو أن الميكروبات المرتبطة بالسرطان تُفعّل إشارات NF-κΒ داخل البيئة الدقيقة للورم. قد تلعب مستقبلات التعرف على الأنماط الأخرى، مثل مستقبلات نطاق التجميع الشبيهة بالنيوكليوتيدات (NLR) من عائلة NOD-2 و NLRP3 و NLRP6 و NLRP12 ، دورًا في التوسط في سرطان القولون والمستقيم. [ 123 ] وبالمثل، يبدو أن جرثومة الملوية البوابية تزيد من خطر الإصابة بسرطان المعدة، نظرًا لقدرتها على إحداث استجابة التهابية مزمنة في المعدة. [ 123 ] [ 124 ]

مرض التهاب الأمعاء

يتألف مرض التهاب الأمعاء من مرضين مختلفين: التهاب القولون التقرحي وداء كرون، وكلاهما يتسم باضطرابات في الميكروبات المعوية (المعروفة أيضًا باسم اختلال التوازن الميكروبي ). يظهر هذا الاختلال في صورة انخفاض في تنوع الميكروبات في الأمعاء، [ 125 ] [ 126 ] ويرتبط بعيوب في جينات المضيف التي تُغير الاستجابة المناعية الفطرية لدى الأفراد. [ 125 ]

اضطرابات التفاعل بين الأمعاء والدماغ

في المرضى المصابين بمتلازمة القولون العصبي واضطرابات الجهاز الهضمي الوظيفية الأخرى ، مثل انتفاخ البطن، لاحظت الدراسات تغيرات في وفرة مجموعات بكتيرية محددة. وعلى وجه الخصوص، انخفاض مستويات البكتيريا المفيدة مثل بكتيريا البيفيدوباكتيريوم واللاكتوباسيلس ؛ وارتفاع مستويات البكتيريا الضارة المحتملة مثل بكتيريا البكتيرويدس والبروتيوبكتيريا . يمكن أن تُسهم هذه التغيرات الميكروبية في: زيادة نفاذية الأمعاء ("متلازمة الأمعاء المتسربة")، وفرط حساسية الأحشاء (زيادة حساسية الأمعاء للمؤثرات)، واضطراب حركة الأمعاء، وتنشيط الجهاز المناعي. [ 127 ] [ 128 ] [ 129 ] [ 130 ]

اضطرابات التفاعل بين الأمعاء والجلد

لطالما طُرحت فكرة وجود علاقة بين الكائنات الدقيقة الموجودة في الجهاز الهضمي وصحة الجلد. ففي أوائل القرن العشرين، تم الترويج تجارياً لتناول خميرة الخباز ( Saccharomyces cerevisiae ) عن طريق الفم كعلاج لحب الشباب . [ 131 ]

قدمت دراسات علمية لاحقة أدلة تدعم وجود صلة بين ميكروبيوم الأمعاء والجلد. ففي مرضى الصدفية ، لوحظ انخفاض في مستوى خميرة Saccharomyces cerevisiae، وثبت أن هذا الانخفاض قابل للعكس بعد العلاج بثنائي ميثيل فومارات، مما يشير إلى دور الفطريات المرتبطة بالأمعاء في تعديل مسار المرض. [ 132 ]

كما تم الإبلاغ عن تغيرات في الميكروبيوم المعوي في أمراض جلدية التهابية أخرى. على سبيل المثال، ترتبط التغيرات في تكوين الميكروبات المعوية بنشاط المرض في التهاب الغدد العرقية القيحي ، مما يدعم مفهوم محور الأمعاء والجلد الذي يتوسطه الميكروبيوم. [ 133 ]

تتجلى العلاقة بين الأمعاء والجلد بشكل أوضح من خلال المظاهر خارج الأمعاء لأمراض الأمعاء الالتهابية المزمنة، مثل التهاب القولون التقرحي وداء كرون . في هذه الحالات، تبين أن تغيرات الميكروبيوم المعوي، وخاصة نقص بكتيريا Faecalibacterium prausnitzii المضادة للالتهابات، تتوازى مع اضطرابات الجلد الالتهابية، بما في ذلك الصدفية. [ 134 ]

تدعم هذه الملاحظات مجتمعةً مفهوم المحور ثنائي الاتجاه بين الأمعاء والجلد، والذي تحركه الميكروبات المعوية. يتحدى هذا الإطار النظرة التقليدية للأمعاء والجلد كنظامين عضويين مستقلين، ويقترح فرصًا جديدة لفهم آليات الأمراض وتطوير استراتيجيات علاجية تستهدف النظم البيئية الميكروبية لتحسين صحة الجهاز الهضمي والجلد على حد سواء. [ 135 ]

فيروس نقص المناعة البشرية

يؤثر تطور مرض نقص المناعة البشرية على تكوين ووظيفة الميكروبات المعوية، مع وجود اختلافات ملحوظة بين الأفراد غير المصابين بفيروس نقص المناعة البشرية، والمصابين به، والمصابين به بعد العلاج المضاد للفيروسات القهقرية. يُضعف فيروس نقص المناعة البشرية سلامة وظيفة الحاجز الظهاري المعوي من خلال التأثير على الوصلات المحكمة . يسمح هذا الخلل بانتقال الفيروس عبر ظهارة الأمعاء، وهو ما يُعتقد أنه يُساهم في زيادة الالتهاب الذي يُلاحظ لدى المصابين بفيروس نقص المناعة البشرية. [ 136 ]

تلعب الميكروبات المهبلية دورًا في قدرة فيروس نقص المناعة البشرية على العدوى، حيث يزداد خطر الإصابة وانتقال العدوى لدى النساء المصابات بالتهاب المهبل البكتيري ، وهي حالة تتميز باختلال توازن البكتيريا المهبلية. [ 137 ] وتُلاحظ زيادة القدرة على العدوى مع ارتفاع مستويات السيتوكينات المحفزة للالتهاب وخلايا CD4+ التي تحمل مستقبل CCR5 في المهبل. في المقابل، تُلاحظ انخفاض في القدرة على العدوى مع ارتفاع مستويات بكتيريا اللاكتوباسيلس المهبلية، التي تُعزز حالة مضادة للالتهاب. [ 136 ]

الميكروبيوم المعوي لدى المعمرين

يتميز الأشخاص الذين يبلغون من العمر 100 عام أو أكثر، والذين يُطلق عليهم اسم المعمرين ، بميكروبيوم معوي فريد. يتميز هذا الميكروبيوم بغناه بالكائنات الدقيقة القادرة على تصنيع أحماض صفراوية ثانوية جديدة . [ 138 ] تشمل هذه الأحماض الصفراوية الثانوية أشكالًا مختلفة من حمض الليثوكوليك، والتي قد تُساهم في الشيخوخة الصحية. [ 138 ]

موت

مع الموت، ينهار الميكروبيوم الموجود في الجسم الحي، ويتشكل تركيب مختلف من الكائنات الدقيقة يُسمى النيكروبيوم، ليصبح مكونًا نشطًا هامًا في عملية التحلل الفيزيائي المعقدة. ويُعتقد أن تغيراته المتوقعة مع مرور الوقت مفيدة في تحديد وقت الوفاة. [ 139 ] [ 140 ]

الصحة البيئية

أثارت دراسات أجريت عام 2009 تساؤلات حول ما إذا كان انخفاض التنوع البيولوجي (بما في ذلك الكائنات الحية الدقيقة ) نتيجة للتدخل البشري قد يعيق صحة الإنسان، وإجراءات السلامة في المستشفيات، وتصميم المنتجات الغذائية، وعلاجات الأمراض. [ 141 ]

التغييرات والتعديل والإرسال

التدخلات القائمة على الميكروبيوم لتعديل بيئة الأمعاء والجهاز المناعي [ 142 ]

يمكن أن تؤدي عوامل مثل النظافة ، [ 143 ] والبروبيوتيك ، [ 142 ] والبريبيوتيك ، [ 144 ] والسينبيوتيك ، [ 145 ] والعلاج الضوئي ، [ 146 ] وزرع الميكروبات ( البراز [ 147 ] أو الجلد [ 148 ]والمضادات الحيوية ، [ 149 ] والتمارين الرياضية ، [ 150 ] [ 151 ] والنظام الغذائي ، [ 152 ] والرضاعة الطبيعية ، [ 153 ] والشيخوخة [ 154 ] إلى تغيير الميكروبيوم البشري عبر مختلف الأنظمة التشريحية أو المناطق مثل الجلد والأمعاء.

انتقال العدوى من شخص لآخر

ينتقل الميكروبيوم البشري بين الأم وأطفالها ، وكذلك بين الأشخاص الذين يعيشون في نفس المنزل . [ 155 ] [ 156 ]

بحث

الهجرة

تشير الأبحاث الأولية إلى أن التغيرات الفورية في الميكروبات المعوية قد تحدث عند هجرة الشخص من بلد إلى آخر، كما حدث عند استقرار المهاجرين التايلانديين في الولايات المتحدة [ 157 ] أو عند هجرة سكان أمريكا اللاتينية إلى الولايات المتحدة [ 158 ] . وكانت خسائر تنوع الميكروبات المعوية أكبر لدى الأفراد المصابين بالسمنة وأبناء المهاجرين [ 157 ] [ 158 ] .

هضم السليلوز

تشير دراسة أجريت عام 2024 إلى أن الميكروبات المعوية القادرة على هضم السليلوز موجودة في الميكروبيوم البشري، وهي أقل وفرة لدى الأشخاص الذين يعيشون في المجتمعات الصناعية . [ 159 ] [ 160 ]

الجنس

يشير مصطلح "السيكوم" إلى الميكروبات المتبقية على الأعضاء التناسلية بعد ممارسة الجنس الإيلاج. وفي سياق علم الأدلة الجنائية ، يمكن أن يساعد السيكوم في تحديد هوية مرتكبي الاعتداءات الجنسية في قضايا الاعتداء الجنسي عندما لا يتوفر الحمض النووي للذكور. [ 161 ]

انظر أيضاً

فهرس

  • إد يونغ. أنا أحتوي على عوالم لا حصر لها: الميكروبات التي بداخلنا ونظرة أوسع للحياة. 368 صفحة، نُشر في 9 أغسطس 2016 بواسطة دار إيكو للنشر، رقم ISBN 0062368591.

مراجع

  1. 1 2 ماركيزي جيه آر، رافيل جيه (2015). "مفردات أبحاث الميكروبيوم: مقترح" . الميكروبيوم . 3 (1) 31. Bibcode : 2015Micb....3...31M . doi : 10.1186/s40168-015-0094-5 . PMC 4520061. PMID 26229597. الميكروبيوم: يشير هذا المصطلح إلى الموطن بأكمله، بما في ذلك الكائنات الحية الدقيقة ( البكتيريا، والعتائق، وحقيقيات النوى الدنيا والعليا، والفيروسات)، وجينوماتها (أي جيناتها)، والظروف البيئية المحيطة. يستند هذا التعريف إلى تعريف "البيئة الحيوية"، أي العوامل الحيوية وغير الحيوية في بيئات معينة. بينما يقتصر آخرون في هذا المجال تعريف الميكروبيوم على مجموعة الجينات وجينومات أعضاء الميكروبيوتا. ويُقال إن هذا هو تعريف الميتاجينوم ، الذي يشكل مع البيئة الميكروبيوم.  
  2. موسى، ولاء ك.؛ شحادة، فادية؛ هاسباند، شانون (2022). " التطورات الحديثة في فهم بنية ووظيفة الميكروبيوم البشري" . مجلة فرونتيرز في علم الأحياء الدقيقة . 13 825338. doi : 10.3389/fmicb.2022.825338 . PMC 8851206. PMID 35185849 .  
  3. غافانجي، شاهين؛ سهيل، محمد؛ بينكوروفا، إيلينا؛ دانديكار، توماس؛ عثمان، إيمان م. (12 يونيو 2026). "التطورات الحديثة والأهمية السريرية لديناميكيات الميكروبيوم في الصحة والمرض". ميكروبات الأمعاء . 18 (1) 2679197. doi : 10.1080/19490976.2026.2679197 . ISSN 1949-0976 . PMID 42286837 .  
  4. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 شيروود إل، ويلي جيه، وولفرتون سي (2013). علم الأحياء الدقيقة لبريسكوت ( الطبعة التاسعة). نيويورك: ماكجرو هيل. الصفحات 713-721 . ISBN   978-0-07-340240-6. OCLC 886600661 . 
  5. سيندر ر، فوكس س، ميلو ر (يناير 2016). "هل نحن حقًا أقل عددًا بكثير؟ إعادة النظر في نسبة الخلايا البكتيرية إلى الخلايا المضيفة في البشر" . مجلة Cell . 164 (3): 337-340 . Bibcode : 2016Cell..164..337S . doi : 10.1016/j.cell.2016.01.013 . PMID 26824647 . 
  6. 1 2 3 4 5 6 كويجلي إي إم (سبتمبر 2013). " بكتيريا الأمعاء في الصحة والمرض" . أمراض الجهاز الهضمي والكبد . 9 (9): 560-569 . PMC 3983973. PMID 24729765 .  
  7. فالوني جي، فييرا-سيلفا إس، رايس جيه (2015). "علم الأحياء الدقيقة يلتقي بالبيانات الضخمة: حالة ثلاثي ميثيل أمين المشتق من ميكروبات الأمعاء" . المراجعة السنوية لعلم الأحياء الدقيقة . 69 : 305-21 . doi : 10.1146/annurev-micro-091014-104422 . PMID 26274026. نستعرض في هذه الدراسة الأدبيات المتعلقة بثلاثي ميثيل أمين (TMA)، وهو مستقلب تنتجه الميكروبات ويرتبط بتطور تصلب الشرايين. 
  8. غاسي ن، بوريل ج، توتي و، أوتول ب و، بروجير ج ف (نوفمبر 2014). "العتائق والأمعاء البشرية: بداية جديدة لقصة قديمة" . المجلة العالمية لأمراض الجهاز الهضمي . 20 (43): 16062-78 . doi : 10.3748/wjg.v20.i43.16062 . PMC 4239492. PMID 25473158. يُعد ثلاثي ميثيل أمين منتجًا حصريًا مشتقًا من الميكروبات المعوية للمغذيات (الليسيثين، الكولين ، TMAO، إل-كارنيتين) من النظام الغذائي الطبيعي، ويبدو أنه ينشأ منه مرضان، هما بيلة ثلاثي ميثيل أمين ( أو متلازمة رائحة السمك) وأمراض القلب والأوعية الدموية من خلال الخاصية المُسببة لتصلب الشرايين لشكلها المؤكسد المشتق من الكبد.  
  9. ١ ٢ "مشروع الميكروبيوم البشري التابع للمعاهد الوطنية للصحة يُحدد التركيب البكتيري الطبيعي للجسم" . أخبار المعاهد الوطنية للصحة. ١٣ يونيو ٢٠١٢. مؤرشف من الأصل في ١٧ يونيو ٢٠١٢.
  10. سيندر، رون؛ فوكس، شاي؛ ميلو، رون (19 أغسطس 2016). "تقديرات منقحة لعدد الخلايا البشرية والبكتيرية في الجسم" . مجلة PLOS Biology . 14 (8) e1002533. doi : 10.1371/journal.pbio.1002533 . ISSN 1545-7885 . PMC 4991899. PMID 27541692 .   
  11. لاسي، برايان إي؛ شبيغل، برينان (يوليو 2019). "مقدمة للعدد الخاص عن ميكروبيوم الأمعاء" . المجلة الأمريكية لأمراض الجهاز الهضمي . 114 (7): 1013. doi : 10.14309/ajg.0000000000000303 . ISSN 0002-9270 . PMID 31205134 .  
  12. سونغ، جايون؛ راجندرا براساد، سانو س.؛ فيلبريك، كيمويل ل.؛ باور، برنت أ.؛ غاجيك، أوجنين؛ شاه، أديتيا؛ لاودانسكي، كريستوف؛ باكن، يوهان س.؛ سكالسكي، جوزيف؛ كارناتوفسكايا، ليودميلا ف. (فبراير 2024). " ميكروبيوم الأمعاء البشرية في الحالات المرضية الحرجة: الاضطرابات، والعواقب، والآفاق العلاجية" . مجلة العناية الحرجة . 79 154436. doi : 10.1016/j.jcrc.2023.154436 . ISSN 1557-8615 . PMC 11034825. PMID 37769422 .   
  13. أبوت، أليسون (8 يناير 2016). "علماء يدحضون خرافة أن أجسامنا تحتوي على بكتيريا أكثر من الخلايا البشرية" . مجلة نيتشر . doi : 10.1038/nature.2016.19136 . ISSN 1476-4687 . S2CID 190879263 .  
  14. جيلبرت، جاك أ.؛ بلاسر، مارتن ج.؛ كابوراسو، ج. غريغوري؛ جانسون، جانيت ك.؛ لينش، سوزان ف.؛ نايت، روب (10 أبريل 2018). "الفهم الحالي للميكروبيوم البشري" . مجلة نيتشر ميديسين . 24 (4): 392-400 . doi : 10.1038 / nm.4517 . ISSN 1546-170X . PMC 7043356. PMID 29634682 .   
  15. ويشماير، بول إي؛ ماكدونالد، دانيال؛ نايت، روب (أغسطس 2016). "دور الميكروبيوم، والبروبيوتيك، و"علاج اختلال التوازن الميكروبي" في الحالات المرضية الحرجة" . الرأي الحالي في العناية الحرجة . 22 (4): 347-353 . doi : 10.1097/MCC.0000000000000321 . ISSN 1531-7072 . PMC 5065053. PMID 27327243 .   
  16. تشين، جونجي؛ لي، رويكيانغ؛ رايس، جيرون؛ أروموجام، مانيموزيان؛ بورغدورف، كريستوفر سولفستن؛ مانيتشان، تشايسافان؛ نيلسن، ترين؛ بونس، نيكولاس؛ ليفينيز، فلورنس؛ يامادا، تاكوجي؛ ميندي، دانيال ر.؛ لي، جون هوا؛ شو، جون مينغ؛ لي، شاو تشوان؛ لي، دونغ فانغ (4 مارس 2010). "فهرس جينات ميكروبات الأمعاء البشرية تم إنشاؤه بواسطة تسلسل الميتاجينوم" . نيتشر . 464 (7285): 59-65 . Bibcode : 2010Natur.464...59. doi : 10.1038 /nature08821 . ISSN 1476-4687 . PMC 3779803 . PMID 20203603 .   
  17. 1 2 3 بيترسون ج، غارغيس س، جيوفاني م، ماكينيس ب، وانغ ل، شلوس جيه إيه، وآخرون . (ديسمبر 2009). " مشروع الميكروبيوم البشري التابع للمعاهد الوطنية للصحة" . أبحاث الجينوم . 19 (12): 2317-2323 . doi : 10.1101/gr.096651.109 . PMC 2792171. PMID 19819907 .   
  18. كوتشينسكي ج، لاوبر سي إل، والترز دبليو إيه، بارفري إل دبليو، كليمنتي جيه سي، جيفرز دي، نايت آر (ديسمبر 2011). " أدوات تجريبية وتحليلية لدراسة الميكروبيوم البشري" . مجلة نيتشر ريفيوز. علم الوراثة . 13 (1): 47-58 . doi : 10.1038/nrg3129 . PMC 5119550. PMID 22179717 .  
  19. فيستهايم هـ، جارمان إس إن (يوليو 2008). "استخدام بادئات حجب لتعزيز تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل للتسلسلات النادرة في العينات المختلطة - دراسة حالة على الحمض النووي للفرائس في معدة الكريل في القطب الجنوبي" . مجلة فرونتيرز إن زولوجي . 5 : 12. doi : 10.1186/1742-9994-5-12 . PMC 2517594. PMID 18638418 .  
  20. تاب جيه، موندوت إس، ليفينيز إف، بيليتييه إي، كارون سي، فوريه جيه بي، وآخرون . (أكتوبر 2009). "نحو النواة التطورية للميكروبات المعوية البشرية" . علم الأحياء الدقيقة البيئية . 11 (10): 2574-84 . Bibcode : 2009EnvMi..11.2574T . doi : 10.1111/j.1462-2920.2009.01982.x . PMID 19601958 .  
  21. حمادي م، نايت ر (يوليو 2009). " تحليل المجتمعات الميكروبية لمشاريع الميكروبيوم البشري: الأدوات والتقنيات والتحديات" . أبحاث الجينوم . 19 (7): 1141-1152 . doi : 10.1101/gr.085464.108 . PMC 3776646. PMID 19383763 .  
  22. ميثي، ب. أ.، نيلسون، ك. إ.، بوب، م.، كريسي، هـ. هـ.، جيجليو، م. ج.، هوتينهاور، س .، وآخرون (اتحاد مشروع الميكروبيوم البشري) (يونيو 2012). " إطار عمل لأبحاث الميكروبيوم البشري" . مجلة نيتشر . 486 (7402): 215-221 . Bibcode : 2012Natur.486..215T . doi : 10.1038/nature11209 . PMC 3377744. PMID 22699610 .   
  23. اتحاد مشروع الميكروبيوم البشري (يونيو 2012). " بنية ووظيفة وتنوع الميكروبيوم البشري السليم" . مجلة نيتشر . 486 (7402): 207-214 . Bibcode : 2012Natur.486..207T . doi : 10.1038/nature11234 . PMC 3564958. PMID 22699609 .  
  24. «مشروع الميكروبيوم البشري التابع للمعاهد الوطنية للصحة يُحدد التركيب البكتيري الطبيعي للجسم» . المعاهد الوطنية للصحة (NIH) . 31 أغسطس 2015. مؤرشف من الأصل في 5 نوفمبر 2015. تم الاطلاع عليه في 7 يوليو 2023 .
  25. كوينس سي، ووكر إيه دبليو، وسيمبسون جيه تي، ولومان إن جيه، وسيجاتا إن (سبتمبر 2017). "علم الجينوم البيئي الشامل، من أخذ العينات إلى التحليل" (ملف PDF) . مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 35 (9): 833-844 . doi : 10.1038/nbt.3935 . hdl : 2164/10167 . PMID 28898207. S2CID 19041044 .  
  26. كلايسون إم جيه، كلوني إيه جي، أوتول بي دبليو (أكتوبر 2017). "دليل سريري لتحليل الميكروبيوم". مجلة نيتشر ريفيوز. أمراض الجهاز الهضمي والكبد . 14 (10): 585-595 . doi : 10.1038/nrgastro.2017.97 . PMID 28790452. S2CID 24644894 .  
  27. 1 2 3 نايت ر، فرباناك أ، تايلور ب.س، أكسينوف أ، كاليوايرت س، ديبيليوس ج، وآخرون . (يوليو 2018). " أفضل الممارسات لتحليل الميكروبيومات" . مراجعات الطبيعة. علم الأحياء الدقيقة . 16 (7): 410-422 . doi : 10.1038/s41579-018-0029-9 . PMID 29795328. S2CID 43936002 .   
  28. 1 2 واشبورن إيه دي، مورتون جيه تي، ساندرز جيه، ماكدونالد دي، تشو كيو، أوليفيريو إيه إم، نايت آر (يونيو 2018). "طرق التحليل التطوري لبيانات الميكروبيوم". مجلة نيتشر مايكروبيولوجي . 3 (6): 652-661 . doi : 10.1038/s41564-018-0156-0 . PMID 29795540. S2CID 43962376 .  
  29. بيرغ، غابرييل؛ وآخرون (2020). " إعادة النظر في تعريف الميكروبيوم: مفاهيم قديمة وتحديات جديدة" . الميكروبيوم . 8 (1): 103. doi : 10.1186/s40168-020-00875-0 . PMC 7329523. PMID 32605663 .   
  30. فاوست، كارولين؛ رايس، جيرون (2016). " قواعد اللعبة للميكروبات" . مجلة نيتشر . 534 (7606): 182-183 . doi : 10.1038/534182a . PMID 27279206. S2CID 205089271 .  
  31. باشان، أمير؛ جيبسون، ترافيس إي.؛ فريدمان، جوناثان؛ كاري، فينسنت جيه.؛ فايس، سكوت تي.؛ هوهمان، إليزابيث إل.؛ ليو، يانغ يو (2016). " عالمية ديناميكيات الميكروبات البشرية" . مجلة نيتشر . 534 (7606): 259-262 . Bibcode : 2016Natur.534..259B . doi : 10.1038/nature18301 . PMC 4902290. PMID 27279224 .  
  32. ليو، يانغ يو (15 فبراير 2023). " التحكم في الميكروبيوم البشري" (ملف PDF) . أنظمة الخلايا . 14 (2): 135-159 . doi : 10.1016/j.cels.2022.12.010 . PMC 9942095. PMID 36796332 .  
  33. كينيدي، كاثرين م.؛ دي جوفو، ماركوس س.؛ بيريز-مونيوز، ماريا إليسا؛ أرييتا، ماري كلير؛ باكهد، فريدريك؛ بورك، بير؛ براون، ثورستن؛ بوشمان، فريدريك د.؛ دوري، جويل؛ دي فوس، ويليم م.؛ إيرل، آشلي م.؛ آيزن، جوناثان أ.؛ إيلوفيتز، ميخال أ.؛ جانال-فوناربورغ، ستيفاني س.؛ غانزل، مايكل ج. (يناير 2023). "التشكيك في الميكروبيوم الجنيني يُظهر مآزق الدراسات الميكروبية ذات الكتلة الحيوية المنخفضة" . مجلة نيتشر . 613 (7945): 639-649 . Bibcode : 2023Natur.613..639K . doi : 10.1038/s41586-022-05546-8 . hdl : 2164/21298 . ISSN : 1476-4687 . PMC: 11333990. PMID : 36697862. S2CID : 256268291 .    
  34. ملخصات مخطوطات مجموعة مشروع الميكروبيوم البشري PLoS، مؤرشفة في 4 مارس 2014 على موقع Wayback Machine بتاريخ 13 يونيو 2012
  35. "مجموعة من العلماء ترسم خريطة النظام البيئي البكتيري لجسم الإنسان" . ucsf.edu . 13 يونيو 2012.
  36. سومر ف، باكهد ف (أبريل 2013). "الميكروبات المعوية - سادة نمو المضيف ووظائفه". مراجعات الطبيعة. علم الأحياء الدقيقة . 11 (4): 227-38 . doi : 10.1038/nrmicro2974 . PMID 23435359. S2CID 22798964 .  
  37. تين كيت ، جيه إم (سبتمبر 2006). "الأغشية الحيوية: منهج جديد لدراسة ميكروبيولوجيا طبقة البلاك السنية". طب الأسنان . 94 (1): 1-9 . doi : 10.1007/s10266-006-0063-3 . PMID 16998612. S2CID 24330907 .  
  38. غاجر، باول؛ بروتمن، ريبيكا م.؛ باي، غويون؛ ساكاموتو، جويس؛ شوت، أورسيل م. إي.؛ تشونغ، شيو؛ كونيغ، سارة س. ك.؛ فو، لي؛ ما، زانشان (سام)؛ تشو، شيا؛ عبدو، زيد؛ فورني، لاري ج.؛ رافيل، جاك (2 مايو 2012). "الديناميكيات الزمنية للميكروبات المهبلية البشرية" . مجلة ساينس ترانسليشنال ميديسين . 4 ( 132): 132ra52. doi : 10.1126/scitranslmed.3003605 . ISSN 1946-6234 . PMC 3722878. PMID 22553250 .   
  39. إيكبرغ، بي. بي.، وبيك، إي. إم.، وبرنشتاين، سي. إن.، وبوردوم، إي.، وديثليفن، إل.، وسارجنت، إم.، وآخرون . (يونيو 2005). "تنوع الميكروبات المعوية البشرية" . مجلة ساينس . 308 (5728): 1635-1638 . رمز Bibcode : 2005Sci... 308.1635E . doi : 10.1126/science.1110591 . PMC 1395357. PMID 15831718 .   
  40. دانكن إس إتش، لويس بي، فلينت إتش جيه (أبريل 2007). "تنوع البكتيريا القابلة للزراعة من القولون البشري". رسائل في علم الأحياء الدقيقة التطبيقي . 44 (4): 343-350 . Bibcode : 2007LAppM..44..343D . doi : 10.1111 / j.1472-765X.2007.02129.x . PMID 17397470. S2CID 43706882 .  
  41. فلورين تي إتش، تشو جي، كيرك كيه إم، مارتن إن جي (أكتوبر 2000). "العوامل البيئية المشتركة والفريدة تحدد بيئة الميثانوجينات في البشر والفئران". المجلة الأمريكية لأمراض الجهاز الهضمي . 95 (10): 2872-2879 . CiteSeerX 10.1.1.606.4187 . doi : 10.1111/j.1572-0241.2000.02319.x . PMID 11051362. S2CID 1087298 .   
  42. إيكبرغ ، بي. بي.، ليب، بي. دبليو.، ريلمان، دي. إيه. (فبراير 2003). "العتائق ودورها المحتمل في الأمراض البشرية" . العدوى والمناعة . 71 (2): 591-596 . doi : 10.1128/IAI.71.2.591-596.2003 . PMC 145348. PMID 12540534 .  
  43. ^ كافيكيولي آر، كورمي بي إم، سوندرز إن، توماس تي (نوفمبر 2003). "العتائق المسببة للأمراض: هل هي موجودة؟" . المقالات الحيوية . 25 (11): 1119-28 . دوى : 10.1002/bies.10354 . اتش دي ال : 1959.4/39571 . بميد 14579252 . 
  44. ليب، ب. و.، برينيج، م. م.، أوفيرني، س. س.، بالم، ك.، أرميتاج، ج. س.، ريلمان، د. أ. (أبريل 2004). "العتائق المنتجة للميثان وأمراض اللثة لدى الإنسان" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 101 (16): 6176-81 . Bibcode : 2004PNAS..101.6176L . doi : 10.1073/pnas.0308766101 . PMC 395942. PMID 15067114 .  
  45. تاكاكورا، ويل؛ بيمينتل ، مارك (10 يوليو 2020). "فرط نمو البكتيريا في الأمعاء الدقيقة ومتلازمة القولون العصبي - تحديث" . مجلة فرونتيرز في الطب النفسي . 11664. doi : 10.3389/fpsyt.2020.00664 . ISSN 1664-0640 . PMC 7366247. PMID 32754068 .   
  46. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 كوي إل، موريس أ، غيدين إي (يوليو 2013). " الميكروبيوم الفطري البشري في الصحة والمرض" . طب الجينوم . 5 (7): 63. doi : 10.1186/gm467 . PMC 3978422. PMID 23899327 .  الشكل 2: توزيع الأجناس الفطرية في مواقع مختلفة من الجسم
  47. 1 2 مارتينز ن، فيريرا آي سي، باروس ل، سيلفا س، هنريكيس م (يونيو 2014). "داء المبيضات: عوامل مهيئة، وقاية، وتشخيص، وعلاج بديل" ( ملف PDF) . علم الفطريات . 177 ( 5-6 ): 223-240 . doi : 10.1007/s11046-014-9749-1 . hdl : 10198/10147 . PMID 24789109. S2CID 795450. تشارك أنواع المبيضات والكائنات الحية الدقيقة الأخرى في هذه العدوى الفطرية المعقدة، لكن المبيضات البيضاء لا تزال الأكثر انتشارًا. خلال العقدين الماضيين، لوحظ فرط نمو غير طبيعي في الجهاز الهضمي والمسالك البولية والتنفسية، ليس فقط لدى المرضى الذين يعانون من نقص المناعة، بل أيضاً في حالات العدوى المكتسبة في المستشفيات وحتى لدى الأفراد الأصحاء. تتعدد العوامل المسببة لعدوى الخميرة، مما يجعل داء المبيضات مثالاً جيداً على متلازمة متعددة العوامل.  
  48. 1 2 3 4 5 وانغ زد كيه، يانغ واي إس، ستيفكا إيه تي، صن جي، بينغ إل إتش (أبريل 2014). " مقال مراجعة: الميكروبات الفطرية وأمراض الجهاز الهضمي" . علم الأدوية والعلاجات الغذائية . 39 (8): 751-766 . doi : 10.1111/apt.12665 . PMID 24612332. S2CID 22101484. بالإضافة إلى ذلك، تم الإبلاغ عن عدوى فطرية في الجهاز الهضمي حتى بين المرضى ذوي الحالة المناعية الطبيعية. قد تحدث العدوى الفطرية المرتبطة بالجهاز الهضمي بسبب كل من الفطريات الانتهازية المتعايشة والفطريات الممرضة الخارجية. ... كما أن المبيضات هي أكثر الأنواع شيوعًا بين المرضى المصابين بعدوى فطرية معدية. كان يُعتقد سابقًا أن حمض المعدة قادر على قتل الميكروبات التي تدخل المعدة، وأن البيئة الإيكولوجية الفريدة للمعدة غير ملائمة لاستعمار الميكروبات أو إحداث العدوى. مع ذلك، أكدت دراسات عديدة، باستخدام طرق لا تعتمد على الاستزراع، وجود أعداد كبيرة من البكتيريا المقاومة للأحماض، تنتمي إلى ثماني شعب، وتصل إلى 120 نوعًا في المعدة، مثل المكورات العقدية ، والنيسرية ، واللاكتوباسيلوس ، وغيرها.<sup> 26، 27</sup> علاوة على ذلك، يمكن لفطر المبيضات البيضاء أن ينمو جيدًا في البيئات شديدة الحموضة،< sup> 28 </sup> وقد تزيد بعض الأنماط الجينية من شدة آفات الغشاء المخاطي للمعدة.<sup> 29</sup>    
  49. 1 2 3 أردوغان أ، راو س س (أبريل 2015). "فرط نمو الفطريات في الأمعاء الدقيقة". تقارير أمراض الجهاز الهضمي الحالية . 17 (4) 16. doi : 10.1007/s11894-015-0436-2 . PMID 25786900. S2CID 3098136. يتميز فرط نمو الفطريات في الأمعاء الدقيقة ( SIFO) بوجود عدد مفرط من الكائنات الفطرية في الأمعاء الدقيقة ، مصحوبًا بأعراض هضمية. من المعروف أن داء المبيضات يسبب أعراضًا هضمية، خاصةً لدى المرضى الذين يعانون من نقص المناعة أو الذين يتناولون الستيرويدات أو المضادات الحيوية. ومع ذلك، ظهرت مؤخرًا دراسات تشير إلى أن فرط نمو الفطريات في الأمعاء الدقيقة لدى الأشخاص غير المصابين بنقص المناعة قد يسبب أعراضًا هضمية غير مفسرة. أظهرت دراستان حديثتان أن 26 % (24/94) و25.3 % (38/150) من مجموعة مرضى يعانون من أعراض هضمية غير مفسرة مصابون بفرط نمو الفطريات المعوية. وكانت الأعراض الأكثر شيوعًا لدى هؤلاء المرضى هي التجشؤ، والانتفاخ، وعسر الهضم، والغثيان، والإسهال، والغازات. ... قد يتفاعل الفطر مع البكتيريا بطرق مختلفة، وقد يكون تآزريًا أو تنافسيًا أو تكافليًا [29]. يمكن لبعض البكتيريا، مثل أنواع بكتيريا اللاكتوباسيلس، أن تتفاعل مع أنواع الكانديدا في الأمعاء وتثبط ضراوتها ونموها عن طريق إنتاج بيروكسيد الهيدروجين [30]. أي تلف في الحاجز المخاطي أو اضطراب في الميكروبات المعوية نتيجة العلاج الكيميائي أو استخدام المضادات الحيوية، أو العمليات الالتهابية، أو تنشيط جزيئات المناعة، أو اضطراب إصلاح الظهارة، قد يؤدي جميعها إلى فرط نمو الفطريات [27].     
  50. ماركون إم جيه، باول دي إيه (أبريل 1992). " العدوى البشرية الناجمة عن فطر الملاسيزيا" . مراجعات علم الأحياء الدقيقة السريرية . 5 (2): 101-119 . doi : 10.1128/CMR.5.2.101 . PMC 358230. PMID 1576583 .  
  51. روث آر آر، جيمس دبليو دي (1988). "علم البيئة الميكروبية للجلد". المراجعة السنوية لعلم الأحياء الدقيقة . 42 (1): 441-464 . doi : 10.1146/annurev.mi.42.100188.002301 . PMID 3144238 . 
  52. هانيغان جي دي، ميسيل جي إس، تايلدسلي إيه إس، تشنغ كيو، هودكينسون بي بي، سان ميغيل إيه جيه، وآخرون (أكتوبر 2015). " فيروسات الحمض النووي المزدوج السلسلة في جلد الإنسان: التنوع الطبوغرافي والزمني، والإثراء الجيني، والارتباطات الديناميكية مع ميكروبيوم المضيف" . mBio . 6 (5) e01578-15. doi : 10.1128/mBio.01578-15 . PMC 4620475. PMID 26489866 .   
  53. مينوت إس، سينها آر، تشين جيه، لي إتش، كيلباو إس إيه، وو جي دي، وآخرون . (أكتوبر 2011). " فيروسات الأمعاء البشرية: التباين بين الأفراد والاستجابة الديناميكية للنظام الغذائي" . أبحاث الجينوم . 21 (10): 1616-25 . doi : 10.1101/gr.122705.111 . PMC 3202279. PMID 21880779 .   
  54. يونغ جيه سي، شيهود سي، بيتنجر كيه، بيلي إيه، دايموند جيه إم، كانتو إي، وآخرون . (يناير 2015). "التحليل الميتاجينومي للفيروسات يكشف عن ازدهار فيروسات أنيلو في الجهاز التنفسي لمتلقي زراعة الرئة" . المجلة الأمريكية لزراعة الأعضاء . 15 (1): 200-209 . doi : 10.1111/ajt.13031 . PMC 4276431. PMID 25403800 .   
  55. أبيلز إس آر، روبلز-سيكيساكا آر، لي إم، لوم إيه جي، سالزمان جيه، بوهم تي كيه، برايد دي تي (سبتمبر 2014). "الفيروسات الفموية البشرية شخصية ومستمرة ومتوافقة مع الجنس" . مجلة ISME . 8 (9): 1753-1767 . Bibcode : 2014ISMEJ...8.1753A . doi : 10.1038 / ismej.2014.31 . PMC 4139723. PMID 24646696 .  
  56. لي إم، أبيلز إس آر، بوهم تي كيه، روبلز-سيكيساكا آر، نايدو إم، سانتياغو-رودريغيز تي، برايد دي تي (مايو 2014). "تغير البيئة الفيروسية الفموية المرتبطة بأمراض اللثة" . mBio . 5 (3) e01133-14. Bibcode : 2014mBio....533.14L . doi : 10.1128/mBio.01133-14 . PMC 4030452. PMID 24846382 .  
  57. موناكو سي إل، غوتنبرغ دي بي، تشاو جي، هاندلي إس إيه، غيبرميكائيل إم إس، ليم إي إس، وآخرون . (مارس 2016). "تغيرات في الفيروسات والميكروبيوم البكتيري في متلازمة نقص المناعة المكتسب المرتبطة بفيروس نقص المناعة البشرية" . مجلة Cell Host & Microbe . 19 (3): 311-322 . doi : 10.1016/j.chom.2016.02.011 . PMC 4821831. PMID 26962942 .   
  58. نورمان جيه إم، وهاندلي إس إيه، وبالدريدج إم تي، ودرويت إل، وليو سي واي، وكيلر بي سي، وآخرون . (يناير 2015). "تغيرات خاصة بالمرض في الفيروسات المعوية في داء الأمعاء الالتهابي" . مجلة Cell . 160 (3): 447-460 . Bibcode : 2015Cell..160..447N . doi : 10.1016/ j.cell.2015.01.002 . PMC 4312520. PMID 25619688 .   
  59. ^ كوموندوروس ، تيسا (29 يناير 2024). "«المسلات»: اكتشاف فئة جديدة كلياً من الكائنات الحية في الجهاز الهضمي البشري . ساينس أليرت . تاريخ الاطلاع: 29 يناير 2024 .{{cite journal}}: CS1 maint: deprecated archiveal service ( link )
  60. زيلوديف، إيفان ن.؛ وآخرون (2024). "مستعمرات شبيهة بالفيروسات في الميكروبيومات البشرية". الخلية . 187 (23): 6521-6536.e18. bioRxiv 10.1101/2024.01.20.576352 . doi : 10.1016/j.cell.2024.09.033 . PMID 39481381 .   
  61. "مركز السيطرة على الأمراض والوقاية منها - التشخيص التفريقي - الأميبات المعوية (غير الممرضة)" . www.cdc.gov . 29 أكتوبر 2019. تم الاطلاع عليه بتاريخ 26 أغسطس 2025 .
  62. غريس إي إيه، كونغ إتش إتش، كونلان إس، ديمينغ سي بي، ديفيس جيه، يونغ إيه سي، وآخرون (برنامج التسلسل المقارن التابع للمعهد الوطني لعلوم الميكروبات) (مايو 2009). " التنوع الطبوغرافي والزمني للميكروبيوم الجلدي البشري" . مجلة ساينس . 324 (5931): 1190-1192 . رمز Bibcode : 2009Sci...324.1190G . doi : 10.1126/science.1171700 . PMC 2805064. PMID 19478181 .   
  63. 1 2 "البكتيريا الطبيعية لدى الإنسان" . textbookofbacteriology.net . مؤرشف من الأصل في 18 ديسمبر 2017. تم الاطلاع عليه في 26 سبتمبر 2010 .
  64. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Zhang LS, Davies SS (أبريل 2016). "الأيض الميكروبي للمكونات الغذائية إلى مستقلبات نشطة بيولوجيًا: فرص لتدخلات علاجية جديدة" . Genome Med . 8 (1): 46. doi : 10.1186/s13073-016-0296-x . PMC 4840492. PMID 27102537. تقوم بكتيريا Lactobacillus spp. بتحويل التربتوفان إلى إندول-3-ألديهيد (I3A) من خلال إنزيمات غير محددة [125]. تقوم بكتيريا Clostridium sporogenes بتحويل التربتوفان إلى IPA [6]، على الأرجح عن طريق إنزيم تريبتوفان دياميناز. ... كما أن IPA يمتص جذور الهيدروكسيل بقوة.   الجدول 2: نواتج الأيض الميكروبية: تركيبها، وآليات عملها، وتأثيراتها على الصحة والمرض. الشكل 1: الآليات الجزيئية لعمل الإندول ونواتجه الأيضية على فسيولوجيا المضيف والمرض.
  65. ويكوف وآخرون ( مارس 2009). "تحليل الميتابولوميات يكشف عن تأثيرات كبيرة للميكروبات المعوية على مستقلبات الدم لدى الثدييات" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 106 (10): 3698-3703 . Bibcode : 2009PNAS..106.3698W . doi : 10.1073/pnas.0812874106 . PMC 2656143. PMID 19234110. وقد تبين أن إنتاج IPA يعتمد كليًا على وجود الميكروبات المعوية، ويمكن تحقيقه عن طريق الاستعمار ببكتيريا كلوستريديوم سبوروجينز .  مخطط استقلاب IPA
  66. "حمض 3-إندول بروبيونيك" . قاعدة بيانات الأيض البشري . جامعة ألبرتا . تم الاطلاع عليه بتاريخ 12 يونيو 2018 .
  67. شيان واي جيه، بوجيلر بي، عمر آر إيه، تشين دي جي، فرانجيون بي، غيسو جيه، بابولا إم إيه (يوليو 1999). "خصائص وقائية عصبية قوية ضد بروتين بيتا أميلويد في مرض الزهايمر بواسطة بنية إندول داخلية المنشأ مرتبطة بالميلاتونين، حمض الإندول-3-بروبيونيك" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 274 (31): 21937-21942 . doi : 10.1074/jbc.274.31.21937 . PMID 10419516. S2CID 6630247. [حمض الإندول-3-بروبيونيك (IPA)] تم تحديده سابقًا في بلازما وسائل النخاع الشوكي لدى البشر، ولكن وظائفه غير معروفة. في تجارب التنافس الحركي باستخدام عوامل اصطياد الجذور الحرة، تجاوزت قدرة الإيزوبروبانول على إزالة جذور الهيدروكسيل قدرة الميلاتونين، وهو إندولامين يُعتبر أقوى مُزيل طبيعي للجذور الحرة. وعلى عكس مضادات الأكسدة الأخرى، لم يتحول الإيزوبروبانول إلى وسائط تفاعلية ذات نشاط مؤكسد.   
  68. يانغ آي، كورين إي جيه، برينان بي إيه، جوردان إس، مورفي جيه آر، دنلوب إيه (2016). "ميكروبيوم الرضع: آثاره على صحة الرضع ونموهم العصبي الإدراكي" . بحوث التمريض . 65 (1): 76-88 . doi : 10.1097/NNR.0000000000000133 . PMC 4681407. PMID 26657483 .  
  69. مولر، ن. ت.، باكاس، إ.، كومبليك، ج.، غريغوريان، ز.، دومينغيز-بيلو، م. ج. (فبراير 2015). "تطور الميكروبيوم عند الرضع: دور الأم" . اتجاهات في الطب الجزيئي . 21 (2): 109-117 . doi : 10.1016/j.molmed.2014.12.002 . PMC 4464665. PMID 25578246 .  
  70. وول ر، روس ر ب، رايان س أ، هاسي س، مورفي ب، فيتزجيرالد ج ف، ستانتون س (4 مارس 2009). " دور الميكروبات المعوية في النمو المبكر للرضع" . الطب السريري. طب الأطفال . 3 CMPed.S2008: 45-54 . doi : 10.4137/cmped.s2008 . PMC 3676293. PMID 23818794 .  
  71. 1 2 3 كلارك جي، ستيلينج آر إم، كينيدي بي جيه، ستانتون سي، كريان جيه إف، دينان تي جي (أغسطس 2014). " مراجعة موجزة: الميكروبات المعوية: العضو الصمّاوي المهمل" . علم الغدد الصمّاوي الجزيئي . 28 (8): 1221-1238 . doi : 10.1210/me.2014-1108 . PMC 5414803. PMID 24892638 .  
  72. شين إس ، وونغ سي إتش (أبريل 2016). "الالتهاب المُزعج: دور الميكروبات المعوية" . علم المناعة السريري والتحويلي . 5 (4) e72. doi : 10.1038/cti.2016.12 . PMC 4855262. PMID 27195115 .  
  73. وانغ هـ، لي آي إس، براون سي، إنك بي (أكتوبر 2016). "تأثير البروبيوتيك على وظائف الجهاز العصبي المركزي لدى الحيوانات والبشر: مراجعة منهجية" . مجلة علم الأعصاب والجهاز الهضمي والحركة . 22 (4): 589-605 . doi : 10.5056/jnm16018 . PMC 5056568. PMID 27413138. أظهرت هذه البروبيوتيك فعالية في تحسين السلوكيات المرتبطة بالاضطرابات النفسية ، بما في ذلك القلق والاكتئاب واضطراب طيف التوحد والوسواس القهري، بالإضافة إلى تحسين القدرات الذاكرية، بما في ذلك الذاكرة المكانية وغير المكانية. ونظرًا لأن العديد من الدراسات العلمية الأساسية أظهرت بعض الفعالية للبروبيوتيك على وظائف الجهاز العصبي المركزي، فإن هذه الخلفية قد توجه وتعزز المزيد من الدراسات قبل السريرية والسريرية. ... وفقًا للتحليلات النوعية للدراسات الحالية، يمكننا أن نستنتج مبدئيًا أن أنواع البكتيريا التالية كانت الأكثر فعالية في تحسين وظائف الجهاز العصبي المركزي، بما في ذلك الوظائف المرتبطة بالأمراض النفسية (القلق، والاكتئاب، والمزاج، والاستجابة للضغط النفسي) وقدرات الذاكرة   
  74. بوناتزي، إيريكا ولورينزون، غريتا ومانيرو، داريا ودي باربا، كاترينا وبيرتين، لويزا وباربيريو، بريجيدا وسلفادور، ريناتو وفالماسوني، ميشيل وزينجون، فابيانا وغيسا، ماتيو وسافارينو، إدواردو. (2024). الكائنات الحية الدقيقة في المريء في صحة المريء ومرضه. رؤى أمراض الجهاز الهضمي. 15. 998-1013. 10.3390/معدي15040069.
  75. ماي، مايكل؛ أبرامز، جوليان أ. (مارس 2018). "رؤى جديدة حول ميكروبيوم المريء" . خيارات العلاج الحالية في أمراض الجهاز الهضمي . 16 ( 1): 72-85 . doi : 10.1007/s11938-018-0171-5 . ISSN 1092-8472 . PMC 5843540. PMID 29350339 .   
  76. 1 2 دريك إم جيه، موريس إن، أبوستوليديس إيه، راهنماي إم إس، مارشيسي جيه آر (أبريل 2017). "الميكروبيوم البولي ومساهمته في أعراض الجهاز البولي السفلي؛ المؤتمر الدولي لأبحاث الجهاز البولي 2015" . علم الأعصاب البولية وديناميكا البول . 36 (4): 850-853 . doi : 10.1002/nau.23006 . hdl : 1983 / 3b024f95-9f86-406a-9be3-ce35984b8de1 . PMID 28444712. S2CID 27636043 .  
  77. 1 2 أراغون آي إم، هيريرا-إمبرودا بي، كييبو-أورتونيو مي، كاستيلو إي، ديل مورال جيه إس، غوميز-ميلان جي، وآخرون . (يناير 2018). “ميكروبيوم المسالك البولية في الصحة والمرض”. التركيز الأوروبي على جراحة المسالك البولية . 4 (1): 128-138 . دوى : 10.1016/j.euf.2016.11.001 . بميد 28753805 .  
  78. 1 2 Schmiemann G، Kniehl E، Gebhardt K، Matejczyk MM، Hummers-Pradier E (مايو 2010). "تشخيص عدوى المسالك البولية: مراجعة منهجية" . الألمانية Ärzteblatt الدولية . 107 (21): 361– 7. دوى : 10.3238/arztebl.2010.0361 . بمك 2883276 . بميد 20539810 .  
  79. آل، كايت ف.؛ دينستيدت، جون د.؛ دايزلي، بريندان أ.؛ بيازيفيتش، جينيفر؛ ويلك، بلاين ك.؛ بوتلر، ستيفن إ.؛ غلور، غريغوري ب.؛ ريد، غريغور؛ رزفي، حسن؛ بيرتون، جيريمي ب. (سبتمبر 2020). "ترتبط الميكروبات الموجودة في دعامة الحالب بالأمراض المصاحبة للمريض، ولكن ليس بالتعرض للمضادات الحيوية" . تقارير الخلية الطبية . 1 (6) 100094. doi : 10.1016/j.xcrm.2020.100094 . PMC 7659606. PMID 33205072 .  
  80. وولف إيه جيه، وبروباكر إل (فبراير 2019). "مستجدات في علم الميكروبيوم البولي: تطورات في أبحاث الميكروبيوم البولي" . مجلة نيتشر ريفيوز. علم المسالك البولية . 16 (2): 73-74 . doi : 10.1038/s41585-018-0127-5 . PMC 6628711. PMID 30510275 .  
  81. 1 2 بتروفا إم آي، ليفينز إي، مالك إس، إيمهولز إن، ليبير إس (2015). "أنواع بكتيريا اللاكتوباسيلس كمؤشرات حيوية وعوامل يمكنها تعزيز جوانب مختلفة من صحة المهبل" . فرونتيرز إن فيزيولوجي . 6 : 81. doi : 10.3389/fphys.2015.00081 . PMC 4373506. PMID 25859220 .  
  82. 1 2 3 4 ويتكين إس إس، لينهاريس آي إم، جيرالدو بي (يونيو 2007). "الفلورا البكتيرية للجهاز التناسلي الأنثوي: الوظيفة والتنظيم المناعي". أفضل الممارسات والبحوث. طب التوليد وأمراض النساء السريرية . 21 (3): 347-354 . doi : 10.1016/j.bpobgyn.2006.12.004 . PMID 17215167 . 
  83. تودار ك (2012). "البكتيريا الطبيعية لدى الإنسان" . كتاب تودار الإلكتروني في علم البكتيريا . ماديسون، ويسكونسن: كينيث تودار . تم الاطلاع عليه بتاريخ 6 أبريل 2012 .
  84. أونديردونك إيه بي، زامارشي جي آر، والش جيه إيه، ميلور آر دي، مونيوز إيه، كاس إي إتش (فبراير 1986). "طرق التقييم الكمي والنوعي للميكروبات المهبلية أثناء الحيض" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 51 (2): 333-339 . Bibcode : 1986ApEnM..51..333O . doi : 10.1128/AEM.51.2.333-339.1986 . PMC 238869. PMID 3954346 .  
  85. أنطونيو إم إيه، هاوز إس إي، هيلير إس إل (ديسمبر 1999). "تحديد أنواع بكتيريا اللاكتوباسيلس المهبلية والخصائص الديموغرافية والميكروبيولوجية للنساء المصابات بهذه الأنواع" . مجلة الأمراض المعدية . 180 (6): 1950-1956 . Bibcode : 1999JInfD.180.1950A . doi : 10.1086/315109 . PMID 10558952 . 
  86. أوسيك م، زولنيك س ب، كاسل ب إي، بوراس س، هيريرو ر، غراديسيمو أ، وآخرون . (مارس 2020). "الميكروبيوم المهبلي العنقي والتاريخ الطبيعي لفيروس الورم الحليمي البشري في دراسة طولية" . مجلة PLOS Pathogens . 16 (3) e1008376. doi : 10.1371/journal.ppat.1008376 . PMC 7098574. PMID 32214382 .   
  87. فوكس سي، إيشلبرغر ك (ديسمبر 2015). "الميكروبيوم الأمومي ونتائج الحمل" . الخصوبة والعقم . 104 (6): 1358-1363 . doi : 10.1016/j.fertnstert.2015.09.037 . PMID 26493119 . 
  88. واسينار تي إم، بانيغراهي بي (ديسمبر 2014). "هل ينمو الجنين في بيئة معقمة؟". رسائل في علم الأحياء الدقيقة التطبيقي . 59 (6): 572-579 . doi : 10.1111/lam.12334 . PMID 25273890. S2CID 206169539 .  
  89. شويرتز أ (2016). الميكروبات في جسم الإنسان: آثارها على الصحة والمرض . سويسرا: سبرينغر. ص 1. ISBN  978-3-319-31248-4.
  90. تامبوريني إس، شين إن، وو إتش سي، كليمنتي جيه سي (يوليو 2016). "الميكروبيوم في المراحل المبكرة من الحياة: آثاره على النتائج الصحية" . مجلة نيتشر ميديسين . 22 (7): 713-722 . Bibcode : 2016NatMe..22..713T . doi : 10.1038/nm.4142 . PMID 27387886. S2CID 2462790 .  
  91. دي جوفو إم سي، لاغر إس، سوفيو يو، غاتشيولي إف، كوك إي، بيكوك إس جيه، وآخرون . (أغسطس 2019). "لا تحتوي المشيمة البشرية على ميكروبيوم، ولكنها قد تحتوي على مسببات أمراض محتملة" . مجلة نيتشر . 572 (7769): 329-334 . Bibcode : 2019Natur.572..329D . doi : 10.1038/ s41586-019-1451-5 . PMC 6697540. PMID 31367035 .   
  92. إيزنهوفر ر، مينيتش جيه جيه، ماروتز سي، كوبر إيه، نايت ر، ويريتش إل إس (فبراير 2019). "التلوث في دراسات الميكروبيوم ذات الكتلة الحيوية الميكروبية المنخفضة: قضايا وتوصيات". اتجاهات في علم الأحياء الدقيقة . 27 (2): 105-117 . doi : 10.1016/j.tim.2018.11.003 . hdl : 2440/122027 . PMID 30497919. S2CID 54166123 .  
  93. فراناسياك جيه إم، سكوت آر تي (ديسمبر 2015). "ميكروبيوم الجهاز التناسلي في تقنيات الإنجاب المساعدة" . الخصوبة والعقم . 104 (6): 1364-1371 . doi : 10.1016/j.fertnstert.2015.10.012 . PMID 26597628 . 
  94. ساتر، في. إل. (1984). "البكتيريا اللاهوائية كجزء من الفلورا الفموية الطبيعية". مراجعات الأمراض المعدية . 6 (ملحق 1): S62-566. doi : 10.1093/clinids/6.Supplement_1.S62 . PMID 6372039 . 
  95. 1 2 3 4 5 كومار ، ب. س. (ديسمبر 2013). "الميكروبات الفموية والأمراض الجهازية". اللاهوائيات . 24 : 90-93 . doi : 10.1016/j.anaerobe.2013.09.010 . PMID 24128801. S2CID 40735283 .  
  96. أرويلر، ن.ب.، ونيتوشيل، ل. (مايو 2016). "الميكروبات الفموية". في: شويرتز، أ. (محرر). ميكروبات جسم الإنسان . سلسلة التقدم في الطب التجريبي وعلم الأحياء. المجلد 902. سبرينغر، تشام. الصفحات 45-60 . doi : 10.1007/978-3-319-31248-4_4 . ISBN   978-3-319-31248-4PMID 27161350 
  97. 1 2 3 4 أفيلا م، أوجسيوس د.م، يلماز أ (أغسطس 2009). "الميكروبات الفموية: العيش مع ضيف دائم" . بيولوجيا الحمض النووي والخلوية . 28 (8): 405-11 . doi : 10.1089/dna.2009.0874 . PMC 2768665. PMID 19485767 .  
  98. 1 2 روجرز إيه إتش، محرر. (2008). علم الأحياء الدقيقة الفموية الجزيئي . دار كايستر الأكاديمية للنشر. ISBN 978-1-904455-24-0.
  99. 1 2 3 4 5 زاركو إم إف، فيس تي جيه، جينسبيرغ جي إس (مارس 2012). "الميكروبيوم الفموي في الصحة والمرض وتأثيره المحتمل على طب الأسنان الشخصي" . أمراض الفم . 18 (2): 109-20 . doi : 10.1111/j.1601-0825.2011.01851.x . PMID 21902769. S2CID 24411104 .  
  100. وينغ هو مان؛ ووتر إيه إيه دي ستينهويسن بيترز؛ ديبي بوغارت (2017). "الميكروبات في الجهاز التنفسي: حارس بوابة صحة الجهاز التنفسي" . مجلة نيتشر ريفيوز مايكروبيولوجي . 15 (5) (نُشر في 20 مارس 2017): 259-270 . doi : 10.1038/NRMICRO.2017.14 . hdl : 20.500.11820/f1137874-9c51-401b-bca4-e2a5da3e219b . ISSN 1740-1534 . PMC 7097736. PMID 28316330 .   ويكي بيانات : Q34553608
  101. 1 2 بيرينجر، بي إم، وأبلمان، إم دي (نوفمبر 2000). "فلورا بكتيرية تنفسية غير معتادة في التليف الكيسي: السمات الميكروبيولوجية والسريرية" ( ملف PDF) . الرأي الحالي في طب الرئة . 6 (6): 545-550 . doi : 10.1097/00063198-200011000-00015 . PMID 11100967. S2CID 845977. مؤرشف من الأصل (ملف PDF) في 16 أكتوبر 2013.  
  102. فيردييه ج، لود ت، سيلج ج (يونيو 2015). " حاجز الغشاء المخاطي الصفراوي والميكروبيوم" . مجلة الطب الباطني . 31 (3): 156-161 . doi : 10.1159/000431071 . PMC 4569210. PMID 26468308 .  
  103. ^ محمدوف، ر.ع. سيلتين، جي دبليو؛ روست، إتش بي؛ فيرهوفن، سي جيه؛ ماروني ، إل. بريل، سي. تولينارس، د؛ جادجرادج، ملاحظة؛ فان دي جراف، SFJ؛ أودي إلفرينك، آر بي جيه؛ كويكيبوم ، جي . ميتسيلار، إتش جيه؛ بيبيلينبوش، النائب؛ بيورز، يو؛ إجزرمانس، JNM؛ فان دير لان، LJW (2023). "تجرثم الدم المعوي بعد زراعة الكبد هو عامل خطر لتكرار التهاب الأقنية الصفراوية المصلب الأولي" . زرع . 107 (8): 1764–1775 . دوى : 10.1097/TP.0000000000004563 . بميد 36978227 . 
  104. بوتجيتر، م؛ بيستر، ج؛ كيل، د.ب؛ بريتوريوس، إ (2015). "الميكروبيوم الدموي الكامن في الأمراض الالتهابية المزمنة". مجلة FEMS لاستعراضات علم الأحياء الدقيقة . 39 (4): 567-591 . doi : 10.1093/femsre/fuv013 . PMID 26084648 . 
  105. فيلموروجان، جي؛ ديناكاران، في؛ راجندران، جيه؛ سواميناثان، كيه (2020). "الميكروبات الدموية ومستقلبات الميكروبات المنتشرة في داء السكري وأمراض القلب والأوعية الدموية". اتجاهات في الغدد الصماء والتمثيل الغذائي . 31 (11): 835-847 . doi : 10.1016/j.tem.2020.09.003 . PMID 33082024 . 
  106. ^ باتاليا، TW؛ ميمبين، إلينوي؛ ترايتس، ججه؛ فان هوك، أ؛ زيفيرين، LJ. جيرتس، بكالوريوس. دي فيت، غف؛ نوي، م؛ هوفلاند، أنا؛ فوس، JL. كورنيليسن، إس؛ الكيمادي، م؛ بروكس، أ؛ زور، CL؛ كوبين، إي؛ ويسيلز، إل؛ فان دي هار، J؛ فويست، إي (2024). “تحليل شامل للسرطان للميكروبيوم في السرطان النقيلي”. خلية . 187 (9): 2324-2335.e19. دوى : 10.1016/j.cell.2024.03.021 . بميد 38599211 . 
  107. تان، سي إس؛ كو، كيه كيه كيه؛ تشين، إتش؛ ليو، جيه؛ لوه، إم؛ ناجاراجان، إن (2023). "لا يوجد دليل على وجود ميكروبيوم دم مشترك بناءً على دراسة سكانية شملت 9770 شخصًا سليمًا" . مجلة نيتشر مايكروبيولوجي . 8 (5): 973-985 . doi : 10.1038/s41564-023-01350-w . PMC 10159858. PMID 36997797 .  
  108. جيهاوي، أ؛ جي، ي؛ لو، ج؛ بويو، د؛ شو، أ؛ كوبر، س.س؛ بروير، د.س؛ بيرتيا، م؛ سالزبيرغ، س.ل (2023). " أخطاء جسيمة في تحليل البيانات تُبطل نتائج ميكروبيوم السرطان" . mBio . 14 (5): e01607-23. doi : 10.1128/mbio.01607-23 . PMC 10418938. PMID 37610390 .  
  109. سو، جيه؛ هانسن، بي إي؛ وانغ، زد؛ شارمينوف، إيه؛ شيا، إكس؛ بروكهويزن، إم؛ ما، زد؛ بيبيلنبوش، إم بي (2025). "إعادة إدخال الزبادي والميكروبيوم المنتشر في الدم لدى متطوعين أصحاء: بروتوكول لتجربة سريرية مستقبلية طولية متقاطعة مضبوطة الأنواع (MAMI)" . مجلة اتصالات التجارب السريرية المعاصرة . 48 101579. doi : 10.1016/j.conctc.2025.101579 . PMID 41399631 . 
  110. يو ب، يو ب، يو ل (يونيو 2020). "تعليق: التوفيق بين النظافة الشخصية والعامة: منظور جديد من الميكروبيوم البشري" . المجلة الهندية لعلم الأحياء الدقيقة . 60 (2): 259-261 . doi : 10.1007/s12088-020-00863-w . PMC 7105528. PMID 32255860 .  
  111. كوبلاند سي إس. العالم بداخلنا: الصحة والميكروبيوم البشري. مجلة الرعاية الصحية في نيو أورليانز، سبتمبر-أكتوبر 2017.
  112. هوندا ك، ليتمان د.ر. (يوليو 2016). " الميكروبات في استتباب المناعة التكيفية والأمراض". مجلة نيتشر . 535 (7610): 75-84 . Bibcode : 2016Natur.535...75H . doi : 10.1038/nature18848 . PMID 27383982. S2CID 4461492 .  
  113. "مؤشرات الأيض في مصل الدم التي تعكس التنوع الألفا للميكروبيوم المعوي تتنبأ بداء السكري من النوع الثاني" . ميتابولون . تم الاطلاع عليه بتاريخ 3 نوفمبر 2022 .
  114. ليوباكا أ، فون ب ب (يوليو 2016). "عدوى المطثية العسيرة وزرع الميكروبات البرازية" . مجلة AACN للعناية الحرجة المتقدمة . 27 (3): 324-337 . doi : 10.4037/aacnacc2016703 . PMC 5666691. PMID 27959316 .  
  115. بيرتون جيه إتش، جونسون إم، جونسون جيه، هسيا دي إس، غرينواي إف إل، هيمان إم إل (يوليو 2015). " إضافة مُعدِّل للميكروبيوم المعوي إلى الميتفورمين يُحسِّن تحمل الميتفورمين ومستويات الجلوكوز في الدم أثناء الصيام" . مجلة علوم وتكنولوجيا مرض السكري . 9 (4): 808-14 . doi : 10.1177/1932296815577425 . PMC 4525649. PMID 25802471 .  
  116. 1 2 باكن جيه إس، بورودي تي، براندت إل جيه، بريل جيه في، ديماركو دي سي، فرانزوس إم إيه، وآخرون . (ديسمبر 2011). "علاج عدوى المطثية العسيرة عن طريق زرع الميكروبات البرازية" . طب الجهاز الهضمي والكبد السريري . 9 (12): 1044-1049 . doi : 10.1016/j.cgh.2011.08.014 . PMC 3223289. PMID 21871249 .   
  117. غوف إي، شيخ إتش، مانجيس إيه آر (نوفمبر 2011). "مراجعة منهجية لزراعة الميكروبات المعوية (العلاج البكتيري البرازي) لعدوى المطثية العسيرة المتكررة" . الأمراض المعدية السريرية . 53 (10): 994-1002 . doi : 10.1093/cid/cir632 . PMID 22002980 . 
  118. براون ، دبليو آر (أغسطس 2014). "زرع الميكروبات البرازية في علاج عدوى المطثية العسيرة". مجلة أمراض الجهاز الهضمي . 15 (8): 405-408 . doi : 10.1111/1751-2980.12160 . PMID 24825534. S2CID 44651256 .  
  119. بيرك، ك. إي.، ولامونت، ج. ت. (أغسطس 2013). "زراعة البراز لعلاج عدوى المطثية العسيرة المتكررة لدى كبار السن: مراجعة" . مجلة الجمعية الأمريكية لطب الشيخوخة . 61 (8): 1394-1398 . doi : 10.1111/jgs.12378 . PMID 23869970. S2CID 34998497 .  
  120. دريكونجا د، رايش ج، جيزاهيجن س، جرير ن، شوكت أ، ماكدونالد ر، وآخرون . (مايو 2015). "زرع الميكروبات البرازية لعلاج عدوى المطثية العسيرة: مراجعة منهجية". حوليات الطب الباطني . 162 (9): 630-638 . doi : 10.7326/m14-2693 . PMID 25938992. S2CID 1307726 .   
  121. براندت إل جيه، بورودي تي جيه، كامبل جيه (سبتمبر 2011). "زرع الميكروبات البرازية بالمنظار: العلاج "الأول" لعدوى المطثية العسيرة الشديدة؟" . مجلة طب الجهاز الهضمي السريري . 45 (8): 655-657 . doi : 10.1097/MCG.0b013e3182257d4f . PMID 21716124. S2CID 2508836 .  
  122. كيلي سي آر، دي ليون إل، جاسوتكار إن (فبراير 2012). "زرع الميكروبات البرازية لعلاج عدوى المطثية العسيرة المتكررة لدى 26 مريضًا: المنهجية والنتائج". مجلة طب الجهاز الهضمي السريري . 46 (2): 145-149 . doi : 10.1097/MCG.0b013e318234570b . PMID 22157239. S2CID 30849491 .  
  123. 1 2 3 4 5 6 7 8 غاريت، دبليو إس (أبريل 2015). "السرطان والميكروبات" . مجلة ساينس . 348 (6230): 80-86 . Bibcode : 2015Sci...348...80G . doi : 10.1126/ science.aaa4972 . PMC 5535753. PMID 25838377 .  
  124. 1 2 3 4 غانيير جيه، رايش جيه، فيزيانت جيه، بارنيش إن، بونيه آر، بوك إي، وآخرون . (يناير 2016). "اختلال التوازن في الكائنات الحية الدقيقة في الأمعاء وسرطان القولون والمستقيم" . المجلة العالمية لأمراض الجهاز الهضمي . 22 (2): 501– 18. دوى : 10.3748/wjg.v22.i2.501 . بمك 4716055 . بميد 26811603 .   
  125. 1 2 سارتور آر بي، مازمانيان إس كيه (يوليو 2012). "الميكروبات المعوية في أمراض الأمعاء الالتهابية". ملحق المجلة الأمريكية لأمراض الجهاز الهضمي . 1 (1): 15-21 . doi : 10.1038/ajgsup.2012.4 .
  126. هولد جي إل، سميث إم، جرانج سي، وات إي آر، العمر إي إم، موخوباديا آي (فبراير 2014). " دور الميكروبات المعوية في نشأة داء الأمعاء الالتهابي: ماذا تعلمنا في السنوات العشر الماضية؟" . المجلة العالمية لأمراض الجهاز الهضمي . 20 (5): 1192-210 . doi : 10.3748/wjg.v20.i5.1192 . PMC 3921503. PMID 24574795 .  
  127. كولينز، ستيفن م. "دور الميكروبات المعوية في متلازمة القولون العصبي." مراجعات الطبيعة لأمراض الجهاز الهضمي والكبد 11.8 (2014): 497-505.
  128. بيتايانون، ر.، لاو، ج. ت.، يوان، ي.، ليونتياديس، ج. إ.، تسيه، ف.، سوريت، م.، ومؤيدي، ب. (2019). الميكروبات المعوية لدى مرضى متلازمة القولون العصبي - مراجعة منهجية. علم الجهاز الهضمي، 157(1)، 97-108.
  129. كروسيلا إس، كالدارت إف، ميشيلون إم، ماراسكو جي، كونستانتينو إيه. انتفاخ البطن الوظيفي والميكروبات المعوية: تحديث. الكائنات الدقيقة. 2024؛ 12(8):1669. https://doi.org/10.3390/microorganisms12081669
  130. أومان، لينا، وماغنوس سيمرين. "الميكروبات المعوية ودورها في متلازمة القولون العصبي (IBS)." تقارير أمراض الجهاز الهضمي الحالية 15 (2013): 1-7.
  131. "القوة العلاجية للخميرة المضغوطة" . معهد تاريخ العلوم . تم الاطلاع عليه بتاريخ 20 يناير 2026 .
  132. إيبينغا، هـ؛ ثيو، هـ ب؛ شرويرز، م و ج؛ بلاكاج، ب؛ تاهيتو، ر إ؛ كونستانتينوف، س ر؛ بيبيلنبوش، م ب؛ فولر، ج م (2017). "استنزاف خميرة ساكاروميسيس سيريفيسيا لدى مرضى الصدفية، واستعادتها بواسطة علاج ثنائي ميثيل فومارات" . PLOS ONE . 12 (5) e0176955. Bibcode : 2017PLoSO..1276955E . doi : 10.1371/journal.pone.0176955 . PMC 5424058. PMID 28489890 .  
  133. ^ لام، سي. رجب زاده، د؛ إيبينجا، ح؛ نوسنت، YRA؛ فان دير زي، سمو؛ كريج ، ر. كونستانتينوف، ريال. فوهلر، جنرال موتورز؛ برينس، إب. ثيو، غبطة. بيبيلينبوش، النائب (2021). "دراسة ميكروبيوم لاستكشاف محور الجلد والأمعاء في التهاب الغدد العرقية القيحي" . مجلة علوم الأمراض الجلدية . 101 (3): 218-220 . دوى : 10.1016/j.jdermsci.2020.12.008 . بميد 33419665 . 
  134. ^ إيبينجا، ح؛ سبيرنا ويلاند، سي جيه؛ ثيو، غبطة. فان دير وودي، سي جيه؛ نيجستن، TE؛ بيبيلينبوش، النائب؛ كونستانتينوف، ريال (2016). "استنزاف مماثل لبكتيريا Faecalibacterium prausnitzii الوقائية في الصدفية ومرض التهاب الأمعاء، ولكن ليس في التهاب الغدد العرقية القيحي". مجلة كرون والتهاب القولون . 10 (9): 1067–1075 . دوى : 10.1093/ecco-jcc/jjw070 . بميد 27067916 . 
  135. خيمينيز-سانشيز، م؛ سيليبيرتو، ل.س؛ يانغ، هـ؛ شام، هـ.ب؛ فالانس، ب.أ (2025). " محور الأمعاء والجلد: علاقة ثنائية الاتجاه مدفوعة بالميكروبات ذات إمكانات علاجية" . ميكروبات الأمعاء . 17 (1) 2473524. doi : 10.1080/19490976.2025.2473524 . PMC 11901370. PMID 40050613 .  
  136. 1 2 زيلبرمان-شابيرا جي، زمورا إن، إيتاف إس، باشياردس إس، إيليناف إتش، إيليناف إي (يونيو 2016). " الميكروبيوم المعوي في عدوى فيروس نقص المناعة البشرية" . بي إم سي ميديسين . 14 (1): 83. doi : 10.1186/s12916-016-0625-3 . PMC 4891875. PMID 27256449 .  
  137. بتروفا، إم. آي.، فان دن بروك، إم.، بالزاريني، ج.، فاندرليدن، ج.، ليبير، إس . (سبتمبر 2013). "الميكروبات المهبلية ودورها في انتقال عدوى فيروس نقص المناعة البشرية". مجلة FEMS لاستعراضات علم الأحياء الدقيقة . 37 (5): 762-92 . doi : 10.1111/1574-6976.12029 . PMID 23789590. S2CID 32045698 .  
  138. 1 2 ساتو، يوكو؛ وآخرون (2021). "مسارات جديدة لتخليق الأحماض الصفراوية غنية في الميكروبيوم لدى المعمرين". نيتشر . 599 (7885): 458-464 . Bibcode : 2021Natur.599..458S . doi : 10.1038/s41586-021-03832-5 . PMID 34325466 .  
  139. ^ إنتالياتا سي (22 ديسمبر 2016). ""الميكروبيوم الميت" يكشف وقت وفاة الجثة . مجلة ساينتفك أمريكان . تم الاطلاع عليه بتاريخ 26 مارس 2018 .
  140. يونغ إي (10 ديسمبر 2015). "تعرّف على النيكروبيوم: موجات الميكروبات التي ستلتهم جثتك" . مجلة ذا أتلانتيك . تم الاطلاع عليه بتاريخ 26 مارس 2018 .
  141. هارمون ك (16 ديسمبر 2009). "الحشرات في الداخل: ماذا يحدث عندما تختفي الميكروبات التي تحافظ على صحتنا؟" . مجلة ساينتفك أمريكان . تم الاطلاع عليه بتاريخ 27 ديسمبر 2008 .
  142. 1 2 هيتش، توماس سي إيه؛ هول، ليندسي جيه؛ والش، سارة كيت؛ ليفينثال، غابرييل إي؛ سلاك، إيما؛ دي ووترز، توماس؛ والتر، ينس؛ كلافيل، توماس (يونيو 2022). "تدخلات قائمة على الميكروبيوم لتعديل بيئة الأمعاء والجهاز المناعي" . علم المناعة المخاطية . 15 (6): 1095-1113 . doi : 10.1038/s41385-022-00564-1 . ISSN 1935-3456 . PMC 9705255. PMID 36180583 .   
  143. يو، بوكسوان؛ يو، بوي؛ يو، ليجن (يونيو 2020). "تعليق: التوفيق بين النظافة الشخصية والعامة: منظور جديد من الميكروبيوم البشري" . المجلة الهندية لعلم الأحياء الدقيقة . 60 (2): 259-261 . doi : 10.1007/s12088-020-00863-w . ISSN 0046-8991 . PMC 7105528. PMID 32255860 .   
  144. ^ روبرتفرويد، مارسيل. جيبسون، جلين ر. هويلز، ليزلي. مكارتني، آن L.؛ راستال، روبرت. رولاند، إيان؛ ولفرز ، دانييل. وازل، بيرنهارد. سزايويسكا، هانيا؛ ستال، بيرند. غارنر، فرانسيسكو؛ ريسبونديك، فريدريك؛ ويلان، كيفن؛ كوكسام، فيرونيك. دافيكو ، ماري جين (أغسطس 2010). "تأثيرات البريبايوتك: الفوائد الأيضية والصحية". المجلة البريطانية للتغذية . 104 (ملحق 2): S1–63. دوى : 10.1017/S0007114510003363 . ردمك 1475-2662 . بميد 20920376 .  
  145. علي، ساوليها ر.؛ غوربوفسكايا، إيلونا؛ ليو، جوناثان سي دبليو؛ كولا، ناثان جيه.؛ براون، ليزا؛ مولر، دانيال جيه. (19 أبريل 2022). "ميكروبيوم الأمعاء في الاكتئاب والفوائد المحتملة للبريبايوتكس والبروبيوتكس والسينبيوتكس: مراجعة منهجية للتجارب السريرية والدراسات الرصدية" . المجلة الدولية للعلوم الجزيئية . 23 (9): 4494. Bibcode : 2022IJMSc..23.4494A . doi : 10.3390/ijms23094494 . ISSN 1422-0067 . PMC 9101152. PMID 35562885 .   
  146. إليس، جيريمي ر.؛ باول، إيرون ج.؛ توماسوفيتش، لوك م.؛ مارشيسكي، راشيل ل.؛ جيريش، فيشروث؛ وارمان، أنمول؛ سيفالوغاناثان، دارشان (يونيو 2024). "التغيرات في ميكروبيوم الجلد بعد الإجراءات الجلدية: مراجعة شاملة" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي . 4 (2): 972-985 . doi : 10.3390/applmicrobiol4020066 . ISSN 2673-8007 . 
  147. تشو، سيو؛ تسوي، يينغ؛ تشانغ، يون؛ تشاو، تيانيو؛ كونغ، جينغ (8 مارس 2023). "زرع الميكروبات البرازية لتحفيز الهدأة في داء كرون: مراجعة منهجية وتحليل تجميعي". المجلة الدولية لأمراض القولون والمستقيم . 38 (1): 62. doi : 10.1007/s00384-023-04354-4 . ISSN 1432-1262 . PMID 36882658 .  
  148. كاليوايرت، كريس؛ كنودلسيدر، ناستاسيا؛ كاروغلان، أنتي؛ غويل، مارك؛ بيتزولد، برنارد (1 يناير 2021). " زراعة ومعالجة ميكروبيوم الجلد: أحدث التقنيات" . مجلة التكنولوجيا الحيوية الحاسوبية والبنيوية . 19 : 624-631 . doi : 10.1016/j.csbj.2021.01.001 . ISSN 2001-0370 . PMC 7806958. PMID 33510866 .   
  149. ماكدونيل، لوسي؛ جيلكس، ألكسندر؛ آش وورث، مارك؛ رولاند، فيكتوريا؛ هاريس، تيموثي هيو؛ أرمسترونغ، ديفيد؛ وايت، باتريك (2021). " العلاقة بين المضادات الحيوية واختلال التوازن الميكروبي في الأمعاء لدى الأطفال: مراجعة منهجية وتحليل تجميعي" . ميكروبات الأمعاء . 13 (1) 1870402: 1-18 . doi : 10.1080/19490976.2020.1870402 . ISSN 1949-0984 . PMC 7928022. PMID 33651651 .   
  150. ^ موندا ، فينتشنزو. فيلانو، إيناس؛ ميسينا، أنطونيتا؛ فالينزانو، آنا؛ اسبوزيتو، تيريزا. موسكاتيللي، فيورينزو؛ فيجيانو، أندريا؛ سيبيلي، جوزيبي؛ تشيفي، سيرجيو؛ موندا، مارسيلينو؛ ميسينا ، جيوفاني (5 مارس 2017). "التمرين يعدل الكائنات الحية الدقيقة في الأمعاء بتأثيرات صحية إيجابية" . الطب التأكسدي وطول العمر الخلوي . 2017 إي3831972. دوى : 10.1155/2017/3831972 . ISSN 1942-0900 . بمك 5357536 . بميد 28357027 .   
  151. ميلينغ، لوسي جيه؛ ألين، جاكوب إم؛ بوفورد، توماس دبليو؛ فيلدز، كريستوفر جيه؛ وودز، جيفري إيه (أبريل 2019). "التمارين الرياضية والميكروبيوم المعوي: مراجعة للأدلة والآليات المحتملة وآثارها على صحة الإنسان" . مجلة مراجعات علوم التمارين والرياضة . 47 (2): 75-85 . doi : 10.1249/JES.0000000000000183 . ISSN 0091-6331 . PMID 30883471. S2CID 83461620 .   
  152. سو، دانيال؛ ويلان، كيفن؛ روسي، ميغان؛ موريسون، مارك؛ هولتمان، جيرالد؛ كيلي، جايمون ت.؛ شاناهان، إيرين ر.؛ ستوداشر، هايدي م.؛ كامبل، كاترينا ل. (1 يونيو 2018). "تأثير الألياف الغذائية على تكوين الميكروبات المعوية لدى البالغين الأصحاء: مراجعة منهجية وتحليل تجميعي". المجلة الأمريكية للتغذية السريرية . 107 (6): 965-983 . doi : 10.1093/ajcn/nqy041 . hdl : 10536/DRO/DU:30117355 . ISSN 1938-3207 . PMID 29757343 .  
  153. هو، نهان ت.؛ لي، فان؛ لي-ساروار، كاثلين أ.؛ تون، هاين م.؛ براون، برايان ب.؛ باناراج، بيا س.؛ بيندر، جيفري م.؛ آزاد، ميغان ب.؛ طومسون، أماندا ل.؛ وايس، سكوت ت.؛ أزكاراتي-بيريل، م. أندريا؛ ليتونجوا، أوغوستو أ.؛ كوزيرسكيج، أنيتا ل.؛ جاسبان، هيذر ب.؛ ألدروفاندي، غريس م. (9 أكتوبر 2018). "تحليل تلوي لتأثيرات الرضاعة الطبيعية الخالصة على الميكروبات المعوية لدى الرضع عبر مختلف المجموعات السكانية" . نيتشر كوميونيكيشنز . 9 (1): 4169. Bibcode : 2018NatCo...9.4169H . doi : 10.1038/s41467-018-06473-x . ISSN 2041-1723 . PMC 6177445. PMID 30301893 .   
  154. لوزوبون، كاثرين أ.؛ ستومبو، جيسي؛ غونزاليس، أنطونيو؛ أكرمان، غيل؛ ويندل، دوغ؛ فاسكيز-بايزا، يوشيكي؛ جانسون، جانيت ك.؛ غوردون، جيفري آي.؛ نايت، روب (أكتوبر 2013). " تحليلات تلوية لدراسات الميكروبات البشرية" . أبحاث الجينوم . 23 (10): 1704-1714 . doi : 10.1101/gr.151803.112 . ISSN 1549-5469 . PMC 3787266. PMID 23861384 .   
  155. "دراسة شاملة لانتقال الميكروبات الفموية والمعوية بين البشر" . News-Medical.net . 20 يناير 2023. مؤرشف من الأصل في 16 فبراير 2023. تم الاطلاع عليه في 16 فبراير 2023 .
  156. فايس-كولومر، ميريا؛ بلانكو-ميغيز، أيتور؛ مانغي، باولو؛ وآخرون . (فبراير 2023). "مشهد انتقال الميكروبيوم المعوي والفموي من شخص لآخر" . مجلة نيتشر . 614 (7946): 125-135 . Bibcode : 2023Natur.614..125V . doi : 10.1038/s41586-022-05620-1 . ISSN 1476-4687 . PMC 9892008. PMID 36653448 .    
  157. فانجاي ، ب . ، جونسون، أ. ج.، وارد، ت. ل.، الغاليث، ج. أ.، شيلدز-كاتلر، ر. ر.، هيلمان، ب. م.، وآخرون . (نوفمبر 2018). "الهجرة إلى الولايات المتحدة تُغيّر النمط الغذائي للميكروبيوم المعوي البشري" . مجلة Cell . 175 (4): 962–972.e10. doi : 10.1016 /j.cell.2018.10.029 . PMC 6498444. PMID 30388453 .   
  158. 1 2 كابلان آر سي، وانغ زد، أوسيك إم، سوتريس-ألفاريز دي، دافيجلاس إم إل، شنايدرمان إن، وآخرون . (نوفمبر 2019). "يتأثر تكوين الميكروبيوم المعوي في دراسة صحة المجتمع اللاتيني/دراسة اللاتينيين بالانتقال الجغرافي والعوامل البيئية والسمنة" . علم الأحياء الجينومي . 20 (1) 219. doi : 10.1186/s13059-019-1831-z . PMC 6824043. PMID 31672155 .   
  159. مورايس، سارة؛ وينكلر، سارة؛ زوريا، ألفا؛ ليفين، ليرون؛ ناجيز، فالك إس بي؛ كابوست، نيلز؛ لاميد، إيفا؛ أرتان-فورمان، أفيتال؛ بولام، ديفيد ن.؛ ياداف، مادهاف ب.؛ باير، إدوارد أ.؛ مارتن، ويليام ف.؛ مزراحي، إسحاق (15 مارس 2024). "التنوع الخفي لبكتيريا الأمعاء المحللة للسليلوز لدى البشر في المجتمعات الصناعية" . مجلة ساينس . 383 (6688) eadj9223. Bibcode : 2024Sci...383j9223M . doi : 10.1126/science.adj9223 . ISSN 0036-8075 . PMC 7615765. PMID 38484069 .   
  160. ستيوارت، ليندا (14 مارس 2024). "بكتيريا الأمعاء المحللة للسليلوز موجودة في أمعاء الإنسان، وإن كانت بمستويات أقل في الدول الصناعية" . مجلة علم الأحياء الدقيقة . تاريخ الاسترجاع: 24 مارس 2024 .
  161. ديكسون، روبي؛ إيغان، سيوبون؛ باين، ماثيو؛ مولالي، كريستوفر؛ تشابمان، بريندان (2025). " انتقال البكتيريا أثناء الجماع كأداة للكشف الجنائي" . iScience . 28 (2) 111861. Bibcode : 2025iSci...28k1861D . doi : 10.1016/j.isci.2025.111861 . PMC 11889491. PMID 40061054 .  
  • معرض العالم السري بداخلك 2015-2016، المتحف الأمريكي للتاريخ الطبيعي
  • الأسئلة الشائعة: الميكروبيوم البشري، يناير 2014، الجمعية الأمريكية لعلم الأحياء الدقيقة